3AVIA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3aviA00
2ZQBA 1RTIA 4E7KA 5CYMA 3ZSXA 4CJVA 1U4BA 1NJYA 1NOYA 3HP6A 2KZMA 3AVIA 2DFFA 3KK1A 5J2QA 4CEDA 4K8ZA 3VQBA 2O4GA 3QINA 2BGGA 4B9VA 3SV4A 3SI6A 3MEGA 5FRMA 3DLBA 1CXUA 1NK8A 3V9WA 4KRFA 1TK8A 5FRNA 1NK0A 4J2AA 3NE6A 3VQ6A 4FK2A 3AA5X 4E19A 4UQGA 3OS0A 1RDBA 3I8DA 2YV0X 1VSLA 4DTSA 5J2MA 4KTQA 4M3TA 4E89A 4KHYA 1KLMA 3O4QA 4O44A 3F73A 2XRIA 3DRRA 5KGWA 2YNIA 3QETA 3KLHA 1RCHA 5EU7A 3H08A 3O3FA 1S1XA 4NCBA 3NFAA 1NKCA 3TAPA 3I0RA 2QKKA 4NYFA 1U04A 4LH5A 4LSNA 4DLGA 4FW1A 5KGXA 3VQDA 1CLQA 3LAKA 4B8AB 4FJJA 3MEEA 1FKOA 1EETA 4F4KA 1FKPA 2OYQA 4CGGA 5HLFA 4KI4A 1VSIA 4J2BA 3HPHA 3B6PA 3L2VA 1JKHA 4O0IA 3SCXA 3V4IA 3UIQA 4WE1A 4CJKA 1RT4A 4HUGA 4GMJB 1J53A 3ZSOA 4IG3A 1EX4A 4KO0A 1J9AA 3CFPA 3PX4A 1U49A 4IDKA 3SUOA 4FJ8A 3QIPA 4CHOA 2KW4A 2RPIA 4CFDA 1REVA 1W9HA 4OGEA 5KRSA 1WSHA 3RMCA 1U47A 1WN7A 2YHAA 3AVAA 4AHVA 3OYNA 3LWLA 2G8WA 4E1NA 3L8BA 1S1TA 1ZBIA 4DTOA 4BE1A 5J2NA 3ZT1A 3KK3A 1Y97A 1BISA 1ITGA 3VQEA 4JRPA 1S9GA 3ZT2A 3HP9A 4AHCA 3ZSVA 4CJUA 5HP1A 1J5OA 2YKNA 2G8UA 1BQMA 4FM0A 4M3WA 2HHUA 2ETJA 1VSMA 3HL8A 4LD0A 4R5PA 4FZZA 1SL1A 2FBXA 1VSDA 4BDPA 4OLAA 2HHXA 2ZD1A 4W5NA 1GOBA 1BIUA 2D0CA 4CJ3A 3QERA 4F2RA 1TKTA 4Y1DA 3OJSA 5CZ1A 4RG8A 4JS5A 2YNHA 1TKZA 1TK0A 4C8NA 4EP4A 3K5LA 4LH4A 1C1AA 1JL2A 1VRTA 3NCIA 4DTUA 1S1UA 4B8CA 3OS2A 3V9XA 3WNGA 1XC9A 3PY8A 2F8TA 3WNFA 2PZSA 4JRQA 1VSHA 4HVJA 1S5JA 1XHXA 2BANA 2RKIA 3ZSRA 4CEFA 4CK2A 4E7HA 4K8XA 4MQ3A 1HNIA 3OJUA 4PQUA 2G8IA 3G10A 3KD1E 4C8KA 3NF7A 3VQ5A 2FC0A 1NK5A 3CYMA 4GVMA 3O3GA 4LSLA 4QAGA 5C24A 2RN2A 4JLHA 4CERA 4FLZA 4B9TA 4FM1A 3NF6A 4HHTA 4W5RA 1UOCA 4HTUA 4DSFA 4YFUA 3TABA 4RW4A 1N6QA 1BCMA 3L3UA 3ZSQA 2DFEA 3C95A 5CYQA 1D9DA 1JLCA 1YT3A 1UWBA 5J1EA 4DQPA 4FK4A 4E7IA 3ITHA 1T03A 1ASWA 1A5XA 4M45A 4C8LA 1RT2A 4FJ5A 3ZCMA 4CJEA 4F3TA 1Z26A 4IFYA 3DLRA 1NKBA 4FJNA 1RDAA 4FM2A 3AVGA 1S1WA 3TI0A 4M41A 4LY7A 1IO2A 2Y1IA 4KTWA 3PO5A 4M3YA 1ZBHA 1KFSA 3HK2A 4KHWA 2HNYA 2AJQA 1HQUA 2Q3SA 1NK9A 1C0UA 4OKEA 3ZSZA 