3B6PA

Structure of trex1 in complex with a nucleotide and inhibitor ions (sodium and zinc)
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
226
structure length
217
Chain Sequence
GHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQAKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural and biochemical studies of TREX1 inhibition by metals. Identification of a new active histidine conserved in DEDDh exonucleases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Three prime repair exonuclease 1
molecule tags Hydrolase
source organism Mus musculus
total genus 73
structure length 217
sequence length 226
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2007-10-29
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3b6pA01
1JLEA 4M3RA 1HNIA 4OGEA 3V9UA 1CXQA 4LSLA 2F8TA 1T7PA 4IKFA 3RMDA 4M3UA 5SWMA 1Y97A 3SQ0A 3NFAA 5C24A 1D9FA 4FJ7A 3H08A 4YFUA 1QQCA 3OYDA 4DU3A 3EY1A 1JLBA 5CY4A 4CIGA 1NK8A 3CQ8A 1NJXA 4M3TA 3OYBA 3MEDA 4KTZA 3VA3A 4CEAA 4E1NA 4CK3A 4F4KA 1G15A 4AH9A 2X78A 3PV8A 2GUIA 2D5RA 3M8RA 4PQUA 3M8PA 4CJEA 4QAGA 2RN2A 1Z25A 3HPHA 3VQQA 4AHCA 3OS0A 3KLGA 4M45A 2LSNA 4G1QA 1U47A 2ATQA 4KB1A 3HT3A 3V9XA 1C0TA 1WNSA 2GBZA 1A5VA 3LALA 2HHXA 4CJQA 4OKEA 4FK2A 2YHBA 4F2SA 3KLHA 4CJ5A 3AA5X 1BISA 3AA3A 3A2FA 4CJFA 2G8FA 5DK5A 4CCHA 4E0DA 5FRMA 3THVA 3MEGA 4CFDA 3ZSRA 2HHUA 3P1GA 3AVIA 3VQ9A 3T3FA 3PO5A 1RDAA 3ZT3A 4CF8A 4BE0A 3HJFA 3QIOA 2W42A 3AVAA 4CEQA 4FK4A 2P5GA 4CFCA 4KAZA 4J2EA 1WSIA 1Q9YA 4DSLA 4M3XA 3CM6A 2A1RA 1RT5A 3NF6A 3ZSVA 2XHBA 3CFRA 2HVIA 1ZBHA 1JL1A 2XY5A 4EP5A 2R7YA 3IG1A 1NJYA 2G8UA 1RBSA 4ZTJA 1CXUA 2XRIA 3C6TA 4Z0UA 4R5PA 1WSFA 3TANA 1ZYQA 2PYLA 3RMBA 3QERA 2OZMA 1XI1A 4KTWA 2YHAA 3AVJA 4DTPA 3LWMA 2AJQA 4GMJB 3RR8A 3NF9A 4B9TA 4CF2A 