3AVNA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 52
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avnA00
1JXBA 1LV5A 5FRNA 3V9SA 4Z4IA 2X78A 1S5JA 1SL2A 3JYTA 1IKXA 4N56A 3I0RA 5KRSA 1DTTA 2R7YA 1VSMA 1EX4A 1JL2A 1HPZA 4LSNA 1BQNA 3C6UA 4CFCA 5SWMA 3MXIA 3OYEA 1LAWA 3G0ZA 4ID1A 2VWJA 3LAMA 3QIPA 3AVBA 2P51A 3MXJA 3M8PA 1QTMA 2G8HA 1HJRA 4B9MA 3EY1A 3QLHA 4JRPA 1RNHA 3V1OA 4IG0A 4W5RA 1VSEA 3NDKA 3F9KA 4DSFA 2PYJA 1TGOA 4IFVA 1F21A 3D45A 3OS2A 1Q9YA 4Z4GA 5C25A 4CEDA 4E3SA 3HJFA 1NKCA 1NJWA 3L2QA 4CJRA 2YNIA 5HRSA 3OJUA 1TK5A 2HHXA 1LAVA 2GUIA 4E7IA 4O44A 5DK5A 4G1QA 1RT3A 3OYGA 2FBYA 3HM9A 3PY8A 3RMDA 1GOBA 1X9SA 4LSLA 1KSPA 5D3GA 4WE1A 3OYHA 3G10A 3KIOA 2X6SA 2P5OA 3AVAA 1G15A 3DYAA 1QE1A 3SJJA 4N41A 2Z1GA 2HHUA 3DRPA 3IRXA 1B9FA 1O1WA 1J5OA 3QETA 3L2WA 1TL3A 1SL1A 3LP0A 5HBMA 4AHVA 4CFBA 1VSHA 1FK9A 3L2UA 4DQRA 3NF8A 3AVGA 5CY4A 1NJYA 3KD1E 3S3OA 3K58A 3OYJA 2WONA 4DQQA 1N5YA 1QQCA 1RT4A 4HVJA 1ZBUA 4OJRA 4W5QA 3S9HA 2DY4A 4N47A 3F73A 4CECA 1UOCA 1RTDA 3K57A 5CYMA 1J54A 4ICLA 2G8WA 1BGXT 2X74A 4CERA 1IO2A 3AV9A 3DLBA 4QCLA 1S1TA 3VA3A 1U47A 3MEGA 3RWUA 1ASUA 4FJ5A 1B92A 4F2SA 5CZ2A 4K8ZA 4F8RA 2FBTA 3E01A 2EX3A 4OGCA 4CE9A 3ZT3A 4KHWA 4Z4FA 2HB5A 3CFRA 3U3YA 1WSFA 4BDZA 4ZTFA 3TANA 4ID5A 2E4LA 2YHBA 2O4GA 1RT2A 4CJUA 3V9WA 4FJXA 3QESA 1SKSA 4ZHRA 3PX0A 1NK7A 4W5OA 2HNDA 3I8DA 2JLEA 1ITGA 4RW7A 1VK0A 3NF6A 4DMNA 4PA1A 4E1NA 4JS4A 3V81A 1L3TA 1KFDA 1KVAA 4FW2A 3SUNA 1KCFA 2VG7A 3B6PA 3NH0A 4W5TA 4DF4A 4RW9A 4AILC 1RT6A 1RDAA 2KTQA 3OYNA 3UIQA 4NCAA 3HYFA 3P5JA 3TAMA 2IAJA 3VQDA 3RTVA 1C0TA 2F96A 3JSMA 4B3OA 1C1BA 4CEOA 3VQEA 1TK0A 4KB1A 1RT7A 1VSFA 2F8SA 2IGIA 1HYVA 2OPRA 4HCCA 2XY6A 5KI6A 1X1PA 4OPKA 1I39A 3ZT4A 1KFSA 5I3UA 1UWBA 2Z1IA 1UA0A 1S1UA 4LH5A 1ZBFA 3AA2A 3SUOA 2FBXA 1JLCA 4DTPA 4KV8A 3QERA 4CF9A 4B9SA 4E0DA 4M41A 3KLHA 4BACA 4ZTJA 4DSJA 3NHGA 4BDYA 3DOLA 4I2QA 2Z1HA 3LWMA 3MECA 1XC9A 1WAFA 2E6LA 4C8MA 2HW3A 3PX4A 2ITGA 1RBVA 4IFYA 2A1RA 2IC3A 4CK2A 1VSIA 3QEIA 3MXMA 3VQAA 4I7FA 1XI1A 2YNHA 3DRSA 2G8UA 1HQUA 3KTQA 