3AVIA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3aviA00
1Z25A 5DK5A 3KJVA 4DTUA 3LWMA 3HPHA 3IRXA 4CHNA 4JRQA 2Q3SA 1IKVA 2Z1GA 4O0IA 4C8OA 3HJFA 4HUGA 1T05A 2FBTA 4KHYA 4DU4A 1L3SA 4ELUA 3V1OA 3QEPA 4GVMA 4Z4CA 5CZ2A 1WSJA 3LPUA 3SYZA 4E7HA 5KTQA 4LD0A 4FK2A 3NF7A 4CHPA 1YTUA 2D0AA 4CERA 2WOMA 4KREA 4FJGA 1SL1A 4IG0A 1TGOA 5HP1A 4AH9A 2XO7A 2ZQBA 2E4LA 4O44A 4FJLA 3CYMA 3AO1A 4OGEA 4DQQA 1U45A 4FW2A 3LP2A 4FCYA 2BDPA 3H08A 3PV8A 3K2PA 4OVLA 4RW7A 2G8WA 4B08A 3WNFA 3QEWA 4LY7A 3LWLA 4XIUA 1TK5A 3OYJA 1KRPA 3NF8A 4DMNA 5HROA 4E0DA 1C0UA 1DLOA 3LANA 1FXXA 3EYZA 3MEEA 2XY6A 5HRNA 3KD5E 3ZSYA 4HCBA 3SUNA 1VRUA 1LV5A 3DI6A 3ZT3A 1QTMA 2HHTA 3SUOA 4CK3A 3ASMA 2B5JA 3L2WA 1SL0A 1KSPA 3S3OA 3SPZA 1N6QA 1HQUA 4FJKA 1JKHA 1UAXA 4BE2A 3HSTB 1QQCA 2F96A 2VG6A 4O4GA 3NAEA 1NOYA 4DSJA 3CFPA 2DTUA 1S5JA 3WNEA 1WSHA 3VN5A 3RMCA 3LP1A 4F3OA 5K14A 4KHNA 1NK8A 3LPTA 4WE1A 3PX0A 3E01A 3I0RA 4ZTFA 4DWIA 1Q8IA 1JXBA 3OYKA 1HRHA 4CHYA 1UOCA 3LP0A 3U3GA 3KLEA 3NGIA 2HVIA 4BE0A 3PX6A 4EZ6A 1JLAA 1KVCA 4M3TA 1REVA 2VG5A 1BGXT 3V1QA 3K57A 1VSIA 2B4JA 4RW4A 3KK1A 1VSFA 3TAPA 3MXIA 2OA8A 1YT3A 3OYDA 4QOZB 2KFNA 2XY7A 2X6SA 3DLEA 3TI0A 2HW3A 1CZBA 4DTMA 1NOZA 3VQ5A 3HP9A 4GW6A 1FK9A 1EETA 4L8RB 5CYQA 3NH2A 1LAWA 1YVUA 2KW4A 4CJ3A 4KB1A 4NCAA 3SCXA 4E7LA 5HLFA 4FJXA 3SQ1A 3OYBA 1WNSA 3I8DA 2HMIA 1G15A 1VSLA 1S9GA 3QEVA 3O3FA 4M42A 3SZ2A 3G0ZA 5FDLA 1BIZA 2HHXA 2GV9A 3K58A 4PWDA 1DTQA 5KGWA 1ASUA 3ALYA 4JS5A 1MU2A 1NK0A 1O1WA 4CJSA 3MAQA 4F2RA 2YHBA 5CZ1A 4KV8A 4DG1A 1K6YA 3DLHA 4CGJA 3ZT4A 4NCBA 3VQDA 3NDKA 3PX4A 3OYEA 4NYNA 1QSYA 2F8SA 2X74A 4J2EA 4LH5A 2OZSA 1NKCA 4KB0A 3SPYA 1VSDA 3MEDA 3NFAA 3QO9A 3L2QA 1NK5A 4N41A 3QEIA 1RBTA 5J2PA 4N56A 4CFBA 4H4OA 1TK8A 2Y1IA 4FZXC 4CJLA 1JLQA 1U49A 4CIEA 4DSFA 3V9UA 1RT7A 1C0TA 1TAQA 3HL8A 3B6OA 1RDDA 3VQ4A 5C42A 1TKZA 4CJRA 2EX3A 3KK3A 4DQPA 3TAMA 3O3HA 3TWHA 3MEGA 5HRSA 3HYFA 5CYMA 4FM2A 4C8KA 1KLNA 3M8RA 4CJFA 3V9XA 1JL2A 2YKMA 3DM2A 4EP5A 5SZTA 3U6FA 3O4QA 3I0SA 5FRMA 1RTIA 1T03A 3CM6A 4CFAA 1IKXA 4Z4IA 