3AO1A

Fragment-based approach to the design of ligands targeting a novel site in hiv-1 integrase
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
151
structure length
141
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPSMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Fragment-based design of ligands targeting a novel site on the integrase enzyme of human immunodeficiency virus 1
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Viral protein/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 52
structure length 141
sequence length 151
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ao1A00
1ZBFA 3KLFA 2G8IA 1C6VA 3RRHA 1HNVA 3HVTA 1UA1A 3ZSYA 3T19A 2HHSA 2HHUA 3VQBA 4CJVA 3L8BA 3ZT0A 4CE9A 3SV4A 2E6LA 3SQ4A 1C0MA 1NJWA 2OA8A 3O3GA 1X1PA 2YNFA 4CERA 4DFJA 1NK5A 4C8OA 3VQAA 1KLMA 3LZIA 4NYNA 3NF7A 3LANA 3NE6A 2XY5A 1N5YA 3AVGA 3HPGA 3LP2A 2X6SA 4FLYA 1RTDA 4B9UA 1NKBA 2NUBA 1REVA 4YNQA 1BISA 3QERA 1G15A 1CZBA 4CJ3A 1NKCA 2HHQA 1A5VA 5C24A 2B5JA 1RTIA 2IDOA 4DSFA 4DSEA 1RBVA 1RT1A 3S9HA 3TANA 2YHAA 3IAYA 3L2WA 1A5XA 3KLIA 1S1TA 1T8EA 4OKKA 1KSPA 1BCOA 1U48A 3AA3A 3OYDA 4FLVA 4CJ4A 1JLGA 1SUQA 3OYLA 5HRRA 3VQ5A 1BQMA 1CXQA 1VSHA 1DTTA 3LP3A 4O44A 3SUPA 2ZE2A 3LAMA 3C94A 3SQ0A 4C8LA 2JGUA 3ZT4A 1C0UA 4LH4A 4E7KA 4F8RA 4JRPA 3AO4A 2DFHA 1C1BA 1T03A 2Z1HA 4LSLA 3V1OA 3M8RA 4F3TA 3AV9A 1RDAA 2G8FA 2IGIA 1B92A 4FJMA 1ASVA 4KB0A 3TAMA 2XRIA 4O0IA 4N41A 2Z1GA 3ULDA 3LWLA 4KKOA 2JLEA 1LAVA 2ZD1A 3DLHA 4DF8A 4LH5A 1S9EA 3HSTB 3TABA 2FBYA 2WONA 3NDKA 3P5JA 1Q9XA 2GV9A 3EZ5A 1S1VA 3SUQA 4CIEA 3HYFA 4M3ZA 1Y97A 3I0SA 4MFBA 1LAWA 1EP4A 1JLBA 4DTXA 2BANA 1IKYA 2ATQA 4JLHA 1RBRA 4UQGA 1XHZA 2YKNA 2YNIA 4I2PA 1O1WA 1HRHA 4DFPA 3PY8A 2OPPA 1JLQA 4FCYA 1BI4B 2DTUA 3MEGA 1R0AA 2D0AA 4Z0UA 1GOCA 3DLBA 4PY5A 3KJVA 2XHBA 4KHWA 2ITGA 4CJEA 4Z4EA 1U04A 2RN2A 3DLGA 3HP9A 1YVUA 3QEVA 3ZSOA 1X9WA 4DTJA 1TKDA 3KKRA 5HRPA 1S5JA 4Z4IA 3U3YA 1QHTA 2QXFA 4LSNA 4DTSA 