3AVGA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords Integrase
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avgA00
2Y1JA 1HYVA 1LW0A 2KQ2A 3NCIA 3SV4A 2KZZA 4AHCA 3T19A 3OJSA 4KFBA 3SNNA 3TAPA 4F8RA 1J5OA 1C0UA 4CK3A 4K8ZA 1EP4A 3HO1A 1NK4A 3OYNA 4BWMA 4EP5A 1RTDA 4KHWA 1CXQA 2QXFA 4PQUA 1SV5A 3B6OA 5JS2A 1R0AA 3AO1A 4CHQA 4I9LA 2R7YA 3L2WA 4CFAA 4KHNA 3SJJA 4LH4A 4OKKA 2HHXA 2BDPA 1HYZA 4KHQA 2A1RA 3SV3A 4B9SA 2HHQA 4N76A 1ZBFA 2O4IA 4ELTA 5HROA 1L5UA 1TKXA 3OYDA 3CG7A 4BACA 1LV5A 4I9QA 3C6TA 3OYBA 3C95A 4Z4FA 1KRPA 4M3UA 5CYQA 4DSLA 1CZBA 1KFSA 3AA2A 2KW4A 2P5GA 3ZSXA 2FBXA 4Z4CA 3VQAA 3F73A 3LZJA 1NK8A 3TABA 2VG6A 3KTQA 2HW3A 2Q3SA 4CCHA 1QSSA 1Q9YA 2HHTA 1HNIA 1NKBA 3K59A 1W9HA 4ID1A 1L3VA 2VG5A 4C8NA 4JRQA 4E1MA 4O0IA 3MXMA 4Z4IA 2HMIA 1WAFA 1ITGA 1NJYA 2E4LA 3SUNA 4C8MA 1RBRA 5HP1A 4R5PA 3ZSRA 1C0TA 1J9AA 3B6PA 3U3GA 3QETA 4CJSA 2YNHA 1WN7A 4CIEA 4ELVA 1RT1A 3RRHA 4E3SA 4OLBA 4CHZA 1HJRA 4DTSA 3NFAA 3AVBA 3ALYA 4H4MA 3OYFA 5CZ2A 5J2NA 1ASVA 3AVKA 3V4IA 1LWEA 2YHBA 2ZD1A 4F2RA 4J2BA 4M3TA 1WSEA 4XIUA 3KK3A 2XY6A 4KHUA 4FJ8A 4DF4A 1VK0A 4GW6A 3OYLA 1UA0A 2OYQA 1XWLA 1VSHA 4KTZA 2YKMA 2G8UA 4DQSA 4IFVA 4M3XA 1YTUA 3VQ9A 5J2QA 1HYSA 4JLHA 4CECA 1W0HA 3HM9A 4OKEA 3QEPA 1ZBHA 2IOCA 2ETJA 2BE2A 4CFDA 1HNVA 1S1XA 3AO3A 3VQCA 1L3TA 2G8FA 1UOCA 1S5JA 4O4GA 2HNZA 1S9EA 1VSLA 1JXEA 2YV0X 2ZE2A 3MEEA 5EU7A 4E89A 2RPIA 4FJXA 3DLHA 4KB0A 1CLQA 1C1CA 3HXMA 4B08A 3DLRA 1QQCA 3TWHA 1TGOA 3KK1A 3LAMA 4N56A 3TAEA 1LW2A 1DTTA 3V9WA 1RBVA 3ZSWA 3VQBA 1NK7A 3NH2A 1YT3A 4EZ9A 5I3UA 2OPPA 2KZMA 3VQ8A 4KHSA 3VQ5A 3ZT4A 2Z1HA 3NBPA 3D45A 4OPKA 3HVRA 1TL1A 3L2RA 3V9UA 4F2SA 4M3YA 1RDBA 1KTQA 3WNHA 2OZSA 3PO5A 1S6PA 3NE6A 1VRUA 2YKNA 3ZT3A 3ZCMA 3DOKA 4F3TA 4OLAA 1ZBUA 3I0SA 3V6DA 4M42A 3L3UA 4I7FA 3LPTA 4CEBA 4E19A 3CM6A 3NGIA 1WSIA 2F8SA 4DF8A 5CZ1A 3TARA 1VSDA 2B6AA 2VG7A 5SWMA 3PO4A 1VSMA 5K14A 4AHTA 3NH1A 3VA0A 1JLAA 4CGFA 2GV9A 2WOMA 1RTJA 3OY9A 4GMJB 2G8VA 2IS3A 3DYAA 4G1QA 5C24A 1NK0A 4YNQA 1Q8IA 1TV6A 4B3OA 3JSMA 3KD5E 1ASUA 1SL1A 1WSFA 