3AO5A

Fragment-based approach to the design of ligands targeting a novel site on hiv-1 integrase
Total Genus 49

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
152
structure length
135
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGYSAGERIVDIIATDI
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYTI2 (78-81)S1 (60-68)TI1 (57-60)S2 (71-78)S3 (84-89)S4 (112-114)AH2 (124-133)TIV1 (67-70)AH1 (94-107)O1 (91-93)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Viral protein/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Fragment-based design of ligands targeting a novel site on the integrase enzyme of human immunodeficiency virus 1
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
total genus 49
structure length 135
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-09-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ao5A00
3LZJA 1TAUA 2X6NA 3DYAA 4CHOA 4M3ZA 2HNDA 3HT3A 3V6DA 1CLQA 1HPZA 1I39A 4LSNA 1T05A 1WSJA 3HL8A 3VQ5A 3T1AA 3PO5A 3AA2A 1JLAA 3HVRA 4AILC 4ELTA 3ZSOA 5K14A 2O4IA 3VQBA 2DTUA 3KK3A 3C6UA 1SV5A 3C6TA 4DLGA 5EU7A 3THVA 1JLBA 3KIOA 3NH0A 1IKXA 4CJRA 2XRIA 3OYEA 3I8DA 1J9AA 4JLHA 3DLBA 4K8ZA 5SWMA 3TAPA 2XY6A 3VQEA 1RDAA 1RT5A 4M3RA 2IDOA 3HP9A 3OYDA 1NK9A 5D3GA 3LPTA 2DFHA 4FCYA 3OYBA 1KFDA 1T03A 2YKNA 1VSDA 2FC0A 1XC9A 4CJTA 3DMJA 3G10A 3PV8A 1IKWA 4CHZA 1A5VA 3DLKA 3V9WA 2HHTA 3DRSA 4F2RA 4CK3A 3VQPA 4O5BA 3RMCA 2BGGA 2QKBA 3JYTA 3CFRA 3LAMA 1C1BA 2ZQBA 5SZTA 4BWMA 2HMIA 4E3SA 5KI6A 1A5XA 3L3VA 3OYKA 4I9LA 2IC3A 3P5JA 1JKHA 4BE0A 3VQAA 3OJUA 3HM9A 4JS5A 3QINA 4CFBA 4H4OA 4IKFA 1O1WA 2YNHA 3S9HA 1TAQA 1RT7A 5KGWA 2IAJA 1Q9YA 4KTWA 2PYJA 4DWIA 4NCAA 3CFPA 2F96A 4W5NA 3VQQA 1FXXA 3ZSWA 4DQRA 1WAJA 3TR8A 3QEWA 2X6SA 5DK5A 1I3AA 3TAQA 1LWFA 1RTIA 1EKEA 