The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
66
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sequence length |
206
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structure length |
198
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Chain Sequence |
GTLIRATTLSRLSFIDVVNDNGFYQFEKPKEGRKYVATLDCSEGRGQDYHALQIIDITEFPYKQVAVYHSNTTSHFILPDIVFKYLMMYNECPVYIELNSTGVSIAKSLAMDLEYDNIICDSFIDLGMKQSKRSKAMGCSALKDLIEKDKLIINHKGTIQELRTFSEKGFHDDLVMSLVIFGWLTTQEKFAEYAGKDE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The structure of the phage T4 DNA packaging motor suggests a mechanism dependent on electrostatic forces.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Terminase large subunit
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| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Enterobacteria phage rb49
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| total genus |
66
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| structure length |
198
|
| sequence length |
206
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-02-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5C2F A; 4IDH A; 5M1K A; 4IEI A; 5C15 A; 5M1Q A; 5M1O A; 3CPE A; 3C6H A; 5M1P A; 5M1F A; 4IEE A; 5C12 A; 5C2D A; 5M1N A; 3C6A A; 4IFE A; 5C10 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5KRT A; 3FGU A; 3TWH A; 2HOE A; 4C8K A; 4DCH A; 5EXW A; 4A5A A; 4FWK A; 2FSJ A; 1TYQ A; 4DV5 K; 1WAF A; 3O3G A; 3L8B A; 3SAG A; 2UUB K; 3EKS A; 4LC9 B; 4OKE A; 3K0S A; 3OBW A; 5FRM A; 4FWQ A; 1NOZ A; 3VEZ A; 3M8S A; 3F2K A; 1TAQ A; 5I3U A; 3SYZ A; 1WSJ A; 2YNH A; 2W6K A; 1U4B A; 2RE2 A; 3AVG A; 5AZJ A; 4DTM A; 2OCE A; 2P9P B; 2WTU A; 1KSP A; 1Z25 A; 4I2Q A; 1SKW A; 3JS6 A; 1SKS A; 1S1X A; 4GVM A; 4BY9 C; 4AHS A; 4CZJ A; 1RDC A; 2G8U A; 3L3V A; 3AVC A; 3NF9 A; 2XY7 A; 5FRN A; 3OYI A; 4NCB A; 2A1S A; 4DLE A; 5ADX H; 1UOC A; 2A41 A; 1UAX A; 5DM7 L; 1NJY A; 5BPL A; 4JEP A; 4FO0 A; 5BPN A; 1R0A A; 2YX6 A; 3ZSX A; 1JXB A; 1RDA A; 3OHR A; 1B9F A; 2WFB A; 4CZG A; 1B9D A; 4HCB A; 5TKW A; 1J53 A; 1T8E A; 5GAE