The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
57
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sequence length |
196
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structure length |
182
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Chain Sequence |
LSRLSFIDVVNDNGFYQFEKPKEGRKYVATLDCSDYHALQIIDITEFPYKQVAVYHSNTTSHFILPDIVFKYLMMYNECPVYIELNSTGVSIAKSLAMDLEYDNIICDSFIDLGMKQSKRSKAMGCSALKDLIEKDKLIINHKGTIQELRTFSEKFHDDLVMSLVIFGWLTTQEKFAEYAGK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The structure of the phage T4 DNA packaging motor suggests a mechanism dependent on electrostatic forces.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Terminase large subunit
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| molecule tags |
Viral protein
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| source organism |
Enterobacteria phage rb49
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| total genus |
57
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| structure length |
182
|
| sequence length |
196
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-02-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5M1K A; 4IFE A; 5C15 A; 5M1Q A; 5M1O A; 5C12 A; 4IDH A; 5M1F A; 5M1N A; 5M1P A; 4IEI A; 5C2F A; 4IEE A; 5C10 A; 5C2D A; 3C6H A; 3C6A A; 3CPE A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1Q82 O; 3ZT3 A; 3H3N O; 3CCV N; 4OPK A; 1W2B M; 1QHA A; 2FSJ A; 5AFU A; 4QS9 A; 3VMF B; 5IWA K; 3L8B A; 5F2R A; 3VGK A; 4DSE A; 1JJ2 M; 3K5O A; 5GAG P; 2G8F A; 2O8B A; 4CZH A; 2QWO A; 3SQ4 A; 5FDL A; 3NH0 A; 1TYQ A; 1IV0 A; 3DLE A; 2QM1 A; 3OS1 A; 4IO9 L; 4K8Z A; 4DR3 K; 1RIL A; 2NRH A; 3OYB A; 4JK7 A; 2HHX A; 1JCF A; 3LP2 A; 3UE5 A; 1L3T A; 2BTF A; 1W9H A; 3EEQ A; 4YFU A; 1LW0 A; 4LF4 K; 1C1A A; 3CG7 A; 2HND A; 4JRQ A; 2KQ2 A; 5C42 A; 4LF7 K; 3PX6 A; 3G6E N; 