3AVMA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avmA00
3S3OA 3NGYA 3SUQA 3QEIA 4I7FA 2LSNA 3MAQA 3LDSA 1IG9A 3IAYA 4LH4A 1HJRA 3VA0A 3DYAA 4DTOA 4H4MA 4DTXA 4KFBA 2HVHA 3U3GA 3LP3A 4DSLA 3QEXA 5HP1A 3QIOA 3I0RA 5J1EA 2GV9A 3VQEA 4N56A 2X74A 4GMJB 4K8ZA 4M3XA 1VRUA 1YTAA 4C8MA 3SCXA 4KHNA 1X9MA 5JS1A 2O4IA 1QSYA 3E01A 4BACA 3MXJA 3SQ0A 3DLGA 4MFBA 3LAMA 4DS5A 4FJNA 3MEEA 2NUBA 3ZSOA 5SZTA 4KHYA 2G8UA 2KTQA 2I5JA 4CHPA 4FJHA 3L2RA 2RF2A 3SYZA 3RR8A 1WAFA 3F73A 3HT3A 1A5WA 2XY5A 1JLFA 3KLIA 1JKHA 4CIGA 5CY4A 3HVRA 5HROA 1S6QA 1NJZA 4O5BA 4AHUA 4J2AA 1QQCA 4Q0BA 2QKKA 4W5QA 3PX4A 4FJ9A 3AO2A 1HNVA 3L3UA 3AVAA 3NH0A 3RRHA 3LANA 1NK9A 4CFDA 1RDCA 5HRRA 3MXMA 1HQEA 3KTQA 1C0UA 5CZ1A 1NK8A 3K5OA 4W5TA 4CGFA 4E1MA 1X1PA 3SJJA 4DQIA 1TKDA 2Q3SA 3OYLA 1JXBA 3L2VA 1IKXA 5K14A 3RMAA 4FJ8A 2IS3A 3VQDA 1X9SA 4KTQA 3MXIA 1SV5A 2FBXA 4B9SA 2QXFA 4CFCA 4E7KA 1NK5A 4E19A 3KLGA 4JRPA 1I3AA 1RT2A 3L8BA 3SZ2A 1IO2A 1BHLA 2E4LA 4KPYA 1U47A 4C8LA 3VQ9A 4KTWA 4CJ4A 3VQAA 3TAFA 5HLFA 4BDYA 1Q8IA 3NF8A 1O1WA 3S9HA 3L2WA 2HHTA 3VQQA 1NKEA 1L3TA 3DLEA 1BI4B 5D3GA 3DLRA 2Y1IA 1JLEA 1LWCA 4FZXC 1U48A 1CXQA 2VWJA 3OS1A 4ELTA 2Z1HA 4N47A 1U04A 4M3UA 1YT3A 4FJ7A 3V1OA 4DS4A 1NOZA 3AVCA 4W5NA 4CJSA 3S3NA 2D5RA 3QIPA 4C8NA 4CJEA 3OYGA 1T8EA 3OYKA 1S9EA 2X6NA 1QTMA 1D9DA 3G0ZA 1KLNA 2BDPA 2BGGA 3F9KA 3L2QA 2Z1GA 1TAQA 3V9SA 4OJRA 3DRSA 3SUPA 1UA1A 3OYEA 2BE2A 1T05A 4CGJA 1KFDA 1REVA 1BGXT 3V81A 4KB1A 1VSLA 2D0AA 1KTQA 4FLXA 2HMIA 1SKSA 4AHVA 4DFKA 4RW4A 4FJLA 4LH5A 4DTNA 4CGIA 3SNNA 5FRMA 2O4GA 1Y97A 3KK1A 3O3GA 3RMBA 1KRPA 1XI1A 3KD5E 1WAJA 1VSKA 3ZSXA 4CF9A 2OZSA 1VSDA 2HNDA 3HPHA 3V1QA 3TARA 4NYFA 1SL1A 1QE1A 3DLHA 1KFSA 1WSIA 4MQ3A 5J2PA 2JGUA 3M8RA 4C8KA 2OZMA 3O4QA 3WNHA 4OGEA 4DWIA 3QESA 4CJUA 3C6TA 4DTJA 4F2SA 3OVNA 2RPIA 3PX0A 3P1GA 3DOKA 1TKZA 3WNFA 1L3VA 4CEZA 3OYMA 3NH2A 3TAEA 3VQPA 3VA3A 1L5UA 5DMRA 4CJQA 4FLVA 3SQ2A 3I0SA 4UQGA 3RRGA 1L3UA 2E6MA 1ASVA 2XY7A 4Z4IA 3TI0A 4HVJA 1RCHA 1JL1A 3ITHA 1D5AA 1JLQA 2HW3A 3V1RA 4DTRA 3G10A 1NKCA 1A5VA 