The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
66
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sequence length |
206
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structure length |
198
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Chain Sequence |
GTLIRATTLSRLSFIDVVNDNGFYQFEKPKEGRKYVATLDCSEGRGQDYHALQIIDITEFPYKQVAVYHSNTTSHFILPDIVFKYLMMYNECPVYIELNSTGVSIAKSLAMDLEYDNIICDSFIDLGMKQSKRSKAMGCSALKDLIEKDKLIINHKGTIQELRTFSEKGFHDDLVMSLVIFGWLTTQEKFAEYAGKDE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The structure of the phage T4 DNA packaging motor suggests a mechanism dependent on electrostatic forces.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Terminase large subunit
|
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Enterobacteria phage rb49
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| total genus |
66
|
| structure length |
198
|
| sequence length |
206
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-02-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5M1Q A; 5M1N A; 4IDH A; 3C6A A; 3C6H A; 4IFE A; 5M1P A; 5C15 A; 5M1F A; 4IEE A; 3CPE A; 5C10 A; 5C2D A; 5C2F A; 4IEI A; 5M1K A; 5C12 A; 5M1O A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DR7 K; 4CE9 A; 4FJ7 A; 4IOA L; 1YUW A; 3AA4 A; 3I8D A; 1WUA A; 3PSI A; 2HB5 A; 5HRS A; 1GOB A; 1WOQ A; 5EOY A; 3VF2 A; 1LOT B; 3KTQ A; 4EZ6 A; 4MLH A; 3OYC A; 3VQ4 A; 4FJ9 A; 1EX4 A; 5JLF A; 2O8F B; 3VEX A; 3FZF A; 2B4J A; 3V6D A; 3K5O A; 4CEO A; 4JN4 A; 3VQQ A; 3ZT4 A; 5BN9 A; 2BTF A; 2UXC K; 4PA1 A; 3OW2 M; 1FK9 A; 3FZK A; 3VF4 A; 2QWO A; 4CJE A; 1YIJ N; 3A2F A; 5AQJ A; 2P9K B; 2NRX A; 3D2E A; 4A2B A; 4YOW A; 1QSL A; 2HHX A; 3CJC A; 4DTN A; 3UKU A; 3CFR A; 1IKX A; 1LW2 A; 2VG5 A; 4PY5 A; 1NNE A; 4FZX C; 3O8M A; 4H0P A; 5ELZ A; 4CJL A; 4B1W B; 1IBM K; 4LF5 K; 1GLD G; 4LH4 A; 1U6Z A; 4NYN A; 4B1Z A; 4IFY A; 4PKG A; 3QEV A; 2WC9 A; 1BL3 A; 3NF8 A; 1HX1 A; 1S1T A; 3AVB A; 4BRI A; 4JYA K; 4BAC A; 4B3O A; 4B1V A; 3G10 A; 1KD1 O; 3CM6 A; 1QQC A; 2IS3 A; 2Q1N A; 5LJW A; 4W5R A; 3SQ1 A; 