P; 1WBB A; 3HPH A; 3ZT0 A; 4FWS A; 2YHW A; 3MN7 A; 2IVN A; 4B1U B; 5CHI A; 3K58 A; 4RG8 A; 2ZE2 A; 4JKG B; 4BRC A; 3U6F A; 3LM9 A; 5AFU H; 5LJV A; 1D9F A; 1RBU A; 2YJF A; 1RDD A; 4FW2 A; 4AM7 A; 4ILG B; 3TTD A; 4EP4 A; 3EKU A; 4BR4 A; 3G0Z A; 4ID5 A; 3D2F A; 4IBN A; 4GV9 A; 3IAY A; 4B1Y B; 1TKD A; 4FOI A; 4CHP A; 3MK6 A; 4FJN A; 4BWM A; 4BR2 A; 1NOY A; 2HNZ A; 4PL7 A; 2AA4 A; 2ZM6 K; 3DXM B; 4JKF A; 1KAX A; 4M3T A; 1JCE A; 4J2A A; 3VGM A; 2O8C A; 1NNE A; 4C1N K; 1Q82 O; 5CZ1 A; 4IWV A; 3V6D A; 3JSM A; 1L3T A; 3N4Q A; 2O4G A; 4FWM A; 2KLA A; 4CCH A; 2AJQ A; 3U3Y A; 2F8T A; 2HF3 A; 3VGL A; 3L2Q A; 1T05 A; 1C0F A; 4KH4 A; 3GL1 A; 3L2V A; 4CZE A; 1BL3 A; 3AA2 A; 4DTU A; 2W40 A; 3T69 A; 4HUG A; 3UKU B; 1HJO A; 4OKJ A; 4ISF A; 2HHU A; 3EL2 A; 3CCR N; 2Q0U A; 2BAN A; 4RTF D; 4JI3 K; 4FWN A; 5HOO A; 4OX9 K; 3D2E A; 4KFB A; 3ID8 A; 2GX9 A; 1U2V A; 1VSI A; 3VQA A; 3ZSO A; 3CCL N; 4IOA L; 3I8D A; 4B1V A; 1NKE A; 2XY8 A; 4IG3 A; 4BRF A; 4H0V B; 2XY5 A; 1MA9 B; 4O4G A; 5AQX A; 1NJZ A; 3EE9 A; 4YDU A; 1U04 A; 3CF5 L; 3KVG A; 5H1S Q; 1BA0 A; 1EKE A; 1UA0 A; 3AA5 X; 3E1Y A; 4EZ9 A; 1J9A A; 1QZ5 A; 3ZET A; 1ZBH A; 1IJJ A; 2VGN A; 3CFO A; 1QTM A; 1LWE A; 3JXU A; 4KPY A; 4DR6 K; 4YOW A; 5HRN A; 3K2P A; 5EU7 A; 3NBP A; 4I9L A; 5CE3 A; 1VQK N; 3UB5 A; 2VGM A; 2O8F B; 3MEE A; 4BRG A; 4OPJ A; 4PHT X; 5KPR A; 4L3Q A; 5B8H A; 1KC8 O; 4JKD A; 2D5R A; 3G4S N; 1FXX A; 3CMA N; 4JRP A; 3CCQ N; 2A40 A; 3CYM A; 5AQF A; 4JKH A; 3VER A; 1YVN A; 3IKM A; 3LP3 A; 3ITH A; 4IXC A; 1JLG A; 3IUC A; 1BI4 B; 2D0P A; 4RW9 A; 1LV5 A; 3HPG A; 2O8B A; 2JGU A; 2YKM A; 3O4N A; 1NK0 A; 2KZZ A; 4B9U A; 4BE2 A; 2B5J A; 2F4V K; 1JKH A; 1X1P A; 3FE1 A; 5C2D A; 3RWU A; 2QWN A; 3KK7 A; 1VQ5 N; 2RKI A; 3DLH A; 2GUP A; 4CK3 A; 4H5R A; 2X6N A; 4DV3 K; 4H8K A; 5FRO A; 1VQ9 N; 5KI6 A; 3OVN A; 5E41 A; 3OA9 A; 2VYP A; 5FPN A; 1K8K B; 1ZBU A; 2OPQ A; 3SMS A; 1CZB A; 1VSH A; 4NB4 A; 3ZEU B; 3D0P A; 1GOC A; 3BGR A; 4NYN A; 1YIT N; 4F2S A; 4E1J A; 3AO3 A; 1KVC A; 4CIG A; 1NGH A; 3DOL A; 4KKO A; 4TSX A; 5LY3 A; 1L3S A; 1C1A A; 1NGJ A; 1TYQ B; 4R79 A; 3L3U A; 1GLF O; 1XC3 