4FJGA 3AVCA 3NFAA 3L3VA 4KHQA 1NJXA 3SV3A 1U49A 2D0BA 1Q9XA 5K14A 4CEBA 5J1EA 5C24A 4CHNA 1WSEA 3V1QA 4KREA 3OYCA 3M8QA 3AO4A 4I2PA 2Y1IA 3AO2A 3CM5A 3V9UA 1NKEA 4FJJA 3VQ7A 5JS1A 3ZT0A 3KKRA 3KJVA 3AVFA 1XHXA 4Y1DA 4M3XA 4NYNA 4RW6A 1TK8A 2HMIA 1C1AA 5J2QA 1SUQA 5HRNA 3O3FA 3LALA 1SKWA 3ZCMA 4DTSA 2HVIA 3AO1A 3ZSQA 5HLFA 4RW8A 1TKTA 4DTMA 1WLJA 2D0CA 3OS0A 4CGIA 4KHUA 5J2NA 2HVHA 3O3GA 4CJFA 4O0IA 1NOYA 4FZYA 3HK2A 4KRFA 1NOZA 1T05A 1JLEA 4NCGA 3ZSZA 3OYAA 3V9XA 1BCMA 2HNYA 1L5UA 1A5XA 3C95A 4FJMA 4DTOA 5I42A 3I0SA 3DLEA 5HROA 4CGFA 1QSYA 1DTQA 4FLVA 4FK0A 3RRHA 4Q5VA 1BISA 4CEQA 1SV5A 3KKSA 1RDCA 4HHTA 4CHOA 3NGZA 4IBNA 2HHWA 4M3ZA 1TV6A 1GOAA 3NH1A 2GBZA 2B4JA 1CZBA 2YKNA 1S9EA 4E89A 2IS3A 4I9QA 1A5VA 2JGUA 4FXDA 3ZSYA 1RCHA 4FM2A 3ASMA 3HL8A 3MAQA 2ETJA 3BGRA 4B8AB 4I9LA 1KVCA 3OYKA 4FLYA 3CFPA 1CZ9A 1DLOA 2XY5A 1NK6A 3RRGA 4LD0A 4CGDA 2VWKA 4M45A 1L3SA 4CIEA 1YTUA 4CF2A 5HRRA 1SKRA 3PX6A 5KGWA 3OYFA 5CYQA 4RG8A 3NBPA 2D5RA 4DTRA 3HP6A 3AVMA 4DSKA 1GOCA 4PQUA 3SUQA 3HP9A 5FROA 2RN2A 4DF8A 4FLXA 1Z25A 4J2EA 3CQ8A 5FDLA 2G8IA 1REVA 3SYZA 5CZ1A 2XO7A 1CXUA 4DTXA 4DFJA 4DFPA 1S9GA 1A5WA 3ZSOA 2W42A 1NK5A 2DFHA 5J2PA 3AVKA 3QNOA 3NCIA 2IOCA 1KVBA 5HP1A 4ELTA 4KI6A 3SZ2A 4JLHA 1J53A 3TAQA 2OPSA 3CM6A 1C0MA 1EKEA 4CF8A 4GW6A 1LW0A 4YNQA 2IDOA 3LP2A 4DG1A 3SPZA 1K6YA 1RILA 1LW2A 3OYIA 4KTQA 5EU7A 3L3UA 1JKHA 1JXEA 3OYMA 3KLGA 3U6FA 1R0AA 1YVUA 1SL0A 3SPYA 4DSEA 1EP4A 1XWLA 2ZE2A 3LDSA 1WAJA 3HSTB 2RF2A 2YV0X 1JLGA 5FRMA 3T1AA 3S3MA 2XY7A 1TKZA 3CYMA 3MEDA 4GVMA 4OPJA 4H8KA 1WSJA 1I3AA 4Z4HA 3PO4A 2KZMA 1NK0A 1RT1A 1RTHA 2KW4A 1VSDA 4OKJA 3ULDA 3AVNA 3WNEA 2WOMA 4CHPA 2QK9A 1LWCA 1J9AA 4CJEA 2Y1JA 1X9WA 4DU3A 1U45A 4BDPA 1RBRA 4CK1A 3OYBA 3HVRA 3RR7A 4FM1A 1ASVA 3MEEA 3HVTA 3QEVA 1HNIA 4FM0A 1UA1A 4KTZA 1JL1A 3O4QA 4Z4EA 3VQ5A 3V6DA 3O3HA 1BI4A 4CEFA 1N6QA 3B6OA 3ZSXA 4B9TA 1U48A 4CF0A 2G8FA 5T7BA 4DQPA 4K8XA 4M42A 4CGHA 2KQ2A 4CF1A 2PY5A 4B9UA 4FW1A 4OLBA 1IKWA 4DTUA 4NCBA 2YNGA 1LWFA 1RDBA 2Q3SA 1VSJA 3RMAA 2HHTA 4FZXC 5HRPA 4CCHA 1S1XA 1U4BA 