3AVFA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 55

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
2040608010012014014012010080604020
01020304050Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYS1 (60-68)TI1 (57-60)TI2 (78-81)S3 (83-89)TIV1 (67-70)S2 (71-78)AH1 (94-106)AH3 (124-133)AH2 (118-122)S5 (136-138)TVIII1 (142-145)AH4 (145-165)O1 (108-110)TI3 (79-82)TIV2 (89-92)S4 (112-114)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avfA00
2D0BA 4CEFA 4BE2A 5JS2A 2G8FA 3ZT2A 1RTDA 1JKHA 4E7HA 2E6MA 1HYVA 3OYJA 4ID5A 3NBPA 3D45A 2FBTA 3PX4A 4WE1A 1BI4B 3LP2A 4DQIA 1KSPA 2XHBA 5FRMA 1A5XA 4FJMA 4G1QA 4BWMA 1KVBA 2I5JA 5HP1A 4ICLA 3PO4A 3THVA 3DOKA 4DQSA 4I2QA 1HQEA 2XY8A 3ZSZA 3NF9A 1R0AA 1C1CA 4OVLA 2ZD1A 4BWJA 3MXIA 3BDPA 4M3ZA 4Z4EA 3CM6A 2HW3A 1I39A 4CHYA 2FBYA 3NGYA 3P83D 4LY7A 3AA2A 3VN5A 4CGHA 1L3VA 4J2BA 3TAMA 1XHZA 5K14A 4Y1DA 2G8VA 1J5OA 4E19A 3TARA 1KRPA 1RDDA 4O0IA 3SYZA 2XY7A 1JLAA 3AA5X 4JRQA 4O0JA 1BISA 1SL2A 4CHQA 4ELUA 1KTQA 4AHSA 4JS4A 3P1GA 4Q5VA 3ALYA 3KKRA 1KLNA 3AA4A 3OYIA 4DTUA 3DLBA 1K6YA 1TAQA 2Z1JA 3ZT1A 3NDKA 4XIUA 1D5AA 4NCGA 5HROA 3VQ9A 3I8DA 3RRGA 1QSYA 1YTAA 1WNSA 5KGWA 4L8RB 2WOMA 4FJ5A 4CCHA 1LAWA 2GV9A 5HRRA 1SKSA 4AH9A 4DTPA 2DFFA 2IDOA 3SUNA 3QETA 1RBRA 4CJKA 1FKPA 4DSKA 4FVMA 3OS1A 1S6QA 2HVIA 2KZMA 4FLUA 3IAYA 2E4LA 3WNFA 4DFMA 3TAEA 4F2RA 4FZZA 2HHXA 4CF2A 1S1TA 3DLGA 4LH4A 4R5PA 1Z26A 3O3GA 3A2FA 2IC3A 3LZIA 3V1OA 4E7JA 1NJYA 4QOZB 1S5JA 3RMBA 1KVCA 3SV4A 4DTOA 4DFJA 4NCBA 4N47A 1CZ9A 4KTZA 1C6VA 4B8AB 3NGIA 4KO0A 1U48A 2B6AA 4M3XA 4OPKA 3OS0A 3NF6A 4KFBA 5KRTA 4KRFA 1ZBUA 4FLTA 1XI1A 4Z4FA 2DTUA 3DRRA 4HTUA 4HCBA 4IFVA 1JL2A 2Q3SA 3V1QA 2OYQA 3SJJA 1C1BA 4CEEA 