3AV9A

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
total genus 57
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3av9A00
1KFDA 3VQQA 3CG7A 3NFAA 1UWBA 5HP1A 1SL2A 4KHWA 3MAQA 4KV8A 4KTQA 1UA0A 4CHPA 1Q9YA 4J2DA 2D0BA 1U45A 4M41A 1T7PA 1HQEA 1VSKA 5DMRA 1ZBHA 4FW1A 2OA8A 1IKWA 3V9XA 4F3TA 1BQNA 1QSYA 2FBTA 2KQ2A 4CIGA 3BGRA 3EYZA 3SNNA 1WSEA 1WSIA 1ZYQA 4FJKA 1BI4A 1A5VA 2GUIA 3QIPA 4G1QA 4OGCA 5C42A 3PO5A 4FJ7A 4CEDA 1RDCA 3VQ4A 3RWUA 3F73A 2RKIA 4FVMA 3QINA 1F21A 1NOZA 2X6NA 4BWJA 4CJRA 5FRNA 4AHVA 1DLOA 1U4BA 4IFYA 1KVBA 3KK1A 1SKRA 3SUNA 4L8RB 3SZ2A 3OYBA 4FK2A 3OYNA 1UOCA 4NCGA 3QLHA 3OYAA 4DMNA 4HUEA 2G8HA 4I9LA 3RR7A 1VRTA 3AO3A 4B9VA 4FK0A 3VQ5A 4FLTA 1RTIA 3RMCA 4B9TA 1RT3A 5C25A 1IKVA 4W5OA 1X9WA 4DTPA 4CJTA 4FLUA 3LWMA 1VK0A 1TAUA 4CJLA 4DS5A 3S3NA 4C8OA 1JLGA 1LWFA 4BE0A 4C8NA 3HM9A 3A2FA 4FM0A 1W9HA 1EETA 3PX4A 4CJQA 3PX6A 2OPPA 2E6MA 3RTVA 4FM1A 5J2PA 2YHAA 4ZTJA 1FKPA 4ICLA 2G8VA 3I0RA 3NCIA 4FJMA 4DF4A 3V6DA 1TK5A 1BCOA 4CJEA 1TKTA 4CEZA 1VSIA 4WE1A 3ZSOA 3JSMA 4KFBA 3OJUA 1RT5A 2D0AA 4AHUA 4CGIA 4E3SA 3C6UA 1VSLA 5J2QA 1KFSA 4CK1A 4FM2A 4CIEA 1JLQA 4OLAA 2KFNA 1RT1A 4F2RA 4DG1A 3OYKA 4C8MA 3K2PA 3I8DA 4I9QA 3VA3A 4B9MA 4KREA 1J53A 4GW6A 2ZD1A 3AVIA 4EZ9A 1LAWA 4CF9A 1WLJA 1BIUA 1JLEA 2XY6A 1NK0A 3HSTB 3VQ9A 2FBXA 3ULDA 4DTJA 4FLYA 2KW4A 4E89A 4DQQA 1S9EA 1TK0A 1BI4B 2OPSA 3AVBA 4CJ5A 4DLGA 4DTMA 3SUQA 4NYNA 1HRHA 2ETJA 4FZZA 2HHQA 1JL2A 3DLEA 4CGHA 3SQ1A 3AVKA 2FBVA 1DTQA 1RBVA 4I2PA 3LP1A 1R0AA 1RT7A 1NK5A 2QK9A 4IDKA 3HPGA 4M3RA 4M3YA 3L3VA 4DS4A 3VQ7A 2A1SA 5KTQA 3V9WA 3SPYA 3S9HA 4ELVA 1SL0A 1MU2A 4O4GA 2G8WA 3CQ8A 4CJ4A 1ITGA 4M3UA 3F9KA 3QEIA 3QEVA 1IH7A 3HO1A 3TARA 4O5BA 3VQDA 3MXMA 4Y1CA 4CGFA 3LP2A 1WN7A 3WNGA 3ZT3A 1NK9A 1K6YA 4YNQA 1QSSA 4B9SA 4ELTA 1NJZA 5JS1A 4CEOA 3SPZA 3DRSA 3QEWA 3VQ6A 2Y1JA 4CESA 3T3FA 2FC0A 1RDBA 1TAQA 1X1PA 1JKHA 3AVHA 3OY9A 1TGOA 2IOCA 3LZJA 1RNHA 2F8TA 3PY8A 4XIUA 1XHZA 5J2MA 3SUPA 2BDPA 3D45A 3SV3A 3ZSZA 4IG0A 4BACA 4KRFA 2HHUA 3K5OA 3CFRA 1VSEA 2F96A 2R7YA 1RT4A 2YNIA 4DU1A 