The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
66
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sequence length |
206
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structure length |
198
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Chain Sequence |
GTLIRATTLSRLSFIDVVNDNGFYQFEKPKEGRKYVATLDCSEGRGQDYHALQIIDITEFPYKQVAVYHSNTTSHFILPDIVFKYLMMYNECPVYIELNSTGVSIAKSLAMDLEYDNIICDSFIDLGMKQSKRSKAMGCSALKDLIEKDKLIINHKGTIQELRTFSEKGFHDDLVMSLVIFGWLTTQEKFAEYAGKDE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The structure of the phage T4 DNA packaging motor suggests a mechanism dependent on electrostatic forces.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Terminase large subunit
|
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Enterobacteria phage rb49
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| total genus |
66
|
| structure length |
198
|
| sequence length |
206
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-02-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3C6A A; 4IEE A; 5M1O A; 4IDH A; 5C2F A; 4IEI A; 5M1Q A; 5C12 A; 5C15 A; 5M1K A; 3CPE A; 5M1F A; 5C10 A; 4IFE A; 3C6H A; 5C2D A; 5M1N A; 5M1P A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4WQ4 C; 3ID6 A; 1BGX T; 4JV5 K; 4E7J A; 5EU7 A; 3PO4 A; 3ZEU A; 2ZM6 K; 5JVG L; 1RDD A; 4KAZ A; 4JK7 A; 2H3G X; 2YCH A; 4DV2 K; 1XI1 A; 2QI2 A; 3SMS A; 4M63 C; 3QIO A; 1IJJ A; 1Z6R A; 4C1N K; 1XMO K; 1Z26 A; 3CFO A; 4I2Q A; 1JL1 A; 4JKG A; 1E4G T; 3NH0 A; 1VQL N; 3WNF A; 3LZJ A; 1U2V B; 4GKJ K; 3V9W A; 3EO3 A; 3SLC A; 5M1N A; 4JI5 K; 3DOL A; 1U49 A; 5E26 A; 4DV6 K; 3L6Q A; 3HM8 A; 4DV1 K; 4G9Z A; 2E6M A; 2QTD A; 3MED A; 1RT1 A; 4DWI A; 3AO2 A; 2B4J A; 4DKW A; 4FLV A; 4FLW A; 4DS4 A; 2HBM A; 4JI2 K; 3NF6 A; 3M8S A; 3AVJ A; 1RBT A; 3IRX A; 1SL1 A; 1CZA N; 1JCE A; 4NCA A; 2HHW A; 2VGN A; 4J2A A; 1SV5 A; 4H0O A; 4CJW A; 5LMU K; 4DTJ A; 2D0P A; 3H6E A; 4BR2 A; 1WSI A; 3CIP A; 1W2B M; 2R7Y A; 3C7N A; 4H4O A; 2FBT A; 2JWK A; 2PFU A; 4B1X B; 3HVR A; 4ID5 A; 1HJR A; 3LAM A; 3LL3 A; 5LMN K; 