4KTQA 2D0BA 1KSPA 3AVNA 2HHVA 5KRTA 1CZBA 3HVTA 1RTHA 4KPYA 1JLGA 1BL3A 1QSLA 1DTTA 3LP3A 3L2WA 4I2PA 1UA0A 1RNHA 3MXJA 2O4IA 3L3VA 4I9LA 3V9SA 3SZ2A 3SUQA 3RMAA 4PY5A 1RTJA 1C6VA 1W0HA 1EP4A 1NJWA 1BIZA 2IS3A 3CYMA 5I42A 4C8KA 1C0MA 4ZTFA 1C1BA 4B3OA 4OJRA 3I0RA 3NH1A 3CFPA 4DWIA 3OYHA 1TVRA 2X6NA 1RDCA 3HP9A 5HRSA 2VWJA 3LZIA 1FKOA 4CHYA 4DSFA 4AILC 1YTUA 1T03A 1SV5A 2IAJA 3ZSOA 3QLHA 3NHGA 3K59A 4DQSA 1B92A 3SYZA 4BACA 1SKWA 3O3GA 4YNQA 4GVMA 2Z1HA 1HRHA 4C8OA 3QEIA 2ITGA 3LANA 4CGIA 3OYGA 3ULDA 4W5RA 1S1TA 4W5QA 5J2PA 4FJLA 4PUOA 2E6MA 4MFBA 3OY9A 3OYMA 3IAYA 3HYFA 1MU2A 2P1JA 2IDOA 2OPRA 1KVAA 4C8MA 3NH0A 5I3UA 1NK4A 3OYCA 2F8SA 1SUQA 4CEEA 4FM0A 4B9LA 2B5JA 2FC0A 3DRSA 4CJUA 3K5NA 4AHVA 4FM2A 4IG0A 1TAQA 4ELUA 3SCXA 3KD5E 4CHQA 3ZT0A 1WAJA 1ITGA 2OZSA 3ZCMA 4Z4CA 4PWDA 3ZSZA 4OLAA 4FLTA 2KZMA 3B6OA 5FROA 1J9AA 1RT1A 2IC3A 1HQEA 4DFMA 1KRPA 4CECA 3KLFA 1U4BA 3VQ8A 3ZT1A 3L2QA 4HTUA 3TI0A 3O4QA 1EX4A 4KHWA 1FK9A 3VQCA 3AVMA 4CJLA 4CF1A 1BQMA 1D8YA 4H8KA 4BWJA 2Y1IA 2G8HA 3QNOA 3KLIA 4HUEA 4DSEA 4EZ9A 3CFOA 1ZBLA 3LWLA 3F9KA 4OLBA 1NK9A 3G10A 2Q3SA 3KKRA 4OPJA 4FLWA 3PO4A 4DSKA 3ASMA 4J2BA 3NE6A 1GOAA 4OKJA 3E01A 1VSJA 3NCIA 4M42A 4FW1A 4FXDA 4O4GA 2Y1JA 1A5XA 4CEFA 4FJIA 4O55A 4O0IA 3AO1A 1VSMA 1KCFA 1S1WA 3VQPA 3V9ZA 2PZSA 4AHRA 3K2PA 1ASUA 5HRNA 4N47A 4B9NA 4ELTA 2BGGA 2RPIA 2E6LA 3AVCA 3DI6A 1XHXA 1VSFA 4E7LA 4FZXC 3DOLA 1BCOA 1XWLA 4CJ4A 2DY4A 5J2NA 3U3YA 1JL2A 3TABA 1LW0A 4W5NA 4B9UA 1RILA 3SJJA 3QINA 5C42A 4KB0A 1J53A 4QOZB 3OYIA 4K8ZA 3NAEA 4KRFA 1TKXA 3ZSQA 2GV9A 4H4OA 3AA4A 3ZT2A 1NKEA 2WONA 4CK1A 4JRPA 2IGIA 3DLBA 3OYEA 2KTQA 3EZ5A 3IRXA 3JSMA 2HMIA 4B08A 2DFFA 4CJTA 5KGWA 4FYDA 4CFAA 1HJRA 1TL1A 3PUFA 3NH2A 4NCAA 2WOMA 3SNNA 4CE9A 3HL8A 2DFEA 4DTSA 3OYNA 5HROA 