3AVBA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 56
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avbA00
1TV6A 1R0AA 3C95A 5FROA 2G8IA 3SUNA 1KTQA 3DRRA 2B4JA 3MECA 4DTNA 3IG1A 1XHZA 4DFJA 3TR8A 3RRHA 4DSKA 2VG5A 1QQCA 1WSGA 4OKEA 3DLGA 3I8DA 1YT3A 1JLEA 1ASWA 1RDAA 5J2PA 3K5MA 3IAYA 1EX4A 4FLYA 2OPRA 3LANA 5D3GA 3SV3A 1BQMA 3AVIA 4RW7A 1RT4A 1RT1A 4FW2A 4LSLA 4QAGA 1HYVA 3RTVA 1ZYQA 1RNHA 1RILA 2VG7A 4CJRA 2XY5A 1U47A 3PY8A 4N41A 1LWCA 4FK2A 2Z1JA 1J54A 1JLCA 4M42A 3AV9A 5J2QA 1A5VA 1CZ9A 4HVJA 3IRXA 1XHXA 3S3NA 4FYDA 1BL3A 3DMJA 2KTQA 1Q8IA 4CJEA 4FZZA 4I2PA 3VA0A 3SJJA 3SI6A 1IO2A 4AILC 3CM5A 1VSIA 2E4LA 3HPHA 1L3VA 3VQ8A 2Z1IA 2HVIA 2GUIA 1NJXA 3HM9A 1TAUA 1QSSA 2G8FA 1KFSA 4PY5A 2HHQA 3D45A 2HHXA 4R5PA 4FJ5A 3OJUA 3E01A 3OYBA 1N6QA 3MXJA 2PY5A 4NCBA 4O0IA 1ZBFA 3TAGA 1VRTA 1RT3A 4PQUA 1WSJA 4ZTJA 1SL0A 4QCLA 2HB5A 1T8EA 1HYSA 1ITGA 1A5WA 4W5QA 4OGEA 5K14A 3T19A 4CIFA 3KK3A 2QKBA 3RR8A 3SQ4A 4NCGA 3DLEA 4CEDA 4Q0BA 4CK2A 3EY1A 4MFBA 2EHGA 4DQRA 4B9LA 1JL1A 3VQ5A 5JS2A 3JSMA 1BCMA 5T7BA 3AA4A 3O3FA 3KK2A 2YHAA 4CHPA 3QIPA 3ULDA 4AHSA 1F21A 4OKJA 2B6AA 3OYCA 2E6MA 4I9LA 4FJKA 3ZSZA 1KVCA 4DF4A 3VQDA 3NHGA 2KFZA 1LV5A 3HPGA 4FJNA 5CYMA 4CJ4A 4IFVA 3HSTB 4M45A 4PUOA 3AO1A 4BE0A 3RMDA 1BIZA 4Z0UA 3SNNA 4B9TA 2OZMA 2IAJA 4DU1A 4ELVA 3DM2A 2KQ2A 2ZE2A 2KFNA 4DTPA 4CEZA 3D0PA 3RMBA 3KTQA 2HHWA 1C1CA 1L3SA 3AVMA 4FXDA 3V1QA 1FXXA 5C42A 4CECA 3MXMA 4OPJA 3V1OA 4CJUA 4DSEA 4FJLA 2Z1HA 4Z4CA 4JRQA 4IDKA 4CHYA 2JLEA 5FRMA 1L5UA 4FVMA 4QOZB 1ZBLA 4H4MA 4B8AB 1XC9A 4DSFA 3H08A 2HNYA 2YNFA 4H4OA 3L2UA 4Z4GA 1ASUA 4E3SA 3AA5X 4B9VA 5I3UA 3OYAA 1B9DA 4DTXA 4B9MA 4DTOA 5DMRA 3JYTA 4JLHA 1B9FA 3SPZA 2VG6A 1UAXA 3KLHA 1UA1A 4ZTFA 4DLEA 4OGCA 4KRFA 4CK1A 3KIOA 3PX0A 1D5AA 4AHRA 1CXUA 4ELUA 4J2AA 2F8SA 4CGFA 3AVAA 4MQ3A 3VQ6A 4EZ9A 3OS0A 4W5OA 4E19A 4YNQA 3S9HA 1HJRA 4WE1A 4O55A 1WSIA 1SV5A 4N47A 5KRTA 4FCYA 4JS5A 1NJYA 1QE1A 3VQ4A 4DFMA 3VQ7A 1NJZA 4FJGA 1VSJA 1NJWA 1LW0A 4KI4A 3NF6A 4CK3A 3LPUA 4DTSA 3F9KA 3TAQA 1VSDA 3OYKA 4KO0A 1UWBA 4Z4IA 