3AO3A

Fragment-based approach to the design of ligands targeting a novel site on hiv-1 integrase
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
153
structure length
138
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Fragment-based design of ligands targeting a novel site on the integrase enzyme of human immunodeficiency virus 1
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Viral protein/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 49
structure length 138
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-09-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ao3A00
4FLUA 4AH9A 2X78A 3K57A 4F8RA 4KREA 2IAJA 4Y1CA 4FK0A 4BE2A 3TANA 3K5LA 1WSEA 4CHOA 4CK3A 2D0CA 4C8OA 4CHNA 2PY5A 2Y1IA 3LDSA 3DRPA 3DLKA 1RT5A 3OYEA 3V9UA 3BGRA 3AA5X 3I0RA 1TK5A 4M3RA 3KD5E 4AHSA 4CEZA 1XHXA 2KZZA 3OYKA 1IKVA 1GOAA 4ZHRA 2RKIA 5HBMA 4CERA 2ZE2A 1SL1A 4FM1A 1X1PA 4J2AA 1U48A 4H4OA 5KRSA 4M3XA 1Z25A 4CFDA 5FRNA 4DMNA 2F8SA 4CF0A 1UA1A 3AVFA 1QSYA 3M8SA 3CFOA 1NK0A 1FXXA 1RTJA 3ZSVA 1NK9A 2VG6A 1J53A 2P1JA 2Z1JA 2YV0X 3HVTA 3LP1A 4CJPA 1LV5A 2HHXA 1DTTA 4W5QA 2QK9A 1BQMA 4M45A 3HJFA 2OPRA 3T3FA 5HP1A 3OYDA 1VRUA 3WNHA 3D45A 3VQBA 4DTXA 4BWJA 3TAFA 5HLFA 1NK4A 2NUBA 1Q9XA 2IOCA 3ASMA 2QKBA 2Z1GA 3L2WA 1WNSA 1BQNA 2VWJA 4NYNA 4QAGA 5KTQA 3JYTA 3CG7A 1N5YA 4ELVA 4CHZA 1S6PA 5KGXA 4KHUA 3SCXA 5KI6A 3MXIA 1A5WA 1D9DA 1CXUA 3AO1A 4NCAA 3QINA 1L3UA 2ZD1A 4CGGA 1ZBHA 3MXMA 1TK8A 4QCLA 5SWMA 1F21A 4XIUA 2OPQA 4JS5A 1RDBA 1RNHA 4FJNA 3HT3A 3KLGA 3NCIA 2KZMA 1BL3A 1VSMA 4JS4A 1TKDA 1RBUA 4CJUA 1JXEA 4B9TA 4N47A 3MAQA 1UAXA 1BHLA 3QEPA 4O0JA 1HYVA 4CGHA 3F9KA 3OJUA 4N56A 4HTUA 2KQ2A 3O4QA 1TAQA 1D8YA 4LH5A 4W5RA 3RRHA 3OYFA 3DMJA 4DLEA 1TV6A 3AVJA 3KLEA 4N41A 2P51A 1WSFA 3HXMA 4DTJA 1D9FA 1U49A 4B9SA 2A1SA 3K5OA 5SZTA 1DLOA 4FK4A 1ZBIA 3SYZA 3CM6A 3EYZA 3S3NA 3L3VA 4FJKA 3V6DA 3T19A 4I9LA 3VA3A 1S9EA 4KHNA 4FLWA 4GVMA 4KO0A 3QEXA 