2OPSA 3D45A 1NK7A 3SQ2A 4Z4IA 4F3TA 1KTQA 3SUPA 4CHOA 3OJUA 4BWMA 3EYZA 1NK5A 1S1VA 1WSHA 3PX4A 3L2RA 1U04A 3O4NA 4PA1A 5DMRA 4E1MA 1FXXA 1T8EA 4FZYA 1TAUA 2BE2A 4FJNA 4HUGA 5HP1A 4DFPA 4IFYA 1XHZA 4W5OA 4BE1A 3U3GA 2B6AA 4B8CA 4DMNA 5HRPA 4IFVA 4O5BA 5J2MA 3WNEA 4Z4HA 3AVBA 3DLHA 3RR7A 4LD0A 4N56A 3QNNA 4FJ8A 1LV5A 4KHYA 4Z4EA 4MQ3A 4KFBA 3SQ1A 4LH5A 5KRSA 3HP6A 3LP0A 3TAPA 4RW7A 4J2DA 1C1AA 3BDPA 3NF8A 1S1UA 4FJMA 1SL0A 3MXIA 2PYJA 3M8SA 4FCYA 4ZHRA 3QESA 3LP2A 1BI4A 2G8WA 4DSIA 1C1CA 1LAVA 2XO7A 3RWUA 3V9WA 1HYZA 1QHTA 3L3UA 3WNGA 3M8QA 3L2UA 3SV4A 4DTOA 4CJSA 1R0AA 3K5MA 3VQ7A 4FJKA 1S9GA 1L3SA 3VQBA 4L8RB 3I0SA 1JKHA 3DLRA 3SUOA 2YNGA 3ZSXA 1HYVA 4KHNA 1TV6A 1WLJA 1TK5A 2KZZA 1KFDA 2XY6A 4ICLA 2QXFA 4FVMA 2XY7A 4KO0A 4IDKA 3P83D 3V1QA 4CJRA 1VSKA 2HNYA 3AO2A 4CFBA 3K58A 1RBTA 1QSYA 4IG3A 1SL2A 2JLEA 1WSGA 4NYFA 3S3NA 2RKIA 3ISNC 4B8AB 3HM9A 1S9EA 1BIUA 4DQRA 2G8VA 1UOCA 1BHLA 5CZ1A 4O0JA 3SPYA 1IKYA 1J54A 1NJZA 4DQIA 3CG7A 4CHNA 3DRRA 3KJVA 4DFJA 3DLKA 4RW6A 1SL1A 1QS4A 3PY8A 2KFNA 4DTRA 2QKBA 2KQ2A 3KLEA 4JS4A 1N6QA 4N41A 2JGUA 1B9FA 4W5TA 3QEPA 3AVGA 3LDSA 4Q0BA 3OYAA 5HRRA 5KI6A 3K57A 3P5JA 1REVA 4CJVA 4EP4A 1NKCA 3NF7A 3C6UA 4DTMA 3MECA 4CGFA 3FFIA 1DLOA 1TGOA 4JLHA 4AHSA 3AV9A 3NGIA 4DS5A 1GOCA 4DG1A 3HPOA 4M3WA 1NOZA 4DU4A 3HXMA 4E7KA 3SQ4A 1I39A 1KVBA 2HHQA 1RDBA 1RTDA 2X74A 4F3OA 2HNDA 1RT7A 2HB5A 3ITHA 3OYKA 1O1WA 3AVFA 3HK2A 1TK0A 1RCHA 1WSJA 3HSTB 1YTAA 5E41A 4KHSA 5J2QA 4ELVA 4FJJA 1WAFA 3QO9A 4FLYA 4LSNA 1C0UA 4AHTA 5T7BA 2ZQBA 2OPQA 4RW9A 2KW4A 1IKWA 2F96A 3LP1A 2E4LA 1F21A 3O3HA 4GW6A 4JS5A 4CHZA 2FBXA 3AO4A 4Z4FA 1QSSA 4NYNA 4Z4GA 1A5WA 1W9HA 4Y1DA 1JLQA 3VQ5A 4JRQA 1J5OA 1RBUA 1S5JA 2OYQA 4KHQA 2EX3A 5JS1A 4FLXA 1RTIA 1KVCA 3ZT4A 1Q8IA 4CEOA 4KREA 1FKPA 1WSEA 