3KKRA 1TKTA 2DFEA 1RBTA 1VRTA 4FW1A 5CYMA 1RTDA 1ITGA 4FVMA 1RT4A 2YNGA 1ZBLA 5HRSA 3NDKA 3NE6A 4M3TA 1HYSA 4CJLA 2WONA 4J2DA 3DLKA 4TSXA 1K6YA 3T3FA 1D8YA 4JS4A 2ATQA 4M3RA 4B8CA 3KLEA 3OS0A 3CQ8A 3U6FA 3ZT3A 4PA1A 3K57A 3HPGA 4RW7A 4E7IA 1RT5A 3LALA 2P51A 4BE0A 1TK8A 3CM6A 4DG1A 1WSJA 4CJKA 2G8VA 1J53A 3SUNA 4EP5A 1RBSA 2KZMA 2G8KA 1JLBA 3NF9A 4CGDA 3TAMA 1TVRA 1NKBA 4B9NA 4B08A 4EZ6A 1T7PA 4BE1A 3M8PA 4JLHA 3D45A 3ZT0A 3WNEA 4B9TA 3SPYA 4HCCA 4OLBA 4ZTJA 4KV8A 3AO5A 4CIEA 4Z4GA 1S1UA 3HO1A 2XO7A 4HUEA 2VG7A 3AV9A 2G8WA 4FJGA 3V9WA 1VK0A 4Z4FA 1ZBUA 4BDZA 3RWUA 1IKWA 4KHUA 3SV3A 4Z0UA 4O44A 1G15A 1RBUA 4FLZA 4DU3A 4JRQA 3HVTA 4HCBA 4PWDA 2GUIA 3DMJA 4FW2A 3RR7A 4DU1A 4RW8A 4Z4EA 3AVLA 4CF0A 3OS2A 3PUFA 3OYNA 2OPRA 1S1VA 4M45A 4OGCA 3HP9A 3VQ4A 1Q9XA 3HP6A 3JSMA 1RDDA 4KI4A 4KHQA 1W9HA 3AVKA 1FKOA 4KRFA 1RT6A 1IKVA 4G1QA 5KGWA 3DM2A 3OY9A 1NJYA 3NHGA 3SPZA 1EETA 2XY8A 5J2MA 3VQ6A 5KRTA 4QCLA 1N6QA 4BDPA 3DRPA 4CF8A 2RKIA 3NF6A 3VQBA 1TL1A 3CM5A 1XWLA 4BE2A 1SL2A 4CJRA 1FXXA 3NGZA 4EZ9A 3C94A 1KLMA 1RDBA 3M8QA 3V4IA 1BQMA 3U3YA 3S3MA 1L3SA 2PYLA 4CHQA 1HRHA 3MEDA 5JS2A 4FK2A 3LAKA 4ID5A 2YHBA 3NFAA 1SKWA 2X6SA 1RT3A 4CF2A 1T03A 1RTIA 1BCOA 1RT7A 2XHBA 4HUFA 3OJSA 1HNIA 3ISNC 1EKEA 2DFFA 3ASMA 4M41A 5KI6A 4CK1A 3K5NA 3QEPA 3TAQA 4FJKA 2HHVA 3K5MA 4AHCA 4HUGA 1S1TA 3DOLA 2Z1JA 4E7HA 1WSHA 3B6OA 4ELUA 1TK5A 4NCAA 1KVBA 3PV8A 1N5YA 2OYQA 1TL3A 1NJXA 1EXQA 3LZJA 4RW9A 4FLTA 3V9UA 4DSIA 2KFNA 4F2RA 4DLGA 3HYFA 2G8IA 4O55A 3EYZA 2KZZA 4CHNA 1SKRA 4DFMA 1U45A 3LP0A 5C25A 5KRSA 4NCGA 3KIOA 4H8KA 1C1AA 5CYQA 1C1BA 1VSIA 4M3ZA 1KVCA 3QETA 2YHAA 5FDLA 1EP4A 1LW2A 3HPOA 1VSEA 3EZ5A 4B9VA 1WSGA 4IBNA 3SV4A 4F3OA 1BI4A 4ZHRA 4CF1A 2HB5A 1U49A 3QO9A 4L8RB 4KKOA 2ZQBA 1BCMA 5KGXA 3AVGA 1ASWA 2IC3A 2WOMA 3VQ7A 1S9GA 4IDKA 4WE1A 5SWMA 5J2NA 3V6DA 2FBYA 1S1WA 4M3YA 1RBVA 3OYDA 3K59A 1S1XA 3AO4A 5CZ2A 3ZSZA 3KK3A 3TWHA 3UIQA 1ZBIA 3NAEA 3DLBA 4AHRA 1BISA 3AVIA 4CJVA 1QSLA 1WNSA 1Z26A 3P5JA 4OLAA 2GBZA 3SUOA 2FC0A 3T19A 3KLFA 1U4BA 1X9WA 3ZSVA 