4DLGA 4CK1A 4CJEA 3ZSOA 1KCFA 4RW8A 3SYZA 3I8DA 4F3OA 3F9KA 1HMVA 3KLFA 1KLMA 4B9VA 4B8CA 4AHRA 2GBZA 3V9XA 4C8KA 2HHSA 4UQGA 3NF7A 3S3OA 5HLFA 1BL3A 4FLWA 3TR8A 2HHUA 2DTUA 2OA8A 5KGXA 4BE1A 3IS9A 4J2DA 4HTUA 2KFZA 1LWFA 3DRPA 1KFDA 5DMRA 3ISNC 2ZQBA 1X9MA 4CGGA 4CGIA 4DS5A 3QIPA 3OS2A 3RRGA 3LWLA 4CJ3A 2W42A 3QEWA 2G8HA 3DLEA 4N41A 2XHBA 3BGRA 4CEOA 5KRTA 4ZTFA 1N6QA 2VWJA 2HHVA 4ELUA 5E41A 4E0DA 4DQIA 3AVLA 4E7IA 1NOZA 4RW9A 2KTQA 2GUIA 3HPOA 4DTJA 1KLNA 1JKHA 4Z4EA 1BCMA 3AVMA 3HSTB 4BDYA 2G8IA 1FXXA 3ULDA 3SPYA 1LAVA 4AHVA 1A5WA 2X74A 2ATQA 4ZHRA 3PX6A 4CEEA 3EYZA 1BISA 1B9FA 2FC0A 1N5YA 4CHYA 4DSIA 4CF1A 2XY7A 2D5RA 4CEZA 4RW4A 4M45A 1I39A 4LY7A 1TKTA 4CJRA 5SZTA 1KVBA 3DI6A 4O55A 3NDKA 2PYJA 2E6LA 4CJQA 3ZT1A 3ZT2A 4DTRA 1TAQA 5FRMA 3NF6A 1RILA 3AA4A 1ASWA 3KK2A 3NAEA 2QK9A 4FJLA 1RNHA 3E01A 3VQQA 4DG1A 1IKWA 3G10A 4CJKA 3V81A 1BI4B 4FJJA 3HP6A 2QKBA 4OGCA 1S1WA 4FCYA 4FJIA 4CEDA 3DOLA 3P83D 3O3GA 5FROA 1O1WA 4CK2A 1T03A 3QIOA 1VSKA 4CJLA 3NH0A 4DQQA 3V9SA 2WONA 4LD0A 1S1UA 4Q0BA 2X6NA 4MFBA 4RG8A 3QEXA 1JLCA 4K8XA 4CJPA 2RKIA 4HUGA 4EZ6A 4F4KA 2JLEA 2A1SA 2XRIA 3M8QA 5C25A 1HPZA 3LALA 3AVIA 5HRRA 4W5TA 5JS1A 4HCCA 1SL2A 3HP9A 1A5VA 1FKPA 1WSHA 2OPQA 3LWMA 3SZ2A 3OJUA 4E7LA 4C8LA 4KREA 4KTQA 1SUQA 1JLQA 1L3UA 4AHUA 3CFPA 3OS1A 2P5OA 1DTQA 3HYFA 1TK5A 4YFUA 4NYFA 4ZTJA 3LAKA 2O4GA 3MAQA 1U48A 1HQEA 4AILC 3VA3A 3SCXA 1JLGA 2DFEA 4WE1A 4C8OA 3U3YA 4CIFA 4E7HA 1S9GA 5KGWA 3RTVA 1S1TA 3C6UA 3VN5A 3AVGA 4DSFA 1D8YA 4FJ5A 4KHYA 4DFPA 4OPJA 4HUEA 4KO0A 2D0BA 3SQ1A 4CERA 3T1AA 3LP0A 1B92A 1SKWA 4L8RB 2HVIA 1VSFA 4W5OA 1RTIA 4I2PA 1KVAA 3OYEA 1X9SA 4CF0A 3KLIA 5C42A 1BIZA 1XI1A 4M3ZA 3CFOA 4CF2A 1WNSA 1RT7A 4BDZA 2PY5A 3BDPA 1D9FA 4KB1A 1RDDA 1GOBA 4JS4A 1RT2A 3OS0A 2Z1JA 3KLGA 3VQ4A 4M41A 4DLEA 3RMCA 2RF2A 4CGDA 1NOYA 3LANA 1LWCA 3QESA 1J54A 4FK2A 3OYMA 4B9UA 4DSJA 1QS4A 1IKYA 1JXBA 2VWKA 3K57A 4CF9A 3NHGA 2HVHA 2HHWA 1U04A 4W5QA 4DS4A 3DLGA 1HQUA 1GOAA 4CGHA 3V1QA 3KIOA 2B5JA 4DSKA 3AVCA 3PX4A 3IAYA 2XY8A 2B4JA 2P51A 1WAJA 3O4QA 4H4OA 1X1PA 4Z0UA 