3AVLA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avlA00
4BACA 1HJRA 1ZBFA 3AVNA 4BE1A 1RBRA 4I9LA 2G8FA 3VQ9A 3PO5A 2RF2A 3HJFA 4B3OA 3RWUA 5D3GA 1LV5A 4R5PA 2RN2A 4CJQA 2GUIA 1U04A 1WN7A 1L3VA 2E6MA 3DLBA 3CG7A 4DQPA 3EYZA 4DTSA 4KO0A 4DF4A 4DS5A 3QIOA 2YNGA 4Z0UA 4JS5A 1VSEA 3VQ4A 2G8KA 1ZBIA 3AA3A 4RG8A 4E7LA 4W5QA 3ZT1A 3HXMA 1FK9A 2D0BA 3QEWA 4FJMA 4CJRA 3IAYA 1SUQA 1REVA 5KGWA 3VQAA 3G10A 2X78A 4I7FA 2AJQA 3KJVA 1W0HA 2FBVA 3ZSOA 2P1JA 3JYTA 4E3SA 2HB5A 1CZBA 3RMCA 2HVHA 5DMRA 1VSIA 4F4KA 4KFBA 3OYKA 1TK8A 1D9FA 3NF7A 1KVAA 3F9KA 4E19A 3OYCA 1DTQA 4KREA 3KKRA 4OGEA 3CFRA 3TI0A 4DSEA 1RT6A 5SZTA 2QK9A 3O4NA 3WNFA 1B9DA 3KK1A 3TAPA 4NYNA 1SV5A 4B8CA 3SQ1A 4CEDA 3KK3A 4CJ4A 2JGUA 1X9WA 4FZZA 1BCMA 1DTTA 4CF2A 2Y1IA 2Q3SA 3CFPA 4BDZA 4FLXA 3P1GA 1IG9A 1D8YA 3SQ2A 3NGYA 2YHAA 2GV9A 4CGDA 3K5MA 4K8XA 1ZBUA 3QERA 3NGIA 1VK0A 4DTJA 4DLEA 4FJHA 4ID1A 1UA1A 2LSNA 3AA4A 4N56A 3HM9A 4CJKA 3AO3A 3V1RA 1NK8A 2G8VA 3AVBA 1BI4A 3ZT4A 3LDSA 4M3ZA 3TAFA 3UIQA 1VRTA 4CK2A 1O1WA 4O44A 3QINA 1J9AA 2ITGA 3SUPA 1WSFA 2RKIA 1GOAA 1HNIA 1VSFA 2A1SA 1RDCA 1Q8IA 4FK0A 3RR8A 3NF6A 4F3TA 3QIPA 5JS2A 4CHPA 2EHGA 4PUOA 2X74A 4FVMA 3VA3A 4QCLA 4BWJA 3D45A 3I0SA 4HTUA 4WE1A 1YTUA 3AO5A 3MEGA 4FCYA 3NCIA 2ETJA 5C25A 3F73A 4ELVA 4CEEA 1CXQA 4LD0A 4CIGA 3OYLA 4FXDA 4AHTA 2HW3A 4DFJA 3HP9A 3QETA 4N76A 2QXFA 4Y1CA 1IO2A 1NK6A 3SV4A 2BGGA 3OYJA 1TVRA 1SKWA 4Z4EA 4CJ3A 3KTQA 3KLIA 2DFFA 2VG6A 2YV0X 3C6UA 5HP1A 4OPJA 3NH0A 1BGXT 3QEXA 3ZT2A 1KLNA 4OKKA 4CHNA 3KD5E 3DLKA 4CJFA 3OYBA 1S1UA 2F96A 5DK5A 3EZ5A 1L3TA 3AO1A 2YNIA 5J1EA 4FJLA 1A5XA 4DS4A 1LW2A 4HUFA 1L3UA 4RW7A 3KLHA 3SJJA 1BIUA 3PV8A 4W5OA 1A5VA 3MEEA 2DTUA 1Z26A 3ZSXA 2OPSA 3WNEA 4JS4A 1NJXA 1QSSA 4B9VA 1F21A 5SWMA 2R7YA 3NAEA 1FXXA 2XO7A 3VQ8A 4O4GA 4FZYA 4W5NA 1BL3A 3HYFA 4IKFA 2O4IA 2GBZA 2OPPA 4Z4GA 3LWLA 4E89A 3L3UA 3O3GA 4FLYA 1NKBA 2IC3A 4OKEA 3ZSYA 1IKXA 3NBPA 1XHZA 2Z1IA 3V1OA 2HNYA 3SYZA 3B6OA 4CEZA 1YVUA 4DTXA 1BHLA 2D5RA 3HPOA 4XIUA 4FLVA 3KLEA 1J5OA 3TABA 1NOZA 3V9SA 1HYSA 3ULDA 