3AO1A

Fragment-based approach to the design of ligands targeting a novel site in hiv-1 integrase
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
151
structure length
141
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPSMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Fragment-based design of ligands targeting a novel site on the integrase enzyme of human immunodeficiency virus 1
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Viral protein/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 52
structure length 141
sequence length 151
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ao1A00
3QEVA 3AVCA 1EXQA 1TKDA 1O1WA 2QXFA 3O4NA 2G8UA 3PY8A 1UAXA 4CK3A 4FJHA 4KTQA 3DLHA 1HYSA 4O0IA 2G8KA 4ELUA 2ZD1A 4CEZA 4CEQA 3QLHA 1JL2A 4B9VA 3VQ7A 3O4QA 4DTNA 3HK2A 4H4OA 4FLVA 4JS5A 4FYDA 4CF2A 3VQAA 4RG8A 3MEDA 3WNEA 3OS0A 1RBTA 2YNFA 1YTAA 1TAUA 3VQ9A 4I9LA 4CEBA 3LZJA 4O4GA 4N5SA 2HHWA 4HUGA 1NKBA 2Z1HA 4BDZA 3QNNA 3RTVA 3SUPA 3VN5A 4N76A 4DTMA 3AVFA 2KTQA 3QINA 4BWJA 1XC9A 2X78A 4KRFA 1RTDA 4ZHRA 1HQUA 3OVNA 4DTRA 4FJKA 3C95A 4CF9A 1QQCA 2FBTA 4MFBA 1FK9A 3SZ2A 1TGOA 1S5JA 3CQ8A 3PX0A 3OS2A 3V9SA 4OKEA 4O0JA 4IBNA 2GUIA 1UOCA 3AA5X 4F3OA 2AJQA 5KI6A 2OZSA 1LWFA 1FKOA 1SL1A 3D0PA 1QS4A 2O4GA 2BDPA 5D3GA 1KSPA 2VG7A 4CHPA 2OA8A 3DM2A 4DFJA 4M3XA 1VSKA 2RKIA 3LANA 3V1QA 5T7BA 4CHQA 4CGIA 4DTXA 1NK5A 1KCFA 1T7PA 4KHUA 1YVUA 4E7KA 4CCHA 1L3UA 4E7IA 4N41A 4CIEA 3ITHA 3NE6A 4DQPA 2KZZA 3AO4A 1KRPA 4RW6A 3CYMA 1JXBA 3C94A 1JLFA 3ZSWA 3TANA 4HTUA 3NGZA 1REVA 1GOCA 4N56A 5EU7A 2OZMA 2HHSA 1RBVA 2IOCA 1D8YA 2EHGA 1KVBA 2G8HA 1XHXA 3HM9A 3AO5A 4CHOA 4YFUA 4DLEA 4DU1A 4DF8A 2ETJA 5DK5A 2X74A 5DMRA 5JS2A 4IKFA 1NK9A 4G1QA 1FXXA 3VQBA 4HHTA 1XHZA 