3AV9A

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
total genus 57
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3av9A00
1Q9YA 2XY8A 1REVA 3ZSRA 4L8RB 4F2SA 1RTDA 3QO9A 4AHCA 1LW0A 1RNHA 2YNGA 2YNIA 3PV8A 1BHLA 5HRSA 1RBSA 2ITGA 4YNQA 2F96A 3ZT1A 4HCBA 4K8XA 3VQ5A 4CFDA 3DYAA 4DFJA 1RBTA 2ZQBA 3ZSYA 3OS1A 2XO7A 4C8OA 2F8SA 2D0BA 2LSNA 4F3OA 4CJRA 3U6FA 5J2MA 3DOLA 5C24A 4NCGA 1ZYQA 1HQEA 3SCXA 1RT4A 2BE2A 1C6VA 4OGEA 4MQ3A 3AA2A 1NKCA 4W5QA 4DFPA 2G8IA 3VQ7A 2E4LA 3LDSA 1JL2A 4CK3A 4AHUA 1VSDA 4EP5A 4Z4CA 1VSHA 4DQRA 3SUQA 3QIPA 4DWIA 3HM9A 3ZSXA 1N5YA 2D5RA 3I0RA 4CJUA 4E0DA 3TWHA 2OZSA 3P5JA 1RILA 4KFBA 1NJXA 3B6OA 3AA4A 3MECA 4C8NA 3CFRA 3DLHA 3VQAA 3VQ4A 4CHZA 3JSMA 4CJVA 3VQQA 2Y1JA 1BIUA 3T3FA 1HPZA 4KHUA 1ASUA 2A1SA 2IC3A 5I42A 3TR8A 4FZYA 1LWFA 3DRRA 2X74A 4DF4A 3AVGA 3ZCMA 1EX4A 1DTQA 1HMVA 3SPZA 4K8ZA 3WNHA 2AJQA 3S9HA 1HYZA 1DLOA 3DLRA 3LAMA 4DTSA 3PX6A 1TVRA 1BGXT 1DTTA 3K5NA 3THVA 4R5PA 1ZBFA 1Q8IA 5FRNA 1IH7A 5I3UA 3ZSQA 1NK6A 4AHVA 4B9VA 4DSKA 4OKKA 4RW9A 4O0IA 3I0SA 1VSIA 1HNIA 5JS2A 3RMDA 4CE9A 3RR7A 4QCLA 4CEZA 4PQUA 1RBUA 3PX0A 3NDKA 3U3GA 2Y1IA 3E01A 3TABA 3DOKA 3SQ1A 1NOZA 4FJ7A 1LAWA 1TAUA 3TAPA 1NK8A 4NCAA 3V9SA 3OYKA 4F2RA 2DFHA 2ATQA 4OPJA 3OYGA 3HT3A 1BCMA 3QEVA 2OPPA 3IS9A 4IFYA 5J1EA 3G10A 4CHQA 1X1PA 1ZBHA 4E89A 2KW4A 3SUOA 4CHYA 1WSEA 3L2WA 4DQIA 2WOMA 3P83D 1KTQA 5HP1A 1BIZA 4PA1A 2HHQA 4BDYA 2P5OA 3IRXA 3QIOA 4CEQA 2GBZA 3EZ5A 3KKSA 1VSFA 1X9SA 4DQQA 1HNVA 1TK5A 1BI4A 2OPSA 3AVIA 5DK5A 3OYJA 2KFZA 3QLHA 1S9EA 5KI6A 3MAQA 4CGDA 4BWMA 3V1OA 1L5UA 3MXIA 3HPHA 4E19A 4KHNA 2XY6A 4ZTFA 3C95A 2EX3A 4DLEA 1KCFA 1QQCA 2HB5A 2W42A 1ZBLA 1IKWA 1HJRA 5KGXA 1N6QA 1VSEA 4Y1DA 4FVMA 4BDZA 4E3SA 1X9WA 1NJYA 3LZIA 3C6UA 3RR8A 1FXXA 1WSIA 2G8WA 1RTJA 4WE1A 4CERA 3V6DA 2X78A 1CZ9A 3LANA 4CGGA 4DLGA 3SQ0A 4B9NA 4Z4IA 3AVJA 4HUGA 1JLEA 4BE1A 3IAYA 4ZTJA 3NHGA 3C6TA 4FJJA 3VA3A 1VRUA 3L3UA 1WSFA 1NK7A 3HPGA 2Z1HA 1CZBA 3LP3A 1J9AA 3I8DA 3ULDA 3SV3A 2QKKA 4DFMA 3KD1E 3AA5X 1S5JA 1S1WA 4FZZA 5SZTA 3JYTA 5HROA 3KTQA 2G8VA 