3AV9A

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords Integrase
total genus 57
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3av9A00
4BWJA 1KVAA 4FCYA 3VA0A 4NCBA 4CFCA 3K5MA 1J5OA 4QCLA 3WNGA 3HP6A 2XY8A 2D0AA 1RTHA 4OGEA 4KFBA 4W5RA 3V4IA 1A5VA 1VSKA 4Z0UA 3TARA 3DYAA 3VQAA 1JLCA 1D5AA 1ASVA 4FLWA 3MXIA 3V9WA 3SJJA 3PV8A 5HRNA 2QK9A 4FZZA 1BISA 3K5OA 1QSLA 2FBXA 2B5JA 3VQCA 4BDZA 1XWLA 3K57A 4ZTFA 4KI6A 1CZ9A 4M3RA 3TABA 2HHUA 4CEQA 3AO1A 3C6UA 5HRRA 3KLFA 3RRGA 1BCOA 2F8TA 1ASUA 2DFFA 3KD1E 3QLHA 4NCAA 2D0CA 1DTQA 1EX4A 3THVA 2B4JA 4JRQA 4NYFA 1RT7A 1GOBA 3AVJA 2BE2A 3DOKA 4JS5A 2G8FA 4M3YA 3HJFA 1NK8A 3TAFA 4FM1A 3HYFA 2VG6A 3SUOA 4RW6A 4DMNA 3NDKA 2IS3A 4E3SA 3NCIA 4ID1A 4O0IA 1JLGA 2FC0A 5CZ1A 3TAGA 3KLEA 5HLFA 4OKEA 4K8XA 4BACA 1SKWA 3CYMA 1SKSA 2PYLA 1VSHA 3QEVA 4CE9A 5J1EA 5SWMA 1QSYA 4FJ5A 3AA5X 3MXMA 1QTMA 4AHUA 3QIPA 2XY7A 5I3UA 3DM2A 1MU2A 4OJRA 3OYLA 3KK1A 4BDYA 1HYSA 1NK5A 4M3UA 4FJJA 3VQPA 3SQ2A 3OYHA 2HMIA 3AA3A 4BDPA 3VQDA 4IKFA 4KB1A 2Z1GA 3TR8A 5HP1A 1D9FA 4FW1A 4LSLA 4CHYA 4FJLA 3PY8A 1TL1A 2RKIA 4H8KA 3NH0A 4DU4A 1RT4A 4FJHA 1WSFA 3IRXA 3MEEA 2XO7A 1C6VA 4CJRA 3HM9A 4DTRA 4DTMA 1FKPA 3SQ1A 2YNIA 5J2QA 4FLVA 4N76A 4C8KA 3OYAA 1SUQA 4AHTA 5HROA 2XY6A 4FJKA 2Q3SA 4B9TA 4Z4IA 1U49A 4PY5A 3WNFA 3AVFA 1N5YA 4Z4CA 3DLBA 4M3WA 4PQUA 3ASMA 1CXUA 2XRIA 1NKEA 1WSGA 4E7IA 4PWDA 1B92A 1GOAA 3LP0A 4HUGA 5J2MA 4I2PA 2Z1HA 1QE1A 1Y97A 1G15A 3H08A 4KTWA 4I9QA 3LAMA 5C25A 4I9LA 3ZT1A 5FRMA 1JLBA 1EP4A 4CGFA 1CZBA 2B6AA 2OPSA 4FK4A 1VRTA 3V1RA 3RMAA 4GVMA 4DSJA 4W5OA 3QEPA 3T3FA 3QIOA 4KB0A 3PX6A 2OZSA 1B9DA 3AO4A 3BGRA 3OYMA 4DQQA 1EETA 4KTZA 2YNFA 4M41A 3ZSOA 4HTUA 4ZTJA 4O44A 3M8QA 5K14A 4B9NA 4B9MA 4RW9A 4CHQA 1TK0A 2FBVA 3F9KA 4FZYA 2BANA 1NKBA 3RR8A 1CXQA 1RBUA 5DMRA 2DFEA 3LANA 3NF7A 1RNHA 4C8MA 5E41A 3K59A 