3AO1A

Fragment-based approach to the design of ligands targeting a novel site in hiv-1 integrase
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
151
structure length
141
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPSMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Fragment-based design of ligands targeting a novel site on the integrase enzyme of human immunodeficiency virus 1
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Viral protein/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 52
structure length 141
sequence length 151
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ao1A00
1J53A 3H08A 3AVAA 3VQEA 1KFSA 4IG3A 2PYLA 3I0SA 1IO2A 1QHTA 1LAVA 3VN5A 3WNEA 3NE6A 2YNIA 2HNYA 4M3UA 3IG1A 4K8ZA 4KHYA 1C0TA 3MEGA 5KGXA 1L3VA 4ELUA 3T3FA 1HPZA 4O44A 4HUFA 3OYCA 3V9UA 2G8HA 4FJGA 5HRNA 2O4IA 5K14A 4FLWA 3AVMA 4DU1A 3IAYA 2WONA 3HK2A 3VQCA 1S9GA 4FJ9A 4KRFA 3VQAA 1TAUA 1C1BA 1W0HA 3LP0A 1VSEA 1A5VA 2ZQBA 2YNHA 4FLVA 2OZSA 4E1MA 1C1AA 1JL1A 3AO3A 5CZ1A 2IOCA 1A5WA 3NH0A 4I2PA 3VQ7A 3PX4A 4F4KA 3HXMA 5T7BA 3QNOA 3SYZA 1NK5A 3JSMA 2YHAA 3B6PA 1NJYA 3OYBA 2QKKA 3AVLA 2RKIA 4F8RA 4AHCA 4DWIA 1RNHA 2GV9A 1TAQA 2RPIA 2QK9A 2IGIA 3B6OA 4W5RA 3SUPA 3VQDA 2HVIA 3VA3A 2BDPA 3KIOA 3LPTA 3L2VA 1HMVA 4M3RA 4CHPA 1N5YA 4OLAA 2VG7A 2VG5A 3AVFA 4IBNA 2ATQA 2X78A 1RTHA 4FJ8A 3BGRA 3KLIA 4HUGA 1BCMA 2XY8A 4FXDA 4B9SA 1RBVA 1C0UA 1HNIA 3AVJA 1ZBFA 5KI6A 5HRSA 3CQ8A 1RILA 4CE9A 2X74A 1QSYA 1Z26A 3CYMA 4ICLA 1BCOA 1MU2A 2ITGA 4GW6A 4DF8A 3TAPA 3HO1A 4O0JA 2BGGA 1SUQA 3ASMA 2IDOA 1BI4A 3P83D 1EX4A 4CEFA 3SZ2A 1VRUA 1WSEA 1VK0A 2Q3SA 3SQ2A 3SI6A 2OYQA 4CCHA 1GOCA 3DI6A 3KTQA 4FJHA 4M3XA 4KV8A 4CFBA 3HJFA 4GMJB 4M41A 3KJVA 3PV8A 3VQ8A 1RBSA 4CJQA 