1RCHA 4IG3A 5JS1A 3AO5A 1FKOA 3AA4A 3VQEA 4DWIA 4CIGA 4GMJB 4K8ZA 3M8PA 1QE1A 3KK2A 4KTZA 3T1AA 3ZSRA 4EZ9A 1L3VA 1T8EA 3DI6A 3KJVA 5J2NA 2IDOA 1XC9A 4O0IA 2E6LA 1NKEA 2G8WA 2KFNA 2O4IA 1JL2A 3RMCA 3VN5A 1WSHA 4DFPA 3PUFA 1I39A 1KLNA 2A1RA 3AO4A 5J2MA 4CJ5A 2E6MA 1KFSA 5E41A 1IKYA 1JL1A 3LP0A 1RT2A 1KVAA 3M8QA 3KD1E 2XO7A 4HCBA 1XI1A 4DSKA 4GW6A 4C8KA 3BDPA 4CGIA 4KHSA 1TAUA 4CCHA 4B8AB 2HHWA 4RW8A 3QNOA 4Y1DA 4IKFA 3ITHA 5CYMA 4KB1A 1L3SA 1HPZA 1YVUA 2XY5A 4B9MA 4B9UA 1BIZA 3EY1A 1NKCA 2HNDA 2KFZA 3LALA 1BIUA 2R7YA 3SQ4A 3THVA 4TSXA 3TAMA 4CEAA 3SV3A 1NK5A 4DSJA 3FFIA 1ITGA 1KLMA 1FKPA 4Z4GA 1BI4A 2Z1IA 4Z4CA 4AILC 3L2VA 1L5UA 4N5SA 3CQ8A 3TAGA 5J1EA 4ELTA 2DFHA 4AHTA 3LAMA 3ZSZA 3OVNA 1YTAA 3HL8A 4FM2A 2ITGA 3ZSXA 1S5JA 5KGWA 4PA1A 1CZBA 3KKSA 3L2UA 3IRXA 5HRSA 1QTMA 1J54A 1WSIA 3OYJA 2BDPA 4RW6A 4F4KA 3HSTB 1D5AA 3LPTA 4FW1A 4H8KA 3DLHA 2HW3A 2OPSA 3HYFA 5CYQA 3K2PA 3OYAA 4DFMA 3K5NA 4AHVA 1B92A 1SKSA 4CEDA 1Y97A 2IGIA 3NF7A 4CEBA 1HYZA 4FLZA 3OY9A 3AVMA 3VQPA 3IAYA 3QEWA 2Q3SA 1C0UA 4CGFA 3A2FA 2IS3A 4CEFA 1NOYA 1C0MA 4IFVA 3OS2A 3PY8A 1X9SA 3NF6A 4KB0A 1RTIA 3SPYA 3V1QA 4E1NA 4ELUA 2B6AA 4CK2A 4L8RB 1A5XA 1NJWA 4FLVA 2W42A 2RPIA 5CZ2A 3V1OA 5T7BA 3ZT2A 4CGJA 4DU1A 4DG1A 3V1RA 2YHAA 1QHTA 4CJSA 4CJ4A 3MEGA 4E7IA 3G0ZA 2YNIA 2KTQA 4Z4HA 1JLEA 3V9WA 2GV9A 2IC3A 4DSFA 4KHQA 5KRTA 1HJRA 1W9HA 3SQ2A 4FJGA 3U6FA 1NK6A 4BDPA 4M3WA 3AVAA 2YKNA 3LP2A 1J5OA 3TABA 4MQ3A 1RT7A 3OS0A 3AVCA 3KLFA 3SUOA 3VQ4A 3OYLA 1C1AA 3PO4A 4DTOA 1IO2A 1VK0A 2WONA 3QIOA 4CHQA 4DS4A 1HMVA 1WSJA 1X9WA 1VSFA 4LD0A 4AHUA 4AHCA 3D0PA 3C95A 1RDCA 2HHQA 2VG5A 3B6OA 1RT4A 3B6PA 1S1TA 5DMRA 4CJRA 4FLYA 3U3YA 1G15A 4KTWA 1UWBA 2HMIA 3HPOA 4DTNA 1HRHA 1KTQA 1VSEA 3DRRA 3ULDA 1BCMA 4RW7A 3RTVA 3SUPA 4J2EA 4OJRA 2P5OA 4ID1A 3QO9A 3ZSQA 2P5GA 1NJYA 2DFFA 3C6TA 4ICLA 3QETA 1RBRA 4O55A 4RW9A 3AVNA 3VQ5A 4DU4A 4DTPA 1RBSA 4FM0A 4Z0UA 4FJ5A 1HYSA 1SUQA 4CHYA 4CJWA 2QKKA 