4DTRA 1L3UA 2G8VA 3DMJA 1NJYA 4AHUA 1I3AA 1Q9YA 1LWFA 3T3FA 4YFUA 2HVIA 3V81A 2HHTA 1XWLA 2HB5A 1L5UA 1UAXA 4W5OA 3SQ2A 3LALA 4KV8A 2KZZA 1EKEA 1UWBA 5E41A 3IRXA 4BACA 3CFOA 4TSXA 3VQ8A 4NCAA 4CK1A 3M8QA 4CFAA 4OPKA 1NK8A 4JS4A 3KTQA 4J2BA 4L8RB 3K5OA 2KFNA 4RW9A 1KVCA 3U3GA 3HO1A 2RPIA 2B6AA 4CEOA 2XO7A 4O5BA 4CJWA 3MXIA 5C42A 1RBTA 2YKMA 4E7JA 1J53A 4AHRA 3V6DA 4GMJB 3ZSXA 4DMNA 2X78A 1IO2A 2A1SA 3ALYA 4FJGA 1SKRA 3AVCA 3DRPA 3F73A 3SPYA 1JXEA 4EP5A 4CGHA 1WSEA 4OKEA 1LW0A 3PUFA 4FLXA 5J2MA 3HJFA 1WAJA 4KHSA 2WOMA 4OLAA 4KRFA 4RW7A 3QEPA 3T1AA 1VSMA 4AHTA 4DTNA 4CJRA 4CF1A 2G8KA 3RWUA 2KQ2A 4FLTA 1TKZA 3QEIA 4KI6A 4C8NA 4E7LA 4FK0A 1C1AA 3QLHA 1U47A 3AVLA 2W42A 4FLWA 1TKXA 4M3XA 4M3TA 2O4IA 5C25A 4ZTFA 2P5GA 4FJHA 3ZSWA 4B9TA 1FKOA 3AO3A 1Q8IA 4ID5A 2HMIA 4EZ9A 4K8ZA 1J54A 1BI4A 3SQ1A 1BHLA 4CIGA 2VG5A 4EP4A 1L3TA 1YT3A 3L2RA 1NK6A 4Z4FA 4ZTJA 1ZBIA 4LY7A 3SUNA 4AHVA 4B9LA 5HLFA 1NK7A 1I39A 4CEFA 4OVLA 3L2VA 1VRUA 3ZSRA 3NAEA 4CJLA 1QSSA 4AILC 1WNSA 4I9LA 4O55A 4BE2A 4DQRA 1T05A 1ASUA 3OYIA 4CECA 1RNHA 3IS9A 2HVHA 3TAPA 1K6YA 4RW6A 1NK9A 4OPJA 3S3NA 4O4GA 4CFDA 4B8CA 3NFAA 2E4LA 3WNEA 3VQ7A 4G1QA 4CF8A 4BDZA 3VN5A 3NF8A 1Z26A 4FVMA 1KVAA 3O4QA 4CHQA 4DQQA 1SL0A 4FZXC 4BWMA 3OYBA 2I5JA 4KPYA 4JS5A 3AO2A 1BQNA 1SV5A 1TK0A 5KI6A 3TAEA 4FJ8A 3H08A 3RMDA 3FFIA 2RF2A 5HRNA 2D0CA 4FLZA 3O3FA 4IFVA 3I0RA 3TI0A 3WNFA 4CJ5A 3VQPA 1ZYQA 3LPUA 3KD5E 4I9QA 3OY9A 3IG1A 1JKHA 5J1EA 1IG9A 4FM1A 3DLRA 5KRSA 3QEWA 1EETA 1IKVA 1JL1A 4FZZA 1B9FA 1RBSA 2B4JA 2Z1JA 1D9DA 1HYZA 3D0PA 4F2RA 3MXJA 3O4NA 4ELUA 3AVFA 4J2AA 3DRSA 4W5RA 5DMRA 4DTPA 1S1UA 3QESA 5HP1A 4B9MA 3AVNA 4KHQA 3VQCA 4B8AB 3QNNA 2VG6A 4Q5VA 2F8TA 2IOCA 3KLEA 1YTAA 3UIQA 4W5NA 2A1RA 1RDCA 4M3RA 4CJPA 5HROA 1SL1A 1TAUA 4HUEA 1TVRA 2FC0A 4DLGA 1XC9A 4GVMA 1WSFA 3OVNA 4R5PA 1FK9A 2KZMA 3HP6A 4RG8A 3LDSA 3LZJA 2AJQA 1CXUA 1CLQA 2X6NA 3LPTA 1KFDA 4CJSA 1SKSA 3AA2A 4OGCA 4FJIA 4FJXA 2FBTA 1S6PA 3ZT3A 4IKFA 3CYMA 4CHPA 