3AVMA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avmA00
1S9EA 4KREA 4W5QA 1NOYA 1SV5A 4FM1A 3QEWA 4FZZA 4OPKA 1NJWA 4CJPA 2YV0X 3B6OA 4RW6A 3E01A 4FZYA 3NGIA 4DU4A 4J2AA 1BISA 1QQCA 4FJMA 3HPHA 3HVTA 1VSFA 1WSFA 3DLKA 4CJ4A 3OYNA 3O4QA 3S3MA 1NKEA 3SZ2A 3IAYA 4HCCA 4LY7A 5FRNA 4E0DA 1JL2A 2YHAA 4BE2A 4FJ9A 3T3FA 5HP1A 1CXUA 4DQPA 3V1QA 4I9LA 3VQQA 4KKOA 4DSJA 5I3UA 2X6NA 1RT2A 3T1AA 4LH4A 4DQQA 2OZMA 4J2DA 4I7FA 2B5JA 1J9AA 1EXQA 2VG7A 1L5UA 2OPRA 5J2NA 1TKZA 2P1JA 4CJQA 4KHWA 3SYZA 1HYZA 4CHOA 2BDPA 2ETJA 3P83D 4CIGA 4DU3A 5JS2A 1REVA 4M3ZA 3HT3A 3ZSQA 1RT1A 2DFEA 4CESA 2FBTA 1VSJA 3SQ1A 3OS2A 4E7JA 4FK4A 3ZCMA 1S5JA 3DMJA 3ITHA 1HNIA 1D5AA 1FKOA 3O3FA 3BGRA 4JRPA 3AVIA 4CGGA 3CG7A 3VQEA 4LH5A 3NH0A 3WNFA 4BDZA 4F2RA 1XC9A 3DOKA 3H08A 1SL2A 3NFAA 1YVUA 4CE9A 3K59A 4L8RB 3HPGA 4KV8A 1T03A 3LANA 4CCHA 3NF6A 2FC0A 2JLEA 3HO1A 4CF8A 1QSLA 4CJTA 4DSLA 1TGOA 3LPTA 4CJSA 3HSTB 2KZMA 3AA5X 2PY5A 4CHPA 1WSIA 2RKIA 4Z4EA 2A1SA 1HQEA 3P1GA 3V81A 4FYDA 3CYMA 3LAMA 4CEFA 4F3TA 2XHBA 3G10A 3VQ9A 4BE1A 4F8RA 4FJ5A 4Z4IA 4OVLA 3PY8A 1VSKA 3K5OA 3RMDA 2VWKA 3SPZA 2XRIA 5FROA 2P5GA 1WSHA 2KFZA 3SUNA 3DI6A 3OYDA 4FJHA 4KTQA 4E7KA 1BIZA 4OKKA 4FJXA 3L3UA 2DY4A 2D5RA 3AO1A 1NK8A 2BGGA 2KTQA 4BWJA 3F9KA 1J54A 1G15A 3DLBA 4RW9A 4FVMA 3K5LA 4B9MA 3PX6A 2XO7A 2A1RA 4OGEA 5C42A 4N47A 1HMVA 3HPOA 4AHTA 5HRSA 1EETA 2PZSA 3NBPA 1RT6A 2WONA 3THVA 1RNHA 4W5OA 3VQBA 4DS5A 3IS9A 1FKPA 2F96A 2YNFA 3NF8A 4OKJA 5SZTA 3LZJA 4BWMA 3PO5A 4DTSA 1RCHA 4CF0A 3ZSVA 1T05A 1IKYA 3HK2A 2OA8A 4FJ7A 4CIEA 3C6TA 1VSHA 3ISNC 1S6PA 4CK1A 3V9ZA 1N6QA 2KZZA 3S9HA 3EZ5A 4FK2A 3L2UA 3V1OA 4PWDA 2E6MA 1CLQA 4R5PA 1EP4A 4LSLA 4AHRA 3M8RA 1XHXA 1C1CA 4CJWA 3NAEA 1NK4A 3QESA 1U04A 1C1BA 1C1AA 4YNQA 4FLVA 1U49A 3AVCA 3ZSZA 3V6DA 3KLEA 4N76A 3SPYA 4W5NA 1BI4A 1KLMA 2X6SA 2YNHA 4CF1A 3NH2A 4DTPA 3U3GA 1QHTA 2R7YA 2HVIA 4OLAA 3WNEA 3SUPA 1S1XA 4FJGA 4FCYA 2Z1GA 4DG1A 4I2PA 2PYLA 1TK5A 2Z1HA 4JLHA 1NOZA 3HL8A 1GOAA 1YTAA 4HUFA 2RPIA 2XY5A 3MXMA 4AILC 1LAVA 1RT4A 1UWBA 3TAMA 3D45A 