1S9EA 3MXJA 1BQNA 3ZSXA 2KFZA 4O4GA 3KLGA 4CFDA 4DG1A 3RMDA 4ZHRA 3VN5A 3SPYA 2VG7A 4KTQA 2YHBA 3KD5E 4DSFA 3RMCA 1TGOA 4ELUA 3B6PA 3QNOA 4J2EA 3LZJA 4FJGA 1S1UA 2YV0X 4DU3A 3QERA 3KTQA 3OY9A 3EY1A 1TKXA 5DK5A 4OGCA 3I8DA 5D3GA 1JLEA 2GV9A 5EU7A 1RT3A 1TL3A 3VQ5A 2F8SA 4CJ3A 3AO3A 1S1TA 4B9LA 1J53A 1XC9A 3B6OA 4CGGA 3V9SA 4DSIA 1KCFA 4FVMA 3KLHA 3NFAA 3L8BA 4AHSA 1VSJA 4WE1A 1YTAA 3F73A 1NOZA 2ZE2A 2OZMA 4J2BA 4IG3A 5CY4A 4Y1CA 4DQRA 1KFDA 1KVBA 2HB5A 1JXEA 1IKVA 2GBZA 3P1GA 2FBTA 5KI6A 4CJSA 1T7PA 3DLHA 3HL8A 4CHPA 3NHGA 1CLQA 3EYZA 2BGGA 1LW2A 1N6QA 4OVLA 3PUFA 2XHBA 3VQ4A 1WAFA 4IBNA 1JLQA 1VSLA 2W42A 1TK5A 3HPHA 3NAEA 4FK2A 2WOMA 1D9DA 3L2VA 1NJYA 4K8ZA 1O1WA 3SPZA 4CEOA 1RT1A 5HRPA 4LSNA 4AHCA 4E1NA 1EKEA 1HYVA 3SCXA 1NJXA 4KV8A 4FM2A 3D45A 3VQ7A 3OYJA 3E01A 3OYBA 3LWLA 4LD0A 4LY7A 4BE0A 3ZT3A 4DTNA 4J2AA 1RCHA 3VQ6A 4E89A 3NBPA 3QEXA 3TANA 1KLMA 3DMJA 2HVHA 5JS1A 3QEWA 3QNNA 4ICLA 3DRRA 4CK1A 4CGJA 3CQ8A 3U3YA 3AV9A 3ZCMA 4HCBA 1WLJA 4N47A 2QKBA 3I0SA 4F2RA 4FJIA 2YHAA 3VQQA 1LV5A 1JKHA 3IS9A 4DTUA 4HCCA 3PO4A 4KO0A 4EP4A 3OJSA 4CF2A 4GW6A 1RDBA 3QESA 1VK0A 3SUPA 3DI6A 2D0BA 2X74A 3PX0A 1NK7A 1SL2A 1NK4A 4E7KA 4O5BA 4FYDA 1I39A 4DQIA 1WSJA 2VWKA 4Z4GA 2X78A 3CM6A 1QSSA 3LAKA 4E7JA 1L3TA 4AHRA 1HQEA 3O3FA 4DQSA 4IFVA 2P5OA 2HHXA 4CEFA 4N56A 4CJLA 1NK0A 1FKOA 3AVNA 4M3ZA 1C1BA 1RDAA 5HRSA 5C24A 3BDPA 4KRFA 1BL3A 1RBTA 1R0AA 3TAQA 3C6TA 1X9MA 3NE6A 1TAUA 4CK2A 1QHTA 4DS5A 5KRTA 1BHLA 3LP1A 1RDDA 4CIFA 3LWMA 3DLKA 4KHWA 3SQ0A 3HK2A 3T1AA 4QOZB 5CYQA 4E0DA 2HNDA 4Z4FA 4FJ7A 4B08A 3O4QA 4B8CA 3O3HA 1BGXT 3ULDA 2YKMA 3ZSQA 4FLTA 4DF8A 4DS4A 2KZMA 3OYEA 4E7LA 4YNQA 5J2NA 3ZT4A 1UWBA 3QINA 1TKDA 2HNZA 4DFKA 2E6MA 2O4IA 2O4GA 3NF6A 3KJVA 1IKXA 2KQ2A 4CGHA 1RTDA 1S6QA 4EZ9A 1LWCA 3S9HA 4CERA 4GMJB 1NJZA 3C94A 1REVA 4W5TA 4C8NA 3MEGA 4HUEA 4DLGA 