1Z25A 3RMDA 4DQSA 3VQEA 2X78A 4CEQA 3QNNA 4CF2A 4IBNA 4HUFA 4CFCA 3TAFA 1RTJA 3DM2A 2IC3A 5HRSA 1T05A 3KIOA 3NDKA 4JLHA 1SKWA 4E1MA 3ZSWA 4OKKA 4DTUA 1NKBA 4KB1A 3KKRA 3DMJA 2YKNA 4Z4GA 4HUGA 4AHRA 2GBZA 1TKDA 3L2WA 5CZ1A 1YTUA 4JS4A 1VSJA 3OYCA 3QO9A 2YHBA 3DI6A 1SV5A 3P1GA 4BDZA 4H4OA 4EP4A 1B9FA 4DSJA 4KHYA 2KZZA 3RMBA 3AV9A 3VQBA 2IAJA 5J2NA 4F8RA 2XO7A 2WONA 1C0TA 1S1UA 4NYFA 2W42A 3SCXA 1GOBA 4CECA 3V81A 3RR8A 3LAKA 1EP4A 1UAXA 1N6QA 3KLHA 4CK3A 2XY5A 3TR8A 3PO4A 1XWLA 4KPYA 3DRRA 4DFPA 1HNVA 4HVJA 4H8KA 2HNDA 4ZTFA 1RBRA 1SKSA 1NK6A 3UIQA 1RCHA 2Q3SA 3NF7A 4K8ZA 2OZMA 3OJSA 1HNIA 1Q9XA 5D3GA 3RMAA 1VSFA 1IKYA 1DTTA 3KK3A 3OYDA 2FBYA 2DFEA 1KLMA 2HB5A 4DLEA 4K8XA 4W5NA 4F2SA 2E6LA 2PZSA 4YFUA 2F8SA 3AA5X 3RRGA 2O4GA 1BQMA 4HHTA 3TAGA 4KTWA 2G8FA 2HNZA 1WAFA 3K5NA 4H4MA 1BHLA 3ITHA 1U47A 1ASVA 1ZBFA 3EZ5A 1NK8A 1ASUA 3NBPA 2I5JA 2Z1GA 4DTSA 1C1BA 4DFJA 3QETA 3S3MA 1NK7A 1S9GA 2IDOA 4I7FA 4DFMA 1JL1A 2ATQA 1ZBLA 4GMJB 5KRSA 2HNYA 1RILA 3P83D 3NAEA 1I3AA 3NF9A 4AHTA 2IGIA 1S1TA 3VQPA 4CJWA 3L2RA 4DTXA 3ZT1A 2RN2A 4B08A 2ITGA 3AO2A 4FW2A 4CHYA 4DQRA 3ZT4A 1LW2A 4W5TA 3K5MA 4HCCA 1IO2A 3DLHA 1T03A 1JLFA 4CEBA 1WSGA 3T19A 3SI6A 3TI0A 2EX3A 4O44A 5HROA 3M8PA 4DU3A 4B8CA 3KLIA 3QEXA 4C8LA 2B6AA 2HVHA 2A1RA 1D5AA 1QE1A 1C1CA 4OKJA 4CHOA 3V9SA 4F4KA 3O3HA 4CERA 4DTNA 1ASWA 5DK5A 2JGUA 2OPRA 3PV8A 2Y1IA 3NGYA 4CCHA 3KLEA 5K14A 1TK8A 5FRMA 5T7BA 1NKCA 5KGXA 3OYLA 2RPIA 3K58A 3OS0A 3AO1A 2G8UA 1RTDA 3LDSA 1J5OA 1RBSA 4DSKA 5HBMA 3TAPA 3B6PA 4FCYA 1UA1A 1LV5A 4Z4IA 5HRNA 1TL3A 3C6TA 3L3UA 4N5SA 3TANA 2P5GA 4CFBA 3ISNC 1RTHA 3M8RA 3ZSRA 3LPTA 4LH5A 3TAMA 4CGJA 1WAJA 4CJKA 4Z4HA 3SQ0A 2OYQA 4FYDA 1JXBA 1RDAA 3I0SA 1CXUA 3NGZA 3OVNA 3KD1E 4C8KA 4CF8A 3E01A 5CYMA 4OLBA 4KI6A 1LWCA 4DFKA 3AVNA 1ZBIA 1C1AA 4Z0UA 5KI6A 4FJ8A 4CHNA 1D9FA 2QXFA 4ZHRA 2G8IA 4KHQA 3SUOA 1HQUA 3C95A 1WNSA 3LPUA 1LAVA 2YKMA 4DTOA 3MECA 4RW4A 1VSMA 3VA0A 4FJGA 1HPZA 4NCBA 2HHXA 2O4IA 2YNGA 1TKXA 3ZSYA 4FJXA 2PY5A 1QHTA 1WSHA 3C94A 4OPJA 1HYVA 4IG3A 4W5RA 4CFAA 1ZBUA 2LSNA 3OS2A 3V9ZA 