3R9P A; 5AQZ A; 1EWQ A; 1FXX A; 1NGA A; 1FK9 A; 2YHX A; 4FJM A; 1NGB A; 3HTV A; 3OYJ A; 2D0C A; 2FBT A; 4MO4 A; 3F73 A; 4PWD A; 4BR9 A; 2VG6 A; 3KLF A; 2JGU A; 2FBX A; 3C6A A; 4BWJ A; 4IOX A; 1KXP A; 1VSK A; 4QCL A; 1S1W A; 3ALY A; 3CF5 L; 2QXL A; 4KAZ A; 5CZ1 A; 4DUZ K; 3AVN A; 4IEI A; 3C94 A; 3JYT A; 3VQ7 A; 3SV4 A; 1U04 A; 5LJW A; 3SQ0 A; 4BE1 A; 3NHG A; 2CH6 A; 3C65 A; 1YF5 L; 4DS4 A; 5AQU A; 3ZT2 A; 4CJ4 A; 4DR6 K; 4FPA A; 5FPD A; 3UKU B; 3LM9 A; 2ETJ A; 3TU5 A; 4DR5 K; 4LF9 K; 2GTD A; 4Z4I A; 3QIO A; 2P9I A; 3ZT4 A; 1YVU A; 1SS6 A; 3DXM B; 1ZBS A; 4Z4F A; 3CQX A; 4KH6 A; 3HPO A; 2X78 A; 3U3Y A; 1NWK A; 3RSE B; 5GAH P; 4J2B A; 1GLA G; 5CY4 A; 3BP8 A; 2P51 A; 4E1N A; 3CC2 N; 3P39 A; 3SLC A; 3THW B; 5SWM A; 1QSY A; 1VRT A; 1RNH A; 3AVH A; 4KBO A; 3D7E O; 1T3V A; 2Q0U A; 3AAR A; 4AF1 A; 1JLC A; 2FSK A; 4NYF A; 2GEM A; 1SL1 A; 3SBG A; 3OBY A; 3DXM A; 5LMU K; 4JRP A; 3TSU A; 3M8R A; 3M5R A; 3O9T A; 2E20 A; 3QES A; 1KFD A; 2O8C B; 1BCO A; 3TAF A; 3E9O A; 4IFY A; 5CYM A; 3KD5 E; 1HQU A; 2XHB A; 3VQE A; 1TK8 A; 4PHT X; 3TPQ A; 2P9L B; 5BPL A; 4CEA A; 1NKC A; 2XRI A; 5JIC A; 4R79 A; 2IS3 A; 2OZS A; 4H0X B; 1IO2 A; 4H0V B; 5TKY A; 4B3M K; 5BN9 A; 4JI5 K; 1KLN A; 4GKK K; 1G99 A; 4JKC A; 4DTJ A; 1RT4 A; 3D6R A; 4KPY A; 4A61 A; 4FLT A; 3OS0 A; 4FJI A; 3P5J A; 4BDP A; 2QW9 A; 1VSL A; 3OHR A; 3QIN A; 3RMB A; 4YDU A; 1D8Y A; 3P83 D; 4K0K K; 3UB5 A; 2HHT A; 3MXJ A; 2G8H A; 3TAQ A; 5FPM A; 4O55 A; 1LAW A; 2Z1H A; 3IAY A; 3ZLJ A; 1QZ6 A; 3GE1 A; 1BA1 A; 2NNW A; 3ZSZ A; 3GBT A; 3LWM A; 3CCS N; 3SUN A; 4GV6 A; 3U8X A; 2BDP A; 1TKZ A; 3A2F A; 3DXK B; 1OH8 A; 1HR0 K; 1ASU A; 3MWT A; 1U6Z A; 1XQS C; 3NGZ A; 2O4I A; 4PKH A; 4DB3 A; 1MWK A; 3AO4 A; 5AQL A; 4YNQ A; 2KZZ A; 3K2P A; 4Q0B A; 3L0Q A; 2HHW A; 2G8V A; 2YKN A; 1O1W A; 3B6O A; 3S3M A; 4FXD A; 2WUS A; 1TKX A; 3C6T A; 3NDK A; 1JL2 A; 5M1Q A; 2O8F A; 2ASO A; 4LH4 