5FRMA 2O4GA 3U6FA 1ITGA 4J2EA 1ZBHA 4N47A 3AVHA 3CG7A 1RDDA 1C1CA 3QETA 4ICLA 1BIUA 3V1QA 3PV8A 4CEQA 1TV6A 2F8SA 1KCFA 2YNHA 3OS1A 1W0HA 1TAQA 5J2PA 2HNZA 3SZ2A 4B9NA 1VSLA 4BDYA 1FXXA 2XY7A 3QO9A 3OS0A 5J2QA 4HCBA 3WNGA 2D0BA 4RW4A 3SV3A 3V9WA 4DU4A 1TL1A 4JRQA 4DF4A 4B9VA 3PO5A 2XY6A 3V9XA 3K5NA 3RMCA 4EZ6A 3RR7A 1QE1A 1LWEA 2KW4A 4PA1A 3KLHA 4DS5A 1ASWA 1RILA 5KRTA 5KGXA 3HXMA 4GW6A 4N76A 3KLGA 4CGGA 1DTQA 1S1XA 4Y1DA 4CJKA 3MECA 4KTWA 4FLUA 2RKIA 4O0JA 4CGDA 4FJKA 4FYDA 4DFKA 4CHNA 4F3OA 4M3YA 1LW2A 2OPSA 4OJRA 2OYQA 4KREA 3DRRA 3SUOA 2BDPA 3B6PA 3AVMA 2DFFA 2VG7A 4CF0A 2IS3A 1JLAA 4ELVA 3VQEA 4Z4HA 3SJJA 1NKEA 4CHZA 2PYJA 3C95A 3OYCA 2BGGA 2X74A 3VQQA 4CGIA 3LWMA 4CCHA 1JLEA 1D8YA 3KK1A 4DSLA 1NK4A 3PX0A 3L3UA 3LP0A 2YNGA 1D9FA 1IKXA 3C6UA 5CYMA 3EYZA 3PO4A 1U49A 3AVKA 4PQUA 1HYSA 1WSJA 3QIPA 2Y1JA 2G8HA 4W5QA 3M8SA 2HW3A 3V9ZA 1A5WA 1UA0A 3MEDA 1JLCA 1SKWA 4FJ9A 4FK2A 3D45A 1GOAA 3AVIA 1VSKA 2Q3SA 4K8XA 4KI4A 4HVJA 4CGJA 3WNHA 1U45A 4FJ5A 1CZ9A 1WLJA 1VSDA 1WSHA 5CYQA 5K14A 5FROA 4PWDA 5JS2A 1L3VA 4DU3A 2EX3A 3QIOA 3KK3A 1RCHA 1BIZA 1W9HA 2IAJA 4H4OA 4CHYA 4AH9A 5SWMA 3TAFA 1NK0A 4E19A 1NJZA 3NH2A 4M41A 4DWIA 1X9MA 5EU7A 3G10A 1B9DA 4KO0A 4XIUA 4W5TA 3CQ8A 3SI6A 4CJUA 3QNOA 5FRNA 3DI6A 3RMAA 3TR8A 3SNNA 4DQIA 2F96A 3OYAA 3VQDA 3AA5X 3G0ZA 4NCBA 3OS2A 2QK9A 1EX4A 2XY8A 4AHCA 4N56A 4DTOA 3PX4A 4BDPA 3HT3A 4E0DA 3MAQA 4DSIA 4M3UA 3NGZA 4KHNA 1KVBA 3TWHA 2PY5A 1HQUA 1RT5A 3AVBA 1BCMA 3THVA 1MU2A 5KTQA 4CK3A 5JS1A 4CEBA 3OYHA 1RT6A 3TARA 5FDLA 3OYNA 4CHOA 2HNYA 4FJNA 4E89A 1HYVA 1JLFA 1HMVA 4WE1A 2HNDA 3LP1A 2FBVA 3P83D 2P1JA 3K2PA 4KTZA 4E1MA 4CESA 3QEXA 4FXDA 3RRGA 1EXQA 1RT3A 4I2QA 3S3OA 3NHGA 4QCLA 1VSFA 2VWJA 3VQ4A 1RT7A 4IDKA 3I8DA 3NH0A 2G8UA 4QOZB 4IG3A 3MXMA 4KB1A 1IH7A 2G8WA 4Z4GA 4FM0A 4C8KA 4DSKA 4FZYA 4CK2A 4HUGA 3ZCMA 2HHXA 2YHBA 2DY4A 3KKSA 1BL3A 5KGWA 3TAGA 4KTQA 4Z4CA 2DFEA 2ETJA 5I42A 1J9AA 2GBZA 4H8KA 2LSNA 1S1WA 4NCGA 3OYFA 3OYGA 2OZSA 