3K5NA 4DTNA 3QNOA 1J54A 3QEVA 1QSYA 3HVTA 1YTAA 5D3GA 2YHBA 3RRHA 3CQ8A 1HYZA 3TARA 3AO5A 1WAFA 5JS2A 3AV9A 4CJQA 3L3VA 3QLHA 1RT6A 2D0AA 4HUEA 1HJRA 2IDOA 3M8SA 4HCBA 1WSJA 2LSNA 3G0ZA 2VWKA 2FBYA 1QQCA 3LALA 3L2WA 3K5MA 4DLEA 2XY5A 3OYDA 4CJRA 4Y1CA 4AHSA 1ZBFA 3K57A 1JLAA 3AVFA 1RTJA 2JGUA 4ID1A 4DQQA 3MECA 3IAYA 4F8RA 3LPUA 5K14A 2B6AA 2HB5A 1ASVA 3OYIA 1RBUA 3AVBA 4DFPA 4DSJA 2I5JA 4Z0UA 3OYHA 3VQ7A 1IG9A 1UA0A 4CGDA 1YTUA 2DFHA 2HHWA 4TSXA 4CFCA 1UAXA 5T7BA 1T7PA 3E01A 4W5OA 1SKSA 4DFJA 1G15A 3S9HA 3QNNA 1RT5A 5FROA 1BL3A 1WLJA 4W5QA 4FLWA 4RW9A 5I42A 3WNEA 3RR8A 1NOZA 2QXFA 4C8MA 4E1MA 2B4JA 1KVAA 4CK3A 4N56A 1NJZA 2HHVA 1RTDA 2D5RA 1SL0A 4KKOA 4DSIA 4FZXC 1JLGA 3K58A 3LDSA 4DTRA 1XI1A 4B9UA 4Z4CA 4DQRA 4QCLA 3RR7A 3SUNA 2X6NA 1BIZA 1WSIA 1JLQA 3NH1A 3RMAA 4FK0A 1TV6A 1NJXA 3FFIA 3M8RA 4IFVA 3OYCA 3PUFA 2Z1HA 4JS4A 1U48A 3AVHA 3SJJA 4H8KA 4BE2A 1Q9XA 1T8EA 3RMDA 3DLEA 2X6SA 3DOLA 2YKMA 3M8QA 3OS1A 4FLUA 4BDYA 3NGYA 1FK9A 2VG6A 4KB0A 4BWJA 1I3AA 2ATQA 3HYFA 1X9WA 3P5JA 4CK1A 2EHGA 3TR8A 1L3UA 4DS4A 3K5OA 4CF8A 1JLEA 2XY7A 1O1WA 4B9MA 1LW2A 4YNQA 1WSFA 3TAGA 1TL1A 1SL2A 3DYAA 2Z1JA 4DQIA 2QKBA 3QIOA 3V1RA 2FBTA 2JLEA 1WSGA 4ZTJA 4CJWA 2HHQA 4RW7A 3U6FA 1VSJA 1RDCA 3M8PA 3KD5E 4DFMA 4CF2A 2G8VA 2HW3A 4RW6A 3TAQA 4KHUA 4MFBA 3OYKA 1BI4B 2HVIA 3QEXA 3V9SA 4M42A 2QK9A 2O4IA 3LZIA 3QESA 1TKXA 2Z1IA 4CEQA 1LWCA 2KTQA 1KVCA 4CJ5A 3LWMA 4IG0A 3VQAA 3SPYA 3LP2A 4CEAA 1NK6A 4BDZA 1A5WA 4CFAA 3KLFA 4DTPA 3HPOA 1NJWA 1LWEA 2Z1GA 4M3ZA 3IRXA 3THVA 1B9DA 2HHSA 4DSEA 1JLFA 4Z4GA 5KI6A 2WOMA 3OYMA 4CECA 3TWHA 3HXMA 4C8OA 3KIOA 4CIEA 1TL3A 3PO4A 4FJMA 5HRRA 3LZJA 3HO1A 2BE2A 1EKEA 1QS4A 3V81A 1KVBA 3SQ4A 4J2EA 1HYVA 3F9KA 4FJXA 4HUFA 1X9SA 3QEPA 5KRTA 3LAMA 3HM9A 2X74A 1GOAA 3CG7A 4OPKA 1TGOA 2XHBA 3PX0A 3SUQA 4KHSA 3D45A 3AO2A 5SZTA 3RMBA 4CIGA 3C94A 3AO4A 3AVLA 3NH2A 1QTMA 2OZSA 1TKDA 4FJHA 3DLKA 1NKEA 1RBTA 4N76A 3TAMA 1IKXA 4KV8A 3NBPA 2FBVA 1VK0A 4I2PA 3DMJA 3TAEA 4O0JA 3AVKA 2HMIA 1I39A 4CCHA 4E0DA 2IOCA 1MU2A 3IS9A 4DU4A 3OYBA 