The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
57
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sequence length |
196
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structure length |
182
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Chain Sequence |
LSRLSFIDVVNDNGFYQFEKPKEGRKYVATLDCSDYHALQIIDITEFPYKQVAVYHSNTTSHFILPDIVFKYLMMYNECPVYIELNSTGVSIAKSLAMDLEYDNIICDSFIDLGMKQSKRSKAMGCSALKDLIEKDKLIINHKGTIQELRTFSEKFHDDLVMSLVIFGWLTTQEKFAEYAGK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The structure of the phage T4 DNA packaging motor suggests a mechanism dependent on electrostatic forces.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Enterobacteria phage rb49
|
| molecule keywords |
Terminase large subunit
|
| total genus |
57
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| structure length |
182
|
| sequence length |
196
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| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-02-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5C12 A; 5C15 A; 4IEI A; 4IDH A; 5M1F A; 5M1K A; 4IFE A; 5M1P A; 3C6H A; 5C10 A; 5M1O A; 4IEE A; 5C2F A; 5M1Q A; 3CPE A; 5C2D A; 3C6A A; 5M1N A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3CI5 A; 3ZT3 A; 3D2F A; 4NLC A; 3O9R A; 2F7T A; 1TV6 A; 2GV9 A; 4E7I A; 4FYD A; 1CXU A; 3KLE A; 4CJU A; 4DTO A; 1GOC A; 2D4W A; 2VYP A; 1ATN A; 3QEP A; 4WYB A; 1WN7 A; 1U47 A; 3HBT A; 3FR0 A; 3LZJ A; 3M1F A; 3LDP A; 2X6S A; 3C6U A; 2VWB A; 2D0B A; 3UB5 A; 2XY8 A; 4IO8 A; 5HOO A; 3CD6 N; 3V4I A; 3ULE A; 1L3S A; 3ZT4 A; 3QML A; 5M1N A; 4FSV A; 1EO1 A; 2W41 A; 1KVB A; 3BEX A; 1BOT O; 4JI4 K; 1Z26 A; 2VQF K; 1WSJ A; 1BI4 A; 3O9S A; 3WNF A; 3MN9 A; 4CEF A; 1NK4 A; 2HHQ A; 3EE9 A; 3TAN A; 3HOT A; 1RT1 A; 1MDU B; 4DHY A; 2YCH A; 4JI6 K; 4Y1C A; 2P9L B; 3U8X A; 2KZZ A; 3RR8 A; 3CM6 A; 3THX A; 1UAX A; 3VQB A; 