3RTVA 4EZ6A 2A1SA 3RR7A 3V1QA 1C0UA 4CESA 4FM0A 3K2PA 2PZSA 2NUBA 5CYMA 2X6SA 4W5QA 4J2DA 2PYJA 1HPZA 3M8RA 4ELTA 3V81A 1J54A 1NK6A 1BIUA 3OVNA 4CJUA 2G8KA 2WONA 3T19A 5KTQA 3ZT2A 4Q0BA 2RF2A 4HHTA 2JGUA 4DQPA 3SUQA 4CEAA 1VSEA 4DFPA 4FZXC 3DRPA 3V1OA 3V6DA 2IAJA 3KKRA 3I0RA 3HP9A 1S9GA 4I2QA 4HVJA 3VA3A 1BI4B 3LPUA 1SV5A 4CK3A 4ID5A 4N5SA 1NK9A 3AO5A 3MAQA 1VSIA 3VQ8A 1KVCA 1LAWA 1UOCA 3L2RA 2KFNA 3DRSA 1U4BA 4OLBA 5J2PA 3OS0A 2OYQA 4CJEA 3O4NA 2VG5A 1TK8A 1BIZA 2RPIA 4C8LA 3WNHA 4CGDA 4CJTA 4F3OA 5CZ2A 4NYNA 2Z1IA 1W9HA 3DOLA 4FW2A 3AVKA 1QQCA 4DSKA 4KKOA 4CJKA 4CHZA 1LAVA 5FROA 3LP3A 4DSEA 3S3NA 4JLHA 4JRPA 1U48A 3RMBA 2E6LA 3CFPA 4M3XA 3HPGA 4CJVA 2Y1JA 3K5LA 1RTJA 3SI6A 4CFAA 3KLIA 2G8UA 4CJPA 2JLEA 2QXFA 4TSXA 3RRHA 2RN2A 3L3VA 1U04A 2OPQA 4CF0A 3PX4A 2R7YA 2KZZA 1DLOA 1S5JA 1XHXA 3VQ9A 3CFRA 3M8PA 3M8SA 3V9XA 1Z25A 3PO5A 2QKKA 4B9SA 1L3VA 4B9VA 4CJWA 3OYFA 2Y1IA 4DTOA 1RT5A 2YNHA 2F96A 4CGIA 2PY5A 4B8AB 4F4KA 1HNVA 3SNNA 4R5PA 3U6FA 5JS2A 3VQBA 1KRPA 4RG8A 1TKZA 1VSMA 4F8RA 2IC3A 1WN7A 4KHSA 3OYKA 4CF9A 4KPYA 4MQ3A 3RWUA 3AVLA 4OPKA 1XHZA 3NF9A 1Z26A 3WNEA 1C1AA 4FJXA 1WSIA 3P83D 1LWFA 3VQEA 4FLZA 1ZBHA 3KIOA 1C1CA 5FDLA 1BQMA 1TV6A 1GOCA 1KSPA 1SKRA 3JSMA 3S3MA 1UA0A 2Z1JA 3NH1A 3ZSVA 4CCHA 1IG9A 3TWHA 1T03A 4KHQA 2G8HA 2LSNA 4F3TA 4YFUA 4O0JA 3KK2A 4DLEA 1Q9XA 1LWEA 4LH4A 1X9SA 4KAZA 1C0MA 1ZBFA 3LDSA 3TAEA 3G10A 4FJ8A 1WSHA 3MEDA 3NGZA 3TAPA 2FBYA 3CG7A 2IDOA 5SZTA 3KKSA 4DFJA 2XY5A 2IGIA 3SQ4A 4M42A 3OYIA 4L8RB 3AVGA 4FJ9A 1FK9A 1FXXA 4E7HA 2BDPA 1UAXA 3OS2A 4CFBA 3NGIA 3HSTB 4IG0A 1D8YA 2ITGA 3V9ZA 3A2FA 1TAQA 4B3OA 4UQGA 3OS1A 2I5JA 3NF8A 3AVAA 1YVUA 1LW0A 1RILA 2VWJA 1RT2A 5KGXA 1QS4A 4W5NA 4DFMA 3D0PA 3HT3A 4E1MA 1A5XA 1S1WA 1VSFA 4FLYA 3QETA 1SL1A 3ITHA 4CF8A 1ASWA 5C42A 4BE2A 1UA1A 1JXBA 3AVIA 4OLAA 4HUFA 1L3SA 1S6PA 3ZSRA 