3AVCA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avcA00
4AHRA 3PO5A 3HXMA 4CIGA 3MAQA 1C1AA 4QAGA 4FJNA 1S1XA 3CFOA 2RPIA 4PQUA 1KFDA 3KIOA 4DFMA 3V1OA 1U45A 1NKCA 3DLBA 4KHQA 1S1TA 3AA3A 1J54A 3TR8A 5JS2A 4DQIA 3AVHA 3OS2A 3AVAA 3NF9A 1SKSA 3B6PA 1TAQA 2HMIA 3DOLA 1HYSA 3LZJA 1BQMA 1RDDA 3KKRA 3OS0A 1SKRA 3QEPA 1BIUA 4DTMA 3OY9A 4AH9A 2XY8A 1XI1A 1VK0A 1XWLA 3QEIA 1VSIA 1S1VA 2A1SA 4GVMA 5HRSA 2OZMA 3ALYA 3D0PA 3ZSZA 3LZIA 2OPPA 3AVJA 3DM2A 1RBSA 5HP1A 3LPTA 1U4BA 2F8SA 4ELVA 4C8LA 4NCBA 3VN5A 3K5OA 4F3OA 2IOCA 4DSEA 4B8CA 3DOKA 4FK4A 4CJKA 4DTNA 2BDPA 1ZYQA 4OKJA 3ZSWA 4LY7A 3O4NA 3VQCA 1NKEA 4IFVA 4F4KA 1S5JA 1TL1A 4G1QA 4AILC 4E0DA 4ID1A 4AHUA 4CJRA 2JGUA 4E1NA 1B92A 2O4GA 1JLEA 3P83D 3RMAA 1NK8A 4CF1A 3LANA 2ZD1A 3QEVA 3MXJA 5FDLA 4KAZA 1ASWA 1JXBA 2FBYA 1GOAA 1TGOA 2ZQBA 4O4GA 1RT6A 3KLGA 4CERA 3L2RA 3EY1A 4FLZA 4CGJA 1R0AA 4ELTA 1FXXA 3RWUA 4CJPA 4H8KA 4CJTA 1KRPA 3SNNA 1UA1A 1SL0A 4J2DA 4JLHA 3L8BA 4B08A 4CESA 4F2SA 4KHYA 4DWIA 3CFPA 4DTXA 4CHOA 4FM0A 3DLGA 4CF0A 5E41A 3SQ2A 2OZSA 4FJXA 2RKIA 1IKXA 1X9WA 2KTQA 3KK1A 3K5NA 4IFYA 4CJWA 1T05A 2B5JA 3M8PA 2KZMA 3OYBA 4HCBA 1ZBLA 1VSHA 3ZSOA 2HHTA 2Z1IA 1LV5A 4CECA 1C0TA 4N5SA 2XY7A 4B9MA 3ZT0A 4DLEA 1L3VA 1S6PA 2FBXA 1D8YA 4Z4CA 3AA2A 3A2FA 3MEGA 4F2RA 1TK5A 3QO9A 4KTWA 3S3MA 3AO4A 2BANA 5CYMA 4O0IA 3OJUA 4E7LA 1K6YA 3TAGA 3QIPA 1HQEA 3ZT3A 4BACA 1REVA 3NF8A 3HT3A 4RW7A 1VSEA 3IG1A 1WAFA 2VWJA 2P1JA 3AVFA 3VQDA 3SUNA 4BE2A 1VSKA 1IH7A 3HP9A 4CJ4A 3DRRA 3OYEA 3QERA 1U49A 1JLCA 3SUPA 4DS5A 4KTQA 3RR8A 4KB1A 1QQCA 4O5BA 1T8EA 4Y1CA 3ZT2A 1NOZA 4B9SA 3SUOA 3AVNA 4W5RA 1GOCA 2F96A 1RT2A 5I3UA 1N6QA 4NCAA 1DLOA 4CJVA 1NJZA 3AO2A 4M3YA 2HVIA 3VQEA 3DYAA 4M41A 3SV3A 3L2VA 3AVBA 3T1AA 3NGIA 1HYVA 3E01A 4Z4HA 1JLBA 3BGRA 2X6NA 3HYFA 2IGIA 2Z1HA 4DFKA 3PX6A 1NK9A 4CE9A 4FJJA 3ZCMA 4KHUA 4KTZA 1IKYA 3EYZA 3TAPA 2G8IA 3SV4A 1VSLA 3QNOA 1TV6A 3JSMA 4CF8A 4YFUA 2E4LA 4OJRA 4DG1A 4CFCA 3HVRA 3SPYA 1JLGA 2XHBA 3V6DA 2OA8A 4B9UA 4JS5A 3IS9A 4Q5VA 3OYAA 1L3TA 1X9SA 4I7FA 1O1WA 4O44A 