4DSL A; 1VQN N; 1GOB A; 3M6G A; 4CBW A; 3PY8 A; 4FOE A; 1Y97 A; 4CEB A; 1JLQ A; 3TI0 A; 3AGK A; 3RSE A; 1IO2 A; 3VQA A; 3NHG A; 4FCY A; 4CIF A; 1KAX A; 2G8W A; 1NMN A; 3K5L A; 3KK7 A; 4X64 K; 2F8S A; 4FWL A; 4DWI A; 2HNZ A; 4A5A A; 4Z4I A; 2DPN A; 1DTT A; 3D45 A; 1MU2 A; 1QQN A; 3BGR A; 3K5M A; 3L4I A; 3DRR A; 4M45 A; 3L2R A; 1YF5 L; 3WUH A; 5J2M A; 3RR7 A; 2NRZ A; 4CW7 B; 3FE1 A; 3PSF A; 4E1M A; 3BDP A; 3DXM B; 4E89 A; 3AV9 A; 2OTL N; 4BRI A; 2UUB K; 1S72 N; 4RG8 A; 4CIE A; 5CY4 A; 2B6A A; 2B4J A; 1CZB A; 2D1K A; 4RW6 A; 5AQM A; 1TK5 A; 1SL2 A; 4DSI A; 3CJ7 A; 4JKH A; 4PL8 A; 3ENH A; 3TSU A; 1KVC A; 1UOC A; 1QS4 A; 4HVJ A; 5F0X A; 4KO0 A; 3UKU B; 2ZJQ L; 1HJR A; 4NXN K; 4WFA L; 4FLT A; 1HYV A; 3CET A; 4FJG A; 3A8Y A; 4KB0 A; 5BR9 A; 4CZI A; 4J2E A; 4FJN A; 1MA9 B; 2Q36 A; 3V9S A; 1SS6 A; 5CE3 A; 3VEY A; 3CQY A; 2P9S A; 1SUQ A; 3ZT2 A; 5AQK A; 5AQX A; 5BN9 A; 4B8C A; 3P83 D; 3CF5 L; 3OW2 M; 3AA5 X; 4KI6 A; 3U6F A; 1D5A A; 4OLB A; 1VRT A; 1WSE A; 5JS1 A; 4JS5 A; 4CHO A; 1IKY A; 3MEC A; 2OA8 A; 4DQ8 A; 1JL1 A; 2V7Y A; 1NMD A; 4JKG A; 2XY7 A; 4C8N A; 1NK8 A; 5DM6 L; 3DLR A; 1QSS A; 1BGX T; 3VTI A; 2P9I B; 3DLE A; 3SQ0 A; 4H8K A; 3ZYY X; 3M8R A; 3RRG A; 3VGM A; 4H4O A; 3ENO A; 3TPQ A; 3TSQ A; 3QIP A; 3D2F B; 3LP3 A; 5BPM A; 1QVF M; 4ELT A; 2D5R A; 3EZ5 A; 2YHB A; 1TUY A; 1LCU A; 3CJA A; 3I0S A; 2KHO A; 3A2F A; 4BRM A; 4DS4 A; 5B8H A; 2WC9 A; 4A62 A; 2RKI A; 3L8B A; 2HOE A; 5FRO A; 3OTO K; 1E3M A; 5KTQ A; 1TGO A; 1Q9X A; 3MXJ A; 2ZQB A; 3WXI A; 4IEE A; 2E88 A; 3SMP A; 4ISE A; 4Y1D A; 3ULE B; 2IDO A; 4DV0 K; 1SZ2 A; 4M3W A; 4H0T B; 3R6M A; 4BVO A; 1IG8 A; 2OZS A; 1T7P A; 4E0D A; 5JS2 A; 1BI4 B; 4FK2 A; 1C0T A; 3KVG A; 4EP4 A; 4OPH A; 2Q2R A; 2QWM A; 3TAQ A; 3VQ5 A; 1EQY A; 1VAZ A; 3AO3 A; 1ASU A; 2Z1J A; 3DJC A; 4FJJ A; 1JXE A; 5AQF A; 4CHP A; 2PYJ A; 2A41 A; 1I3A A; 3THX B; 2Q0R A; 2QKK A; 3MXI A; 1NGC A; 4H0O A; 