3ALYA

Crystal structure of rnase hi from sulfolobus tokodaii with c-terminal deletion
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
141
structure length
141
Chain Sequence
MIIGYFDGLCEPKNPGGIATFGFVIYLDNRKIEGYGLAEKPFSINSTNNVAEYSGLICLMETMLRLGISSPIIKGDSQLVIKQMNGEYKVKAKRIIPLYEKAIELKKKLNATLIWVPREENKEADRLSRVAYELVRRGKLR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Stabilization by fusion to the C-terminus of hyperthermophile Sulfolobus tokodaii RNase HI: a possibility of protein stabilization tag
pubmed doi rcsb
molecule keywords Putative uncharacterized protein ST0753
molecule tags Hydrolase
source organism Sulfolobus tokodaii
total genus 47
structure length 141
sequence length 141
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2010-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3alyA00
1BGXT 1RT1A 1WSGA 4N5SA 1TL1A 2HNYA 4FCYA 4DF4A 5FDLA 4CF2A 1SKSA 3RRGA 2HHSA 3OY9A 3HJFA 4B9MA 4F8RA 3AVBA 5JS1A 1REVA 4CFBA 3D45A 3DOKA 4FLUA 2IGIA 4F4KA 2DFHA 1NK7A 3HO1A 1GOBA 1WSJA 4M45A 1X9MA 3U6FA 1Q9YA 1RBVA 4AHTA 4W5RA 1S1TA 4I2QA 2O4IA 1TKDA 1YTUA 3G10A 2EX3A 3AA5X 5DK5A 1HQUA 3PX4A 4J2EA 4NCGA 1BL3A 4CHNA 1QS4A 3OYDA 4FLYA 1U47A 4FM2A 4CJLA 3KK3A 4M3WA 4LY7A 4KI4A 4FVMA 1VSIA 2JGUA 3SQ2A 4Q0BA 2HHWA 2HNDA 4FJNA 4IDKA 3PX0A 1NOYA 3AVNA 4M3ZA 2YNHA 4DSIA 3BDPA 1J5OA 4BWJA 3P83D 2OZMA 4LSNA 2ATQA 4DTSA 2QKBA 2FBTA 4N41A 3VQ8A 1S1UA 4DU1A 3OYBA 3DRPA 3QIOA 5CZ1A 1TKTA 3V1OA 4DFKA 2PZSA 1C1AA 4FJHA 4FLVA 3BGRA 4DTNA 1U4BA 4F3TA 3OVNA 3MECA 1HYZA 1T7PA 4FJLA 1ASWA 4KFBA 4E7JA 1RTHA 2HVIA 5J2MA 3AVJA 4CGGA 3PY8A 4IG0A 4CHOA 3ZSQA 4LH5A 2GUIA 4CJ3A 3AA4A 1NK8A 3LP2A 1RDBA 3F9KA 2DTUA 3NGZA 1XWLA 2KW4A 3LZJA 4AHRA 1WSFA 3SCXA 2EHGA 1L3VA 4AILC 3LZIA 1JKHA 2HB5A 3A2FA 4KTZA 3KJVA 3FFIA 