2O4G A; 3NH1 A; 3VGK A; 3CCM N; 1BI4 B; 1U04 A; 3J7A P; 3A0I X; 5M1O A; 2OZS A; 4JI3 K; 3FZF A; 5DK5 A; 4UQG A; 4RW4 A; 3SZ2 A; 4IO8 A; 3OYE A; 1JL2 A; 1J6Z A; 3AO1 A; 3BGR A; 4AIL C; 3SI6 A; 3P39 A; 3L2R A; 2I7N A; 1XC3 A; 3RRG A; 1LCU A; 3BDP A; 2P9L A; 2Q31 A; 2DY4 A; 3TSP A; 4BRN A; 3V1R A; 1C1B A; 1VSI A; 2D0C A; 4MDA A; 3OYB A; 4YY3 K; 2HND A; 1NK5 A; 3ZSX A; 3TU5 A; 4TSX A; 1NLV A; 1NM1 A; 1GLF O; 3SUN A; 1E3M A; 1C1C A; 1VSE A; 3WXJ A; 4M3T A; 4LC9 B; 3V9S A; 4FJK A; 4DMN A; 2Q0R A; 2UUB K; 4XIU A; 1S1U A; 5HRR A; 2Q3S A; 1YVU A; 3NMU A; 4CJR A; 2IOC A; 3B6P A; 3T1Y K; 4ZTJ A; 2UUC K; 4YFU A; 1KVA A; 3KLH A; 3TI0 A; 5J2M A; 3B8A X; 3KD5 E; 1KAZ A; 1VQ6 N; 4K42 A; 4RWT A; 1IBM K; 1ATS A; 2RF2 A; 3C65 A; 2KW4 A; 2RN2 A; 3V9U A; 2XO7 A; 3HTV A; 1C0M A; 3LDQ A; 3MN6 A; 2VWB A; 4FPA A; 4BE1 A; 3CHW A; 2PY5 A; 1HKB A; 2UYT A; 3VF6 A; 1NMN A; 2PZS A; 4EZ9 A; 3PUF A; 3WQT A; 4FJH A; 2UUA K; 2FLO A; 2A40 A; 4CBX A; 4CK1 A; 1XNQ K; 4NYN A; 4RW8 A; 3RSE B; 1KCF A; 3DLL L; 2BTF A; 3AVC A; 5AQI A; 3H3O B; 3TAG A; 1SQK A; 3OW2 M; 1C0G A; 2O8C B; 3AGK A; 2Q2R A; 4FM1 A; 2O8E B; 3TAP A; 1QS4 A; 4A5A A; 3ZSV A; 2XY7 A; 3VES A; 1SL0 A; 3VF2 A; 3S9H A; 3CME N; 2QEX N; 3THW B; 4DSK A; 1U45 A; 1SS6 A; 3WNE A; 3MXJ A; 3OHR A; 3RR7 A; 3CPE A; 2CH6 A; 1QVG M; 2PYJ A; 1S6P A; 3UKU B; 1P90 A; 2NRX A; 5HP1 A; 1D9D A; 2O8D A; 4RW6 A; 2E1Z A; 4JLH A; 2W41 A; 2YKM A; 4KHQ A; 1TGO A; 4AF1 A; 2E2Q A; 5C42 A; 1GLB G; 3E9O A; 3TAM A; 2KTQ A; 1LW0 A; 4QS7 A; 1TVR A; 4FOE A; 1IKW A; 1C0F A; 1RT5 A; 3LP0 A; 1BIU A; 4H5R A; 3KLE A; 1HNX K; 3JAM O; 4BR5 A; 2F4V K; 3TAQ A; 3VTH A; 3O80 A; 1UA0 A; 3CQX A; 3FE1 A; 4FPB A; 4H8K A; 4I2P A; 1J5E K; 4OJR A; 2HVH A; 5BPM A; 5KPZ A; 1L3T A; 4YOV A; 3M8R A; 2VGM A; 4BRH A; 5H1S Q; 1RT7 A; 4MLE A; 2NUB A; 4CZH A; 4ICL A; 3H1V X; 4XH1 A; 3CCS N; 4MO5 A; 3ZX3 A; 2NLX A; 3M5R A; 4QOZ B; 1LV5 A; 2ZD1 A; 3CJB A; 2O8F B; 4RG8 A; 2YJE A; 2ZJP L; 1WSJ A; 3G25 A; 4LFB K; 5CY4 A; 5CYQ A; 3O1B A; 1DTT A; 4IZ9 A; 3OYG A; 3ZT4 A; 4N5S A; 4F9O A; 5GIO A; 1N36 K; 5BRF A; 3V9Z A; 5JS2 A; 