3ALYA

Crystal structure of rnase hi from sulfolobus tokodaii with c-terminal deletion
Total Genus 47

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
141
structure length
141
Chain Sequence
MIIGYFDGLCEPKNPGGIATFGFVIYLDNRKIEGYGLAEKPFSINSTNNVAEYSGLICLMETMLRLGISSPIIKGDSQLVIKQMNGEYKVKAKRIIPLYEKAIELKKKLNATLIWVPREENKEADRLSRVAYELVRRGKLR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH4 (121-137)S1 (3-11)TIV1 (10-13)TIV3 (13-16)AH1 (48-66)TIV2 (11-14)TI2 (43-46)TII1 (40-43)TIV4 (14-17)EMPTYS2 (18-27)S3 (30-37)TI1 (27-30)TI3 (92-95)AH2 (78-85)S5 (112-115)3H1 (118-120)S4 (72-75)AH3 (95-109)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Sulfolobus tokodaii
publication title Stabilization by fusion to the C-terminus of hyperthermophile Sulfolobus tokodaii RNase HI: a possibility of protein stabilization tag
pubmed doi rcsb
molecule keywords Putative uncharacterized protein ST0753
total genus 47
structure length 141
sequence length 141
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2010-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3alyA00
4E7KA 5KRSA 3V1RA 1J54A 4IFYA 3VQDA 1L5UA 4NCAA 1Y97A 1B92A 2D0BA 2KW4A 5J2QA 1D9DA 4H4OA 4FJNA 4OPKA 3WNGA 4CEFA 4EP4A 4BDPA 4FZYA 1TKTA 4ID5A 1XHXA 1JXEA 4HUGA 1DLOA 3O3GA 4EZ9A 1JLBA 1NKCA 3KKSA 5JS2A 3HP6A 1SL0A 4OKKA 4LD0A 3MEEA 4CE9A 4CGHA 3MXIA 2KTQA 3LPUA 4KHUA 1RNHA 3MECA 4CEAA 4DQIA 4FJXA 3HJFA 4CHYA 4CF0A 4IFVA 1K6YA 4F8RA 4I9QA 1WSHA 1VK0A 3KK1A 4M3XA 2HVHA 4F4KA 1HYVA 3OYCA 4J2AA 4OLAA 4E89A 3OYEA 1RDDA 3WNEA 3KLEA 4FLYA 4DSIA 4FYDA 1BQMA 3OS2A 3MXMA 4FM1A 3T3FA 4O55A 3CFOA 4CEBA 3LWMA 1U04A 4B08A 1KRPA 4KAZA 1RTIA 1D5AA 4GVMA 1IKXA 1UWBA 3O3FA 5DK5A 2KQ2A 4Y1CA 1WSGA 3AVKA 1XC9A 1CZ9A 4DTJA 2LSNA 4KREA 1VRUA 2EX3A 3P5JA 4FJ8A 3QEWA 1TK8A 1EETA 3K59A 2VG7A 1JL1A 3DRSA 3LANA 