3AO1A 4CFBA 4HTUA 1GOAA 3O3HA 5HRNA 5KTQA 3VQ5A 4ZTFA 1RTHA 4DQSA 4IG3A 4FLWA 3HM9A 4E3SA 4KO0A 2F8TA 2Y1JA 4XIUA 2XRIA 4Z4HA 1WN7A 2FBVA 1JXEA 4DTSA 4FM1A 2HNZA 4N5SA 3NF7A 3PY8A 4ID1A 4J2BA 3AVJA 3KKSA 4Z4CA 3RMCA 3T1AA 5C24A 4DF4A 1NK6A 1HYZA 2DFHA 3OYHA 2YNIA 2FBTA 4FM0A 1FKPA 3LP2A 3PO5A 4DTUA 2VWKA 3HXMA 3CYMA 1UA0A 1NK7A 2P1JA 2W42A 4CGGA 4DTPA 1VSHA 3IS9A 2G8FA 3MECA 1B9FA 3OYBA 2A1RA 3ALYA 1ZYQA 3KD1E 4GW6A 2XY6A 2ITGA 4GVMA 2IOCA 1HPZA 4I2PA 2ZE2A 4DFPA 3QEVA 4FLUA 4CJFA 2EHGA 3NH1A 2D0BA 1B92A 2IDOA 3AA5X 3LWMA 1LW0A 3P83D 2RN2A 4B9LA 3PO4A 4DSFA 3OYJA 3V9ZA 4E7LA 1EX4A 1YVUA 2E6LA 3NCIA 3THVA 3QINA 4KHWA 3AA2A 4CIFA 4YNQA 1SUQA 4AH9A 4W5RA 4B9UA 2PY5A 2G8HA 1NK4A 4J2EA 1RTJA 2HHWA 2EX3A 5FROA 1CZBA 3TABA 4CK2A 4CEDA 1B9DA 2A1SA 1LAVA 4CFAA 4FJJA 4DSJA 1GOBA 4E89A 4CERA 1VSFA 4OPKA 3VQCA 1R0AA 1XC9A 4CJ3A 3AA3A 4OVLA 4DSEA 2P5GA 2QKBA 2ETJA 5I3UA 4E1NA 1UAXA 3ZSWA 3C6UA 3SI6A 5FRNA 3WNGA 4O0JA 3K2PA 3ULDA 2B6AA 1JLCA 3PX6A 4EP4A 4O4GA 1CXUA 2YV0X 3ZT2A 3I8DA 4E0DA 4E7JA 4FYDA 2IGIA 1Q9YA 4CHOA 4FJ5A 3VQ8A 1Z25A 1RBRA 1TKXA 2X78A 3ZCMA 4FJIA 1KVAA 3O3FA 4CECA 2YKNA 3OYIA 4IKFA 4CEEA 2F96A 4FXDA 2D0CA 3SQ1A 4DU4A 3L3VA 3QNNA 4OKKA 5J2QA 3LZIA 4PY5A 1J54A 1WLJA 4IG0A 3NGIA 1RT1A 1S6PA 4NYNA 4IFYA 3ZSRA 1LV5A 1TGOA 3M8SA 3HL8A 4Q5VA 3RTVA 2HHXA 1TAUA 1BQNA 1ASUA 3D0PA 2HHUA 4OKEA 3LPUA 1BL3A 1BIUA 4IFVA 1BIZA 1RNHA 3ZSYA 1J5OA 3OYAA 3B6PA 4DSKA 4F8RA 4N41A 3SQ4A 3OYCA 4W5OA 3O4NA 1J9AA 4JS5A 1WSEA 2DY4A 3AVNA 4M42A 4FK4A 4LSNA 4CEAA 3LP1A 4K8XA 4QOZB 3KJVA 4CJTA 4N76A 3IRXA 4KB0A 4CK3A 4CEQA 2F8SA 1HMVA 1KSPA 1WSFA 2ZD1A 2KW4A 1F21A 2VG6A 5E41A 3KK2A 3A2FA 4PQUA 4CE9A 2AJQA 2OA8A 4CEBA 3AO3A 1GOCA 3KLHA 2Z1IA 3CFOA 3V9XA 4C8OA 2KFZA 3AVFA 3RMDA 1C0TA 4CEOA 3LWLA 2HNYA 2OPQA 2YNHA 4YFUA 4CEFA 1QS4A 3TAPA 4FZYA 4F4KA 3JYTA 4RW6A 4CGHA 4Y1CA 3AVBA 3QERA 5T7BA 3CFPA 4DTMA 4PUOA 2B5JA 4H4OA 1C1CA 1HQUA 1CLQA 3AVMA 1UWBA 1XHXA 4DF8A 1JLGA 1ZBFA 3FFIA 4NCBA 1UOCA 3TAGA 4B9MA 1A5XA 2DTUA 1C0MA 2OPSA 4FCYA 3ZSQA 4KAZA 4AHSA 1XHZA 