3AVAA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 58
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avaA00
4FCYA 1KLNA 4RG8A 3AVCA 3VQ7A 1NKCA 4E89A 1T03A 3OYIA 4CCHA 3SUNA 3ZSOA 3H08A 1SKRA 5HBMA 4AHUA 1RILA 1Z25A 1RCHA 4CK2A 4C8KA 2G8VA 3VQ8A 1VSDA 3O4QA 1C0MA 1NJYA 1JL2A 3ZSXA 1Y97A 2PYLA 1TKXA 4FLWA 4KRFA 3QIOA 4W5RA 4DQPA 4O4GA 3PO4A 4M42A 4K8XA 3RMCA 3ZSZA 3HPGA 2X74A 3M8SA 4CF9A 4FJGA 1QTMA 3NE6A 4ELVA 1G15A 2YHBA 1ZBFA 3QNOA 2FC0A 4KTQA 3HP9A 4RW9A 5DK5A 4CF1A 4Z4EA 1BQNA 4ELUA 1WSIA 3KKRA 2HW3A 4W5QA 4EP4A 2QK9A 4ELTA 1XC9A 1FKPA 4DU1A 2A1RA 3AVJA 1EKEA 1TGOA 1WSEA 2HHUA 1IKWA 4FM1A 1HQUA 3DRSA 2G8WA 4CJLA 1SL2A 2Y1IA 3BDPA 4HVJA 1EXQA 4CIFA 2VG6A 3WNGA 3VA0A 3QNNA 1TK8A 3L2RA 3OYCA 1L3UA 4FXDA 2KZZA 4CFCA 4IG0A 4NCBA 3HL8A 3NGYA 3OYAA 3VQCA 1Q9YA 5KTQA 4IFYA 3VQPA 3AVLA 3NAEA 2JGUA 4KB1A 4C8LA 4OPKA 2IAJA 4Y1DA 3QERA 1Q8IA 1RBSA 1TV6A 4FJ7A 2YHAA 1TAQA 4BE1A 3QEPA 5CYMA 3ZSWA 3DLGA 1S1UA 4E7JA 3QETA 2IS3A 3DI6A 4DU3A 4Z4FA 2OPRA 3KLFA 3AVBA 3NF7A 3SPZA 4J2AA 4DQRA 2ITGA 2O4IA 1QSSA 4ZHRA 4J2DA 1QHTA 4CEAA 1S1WA 1U4BA 3T19A 2DY4A 5T7BA 1ZBHA 3UIQA 5KGWA 3AA3A 2OPQA 2HMIA 1RBTA 2ZQBA 3IG1A 4J2EA 2GUIA 4NCAA 4LD0A 3DLEA 4DFJA 3K5NA 2XY7A 1VSIA 3HPOA 1VSMA 3AVKA 4DTMA 2BDPA 2KFZA 2DTUA 4CJRA 3HSTB 4GVMA 1KLMA 3KKSA 1TL3A 1BHLA 2KQ2A 3K58A 1EP4A 2ZD1A 4CJEA 1HMVA 5HRRA 4Z4CA 3OY9A 5HLFA 1RDCA 3TWHA 3NF6A 3L8BA 3T1AA 1W0HA 1GOCA 3T3FA 1JLCA 1S5JA 4F8RA 2QKBA 4CIGA 2AJQA 4FLTA 4HUFA 1ZBUA 3V1RA 1IKVA 4CJ3A 3V1OA 1NK5A 3PO5A 3LAMA 1HNVA 1W9HA 3ZT2A 1K6YA 4BE0A 3RMBA 4Z4IA 3ZT0A 3PX4A 4DSIA 2G8UA 5EU7A 3AO3A 4FJ5A 4PY5A 3AV9A 3K59A 4F2RA 1RTDA 4ICLA 1NOYA 4KHQA 1SKSA 3KK3A 4CJQA 4KPYA 4B8AB 5KI6A 3P1GA 4HCBA 1L3VA 2WONA 3IRXA 3VQ4A 3EYZA 1N6QA 4KHUA 4CHZA 1L3TA 3OYDA 5K14A 1D9DA 2P5GA 4OGEA 3SQ4A 3LALA 3NGZA 3KLEA 5FRMA 1TKZA 1HPZA 1HNIA 1TK0A 4O44A 3MXMA 4YNQA 4M3WA 2X6SA 3DRRA 1WLJA 1ASWA 4CGFA 2D0CA 4Y1CA 3ZSQA 4CJSA 3DOLA 4CJKA 3LP0A 3WNEA 2HNYA 4DS4A 3JSMA 1GOAA 4G1QA 5E41A 3SQ1A 1RT5A 3NFAA 1T7PA 1BISA 4I9QA 1VRTA 3ZCMA 