A; 4N5S A; 2YHA A; 1KVA A; 2QWQ A; 4X65 K; 4GW6 A; 1GLJ O; 3DLG A; 4ISE A; 3ZSX A; 2DFH A; 4FWN A; 1RT1 A; 3MCA B; 1I39 A; 2QKK A; 3KJV A; 3RMC A; 1LOT B; 3SUQ A; 3OYI A; 1XWL A; 1JLQ A; 4X64 K; 2O8D B; 4XH1 A; 5F0X A; 1YTA A; 4IJA A; 4RW4 A; 2HHQ A; 4KHU A; 4DV4 K; 1JLG A; 1S1V A; 4PKG A; 4PL8 A; 3CIP A; 4H0T B; 4IOC L; 4GY2 B; 3QNN A; 4KHN A; 1NJX A; 3TTF A; 5I9E B; 4AHU A; 3MN5 A; 1VQM N; 3D2F B; 5TKW A; 2FBY A; 1WAJ A; 1OH7 A; 3ENH A; 4O44 A; 4CZM A; 1KFS A; 4CCH A; 4IOA L; 2ZF5 O; 3W0L A; 1GLC G; 4F2S A; 2HBL A; 3KWG A; 1XNR K; 3K0S A; 1CZA N; 2P9P A; 3WEE B; 4WQ4 C; 4GV9 A; 3KWI A; 2OYQ A; 1RTI A; 5JS1 A; 1VQ7 N; 2RPI A; 4DU3 A; 4CZI A; 3SI6 A; 3CJ9 A; 3KK7 A; 4U67 L; 4NXM K; 1IKW A; 4BE2 A; 1RT5 A; 1YIJ N; 4B9T A; 1NLV A; 1WSI A; 3NFA A; 3OBW A; 3VGL A; 3CJ1 A; 3DRP A; 4WF9 L; 3KLH A; 4DV6 K; 2W42 A; 4CZF A; 2AA4 A; 4AM6 A; 1J5E K; 3NF6 A; 1OKJ A; 4B1Z A; 4CW7 B; 4O4G A; 4DF8 A; 2KZM A; 1J9A A; 3PSI A; 4DTO A; 3EL2 A; 1CZB A; 2ZJQ L; 4DR7 K; 4LFC K; 4YOV A; 3O3F A; 3RVC A; 1GOC A; 1Q8I A; 3GG4 A; 2IC3 A; 3AVJ A; 3TSP A; 5E26 A; 1CZ9 A; 1WLJ A; 2P1J A; 2E1Y A; 2Z1J A; 4B8C A; 1IKY A; 2P9K A; 1VSI A; 3DLR A; 3H6E A; 1QZ5 A; 3O9S A; 5C24 A; 5FPN A; 4RWT A; 2ASP A; 3H1V X; 1HNW K; 2OA8 A; 4KHP K; 4FLZ A; 4JD2 B; 1LWC A; 1GLE G; 2YV0 X; 3NVM A; 4B9L A; 4H0O A; 4FWO A; 5K14 A; 4A59 A; 3Q7C A; 2IDO A; 3ZSO A; 5AQV A; 3HRG A; 3G4S N; 5HRR A; 1EET A; 1TKD A; 1HJR A; 5HRS A; 3LDL A; 3RR8 A; 4K41 A; 3QEV A; 3CCQ N; 4F3O A; 2HST A; 3TAE A; 3VF2 A; 2HF4 A; 3KLI A; 1TKT A; 3V1R A; 3SCX A; 4KHQ A; 1KAX A; 3V4I A; 4CJK A; 3EN9 A; 4C1N K; 3F5T A; 1RCH A; 2HMI A; 2E2P A; 2A1S A; 3DAW A; 2ZGY A; 3ZET A; 4DUY K; 2YHB A; 2E88 A; 3BGR A; 3SZ2 A; 3NMU A; 1EQY A; 5AZJ A; 3ID6 A; 3Q7B A; 3F9K A; 5EU7 A; 1WN7 A; 1LW2 A; 2JWK A; 5BRD A; 4G9Z A; 1XHX A; 5ELZ A; 4MLH A; 1ILY A; 4CGF A; 1ASV A; 4CD1 A; 5F1X A; 4CJF A; 