3AVMA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avmA00
2VG5A 4MFBA 1KVAA 1U04A 1WSGA 2XHBA 3PX0A 1LV5A 3HP9A 3SPYA 4IBNA 3V9SA 4O5BA 4AHRA 1SV5A 4DMNA 3V1QA 1CXUA 4CEOA 3DLHA 3SUQA 1WAFA 2ETJA 4E7IA 1BIZA 5HRNA 4DQSA 2F8TA 3NF6A 4MQ3A 3OYDA 1U45A 2G8IA 2P5GA 3TR8A 1IH7A 1IKXA 3IS9A 1WSIA 1RBTA 3KIOA 4CEBA 2G8UA 4F4KA 4NCBA 1KLMA 3RWUA 3NDKA 4R5PA 3CG7A 3LPUA 3OYEA 3OYKA 5C24A 1RDAA 4B8CA 3SYZA 1UA0A 3VQDA 3L8BA 4Z4EA 2X74A 3C6TA 1RDDA 3VQ8A 3M8RA 2YV0X 4KV8A 3K2PA 4M41A 3HPOA 4YNQA 1ASUA 3ZT2A 4B08A 3CYMA 4L8RB 4CJQA 4DU1A 2D5RA 3THVA 3VQ6A 3DYAA 3SUNA 3RR7A 3IG1A 3KD5E 2LSNA 3DI6A 5J2QA 1FKPA 4FM1A 4DSKA 3PY8A 3OYJA 2P5OA 3SI6A 4FLWA 4M3ZA 4Z4CA 5HP1A 2Z1JA 3LANA 4KI6A 4CJUA 2G8FA 4CK2A 1G15A 5K14A 4W5TA 1TGOA 2OPPA 1NKCA 3L2UA 4FK0A 1JLGA 1Z25A 3DRRA 4J2BA 4EP5A 3AO2A 4CFBA 3DRSA 2A1SA 1S1TA 4AHVA 2F96A 5FDLA 4EZ9A 3O3GA 4I9QA 1SKSA 1R0AA 1RT7A 1EP4A 2GV9A 1JL2A 4N76A 1WSEA 5HRSA 3A2FA 4FJMA 1NOYA 1BCMA 1WSHA 4DQQA 4CJWA 1IKVA 4KHUA 4FZZA 4PQUA 1HYZA 1ASWA 4CIGA 2GBZA 3OYLA 3AA2A 4CEQA 4F8RA 4DTMA 3WNGA 3KKSA 4CHZA 3G0ZA 4ELVA 3NH0A 1A5WA 2BE2A 4FM2A 2AJQA 1NK6A 3FFIA 1RTHA 3K5MA 4ID1A 4RW9A 1VRUA 3NGIA 2ZE2A 4KFBA 4YFUA 4CF0A 4CJ4A 1IKWA 4CGGA 1REVA 4F2RA 2XY7A 3C95A 3ZT1A 1HNIA 4C8KA 3HVTA 4CGDA 1QTMA 2ATQA 1JLQA 4DFKA 2QXFA 1RCHA 3HVRA 4KB0A 2FBTA 2HHQA 3SNNA 3QEVA 4CFAA 1N6QA 3PO5A 3I8DA 4KHSA 3SZ2A 2OYQA 2IGIA 4AHUA 4DS5A 1KFSA 5CZ2A 4LH5A 3B6OA 3TWHA 4ELTA 4CK1A 1RBUA 1S6QA 1GOCA 5DK5A 4BWMA 4E19A 3KJVA 3WNHA 2OPRA 3OYMA 5HRPA 2DFHA 4B9SA 4IKFA 4CFCA 4CIEA 1K6YA 4CK3A 2QKBA 3V9UA 1HJRA 1D5AA 3T3FA 3UIQA 4CEEA 4H4OA 4RW7A 4LSNA 4QOZB 2HW3A 1UAXA 2IOCA 4LSLA 3LWMA 3EY1A 3F73A 4DTNA 3NCIA 4DTJA 1U4BA 1HMVA 1ZBFA 2YKMA 4Z0UA 2XO7A 1C0MA 1DTQA 3QETA 4CJPA 2XY6A 4M3UA 1GOBA 1NKEA 1VSFA 1TK5A 1JLCA 3V9WA 3ZSYA 4FLYA 1Q9XA 4DLGA 3D45A 5JS1A 3L2WA 3K59A 3K58A 4BE0A 4BDZA 2E6MA 4E7KA 4DU3A 4BACA 2QKKA 4NCAA 1S9EA 4DTOA 3NF8A 3RR8A 4JS5A 1TKTA 4H8KA 1S1XA 3C94A 1TK0A 4BDYA 2O4IA 4QAGA 1B92A 5SWMA 2IDOA 1T03A 2F8SA 3QNNA 