3AVHA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avhA00
3AO4A 1ASUA 4YFUA 3VQEA 2G8IA 4DSKA 1S1UA 4HCBA 3LAKA 1O1WA 1RT2A 4LH5A 1SV5A 2YKMA 3VQ6A 2OPSA 3F9KA 3O3HA 3SQ1A 1QSSA 4FJGA 4OVLA 3DLHA 3V9WA 4J2BA 1BISA 3KK3A 4IG3A 5I3UA 3QINA 2HVIA 4CF0A 4OKKA 2IS3A 3V9ZA 3OVNA 1QSYA 4OPJA 4O4GA 1RT6A 1X1PA 3ZSYA 4DF8A 2HHXA 2LSNA 1WSEA 1S6PA 3K5OA 4LY7A 1JL1A 4OPKA 4CEFA 4HUFA 3MXIA 1KLNA 4DWIA 3ZT4A 2E6MA 4BDZA 2F8SA 1XHXA 5HBMA 4PA1A 4CJQA 4CHYA 3ZSWA 4CEQA 3KK1A 3EY1A 2Y1IA 2VG7A 2E6LA 4DSEA 1J5OA 1KLMA 1VSJA 4OGCA 1HYZA 2OPPA 3HM9A 3B6PA 4WE1A 1YTAA 1WSIA 3EZ5A 1RBVA 4NYNA 4AHSA 4CHNA 3OYJA 3KLEA 5J2PA 4F3OA 3HVTA 4FVMA 1VSMA 4KO0A 3SNNA 4O0JA 3K5MA 3SCXA 3MXJA 2DY4A 2D5RA 4FW1A 4CJTA 1BGXT 2HNDA 2P1JA 1NJXA 1JXBA 3E01A 3V1OA 5HLFA 4CGIA 2HMIA 2XHBA 4FLWA 3IAYA 3RWUA 4NCBA 4QOZB 3DMJA 3KIOA 1ZBUA 3VN5A 1LAWA 3CFRA 4LH4A 1C1CA 4B9SA 3AA5X 1VRTA 1QS4A 2FBVA 3SV3A 3QO9A 3PX0A 2FBYA 1RT5A 1NOZA 2Z1IA 2IGIA 3KKRA 1VK0A 4OKEA 2D0AA 2GV9A 3VQPA 3NBPA 1BCOA 2VWKA 2OPRA 3K58A 1UA1A 1NK5A 1NKEA 2KW4A 1L3TA 4Z4EA 4B9UA 4FLYA 1HQEA 3ZSVA 2XO7A 3CG7A 4MFBA 4W5OA 1TVRA 4CJWA 2IAJA 1IO2A 4DMNA 3RTVA 4E7IA 2G8UA 4AHCA 5KRSA 4DQIA 3ZT0A 3L2WA 2X6SA 4J2AA 4DQRA 3KD5E 3RMBA 1DTQA 1ZBIA 2ZQBA 3AA2A 1KVBA 3RMAA 1S1TA 4I7FA 1I39A 1EKEA 4IBNA 4E7LA 4M3ZA 4NYFA 2PY5A 1S9EA 3FFIA 4JLHA 3HYFA 1JLBA 3OY9A 4CHZA 4E7JA 2OYQA 3M8QA 3SYZA 1EX4A 1GOBA 4H8KA 3ZSXA 4ZTFA 1KTQA 1RT4A 1X9SA 2BANA 3P5JA 4F3TA 4CEEA 3VA0A 5SZTA 4M41A 4EP4A 1U04A 3K5NA 4DFKA 5K14A 5HRNA 1QQCA 4CEAA 1KFSA 4FJXA 1W9HA 3TR8A 4ELUA 3V9XA 4KREA 3EYZA 3AVNA 4CJRA 1RCHA 4FCYA 4DU4A 3SUNA 1LWFA 3VQ9A 1U45A 3MAQA 3QERA 5J2QA 3ZSZA 5HRPA 4NCGA 3KLFA 5HRSA 3D45A 3O3FA 4CECA 1B9DA 3L2QA 3JSMA 4E3SA 4E1MA 4CF9A 4J2EA 4FK0A 5SWMA 5CYMA 3AVFA 4PWDA 4G1QA 1KCFA 3AVHA 1QHTA 3AV9A 3C6TA 3SZ2A 2JLEA 1S1VA 4KFBA 5FDLA 3LZIA 3NGIA 5I42A 4KKOA 1QSLA 5FROA 4CERA 2HHVA 3HJFA 4CJ5A 3DLKA 4IG0A 3WNGA 4EP5A 1RDCA 4E7HA 4CHPA 3KTQA 3ZSOA 2DFEA 3SUOA 4KHWA 3SV4A 3QIOA 4EZ9A 2HB5A 3HPGA 1VRUA 3DOLA 1SL0A 