3AVGA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avgA00
4CJKA 2E6MA 2Y1JA 2D0BA 4UQGA 3OYCA 3LZJA 3PO4A 3VQ4A 4CGIA 4PA1A 4B9NA 2F8TA 4DWIA 1RBVA 1S1XA 3OYHA 3MEEA 4OPJA 1YTUA 1KCFA 3HSTB 3KKRA 1LWEA 4JS5A 3ZSOA 4NCAA 4CJUA 3OYFA 4FJJA 2RN2A 2KFZA 1TKZA 3VA0A 4OVLA 3T3FA 5SZTA 1LAVA 4DS5A 4B9LA 4F3OA 3B6OA 4CERA 1TL1A 4CFCA 1U47A 4KHUA 4CJ5A 5CYQA 1A5XA 3KLEA 4LSNA 3VQ6A 4DSLA 4F4KA 1VSJA 5EU7A 4OGCA 3WNEA 1EKEA 3PX4A 3C94A 3OYEA 3VA3A 3SQ2A 4RW7A 2EHGA 3E01A 1RT1A 4N47A 4B9UA 4IKFA 4FJIA 4FJMA 4FYDA 3ZT1A 4CEBA 3D0PA 1C1CA 4BDPA 1ASWA 2HVHA 3SNNA 3TANA 3B6PA 2ZE2A 4FJ8A 2E4LA 3DI6A 3K58A 4MFBA 1S9EA 1RBSA 3H08A 4RW6A 5I42A 2NUBA 3BDPA 4W5NA 2FBTA 2WOMA 2Z1GA 5E41A 4N5SA 4AILC 1KFSA 1VRUA 4IG0A 3OYKA 4KAZA 1RDCA 1SKRA 2VG5A 4FCYA 5J2QA 4HCBA 3L2QA 4QOZB 1HNVA 3K5OA 1F21A 2QKKA 4E7JA 4KHSA 4CGGA 2OZMA 1LWCA 4ELVA 4FJ7A 4KTQA 2HHSA 3ZT4A 1J54A 1KVAA 2VWJA 2OA8A 1O1WA 1VSIA 3SZ2A 4DTXA 4AH9A 1TKXA 1XHXA 4NYNA 2PY5A 4KHYA 1TAUA 1RT3A 5KI6A 3QLHA 4FJ5A 4KB1A 1IKXA 5HROA 4J2AA 3V9SA 1FK9A 1HQUA 3OYDA 3LP0A 3TARA 1ZBHA 2F8SA 1RBUA 3NF7A 4DQSA 4B9TA 4CGJA 3SYZA 4DQRA 4KB0A 3MXJA 2O4GA 3DM2A 4EP5A 3O3HA 1D8YA 3K5MA 3L2UA 3ALYA 3DRSA 3LP3A 3M8QA 4H4MA 2KZZA 4FW1A 3OYLA 1D5AA 4AHRA 3MXMA 3SCXA 4NYFA 1EXQA 2FBYA 4QAGA 1SV5A 3KKSA 3ASMA 1Q9YA 4E0DA 1JXEA 4LY7A 3LDSA 4M3XA 1C1AA 4FW2A 2G8IA 3HP9A 4LH5A 3AVMA 4ID5A 4CESA 3OYBA 4BDYA 2XRIA 4CIEA 2BANA 4FZZA 4DF8A 2BGGA 4CEFA 3QEWA 3DOLA 1TK8A 4OJRA 3AVBA 4FXDA 1C0UA 4OPKA 4FVMA 4BDZA 1BL3A 3NF6A 2P5OA 4CJSA 1KRPA 3V9ZA 3RMAA 4Z4HA 4M41A 4B9MA 4RW4A 4FK4A 4DSIA 3CQ8A 3JSMA 3NBPA 3OS0A 5HRSA 1X9WA 3PV8A 2E6LA 4KV8A 1ZBLA 3OVNA 4CJPA 1NJZA 4AHSA 4FLVA 3V1QA 2JGUA 1VSMA 2FBVA 4CIFA 1XWLA 3QEVA 1S1VA 4ZTJA 3HPOA 2Y1IA 1D9DA 4CJEA 4FJLA 3SI6A 4N41A 1WSHA 4CK1A 1NK8A 3EYZA 1ASUA 1Z26A 1A5VA 3DLHA 4F2RA 3M8SA 1NOYA 3UIQA 4FLUA 1S6PA 3HL8A 1TVRA 1T7PA 4H8KA 3AO3A 4KO0A 4DMNA 5CY4A 2X6NA 4PY5A 3AVFA 1TK5A 3QO9A 4CJQA 3VN5A 2KTQA 3FFIA 1WAJA 2BE2A 1KFDA 5HRPA 3KLIA 5FRMA 2LSNA 3LP1A 3G10A 1JLQA 