2F96A 3M8PA 3VQBA 3QO9A 1U45A 4CJFA 4FW2A 2Z1JA 3HL8A 4QAGA 1LWFA 4CEZA 1X1PA 3THVA 4KHWA 1J54A 3TAEA 4CHYA 3MAQA 3SQ1A 4I9QA 1EP4A 3KKSA 2P1JA 2G8VA 1LW2A 3HPHA 4NYFA 1LWEA 1NK8A 3LP1A 4ID5A 5HROA 3OYNA 3TAGA 3RMBA 3WNFA 4YFUA 2XRIA 3SV4A 1VSHA 4F3OA 4B8AB 4W5TA 4AH9A 1QE1A 5HLFA 2LSNA 4LD0A 5JS2A 4JRPA 3V9WA 3LWLA 4AHVA 1HYVA 4CGHA 5I42A 4ELVA 4RW8A 5J2NA 3F73A 2IAJA 2A1SA 4I9LA 3OYEA 1S1XA 3S3OA 3HM9A 4Z4FA 2HHVA 4CJSA 5D3GA 1UOCA 3MEDA 2Y1IA 1NOYA 3NF7A 4W5OA 3PUFA 3PO5A 1DTQA 3HP9A 4FK4A 3P1GA 1RBTA 3O3FA 4B9LA 2G8UA 4BE1A 1NK6A 4CJPA 2O4GA 2HHTA 5DK5A 4DTPA 3SQ4A 1XI1A 3QEIA 3RMCA 3ZSYA 3CFOA 4E7IA 1CZ9A 5FDLA 1RT5A 1T8EA 2HHWA 1G15A 4CGGA 4CHZA 4N47A 2EHGA 2OPPA 3NH1A 4HUEA 4Y1CA 4JS5A 3L2RA 3EY1A 5KRSA 1BQMA 3NCIA 2KZMA 1NJWA 4KHSA 2HNDA 4BACA 4K8XA 4FYDA 4KHNA 1KVCA 5C42A 4DF4A 4CFCA 1NKCA 4TSXA 3ZT3A 4M42A 1QSSA 4EZ9A 4RW4A 3QESA 4KHUA 3O4QA 4FJ7A 2YNGA 3OS1A 2KW4A 3LWMA 1ASUA 4O55A 3WNHA 4CEBA 1VSKA 5E41A 3OYDA 3RRHA 5KTQA 1S6QA 3ZCMA 1BISA 4FLTA 1TV6A 4BE2A 3AA5X 3UIQA 4QCLA 2XY7A 4CK1A 4DTJA 3OYIA 3QIPA 4KAZA 3ZT2A 2ZE2A 4B9NA 4C8NA 3BDPA 1NK9A 4NYNA 3OJSA 1HRHA 1TGOA 3AVNA 3NF9A 3D45A 5HBMA 4AHTA 2Z1HA 5J2MA 1NKEA 2DY4A 1I39A 1RT7A 5KRTA 4E3SA 1DTTA 5CZ2A 4DFJA 2HNZA 3TANA 3KLFA 3TARA 4CEOA 3NH2A 3QLHA 4ELTA 4CF0A 4RW9A 3SJJA 4PUOA 4CEQA 4CGDA 4FJXA 4W5QA 3L3UA 3OS0A 1RT2A 1JKHA 4ZTJA 4W5NA 4DSJA 2GBZA 4FCYA 4NCGA 1ASWA 4DS5A 2Y1JA 4DQIA 4KTQA 4DMNA 1YTUA 2FC0A 4CF8A 3AA2A 5J1EA 3L8BA 1ASVA 3AO2A 3S3NA 3PY8A 4CJUA 3HVTA 4J2EA 1HQUA 3MXIA 2X6SA 3ZSVA 4IG0A 3U3YA 4KKOA 2I5JA 2JGUA 3C6UA 4OVLA 4PQUA 2OPQA 3RR7A 4CECA 4C8LA 1BIUA 4CJRA 3QNNA 1VSMA 2YNFA 3KK1A 4DTOA 1NKBA 3RMAA 1JLFA 3ZT4A 3HPOA 1D9FA 1F21A 1RT6A 2VWJA 1IKWA 4FZZA 5I3UA 4E0DA 