4BACA 1T05A 1F21A 2RPIA 3IG1A 3MEGA 4LD0A 3NE6A 3U3GA 4CGIA 2JLEA 3CM5A 4CJWA 1TK5A 3QO9A 4FM1A 3SZ2A 4C8KA 4AHTA 3O3HA 1VSEA 4FM0A 1ZBHA 3NAEA 4KB0A 3LAMA 4M42A 1HNVA 4J2DA 1KLMA 3V9UA 4FJHA 4DFKA 1QE1A 2P5OA 2HHVA 4DLGA 1BGXT 2KFNA 2ATQA 4OGEA 3ULDA 3ZT0A 3CFOA 2G8KA 1BL3A 4CE9A 2YNIA 4GW6A 2QXFA 4DWIA 4Z0UA 2RF2A 1HRHA 4RW8A 2VG7A 2Y1IA 1SKRA 4ZHRA 3KD1E 3PX6A 4B3OA 4FJKA 1IO2A 2WONA 3M8PA 4PQUA 2X74A 3AVGA 4KHQA 1HPZA 1U04A 2HHQA 5HRPA 1S9GA 3L2RA 5I3UA 3VQBA 2QKKA 3K58A 5CYMA 3RMCA 1B9DA 1GOCA 3RWUA 2HHUA 1XHXA 4B9LA 4B8CA 3PO5A 4CJVA 4B9TA 3TAQA 4QCLA 1NK4A 3OVNA 2Z1IA 1SL0A 1VSKA 2G8HA 1JXEA 4EP4A 4IFYA 3SPZA 3AVCA 3V9XA 1RT6A 4EZ6A 3HO1A 2D0AA 3ZSYA 3KLIA 2G8UA 4BE0A 4FJIA 2F8TA 3QESA 1VSLA 3S9HA 1B9FA 2PY5A 4IG3A 3AO2A 3NCIA 4CEAA 1VSFA 2KW4A 4HHTA 4CJQA 3OYBA 2BDPA 3DLHA 4DQRA 5DMRA 5C24A 4DF4A 1UA1A 1SV5A 3DRPA 1BHLA 2XY5A 1TK0A 3U3YA 3HVRA 1ZBIA 4RW9A 1RTIA 3K5LA 4CEZA 1QHTA 1TKTA 3B6PA 2X6NA 2IS3A 1LWCA 1NK8A 4CK2A 2GBZA 1WN7A 3C94A 4CFAA 3LZJA 2Y1JA 1D9FA 4AHCA 4M45A 1LW0A 4GMJB 4BDPA 3AO3A 3I0RA 3HJFA 3MEEA 3DI6A 1TGOA 3DLRA 3F73A 4FZYA 3SQ1A 2E6LA 3OYMA 3SQ2A 1X9WA 4C8MA 2IOCA 3HVTA 4I2PA 1B92A 3V9SA 3VQ6A 5FRNA 4ZTFA 3S3OA 4NYNA 3LPTA 5CZ1A 4LSLA 3AVLA 1IKXA 2KZZA 4CGFA 2HB5A 4KHSA 4F3OA 4QAGA 4FK4A 1UAXA 2R7YA 3ZSOA 4CGDA 4FK0A 3OYDA 2YV0X 1KFSA 1VRUA 3M8SA 3AVBA 3L3UA 3SUQA 1JLQA 1VRTA 1TAUA 5HRNA 3SQ4A 4DTXA 4KHNA 4O4GA 4DSEA 1LWEA 2EX3A 1EXQA 5SZTA 3ASMA 5FROA 3ZT3A 3NH0A 3L2QA 4E3SA 2HHSA 1NJZA 3HYFA 2VG6A 4KPYA 3O4QA 1NOZA 4CGJA 3D0PA 1RBSA 4NYFA 4MFBA 2HNZA 4OKEA 3RR8A 1HJRA 3AVJA 3ZSVA 4M3RA 3K5OA 4K8ZA 4FLXA 4CHZA 1D8YA 3ZSQA 4FCYA 2AJQA 1UOCA 4ELVA 2NUBA 1SKWA 1BIZA 2ZE2A 4M3TA 3MXJA 4FJ9A 1IH7A 