3OYJA 2HHQA 3RRHA 3SUOA 4J2BA 4O0IA 1BIZA 2YKMA 1NK7A 3DLGA 2KZMA 1NOZA 1JLBA 3AO1A 4KKOA 1UA0A 2GBZA 2DFHA 2OPQA 4Q5VA 3AA4A 5CYMA 2DTUA 1RT4A 3SUPA 4I2QA 3AVCA 3L8BA 3AVNA 2G8HA 1W0HA 4DSJA 3AA5X 1RBTA 2GV9A 3SUQA 1J9AA 5DMRA 3I8DA 3KD5E 4B3OA 1VK0A 4GMJB 3D45A 2Q3SA 3NHGA 3ZSZA 1L3SA 3AVJA 4HTUA 3LPTA 5J2MA 1RDBA 2G8UA 4CHZA 4LH4A 1X9SA 3THVA 3P5JA 5I3UA 4RW8A 5KGWA 4DTMA 4Z0UA 2W42A 2I5JA 5K14A 4CGDA 2VG6A 3AVHA 3OY9A 3DLBA 1TK0A 4RW9A 3QNNA 2OPSA 1NK0A 2IS3A 3SUNA 3SQ4A 4DFKA 1NKEA 2HW3A 4FM0A 4W5QA 1JLGA 1A5WA 3HPGA 1WNSA 2KQ2A 4HVJA 2OPRA 3F73A 1WSGA 4C8MA 3ISNC 4E19A 2HHWA 1LWFA 4HUGA 4CCHA 4CFBA 4W5TA 2ATQA 2IAJA 1RDAA 4K8ZA 5FDLA 3K5LA 1D9FA 3LWLA 3LAMA 4N76A 4OLAA 4FZYA 3ZT3A 1U04A 4M42A 1BGXT 3AVLA 3L3UA 1UA1A 4JS4A 3V9UA 2YNFA 1LAWA 4CJLA 3HVRA 1IKWA 4I7FA 2ITGA 1HJRA 4PUOA 5D3GA 3VQPA 3OYGA 4KFBA 4CFAA 3KK3A 4DTNA 1SKWA 1VSDA 4CECA 2ETJA 1L3TA 1RDDA 2IGIA 4DTOA 3AO4A 3SPYA 4IG3A 1T8EA 3NH1A 3TAEA 1ZBIA 3AA2A 3MECA 1U4BA 1KVCA 2VG7A 1SKSA 2BDPA 2P5GA 1JL1A 4Z4EA 4CJTA 3LZIA 2A1RA 3VQQA 1RTDA 3VQ8A 1KLNA 4ICLA 4FK2A 1RTIA 1JXBA 1QSLA 3DYAA 3AVAA 1SL0A 3L2RA 3K5NA 4KRFA 3LWMA 4CHPA 4CHQA 4JLHA 2RPIA 4O5BA 2XO7A 1L3UA 4M3TA 2Z1JA 4DFMA 3F9KA 4YNQA 1ITGA 3VQBA 1C1BA 4XIUA 4HUFA 3HVTA 3PX0A 3RWUA 1TKTA 1KSPA 4NCBA 1K6YA 3ZCMA 3VQ9A 3CM6A 4I9LA 4CF1A 1BISA 2YV0X 1SL2A 3MEGA 1IO2A 1CLQA 4DQPA 2P51A 1GOAA 1YTAA 3O3GA 1RT6A 3K57A 1JLEA 1TGOA 1JLCA 2D0AA 3RR8A 3M8RA 1Q9XA 4FJGA 1GOBA 4M3YA 1HMVA 1SL1A 1CXQA 1HRHA 4B8AB 3CYMA 1WAFA 4Y1CA 3QEPA 1WSIA 1TL3A 4F3TA 4E1NA 1JLFA 1Z25A 1QSSA 1FKPA 1KTQA 4LSLA 3AO2A 2YNIA 3CM5A 4CHNA 4DLEA 1U45A 1BCOA 3IRXA 5J1EA 2G8FA 4F8RA 3ZSVA 3DLEA 4NCGA 3AV9A 4CEAA 1S6QA 1TV6A 3ZSRA 4CJ3A 3KK1A 3LALA 1CZBA 1TAQA 2OPPA 3LPUA 1YT3A 2Z1HA 1S5JA 2IC3A 2HHTA 1EP4A 3NF8A 2B6AA 1I3AA 4Y1DA 1RT5A 3LANA 3ZT2A 1HPZA 4JRQA 4G1QA 4CEZA 1IH7A 4CJ4A 4ELTA 5SWMA 3EZ5A 1B9FA 1CZ9A 4AHUA 3QEXA 3O3FA 1LW2A 1KLMA 4FJNA 3HO1A 1IKYA 1Q8IA 3QNOA 4FLWA 3TABA 1NJYA 1DTQA 3QINA 3VQEA 2HHXA 4W5OA 1NKCA 4I9QA 3V81A 