4ID1A 3QO9A 3AO2A 3KLEA 4QCLA 3DYAA 4IFYA 3ZSZA 4KAZA 1VSIA 4Z0UA 2D0AA 5K14A 4CJKA 1SKSA 1WNSA 3G0ZA 4IDKA 3LP3A 4XIUA 4DFMA 1S6QA 3QIOA 1X9MA 4CGHA 3CG7A 4FJIA 3VQDA 2RN2A 4F8RA 3NF9A 3VQ4A 4LH5A 1IKXA 3DRSA 4HVJA 1ZBFA 3PUFA 3SV3A 3BGRA 3VQQA 3SUNA 4K8ZA 4FLXA 2R7YA 3RMDA 5FRNA 4KHSA 1TL1A 5J2NA 1RDAA 4LD0A 1RT1A 3IS9A 4DU3A 1ZYQA 4FK0A 1W0HA 3TAMA 1S6PA 4CEEA 2DFFA 1Y97A 1Q8IA 4FW2A 5HRPA 3OS1A 1IKWA 1X9SA 1A5WA 1BHLA 3E01A 3AVLA 2X6NA 3I8DA 3JYTA 3VA0A 3KK3A 4DTOA 2OPPA 2G8IA 2BANA 2OPSA 2D0CA 4FJ7A 5KRTA 4Y1DA 1LAVA 3QERA 1ZBLA 3MXJA 4CEOA 2RPIA 3L2VA 3G10A 3QEIA 5KGXA 1QTMA 4M3TA 4B08A 4CJSA 3KK2A 4BDPA 4DSJA 1RTJA 4FJLA 4RW7A 1QHTA 1WAFA 1CXUA 3HPHA 3RMCA 3HSTB 2GBZA 3OYBA 3A2FA 4IG3A 3DLRA 3SPYA 4DS4A 4KFBA 1DTTA 4JS4A 1LWCA 3OYIA 1KLNA 1VK0A 4FW1A 4CHZA 1WSGA 4OPKA 3KLFA 3JSMA 1WLJA 3NDKA 3K59A 3TABA 1KFDA 4FJ8A 3WNHA 2KFZA 2I5JA 4PY5A 4F4KA 4FM0A 5I3UA 2HHQA 3NF8A 4Z4EA 2PZSA 3WNFA 3P1GA 3OYLA 4AHUA 3SUOA 1C6VA 4KV8A 1U48A 1RBUA 1JKHA 4O44A 2DTUA 1VSEA 2XHBA 3QEWA 1CLQA 3M8QA 4NCGA 2Z1GA 4KB0A 4DQRA 1JLAA 3DRRA 4M3RA 3LP0A 4CFDA 3QEXA 2OYQA 3SQ1A 4KHYA 1L3TA 1I39A 3LALA 2Y1JA 1WSEA 3V9WA 3ZSXA 1VSHA 1X1PA 2ZQBA 3NF7A 4LY7A 3KJVA 4CEAA 3CFPA 3S3OA 1TL3A 4HCBA 4CFCA 1IKVA 4CF8A 3K58A 2JGUA 4CHYA 1C0UA 1RTIA 2LSNA 1ZBHA 4LH4A 3L2RA 3P5JA 1HYZA 3FFIA 4KI6A 1S1VA 3ZT2A 1JLBA 1IO2A 4M41A 1CZ9A 3AVJA 4OLAA 4FVMA 4CF1A 4CGFA 3NAEA 3VQCA 4I9QA 4DFKA 4ID5A 2XY7A 3I0RA 4FZYA 1NK6A 1BL3A 4RW9A 3ZSYA 4KO0A 4DQSA 3T3FA 4KHWA 2O4IA 4O55A 4CJUA 1U45A 2HHVA 2KZMA 1RT6A 1RBRA 4C8LA 2YKNA 3V6DA 3HYFA 2WONA 1A5XA 2DY4A 1NK0A 4W5TA 2KFNA 3L2UA 3MAQA 1BQMA 4H8KA 4CJRA 4MQ3A 3AVGA 3LZIA 4J2EA 3DLGA 2HW3A 3V81A 3SI6A 1LWEA 3SQ2A 3B6OA 5C42A 1J5OA 2IDOA 3OYJA 4E7HA 