3QERA 1FXXA 2IGIA 1WSEA 4E0DA 4DG1A 1ASUA 4CEDA 2ZQBA 4JS5A 4PWDA 3OYNA 4W5RA 4M41A 2P51A 4AHVA 4CESA 1S9EA 1TV6A 1IKYA 1C0UA 3ZT4A 3KLHA 3VQDA 1WLJA 3AO5A 3OYHA 4C8LA 2D5RA 1UWBA 3NF8A 1EETA 4GVMA 3VQ7A 3L2UA 4HUEA 3UIQA 1A5WA 3DLKA 4FJJA 1WSIA 1U49A 1BI4A 2P1JA 2G8IA 3LANA 3NH1A 1RT4A 3DYAA 5FDLA 1C0TA 2B5JA 4W5TA 4FLWA 2HMIA 3LDSA 4HCCA 4UQGA 3KK3A 1YTUA 1Z25A 3H08A 2LSNA 3OS2A 1TKDA 1S1UA 3P5JA 3O4NA 3CG7A 5CYQA 2D0CA 1BCMA 3KIOA 1RBVA 4CERA 3LPUA 4EZ9A 4CF9A 1QSLA 4B9SA 1EX4A 3VQAA 2HNDA 4CGGA 3S3MA 1N5YA 4HVJA 4B9VA 5I42A 1TKZA 3IS9A 4CIFA 1JL1A 3ZCMA 2BGGA 5T7BA 3MAQA 1T8EA 2X78A 4PY5A 3OY9A 1JLBA 3AVIA 3ISNC 3VQEA 1RDCA 1RT1A 4C8OA 1XC9A 3EZ5A 1X1PA 1RT3A 1Y97A 2YNFA 4KI6A 4KI4A 1BQMA 4CFCA 4DU4A 4FJGA 4KB1A 4FYDA 1KFDA 4B9UA 3HPHA 1Q8IA 4DF8A 3MXMA 4OLBA 4Z4IA 1U4BA 4CJ5A 4CIGA 3TWHA 1BCOA 2F96A 4B9MA 4I9LA 3TANA 1CXUA 2OPRA 1RILA 4CK1A 1QQCA 3HP9A 4YNQA 2XO7A 3L8BA 1TK8A 4PA1A 3LWMA 4FJ8A 4Z4GA 1BIUA 4DS4A 1WSFA 3PY8A 1ASWA 3SQ0A 2X6SA 1L5UA 4W5NA 4AILC 4CJSA 4DSIA 2O4IA 4DTMA 5HRSA 1C0MA 3V9WA 5DK5A 3DRSA 1Q9XA 3C6UA 3I0SA 3L2VA 3TABA 5J1EA 3RTVA 5SWMA 4HUFA 1RDAA 3QEPA 4H4OA 4NCAA 3ITHA 4CHPA 4W5QA 3LP3A 4BDYA 1WSHA 2PZSA 4MQ3A 3HPGA 3VQQA 4E1MA 3OJSA 3KJVA 5JS1A 5C25A 1FK9A 4LH5A 3QLHA 5J2NA 4ELTA 4DTJA 4OKJA 4FXDA 4CJFA 4Z4HA 4CEOA 1RT7A 4CK3A 1NOYA 4BDZA 1WSJA 4H4MA 3SPYA 4FJLA 4CEBA 1JLGA 1KCFA 2RN2A 2YHBA 3MECA 4DTNA 4K8XA 4DU3A 3G10A 4CJRA 3HL8A 1NJWA 1HYSA 3F9KA 3QNOA 1QS4A 1S1WA 5EU7A 3ZSWA 4CJUA 3S3NA 4CJLA 4DSLA 4FW1A 2W42A 3K5MA 2GUIA 1RT2A 1RNHA 2DFHA 3AVNA 4E1NA 3OYGA 1TL3A 4O55A 4F4KA 3PV8A 2HHTA 3DOLA 1U45A 4CHNA 2Z1HA 2HVHA 3CQ8A 2A1SA 1ZYQA 3V4IA 2F8SA 3SI6A 3NHGA 1VSHA 2YKMA 4CEQA 1DLOA 