3AVFA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 55

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
2040608010012014014012010080604020
01020304050Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS1 (60-68)TI1 (57-60)TI2 (78-81)S3 (83-89)TIV1 (67-70)S2 (71-78)AH1 (94-106)AH3 (124-133)AH2 (118-122)S5 (136-138)TVIII1 (142-145)AH4 (145-165)O1 (108-110)TI3 (79-82)TIV2 (89-92)S4 (112-114)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avfA00
2G8KA 3PO4A 1CZ9A 2RN2A 3VQDA 4DU1A 2FBYA 3DLEA 3OYEA 1GOBA 1BHLA 1YVUA 4RW6A 4CECA 4BE0A 4E7IA 1JL1A 1G15A 4FW2A 4AHTA 1JXEA 3CM5A 1XHZA 1BCOA 3M8SA 2B6AA 3V9ZA 3ZSXA 3OYLA 4NCGA 4Q5VA 1RTHA 4W5OA 3QETA 4E7LA 1KFSA 4CGGA 4E89A 1ZBUA 3MEEA 3TAPA 3CFRA 3VQBA 2VWJA 1TK0A 4FW1A 3V1OA 3L8BA 1RT7A 1GOCA 3DLRA 3KLHA 3PV8A 3SNNA 4N41A 2KQ2A 4FK4A 3V9WA 2HHTA 1WSEA 1QQCA 1R0AA 4Z4EA 2OPRA 3O3GA 4M45A 1L3SA 2G8FA 2HMIA 3OYCA 1RT4A 2VWKA 3VQ7A 1L3TA 4FJJA 3JYTA 4EZ6A 5KRTA 4F4KA 4AHUA 1RTDA 2G8IA 4KHNA 4N47A 4F2RA 4HVJA 1S1TA 2EX3A 3VQ5A 2FC0A 4FJ9A 3H08A 3NF9A 3NDKA 3VN5A 5HRPA 3CFPA 2XRIA 3SZ2A 3DLHA 1Q9XA 3RMBA 4M41A 4UQGA 3VQPA 4DS5A 4DFJA 4ID1A 4CJKA 1BCMA 5J2PA 1C0MA 3V1QA 1LAWA 1WN7A 1GOAA 3C6UA 5HRNA 4E7JA 4B9UA 4KAZA 4QCLA 1TAUA 3C95A 4G1QA 3AVIA 3ZSWA 3RRGA 2X78A 3P5JA 2O4GA 4ZTJA 4DFPA 1BL3A 2ITGA 1ASWA 3PUFA 3KD5E 3AVNA 3PX6A 2OPPA 2FBTA 3AVHA 5C42A 3QEPA 1MU2A 3L2UA 2Z1IA 4IBNA 3NGZA 5SZTA 5DMRA 4KHYA 2Y1IA 1C1AA 4CF2A 2HHXA 4LH4A 1LV5A 4FZYA 2YV0X 4DS4A 5I3UA 1XWLA 1U4BA 3I0SA 3U3GA 3LP3A 1WSGA 1JLGA 2OPSA 4LY7A 1NJWA 1TAQA 3PY8A 3LZIA 4CGHA 1JLQA 4O0IA 3BDPA 3HO1A 2A1SA 3AVKA 4GW6A 4KB0A 4DFKA 1IH7A 4RW8A 4CJWA 1SKRA 4PWDA 2F96A 1DTQA 3QEWA 1QSYA 1IKXA 3HVRA 