3AO1A

Fragment-based approach to the design of ligands targeting a novel site in hiv-1 integrase
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
151
structure length
141
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPSMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Fragment-based design of ligands targeting a novel site on the integrase enzyme of human immunodeficiency virus 1
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
total genus 52
structure length 141
sequence length 151
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ao1A00
1RDCA 4PQUA 2KW4A 3OYKA 4FM2A 1LW2A 4I9QA 1VSEA 3K5NA 1SL2A 4DU4A 4YFUA 3RMDA 3EYZA 2OA8A 4LH4A 3V9UA 1QSLA 2BGGA 2VWKA 4FJNA 4OLAA 2KQ2A 4JRQA 2VG5A 5J2MA 2Y1JA 3S3MA 1TV6A 3QEIA 1Q9YA 1QSYA 1ASUA 4Z0UA 4GW6A 4CFBA 4FLTA 3LDSA 3SUNA 4KFBA 4M41A 4KTQA 2ATQA 2W42A 2HNDA 4DTRA 4FXDA 4QAGA 2P5GA 3ZT4A 3KKSA 1GOBA 4Q5VA 4DG1A 3V1OA 4KAZA 4B3OA 2RF2A 4AHCA 1C1AA 4ZTFA 1ZBUA 1NOYA 2Z1HA 3HVRA 1VRUA 2DTUA 1XWLA 4Z4IA 2DFFA 4CJ4A 1ZYQA 2IS3A 4DTUA 2JGUA 4FK2A 4M3YA 1RDAA 4B8AB 4UQGA 4DFKA 2B4JA 4RW6A 1J53A 4CJ5A 4FLZA 4M45A 4DMNA 4CE9A 2OPRA 3AA3A 3SPZA 4KHNA 3HO1A 4F2SA 3DM2A 1QHTA 2IC3A 1KVBA 4HUFA 3RRHA 4J2BA 4IG3A 4DFJA 1NJYA 4IBNA 3V9ZA 3TAGA 3JYTA 4H4MA 1SKWA 4H8KA 3CFPA 1BISA 1Q8IA 1NJWA 3AVCA 4W5OA 3A2FA 4LSNA 3P5JA 1QS4A 5J2NA 3DRPA 3K5LA 4CIEA 3QLHA 3SYZA 4CERA 1KRPA 4FJ9A 1BIZA 2PY5A 4OGCA 4E7LA 2KFZA 3DRSA 2HB5A 1HQUA 4I9LA 1VSLA 3RRGA 3TI0A 1UOCA 4EP4A 4CJRA 3OY9A 3VQQA 4FJMA 4FW2A 2JLEA 2RPIA 4FK0A 3QNOA 3E01A 3NF6A 4CGDA 4FJXA 3O4NA 2OPPA 1N6QA 3HSTB 1ZBFA 3AO4A 3MEDA 4CGJA 5JS2A 3OYGA 1I39A 3NE6A 3NCIA 1VSIA 1UA1A 1YT3A 3VQBA 4FLXA 1T05A 4E7IA 2E4LA 1JLAA 3HYFA 3QEXA 1CZBA 