3QEXA 1CXUA 4Q5VA 3ZT3A 1Z26A 1NKCA 4BE2A 3KKRA 2KQ2A 2VWJA 2D0BA 3ZT0A 3TANA 4CERA 4CEOA 4FLVA 4E7LA 1C1CA 2YNFA 1ZBHA 4PA1A 1IKYA 1N6QA 4HCCA 4OPKA 3OJSA 4FJXA 1XI1A 1C0MA 2QKKA 1BHLA 4CJFA 4LY7A 4E7IA 2HNYA 3AA5X 3QETA 4F8RA 3AA3A 5KGXA 4DSLA 4NCBA 2KFZA 4PUOA 1QSLA 3NE6A 4CF1A 1U48A 3QO9A 3AVHA 1CXQA 3SPYA 1NOYA 2G8IA 3OYIA 4J2BA 2PY5A 2ZE2A 4KB0A 3K2PA 4CJKA 4LH5A 3VQ4A 4WE1A 3K59A 2QXFA 4DU3A 1S5JA 2IGIA 3VQCA 3ZCMA 2VG6A 3AVNA 3DOLA 4Z4GA 2HHXA 4W5OA 2DFEA 3UIQA 1YTUA 4FJJA 3ALYA 4DLEA 3VQDA 3TAFA 3NGIA 1TKZA 3DLRA 4FLYA 2O4GA 1Q9XA 1T7PA 3CG7A 4CGHA 1TK0A 2KTQA 3NDKA 4C8MA 4K8XA 3ASMA 4CE9A 4XIUA 1IO2A 1VSLA 3ZT4A 4CEBA 4CFCA 4B9NA 4C8KA 4NCGA 1C1AA 1XHXA 3HPGA 3AV9A 3NF9A 5CZ1A 3BDPA 1D8YA 3VQ7A 4FK2A 4KHWA 3V9ZA 3T19A 2HHUA 1VSHA 3QERA 4CJUA 4KHSA 1C0TA 2BANA 3MECA 2G8VA 5FRNA 3VQ8A 2EHGA 2AJQA 2HVIA 1JLQA 4OGEA 4HCBA 3NAEA 2F8SA 1B9DA 2WOMA 3ITHA 1NOZA 4AHVA 1S1XA 1TGOA 4N5SA 3MAQA 4Z4CA 1QHTA 3OYMA 3QNOA 3NCIA 3SUQA 3NFAA 1LW2A 3QNNA 2HHWA 3SJJA 4AH9A 4GMJB 2OZMA 4O44A 1HQEA 4KKOA 4FK4A 2ZD1A 1B92A 3DI6A 2DY4A 3ZSQA 4BDZA 4DF4A 1BGXT 3JSMA 3B6PA 2PYLA 1T8EA 1NK7A 2GBZA 4QCLA 4B3OA 3ZT2A 4DTUA 1JLEA 3CM5A 2A1RA 4FJKA 2YKMA 4DQPA 5CZ2A 2DFFA 2OPRA 4CJEA 1S1UA 4L8RB 2KZMA 3KK2A 2P51A 3B6OA 3RMAA 3MXIA 1NJWA 4Q0BA 1NK8A 4EZ6A 4DTJA 4CHPA 1JLCA 3U3GA 3TABA 4CGIA 2YNIA 3RR8A 3CYMA 1BQMA 3SUPA 1ASUA 3CFOA 4Z4IA 4CK1A 3V4IA 4FLXA 4N47A 4Z4HA 3OS0A 3NF6A 3KLGA 4DSEA 4LSLA 5HRRA 3M8SA 2FBXA 2I5JA 5CYMA 1RBSA 4FLZA 3QIOA 1SKWA 3ZSZA 4RW6A 4DFMA 4LD0A 1VSFA 3AO3A 3AVCA 3MEDA 4CHYA 4CECA 2E6MA 2FBVA 5C42A 3AVFA 5HRPA 5E41A 2YNGA 3V9XA 3K5OA 4AHUA 4CJ5A 1VSEA 1EP4A 5J1EA 1ZYQA 4CF2A 4FM2A 3VQ6A 3U3YA 1S6QA 3IAYA 4BE1A 1IH7A 1RTHA 1BL3A 1LAVA 1VSMA 3AO1A 2ITGA 5KRSA 2FBYA 4N76A 3L2WA 1RDCA 2Z1HA 3HP6A 