2E4LA 3OJSA 3V9ZA 1LWCA 2XY6A 4KPYA 1WAFA 2BGGA 4B3OA 4ZTJA 4EZ6A 2LSNA 2OA8A 1JLAA 3O4NA 1VSJA 4IDKA 4HHTA 1S9GA 4C8LA 5HRNA 3NGZA 4FJ9A 4O4GA 3ZT4A 3ZSOA 3NF8A 4LSNA 2FBYA 3K58A 1U45A 4PUOA 4CF9A 1C1CA 1TKXA 1C0TA 3O3GA 4FCYA 1TKTA 3EZ5A 5FRMA 4E1MA 1L3TA 2HHUA 2D0BA 1C1BA 1XWLA 2Z1HA 4FLTA 3DYAA 3QEIA 3QEVA 1LWEA 3O3HA 1KSPA 1LWFA 1VSDA 4NYFA 3RRGA 2VWKA 4J2DA 1S6QA 3DOKA 3ISNC 3NBPA 3KK1A 3NDKA 4B9LA 1J9AA 1ZBLA 3C94A 2HVIA 1YTUA 2DTUA 4CJEA 4E3SA 3SPZA 3HO1A 5K14A 1NOZA 5J2QA 3RMDA 4DSIA 3AVLA 3SQ1A 1T05A 1U47A 3ZCMA 1LW2A 2B4JA 3OYNA 4B8CA 3H08A 4DSLA 2X74A 2YHBA 4OPJA 3VQ9A 4HUGA 1I3AA 1REVA 4CF2A 3QLHA 5HROA 4Z4IA 1SKWA 1LAVA 4R5PA 1RBTA 3SQ0A 2FBXA 1NJZA 3AVHA 4F3TA 4KFBA 4M3TA 1ZBUA 4CFAA 4OKEA 4YFUA 1CLQA 4H4MA 1R0AA 4OVLA 2YNFA 1KCFA 5C42A 4JLHA 3OYHA 4KKOA 3NAEA 1VRTA 2KW4A 2G8FA 4KV8A 2XY7A 2XHBA 4FZXC 4DTRA 1EXQA 3VQDA 3U3GA 1A5VA 1W0HA 3LZIA 3SV4A 4BDZA 2GBZA 1SL0A 3MEEA 4FZYA 1SL2A 3WNEA 3VQ7A 2XRIA 2BANA 4C8MA 3OYCA 1IG9A 2D5RA 2HHSA 4CF1A 4OGEA 1X9MA 1KVCA 4BWMA 3UIQA 1EETA 4HUFA 3V4IA 5D3GA 3PO5A 2B5JA 3KKRA 3MXJA 2HVHA 3IS9A 3WNFA 5C24A 1K6YA 4W5OA 4G1QA 4OKJA 3OS1A 3PV8A 4M41A 3NGIA 2G8IA 3TAQA 4PQUA 2EX3A 3L2RA 4BE0A 4KRFA 1S1WA 1HQEA 4CJVA 3VA0A 1JKHA 1RTDA 1BGXT 5HRPA 3C6UA 1UOCA 4CEEA 4FXDA 4IFYA 1ZBFA 2OPPA 4FLXA 4E7JA 2QXFA 3HP9A 1HNIA 4O44A 3F73A 3CFRA 3HP6A 3SUNA 4KI6A 2HNYA 4KHYA 2YNHA 4DFJA 1FK9A 4IG0A 3ZT0A 2F8TA 1B9FA 1WAJA 1QS4A 1RDAA 4W5TA 1MU2A 1TVRA 3LPUA 4FZZA 3SI6A 4MFBA 4NCBA 1JLGA 1BISA 3AV9A 1TL1A 4F3OA 4FK2A 4FJ7A 3DLGA 1ASWA 5I42A 2X6NA 3RMAA 3DLBA 4CESA 4JRPA 3PX6A 4KAZA 3AVBA 3KLIA 1IKXA 4I2PA 1WLJA 4FW2A 3S3MA 3SNNA 2AJQA 4OGCA 4I9QA 3ZSYA 1QQCA 2ETJA 3L2QA 4DTSA 3VQQA 2YKMA 1RBVA 3PX0A 4DQIA 5C25A 4FVMA 3SUQA 3ALYA 5HRRA 1DTQA 3QESA 3AO2A 1VSKA 3P1GA 2WOMA 2F96A 4E19A 3AVGA 4EP5A 4E7HA 3TAPA 3KTQA 2GUIA 2FBVA 3NH0A 4DTUA 1LW0A 4DF4A 3LWMA 3ZT3A 1C6VA 1EKEA 4QOZB 3OYBA 4CIFA 3LP3A 