3AA5X

A52f e.coli rnase hi
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
153
structure length
153
Chain Sequence
LKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAFIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Protein core adaptability: crystal structures of the cavity-filling variants of Escherichia coli RNase HI
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HI
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
total genus 46
structure length 153
sequence length 153
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3aa5X00
1JLAA 1RT1A 4DQQA 2Y1IA 2G8UA 1LV5A 4HUEA 4E1MA 1QHTA 4F3OA 3NHGA 4CK3A 4E0DA 3LANA 4PY5A 1XC9A 1Y97A 4N76A 3NAEA 3VQAA 4AHTA 4FLXA 4DSFA 3SZ2A 3OYNA 4ZTFA 4E7JA 2RF2A 1WSFA 1JKHA 3DLBA 4CGGA 1TV6A 3HPOA 4KB0A 4OPKA 2P5GA 4PA1A 4FJ8A 4E89A 4M3RA 4CEQA 4JRPA 3E01A 4DLGA 4AHRA 1TK0A 3DOLA 4CJLA 2VWJA 1QSYA 1BISA 5HLFA 1IG9A 4IDKA 3CFRA 4FZYA 1TKXA 1HQEA 1EX4A 2KFZA 4Y1DA 1TKTA 3P83D 1XHZA 1C1AA 3K5LA 3F9KA 2HNDA 4CJPA 4CHOA 5K14A 3AO4A 3AA2A 4WE1A 1I39A 3ZT4A 3KK2A 3QEVA 2RPIA 2OYQA 4FJLA 1T03A 1U4BA 3AO3A 1SUQA 4JS5A 1LWCA 2KQ2A 3NF9A 1GOBA 4CJRA 1J54A 4OLBA 4CHZA 1ZBUA 4KI6A 3CM5A 2YKNA 3HYFA 4G1QA 2X74A 4FLYA 1T7PA 2HMIA 1HJRA 3NGYA 4KPYA 4W5NA 3T19A 1RCHA 2IOCA 3P5JA 1NOZA 2FBXA 3LP1A 1U45A 1R0AA 4CHNA 4E7HA 1WN7A 1KVAA 2XY7A 3ZCMA 4BE0A 2OPPA 4N56A 1KVBA 4AILC 1RBUA 2EHGA 3AA5X 3D45A 3QEPA 5HRNA 3V9SA 1O1WA 3V9XA 2D5RA 4CEAA 3NH2A 3OYHA 3M8RA 1ZBLA 1NJWA 4FZXC 4CF0A 4OGCA 3MEDA 3SCXA 1B9FA 2HVIA 1S9EA 5CYMA 4ID5A 1RT5A 1NK9A 4PQUA 3ALYA 2R7YA 4KAZA 4BWMA 3LWLA 3IAYA 3S3OA 1NJYA 4I9QA 3NF7A 2DFEA 2Z1HA 1GOAA 2ZE2A 1WSHA 3ZSXA 3KLEA 3LWMA 1HPZA 4BDZA 3RMBA 4CJEA 5C25A 3SUOA 1RDDA 4DG1A 