2A42 A; 2GWK A; 1X3M A; 4WYB A; 4XIU A; 1NG9 A; 1NK4 A; 2PY5 A; 3AVM A; 4M7X A; 2QWP A; 4CF0 A; 3OYN A; 2NUB A; 1T6C A; 4AHT A; 4B3R K; 3K58 A; 3V9X A; 4DU1 A; 4I2P A; 3OYL A; 3KVG A; 3KD1 E; 4DFM A; 3A0I X; 1WSJ A; 4B1X B; 2E4L A; 3DOK A; 2VQE K; 3M8P A; 1ZBU A; 1TVR A; 3I8D A; 2HBM A; 3O5B A; 4NLC A; 2FC0 A; 3PX0 A; 1C1C A; 2E6M A; 4MO5 A; 4DTU A; 5DM7 L; 1EX4 A; 5HBM A; 4YOR A; 1GLD G; 2HHV A; 3OYM A; 2XY8 A; 2Q3S A; 1T03 A; 4CEC A; 3OY9 A; 4CFC A; 2FLO A; 4MQ3 A; 4DQP A; 5AR0 A; 4AHR A; 3O9R A; 4CJ5 A; 2H3G X; 2ZGZ A; 1WBB A; 3VA0 A; 2OZM A; 3FLC O; 3ZX2 A; 2D0P A; 1CXQ A; 5KQ8 A; 1VHX A; 1X9M A; 3L3V A; 3HK2 A; 3HST B; 2UXB K; 2AJQ A; 3ZSR A; 3O3G A; 2PYL A; 4UY8 O; 5AQQ A; 2I7P A; 5J2N A; 3DRS A; 4XH4 A; 2V52 B; 1JXE A; 2P9N A; 4CVN E; 3CC4 N; 3KLE A; 1P90 A; 5GIP A; 1IH7 A; 4JHD A; 1OVQ A; 4CFB A; 1NU0 A; 1U49 A; 2HOE A; 3OW2 M; 2ITM A; 1NK9 A; 1WSG A; 4BRK A; 4CEF A; 3VQB A; 3MEC A; 3ZCM A; 1NKB A; 3NGY A; 5HRP A; 4CFD A; 3VQD A; 4ILJ A; 3R8E A; 4LF8 K; 1N32 K; 1BCM A; 2QWM A; 4JK8 A; 5GAD P; 4OX9 K; 3CPW M; 4ZTJ A; 4CHY A; 1QSL A; 4BC2 A; 3NCI A; 3WNG A; 2PBD A; 5E41 A; 4AIL C; 3E66 A; 5AQN A; 1DTT A; 3OS2 A; 3TSQ A; 3RRH A; 1JLF A; 4BRG A; 4CFA A; 3ZSY A; 4FYD A; 2VYP A; 3TAM A; 3H08 A; 4J2D A; 3THX A; 2PFU A; 1UA1 A; 3QFP A; 4HCB A; 4CF2 A; 4DCH A; 4QS7 A; 4R5P A; 2A1R A; 3MMV A; 4JI0 K; 4BE0 A; 4FSV A; 1F21 A; 1IKV A; 1RTH A; 3J7Y P; 2FSN A; 3LP0 A; 1NMD A; 3PUF A; 4DQR A; 3MN9 A; 3WXM B; 4JAX A; 2G8I A; 3AY9 A; 4DV0 K; 1HPZ A; 1NK8 A; 3MX2 A; 1QQN A; 4FJK A; 2KHO A; 1JCG A; 4C23 A; 3THY B; 3H3O B; 1LAV A; 4K8X A; 3CYM A; 2UU9 K; 1NGC A; 5ADX A; 2AP1 A; 3O1W A; 2NRR A; 4I2Q A; 3SJJ A; 3DOL A; 3V1O A; 3CJ7 A; 3HPG A; 3VTH A; 2O8B B; 4JKG A; 4KHW A; 1JLB A; 4WQ5 C; 4BRF A; 1TYQ B; 5C25 A; 3T69 A; 4Z4C A; 2Z1G A; 3FZK A; 4DTR A; 4A2B A; 4BY9 C; 3SV3 A; 3FE1 A; 4JI4 K; 3FZL A; 4DFP A; 3VGM