3ZT1A 3NF6A 3P1GA 3AO5A 1HPZA 2GBZA 4CFCA 3CG7A 4OPJA 3SQ4A 2IOCA 3OJSA 2P51A 4M3ZA 1W9HA 3C95A 3QIPA 4FW1A 1EXQA 1LWCA 1U48A 2XY5A 1QSLA 4Z4FA 4B9SA 1KLMA 4CJKA 4DTSA 4DTJA 3BGRA 2JGUA 2IAJA 3T19A 5FROA 1RTJA 4CEOA 1GOCA 1NK6A 3ZSRA 3ISNC 4FJHA 4OLAA 3VQQA 4FVMA 4DFPA 4BWJA 1TVRA 4DSLA 4KPYA 4CGFA 4DF4A 1XHZA 3HVRA 1SV5A 4QAGA 4LH4A 3RR7A 4DSKA 2G8HA 3S9HA 3QLHA 3PO5A 1B9FA 3SV4A 2G8UA 1KFSA 4QCLA 2E6LA 4KHWA 1HJRA 1NJYA 3FFIA 1ASVA 1LW0A 4KHSA 1HQEA 3DOKA 3L8BA 1GOAA 3DLGA 3ITHA 4MFBA 1IG9A 1L5UA 3TR8A 4CHQA 3KLGA 2G8IA 4W5OA 4BDYA 4HHTA 2HHUA 4AHTA 4K8ZA 3LAKA 3L2UA 4AHSA 4FLVA 1KTQA 2JLEA 3QINA 1EKEA 3ZT0A 1SKWA 4DU1A 1RCHA 3WNHA 4DTNA 3LAMA 1XC9A 4C8NA 5KI6A 1BHLA 4OGCA 4CEEA 1RBUA 2P1JA 2ZD1A 1EX4A 4ID5A 3ZSOA 3AA2A 4NCGA 1JXEA 5I42A 2D5RA 4B3OA 2PYJA 5C25A 3M8SA 5JS1A 3AO2A 3KK2A 3QESA 3T1AA 4IG3A 1IO2A 1I39A 4BDZA 4DSEA 4Z4HA 1RT1A 4J2DA 1RDBA 2FC0A 2OYQA 3AVFA 1VSJA 1ITGA 1CXQA 4FJ8A 3IG1A 1XI1A 4IFVA 1BIUA 1J9AA 3AVGA 5KRTA 3KTQA 4FJ5A 4CJVA 4RW9A 3RMAA 4CGHA 3AVCA 2YKNA 4FLUA 4EZ9A 4CCHA 3MECA 2HHSA 3RTVA 3AA4A 4FZZA 1JLEA 4F4KA 2Y1JA 4BWMA 1VK0A 3TAQA 1R0AA 4M3WA 4FXDA 1ASWA 2KZZA 3OS1A 3K5LA 1BCOA 3OVNA 3RRGA 4Y1DA 4KTZA 5I3UA 4CEZA 3EZ5A 3A2FA 1QE1A 4JS4A 3G10A 1NJXA 2A1SA 1T8EA 1TKXA 1WSGA 4CJ4A 3KLFA 1L3UA 2DFHA 3RWUA 3DRRA 3ZCMA 4KI4A 3OS0A 1D8YA 1XHXA 1F21A 4CEQA 3V9ZA 5DMRA 3AA3A 3PUFA 1X9SA 1A5XA 4RW8A 3VA0A 4O55A 3VQCA 4FJMA 1VRTA 1Z26A 3QIOA 1RT5A 4KKOA 1HYZA 4OJRA 3ZSVA 3HP6A 4CEFA 1RBSA 3EY1A 4M41A 4BDPA 3OJUA 3KIOA 1LWFA 2FBXA 2HB5A 2NUBA 4O0JA 4OKKA 5C24A 4N76A 3F9KA 4FJ9A 3SI6A 4KHQA 4CK2A 3QERA 3HPGA 3HO1A 1J54A 1KVAA 2W42A 3MXMA 3NCIA 2ATQA 2A1RA 1SL2A 4DF8A 2FBVA 4C8MA 4DS4A 3QNOA 3PY8A 2KFZA 2VWJA 3UIQA 1WLJA 2ITGA 3CFRA 4IFYA 4F3TA 1KCFA 1YTAA 4HVJA 2G8KA 1C1CA 1TL3A 4CJTA 1RILA 4F8RA 3MXJA 4CF0A 3SV3A 1J53A 2YNHA 4B9LA 3NH0A 2VWKA 3VQ6A 1HYVA 1LW2A 5HRRA 3M8QA 2RKIA 5J1EA 3DMJA 3V1RA 4N47A 4E7JA 4PUOA 2RF2A 1CZ9A 2RPIA 1S1WA 4RW6A 3WNGA 1WAJA 3VQ8A 4DS5A 3TARA 3LZIA 1UWBA 1L3VA 2KZMA 3F73A 