5DMRA 3NCIA 4KHQA 3NGZA 4AHVA 4W5RA 1JLGA 4E89A 1C6VA 2D0CA 2YHAA 4LSNA 3L2RA 3LZJA 5FRMA 4AILC 3UIQA 3A2FA 1ZBHA 4KTZA 1L3UA 4CE9A 3PO4A 3ZCMA 3DRSA 1WSFA 1D9FA 3HPHA 3LAMA 4Y1CA 3SQ4A 1CZBA 1ZBFA 2ATQA 4FLVA 4Q5VA 3S3MA 3BDPA 3V9UA 2KZMA 4FLXA 4Z0UA 1FKOA 1BQMA 4C8OA 3RMCA 4F2SA 4JRQA 4IKFA 4H4OA 1JKHA 3P83D 1B92A 3TARA 3ZT3A 3AVCA 2X78A 4TSXA 3KK2A 3KD1E 4HHTA 2DFFA 5CYQA 3TAGA 1D8YA 3RR8A 2WOMA 4B9VA 4HVJA 4K8XA 1WNSA 2BE2A 4I2PA 5J2MA 4CJKA 2DFHA 4DTUA 4BE0A 4DTOA 1GOAA 1L5UA 4Q0BA 3ZT2A 1KVCA 3NFAA 3H08A 3SQ0A 1UA0A 3AO2A 1L3SA 3DRPA 4ICLA 3KJVA 1NK7A 1NJYA 4FK2A 1ZYQA 3VQAA 1RT7A 1NK8A 1TL1A 1N6QA 3QEWA 4CF1A 1WSGA 4CGFA 3NH2A 3DLBA 1YVUA 4KI4A 3WNFA 4EZ6A 3AVBA 4CFCA 1SKRA 4M3XA 4JRPA 5KI6A 3DI6A 4AHUA 3OYMA 1U48A 3KLHA 4L8RB 1HMVA 1NK6A 1EXQA 1RBRA 2QKKA 1Z25A 4DS5A 1EP4A 2OZMA 3QETA 2VG6A 3AVGA 3OJSA 2XRIA 3QLHA 1LW0A 3CYMA 4OLAA 4W5QA 3ISNC 4C8MA 3HPOA 3V9SA 3MEDA 2XY6A 4C8KA 1RTJA 2JGUA 3MEEA 1RDBA 3LP1A 1C0TA 3QEXA 1XC9A 1Y97A 2G8FA 4KTQA 4FK4A 5C24A 5KGWA 1JXEA 3QEPA 4OGEA 3AO5A 1NJWA 4QAGA 5JS2A 4ID1A 3G10A 4LSLA 4DSLA 4RW4A 4MQ3A 4CGJA 3L2VA 3HP9A 1UOCA 5CY4A 4CGDA 1REVA 1BI4A 3C95A 4R5PA 1NJZA 2HW3A 1LAVA 4FZZA 3NGYA 3OYFA 4FM0A 1LW2A 4CK1A 1NK4A 3K59A 3F73A 3QEIA 1T05A 1JLEA 1LWCA 3O4QA 4KHNA 2AJQA 3M8RA 2YNHA 4CIEA 2IC3A 3MECA 1ZBLA 1HNIA 4KHSA 2GBZA 1QE1A 4XIUA 3TI0A 1X9WA 4RW9A 2KTQA 1S1XA 3U6FA 1JLAA 2YHBA 4CJ3A 3OYDA 3K5LA 4CCHA 2HVHA 1VSDA 2ITGA 4DTPA 3NH0A 4E19A 3TABA 5EU7A 1DTTA 1U49A 2PYJA 4FJMA 4KB1A 4B8AB 1NOYA 1JLCA 3TAMA 3PX6A 2R7YA 2Q3SA 3C6UA 3V6DA 1BHLA 1C0UA 5KTQA 3U3YA 1R0AA 4BE2A 4E1NA 3TAEA 1IKVA 3L3VA 4O5BA 1HPZA 3WNEA 3TAFA 1Z26A 1TV6A 4H4MA 4CJ4A 2P5GA 4CIFA 2Z1JA 4FJJA 4BDYA 1D9DA 3AVMA 2O4GA 1C0MA 3T1AA 1JLFA 3ZSRA 4E0DA 3ZT1A 2P51A 3LANA 3NF7A 3HSTB 2P5OA 4DU1A 2Z1HA 3AVLA 3OJUA 4Y1DA 4DSFA 2F96A 1XHZA 4BACA 3SUPA 1D5AA 4N41A 2D0BA 4BWMA 4O55A 3MXMA 5CZ2A 4FW2A 3VQ4A 2A1RA 3AO1A 1XI1A 4DFPA 4O44A 5KGXA 3NHGA 2RKIA 4FLZA 4W5NA 3I8DA 1WAJA 3DOKA 3LPUA 4DLEA 3QEVA 3TAPA 4CFAA 1QTMA 2PYLA 