3AO1A

Fragment-based approach to the design of ligands targeting a novel site in hiv-1 integrase
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
151
structure length
141
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPSMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Fragment-based design of ligands targeting a novel site on the integrase enzyme of human immunodeficiency virus 1
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Viral protein/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 52
structure length 141
sequence length 151
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ao1A00
1BIUA 4R5PA 1J54A 2XY7A 4M3WA 3RMDA 3L2QA 3OYFA 3L2RA 4MFBA 3NF9A 4Z0UA 3HT3A 1NKCA 4B9TA 4QCLA 3OYGA 4HCBA 5SWMA 3DLKA 4DMNA 1SV5A 4Z4FA 1K6YA 3ZT0A 4FCYA 3TAQA 1S9GA 1FK9A 1R0AA 3QINA 1XC9A 1RTDA 4KHYA 1EXQA 3ISNC 4B8AB 1XHZA 3OYHA 4CECA 1RDBA 4JLHA 3KK3A 4CF9A 4O4GA 4O55A 4BDYA 3TAFA 3BGRA 1NJXA 1ZYQA 1RCHA 1G15A 3A2FA 4IBNA 3V9UA 3AVJA 4KPYA 1SKRA 5SZTA 4DSFA 3H08A 4FZZA 2KZMA 1UAXA 5T7BA 4IKFA 4CJUA 3ZCMA 3SQ4A 1UA1A 1U49A 4I9LA 3JSMA 1L3TA 1J5OA 3M8SA 1RBVA 4CEEA 2FBVA 1TAQA 2I5JA 4KFBA 4CFCA 4UQGA 2BGGA 4QOZB 1N5YA 4CEQA 2XY5A 1KSPA 4C8MA 4N5SA 3V9ZA 4J2AA 1JLGA 1YVUA 1LW0A 4IDKA 3VA3A 2G8KA 4K8XA 4TSXA 4KHNA 3KJVA 3SV3A 3DLGA 4C8NA 1T7PA 1S9EA 1WSHA 5JS2A 3QEXA 4M3TA 4E0DA 4CJPA 2HNZA 1IKWA 3OYEA 1HYVA 2OYQA 4B08A 3JYTA 2YNGA 2YKNA 4NCAA 2WOMA 1XHXA 2F8TA 2X6NA 1ZBIA 4PQUA 5FROA 1JLAA 2KFZA 3RMCA 4CHOA 1LWEA 5J2NA 4G1QA 1ZBLA 1TK8A 1BISA 1CLQA 1N6QA 1KLNA 4DTUA 4FJKA 2F8SA 1WSJA 2KFNA 2FBXA 4E7KA 4DTOA 4E19A 5I3UA 4QAGA 4OJRA 3HXMA 1GOBA 4DSLA 4DWIA 2QXFA 4M45A 4CJSA 1CXQA 4CJWA 3QNNA 3DM2A 3QEWA 1VSDA 4GW6A 4BE1A 4DLEA 2JGUA 2B4JA 1RT4A 4HUGA 2OPQA 4Q5VA 2W42A 1C0TA 1S1UA 5KRTA 3T3FA 2A1SA 4KTZA 3DLEA 4PWDA 3OVNA 3WNEA 4DF4A 4DF8A 4B3OA 5C25A 1C1AA 4EZ9A 4JRQA 4B9MA 4FJGA 4F3TA 4RW8A 3OYDA 3S3NA 4BE2A 4Y1CA 