3V81A 4F2SA 1NK0A 3G0ZA 1A5VA 3VQ4A 3QIPA 4RW7A 2KQ2A 3VQCA 5KRSA 3VA0A 4DFPA 3VQPA 1NJXA 1HYZA 4CJ4A 2P5GA 3AA3A 3QEXA 3QEWA 1X9SA 1W0HA 4J2AA 3QINA 1RTHA 4FLYA 4KAZA 4FJXA 3OYLA 4EP5A 3EYZA 2DFEA 4IBNA 4CF0A 1RTJA 3OJUA 3V6DA 2RKIA 4IDKA 1Q9YA 4OLAA 1NK7A 5HBMA 1JLFA 3M8RA 2BE2A 4CECA 1MU2A 3LAKA 1YT3A 1VK0A 2OPSA 3KKSA 3ZSRA 1HMVA 3O3FA 1WAJA 1FKOA 4CF1A 3DMJA 4JRPA 1VSIA 3SUPA 3AO4A 3TAGA 1NK5A 4DQQA 3T19A 5KI6A 1JLEA 2ITGA 4FJ7A 3VQ5A 3C95A 3AVAA 1ITGA 3JSMA 4CFBA 3RRHA 4DU1A 4KHWA 1RCHA 2VWJA 3NF7A 4N56A 4KREA 4DS5A 1LWFA 2EHGA 1RBTA 2VG5A 2G8WA 1ZBLA 3V9ZA 1RT5A 3TI0A 3ZSXA 1L3TA 3M8QA 4PUOA 4O44A 1U47A 4CJTA 3SUOA 1JXBA 3V1RA 4W5OA 4FK2A 1W9HA 2PYJA 3EY1A 1O1WA 2OZSA 3RMDA 4OGCA 3HP6A 5J2QA 3T3FA 4DMNA 4DQPA 4FZXC 4KTQA 1BQNA 2OZMA 4OJRA 3KD5E 2O4GA 1NKCA 4O5BA 5D3GA 4IG0A 4DTSA 4M3UA 1XWLA 3HSTB 3IRXA 3PUFA 3OYCA 3LALA 3HK2A 3KLFA 4YFUA 4KHUA 1CLQA 4AHUA 4M3WA 1X9MA 1JLCA 1KVAA 2XRIA 3HM9A 3C6TA 5J2PA 3RMAA 1NKBA 3QIOA 4I7FA 1DTQA 1SL1A 1VSJA 4F8RA 4KKOA 4H8KA 5HLFA 5C42A 4FJNA 5E41A 3SV3A 1D9DA 3TR8A 1SUQA 2KFZA 4CJPA 3NH2A 4FLZA 4E7LA 1IKWA 3HT3A 4B9NA 3K59A 3NFAA 3SNNA 1HQUA 1ASVA 1J9AA 4DSFA 1L3SA 1S6PA 4C8NA 5CZ2A 3CFPA 1WAFA 4ID1A 4CHOA 1LAVA 1VSDA 1REVA 1N6QA 1RBUA 1CXQA 1WSGA 3AV9A 4IKFA 4CJ3A 3VQ8A 4RG8A 4J2EA 1S1XA 1TVRA 3AVMA 3DLEA 4TSXA 4HUGA 4E89A 4DTRA 1T7PA 3K5NA 3LWLA 4I9QA 2YHAA 3CFRA 1S1VA 2FBXA 4Y1CA 1GOBA 3AVFA 3FFIA 3K57A 1I3AA 1IKVA 3LP0A 3QNNA 2VWKA 1UA0A 1LV5A 3AO1A 3AVHA 4FM2A 2FC0A 1LW2A 3OYKA 1ZBFA 4LSNA 1CZBA 3OYAA 4DLEA 3HPOA 1EP4A 4BE1A 3OYEA 4FW2A 1EKEA 3TAPA 3KTQA 2YKNA 4CF8A 2QK9A 3DM2A 3WNEA 3KK1A 3E01A 3MEDA 4N76A 3B6OA 1GOAA 2A1RA 4CJEA 1G15A 3L2WA 4N5SA 3QEVA 2QKBA 4AHRA 3OYFA 