1QSSA 3OY9A 3CM5A 2ZQBA 3AO2A 3SCXA 3LAKA 3HJFA 2HHWA 2ATQA 3EY1A 4M45A 3NE6A 1R0AA 3K5MA 1RBRA 3MAQA 1KVAA 4DS4A 4CEZA 2G8IA 3SV3A 4B9NA 3KIOA 4C8NA 4DTRA 3LZIA 1S9GA 4B9UA 1N5YA 3VQPA 3I0SA 1Q9YA 4C8KA 4FJNA 4N56A 3VQAA 3TAQA 4ELUA 2HNYA 3LP0A 1RTDA 2Z1IA 1GOCA 3WNGA 1UA1A 1T8EA 5CYMA 4FLYA 1BGXT 5HROA 2OYQA 4CHNA 4CHYA 5JS1A 1RT7A 4DFMA 4E89A 3OYBA 3JSMA 2B6AA 3RRHA 1TK8A 2F8SA 4O0JA 1L3SA 4ICLA 5KGWA 3JYTA 4HCBA 1UA0A 2GV9A 3RR7A 4IKFA 1YTUA 5E41A 4E7LA 2Z1JA 2OPSA 3OYAA 3L2RA 1IKWA 3NF7A 1NK5A 3PV8A 2OZSA 4ZTJA 5I42A 1XHZA 4ELTA 1F21A 1S1UA 1DTQA 1DLOA 1RBTA 1WNSA 5T7BA 4BE0A 4M42A 3TAFA 3V9WA 3V9UA 1KCFA 3U3YA 5HBMA 1NKCA 3OYLA 1VSIA 2P51A 4KTWA 3SQ2A 4CFCA 3QEPA 4CHQA 3AVMA 2QK9A 4CJ3A 3L2QA 3VQ4A 3OYJA 4DQRA 3K58A 2QKBA 3HP9A 3QIPA 3L8BA 3ZT0A 4C8LA 2G8UA 1HQUA 2DFFA 3AVBA 1LWEA 2KQ2A 3ZSOA 4B9SA 4RW7A 1ZBIA 1RT5A 2RN2A 4FLXA 1NJYA 4C8OA 4IBNA 2IOCA 4CEDA 2ZE2A 1B9FA 4B8AB 2NUBA 2HHQA 3OJUA 2W42A 2ZD1A 5FDLA 4FLUA 4J2EA 3VQ5A 3HP6A 2YNGA 1JLGA 4IDKA 1EX4A 1S6QA 4Z4CA 3S3NA 1VSDA 1YT3A 1JXBA 1QE1A 2FBYA 3M8PA 4CEEA 4M3YA 3QINA 4AHCA 5DK5A 3OYHA 4CIFA 1QTMA 1B92A 2XY7A 2Y1IA 4B9LA 3PUFA 4I9QA 3OJSA 4TSXA 1SL0A 5CY4A 4QAGA 4E3SA 4CGHA 2KFNA 3KD1E 1U45A 1RDCA 3MEGA 3TARA 2DTUA 1NK9A 4BDYA 4CFBA 3UIQA 1LWCA 2G8FA 1JKHA 3VN5A 1D9FA 1RTJA 5CZ2A 2G8VA 2HHXA 2E6LA 4FM0A 3ZSXA 4CEQA 1RBUA 3AVNA 3KKRA 5FRMA 3KLHA 1HRHA 3FFIA 3AO3A 3T19A 4XIUA 2DFHA 3LDSA 1I39A 3LPUA 3OVNA 3MEEA 4HVJA 1MU2A 4M41A 5DMRA 4AHVA 3M8SA 3EYZA 1CZ9A 1TL1A 1RTHA 4GW6A 3OYMA 4OLBA 3DRRA 4H4OA 1S1WA 4CFAA 5KTQA 4OJRA 4F3OA 4KHNA 1K6YA 2E4LA 3NGYA 4PA1A 4CEAA 4Q5VA 3QEXA 3KK1A 1HNVA 3SUQA 1LV5A 4IFYA 4PUOA 3DLRA 2VG5A 4M3XA 3SUOA 3D0PA 1JLBA 3ZT2A 3RMBA 4F4KA 4DFJA 1W0HA 2XY6A 1I3AA 2D0BA 1A5WA 1SUQA 3AVAA 3TWHA 4FM2A 3TANA 4FZXC 3AVJA 1JLFA 1BHLA 4B3OA 4KRFA 1JLCA 4NCGA 1C6VA 1U47A 1O1WA 3IG1A 3OS1A 1TVRA 1BCMA 4ID1A 4DQSA 1FXXA 3PX4A 4DTXA 1HPZA 5HLFA 4M3RA 3IRXA 3QO9A 1S1TA 4N41A 4IG0A 3AA4A 3V4IA 1RILA 3OYGA 3QIOA 2O4IA 3O4NA 3QEVA 1ZBHA 4DTUA 3ZSWA 