3V9SA 2DFFA 3OJUA 2EX3A 4DTNA 4FJ5A 1S1TA 1WSJA 1QQCA 3I8DA 3AO1A 3KK2A 4Z4EA 4DS4A 4MFBA 4E7JA 4C8KA 3DM2A 3LALA 3M8QA 2Z1IA 1WAJA 1A5XA 5FROA 4G1QA 1JL2A 4CESA 4CGFA 3OYGA 4QOZB 4OPJA 3ITHA 3KLEA 2XY5A 3L3VA 4BWJA 1U48A 1IKVA 3AVBA 3DRRA 2P5OA 4FJMA 3LZIA 4BDYA 4F2RA 2XHBA 4N41A 1SL0A 1VSDA 3AVIA 2IS3A 3QEWA 1S6PA 1C0MA 3C94A 3VQ4A 4ZHRA 3AA3A 3DYAA 1LAWA 1L3SA 4IFVA 1TK5A 4J2BA 4FLYA 2A1RA 1RDBA 1SL2A 1HNVA 3NDKA 5FRMA 3S3MA 3K2PA 4FJJA 4FZXC 3M8RA 5HRRA 4CJWA 4BE0A 4OJRA 4DLEA 4FLZA 2F8TA 2XY6A 4LSLA 4DSEA 2FBTA 4CGIA 1RDDA 1KSPA 3OYAA 3CFRA 3KLHA 2PZSA 4H4OA 4CHOA 3AO4A 4F3TA 1J9AA 3CG7A 3DRSA 1QS4A 2R7YA 1B9DA 1CXQA 2D0CA 3EYZA 1NK4A 1VRTA 1W9HA 1S1WA 1N6QA 4E7HA 4DTMA 3ZSXA 4FZYA 1YT3A 3V1QA 4Z4HA 2VG6A 1BI4B 2OPRA 5EU7A 2GUIA 3DRPA 1WNSA 1DLOA 1QTMA 1JXEA 4DTUA 1T7PA 3L2UA 4DLGA 1HJRA 1TKXA 4M3YA 1B9FA 2HHXA 1L3UA 1Q8IA 4OKKA 4J2DA 3RRGA 2JLEA 1RDAA 3KKRA 3TWHA 3DOLA 4DQRA 1I3AA 2WOMA 1CLQA 2KQ2A 4LH5A 3HSTB 3VQ9A 1RBRA 1NK7A 4FJIA 3V1RA 4Z4IA 3IRXA 1KLMA 1SKWA 4IDKA 3O3HA 4AHUA 2ZD1A 4HHTA 3SPZA 4RG8A 4FJNA 1HQEA 1XC9A 1L5UA 3ZSWA 3SCXA 3E01A 1SKSA 4HCCA 3PO4A 3MXMA 1WSFA 2FBYA 3DLGA 1R0AA 4CJLA 3AVHA 4DQPA 2HHUA 4DTSA 1BGXT 1BHLA 4B9TA 4Q0BA 3EZ5A 1GOAA 1IG9A 3I0RA 4E7KA 1NK0A 4O0IA 4BWMA 3HT3A 3QEPA 3NGZA 2BANA 3V9XA 4CJTA 3C6TA 3L2WA 1TK8A 2OA8A 5JS1A 2HHQA 4H4MA 1NJZA 1WN7A 3M8SA 4CJ4A 2G8KA 1BQNA 4CJKA 4Z4CA 4FM1A 4CERA 1U4BA 4M3TA 2RN2A 1KCFA 2IC3A 4DSFA 1JLEA 4JLHA 4CIFA 1VSJA 4CHNA 1T05A 3VQQA 1UA0A 3HYFA 3TAFA 4CJEA 3KD1E 3SUNA 3NF6A 5FRNA 2QKBA 3AA4A 3OY9A 2E4LA 3KD5E 1LW0A 3WNGA 4FK2A 4PWDA 1VSIA 4B3OA 3LAKA 3V9ZA 1SV5A 3C95A 4OKEA 5C24A 4CFDA 3QERA 1NJXA 2P51A 1HYZA 3S9HA 3LANA 4WE1A 1IKYA 1UAXA 3AVKA 3LPUA 4E19A 4FM0A 3V6DA 4KFBA 