3AO1A

Fragment-based approach to the design of ligands targeting a novel site in hiv-1 integrase
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
151
structure length
141
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPSMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Fragment-based design of ligands targeting a novel site on the integrase enzyme of human immunodeficiency virus 1
pubmed doi rcsb
molecule tags Viral protein/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords POL polyprotein
total genus 52
structure length 141
sequence length 151
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ao1A00
4CJFA 4CFCA 1IKXA 4AH9A 3TANA 3TAMA 2OPQA 3LP3A 4CF1A 1TV6A 4FJKA 1B9DA 4J2EA 3CM6A 2G8UA 2HNDA 4DU4A 2OA8A 3V1QA 2RPIA 5DMRA 3WNGA 3WNEA 4FK2A 4CESA 1S9GA 4KI4A 4JLHA 1W9HA 2XY8A 5FRNA 2DY4A 1IKWA 3OYCA 3AVMA 3HPGA 1HRHA 4E7HA 4CGGA 4W5TA 3TWHA 2PYJA 3AO4A 2G8WA 3SV3A 1JLEA 3DOKA 1QHTA 1B9FA 3LAMA 3CQ8A 3MXMA 3HP9A 1RDCA 2ATQA 4FVMA 3ZSRA 3CFRA 3QEXA 1KRPA 4CCHA 3U6FA 1J5OA 4Z4HA 3K57A 4CEFA 1NK9A 1HYVA 1L3VA 4ELVA 1RT3A 2KW4A 4HHTA 4FZZA 4ID5A 2YNIA 3AVFA 4RW8A 3V9UA 4CHYA 4FM2A 3SZ2A 5I3UA 2X78A 4TSXA 3NH2A 3O3FA 4G1QA 5CYMA 3DLHA 4KI6A 1C0TA 3CYMA 3PX0A 1QQCA 4PWDA 1XI1A 3S9HA 3BDPA 4CEZA 1IO2A 4IBNA 1B92A 3AVKA 3E01A 1KVCA 1S6QA 4FJHA 3NF8A 1LV5A 3VN5A 3OYIA 5FRMA 4CFBA 3KK3A 2XRIA 4CJKA 1Q8IA 3PX4A 1FKPA 1NKEA 3M8SA 3SUNA 1JLAA 1RT2A 4FM1A 3PY8A 4F2RA 2F8SA 2G8VA 4OPKA 3KK1A 3LP2A 2XY5A 4FJMA 1RT6A 1VRUA 3ZCMA 4FJJA 1DLOA 4Z4GA 4M3YA 3ZSVA 3MEEA 1NJWA 4AHSA 4CEDA 1BCMA 1VSKA 4ID1A 3VQEA 4DS4A 1TKTA 3AA3A 3OS0A 4LD0A 1S1TA 1S1XA 2I5JA 2X6SA 3OJSA 1LW2A 4CJVA 3V9ZA 3SQ0A 1C6VA 1KLMA 1YTAA 4CEOA 1JLCA 5JS2A 1RDBA 4OGEA 4C8MA 4O0IA 