4B9LA 1WSHA 4ELVA 1UA1A 4FLTA 3SUNA 2OZMA 2RN2A 3D45A 4CGHA 3KJVA 3QEXA 1Q9XA 5J2NA 2F8TA 4OKEA 3ZT2A 1NK0A 2B5JA 4C8MA 4MFBA 3SQ4A 1SUQA 1ITGA 4W5OA 4LH4A 4DTJA 4CFBA 4CK1A 1QSSA 4KREA 4KRFA 1TV6A 3LP2A 3M8RA 1SL1A 4I7FA 1NK4A 4FK0A 1D8YA 3OS0A 2KZMA 4CIFA 4KPYA 1C0TA 3DI6A 3TAFA 4JS4A 2IAJA 3BDPA 3LAKA 3VQCA 4DTXA 4DSFA 2OA8A 4RW4A 2YNHA 5KRSA 2YHBA 3L2RA 1VK0A 1L3SA 4FJKA 2YNFA 1IO2A 4O0JA 3T1AA 4HUFA 1QS4A 3M8QA 4Z0UA 2BGGA 3NF9A 3P1GA 3NF7A 4JRPA 3PY8A 4AILC 3KKRA 2G8KA 1QSYA 4M3YA 3AVKA 1TKTA 2YKNA 3L2VA 4HHTA 2HNYA 4W5RA 1QSLA 1CXUA 2EHGA 4CF8A 4FJ9A 4J2BA 1SV5A 3NF6A 4FJMA 3OYIA 4Q5VA 4CEFA 4IFVA 1C0UA 4AH9A 4KO0A 4CGIA 1X9MA 2PY5A 4B9UA 4DSJA 1S1TA 4DS4A 1U4BA 3L3VA 1KSPA 4F3TA 1VSKA 1I39A 4DU3A 4W5NA 3OYHA 1FK9A 1RCHA 5CY4A 4CF9A 3HP9A 3WNEA 5HRPA 4FM2A 2D0AA 1NK5A 2KZZA 3RWUA 3OJUA 1EXQA 1KFSA 3OVNA 3AVFA 4XIUA 1T7PA 4W5TA 4FM1A 1JLQA 3HJFA 3ZSOA 4NYNA 1XC9A 4PUOA 4CJSA 1YVUA 3FFIA 3HSTB 3QINA 3OYBA 4KB0A 1GOCA 3VQ6A 3EY1A 1BI4B 5FDLA 4FJIA 3KLGA 4IG0A 3C94A 4CECA 4GMJB 3O3GA 1HYVA 3LWMA 3CFOA 4KKOA 1F21A 3K59A 4M3RA 3NE6A 3NAEA 5C25A 3U3YA 5KRTA 3S3OA 3OYEA 2HHUA 4J2AA 1KVBA 3K57A 4DF8A 1SKSA 2KFNA 3KK2A 3VQEA 4YFUA 1YTUA 1C1CA 4OLAA 3TAMA 3V9UA 5CZ2A 3CM5A 2HMIA 1S9GA 3B6PA 3OYLA 1WSJA 4O5BA 4CJ4A 4B9TA 4ICLA 3PUFA 4CJKA 1U49A 4CF2A 2FBYA 2ZE2A 2GV9A 3A2FA 3CQ8A 1NJZA 4F4KA 1RTHA 4OJRA 4RW6A 1IKXA 4LH5A 3K5MA 1HYSA 1YTAA 4RW7A 1J53A 4O55A 4N41A 1ASVA 2Z1IA 1L3UA 3HVRA 3QNNA 1NOYA 1J5OA 3RMCA 4OKJA 4H4MA 4O4GA 4DSIA 2Q3SA 4M42A 1RBRA 3DLGA 3MXMA 4I9QA 1LW2A 1GOBA 4ZHRA 3ZT4A 4OLBA 5K14A 4M3ZA 4M3TA 3VA0A 1L3VA 3SV4A 4DTPA 4KHYA 2OYQA 4CESA 3ALYA 3DLKA 3MXJA 2IDOA 1JL1A 4I9LA 3OYCA 1J54A 1T8EA 3AVMA 3HP6A 3NBPA 1WN7A 4CJFA 4DS5A 3HVTA 4IKFA 1C1AA 2IS3A 3WNGA 1BQMA 1A5WA 4FJLA 4KTQA 1B9FA 4KTWA 1RTIA 2FC0A 3QESA 4Z4FA 1TGOA 3ZSVA 1A5VA 3AVCA 3K5OA 2G8HA 1TKZA 4OVLA 4KHQA 1LV5A 3V9ZA 1U47A 1LWEA 3O3FA 4DSLA 3F73A 1S1VA 3OYAA 4CCHA 4CJPA 2XHBA 4DU1A 4FLWA 2HW3A 2DTUA 3MEDA 4CEOA 5KTQA 2WONA 1JKHA 3BGRA 4PWDA 1LWCA 3NFAA 3V9XA 1D9DA 4FK2A 