4N76A 5J1EA 4W5NA 4FZZA 3TAQA 2X6NA 3QIPA 4KHQA 3OYNA 3K2PA 3TR8A 3HPGA 1TKDA 4PUOA 1LW0A 5HP1A 4CHOA 4PA1A 3WNHA 1YT3A 2HNDA 4LH5A 4AHSA 2D0CA 1RTIA 3DYAA 4MQ3A 3DMJA 3S3MA 1Q8IA 3G10A 1FXXA 3HL8A 1IKVA 1RBVA 1SUQA 3KKSA 3LALA 3VA0A 1IKWA 1NKEA 2EHGA 1L3VA 3RR7A 4L8RB 5C25A 4KTWA 3QNOA 3OYIA 3O4NA 1WLJA 3CQ8A 1UA0A 5CY4A 4GMJB 3OJUA 2F8TA 4FLVA 1HNIA 4KFBA 4DTNA 3UIQA 1RBRA 4RW7A 3LAKA 4DSJA 3KD1E 3LP0A 3AA3A 3TARA 3HPOA 4HHTA 3RTVA 4HCCA 4F3TA 1KVBA 2OA8A 1ASUA 4WE1A 1RBTA 3ULDA 3OYGA 3QESA 3MAQA 1LAVA 2VG7A 1LWFA 2GV9A 3AVAA 3RMCA 1CLQA 5CYQA 1TVRA 1J54A 1EKEA 3B6OA 4OGEA 5FROA 3OYAA 4FM0A 3V9SA 1WNSA 3SUOA 2QKKA 1CZBA 2HHSA 3PX0A 4B3OA 3DRPA 2DTUA 2QXFA 3KLFA 1U48A 1DTTA 5T7BA 5HBMA 4CHPA 2FBXA 4DF8A 4ELVA 3TI0A 4NCBA 2JLEA 3NGYA 4FJGA 3U6FA 3NF7A 4FLZA 4E7HA 5CYMA 2BANA 1BQMA 3QO9A 1NOZA 1J53A 4OKKA 4DTJA 2HHUA 1FKOA 3BGRA 3A2FA 3AVMA 1Q9YA 3LPTA 2F8SA 4KREA 4YFUA 2XY5A 1REVA 4CFBA 3TAFA 1N5YA 1UAXA 3OY9A 2B5JA 4DLEA 3PX4A 3V9XA 1D9DA 3MXJA 4EP4A 2QKBA 2GUIA 3MEDA 1IO2A 3NBPA 4DQPA 2KZZA 1NK6A 4KTQA 3EZ5A 4FJ5A 1HQUA 4CEEA 3OS1A 2HVIA 3VQ6A 4CJEA 1VRTA 1RTJA 1SL0A 3VQ9A 3AO1A 3SV4A 5E41A 1VSDA 2P1JA 3D45A 1RT2A 3O4QA 3K58A 3V4IA 1QSSA 1DLOA 3THVA 1FKPA 3QIOA 3QERA 2E4LA 2RKIA 4JRPA 3S3NA 1L5UA 1RBUA 4KHUA 1I39A 3ITHA 5FDLA 4B8AB 2Z1JA 3IRXA 4OKEA 3ZSOA 4OKJA 1D5AA 4IKFA 3OS2A 1B92A 4I2PA 1JLFA 4B9TA 3RMAA 3SQ4A 1S9EA 4DSFA 3SUNA 3VQQA 2IDOA 1F21A 1KLNA 3NH0A 4CK1A 3LAMA 1KVAA 3PO5A 3QLHA 1S1VA 4CESA 3LP2A 3V1RA 2WOMA 3KLGA 3CM6A 4XIUA 1EP4A 4B9MA 3HXMA 4LD0A 3TAEA 1NK4A 5FRMA 1S1WA 1T05A 1JLEA 4CIFA 4K8ZA 3K5OA 4BDPA 1U47A 4FJ7A 1RDDA 4IDKA 4LSLA 2D0AA 2XO7A 3KK3A 4DQSA 3SJJA 3E01A 1BGXT 4LSNA 4FLUA 4NCAA 1SKWA 4Y1CA 