5KRSA 4OGEA 1T03A 2O4GA 3S3OA 2IOCA 3KLIA 4LH4A 4FJIA 4E1NA 2D5RA 2O4IA 1A5WA 4FLZA 4FLUA 4CK2A 1NK0A 4CHQA 5J2MA 4CEBA 1ZBUA 1VRTA 3NHGA 3K5OA 5HRRA 4W5QA 4ZHRA 4DTSA 2YHBA 3AA3A 3NH0A 3O3FA 4I2PA 2XY6A 1LW2A 3HP9A 3QO9A 3QEIA 4LY7A 4CF1A 3OY9A 3SUNA 5I42A 1TL1A 4KB1A 4F2RA 4F4KA 2XO7A 2NUBA 4DU3A 3U6FA 1HNIA 1TK0A 1JKHA 2G8HA 4DTJA 2G8UA 4W5TA 2PYJA 5K14A 4FLVA 1Q9YA 4FJ5A 3VQ7A 3TAMA 4DU4A 4FM0A 3NH2A 3VQ5A 3P83D 1NOZA 4XIUA 3EYZA 1SKSA 4CEOA 4CGJA 4DQIA 4KB0A 4DFMA 4KRFA 1O1WA 4HVJA 4CK3A 3LALA 4CGIA 3MXJA 1RBUA 4HTUA 3M8RA 4E7IA 1C0MA 4EP4A 3U3YA 1TKDA 1Q8IA 4CEFA 2Z1JA 4KI4A 2Q3SA 4W5NA 2E4LA 3L2VA 4PUOA 4Z4GA 4BWMA 2OPSA 3ZT4A 1S1TA 2ZD1A 3QEVA 3V4IA 3QIPA 2RF2A 1X9SA 4OLAA 1SL2A 4CJVA 1JLEA 3V81A 3QEPA 3AVHA 1WNSA 4AHUA 2FBTA 4FW2A 4NYFA 1J9AA 5C42A 3AVNA 3DYAA 3L2UA 4Q0BA 3AVMA 4ID5A 3SCXA 1JL2A 4YNQA 3QERA 3U3GA 1L3SA 4DQPA 4FLWA 1T8EA 1KCFA 3S3MA 4IFVA 1YTAA 3NF8A 4CJTA 3KD1E 3OYJA 4AHTA 1NKEA 4FK4A 3AVLA 5FRNA 1W9HA 2RPIA 4DTPA 4YFUA 2BE2A 3I0RA 4GMJB 4PA1A 4KHQA 4Z4HA 4FJ7A 1BCMA 1KFDA 4I7FA 4KV8A 4C8LA 3KKSA 3L3VA 3EY1A 4DG1A 3TANA 1WN7A 2BDPA 4FJHA 3CYMA 3MEGA 3ZT1A 3PX6A 2HNYA 3OYIA 4F8RA 2F96A 1WSEA 4KTWA 5FRMA 3HL8A 4LD0A 2OA8A 3HPHA 4KAZA 4I9QA 2ITGA 3DOLA 4B9LA 4M3RA 3HVRA 3I0SA 4FZYA 1CZ9A 1RDAA 4E7JA 2GBZA 3QETA 2DY4A 1NOYA 4OLBA 4B9SA 3TI0A 3VQDA 3WNHA 1D8YA 1KVCA 3ZSYA 1S1XA 3ZSZA 1HQUA 4FXDA 3HM9A 3L3UA 4KI6A 1A5XA 4CERA 1LAWA 5HLFA 1NJYA 5HBMA 2GUIA 5KI6A 2VWKA 4AILC 4RW9A 4KTQA 4CJLA 4DFPA 3P1GA 1U47A 4E7LA 3RMBA 4FJXA 4O0IA 4F2SA 1NJWA 1Z26A 4AHVA 4KHUA 3THVA 2VWJA 4B9UA 2AJQA 3VQ6A 4HHTA 1GOCA 1BHLA 1XWLA 3V1RA 1VSFA 1S1WA 3L2WA 4DTMA 3CM5A 3NDKA 3ASMA 3LP0A 4JS5A 1NK9A 3DRRA 3TWHA 4BWJA 3ALYA 3AVCA 3L8BA 1ASWA 3MXIA 4FYDA 4W5RA 3OYAA 3HYFA 1Z25A 3DLRA 4CJ5A 3RRHA 2VG6A 1D9DA 4ELVA 1IH7A 2DFFA 1C1BA 3KK2A 2KQ2A 3AA5X 4FJNA 4LSNA 3NF6A 2XHBA 4BACA 2ZE2A 3ZSWA 2Z1GA 4FM2A 3VQ8A 2D0CA 4OKEA 5KTQA 2ETJA 4FLXA 