2ETJA 4AHVA 4M3TA 1C0TA 1W0HA 4IDKA 4AH9A 4CJQA 4CHNA 3AO2A 4BE1A 1NKCA 4RW8A 3LALA 4OKJA 1WSEA 1B9FA 4PA1A 3NH2A 1DTTA 1HMVA 3P5JA 4FJNA 2DY4A 4CJ5A 1IKYA 4DTJA 1T8EA 1KLNA 4Z4HA 1YT3A 4E19A 2P5GA 1Q8IA 2HHQA 1RDCA 3HO1A 2OA8A 1Q9YA 5FRNA 1JL2A 2OPPA 3IG1A 1RTIA 3DLRA 4FLXA 2P51A 1RBRA 2YNGA 2G8IA 5T7BA 4M45A 4DTPA 3C95A 5HBMA 2KW4A 3DLEA 3CFOA 1XI1A 3OYDA 1TKTA 2ATQA 1IH7A 2EHGA 3NGYA 4CHOA 3JYTA 4DTXA 4DU1A 4BWMA 3AVMA 3ZSWA 4CF1A 4OPJA 4C8OA 2DFHA 4LH5A 1HYZA 4CEEA 3FFIA 1S1XA 4FLUA 2HW3A 5KRSA 3SV4A 3AVBA 2A1RA 4KI4A 3TI0A 4DF4A 1L3UA 1U45A 1JLFA 4Z4EA 4ELVA 1JL1A 1J9AA 4N41A 2AJQA 1WNSA 2X6NA 3EZ5A 4O55A 3V9UA 1RBVA 3DLGA 4JS4A 4MFBA 4Q5VA 4RW4A 3OYCA 3LZIA 4AILC 2HHWA 2IOCA 4XIUA 4G1QA 1ZYQA 3L3UA 4H4MA 2G8VA 4QAGA 2GUIA 2ZQBA 3OYNA 3K58A 4CEDA 2HHSA 3AA4A 3HPOA 3ZSYA 3QEIA 1YTUA 4I7FA 3KK3A 1RBSA 2HVIA 1A5WA 1VSDA 3SYZA 3ALYA 1SL0A 1T05A 3U3GA 4PUOA 4IFYA 1NOYA 1F21A 3G0ZA 3ZSZA 1ZBIA 2KTQA 4FJMA 2HHTA 3UIQA 3MECA 4CEBA 2P1JA 4DTSA 1HRHA 1EXQA 3HVTA 3IAYA 3QO9A 1X1PA 3O3GA 2ZD1A 1IKWA 2HHVA 1U47A 3TAMA 1JLAA 1I3AA 3ZT0A 3OJUA 3OYGA 5I42A 2YKNA 3ISNC 4CIEA 4NCGA 1HNIA 1BI4A 1HJRA 1VRUA 3SZ2A 4KHYA 2HNYA 3HVRA 4DWIA 3L2UA 1HQUA 3LP2A 4CEZA 3AVCA 4CIGA 1ZBLA 3L2WA 4B9UA 4CJFA 4KREA 1IO2A 1X9WA 1RT6A 4DSLA 4Y1DA 1TVRA 4FXDA 1KTQA 1ZBUA 3HXMA 1KFSA 4KHUA 1K6YA 4FK0A 2G8WA 2DTUA 4OKKA 3AVHA 2EX3A 4CJ4A 4RW7A 1ITGA 3L2QA 1L5UA 2OPRA 1NJWA 2E4LA 1S1VA 1BCMA 4CECA 3SV3A 4F2SA 4KHNA 2D5RA 3S3OA 4EP5A 3CM5A 1WAJA 5KGWA 3SUNA 3K5NA 3LPTA 4H4OA 3AA2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NCBA 3P39A 3HP6A 1BA1A 1MWKA 3UKRB 3K5OA 1M90O 2FBXA 2B5JA 1XWLA 4ZTFA 1CZ9A 4M3RA 3TABA 1N36K 3O1BA 1VQ8N 3C6UA 3M5RA 2B4JA 4NYFA 1GOBA 3ZETA 1O13A 4FM1A 4DMNA 3TTCA 3CERA 4O0IA 3TAGA 1QQOA 3G71N 4BRFA 4IEIA 5M1KA 4JK7A 5CR4A 4A5AA 5J1EA 4CBXA 