3PO4A 4CESA 3SQ4A 4B9NA 4KHQA 5E41A 4FJ5A 1UA0A 3MEDA 2XY7A 3NF9A 5CY4A 1NK0A 3LP2A 1NJYA 3ZSZA 4W5TA 2BANA 3O3HA 1RNHA 1XC9A 4PY5A 1RT4A 3RMAA 4CERA 3OYNA 4C8OA 1RTJA 3M8SA 2P5GA 4M3YA 1X9SA 5CZ2A 4OLBA 1RDDA 1UAXA 4FLZA 3LPTA 4F2RA 4ZHRA 4CEOA 4CJ5A 4E1MA 4CFCA 3MXMA 2D0CA 4OGCA 3K59A 2O4GA 3PX0A 3S9HA 3DLHA 1LWCA 2Z1GA 5I42A 1JLQA 4DG1A 4DQSA 3AVKA 1HRHA 1NJWA 4NCBA 3VN5A 2B5JA 3ZSQA 4CF1A 4L8RB 1WNSA 3K58A 4ID5A 1TGOA 4KTZA 4CGGA 3NE6A 4DTMA 2PZSA 2XY8A 2W42A 5HLFA 1HQEA 2KTQA 4BDYA 4RW9A 1I39A 4Z4CA 4B9UA 2G8UA 4KPYA 3C94A 3HSTB 4RW4A 3TR8A 3VQ7A 1LWEA 2D0AA 1U45A 3IRXA 3DOLA 1EXQA 4KTWA 4AHRA 4HVJA 4DTNA 4CCHA 3DLRA 4FJGA 4B8AB 4KRFA 4J2BA 4E1NA 5KRTA 4OLAA 4Q0BA 4FJXA 4UQGA 3OYDA 1RTHA 3MAQA 1VSHA 4LY7A 4Z4HA 4FM1A 1NK4A 4C8KA 4KHSA 3P83D 1EP4A 4FJIA 3VQ5A 3HK2A 1TKTA 3QESA 3PY8A 1WSEA 4DQIA 3DLGA 3CM6A 1HQUA 1KFDA 3SZ2A 3NFAA 3OJUA 3QEPA 3OYMA 3ALYA 1TKXA 1JLCA 3K5LA 3DRSA 1CLQA 4DLGA 3D0PA 3OS2A 1TK5A 4B9LA 4FW1A 3V9XA 1KVBA 4O0JA 3S3OA 1C0MA 4O55A 1J54A 3EY1A 1X1PA 3HPGA 5HRPA 1JL1A 4J2DA 4GW6A 4M3RA 4CF9A 3OYGA 1JKHA 1IKVA 1RT3A 1T03A 1BISA 1I3AA 1VSLA 4W5RA 2XY6A 4FJKA 1Z25A 1K6YA 2WOMA 3TAMA 3AA5X 1RBSA 2G8HA 3OS0A 3V6DA 3MXIA 4FJ7A 1C0TA 2WONA 4Y1DA 2PYJA 4FK2A 3AVMA 3AVCA 2VG7A 2Z1HA 4CIFA 2F8SA 2QKBA 2HHSA 3HVRA 1U47A 2EX3A 3ZSWA 2ZQBA 1QTMA 1C0UA 3ASMA 4FJNA 1RT1A 1WSGA 4FLWA 2FBTA 1RBVA 4CECA 1KSPA 2DFHA 1NK9A 3SI6A 1NOYA 4J2EA 3A2FA 4GVMA 4LSNA 1SL0A 4CIEA 4RW8A 4DFPA 4IG0A 4NYFA 2PYLA 2OZMA 1U49A 3AO4A 4Z4IA 1G15A 4JRPA 3TAEA 4CGHA 1LAVA 2KFZA 1VRUA 1WAFA 2HHWA 4HCCA 4M3WA 3O4QA 3SUQA 2IS3A 2X6SA 3SUNA 2FBXA 4CFDA 4AILC 1NJZA 3FFIA 4ELUA 1TKDA 3M8RA 2YKNA 4OJRA 3ISNC 5K14A 3RTVA 1RDBA 4EP5A 4B9TA 3DYAA 2E6LA 3L2RA 1RT7A 4J2AA 5KGXA 1YT3A 5CYMA 1S1WA 4LSLA 3VQBA 4AHCA 1TKZA 4CHZA 1SKSA 4KI4A 3LWMA 2E4LA 4GMJB 5HBMA 4E7IA 2HHQA 1T7PA 3QO9A 3CQ8A 3LANA 4KHUA 1HMVA 1KCFA 4H4MA 4E0DA 3V9WA 4NCGA 1EX4A 1J53A 3V81A 1GOBA 1SL1A 3QEVA 1KRPA 4CJUA 3IS9A 3WNGA 1FKPA 4DSFA 4C8MA 4Q5VA 4CEBA 1VSJA 1MU2A 3NF8A 4LH4A 1RBUA 