4OLBA 2B5JA 2VWJA 4F2RA 4CFBA 4E7KA 3AA3A 2NUBA 2E4LA 1WSHA 4DS4A 2I5JA 3VQCA 3NF9A 5KRTA 3O3GA 3L8BA 4DFMA 5JS1A 1HRHA 1KVAA 2A1SA 2RF2A 4I9LA 1VSIA 3VQDA 4FM2A 1IKWA 4FLTA 3VQ5A 3K2PA 4HCCA 4M3TA 2HHTA 3L3UA 3PV8A 3AO3A 2GUIA 2YNIA 4FJLA 1BL3A 4FLUA 3THVA 1VSHA 4DTNA 2EHGA 2OPQA 4CESA 3CM6A 4CJSA 1JL2A 2XY7A 2XY5A 1RNHA 1JLQA 3NDKA 4C8NA 1SL1A 2XY8A 4DTJA 4O0IA 2HNYA 1Q8IA 2W42A 1WLJA 2ETJA 4FJIA 2KFNA 4DTXA 1NKCA 2OA8A 2HNZA 1GOCA 3OS2A 3OYKA 5T7BA 1RBTA 4FJ8A 1BCMA 1SL2A 1LV5A 3AVAA 1TAQA 3HK2A 1ASVA 3O4NA 4RG8A 4B08A 5DK5A 1C1BA 2FBTA 1K6YA 4KHUA 4CJEA 4ZHRA 1IKXA 1T7PA 4AHRA 2YV0X 1WSJA 4GMJB 5J1EA 1RTDA 4Z4CA 4F4KA 3SPYA 1IH7A 5C25A 3HT3A 4DQQA 4FJKA 4QCLA 1FXXA 4CGHA 1S9GA 1RILA 3NF6A 1L3VA 1KSPA 3RR7A 4B9TA 4KPYA 4Z4GA 4FXDA 2YNFA 3AVJA 4DF4A 4RW7A 1IKYA 4KTWA 1BI4B 1BIZA 1CZ9A 1FKPA 1S1WA 3VQ7A 4CFDA 1HQUA 4BE1A 2G8KA 4BDPA 3HVRA 4W5TA 3B6OA 3PUFA 3LWMA 1SKWA 4PUOA 2HHWA 3IRXA 3HP6A 1T03A 3HL8A 1ITGA 4KHYA 3TWHA 1RT3A 5J2NA 4FZYA 4CGGA 1B9FA 3ALYA 4N76A 2ZD1A 3V1RA 1RBUA 4KI6A 3IS9A 3OS1A 2X74A 4KV8A 4FJHA 4UQGA 3OYAA 4RW8A 1U4BA 1S5JA 3C94A 3K57A 4DTRA 3KLIA 3RMDA 4KAZA 3CQ8A 4PQUA 3DYAA 3OYLA 1CXUA 1MU2A 2KFZA 4DQPA 4FJ9A 3QNNA 3I0SA 1UWBA 1RBSA 5D3GA 3ITHA 4PY5A 3QNOA 1RDAA 1VSLA 3NF8A 1RDDA 4ID5A 1X9MA 1TAUA 4CF2A 5HROA 4GVMA 3QESA 4I2QA 5HP1A 1Q9YA 3SI6A 3SPZA 2B6AA 4Z4IA 1TK0A 4B9MA 2G8HA 1RTHA 2Z1GA 1F21A 2B4JA 4CEOA 3SUQA 3DRRA 3P1GA 3KLGA 2Y1JA 4LD0A 4CJUA 1C1AA 3S9HA 2YNGA 1VSKA 4IDKA 2G8VA 2OZSA 3NAEA 1LWEA 3T3FA 1T8EA 4IFYA 4B9NA 4M42A 3OYGA 1NK9A 3OYEA 1YTUA 4M45A 2QK9A 4BWJA 1W0HA 2HHSA 1FK9A 4Z4FA 4NCAA 1BQNA 3RRHA 3DM2A 4B8CA 1A5XA 4I9QA 2KZZA 3BGRA 4CJVA 4DFJA 4RW6A 4Z4HA 3NE6A 4CEBA 5E41A 4CHQA 3L2UA 3PY8A 2RPIA 1CXQA 1TKTA 3OS0A 4DLGA 1U47A 1ASWA 3QIPA 4FM1A 3D0PA 2YKNA 4DU3A 3PX4A 4FJ5A 2DTUA 4CEDA 3U3GA 1YT3A 4OKJA 2EX3A 1HNVA 1N5YA 4KB0A 3HXMA 4M3YA 3OYHA 1IG9A 3IG1A 1HJRA 2PZSA 3SQ2A 2IOCA 3VQQA 3TAQA 3LALA 3SJJA 1WN7A 3I0RA 1BIUA 2FBXA 3LP3A 4FJNA 1G15A 4DTSA 4YNQA 4CF8A 1J53A 2WONA 3CFOA 