2KTQA 4CIEA 2XY6A 2HHWA 1NK6A 1J54A 4E7IA 4KTWA 4OPJA 3CYMA 1NK9A 1RDBA 1YVUA 2JGUA 2YNHA 4RW4A 3T1AA 3QEIA 4B08A 2OPPA 2FBVA 3K2PA 5J2MA 3LP1A 1IG9A 3BGRA 1HNIA 4KV8A 2HNYA 4Z4CA 3HXMA 3KLGA 1L3UA 4Q0BA 4ZTJA 4CFDA 3NGZA 1QSSA 3JYTA 2DY4A 2ETJA 3WNHA 1NKEA 2BANA 3KK2A 1QTMA 2OA8A 2PYLA 4N41A 4DSJA 1DTTA 3WNGA 3RR7A 1TKXA 4F3TA 3PX0A 1TL1A 4M3YA 1VSMA 4OKKA 3TAFA 3KLEA 2B4JA 5KGXA 3VA3A 4FLVA 4E7KA 1T03A 3AVKA 2Z1GA 5CY4A 5KTQA 2YNGA 4KHYA 2IAJA 1C1AA 3U6FA 3L3VA 1J53A 3SCXA 4RW6A 2OPQA 4JLHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZT2A 3HM8A 3EZWA 3P38A 4UY8O 1NGGA 3NBPA 3PX4A 3ZEUA 2XHBA 4LF9K 1YI2N 1A5XA 1NMDA 3E1YA 4BWMA 4XH1A 2I5JA 3PO4A 5KQ8A 1HQEA 2A42A 1R0AA 2HW3A 2ZD1A 2P9SB 3E66A 1TYQB 1YF5L 3MXIA 1K9MO 4Z4EA 1R59O 4BRMA 3AA2A 3VN5A 4CGHA 4J2BA 1XHZA 5K14A 4Y1DA 4O0IA 3SYZA 1JLAA 4WCEL 3W0LA 4JS4A 3BZCA 1VQMN 3KKRA 1KLNA 1WBBA 3DLBA 2F9TA 2D0PA 4XIUA 1D5AA 4DV1K 1GLAG 3RRGA 3DXMA 4EFHA 4L8RB 2WOMA 1U2VB 2GV9A 4JKBA 4BRPA 4PKGA 4AH9A 4DR2K 4DTPA 2DFFA 5BPMA 3SUNA 1FKPA 3BEXA 3WNFA 4DFMA 3TAEA 3EL2A 1S1TA 1Z26A 3WXMB 3A2FA 1NJYA 3RMBA 1KVCA 5DM6L 4KHYA 4N47A 4KO0A 3OS0A 1JJ2M 4BGBA 4JHDA 4IOAL 1XI1A 1NLVA 3VTHA 4JKFA 2RPIA 3IG1A 2ZJQL 3I33A 3QO9A 3GE1A 1HNVA 1KLMA 3TSPA 1QE1A 1BA0A 4WQ4A 2KFNA 1BL3A 2YNIA 2VG7A 2QEXN 3KD1E 3PX6A 4B3OA 3CQXA 3M8PA 1NGBA 4DV6K 3CCRN 2HHQA 2V7ZA 5HRPA 3VQBA 2BUPA 4AQYK 1XMQK 3RMCA 3RWUA 1B9DA 1GOCA 1XMOK 1XHXA 4B9LA 4CJVA 4B9TA 2GELA 1NK4A 1SL0A 4JI3K 2CH5A 3EKSA 3AVCA 4EZ6A 3QESA 4C1NK 1VQPN 4IZ9A 2PFUA 2BDPA 2P9KA 5C24A 3C0BA 1BHLA 4JD2A 3U3YA 3K5LA 1NGCA 5BRFA 1QHTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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