3NH1A 1QE1A 1HNVA 1LWFA 5HRNA 2DFHA 3TAFA 2IDOA 2XHBA 3PX0A 4AHRA 4DWIA 4FW1A 1WSGA 3VQPA 3SCXA 1RBTA 2GUIA 3ZSYA 4AHUA 4CJEA 3TARA 2O4IA 2Q3SA 4HCCA 1S6PA 5DK5A 4C8NA 1HYSA 1K6YA 4E7KA 4CF8A 3CM6A 4NCGA 5CYQA 2OYQA 3DLGA 2HHTA 3ZT1A 4CF1A 3NH2A 1TK8A 4PUOA 3CFRA 4DTPA 3V9WA 3THVA 1LWCA 4E19A 2F8SA 4E7HA 4CF0A 3CYMA 1NKEA 1RDBA 2GBZA 1BIUA 1S9EA 4CJKA 1FKOA 3P1GA 4E1NA 2Z1IA 4CJFA 3AA4A 1DLOA 1YTAA 5HRRA 4F4KA 1RT1A 1NK6A 1C6VA 1KVAA 3B6PA 1WAFA 4M42A 1LAVA 3OYCA 1UAXA 3VQ5A 1ASWA 2AJQA 3SUQA 3QIOA 3VQEA 4CEEA 3H08A 5SWMA 2YNFA 3M8SA 3JSMA 4AILC 1JKHA 3ZT3A 3L2RA 3C6TA 4NYNA 4AHTA 5HP1A 3TWHA 3MXIA 3F9KA 3LP3A 1BI4A 2YNHA 3DLRA 3AVMA 1JXEA 1RBRA 4NYFA 5I3UA 1NJZA 2PZSA 4M3XA 3OYIA 4FJ8A 3OYNA 2XY7A 1WAJA 3ZSQA 1UA0A 3HT3A 1HYVA 4W5NA 3NF9A 3WNEA 3AVNA 4DSJA 3VQ7A 4K8XA 1BL3A 2FBTA 3ZSRA 2G8WA 3KKRA 3D0PA 2KTQA 1N5YA 1J5OA 2BANA 2IGIA 3CQ8A 2YKMA 3PX6A 1LV5A 4DQRA 1QTMA 4DSLA 4O5BA 1ZBLA 4CHOA 4OLBA 3SQ0A 4DSFA 2HNYA 3EY1A 4LSLA 3U6FA 1VSHA 4KHSA 1C0MA 1T8EA 5HBMA 1JL2A 3NFAA 1TKTA 1C1BA 1XHZA 3QERA 1ZBIA 4BACA 2X74A 1TKXA 1S1XA 4EZ6A 2IAJA 1FK9A 3SUPA 4M3RA 3WNGA 4CJQA 2XO7A 2R7YA 1L3TA 3KIOA 1EX4A 1KSPA 3O3GA 2D0BA 3LP1A 4N5SA 3DOKA 3KLGA 3HPOA 1GOCA 5EU7A 3KTQA 1KFDA 3PV8A 1GOAA 2HHSA 1EETA 3L3UA 1D9DA 2D5RA 1J9AA 1DTTA 1VSKA 3LALA 1XI1A 3MECA 3S9HA 4DQIA 1O1WA 5KRSA 3VQ6A 4JS4A 1U4BA 4CF2A 2P5OA 1X1PA 2YNIA 2QKKA 4M3ZA 4J2EA 1QQCA 2BE2A 4DTSA 4FZYA 2RKIA 5DMRA 3ZSXA 4WE1A 2F96A 3LP0A 1IG9A 5HLFA 1T03A 3DI6A 3AVKA 3LWLA 1XC9A 1NOZA 4IFYA 2WONA 3TAMA 4FCYA 1TK0A 4RG8A 3OYBA 4FJ5A 3NGIA 3RR7A 1SV5A 4CJLA 3QO9A 3VN5A 3HJFA 2G8VA 4W5TA 1A5XA 1W9HA 1RCHA 5CY4A 3ZSZA 4FM1A 1I3AA 3D45A 3OJSA 2FBVA 3AVBA 3P83D 3L8BA 3LZJA 1IKYA 3LWMA 5J2QA 4KHQA 