2IS3A 4CEBA 4DSKA 3OJSA 3ZT1A 4CJLA 3O3HA 2KFZA 1EXQA 5SWMA 5KI6A 3ZSVA 3OYKA 1YTUA 1YTAA 1VSKA 1Z26A 3C94A 2ZQBA 4CEOA 4O0JA 3KK2A 1CXUA 3V9UA 1TKTA 4M42A 4KPYA 2QK9A 2KW4A 3D0PA 4M3WA 4DTPA 4Z4HA 4CJUA 1IKYA 4CIEA 3AO3A 4OGCA 4DTXA 4O5BA 4HCBA 2OYQA 1CXQA 3P1GA 3QEVA 4CFAA 4BDZA 3QEXA 1IG9A 3M8RA 3LZJA 1XC9A 2W42A 4I9QA 2ETJA 4CEAA 1X9WA 2KZMA 3EY1A 1VSLA 4FJXA 3IS9A 4B9VA 1RT3A 3KTQA 3WNEA 3L2QA 1ZBLA 5D3GA 4FM1A 2YNIA 3L3VA 2DFFA 1BISA 3ZT4A 5HRSA 4BE2A 4CFCA 1RDAA 5DK5A 4YNQA 1LWEA 2IC3A 4FM2A 1NJXA 4FXDA 3AVCA 2RF2A 4AILC 4FJIA 2O4IA 3KKRA 2PY5A 2OZMA 5KGXA 4HUGA 4B8CA 1NK8A 1HMVA 2HNYA 4GVMA 1UWBA 2JGUA 3K59A 1S5JA 3SPZA 1U45A 3HP9A 3OVNA 4DTRA 4DSIA 1FK9A 3VQ8A 1KSPA 1TK8A 1TL3A 3VQAA 2XY8A 4CE9A 4CJ3A 1N6QA 4DQIA 4I7FA 4BWJA 3KLEA 4NYFA 3RRHA 4FLWA 1J9AA 4H4OA 3TAMA 4CIGA 3SYZA 4FJKA 2LSNA 3AVFA 1BI4B 3DRRA 3C6TA 3M8QA 3WNGA 4FLXA 1Z25A 1VSFA 1L3UA 1T7PA 5J2QA 1J5OA 4K8XA 1BQNA 1C0TA 3G0ZA 3DM2A 3VQ4A 1X1PA 4CF9A 4C8KA 4M3YA 1JLAA 4BACA 4PY5A 1B9DA 1EETA 4O55A 4E19A 4IFVA 4C8LA 2ZE2A 1XI1A 1NKCA 3LWMA 1Y97A 4HTUA 1ZBFA 3DRSA 5FRNA 3VQEA 4CHZA 1W9HA 1NK9A 2YHBA 4Z0UA 3AA2A 3P83D 3JSMA 2G8VA 4DFMA 4DQQA 3AVLA 3HYFA 2G8WA 4FLYA 3QINA 1KLMA 2X74A 1UOCA 2Z1GA 3HVTA 3TAGA 2P51A 2YKNA 4R5PA 1QSLA 4M3UA 3KJVA 3NH1A 3F73A 1HPZA 2IAJA 1VSHA 4CJ4A 4E3SA 4CF0A 4CK2A 3TABA 1X9SA 2KFNA 1T8EA 4W5TA 2KTQA 1SV5A 3TANA 4KRFA 4CGFA 4AHVA 3HP6A 4CGJA 3OYMA 1VRUA 1TKZA 3K5NA 4I2QA 1S6QA 1NKBA 1RNHA 2YKMA 4CJRA 3TWHA 4KO0A 1T03A 4B9NA 2G8HA 3AA4A 1A5WA 2ZD1A 4CF8A 5J2MA 1HYVA 4O4GA 4J2AA 1ASVA 1C1BA 1EX4A 1WAFA 4DWIA 4KI4A 3AVGA 4DU4A 3SCXA 4OPJA 4CJ5A 4KI6A 4Z4GA 4MFBA 3NF8A 1A5XA 2YNHA 4OVLA 1TL1A 5HLFA 2IOCA 1RBSA 5HRRA 3HSTB 