4XIUA 3VQAA 4F2RA 2HHVA 4W5QA 3S3MA 3AO3A 3UIQA 1TGOA 5HBMA 4CEEA 5SZTA 4Q5VA 3LALA 5KGWA 3L2RA 4JRQA 4JRPA 4H4MA 2ZQBA 4E89A 5KGXA 3HPOA 2BDPA 2GBZA 4OGEA 3AVKA 4E7KA 1A5VA 3AA3A 3LAKA 4BDYA 3TAPA 1T8EA 4DQQA 4FM1A 4CGHA 3SUOA 2P1JA 2OA8A 5D3GA 1YVUA 4QCLA 1EETA 3ZSWA 2PYJA 4BE0A 4QOZB 3K5OA 4UQGA 4JLHA 3LDSA 3ULDA 4CJUA 3QESA 5EU7A 2XRIA 1WAJA 4CJQA 3EZ5A 3MEEA 1NOZA 3HP9A 3K59A 3VQ9A 4HHTA 4DTPA 3T3FA 1D9DA 4CK3A 1R0AA 3SQ1A 4CCHA 4FJ7A 4HUEA 1JLQA 1IH7A 2RF2A 3HL8A 4KI6A 3IAYA 3ZSZA 3VQ6A 3I8DA 2QKKA 4M3YA 3AA2A 5CYMA 3VQ7A 3OJSA 4Z4GA 4Y1DA 3KTQA 5J2NA 3OYAA 3RTVA 3NAEA 4DTRA 3AVAA 2YKMA 4CHPA 3HPHA 4RG8A 3VQ4A 1S1VA 3S9HA 3P1GA 4NCAA 1S9GA 1BCOA 3TABA 1JLEA 3KK2A 4FJ8A 1I3AA 1L3UA 4CJTA 1VSKA 4CHQA 1QQCA 1JLBA 4BDZA 3V9SA 3ZSOA 4J2BA 4HVJA 1IKYA 4E7LA 4B9VA 1XI1A 4M42A 3SV4A 4CJFA 4RW8A 1RBUA 1TAUA 3SJJA 3SV3A 4CF1A 4IFVA 3MEGA 4DLGA 2I5JA 3OYKA 3VA3A 3NGYA 3SPYA 1SL0A 3LP1A 4DQRA 2B5JA 4CGDA 2WONA 2G8FA 1ZBIA 3DMJA 1S6QA 2XY8A 4E1NA 4Z4HA 4CJ4A 1D5AA 4PUOA 4M3XA 4FJKA 3KLHA 3M8RA 4KPYA 4DFJA 4EZ9A 1LWEA 3CM6A 4DQIA 4KHQA 2PY5A 2E6LA 4M3UA 3QINA 4I7FA 2G8UA 5J2QA 3B6PA 4C8MA 4BWMA 3KIOA 2DY4A 1IG9A 4DS5A 1NJWA 1F21A 3L3VA 4CGIA 2R7YA 1TK0A 1WSEA 4B9LA 4PWDA 4WE1A 4FJ5A 3SYZA 4MQ3A 4DFPA 1KVAA 1RT6A 2WOMA 4OPKA 4ELTA 3O4NA 1D9FA 3TAMA 4ELUA 4KTWA 2DFFA 2JLEA 4IFYA 3V9XA 3OYNA 4FJGA 3OS1A 1T03A 4OKJA 1KVCA 4O4GA 1RNHA 4O0IA 3TAQA 1IKXA 1NK0A 3NDKA 2ETJA 1UA1A 1T05A 1Z26A 3DLKA 1GOCA 3OYMA 2P51A 3SZ2A 1ZBLA 1NJXA 4BACA 3F73A 2OPPA 1HYVA 1X1PA 1ZBUA 2ITGA 2KZZA 4F3OA 1RTDA 4CEQA 3L8BA 4FLZA 1VSHA 1VSLA 3AVGA 4C8OA 2GV9A 1RT4A 4FK0A 4CEFA 2G8VA 4O55A 5C25A 4HUFA 2ZD1A 1KRPA 2KTQA 3NH1A 1S1WA 4M3RA 1ZBHA 3RR7A 3VQDA 2YNFA 2YKNA 2HVHA 1RILA 3DOLA 4KB1A 1A5WA 3C6TA 4CJEA 4Z4CA 4DQPA 2RKIA 