3S3NA 4NCBA 1X9SA 3DLHA 4DLEA 4DQSA 3RMAA 3SQ4A 4CHZA 3OVNA 3TABA 4DFPA 4FJ7A 1YTUA 1TL3A 3IG1A 1WNSA 4KTWA 1NK7A 1EP4A 1SUQA 3K2PA 3CM5A 3PY8A 4CJUA 4DTOA 5HROA 1FXXA 3MXMA 4B9SA 3OYAA 1TL1A 4OKEA 1Y97A 3OYMA 3MEGA 4KPYA 4ELTA 2PYLA 4FYDA 1B92A 3AO2A 4EZ9A 4J2AA 4MQ3A 3SQ2A 3M8RA 4BWMA 1SL1A 3V4IA 4I2PA 3S3OA 1TKDA 4IKFA 4ELUA 4M3WA 1U48A 3AO1A 5FRNA 4O44A 3U3GA 1RTIA 3T1AA 3G0ZA 3AA2A 4FJGA 4B9NA 3ZCMA 1EKEA 3SI6A 3DYAA 1F21A 2D0AA 4ID1A 4CECA 3VA0A 2HNZA 1ASVA 4DTMA 2QK9A 1RILA 1TKZA 4BWJA 1CXQA 1WSEA 2RN2A 5CYMA 5C25A 3HPGA 4DF8A 4FLUA 3V81A 3V6DA 1HJRA 1RDDA 1L3SA 4C8KA 4CCHA 1WSHA 3ZSOA 3ZT0A 3HM9A 2G8FA 1S9GA 3K59A 4CHYA 4TSXA 4DSKA 1VSMA 4K8ZA 4KI4A 1JLCA 4BE2A 3L3VA 4CEDA 3DLKA 2Z1JA 2G8KA 1JLFA 4IDKA 4DTJA 1TVRA 3QESA 2YV0X 3DRRA 3KK1A 1IKVA 4B9TA 4RW9A 3DOLA 3IAYA 1RT7A 3KJVA 3AA5X 3OS1A 4DQQA 4FJLA 4Z4CA 1VRTA 1WN7A 1B9DA 2KZMA 4H4OA 1BI4B 3KK3A 1VSFA 1T7PA 4CF9A 4IFVA 4CFAA 4O55A 4R5PA 4FM0A 5KRTA 3K5MA 2FBXA 1B9FA 3V1QA 4W5RA 3OYFA 3MXJA 1RNHA 1J54A 3HVTA 2P51A 1X9WA 1Z26A 1UWBA 3AO3A 4E1MA 3O3HA 3TANA 4M3TA 4Z4EA 3OYJA 1HNIA 4CEQA 3QNNA 4OGEA 2DFEA 1SKSA 2OPQA 5K14A 3VQ8A 2KZZA 3SQ1A 4ZTJA 2VG6A 3HK2A 3I0RA 3NHGA 1RBSA 4E3SA 2OZMA 4DF4A 4FZXC 1EXQA 1S1UA 4GMJB 3ZT2A 3WNFA 3KD5E 4GVMA 4KHWA 4G1QA 3LANA 3HP6A 1QSSA 4B9UA 3K5OA 4CEBA 3QIPA 1NK5A 3SUOA 3QETA 1IKWA 3L2VA 2ETJA 2EX3A 3AVLA 4CIFA 4DFMA 1HQEA 1JLQA 4CHPA 3KLFA 2QKBA 1RBVA 3HL8A 5KGWA 1BGXT 1D9FA 4CK3A 2A1SA 3VA3A 1RTDA 1ITGA 1WSIA 2Z1GA 4AHSA 4CK1A 4FVMA 3T19A 3MEEA 4CEZA 3MAQA 4DLGA 3SPYA 3OYEA 1U04A 3AVAA 4DU3A 5T7BA 4JRPA 3V1RA 1JL1A 3RMCA 5D3GA 1C0UA 3F73A 1JXBA 1XHXA 1CZ9A 2WOMA 4OVLA 4F2RA 4KO0A 4XIUA 5FROA 1LW0A 4DU1A 1IO2A 2P1JA 4C8OA 5C42A 3ASMA 3AO5A 1KCFA 4Y1DA 