3U3GA 1NK5A 3M8QA 4K8ZA 4NCAA 3CYMA 3RMBA 4KHWA 4HUGA 3L2VA 3BGRA 3L2QA 4PWDA 3P5JA 3JSMA 2B6AA 4N47A 3LP3A 2KFNA 2YHBA 3E01A 4DQQA 2HVIA 4CGFA 4CHYA 1L5UA 4M41A 3T3FA 4IFYA 1TL1A 3PX4A 1KFSA 4CJEA 3KLFA 4AH9A 4F2SA 3SV3A 4ICLA 4M45A 4DSIA 3AVLA 1ASWA 4H4OA 4DMNA 1RDAA 3HO1A 3SNNA 1U48A 4DSLA 4CHOA 3ITHA 3OYIA 1LWFA 3S3NA 4BWMA 3OJSA 2OPQA 3SCXA 4RW6A 4CGIA 2Y1JA 4C8NA 1HNVA 3WNHA 4ZTJA 3CM5A 2ZD1A 2HHXA 1S1XA 3V9UA 4CEQA 1KLMA 2HHUA 2HNDA 4CJPA 4AHVA 4E7KA 4FJ8A 1WLJA 5C24A 4AHUA 5KTQA 3LZIA 2X6NA 4O5BA 4H8KA 2KZZA 4MQ3A 3DOKA 3MECA 4KV8A 2DY4A 3DM2A 5JS1A 1RT2A 3I8DA 1TK0A 4EZ6A 2YNFA 4DQRA 1X9MA 4FJJA 1NKCA 4FLUA 4N41A 4KKOA 4CJVA 4CJSA 4CEFA 4JLHA 1DLOA 1TAUA 3IG1A 1B92A 3LAMA 1Q9XA 3SPZA 4IDKA 3VQPA 4CK1A 3OS1A 5CZ1A 2G8WA 1W9HA 3THVA 3G0ZA 1JLAA 4DSJA 1C1BA 3OYHA 2VWKA 3AA2A 2ZE2A 3HP6A 1SL2A 3BDPA 1QHTA 1Y97A 4B08A 1ASVA 1C6VA 3HPHA 4I9QA 1VSDA 2BDPA 1RT5A 4QOZB 1D9DA 4CJTA 2XY5A 1S6PA 1IH7A 4LH5A 1ASUA 1N5YA 1S1TA 4DFMA 3NH1A 3AVIA 1GOCA 3VQEA 4N5SA 1S9EA 3B6PA 1LAWA 1A5WA 1JXEA 4E7JA 4BE2A 3PX6A 2OZSA 1RBTA 3U3YA 3RRHA 5KI6A 4Z4FA 4KTQA 1HYZA 3NH2A 2G8IA 4PQUA 2KZMA 1VSMA 3QEIA 1JLGA 4DFKA 5J2NA 4CGJA 1UOCA 5T7BA 1S9GA 3VQCA 1YTAA 4DTOA 3K2PA 5HROA 3LPUA 1ZBHA 4KI6A 4YNQA 1RTDA 1LW0A 1T8EA 3HT3A 3NGZA 4KHYA 1ZBLA 3AO2A 4EP4A 3U6FA 5J2QA 5HRSA 1Q9YA 2P51A 4FW2A 5HRNA 4C8LA 1C1AA 3LP0A 2VG5A 4ZTFA 1ZYQA 2OA8A 4BDPA 2IOCA 4DTPA 3OYAA 2XRIA 4F8RA 1L3SA 1SKRA 4M42A 2YKMA 2NUBA 1B9FA 1T05A 4KAZA 4KB0A 1TAQA 2IAJA 3PUFA 2FC0A 2B4JA 1JLEA 3AVFA 3QLHA 2KQ2A 4FM2A 1C1CA 3DMJA 1R0AA 5KRSA 4FYDA 3KK2A 3CFOA 3TARA 3MXJA 3L2WA 4CHQA 4I2QA 5J2PA 3V4IA 3S3MA 4DSKA 4ELTA 1JXBA 1QSYA 2I5JA 4DTRA 3LAKA 1QQCA 3ZSRA 4CEAA 2PY5A 1XI1A 3AVHA 1XHXA 3O3FA 1WSJA 3DLEA 2ATQA 2VWJA 1NKEA 2HHTA 4DU3A 4FLTA 4HCBA 3SPYA 2OYQA 1JLBA 3C6TA 3DRPA 5HRRA 4JRQA 1S5JA 4B9SA 3L3VA 3ZT0A 2DFEA 4O0IA 4FJ9A 1RCHA 1N6QA 1HYVA 3NDKA 3TWHA 2KW4A 4F3OA 1QE1A 2FBYA 3ZCMA 2BE2A 5J2MA 4BE0A 3VQQA 3ZT3A 3KKSA 4M3TA 1VSKA 3ZSVA 4CK3A 3L8BA 3VQ6A 1BQMA 4CF8A 3T19A 