1EETA 4CGJA 3IG1A 3DRSA 4BE2A 1J53A 3QNNA 1U4BA 3LP2A 4Z4HA 1TK8A 2G8KA 1T7PA 2Z1IA 3RR7A 4PA1A 1TKZA 3OYHA 3KLHA 2ITGA 1RT5A 3M8RA 1YVUA 4FLZA 4AHSA 4RW6A 1JLFA 1S6QA 3AVNA 1F21A 3AVAA 4CJVA 3HPGA 1SKSA 1Z26A 4FLXA 4FVMA 5KI6A 1IG9A 3ZSZA 3K5MA 4DTUA 3FFIA 3V1OA 2IAJA 4J2AA 3AO5A 4FJMA 2KFNA 4CEAA 1WSJA 2HNDA 1DLOA 3S3MA 3EY1A 3PV8A 4DU3A 1YTAA 3PX0A 4TSXA 4FLUA 3L8BA 4Y1DA 2FBVA 4W5NA 4KAZA 3KKRA 3CFRA 3KKSA 4CHNA 1XHXA 3ASMA 3LP1A 4DFMA 3CYMA 3LP3A 1X9WA 4HVJA 1IH7A 1B9DA 1MU2A 1BGXT 3VQ6A 4DWIA 4HCBA 3WNEA 3LDSA 3UIQA 4O44A 4KV8A 3KJVA 1REVA 3QLHA 4O5BA 4Y1CA 2E6MA 4FK4A 5FRNA 3HJFA 1CZ9A 4IFYA 2DFFA 1JLEA 3EZ5A 1QE1A 2YNIA 3OYGA 4DU4A 1UAXA 3PY8A 3SQ2A 4AH9A 3ZSQA 2IC3A 1NKEA 1TL3A 1SL0A 2RN2A 1VSIA 4M3RA 3H08A 2X78A 3TANA 4DTPA 1JLBA 1U49A 3RWUA 1EKEA 4PY5A 4CJFA 3VQDA 1QSLA 4O0JA 2D0AA 1FK9A 2PZSA 4NCAA 2OZMA 2YNFA 4DFKA 3SUOA 4B9LA 4FZYA 2BANA 3K2PA 1RDCA 3QEIA 4FW2A 1KVCA 1RTHA 1A5XA 3QNOA 3TI0A 4CHPA 4LH5A 3O3HA 4FJ9A 3TAFA 4OVLA 5KRSA 2P1JA 4KKOA 1TVRA 1KSPA 2DY4A 2OPSA 4DTXA 5CYMA 4KI6A 3AO4A 1NJZA 4OJRA 4KRFA 3NF9A 4FZZA 1BIUA 1QSYA 3SI6A 3QO9A 3LZIA 1IO2A 1QHTA 1Z25A 3CM5A 4KPYA 5D3GA 5HBMA 4J2EA 4B8AB 3TAGA 4LSLA 3IRXA 4DTMA 1RBSA 3OYAA 4RW7A 1Y97A 3RMAA 5J2MA 3CQ8A 3AA5X 5FDLA 1BCOA 3DM2A 4FJ7A 1NK9A 3ZT0A 1TAUA 5HRSA 1ZBIA 3HT3A 1TK0A 2OPRA 4BWJA 2HNYA 5HRNA 1NJWA 5J2PA 3QINA 5CY4A 3RMBA 3HK2A 3OYCA 4DTNA 3AVFA 3SUPA 3QERA 4CJWA 4HUFA 2YNGA 3DLKA 1I3AA 2YHAA 4QCLA 3HVTA 1D5AA 1U47A 1Q9XA 3U6FA 3OYJA 4DFJA 3KD1E 4FYDA 3L2UA 2XO7A 3AA3A 1C1BA 3VQEA 2X6SA 3AV9A 4EP4A 1VSEA 2DFHA 4GVMA 1BHLA 4Q5VA 3VQPA 3P5JA 4FW1A 1RT3A 5T7BA 3KLEA 4N5SA 1VSJA 2JGUA 4CEQA 4LSNA 1RBTA 3MXIA 1C1AA 1VRTA 4E7JA 3DRRA 2QKKA 4FK0A 3A2FA 1QTMA 3V1RA 1LAWA 3MEGA 1S1VA 1HRHA 2I5JA 4B9MA 4N47A 3OYIA 2XY5A 4CFBA 2FBYA 3AO2A 4FLTA 3HPHA 4E7KA 2Y1IA 4FLVA 1UWBA 4DTOA 3WNFA 4JS5A 1XC9A 4IDKA 1SKRA 3SQ4A 2FBTA 4CJUA 3M8SA 3S3NA 3G0ZA 1EX4A 4IBNA 3NGZA 1T05A 1NK6A 3D0PA 3ITHA 4IG3A 4DU1A 1UA1A 1C6VA 3LPUA 2BGGA 3ZSVA 4CF8A 4OKJA 3THVA 1WLJA 4FM0A 1IKVA 3I0RA 4PWDA 