1XHXA 4IG0A 1TGOA 5CY4A 4B3OA 1ZBUA 5J2NA 1X9SA 4OLBA 1RBUA 4HHTA 3SYZA 4I7FA 1TK8A 2FBXA 4PUOA 3AVAA 1KRPA 3JYTA 2IC3A 4M3WA 1L3SA 4CJQA 3MEEA 4N5SA 4CF9A 3CFRA 3V9SA 5HBMA 4J2DA 2GUIA 4DFMA 1SL2A 3P1GA 3BGRA 4FJLA 1JXBA 3LAKA 1HNIA 1C0TA 2E6MA 3JSMA 2QKKA 4HCCA 4FJ7A 4CJFA 5CZ2A 4FK4A 3K5LA 4B9SA 3KIOA 1FKPA 3HPHA 3O3HA 1U4BA 1J5OA 4FJJA 1S9GA 3A2FA 3L2UA 4RW8A 3V4IA 4M42A 1WN7A 3ISNC 3ZT2A 3TAQA 1QSLA 2P5OA 3L2QA 2YV0X 3AVJA 1KTQA 3PX6A 1QS4A 3NGYA 1NOYA 1TKTA 3NBPA 4HTUA 4ID1A 1S6QA 1WSGA 3QINA 4ZHRA 2D5RA 4H4MA 4OGEA 3VQ9A 3RMBA 5D3GA 4CGFA 2Z1IA 3AA4A 4DQPA 3C6TA 3DM2A 1DLOA 2OPQA 5SZTA 1JL2A 2P51A 4KFBA 1IKWA 4AHSA 3AO1A 3DYAA 3OJUA 3VA3A 3KD1E 1BGXT 4QAGA 4M45A 4C8MA 3V1RA 3OJSA 4IBNA 3NF6A 1TK5A 1LV5A 4DTMA 4B08A 3HL8A 3NGIA 1GOBA 4FW1A 4BWJA 3DLEA 3ASMA 2EHGA 4FW2A 3K59A 3F9KA 1WAFA 3HM9A 3HVRA 1QTMA 3NF9A 1KFSA 4MQ3A 4CIFA 2QKBA 3ZSQA 4Q0BA 1HQEA 1RDBA 3E01A 3OYEA 5T7BA 2HHWA 4DU1A 1UOCA 4E1NA 3CM6A 4DG1A 4CEEA 3L3VA 3K57A 5I3UA 3BDPA 1NJXA 4DSJA 4CFCA 4BE0A 2ZQBA 1F21A 3DOLA 1KLNA 2VWKA 3K58A 4FM2A 3DOKA 3RTVA 4Y1CA 4CEDA 3B6OA 5CZ1A 1RT4A 2Y1IA 2KTQA 4DLEA 3SPZA 4ELTA 1VK0A 2OZMA 1QQCA 4KHUA 3HPOA 3SCXA 4DQSA 3DLKA 4CEAA 4E7IA 3OYKA 2OPRA 3V9UA 3KK2A 1Z25A 3S3MA 3ZSZA 4F2SA 1VRTA 1VSJA 4CEZA 4E3SA 2HHVA 4DS4A 1T7PA 4CFBA 1HPZA 4HUFA 1LWCA 1VSIA 1WSIA 2PYLA 5DK5A 1RTHA 3ITHA 1N6QA 4F4KA 2PZSA 5HRSA 1ZBLA 3NH1A 1D5AA 4OKJA 4KAZA 3AO5A 3CFPA 4DTUA 3VQ6A 1RTJA 3K5MA 3EY1A 3HK2A 1QSYA 3OYJA 3CM5A 1RT2A 3M8PA 4CF2A 1TL3A 1YTUA 1VSEA 2R7YA 1NOZA 2BE2A 4NYFA 3ZT1A 4E7HA 3NCIA 4LD0A 3VA0A 3OYMA 3RR8A 3ZSVA 4BE1A 4KHYA 2KFZA 1HJRA 1XI1A 4IFYA 4CJTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ESVA 1VQLN 2G8IA 3C7NB 1C6VA 3RRHA 1HNVA 3HVTA 1UA1A 2P9IB 3O9TA 4JK9A 3SLCA 3L8BA 2P9UA 2E6LA 1NJWA 1T3VA 3O3GA 2D1KA 1X1PA 2YNFA 1LOTB 3VQAA 3NF7A 1N5YA 3AVGA 2O8EB 4FLYA 2OANA 4O5FA 4YDUA 2OTJN 3C6AA 1TYQB 2BH1A 1RTIA 3KHYA 4A5BA 3S9HA 1X3MA 1GLLO 1A5XA 5C2DA 