3AVLA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avlA00
1RBRA 2B4JA 3TR8A 3EYZA 2PYJA 3KKRA 4ID1A 4H4OA 3ZCMA 3LWLA 4LY7A 4HUEA 4FJ9A 3S3OA 4FVMA 3TAPA 3OVNA 3VQ4A 4CEFA 4AH9A 3ZSQA 3K5MA 2P5OA 4O55A 1D9FA 4CFDA 1RTHA 4EP4A 3PX6A 3I0SA 3K59A 3SV3A 3DLHA 1RDDA 4CF8A 4CCHA 1TGOA 4DQQA 4IG3A 1UA1A 4DQSA 4DQRA 4DLGA 2OA8A 4J2BA 1F21A 1VSHA 3KJVA 3V9UA 2ZD1A 4O4GA 3M8QA 3P83D 3KTQA 3OYKA 1NOZA 4Y1DA 1KLNA 3L2VA 4I9QA 3C6UA 1KTQA 2R7YA 4HUGA 3TI0A 3QLHA 4DTOA 2KZMA 3HP9A 1XI1A 1VK0A 2ZQBA 2FBTA 3NGZA 2JLEA 3IRXA 3OYNA 1T8EA 1LWFA 5DMRA 2HHWA 3CYMA 3O3HA 1ITGA 3AA3A 3DMJA 3LP3A 2Y1IA 4M41A 2A1RA 4KTQA 3SUNA 1RCHA 4BWMA 3VQ7A 3QESA 1X9SA 3M8SA 1ZBUA 4E1NA 3CM6A 3LP0A 5KGXA 1SKSA 1CZBA 1C1BA 4OLBA 3VN5A 1ASWA 4E7IA 4CGFA 3DM2A 2VWJA 3V4IA 1KVCA 4N76A 3KLEA 4ELUA 4E7LA 4AILC 4KHSA 3NF8A 3MXIA 4KFBA 4CJ4A 3G10A 1U4BA 3MEEA 4I2PA 2WOMA 1FKPA 2B6AA 4FLWA 1JLCA 3D0PA 3HK2A 1VSEA 4GW6A 4CF2A 1JXBA 1TV6A 4FJ5A 3E01A 2PYLA 3BGRA 4RW9A 2KFNA 2BGGA 3T19A 2YKMA 4CFBA 4DFPA 4NYFA 3PO4A 4Z0UA 4CK3A 3QIPA 3SV4A 2HHXA 3AA5X 1ZBLA 1X9WA 3LP1A 3MECA 3CG7A 4CEOA 3V9ZA 3RMDA 1S9EA 3AA2A 3LANA 1LWCA 4FJKA 1CXQA 3CQ8A 4E7KA 4Y1CA 4PQUA 4PWDA 3AVFA 4DMNA 3OS2A 1O1WA 3V1QA 1YTAA 2YNHA 3AVGA 3HXMA 3NCIA 3V81A 4CJWA 4KV8A 4CIEA 3L8BA 1U48A 3VQ5A 4BDYA 2Z1JA 4DQIA 1BCOA 1Q8IA 1TK5A 1KCFA 1L3UA 4I7FA 1T03A 1HJRA 3VQAA 4CGHA 2IS3A 4CJTA 3OYDA 1RBTA 1GOAA 4K8XA 4FJJA 3QNOA 1KRPA 3ZT0A 3NH0A 1UA0A 3TANA 3KLIA 3VA0A 4FZYA 3DRSA 2QK9A 2IC3A 3WNHA 4CJSA 4CJUA 3NHGA 1SKWA 4IKFA 1IKYA 3KLGA 1NKEA 3V1OA 1RDCA 3CFRA 3HP6A 4CJQA 3V9SA 3VQBA 1K6YA 2PY5A 5CZ1A 1RTJA 4FLXA 4OPJA 1N5YA 4M3XA 4DTMA 1L3SA 1B9DA 4ID5A 4FK0A 3AO3A 4GMJB 3SCXA 2XO7A 2YNGA 3ZT1A 4AHRA 4FJXA 4CEDA 4O0JA 4ZHRA 4CJKA 1VSLA 2PZSA 3V9XA 5FRNA 2X6NA 1W0HA 3K2PA 1SL1A 1YTUA 3T1AA 1ZBHA 5KRSA 3IS9A 3DYAA 2XY5A 1WSIA 4RG8A 1NK0A 4B9VA 2XY8A 4OKKA 2D0BA 4KHQA 4PA1A 3RWUA 1YVUA 1L5UA 4I2QA 3NBPA 5E41A 4Z4EA 1HQUA 2VG6A 4CJVA 3LZJA 1T7PA 4CECA 4O0IA 3KIOA 1KFSA 4FJHA 2BANA 4KB0A 2G8HA 3VQ8A 4MFBA 4IBNA 