4F3TA 1WLJA 3VQ6A 1NKBA 3ZSQA 4JRPA 2YNFA 5J1EA 2KW4A 1TK0A 1I39A 4FM2A 1LWCA 1QSSA 1W0HA 4MFBA 4OKEA 4XIUA 3LP1A 3OYJA 4HVJA 3KK2A 3LP3A 1LAVA 3HP6A 4JRQA 4DLGA 4KPYA 1WSFA 2HNDA 3HL8A 4B8AB 3OYHA 4KV8A 4CJUA 2HNYA 3WNHA 4N41A 5I42A 2PYLA 1IKVA 4DSIA 1RDCA 3OYIA 4FCYA 3HJFA 3LWLA 1EKEA 5JS1A 4IG0A 4TSXA 3I0RA 1JL1A 1DTQA 1ASVA 1I3AA 5CYQA 3QETA 2B6AA 3ZSVA 1BI4A 4H4MA 3DMJA 5HLFA 4HCCA 2OPRA 2BE2A 4OPKA 1RTIA 3KD1E 2QK9A 1U04A 4CFDA 3DRPA 4N56A 1JL2A 1RT7A 3LP0A 4J2EA 3AVCA 3NGZA 2YV0X 3OYLA 5K14A 4BE1A 4FLYA 3TARA 3CFRA 1SL2A 4FZYA 4QOZB 2IAJA 1TKZA 4CGIA 3VA0A 2GUIA 1Z26A 3ZSYA 2XY6A 3L2WA 2R7YA 1EXQA 1YVUA 4FLXA 1F21A 1LW2A 1HPZA 2OPSA 1BHLA 1B9DA 5CZ2A 4CEEA 3LWMA 4FJLA 3M8RA 1KVCA 4E19A 2OPQA 4KHNA 1KVBA 4F8RA 1QHTA 1YTAA 1NJXA 2HB5A 2JLEA 3L3UA 4CIEA 3K59A 1HNVA 1WAJA 4OGEA 4FYDA 3TAQA 2EX3A 1L3UA 2RN2A 4ZHRA 4NYNA 1ASUA 4Z4EA 4DSFA 1RT1A 1WSGA 3L2UA 4M42A 3L3VA 3LALA 3VQAA 4YNQA 1S1WA 2IDOA 4RW4A 3KTQA 1Q8IA 2A1RA 4HTUA 3B6OA 1IG9A 2IS3A 1DTTA 4FJHA 3H08A 1TK8A 3NE6A 4K8ZA 2G8FA 2XO7A 1D5AA 2Y1IA 1XC9A 1UWBA 3KLEA 2G8KA 3L2QA 3OJSA 5D3GA 4NCGA 1JXEA 3MXIA 2OYQA 1JKHA 1BISA 1CZ9A 5CY4A 1YT3A 4EP5A 4FJ7A 3KK3A 1RBVA 2X6SA 3C6TA 1TVRA 2KZZA 4WE1A 3NBPA 4KREA 4CF9A 2HW3A 1C0UA 3NF7A 5C42A 3V9XA 3PUFA 4BWMA 4CEZA 2Y1JA 3QNNA 2ETJA 5FRNA 2PYJA 1WSHA 1S9EA 3ITHA 4LH4A 1S6QA 3CG7A 4RW6A 4E89A 1KSPA 2HHVA 3V4IA 1RBRA 4CHYA 3SQ1A 2Q3SA 1C1CA 1JLAA 3SPZA 1ZBUA 4DU1A 2ITGA 4CEAA 4CIFA 4W5NA 1TAUA 3THVA 5KTQA 1J9AA 4B9TA 3AA4A 4DFPA 1BIZA 1W9HA 1QS4A 2KQ2A 4OVLA 3LPUA 4DSKA 4GMJB 1VSFA 1NK6A 1VRTA 4CK1A 2YNIA 4I9QA 2DFHA 4FJ8A 2VG5A 3DLRA 4HUGA 3V9SA 1RNHA 4CJ3A 1KLMA 3DLEA 4Y1DA 2RF2A 4I2PA 4Z4FA 2HHWA 1NJWA 3I0SA 3HPGA 1XHXA 3ISNC 4CGDA 5C25A 5HRPA 2G8UA 1WSJA 3LAKA 4AHCA 1NK0A 3ZT1A 3NAEA 1RBTA 2G8VA 4CGHA 5KGXA 3RMDA 2YHAA 1HMVA 4E7HA 2P51A 5J2PA 3RMCA 4K8XA 1RILA 3IAYA 3DLHA 4LH5A 3VQ8A 1FKPA 2D0CA 3U3YA 2B4JA 2GBZA 5KRSA 4DSLA 2E6MA 3QESA 4CEQA 3RRHA 3P1GA 3O4QA 2QXFA 3DLKA 4AHVA 1UAXA 2HHQA 4KKOA 4CJFA 3HO1A 1VSJA 3NH1A 4PY5A 