4PKH A; 4KHW A; 5LJW A; 2OZM A; 5H1S Q; 3T19 A; 4RW4 A; 3ATU A; 1Y64 A; 3VQP A; 1HR0 K; 3VMF B; 4FW1 A; 4F9O A; 1T3V A; 2P9P A; 2BE2 A; 2ASO A; 3ZET A; 3HOS A; 3T7Z A; 3VOV A; 2OAN A; 4O0J A; 3NF9 A; 4FWR A; 2LSN A; 3P39 A; 3AO5 A; 3ENB A; 3PSI A; 5CYQ A; 3BF1 A; 1LAV A; 1J54 A; 3LM9 A; 3FFI A; 4BC2 A; 4LF8 K; 5AQJ A; 3LPT A; 3HP9 A; 3AVH A; 3SZ2 A; 1W97 L; 3TTC A; 2QK9 A; 3QIN A; 2GEL A; 2D0C A; 5GAH P; 2IS3 A; 2V51 B; 4MDA A; 3CIP A; 3SBT A; 4X65 K; 2VWK A; 4HUF A; 4EZ9 A; 2QWR A; 2X78 A; 5CZ2 A; 1RCH A; 3J8A A; 3P38 A; 2CH6 A; 2WUS A; 2G8H A; 1Q7Y O; 3F73 A; 2OPP A; 1P90 A; 4I9L A; 4FVM A; 3T1A A; 2E8A A; 2P9S B; 4KTZ A; 4LF4 K; 1BCM A; 3CJ1 A; 3OYG A; 4B9M A; 3J80 O; 2YKN A; 1VSF A; 3HPO A; 1K9M O; 3J7A P; 5HRP A; 4CE9 A; 1S1X A; 3AVI A; 3MXM A; 4EFH A; 1LWF A; 3O6W A; 3NGI A; 3NE6 A; 1N5Y A; 4F8R A; 3K9K A; 4KFB A; 3HP6 A; 3CCE N; 4JKG B; 2O8F A; 1GLL O; 4KTW A; 1FW6 A; 1R59 O; 1RBV A; 3OS1 A; 3FZF A; 2GUP A; 2OYQ A; 2W6L A; 4J2B A; 2YNH A; 3O3H A; 3RWU A; 3VQ9 A; 2O4G A; 3JXU A; 3GL1 A; 2FSJ A; 4JK7 A; 2ZJR L; 2Q31 A; 3E01 A; 1VRU A; 1JCF A; 3LDS A; 1S6Q A; 4K43 A; 2Y1J A; 2I7N A; 3VER A; 3NVK A; 1B9F A; 3FZL A; 3AAP A; 1T6C A; 4IOA L; 2PAV A; 3KLG A; 1S5J A; 3VQ4 A; 3NCI A; 4B3O A; 3CPW M; 1VQO N; 2WON A; 3HVR A; 2KLA A; 4NCG A; 2Q97 A; 5C12 A; 4IG0 A; 4Q5V A; 3ZSZ A; 2RE2 A; 2IVN A; 3ZSV A; 3G25 A; 5JMV A; 1QSY A; 1QTM A; 3PIP L; 4K8Z A; 1WSF A; 1KCF A; 2A40 A; 4NYN A; 4LD0 A; 4QAG A; 4EHT A; 1BA0 A; 1EWR A; 3F5T A; 1XMO K; 3AA3 A; 3CCR N; 1HUX A; 3DOL A; 3DI6 A; 3AVC A; 4FZY A; 4XEI A; 3CXC M; 2GEM A; 2JWL A; 4FPA A; 5AQW A; 5HLF A; 1U04 A; 4LF6 K; 2DFH A; 4JHD A; 4CHN A; 4LF7 K; 5CR4 A; 4CJQ A; 4W5O A; 4RWT A; 3FLC O; 2O4I A; 3I8D A; 1RT3 A; 3NFA A; 4CBU A; 2W40 A; 5LMU K; 3T3F A; 1OH8 A; 4L8R B; 2NRW A; 3E9L A; 1WSH A; 3BZK A; 2XO7 A; 4XH1 A; 2P5O A; 1RTH A; 4CJE A; 1UA0 A; 2P9P B; 2D0A A; 2DTU