3KLGA 2ZD1A 4FJKA 1C1CA 4H4MA 4CF8A 3TAGA 2XO7A 5KTQA 1BI4B 1JLFA 5FDLA 3MAQA 4DTSA 2W42A 4CIGA 4CERA 4QCLA 3LAKA 2NUBA 4H8KA 2WONA 3HM9A 1RTHA 3AVGA 1NK4A 1TK8A 5J2NA 1GOCA 3M8QA 1L5UA 4B9MA 1F21A 3IRXA 5C24A 4CJFA 3AVBA 3K57A 1NK8A 1RDCA 1SKWA 4J2DA 3TAMA 3PUFA 3RMAA 4NCBA 4IG0A 4FK0A 1RNHA 3AVAA 3WNFA 3TARA 1UOCA 3AVFA 4KHQA 3RMDA 3OYFA 3S3NA 4LY7A 4OVLA 4M3UA 1RBTA 5J2QA 3QEWA 4DQRA 4M3TA 3AVKA 3AO1A 4LSNA 1BI4A 3I0SA 4CHPA 4M3YA 1ZBHA 2F8TA 4NYFA 1WSIA 3ZSZA 4BE1A 1CZBA 4CJ3A 4F2SA 4UQGA 5J2MA 3QIOA 5DMRA 1TKZA 1SL2A 2FBTA 3K5NA 1VK0A 3NH1A 4FM0A 3G10A 5HRSA 2HHTA 1JLCA 1IKYA 4H4OA 3V9WA 3QETA 3NF6A 3QINA 3RR8A 3KLIA 4FZZA 3QNNA 1L3VA 1G15A 4MQ3A 3C6UA 3HXMA 5JS1A 4O55A 2DFFA 4E7LA 1BIUA 3JYTA 1IKWA 3VQ5A 5HP1A 2G8KA 3RTVA 2KTQA 1XWLA 1ASWA 4C8MA 3NBPA 4E19A 5FRMA 3SQ0A 4B9TA 4IFYA 3KD5E 1QS4A 2EX3A 2IS3A 1VSHA 4M3XA 1C0UA 4LH4A 4Z4IA 2ZQBA 3OJSA 1VSKA 3SPYA 5HBMA 3ZSWA 4GMJB 2YNGA 3L3UA 4AHSA 2VG5A 3SPZA 1HMVA 2RKIA 4PUOA 3JSMA 4DSKA 4Z4HA 4Z0UA 4DTJA 4HUFA 3PX0A 1J9AA 3PY8A 2G8WA 4DTMA 3AO2A 4N5SA 4IBNA 3D0PA 1NK7A 1KLNA 3OYCA 1Z26A 4CHYA 3LZJA 2RN2A 4CFAA 3I8DA 4DLEA 1D5AA 3B6PA 1BCMA 1WSEA 1HNIA 3KLHA 3AVNA 3KJVA 1QSLA 4FJ9A 4HUGA 4FJ7A 4FYDA 2IDOA 3DLHA 4DU1A 1BGXT 5HRPA 3OYBA 5SWMA 4JRQA 2HHQA 2PYLA 3VN5A 3P1GA 4Z4FA 3DLGA 1KCFA 3DRPA 1Q9YA 1TL3A 3OS2A 5JS2A 4CJ5A 4YNQA 4KV8A 1VSEA 4DSLA 3L8BA 3B6OA 4C8KA 4B9VA 2P1JA 2A1RA 4F8RA 1DTQA 3H08A 1C0MA 1VSMA 2QKKA 3DYAA 2G8VA 4Y1CA 1QE1A 4RW6A 3U3YA 1I3AA 3MXMA 2O4GA 2X78A 1NOYA 1U49A 4CJVA 1HYZA 2D0AA 3TAPA 4L8RB 4OJRA 3L2UA 3SJJA 2G8HA 2GV9A 1XHXA 2DTUA 3CM6A 3G0ZA 1JXEA 3MECA 4EP4A 3MEEA 5I42A 2Z1IA 3AA4A 1BL3A 1Q8IA 3LPUA 3V9ZA 2OZMA 1VSFA 3C95A 4CF9A 3V4IA 3V81A 3T3FA 4Z4GA 2F8SA 