4Z4FA 1NOZA 4FW1A 3AA5X 3PUFA 4EP5A 4Z0UA 4HCCA 3DLRA 4CK2A 4YFUA 4CJTA 2VWJA 1C1CA 2ITGA 3VQPA 1CZ9A 3H08A 1EP4A 4OVLA 1NK8A 1QSSA 4B3OA 2OPRA 4E3SA 4C8KA 1JL2A 3QIPA 3KK2A 2YNGA 4R5PA 4CJEA 4B9SA 4DQPA 3V81A 4ELUA 4Z4CA 3MAQA 3AA4A 4E1MA 4FLZA 2KTQA 1Z25A 1KVAA 4KHSA 5D3GA 5KGXA 2B5JA 4FCYA 2NUBA 2YV0X 4FYDA 3F9KA 3TR8A 4DTPA 1RCHA 3DLKA 3ISNC 3CM5A 4KTWA 1ZBHA 2HHWA 3VQ8A 3LDSA 1CZBA 1BCOA 3RR8A 1WSFA 3WNFA 3PV8A 1RDDA 1NKBA 4CECA 3AVBA 1X9WA 4W5OA 4OKKA 2G8IA 3JSMA 1LWCA 4KAZA 3LANA 3L3UA 4ZTJA 2E4LA 5CZ2A 3VQ4A 4F3TA 1GOBA 4DTRA 4WE1A 3AO2A 4FZXC 1ITGA 3JYTA 4FLVA 2DTUA 4CIEA 3NGZA 4DS5A 4CGIA 1D5AA 1UA1A 2G8FA 4EZ9A 1BHLA 3OYFA 4KPYA 3L2UA 2ZD1A 3OVNA 3QETA 1NJZA 2R7YA 4DTUA 1QS4A 3HPOA 1W0HA 1A5WA 4W5NA 4DLEA 3SI6A 1R0AA 3KLFA 3OYAA 4C8OA 2ZE2A 4NCAA 3LP1A 4KHQA 4PQUA 1VSMA 1L3UA 3RMCA 1QE1A 4KV8A 4E89A 1KSPA 3DLBA 3K5OA 2HMIA 4N47A 3QEWA 4DTMA 4JS4A 2IC3A 5CZ1A 3U3GA 3HXMA 5HROA 5C24A 1RTDA 2D0BA 3LPTA 4CIFA 4BE1A 4BDYA 2PZSA 4B9TA 4N76A 1NK7A 4GVMA 3SV4A 3TAQA 2HNZA 3QEVA 2KQ2A 5CY4A 3M8PA 2IDOA 4H4MA 2IS3A 4LSLA 1DTTA 3V9XA 2HHVA 1I3AA 3ZT3A 1HNIA 4E0DA 3OYNA 4C8NA 3RR7A 2OZSA 4CGFA 4LH5A 4OPJA 1JKHA 3SJJA 1WSHA 2E6LA 3VQ7A 4DSLA 4O5BA 4LY7A 1RBSA 3VQQA 4CE9A 3O3GA 2VG6A 3OYDA 3OYHA 3RTVA 4E7LA 2YKMA 4Z4IA 4JS5A 4DLGA 4M3WA 4CF2A 2DFFA 1HNVA 3HM9A 4FLUA 3AO5A 1S1WA 4DSIA 4FK4A 4KRFA 4FLXA 3LZIA 4DF8A 1N5YA 4K8ZA 3S3MA 3RMBA 3IS9A 4LSNA 3IAYA 1TKZA 4CJSA 2YNHA 2YHBA 3HSTB 2QXFA 1BGXT 3BGRA 3NF9A 4CJ5A 3VQ5A 1NK0A 4DTOA 1WNSA 1RDAA 2KZZA 4J2BA 3KTQA 3O3HA 4DQSA 3A2FA 2HHSA 4CFDA 5J1EA 5HRRA 1UOCA 1SUQA 1J9AA 1G15A 3K59A 3CFPA 1TK8A 3ZSXA 5C25A 3ZSYA 3G10A 3IRXA 4ZHRA 3NAEA 3TAEA 3QINA 3L8BA 4BACA 4Q5VA 3OYJA 1TGOA 1D8YA 2FC0A 2GUIA 4KFBA 1RNHA 