3S3MA 1RT6A 2IC3A 2X6NA 3ISNC 3LAKA 4AHSA 3KLFA 2PY5A 4KREA 3CQ8A 4HCCA 3P1GA 1LW0A 1LAVA 4JRQA 4JRPA 3VQBA 1JLFA 3AA3A 1QS4A 5DMRA 1UOCA 3AO4A 2W42A 1TKXA 2HHSA 3LZJA 4CEFA 3TANA 3MEGA 1C0TA 3L2QA 1W0HA 4Z4IA 3CFPA 1B9FA 3V1OA 1J54A 4NYFA 3OS0A 4E7HA 4DSEA 1S5JA 3TABA 3AO5A 3ZSZA 3SJJA 3ZT3A 3RMBA 3MXIA 1RDBA 2OA8A 2HVIA 4KAZA 5KI6A 2PZSA 4Z4FA 1LWFA 2RKIA 1C6VA 1NJZA 3QEPA 5EU7A 4LD0A 5HRRA 4HUFA 4HTUA 1F21A 3AVJA 3OYIA 3QNOA 4B9LA 3LPTA 4CF8A 4Z4GA 2OZSA 4FVMA 2QK9A 5CYMA 5J2MA 3VQ9A 4BE2A 3MEDA 3O4NA 3RMAA 1MU2A 4ZTFA 3MEEA 1U47A 1NJWA 4AILC 1RBRA 4ELUA 3KK1A 3SCXA 1TK8A 2JGUA 4CF9A 1JKHA 1RT5A 1SL1A 2D0AA 4H4MA 3AVIA 5KGXA 4CF1A 3RRHA 1EETA 4E7LA 4FJ8A 2KFZA 2P51A 1TAQA 4CEDA 3RTVA 1VSDA 5J2PA 5I3UA 2B4JA 1VSJA 4Q0BA 4FM0A 1TV6A 3AVCA 5T7BA 1RT1A 2RN2A 4EZ6A 3OYNA 4J2AA 4DU4A 1RT2A 1X1PA 2HVHA 1RILA 2G8VA 2YHBA 1C1AA 2WONA 4AH9A 1NJXA 3V1RA 3S9HA 3VQCA 1Y97A 3ZSQA 4FLUA 3TAEA 1TL1A 5HROA 3OYAA 3M8PA 4HVJA 3L2VA 1X9SA 4C8OA 4FXDA 4M3RA 3V4IA 2DFFA 3DLBA 1C1BA 3DMJA 2KQ2A 3E01A 3TAPA 3G10A 4RG8A 1D9FA 3AVGA 5JS2A 4DG1A 4F3TA 1WNSA 2PYLA 4CHNA 3P83D 1QQCA 2R7YA 1S6PA 3LP2A 4GVMA 4CHPA 1SKRA 1L3TA 3U3GA 3AV9A 4E1NA 4CJRA 3B6PA 3EYZA 1L3SA 3NF7A 4I9LA 5CY4A 4EP4A 3O4QA 3KLGA 2GUIA 4ZHRA 1U48A 1QSSA 2FBVA 3K5OA 4IG3A 4PA1A 2O4GA 2P1JA 3MXMA 4OGEA 3BGRA 4HUEA 3LWLA 2ITGA 3QLHA 3SQ2A 1NK7A 1VSLA 3PV8A 1YTUA 3HM9A 2KZZA 3VQAA 4DSJA 4CJFA 3SV4A 4KI4A 4CEZA 2I5JA 4J2DA 3EZ5A 4M3YA 2VG7A 2E6LA 2YHAA 3HPGA 3LP1A 1J53A 3K57A 3LDSA 4KPYA 3NFAA 3NBPA 4BDPA 4LY7A 2EX3A 3AVNA 4FJXA 3QEXA 4CHQA 3L2RA 3AVMA 4CIFA 3QEIA 3TI0A 3OYCA 3QIOA 4N41A 1ZBIA 4KTWA 1RTJA 1JL1A 3CFOA 4CGJA 4FJHA 1LAWA 1VSMA 3ULDA 3QERA 1X9WA 1SKWA 4FK4A 3DRPA 1NK4A 3ASMA 4DTSA 3RMDA 4DFJA 1NK0A 1J5OA 2HHUA 4AHCA 2HNDA 4CJ5A 3KK3A 3AA4A 4OKKA 4CERA 2KFNA 4FZXC 3VA3A 4UQGA 3LP3A 3SPZA 4KHWA 1KTQA 4DTRA 3M8QA 4FLZA 4TSXA 4N56A 3DLEA 1RTDA 1JXBA 2X6SA 1XWLA 3VQPA 3SUPA 4C8NA 4FJJA 1A5VA 1JXEA 3NGYA 5KRTA 1VRTA 1LWEA 1BGXT 3PO4A 3U6FA 2Y1IA 1BI4B 3K5NA 1BHLA 3HL8A 4E7JA 