3AO1A

Fragment-based approach to the design of ligands targeting a novel site in hiv-1 integrase
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
151
structure length
141
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPSMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Fragment-based design of ligands targeting a novel site on the integrase enzyme of human immunodeficiency virus 1
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Viral protein/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 52
structure length 141
sequence length 151
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ao1A00
2FBXA 4H4OA 2KZMA 4DQQA 3RMAA 2B5JA 4GMJB 4FXDA 2E4LA 3LZJA 2VWKA 3G10A 2P51A 3OY9A 3T1AA 3AV9A 3OYDA 1HJRA 1JLQA 3H08A 4Q0BA 2HHWA 4DQRA 3L2UA 4E7KA 4CK1A 4F3TA 2JLEA 1HQEA 3L8BA 1ZBLA 1RT1A 2G8KA 1S1TA 3OS2A 1KFSA 4EZ6A 5CZ1A 3T3FA 3V9XA 2HVIA 1LW0A 1TAUA 1LWCA 1UAXA 1RT5A 3L3VA 3HPHA 4O5BA 2OPRA 3VQ4A 3DI6A 4RW6A 5KGWA 4C8NA 3TANA 1J54A 2D0CA 1WSJA 3QIPA 4CEQA 4FLWA 3LPUA 3RRGA 3G0ZA 3CFOA 3LP1A 3K5LA 1RNHA 3AVBA 3OJSA 4DTPA 1LV5A 4NCGA 4RW7A 1XI1A 3V1QA 2GUIA 1S9EA 4BE1A 1VSMA 4LD0A 3OYHA 3K5NA 2ZD1A 1D9DA 5KGXA 1RBSA 2DFHA 3ZT3A 1BHLA 2HHQA 4KTQA 4DLEA 4OJRA 3VQDA 4FLVA 3PV8A 4BACA 1WSGA 2G8VA 4PWDA 1C0MA 3S9HA 1SKRA 4CJSA 1KTQA 2XY8A 1U4BA 4C8KA 2FBYA 3TAQA 1QSYA 4IFYA 4M41A 3KTQA 4K8ZA 4KRFA 3THVA 4W5RA 3AVAA 4HHTA 3VQQA 4OKKA 4CHOA 3QIOA 1ASVA 1HYVA 3E01A 3OYEA 4ZTJA 4B9NA 2OYQA 2XY5A 3C6TA 3V1RA 3EYZA 3QEPA 3VA3A 1RDCA 4IG0A 4FK2A 4KO0A 1T05A 3D45A 4CGHA 1I39A 5JS2A 1J53A 4CJWA 3MEDA 3VN5A 3SUPA 2HNYA 4CJEA 4MFBA 3L2QA 4J2AA 4ELTA 1F21A 4B3OA 4CEFA 4N56A 2KW4A 1WSFA 4NYNA 3QEIA 1FKPA 2D0BA 3TAFA 3MXIA 2OPPA 4DTRA 3NF8A 2VWJA 1IO2A 