A; 3MN6 A; 1Z25 A; 4CJU A; 3J8A A; 3VQP A; 2V7Z A; 4JI2 K; 4ELT A; 2I5J A; 4LH5 A; 3K9K A; 5HOO A; 4FM2 A; 3HVR A; 1E4F T; 2ASM A; 1BQM A; 3HVT A; 4KO0 A; 1Z26 A; 1XHZ A; 2X6S A; 1DT9 A; 1IG8 A; 2WC9 A; 3T7Z A; 3VQA A; 4O5F A; 1QS4 A; 1KD1 O; 3FR0 A; 4CJQ A; 2E2O A; 4RW9 A; 4Y0W A; 3ZSW A; 1E4G T; 3V9U A; 4KFB A; 1RDW X; 2IVP A; 3CM5 A; 3MN7 A; 4C8O A; 4BR7 A; 3QO9 A; 4BRC A; 3AVK A; 1JXB A; 2NLX A; 1BOT O; 2R7Y A; 5BRF A; 2UUC K; 5C0Y A; 4FWL A; 4IG0 A; 1A5V A; 2GV9 A; 3LL3 A; 3L2Q A; 1NGD A; 2JWL A; 4FM0 A; 4K43 A; 2W41 A; 2QWN A; 3WXL A; 2HNZ A; 4AHC A; 1KVB A; 4FZX C; 2OTL N; 1U45 A; 3D45 A; 3BZC A; 3MEE A; 4J8F A; 1ATN A; 4CJR A; 3NF9 A; 1Y97 A; 2P9I B; 4IFV A; 3EY1 A; 2OPP A; 1UA0 A; 5JS2 A; 4NLB A; 5CE3 A; 4RCH A; 4KHY A; 4JV5 K; 2PAV A; 3VEY A; 4Z4E A; 3AA4 A; 3QIC A; 3VQC A; 3FGU A; 1HRH A; 1OVY A; 3VPZ A; 3OYD A; 4CIF A; 5FPE A; 5J2Q A; 4H0Y B; 3S41 A; 2PZS A; 4DV1 K; 1NBW A; 2P9U A; 4BR5 A; 3M3Z A; 1IG9 A; 3K5N A; 1NK0 A; 2ZJR L; 4K42 A; 3TAB A; 1EO1 A; 3LP1 A; 4YOW A; 4CZK A; 3J80 O; 4CHP A; 5M1P A; 3G25 A; 1CXU A; 3D2E A; 3V1Q A; 1VQK N; 4OKJ A; 4L3Q A; 4BVO A; 4KI6 A; 4YOY A; 1D9D A; 1X9W A; 5AZI A; 4H03 B; 4E7K A; 3OTO K; 1ZC6 A; 1B92 A; 2XO7 A; 3RR7 A; 3UKR A; 2BE2 A; 5EVZ A; 4A5A A; 2QTD A; 1BO5 O; 3QEI A; 4DHY A; 3L6Q A; 2RF2 A; 1NK7 A; 5C2F A; 2B5J A; 5E84 A; 4CED A; 4DG1 A; 3CHW A; 3SNN A; 3AAQ A; 3OVN A; 4M3U A; 3KHY A; 1Q9X A; 1A5X A; 3V9Z A; 4GKJ K; 3GDQ A; 4O5B A; 1JLE A; 3EYZ A; 1N6Q A; 4E7L A; 1VQ5 N; 1YT3 A; 3PX4 A; 1VRU A; 4LSL A; 1BI4 A; 3AVB A; 5I3U A; 4BWM A; 1UAX A; 1C0G A; 4OLA A; 2F9W A; 4BRA A; 5T7B A; 3CCU N; 4KB0 A; 3V9W A; 4BR2 A; 3VQ6 A; 1NGJ A; 3TAP A; 4TSX A; 3CJA A; 4NB4 A; 5M1N A; 3P1G A; 4JKB A; 3TTC A; 3A5O C; 1K8K A; 1T44 A; 3HI0 A; 4CHN A; 1SZ2 A; 3MEG A; 1NJW A; 4J2A A; 1D4X A; 3T3F A; 4B1V A; 4FJG A; 3VQ4 A; 4YDU C; 1TUY A; 1VQO N; 4MFB A; 3OJS A; 