3TABA 5HLFA 1YVUA 3OS1A 4DSLA 4KHNA 2HW3A 3LWLA 4NCAA 2Z1HA 5EU7A 4KO0A 4M42A 3HK2A 4AHSA 3JYTA 1N5YA 4FZXC 4B3OA 2KZMA 2YNFA 3SQ4A 1Q8IA 4DU4A 1J9AA 2XY8A 3HYFA 4IFVA 4PUOA 1C0UA 1L3VA 4KTZA 1S6PA 3QESA 1KLNA 1CZ9A 2E4LA 3O3FA 3KJVA 1C0MA 1U49A 1EXQA 2VG6A 2HHTA 3AA2A 3L8BA 5I3UA 4JRPA 4QOZB 1HYSA 1KCFA 4EP5A 2DFFA 3SYZA 1L3UA 4FJNA 4J2EA 1B9DA 5CYQA 1QQCA 1BCMA 4E7JA 2B5JA 4RG8A 2D5RA 1REVA 3CFOA 3U3YA 4AH9A 4CJSA 4BE1A 3OYFA 4B9NA 1U48A 1RBTA 3HPHA 1YT3A 5I42A 4KI4A 4QAGA 4DQIA 4PQUA 1WSFA 3DOKA 4KB0A 3KKSA 3LALA 4OJRA 4FLVA 4IKFA 3DLGA 3HVTA 3LP3A 4RW9A 4O0JA 5SZTA 3EY1A 1TV6A 4FLWA 3TAEA 3V4IA 1X9MA 4FJJA 5SWMA 1XHXA 1RT2A 4BE2A 1S1XA 4CJVA 3AVFA 3OYEA 1TKZA 3NH2A 4J2BA 4N56A 3FFIA 3K5LA 3HVRA 1YTAA 2VWKA 1D8YA 3MEGA 4ID5A 4FJHA 4AILC 5FDLA 5JS2A 1KVAA 3ZSVA 3P5JA 2HMIA 4CF0A 2QKBA 4N47A 5HRPA 4KKOA 4N76A 3HP9A 1LW0A 4KHSA 4Z4EA 4FXDA 1O1WA 2JLEA 3OYJA 3L2UA 3RRHA 1KSPA 4HCBA 1IKXA 4MFBA 2G8KA 1HYZA 3M8SA 4GVMA 2BGGA 4CFDA 4DTRA 3DLBA 3QERA 3LZIA 4CK2A 1JLCA 1BISA 1I39A 4RW8A 2PYJA 3ZT2A 2B4JA 3IRXA 3V1RA 3BDPA 4DWIA 4AHCA 3VN5A 3L2VA 3AVJA 3HPOA 4CJFA 3HP6A 1QS4A 3ZT0A 3NH0A 2HHWA 3WNHA 3VQ8A 4O0IA 2YV0X 1BIZA 1JLAA 1TL1A 4R5PA 3QIOA 2OZSA 4FZYA 1Z26A 4Q0BA 3CYMA 2KFZA 4CEEA 3AA4A 3MXJA 4LSLA 3OYHA 1LWEA 2P51A 1C6VA 2VG7A 1RBUA 1G15A 2WOMA 3AVCA 3HL8A 3KK2A 4E7LA 2DTUA 1U04A 4DQPA 3NE6A 1T8EA 4CEFA 4RW6A 4Z4FA 3AVMA 3PUFA 4UQGA 1QSLA 1EX4A 2DFHA 3HT3A 4OVLA 1NJYA 4BDPA 3MEEA 3CM6A 3KLGA 1W0HA 1L3TA 1NKEA 3AO4A 3ZCMA 4LH4A 1A5XA 3QNOA 4OKEA 1SUQA 5CY4A 3U6FA 5J1EA 1D9DA 2AJQA 4LSNA 3T1AA 1X9SA 4PY5A 4CJ3A 4CIFA 5CZ2A 1JXEA 4HTUA 1A5WA 3SQ2A 2KTQA 1J54A 3V1OA 3MXIA 3LAMA 4Z4CA 2QKKA 3THVA 1KVCA 1FK9A 3O3GA 3NF6A 3OYIA 2VG5A 2YNHA 3MEDA 1B92A 4DSEA 3ALYA 3B6OA 1CZBA 4KHUA 3AA3A 3AVLA 3DRPA 4FJIA 4FJLA 3DYAA 3K57A 5KGWA 1Y97A 4JS5A 4KAZA 4LY7A 4M3ZA 3KLFA 4CGGA 3IAYA 1L3SA 4B9LA 4E0DA 5FROA 3WNEA 3M8QA 2P5OA 4W5QA 3HXMA 2BANA 3CFPA 2DY4A 4CE9A 3LANA 4E7KA 4JRQA 4E19A 3VQAA 4FLXA 2ZQBA 1HJRA 2EHGA 1S1WA 3O4NA 3AO5A 4I2QA 4EZ6A 2RF2A 4E1NA 