4FJ7 A; 2DFH A; 4EAH D; 2HNZ A; 3ID8 A; 4BG8 A; 4WQ5 C; 2CH5 A; 2NRW A; 3UB5 A; 1JJ2 M; 3I0R A; 1YXQ A; 3KKS A; 4KKO A; 1DGK N; 2UXC K; 3M8Q A; 4B1V A; 4BRP A; 3ZET B; 5EOY A; 1I39 A; 2FSK A; 4M3R A; 3SQ0 A; 3M8P A; 4OLB A; 4CZM A; 5AQQ A; 1TYQ A; 5AQT A; 3ZEU B; 2P9P A; 3H45 C; 2NRT A; 3KWI A; 1BIZ A; 2YHW A; 3KK1 A; 4DFK A; 4B9V A; 2P1J A; 4DS5 A; 1XUP O; 2P51 A; 4OPA A; 1LAV A; 1J53 A; 2Z1G A; 2X78 A; 3J8A A; 3MCA B; 2XRI A; 3AA3 A; 1K6Y A; 4FW2 A; 4AQY K; 4O5F A; 2YKN A; 3HT3 A; 3OYK A; 3HJF A; 2UXD K; 2D0B A; 3KWG A; 2P9I B; 3OYA A; 4DR5 K; 1KFS A; 4K8X A; 4E1J A; 2ITM A; 1FXX A; 3QBW A; 3O6W A; 1ILY A; 5CE3 A; 3RMA A; 3BF3 A; 4H0Y B; 4WE1 A; 2YNH A; 5AQX A; 3KLF A; 4BR7 A; 4IBN A; 3AAQ A; 3F9K A; 1YIT N; 3SPY A; 4DTR A; 2P9N A; 3TR8 A; 2UU9 K; 3A5L C; 3EE9 A; 4AHC A; 3CJC A; 3CM6 A; 5F0X A; 1BHL A; 1NGC A; 1GLJ O; 3C7N B; 4GKK K; 4BRO A; 2RPI A; 4ELU A; 4ISG A; 4JKE A; 2FF6 A; 3CFP A; 1VSL A; 2HHH K; 5M1Q A; 3TSU A; 5HRN A; 4RW9 A; 4CE9 A; 1QVF M; 3K9J A; 1BUP A; 1B92 A; 2FSN A; 1GLA G; 1EXQ A; 3LDL A; 1L3S A; 1XMQ K; 2B6A A; 3VQP A; 2RKI A; 3AVA A; 5AQV A; 4IJN A; 3WXK A; 4LSL A; 4FLY A; 3UKR B; 3S3O A; 3DAW A; 4CJQ A; 2BUP A; 4CF1 A; 1X3M A; 4L8R B; 4GY2 B; 2V52 B; 2E20 A; 3R1X A; 1TL1 A; 5KRT A; 2V7Z A; 2F8S A; 1W97 L; 3L3U A; 3WEE A; 3CYM A; 4CES A; 3NHG A; 2FF3 B; 1P8Z A; 2IVN A; 4GVE A; 3RTV A; 1B9D A; 1TK5 A; 5FRO A; 1A5W A; 4KB1 A; 3U4L A; 1JLF A; 3DLE A; 3HSC A; 2XY8 A; 4DU3 A; 1ATR A; 1TUY A; 2A5X A; 3ITH A; 2ITG A; 1IG8 A; 2YV0 X; 1LWF A; 4RCH A; 3CFR A; 4IFV A; 1C1A A; 1T3V A; 3O3H A; 4ZTF A; 1ZBL A; 1VQ8 N; 4M3X A; 4BRL A; 4BGB A; 1X9M A; 4PKG A; 3PO5 A; 4DLG A; 4B1U B; 3VEO A; 5E84 A; 3K59 A; 3ULD A; 3TAR A; 3QEX A; 3OYI A; 4H5V A; 3O4N A; 4MDB A; 3LAL A; 1K73 O; 3IMX A; 4WQ4 A; 3AGR A; 5EY4 A; 2Z1H A; 3THX A; 2O8B B; 1QSL A; 5BN9 A; 1NJW A; 4Z4F A; 4A61 A; 2YNG A; 3AY9 A; 4DSL A; 2HHU A; 3ZCM A; 4AM7 A; 2OPP A; 3G71 N; 2ZWH A; 3EL2 A; 2HHQ A; 2QM1 A; 4H5N A; 1RBR A; 3L4Q A; 4H0T B; 3OTO K; 4G1Q A; 3RVC A; 4X66 K; 3JS6 A; 1R0A A; 1KRP A; 1H1V A; 4I6M A; 3PSF A; 