3HYFA 4Z4CA 4E3SA 1N6QA 1VSHA 2HHUA 3KTQA 2KFNA 4CJVA 4IDKA 2R7YA 1RT2A 1ZBFA 1W9HA 3QERA 4M3WA 4Z4FA 1UOCA 3L2VA 4O4GA 4MQ3A 3QIOA 3U6FA 4DFJA 2DFFA 4E1MA 3KLFA 4EZ9A 2B4JA 4DFPA 1NKBA 3MXIA 4KTWA 3TR8A 1NJWA 3VQAA 4B9SA 2DY4A 3TAMA 4J2EA 4PWDA 1FKOA 3KIOA 1MU2A 1VRTA 5FRNA 4CF2A 4Q0BA 3ITHA 3RMCA 2D0CA 3IG1A 4CGHA 2JLEA 3M8PA 2HNYA 4CEEA 5HLFA 3A2FA 2IOCA 2ZD1A 3V6DA 2XHBA 3IS9A 3DMJA 3NDKA 3VQ5A 1T05A 1B92A 3HXMA 3DRPA 3I0RA 4DSKA 4KI6A 1BQNA 3ZSXA 3QESA 1VSKA 4CJWA 1HQEA 4FJ9A 4KTZA 1UAXA 1QE1A 3S3NA 2X78A 1IG9A 5FROA 4FM1A 2WONA 4O44A 5DK5A 3CG7A 3RR7A 1L5UA 5HP1A 1HYSA 5HRRA 5C25A 4CIGA 4E7HA 2XY6A 1BIUA 3OYAA 4CE9A 3OJUA 2HMIA 1BI4B 2HNDA 4DTJA 1CXUA 3AO5A 4AHTA 3L3VA 2YKNA 3SV4A 2G8VA 3U3GA 2QK9A 3TWHA 3QEIA 4RG8A 5CZ1A 1ASVA 2G8KA 1QTMA 2FBXA 4E7LA 2O4IA 1RCHA 3NGYA 3V4IA 2X6SA 3TI0A 3HM9A 4BACA 1BCMA 1I39A 3MEDA 4CHYA 4OGEA 4DU3A 1RTHA 3AVIA 4AHVA 1X9MA 4O0JA 1BI4A 3DLRA 4FM2A 1QHTA 2RKIA 4C8KA 2YHBA 4GW6A 3SQ0A 4DQIA 1FXXA 4YFUA 5C42A 4FK0A 1WLJA 2YHAA 3BGRA 1C0MA 2A1SA 5KRSA 4DSEA 2PYLA 3CFRA 4R5PA 1S1TA 1S1WA 3O4NA 1REVA 3HJFA 3TAGA 4JRPA 1BHLA 4EZ6A 4K8XA 3PX6A 4PQUA 2PYJA 1NK4A 1G15A 1VSFA 4ZHRA 4FLXA 3V9XA 4DQQA 1S9GA 2HB5A 4DU1A 4DTPA 1RILA 3I0SA 1U48A 2HHVA 3WNFA 4FJKA 3VQDA 4IBNA 1JL2A 4FLTA 1NK9A 1RT7A 3CFOA 1Y97A 4L8RB 3IAYA 2KW4A 3WNGA 1RNHA 1UWBA 4TSXA 4BWMA 4ELUA 1VSEA 1VSLA 1HNIA 3CFPA 3SQ1A 1QQCA 2IDOA 1WSEA 4C8NA 3QETA 2VWKA 4OKEA 1HYZA 1YVUA 2GUIA 3T19A 1LW0A 3OYNA 3NCIA 4FJHA 2F96A 3C95A 3ZT0A 1HYVA 5HRNA 4OLBA 3S9HA 1GOCA 3NAEA 4E7KA 4DG1A 3O4QA 1LV5A 4KHQA 3OS1A 3P83D 4ID1A 4B08A 3NH0A 4CGFA 4B9VA 5KRTA 2B5JA 5J2PA 4CF0A 3ZSWA 1N5YA 1ZYQA 2EX3A 4KPYA 3SJJA 4QCLA 3ZSQA 5JS1A 1R0AA 2RF2A 1WSFA 4Z4GA 4OKJA 3DRRA 3ULDA 1QS4A 1J5OA 1JKHA 1JLAA 4BE2A 1BQMA 2QKBA 4DSFA 3G0ZA 4HUEA 5J2NA 1NK6A 1DLOA 4CJFA 1SUQA 3T1AA 4CK2A 3V9WA 2D5RA 1T03A 4BE0A 4CFDA 2XY5A 4CK3A 1U49A 4DLGA 4BE1A 2DFEA 3RTVA 4WE1A 3DOKA 4I2PA 4M45A 1DTTA 4CEQA 3SV3A 4M3ZA 1IKVA 2HNZA 3V1OA 4CJRA 4O55A 3KJVA 1TKDA 3AA3A 3AVKA 3L2WA 3NGIA 