3VQ6 A; 2VWK A; 2NUB A; 3NBP A; 3IRX A; 3RMA A; 4WCE L; 5JS1 A; 3OBY A; 3DI6 A; 4BR2 A; 4CZH A; 3EZ5 A; 5AQK A; 4KKO A; 2V52 B; 3TAG A; 3VQ7 A; 1WSG A; 1Z6R A; 3CCQ N; 1VQ7 N; 5BR8 K; 4FZY A; 4DR5 K; 4E1J A; 4WQ4 A; 3UKR A; 4Z4E A; 1HJO A; 3HXM A; 3OYF A; 4BDZ A; 3A5M C; 4CGH A; 1QVG M; 3U8X A; 3DLK A; 4H0O A; 2RN2 A; 3AVF A; 3LZI A; 4DFM A; 4DHY A; 4IZ9 A; 3I33 A; 4N5S A; 4DFK A; 4YOT A; 4J2A A; 3VMF B; 1KTQ A; 4LFB K; 3SQ0 A; 3O9S A; 2NZT A; 4CHZ A; 4CK2 A; 4DV3 K; 3BZC A; 1L3U A; 3D0P A; 2QTD A; 3O3G A; 3DLL L; 4FWO A; 3V9U A; 4M3X A; 4M63 C; 3IAY A; 1N6Q A; 3TTF A; 2V7Z A; 4JEP A; 4DF8 A; 3P31 A; 2VQE K; 2I7N A; 4BE0 A; 1S22 A; 3CQY A; 3THW B; 3JAM O; 1G99 A; 2P9K A; 1YIT N; 3E01 A; 4GV9 A; 2HHQ A; 1N33 K; 1OVY A; 4EIA A; 4DV1 K; 5HRO A; 3SPY A; 4F2S A; 3AVI A; 4ILJ A; 3VGL A; 1LWF A; 1S1U A; 1I94 K; 2HHS A; 1R59 O; 3QIN A; 1JXB A; 3R6M A; 3J7A P; 3ZYY X; 4HUF A; 1BU6 O; 4JS5 A; 4KPY A; 1EWR A; 1QZ6 A; 5AQU A; 3DOL A; 3THV A; 3HSC A; 3VQP A; 3LM2 A; 4ISF A; 5HLF A; 4B9L A; 2BGG A; 3DJC A; 5I42 A; 4BR7 A; 1T44 A; 3M5R A; 4CK1 A; 4Z4C A; 1FKP A; 1Z05 A; 4PL7 A; 2KW4 A; 3NVK A; 3BP8 A; 3T3F A; 3S3M A; 4MO4 A; 3LP0 A; 2AA4 A; 4CHN A; 2CGK A; 2NNW A; 2VWJ A; 4AHT A; 1ZBI A; 3D2F B; 5CZ2 A; 1TAQ A; 4LD0 A; 1M1K O; 3ZEU B; 4H5T A; 3MED A; 3NF9 A; 4M7Y A; 4OGC A; 5FLX O; 2JWK A; 4DQQ A; 1HKG A; 2F4V K; 2YNG A; 4CGF A; 4Z4G A; 2IOC A; 3K57 A; 1BQM A; 2P9P A; 2E2P A; 1ASU A; 4FJ5 A; 4OKK A; 4RCH A; 3TAR A; 4E7I A; 4AQY K; 3F9K A; 4M45 A; 2A5X A; 1NJZ A; 4E3S A; 4GNI A; 3KK7 A; 4JKF A; 4DF4 A; 4FLZ A; 1FW6 A; 2CGL A; 1JLF A; 1WLJ A; 3LL3 A; 4I9L A; 3EKU A; 3BGR A; 3H1V X; 4CHQ A; 4C23 A; 3KKS A; 1TK5 A; 3JYT A; 3VQ5 A; 3QEI A; 1NGH A; 1NGF A; 4DV2 K; 2P9N B; 1A5W A; 2Q3S A; 3V9W A; 4CVN E; 4FJ8 A; 2DFH A; 3M8P A; 4B3T K; 4DS4 A; 1X9S A; 4LF6 K; 2HVH A; 3EE9 A; 4PKI A; 1T3V A; 1Q82 O; 3THW A; 1RT5 A; 1D4X A; 1T7P A; 3LDP A; 2UUB K; 3TU5 A; 3NAE A; 4FM1 A; 2Q36 A; 5AQP A; 2IC3 A; 2P1J A; 4XH4 A; 3KD1 E; 3QEX A; 3UIQ A; 1BQN A; 3ITH A; 1HKB A; 1NJX A; 2QW9 A; 2KQ2 A; 2QKB A; 2OPS A; 2HMP A; 