4OGEA 1T8EA 1QSSA 1TKDA 4M3WA 4KKOA 3SNNA 4F3TA 1HYZA 4CHZA 1D9DA 4KB0A 2FC0A 4F2RA 1HNVA 4JRQA 4BWJA 2BE2A 5E41A 3M8SA 4Q0BA 1CLQA 1RBUA 3ALYA 2VG6A 3NF7A 3NF9A 4FJKA 3LP1A 1ZBLA 1T7PA 1ZBHA 4LY7A 4B9LA 3SQ1A 3FFIA 1JLQA 4JS5A 4CEZA 4Z4CA 4TSXA 3U3GA 4E7KA 3V9ZA 3WNGA 3OYDA 1T03A 3PO5A 3K59A 4CJKA 3OVNA 3K5NA 3C94A 4FJLA 1WNSA 2DFFA 2PYLA 4DQIA 4O55A 3KK3A 3QO9A 3LZIA 4F4KA 3OY9A 2RPIA 2NUBA 2BANA 1D8YA 4FJHA 1BI4B 4O4GA 3VQPA 3H08A 1WSIA 2PZSA 2FBVA 3TABA 1IH7A 1IG9A 2KFNA 4DU4A 4CFAA 4MFBA 3TAFA 4AHTA 3P83D 4HUGA 1L3VA 5JS2A 3NGIA 5J2MA 4HUEA 3LP3A 2OZSA 3AVLA 3ZT2A 1TAUA 3SUPA 1YTAA 4FYDA 1HQEA 3VQ9A 4M3YA 2QXFA 3HXMA 1ZBIA 3QEPA 4O5BA 1WN7A 2ZD1A 3VA0A 5KTQA 2AJQA 4B9NA 1NK9A 4Y1CA 1RT5A 3TAEA 2OPQA 1NK8A 3RMCA 2B5JA 3RMBA 2F8TA 2E6MA 4OKEA 3K2PA 3K5OA 3SQ0A 3L2RA 3K5MA 4OVLA 3AA3A 4FLUA 2B6AA 3TARA 4CJSA 4DTNA 3NH2A 4M3UA 2A1SA 4DWIA 4DU1A 3DOKA 4H4MA 3LZJA 2P5GA 1TL1A 1Z26A 4XIUA 3QEWA 3LAKA 4CHQA 1WSHA 3V1RA 2HHSA 4F3OA 2O4IA 1BQMA 3PUFA 2YKMA 1QHTA 1HRHA 3HPOA 1C0UA 3KK1A 4FCYA 4DSIA 2BDPA 5KRTA 4CIFA 2KZZA 3AVIA 4DQSA 3RR8A 4FJNA 1XHZA 4CJLA 4CK3A 4KFBA 4KPYA 4R5PA 4QOZB 2BGGA 1TVRA 1WSGA 3VQ4A 1BL3A 3L8BA 3T3FA 1FXXA 1TKXA 3DLRA 3ZSVA 3DLHA 4FJIA 4IKFA 4KHNA 4E1MA 3HO1A 4EP5A 3VQ8A 3CFOA 3SV4A 3LPUA 4CGJA 3SQ2A 4BWMA 4AHUA 4M3RA 3K5LA 1S6QA 3AO3A 4DS5A 1C6VA 3PV8A 4C8OA 3AA5X 1W0HA 2DTUA 3VQCA 4PUOA 1IKYA 3L2VA 4FK2A 2XY8A 4BE2A 3M8RA 4PY5A 3AVJA 3VN5A 1LWEA 3O4NA 4GMJB 1Q8IA 4KHYA 2D0AA 3KD5E 1S1WA 3P1GA 3KLEA 1NJZA 4M3TA 4MQ3A 1RTJA 2LSNA 4FJ8A 2HNZA 2OPPA 1X9MA 1NK4A 1L3UA 3IS9A 4EZ6A 4QAGA 2Z1JA 4C8LA 4CGGA 3IAYA 1HYSA 3TR8A 4FK4A 4FJ9A 4NYFA 4Z0UA 3LPTA 3AO5A 4EP4A 3EZ5A 3DMJA 2XRIA 5C42A 4FLZA 4DSLA 4J2DA 4O0JA 2G8KA 1D9FA 3TAPA 3KK2A 2GV9A 4CIGA 3HPGA 4CJ4A 4CJTA 3ITHA 2XHBA 4CJPA 3ISNC 3ZSWA 1BHLA 4CJ5A 2G8VA 4E19A 1RTIA 3TI0A 4CEAA 1FKOA 4YFUA 4CFDA 4DFKA 1EXQA 3NGYA 1D5AA 3HPHA 4BE0A 4E7JA 4L8RB 5SZTA 3KLIA 3D0PA 3VQBA 3LANA 3NAEA 2HHQA 3DM2A 4KTWA 1RBTA 3DLGA 4IDKA 1MU2A 3TAGA 4CJVA 2QKBA 4FLTA 2ATQA 4AHRA 1ASWA 3SI6A 