1KRPA 3O3FA 4DQQA 4FYDA 4F2RA 2VG7A 5DK5A 4FJHA 4J2BA 4CJQA 3NH1A 4OPKA 3TI0A 4B9VA 1JXBA 3QIPA 3LAKA 4RG8A 1TKZA 3TWHA 3HM9A 4DFKA 2G8UA 4LSLA 1KVBA 3QNNA 4FJ8A 4Z4FA 2I5JA 5FDLA 4DTMA 3IG1A 1EX4A 4DS5A 1NJXA 1O1WA 4DU3A 2HHTA 3DLEA 3SZ2A 4E7LA 3QERA 3VQ6A 3K59A 2RN2A 3SJJA 4EP4A 1RTHA 4ID5A 4CJ3A 2PYJA 4DLGA 1ASUA 1RT3A 3KIOA 3P83D 4LH4A 3RMBA 1JLFA 3PX4A 2D0AA 3LANA 1XHZA 5I3UA 1Z26A 3HPGA 3ZT1A 3OYIA 1T03A 3E01A 3CYMA 1U4BA 3HVRA 4BE1A 1NK7A 3NF9A 1HNVA 1TK0A 4F2SA 3RWUA 3LWLA 1GOBA 2ZQBA 4BDYA 2HNZA 4KI4A 1S1VA 2BE2A 3TR8A 4FJMA 3HK2A 1JLCA 5CZ1A 1B9DA 3KK3A 3WNGA 4DSEA 1T7PA 2FC0A 1RT1A 3L3UA 4IBNA 1S1UA 2HHVA 3S9HA 3AO3A 3NGYA 2PZSA 4O5BA 3RR8A 3TAEA 4B9NA 1QSLA 4CGDA 4N76A 4JRQA 1CXQA 3NH2A 4DQPA 2G8VA 1S1XA 4HUEA 1SV5A 4PY5A 4FJLA 2ATQA 4CF8A 1BCOA 1Q8IA 4CE9A 1TGOA 4UQGA 2DY4A 4CJTA 4Q0BA 3DRSA 4Z4EA 1TL3A 1ASVA 5CY4A 3AVIA 4M3UA 4I7FA 4K8XA 3DM2A 3M8RA 3NE6A 3L8BA 1RDDA 2O4GA 4AHRA 3NHGA 3I8DA 3DOLA 3CFPA 2G8HA 1HQUA 4FJXA 4E89A 4CHPA 4RW4A 5J2PA 1RT6A 3AVKA 4HVJA 4BACA 4CJFA 4DQSA 2PYLA 3RR7A 4FJJA 4M3ZA 4M3YA 2X6SA 3MECA 4CEOA 1BI4B 1WSGA 4C8NA 3LZJA 3NFAA 4CEQA 1LAWA 1YT3A 1RILA 3AA3A 3KLHA 2OZMA 3TARA 1NK8A 2JGUA 2OZSA 4OLBA 3K5MA 4YNQA 4E7KA 5FROA 4W5NA 1VSLA 4I2QA 2JLEA 2G8KA 4FJIA 4HCCA 1JLQA 2EHGA 2FBTA 1GOCA 1WN7A 4B08A 1KFDA 4WE1A 3V9XA 1UA0A 1QSSA 1IKWA 1VSIA 3VQ8A 1SKRA 1IH7A 4LY7A 3JSMA 4E0DA 4CJLA 2RF2A 2XY8A 2YNGA 3CM5A 3G10A 3MEDA 4CECA 4KHWA 4PWDA 4OLAA 3OYGA 4M42A 3I0SA 3VQCA 1NKBA 5EU7A 1EP4A 4CFBA 4CIEA 1N6QA 3AA2A 3V9SA 3DLRA 3OYMA 4CJKA 4ZTFA 3VQAA 4CK1A 3V81A 2DFEA 5JS2A 3S3OA 4CFCA 1JLBA 4OKKA 1Q9YA 4NCGA 4KTQA 1VSHA 2OYQA 3ZSWA 2HB5A 1CZ9A 3HPHA 3P5JA 4DQRA 4DF8A 2Y1JA 1ZYQA 4Q5VA 1U04A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4AH9A 5AQPA 3K57A 3G25A 2F9WA 3K5LA 2VWBA 4DUZK 5M1NA 3DLKA 2OTLN 1TK5A 1MWKA 1QQOA 4M3RA 3KD5E 4CBWA 4BR4A 1IKVA 3ATVA 2FSNA 2ZE2A 1VQON 2DPNA 4Y0WA 4H4OA 