3NCIA 4DSIA 4UQGA 2Y1JA 2QKBA 4NCAA 4Z4GA 5JS1A 2I5JA 4DSLA 1VSKA 1KFDA 4E3SA 4FM0A 2XO7A 2IS3A 3QEWA 3RMBA 4DSJA 2Z1HA 4AH9A 1ZBUA 4DU1A 4CERA 4JS5A 3F9KA 1KLMA 3HSTB 1LW2A 1TVRA 3AVCA 3HJFA 1HQUA 4DTOA 2YNHA 3HM9A 1BISA 1NK0A 2O4IA 1L3UA 3LAKA 1TKZA 1TV6A 3WNEA 2QXFA 4DMNA 4KB0A 4M3WA 1JL2A 1ZBFA 1MU2A 3CFRA 2GBZA 5SWMA 2ZQBA 3CFPA 3HVTA 3ZT4A 1RTJA 2G8IA 4FK4A 3NDKA 2P5GA 4FZXC 2PYLA 4IBNA 1VSIA 2A1SA 1B9DA 4CGGA 1JXEA 3LWMA 3SPZA 4KHSA 1YT3A 3VQPA 3U3YA 1BL3A 3TAPA 1VSLA 5HRSA 3AO1A 4M3XA 4W5OA 1XWLA 1N5YA 4W5QA 3L2WA 2OPSA 5J2QA 2HVHA 1HMVA 1NKBA 1SKWA 3HPOA 4FJ5A 3PX6A 3O3GA 4Z0UA 3HXMA 4B9VA 4HTUA 4FW2A 4GW6A 1BQMA 3ZT2A 1CZBA 3DLEA 5KRTA 4CECA 3AO4A 4BDZA 4CE9A 1J5OA 4CIGA 3S3OA 4WE1A 3KIOA 4CJRA 2HNDA 3M8SA 2BGGA 3LALA 1CLQA 1QS4A 4CJQA 1RILA 5KRSA 5E41A 3ISNC 5FRMA 1C6VA 4DS5A 1BCOA 4DU4A 4XIUA 3OYIA 2YHBA 4ELUA 1R0AA 2IDOA 3ZCMA 4B9SA 3SQ4A 4Z4FA 3K58A 2RN2A 4MQ3A 4ICLA 5FDLA 4O4GA 2FBTA 2X6SA 2X74A 1WLJA 4DTMA 3SQ0A 4FJ7A 2DFEA 2HNZA 3DLGA 3VQAA 4CGJA 3VQCA 3AO5A 3LP2A 3LP3A 4FW1A 4KFBA 2WOMA 4R5PA 2VG6A 4F4KA 1EETA 2NUBA 3DOKA 3I0RA 1SL2A 4PA1A 3NGZA 1G15A 4FK0A 1RT2A 4E7JA 3NAEA 4HUGA 4CGIA 1IKVA 3V9UA 4BDPA 3OYKA 3OYLA 1JLBA 1ASUA 3T19A 1CXUA 1A5VA 3M8QA 4CF0A 4BDYA 1JL1A 4ZTFA 1JXBA 1W0HA 3ZSZA 4ZHRA 3DRPA 4CK2A 5J2NA 3KD1E 4B9TA 1NK9A 3KD5E 4FLTA 4FLUA 1WNSA 4DF8A 4M3YA 3ZSVA 1LAWA 4KV8A 1T7PA 4KTWA 2QK9A 1U45A 3P83D 1RBUA 2ITGA 1FXXA 4J2DA 1GOCA 5HBMA 3OVNA 2Q3SA 1X9WA 1ZYQA 4CIFA 1KRPA 4KTZA 4CESA 3HK2A 2G8UA 3B6PA 3HYFA 3MXMA 4F3OA 2BE2A 3SYZA 3K59A 1C0UA 3LZIA 2XRIA 4F2RA 1REVA 3NH1A 5CY4A 3VA0A 4AHVA 3M8PA 4B9LA 1RDDA 2YNFA 4DFJA 3OYFA 1TK8A 3QINA 1NJZA 4M42A 1X9MA 4DS4A 4GVMA 4EP5A 4FLXA 3ALYA 2HHSA 1QHTA 4W5TA 4FJNA 4K8XA 2HHTA 