1U4BA 4E1MA 4KI6A 4CJQA 1CXUA 1RDCA 4NYFA 1JLBA 5J2MA 4DQIA 4RG8A 1RTDA 4M3YA 1CLQA 1S1VA 4LSNA 1RBVA 3AO3A 4CF2A 3OYGA 3HPOA 2IDOA 4N5SA 5CY4A 4ICLA 4CGGA 1W0HA 3CQ8A 4B9UA 3CM5A 2IGIA 3LP3A 2AJQA 4B9NA 4OLBA 3K59A 4H4MA 4W5NA 3AVNA 1DTTA 4IDKA 4B8CA 1A5VA 4CGDA 4M3UA 4EP4A 4FLWA 4FLXA 2DFFA 5D3GA 4B8AB 4HTUA 2IC3A 4CF8A 3HK2A 1BQMA 3K5NA 4CJ5A 3V81A 4Y1CA 1SKSA 3IAYA 1D9DA 3RR8A 3K5OA 4FK4A 1VSHA 4AHVA 1NK7A 2QXFA 3LALA 4PY5A 2G8FA 4UQGA 4W5RA 1NJWA 3ULDA 1Q9YA 1RBRA 2B6AA 4MQ3A 1J5OA 2HNDA 3AVIA 4GMJB 3KD1E 4OKJA 4DU3A 4AHRA 4IBNA 4HUFA 4FLTA 1LWEA 3DLBA 1WAFA 3AV9A 1HMVA 4G1QA 1N5YA 3QNNA 2O4IA 3VQBA 2R7YA 2F8TA 3P83D 4FM0A 4I9QA 2WONA 5JS2A 1WN7A 5HBMA 2VG7A 3VQ9A 4OKEA 3SNNA 4JLHA 2FBYA 4AHUA 4KFBA 1BL3A 4PA1A 1Y97A 4DTXA 4C8LA 1RNHA 1BI4A 4CHOA 2RN2A 3C94A 4CEAA 4TSXA 3OYLA 1RDAA 1RT4A 1IH7A 3M8PA 3S3NA 1C1AA 1BCMA 4M45A 1Q9XA 1S1XA 2OZMA 4J2BA 1D5AA 4CF1A 3LZJA 4J2AA 3NGZA 4E1NA 1T7PA 4CHZA 2D0BA 3NHGA 4PQUA 1FKOA 1QHTA 3B6PA 4CEDA 1L3TA 4KRFA 1TKDA 5T7BA 1ZBLA 1S9EA 2EHGA 1VSEA 4FLZA 3AVMA 3TAFA 1S1TA 4DLEA 1C1BA 1JL1A 3VQPA 3LDSA 3TANA 3S3MA 1TL1A 1ZBIA 3DRSA 2XRIA 2G8VA 3RMBA 2HNYA 4E3SA 3RRHA 3V4IA 3KLHA 4LSLA 1C6VA 1TV6A 3D45A 5KGXA 3THVA 4ZTJA 4B9TA 4FZYA 4CK1A 2D0CA 1GOBA 4AILC 3NGYA 2YHAA 4ID1A 1U47A 2QKBA 1TAUA 1B92A 4CF9A 4CJUA 4DQRA 3DOLA 1JLGA 1BISA 1WSEA 4FM1A 4FJ7A 1RT2A 2ZE2A 1KVBA 1D9FA 4I7FA 4H8KA 3HXMA 3V6DA 4M3XA 1C0MA 3DRPA 4E7IA 4CIGA 4DTRA 2P5OA 3SJJA 3NF9A 3OYNA 1I3AA 3ZT2A 3NE6A 2GUIA 2OPQA 4AHCA 3VA3A 2QK9A 3V9WA 2YNFA 3KLIA 5SWMA 3DLKA 5E41A 3HT3A 3HM9A 1X9MA 3ZSXA 3U3YA 2YV0X 3AVBA 4CJPA 4DTPA 1ZYQA 3BDPA 1TKTA 1U04A 1ZBFA 2X6NA 3HVTA 4I9LA 3ZSZA 3K5MA 4BACA 3SUPA 4CESA 4FK0A 3AVKA 1QS4A 4B9VA 3SQ0A 3OYMA 2Z1JA 3OYFA 3D0PA 3KKRA 4Q5VA 3VQEA 3VQAA 3SQ2A 4HUEA 4CFDA 3TAGA 3JYTA 1X9WA 2P5GA 2X78A 4FJIA 3L2RA 2PZSA 4FJNA 3L2VA 4CE9A 4I2PA 1S6QA 2O4GA 1WSFA 1SUQA 1VSMA 3C6UA 1BI4B 3AVAA 1WSIA 3V9SA 1NJZA 2PYLA 1ZBUA 3JSMA 3QETA 3IS9A 1HNIA 4IKFA 2DY4A 3KKSA 2HVHA 3O3GA 2QKKA 4DTOA 4Z4GA 2DFEA 4ELVA 