A; 1EP4 A; 4YOU A; 4DS5 A; 2FC0 A; 3ZET B; 2A1S A; 1ZBS A; 3MWP A; 3CCQ N; 1N34 K; 4DTN A; 1YI2 N; 3QDK A; 4DU1 A; 1ITG A; 4CFD A; 4Z4G A; 1S9E A; 3O4Q A; 1EET A; 3CQX A; 1K6Y A; 4B3R K; 4B9N A; 2NRX A; 3KWG A; 4EP5 A; 1TK0 A; 1D9F A; 3EKU A; 3WQT A; 2WFB A; 3H46 O; 4R5P A; 2E1Z A; 2FSN A; 1NNE A; 4DSK A; 4N56 A; 4FJI A; 5BRD A; 1XNR K; 4CVN E; 3VQ8 A; 4N47 A; 1X9S A; 1HX1 A; 5M1P A; 4BE2 A; 1QSL A; 4JKF A; 4QCL A; 5GAD P; 4BR7 A; 3T1Y K; 4FWO A; 4JYA K; 2QWL A; 2HVH A; 1YVU A; 5BRE A; 4MFB A; 4BRO A; 3BUZ B; 4FLW A; 1VQ8 N; 4DF4 A; 4IBN A; 2HBM A; 3SPY A; 1IKX A; 3Q7C A; 5LJV A; 4CZL A; 4B1W B; 1DLO A; 2KFZ A; 1K8A O; 3HK2 A; 5KRS A; 5GIN A; 4LFA K; 1OH6 A; 4XH5 A; 2E2N A; 1RDB A; 2A6A A; 3HTV A; 3WQU A; 3AVL A; 3EYZ A; 5FRM A; 3MN5 A; 2UYT A; 4IKF A; 3TAG A; 1LOT B; 4BDP A; 4ID1 A; 3DLG A; 2NUB A; 4DV4 K; 1HYZ A; 3VQE A; 4BQZ A; 4BRD A; 3CFR A; 1NK9 A; 2E2O A; 1XUP O; 5M1F A; 2O8F B; 1NGB A; 4C8M A; 4CJF A; 3ZX3 A; 3OHR A; 3SI6 A; 4DB3 A; 1S3X A; 2GWJ A; 4IFE A; 1Z6R A; 4JRP A; 4LSN A; 1NWK A; 1OH7 A; 4JI7 K; 4AHT A; 3KD5 E; 4F3O A; 4O8U A; 4FLZ A; 4FM0 A; 3QET A; 3HT3 A; 2IIR A; 2F96 A; 1D9D A; 5AQH A; 5JLH A; 3LP1 A; 3K58 A; 4DQI A; 1KRP A; 2W42 A; 3SQ4 A; 2Z1I A; 2VQE K; 4FJX A; 4B1U B; 1K8K A; 3B8A X; 1T8E A; 1ATR A; 2FF6 A; 2QWN A; 5IT9 O; 4J2D A; 3BP8 A; 1Z05 A; 5BPN A; 3E9O A; 3ZEU A; 4CGI A; 4KI4 A; 1KTQ A; 1WUA A; 1KAY A; 1NOZ A; 1VSJ A; 4M42 A; 3HSC A; 2AA4 A; 3WXM B; 1NKC A; 4N76 A; 4CED A; 2G8V A; 3ULD A; 3MWT A; 4CHY A; 4FJL A; 3O3F A; 4A2A A; 5K14 A; 3D0P A; 2X6N A; 4LH4 A; 4MO5 A; 1NKE A; 4RTF D; 3VQC A; 2HF4 A; 3HRG A; 4BY9 C; 4CFA A; 4PA1 A; 4JKA A; 3TWH A; 4JHD B; 4BGA A; 2CGL A; 4N41 A; 3A5L C; 3VEN A; 3ZSQ A; 5I9E B; 5M1K A; 4DQS A; 4CCH A; 4OPA A; 3PLA A; 1BUP A; 4WFN L; 3QNO A; 1SL0 A; 1SKS A; 3HVT A; 1YTU A; 4WQ5 A; 1JLB A; 3MEE A; 4JI3 K; 1NG9 A; 4AHC A; 3QER A; 3TSP A; 1QVG M; 2YHW