1X9MA 4LSNA 4C8KA 4FLTA 3FFIA 4DSLA 4I9QA 5KI6A 4J2DA 1L3UA 3M8RA 4AHTA 4CERA 2IDOA 4M3UA 4TSXA 4CESA 4CJVA 1RTDA 4O4GA 4C8OA 3K57A 4CJKA 1IKYA 2YNHA 4CEBA 3V4IA 3C94A 3B6PA 4J2EA 1ZBHA 1EXQA 1TK0A 3ZT0A 4RW6A 3QNNA 2DTUA 1TKDA 1BGXT 1S6PA 1D9FA 4KTWA 1UOCA 3SUOA 2GBZA 5CYQA 3AVCA 4OJRA 4KFBA 4FLXA 3V9WA 5JS1A 3DLRA 1NK8A 3V9ZA 4W5TA 3V6DA 1DLOA 1KVAA 2Q3SA 3DRPA 3M8QA 3VQ9A 3K5NA 4FM1A 4DTUA 1U04A 2Y1JA 4FJIA 4B9SA 5CZ2A 3HL8A 1U4BA 1DTQA 1JXBA 4CEEA 2EX3A 3OYHA 4KB1A 3CFPA 1VSEA 1WNSA 3AO2A 3OYDA 1TL1A 3AO3A 1LWEA 4DS5A 1HQUA 3O4NA 3F73A 3VQPA 1GOBA 1C6VA 4FJXA 5CY4A 4CEFA 4ZHRA 1A5XA 4N76A 2YNIA 2FBTA 1X9WA 1QSYA 3DRSA 4C8LA 2RPIA 3LWLA 1RDCA 3CYMA 3WNFA 1KVBA 4UQGA 4DLGA 1IKWA 4IBNA 4GW6A 4ICLA 2BDPA 3HYFA 2X78A 2NUBA 3KKSA 3ZSOA 1S9EA 2D0CA 1JXEA 4CJLA 4CJ5A 2X74A 1VSFA 4OPKA 3QLHA 2FBYA 3S3MA 3CM6A 1TK5A 3BDPA 4M3ZA 1ZBIA 3V9XA 1NK6A 4O44A 4LD0A 4KHWA 5C24A 4FZYA 4NYFA 4BDPA 4KB0A 1QS4A 2F8TA 2HNDA 3NH1A 4LH4A 3SYZA 3OJSA 3VQAA 4AHVA 2YV0X 3QEIA 1SKWA 2HHTA 4B8CA 1RDDA 2P5OA 4CEOA 3QNOA 1JLFA 3ZSXA 1NOYA 3KD1E 1HYZA 2RKIA 3NAEA 4OLBA 3ZT3A 4EZ6A 1ZBUA 2ZD1A 3V1RA 4CJPA 4GMJB 3QETA 3SQ1A 3I0SA 4W5NA 3O3GA 3OYIA 4JRPA 4ID1A 4CFCA 4KHQA 3B6OA 4N5SA 1ASVA 3HJFA 2XO7A 4NCAA 4BACA 4DF8A 1NK0A 4E7KA 1JLBA 3L2QA 1U49A 2G8HA 4O0JA 1JLAA 4KI6A 2WOMA 3SQ0A 2JGUA 2D0AA 3KLIA 4XIUA 2XY6A 3S3OA 3KJVA 2PYLA 4HUEA 3PX4A 4AH9A 1NK7A 4B9UA 1IKVA 1TVRA 4CJ3A 3QEVA 2Y1IA 3O3HA 5HROA 3K5OA 2FBVA 3NF7A 4FZXC 1CLQA 5FRNA 3LALA 1C1BA 4KKOA 1TKXA 3OYGA 3CQ8A 3LDSA 3THVA 3CG7A 2HHUA 3O4QA 3EYZA 1WAFA 3OS1A 3PO5A 4J2BA 1KFDA 3P5JA 1RBVA 1SUQA 4M3XA 5DK5A 2IOCA 4FJ8A 3NBPA 3NFAA 3M8PA 3RMAA 1EP4A 4CJSA 1U48A 5SWMA 4DSJA 4C8NA 3HVTA 3QINA 1J9AA 3DLHA 1SKRA 1KLNA 3LAMA 1TGOA 1TKZA 1DTTA 3NGIA 4FK4A 2BANA 1WSHA 2X6SA 2XHBA 5C25A 5KTQA 2F96A 3OYNA 3CFRA 4DQPA 3HT3A 1QHTA 4LH5A 4AHUA 3QEXA 2P1JA 2GV9A 4F4KA 1JL2A 1TL3A 3HP6A 3LZJA 3DYAA 1Y97A 2BGGA 3OYMA 3NGZA 3C6UA 3TAPA 4L8RB 1GOAA 3LPTA 4G1QA 2RF2A 4DTMA 3AVLA 3WNGA 1RBUA 5CZ1A 3HVRA 1X1PA 3WNHA 3MAQA 3U3YA 1TK8A 