4HHTA 3DLHA 4FZXC 1WSGA 1BIUA 1S9EA 2RPIA 5FROA 4B8CA 4F3OA 2HW3A 2HHVA 3NGYA 3OYAA 4CK2A 1X9SA 1JLFA 4CCHA 3SQ0A 1WLJA 2D0AA 1A5WA 2KZZA 1HYVA 1W9HA 3T3FA 3A2FA 3K5NA 4ID1A 1VK0A 4DFKA 3RMBA 4B9LA 3O3HA 1EETA 4W5TA 5I42A 4AHRA 1SUQA 1WSFA 5HLFA 1LAWA 3M8QA 3K5LA 1QS4A 3AVBA 3SCXA 5HROA 4OPJA 5HP1A 4CJWA 4DS4A 2W42A 3HJFA 2ETJA 1L3UA 1NK6A 3HXMA 4DFJA 3CM6A 4O55A 3WNEA 5T7BA 2P1JA 3NGZA 3IRXA 1TL1A 4CFAA 1TK5A 4Z0UA 2Y1JA 1MU2A 1BCMA 2VWKA 3CQ8A 3VN5A 3WNFA 1L3VA 4DTRA 2PZSA 4B9MA 4OVLA 3I0RA 4FVMA 2XY8A 4I2PA 5CY4A 3LAKA 1KLMA 2KW4A 4CEZA 3VA3A 1L3SA 2P5OA 4ELUA 4DFPA 1X9MA 4KI6A 4CJLA 1IG9A 1TV6A 3O3FA 3E01A 3HO1A 3SV4A 3LP1A 4EP4A 2IS3A 1GOCA 4N56A 5CYQA 3SZ2A 2OZSA 4Z4FA 4DTNA 1WNSA 4EP5A 1KVAA 1VRUA 4AHCA 2HHSA 1X1PA 1TKDA 2OPPA 3PX4A 3KTQA 3AVMA 1QQCA 1BI4B 3L3UA 3L2QA 3ZSYA 1BCOA 1G15A 4J2EA 3HPOA 1ITGA 4KV8A 1LWCA 1U4BA 1C0UA 3QEIA 1J54A 1SKSA 2KFNA 3L8BA 3EY1A 3DRPA 3V9UA 4O0IA 3NBPA 2LSNA 1S1VA 3TAEA 2RN2A 2ATQA 4PWDA 1YVUA 2HB5A 3AVIA 3KKSA 4MFBA 4KFBA 1QSSA 1BQNA 3LZIA 3RTVA 2YHAA 4FJGA 1RBTA 1S9GA 1UWBA 1FKPA 4R5PA 3KLHA 4W5QA 3K57A 4FLTA 4H8KA 3OYGA 2G8WA 1HRHA 2B5JA 3ZT1A 3KLFA 4FM1A 1S1WA 3SNNA 4DSIA 3AVJA 4DQSA 4I9QA 1ZBLA 1NJYA 2WONA 1SKRA 4AHTA 5I3UA 4CGFA 3K5MA 4KHUA 4M3TA 2OPQA 1TKXA 2B4JA 4KTZA 1JXEA 4FZYA 4FJ7A 4F2SA 3V1OA 2HVHA 5FDLA 1HQUA 3OYLA 3G0ZA 4KRFA 1BI4A 2YV0X 3S3NA 4M42A 3QLHA 1NKBA 3S3MA 3AVLA 3OY9A 3KK1A 3DOKA 1LW0A 3LALA 3OYCA 4DQIA 1VSKA 2G8KA 4F4KA 4IDKA 3KLEA 1TK8A 1XWLA 4O0JA 4IFVA 4OJRA 4CJPA 4W5RA 3OYFA 3NHGA 4KAZA 4KB1A 1HYSA 4PY5A 4O4GA 4KO0A 1FK9A 3AO2A 1L3TA 2R7YA 3LPUA 3RMDA 2G8UA 1VSIA 3M8PA 1NK5A 4FJHA 4FJ9A 1QE1A 4FJMA 3OYJA 2EX3A 2YHBA 1Z25A 1NJZA 5KTQA 4FK0A 1JL1A 4CHNA 4DU4A 1DTQA 1ZBIA 2HHQA 4E7JA 1TL3A 1GOAA 3MEEA 3SUNA 1D9FA 4OLAA 2X74A 4ID5A 