A; 4GVE A; 4JK9 A; 1X3M A; 1VQL N; 3OYJ A; 5LY3 A; 1N33 K; 2Q1N A; 4M3U A; 1YXQ A; 1NM1 A; 1A5X A; 1TAQ A; 4A59 A; 4FLV A; 2I5J A; 2NRT A; 3WNH A; 4K0K K; 2EX3 A; 5EX5 A; 3TR8 A; 3C94 A; 1Q9Y A; 1BDG A; 3CMA N; 4KHY A; 4UY8 O; 5I42 A; 4BRN A; 5E84 A; 3LAM A; 1C1A A; 1BIZ A; 1CZ9 A; 2IVP A; 3KIO A; 3P4I A; 2VGM A; 4U67 L; 1BQN A; 1Q18 A; 4CEQ A; 1B92 A; 3H3O B; 3HPG A; 3I55 N; 1ASW A; 4H5T A; 1NKB A; 2HBK A; 3EO3 A; 5CZ1 A; 4CJT A; 1DT9 A; 4Z4C A; 2VCP A; 2HHS A; 4I2Q A; 1LAW A; 3V81 A; 1JLF A; 2DY4 A; 5C0Y A; 3VGK A; 1L3U A; 1A5V A; 1RBU A; 5KGW A; 3VN5 A; 5IWA K; 1X9M A; 1VQ6 N; 1HPM A; 3MN6 A; 3PUF A; 3EEQ A; 5AJ3 K; 1NGE A; 1C0U A; 2XY5 A; 3IFR A; 1VQK N; 4KB1 A; 1KD1 O; 4CES A; 4CK1 A; 4IFV A; 4OKE A; 4DR3 K; 4CD3 A; 3TAE A; 3CJB A; 4DLE A; 4I7F A; 1ZBU A; 4H0V B; 4PHT X; 4FJM A; 3O9T A; 1Q8I A; 3MCP A; 3VEV A; 4DTJ A; 1TAU A; 4AQY K; 2YI1 A; 3MEG A; 1NK6 A; 5JVH L; 2EHG A; 1NGG A; 3QES A; 4CHZ A; 2E4L A; 4AHR A; 2HBJ A; 1OH5 A; 2KTQ A; 1EX4 A; 5AR0 A; 4FJK A; 4BR2 A; 4H0Y B; 2IGI A; 3OJU A; 3E1Y A; 4CZH A; 4IO9 L; 2BDP A; 4GVM A; 3CHW A; 4FM1 A; 4IOX A; 2P9U A; 4IJA A; 4M7X A; 1E4F T; 3IKM A; 4JKC A; 3ZLJ A; 1C6V A; 2QEX N; 3L2Q A; 2GWK A; 3C65 A; 1KC8 O; 3W0L A; 4DSF A; 1JXB A; 3WXK A; 3QBX A; 4FLY A; 2E6M A; 3NF8 A; 3QFP A; 3GOI A; 5CHI A; 3R9P A; 4A57 A; 5D3G A; 1SL1 A; 3JYT A; 4YOY A; 5I3U A; 3I8B A; 4B9Q A; 3HI0 A; 4GNI A; 1I94 K; 2UXB K; 3SV3 A; 3SUN A; 1K8K B; 1BU6 O; 1OVQ A; 4CEA A; 2YHY A; 3O9U A; 4BE0 A; 3ZEU B; 1RDW X; 4W5T A; 4JAX A; 4CGF A; 3O1B A; 2ZJP L; 4FK0 A; 4MLH A; 4JV5 K; 5KQD A; 1BL3 A; 4ISF A; 4O4G A; 3TAB A; 3OY9 A; 3LAL A; 3P31 A; 4CZK A; 4FJ5 A; 4DR4 K; 1VSM A; 4OGE A; 3IS9 A; 1QHT A; 4N5S A; 5HRS A; 1C0M A; 1S6P A; 1QZ6 A; 5F1X A; 4O44 A; 1DGK N; 4E7J A; 5EVZ A; 4B9U A; 1RT7 A; 4DQR A; 4I9Q A; 4GKK K; 2E20 A; 2EWS A; 3H6E A; 4CK3 A; 3KWI A; 1WBD A; 3SUQ A; 3HST B; 2UU9 K; 3N4P