3B6OA

Structure of trex1 in complex with a nucleotide and an inhibitor ion (lithium)
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
226
structure length
217
Chain Sequence
GHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQAKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural and biochemical studies of TREX1 inhibition by metals. Identification of a new active histidine conserved in DEDDh exonucleases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Three prime repair exonuclease 1
molecule tags Hydrolase
source organism Mus musculus
total genus 75
structure length 217
sequence length 226
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2007-10-29
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3b6oA01
4CJWA 2DFHA 1SUQA 1JXEA 4E7IA 1NK5A 4GW6A 4PA1A 1VK0A 2A1SA 1RDAA 4AHVA 3PV8A 3NF7A 2YNFA 1B92A 3ZT1A 3OJUA 4DS5A 2Z1IA 3ZSRA 4FJ5A 2VG5A 1NK4A 3QERA 1VSMA 1S1UA 3WNEA 3TANA 4DTPA 4DFPA 1RBSA 3V1OA 1RTDA 4CGHA 4FK2A 5SWMA 3OY9A 3NCIA 1VSFA 1RT4A 1LW0A 2KQ2A 4O0JA 3AA3A 4CJVA 2PYJA 3KLIA 4AH9A 4M3RA 4IDKA 4CHYA 1NJZA 1NJWA 3RRGA 4FZYA 3S3MA 4DSLA 1J53A 3OVNA 3IRXA 3CQ8A 4DTUA 1LWEA 3TR8A 2G8FA 2OZMA 3IAYA 4IFYA 4B9LA 4L8RB 3I0RA 3T3FA 2HW3A 3I0SA 1RT1A 3QETA 4KHNA 2IS3A 2HHSA 1VSJA 3JYTA 4J2BA 4DTSA 4FJGA 1ASWA 3MECA 4E0DA 5C24A 3MAQA 2JGUA 3VQ9A 3TWHA 1T7PA 4CEEA 4CJPA 4DQRA 2HHXA 2G8VA 3QLHA 2AJQA 3CFPA 2VWKA 4RG8A 4CF2A 4ICLA 2ZQBA 3F73A 2O4IA 2IOCA 1C6VA 2IC3A 3HL8A 4BDYA 3HVTA 1KSPA 3OYLA 4CFAA 3QNNA 2X6SA 1U4BA 3LWLA 4BWJA 4CJFA 3HK2A 3LPTA 3SV3A 1TKTA 1F21A 2XO7A 3V4IA 3LP2A 1HYZA 1Q8IA 3SUPA 1QS4A 4DLGA 3RMAA 5HRRA 2QKBA 1RTHA 4F2RA 2IDOA 1J54A 1TK8A 4CFBA 4G1QA 4FLZA 4FJJA 4O5BA 4E7KA 1BHLA 4F2SA 3OYGA 4PWDA 5CYQA 3AVLA 1RBRA 1WN7A 5KRTA 