3TAQA 4KTWA 4GW6A 1UA0A 4FJMA 1JL2A 4DTUA 2HW3A 1FXXA 2D0CA 3SUNA 4RW8A 4XIUA 3VQEA 4KTQA 1XI1A 1TKDA 4HCCA 1S1WA 2BDPA 4I2PA 3HJFA 4O4GA 1NK5A 4LD0A 4K8ZA 4Z4EA 3AVIA 3UIQA 2KZZA 1S1VA 2HB5A 3VA0A 3SQ4A 4DS4A 2OPRA 1JLEA 1JXBA 4IG3A 1SKRA 2IC3A 2VG6A 2B5JA 4N47A 4CJWA 4O5BA 4KREA 3VQ4A 3AV9A 1S9GA 1JL1A 1EETA 2FBVA 3RWUA 3QO9A 3ZT0A 1ZYQA 1KVCA 1YTUA 3OYEA 4EP5A 3RR7A 4CJUA 3O4NA 4DFPA 4CEFA 1UA1A 4AHCA 5I3UA 1YTAA 3L3VA 3VQQA 5D3GA 3AVMA 3CQ8A 2XHBA 4RW7A 1YT3A 1LW2A 5DK5A 4FM1A 4DFJA 3SI6A 1KFDA 1D8YA 3BDPA 3ISNC 2PY5A 5KRTA 3L2WA 4W5RA 1B92A 5HROA 3ZT1A 4ZTJA 2XRIA 1VSIA 1NKBA 4KHYA 1ASUA 4W5QA 3KTQA 1NKEA 3ZT2A 4KKOA 2YNHA 2VWKA 1BCOA 3IS9A 1X9SA 1SV5A 4CJQA 3MXIA 1RT4A 1X9WA 4FK4A 3ZSRA 3VQ6A 1IO2A 2G8FA 1KLMA 1QSSA 2QK9A 3MEGA 1WNSA 1A5XA 4OKEA 3VA3A 3HSTB 3O4QA 2HHWA 4KTZA 3U6FA 2Z1JA 2B6AA 4FLZA 1S6PA 4OGEA 4NCGA 1RBRA 2BE2A 3KK3A 3WNHA 1L3TA 3NF8A 4IFVA 3CFPA 1REVA 3V1RA 4CEZA 3BGRA 3DMJA 2FC0A 3TR8A 2HHUA 3MXJA 4ELTA 5KGXA 3IG1A 4FVMA 4DQPA 4BACA 4FW1A 3ZT3A 2IGIA 4DFMA 2BANA 2YHAA 1T8EA 3DI6A 1IKVA 4W5TA 3KK1A 1WSJA 3OYKA 4AHUA 4CCHA 2O4IA 3OYIA 1EKEA 1HRHA 3T1AA 4C8NA 3K5OA 3VQ7A 3OY9A 4FJHA 4FK2A 1NKCA 4CIFA 1WAJA 4J2AA 2PYJA 3V6DA 3CYMA 3QEXA 1SKSA 4PWDA 4I2QA 4Q0BA 4CEEA 4FLTA 1VSLA 3CG7A 3ASMA 2YV0X 3SUPA 4MFBA 1KFSA 4CJTA 2JGUA 4R5PA 4KRFA 4FJGA 5FRNA 3AO5A 2QKBA 3HO1A 3L2VA 4DU3A 4OKKA 4DTOA 3HPGA 4OLAA 3SNNA 5HRRA 1A5WA 1S1XA 2Q3SA 4CK1A 4DF8A 4GVMA 4FJ5A 4B8AB 1QTMA 1J5OA 1JLBA 4KFBA 3KLFA 2XY8A 3QNOA 3HPHA 3OS1A 3AA3A 3M8SA 3SQ2A 5CZ1A 4CJ4A 4FJNA 3A2FA 3RRHA 1N6QA 3TWHA 3C6TA 4KHNA 2HNZA 1IKXA 4FLUA 2Y1JA 1RT7A 1TL1A 5SZTA 3K58A 2X6NA 3F73A 3OYDA 4CEDA 3TABA 1MU2A 4C8LA 3ITHA 2KW4A 3ULDA 4HCBA 4F3TA 4I7FA 2HVHA 1NK6A 