A; 4CI6 A; 2D0B A; 1TVR A; 3HVR A; 3PX6 A; 2CH6 A; 1RGI A; 3L0Q A; 4CEE A; 1BA1 A; 2ASM A; 3P83 D; 4FM0 A; 2OZM A; 4I7F A; 4HTU A; 1KD1 O; 3M8Q A; 5AZJ B; 3LWM A; 1N36 K; 3HVT A; 1TKT A; 5C24 A; 3VA3 A; 4IG0 A; 1GLD G; 3A0I X; 5C42 A; 1XI1 A; 3WNG A; 3OY9 A; 3V9W A; 1K73 O; 3SQ0 A; 4J2D A; 1J6Z A; 4EZ6 A; 2UXB K; 4BDY A; 3PLA A; 4CZH A; 4ZTF A; 5AZI A; 1WAJ A; 2UXD K; 2IOC A; 3VQ7 A; 3O9S A; 1TAU A; 1FKO A; 3S41 A; 1ILY A; 1SAZ A; 3KZB A; 4CHZ A; 2E4L A; 2E6L A; 4IFY A; 4PUO A; 4BRL A; 1Y97 A; 2JLE A; 1EO1 A; 4DTS A; 4NO7 A; 1MWK A; 4ELV A; 1OVY A; 3KD5 E; 4O0J A; 3MN9 A; 4U7B A; 4BR9 A; 3AGK A; 2PAV A; 4FOE A; 2HST A; 2I7N A; 5GAH P; 3HOS A; 4LF5 K; 3VQ8 A; 4DQR A; 4EP5 A; 4FJ9 A; 3IMX A; 3J8A A; 4OKK A; 3BZK A; 4KHQ A; 1VSK A; 4AHT A; 1T03 A; 3OYC A; 4C23 A; 2P1J A; 4CJS A; 1W2B M; 3D2F B; 3HK2 A; 4KTZ A; 4OO1 J; 3EO3 A; 3OBY A; 2QKB A; 3K5M A; 3SPZ A; 4WYB A; 3THY A; 4K0K K; 4DUY K; 3A2F A; 4FCY A; 1HNZ K; 1VRU A; 3QBX A; 4DQP A; 3AVI A; 1N34 K; 4DF8 A; 2HB5 A; 3LP2 A; 3TAN A; 1DGK N; 1I3A A; 4FLT A; 1ITG A; 3CCS N; 3T19 A; 4LF7 K; 3O1W A; 4CFD A; 3CM6 A; 2FSK A; 3DOK A; 4E7L A; 4E7H A; 3PO4 A; 3VQD A; 3OYJ A; 3U9D A; 1FKP A; 1IH7 A; 4AHR A; 2FLO A; 2A6A A; 1YJN N; 4JK7 A; 3TAE A; 2NNW A; 5AQY A; 4GKK K; 3OYK A; 4JI4 K; 4H0X B; 4DU4 A; 1MU2 A; 1NGB A; 4OJR A; 3AVH A; 5LJW A; 4C8L A; 1RFQ A; 4C1N I; 1N33 K; 5SWM A; 2E20 A; 1ZXO A; 3KD1 E; 2KKZ A; 3OYG A; 2NRZ A; 3L2U A; 3KWG A; 4K8X A; 4JD2 A; 2JWK A; 3O9Q A; 4ICL A; 5CR4 A; 3A8Y A; 3E9O A; 3TAQ A; 3K5O A; 4JI0 K; 4GKJ K; 2O8E A; 5TKY A; 3KKS A; 5E84 A; 1F21 A; 1RT2 A; 3OYE A; 3TAM A; 4BG8 A; 1IO2 A; 1U2V B; 3CG7 A; 5DMR A; 3ISN C; 1CZ9 A; 3QES A; 1X3N A; 4DR2 K; 1OH7 A; 1S22 A; 1YAG A; 5GAG P; 2E5L K; 1YTA A; 2OPS A; 3C6T A; 2HHS A; 4FJX A; 1Q81 O; 4OPA A; 4CF0 A; 2BTF A; 4Z4I A; 3AO4 A; 4PA1 A; 4YHH K; 4JHD A; 1ASW A; 3ATV A; 3ASM A; 2KW4 A; 3MX2 A; 2E2Q A; 4A59 A; 3SQ2 A; 2DY4 A; 1Q18 A; 1QQN A; 3BP8 A; 4ISG A; 4DQ8 A; 1S6P A; 2QTD A; 5AQS A; 4WQ5 A; 5F1X A; 4DR7 K; 2BE2 A; 5DM6 L; 1VQ6 N; 3O9T A; 4CF9 A; 3VEX A; 3HSC A; 2E6M A; 3V4I A; 2O8B B; 