3LDO A; 3CI5 A; 5AQU A; 4BRG A; 2QWR A; 4F3O A; 3M6G A; 3SJH A; 1NK4 A; 4FJN A; 3WXM B; 2QK9 A; 4BC4 A; 3AVM A; 3MEG A; 3SAG A; 4JK8 A; 3SUO A; 4HCC A; 4DR3 K; 4LH5 A; 4CZJ A; 4R79 A; 2VCP A; 4C8L A; 3NVM A; 3K58 A; 1NGA A; 4B1Y B; 4BGA A; 4E1M A; 2HVI A; 1HX1 A; 1VSK A; 1VQM N; 3THY A; 1YJ9 N; 1BA0 A; 3MX5 A; 1X9J A; 1D5A A; 3TTC A; 4Z4C A; 1IKX A; 2FXU A; 3WQU A; 4B3S K; 3VEY A; 3OYD A; 3U3G A; 4DG1 A; 4DU4 A; 2WFB A; 4KI4 A; 4F8R A; 2FBX A; 3H1Q A; 3QEP A; 5KRS A; 3RMB A; 1QZ6 A; 4NCB A; 3C0B A; 5ELZ A; 3D0P A; 4KO0 A; 1HKC A; 1YJN N; 5KPT A; 1GOB A; 3VEV A; 4CD1 A; 3QER A; 3DLH A; 4CJK A; 1JLC A; 4B9L A; 2HHT A; 2DTU A; 3H08 A; 3E9P A; 4Q5V A; 5I9E B; 4JI0 K; 1YJW N; 1G99 A; 2HB5 A; 3MK6 A; 4A59 A; 3M1F A; 2YHB A; 4JI1 K; 3VA0 A; 3KK2 A; 1OVQ A; 1ZXO A; 1U47 A; 1T6C A; 4WFN L; 5SWM A; 3BY5 A; 3M3Z A; 5FDL A; 1OVY A; 1BQM A; 3J81 O; 3G4S N; 1YT3 A; 3S3N A; 5IT9 O; 4F3T A; 1TKZ A; 1QZ5 A; 1NBW A; 4BDY A; 3QFU A; 4GVM A; 3I56 N; 3AVB A; 5E41 A; 3QB0 A; 1YI2 N; 5KQD A; 4CHQ A; 4BRQ A; 1EP4 A; 3AVK A; 3AA2 A; 4AHR A; 4WFB L; 3VQ9 A; 3CCV N; 4W5N A; 1HMV A; 3SQ2 A; 4IJA A; 2Q0U A; 4FWQ A; 3CJ9 A; 3ZYY X; 1UA1 A; 3L2W A; 4BRA A; 4E1N A; 4FVM A; 1RBS A; 4UY8 O; 3A8Y A; 4PL7 A; 4OKJ A; 4JHD B; 4CEE A; 5AQG A; 2QXL A; 5ADX H; 1WSF A; 1J5O A; 3NGZ A; 1JXE A; 2IC3 A; 1Q9Y A; 5GIN A; 1NGD A; 4CJP A; 5AZJ A; 4ISF A; 1EKE A; 3CCR N; 3AA4 A; 3BF1 A; 3FZL A; 4QAG A; 4E89 A; 1IKV A; 4CJV A; 3PX6 A; 4NLC A; 5AQO A; 4FJJ A; 2A3Z A; 2VWK A; 5K14 A; 4FM2 A; 2YHA A; 1KC8 O; 4AHS A; 2VG6 A; 4IXC A; 4X62 K; 3ULE A; 1WB9 A; 2X6N A; 3NVK A; 4DTP A; 4JKF A; 3D7E O; 2Y1J A; 5ADX A; 4Z4I A; 4IG3 A; 5CHI A; 2G8I A; 2B5J A; 1EET A; 4O55 A; 3G6E N; 4O0I A; 1NJI O; 2YX6 A; 4PL8 A; 4BWM A; 1YAG A; 3PIP L; 4JAX A; 2G8V A; 4DV5 K; 4YOT A; 1Q7Y O; 5JS1 A; 2QWQ A; 1XWL A; 4B1Z A; 3CC4 N; 3HPG A; 1I3A A; 3SJJ A; 3D45 A; 5B8H A; 1TKX A; 4OO1 J; 1BU6 O; 1BCO A; 3LAK A; 4Y1C A; 3SV3 A; 4PA1 A; 4XH4 A; 3P31 A; 4LF7 K; 3VQ4 A; 4CJL A; 1BOT O; 4KHN A; 1K8K A; 2GWK A; 3EKS A; 4DLE A; 1M1K O; 4JI8 K; 1K9M O; 1WUA A; 2FC0 A; 