1IKVA 3PO4A 3HK2A 1R0AA 2VG5A 1WSIA 4B9UA 3P83D 4E0DA 2BE2A 2Z1IA 1LV5A 3RR7A 4FJNA 3V1QA 4CF8A 4CHQA 1NJXA 4M3YA 4FJIA 1WSEA 1WSHA 1WAFA 4FJ5A 2D5RA 4GW6A 1Q8IA 1VSJA 2F8TA 4B08A 1EXQA 1RCHA 4KHNA 4NYNA 1ZBFA 2RKIA 4C8NA 3MXJA 4DG1A 3NF8A 1J53A 3SI6A 1QTMA 3O4QA 4NYFA 3L2UA 1JL2A 3OYHA 4AHSA 4E1NA 3WNHA 1KLNA 1ZBUA 4KHQA 2HNZA 3ZSRA 1KSPA 2A1SA 5J2NA 1RBUA 2X78A 3H08A 4IG3A 4Y1DA 3D0PA 4Z4EA 3V9SA 3LDSA 3VQ9A 2P5GA 1F21A 4TSXA 1KTQA 1GOBA 1D9DA 1UAXA 4OGCA 1XHZA 2GUIA 4CF0A 4FLWA 4FZZA 2XY7A 2G8HA 4M3WA 2JGUA 2IOCA 3ZSVA 3M8RA 1ASWA 2FBTA 2RF2A 3P1GA 2XO7A 2XY5A 1RILA 3SV3A 1HNVA 3TWHA 3V81A 3SQ1A 4CJ4A 1J5OA 3LP0A 4CJSA 3QIPA 3L2RA 3L2VA 1TVRA 4EZ9A 4DTMA 1NK4A 4BWJA 4DQQA 3PY8A 1RBRA 1QSYA 4QAGA 1W0HA 1RNHA 4B9TA 2BDPA 5DMRA 4E1MA 3HSTB 4FJLA 1RT3A 4Y1CA 1B9FA 1HJRA 4JS4A 2JLEA 2OPSA 4DS5A 4HVJA 3KJVA 4RW9A 3MXMA 4GVMA 4DTXA 1SL0A 3VA0A 1JLGA 3TAGA 1Y97A 4CIGA 3TAMA 4IG0A 4FJ8A 1C6VA 4CJQA 4DSJA 1HMVA 4ZHRA 3KD1E 1TKTA 3NF7A 4M45A 3F73A 4F3TA 4CEDA 5C24A 1LWEA 3EZ5A 4BACA 3PX0A 1L5UA 3SQ4A 4DSKA 4FW1A 4E89A 1EX4A 1U47A 4B9SA 1KVBA 3EYZA 3DRRA 3TI0A 4FXDA 2D0CA 3FFIA 2OYQA 1U45A 3AVGA 3ZSXA 1K6YA 1RT4A 4C8OA 3MEGA 4CEEA 4CGJA 1JXBA 4N41A 3OS1A 1DTTA 1RT6A 3QEPA 3LWLA 4FW2A 3AVAA 2Q3SA 1RTDA 3DM2A 4C8LA 2E4LA 4E7HA 1U49A 2Z1GA 3AA4A 3LANA 3LP3A 4E19A 4J2DA 4JRQA 4DU1A 1ASVA 5C25A 3O3GA 3AO5A 4HTUA 3IG1A 4RG8A 2OA8A 5J2QA 4CGDA 4B8AB 4CF9A 1U04A 3C94A 1UOCA 3LP2A 4CJVA 4CEQA 2QK9A 4IFYA 3TARA 1BISA 4JRPA 3SUOA 4BDPA 3NH2A 1DLOA 3F9KA 3OVNA 1KCFA 3V1RA 3LWMA 3RRHA 1RTJA 4DTSA 1CZBA 3I0SA 1WN7A 4ZTJA 3HPHA 1CZ9A 4HUFA 1S6PA 1UA1A 4DTPA 1VRTA 4OKKA 5J2MA 4CJ3A 4FLUA 3RRGA 3C95A 1RT1A 4M41A 4DF8A 2E6LA 5J2PA 3SQ2A 4KREA 3PUFA 4H4MA 3NH1A 5JS1A 3QEVA 5FRMA 4FYDA 5HRSA 3SPZA 1NK0A 4I2QA 3IS9A 4RW7A 4KI4A 2VG7A 