4Z4EA 2LSNA 2HNZA 4YFUA 4F2SA 4E7KA 2XHBA 4DFJA 4W5QA 5KRSA 3O4NA 3AVLA 3DLRA 3AO4A 4CIFA 4W5TA 1QSSA 3CFOA 2Z1IA 4BE1A 3PO4A 2KTQA 5J2NA 3L3VA 4K8XA 4O5BA 4JRPA 4E89A 1KFDA 1NKEA 3P5JA 4ELTA 5EU7A 1JLCA 1FKPA 1XWLA 4M3RA 1UA0A 3ZSQA 4CEBA 3AA5X 3TAEA 4DFMA 1B9DA 1RT6A 4Q0BA 1IKWA 4E19A 5HRPA 4DLGA 4KAZA 4OPKA 4CGIA 1EP4A 3OYHA 1RT3A 1X1PA 2KQ2A 2Z1HA 1HYSA 2HHVA 1LAVA 3DYAA 1S1UA 3RMDA 1S6PA 2IS3A 3SUQA 4DSIA 3AVJA 1IKYA 3TABA 2E6MA 4R5PA 1TK0A 3AVHA 2ETJA 2I5JA 1RTHA 2YNGA 3L3UA 1NK9A 3OYCA 1SKRA 4KHUA 4FYDA 2HHWA 4KTQA 1HNVA 4YNQA 3NH1A 4FLYA 1UA1A 3C6TA 2PY5A 2BGGA 4CECA 4KO0A 3VQ7A 1JLFA 2OPRA 4CJWA 4ZHRA 4I2QA 4FJJA 1ZBHA 2HHQA 5FRNA 1NKBA 3QEXA 2BANA 2OPPA 3OY9A 1A5WA 4Z0UA 4KTWA 3OS2A 3OYAA 4B9MA 1VSKA 2OPSA 2YNIA 4CJEA 5J2QA 4DQSA 3OYIA 4HCCA 3T3FA 1NK4A 3ZSWA 2BE2A 2XY8A 4DFKA 3NBPA 1BQNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DTUA 3LWMA 3IRXA 5AQSA 4YORA 1NMNA 4EAHD 1IKVA 1VQ9N 4H0VB 4C8OA 5EX5A 1TYQB 3QEPA 4GVMA 2WBNA 1WSJA 2P9KB 3LPUA 5LJVA 4E7HA 1FW6A 4FK2A 2D0AA 1SL1A 4IG0A 4CZIA 4FJLA 4AH9A 2XO7A 4O44A 3AAQA 3CYMA 4FCYA 2BDPA 3QEWA 5HROA 3MEEA 3KD5E 4HCBA 3SUNA 5AQUA 3DI6A 3TSUA 4FWKA 1YJNN 1QTMA 3ZX2A 4IXCA 3ASMA 3SPZA 3MX2A 1UAXA 3HSTB 1NOYA 2DTUA 3QFPA 3O1BA 3M1FA 1BWFO 3WXKA 3RMCA 3LPTA 1Z05A 2W6KA 4WE1A 3E01A 3ATUA 3QB0A 3I0RA 1Q8IA 3OYKA 1UOCA 3U3GA 1I94K 4BE0A 4EZ6A 1JLAA 3T7ZA 3HM8A 1BGXT 3V1QA 1VSIA 3OYDA 4WFAL 1R59O 5GAHP 3UKUA 2XY7A 2X6SA 3WUHA 4DTMA 3HP9A 4GW6A 5CYQA 3NH2A 4CJ3A 4BGBA 5F0XA 4YOXA 1S9GA 4WFNL 3SZ2A 4K42A 1BIZA 1ASUA 1MU2A 5GAGP 4KV8A 4DG1A 1U2VA 5ELZA 3BZKA 3ZT4A 3BY5A 3VQDA 3OYEA 4NYNA 2DPNA 1VQ4N 1K8KA 3SJHA 5JICA 2O8CA 3MEDA 1O13A 1RBTA 4K0KK 4CFBA 1TK8A 2Y1IA 4FZXC 1TAQA 3B6OA 1RDDA 1C0FA 3D7EO 4JN4A 3O3HA 1OH6A 4FM2A 5BRDA 1KLNA 4CJFA 3P4IA 3S41A 4B1VA 4BG9A 3CM6A 4O8UA 1IKXA 1T03A 3C0BA 2RHKA 5FPMA 2GBZA 1G99A 5AFUA 3MN5A 5KPRA 3SQ4A 2IOCA 4E1JA 3OJSA 4M3ZA 3C95A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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