4DUY K; 1CZ9 A; 2OTJ N; 3LP1 A; 4FM0 A; 1S1W A; 4CJ7 A; 3KD1 E; 2IS3 A; 4MQ3 A; 4YDU C; 3IS9 A; 2P9S B; 3CG7 A; 3K2P A; 2W42 A; 4CW7 B; 4L3Q A; 4OKE A; 4CJ3 A; 1NGG A; 3HP9 A; 3DXK A; 3ZSO A; 5AZI B; 4DB3 A; 1RT6 A; 3D2F A; 3DWL A; 4EIA A; 4LF4 K; 4OLA A; 3D2E A; 2QWO A; 1BWF O; 3IG1 A; 4DTN A; 5MLC Q; 4CIF A; 3BZC A; 3KTQ A; 1IBL K; 4CEF A; 4A5B A; 5AQP A; 4KBO A; 3DI6 A; 3WNH A; 4PY5 A; 3V1O A; 4DR2 K; 1D8Y A; 1CXQ A; 4W5T A; 4F2S A; 3QML A; 4E7L A; 5KTQ A; 5C0Y A; 5CYM A; 1RDW X; 4LY7 A; 2OA8 A; 2KZM A; 5AQK A; 4OVL A; 1WSE A; 4MLH A; 3U6F A; 4JD2 B; 4DTM A; 1HRH A; 1CZB A; 1T44 A; 4IO9 L; 4IOA L; 4CD3 A; 1WAF A; 2PBD A; 4DSF A; 3R3L A; 4JI7 K; 1T8E A; 3DJC A; 3UE5 A; 4BRF A; 1NK8 A; 3GG4 A; 4DF4 A; 4DR6 K; 3VEW A; 3DRS A; 2HMP A; 2A42 A; 3D6R A; 1N8R O; 1QHT A; 1L3U A; 3S3M A; 3AVI A; 1IV0 A; 2CGL A; 2NRV A; 2HHV A; 3EE8 A; 3L3V A; 4BR9 A; 4LSN A; 4J8F A; 5C25 A; 4NO7 A; 4RW7 A; 4WQ5 A; 3DYA A; 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5HOO A; 4ISE A; 4XEI A; 3KLI A; 5JLH A; 3FFI A; 4LF6 K; 4DF8 A; 1ASW A; 4CER A; 4KTZ A; 2E2O A; 1RDU A; 3O9U A; 4KH4 A; 2XY5 A; 3KVG A; 2NRZ A; 1NOZ A; 3Q7B A; 4CHZ A; 4DV4 K; 2P5O A; 4DTS A; 1WNS A; 3SPZ A; 1RDC A; 1RBV A; 3L8B A; 1TV6 A; 3PIO L; 3LDN A; 4LFC K; 3NH2 A; 4A57 A; 2ATQ A; 4XH5 A; 1V4T A; 3CD6 N; 4CJ4 A; 1Z25 A; 4Z4G A; 1Q8I A; 3L2V A; 3O5B A; 3VQE A; 1MA9 B; 3ENH A; 1KAX A; 1U2V A; 5EXW A; 3QET A; 4JKG B; 2P9K A; 2ASM A; 4ILJ A; 3SAF A; 1OH6 A; 1FKO A; 4CZK A; 2OTL N; 1EQY A; 1U6Z A; 3LP3 A; 4OGE A; 4AHU A; 5GAD P; 4DV7 K; 3NFA A; 3VQ5 A; 3LM2 A; 3GE1 A; 4CCH A; 3G10 A; 3ZSQ A; 3V4I A; 4U7B A; 4DQR A; 2EHG A; 4JEP A; 2F7T A; 3HOS A; 1DKG D; 4FW1 A; 4M45 A; 1WLJ A; 4B8C A; 4CFC A; 3ULE B; 5JIC A; 1XHZ A; 3GDQ A; 4AHT A; 3UIQ A; 1HJO A; 2F96 A; 2QXF A; 2FSJ A; 1KLM A; 3MN9 A; 1ZBU A; 4BVP A; 4F4K A; 5AR0 A; 3IFR A; 3TTD A; 2AP1 A; 3JSM A; 1DEJ A; 3E01 A; 3VQ6 A; 1NNE A; 4DTU A; 3N4Q A; 3KHY A; 4CEO A; 2BAN A; 2KQ2 A; 2IAJ A; 5C10 A; 4FJ9 A; 5GAE P; 1HNW K; 2FBV A; 3CC2 N; 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