1HQE A; 3EE8 A; 3NCI A; 3L4Q A; 4X66 K; 4CJP A; 3CER A; 4E0D A; 3OYI A; 4CJQ A; 3L2U A; 4A59 A; 3SQ2 A; 3PIP L; 4B08 A; 1TAU A; 3MWP A; 1SL2 A; 2QM1 A; 4FJL A; 4DFP A; 1VSM A; 4Z94 A; 1P90 A; 5KQD A; 4OX9 K; 3HT3 A; 5JVG L; 3OYK A; 3ZET B; 5F1X A; 2D0C A; 3M1F A; 1TUU A; 3AVG A; 3TAE A; 4BRP A; 5M1P A; 4F2R A; 3OYG A; 1T8E A; 3RVC A; 4JHD B; 5F2R A; 3O1B A; 5KGW A; 4FPB A; 4JLH A; 4M3Y A; 2GTD A; 1NGB A; 2ATQ A; 5C42 A; 4BDY A; 3LWL A; 3D2F A; 3L2Q A; 2E20 A; 1HPM A; 3ZEU A; 4KH6 A; 4B1Y B; 3VEZ A; 4CHP A; 3RMD A; 5C0Y A; 3PO4 A; 2ZF5 O; 4JI5 K; 3HVR A; 4JKE A; 2F8S A; 1BCM A; 5C2D A; 4K41 A; 2Q2R A; 3FR0 A; 3AVJ A; 3EZW A; 1BA1 A; 4DS5 A; 3WXM B; 1MA9 B; 3OYN A; 1QVF M; 2FXU A; 5BN8 A; 1VQ4 N; 3T7Z A; 2G8F A; 3THX B; 3JXU A; 1YF5 L; 3SBT A; 4KRE A; 3H3O B; 5HRP A; 2VG6 A; 2O8B A; 2GBZ A; 2YHB A; 4FL9 A; 2HHT A; 1DT9 A; 4O0I A; 1FXX A; 5AJ3 K; 4Y1C A; 5BRF A; 3HP9 A; 4QS8 A; 1WSF A; 3DAW A; 3FLC O; 4DTU A; 3M6G A; 2YJF A; 3QER A; 2P9N A; 4G1Q A; 3LP1 A; 3HOS A; 3CCL N; 1J6Z A; 1KVA A; 4YOU A; 5DM7 L; 4OJR A; 4FLW A; 3C6H A; 2QEX N; 4H5N A; 3HO1 A; 3AGR A; 1NGD A; 4Z0U A; 1NGJ A; 1WN7 A; 2X74 A; 4CCH A; 1SQK A; 1HR0 K; 2G8V A; 4A57 A; 3EN9 A; 4B8A B; 5E26 A; 5EXW A; 3G4S N; 2ASP A; 4CIE A; 1X3N A; 3L3U A; 4M3Z A; 1BO5 O; 1N8R O; 1WSH A; 5AQG A; 4O8K A; 1XC3 A; 3ZSO A; 4BRG A; 1DEJ A; 5AQV A; 3CG7 A; 4BDP A; 2G8K A; 1VSJ A; 3FFI A; 1XHZ A; 1SKW A; 3G0Z A; 3ZX2 A; 4V19 S; 4N47 A; 5FPE A; 2F9T A; 1M90 O; 5C15 A; 4QS9 A; 4JRP A; 5AQI A; 2VGM A; 3CC7 N; 4GVM A; 3WQT A; 4JHD A; 1D9F A; 2WUS A; 5FDL A; 4NLC A; 1NKC A; 2A1S A; 4IG3 A; 1QHA A; 4ID5 A; 4YDU C; 4A5A A; 3FFK B; 3QBW A; 3HI0 A; 1NK0 A; 3TWH A; 1KQS M; 4Y0W A; 4KHN A; 3K2P A; 3DYA A; 4J2E A; 2B6A A; 2BDP A; 4BWJ A; 4RW8 A; 3P1G A; 4DMN A; 4FWM A; 5AZJ A; 1NK7 A; 3CCS N; 1VQ5 N; 2F9W A; 3AAR A; 4PL8 A; 3EKS A; 5LJV A; 3RWU A; 2P9U B; 1U2V B; 4B1U B; 1Q18 A; 3DLG A; 3SYZ A; 3CI5 A; 2FBY A; 4OVL A; 5MLC Q; 3RTV A; 3LPU A; 3THX A; 4GVE A; 4BGB A; 4B9V A; 4YOY A; 4MDA A; 4DLE A; 3VEV A; 4KTQ A; 3J80 O; 1QTM A; 4RTF D; 5M1F A; 2WTU A; 