3HM9A 2A1RA 4FLTA 2IGIA 3ZSZA 3OYBA 4EP5A 1RILA 1QHTA 4CHQA 4CGDA 4CJQA 2D0BA 3S3OA 4DTSA 4JLHA 3SQ2A 3AVBA 3T1AA 3SQ0A 3VQCA 1S1UA 1X9MA 1C0UA 4KB1A 2BGGA 2Z1HA 3DLBA 4JS5A 4KTZA 4O44A 3DLGA 4HUEA 1QTMA 3KIOA 4Z4CA 3VA3A 4CHNA 4HUFA 3I8DA 4BWMA 1S9GA 3LWLA 4KKOA 3HPHA 3SI6A 1LWCA 1C6VA 4CEZA 2GBZA 2ATQA 3V6DA 4FJHA 2YNFA 3K5LA 2RPIA 3LANA 4M3RA 4JRQA 3ZT2A 4CJPA 2HB5A 4FVMA 3DOKA 3EYZA 3B6PA 4OPKA 3F9KA 3ZT0A 3KLIA 2B4JA 4IG0A 3OYDA 4J2DA 1LW2A 4ELTA 1O1WA 4DTUA 1U49A 1SKSA 2VG6A 3FFIA 4W5QA 3T19A 4CHYA 1NK7A 4FJNA 4NYNA 1HYSA 2HVHA 4FZXC 3WNFA 1I3AA 3O3FA 4BDYA 3AO5A 5CZ2A 3L2RA 3ALYA 4DMNA 3MXMA 4M3XA 2HHVA 1RDBA 4CJVA 3NGIA 4ZTFA 3OYJA 1TGOA 3ZCMA 1RDCA 3IAYA 4FJ8A 4IFYA 3L2VA 1BIZA 5HROA 1BIUA 1TK5A 3OYFA 2E6MA 1TKXA 4B08A 5C24A 2XHBA 5I42A 4E1MA 2HNZA 4DG1A 3DOLA 3ZSRA 3AO4A 3AVJA 3RR8A 3ZSQA 4B9LA 2HHWA 2BDPA 3OYHA 1W0HA 4FJLA 1KFDA 3NHGA 4DLGA 1VSEA 3ZSYA 5EU7A 1JLCA 4FYDA 5KTQA 4C8NA 1VK0A 3HT3A 3T3FA 4JS4A 2YNGA 1WSHA 3SPYA 4FK2A 2BE2A 1NJYA 3AO2A 1QE1A 2G8UA 2WONA 4C8MA 3SQ1A 1HQEA 1RT1A 3IG1A 1NJZA 2VG5A 3NFAA 3U3YA 4M3ZA 4F3OA 3LDSA 1U04A 1JLBA 3ISNC 4CJFA 1NK0A 2PYLA 3DI6A 2X6SA 2P5OA 4OLBA 2DY4A 4ID5A 4QAGA 1D8YA 4OLAA 1KRPA 3NE6A 2P5GA 4CCHA 4CGIA 1S1XA 1D9FA 3AV9A 1VSIA 3CFOA 1KCFA 4CF1A 3V81A 1HNVA 4C8OA 1ITGA 1VSMA 1S6PA 3L3UA 3M8PA 5KGWA 4CK3A 1UA1A 4RW4A 4DSEA 2PZSA 1K6YA 4CEQA 1HRHA 1XHXA 1RT5A 3QNNA 1JKHA 1WAJA 3CG7A 4RG8A 4H4MA 4E7KA 3QEIA 4CEFA 1C1CA 4EZ9A 5K14A 4J2EA 4N56A 2FBVA 1QS4A 1NOYA 4QOZB 4OJRA 3SUPA 4DTMA 3NF6A 4FCYA 4DF4A 2DFEA 4CERA 4E1NA 4CJTA 4E0DA 4DTOA 2OPQA 3SV3A 1KVCA 3MEGA 1BI4A 3ZT3A 4ZHRA 2XY7A 4DQRA 3NH2A 4Z4IA 2Y1JA 3LPUA 3I0RA 4IG3A 3LP1A 5CZ1A 4AH9A 1HJRA 3SUQA 4CEDA 3K57A 