4DQSA 1BI4A 3AVAA 3NF9A 3SI6A 2YNHA 4FJNA 2B6AA 2RF2A 3TAFA 3C6TA 1RBRA 4W5OA 3ALYA 5I3UA 3DRPA 3M8RA 2OYQA 4CJ5A 4KHNA 2F96A 2Q3SA 3DLRA 4CE9A 1HJRA 4E7KA 1IG9A 3DLBA 4JRPA 4N56A 2A1SA 3RWUA 1CLQA 2BANA 3HP6A 4AHCA 3OYBA 4DTJA 2YNIA 1JXEA 1VSJA 3QINA 4FJKA 4XIUA 3ZSRA 1RTIA 3LWMA 4OVLA 2Z1IA 3K57A 1NJXA 1BIUA 1KVBA 4LH5A 4EZ9A 1U04A 1CXQA 3RMAA 2E4LA 2WOMA 2OZSA 3OJUA 4BDYA 1C0TA 1NK9A 4KKOA 4CERA 3TAQA 4KI6A 3ZSYA 1S6QA 4IG3A 4OKJA 3ZSVA 3AO5A 1QSLA 4B9LA 4N76A 4DLEA 3AO4A 1U49A 1A5VA 1KVCA 3NHGA 1RNHA 4QOZB 4BACA 1BCOA 3THVA 2F8TA 4FW2A 2W42A 1X9WA 5HP1A 1FKOA 1QQCA 3VQ6A 3CFRA 1VSFA 4EZ6A 2YNFA 5J1EA 1JL1A 2X6NA 4HUGA 3QLHA 4OKEA 4CGJA 2XY5A 1FK9A 3NBPA 5DMRA 1X9MA 4DSJA 1RDDA 3I0SA 1DTTA 1UAXA 3OYJA 2B5JA 4E7HA 2DFEA 4ID5A 4PQUA 4Q5VA 4NYNA 3SZ2A 4PUOA 1S9EA 2YKNA 4BE2A 1S9GA 3V81A 1NOZA 1WAJA 3O3HA 3RR8A 5CZ1A 4OJRA 4MFBA 4CEZA 1J5OA 4DQIA 1LW2A 4B9UA 4B9MA 4B9VA 4I7FA 3K2PA 1SL0A 4DU4A 5C24A 1WSHA 1HRHA 2D5RA 3DOKA 2RPIA 3NH0A 1RT3A 4HHTA 3K5LA 3V9ZA 2IOCA 1LAVA 2VG7A 5HROA 1U45A 2KTQA 4M3ZA 3L2QA 1X9SA 2OA8A 5HRNA 4KHWA 4FJHA 4KI4A 3HJFA 1VRUA 1SL1A 4H8KA 2FBXA 3VQAA 4DF8A 1XHZA 2ETJA 1L5UA 4Q0BA 3EZ5A 3KD5E 4E0DA 3DYAA 1JKHA 1I39A 1BGXT 4FJLA 4BDZA 3TR8A 3SUQA 3D45A 3VQBA 2G8IA 2HB5A 5FROA 4CEDA 2IGIA 1RTHA 2IDOA 4ZTFA 3OVNA 4CHPA 5D3GA 3MEGA 2E6LA 2YNGA 2RKIA 3SV3A 4AH9A 4PWDA 1YTUA 1Q9XA 5KRTA 3HM9A 3OYKA 2KW4A 3E01A 1KFDA 2VG5A 3D0PA 4LH4A 5C42A 2GBZA 4H4OA 2G8FA 1D9FA 4M3UA 2JLEA 3TAEA 4AILC 3LP1A 1B9DA 3KK1A 1UA1A 4DG1A 1BI4B 3V4IA 3P5JA 3QIPA 2GV9A 4W5TA 3S3MA 1VSEA 1JLGA 3AVIA 1KVAA 4HCCA 4FK0A 4O55A 1RDAA 4DLGA 4DSFA 1RT1A 5J2PA 3VQEA 4FJ8A 4DSLA 2XO7A 4E1NA 1B9FA 4KHSA 1J53A 3SPYA 2VWJA 4JS5A 1SUQA 3VN5A 3RRHA 5J2QA 3MXIA 5FDLA 4KHYA 1GOBA 3KLGA 4N41A 4H4MA 2KZMA 4DTNA 5J2NA 4C8OA 1KTQA 1N5YA 4TSXA 4OGCA 3CFOA 3C94A 4LSNA 1LWCA 1IH7A 3OYMA 1ITGA 3BGRA 1WSGA 1C1AA 1A5XA 1J9AA 4JS4A 1IKXA 4CGHA 1BIZA 4CHYA 3LANA 4E3SA 3QEXA 3SUOA 1REVA 5CZ2A 4BDPA 1XHXA 2BE2A 2FBYA 3AVMA 3U3YA 4DSKA 3SYZA 1NJZA 4IKFA 4KO0A 4IDKA 3OYEA 4R5PA 