1TKTA 1VSHA 2A1SA 3K5LA 3TARA 4FM1A 5JS2A 4HCCA 2YNHA 3QEWA 4M3ZA 1GOBA 1EKEA 2ZE2A 4DF4A 4KI4A 1LWCA 1NK0A 1TL3A 1K6YA 3SPZA 1TKZA 2HW3A 1BQNA 1BI4B 4M41A 1VK0A 3OS2A 3CM5A 3DLEA 2VG6A 5HLFA 2O4GA 1S6PA 4I9QA 1BGXT 1KLMA 3LPTA 4CEDA 3RRGA 2G8IA 4DLGA 3G0ZA 2Z1JA 5EU7A 1L3UA 4FW2A 4CEBA 2FBVA 2NUBA 2QKKA 2XY8A 3B6PA 2Z1GA 2ZD1A 4RG8A 3OJSA 4FJGA 4CJ3A 1U45A 4KV8A 1RBVA 3IS9A 2ETJA 3DLGA 4NCBA 3OVNA 3VQEA 4RW8A 4CGHA 1EETA 1XC9A 1NK6A 4TSXA 5CYMA 1RT6A 2YKMA 1UWBA 2FBTA 4OKKA 5D3GA 1U48A 4EZ6A 2VG5A 3HPGA 2VWKA 1JLFA 1CZ9A 1LW2A 3WNHA 4CHPA 4CEZA 4N5SA 3L8BA 3TAFA 3PX0A 3C95A 3OYFA 1S1XA 3AO3A 1ASVA 4DLEA 4B9MA 4E19A 5KGXA 1N5YA 3WNFA 1HYSA 2OPPA 3V4IA 4UQGA 4HCBA 1ZBIA 2YNFA 2P5OA 4HHTA 1DTQA 4CESA 4DU1A 4F8RA 4N76A 3VA0A 3S9HA 1LAWA 4FJXA 3VQAA 1IO2A 4E7JA 4BE2A 3D0PA 1VSDA 3T1AA 4DTNA 3SUNA 3QEVA 2BANA 4CJPA 1HQUA 2D0AA 4FJHA 3VQDA 1JLCA 1LWFA 4CJKA 3JYTA 3V6DA 3AVKA 1HPZA 3U6FA 2D0CA 4DTXA 4CGJA 4Y1CA 1NKBA 1Z26A 5CYQA 1L5UA 2HHWA 3ZSYA 1JLAA 1HMVA 1VSIA 4DQPA 4HUFA 4DS4A 4RW4A 1L3TA 1ZBUA 3TAQA 4CIFA 1UA1A 5HBMA 3UIQA 4M3YA 1IH7A 1Q9XA 1IKXA 1BCMA 2DFHA 4DF8A 1NOYA 1D9DA 3VN5A 2IOCA 4DTUA 3LAKA 3LAMA 4QCLA 3HO1A 3L2VA 1TK8A 2YKNA 3V1OA 4CF0A 2FBYA 5KTQA 4B9SA 4KHUA 4E7HA 1KFSA 3KKSA 3VQ6A 2HVHA 1YT3A 3KIOA 2HHSA 4CF9A 3NGZA 3DYAA 3KK2A 3TAGA 4CK2A 3TAEA 3MXMA 1KLNA 2G8KA 1U49A 3QIPA 3TR8A 3BGRA 3NDKA 3KD1E 1L3VA 4FK0A 3DOKA 3NGYA 4KI6A 4OGCA 4OPKA 3S3OA 1SKSA 4F2RA 2DTUA 4BDZA 2BDPA 1TKDA 4OVLA 1ZBFA 3AA2A 4I2QA 3DRPA 1YVUA 5C25A 3SI6A 3AO5A 3KTQA 3V1RA 1X1PA 4FLUA 2OA8A 1X9SA 4Q5VA 3DM2A 3S3MA 3DMJA 3VQ4A 3V81A 3PX6A 1IG9A 2P51A 2VG7A 4BDPA 4K8XA 4DTJA 4DFKA 4CGGA 1S6QA 5K14A 1VRUA 1UAXA 1LWEA 3RRHA 1VRTA 4H4MA 4DQQA 3TWHA 2RF2A 4FLVA 4CGDA 5SZTA 4AHUA 2PY5A 4B9VA 1JXEA 