4YHHK 3DM2A 1HYSA 1BA0A 4M3UA 3AA3A 3VQDA 2Z1GA 3TR8A 3THXB 4U67L 2VGNA 4LF6K 4BQLA 4DV3K 2RKIA 4H8KA 5GAGP 4FJHA 2NRHA 3SQ1A 3VESA 5J2QA 5HROA 4FJKA 2Q3SA 4PY5A 4M3WA 4DV6K 1NLVA 5AQGA 1NKEA 4PWDA 4HUGA 5FPEA 1NM1A 4DHYA 1QE1A 3H08A 3TTDA 2E2QA 4K25A 2QWRA 2GELA 3LAMA 5C25A 2GTDA 4PKGA 4I9LA 5AQSA 5EY4A 1ATNA 1VRTA 4LF4K 5JVGL 3CD6N 2FXUA 1VQ4N 4WYBA 2OZSA 4CD1A 3OYMA 1U2VB 4DQQA 2YHXA 2YNFA 1Y64A 3SK3A 4JNEA 2BANA 4GV6A 1CXQA 5AQUA 1S9EA 4YOYA 3OBYA 4O4GA 4DG1A 3RMDA 2NRWA 4ZHRA 3CCRN 2YHBA 3KHYA 1HLUA 3QNOA 3LZJA 4FJGA 4DU3A 3KTQA 3ZX3A 1TKXA 3I8DA 3G6EN 4LFCK 2GV9A 5EU7A 1RT3A 4PL7A 2J4RA 4CJ3A 3AO3A 4B9LA 4ISFA 4ILGB 1XC9A 3B6OA 2E2OA 4FVMA 3ATVA 2E2NA 1YTAA 3F73A 1OVYA 2IVNA 1WB9A 4J2BA 2A3ZA 1MWMA 4DQRA 2GBZA 2PFUA 1JXEA 3HTVA 4JKBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2P51 A;  2YNG A;  4CJ7 A;  2G8I A;  4DTP A;  5HBM A;  3OYD A;  1TKT A;  1IH7 A;  4DTX A;  3OBW A;  4BWM A;  4DU1 A;  4HCC A;  4CF1 A;  2O8D A;  2DFH A;  1HYZ A;  4CEE A;  5KRS A;  3SV4 A;  2A1R A;  1GLA G;  1YI2 N;  4DF4 A;  4QS7 A;  4C23 A;  4ELV A;  1J9A A;  1ATS A;  4N41 A;  4GKK K;  3VOV A;  3H46 O;  3EZ5 A;  4H5V A;  3V9U A;  1RBV A;  3OYC A;  4FVU A;  4NLC A;  1NMN A;  5EOY A;  4IEE A;  2GEM A;  3K58 A;  1GLD G;  3ZSY A;  3AGR A;  4I7F A;  1VSD A;  2VYP A;  3ALY A;  1SL0 A;  3PSI A;  4IFY A;  3ZSZ A;  2KTQ A;  4YDU C;  3UIQ A;  2HHV A;  1X1P A;  3CCL N;  1JLA A;  4OX9 K;  3ISN C;  4EFH A;  1HJR A;  3CI5 A;  4FWM A;  3HVR A;  3CC2 N;  4XEI A;  4DWI A;  2JWL A;  2V52 B;  1SS6 A;  1X9W A;  2QEX N;  4H5T A;  3O9S A;  1KTQ A;  1ZBU A;  3HXM A;  4FK0 A;  3IUC A;  5LY3 A;  5KPR A;  4BRD A;  2D5R A;  3CM5 A;  1WAJ A;  3D2F A;  3AA2 A;  4JKG A;  1T6C A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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