4W5OA 5CZ1A 4PWDA 4ZTFA 1J5OA 3T1AA 1JL2A 4DQSA 3SUOA 3KLGA 4IDKA 1FXXA 1KFDA 2QXFA 3AVGA 4KFBA 4FLVA 1ASUA 4E7JA 2BE2A 4KRFA 5KRTA 4FZZA 3HPHA 3TR8A 2ATQA 3QEPA 3C94A 4F2SA 3SPYA 4M3UA 1RT7A 4LSLA 2XY8A 4AHUA 1KSPA 4F3TA 1C6VA 1XHZA 4W5TA 3DLBA 1NK9A 1DTQA 3RRGA 3AO5A 2YNFA 5K14A 4FJ5A 4BWJA 4MQ3A 3AVMA 1NKEA 1UA1A 4B9VA 4N5SA 2I5JA 3SQ0A 3HO1A 3RMCA 1UAXA 4G1QA 2OPSA 3VQ7A 5I42A 5HLFA 1IO2A 3DLRA 3QERA 2OA8A 3OYDA 4DF4A 1RT6A 2G8WA 4FJ7A 2HW3A 4FJHA 1JLAA 3QNNA 4RW9A 1VSLA 2B5JA 2VWJA 2IS3A 2X6SA 3V6DA 3RR8A 1A5WA 4C8LA 3SJJA 1CLQA 1TL1A 3ISNC 4Z0UA 3IS9A 4CJPA 4E7LA 1SL2A 2DFEA 1QSSA 2ZD1A 3TI0A 1Z26A 3HPGA 3OYJA 1QSLA 2G8FA 4KHYA 1VSKA 4E0DA 2O4GA 4FM2A 2X74A 3OVNA 5FROA 3NGZA 4ELUA 5FRNA 3V4IA 3DOLA 3TAFA 4OPJA 4BE2A 3EY1A 4CCHA 3ZSXA 1RCHA 3K5OA 2NUBA 4DLEA 4AILC 3NF7A 1WSEA 3ZSOA 2YNGA 3ZCMA 4CEOA 1ZBHA 3TAQA 4B8AB 2E4LA 2Z1GA 3C95A 3VQBA 4E1NA 4FCYA 4FJ9A 3NF9A 3VQQA 1HJRA 5JS1A 3NH1A 2Z1JA 3AO3A 4OVLA 3ZT3A 4FLXA 1RDCA 5HP1A 1NJZA 3OYLA 3VQ4A 1ASVA 1JLEA 2EHGA 2G8KA 4GMJB 2BANA 3LAMA 3KLFA 3K5LA 1XI1A 1L3VA 3RMDA 3V1QA 1BCOA 1WNSA 4CECA 3PUFA 4CF9A 3NH2A 4AH9A 1NJYA 3SUPA 3RRHA 4CJSA 4M3ZA 3DRRA 3IRXA 5KI6A 2OPRA 3QNOA 2Z1IA 5C42A 2D5RA 4CEQA 4ELTA 3HK2A 1NK8A 4Z4IA 1BCMA 1W9HA 1BISA 1TKDA 3VQ9A 4FJMA 3UIQA 1CXUA 1HMVA 2QK9A 3NH0A 4KHNA 1KCFA 3AVFA 1Z25A 3BDPA 1BI4B 3HP9A 1N6QA 1YT3A 1HQEA 3IG1A 4DSKA 2HHVA 4Y1DA 4CGFA 3RMAA 1EX4A 3K2PA 4AHSA 4J2EA 5HBMA 4AHTA 2FBXA 1WLJA 1WAFA 4CEEA 4FLTA 5EU7A 3M8RA 3ZSZA 4I9LA 5KTQA 1D9FA 4H4MA 1GOAA 3OYAA 3NCIA 3AO4A 2P5GA 5I3UA 3NHGA 4OKEA 1VSEA 4CF1A 1J53A 3V9UA 4N76A 1IG9A 3NAEA 1LWFA 1QQCA 3NF8A 1L3TA 1KFSA 2RPIA 3MEDA 4IG0A 3LALA 2XHBA 3M8PA 2FBTA 3OS0A 4HCCA 2F8TA 4BDZA 3K57A 4E7IA 1QSYA 2D0CA 1S1XA 3OYHA 1NJXA 1MU2A 1N5YA 3ALYA 1O1WA 5HRNA 2Q3SA 3CG7A 4CEDA 1HYSA 3LDSA 1ZBLA 1RT1A 1BIUA 