4NCBA 2BANA 2G8FA 4DTRA 4OPKA 3LPUA 4FZXC 4FJGA 3TI0A 4GVMA 4Z4HA 3NGZA 3V9WA 2XY7A 1WNSA 2OPRA 3TAGA 2P1JA 1RDAA 5HRRA 1JXEA 2YV0X 3MEGA 5EU7A 2G8UA 2HNZA 1VSLA 3QETA 3AVLA 3ZT3A 4B9SA 1VSMA 4FXDA 5FROA 2FBXA 4KI6A 3ISNC 4KHSA 3S3NA 4I2PA 4B08A 2O4IA 3O4NA 3D0PA 4FW1A 4CIGA 4CFCA 4FLVA 4JLHA 4CJ5A 4J2EA 2DFFA 1RT1A 4M3UA 5HRNA 4B8AB 3ZSWA 1SL0A 3ASMA 3O4QA 4CK2A 4UQGA 1UWBA 3RRHA 1CXQA 2D0CA 2P51A 3AV9A 2JGUA 3KLIA 4Y1CA 1XHZA 4KB1A 1ZBIA 4QAGA 2YKMA 4RW8A 1U04A 5J2QA 4H4OA 1YT3A 1RT5A 4E7HA 1WSGA 2X6SA 1BCOA 3V1RA 3G0ZA 4CF1A 4BWJA 3EYZA 3QEPA 3M8SA 2PYJA 4ELTA 1KRPA 4GW6A 4F8RA 2RPIA 3CG7A 4E1MA 1WLJA 4G1QA 3QERA 2VG6A 4JS5A 1KLMA 3AVBA 1RT2A 2RF2A 5CZ1A 4M45A 3NGIA 2Z1JA 4M41A 1W0HA 4FJ5A 4B8CA 3OYNA 4DFKA 1FKPA 5D3GA 1UOCA 3V1QA 4ID1A 3AVNA 1JLAA 2OPQA 3LWLA 4FLZA 2E6LA 4I2QA 1TKXA 4DTNA 2HHXA 1O1WA 1RT3A 1S1XA 4FLYA 4DTUA 3RMBA 4DMNA 1S1UA 4FLXA 3VN5A 4CFAA 3NCIA 2NUBA 1MU2A 4LSLA 3VQPA 3KK3A 3M8PA 4BACA 4C8KA 5JS1A 1TKDA 4CEDA 3TARA 1IKYA 2HNDA 4CJTA 2KQ2A 3DMJA 1LAVA 4LD0A 3LZJA 3L2QA 3RTVA 3DLBA 3AO4A 3KLEA 4M3XA 2PZSA 4ELUA 1T05A 1BL3A 3LALA 1XHXA 2GUIA 3SPYA 3QEIA 1RDDA 4TSXA 4DG1A 1JLGA 3HL8A 5C42A 4IBNA 4FYDA 4BE2A 4KHWA 2O4GA 3HPOA 3CFPA 4C8LA 1C0MA 2ZD1A 3SZ2A 5HLFA 1RT7A 4RG8A 2DY4A 3TAQA 2FBVA 3NF8A 1TK8A 2IOCA 1QTMA 3NGYA 4DQSA 3HK2A 1D9FA 1R0AA 1D5AA 1B92A 4FJNA 1SKRA 1BISA 2Z1GA 1A5XA 4DTMA 3OYDA 1UA0A 3IG1A 3PO5A 3DLEA 3SI6A 3L8BA 3V4IA 1EP4A 1Z25A 3AO2A 4FW2A 1U48A 1L3TA 1GOAA 5DMRA 1BQNA 2A1RA 4KTZA 3KD5E 1T03A 4B3OA 1I3AA 4CJEA 4N5SA 1W9HA 4ID5A 4DTOA 4BDPA 2QKBA 2E6MA 4OGCA 5SWMA 3AA3A 3VQBA 1TK0A 4M3WA 3NH2A 3DRSA 4E7IA 2YHAA 3SJJA 3AVAA 1XWLA 3K5LA 2B6AA 4JRQA 2R7YA 3LPTA 3L2UA 1KFDA 4KI4A 3VQDA 1XI1A 3OJSA 2PYLA 3F9KA 1S6QA 1KVCA 3ITHA 3QEWA 3SUPA 5J2PA 1WAFA 4HTUA 1RBVA 1TAQA 1TL3A 3ZT0A 3TANA 2VWKA 3AVHA 1SKWA 4Z4GA 3CYMA 1NKBA 4E7KA 2VWJA 5E41A 4N76A 3NH0A 3OYMA 1NK9A 1RT6A 3H08A 3RRGA 1C1BA 3AO3A 2HHVA 3HXMA 1NKEA 3RMAA 3ZSZA 3PX4A 1WAJA 4CJQA 4LSNA 3SQ2A 3PO4A 1KVAA 1JXBA 4HCCA 2VG7A 1KLNA 1QHTA 2ETJA 2FBTA 