3AV9A

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 57
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3av9A00
5CYMA 3L2QA 1TGOA 1F21A 3HO1A 1CZ9A 3VQ5A 1TKXA 3L2VA 4PQUA 2ETJA 4AHTA 3EYZA 3L2UA 3S3MA 4PA1A 1NJYA 3NF6A 3AVNA 1N5YA 4F8RA 2P5GA 1BQNA 4NCAA 4FJJA 4QAGA 1XWLA 3NAEA 2G8IA 2DFFA 3AVLA 4CEQA 3NH0A 1K6YA 4HCBA 3JYTA 4H4OA 2Z1IA 2ZE2A 2IS3A 2F8SA 3DLEA 1UWBA 4KHUA 4KREA 3U3YA 3V1RA 4B9MA 1X9WA 1JLBA 1HRHA 4DF8A 1BQMA 1U48A 4M41A 1EKEA 1DTTA 1WSIA 3NCIA 3TAQA 4DSJA 2XRIA 1NJWA 4OPKA 1ZBLA 4Z4IA 2Z1JA 2BANA 1C0UA 4K8ZA 1MU2A 1O1WA 3VA3A 3VQEA 4C8LA 4KPYA 4DF4A 2HHQA 3MXIA 1SUQA 4IG3A 3WNHA 2BDPA 1SV5A 3F9KA 3OYJA 4E3SA 3QEVA 5E41A 1WSHA 3S3NA 1HNIA 1FK9A 1BIUA 2HNDA 3CFOA 4O0IA 4N5SA 1C0TA 3V9UA 1NJZA 4RW7A 1WSEA 3FFIA 1VSLA 4BWMA 2F96A 3BDPA 1S9GA 3SQ2A 3VN5A 4IFVA 3HVRA 2XHBA 3SUOA 1LV5A 1S9EA 3MECA 1J5OA 1HYSA 1RCHA 4DU3A 2IDOA 4OLAA 4KTWA 1RBUA 1TKZA 3KLHA 5J2NA 3SUPA 4KRFA 4PUOA 3NE6A 1B92A 4CJ3A 2W42A 3E01A 4Q0BA 2GV9A 3AVAA 2XY6A 3DLBA 2G8HA 4F4KA 1HQEA 3ZT4A 3T1AA 4BWJA 3EY1A 2D0CA 2VWKA 4CJUA 2OYQA 1KTQA 2OPRA 1RTDA 4CF1A 4Z4GA 4M3RA 2G8KA 4XIUA 2PZSA 1S6PA 1I39A 1D9FA 4FJMA 4CGIA 4EZ6A 2DFHA 1VSIA 4E19A 4M3YA 4DU4A 3M8SA 3SV4A 1RT5A 4JRPA 5J2QA 2E4LA 4IBNA 3CG7A 3QEWA 4KB0A 1RT3A 3MEGA 4B3OA 2X78A 4KHSA 3V1OA 3NF9A 3HPOA 1C1CA 3QNOA 1Q8IA 4FK2A 3NGZA 4CEEA 1IKWA 1RBRA 1TAQA 4GVMA 1HPZA 3P5JA 4OKKA 4OGCA 4RW4A 4CEZA 1IKXA 4EP5A 3K59A 3O3FA 3PX6A 4O55A 4E7KA 5I42A 4CK3A 4E7IA 1NKCA 4DSKA 1C1AA 1C6VA 1UOCA 1W9HA 4OPJA 1JLQA 4CJLA 1WNSA 4C8KA 5CZ2A 4DFKA 2HHWA 3QLHA 4KHYA 3HL8A 4O44A 4FLZA 3AO4A 1JKHA 5KRTA 4FLTA 3L3UA 3OYEA 3TAPA 1J53A 4HUFA 2Z1HA 3AVMA 1ASWA 1D5AA 3TAEA 5J1EA 4FJ9A 3G10A 3DLKA 3H08A 3AV9A 4HVJA 3SQ4A 2B5JA 4H4MA 3PO5A 3KLIA 1UAXA 1QQCA 4IDKA 3ZSOA 3AVIA 3KD1E 2B6AA 4FK0A 4M42A 2OPSA 2QK9A 4FM2A 3NBPA 3LP3A 4G1QA 2D0AA 4AHRA 4DTPA 2OZSA 1LWCA 2ZD1A 3MXJA 4BACA 1TKDA 2YHAA 3D0PA 4DSLA 4CEAA 2YNGA 3SCXA 5FROA 1SKRA 1ASUA 5DMRA 1RT6A 3NHGA 1XC9A 1U49A 2NUBA 4LH5A 3AVGA 1TKTA 1VSMA 3AVFA 4CJSA 2HNYA 