2VG5 A; 5AQM A; 4LSN A; 3JAM O; 4JYA K; 4DKW A; 2PBD A; 3DAW A; 1HNV A; 3A5M C; 5AQV A; 4IZ9 A; 4FL9 A; 4DFM A; 1CLQ A; 3P39 A; 3L2R A; 4CW7 B; 3BZC A; 4KRE A; 1U49 A; 3ZSZ A; 3EE8 A; 1K9M O; 2D0C A; 5F2R A; 4LH4 A; 1D5A A; 3AVK A; 4LFA K; 4GMJ B; 2HND A; 5FPE A; 3GOI A; 4O8K A; 4Y1C A; 1HJR A; 4O55 A; 4GY2 B; 2VWK A; 1WSG A; 3H45 C; 4FJI A; 4K42 A; 4B1Z A; 1S1T A; 1BCO A; 1TKZ A; 3P31 A; 1NWK A; 3CCJ N; 2G8H A; 4KHP K; 4CJU A; 4BRA A; 3D6R A; 4DQS A; 2IVO A; 4WE1 A; 5J1E A; 3GG4 A; 4CZM A; 5HRP A; 4JS5 A; 1NKB A; 3ZSQ A; 1XC9 A; 1XMO K; 3QIO A; 4BVP A; 3TSQ A; 4H5N A; 3CJC A; 3O3F A; 3OTO K; 4MDA A; 3AO2 A; 3QFP A; 4WFA L; 4IOX A; 2Q3S A; 4FZY A; 1V4S A; 2WC9 A; 2XRI A; 4BG9 A; 1VQ4 N; 4FJG A; 4X64 K; 4CEC A; 5JLH A; 5EOY A; 3JYT A; 4H0Y B; 1S6Q A; 3ZT2 A; 5J2M A; 4CJK A; 5AZI B; 1Z26 A; 3H1V X; 1L3U A; 1NGA A; 3VTI A; 1Y64 A; 4FK4 A; 3H1Q A; 2KZM A; 3IG1 A; 3KKR A; 3GE1 A; 3SAH A; 1U6Z A; 4CBU A; 3BDP A; 4Z0U A; 1GLL O; 1S3X A; 4H5V A; 1T3V A; 4DSI A; 4B3M K; 3K9K A; 4BRQ A; 1Z6R A; 1VQN N; 3T1A A; 1YXQ A; 4BR0 A; 1W7A A; 5FPM A; 5FDL A; 4WFN L; 3H3O B; 3HI0 A; 1WSF A; 4WQ4 C; 1JXE A; 3KK2 A; 3CER A; 4JKC A; 1YUW A; 3WXI A; 4ID1 A; 5T7B A; 3WNE A; 1WNS A; 2QWM A; 3CM5 A; 3DM2 A; 3I56 N; 2ASO A; 4Q5V A; 2NRR A; 2KFZ A; 4BC2 A; 1VAZ A; 3CME N; 3PSF A; 3ENO A; 3THY B; 1N5Y A; 3PX0 A; 2NLX A; 3G10 A; 2GWJ A; 2E2N A; 1DLO A; 1YHQ N; 1ZYQ A; 3NDK A; 3TAG A; 3G71 N; 5BRE A; 1BIZ A; 4DFJ A; 3J7Z O; 5AQW A; 4AF1 A; 2KFN A; 1M1K O; 4FW1 A; 3OS0 A; 3MCA B; 3DLG A; 4KRF A; 3GBT A; 1GLB G; 3NAE A; 1NK5 A; 4AHV A; 2Y1I A; 4FLZ A; 2QW9 A; 3ZX3 A; 2YJE A; 2YHA A; 2NRT A; 3P38 A; 1NGC A; 3QEP A; 4FXD A; 1JLC A; 3HST B; 1ESV A; 1RDU A; 1XHX A; 3VQ9 A; 3THV A; 4JD2 B; 4ILH A; 3NE6 A; 3RMD A; 2X74 A; 3UE5 A; 2O8E B; 1C0T A; 2P51 A; 3QEW A; 1JL2 A; 3H6E A; 1WSI A; 5C2F A; 4CZI A; 2ATQ A; 4JNE A; 4HWI A; 5AR0 A; 4IJA A; 4DR5 K; 1HQE A; 2ITM A; 3O08 A; 1Z05 A; 1NGG A; 3G25 A; 2DTU A; 5FLX O; 2QEX N; 3C65 A; 1QHA A; 4GV3 A; 1KQS M; 3J81 O; 3S3N A; 3QFU A; 3KK3 A; 4JHD B; 3VEV A; 3LWL A; 3VQE A; 1EWR A; 5M1N A; 3AVJ A; 4CF8 