2JLEA 1HMVA 1TKXA 3QIOA 3M8QA 3WNFA 3ZSXA 1VSLA 4CHYA 4FJJA 1U4BA 1RT3A 1U48A 4CJKA 1BI4A 1VSIA 2D0AA 4OKJA 1HYZA 1TL3A 1MU2A 4CGHA 4OPKA 4DTNA 4E89A 2IDOA 3T1AA 2E6LA 4RW6A 2X6SA 3ZSRA 3PO4A 3AO4A 5HP1A 3DMJA 1J53A 1QHTA 3G10A 3VQPA 2X78A 2G8WA 3T19A 4M42A 4CFDA 2OPRA 2HMIA 3AO1A 2QK9A 1T05A 3TR8A 3K5LA 3C6TA 3CG7A 3OYMA 1S6QA 3V6DA 3SQ1A 5D3GA 1RDCA 3PO5A 4C8KA 3SPZA 3SJJA 3TABA 3DLHA 4HCCA 1EP4A 3LWLA 4O5BA 4J2EA 3HJFA 2G8IA 3K2PA 1KLMA 3M8PA 1VSJA 3VQQA 4W5OA 4LH5A 4HUEA 3SUPA 1UA0A 3CQ8A 4ID1A 2P5GA 3BDPA 4J2BA 2DTUA 2RKIA 1U45A 1U04A 3LZJA 5J2QA 1L5UA 1RT6A 4ZTFA 1IKXA 3AVGA 4BDPA 1BL3A 2RN2A 4KREA 2HHWA 3K58A 2HB5A 1KVBA 2A1RA 5HRPA 1YTUA 4PY5A 1C6VA 4OPJA 4FJ8A 2IAJA 2E6MA 3AO5A 4CIEA 4CJ4A 1RILA 3V9XA 3HSTB 4ZTJA 2PZSA 3VN5A 1RDDA 3QLHA 4BDZA 1EX4A 3I8DA 4M3UA 4Z4CA 2HVIA 4FJMA 1QS4A 1Y97A 1X9WA 3IAYA 3O4QA 4IFYA 4DSIA 4JS4A 1NJZA 1KRPA 2HHXA 2HHQA 3KLGA 3LP1A 3DRPA 4DFKA 4AH9A 4H4MA 1RT5A 2QKBA 3NFAA 3OS2A 4K8ZA 3HK2A 4FLYA 4DQRA 1BGXT 3QNOA 2PY5A 3S9HA 1TV6A 1QSSA 1QE1A 1REVA 2HNDA 1BI4B 4CGFA 3OS1A 3VQBA 3SZ2A 1VK0A 3NGYA 4Y1DA 3LPTA 4CIGA 1KTQA 4E3SA 4C8OA 1IO2A 2QKKA 1ASUA 1SL0A 1TKTA 2X74A 3UIQA 3AVAA 1WSGA 4KKOA 4CIFA 4CF2A 2FC0A 3CFRA 1IKVA 4CEDA 4DFJA 1B92A 2P1JA 1NK6A 4M3YA 1WLJA 1VSHA 3K5NA 3WNGA 4LSLA 3MAQA 1RTJA 3LAMA 3PY8A 2ATQA 1WAFA 4FM1A 3VQ4A 1TK5A 1D5AA 2YNFA 1TVRA 1JLQA 3OYLA 3VQAA 3F73A 3B6OA 2R7YA 3G0ZA 1WAJA 3AVKA 1DLOA 4DQQA 2B5JA 4EZ6A 4H4OA 1RTIA 3LPUA 4AHCA 3O4NA 4FW1A 3CFPA 3IS9A 5CZ2A 1ITGA 3SV4A 4L8RB 3K5MA 1A5VA 3AVIA 1LWFA 1RT2A 4CEZA 4NCBA 3VA0A 1KFSA 4GVMA 1C1CA 1JL1A 1JXEA 1JLBA 3KTQA 1Q9XA 4CFAA 1SUQA 2KTQA 4H8KA 4CJFA 5C24A 3O3GA 1DTQA 3KKRA 1GOAA 3V1OA 3NAEA 1NK5A 4BE0A 1QQCA 5CY4A 3ZSOA 2HHVA 1D9FA 3KD5E 3SQ2A 4DTXA 3RRGA 2XRIA 4KHSA 2DFHA 4OVLA 1TKZA 4CEAA 3SI6A 3ZT2A 3NH1A 1SL1A 4CJRA 2EX3A 5HRNA 3OS0A 3SQ0A 1LV5A 4FZXC 1DTTA 1C0UA 1YT3A 3HPOA 4IG0A 2Z1HA 3AVFA 1L3VA 4O44A 3PX0A 