4DTOA 3ALYA 4KKOA 3V9WA 2VG7A 4IG3A 3HPGA 3KD1E 4Z0UA 1LAWA 1HPZA 1QSSA 4J2AA 4RW6A 1BQNA 3K58A 1XHZA 4EZ6A 1VRTA 3CG7A 4B8CA 4CJ5A 3DLGA 3OYLA 2W42A 1VSJA 1TL3A 3JYTA 1BQMA 5C24A 4FK4A 1WSIA 2G8HA 4FJIA 1EX4A 4NYFA 3ZSXA 4CEZA 3L2VA 3KLGA 3TWHA 3RMDA 1ITGA 3P5JA 3M8PA 2FBVA 5K14A 4I9LA 5HRNA 2VWKA 3QNOA 2YV0X 3DRRA 5HRPA 4HCCA 5CZ2A 4CK1A 4PY5A 5FRMA 1VSMA 4I2PA 2OZSA 3SQ0A 1LW2A 2HHTA 1EP4A 4KHSA 3VA0A 3E01A 3V6DA 3HVRA 3VQPA 2Y1JA 1EXQA 1QHTA 3V9UA 3RMCA 1S1XA 4IBNA 1HRHA 3AO5A 1KVBA 4Y1CA 1WN7A 3NH2A 2XY7A 3L2UA 1HMVA 3AVMA 1VSDA 1HYSA 4ZTJA 3NGIA 1B9FA 2BGGA 3NF9A 1D8YA 1A5XA 1CZ9A 4LSLA 3QEXA 2Z1JA 3WNGA 4DU4A 4DG1A 4C8NA 4CHYA 1HJRA 4ID5A 5KTQA 4CEAA 1JL1A 5T7BA 4E3SA 2IDOA 1RDAA 3SUPA 4Z4IA 3HXMA 1LV5A 3CFOA 4N47A 4E7HA 2G8KA 2X6SA 3RMAA 2IOCA 5I42A 1U48A 1NK9A 1RT5A 1BI4A 1JLCA 1CXQA 1QTMA 3K57A 4ICLA 1LW0A 2KFZA 1RT7A 3B6OA 4CIGA 3V1RA 3DYAA 4FM0A 3C95A 3NF6A 3DLEA 1UA0A 4NCBA 4AHSA 3ZT4A 3LP3A 1NKBA 4B9SA 2A1SA 4W5TA 4FZYA 4HUGA 4FJJA 3M8QA 3OYEA 4O44A 5HRRA 4FJMA 1W9HA 3OYGA 3KLFA 4YNQA 3KLEA 4C8LA 3KLIA 4EP5A 1DTTA 1WLJA 1YTAA 2YHAA 4CEBA 5CYQA 4CHZA 4FW2A 4FJXA 4FZZA 4DTXA 3EY1A 1J54A 2D0CA 4CJRA 4C8KA 4Z4EA 2XHBA 2KFNA 1BIZA 3L3UA 1CLQA 2VG5A 4DTMA 3M8SA 3OYHA 3QNNA 1NK4A 3DLBA 2YHBA 1JXBA 1ASVA 5HP1A 1XHXA 4OJRA 3DLHA 3AVHA 1RDCA 3NE6A 3LPTA 3WNEA 1SKWA 1SKRA 4NYNA 4J2DA 4E1MA 3T1AA 2HMIA 2NUBA 2YNIA 4K8ZA 3AV9A 4BE1A 3V4IA 3TAFA 1I39A 4CJPA 1LWCA 4CIEA 2F8TA 3KKRA 4ID1A 4HTUA 2HW3A 2IC3A 1TV6A 3NFAA 2KZMA 2BE2A 3D0PA 3RRHA 2X6NA 4KHYA 2G8WA 1SL1A 4FZXC 1WAFA 1NJYA 4L8RB 1RBRA 1RDDA 3C6UA 4QAGA 4B9TA 2QXFA 1C0MA 2BANA 3NH0A 4DQSA 1S5JA 2Z1GA 1L3SA 2X78A 4B9UA 5SWMA 1TK5A 1NK5A 4W5NA 3DI6A 4CEOA 1L3TA 4CF0A 5KRSA 1FKOA 2G8IA 1KSPA 3DLRA 1KCFA 3LPUA 3QLHA 2FC0A 4B8AB 1SL2A 4KHUA 