4C8NA 1JLFA 3QEVA 1TK5A 1C1AA 1I39A 3PX0A 4CFDA 2DFHA 1LW0A 1CZBA 4M3WA 4CERA 3NGYA 3PX6A 3ZSVA 4E1MA 4FLUA 1CXQA 2AJQA 4F3OA 1KTQA 3DI6A 2OPQA 1KLNA 4KI4A 4Z4FA 3TARA 4O4GA 3TAPA 1U47A 4FVMA 2RKIA 3P1GA 1NK7A 2RN2A 4E3SA 1REVA 4DLGA 1B9DA 3TABA 4JLHA 2R7YA 4JRQA 4PY5A 3V9ZA 1C1CA 1YVUA 3U3GA 1X9SA 1ITGA 1A5XA 4O0IA 3L2UA 1RTHA 3NFAA 4CJWA 3AVAA 1FKPA 3B6PA 4N41A 2HVIA 3DLEA 2XY5A 3LPTA 4GW6A 2PZSA 3VA0A 1KVBA 4CESA 1TK0A 4H8KA 4CFAA 3ZT2A 4HUEA 4FJKA 1KVAA 3VQAA 2HHWA 4KO0A 3QETA 1QHTA 4CHQA 4DSLA 1IKYA 2E6MA 1UOCA 3MXJA 2JGUA 4CIFA 2HNZA 4CFBA 3SQ2A 1C0TA 4CHPA 1ZBFA 4CJ4A 4FLWA 3QEIA 1U48A 1WAJA 5SZTA 3OS1A 4CJQA 5FDLA 4N47A 4DTXA 1WSIA 3D0PA 4Q0BA 3RR7A 4BDYA 4W5NA 1VSFA 1RBUA 1Q9XA 3SNNA 3SV4A 3L2VA 1U4BA 4CK3A 5HRPA 4IBNA 4EZ6A 2ZE2A 3L3VA 1TAQA 3DM2A 2HHSA 3C6UA 4CEZA 1NK4A 4R5PA 4PUOA 4FM0A 5J2PA 1RTJA 1S6PA 1L3SA 3I0SA 3ZSYA 2XO7A 1RT2A 1YTAA 4O44A 5CYMA 4CIEA 3LP3A 3ZT0A 2IOCA 4TSXA 3KK2A 1BGXT 3BGRA 4IKFA 3QESA 4F2RA 4J2DA 1S1WA 4QCLA 2IC3A 1VSIA 1BHLA 2VG5A 1KLMA 2X78A 3AVJA 3ITHA 4CHOA 3SPZA 4B9NA 2XRIA 4OLBA 2G8HA 1VSJA 2IAJA 4DG1A 4CJUA 2ZQBA 3O4QA 4KTZA 4MFBA 3EYZA 1D8YA 2G8UA 4C8MA 1S5JA 3ULDA 5KGXA 2PYLA 3OY9A 3SUQA 4WE1A 3VQEA 3DLHA 2BGGA 1T05A 2DY4A 1TAUA 1RT4A 3OJUA 2Y1IA 4KI6A 5CYQA 4KV8A 1EP4A 3AVNA 4E19A 4DS5A 2HNDA 3AA4A 4CHZA 4DTMA 3ZT1A 3S3MA 1TL3A 4AHRA 4CGIA 1QE1A 3L8BA 4FXDA 2OPPA 2VG6A 3SI6A 1Q8IA 2FBVA 4Z4EA 4CIGA 3CFPA 4DF8A 4FJGA 4FW1A 1S1VA 2OYQA 4ID1A 3SV3A 4KHWA 5DMRA 4CGGA 2F8SA 1U45A 2A1RA 2Y1JA 1FK9A 1NK6A 4L8RB 4O5BA 5HRRA 3TAMA 4C8OA 1ZBIA 2YHBA 1TVRA 1JLCA 4B9TA 3KIOA 3VN5A 3VQ8A 3SYZA 3V9XA 4DTPA 1HRHA 4KB1A 5T7BA 1JLGA 3QO9A 4CJLA 1UA0A 3QLHA 2YHAA 4CJKA 4CGJA 3RMBA 2O4IA 1J9AA 2RF2A 1L3UA 2HHTA 4FJLA 3LP2A 1VRTA 4BACA 5HROA 3JYTA 1FKOA 3HM9A 4M42A 3PO5A 4KPYA 5E41A 1LWCA 4QAGA 4E7HA 1Q9YA 1ASWA 