1RBVA 4FM0A 3HVTA 1SL2A 3WNGA 2B6AA 5HRNA 1HNIA 5HBMA 1SL1A 5JS2A 4HUEA 3KD5E 4QOZB 4PQUA 2G8FA 4ELVA 4CIFA 4ZTFA 1BIZA 4OKEA 3QESA 3ULDA 4YNQA 1RT2A 3DLEA 4CFDA 4MQ3A 4KPYA 4DSFA 4BDYA 1YT3A 3O4NA 3AO4A 3BGRA 2GV9A 3U6FA 4IBNA 2XHBA 1FKOA 3D45A 4CEAA 1NKEA 1S1TA 2Z1JA 1UA0A 3ISNC 3HYFA 4I7FA 2Y1IA 1KVCA 4G1QA 4ICLA 4LH4A 4E7KA 1YTAA 3KLIA 3RWUA 4DMNA 4J2AA 4CESA 1KFSA 2NUBA 4UQGA 3OS2A 4KHYA 3PX6A 3K58A 4HUGA 4RW8A 1RDDA 3OYNA 3DLGA 4B9VA 5KRTA 4M3XA 4RW4A 4CEFA 1RDBA 1X9WA 4M3UA 1REVA 4DTOA 1D5AA 1KRPA 4CIEA 4KTQA 3AVKA 3SYZA 4OKJA 4CGGA 3S3OA 4YFUA 4OLBA 1HYZA 1N5YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FWMA 1T05A 1Q7YO 3T1AA 5C10A 3R9PA 3HVRA 5K14A 3THVA 1BDGA 3KIOA 4C1NK 1IKXA 3NMUA 1HX1A 4CVNE 1JCFA 2QWOA 2VCPA 2W41A 4JLHA 3OYEA 3DLBA 5SWMA 5AZIB 4K8ZA 5C0YA 3VQEA 1M1KO 3CETA 3VESA 2DFHA 3UKUA 2P9IA 3G10A 3LL3A 3TTCA 2YHWA 3MX2A 4BQZA 5GAEP 3DRSA 1OH7A 4O5BA 2QWNA 2BGGA 3LAMA 3CCJN 2ZQBA 3CMEN 4WF9L 4IJAA 3F2KA 5JLFA 4CFBA 4H4OA 1O1WA 2ZGYA 3O80A 3VTHA 3VEOA 3CFPA 4JKBA 3ZSWA 3TAQA 1EKEA 4CD1A 4EHTA 3LM9A 1NKCA 2VWJA 2D0BA 4BC2A 4HCCA 4OPKA 2IIRA 1BHLA 4CJFA 3AA5X 5AQMA 3QETA 5KGXA 5AQVA 4LF8K 2UXDK 2Q97A 1ZC6A 5KPZA 5KQDA 3FZLA 3GBTA 2D1KA 3MN9A 4WQ5C 4A5BA 2QXFA 4IO8A 4DU3A 3H1VX 2VG6A 1XQSC 2VQEK 3ALYA 3SK3A 3VQDA 1TKZA 1GLEG 3ZEUB 3BF3A 4C8MA 5LMUK 3ASMA 4CE9A 4CEBA 1VSLA 1ZBSA 2Q2RA 4NO7A 4KHWA 2F9TA 1VSHA 3QERA 1C0TA 2BANA 4IWVA 2G8VA 5AR0A 5FRNA 1VQ7N 2EHGA 2HVIA 1JLQA 3K9KA 4HCBA 1RGIA 2F8SA 4AHVA 3OYMA 3AY9A 3ENOA 4M7XA 4KKOA 3HI0A 3ZSQA 3IDHA 5AJ3K 1T8EA 1NK7A 4QCLA 3CJCA 4BRCA 3WQUA 2FLOA 5FPMA 2KZMA 4Q0BA 1NJWA 4BR4A 5FPDA 4CHPA 3U3GA 2HBMA 4CGIA 2YNIA 3CYMA 5AQOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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