4FK2A 4OGCA 4DSKA 4DLGA 3KLFA 1RNHA 3ZSQA 2FBYA 3C95A 4KO0A 4RW7A 3SPYA 3VQ9A 1HRHA 2ZQBA 2OZMA 4DTRA 3MXMA 4OKKA 1X1PA 1HQEA 3NGZA 2G8FA 1S1VA 3C94A 5KGXA 3IRXA 1HPZA 3LP2A 4M3ZA 1IG9A 3K57A 4MQ3A 2EHGA 2HVHA 3DOKA 4FVMA 3NBPA 4AHSA 3ZT3A 1FKOA 3RR7A 1RBTA 1ZBHA 2XY8A 1KVAA 1BQMA 3AA4A 2DFEA 3RMAA 3KIOA 4DSEA 2G8VA 4CCHA 1XI1A 3V1QA 4E7HA 4DQSA 2BANA 4E1MA 1TAUA 1FKPA 3RR8A 4N41A 5HROA 2OZSA 3SUQA 3QESA 3AVBA 1UWBA 3NF7A 3KLHA 1LWCA 3HPGA 3TAGA 4RW4A 1IKYA 3OYKA 4FLTA 3NGIA 3V9SA 2HHTA 3ZSVA 3OYNA 1BIZA 1I39A 4N76A 3TAEA 3V9WA 1W0HA 3AO2A 1UOCA 3OJSA 3LANA 1RBRA 2OPPA 4CJEA 3OYCA 4B8CA 3NCIA 4DSJA 2VG5A 1WSFA 4CGGA 5CYMA 2D0BA 1CZBA 3TARA 4KHWA 1BCOA 4B9VA 3ULDA 4CHPA 1X9MA 2P51A 5CZ1A 5E41A 4DS5A 1WSIA 3TAPA 5J2PA 1HNVA 2VG7A 1VSMA 5KGWA 3E01A 4O0JA 1EKEA 1RTHA 4Z4IA 1I3AA 1FXXA 3MECA 3MEDA 3RTVA 3SYZA 4N47A 1QTMA 1VRUA 3RWUA 4M3XA 1NK4A 2YNIA 3SNNA 2HW3A 2HHUA 2HHSA 1RT7A 3PX4A 5JS1A 5CYQA 1JLCA 1EETA 2B6AA 4ELUA 3LDSA 5J1EA 1QSLA 1JXBA 3PV8A 3KK1A 4CJQA 1B9DA 1L3UA 1QSYA 2IC3A 1ZBFA 3LAKA 1BQNA 3VQEA 4DU1A 3HO1A 1ASVA 3F9KA 1HJRA 2KZZA 4RG8A 4M41A 4CF0A 2IS3A 2KW4A 1S5JA 2WONA 2YNHA 1RBSA 3ITHA 4CFBA 2LSNA 5HRSA 2PYLA 3K59A 3FFIA 1F21A 4FJLA 4NYNA 1CXUA 3PUFA 5EU7A 3LWMA 1HYSA 3CM6A 1B9FA 3LP3A 4FK0A 3AV9A 4WE1A 3B6PA 1NK7A 4CK1A 1JLFA 3KLEA 4Z4EA 4FJ9A 4CHZA 4CJ3A 3LZIA 1SKWA 3AO3A 4EP5A 3OJUA 1S6PA 4IG3A 4N56A 1NKBA 4CESA 4J2DA 4CE9A 3NE6A 4JRPA 1TGOA 5DK5A 3O3HA 4HUFA 1RT1A 4DS4A 3C6UA 2YV0X 2GV9A 3DRSA 4I2QA 3SUOA 4B9NA 3OYBA 2IGIA 3HP6A 3DI6A 4AHRA 2Y1JA 2YKMA 3AA2A 3D45A 3IG1A 4ELTA 4F3OA 5DMRA 4CGDA 3P5JA 3DLBA 1NK8A 4ICLA 4CHNA 1VSEA 3MEEA 2Y1IA 1LAVA 2P5OA 5FDLA 3EZ5A 3D0PA 2YHAA 1VSKA 3VQCA 3CFOA 4CF8A 2Z1IA 4NCGA 3HVTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BRDA 4M3WA 3RMDA 2OTJN 3OYGA 1SS6A 4IJNA 5SWMA 4Z4FA 3TAQA 1ATRA 1RTDA 3OYHA 1JCGA 3VEVA 4O55A 4BDYA 3BGRA 1RCHA 4IBNA 2HF4A 5JVGL 3V9UA 4KPYA 4CZGA 5SZTA 