3PO4A 4J2BA 3DMJA 4B8CA 3DLEA 3QETA 3U3GA 2YV0X 3DLKA 1QSLA 4HUEA 2HHXA 1GOAA 4J2DA 3AV9A 3AA2A 4I2PA 3HL8A 3O3HA 3F9KA 2GV9A 3HVRA 1D9DA 3HJFA 1QSYA 1Q9XA 4CEFA 1C1CA 4NYFA 2E6MA 1ASVA 1CXQA 5SWMA 3TI0A 3L2WA 1JLCA 4M3UA 3V1RA 3ZT4A 5J2PA 4FK2A 3OYAA 4AH9A 2F96A 4Z4HA 2VWJA 4F3TA 5I42A 1VRTA 3ZT0A 1R0AA 3OYNA 1NOYA 1LW2A 2YNIA 4CE9A 3V4IA 3PX6A 3M8SA 4GVMA 1G15A 3AA3A 3L3UA 5HRRA 1HRHA 3LWLA 3SJJA 1TK8A 3MEEA 3UIQA 4NCBA 2VG5A 4KPYA 1NK7A 3F73A 3KKRA 1S9GA 3OJUA 3SPZA 4M3YA 2DFEA 1N5YA 4ICLA 3KIOA 3ZT3A 2PYLA 3PX4A 5HLFA 3HT3A 5HROA 4CJQA 4DG1A 1QSSA 1BIZA 2KQ2A 3DRPA 3HP6A 3V9ZA 2IS3A 3S9HA 1RDBA 4OKKA 5FROA 3SNNA 4DSIA 2HNYA 3M8RA 1S1WA 4BACA 1Q9YA 1RTHA 4BDYA 2X6SA 4CERA 1S1TA 1LV5A 4OJRA 1HJRA 4M3WA 1RDDA 1TKZA 4KKOA 3ZSOA 2F8TA 1C0TA 4M45A 1NKCA 4M42A 2FBXA 5CYQA 3NCIA 2P5OA 4EZ9A 2YNHA 5J1EA 2FC0A 3O3FA 1TAQA 4CJVA 1HQEA 3LWMA 3K5LA 1RT5A 3NGIA 3RR8A 2IGIA 4TSXA 1IKYA 4F2SA 3RWUA 3OJSA 1B92A 1GOBA 3SV4A 4B9SA 1XWLA 3U6FA 4CJWA 4FLTA 2ITGA 4FZZA 1RNHA 4CFBA 3ZSRA 1BI4A 4F2RA 4CECA 4W5NA 5C24A 1RILA 3ZSQA 4CFAA 3OYMA 3AVHA 3P83D 4OLBA 2WOMA 4Q5VA 2PYJA 4L8RB 2IC3A 4IG0A 3MXIA 2XY6A 3KD5E 2E4LA 3KLGA 5HRNA 3TWHA 3VQEA 3C6TA 3V9XA 1VSMA 3AVNA 3VQ6A 1A5VA 2Z1IA 4DS5A 1J54A 3AVAA 5CZ1A 2HHTA 4CJEA 1SKRA 2IAJA 4H4MA 5CZ2A 4PQUA 1WSHA 1F21A 3D45A 4KTZA 4CJ3A 4KB1A 4CHNA 1K6YA 1LAWA 3NGYA 1JLEA 4FXDA 4PWDA 3OYHA 3LP1A 3AVBA 5CYMA 2QK9A 3C6UA 4K8XA 1NJYA 1ITGA 2OPRA 3K5OA 4CJ4A 1SL2A 4E7LA 3SCXA 4NYNA 4YNQA 2G8WA 1W9HA 2OPQA 3K5NA 4E3SA 3TAQA 4J2AA 2XY5A 4FK4A 4GMJB 3DOKA 3RMAA 2B5JA 4Y1CA 3OYGA 1I3AA 1DLOA 1WSFA 2A1SA 3CM6A 3NBPA 1HPZA 4RW4A 4W5OA 4E0DA 1TKXA 4OGEA 1YTUA 2BE2A 4CK1A 3CFRA 5JS1A 3MEGA 1J53A 3ASMA 1SV5A 1RT2A 1D9FA 1IG9A 4ELVA 4B8AB 1C1BA 