3PO5A 4B9MA 4FJHA 1VSJA 4NCAA 2ITGA 1JLEA 3NGYA 4KHUA 2XY6A 4O0JA 4N56A 1NK9A 1SL0A 1IKXA 1TAQA 3AVIA 3T3FA 2A1RA 4CFCA 1RTHA 3VQDA 4YNQA 4FLYA 4CJSA 1MU2A 1L5UA 4CHNA 1VK0A 3V9XA 4OKKA 2HHWA 4RW8A 3NF7A 4HVJA 3IRXA 3OYLA 3V9SA 4N41A 1NJXA 3LPTA 1KLNA 3DLBA 4F3TA 1HMVA 3HP9A 4M3UA 4CEAA 3RWUA 3BGRA 1R0AA 2ZD1A 4FJIA 4DSEA 4F3OA 3PUFA 3M8QA 3WNHA 2E6MA 3I8DA 3RTVA 3UIQA 3LZIA 5J2PA 4BE1A 3QEVA 1BCMA 4DTNA 3SJJA 4J2DA 3AVGA 4KRFA 3U3YA 4ICLA 1S1VA 3DMJA 5CZ1A 1RT2A 3K58A 3SV4A 1L3UA 3ALYA 3L2WA 1D8YA 2HVIA 2G8IA 3B6OA 2OZSA 3O3FA 3K57A 3NF8A 4OPJA 2DY4A 1KFSA 2HMIA 3ITHA 4RW7A 1BCOA 1S6QA 3LAKA 3OS0A 3OYHA 3SNNA 2B6AA 1BQMA 3QINA 2HHVA 2YHAA 1WSFA 2I5JA 3EZ5A 4O0IA 1HYZA 3FFIA 3M8PA 4KI6A 4B9LA 3NGZA 3OJUA 2HHXA 1D5AA 3LPUA 4CJTA 4OPKA 2Y1IA 2KFNA 4CJWA 4KB0A 4Z4FA 4PWDA 3AV9A 3C6UA 1KVCA 3OS2A 1NKBA 3VQ9A 4CGFA 2YHBA 3SZ2A 4AHVA 4PA1A 4AH9A 2XY8A 4Z4GA 4I7FA 4MFBA 1A5VA 2YKNA 4DS5A 3OYDA 1RTJA 3CFOA 4DTXA 4IG0A 4E89A 4CFDA 3SV3A 4HUEA 5J1EA 3KLEA 3TAEA 4FJJA 4CHQA 1S5JA 2YNGA 4LY7A 5KI6A 4ELVA 4BDYA 5I42A 2X78A 3DLEA 4ZHRA 4HCBA 2FBYA 4OJRA 4BDZA 1IH7A 4FLWA 4Q0BA 1VSDA 1JLBA 3CG7A 4FLVA 2HW3A 1BHLA 2HVHA 1YVUA 1CLQA 4KB1A 5C24A 3AVJA 2OPSA 4L8RB 4CGIA 4N47A 2ZQBA 2VWJA 3NDKA 5FRMA 3L2UA 1ZBHA 5FDLA 1U47A 4HTUA 4E0DA 3IS9A 4EP5A 4RW4A 3NH0A 3QEPA 3AVFA 1U45A 4LH5A 5KTQA 4B9VA 4B08A 3KD1E 4PY5A 2E6LA 4KTZA 4OKJA 4CK2A 5E41A 4CEFA 3LAMA 4JS5A 4HUGA 2HHUA 1WLJA 3O4QA 4CJPA 3VQ4A 1KLMA 2O4GA 4QCLA 1L3VA 3ZSWA 1RT5A 1G15A 1BQNA 2XRIA 1FKPA 3I0SA 1REVA 4CGHA 4CGGA 4QOZB 1DTQA 1LWEA 4O4GA 3RMBA 1U49A 2X6NA 3RR8A 4FK4A 4Z4HA 2HHQA 1A5WA 5SZTA 4Y1CA 1C0TA 5KGXA 2PYJA 1TK5A 4CJVA 1RT3A 5CZ2A 2G8HA 4CJ3A 1TGOA 3G10A 3PO4A 1CXUA 2FC0A 4KREA 4B8CA 4ID5A 