2XY7A 1WSFA 4IFVA 3M8RA 3DMJA 3AVFA 4CGFA 3NGZA 1J5OA 4CK2A 4DSIA 1C0UA 3DLRA 2F8SA 3ZT4A 3L2QA 4B9NA 2GUIA 4CJQA 3ZSQA 4FJIA 1O1WA 4EP4A 1HQUA 5T7BA 2KZMA 4ZHRA 2DFFA 3EYZA 4H8KA 3DLBA 5D3GA 1YT3A 1S1XA 3D0PA 4JLHA 4RW6A 1S5JA 1NOZA 1NK7A 3VQ5A 4J2EA 3ZSYA 4DLEA 4OLBA 3ZT2A 3NE6A 3HSTB 4RW7A 5C25A 4CJKA 3ZCMA 3SJJA 1XI1A 3DLKA 4ID5A 3RMDA 3LANA 1VSKA 4I2PA 4CGIA 4I7FA 3SCXA 1C1BA 2XRIA 2EHGA 1VSDA 1TKXA 3CFOA 4GMJB 4DTJA 2PYLA 2RF2A 3OYMA 3SPZA 2PY5A 4C8KA 1A5XA 1KCFA 4ZTJA 4BDZA 1JLEA 3VA3A 5HLFA 1NK0A 2ITGA 3DYAA 2P51A 4CGJA 4HHTA 2Z1JA 4N5SA 3NAEA 4KHYA 1G15A 3U3GA 4DTRA 4C8NA 3S3OA 2QKKA 1LW2A 2FBTA 3A2FA 3DM2A 1KFSA 2PZSA 2YNGA 5KTQA 1Q9YA 1DLOA 4AHCA 3RWUA 5FRNA 4CEFA 5J2QA 4KHWA 1GOBA 1JLGA 3AVGA 2DY4A 3DRSA 3V81A 2ETJA 4M3TA 3ITHA 1HPZA 3OYNA 4H4OA 1NJXA 1RTIA 2ZD1A 3AA4A 3NDKA 3TAMA 3QEVA 3MXIA 4OGEA 3AO1A 1XHZA 1X9SA 1WAFA 1X9MA 1L5UA 2XY6A 3AVJA 3C95A 3THVA 4CHZA 3OYFA 1VSIA 4KKOA 1C1AA 3ZT0A 3QNOA 2P5GA 1L3UA 2HHVA 1S1WA 3NF6A 1MU2A 1SKWA 4E19A 4CJLA 1FKOA 1EXQA 1D5AA 1VRTA 4C8MA 5HRPA 5CY4A 4FLWA 5C42A 3KLHA 4DG1A 1ZBLA 3IG1A 1KLMA 3VQDA 4CERA 4YFUA 4IBNA 4DS4A 2JLEA 2A1RA 1D9DA 1KTQA 3OYBA 1WSGA 1WNSA 2DFEA 3OYDA 4Z4GA 4NYNA 4DQPA 4JS4A 3AVKA 3K59A 3IS9A 2Y1JA 1L3VA 1S1TA 1KVCA 3RTVA 4R5PA 4N76A 2G8IA 1CXUA 1RTJA 3DOLA 4DWIA 3V1RA 1ASVA 1U47A 1CZBA 4M3YA 3NF8A 1TV6A 1GOAA 3F9KA 4IKFA 3SI6A 5JS2A 3TAQA 3RR8A 2HVIA 4Q0BA 1UOCA 4DSFA 3SUQA 4F3TA 2WONA 3KIOA 4Z0UA 4BE0A 4Z4FA 1GOCA 2P1JA 2BGGA 1Z25A 4FLUA 1A5VA 3TAFA 2WOMA 4DQQA 4DF8A 3LAKA 2OPRA 1T8EA 3PO4A 4IG3A 4LSNA 4FLYA 3VQQA 1S9EA 3D45A 4DTMA 1TK0A 1L3SA 1B9DA 5DMRA 3L3VA 1ASUA 4CK1A 3KD5E 1NKBA 4CK3A 1SKRA 4K8ZA 1TKZA 1WLJA 1ZBHA 3G0ZA 4B3OA 1KRPA 4CF0A 3OYEA 3PX0A 1QSYA 5HRSA 4FJXA 1ZBIA 1TAQA 4N56A 1TL1A 