4DSJA 3FFIA 4LH5A 3QERA 1ZBIA 1RT3A 3TAEA 4CEBA 4Q5VA 3O3HA 4BE2A 4ELUA 4CGDA 2P51A 4CJSA 3QESA 4DQIA 4EZ9A 3WNEA 4DTXA 1A5VA 3DRSA 2DFHA 4CIEA 4RW9A 4FJIA 3SV3A 1SL0A 2GBZA 1HQUA 2X6SA 3TANA 3NE6A 3VQBA 1CZ9A 1W0HA 2XY5A 2QXFA 1KSPA 1Z25A 4B9LA 4CESA 4HHTA 4CF1A 1K6YA 2PZSA 3OJUA 3ZSVA 3L2QA 3V9UA 4E7KA 3V1OA 1S1TA 4CFCA 2ITGA 1NJXA 3SQ1A 1U04A 3NCIA 1RTDA 4CGIA 3LZIA 3RMCA 4E7IA 2OPQA 1LW0A 4FCYA 2G8IA 4DTPA 2YNFA 4M3WA 3PX6A 2YNIA 2ETJA 1BHLA 3DLRA 4CGJA 4CGHA 3ZSOA 4FLWA 2ATQA 4CFDA 4OPJA 4BDYA 4F2RA 5KGWA 3AVLA 1U48A 3NFAA 5KI6A 3KKSA 4DF4A 3HP6A 1EXQA 3V1QA 4M45A 3L2RA 3NGZA 4B8CA 4KHUA 2VG7A 3CFOA 1L3SA 2AJQA 1QQCA 4N41A 4M3ZA 1BQNA 3LDSA 4CHQA 4AH9A 4CF2A 4CGFA 1SL1A 4F4KA 4J2BA 4W5OA 3LP3A 2HHSA 3EYZA 4RG8A 2DY4A 1DTTA 1X9MA 1D9FA 5C42A 4DMNA 4DSIA 3SV4A 3VQ9A 3HL8A 4CE9A 4CEOA 3LP2A 3K2PA 3DOKA 1ASVA 3VQ8A 3NGIA 3PO5A 1VRTA 1TVRA 1VSJA 2OPSA 3AVHA 3AVJA 4NYNA 5T7BA 1D9DA 5FROA 3HT3A 1S1UA 1BQMA 4DTRA 1EP4A 4B3OA 1CLQA 4EZ6A 1X1PA 3OYLA 5CYQA 3ZSQA 4KB1A 3PV8A 1JLGA 3HP9A 2GUIA 3S3MA 1HYSA 3LALA 3S9HA 3O3GA 1ZBFA 2HNYA 1CXQA 3K59A 3VQPA 5KRSA 3O3FA 4AHVA 3EY1A 4DSEA 3QLHA 4FJJA 4B9NA 3HVRA 2I5JA 4CJKA 4OKJA 1NK0A 3KKRA 1UWBA 4E1NA 4E3SA 2BGGA 2A1SA 2Z1GA 1J53A 4ZHRA 5CY4A 1B9DA 3OS0A 4DS5A 3DRRA 1VSDA 1C1BA 4DU4A 3QEIA 3TI0A 4IKFA 3TAFA 2HHVA 3HK2A 1LAWA 3LPTA 5J2PA 3OYMA 4QAGA 1N5YA 1WSGA 4B08A 4B9SA 3K5MA 1TGOA 2KFNA 1KTQA 1RBVA 2E4LA 4B9UA 2OA8A 1UAXA 1ITGA 1DLOA 2LSNA 3OVNA 4BWJA 1RDAA 1LAVA 4O0IA 4BDPA 3QIPA 4O44A 3U3GA 4HTUA 3KD1E 4ICLA 4C8OA 2FBYA 3NH0A 3SUQA 3HVTA 4KO0A 3EZ5A 4KHSA 3RRGA 5EU7A 5J1EA 4CFBA 3OYGA 2KZMA 1W9HA 3M8PA 3NDKA 4M42A 4QOZB 3VQDA 2E6LA 2HHXA 1TAQA 2E6MA 2IAJA 4JLHA 1KRPA 1LWFA 2F96A 1U47A 1RDBA 1TK5A 