2DY4A 3SZ2A 3MXJA 4Q5VA 3CFOA 4KHQA 1BI4A 1WNSA 2XO7A 3V6DA 4HCCA 4F2SA 1JLBA 5DMRA 3SNNA 1T05A 3ZT3A 4B08A 4Z4FA 2ITGA 1LWFA 1K6YA 3C6TA 3VQCA 1WSEA 3ALYA 1WAJA 4FCYA 3MXIA 4DSKA 5E41A 4KHNA 1Q8IA 1CXQA 1RNHA 3OY9A 2GBZA 2D0BA 4M3RA 3K2PA 4W5TA 2HHTA 1RTHA 2P51A 4NCGA 4O4GA 3TANA 1JXBA 3T3FA 4CHPA 4L8RB 3VQ9A 1RBVA 3NDKA 5HROA 1L3TA 2E6MA 3AVJA 5CZ2A 1Q9YA 3ZSYA 1ASUA 4I9LA 4DU3A 2EX3A 3NH0A 2WONA 1LW0A 1SKWA 4Z4EA 4CEZA 3AA3A 4CF0A 1ZYQA 2HNZA 1A5VA 1XWLA 4PY5A 5SWMA 3CFRA 4OLBA 1IKWA 3DRPA 1S9EA 4OKJA 4ELUA 4ZHRA 3V1QA 4PWDA 3V9UA 3O4NA 1JXEA 3ISNC 4KAZA 4E3SA 2PY5A 4B9LA 4FLXA 4FJGA 2ZE2A 4O5BA 4OGCA 1LAVA 4AHUA 1X1PA 4Z4HA 4IBNA 2GV9A 4CGHA 4KFBA 5C25A 1KSPA 5HRSA 2G8HA 4B3OA 2KFNA 4DF4A 3VQ4A 3LPTA 1BHLA 3P83D 2HNDA 4CHYA 3VA0A 3VA3A 1EXQA 3AVNA 3EYZA 4CFBA 3ULDA 4Z4IA 3WNHA 1C1BA 2DTUA 4DSLA 1IH7A 2E4LA 3BGRA 1U45A 3OYEA 3SQ1A 2OPSA 1TVRA 4PA1A 2OPQA 5DK5A 4CJTA 1BGXT 2GUIA 4DWIA 5CY4A 1W0HA 3ZT4A 1RILA 3LANA 4DU1A 3SUPA 2OZMA 4ELVA 4FJIA 3I0SA 4KPYA 1QSLA 2VG5A 3KKRA 3AO1A 3U3GA 3NGZA 3VQ8A 1SKRA 3KLEA 1KLNA 3HT3A 1CZ9A 3C6UA 4FLYA 3CM6A 1D8YA 1BQNA 2HVHA 3IG1A 2OA8A 3U3YA 3EY1A 1C0TA 1JL1A 1C1CA 2X78A 4DS5A 3L2QA 1BCOA 3EZ5A 4O55A 1L3VA 3V1OA 3DI6A 3KTQA 1X9MA 4AHTA 1SV5A 2NUBA 4CF1A 3NGIA 3KLGA 3A2FA 4FW2A 3OYJA 1VSFA 3OYAA 3DLGA 3JYTA 1B92A 4NCAA 1LV5A 1RBRA 2F8SA 1QE1A 4FJ9A 3K59A 2B5JA 4NYNA 4CIFA 4DQSA 3OYGA 3HJFA 3SV3A 3SQ2A 4DG1A 2XY8A 3KK2A 2P5OA 3OYFA 1HNVA 1DTQA 4I7FA 4OPJA 4CHNA 4N47A 4CJPA 1FXXA 3O3HA 4DTMA 4IKFA 3HSTB 3KJVA 1TAUA 3L2UA 3JSMA 3ASMA 3QEWA 4QOZB 2A1RA 1QSSA 2IS3A 3CM5A 4CE9A 3D0PA 3SPZA 3LP0A 5I3UA 1S1VA 2KQ2A 1ZBLA 1Z25A 4EP5A 3RRGA 4EZ9A 4N41A 4RW8A 1DLOA 1HRHA 4ICLA 1S6PA 4CHZA 3S3NA 1NK7A 5J2PA 4KTZA 4FLVA 3QO9A 1KRPA 1D5AA 2A1SA 2F96A 2P1JA 4CHQA 4PUOA 4FYDA 4OVLA 5HBMA 2Y1JA 4FLTA 2PYLA 4EZ6A 3L2RA 4KB1A 1HMVA 4Q0BA 4ELTA 2XY6A 4BACA 1F21A 4FZYA 2OPPA 1CZBA 1XHZA 3B6OA 4E7LA 3NAEA 3S3OA 4CJFA 2R7YA 4H4OA 1VRUA 3NF9A 4E7JA 2YNGA 4FVMA 1C0MA 4AH9A 4GW6A 3PX6A 4BE0A 2E6LA 4CF9A 1RBSA 3NF8A 