2Y1IA 3ISNC 1IO2A 1JL1A 4E7JA 3RR7A 2HNDA 4F4KA 4M3WA 2B6AA 3PX6A 4ELVA 3ZSZA 4B08A 2O4GA 3OYKA 3AVAA 4RW8A 4CHQA 4JS5A 3QEIA 1LV5A 1JLFA 3B6PA 2Z1HA 1XC9A 3DOKA 4B9SA 1EKEA 3VQ6A 4FM1A 4MFBA 3OJSA 3V9XA 3QEPA 4FLVA 1HNVA 4PQUA 3C6UA 3OS2A 3DLGA 3OYIA 5HP1A 1SL1A 4CEBA 1TL3A 4DQSA 3LZJA 3AO5A 3LWMA 1LWCA 1RT5A 2OA8A 2YV0X 3KLGA 2X78A 4KRFA 1LWFA 1BGXT 1NKCA 4CGGA 4H4MA 2QK9A 4HTUA 2YNIA 2E6MA 3B6OA 1S6QA 3MEDA 4CF9A 3K5NA 4B9TA 3LAMA 2DTUA 4B8AB 4QAGA 2KFZA 2VG6A 3TAGA 3O3GA 1WSJA 5KGWA 3NBPA 2HMIA 4EP5A 3LZIA 5HBMA 3OYJA 2Z1GA 3HXMA 4Y1DA 1YTUA 1RNHA 4FLXA 2R7YA 1I3AA 2FBVA 5EU7A 4M3XA 3AVHA 3AVMA 3AO3A 4BACA 1D8YA 4FVMA 3QIOA 2GBZA 4KI6A 1BIZA 2OZSA 4O55A 2OYQA 1RILA 3KLFA 4I9QA 3K5OA 4LSLA 4OGCA 3KLEA 5J2PA 3E01A 4QOZB 1S1VA 1JXBA 3ASMA 3CG7A 3HYFA 4HUGA 1UA0A 4JRPA 4M41A 4W5QA 3RRHA 3P1GA 1KVAA 1QTMA 3VQAA 4CIEA 1SKSA 4CEAA 1CLQA 4ID1A 3NFAA 1QHTA 3NGIA 4KHSA 3ZSXA 4DF4A 1JLQA 1I39A 4LH5A 4ZTFA 3DLHA 3H08A 3LP3A 1K6YA 1LAVA 1EP4A 1VSLA 1EX4A 3CM5A 4N41A 2F8TA 3KK2A 4FZXC 4NCAA 4CJ4A 4FM0A 3VQ8A 1VSEA 3WNFA 5J2MA 1TGOA 2RPIA 4C8OA 2F96A 2X6NA 1N6QA 4CECA 1ZBUA 2VG7A 4HUFA 4J2DA 2HHTA 1FK9A 3HPGA 4AHRA 4E89A 5CYMA 1U48A 3V9SA 1D9FA 3EZ5A 4BE1A 5FRMA 2D0BA 3VQPA 1QQCA 4CE9A 3L2UA 3L2WA 4DU1A 1ZYQA 3HM9A 1TK5A 4M3ZA 4OLAA 4GVMA 4KAZA 1TKDA 4KTQA 3M8SA 3S9HA 1YTAA 3KTQA 4DSJA 4CJ3A 3L2VA 1JKHA 4FJHA 2RKIA 1BCOA 5I42A 1ZBFA 3DRPA 3SUOA 2E6LA 1FKPA 1IG9A 4C8LA 3JSMA 4KHQA 1LAWA 3SZ2A 3SQ2A 3CFRA 3PO5A 4FJKA 2KZZA 2OPQA 1W9HA 3L8BA 4MQ3A 3V1QA 1N5YA 3LP1A 4CJSA 4E1MA 2NUBA 4FJ8A 3DLEA 3HJFA 5J1EA 1YVUA 1UA1A 1W0HA 4B9MA 4CEOA 4FJNA 3NH0A 4CEQA 4FJ7A 4KO0A 4CF8A 3VQ7A 3V9WA 4AILC 2GV9A 3KKRA 3OS0A 3SQ4A 1IKVA 3MEEA 4NCGA 3ALYA 4E7HA 2G8UA 4OVLA 4Z4HA 1BQMA 5E41A 3SNNA 1RDBA 4CHNA 