1BL3A 3K59A 1VSDA 2XRIA 2X6SA 4OGEA 3TAQA 3SV4A 4QCLA 3AVAA 1XC9A 4PWDA 4F3OA 2D0CA 3L2QA 3HJFA 3LP0A 3NH1A 1FKOA 2HHSA 1BGXT 1S5JA 4CHZA 3TWHA 1KRPA 5HRRA 4BWMA 3WNFA 3QEPA 3ASMA 2NUBA 3S3OA 2P1JA 3V9UA 1NK4A 1S6QA 3VQCA 4N41A 2Z1JA 3OYMA 3NF8A 2PYLA 1KTQA 3G10A 3H08A 3KD5E 2X74A 4TSXA 4LD0A 2XHBA 3D0PA 3PX0A 1HMVA 2IS3A 1RT6A 3G0ZA 3NHGA 1GOCA 3CM5A 3KTQA 1RDDA 4DF8A 4M3TA 2BE2A 3U3GA 4O55A 4B8AB 1VSHA 1NOYA 2HVIA 4FJ9A 4E7HA 4FLZA 1S1VA 4FJ5A 2Z1IA 3DLKA 5KRTA 3DLRA 3OYGA 4M3XA 4FK4A 3SJJA 1NJWA 3IS9A 4CEAA 4RW7A 1CXQA 4ID1A 4M45A 3V1QA 3ZSQA 2HHVA 3IG1A 2VWJA 1IG9A 2ZE2A 1SL1A 4J2AA 4OPKA 4CF1A 5E41A 1NJXA 1FXXA 4E7IA 1EKEA 1TVRA 1CLQA 2XY7A 1WSJA 1XI1A 4CJUA 3ZSXA 4CGDA 4DSFA 4CHQA 3AVGA 4Q5VA 4Y1DA 4M3WA 5C24A 1QTMA 3NGIA 2OPQA 3DOLA 4ELUA 1VRUA 4CJPA 4DSIA 4BDYA 1L5UA 4B9UA 1JLBA 4PA1A 3O4QA 1GOAA 2GV9A 4MQ3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1K8AO 5H1SQ 3NFAA 5HP1A 3K0SA 4KHWA 5LL6Z 1ATRA 4KTQA 3ID6A 5AQZA 3CJBA 5CR4A 4A5BA 1U45A 1T7PA 3V9XA 4CZJA 2KQ2A 4CIGA 3BGRA 3L4QA 1RGIA 1A5VA 4OGCA 2YI1A 2UXBK 2Q2RA 3RWUA 3QINA 1F21A 2X6NA 2E5LK 4AHVA 1DLOA 1U4BA 2VQEK 4ISGA 3OYNA 4NCGA 4HUEA 4B3RK 4FK0A 3AO3A 4CBXA 3VQ5A 1RTIA 3RMCA 3C6AA 4GV3A 5C25A 4JI8K 4CJLA 4C8OA 4BR9A 3MN7A 4FM0A 1NGEA 4CJQA 1NMDA 2OPPA 4FM1A 2YHAA 4ZTJA 3CC4N 1XQSC 3KWIA 1BCOA 2A6AA 4DR7K 4WE1A 4KFBA 3EE8A 1RT5A 5J2QA 3C7NB 4AM7A 4JHDA 4CK1A 4OLAA 1RT1A 4B1WB 4F2RA 4C8MA 3K2PA 4I9QA 3VA3A 4KREA 4BC3A 1LAWA 1WLJA 1TUUA 2FBXA 1YI2N 1BI4B 4X62K 4DTMA 3SUQA 3DLEA 3M5RA 3SQ1A 2FBVA 4YOVA 4I2PA 4B1VA 1RT7A 1R0AA 3HPGA 1ZXOA 1JJ2M 2D1KA 5EVZA 3SPYA 3S9HA 4ELVA 1HJOA 4M3UA 1HNZK 2H3GX 3QEVA 3QB0A 3HO1A 4O5BA 4CGFA 3HJFA 4B9SA 4ELTA 1NK9A 5JS1A 4CESA 2FC0A 3ZEUA 5CE3A 1JKHA 3OY9A 3LZJA 3QFUA 1XHZA 1OH6A 2P9SA 2D0OA 3D45A 3ZSZA 4LF6K 4BACA 3K5OA 4FWNA 1N8RO 3ZX3A 1IBKK 4DU1A 1Z25A 1GLEG 3RMDA 5AQRA 2O8EB 1BUPA 3H6EA 3TAFA 1XMOK 5HRSA 3ZLJA 1U6ZA 3D2FB 4JLHA 1SKWA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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