1CLQA 2VWKA 3OYCA 1S9GA 4FLTA 3V9WA 5J2MA 2F8TA 3CQ8A 2HHSA 4KHWA 1RTHA 3ULDA 4L8RB 1MU2A 4IG3A 2DY4A 4PWDA 1C6VA 3KLFA 1SKWA 3P5JA 1ZBFA 3HPHA 4OGCA 2YHBA 3MXMA 2W42A 2G8HA 4CJSA 2HVHA 4FVMA 3C95A 5HRNA 1U48A 1IKWA 1TL3A 1NJYA 4DTUA 3V1QA 4OKKA 3TAEA 1LW0A 3MEEA 4DTSA 1EETA 4BWJA 3HSTB 1FKOA 1NK5A 3AVGA 4KFBA 3ZSXA 4DTJA 1ZBIA 3NF6A 1QSLA 3SI6A 1HYZA 3S9HA 1WSIA 1BCMA 3MECA 2NUBA 3NFAA 3WNFA 5FRMA 2G8WA 4OLAA 4CHQA 4CEBA 3TWHA 4DTOA 1Q9YA 4FZZA 3FFIA 3RTVA 4FLWA 3LAMA 4AHSA 3HPOA 1CZBA 1LWFA 3V9UA 3V9ZA 3TANA 2VG7A 4JS4A 3K57A 1HRHA 3AVMA 3NH0A 3C94A 3KKSA 4BDZA 1C0MA 3T3FA 4DQRA 4Z4GA 3OVNA 3V1RA 1HQUA 4CEDA 1L3SA 3NCIA 4FW2A 3NGYA 4M3TA 1BGXT 3PX0A 4FZXC 1FK9A 2EHGA 4CK2A 5J2NA 3TI0A 3IRXA 4FXDA 4O0JA 1X9MA 4CJQA 3C6UA 4E7IA 4GW6A 1TKXA 1VSMA 2D5RA 2XRIA 1Z25A 4DF4A 4Q0BA 4E3SA 3O3GA 4C8OA 3QIOA 1SV5A 3SZ2A 4FJMA 2QKBA 5C24A 3VQ9A 4HUFA 3AA5X 4BDPA 4CGGA 4MQ3A 4FJ9A 1NOYA 2P5OA 4FK2A 3PO4A 5SWMA 1U47A 4PA1A 4DS4A 4M3ZA 3HK2A 2DFFA 4EP4A 4FW1A 1A5VA 3DRSA 4DU3A 3VQ4A 4EZ9A 3KLHA 4Z4IA 3AO3A 4RW9A 5FROA 3WNGA 3T19A 4CHPA 3VQBA 1RTDA 3KD5E 4CHZA 3G0ZA 1RT5A 3LP2A 4CJ5A 1T03A 3ASMA 4IKFA 4H4OA 4ICLA 3VQQA 4W5TA 3ZSRA 2GV9A 4CK3A 3KLIA 3LDSA 3JYTA 4HHTA 3TABA 3PX4A 1EP4A 5DK5A 4CJLA 3NH2A 1A5WA 4DU4A 1TKDA 1JLQA 1D9DA 4DMNA 1WN7A 1VSDA 1LWEA 3AVKA 2Z1GA 3K58A 1NK7A 1D9FA 3UIQA 1B9FA 3VQ5A 3PV8A 3NHGA 4RW8A 3KJVA 1IO2A 4DSJA 1YTUA 3CYMA 5DMRA 3OYGA 3OYKA 2ZE2A 1RT3A 2FBTA 4LSLA 5EU7A 4Z0UA 3AO5A 4CEOA 2WONA 1N5YA 1Q9XA 4FJGA 1RDAA 2QKKA 2DTUA 4HUEA 4B9NA 1ITGA 2I5JA 4BE0A 4J2BA 4FLUA 3QINA 3QEXA 5J2QA 1G15A 2P5GA 2BGGA 1BL3A 1CXQA 4O55A 4DTRA 4DQSA 2VG6A 1UA0A 1J53A 4IBNA 3TAMA 4BDYA 4FJIA 2O4IA 3WNEA 3CM6A 4ID5A 3VA3A 4KI6A 3V81A 3K2PA 1BI4B 3M8SA 3HM9A 5HROA 4OPJA 1RCHA 1A5XA 4EZ6A 2WOMA 3SQ4A 1J5OA 5HBMA 3VQ7A 2X78A 3O3HA 4LSNA 3NDKA 4FLVA 4E7JA 4M3UA 4E7KA 4CEFA 1BCOA 3U3GA 4OLBA 5T7BA 1Y97A 3HVTA 2KFNA 3U6FA 4IDKA 2IC3A 3DI6A 1UOCA 4CHNA 1JLFA 4ELUA 1BQNA 5SZTA 1SUQA 3F9KA 3OS1A 4C8KA 4M3WA 4B3OA 2YKMA 4KHSA 3AO1A 1KLNA 