3G0ZA 1WLJA 4M45A 3OYMA 3U6FA 3V4IA 1YVUA 2YHBA 1C1CA 3PX6A 4FM2A 4CFAA 4KTZA 4NCBA 1RCHA 1HYSA 4C8OA 2AJQA 1XHXA 4I7FA 3JYTA 3OYJA 2HVHA 2B4JA 4O5BA 3D0PA 2ETJA 4KTWA 3VA0A 1LV5A 3PX0A 4DSIA 1TK0A 1RTJA 3ZSRA 3CM6A 1FKOA 3TI0A 1O1WA 1X9MA 4KB0A 4Q5VA 2BE2A 1ZYQA 4CJ3A 3DLRA 3OYLA 4DU3A 1SL1A 3OYHA 4B9VA 5CY4A 1EXQA 4KI6A 2G8IA 4DQSA 5SZTA 3NBPA 5C25A 3A2FA 1Y97A 1X9SA 3AO5A 2B6AA 3NAEA 1IKXA 3VQ5A 4ID1A 1EKEA 4CEDA 1BL3A 4EP4A 3AVCA 3ZSQA 3MECA 1S1VA 2DFHA 1SKRA 4CJVA 4AHRA 1QSLA 2KFNA 3KLGA 3F9KA 3G10A 1WSHA 3NFAA 2G8WA 4L8RB 1X9WA 1JLAA 1TL3A 1UA1A 4E1NA 1KTQA 2HMIA 5HRPA 4KREA 3SUQA 2KTQA 5CYMA 1FKPA 5HP1A 4GVMA 3DLBA 3QEVA 1JLGA 4Y1DA 2FBXA 3AVGA 1FXXA 1REVA 4UQGA 4DTXA 3HVRA 4DFMA 4CF2A 2FBVA 4HCBA 2YKNA 1U47A 4FLUA 1S5JA 2B5JA 3TAQA 3VQPA 1JLQA 1J5OA 3QEXA 1LWCA 3V1OA 4FJKA 4XIUA 4DSKA 3HP6A 1RT1A 4OLBA 1C6VA 4JRQA 2KZZA 3K58A 1YTAA 5J2QA 4B8CA 3DLEA 1KLNA 2P5GA 3NGIA 4Z4GA 1L3TA 1TKZA 5J2PA 1RBUA 4DSLA 4KB1A 2Z1GA 3VQ6A 4M3WA 3SPYA 3CFPA 3K5LA 5DMRA 3RMDA 2PYJA 1RT3A 2F8SA 2D5RA 4I2QA 1ZBIA 4J2AA 4LH4A 3U3GA 3P5JA 4BDPA 3K59A 4YNQA 3DMJA 1T03A 1RT4A 3CM5A 4PA1A 4IFYA 4DFPA 1GOBA 4B08A 4B9UA 4FW1A 1U49A 3V81A 3HPGA 4KO0A 1XHZA 3ZSZA 2D0BA 3QIOA 1KFDA 1WSGA 5SWMA 1VSFA 3OYFA 3NHGA 2XO7A 4AILC 3MXJA 2DTUA 4IKFA 1UWBA 2DFEA 4LSNA 4RW6A 1NOZA 4KHQA 1JXBA 3LP3A 4EZ6A 4AHSA 3K57A 4KPYA 3NF8A 2E6LA 4RW7A 4FLXA 4B9MA 3ZT0A 3RWUA 2YKMA 4CIEA 4N76A 1KRPA 2HHSA 5CYQA 1D8YA 4C8MA 1ZBUA 1VSLA 4OKJA 1Q9XA 1BIZA 1U04A 1S9EA 1WSIA 4N56A 4E89A 4M3ZA 1Z25A 1B92A 4FVMA 4DFKA 1RTDA 4LY7A 2KFZA 1TVRA 3FFIA 4CIGA 3LDSA 3KK3A 3LZJA 3ALYA 3ULDA 3QETA 1FK9A 4R5PA 4JS4A 1S1UA 1KVAA 1XWLA 2QXFA 2W42A 3RR8A 3OYKA 4FK0A 4CGJA 4ZTFA 4CJ5A 4OPKA 3OS2A 2G8FA 4HVJA 3T19A 1CZBA 