4FJJA 3ULDA 4DSEA 1D5AA 2YKMA 4DQQA 5CY4A 4FCYA 3DLBA 4KHNA 4CJFA 1VSLA 1B9DA 2P5GA 4BE0A 4E19A 3LPTA 1BIUA 3QIPA 4O5BA 2HVHA 1LW0A 3HVTA 3QEPA 1U04A 3LP2A 3SYZA 2VWKA 4N47A 3AA4A 4KHQA 3LAKA 3OYKA 2NUBA 2P51A 4FM2A 1X9WA 4Z4IA 4GW6A 2FBYA 4FJGA 4B3OA 4B9LA 4E1MA 4C8KA 1B9FA 1S1UA 4PUOA 4DQIA 4OKJA 1WN7A 1SL0A 2B6AA 1WSIA 3ZT1A 1L3SA 4KI4A 2HNZA 1ASUA 4C8NA 3SUQA 3AO1A 1L3VA 4ZTFA 5J2MA 3ZSVA 1CZBA 4UQGA 3NH1A 2P1JA 1Z25A 4E7JA 1XI1A 1T05A 1DTQA 2HNDA 4FLUA 1JL1A 3OYEA 2E6LA 5KGWA 4DTJA 1KVAA 4QAGA 4Z4CA 4W5RA 1IH7A 1U4BA 1NK8A 3BDPA 1BI4B 4AHSA 3L3VA 1TK5A 5HBMA 1EETA 1TVRA 1FKPA 2Y1IA 4AHVA 4CIGA 1EP4A 3T1AA 3ISNC 4DF4A 3PV8A 1NKEA 2DFHA 4M3ZA 2FBVA 4HUFA 4CGGA 1BGXT 4BWMA 3S3NA 3CFOA 1Z26A 4CF0A 1UWBA 3TAFA 1L5UA 4B9UA 4ZTJA 3MXMA 4FLWA 2VG6A 1HYVA 4WE1A 3KD1E 1QE1A 1RT3A 5FDLA 2F8SA 4EZ6A 3HO1A 3I0SA 4CJLA 4FJXA 1TKTA 4JLHA 4CJTA 4DSFA 4CEDA 1ASWA 3PO5A 4CJPA 3RRGA 1J9AA 2B4JA 4BE1A 2A1RA 4Q0BA 2JLEA 3NF6A 4DFPA 3S3MA 4C8MA 1U47A 4B9MA 3KK1A 1EX4A 1YT3A 4OVLA 3K57A 4CK2A 3KLIA 5KRSA 4AHCA 4E1NA 3NH2A 2Z1JA 4DU4A 1BCMA 3MECA 4B9TA 4E89A 3H08A 4KTWA 2HHUA 3NHGA 3EY1A 5KTQA 4FLYA 4Z4FA 2G8FA 4I2QA 1T8EA 4JRQA 2KW4A 4I7FA 3TAEA 3RMBA 3B6PA 3LDSA 1NJZA 3QESA 3ALYA 3LPUA 4AILC 4QOZB 4LSLA 3OYDA 3KLHA 2XRIA 1S9EA 5E41A 3RRHA 2QKBA 1WAJA 3HP9A 3AVMA 4DWIA 4LSNA 3EZ5A 3SQ0A 4CGJA 4PA1A 1HNVA 1HMVA 1VSDA 3K5MA 3TAPA 3THVA 4ELTA 4RW8A 3L2QA 4B9NA 2G8VA 1C0MA 2D5RA 3VQ8A 5FRMA 3EYZA 3M8PA 4DTSA 2YNGA 1BISA 3NH0A 1BCOA 2QKKA 1TK0A 1RCHA 4FJNA 1SUQA 2D0BA 1KLMA 2XY8A 1VSFA 2XO7A 4DTUA 5J2QA 1TV6A 2EX3A 1ZBIA 1JLGA 2YHAA 3AVIA 1RDCA 3U3YA 3TAGA 4FZXC 4FJ9A 1ZBUA 3ZCMA 3TR8A 4AHTA 4FM1A 1RT7A 3AVKA 3HPOA 4IFVA 4BE2A 3QNOA 1SKWA 4EP4A 2ZE2A 3AO3A 3HPGA 4CIFA 3IRXA 