4HUEA 3TI0A 1T03A 1C1CA 1XWLA 4BWMA 3TABA 4DQIA 4F8RA 1KFDA 2LSNA 3DRRA 2B4JA 5HROA 3RMBA 1JLCA 3MEGA 4Z4IA 3SPYA 3ZT3A 1XHXA 4CJTA 2HHWA 1RBVA 4O0IA 3NH2A 2FC0A 4CJEA 4DTXA 1CXQA 4DFKA 4KFBA 3L3UA 1EETA 3MXJA 4FW1A 3ZSVA 4E7LA 4AHTA 4BE2A 4EZ6A 2HHQA 4FW2A 4DSEA 3M8QA 3LP0A 1S9GA 1UAXA 3KK3A 1QSLA 3V9ZA 2G8KA 4M45A 4HCBA 4Z4EA 3AO2A 3QIPA 3SQ1A 4YNQA 3TARA 5JS1A 3AVCA 2XY8A 3OS1A 1JL2A 4B8CA 4CJRA 4FZZA 2OPSA 2XHBA 4IG0A 4DU4A 3OYCA 3O4NA 4UQGA 3PX4A 4M3UA 1TAUA 3TAEA 3HT3A 3K57A 1C0MA 3WNGA 2ZE2A 4FCYA 4NYFA 3T19A 4FLTA 3OYHA 4ELUA 3LALA 1B9FA 2FBXA 4LD0A 1RT7A 1X1PA 4CEZA 1WAJA 3V6DA 1QE1A 2BE2A 3V9UA 3QEXA 4B9UA 3ZSOA 4Z4CA 2G8HA 4CCHA 1BISA 3FFIA 4E1NA 4XIUA 4LY7A 3PUFA 2ATQA 5FDLA 1BL3A 3NF9A 4FJLA 4BDPA 5I3UA 3PY8A 3WNHA 4TSXA 4CIFA 1IKXA 1NK9A 1SV5A 4O4GA 1WSEA 4O44A 4FM2A 2B5JA 3VQEA 4RW4A 5FROA 3S3NA 3AA5X 1HYVA 1BI4A 1RT6A 3AA2A 3OYAA 1TVRA 1Q9XA 1RT3A 2FBYA 2IAJA 4CHOA 3O3FA 4DSKA 4EZ9A 1DTTA 1WSHA 4J2AA 1NK8A 1BCMA 2HNYA 3HP6A 4KHUA 3CYMA 1UWBA 4HCCA 4OPJA 1KLNA 2QXFA 4OKEA 3O3HA 3ZSWA 2BDPA 3KKSA 3VA0A 4CGDA 1FXXA 2P5OA 2I5JA 1NKEA 2XY5A 4CJ5A 3AV9A 3BDPA 4E3SA 3P5JA 4B9VA 2D5RA 3HO1A 3I8DA 4N47A 4DU3A 2YNHA 1IKYA 3G10A 3LDSA 4DTNA 4WE1A 2G8WA 4LH4A 3CM6A 3O4QA 4CIGA 5CZ1A 3C6TA 4CHPA 3SUNA 3KD1E 4PUOA 4PY5A 1RDDA 4FJMA 1RBUA 1X9WA 1REVA 1BQNA 3QINA 1HRHA 4QCLA 2KW4A 5KGXA 1WSIA 4OKKA 4FK0A 4W5OA 4NCBA 3U6FA 1SL2A 4F3OA 1U04A 3K2PA 3T1AA 3SV4A 4KB1A 4RW9A 1T05A 2YKNA 3BGRA 4KI4A 2X74A 4W5NA 3K58A 3MXMA 1A5WA 1RDCA 1S6PA 4DFJA 3C94A 3LPUA 1RBTA 1U45A 1QSSA 3DI6A 3VN5A 3ULDA 4FK4A 5K14A 1IH7A 4DFMA 3RMCA 4I9LA 1NOYA 1CZ9A 2YKMA 1U49A 1ITGA 1KVBA 4KTWA 3P83D 3U3YA 4M42A 2HVHA 5SZTA 3HPOA 3AVBA 4CFCA 3QESA 2HHUA 2OPPA 1DTQA 3VQ4A 2VWJA 2HB5A 4AHUA 2Q3SA 4HVJA 4CJUA 