3KD1E 1T03A 1UWBA 4OGCA 4H8KA 4QAGA 4H4OA 4F8RA 3LZJA 1A5VA 5EU7A 2KFNA 4CEEA 4F4KA 4MQ3A 1KTQA 1KVBA 4CF8A 1WN7A 3MEGA 4CJUA 3KJVA 4FJNA 5HP1A 1ZBUA 3OJUA 3FFIA 4UQGA 4HCBA 4OKJA 1TKDA 1HYZA 3DRPA 2FBYA 2XY6A 3I8DA 3MXIA 3C6UA 3QNOA 3LPUA 1NJXA 1BQMA 1X1PA 2YHAA 4MFBA 1WSIA 4NCGA 3G0ZA 4FJGA 2D0CA 4GMJB 4Z4EA 1C1AA 4DSEA 1RT5A 3QERA 3HL8A 4CF0A 4FLTA 5J2QA 4E7IA 3SUQA 1C0UA 4DG1A 4HVJA 4M42A 4QCLA 5J2PA 4HUEA 1EKEA 3VQAA 1T8EA 3RRHA 1YTUA 4CF9A 4N41A 3RMAA 2FBXA 3O4QA 3SPZA 1NK5A 2O4IA 1QSLA 3C95A 1JXEA 3D45A 1QSYA 1A5XA 5FROA 4DF4A 3AVLA 5KGWA 1RTHA 1BL3A 3ZSQA 4CHZA 4ELTA 2RF2A 4NYNA 4OLAA 4E7JA 1WAFA 4CJRA 4FLYA 1SKSA 4IFYA 4BDPA 4JRQA 4DFJA 3RRGA 4C8LA 1ZBIA 4FW2A 4FM0A 4CHPA 1VSEA 1ASUA 3ZSOA 1HQUA 4YNQA 1TAQA 3DI6A 4B08A 3NH1A 1TKXA 1RBUA 2DFEA 3AVHA 3SPYA 1VSDA 3V1RA 1NOYA 3UIQA 4CJ4A 3EY1A 3SQ2A 1J53A 3NF7A 3ZSZA 3QEIA 3RMDA 2P5GA 1BIZA 2Q3SA 2W42A 4AHRA 1VSFA 4KB0A 2OPPA 4BDZA 3QESA 3HYFA 3MXJA 1S9EA 4RW9A 3EZ5A 2A1RA 4L8RB 1RT4A 4ICLA 4O55A 1X9SA 2ETJA 1L5UA 4EZ6A 1UA0A 1T7PA 1KCFA 2JLEA 3WNHA 2KZMA 3SQ1A 1RBTA 1J54A 4I7FA 3OYGA 3M8RA 3PX6A 3TARA 4KHNA 1ASWA 1JLGA 3OYLA 3P5JA 1EX4A 2BGGA 2YKNA 3AVIA 3TABA 3DYAA 4RW4A 2DFHA 4KKOA 4B9LA 3D0PA 3OYKA 5E41A 4CGHA 4JRPA 5J2NA 4CHNA 2XY7A 4DTSA 5HRNA 4HTUA 3HO1A 4CEAA 3QIOA 3T1AA 3ZT0A 1IKYA 3SYZA 2P51A 3MEDA 3S3OA 2G8HA 5JS1A 4I9QA 4E1NA 4O44A 2XHBA 2HNYA 4I2PA 1BQNA 1S1UA 1WSEA 3SCXA 3VQ9A 1L3TA 4RG8A 2HHQA 1RT7A 2WOMA 4CEQA 1Q9YA 1L3SA 2X74A 3LALA 1VSJA 3O4NA 4AHCA 1LAWA 3HT3A 1TK5A 2OPSA 4CEBA 1SKWA 5K14A 3NGIA 4FK0A 4OKEA 2BDPA 4CHOA 4AHVA 3I0SA 3V4IA 4N5SA 3V6DA 4FJIA 1D9FA 5J2MA 1JLFA 1K6YA 3SQ4A 4IFVA 1KFDA 1TL3A 1NK6A 1BI4B 1NJYA 1EXQA 3KLIA 4FZYA 4DU3A 3KLGA 2HVIA 1CXQA 1U47A 1RTJA 5SWMA 