4E7HA 3DLKA 1ZYQA 2OA8A 4RW4A 4C8KA 1KLMA 3WNFA 3WNHA 3AA4A 1S6PA 1VSLA 4B08A 3HT3A 4W5NA 4CJ3A 1KLNA 4AH9A 4B8CA 3CG7A 4HTUA 1FKPA 1NKBA 1U04A 3T19A 3VQQA 3S3NA 4AHSA 4DS4A 3NE6A 5KGXA 4CESA 4EZ9A 1VSKA 3ZSRA 4FLWA 4DFMA 4CHYA 4ELUA 4BE1A 3LWLA 1C1CA 1EETA 4CJWA 4CJQA 1IKVA 3AVHA 4KO0A 2EHGA 3VQ6A 2VG5A 1UAXA 2X6NA 3DI6A 3EYZA 3DRRA 1HMVA 4ELVA 2RKIA 4DLGA 4OKKA 5DMRA 1JLAA 4KHSA 3THVA 4N5SA 4J2BA 4UQGA 3BDPA 1JLBA 3OJSA 1RDDA 3V4IA 4LH4A 4E7LA 4HCBA 1YT3A 4OLAA 1W9HA 1CXQA 2I5JA 2YNFA 1QSLA 2QKKA 3OS1A 3C6TA 4HUFA 4H4OA 4CEEA 4DLEA 2YHAA 2KFZA 1QS4A 3TWHA 3QNNA 4KI4A 4C8NA 4IG3A 3SQ4A 2OZMA 3QINA 4FVMA 1KRPA 4KAZA 4FJ7A 2ZQBA 4AHCA 2P1JA 4B9VA 4J2AA 1BIUA 2OYQA 3QIOA 4FZZA 3A2FA 3SCXA 4PWDA 2DFEA 1S1VA 4N76A 1JLFA 1Y97A 3OYLA 1RBSA 3IG1A 4DTJA 1VRTA 2HHVA 1B9DA 3ZT1A 1BIZA 1KTQA 3KLFA 1BCOA 1VRUA 3QEXA 1TAQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QZ5A 2X78A 1S5JA 3JYTA 2AP1A 1VSMA 1EX4A 1JL2A 3C6UA 3P39A 4WF9L 3AVBA 3M8PA 2D0PA 1QTMA 3MN5A 4DR6K 3D7EO 1RNHA 2D0OA 3EO3A 2GWJA 3CF5L 4B3SK 4IFVA 1Q9YA 4Z4GA 4CEDA 3K9JA 3MWTA 3THYB 4CJRA 3OJUA 5HRSA 4M7YA 1TK5A 2GUIA 1VQ6N 4E7IA 4G1QA 5EVZA 2A5XA 3PY8A 2QWPA 2NLXA 4BRDA 3L4IA 1KSPA 3DYAA 4N41A 3KVGA 2Z1GA 3DRPA 3PSIA 3L2WA 4CFBA 5HBMA 2E5LK 2YI1A 3AGRA 1NGHA 1NJYA 3C6HA 1RT4A 4K25A 1Z6RA 4OJRA 4UY8O 4W5QA 3S9HA 2DY4A 3O4WA 1UOCA 4BC2A 1BGXT 4CZLA 3MEGA 3RWUA 1ASUA 4XEIA 5AQMA 4F2SA 2P9LA 3EKSA 5CZ2A 1XNRK 3FZLA 3U3YA 1HNZK 1WSFA 4ZTFA 4DKWA 3THWB 4BGAA 4H5TA 2FSKA 4ZHRA 1NK7A 3NMUA 4KI6A 3I8DA 4E1NA 4JS4A 1JCEA 3V81A 1KVAA 3A8YA 3WEEB 4DF4A 1GLCG 4RW9A 1RT6A 4AILC 3NVMA 3OYNA 3VQDA 1V4TA 1DGKN 5BRFA 5CHIA 3JSMA 2I7NA 1HJOA 4BROA 4CEOA 1RT7A 1W97L 2F9TA 2OPRA 3IUCA 2XY6A 2VQFK 3VMFB 1UWBA 4A61A 4IZ9A 2YJEA 3AA2A 3QERA 3CC7N 4EAHD 3KLHA 4ZTJA 2JWKA 3DOLA 2VWBA 5FPEA 1MWKA 3PX4A 4IFYA 4CI6A 2HF3A 3ZETA 1XI1A 4DHYA 2G8UA 3A0IX 4MO4A 3ZEUB 4M63C 2GX9A 3VF6A 5CE3A 4YOYA 1U49A 4CEBA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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