1U48A 2HSTA 3T1HK 3OYLA 1JLGA 1W7AA 5HRRA 4O44A 2ZE2A 4X66K 3SQ0A 2JGUA 3ZT4A 3VTIA 3CCUN 5EXWA 3L0QA 4X62K 3DXKA 3AV9A 4FJMA 3MWTA 4V19S 4NLCA 2CH6A 2Z1GA 3QICA 1S9EA 3HSTB 2FBYA 3NDKA 3P5JA 4DCHA 4DR5K 3O80A 2P9IA 1K8KB 3I0SA 2BANA 3VERA 3PY8A 4FCYA 1W97L 2E2OA 5IT9O 1GOCA 3KJVA 2O8EA 2ITGA 4CJEA 1C0GA 3VF2A 1WB9A 5BN9A 1XUPO 1S5JA 4Z4IA 3A8YA 3U3YA 2E1ZA 4CBWA 1L3UA 3T3FA 1IBKK 5H1SQ 2HVIA 4W5OA 3DJCA 3SQ2A 4KV8A 5E41A 3IRXA 3CETA 4IZ9A 2QWNA 4TSXA 3MCAB 3M8QA 4CFAA 1NK8A 4J2BA 4ILHA 2KFNA 4RW9A 4AM6A 3U3GA 3HI0A 5I9EB 3IDHA 1K8AO 4DR7K 4BRCA 4E7JA 3VGLA 3V6DA 3ZSXA 4DMNA 5HOOA 2A1SA 3BP8A 1SKRA 2UXBK 3ZYYX 1JXEA 4EP5A 3NMUA 4CGHA 1WSEA 5JVGL 4FLXA 3DXMA 1D4XA 2FF3B 4DV5K 3HJFA 4RWTA 4IOCL 3QEPA 1WBBA 4DTNA 4C8NA 4EFHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1ESV A;  1VQL N;  2G8I A;  3C7N B;  1C6V A;  3RRH A;  1HNV A;  3HVT A;  1UA1 A;  2P9I B;  3O9T A;  4JK9 A;  3SLC A;  3L8B A;  2P9U A;  2E6L A;  1NJW A;  1T3V A;  3O3G A;  2D1K A;  1X1P A;  2YNF A;  1LOT B;  3VQA A;  3NF7 A;  1N5Y A;  3AVG A;  2O8E B;  4FLY A;  2OAN A;  4O5F A;  4YDU A;  2OTJ N;  3C6A A;  1TYQ B;  2BH1 A;  1RTI A;  3KHY A;  4A5B A;  3S9H A;  1X3M A;  1GLL O;  1A5X A;  5C2D A;  1U48 A;  2HST A;  3T1H K;  3OYL A;  1JLG A;  1W7A A;  5HRR A;  4O44 A;  2ZE2 A;  4X66 K;  3SQ0 A;  2JGU A;  3ZT4 A;  3VTI A;  3CCU N;  5EXW A;  3L0Q A;  4X62 K;  3DXK A;  3AV9 A;  4FJM A;  3MWT A;  4V19 S;  4NLC A;  2CH6 A;  2Z1G A;  3QIC A;  1S9E A;  3HST B;  2FBY A;  3NDK A;  3P5J A;  4DCH A;  4DR5 K;  3O80 A;  2P9I A;  1K8K B;  3I0S A;  2BAN A;  3VER A;  3PY8 A;  4FCY A;  1W97 L;  2E2O A;  5IT9 O;  1GOC A;  3KJV A;  2O8E A;  2ITG A;  4CJE A;  1C0G A;  3VF2 A;  1WB9 A;  5BN9 A;  1XUP O;  1S5J A;  4Z4I A;  3A8Y A;  3U3Y A;  2E1Z A;  4CBW A;  1L3U A;  3T3F A;  1IBK K;  5H1S Q;  2HVI A;  4W5O A;  3DJC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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