2RN2A 3ALYA 4M3WA 5HBMA 4HTUA 2OYQA 4DTJA 4E7JA 5I42A 4E0DA 3SPYA 4B9NA 3ITHA 4IFYA 3VQQA 4Z4FA 2G8WA 4K8ZA 1G15A 2HNZA 3AVKA 3NF8A 4FLUA 4DQQA 4KHSA 2AJQA 1BI4A 1S1VA 2X6NA 1YVUA 3G10A 1VSMA 4M41A 3L3UA 3C6TA 1VRUA 3L2VA 5J2NA 3QESA 4I2QA 3TI0A 2DFEA 5HRSA 1KRPA 1KSPA 3KK1A 4DSIA 2WONA 2QXFA 4CJFA 4M3RA 1Q9XA 1SKSA 1C0TA 4OKKA 4DMNA 3LZIA 1LWFA 3EZ5A 4HUFA 4BE1A 3OS2A 1HNVA 1GOCA 1REVA 4FM2A 4CGHA 1WSEA 1T7PA 3AA3A 3HP9A 4RW4A 4DFKA 4M3TA 4Y1DA 3P83D 4CJWA 2ITGA 1K6YA 3L2WA 3IS9A 1B92A 1Q9YA 1HQEA 3AO4A 3LP0A 4GVMA 4PA1A 4Y1CA 4F2RA 3TWHA 2XY7A 4KAZA 3DOLA 4FW1A 1RTHA 3ZSQA 1NOZA 1EETA 1SL2A 4F8RA 2HVHA 3KLEA 3KLFA 3NH2A 3DOKA 3LWMA 4F3OA 4CHOA 4RG8A 4HHTA 1RDBA 4DQSA 4FK0A 3MEGA 4E1MA 4CGJA 4DWIA 1CXQA 2ETJA 4CE9A 2D0BA 4CFBA 5E41A 1SL1A 2PYJA 3NCIA 1BQNA 3ZSYA 1QSLA 1RBSA 1WLJA 1W9HA 1TKTA 4O5BA 1IH7A 1T03A 1N5YA 2KW4A 3PO4A 4FLWA 4KHUA 4CEAA 1UA0A 3OYJA 1S1XA 2ZQBA 4DQIA 1T05A 2BE2A 4FJMA 1FK9A 3V9UA 3G0ZA 4IKFA 1W0HA 1C0UA 4KREA 3LAKA 3OVNA 3TANA 3K5LA 1VSHA 4BDYA 1S5JA 3PX6A 1VK0A 3L3VA 1HMVA 2G8VA 2PZSA 4FJ9A 1BHLA 3NDKA 4CIGA 3TABA 3MEDA 4RW8A 2DY4A 4JS4A 3AA2A 3SZ2A 4DU3A 2G8KA 2Z1GA 4CJTA 3SQ2A 1LAWA 2IC3A 3DLBA 2D5RA 2QKKA 5HRRA 2VWJA 1I39A 3SUQA 4LY7A 5HLFA 4BWMA 1BI4B 1Z26A 3T1AA 4FJJA 3LP2A 2OZSA 1LAVA 4EP4A 2OPPA 2OPQA 3RMCA 2ATQA 4FM0A 1NK4A 1YTAA 3U3GA 5SZTA 3OYLA 1NKBA 4HCBA 1EKEA 1JLGA 4DU4A 1S1TA 3LP3A 4CGDA 3NF9A 4HCCA 3ZSWA 4AHCA 2I5JA 5KGXA 2OPSA 3DLKA 1X9SA 3RWUA 4KTQA 1I3AA 1VSLA 4M3YA 1VSKA 5EU7A 1BCOA 3AVGA 3ISNC 4FLVA 1RT2A 1HPZA 4Z4EA 3QERA 3K59A 3QEWA 1FKPA 3BGRA 1FKOA 3OYEA 2HMIA 1BIUA 4CEQA 4KHNA 1RTJA 1IG9A 2YKMA 4ELTA 2YNGA 3AVBA 5J1EA 3QO9A 4OVLA 2FBXA 4CGGA 4CF8A 4EP5A 3PV8A 4E7IA 3HK2A 1MU2A 3L8BA 2DFHA 4KHYA 2LSNA 2IS3A 3DI6A 1WSFA 4ID5A 3KLGA 1LW2A 1NK5A 3TAMA 2VWKA 3P1GA 5J2MA 1S6QA 1Z25A 1U45A 4CIEA 2A1RA 1NK9A 3UIQA 4CCHA 3TAFA 3OY9A 5KGWA 4NYNA 2P51A 1D8YA 2P5GA 3I0RA 3NE6A 2YKNA 3AO5A 2A1SA 3SCXA 1QTMA 1RBTA 1RT6A 1JLQA 3HXMA 1S1UA 1D9DA 2B5JA 3K2PA 2R7YA 3M8SA 1YTUA 2FC0A 3AVJA 1KLMA 1IKXA 4CFAA 