3FFIA 1LW0A 4FLVA 1O1WA 5KGXA 4CJ4A 3AVHA 4DTPA 1TK5A 2PZSA 2HHSA 2EHGA 2DFFA 4I2PA 5JS2A 1HYVA 1NJWA 3PY8A 1NKEA 3C95A 1LAWA 3ZT3A 2OPSA 2PY5A 3OYLA 1SV5A 4QCLA 1JLBA 3HO1A 3QO9A 4DFMA 3CM6A 3EY1A 2HHWA 3QESA 4QAGA 4CEQA 3V9XA 3OYNA 1TL1A 3LP3A 4LY7A 1C0UA 3WNHA 3SQ2A 3NF8A 4F3OA 1BQMA 4FVMA 2YKMA 1Z26A 2NUBA 3QEIA 3TABA 1C1BA 3V9UA 1L3SA 3DLHA 3DM2A 3M8PA 4B9NA 4CF2A 2P1JA 2YV0X 4CFBA 2LSNA 4CEFA 3V1QA 4I9LA 3L2UA 3MAQA 4DTRA 4FYDA 2XRIA 4ID1A 4AHTA 3LP2A 3DLKA 1NK7A 2O4GA 1C6VA 1RTJA 3RRGA 4L8RB 3V6DA 1S6PA 3MEEA 4RW7A 4CF0A 2R7YA 2Y1JA 4KB0A 4CJVA 1T8EA 3LDSA 1A5WA 3ITHA 1JXBA 3KLIA 2XHBA 1WSJA 4M3RA 4CJUA 1KCFA 3HT3A 4OKKA 4DQQA 3AA4A 1VSHA 4DFKA 3IAYA 1XI1A 4OLBA 3L2WA 1RT2A 3K5OA 1WNSA 4CJTA 4DTSA 3IS9A 3ISNC 4CJFA 3OYGA 4E7IA 2OZMA 3VQQA 4FJXA 1KRPA 2Z1HA 4CIEA 1J54A 3AA2A 4DTXA 1ZYQA 4WE1A 1U48A 1QSYA 2HHXA 1YVUA 3HXMA 4DS5A 4CK3A 1RBVA 4FZXC 5KRSA 4CHNA 3O3GA 2F8SA 2FBTA 4Z4HA 3KK2A 5JS1A 2D0BA 2Z1JA 2P5OA 3LPUA 3O4NA 2E6MA 3TANA 3RTVA 3ULDA 4F4KA 2EX3A 1UOCA 2XY8A 2HHTA 1VSLA 2HNDA 5I42A 2G8HA 4N47A 3M8QA 1JLAA 1WN7A 4KFBA 4M3TA 1VSKA 4DSEA 1LWEA 4RW6A 3MXJA 4CHQA 3AO2A 3AO1A 3CFPA 4HUEA 4B9SA 3SQ0A 3LZJA 4M3XA 4LSLA 3U3GA 4O5BA 3B6OA 3PX0A 2BGGA 4B3OA 4CFAA 1B92A 1QE1A 1BCMA 4OLAA 1X1PA 3V9SA 2B4JA 3QEWA 4E1MA 5FRNA 3NH1A 1IKYA 4O0JA 1YTAA 1HYZA 3I8DA 1HQEA 2HNZA 2I5JA 2OPPA 3OS0A 1LV5A 4FJMA 4ZTJA 3CQ8A 5HRPA 4DF4A 3KIOA 1F21A 1RT6A 3CG7A 2DFHA 4HTUA 2Z1GA 1D8YA 3L3VA 4FJ9A 4FLXA 2HVHA 4GMJB 4CK1A 1NKBA 3AVFA 1FXXA 4E7LA 3B6PA 1ASUA 3VQ5A 4E19A 5SZTA 1NK6A 1WAFA 1UWBA 3A2FA 4CF8A 3OS2A 1KFSA 1ZBIA 4EP5A 5J2MA 4GW6A 4CGGA 3MECA 3O3FA 1DTQA 1S1VA 3CYMA 1T05A 1VK0A 3L3UA 4B8CA 3G10A 4CECA 1CXUA 3TI0A 4DWIA 4KAZA 4KREA 4CJPA 3HK2A 3AVNA 3PV8A 3P83D 1EETA 4BWJA 4O0IA 4FM2A 3NCIA 4YFUA 3I0RA 1BL3A 3HPHA 1HYSA 3AVGA 3OJSA 1TAUA 3TAMA 1IO2A 3U6FA 1R0AA 4FLYA 4CEBA 4DTOA 3S3OA 4IBNA 1DLOA 3HVTA 4RW8A 4OPJA 3SUPA 1D5AA 4AHVA 4C8NA 2VWKA 3NDKA 2X78A 3SV4A 2KFNA 4M41A 4JRQA 3TARA 4B08A 4CHOA 4AHRA 4FW1A 4JLHA 4FLZA 2G8KA 1YT3A 4K8ZA 3VQ9A 