4CJFA 2VG5A 4JS5A 1KRPA 4B9LA 4DG1A 2IDOA 1J9AA 4HUGA 3ULDA 3LWLA 3HO1A 3DLRA 3AVIA 2QXFA 1CLQA 4OJRA 4K8ZA 4KRFA 3LP0A 1NKBA 3CM5A 4J2DA 4M3WA 3DLGA 4DQSA 3PO5A 3OYIA 2BGGA 4HTUA 3RRGA 4DSJA 3S3OA 1VSFA 1TKZA 3MEGA 1I3AA 3G0ZA 1DLOA 5CZ1A 2HHQA 4M3RA 1A5WA 3T19A 3OYNA 3LDSA 1NK0A 3OYBA 4ELTA 2BDPA 3LPTA 4JS4A 1A5VA 3DLEA 4CIGA 3M8PA 1RT1A 3OYCA 3CFPA 3VA3A 1WAFA 4IFVA 4N56A 1KFDA 1TL3A 3V81A 3AVKA 3JYTA 1EETA 3S3NA 4ZTJA 4ELVA 4FJ7A 4AH9A 4AHTA 2X6NA 5HRRA 1TKDA 4GW6A 4DTMA 3VQ8A 1HYVA 4B3OA 4CHOA 1TGOA 1UAXA 3AA4A 4CJLA 4CK2A 4FZXC 3LP2A 1Q9XA 3NH1A 1TK8A 4FYDA 4C8LA 2F8TA 1XWLA 1SKSA 4N5SA 3TANA 3ZSQA 4CJPA 4N47A 2RN2A 1VSEA 3V4IA 1S6QA 2ZE2A 4M3UA 1SUQA 2KQ2A 4HUEA 4F8RA 3ASMA 3KKSA 1TKXA 3V1QA 4CK3A 3WNHA 3M8SA 3VQBA 2G8WA 2QKBA 2O4IA 2FC0A 5C42A 5FRNA 2HHUA 1TK5A 1HYSA 1J54A 4DSIA 1RTIA 4CEZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2G8IA 1SAZA 1O1WA 1EQYA 4OVLA 1BWFO 4J2BA 3KK3A 4IG3A 4OKKA 4OPJA 3EE8A 4BR7A 2HHXA 1WSEA 3K5OA 5HOOA 4CBWA 4OPKA 4BROA 4BDZA 2E6MA 5HBMA 3CCMN 1EWRA 3CPEA 4DSEA 1MDUB 1J5OA 4OGCA 1RDWX 3HM9A 1HYZA 1XUPO 3DXKA 5LMNK 1RBVA 4CHNA 4JK8A 3HVTA 4FVMA 2PAVA 3MXJA 3AARA 3WEEB 3V1OA 2XHBA 4QOZB 3DMJA 1ZBUA 4H03B 4GV9A 4LFCK 2D1KA 3AA5X 2F9TA 3KKRA 1TUYA 4XH4A 2VWKA 2OPRA 1UA1A 2YX6A 1L3TA 4Z4EA 4FLYA 1HQEA 4W5OA 1TVRA 4CJWA 2IAJA 1IO2A 4IOAL 4JD2A 3I55N 4FVUA 2O8DA 3OBYA 4AHCA 3E1YA 4EAHD 2KHOA 4DQRA 3RMBA 3QBWA 3RMAA 3W3DA 1I39A 1JJ2M 2PY5A 3NVMA 4JKGA 3CERA 5JVHL 5AQGA 3U4LA 3SYZA 1N36K 4ZTFA 3O9UA 1KTQA 3D2EA 4BRFA 4CEEA 4EP4A 1U04A 5K14A 4CEAA 4H5VA 3TR8A 3U9ZA 4ELUA 3LDOA 1RCHA 4CZKA 3VQ9A 3QERA 1NGDA 5HRSA 1B9DA 3SMPA 5CYMA 3AVFA 3AVHA 1DEJA 3AV9A 3C6TA 5AQRA 4GKKK 2GEMA 2Q31A 4KFBA 4IJNA 3R3LA 3C0BA 3DLKA 3WNGA 4EP5A 2HVHA 1RDCA 3KTQA 1QVGM 2DFEA 4CD1A 3BZCA 5AQIA 2HB5A 3HPGA 4CZJA 3DOLA 4BRLA 1E4GT 3OBWA 5DMRA 3SMSA 4KHQA 4C23A 4AHVA 3NGZA 1VQ4N 1JLGA 4X65K 4E89A 4BG9A 4LSNA 1T3VA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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