3KJVA 4JS4A 2KZMA 4CF2A 3NH1A 1KVBA 3HP9A 4CF9A 4CJ4A 4FJIA 2HHSA 4CJKA 4M45A 3DRSA 3LP2A 2E6MA 3ISNC 4ZTFA 1IH7A 3C94A 1HQUA 4AH9A 4B9SA 4KHNA 4C8NA 3D45A 3PX0A 1DLOA 4E1NA 3OYIA 4FJ7A 3ZCMA 1A5VA 5HRSA 1SKWA 2QKKA 4CIEA 4FVMA 4ELUA 1IO2A 1N6QA 3NFAA 3PUFA 4O4GA 2ITGA 4CJPA 3ZT0A 3DI6A 4Z0UA 3DOLA 4CHYA 4CK1A 3L3VA 4FJHA 3QIPA 3RMDA 4CEDA 3DRPA 1GOBA 4IG0A 1ZBHA 3HPHA 4FJ5A 4DG1A 4M3XA 1WSFA 2YV0X 3SV3A 1LWFA 3CM5A 1S5JA 3RTVA 3HK2A 3MEEA 2HHXA 1C1BA 4WE1A 4ID1A 4CJEA 1LAWA 3I8DA 1RTJA 2YNFA 3TANA 4LH4A 4KHWA 5HRNA 4FYDA 3VQ6A 1A5WA 3QESA 2I5JA 3KK1A 3QEPA 3RMBA 3VQDA 5KI6A 1X1PA 4FLYA 3SUQA 1L3SA 3C95A 1QSSA 1KRPA 5D3GA 1SL0A 3S9HA 4ICLA 4AHVA 3QEXA 1HYVA 4AHSA 4CCHA 4F2RA 4KI4A 2DY4A 3PX4A 4PWDA 1NKEA 4CEFA 4QCLA 3QNNA 1Y97A 4JLHA 4CJWA 3AVJA 3SQ0A 4Y1CA 3QETA 3NF7A 3SQ1A 3L2WA 3K5MA 1JL2A 3VQ7A 1RT7A 4N76A 4W5NA 4MQ3A 2HW3A 2KZZA 4BDYA 1X9SA 4DTOA 4OKEA 3MEDA 4CGJA 1FKOA 4TSXA 1XI1A 4B08A 3T19A 1VRTA 2HB5A 4DQQA 1R0AA 4I7FA 1HJRA 2XY7A 2ATQA 4KHQA 1JXEA 4OJRA 4IFYA 3AO1A 4HUEA 1U47A 1VRUA 3KK2A 1RBSA 1S1WA 3ZSZA 4CHZA 3ULDA 3SPYA 2G8WA 5C25A 4QOZB 3TAMA 1DTQA 1TK0A 4KB1A 1JLEA 1NK8A 3PO4A 1UA1A 2EX3A 3NF8A 4MFBA 4E7HA 3OYCA 4E7JA 4DTJA 2YHBA 5JS1A 2FBVA 3VA0A 3LALA 2FBYA 3SPZA 3P83D 1NK7A 3WNGA 1HYZA 3L2RA 2DTUA 2FBXA 3LAMA 4W5QA 5J2PA 1TVRA 2VG7A 2YNIA 3DRRA 3OYFA 3T3FA 2WOMA 5CY4A 4EZ9A 3KTQA 1RT4A 4GMJB 4FM0A 3KLEA 4DS4A 1TV6A 4DTXA 4YNQA 1BL3A 3V9WA 4DTNA 4DTMA 1QHTA 3K2PA 5SWMA 1YTUA 1ZBIA 1JLCA 4RW9A 4W5TA 4DFJA 1JXBA 5CZ1A 4DSFA 2A1RA 4AHCA 1QSYA 3RMAA 3OJUA 1D8YA 1W0HA 1NOZA 2WONA 1I3AA 4JS5A 1KLNA 2YKNA 2HVIA 4O5BA 3AA3A 3ZSVA 1CZBA 3B6PA 4GW6A 4I2QA 3K57A 4BE0A 4ELTA 3SNNA 1BI4A 1L3UA 3OYDA 3K5OA 5KTQA 1CXUA 4KKOA 4NYNA 3IS9A 3DYAA 3P1GA 4DWIA 1IKVA 3AA5X 3RRHA 5HLFA 4JRQA 4KAZA 4KTQA 2G8VA 3SZ2A 4BE2A 4LY7A 2EHGA 1FXXA 4KV8A 4CJVA 4M3UA 3DLGA 2PYLA 2Q3SA 1UA0A 1ASVA 2IOCA 3UIQA 4DLEA 4J2AA 3TABA 4M3ZA 1J54A 3VQAA 2FBTA 1KVAA 2B4JA 1WLJA 1B9FA 2OPQA 4C8MA 1NKBA 4NYFA 1JL1A 3U6FA 1YTAA 3I0SA 1L5UA 1SKSA 2IGIA 3THVA 1NOYA 1RDDA 4B8AB 