2OYQA 4KB1A 1WSGA 3L2WA 1HJRA 2A1SA 3K2PA 1NKCA 4CJWA 3K5NA 3PO4A 5CYQA 1S5JA 3DOLA 1VK0A 1TK0A 5KI6A 3B6PA 4DFPA 4KTQA 4NCBA 3DLGA 5HRPA 3SUOA 4FJ8A 1HYSA 4B9NA 1Z26A 4PA1A 1IH7A 3V9WA 4DSKA 2GV9A 1EETA 3ITHA 2VG5A 2YNFA 3VA0A 4DTJA 4RW6A 2P1JA 1T05A 2QKBA 5HLFA 1TAUA 1JXBA 3C94A 2Z1GA 4M41A 1O1WA 2D5RA 2O4GA 4FJ7A 3TI0A 1KFSA 1D9DA 5KRSA 4DSJA 4BWMA 3NGYA 3NCIA 3QLHA 2RN2A 2Y1IA 3DLEA 4CERA 4PY5A 3DM2A 3HVRA 1VSLA 3AO3A 3KIOA 5HBMA 4CJQA 2BE2A 1VRTA 3LAKA 4B9UA 1RILA 2E6MA 2VWKA 2IAJA 4BE0A 3AO1A 4IDKA 2RKIA 1U4BA 2HVHA 2JGUA 4DMNA 4IG3A 4B9MA 3U3YA 4KREA 2Z1HA 3TAPA 5FDLA 2IGIA 3AVGA 1RT1A 5I42A 2BANA 5HRSA 4BE2A 3ALYA 3LWLA 3NH0A 1X9MA 1CXUA 1WLJA 1F21A 1S6PA 3LP0A 4EP4A 4F2SA 5KTQA 1BI4A 4W5RA 3HPHA 1MU2A 1U49A 3K5LA 4O4GA 4B8AB 1SKRA 1SL2A 1JL1A 2EX3A 3NBPA 1LWEA 4CK3A 3L2QA 4FJ9A 3VA3A 1CLQA 1GOCA 4M45A 3OY9A 2F8TA 4K8XA 4KHUA 4CFAA 2VG7A 2IOCA 3ULDA 4E19A 4IG0A 1U04A 4J2DA 4M3XA 1C0MA 2Y1JA 3KKSA 4RW7A 4CHQA 1XWLA 1FK9A 3OS2A 2B4JA 4NYFA 4I2QA 1JLBA 1BISA 3SNNA 4M3UA 2D0AA 1ZYQA 1LAVA 2GBZA 3HP6A 3LWMA 4HUFA 3S3NA 4DFMA 2QKKA 4B8CA 1SL1A 1U45A 1TVRA 3L2RA 1IKVA 3P83D 4I9LA 1RTIA 2FBTA 2X6NA 4DU1A 4N56A 3K58A 3TAGA 1FKOA 4FJXA 2HW3A 3V9SA 4Y1DA 4CGDA 4DQQA 3CFOA 3V1OA 4CJPA 1ASVA 2PYLA 1WAJA 3HK2A 5T7BA 2B6AA 3NF6A 4DSFA 4FJLA 4W5QA 4OJRA 5C42A 1VSHA 3PO5A 1RBVA 2F96A 3B6OA 4CK1A 1REVA 4CIGA 3ZSWA 2OZMA 3C6TA 3M8QA 3NE6A 2P5OA 3TAFA 3VQ6A 3HVTA 2HHUA 1Y97A 3KLEA 3QEPA 3L2VA 2FBVA 3AA2A 4Y1CA 3THVA 4DTNA 2WONA 4HUGA 3DRRA 4DQRA 1N6QA 4FXDA 3ASMA 2EHGA 1XC9A 3MECA 3EYZA 4BWJA 4B9VA 4OLBA 1XHXA 4J2AA 4FJ5A 1WSJA 4FLWA 4DWIA 1FXXA 4AHTA 3ZT4A 4DQIA 3P1GA 2Z1JA 3T3FA 1I39A 1S1VA 3NDKA 1C1BA 3L3VA 4PUOA 3ZT1A 3AVCA 3VQDA 2KFZA 3NHGA 3VQCA 3AVNA 4DFKA 3OYMA 