1JLCA 3DLHA 3O4NA 3SV3A 3AV9A 2OPSA 4CHQA 4PY5A 5KGWA 1JLBA 4H8KA 4OGEA 2NUBA 2X6NA 1Q9YA 4DU4A 1KVBA 4N5SA 1TKTA 2YV0X 3IS9A 3L2QA 3K5NA 3RTVA 1CXUA 4E7LA 3MEEA 4OGCA 1WAFA 1K6YA 1RTIA 2VWKA 4EP5A 3ZT1A 3LAMA 4KI4A 3T1AA 3TR8A 3ZSOA 4NCAA 2D0AA 4CF1A 2E6MA 3OVNA 1D9DA 3ISNC 1ZBHA 4HTUA 2HW3A 4CEAA 3SUOA 3SQ0A 2OZMA 3K5MA 4CF9A 3O3GA 3DLKA 1ZBLA 1EETA 4FJLA 3TABA 3DOKA 3SNNA 1TKDA 3TAMA 4DQQA 3NGYA 4BDZA 1ITGA 3K5OA 4CK2A 4DG1A 2PY5A 2RF2A 4O4GA 1IH7A 1D5AA 4Z0UA 3LP2A 1RDCA 4CEEA 4MQ3A 1TL1A 3QINA 4DTRA 2HB5A 4F2SA 4CK3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JKFA 3H08A 3AVAA 3VN5A 3M5RA 4M3UA 4KHYA 1OH5A 3BEXA 1NGBA 4BR5A 3T3FA 1HPZA 1YAGA 2IVNA 2I7NA 4BRLA 3HK2A 3AVMA 5GAGP 4CBUA 1S9GA 4FJ9A 1TAUA 3KVGA 3A5NC 3VF6A 4NB4A 2OZSA 2ZWHA 4FOIA 1NGFA 1JL1A 3AO3A 5CZ1A 3NH0A 4BR4A 4I2PA 1RFQA 4F4KA 3HXMA 5T7BA 3JSMA 2P9NB 3B6PA 1NJYA 2HF4A 4AHCA 3VEVA 4DWIA 1WBDA 1J5EK 1TAQA 2QK9A 2IGIA 2E2OA 3KIOA 5EOYA 4CHPA 3E66A 3TTDA 2VG7A 1RTHA 3HZ6A 2XY8A 4FXDA 2GELA 5KI6A 2X74A 3R3LA 3SAHA 4HWIA 4ICLA 4GW6A 3TAPA 3EEQA 3HO1A 4O0JA 4LF9K 1BI4A 3P83D 3Q7BA 4IWVA 3VGLA 4WFAL 5LMUK 5CR4A 4CEFA 3SQ2A 1VK0A 4KV8A 4CFBA 4WQ4A 1H1VA 4CJQA 2F96A 3QO9A 1U45A 1GLJO 3ENBA 3TSUA 4FWNA 4CEZA 4KHWA 1K8KB 4NYFA 1LWEA 1RDUA 3R6MA 1QHAA 3WXMB 4JI7K 3TAGA 4OX9K 3WNFA 3SV4A 4F3OA 1BU6O 4JHDB 4W5TA 4AH9A 1YUWA 2LSNA 5JS2A 3V9WA 4AHVA 5J2NA 2ASMA 3F73A 3S3OA 2JWKA 4CJSA 1N36K 4W5OA 3PUFA 4JN4A 1RBTA 3O3FA 2UUCK 4FWRA 4B9LA 4ISEA 3FLCO 4CZIA 1NBWA 1KD1O 5JLHA 4DV3K 1SS6A 3EKSA 3UKUB 3QICA 4CGGA 5LL6Z 2EHGA 4Y1CA 3DXKB 1QQOA 2P9PA 3E9PA 3JXUA 3CJ9A 3QFPA 5C42A 1Y64A 1QSSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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