4OVLA 3DLBA 4Z4IA 3AVIA 4RW9A 4DTSA 1HNIA 2Z1IA 4CHPA 3NHGA 1NKCA 4DWIA 4J2EA 4LH5A 2E6LA 4CEBA 3L3UA 4CEDA 2W42A 1RBTA 1UOCA 1DTQA 3OS0A 5EU7A 1SL0A 3PX0A 1C1BA 2HHVA 4OKEA 3K57A 1SUQA 4AHTA 3BGRA 1GOAA 4DSEA 3SCXA 1D8YA 1KVAA 3PO4A 5HLFA 2E6MA 5T7BA 3SQ2A 3U3GA 4FZYA 4L8RB 4AHSA 2OZMA 4M45A 3QO9A 3QESA 1ASWA 1C0TA 1S6PA 2DFFA 4B8CA 4M3TA 4RW4A 5I42A 1ZBHA 3VQ6A 4Q5VA 1S1VA 3SJJA 1T8EA 3DM2A 2X78A 4DFPA 3NBPA 3JYTA 1RTIA 4E1NA 4CF8A 1IKXA 4FJHA 2B6AA 3CQ8A 1O1WA 1TAQA 4FM2A 4E0DA 1RBVA 4O44A 1BI4A 5HRRA 4O0IA 3I8DA 3F73A 4CHYA 1LWEA 2Z1JA 1YVUA 1BIUA 4FJGA 3DLKA 5CYQA 2R7YA 3S3MA 1BGXT 1NK8A 3VQBA 2HMIA 3HPGA 5K14A 3VQ8A 1JLGA 2DTUA 1JKHA 2IGIA 4AHRA 1D5AA 4B08A 3HT3A 1QQCA 3P1GA 3TAGA 2BANA 1RTHA 4RG8A 4M3UA 4DQIA 4DSKA 3QNOA 3DYAA 1WAJA 3RR8A 4KI6A 2YNIA 1DTTA 1HNVA 1RCHA 2GV9A 3NH0A 3KLIA 4I2QA 2A1RA 2IC3A 4JRQA 3RTVA 1NOYA 1QSSA 2PYJA 5HRPA 2KZZA 4CJVA 1WSIA 4AHUA 4CFDA 1NK7A 3IAYA 4BE2A 3O3FA 4HUFA 4PUOA 3K2PA 2Z1GA 3AO3A 3KLEA 4CK3A 2PZSA 4IKFA 4FJMA 2HW3A 1IKYA 2JGUA 1RT4A 1RT3A 3AVJA 4AHCA 1KSPA 1GOBA 1HPZA 1RBRA 1WN7A 5FROA 4E7HA 2ZE2A 2EX3A 4CGFA 4CF9A 4EZ9A 4CJFA 4I2PA 3KLHA 4BWMA 4YFUA 4I9LA 4DTJA 3QEXA 2IAJA 1S1WA 4DTXA 2X6NA 2O4GA 3PO5A 5C42A 1WAFA 4QOZB 3O4QA 4CCHA 1U48A 3ZT0A 4CFBA 1VSFA 3QERA 1LAVA 1L3SA 3ZSWA 4BE0A 3KJVA 4E19A 1S5JA 4Z4EA 4O0JA 4E89A 2XHBA 3QNNA 4CJ3A 4DTNA 3QEVA 1TKDA 4OPJA 3ULDA 1X9SA 2QKKA 3L2RA 4LSLA 4DFKA 3FFIA 3IG1A 3TARA 4CEOA 2B4JA 3VQ5A 1TK0A 2VG7A 3K5OA 3TWHA 1UWBA 4JS4A 2BDPA 2KTQA 5C24A 4CF2A 2F8TA 3ZSRA 4B9MA 3AA5X 4OLBA 4E7IA 1K6YA 4J2BA 3V9WA 4KI4A 1U04A 2IOCA 1ZBIA 1L3TA 3SZ2A 5J2PA 3HP9A 3IS9A 3HL8A 4FVMA 4CIEA 4YNQA 4IDKA 1KLNA 4F8RA 3P5JA 3VQ9A 3NH2A 3V4IA 1YTUA 1WSHA 1NKEA 4IFVA 3OYMA 1U49A 3V9ZA 