2HHXA 5KRTA 1NK4A 3CG7A 4GW6A 4KHWA 1IG9A 3KD5E 3KKRA 4KO0A 4O0JA 2Z1IA 4M3RA 1Q9XA 1KLNA 4F3OA 2HHTA 4ZTFA 3DRSA 1BIUA 1LW0A 4CGJA 3HJFA 3QNNA 3VQBA 3KLHA 2QK9A 4CJLA 2G8KA 3AVAA 4Q0BA 4KTZA 4M3TA 1SV5A 3DMJA 3AV9A 1LWFA 1VSIA 4IKFA 3T19A 4AHUA 3SUPA 1JLQA 3QO9A 1XHZA 1TL1A 3F73A 2LSNA 1SL0A 3I0RA 5SZTA 5DK5A 1HMVA 3ZT2A 3RWUA 4QOZB 1DTQA 2PY5A 1QTMA 4AILC 3NFAA 4DTXA 3OYBA 4E7KA 3AVJA 1ZBLA 4KHYA 4LH4A 2AJQA 1HQEA 4M3ZA 3OS1A 1HPZA 1YT3A 1GOAA 2ZQBA 4CJ3A 1UAXA 2HB5A 3IG1A 1U48A 1RBRA 2XO7A 1YVUA 3K5MA 1ZBFA 4XIUA 3OYEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2IVPA 4AH9A 4I6MA 2OPQA 3BF1A 4FJKA 2Q97A 1B9DA 4J2EA 2G8UA 2HNDA 4DU4A 2OA8A 4IJAA 2DY4A 4KI4A 4JLHA 1W9HA 2XY8A 4YOYA 1WBBA 5FRNA 1IKWA 3TTDA 3OYCA 1HRHA 4FWOA 3ZLJA 4CGGA 2KHOA 4W5TA 1EQYA 4RCHA 5AQGA 3LAMA 4FOIA 3EL2A 3T69A 3ZSRA 3BY5A 3QEXA 4CCHA 1J5OA 4C1NK 1L3VA 1HYVA 1J5EK 2KW4A 4HHTA 3AVFA 4WQ4C 5IWAK 4FM2A 2UYTA 3NH2A 4KI6A 3CYMA 3J80O 2ZJPL 2QWRA 3E01A 4FJHA 3NF8A 4M7YA 4CFBA 3KK3A 4CJKA 1Q8IA 1NKEA 3SUNA 4FM1A 3SAFA 3MX5A 2G8VA 3D7EO 3SMPA 4DHYA 3ZEUA 4FJJA 4LD0A 5AQRA 3O08A 3SQ0A 2VWBA 2X6SA 1C6VA 1G99A 4PL7A 1YTAA 4OX9K 5JS2A 2V52B 1Z6RA 5AQZA 4C8MA 4Z4FA 4EP5A 3PUFA 2E2NA 1VQMN 4CK2A 4BRKA 1CZ9A 4OVLA 1EP4A 4B3OA 3KK2A 3ZYYX 3G25A 4LF9K 4B9SA 4Z4CA 3MAQA 2OTLN 5M1OA 4E1MA 2KTQA 1Z25A 1HNXK 4KHSA 2P9PA 2NUBA 4WFAL 1VQ4N 3ISNC 3CM5A 4KTWA 4BC5A 3LDSA 4DV6K 1RDDA 3AVBA 1X9WA 4W5OA 3LANA 5CZ2A 4F3TA 4WE1A 4FZXC 1NWKA 3MN7A 1UA1A 1XNRK 4KPYA 3L2UA 4FWNA 3DLLL 3OVNA 1QS4A 4DLEA 3KLFA 4LC9B 4KHQA 4DKWA 4KV8A 2BH1A 2HMIA 2HOEA 3TTFA 5CZ1A 3U3GA 1SZ2A 2D0BA 2ZWHA 4H0YB 4ISFA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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