4H5WA 4IKFA 4IO9L 3CCSN 4C1NI 2W6KA 3ZCMA 2E2NA 2E8AA 3QBXA 2FBVA 2BGGA 2XY5A 1KSPA 3V9ZA 1JLGA 2G8KA 1LW0A 4IDKA 4H5RA 4TSXA 4KHNA 4FPBA 2E5LK 3SV3A 5M1QA 5BR8K 3DLGA 1BWFO 2P9SB 5M1FA 1M90O 3PIOL 3JYTA 2YNGA 2YKNA 4NCAA 4U67L 2HMPA 1ZBIA 2PBDA 3ZX2A 2KFZA 1N6QA 4BG9A 2KFNA 1WSJA 4E7KA 2ITMA 4GKKK 3HXMA 4BR9A 4DSLA 1CXQA 4CJWA 5EY4A 4JI3K 3DM2A 4GW6A 2E1YA 5AQRA 4HUGA 1M1KO 4JHDB 4Q5VA 3T3FA 2A1SA 4DF8A 5C25A 1C1AA 2QA4N 3QMLA 4OGEA 1T03A 4LH4A 3O08A 5M1KA 1U2VA 3WEEA 3MX2A 2O4IA 1A5WA 4CK2A 2CGLA 5J2MA 1VRTA 2QWLA 3WXIA 4ZHRA 2P9NB 3AA3A 1LW2A 5I42A 3ZETA 2XO7A 3CJ7A 1EQYA 4WQ4C 5AJ3K 4DTJA 4W5TA 4FWQA 5DM6L 4FLVA 3NH2A 3O9RA 4DQIA 3P83D 1QVFM 3CETA 4DFMA 4KRFA 3LALA 4CGIA 4E7IA 1TKDA 2D1KA 1JJ2M 2E4LA 1Q86O 3VF2A 3GG4A 1C0GA 3L6QA 3CC7N 3AGKA 2E2QA 3ZT4A 3P4IA 4K0KK 3AVHA 1J9AA 3AVNA 4Y0WA 3L2UA 2UUAK 3A5MC 4Q0BA 3AVMA 3HI0A 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 4BG8 A;  4PKG A;  1O13 A;  5AQS A;  3KLH A;  2VGM A;  1IKY A;  1R59 O;  1IBL K;  3OYN A;  4GY2 B;  4X62 K;  5C0Y A;  3H45 C;  1NGB A;  3OYC A;  4DSJ A;  2VG5 A;  4KHW A;  1DEJ A;  3TAR A;  1N36 K;  3E1Y A;  2F9W A;  3VOV A;  1J5E K;  3I55 N;  2GEM A;  5KGW A;  2YCH A;  3MED A;  3RWU A;  3HRG A;  4B3T K;  3CMA N;  5JS1 A;  1RT7 A;  3WT0 A;  1JLC A;  1EET A;  1YHQ N;  3LDS A;  3VGL A;  5FPM A;  3LAK A;  3VMF B;  1XQS C;  3HO1 A;  1ASV A;  5C10 A;  2CGJ A;  1HJR A;  2KW4 A;  1NGF A;  1RBS A;  5E84 A;  3F2K A;  2P9P A;  3FFI A;  2PYL A;  1F21 A;  1GLD G;  4BR7 A;  2RHK A;  3CC4 N;  3WUH A;  3B6P A;  4CK1 A;  5GIP A;  4CHZ A;  3WXJ A;  3W3D A;  2WBN A;  3DAW A;  4N56 A;  4ILH A;  1TGO A;  5DK5 A;  4WQ5 C;  3ZEU A;  2QWP A;  3SAF A;  2F9T A;  4B9N A;  3C65 A;  3VGK A;  3HM8 A;  1NGJ A;  4F3O A;  5DMR A;  3P5J A;  1NK8 A;  2P5O A;  3CFO A;  5BPN A;  3VQC A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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