4CHQA 3ZSYA 1EP4A 4HVJA 4KHWA 3C94A 1LWFA 4E1MA 4H4MA 3SQ1A 2HB5A 2KQ2A 1SV5A 4IG3A 4CJ5A 3DOLA 4G1QA 3V9SA 3MECA 3NF7A 2EHGA 3ZT1A 4CFCA 4ID1A 3ZSQA 4FM1A 3V6DA 1VSEA 2G8FA 1ITGA 4M3ZA 5FRNA 3KK2A 2OA8A 2FC0A 1NK6A 4Y1CA 1TKXA 3AVNA 3RRHA 1HYSA 1NK4A 5DK5A 1NJXA 4DU3A 3LAMA 1A5XA 1QSLA 1VRUA 1HYZA 1I3AA 1W9HA 3ASMA 3AO2A 2G8HA 3KKSA 3U6FA 3LANA 4CJUA 1VK0A 3LP0A 2D0AA 4OGEA 4FJ8A 4OGCA 3CG7A 3I0SA 1QE1A 1BIZA 4NYFA 1S1UA 1WSEA 3NGIA 3TABA 4N76A 5KI6A 2OZSA 4KPYA 3C6UA 1N6QA 1Q9YA 4TSXA 3ZSXA 3UIQA 3TAMA 4FYDA 3NF9A 1XHZA 2LSNA 3L2VA 2ETJA 2Y1IA 3IRXA 2RF2A 3MEEA 3HVRA 4E7LA 2PY5A 4CJTA 3SV3A 3KKRA 4ID5A 4FJIA 2KFNA 4KB1A 4CF1A 3OYJA 5DMRA 4OKJA 1CXQA 4JRPA 3CYMA 4QAGA 4FJXA 1JLFA 1X1PA 5D3GA 4FLZA 1UA0A 1UA1A 4KHQA 2KFZA 1FK9A 3RWUA 3SUOA 4QCLA 1C1CA 3TR8A 4OPKA 3OYAA 4AILC 2P1JA 3A2FA 4JLHA 3OYCA 3DLRA 1HRHA 3WNHA 4CEAA 3O3HA 4FZZA 3OYGA 1IKWA 3SNNA 3RR7A 3OS1A 2XY7A 5C25A 2F8SA 4DSFA 4KREA 4I7FA 4KHYA 1A5WA 1BCMA 1KVCA 1KVBA 3WNFA 3AVHA 3WNGA 3AVMA 4B8AB 3K5MA 3AA4A 3SV4A 1U47A 3SPYA 3SI6A 4Z4HA 4CJLA 1RDBA 3M8RA 3PX4A 5HP1A 4CGDA 4CEEA 1J9AA 3LDSA 3SUNA 4BWJA 4OLAA 5CZ2A 3AVKA 3NGYA 4CJ4A 4DF4A 2HHXA 3EZ5A 2WONA 1QTMA 3ZSOA 4FCYA 3BDPA 3RMCA 3AVFA 3AVLA 4CFAA 4I9QA 5CYMA 4W5NA 1KCFA 4M3RA 4FJ9A 1C1AA 1TL1A 1SL1A 4LY7A 1JLCA 1IH7A 1XHXA 2YKMA 4EP4A 3TAEA 1NK5A 4CEZA 2D5RA 1XC9A 1EKEA 4C8OA 3V1OA 1FKOA 3LPTA 3CM5A 1RTDA 3LWLA 3MAQA 4CJPA 4DTUA 1B92A 4RW8A 4F2SA 2YV0X 1IG9A 3OYBA 5I3UA 1EX4A 1Y97A 5SZTA 2DY4A 4Z4CA 1NJYA 4LH4A 4DQPA 3VQEA 3PY8A 1TL3A 1Z25A 3AA3A 3DRRA 3B6OA 3OYNA 4LSNA 1BI4B 1S6QA 4N47A 4CHNA 3RMDA 3C95A 4HCCA 1VSJA 2XY6A 1Z26A 3KK1A 1RT7A 2ATQA 3MEGA 5KTQA 1Q9XA 1CZ9A 1YTAA 1NOZA 4O55A 4C8MA 3EY1A 5J2MA 3TI0A 4KHUA 1Q8IA 1T03A 4N41A 