3I8DA 4DSFA 3KKSA 3LP3A 4ZHRA 1B9DA 4FLZA 4HUGA 3VA0A 3QEIA 3U6FA 3ASMA 4Z4HA 3TI0A 3AVFA 1TK0A 4MQ3A 3OYCA 1NK0A 2HHUA 3S3OA 2IC3A 4KO0A 5HRNA 4O5BA 3K57A 2QXFA 4FJLA 1WSGA 3CFOA 4N5SA 4DF4A 4KI6A 3V9XA 1RDDA 4DTOA 4IG3A 3TAPA 3LP1A 4CJUA 5KRSA 3CQ8A 4E7HA 1QSYA 4KHYA 2IDOA 5HRPA 4JS4A 1Q8IA 4DU1A 4DTJA 1TV6A 3NHGA 1JLEA 5CZ1A 3DLHA 4Z4FA 3NDKA 1BI4B 1VSEA 4KTZA 1XWLA 3A2FA 1W9HA 3VQ6A 4NCAA 4KAZA 1GOBA 1BQMA 5HRRA 1ZBFA 2VG6A 3AVKA 1RBVA 4O55A 4CGFA 4CK2A 4CJRA 4JS5A 3RTVA 3MXIA 4NYNA 4Q0BA 1TL3A 4H4MA 3VQDA 3CFRA 4EP5A 4FW1A 3V9SA 4B9TA 3SJJA 3P5JA 4C8MA 1ASWA 3RMAA 1NK6A 3SNNA 1ZBLA 4DLEA 3AVLA 3OYFA 3F73A 1SKWA 2Y1JA 1L3TA 4GVMA 1KVBA 2HNDA 5C25A 1RDAA 4M3TA 1IKVA 1QS4A 3DRSA 2ITGA 4FJJA 2FBXA 4CECA 3LP2A 4CF2A 4B9VA 3BDPA 4QCLA 4CFDA 3NH1A 4CEOA 4HHTA 1KFDA 3DM2A 1RTIA 1WAFA 4OGCA 1NJXA 3NGZA 4CGDA 2D0AA 1LAWA 1IH7A 4DLGA 3OYKA 2YKMA 4ID5A 4HUEA 3AA2A 4KFBA 1U48A 2QKKA 2HW3A 3KLIA 5KGXA 1KFSA 3QLHA 3NCIA 1TAQA 3VQ7A 4DMNA 1S1VA 4BACA 2WOMA 5CYQA 1ASUA 2G8KA 4M3UA 4PY5A 2I5JA 1IO2A 1L3UA 3ULDA 1SL1A 4CJ5A 1Q9XA 3L3VA 2G8HA 2KW4A 4F2SA 4AHUA 1NJZA 1BCOA 2LSNA 3LALA 1HJRA 5C24A 3KLFA 3LWMA 1TKDA 1WSEA 3DLGA 4FJIA 3VQCA 3VA3A 3AV9A 3PX0A 1RT3A 1JL1A 1IKXA 4DSIA 1X9MA 1WAJA 2EHGA 3WNHA 3KK3A 4DWIA 2D0CA 3OYIA 3RRGA 4EZ6A 1Y97A 1LW2A 2IGIA 2O4GA 3AVHA 3I0RA 4E1MA 5KI6A 5J2MA 4KB1A 2IS3A 2YNIA 3ALYA 1LWFA 3KK2A 1JLAA 1SKSA 1C0TA 2B4JA 1A5VA 4NYFA 4DQIA 2X74A 3AO4A 4FLTA 1SKRA 2VWJA 2YHBA 1BQNA 3LWLA 3HVRA 4CK3A 4CEBA 4CGJA 1TAUA 1WSJA 3L2WA 5KRTA 4O0IA 1VRUA 4IFVA 1TKXA 1RDBA 2OPPA 1FK9A 1UOCA 2FBVA 2JGUA 4WE1A 4CJLA 1X1PA 2RF2A 2P5OA 3TAGA 3SQ0A 4K8ZA 4DTNA 2HHSA 1C0MA 1VSMA 2OPQA 4M3WA 4AHSA 4FK0A 3SV4A 2EX3A 4FXDA 1TKTA 4I2QA 3CFPA 1WN7A 4E19A 3O3GA 4J2BA 1VSLA 1ITGA 1X9WA 2BE2A 4KI4A 4MFBA 1HYSA 4JRQA 1NKBA 4KPYA 2HNZA 3KTQA 1KSPA 4DFPA 4E7IA 2YKNA 5J2PA 1C0UA 2HB5A 2GUIA 1KTQA 3KD5E 4W5TA 3C95A 1ASVA 4BDPA 1Z26A 3OS0A 3MEDA 2BANA 3K5NA 2HHTA 3V1RA 1LW0A 3B6PA 1CXQA 3AO5A 3SI6A 3AA3A 3C94A 3OYEA 3HXMA 3RWUA 5D3GA 1XI1A 4Y1DA 