3KLHA 3PX4A 1Z25A 2LSNA 2XY5A 3BDPA 5HRPA 1NK0A 3TR8A 2D0CA 3HXMA 4I2QA 3L2QA 4CIGA 3ULDA 4JLHA 4KKOA 1NK4A 1Q9XA 1RBUA 2VG7A 4DSIA 4FZZA 1KTQA 4DQPA 1WSJA 5HRSA 3NAEA 1NK8A 4FJKA 2G8UA 1RT6A 4C8LA 1S1WA 4CEOA 2F8TA 1TAUA 4N76A 1NKCA 2B5JA 1JLGA 1LAWA 3AVHA 3ZSVA 1HPZA 2GV9A 1HRHA 3NBPA 1W0HA 3KK2A 1SKRA 3C95A 4LD0A 1C1CA 4KHYA 2ZE2A 4BE0A 3QEWA 2IOCA 4C8MA 1S1TA 1X9MA 3TAPA 3LP2A 4W5QA 4DS4A 4CESA 3TAQA 2QXFA 3ISNC 4HHTA 5JS1A 4F8RA 2BDPA 4KV8A 2X6SA 4E7JA 3KLIA 1RT4A 3VQAA 2NUBA 3VQCA 3HPHA 3C94A 4BDPA 2EHGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2JWKA 3K5NA 1SL2A 3RMDA 1NGHA 1QSLA 4FJNA 2ASPA 4OLAA 2KQ2A 3S3MA 2VG5A 3C7NB 3QEIA 1QSYA 1ASUA 4WQ4C 3SUNA 4M41A 2W42A 4DTRA 1HPMA 3ZT4A 4JK7A 3V1OA 1K9MO 2ZF5O 3HVRA 3CHWA 4NXNK 1HLUA 2ZWHA 2JGUA 2NRHA 3IKMA 3CC2N 4CJ5A 4FLZA 2ASMA 4KHNA 3HO1A 4DV4K 3CJAA 3H46O 1W97L 3RRHA 4J2BA 2OCEA 3I33A 3L6QA 4FWKA 3CCVN 4JI4K 2QTDA 2NRZA 4BRDA 1KXPA 3AVCA 4CZHA 3K5LA 4CIEA 3SYZA 4CERA 1KRPA 1VQ5N 2Q31A 3J81O 3VENA 1VSLA 3TI0A 4EP4A 3OY9A 2JLEA 3THWB 3RVCA 1VQLN 1N6QA 4MLEA 1VQPN 4YY3K 3ZLJA 2QW9A 3UKRA 1IG8A 1JLAA 3FE1A 1QE1A 1HNVA 3D7EO 4IJNA 5HRNA 3L4IA 2XHBA 3QFPA 3CPWM 4AHUA 4CJEA 3VGLA 4PL7A 4DR3K 5DK5A 4C8NA 1K6YA 3CM6A 1GLCG 3CERA 3CJ1A 1GLEG 3NH2A 3THVA 2I7NA 4DUZK 2F8SA 4CF0A 3CYMA 1RDBA 4M7YA 4WFNL 4CJKA 3K0SA 3HBTA 3AA4A 1DLOA 1YTAA 5HRRA 1QZ5A 5FPMA 1WAFA 3T1YK 4M42A 3VEWA 1NU0A 3VQ5A 3SUQA 4AILC 3L2RA 3ENHA 1BG3A 3LP3A 4DHYA 1JCFA 2YNHA 3PIOL 1K8AO 3CQXA 5KPTA 3NF9A 5AQYA 3VQ7A 3ZSRA 3O9TA 2P9UA 4IO9L 4DQRA 3TU5A 2PBDA 4A2AA 1ZBLA 4JKGA 3U6FA 1VSHA 1C0MA 2P9KB 3OHRA 2E2NA 5BRFA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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