3AVGA 4Z4IA 5KTQA 2XY7A 1EETA 2HVIA 3PY8A 1WN7A 4CEOA 4CHOA 4H4OA 2FC0A 5JS2A 4B8CA 3OJSA 3KD1E 3MAQA 4KHNA 3KLGA 3NFAA 3KK2A 3WNHA 4C8OA 4J2DA 1C6VA 2XY8A 4W5RA 4CEDA 2QXFA 1NJXA 3P1GA 4KREA 1ZBUA 3C6TA 4OKKA 3K2PA 4FLYA 3RMDA 3HP6A 1XHZA 1RTJA 3JYTA 1XC9A 3K59A 4N56A 4F2SA 3S3MA 3SPZA 3QIPA 4C8LA 5CZ2A 1C0TA 2PZSA 3C6UA 4IFYA 1WSJA 3U3YA 1KVBA 3TAQA 1S1UA 4CF9A 4M3UA 3HK2A 3S3OA 2P1JA 4IFVA 4BWJA 5C24A 4EP4A 3HT3A 4FLZA 4ZTFA 2G8WA 2YNGA 4E7IA 3V1RA 5HBMA 3DLKA 3NGZA 3PO5A 1X1PA 3NF9A 4GVMA 2Z1IA 2ZQBA 4DTSA 2AJQA 3HPHA 4FZXC 3EY1A 3NE6A 4DTRA 3KLHA 3VQ7A 3OS2A 4DU4A 3TAFA 2OYQA 3RMBA 1B9DA 1L3VA 2OZSA 3LAKA 1RBRA 3LP2A 4LD0A 4CF8A 3VQCA 2X74A 4E89A 3ZSYA 5T7BA 4DTUA 1QSYA 4KI4A 2YNHA 1EX4A 3OYIA 1XI1A 4KHWA 4HCCA 1J53A 3PUFA 4M3RA 3TAPA 3RRGA 5KGXA 3OYMA 4FJXA 4HHTA 4DF4A 3NH2A 4AHCA 4DS4A 1NK5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Y1JA 3VQ4A 3MEEA 1KCFA 3HSTB 3KKRA 1LWEA 4JS5A 3ZSOA 3G25A 4FJJA 3J7AP 3VA0A 1V4TA 1ESVA 1U47A 3BZCA 4CJ5A 3VQ6A 1JJ2M 1XC3A 5EU7A 3WNEA 1EKEA 3MWPA 3EN9A 4JK9A 1BO5O 3SQ2A 1YITN 1S22A 3DAWA 5F2RA 5GADP 2GELA 3B6PA 3P31A 2ZE2A 2E4LA 3F9MA 1S9EA 3BDPA 4RW6A 5I42A 2QWPA 2UXBK 1E4FT 4CZHA 3OYKA 5KPRA 4FCYA 5J2QA 2QKKA 4E7JA 4CGGA 2D1KA 4ELVA 3O6WA 1OVYA 2OA8A 3SZ2A 5EOYA 2PY5A 1XHXA 4NYNA 3P39A 3QLHA 1IKXA 4BC2A 5HROA 1VQPN 1FK9A 3OYDA 1ZBHA 2E2NA 5I9EB 3SYZA 4KB0A 2O4GA 1D8YA 4JKGB 2O8FB 2NRRA 3LP3A 3CJ7A 1O13A 4FW1A 1D5AA 4AHRA 1HNXK 2HBLA 5AQTA 5AQGA 1EXQA 3KKSA 3FLCO 1Q9YA 4JHDA 1JXEA 3LDSA 4DV1K 2F4VK 1C1AA 4Y0WA 1C0FA 3AVMA 4ID5A 4CESA 2XRIA 2BGGA 3DOLA 1TK8A 3AVBA 5ADXA 2UUAK 4FVMA 1JCEA 1BL3A 2P9IA 4DCHA 2A41A 4DSIA 3RVCA 3OS0A 3U9DA 3PV8A 2E6LA 2YI1A 2JGUA 1VSMA 1XWLA 4FJLA 3K9JA 4CJEA 3CIPA 3MX5A 5CE3A 1A5VA 3G71N 1K8KA 3MN9A 2FLOA 1T7PA 1ILYA 4DMNA 5AZJA 1YXQA 1TK5A 3FFIA 1WAJA 1KFDA 1BU6O 5AR0A 3RRHA 3SUOA 3H3NO 2KZMA 3ZYYX 4ISFA 1NOZA 1JLBA 4BGAA 4WFAL 4KKOA 3EKUA 2HSTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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