3CYMA 3MEGA 1LW2A 2DTUA 2YNHA 4HUFA 1VSDA 1C0UA 1JLQA 2ITGA 2PYJA 1LAWA 3OJSA 2HNYA 2YKMA 4PA1A 1S9EA 4CJFA 1X9WA 3V9SA 2G8IA 1X1PA 4DU3A 1NOZA 4DTRA 1IKWA 1NK5A 4KTQA 4B9MA 2YNIA 3V9WA 3PV8A 5SWMA 2JLEA 2ETJA 3HT3A 4BE0A 2XY7A 4KTWA 1HNIA 3K58A 3HL8A 4AHCA 4XIUA 1S1UA 4AHVA 4CGDA 4ZHRA 5HRSA 3E01A 1SV5A 3CQ8A 1ZYQA 2F96A 1RT5A 4NCGA 1EKEA 1HQUA 3FFIA 1RTDA 3RWUA 4DQQA 4DU4A 3MAQA 3OYIA 1TKZA 2HB5A 5J1EA 4HVJA 3VQ5A 3OYKA 3JSMA 4DTOA 1EXQA 2A1SA 4DQPA 3TAEA 3T19A 3U3YA 1JKHA 4LSNA 1NJWA 1C0MA 3P83D 3OYGA 3AVCA 4OJRA 1C1BA 4JS4A 1SKRA 4YFUA 3TANA 3AO1A 1R0AA 3CM5A 4KKOA 3DRPA 3ZSQA 1SUQA 3OYBA 4DS4A 4Z4GA 1HPZA 4ZTJA 3DMJA 3H08A 4LH5A 2GV9A 3KD5E 4FK0A 1TV6A 3CM6A 1X9MA 1RDAA 3C6TA 1IH7A 1RDBA 3LP0A 3I0RA 3SZ2A 3SCXA 5D3GA 3WNFA 3ZT4A 3L2QA 5J2NA 4EP5A 3RTVA 1QTMA 3O4NA 4C8KA 4DTSA 1BI4A 1S9GA 3B6OA 3LZJA 4OGCA 4FLZA 4HCBA 2W42A 4JRPA 3AVHA 1RILA 3PO4A 1BIZA 3G10A 2QKBA 4K8XA 2HHXA 4B8CA 3EZ5A 2D0AA 4FW2A 3NDKA 2WONA 4HHTA 4B9SA 4B9LA 3PY8A 2KZZA 3AA5X 5CZ2A 2KZMA 1QS4A 2Z1HA 1VSHA 3I8DA 4DU1A 5C24A 3HVRA 4CJRA 4B3OA 4I2QA 3OYMA 4Q5VA 4CJ5A 4CK2A 2QKKA 2DFFA 3QIOA 4DQRA 2X6NA 3VQCA 3OYNA 4KHSA 1GOBA 1VSMA 3AO2A 4NYNA 4BE1A 3L2WA 4DTNA 4PQUA 3S3NA 2IDOA 1LV5A 4RG8A 5C25A 4RW8A 2GUIA 1RBSA 4KB0A 3L2RA 3ZSWA 5KGWA 3SQ1A 3IAYA 4HTUA 3NBPA 3S9HA 1T7PA 3TWHA 4CJ3A 2OZSA 2GBZA 3AVLA 1T8EA 1KVCA 3THVA 3F73A 2B4JA 3D45A 3LAKA 3M8SA 1U49A 1SL1A 1W0HA 4M3YA 4DFKA 1WSJA 3QINA 3AVIA 3LP1A 1LWEA 2KFZA 1I3AA 3KKRA 3G0ZA 4JS5A 4J2BA 1RBVA 3KJVA 4DFPA 1F21A 4UQGA 4DTUA 5FRMA 4KHQA 1NK0A 3K5NA 3QIPA 2KFNA 1IKVA 3KLIA 4FK4A 3O3HA 2HHUA 4LH4A 4M3RA 2HHQA 4CJTA 4BWMA 2WOMA 3HXMA 4RW7A 1SKSA 4IG3A 1HYZA 4ELVA 4M45A 2B6AA 1JXBA 1B9FA 3M8QA 1SKWA 3TAGA 4Z4HA 3L3UA 3SUNA 4CJEA 4I7FA 3AA3A 3KLHA 2PY5A 1WN7A 2P1JA 4ICLA 4LY7A 2OZMA 4FJIA 4DMNA 3HYFA 4FJJA 4Z4CA 4FK2A 