4MFB A; 1KAY A; 4G9Z A; 1YAG A; 4FW1 A; 4FWS A; 4JKG A; 5GAD P; 4DV6 K; 4M3U A; 1XMO K; 1REV A; 2GEL A; 4B8C A; 1BGX T; 4B9U A; 2GUP A; 1U04 A; 1VQ8 N; 3LAM A; 4DQ8 A; 1CZ9 A; 1U45 A; 4BC4 A; 3AO5 A; 4GV3 A; 3I0R A; 4OPH A; 3BZK A; 3WT0 A; 5D3G A; 4LF8 K; 2QWM A; 1W2B M; 4FK2 A; 4I2P A; 4MLE A; 3O08 A; 3LP2 A; 3OS0 A; 1RTD A; 5SWM A; 4LSL A; 3QFP A; 3DMJ A; 1N5Y A; 2VCP A; 4BC3 A; 2NRT A; 4OPJ A; 1OH7 A; 3CCU N; 3VQA A; 2ZM6 K; 2XHB A; 4FWP A; 1KFD A; 1Q81 O; 3V9S A; 3ZSR A; 4X64 K; 2GV9 A; 1RBU A; 1ATN A; 1GLA G; 2D1K A; 5HRR A; 3DM2 A; 3K5N A; 3K58 A; 4WFN L; 3OS2 A; 2RF2 A; 3HVT A; 4NYF A; 4KB1 A; 1GLB G; 3OYA A; 3KKR A; 3MCP A; 1RIL A; 2F96 A; 3UB5 A; 4FSV A; 4CHO A; 3KLF A; 3H3N O; 4AHR A; 2XY6 A; 3KD5 E; 1TK8 A; 3IG1 A; 4JAX A; 5GIP A; 2HHV A; 3BDP A; 4WFA L; 2PBD A; 3CJ9 A; 4IJA A; 4CEF A; 4DSI A; 3KVG A; 3ZSW A; 1RT4 A; 1D5A A; 4CJU A; 2FSJ A; 3NMU A; 4GW6 A; 2HHU A; 4DV0 K; 3VN5 A; 1UAX A; 1RDW X; 3CFO A; 1NGE A; 2VYP A; 1NGG A; 3SAG A; 3G71 N; 4XH5 A; 1VQ6 N; 3O9U A; 3O9Q A; 4BG8 A; 5KQ8 A; 1SV5 A; 2AJQ A; 4BRH A; 3LWM A; 1Z25 A; 4K42 A; 3SAF A; 4B1X B; 3A0I X; 4CJR A; 3BUZ B; 4FWK A; 4BWM A; 1Y64 A; 2RHK A; 3VEY A; 2Q97 A; 2EWS A; 1QZ5 A; 3O80 A; 1RT6 A; 2P9U A; 1TKT A; 4H0Y B; 2E6M A; 1XI1 A; 4QS7 A; 1NJW A; 3BEX A; 3TTD A; 5CYM A; 2XO7 A; 4BRC A; 3TPQ A; 4H0X B; 4O5B A; 3OTO K; 1X1P A; 1BG3 A; 1YTU A; 5CHI A; 5AQN A; 2KLA A; 1VSK A; 4HTL A; 5ADX A; 3VQE A; 3HBT A; 1C0T A; 3OA9 A; 1YVU A; 3K5L A; 4E7K A; 1U47 A; 1KC8 O; 3WQU A; 4UQG A; 4B9T A; 1ZBF A; 1KAZ A; 3AO3 A; 4FWR A; 3CET A; 3M8S A; 3HYF A; 4J8F A; 4X62 K; 5KPT A; 3M3Z A; 5T7B A; 4JI8 K; 3HZ6 A; 1ATR A; 3LZJ A; 2KFZ A; 4BE2 A; 2PAV A; 3HTV A; 4O0J A; 2ZJQ L; 1NK5 A; 3P38 A; 3C6A A; 2YNF A; 3B6O A; 3SJJ A; 3SK3 A; 3ZT0 A; 4CK3 A; 3K5M A; 5IWA K; 1J9A A; 2FLO A; 4H03 B; 3J7Y P; 2FBT A; 1GLE G; 3DXK B; 3ZT2 A; 1S1X A; 4FOI A; 4K43 A; 4AM6 A; 1KCF A; 4CJW A; 1KFS A; 4RWT A; 1HNV A; 2ZWH A; 3GL1 A; 2X6N A; 4CJS A; 3CCJ N; 4KFB A; 2OTL N; 2ZJR L; 1BUP A; 1IBL K; 4FJN A; 3RSE B; 3CC2 N; 4B9S A; 4JK7 A; 3WXK A; 4ELV A; 