1RT6A 4H8KA 4PY5A 3SUQA 3DMJA 4FJKA 1BQNA 4Y1DA 4DFMA 4HCBA 3NF6A 3S3NA 4FLYA 1EXQA 2RKIA 3QETA 1TGOA 1L5UA 4ELVA 3O4NA 1S1XA 3V81A 3AA2A 2G8WA 3PUFA 1S9GA 2RPIA 4FJJA 3CM6A 1TKTA 1B9FA 2YKNA 4KAZA 2YNGA 3ITHA 1VSHA 4DLGA 4KHNA 3KLGA 3HP6A 4NCBA 5HRNA 1DLOA 3JSMA 4CJKA 3D0PA 4DQSA 2OPQA 3DLHA 4FJLA 1VRTA 1JLAA 1D9FA 2YHAA 5HROA 3KLFA 1TK5A 2HHUA 3MXJA 3KK3A 4KKOA 4HUEA 4N5SA 2VG5A 4B9UA 3OJUA 4C8LA 1JLEA 3VQ7A 2AJQA 4PQUA 3DRSA 2P5OA 3HO1A 1SKSA 4CHZA 1NJWA 4DG1A 5J1EA 1L3VA 2F96A 2FBVA 3QLHA 3NFAA 1VSDA 3AVGA 1RDAA 3NE6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FBXA 1VQ7N 4DQQA 1VQNN 3NVKA 5AQMA 1VQLN 5KQDA 2PFUA 2HHWA 1XNRK 1V4TA 4CK1A 3BF3A 1K73O 1ZBLA 2UXDK 1RT1A 2G8KA 1S1TA 4EZ6A 1UAXA 2Q36A 5E26A 3VQ4A 3JS6A 3DI6A 4C8NA 3ZX2A 2UUCK 4XH5A 1K8KA 4CEQA 2HOEA 2F7TA 3K5LA 4RW7A 2YI1A 3I55N 1VSMA 5KGXA 2HHQA 1BHLA 3OTOK 5AQUA 4KTQA 4DLEA 4OJRA 1BDGA 1WSGA 4CJSA 1U4BA 1QSYA 4BR0A 4KRFA 4YHHK 2UUBK 3CERA 3OYEA 4ZTJA 4R79A 3C65A 4H0OA 4DR1K 3QEPA 4IG0A 4O8UA 3MX2A 4CVNE 2IVNA 3D45A 4CGHA 5IT9O 1I39A 3CC2N 3L2QA 4J2AA 4B3OA 1HPMA 3CJBA 4YORA 3TAFA 2OPPA 3CJ1A 3NCIA 3A5OC 4DSIA 2Y1JA 4NCAA 4Z4GA 1NGCA 5KPZA 4DSLA 1XMOK 5A2QO 1J6ZA 1HQUA 2YNHA 3NVMA 1BISA 2ZJPL 2O4IA 3ATUA 1L3UA 1TKZA 3WNEA 4KB0A 4DMNA 1VQ5N 2YHWA 2ZGYA 5AQRA 3I33A 5LY3A 1VQON 4B9QA 4NLBA 2G8IA 4FK4A 4BRIA 1VQ9N 4B1ZA 4IBNA 2E88A 4WQ4C 2O8DB 4GVEA 5HRSA 2NLXA 4W5OA 1QQNA 3L2WA 5J2QA 1N5YA 3A5MC 1R59O 4JKGA 3TU5A 3GDQA 5C2DA 3O3GA 4HTUA 4FW2A 3C0BA 4NO7A 4GW6A 5GIPA 3O9TA 1OH7A 4BVOA 3AO4A 4CIGA 3WXMB 4WE1A 4OX9K 2BGGA 1QS4A 5E41A 3ISNC 5JVGL 4JI0K 3IDHA 3K58A 4HWIA 3LDOA 4ICLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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