4F8RA 5JS2A 3CYMA 5KRSA 3KK1A 2PYJA 1A5VA 1WSIA 4DU3A 3HJFA 4ELUA 4Y1DA 4KHSA 4TSXA 2XY6A 1RCHA 4N5SA 4ICLA 1JXBA 4KV8A 2I5JA 4AHCA 3RWUA 2E6LA 4KHWA 1HYZA 1JL2A 3K5MA 4F2SA 3MECA 1RT6A 2DFHA 1ZBHA 1SL1A 4RW9A 3NAEA 4Q0BA 2D5RA 2R7YA 2OZSA 4Z4FA 3AA5X 1KTQA 3OS0A 3RMDA 3DLKA 1ZYQA 2HW3A 4I9LA 4H8KA 4FK0A 1WSFA 3HK2A 4FJMA 5J2NA 4AHRA 4BE1A 4CFDA 1NK5A 2Q3SA 3ASMA 4J2BA 3S9HA 1B9FA 3NCIA 2YHAA 4M3TA 4B9SA 5JS1A 4PQUA 3MXIA 4CJSA 4W5RA 1SL2A 4DSLA 1VSJA 1TV6A 2NUBA 1ZBIA 1WSJA 2HHQA 2AJQA 3L2WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DU1A 2FBYA 3DLEA 1GOBA 2RHKA 5LJVA 1BCOA 4NCGA 4DV3K 2QWOA 1RTHA 4W5OA 1GLCG 4E7LA 3QETA 4E89A 3E9OA 4RTFD 3CFRA 4K41A 3VQBA 2VWJA 3V1OA 4N41A 3UKRB 3R6MA 1DGKN 3HRGA 4FWLA 2WFBA 1L3SA 3VQ7A 4K42A 3WQTA 4ILHA 1RTDA 2G8IA 4IZ9A 4HVJA 1S1TA 2EX3A 3VQ5A 2QWNA 3VN5A 5AZJA 2XRIA 2O8FB 3DLHA 4DFJA 3GL1A 4ID1A 5J2PA 5AQPA 4QCLA 1GOAA 3MWPA 3P5JA 2O4GA 4JKGB 4DFPA 1BL3A 5AQSA 3KD5E 1W7AA 5LJWA 5M1PA 3O9SA 3N4PA 5C42A 1MU2A 4IBNA 3Q7CA 3L0QA 3ZETB 1BA0A 1WUAA 3DXMA 4GV3A 4WQ4C 4NXMK 2RE2A 1ZC6A 1Q81O 3OBWA 1WSGA 3SMSA 1JLGA 4LY7A 3FZFA 3BDPA 4CGHA 4KB0A 2IVPA 3BUZB 4PWDA 3UE5A 4N76A 1GLLO 3N4QA 1FW6A 4KHQA 4IWVA 1XMOK 3DXKA 1BG3A 4AHSA 2D0CA 1RTIA 4NLCA 4NLBA 3FZKA 4ISEA 1NWKA 1RBVA 3I8BA 3LALA 4CBUA 1L3VA 2EHGA 5C25A 1WLJA 5CY4A 2E20A 4GMJB 3EE9A 4FLVA 4KFBA 3UIQA 1RBRA 3LAKA 4MDBA 1OH7A 5BR9A 3LP0A 1U6ZA 5E84A 1QZ5A 3R9PA 2NRZA 3HPOA 3RTVA 1YIJN 4F3TA 2OA8A 1ASUA 2ZJPL 1RBTA 3ULDA 2IVNA 3QESA 1QQMA 1HLUA 1Y64A 3VESA 3OYAA 5A2QO 3V9SA 4GY2B 2P9IA 2QKKA 1KAYA 3WQUA 1Q82O 1U48A 3BF3A 5T7BA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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