3CG7A 1RILA 2OPPA 4KI6A 3CFRA 4DLEA 1MU2A 3H08A 4BWJA 4DFJA 3AVHA 4OKJA 1LWFA 1S5JA 4FM2A 4I9QA 1DLOA 1FK9A 1JLAA 1QHTA 4OPJA 1D9FA 4FK0A 5C42A 3QEWA 2BANA 3HJFA 3IG1A 3K58A 4FJMA 2QK9A 1IKYA 2KQ2A 2HHSA 4CCHA 1QSSA 4KHSA 1DTTA 2JLEA 4R5PA 3TR8A 3BGRA 4CJ5A 4DQQA 3OJUA 4KTZA 4FJXA 3HK2A 1LWEA 4RG8A 4B3OA 4CJPA 4AHTA 4LSLA 1CZ9A 4CHZA 1TK0A 1I39A 2B4JA 4F3TA 3QNOA 2PZSA 4DQRA 4KREA 3LPTA 4O0IA 4BWMA 1ZBHA 3TANA 4DQPA 2VG5A 2YKMA 2YNFA 3QLHA 4B8AB 4CHYA 4HHTA 3EY1A 5EU7A 1JL2A 1RDAA 4M3WA 1KCFA 2IAJA 1VSMA 3AA4A 3HSTB 4I9LA 1NK0A 2HHQA 3MEGA 4Y1DA 2HVIA 2R7YA 3L2UA 3DI6A 4ICLA 1VSJA 3ZT4A 4CESA 4AILC 1SL0A 5I42A 1IH7A 3NBPA 3OYFA 4FZZA 1LAWA 1NOYA 4ELVA 3DRRA 1HYVA 1DTQA 3VN5A 2PYJA 1YTUA 3BDPA 3K5LA 2P5OA 4LY7A 1C6VA 5DK5A 3C95A 4DMNA 4FLYA 4QAGA 4I2QA 1W0HA 3ZT1A 5HRPA 4CJWA 1TV6A 4LD0A 1NJWA 5HBMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NGYA 1TUYA 3SUQA 2ZM6K 2JWLA 2E88A 4LH4A 5AQUA 4QS7A 5AQNA 3SAHA 3QEXA 5HP1A 3EE8A 3VQEA 4C8MA 2OTLN 2O4IA 3CJ1A 4PL7A 1QSYA 1KAXA 5AQPA 1EQYA 3CMEN 4MFBA 3HSCA 1U2VA 4FJNA 1XNRK 2NUBA 3KVGA 5SZTA 2G8UA 4KHPK 3EZWA 2I5JA 1NGIA 3F73A 4KH4A 2E2OA 2XY5A 4UY8O 1JLFA 3KLIA 5TKWA 3CCVN 5CY4A 4CZHA 3FGUA 1N8RO 2E2PA 3QDKA 2QKKA 1VQ7N 4IZ9A 5HRRA 4EHTA 1HQEA 3KTQA 1NK8A 5CHIA 5JMVA 3SJJA 3L2VA 1IKXA 5K14A 3O9TA 4LFCK 1K9MO 2QM1A 4E19A 1I3AA 3L8BA 3M5RA 3TU5A 4C8LA 4BDYA 4CZEA 3S9HA 3L2WA 4GKKK 2QI2A 5M1FA 2FXUA 2P9SA 3OS1A 4N47A 4PKIA 4FJ7A 3ZETB 2D5RA 2HBMA 3R1XA 1T8EA 3OYGA 2BGGA 4H5RA 1QTMA 2O8DB 3G0ZA 4BR5A 1TAQA 5FPDA 4AF1A 1T05A 4KB1A 4BGAA 1BGXT 1M90O 2NNWA 4IEEA 3VTIA 4H0VB 1G99A 2D0AA 4I6MB 1KAZA 3ENOA 3PIOL 4FJLA 4LH5A 5FRMA 3BP8A 1Y97A 3RMBA 3TTDA 3KD5E 4BRFA 3ZSXA 4CF9A 5LL6Z 4JD2A 1VSDA 2HNDA 3HPHA 3TARA 1SL1A 4YY3K 3O08A 2GWJA 4OGEA 2CGLA 3QESA 4CJUA 4F2SA 2AA4A 3DOKA 3K9KA 4CEZA 3VGKA 3TAEA 4PL8A 3A0IX 1L5UA 5DMRA 4CJQA 1XQSC 2UUBK 3CC2N 4FPAA 3RRGA 3QICA 2GEMA 4HVJA 3C6HA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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