3L2RA 2G8IA 1ZBIA 3LAKA 1HPZA 4AHTA 1NJZA 3V9WA 2GBZA 1NJXA 4Z4IA 3AO5A 4C8LA 2RKIA 3JYTA 1GOBA 4FJIA 5JS1A 3O4QA 4CF9A 4M3UA 3SQ1A 1J5OA 5HRPA 2X78A 1RT7A 3U3GA 4R5PA 3QEVA 2FBVA 4KTZA 3VQCA 1WN7A 3NF6A 2O4GA 4H4MA 1RT5A 3UIQA 1BISA 1S1XA 3OS0A 3HVRA 3ULDA 4DU3A 3S3MA 3BDPA 1XC9A 1S5JA 1DTQA 1XHXA 1BI4B 4N41A 1BL3A 3L3VA 1VSDA 1VSJA 3AVCA 4BE1A 3KLHA 4FJLA 3PY8A 3ZSOA 2I5JA 1DLOA 4AHVA 1RBSA 4DTRA 4DFMA 3S3NA 4Z4FA 1D5AA 1S6PA 4F2RA 3SI6A 1A5WA 3AO1A 1WLJA 4CHYA 4M3TA 2Z1HA 4B9LA 1J9AA 1RTDA 4LD0A 3QNNA 3VQEA 1NK4A 4W5QA 5HRSA 3RRGA 4KHYA 5FRMA 1J54A 2HB5A 4CHQA 4W5TA 1U45A 3JSMA 3LP2A 1FKOA 3DLGA 1X1PA 3L3UA 4CGIA 4B9NA 3P5JA 3DLRA 3QIOA 4NYNA 3HL8A 4BDPA 1VSIA 1TKXA 3AVBA 3OYLA 1SKRA 3LPUA 4HUFA 4F2SA 1WNSA 4CK1A 3ISNC 4DSFA 4CIFA 2FBXA 3QINA 2RF2A 4ICLA 3TAEA 4CJEA 3AVIA 1JLBA 2LSNA 4FM0A 4G1QA 4OGCA 1NK6A 4CEBA 1SL2A 1U47A 3KK1A 4KTWA 4Z4HA 3ZSVA 4CFAA 4CHNA 5HRNA 5HLFA 3LALA 4FJ8A 4EZ6A 4KRFA 3QO9A 2EHGA 1RT1A 5EU7A 1QSSA 1JLEA 1LW0A 2RN2A 3F73A 4DF8A 1W9HA 3NF7A 3ZT4A 3EY1A 5SZTA 3OY9A 3RMCA 4DWIA 5JS2A 3LZIA 5KRTA 1D8YA 1LV5A 3QERA 3DRRA 3OYMA 5FROA 3O3GA 1Z26A 1FK9A 5CYQA 3RMBA 4CIGA 1RT3A 4DSLA 3ZSZA 2ZE2A 4B9SA 1LW2A 1WSFA 4C8NA 4JRQA 4M42A 4KREA 1DTTA 3QEIA 3PV8A 3ITHA 3I0RA 1ZYQA 2HHUA 3M8PA 3RR8A 4MQ3A 2IDOA 2QXFA 4M45A 3OYFA 3TAGA 4M3ZA 4FLZA 2QKBA 5HP1A 1UWBA 3VQPA 1VSMA 1B92A 4E1MA 4DSKA 2YHBA 1S1UA 2YNFA 4ELTA 3DLKA 3PX0A 1HMVA 5HROA 5I3UA 1TK8A 4FK2A 3VQQA 1JL2A 1XWLA 4WE1A 4DSEA 2HVHA 5J2NA 1JXEA 1BIUA 3NH2A 1NK7A 3ZT2A 4BDZA 2IAJA 1Q9XA 2ETJA 4CGJA 3OYHA 1S9GA 3KD1E 3HPGA 4E0DA 4CEEA 2HHQA 3ZSRA 4QAGA 2DFFA 2VG7A 3VQ9A 3IG1A 4TSXA 2Y1JA 4HTUA 4B08A 1KFDA 1NKCA 2DFEA 3MEDA 3VQ6A 1KVAA 4KHWA 4CJRA 3TARA 4CJLA 1C1CA 1VSFA 1HYSA 1BHLA 3CM5A 1T05A 4NCAA 1EXQA 4PUOA 1MU2A 1I3AA 5KGWA 5C25A 4B9MA 3AVJA 1JLQA 1FXXA 1Z25A 3MXJA 1Q9YA 4KB1A 3H08A 2X74A 4GVMA 1QSLA 4CJ3A 4F3OA 5D3GA 1RDBA 5CYMA 3C95A 3HYFA 3AVHA 4C8OA 2D0CA 3CFOA 3OYCA 4AHSA 4JS5A 4DTJA 3AO4A 2BDPA 1IKVA 1EETA 1IKXA 2VWKA 2OPSA 1D9DA 1I39A 1VRTA 1QE1A 