3RRGA 3I0RA 3ZT4A 3HO1A 3QO9A 3ZSWA 4W5OA 4K8ZA 4DSLA 3PX6A 4JS4A 1EKEA 1ZBHA 1HQUA 4FJIA 4M3WA 1FKOA 2HHTA 2YNFA 4KHQA 3V81A 2Q3SA 4CJSA 1IO2A 4CEAA 1XC9A 4DQRA 4KHNA 3H08A 1LWCA 2BANA 3MAQA 3DOKA 5FRNA 5D3GA 5KRSA 3PUFA 1Z26A 3KKRA 3NE6A 4CCHA 1VSKA 1HYSA 2KZMA 4B8AB 4DS4A 1W9HA 4DF8A 3KTQA 2YNHA 3VN5A 1VSEA 4CHYA 1CZBA 1EXQA 3O3FA 2FC0A 4W5RA 4I7FA 1CZ9A 3QIPA 2IS3A 3WNEA 4KTQA 4FCYA 4DLEA 4NCGA 3AVBA 1RNHA 1D8YA 4FJKA 1HPZA 4FYDA 1DLOA 1LW2A 1BQMA 3KD1E 3HXMA 3OS2A 1S1VA 2HMIA 2WOMA 3ZSVA 4DSFA 4DFMA 3V6DA 1NK8A 3VQ5A 4B9VA 4FW1A 4OLBA 4Q5VA 4DFPA 1NOZA 4B9NA 1QHTA 4KTZA 4G1QA 3VQQA 3AO1A 1KCFA 2OPSA 3HT3A 3TAQA 4W5NA 4CECA 3ZT0A 3F9KA 1FK9A 1IG9A 4O44A 2OZMA 4M3XA 3SUOA 1T7PA 3LZIA 5KGWA 4O55A 3NH1A 4C8MA 4XIUA 2IAJA 1TKDA 3LP0A 1L5UA 4I2PA 4DTUA 1NK9A 2Z1HA 2D0BA 3L3VA 4RW8A 2OPQA 3VQ7A 2JLEA 1RTIA 3HJFA 2DY4A 1T05A 3VQ4A 1UA1A 1WSFA 2PYJA 1WAJA 4ZTJA 1EX4A 1A5XA 3P5JA 1S1WA 4OKJA 1RDCA 3NH2A 3OYGA 3QINA 3MXJA 1N5YA 4O0JA 1QSYA 4F3OA 4FJNA 3CM6A 3ZSXA 2ZD1A 4KKOA 4AHTA 3DLKA 1JLBA 2HHVA 4HUGA 4PUOA 1I3AA 5J2NA 2BGGA 4OLAA 4B9MA 1U49A 1NJYA 3DM2A 3NGZA 4CGIA 3SQ1A 4Y1CA 3DLRA 3S3NA 3AVFA 1O1WA 5HLFA 3QESA 1TVRA 4O4GA 4E89A 1WSJA 4C8LA 4OVLA 1SUQA 4I2QA 4E3SA 1Q9YA 3BDPA 1DTTA 4FLXA 4DF4A 1ITGA 3VQEA 3ALYA 1XHZA 2FBYA 4FJLA 4FJ7A 1S1UA 1WN7A 3DLGA 4OPJA 1SL0A 4FW2A 4FLVA 1VSHA 1YT3A 2Z1GA 4CJ3A 4CJKA 3QEWA 1FXXA 1D9DA 3KLIA 4KB1A 5HBMA 4E0DA 3PX4A 1RBVA 3U3YA 1NK5A 3O3HA 5C25A 4OPKA 4NYNA 3JYTA 4M42A 2ZQBA 2NUBA 3HSTB 3T1AA 5I42A 2G8WA 4B3OA 1S9GA 1XHXA 4N47A 1T8EA 5FRMA 4PY5A 2B5JA 4DTXA 4F2SA 1BL3A 1ZYQA 2X78A 1QSLA 4O0IA 1WLJA 3HP6A 1ZBUA 2D0CA 1BCOA 3AVHA 3AVAA 3V9ZA 3TARA 1X9MA 3LAMA 1SL2A 3OJSA 1YVUA 2G8HA 2XRIA 4RW6A 4IFVA 3SQ4A 3IAYA 5E41A 2B6AA 4CJEA 4KHYA 1B9DA 2YNGA 3RMCA 3NF9A 1RBSA 1CXQA 4CFDA 1CLQA 1YTAA 2E4LA 1KLNA 2EHGA 1C0UA 2VWKA 1C1CA 2Z1IA 1ASVA 4FJ5A 3HYFA 3OJUA 2DTUA 1JLAA 3SV3A 1RT3A 2HNZA 4KO0A 5FROA 2VWJA 3OYFA 4Z4HA 4FJ9A 4GMJB 4IG0A 1VK0A 2BDPA 1BISA 3LALA 4CE9A 2XY8A 2A1RA 1TL3A 2KW4A 4GW6A 5CZ1A 