4N5SA 4AILC 4CESA 5JS1A 3AVCA 4CGFA 1EP4A 3QEIA 3T1AA 2W42A 4CGJA 3SYZA 1SUQA 3S3MA 4DTXA 3HPGA 4CJLA 3OVNA 4I9QA 4B9SA 3KLIA 4OJRA 1DTTA 3AO3A 5FDLA 4CGIA 4F3OA 4CEOA 4I2QA 3VQQA 1ZBUA 4CEEA 3ZT0A 4OKKA 1S6QA 1RDDA 3AA2A 3DM2A 4CJSA 4AHRA 2OPRA 3DLHA 4J2DA 1B9FA 1TK5A 3KKSA 2KFZA 1TAQA 3DOKA 3MXMA 1HPZA 2VG7A 1GOCA 5KTQA 5C42A 1HYSA 1RT3A 1L3SA 1D9FA 1L5UA 2G8FA 4M3UA 4FXDA 3RTVA 3PV8A 2G8KA 4M3XA 2IC3A 4BWMA 4DTJA 1YVUA 3DRSA 4DFKA 1RT1A 4H4MA 4DF8A 1KFDA 1IKVA 1QHTA 4CJ4A 4ZTFA 2BDPA 4FJLA 3ZSWA 3P1GA 2IGIA 4FJKA 1KTQA 3V9ZA 2PYJA 3T19A 1VSEA 4B9NA 2KZZA 1R0AA 4DMNA 3LP3A 3AVMA 4XIUA 4KREA 1IKYA 3RWUA 3TAFA 3VQPA 3OYLA 4G1QA 3NHGA 1C6VA 2RF2A 1N5YA 2IAJA 1RT7A 4ID5A 5HRPA 3SQ0A 3BDPA 2P5GA 4CEBA 2VWJA 1NK4A 3MEDA 4KI6A 3AA4A 3VN5A 3LP1A 1VSKA 3MAQA 3HVRA 1KCFA 5HRNA 1LAWA 4FJ7A 1UA1A 2YNFA 1HQEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4E7KA 5CYMA 3AAPA 2A42A 1U4BA 3EL2A 2I7NA 3AVIA 2DFFA 1N8RO 2KZMA 5FPNA 3VQBA 2O4GA 3DWLA 1XMQK 5FRMA 3I56N 3SI6A 4OX9K 2QTDA 3V9WA 3R8EA 4UQGA 1RDBA 4DTSA 2YV0X 1VSLA 4BRFA 1TUYA 3O4QA 3DRRA 4A5AA 5FPEA 3QETA 3KLHA 1DGKN 5EU7A 3H08A 1NKCA 1U04A 5KPTA 2P9SA 3GBTA 4FW1A 4JHDA 3VQDA 3R1XA 5KGXA 1CLQA 2P9UB 1EETA 4F4KA 1T6DA 1BDGA 1CZAN 1HLUA 1WOQA 1P90A 3HPHA 3L2VA 4O0IA 3UIQA 4GMJB 3P39A 3HM8A 3CFPA 3SUOA 3DJCA 1W9HA 3TSQA 5KRSA 1WSHA 5JICA 1WN7A 3ZETB 5LMUK 1S1TA 4WCEL 1BWFO 3VQEA 2E2PA 2YKNA 4FM0A 1VSMA 4BRPA 1YVNA 4BDPA 4OLAA 1IBLK 1VQKN 1BIUA 2D0CA 4CJ3A 1TKTA 4Y1DA 4A61A 2P9IB 5AQIA 4DUZK 4RG8A 1TK0A 4FL9A 3MWTA 1S1UA 4FWQA 5JVGL 4H0VB 3PY8A 2O8EA 4AQYK 2PZSA 4HVJA 3ZX2A 2BANA 3DXKB 2WC9A 1HNIA 4PQUA 4PKHA 4ILJA 5AFUA 2W6KA 2RN2A 1H1VA 4CERA 4B9TA 4HHTA 5AZIA 4RW4A 3CPWM 2UUBK 5JVHL 2DFEA 3C95A 2NLXA 1JLCA 3P31A 1XMOK 4FK4A 3O4WA 1A5XA 3DAWA 3A5MC 4CJEA 4F3TA 4IFYA 4FJNA 1RDAA 3AVGA 1S1WA 3D7EO 3PO5A 1RDWX 2HNYA 3N4QA 5TKWA 1C0FA 2KKZA 4BG9A 2A3ZA 3VOVA 4DV6K 3QEVA 1J54A 1X9JA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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