2RN2A 4UQGA 1NK4A 1TKTA 5CY4A 4CGIA 3S3NA 4CEOA 1JLFA 4DTUA 3KLHA 4CJWA 4PA1A 4BWMA 3F9KA 1CZ9A 4MQ3A 4J2BA 3KD1E 4N5SA 1RBUA 3QEVA 2HHVA 2XY6A 4M45A 4FK2A 3VQDA 4IFVA 1NK0A 4AHSA 3NH2A 1CZBA 1SKWA 3ZT1A 4Z4GA 2P51A 1TVRA 2QXFA 3VA3A 3C6UA 4I2QA 2ZE2A 4FM0A 4W5NA 4Z0UA 1RT7A 1S1TA 5CYQA 4C8MA 3RMDA 4F3TA 3JYTA 3ASMA 3SNNA 2HHQA 3G0ZA 4KTZA 4DFPA 3S9HA 4CGDA 3KTQA 1I3AA 3WNFA 1LWFA 3KJVA 2HVIA 3LAKA 3OYFA 3SCXA 4M3YA 4FZYA 4NYFA 4KTWA 3K5MA 3MEDA 3TAPA 3OYHA 3LWLA 4NCGA 3LZIA 3TAGA 3PX6A 4FZZA 1EX4A 1XWLA 4FJIA 1RDBA 3F73A 2IC3A 3HVRA 1ZBLA 1U47A 2QKKA 4FK4A 1S1XA 4CESA 3L2VA 4KV8A 3AA5X 3ZT4A 3CM5A 1JLQA 1MU2A 4DMNA 3RR7A 2D0AA 3LPTA 3PUFA 3DMJA 1JLEA 4FJJA 1WSFA 1ASVA 4F2SA 1TKDA 1C1CA 1UA0A 4B9TA 1QS4A 4CEEA 2PYJA 4FLUA 1NK8A 4RW4A 4CFDA 2ATQA 5SWMA 3V9WA 1RT4A 2FBVA 5C25A 5HRSA 3OS1A 1KSPA 3SJJA 3HYFA 3NGIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KHYA 4FCYA 1KLNA 3QDKA 4RG8A 1NKCA 4E89A 1T03A 3H08A 1RILA 1Z25A 4CK2A 1C0MA 2FF6A 3M8SA 1EQYA 3PSFA 2VWBA 4KTQA 2FC0A 3HP9A 1BQNA 2HW3A 1XC9A 1NNEA 3AVJA 1TGOA 1WSEA 1YI2N 4FM1A 2G8WA 4CJLA 1L3UA 4IG0A 4NCBA 3HL8A 3NGYA 3VQCA 4LF6K 1VQMN 4BVPA 1HLUA 3FZKA 5IT9O 3QERA 1RBSA 3I8BA 2YHAA 1TAQA 4BE1A 3ID8A 3W3DA 3ZSWA 4E7JA 3A5OC 3LDLA 3NVKA 4J2AA 1Z05A 4DQRA 3ENOA 2O4IA 4BRFA 4WCEL 1QHTA 2W40A 4CEAA 3T19A 3G4SN 1YITN 1QQNA 5E26A 5BREA 4M63C 4LF7K 3DLEA 5DM6L 2XY7A 2KFZA 4B1XB 4XH4A 2WTUA 3KKSA 3DLLL 4G9ZA 3FE1A 1BHLA 2QM1A 2ZD1A 1HMVA 4U67L 4CBXA 3T3FA 1S5JA 4F8RA 3LDNA 2QKBA 1ZBUA 4FWMA 3V1OA 4CJ3A 4DHYA 3ZT2A 5FPDA 1BA1A 4HWIA 3ZT0A 4BG8A 3PX4A 2UUAK 5EU7A 3WUHA 4YHHK 3AV9A 1RTDA 4ICLA 1NOYA 4KHQA 4NLCA 5FLXO 4A61A 4LF8K 4WQ5A 4B8AB 3P1GA 2H3GX 1L3VA 3IRXA 4CHZA 1D9DA 3SQ4A 4O8UA 3FZMA 5GIOA 1HNIA 5AQHA 4O44A 1WLJA 4Y1CA 4CJ7A 4CJSA 3T7ZA 4IOCL 3CMEN 1XMQK 1NU0A 2HNYA 3JSMA 4EHUA 1RGIA 4I9QA 5H1SQ 4DQSA 2O8FA 5M1PA 3CJ9A 5FPMA 1DGKN 1Q81O 2V7ZA 1NMDA 1NGDA 4N56A 3UB5A 4MDBA 1CLQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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