4M3TA 4DTPA 4CJVA 4CJLA 4DQPA 5J1EA 2HB5A 4N5SA 4WE1A 4CJTA 1KSPA 2DFEA 4CGHA 4B9TA 4M45A 3K5LA 1BI4A 3T19A 4HHTA 2G8KA 3OVNA 3TAMA 1GOAA 3KLHA 4J2EA 1HQEA 4E1MA 3MECA 3M8SA 4FLTA 2KTQA 2RF2A 1Q8IA 3JSMA 1IKYA 3AVKA 3ITHA 1L3VA 3L3UA 1TAUA 3TAFA 1XI1A 3ZCMA 4CESA 1L3UA 5CYQA 3D0PA 4ICLA 4PWDA 1BIUA 2HNYA 1ZBLA 4FJGA 3OYHA 1KFDA 3CFRA 4B9UA 3KLEA 1KRPA 4IDKA 1RT4A 2FBXA 3NAEA 1QE1A 1I39A 3ZSRA 4DQIA 3AO3A 3AVLA 4BE1A 3KK2A 4KRFA 1JLEA 2YKNA 3IRXA 4ID5A 4OGCA 1NKBA 3AA5X 3C6UA 4Y1DA 1KVBA 3I0SA 4JLHA 5SZTA 5C42A 3ZSOA 3HK2A 3DOLA 3S3OA 3TAGA 2XY5A 4BWJA 2Y1JA 3OS1A 4FK2A 4HCBA 2YNIA 1J9AA 2HHXA 4IFYA 4FZYA 1TKZA 1UWBA 4RW4A 1KVCA 4CGFA 3OYBA 4DSIA 1VSIA 4OJRA 4W5QA 3CM5A 4CF2A 4DWIA 2HHWA 1HYVA 3OY9A 2RPIA 1HNVA 1HRHA 4OKEA 3VA0A 3WNFA 3V9XA 4K8XA 4QCLA 3SQ0A 5KTQA 4CHOA 1BQNA 4LH4A 3HPHA 2VG6A 3NHGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VG5A 4LF4K 3J80O 2XHBA 5F0XA 3SUQA 3WEEB 1QVGM 2ZF5O 3OBWA 4JKGB 1U45A 2P5GA 3TR8A 3IS9A 1IKXA 4NCBA 1WSIA 3KIOA 4JI2K 4PL7A 1TUYA 3CQYA 3CG7A 3LPUA 3OYKA 5C24A 1RDAA 2O8FA 4XH4A 3P4IA 4CVNE 2QWOA 2X74A 4H5RA 1RDDA 2YV0X 3MMVA 5HOOA 5KPZA 4L8RB 3VQ6A 3SUNA 3CERA 2BUPA 3OYJA 2P5OA 3SI6A 4Z4CA 2Z1JA 3LANA 4CK2A 3VEZA 1TGOA 3L2UA 4FK0A 3O9SA 4A62A 3DRSA 5FPMA 3VEOA 1SKSA 2NLXA 1JL2A 4O8KA 4FJMA 3A2FA 1WSHA 3OYLA 2VGNA 1VQPN 1WUAA 3KKSA 1U2VA 4ELVA 5JICA 3H3OB 2HOEA 1QZ6A 1RTHA 3IMXA 3K0SA 4IO9L 1XUPO 3NGIA 1T3VA 4KFBA 4YFUA 3G4SN 3ZT1A 1HNIA 1QTMA 3HVRA 4PKIA 1J6ZA 5GADP 4CFAA 3VGKA 4WFBL 3B6OA 4CK1A 5JMVA 3CIPA 1GOCA 4E19A 4BWMA 4AF1A 5B8HA 1OH8A 4B9SA 4JI4K 4CFCA 4CK3A 4DR4K 4JHDB 3ATVA 3WXJA 4FWPA 2P9UA 5TKYA 1YITN 4H4OA 1ZXOA 4LSNA 2HW3A 2NZTA 3F73A 4WQ4A 3HRGA 1ZBFA 2YKMA 4Z0UA 2P9KB 2XY6A 1Q9XA 2IIRA 1VSFA 1NKEA 3EE8A 5IT9O 2V52B 3EKSA 4BE0A 4JKDA 3IKMA 4IDHA 1S9EA 1XNRK 4JS5A 1TKTA 1RDWX 1TK0A 5SWMA 2IDOA 2F8SA 3SLCA 3CJ9A 4KREA 3ISNC 2CGKA 3KLFA 4HCCA 5HL7L 4FVUA 1QS4A 2A5XA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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