4KO0A 4FJ7A 1NJYA 3SPZA 4J2AA 4CEZA 3WNGA 4DG1A 1RNHA 3MEGA 1ZBFA 1C1AA 2G8WA 4FM1A 1RT6A 4B8AB 2G8VA 3SQ0A 1XHZA 1N6QA 3O3FA 3THVA 4FXDA 4OLAA 3DI6A 4YNQA 2OZSA 3P1GA 4OKJA 1SL0A 2VG5A 5I42A 2G8UA 3HSTB 4NCGA 1EX4A 1S1WA 3ZSXA 3OS1A 3QETA 1IO2A 2XY6A 1WSGA 4KPYA 4FM2A 3QEPA 2KW4A 3ASMA 4LSLA 3DLEA 4OJRA 4CERA 1HYVA 3ALYA 2XHBA 1TVRA 4FJGA 1X9MA 4FJNA 3SUOA 4BE0A 1EKEA 3F9KA 2HNYA 3ZSYA 4FCYA 4O5BA 3OYEA 3FFIA 4KAZA 1QHTA 4QCLA 4J2EA 4F3TA 1JLAA 2O4IA 4E7JA 1C0MA 4Z4CA 4JS4A 3V6DA 1QTMA 4K8ZA 2KTQA 3LAMA 4QOZB 1HYZA 4IG0A 5FDLA 1NOYA 1REVA 4CGGA 3SQ2A 4DTSA 4ELVA 1S1TA 4CJFA 4RW4A 3HO1A 4BE2A 2KQ2A 1NJWA 2E4LA 3TABA 4CGDA 3LWMA 4J2DA 1SV5A 2OPRA 1BI4A 3L2UA 1VRUA 3EZ5A 3ZSWA 3VA3A 3U6FA 4NCBA 3MAQA 1CZ9A 2IOCA 2HHSA 2OZMA 2QKKA 4W5NA 3SZ2A 1TKZA 2NUBA 2YKNA 3RR7A 4CEAA 4I9LA 3HJFA 2DY4A 1WSEA 4CHZA 1J53A 3K5NA 2X6SA 3NGYA 4M3YA 3LPTA 4AHCA 4BACA 2D0AA 4DSJA 2FC0A 4KHUA 4CFCA 2Q3SA 3C6TA 4IDKA 3RTVA 4JRPA 2P5GA 3KK3A 4FYDA 1HNVA 1QS4A 3C94A 4BWJA 4H8KA 4UQGA 4DLEA 2F8TA 2F8SA 1UOCA 1BCMA 4E3SA 3OYGA 1C6VA 4CHPA 1U49A 2E6LA 3CFPA 1IG9A 1L3VA 3I8DA 2G8KA 4B9UA 4FZXC 3T3FA 4DFKA 4B9TA 4DTNA 4CESA 3RMAA 2HNZA 4E7HA 4HVJA 4DFJA 4C8KA 4DSIA 3DOLA 4E89A 2B5JA 4KKOA 1LWEA 4RW6A 1G15A 4OKEA 1ASUA 2DFHA 3AVKA 1U04A 1WSJA 3KD5E 1JKHA 5CZ2A 1HNIA 4LH4A 1QSYA 4Q0BA 1RT4A 1IH7A 4M3WA 1R0AA 1UAXA 3HT3A 2W42A 2HHVA 2YNIA 3HPOA 1KVBA 1KLMA 1LAWA 2RPIA 1NK9A 1CLQA 4Q5VA 4DF4A 4LSNA 4CEQA 2P1JA 3SQ4A 2KZZA 4RW7A 3OJSA 4F4KA 5HRRA 1BQNA 3K58A 1LAVA 2YHAA 2Z1GA 4B3OA 4M3RA 5T7BA 4AHUA 5SWMA 5KI6A 4CK2A 1S1VA 1KSPA 4EP5A 1BIZA 5DK5A 2EX3A 2BE2A 5HBMA 3TAQA 4FJMA 2Z1IA 4Z4GA 4FZZA 3WNEA 4KI6A 4DS5A 4LH5A 3S9HA 1JL1A 4HCCA 3OYIA 2D5RA 4HHTA 1HRHA 1RBUA 3AO2A 4IFYA 4FLUA 5J1EA 4N47A 3NAEA 4FLVA 3O4NA 3PX4A 3SJJA 3PUFA 1BQMA 3NE6A 1WAFA 5KTQA 2F96A 3LDSA 3SPYA 1IKWA 4EZ9A 2A1SA 1Y97A 2XRIA 4OGEA 3QEXA 3SYZA 3TAMA 2P51A 1NK8A 2GUIA 4B8CA 4CHOA 3M8RA 3VQDA 3AVLA 2OYQA 1TAUA 1TAQA 4CJPA 5J2QA 4FLTA 3K5LA 2OPPA 3KKSA 3WNFA 5J2PA 2IGIA 4CJ5A 1L3TA 1TKTA 