4DFMA 1K6YA 3MXIA 4DLEA 4AHUA 1UOCA 1W0HA 3H08A 3U3YA 2B6AA 4MFBA 2HHUA 1S9EA 1IKVA 1B9DA 3PO4A 3I0SA 1ASUA 2RN2A 3VQ5A 4DSFA 4OGCA 2B4JA 1BHLA 3AVIA 3SUNA 3OYJA 4R5PA 1C1CA 3LWLA 4GVMA 3QEVA 4BDPA 2F8SA 4FJ9A 4OKEA 4B3OA 3JSMA 3NF7A 4DMNA 2OYQA 3V1QA 4IKFA 4CJSA 3TR8A 4ELVA 4RW9A 1HNIA 1X9WA 2A1RA 1CXUA 3HT3A 1VRUA 1Y97A 2Z1HA 1S6PA 2D5RA 4CFDA 1VSEA 3AVLA 2LSNA 4H4OA 4KV8A 3PV8A 1U04A 3PX6A 1QSYA 1KTQA 3K5LA 3T19A 3KKSA 4KO0A 4E0DA 1FK9A 2IS3A 4K8XA 4LH4A 2O4GA 4CESA 4FLWA 4DSEA 3HVTA 4CEDA 4FLTA 3HK2A 4OVLA 2AJQA 1U49A 3QEWA 1N6QA 4OPJA 4CFCA 2XY6A 5C42A 2X74A 4HCBA 1L5UA 4DS4A 3TI0A 2D0BA 3ZCMA 3DRSA 1UAXA 2HNZA 4RW7A 4KHWA 2YNGA 3S3NA 2XO7A 3WNHA 4OLBA 2IAJA 3LAMA 1RT3A 4AHVA 3OS0A 3AO1A 1U45A 1VSFA 2E6MA 1C0TA 1LAVA 4H8KA 3HYFA 3HP6A 3OYFA 1JLGA 3IS9A 4KRFA 3EYZA 1TK8A 1RBSA 2ZE2A 4KREA 4CGJA 4O5BA 3V81A 3RMBA 4BE2A 2RPIA 5JS2A 3AVFA 3OYIA 3NHGA 3L2WA 4FW1A 3MXJA 4CF9A 2KQ2A 2E4LA 4DTUA 4DTJA 3RR8A 4F2SA 4I9QA 4DSLA 1Q8IA 3O4QA 4CF8A 5I3UA 4AHCA 5FRNA 3NBPA 3QERA 1N5YA 1BIUA 1CZBA 1RTJA 1DLOA 4CFAA 1UWBA 4O0JA 3VQQA 1KFSA 3SUQA 3ZSYA 3O3GA 4RW4A 4DU3A 1WSHA 5FROA 1RCHA 4LD0A 1QE1A 4CECA 3AO2A 1DTQA 3U3GA 3ZT1A 1TVRA 3CQ8A 3SI6A 3QEIA 3IRXA 4CE9A 3TANA 2P5GA 3ISNC 1LWFA 3RWUA 3SNNA 1QSLA 5E41A 3O3HA 2OPSA 5KRTA 1BISA 1VK0A 4KAZA 3VQEA 3I0RA 4DF8A 3G0ZA 1HNVA 2OPQA 1IO2A 5HROA 1RTIA 1ZYQA 3ZT2A 3KK1A 1TKZA 5HLFA 2VG6A 1MU2A 3NF8A 2FBXA 4KB0A 3LWMA 2Q3SA 1G15A 4G1QA 2F96A 3C94A 3ITHA 1FXXA 4YFUA 1KLNA 1NKEA 2HHQA 3NCIA 3PO5A 4E19A 4M41A 2VWJA 3TARA 1IKWA 3CFPA 4CERA 1XC9A 3O3FA 1J53A 3PUFA 1GOAA 4B08A 2Y1IA 4CK2A 3LANA 4E7IA 1SUQA 4N56A 4ZTFA 4CGFA 5KI6A 4N76A 3K5NA 2OPRA 4FXDA 1WNSA 3OS2A 2PYLA 1NJZA 3THVA 1NKCA 4FK2A 4FYDA 1C6VA 1FKPA 3TAGA 4B9NA 1Q9XA 3V9ZA 3CYMA 2P5OA 3QETA 4M3TA 