1FKOA 1U4BA 2YNHA 4CJLA 1KTQA 1IKWA 1XWLA 3HL8A 3RRGA 5FRNA 1CXUA 4MFBA 2OPRA 2IDOA 1JLFA 3DRRA 4PA1A 3VQDA 3VA0A 5C42A 4KHNA 3K57A 1S6QA 2RPIA 1UWBA 4E7HA 4FZXC 1EKEA 4M3XA 5CYQA 2JLEA 4CE9A 3K5NA 1TL3A 4DTUA 4B9MA 4OVLA 4TSXA 4EZ9A 1HPZA 3LZJA 4YFUA 1RILA 4DU4A 3I0RA 3M8PA 1D5AA 5FROA 2XHBA 3AVAA 3KLGA 1EETA 3OY9A 3LP1A 2QKKA 4IFVA 4CF0A 4CJWA 4DF8A 4FK4A 4IBNA 4QAGA 3C95A 3KIOA 2HMIA 3OYEA 3V1QA 4DU1A 3AVJA 1BQNA 4FM0A 3OYFA 3T1AA 5FRMA 1RTIA 3L2UA 3OVNA 1WAJA 1BCOA 4OPKA 4HUEA 1S1VA 1BI4B 1WSIA 3QNOA 3AVGA 4I2PA 3TANA 1QSLA 4DWIA 3KD1E 5EU7A 1QS4A 3RMDA 4M3UA 4HHTA 3TAGA 3HVTA 1CZ9A 3QNNA 3RR7A 3K5OA 3DI6A 1TV6A 4CFBA 4G1QA 3H08A 5FDLA 2F8TA 1BIZA 4CFAA 1JL2A 3V9ZA 2P5OA 2HNZA 4KB1A 3TAQA 2HHVA 3AV9A 5I3UA 1IKYA 3LALA 3SQ0A 3SUOA 1KVCA 2Z1JA 1ITGA 4IG3A 3NHGA 1NK7A 4OKJA 1WSHA 2IGIA 4AHSA 2A1RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HJRA 3AVNA 3PO5A 1RBRA 3HJFA 3RWUA 5D3GA 1LV5A 4CJQA 4KHPK 1U04A 3C6HA 1L3VA 3CG7A 4DQPA 3IUCA 5KQDA 2G8KA 3VERA 2YHWA 2YX6A 3ZX2A 4ILHA 3ZT1A 3UKUB 3VEYA 5FPMA 4FJMA 3IAYA 5ADXA 3MDQA 2X78A 1K8KB 1W0HA 2FBVA 3ZSOA 2P1JA 3MCPA 3JYTA 1CZBA 3RMCA 2HVHA 2E2NA 5DMRA 1D9FA 3OYCA 4KREA 1NMDA 2NRVA 1VQ6N 3VEVA 4YOXA 1RT6A 3D2EB 4X66K 2O8BB 4H0XB 3O8MA 3P39A 4NYNA 3VMFB 3TAPA 1JCFA 1VQKN 1DTTA 2Y1IA 2Q3SA 4BDZA 3D2FA 1GLLO 2YHAA 2GV9A 2UUBK 4CGDA 3CQYA 2DPNA 3NGIA 3CERA 1VK0A 4K43A 4DTJA 4DLEA 3THYB 4FJHA 3AY9A 1IBMK 2LSNA 2NRRA 1XUPO 4DR4K 2FSJA 3HM9A 3V1RA 1Z05A 5TKWA 3BY5A 1O1WA 4O44A 1J9AA 1WSFA 4CZIA 1YHQN 1VSFA 3P31A 4BR4A 2NZTA 5JS2A 2EHGA 4FVMA 3VA3A 4QCLA 1XQSC 4BWJA 5HL7L 2VGNA 1YTUA 3HOTA 3MEGA 4FCYA 5C25A 5AQGA 2Q2RA 2NRHA 4FOIA 1QZ6A 5AQXA 4MLEA 3AGKA 1NK6A 4RWTA 4Z4EA 3KTQA 3KLIA 2YV0X 4DV1K 3CHWA 3NH0A 3QEXA 3J8AA 4OKKA 4ISGA 3FZKA 5GINA 1S1UA 5DK5A 2VQFK 4JI1K 1L3TA 3ATUA 3UKUA 5FPEA 5FPNA 5KQ8A 3VETA 4Z94A 3MEEA 4W5OA 2DTUA 2OPSA 1QSSA 3E9PA 2P9KB 1K8KA 2I7PA 2R7YA 3H3NO 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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