2P5OA 1T03A 2HMIA 4DSFA 3WNHA 4NCBA 3DOKA 4DFJA 1RBRA 4FZXC 4CF2A 5J2MA 3K5MA 4W5RA 3HSTB 1RT3A 3VA3A 4QOZB 3NE6A 1TGOA 3NGIA 1BQNA 1BL3A 4I2PA 4YNQA 3AVBA 3HPOA 3CFRA 4N56A 3SQ4A 1LAVA 1HNVA 3S3OA 4M3TA 1XWLA 4CHNA 4CK1A 2FC0A 3AV9A 2BDPA 3NF6A 3A2FA 4OGEA 2YV0X 3DLGA 3ZSRA 3VQ6A 4DFMA 3KTQA 2P51A 1G15A 3DYAA 3V81A 2G8VA 4CF8A 1YTUA 3U6FA 3PX4A 1NOYA 2E6LA 3V1OA 1A5VA 1S6QA 1TKXA 3QEXA 3LWLA 4RW4A 4CFCA 2YKNA 1GOCA 3KK3A 4DWIA 3AA2A 1S1TA 4NYFA 2XY6A 3HVTA 1RBTA 2VWKA 5CY4A 3F9KA 1NKBA 3DLKA 1WSFA 1DTTA 3KD1E 4O0JA 1ZBUA 3ASMA 4CJVA 4DSEA 4DSJA 3VQPA 4B9UA 4K8ZA 4W5QA 3LZIA 4M41A 4RW6A 2FBYA 2IGIA 4OKJA 3OYFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KRSA 3U9ZA 1J54A 3CJ1A 1L5UA 2Q0UA 1D9DA 2D0BA 2VGMA 2O8FB 3CCLN 4IOXA 4BDPA 3D2FA 1BWFO 4RWTA 1D4XA 4EZ9A 3PSIA 3HP6A 1X9JA 4X62K 4H0OA 4JKCA 1RNHA 4CHYA 2I7NA 4CF0A 3THXB 1WSHA 2F9WA 4BR9A 3OYEA 3WNEA 3KLEA 2UUCK 4FLYA 1DT9A 3MDQA 1J6ZA 2P9IA 3D2EA 3IFRA 3LWMA 1BUPA 1D5AA 1WSGA 3AVKA 4IEEA 4YY3K 1XC9A 3DRSA 3VETA 4W5OA 1YJWN 4FLVA 2GUPA 2P9LB 3HPHA 4YORA 3QEPA 4F2SA 3F9MA 3SPYA 4M3UA 2VYPA 1RT7A 5BR8K 1RGIA 1KSPA 3ULEB 4JAXA 1C6VA 4W5TA 3PLAA 2V51B 3UKRB 1N36K 4MQ3A 2A41A 3ZX3A 5M1NA 2I5JA 2OPSA 3FZFA 2NZTA 2OA8A 3OYDA 5TKWA 3P39A 3QNNA 3Q7CA 3V6DA 1A5WA 4WCEL 1CLQA 3IS9A 4CJPA 1SL2A 3R9PA 3I8BA 1DKGD 2E2QA 1HKCA 3NGZA 3NMUA 4YOUA 1GLJO 4HTLA 5BN9A 3SAHA 4MLHA 4OPJA 3EY1A 4CCHA 1WSEA 5AQWA 3ZCMA 1ZBHA 1GLEG 4CZJA 3H46O 3NF9A 2FF3B 1OH6A 5JS1A 3CJ9A 4FOEA 5HP1A 1JLEA 4GMJB 1XI1A 3KLFA 3FFKB 3CCJN 1BCOA 3NH2A 4I6MA 5CE3A 4AH9A 2OCEA 2GEMA 4H0VB 3DRRA 4BROA 2D5RA 1Q86O 5AQUA 4CBWA 2W41A 3E66A 3C7NB 1K8KA 2YCHA 1HMVA 3NH0A 4BRIA 1KCFA 4KHNA 1KAXA 1N6QA 3CPEA 4ILGB 4Y1DA 3MN9A 1BO5O 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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