3L2VA 4JRPA 1RT6A 4DMNA 4W5RA 4IG0A 3VQ7A 1T8EA 1NJXA 4FZXC 3WNGA 2F8TA 2LSNA 2HB5A 4ID5A 4KTWA 1XHZA 3OVNA 3MECA 3NGYA 4CEFA 4CFCA 1BQMA 4DQRA 3K58A 4DSEA 1IKXA 2NUBA 4CIGA 3SPZA 1GOCA 4Z4GA 5I42A 4FJKA 1RCHA 1BI4A 3M8PA 4IKFA 1ZBLA 3AVHA 2EHGA 4I2QA 4CJ5A 1FKOA 3T3FA 4QAGA 4BE0A 3S9HA 1JL1A 1RBUA 4FJHA 4M3WA 2PYLA 4BDPA 1NKCA 3P1GA 3TAMA 4B9NA 4OGEA 1RDAA 3QEVA 2AJQA 4NCGA 2EX3A 3K5NA 3K5LA 2F96A 2IGIA 5KTQA 4NYNA 4FJGA 5DK5A 4CE9A 3OYKA 3RR8A 3O3FA 1EXQA 1C0MA 4CJTA 3RMDA 4HHTA 3ZSYA 4CHOA 4FJNA 4PUOA 4FLYA 4E1NA 3HL8A 5J1EA 4NCBA 3TAQA 1ZYQA 1G15A 4ICLA 3SUQA 3DLBA 1CXUA 2IDOA 3MXJA 3V9ZA 3JYTA 4MQ3A 4FM2A 1U45A 2Z1GA 5HRPA 4DQPA 4FXDA 3C94A 3L3VA 1D9DA 4KI4A 1RT4A 3AVJA 3K5OA 4H8KA 3PUFA 1TKDA 1BQNA 1NK5A 1L3SA 1JL2A 4B9TA 2D0CA 2G8WA 1WSGA 4FM1A 1K6YA 3SQ0A 3NF8A 4CESA 3O4NA 3L2QA 3DMJA 3MEDA 4CJ4A 4QOZB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OJSA 4IOCL 4DR6K 4KFBA 4F8RA 1C0UA 4CK3A 2NRTA 2O8CA 3HO1A 4KHWA 4NLBA 4GV6A 1QZ5A 2WTUA 3AO1A 5AQJA 3VETA 2O8EB 1N33K 1HUXA 4BR4A 3SJJA 3J80O 2OCEA 4DHYA 2BDPA 2E2PA 2A1RA 4YOVA 3SV3A 1ZBFA 4B1UB 4ELTA 4DB3A 1I94K 1TKXA 3BZCA 1LV5A 3SMPA 1M90O 4Z4FA 1KFSA 2KW4A 4Z4CA 5GIOA 3UKRA 1VHXA 3MN9A 3TABA 3KTQA 2HW3A 1VQ9N 1QSSA 1Q9YA 3GG4A 3I8BA 2VG5A 3OHRA 4E1MA 4O0IA 3MXMA 5I9EB 4C8MA 4B1ZA 1XUPO 4MO5A 3RSEB 3ZSRA 1J9AA 3B6PA 3U3GA 4DV4K 2YNHA 3EKUA 4ELVA 4OLBA 2VCPA 3VEWA 3ALYA 4H4MA 2HBJA 5J2NA 3AVKA 4J2BA 4RCHA 2V51B 4FJ8A 4DF4A 3OYLA 3ENHA 2OYQA 1XWLA 1EWQA 4ISFA 2BH1A 2NZTA 4DQSA 4IFVA 1YTUA 1HKBA 3WXJA 3HM9A 1YAGA 4OKEA 5KPTA 2BE2A 3AO3A 3WEEA 2HNZA 1VSLA 3GDQA 1JXEA 2ZE2A 3MEEA 3TSQA 4FJXA 4KB0A 5JLHA 1RFQA 3DLRA 3VTHA 3LAMA 4O8UA 1LW2A 1DTTA 3ZSWA 3S41A 1NK7A 3NH2A 3PIPL 4AQYK 2OPPA 5JMVA 3VQ5A 4F2SA 1KTQA 1QZ6A 5E26A 4OLAA 3I0SA 3ZEUA 3V6DA 1WB9A 4I7FA 3LPTA 2UXCK 3CM6A 5AQSA 2P9LB 5BRHA 5CZ1A 1K9MO 2VG7A 3PO4A 5K14A 2YJFA 1XMOK 5AQTA 3VENA 3U9DA 2G8VA 4G1QA 1NK0A 5C24A 4WFBL 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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