A; 2HST A; 3B6P A; 1U45 A; 2D0O A; 4BRE A; 2ETJ A; 1XHX A; 2YNF A; 3MMV A; 3DLB A; 4CF0 A; 3AVG A; 4BR5 A; 3QIO A; 4PWD A; 2YJE A; 1YJN N; 1WSG A; 3CCL N; 5C2F A; 2ZWH A; 2Y1I A; 4IXC A; 1NGJ A; 1VSH A; 3PIO L; 1HNW K; 4YOW A; 3QEV A; 2R7Y A; 3HM8 A; 1J5O A; 4X66 K; 3H45 C; 4JI2 K; 3V1R A; 4CER A; 5DK5 A; 1V4T A; 4BVP A; 2F9T A; 3F9M A; 4CIG A; 1WB9 A; 4DKW A; 4QOZ B; 3LAK A; 2NRH A; 1W9H A; 3KJV A; 3CJC A; 2FF3 B; 3HXM A; 3WEE A; 4OLA A; 1S1T A; 3VET A; 2QM1 A; 2E5L K; 1YVN A; 1KFD A; 4JI0 K; 1YHQ N; 1HQE A; 1BO5 O; 2I7P A; 1BG3 A; 3LWM A; 2OPQ A; 1C1C A; 1W0H A; 1BWF O; 4CZG A; 1W2B M; 2IC3 A; 5FLX O; 3TU5 A; 1BA1 A; 3SUP A; 2O8D A; 4K25 A; 4WQ5 C; 4WE1 A; 5HRN A; 2IAJ A; 2BAN A; 3PX0 A; 4ELU A; 3HM9 A; 3V9U A; 1JLC A; 1N32 K; 4KH5 A; 4CGG A; 4KH6 A; 3M8S A; 2O8B A; 2D0P A; 3W3D A; 2ZGZ A; 3I0R A; 1CLQ A; 4R79 A; 4AHU A; 1U49 A; 1ZYQ A; 4U7B A; 1HKG A; 2A5X A; 3ZSW A; 4KRE A; 5AQO A; 4QS9 A; 1ATS A; 3L0Q A; 4DTU A; 2JWK A; 1RBR A; 5HRR A; 2ZM6 K; 2AP1 A; 5FRN A; 5C10 A; 4YOX A; 4CEE A; 5KPR A; 4H5R A; 1D8Y A; 3LWL A; 3OYK A; 4HCC A; 4XH4 A; 4A5B A; 3VTH A; 3WNG A; 3OYI A; 3V9Z A; 5FPD A; 3GG4 A; 2P9U B; 3EKS A; 3OVN A; 4H0P A; 1RDA A; 4BR0 A; 2IVO A; 5A2Q O; 1VQ7 N; 4WQ4 C; 1RBS A; 3ATV A; 1ILY A; 2UUA K; 1RTJ A; 5AQG A; 3VF4 A; 3OYM A; 1IKV A; 5AQZ A; 4HCB A; 1NGD A; 4L3Q A; 1U4B A; 3M5R A; 3DLL L; 5HL7 L; 3KD1 E; 2OTJ N; 1N36 K; 1GLF O; 3CCU N; 1U6Z A; 3C6T A; 3ZSY A; 5T7B A; 1W7A A; 2VG7 A; 4AIL C; 3THW A; 4CEO A; 3EN9 A; 2O8C A; 1RT5 A; 1U2V A; 2NZT A; 5BR8 K; 4OVL A; 4DV6 K; 4J2A A; 1XNQ K; 5EOY A; 2OPR A; 4H5V A; 3MX5 A; 1YAG A; 4BQL A; 1EKE A; 2E6L A; 1FXX A; 1X1P A; 4IWV A; 4BRA A; 4CK2 A; 4RW7 A; 2HNY A; 3SQ2 A; 4UQG A; 4BDY A; 3NF6 A; 2P9N A; 5E26 A; 2NNW A; 4FJ9 A; 1HJO A; 3ZSO A; 3PX4 A; 4KHN A; 1HPZ A; 3VEZ A; 4CGD A; 3JS6 A; 3RVC A; 1TL3 A; 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