1U45A 1T03A 1HNVA 1NK6A 4YFUA 3DLHA 2X74A 4DMNA 2O4GA 4B8CA 4BDPA 4FJXA 1VSHA 4DQPA 4HCCA 1TAUA 4CE9A 1S1UA 2Y1IA 1KVCA 3TR8A 1Z26A 1WAFA 2G8UA 2O4IA 3AO2A 3LPTA 1RILA 4LSLA 1SL1A 4FJNA 3WNEA 2IAJA 1BCOA 5FDLA 4CECA 1JLAA 3LAKA 4CIFA 2HHVA 2VWJA 4LSNA 3RRGA 3CQ8A 4FZXC 5DK5A 2P1JA 4J2BA 1EXQA 1JLFA 3VQQA 1JLGA 1VK0A 4HTUA 4CFBA 3HM9A 3HSTB 1BCMA 1RNHA 2G8FA 2KQ2A 4NCGA 5J2MA 3QINA 3TI0A 3LPUA 3CFRA 3U3GA 4RG8A 1ITGA 2OPPA 4DU1A 3KIOA 4N47A 4DSIA 1GOAA 5K14A 2RF2A 3VQPA 1IKYA 1CXQA 1RTIA 2RKIA 4FLUA 2D5RA 1S1VA 4Z4EA 2VG5A 1T8EA 1C0MA 1U4BA 1TL1A 4CJTA 3SUNA 4N41A 4Y1DA 4CGGA 3HP6A 4J2EA 2HVHA 3PY8A 4B9LA 1G15A 1Z25A 3I0RA 5C24A 4H8KA 3O4NA 3LANA 3ZSYA 3NH2A 4FJKA 1NK0A 3IRXA 1EETA 3VQBA 1VSFA 3OYLA 3MAQA 3OYKA 3SYZA 4DTRA 4W5RA 2RPIA 1TK5A 3DLRA 1NK9A 1Q9XA 4BDZA 2FC0A 4OGEA 1B9DA 4DQIA 3OY9A 3LWLA 4Z4FA 3OYHA 2KW4A 3AO3A 3NGYA 4Z4CA 4DTUA 3ZSXA 3LZJA 1L3VA 1KFSA 2P5OA 1IG9A 1KFDA 4R5PA 1RBVA 1XHZA 4FK4A 3F73A 1RDBA 3C6UA 3O3HA 1S1TA 4F3OA 4J2DA 4CJQA 1BI4B 1TL3A 3RR8A 2BGGA 3VQ4A 4FM1A 4M3TA 3ZSWA 3QEIA 3O4QA 5I3UA 1T7PA 4FW1A 3V81A 5HRPA 2GUIA 4CF0A 4CJRA 1ZBFA 2KTQA 3EZ5A 3V9ZA 1NK5A 1TK8A 4FJ8A 4DSEA 3OVNA 4ZTJA 1GOCA 4CHOA 4FLXA 1LWEA 3SJJA 1S6QA 3NGIA 1QSLA 4BE1A 2HHTA 3QO9A 4DFMA 1BHLA 3DMJA 5KGWA 4K8XA 1YVUA 4FJLA 3JSMA 3V1QA 3NDKA 3QIOA 2YNHA 3K5NA 5T7BA 4M3WA 5FRNA 3ITHA 5SZTA 3KKSA 4FCYA 4FW2A 4FLVA 3OS2A 3ZT3A 3OJSA 4CFAA 3HT3A 2HMIA 3AO5A 5HP1A 4I9LA 3HPGA 4B9TA 4NCBA 3L8BA 1L3TA 3SI6A 4KO0A 2YKMA 4DLGA 3LZIA 3BGRA 3S3OA 3TWHA 4CHPA 4DTSA 2F8TA 1LW2A 3AVBA 4B9VA 5FRMA 5C42A 1RDCA 1BGXT 4HHTA 4CFCA 3C6TA 2OA8A 4RW6A 4CJ5A 4CGHA 1LW0A 1WSJA 1KSPA 2GBZA 4O0JA 2JLEA 4CFDA 1ZYQA 4ELVA 2JGUA 2HNZA 3DOKA 3VQ8A 1S1XA 3AVCA 5JS2A 4FLWA 3LDSA 2ZQBA 3KD5E 3OS1A 4IKFA 3TAFA 3K58A 1J9AA 3AVHA 2OZMA 4CIGA 4UQGA 1LAVA 4OVLA 3MXMA 1QE1A 3K5LA 1VSDA 1YT3A 3ZT1A 3V4IA 2XY8A 4CK2A 3TARA 1FKPA 4OKJA 4C8OA 4I2PA 3LWMA 2RN2A 2PY5A 5HBMA 4Z4HA 3RWUA 4N56A 3ZSRA 3VQCA 1T05A 4Q5VA 3OYNA 3OS0A 2BE2A 2QXFA 5KGXA 4DFPA 2HHUA 1RT1A 2X6NA 3M8RA 2AJQA 3CFPA 