4DTUA 4CE9A 1NK5A 4CF0A 1GOCA 4RW8A 4KI4A 1CXUA 4PY5A 3B6PA 1QQCA 1JLGA 1RBVA 4KHNA 2G8FA 1S6QA 4DQPA 4OPKA 1VSKA 3V1RA 2DTUA 3A2FA 4W5OA 3NGIA 4OVLA 5CY4A 3MXMA 1B9FA 5C42A 3IAYA 2KFZA 4CF1A 4DTXA 3ZT3A 3HPHA 3AVMA 2HVIA 4FLYA 3TAFA 1TL3A 5J2MA 1SUQA 1A5XA 4FW2A 4YFUA 2E6MA 1TL1A 2AJQA 3AV9A 3NF9A 3OYBA 4DTPA 2JGUA 3OYJA 2HMIA 4F8RA 4O44A 3QEWA 3HVTA 5K14A 1JLFA 3L2QA 1BGXT 3L2WA 4ZTJA 4JLHA 2HNDA 2OPQA 3AVNA 1C0TA 4E19A 4W5RA 3DOKA 4FW1A 1RDAA 4IFVA 3OJUA 3U3YA 3K57A 2GV9A 1HQEA 3AA4A 3K5OA 3OYAA 4DU1A 2HHTA 3DLBA 4DU4A 4DS4A 3SUPA 3KK2A 3DRPA 3NFAA 4XIUA 3HM9A 1ASVA 1A5VA 1RTIA 1YT3A 2ITGA 3SUQA 1TK0A 3PO5A 4L8RB 1TKDA 3AVAA 3SNNA 1NKBA 4ZTFA 2HW3A 1RT2A 2WONA 3TWHA 4N5SA 3G0ZA 3KLFA 2YV0X 4FK4A 1WSHA 1C0UA 3B6OA 3D45A 3NDKA 1WAJA 3NH1A 4C8MA 2XY7A 4N56A 2ATQA 3RRHA 1EP4A 1RILA 4HCBA 5C24A 2FBYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TR8A 3EYZA 4ID1A 3LWLA 3ZCMA 5AFUA 4CEFA 4AH9A 1VQ6N 3FE1A 5C10A 3PX6A 3QFPA 1U6ZA 2UYTA 4F9OA 3HOSA 4CF8A 4H03B 4BRGA 4R79A 2ZD1A 3F2KA 4Y1DA 4I9QA 4BR4A 2KZMA 3QLHA 2P9PA 1KC8O 2RE2A 3OA9A 1VK0A 2FBTA 3OYNA 2P9LB 3CYMA 3DMJA 4KTQA 3UB5A 4BWMA 4KH6A 5FPNA 1BO5O 1KXPA 4OLBA 1S22A 4E7IA 3S41A 2YJFA 4MO5A 3KLEA 4I6MB 4AILC 4DV1K 5DM6L 3NF8A 4CJ4A 3VGLA 1FKPA 4IEIA 4B1UB 2DPNA 1JXBA 1TV6A 2BGGA 3T19A 1X3MA 2YKMA 4IXCA 3AA5X 4H0VB 1BA0A 3BZKA 1S9EA 3AA2A 3D6RA 5JICA 3HXMA 3V81A 2YNHA 1U48A 4JKBA 3VQ5A 4BDYA 1KCFA 3QBXA 1T03A 1HJOA 2ITMA 3VQAA 2OANA 3EZWA 3GBTA 3I33A 4Z94A 2P9SA 1N36K 3VGKA 4JD2A 4YOVA 1ILYA 3KLIA 4JI0K 4CJSA 4CJUA 4IFEA 3KLGA 4DHYA 3V9SA 2IVOA 3VQBA 5JVHL 2PY5A 1N5YA 4FOEA 3THYB 1B9DA 3AO3A 3PIOL 4FJXA 3H6EA 3DXKB 2UUBK 1YTUA 4DR5K 3O1WA 5KRSA 4FL9A 4RG8A 4B9VA 3O9SA 2D0BA 4OKKA 4PA1A 3R3LA 1L5UA 4I2QA 3WUHA 2Q97A 3VF2A 1HQUA 2VG6A 4CJVA 5AR0A 4DQ8A 1T7PA 4J8FA 4FJHA 5AQZA 3VQ8A 4MFBA 4IBNA 1ZBIA 4V19S 4IJNA 2QTDA 3BUZB 3PIPL 5ADXA 5GADP 1GOBA 3KWGA 1NGGA 4M3UA 3CMEN 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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