3VQPA 4I9LA 5KI6A 3SUQA 2PZSA 3AVIA 3RRGA 4KRFA 3I8DA 4DF8A 1WNSA 4ZTJA 4B9LA 3G10A 5HRRA 4ZTFA 1XHZA 4DQQA 2PY5A 1SL1A 1X1PA 2HNZA 4NYFA 1KVAA 4KO0A 4M3RA 2DFEA 3OYNA 1LAWA 2HHXA 4DQPA 3K5MA 1HNIA 4FJ5A 5KGWA 1T7PA 4C8MA 1KFSA 4CJEA 2LSNA 2HHUA 2X74A 3O3FA 4FM1A 2FBVA 4R5PA 4N76A 1QTMA 2D0BA 1RDBA 4E1MA 2XY5A 3AV9A 3S3OA 3SCXA 3OYFA 3CM5A 4N47A 4KB0A 1GOBA 1KTQA 4QCLA 1S1UA 1CXUA 3RMBA 4FJKA 3SJJA 3QLHA 5CZ1A 4CFAA 2D0AA 4RG8A 3OYMA 1NK4A 2KFZA 4DTPA 4W5QA 4I2QA 3K5LA 4M3XA 3F73A 4CCHA 1C1BA 3ZT4A 2AJQA 3SYZA 1VRUA 3BDPA 1RTJA 4FK0A 4KI4A 1EX4A 3MEDA 2Z1JA 4LD0A 1ZBHA 2ATQA 1RT4A 4CFBA 3QEWA 1KCFA 3TAFA 3D45A 5KRTA 4CF2A 1WSEA 3EZ5A 4UQGA 1L5UA 1TKTA 2E6LA 1QSYA 4M45A 3PY8A 3RR7A 4PUOA 1RBUA 3S3NA 1HJRA 4C8NA 4B9VA 4W5OA 2FC0A 2YKNA 2YNGA 3SQ0A 3AVLA 4AHTA 2YNHA 3M8QA 4J2AA 1QE1A 3OYDA 4DFJA 4CGFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QAGA 4FJNA 1S1XA 4PQUA 4H5VA 4B1WB 3KIOA 4DFMA 1U45A 3L0QA 3E66A 3TR8A 3AVHA 3OS2A 5AQMA 3AVAA 1BU6O 2YHWA 3OBYA 1BQMA 1RDDA 3KKRA 1QHAA 3H1VX 4AH9A 4OO1J 3T7ZA 1XWLA 2HMPA 2OPPA 3AVJA 3THYA 2F4VK 1RBSA 3VN5A 4DSEA 5E26A 3ZSWA 4A57A 1N8RO 2ZM6K 4YY3K 3O9RA 4G1QA 4AILC 3C7NA 3P83D 3OA9A 1NK8A 2FBYA 1GOAA 2ZQBA 1RT6A 3L2RA 4FLZA 4WQ4C 4CGJA 1R0AA 1FXXA 1U2VB 4CJTA 1SL0A 4JLHA 5FPNA 5AZIA 4MLHA 3DXMA 4FJXA 5E41A 4IFYA 5AR0A 1NU0A 4BRMA 2E20A 3ZSOA 1LV5A 2XY7A 1D8YA 4Z4CA 3AO4A 3P31A 3FE1A 4E7LA 4PKGA 3ZT3A 3HT3A 4RW7A 1T44A 2VWJA 5LMUK 2P1JA 3O9UA 3W0LA 3DRRA 1N36K 1XMQK 1HX1A 4YOXA 2QWLA 5AQFA 3O08A 3HOTA 1V4SA 2O8EB 4BC3A 3A5LC 3AVBA 3T1AA 4DR2K 4Z4HA 4DV2K 1DKGD 4DFKA 3PX6A 1NK9A 1BA0A 3CPWM 4FJJA 4KTZA 3EYZA 2G8IA 3TAPA 1VQ7N 3SPYA 4B9UA 1NMNA 2V7ZA 1NGAA 4I7FA 2HBLA 5AQJA 4A2BA 3ZSQA 4BVPA 3A8YA 4MFBA 3EKUA 3TU5A 4KPYA 2HNDA 1IBMK 3WNHA 2UU9K 4DR7K 3OYIA 3LWLA 4TSXA 4EHTA 1DTQA 3PSFA 3WEEB 1E4GT 3ZSVA 1BI4A 3KWGA 1RTIA 1U04A 4CFDA 4N56A 1VQMN 2HF3A 4BE1A 4FZYA 4BQZA 2GTDA 1N34K 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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