3SPZA 1KLMA 4CJVA 1RBTA 4GW6A 1YT3A 4DWIA 3LP0A 4FLXA 1JXEA 4DSJA 4EP4A 4OKKA 4TSXA 1X9SA 3ZT0A 4KTQA 5DMRA 1KFDA 4JS5A 1JL2A 2XY5A 3ZT3A 3ZSVA 3L2QA 1B92A 3MAQA 3K5MA 3QO9A 3CM5A 2DFEA 4KHNA 1J9AA 3S3OA 3IG1A 5HRSA 4W5OA 1ZBFA 3MEDA 3VQBA 4CJKA 3MXMA 2HHXA 4DSKA 1TAQA 1Z25A 4GMJB 1O1WA 3CFRA 4JS4A 1JLFA 3HM9A 4Z4FA 2FBYA 3ASMA 1C1BA 2Z1IA 3K2PA 4ZHRA 4CIFA 4CJWA 3SQ4A 4PA1A 3OYCA 3DM2A 3KD5E 1RT2A 1C0UA 2D0AA 1JLAA 3QEPA 1HQEA 3TAEA 4AH9A 3AVCA 1SV5A 4PQUA 1BI4B 3WNFA 1NK6A 3QIPA 3OJUA 3VN5A 3ZSRA 3VQCA 1BCMA 1EKEA 3HSTB 5J2PA 2QK9A 4OLAA 5J1EA 5CY4A 3AO4A 1TKXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VGMA 5A2QO 4DF4A 4IZ9A 3HJFA 2VYPA 3ID6A 3T1HK 3AVBA 3L4QA 4B9MA 3HM8A 4JN4A 1OVYA 3MN6A 4RWTA 2DFHA 1RTDA 4M45A 1Q9YA 3U6FA 1RBVA 4AHTA 1TKDA 1HQUA 5LJVA 4NCGA 1BL3A 4YDUA 1QS4A 4CHNA 3KK3A 4DQ8A 3PX0A 4DSIA 4BWJA 3P83D 3CETA 4IO8A 3LDLA 4LSNA 2W6LA 2OCEA 2QKBA 4GV6A 4BROA 1KD1O 3QICA 4DU1A 3J80O 3OYBA 4DR4K 3BGRA 1U4BA 3F2KA 3OVNA 3PY8A 4CHOA 5C12A 3PIOL 4B1YB 1WSFA 5AFUA 4H5RA 1L3VA 4IOAL 4K42A 1JKHA 3LZIA 4KTZA 4G9ZA 3UIQA 4JKGB 5HBMA 3L2RA 5JLFA 4H4MA 4E89A 2BDPA 2GBZA 4OGEA 3AVKA 4NXMK 1A5VA 3LAKA 3HI0A 3BP8A 1T8EA 4CGHA 3SUOA 1QHAA 2OA8A 1YVUA 2A41A 3EE9A 2PYJA 4PKIA 5EU7A 2XRIA 1WAJA 4HHTA 3MEEA 4B3MK 3T3FA 1R0AA 3SQ1A 3GG4A 1IH7A 3IAYA 3VQ6A 3I8DA 4M3YA 3O1WA 3KTQA 2YKMA 4JKHA 3S9HA 3P1GA 3ZX0A 1WBBA 3LDNA 4CJTA 4CHQA 1JLBA 4DR3K 4BRHA 2CGJA 1NGJA 3ZSOA 1IKYA 4E7LA 5M1QA 3CMAN 2WTUA 3SV3A 5M1FA 3OYKA 3KWIA 2JWLA 4DQRA 2G8FA 3LDPA 3QBWA 4IDHA 3C0BA 4PUOA 4M3XA 3O1BA 2V7YA 3M8RA 4KPYA 4DQIA 4I7FA 4PKHA 3B6PA 4C8MA 2DY4A 4DS5A 1F21A 3A5NC 3JS6A 5BRFA 1TK0A 2NRWA 1T3VA 3O9UA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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