3SYZA 3SNNA 1ZBUA 4CHPA 4Q0BA 4EZ9A 2XY5A 1HQUA 3TAEA 2DFEA 4CJ3A 1UAXA 2I5JA 3VQ8A 4CGFA 4CHNA 4CHOA 4KAZA 1JLBA 2X6NA 4FM0A 2HVHA 4DU4A 5FRMA 4AHSA 4E7LA 3HO1A 4FJ8A 4PY5A 2HHSA 3V81A 3HYFA 1EETA 4EP4A 1G15A 4KV8A 2IGIA 3NH1A 3O3HA 1S6PA 3K58A 2HHWA 3T19A 5CYMA 4FLUA 3KLHA 2P5GA 1IKVA 4E1NA 4DSEA 1JLFA 2HVIA 3AO1A 3OS2A 4IDKA 1RDBA 5HBMA 4NYFA 3QNOA 4CIEA 4CEEA 3OY9A 1TL1A 4AHRA 2RKIA 3CM6A 3WNFA 3S3MA 1U45A 4CEAA 3LP1A 3MEEA 3DM2A 2BDPA 1CLQA 1SL2A 4BE0A 1RDCA 1HRHA 4HUEA 4B9MA 4J2DA 3KK1A 2QXFA 1IG9A 1VRTA 5KGWA 4CF0A 2HHTA 4HVJA 4FJXA 3VQ9A 2B4JA 1EKEA 4N56A 4FK4A 3DRPA 4FJHA 1B9DA 4O44A 5CYQA 4CJWA 1VSJA 1JLCA 4DQPA 2VG5A 3K2PA 3KIOA 4AHTA 4FCYA 2JLEA 4CEBA 1NJWA 4E7JA 2KTQA 4H8KA 4CGJA 4CJLA 1ASWA 4LY7A 5T7BA 3AO5A 2QK9A 3OYFA 4Z4EA 4QOZB 2XRIA 4N47A 3LP0A 3UIQA 1Z26A 1FKOA 1QE1A 4IG3A 1Y97A 4EZ6A 1K6YA 3KLFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4L8RB 1REVA 3H3OB 1LW0A 1RNHA 3FZHA 4QS7A 1BHLA 3DWLA 5AQKA 4HCBA 2VCPA 3OS1A 4FL9A 2D0BA 5M1FA 3DOLA 5C24A 4K25A 1HQEA 1RT4A 1NKCA 4CZIA 3AA2A 4YDUC 2NRTA 3MX2A 3VQ7A 4EHTA 4DQRA 4PL8A 3HM9A 3C6AA 2IVOA 3O5BA 3O8MA 1NJXA 4MLEA 3MECA 1WBBA 3JSMA 1BIUA 1V4SA 2QWQA 1HPZA 2A3ZA 3D2FB 5I42A 3TR8A 1KAYA 4EIAA 4E1JA 1HMVA 1WOQA 4JKEA 3S9HA 2VGNA 4R5PA 4AM7A 1Q8IA 5M1PA 1NMNA 3FGUA 3RMDA 3RR7A 4CEZA 4GVEA 1YAGA 2QTDA 1JCFA 3SQ1A 4FJ7A 1MWKA 1TAUA 4M7YA 4NCAA 3HZ6A 4F2RA 2DFHA 5JLHA 4OPJA 3OYGA 4QS8A 5J1EA 1MDUB 4FSVA 1KAXA 2E2PA 3NVMA 3SUOA 3WXJA 1WSEA 1Y64A 4K42A 3VPZA 4DQIA 1NGHA 1BA0A 1BU6O 5HP1A 3BEXA 4BDYA 3KKSA 5EOYA 1BI4A 2E88A 3OYJA 5KI6A 5JICA 4CGDA 3FR0A 3V1OA 4JN4A 4BWMA 3HPHA 3J7YP 3CCRN 3CMAN 2W42A 1HJRA 3EN9A 1VSEA 4Y1DA 1DEJA 4FVMA 2BTFA 1BDGA 3A8YA 1RTJA 5ADXA 1CZ9A 3LANA 1K73O 4B3SK 2P9KB 4B9NA 5AQFA 1JLEA 4CBUA 4ZTJA 3KHYA 3ZX2A 3H46O 4A62A 4NO7A 2ASMA 4FOIA 1J9AA 2QKKA 4DFMA 3AA5X 3BUZB 3DLLL 4FZZA 5SZTA 2G8VA 4B9LA 4ELVA 1UA1A 3SUNA 2OZMA 2A41A 4OKEA 4LF5K 1NK0A 2B5JA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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