3OYJA 4DQSA 3PO4A 1FKOA 4YFUA 1WLJA 4DTNA 4O0JA 3PX4A 1HNVA 4K8XA 4CK2A 4KI4A 1YVUA 1RBSA 3I0RA 1L3UA 1TAUA 1RT2A 1S5JA 4Z4CA 1RILA 2P5OA 4KHWA 1HYVA 3AVCA 3LAMA 1VRUA 3DM2A 1S6QA 3VQCA 1JLQA 4HVJA 3THVA 1NJZA 1RTIA 1T05A 4DWIA 3KIOA 4FLVA 3SYZA 1FK9A 3ZSYA 4I9LA 5E41A 4FJXA 4DFKA 4NCAA 4FXDA 2WOMA 1CXUA 4ELVA 2D0BA 4LSLA 2XY6A 1C6VA 1LWEA 1RT6A 4JS4A 2OZSA 4M41A 5CZ2A 1RTJA 4RW4A 3LP0A 2YHBA 4J2EA 1C0TA 1WAFA 1BIZA 3DLEA 2YKMA 1FKPA 3DLKA 4FW2A 2JLEA 4TSXA 3WNGA 3OYAA 2B4JA 3C94A 4ID1A 4FM2A 1IH7A 4CECA 1Q9XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RT1A 2G8UA 4HUEA 3CJBA 3QICA 1XC9A 4N76A 2NRRA 3NAEA 2VGNA 4AHTA 4YOYA 3G71N 3SZ2A 4E7JA 3DLBA 4CGGA 1TV6A 4KB0A 1NGDA 4PKHA 2Q0UA 3CQXA 4M3RA 4CEQA 3E01A 4JRPA 1TK0A 2VWJA 1QSYA 1IG9A 1H1VA 4DR2K 1HQEA 1BO5O 4MO5A 3P83D 4R79A 5K14A 3KZBA 3BEXA 1I39A 1ILYA 2RPIA 1RFQA 1LOTB 3AO3A 3ZEUB 1LWCA 1U2VA 2GX9A 3PLAA 3R3LA 2YKNA 3NGYA 1DT9A 3T19A 4A61A 1T3VA 2I7PA 1KVAA 4DV5K 3ZCMA 4H03B 3UKUA 3CXCM 2NRWA 2OCEA 3FFKB 2QI2A 1RBUA 3D45A 2ITMA 5HRNA 3EKSA 1O1WA 3I33A 2W6LA 1ZBLA 3M8RA 3O9TA 1TUUA 1S9EA 5CYMA 4FWNA 4PQUA 3D2FA 4KAZA 3O8MA 1ATRA 1HPZA 4FJKA 2E1YA 2ZD1A 3ULEB 3CPWM 2NRVA 1GLBG 2ASMA 1JLFA 3MAQA 5LJWA 2W42A 5EVZA 4JKAA 4OO1J 2NUBA 2WONA 3E9LA 4LF4K 2YX6A 3HTVA 1NK4A 1G99A 1TYQB 3MMVA 4XEIA 2O8CB 2WBNA 3AVBA 1RDCA 3RMAA 4QS8A 4IG0A 1YXQA 3TARA 2P9UA 4EFHA 2A3ZA 1NGEA 3E9PA 4M3UA 1BOTO 1ZBHA 2F8TA 3I0SA 1KC8O 4NYFA 1WSIA 4JYAK 2WTUA 3ZSZA 4RCHA 4CJ3A 1S72N 5J2MA 1VK0A 5E84A 5HRSA 3NF6A 3KLIA 2YHWA 4I6MA 1L3VA 5BRFA 1XNRK 4MQ3A 3HXMA 4O55A 3WUHA 1BIUA 2G8KA 1IBLK 3NBPA 4LFBK 3SQ0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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