A; 3HBT A; 2LSN A; 2HF4 A; 2V52 B; 5EX5 A; 5BRF A; 1YJW N; 2FBT A; 2YNF A; 1C1C A; 1BG3 A; 3AA3 A; 4XEI A; 2P9S A; 4A62 A; 4M3U A; 2QWR A; 3R1X A; 1JCF A; 4BGB A; 4FZX C; 1NLV A; 5JVG L; 3SQ4 A; 4FLU A; 1H1V A; 3MXI A; 1TK8 A; 2W6L A; 3PSI A; 3I33 A; 4JN4 A; 1T44 A; 4CF2 A; 4O5B A; 4WQ5 C; 1KCF A; 3P1G A; 4I2P A; 2B4J A; 1GLA G; 1BQN A; 2FC0 A; 4O8U A; 4DSK A; 4LF8 K; 3DLR A; 4R5P A; 4PKG A; 2CGK A; 4FSV A; 4FJ7 A; 1TL3 A; 3RVC A; 1P8Z A; 3SUO A; 3WUH A; 4FPB A; 1QS4 A; 1SL2 A; 3M8P A; 2E1Z A; 4UY8 O; 3DRP A; 3HTV A; 3L2W A; 3R3L A; 4QCL A; 2BDP A; 2QXF A; 4DHY A; 2HHT A; 3UKR A; 5M1O A; 4CGD A; 1NGF A; 2IC3 A; 3V1Q A; 5I9E B; 4A61 A; 3HPO A; 2Q31 A; 5KTQ A; 1NM1 A; 1LWC A; 2FF6 A; 1JCG A; 3FZL A; 4OGC A; 4B1W B; 4DSE A; 3Q7B A; 4KB0 A; 1QHT A; 3LDO A; 1YT3 A; 4CJ7 A; 4W5Q A; 4OLA A; 3DI6 A; 3NGZ A; 4N76 A; 1RIL A; 4JKB A; 3MDQ A; 4O5F A; 3LDS A; 4DTN A; 5KPZ A; 4F3T A; 2Q0R A; 3VQP A; 2CGJ A; 2F8S A; 2DPN A; 4RW7 A; 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4EHT A; 3DRR A; 3T1Y K; 1ASU A; 4CZL A; 4M7Y A; 1NK4 A; 5JS2 A; 2ZJP L; 4B9T A; 3K5L A; 4DS5 A; 2QM1 A; 3V9X A; 4CHO A; 1HX1 A; 4ZHR A; 3RR7 A; 3EZ5 A; 4BVO A; 1Q9Y A; 3OYA A; 5I42 A; 3FLC O; 2IS3 A; 3TTF A; 2ZQB A; 2OPR A; 3ALY A; 3NVK A; 3H3N O; 3NH0 A; 2P9K A; 3NF6 A; 4KBO A; 1NGE A; 1KXP A; 4DWI A; 1R59 O; 5BR8 K; 2WUS A; 4M3W A; 4N41 A; 5KPT A; 4A2B A; 3ZLJ A; 2HHH K; 3U4L A; 1VQ8 N; 3MWT A; 3OYD A; 3KJV A; 1NG9 A; 2E2O A; 2YHX A; 3AO1 A; 3SUP A; 1KAY A; 3EN9 A; 3O5B A; 4CGJ A; 3ATU A; 4UQG A; 4DSJ A; 2H3G X; 3CPE A; 2XY6 A; 4OGE A; 2CH5 A; 3ZSR A; 4RW4 A; 3RMC A; 3EY1 A; 1T7P A; 4W5T A; 1QE1 A; 1DTT A; 1SUQ A; 1S72 N; 4DF4 A; 1RT3 A; 3NF8 A; 4FLV A; 3DLB A; 4CJR A; 1EX4 A; 4QS8 A; 3NH1 A; 3PIP L; 1LW2 A; 2HBJ A; 3BEX A; 4YOR A; 4JI2 K; 4K8Z A; 2UU9 K; 2P9S B; 1X9W A; 1HPZ A; 4H03 B; 3L6Q A; 3THX A; 3HM8 A; 4PY5 A; 3HM9 A; 4PKH A; 4X65 K; 3VET A; 3LPU A; 1HR0 K; 2WBN A; 4NLB A; 1BIU A; 4FK2 A; 4AQY K; 3I0R A; 1HLU A; 1YF5 L; 4Y0W A; 2VG6 A; 1VSE A; 3SBG A; 5KGX A; 4IOC L; 1WSE A; 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