1J53A 3CFOA 5HRPA 4W5RA 3U6FA 4IG0A 4CF0A 3MXIA 2OA8A 3VQEA 4FJ7A 4CHQA 2HHVA 1RT5A 3AVHA 2W42A 1RBRA 2XY8A 3QIOA 3RR7A 3HO1A 4KTZA 2DFFA 1WN7A 1KCFA 1RT7A 1S1WA 3HPOA 3SV4A 2HHSA 3VQBA 3ZSVA 4CHNA 1RCHA 4CGIA 1XWLA 3ZCMA 3NH0A 4DFPA 4K8XA 3SUPA 4I7FA 3TARA 1CZBA 5KRSA 4BDZA 3ZSRA 1L3TA 4H8KA 1O1WA 4BE2A 4E89A 3ASMA 3AVFA 3L2RA 3VQCA 4CHZA 1C0MA 1S9GA 1RTIA 2KZMA 1WAJA 2O4IA 4CF9A 2HW3A 3WNEA 4PWDA 4BWJA 4B3OA 3RRGA 1C1AA 4RW9A 1J5OA 2E6LA 3PUFA 3KD5E 1JKHA 4C8MA 2IGIA 3AVNA 4CJQA 3K58A 3KKRA 3VA3A 4DS4A 3V9SA 5HRNA 2XRIA 4DTRA 4KPYA 4CF1A 3ZT4A 4CFDA 4FLZA 4Q5VA 3OYFA 4E1NA 4E7LA 4FJHA 3A2FA 1XI1A 3MEEA 3VN5A 2QK9A 3V81A 1NKEA 4CF2A 3NGYA 4E7HA 1NKCA 4B08A 3QEPA 1HNIA 3LP1A 4HUGA 3ZT2A 4DG1A 3ZT1A 4IG3A 2G8UA 2YHBA 1BISA 4KV8A 4F3TA 5FDLA 4F2SA 3TAEA 5HP1A 2O4GA 4OLAA 4YFUA 4Z4HA 1TAQA 4N56A 3T3FA 1HRHA 2KZZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C95A 1VQNN 3K0SA 4DTNA 4DFJA 3TR8A 4DSKA 4OKEA 3SAHA 1RDAA 2OPRA 3LANA 4K25A 3RTVA 1HYVA 3T1HK 4BRDA 2ZJQL 1IBMK 2XY5A 4GVEA 1LWCA 4FK2A 2Z1JA 1JLCA 5J2QA 1CZ9A 5HL7L 1XHXA 2P9UA 1DT9A 2KTQA 4CJEA 3VA0A 4IEIA 3CM5A 2E5LK 2E4LA 2FLOA 3HPHA 3ULEA 2YJEA 1NJXA 4PY5A 2HHQA 3D45A 4BRKA 3E01A 3OYBA 1VRTA 4PQUA 4EAHD 2RE2A 1SL0A 4W5QA 3TTFA 4DUZK 2QKBA 3KK3A 5JLHA 3CMAN 1KAXA 4CK2A 4MFBA 2EHGA 4DQRA 5H1SQ 4B9LA 1JL1A 1GLDG 2J4RA 4JKDA 3VENA 5EY4A 1NJIO 3QFUA 3KK2A 2YHAA 5LMUK 1QZ5A 5AQLA 3OYCA 3QBXA 1YUWA 1KVCA 3ZEUB 1LV5A 3HPGA 4LF8K 4JKGA 3O1BA 4FJNA 3KK7A 1OH5A 5GAGP 1XMOK 3SNNA 3LDQA 4CI6A 4B3SK 4DU1A 1HKGA 2WC9A 2FSKA 3EN9A 5DM7L 2KQ2A 3D0PA 3RMBA 1N34K 2YHYA 3C0BA 4FXDA 4CECA 3MXMA 2E1YA 2JWKA 4DR3K 4CJUA 1T6CA 4FJLA 2Z1HA 4DR7K 3O8MA 4CHYA 5FRMA 2QWLA 3RSEA 1ZBLA 4H4MA 4CZEA 1HNXK 4H4OA 4BRIA 3ULEB 4E3SA 1KAZA 4DTXA 5DMRA 3SPZA 2VG6A 1ATNA 4B1YB 1UA1A 4CK1A 3KIOA 4B1WB 4J2AA 3AVAA 4MQ3A 3VQ6A 4W5OA 3WXJA 4FOIA 1WBDA 4K42A 4N47A 4DFMA 1NJWA 1K8KA 3WXIA 3TAQA 1VSDA 4JN4A 1UWBA 4LSNA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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