4DKWA 4ISEA 4CFDA 4DMNA 1RGIA 3M8SA 3LM9A 1RTJA 3ZSVA 3DWLA 4GV6A 2VG6A 2YV0X 1LV5A 3A0IX 1DTTA 3C6HA 4W5QA 2QK9A 2FSKA 2W40A 3MWTA 1Q81O 3HJFA 2OPRA 5HLFA 1XNQK 2IOCA 2Z1GA 1BDGA 1BQNA 4EFHA 3JYTA 2UXDK 5KGXA 1QVFM 1J5EK 3SCXA 3LDLA 5KI6A 4H5WA 1CXUA 2ZD1A 3T7ZA 1N32K 2OPQA 1RNHA 1M90O 2KZMA 1VSMA 5GIOA 4JS4A 1TKDA 1JXEA 4B9TA 3QEPA 2EWSA 4DR5K 2E20A 1HYVA 2WTUA 4CGHA 1D8YA 3O4QA 3O8MA 4LH5A 3OYFA 4CZKA 1U49A 4DV0K 4CW7B 1DLOA 4FK4A 4AQYK 3S3NA 3L3VA 2UUAK 4KH6A 2QW9A 3VA3A 1HNXK 4BRKA 4KHNA 1C0FA 1RCHA 1FKOA 3AA4A 1TUUA 1XMQK 3QFPA 3IFRA 3O9TA 5BR8K 3KK2A 4EZ9A 1L3VA 3DI6A 2IDOA 4JKGB 2KFNA 3RMCA 1VQ4N 3WT0A 3GG4A 3AO4A 5DM6L 1JL1A 3LP0A 4DQ8A 4DSKA 3BDPA 4NO7A 4RW8A 5KPRA 4IKFA 2RE2A 4GVEA 2PAVA 3SQ4A 1XC3A 4TSXA 3TAMA 4X65K 4H0PA 1L5UA 3L2VA 3TAGA 2ZGZA 1YTAA 4FM2A 2ITGA 2UYTA 1S5JA 5KGWA 4PA1A 5AQHA 3IRXA 5HRSA 2WFBA 1J54A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4A2B A;  3A5M C;  3AO3 A;  3UE5 A;  4JK7 A;  3ZEU A;  3TAE A;  4B9N A;  4JRQ A;  2QA4 N;  2G8V A;  4BQZ A;  4G9Z A;  4HUE A;  1SV5 A;  3P31 A;  4PY5 A;  2UXB K;  2ATQ A;  2WC9 A;  4CF8 A;  5AR0 A;  5E26 A;  1N8R O;  4K41 A;  5CY4 A;  4M3U A;  1LCU A;  4K8X A;  1X3M A;  2VCP A;  3DM2 A;  3NE6 A;  4GKJ K;  1RDD A;  1NMN A;  3EKS A;  3CFP A;  4CZL A;  2A41 A;  3W0L A;  1RT6 A;  3AVK A;  3MK6 A;  4CJF A;  3A5O C;  3TTC A;  3MEC A;  3CD6 N;  2JWK A;  5LL6 Z;  3CME N;  1WSG A;  4DV6 K;  4CEQ A;  1LAW A;  1YT3 A;  1RIL A;  4CZE A;  2OZS A;  4W5N A;  1VQ6 N;  4JKE A;  3J80 O;  2JLE A;  2G8K A;  1XQS C;  2PBD A;  4HCC A;  1JLQ A;  1UA0 A;  3DXK B;  4B08 A;  4DV3 K;  2P9N B;  4WQ5 C;  3JSM A;  2RF2 A;  2XY8 A;  4KHW A;  5EU7 A;  1EP4 A;  4KH5 A;  2BUP A;  5JS2 A;  3S3O A;  3EE9 A;  1QQM A;  4I6M A;  4OKK A;  1Q9Y A;  4KTQ A;  3ZSW A;  3HPH A;  2A5X A;  5TKY A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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