3OYLA 1VSEA 2YNIA 4FLZA 4E7IA 4J2AA 3RMCA 1HNVA 5J1EA 3F73A 1D5AA 1RT2A 4C8NA 3OS1A 3SV3A 4NCGA 3O3FA 1IKVA 1X9WA 1T05A 3AVHA 2YV0X 2HHTA 5FDLA 3TAMA 3LPUA 4CIEA 3MAQA 1B9DA 4CJWA 3AVLA 3ZSWA 4E89A 2EHGA 2X6SA 3LZJA 1I3AA 3RTVA 1VSLA 3C94A 4O44A 5CZ2A 3HVRA 1QTMA 4FJ5A 4LY7A 3OYJA 1SKRA 4FJ9A 3QEXA 5FRNA 3K5OA 4DSJA 3MEEA 1WN7A 3ALYA 4ID1A 4ID5A 1EXQA 4IBNA 3T19A 1ASWA 1CLQA 3QETA 4C8LA 2I5JA 3I8DA 1RDDA 4BDYA 4LH4A 4E3SA 4XIUA 1QE1A 2HNZA 1X9MA 1RT4A 4WE1A 4CERA 1RBRA 2KFZA 1JXBA 2Z1IA 3NBPA 3KK3A 4I7FA 4HVJA 3KK1A 4FZZA 2QK9A 4KKOA 2B4JA 1RT3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4M3RA 1HNIA 4LF7K 4DR5K 3R6MA 1IBKK 4WQ5A 5C24A 1D9FA 1NGJA 5KQ8A 3EY1A 1NK8A 1NJXA 4M3TA 4DV6K 4A5BA 3H3OB 4CEAA 4AH9A 2X78A 2GUIA 4PQUA 3M8PA 4CJEA 4AHCA 1NWKA 3OS0A 4H5RA 3L4IA 2ATQA 3VESA 2O8FA 1C0TA 4CJQA 1I94K 4XH4A 3P39A 4F2SA 4GNIA 1BISA 3A2FA 2BUPA 2G8FA 4E0DA 5FRMA 3THVA 3PO5A 4ILGB 4CI6A 3CERA 4DQ8A 1K73O 1WSIA 1Q9YA 3CM6A 1RT5A 3NF6A 3ZSVA 4ISFA 2O8EA 3CFRA 3C65A 1U2VA 2HVIA 4X64K 1S22A 1NGCA 3IG1A 2G8UA 4ZTJA 2HHVA 2XRIA 3TANA 1MWKA 3ZX2A 2YHAA 1NGHA 1GLBG 1SQKA 3NF9A 4MO4A 2P9SA 4CF2A 1IJJA 3WT0A 1Z6RA 4PL7A 3EZWA 3LP3A 5KQDA 1RNHA 3MXJA 2O4IA 3MMVA 3L3VA 3V9SA 5E26A 3SZ2A 4JEPA 2BTFA 3SUQA 4PY5A 4GKKK 2YHYA 5C2FA 4EHUA 4OJRA 2QA4N 2X6NA 3HP9A 1HKCA 1YUWA 4CHYA 4X66K 2A6AA 2CH5A 1YTUA 5BN9A 5LJVA 4DQSA 4MLHA 2VWBA 5AQXA 5LJWA 5M1NA 3OYGA 2ASMA 1W97L 2IVOA 2O8CA 1TUYA 5AZIA 3IAYA 3HYFA 2P1JA 2IDOA 3CCEN 1SUQA 1HPMA 2FC0A 3WEEB 3J7YP 4ISGA 1GLDG 4OLAA 4FLTA 3B6OA 5FROA 1J9AA 1IV0A 2Q97A 4HWIA 1KRPA 4CECA 3KLFA 2O8FB 3L2QA 3VQCA 2W40A 1C0FA 1BQMA 5AQLA 4HUEA 3LWLA 2Q3SA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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