4QOZ B; 3AVN A; 1TL1 A; 2GEM A; 4DR3 K; 1ILY A; 1S9E A; 2HND A; 1GLF O; 5AFU H; 3QIO A; 5LL6 Z; 5BRH A; 2GX9 A; 3C65 A; 4CEA A; 2FF6 A; 5C12 A; 2VGN A; 1SKR A; 1RTH A; 1LAW A; 1J5E K; 1JLQ A; 3SUP A; 3R8E A; 3T19 A; 5JS2 A; 3ZX0 A; 4DUZ K; 3AVM A; 3CYM A; 4FWL A; 4BRK A; 4HTU A; 1OVQ A; 1OKJ A; 4BQZ A; 3U9D A; 3CQX A; 2O8F A; 2E1Z A; 3V9X A; 2ZGY A; 4JKC A; 1WAJ A; 3FGU A; 2HBM A; 3VET A; 4A5B A; 4JI4 K; 2F7T A; 2FSN A; 3CM5 A; 1K8A O; 2PY5 A; 3LAK A; 2E88 A; 3VF6 A; 4KHY A; 1K8K B; 4CEC A; 4AH9 A; 1VQN N; 1GLC G; 4KRF A; 3DWL A; 4DSF A; 2QWQ A; 4CD1 A; 2IDO A; 2W42 A; 3CMA N; 3LAL A; 4EP4 A; 4BC5 A; 4DQR A; 4OPA A; 3OYB A; 5KRT A; 1DTQ A; 1GOC A; 1ZYQ A; 4DTM A; 1X9J A; 2D4W A; 4PHT X; 2IIR A; 1NG9 A; 1HQU A; 3AO4 A; 4EHU A; 2HF3 A; 3ZSX A; 4HCB A; 1NWK A; 3SUQ A; 5FRO A; 5AQW A; 3SV3 A; 1FKO A; 2A1R A; 4OLB A; 4UY8 O; 1SUQ A; 4I2Q A; 2FSK A; 2PYL A; 5AQQ A; 4Z4F A; 3LAN A; 3L2W A; 1B9D A; 3O5B A; 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3O3F A; 3C6T A; 3MK6 A; 2YHY A; 1XNR K; 3NGI A; 3ULD A; 4IDK A; 3WNE A; 3MWT A; 4DTX A; 3QLH A; 3CJA A; 4MQ3 A; 4IBN A; 4O5F A; 4AHV A; 3QEW A; 4EAH D; 4OLA A; 1LCU A; 2A42 A; 4JK9 A; 3CC4 N; 1UA1 A; 3L2R A; 3KK1 A; 4R79 A; 2QK9 A; 3EYZ A; 3LPT A; 4HVJ A; 3T1Y K; 5I3U A; 2ITG A; 1G15 A; 4BRE A; 5BPL A; 3DRS A; 1W97 L; 4F9O A; 1GLL O; 5JVH L; 1WBB A; 2ZE2 A; 3KLI A; 4N76 A; 1C0U A; 4BVO A; 1C0F A; 1WB9 A; 4W5N A; 3CHW A; 4JKB A; 3PX6 A; 2PZS A; 4BC2 A; 3NF6 A; 5AZI B; 1IKW A; 4MO5 A; 4IJN A; 5AQO A; 3RR7 A; 4CF2 A; 3L0Q A; 5HL7 L; 3DLH A; 4FJM A; 1NGA A; 4HCC A; 2O8E B; 2HNZ A; 4U67 L; 1SL1 A; 2QI2 A; 1MDU B; 3CD6 N; 2NRH A; 1ZC6 A; 4A2A A; 5C10 A; 1EQY A; 2VG7 A; 3V1R A; 4IOX A; 2Z1I A; 1S6P A; 3HPG A; 4E7H A; 3RMB A; 2ZJP L; 5AR0 A; 3F2K A; 2ZGZ A; 4W5O A; 4Z4I A; 1WNS A; 4FJG A; 1RT7 A; 4C1N I; 4GMJ B; 1A5X A; 4JV5 K; 4Z4H A; 4XEI A; 5BRE A; 3GOI A; 2OCE A; 4I6M B; 2HBK A; 3IKM A; 5J2P A; 4DLG A; 2Y1J A; 4F4K A; 1HYV A; 4KHU A; 3B8A X; 3KIO A; 3NGZ A; 1NK8 A; 4CJ5 A; 4ILG B; 1VQO N; 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