4CJKA 3VQ8A 4FLWA 4DTMA 3RR8A 1J53A 3DYAA 4CERA 2XY8A 4OKEA 3CM6A 4CGIA 4B8CA 3ZT3A 1HYVA 3TR8A 4LSNA 2IAJA 5J1EA 1JXEA 4CHZA 4G1QA 1J5OA 4GMJB 1VK0A 3DRPA 4CJEA 3QETA 1KRPA 3SQ4A 3DOLA 1D9DA 3K2PA 1BIUA 1IG9A 3L2VA 1T7PA 2HHVA 3ZT4A 2HMIA 3QERA 4DSEA 4ELVA 5K14A 1KVCA 3NF9A 3HYFA 1L3VA 2F8TA 4QOZB 3C6UA 1Z25A 3QNOA 4O44A 1EKEA 4HTUA 3MECA 3MXJA 4FW2A 4O4GA 4Z0UA 1CZBA 3AVGA 5EU7A 4H8KA 3ZSYA 3RMCA 1NK7A 4KB0A 4K8XA 5SWMA 4B08A 1VRTA 3HM9A 4Y1CA 4E1NA 3TAEA 1A5XA 4UQGA 3ZT1A 1UAXA 3QNNA 1KLNA 1RBSA 4EZ9A 1WLJA 2G8WA 4FJKA 2Q3SA 1DTTA 4LD0A 4KHSA 2PYJA 3KJVA 3O3HA 1JLQA 4DSKA 3DLEA 1X9SA 4CJFA 2GBZA 5J2QA 4DF8A 2X78A 1BL3A 4EP4A 4DFKA 2HVHA 4RW4A 4CF9A 1D8YA 4KHQA 1ZYQA 3ZSRA 4YFUA 4RG8A 1U4BA 2AJQA 4RW8A 3KLGA 4KHUA 4ZTFA 1ZBUA 3TABA 4Z4GA 4CJVA 4W5RA 4PQUA 3M8QA 3G0ZA 4NCBA 4OPJA 3PO4A 4AH9A 4FJ8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IDHA 1S3XA 1NOYA 3QEWA 4FM1A 4OPKA 4RW6A 4QS9A 3E01A 4FZYA 2KLAA 3S41A 3O9QA 4CJ4A 3DLKA 3OYNA 3SZ2A 5FRNA 2YHAA 4I9LA 3VQQA 1IG8A 2E1YA 1XMQK 4DQQA 1J9AA 1TKZA 2ZM6K 2ETJA 3R9PA 5JICA 3KHYA 3CCMN 4DU3A 4FWKA 4M3ZA 3ZSQA 1VSJA 3VF2A 3OS2A 2Q1NA 1S5JA 2P9IB 3CJCA 3ENOA 3UB5A 3BGRA 4BDZA 4CGGA 1YXQA 2PBDA 1XC9A 3H08A 4PKHA 3CHWA 3NFAA 4KV8A 4CCHA 5AQGA 1BO5O 2FC0A 3HI0A 1TGOA 2CH5A 4CJSA 2FXUA 1MWMA 3ZX0A 2CGLA 4CJ7A 3ZETA 5GIPA 5AZIB 5AQJA 2Q2RA 2XHBA 3G10A 4JKCA 4E1JA 2P5GA 2H3GX 3RMDA 4F2RA 2XRIA 1QVFM 4ILHA 2KFZA 3CPWM 3SJHA 4FJHA 4KTQA 2Q97A 5LY3A 1BIZA 4OKKA 1ILYA 2KTQA 4BWJA 1G15A 4RW9A 3UKRB 3EKSA 3CCSN 2RE2A 5AZJA 3A8YA 2ITMA 4UY8O 3THWA 4NO7A 4MLHA 3R1XA 4W5OA 4H0YB 5AQFA 2AA4A 3U9ZA 2YNFA 5EX5A 3LZJA 3ZSVA 4GVEA 3V9ZA 1VSHA 3ISNC 3T1HK 4CK1A 1K73O 4FK2A 3EZ5A 3THXA 3V1OA 1WBBA 2E6MA 3T7ZA 1CLQA 4LSLA 4BRQA 2UUBK 3QESA 1U04A 1C1BA 5FPNA 1HR0K 2NZTA 3O6WA 1JCEA 2A6AA 3AVCA 3ZSZA 1U49A 5AQZA 2X6SA 1KLMA 4CF1A 4DTPA 3U3GA 2R7YA 2EWSA 3CXCM 1GLEG 2Z1GA 2WBNA 3MX2A 2PYLA 1TKDA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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