5HP1A 1EKEA 3T19A 4DSKA 4CGDA 5SZTA 4KREA 1UA0A 3VQ5A 3V1OA 5HRSA 3L8BA 5C25A 4R5PA 1NJWA 4DSLA 1UA1A 1KVCA 4CESA 3HXMA 1RT4A 3KKSA 4FLZA 2ATQA 4DLGA 2HB5A 3DI6A 1HNIA 3OY9A 3TARA 4HCCA 4EP5A 4DMNA 3DOLA 4OGCA 4AHRA 1NK4A 1RBSA 3OYFA 1BQNA 3OYCA 1T03A 1N6QA 1C1AA 4DTPA 3NFAA 1NOZA 2PY5A 3CM5A 3O3GA 4Z4GA 4OPJA 1WSJA 4JRPA 3V9UA 4CJ5A 2Q3SA 3RR7A 3KTQA 2HVIA 3K2PA 1KFSA 2BGGA 1VRUA 3LAMA 4FJ5A 3VQPA 1JLQA 3VA3A 1JXEA 3SQ4A 3IAYA 1S1XA 2RF2A 3IG1A 4C8OA 1MU2A 4W5QA 1VSJA 2HMIA 4NCAA 1NJXA 2W42A 4FJMA 2YHBA 1U49A 3WNGA 1KTQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AVCA 1HX1A 3ZEUB 1O1WA 4B1WB 1TKDA 3EZWA 3DLHA 5FPMA 4O0IA 5LMNK 1HYSA 4GY2B 2ZD1A 1JL2A 1KQSM 3MEDA 1RBTA 4IOAL 3D6RA 2Q31A 3IFRA 1N34K 1NKBA 3O1WA 3MN6A 4H5TA 3RTVA 3SUPA 2Q1NA 4I6MA 3QINA 2X78A 4BROA 5TKYA 4BG8A 4CF9A 1YUWA 3FGUA 1S5JA 4FWOA 2V7ZA 5H1SQ 3V9SA 1KD1O 2FLOA 1P90A 4BC5A 5AQUA 4YOVA 1UOCA 1YXQA 2OZSA 4QS9A 1SL1A 1QS4A 2BDPA 2BTFA 4CHPA 3DXMA 1VSKA 5T7BA 4CHQA 4DTXA 3K9KA 1NK5A 3VESA 1DGKN 3M6GA 4HWIA 3KWIA 4BQLA 4O8UA 2KZZA 2CGLA 3CYMA 1JXBA 3L4IA 3QMLA 3EEQA 4HTUA 4K0KK 5EU7A 4FPAA 3QB0A 2CGKA 2NRZA 3TU5A 2G8HA 4CHOA 2FF3B 4IKFA 2ETJA 3T69A 2X74A 5JLFA 1NK9A 1FXXA 4MDAA 3DYAA 2FF6A 3ZSZA 4BR2A 1VSIA 2A42A 5K14A 4CJKA 1SKSA 4XIUA 1S6QA 1X9MA 3VQDA 3GE1A 4LH5A 3SUNA 1ZBFA 3SV3A 3CJ9A 1TL1A 5J2NA 3L6QA 4MO4A 4M3TA 1RT1A 3IS9A 3HBTA 4DU3A 1W0HA 3D2EB 4CEEA 4CZGA 1Y97A 5HRPA 3OS1A 1VQPN 3JYTA 3VA0A 2OPPA 4CZJA 1NU0A 2KHOA 4CI6A 4DB3A 4JI7K 5TKWA 2HBMA 3QERA 1ZBLA 2RPIA 3L2VA 5KGXA 1N8RO 4EFHA 2GWKA 4DSJA 1RTJA 1QZ6A 1CXUA 3TTFA 3RMCA 1OH7A 1GLAG 3OYBA 5AFUH 3A2FA 4IG3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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