3AVIA 2KFNA 4I2QA 4KREA 1SL0A 5DK5A 2HNZA 4CEDA 5J2NA 1Y97A 4FYDA 2YHAA 1Z26A 4K8XA 3TAPA 2BANA 4DMNA 1VRUA 4OJRA 1C0TA 4FJ9A 2D0AA 4CFDA 1HJRA 3QO9A 3HVRA 4JRQA 1NK6A 3UIQA 1BI4B 5CZ2A 5HRNA 3AO4A 1JLBA 3NH1A 1HMVA 4KV8A 1J9AA 4OKJA 2RN2A 4AHSA 1BIUA 3K5LA 4KPYA 4FXDA 3VQBA 1HNIA 4CESA 3VQCA 1JLAA 1VSHA 4ELTA 3SYZA 1IKWA 1R0AA 3NGYA 4CF1A 2E4LA 4W5TA 3M8PA 1HYSA 2KTQA 1HQEA 3K5MA 4KB0A 3QEWA 3HPHA 3KJVA 2IGIA 3KK1A 2EX3A 4W5RA 3NHGA 3SQ0A 1L3TA 4Y1CA 2D0CA 3L2RA 2W42A 1NJYA 4OPKA 3HP9A 1RCHA 4DTOA 1RT2A 2YHBA 5KI6A 4Q5VA 3EY1A 5KRSA 3AVNA 4KTZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OX9K 1JXEA 4AM7A 1ATNA 4BQZA 4DS5A 3OJUA 1VQON 1NK4A 5AQFA 3TANA 3CCRN 4DFPA 1RBSA 5GIPA 4O0JA 4CJVA 2PYJA 3AA3A 3O4WA 3SAGA 2IIRA 1Z05A 4IWVA 3PIOL 4DTUA 4IFEA 3IAYA 3BEXA 3TR8A 4L8RB 3T3FA 1XC3A 1RT1A 2IS3A 3CCQN 4J2BA 4FJGA 3MECA 1GLAG 3MAQA 1HNXK 2P9IA 4RG8A 3F73A 4B1WB 2NRRA 1KSPA 3QNNA 3EKUA 1U4BA 3LWLA 4A61A 5BPNA 3LP2A 1Q8IA 5TKWA 4DKWA 3R3LA 1RTHA 4F2RA 1TK8A 1YJ9N 5C10A 5AQMA 3N4PA 4G1QA 4FLZA 1BHLA 4F2SA 3OYGA 4PWDA 3DXMB 3M8RA 5LJVA 3NGZA 3CJBA 2V52B 4CK2A 4JKAA 3ZT4A 5C2DA 2YHYA 3JXUA 2GUIA 3MN5A 4H5TA 3VPZA 1IV0A 2HMPA 5T7BA 4ZHRA 2DFFA 4FWQA 3DLBA 1S1XA 1RDWX 3KHYA 4JLHA 1NK7A 2A3ZA 3VEZA 4G9ZA 4JI3K 4CJKA 3SJJA 3DLKA 3O9UA 4ID5A 5C15A 4I2PA 1C1BA 1KAXA 1ATRA 1DEJA 4DTJA 4BR5A 1BU6O 4CZKA 2PY5A 1HUXA 1XNRK 2O8FB 4JKGB 5CR4A 4BDZA 4GV9A 2P51A 4CGJA 4N5SA 4FSVA 1LW2A 1KFSA 1MWMA 4AHCA 4FL9A 4H0XB 3ENHA 1S72N 4KH6A 1XQSC 5CHIA 2ETJA 3ITHA 2NZTA 1HPZA 3C6HA 4BDPA 4JI2K 3QEVA 1X9MA 4BRQA 1L5UA 3AVJA 1TYQB 2E2OA 3ZT0A 2HHVA 3CD6N 1S1WA 3WUHA 4AM6A 1SKWA 4E19A 5HRPA 2NRXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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