1XHXA 2IC3A 4E7LA 1CLQA 3KLGA 4CHQA 4KFBA 1HMVA 1EX4A 4HUGA 5EU7A 4PY5A 2E6LA 3G0ZA 1ZBUA 2LSNA 2P51A 3QERA 4B9UA 1WAJA 3TAGA 5KRSA 2QKBA 5HRRA 3LP0A 4CJFA 4FJGA 3M8PA 1NK4A 1QS4A 5HROA 3OYAA 2XO7A 4FXDA 3OYBA 4CGDA 1RBTA 1BISA 1WSGA 3CM6A 1U04A 2Z1GA 3B6OA 1VSJA 1SL2A 4CESA 4E0DA 1VSEA 4OLBA 3ZT2A 4KI6A 2D0BA 4CF8A 3AA4A 4AHUA 2A1SA 3V9XA 4DS5A 4E89A 3DM2A 4AILC 4FZYA 1QTMA 3ALYA 1WN7A 3ASMA 4CHNA 3KK3A 1REVA 4E1MA 3AVKA 3HYFA 3O3GA 4F3TA 3V6DA 3PV8A 1VSKA 1RDAA 4DQRA 3CYMA 4CGFA 4LD0A 3A2FA 3WNFA 3V9SA 4I9QA 3OYGA 1KCFA 3ZSQA 3OYMA 4EP4A 3AA2A 1X9MA 4DQSA 2PYJA 4RW8A 2XY5A 4B9NA 4L8RB 4CERA 1Q9YA 1EP4A 1KLMA 2DFEA 4FZZA 1RT2A 2R7YA 1A5XA 1NJXA 4F2SA 1D9DA 5CYQA 4CEOA 4ZHRA 3LP1A 4KTZA 3KLFA 1RTHA 3M8QA 3RR7A 3HVTA 3KKRA 3RMCA 2KFNA 3IAYA 4ID5A 3HXMA 4W5OA 1BIZA 2VG6A 2X6SA 3VQ9A 3HJFA 4CEBA 2Y1JA 2KFZA 3IG1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VQMN 1F21A 3VQ5A 2WC9A 5BN8A 4PA1A 1NJYA 5M1KA 4H0YB 4OO1J 4B1UB 4FJJA 4QAGA 2G8IA 3AVLA 3ZETA 4OPHA 4CEQA 2YI1A 4H4OA 2IS3A 1UWBA 1W97L 1X9WA 2O8FB 4WQ4A 4DF8A 4BR2A 4DSJA 2XRIA 4BRPA 4DHYA 1ZBLA 1C0UA 4DB3A 1MU2A 4JI7K 3VA3A 3VQEA 5AZIB 4BQZA 3WNHA 2BDPA 2P9PB 5JMVA 4KH4A 4O0IA 2HHHK 1BIUA 4IO9L 2O8DA 1QVGM 4BWMA 3SQ2A 1VAZA 1J5OA 1RCHA 1KAYA 2IDOA 1RBUA 1I94K 4KRFA 2O8BB 4CJ3A 4FWRA 5E84A 2GV9A 1RDUA 1IBMK 1HQEA 4FOEA 2D0CA 2VWKA 5JICA 3AAQA 5TKWA 1I39A 4CZMA 4GV3A 5EXWA 3SV4A 1RT5A 3Q7CA 4PL8A 3CETA 3AGRA 4B3OA 1K73O 3U4LA 3ZLJA 1TAQA 4JKBA 4DLGA 4OKKA 3P5JA 4OGCA 3O3FA 4CK3A 3K9JA 1C1AA 1C6VA 2GELA 4BRNA 4BR5A 4B3SK 4DFKA 3HL8A 4O44A 4K0KK 3CJBA 5AQKA 1LCUA 2D4WA 3LDNA 3ZETB 3OYEA 3TAPA 2ZJRL 3AVMA 1D5AA 5AQXA 1OKJA 4IDKA 3ZSOA 4FK0A 4HWIA 3LP3A 2YHYA 4AHRA 3N4QA 1M1KO 2OZSA 1LWCA 2ZD1A 3MXJA 1YITN 3D0PA 4DSLA 3JXUA 1SKRA 1H1VA 1RT6A 3TPQA 1XC9A 5AQNA 3CCJN 2O8DB 1Q7YO 2ZGYA 1TKTA 1VSMA 4JS4A 4JKAA 4FJIA 1KVBA 1NLVA 3HP9A 2NRXA 3SMPA 4CF9A 3PIOL 1QZ5A 5AQVA 4O8UA 3LP2A 3ISNC 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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