4A62 A; 2PYJ A; 4IEE A; 1S1U A; 3E9L A; 4M3W A; 1RDB A; 5KGX A; 1DKG D; 3C95 A; 5KRS A; 4OGC A; 2O8F B; 1YVN A; 2VG5 A; 3QDK A; 3HP6 A; 4PA1 A; 4OPH A; 4A5B A; 5AQT A; 5DM6 L; 1SKR A; 1V4S A; 5M1O A; 4E19 A; 3VES A; 5H1S Q; 4DFJ A; 3AGR A; 1X9J A; 2OPS A; 2YI1 A; 4CHO A; 3B8A X; 3U9Z A; 4JYA K; 4CJW A; 2E5L K; 4UQG A; 3PV8 A; 4CJL A; 4B9S A; 1NJI O; 2IOC A; 1GOA A; 1VQ8 N; 1XNQ K; 4CER A; 3WQU A; 3ENO A; 4JI3 K; 1KCF A; 1OH5 A; 3LPT A; 1RBR A; 4DWI A; 4JK9 A; 1YXQ A; 1Q81 O; 2KTQ A; 3L2R A; 4B3T K; 3M1F A; 5EXW A; 1UWB A; 1VSM A; 1MWM A; 4FCY A; 2ZD1 A; 5GIO A; 4CES A; 4B8A B; 1NGG A; 3LZI A; 4DLG A; 3E9P A; 5HL7 L; 4LFB K; 3K59 A; 1REV A; 1RT2 A; 4B1Y B; 3CMA N; 3WNH A; 1WNS A; 3U3G A; 4NCB A; 1WSF A; 2GEL A; 4EHT A; 4OPA A; 1RT7 A; 2P9P B; 2B6A A; 3EKS A; 3N4P A; 1J6Z A; 5KQD A; 4BRD A; 3HT3 A; 3W3D A; 1M1K O; 4FZZ A; 2YHW A; 1P8Z A; 4F4K A; 3L2W A; 3MDQ A; 4BGA A; 4CJT A; 4DV3 K; 3HYF A; 2ATQ A; 1T6D A; 4H8K A; 5FLX O; 3OYK A; 1VQ4 N; 4BRE A; 4WCE L; 3GOI A; 1BG3 A; 1S9G A; 1B9F A; 3AA5 X; 1FKP A; 4B1U B; 1DTQ A; 4U7B A; 4ELU A; 1S22 A; 4PKI A; 5CYQ A; 3CC7 N; 2CH5 A; 3R6M A; 2QWR A; 3CQ8 A; 1VSD A; 3IS9 A; 4PUO A; 4XEI A; 1ZYQ A; 1S6Q A; 2NZT A; 3QER A; 1BL3 A; 2QK9 A; 2EWS A; 5J1E A; 1FW6 A; 1TUU A; 4QS8 A; 4CGJ A; 3ULE A; 1TL1 A; 1XI1 A; 4EP5 A; 3U4L A; 3SQ2 A; 3MAQ A; 2P9K B; 5I42 A; 2ZE2 A; 2OTJ N; 4DSK A; 2I7N A; 4JI6 K; 5EY4 A; 3K5M A; 2HF3 A; 5AQF A; 4YOX A; 2BGG A; 1HKB A; 1XC3 A; 1QQM A; 3ZSV A; 4W5R A; 3QBW A; 3M6G A; 1QTM A; 5DK5 A; 2FXU A; 5A2Q O; 2E1Z A; 3O8M A; 1WB9 A; 4KTQ A; 2D4W A; 2VWK A; 2YJF A; 1X9S A; 3JAM O; 1XC9 A; 4K25 A; 3WNF A; 2YX6 A; 4DTX A; 3GL1 A; 3I8B A; 4E1M A; 4CZE A; 3A8Y A; 4V19 S; 4BRL A; 4BVP A; 1GLF O; 2A6A A; 4BC3 A; 1K9M O; 5BRE A; 3L2V A; 3M8S A; 3TWH A; 3ZET B; 4FPB A; 4G1Q A; 4OVL A; 1EWR A; 5AFU H; 4FJJ A; 5AZJ B; 4M3Y A; 3MCP A; 3AO5 A; 1YJN N; 3AAP A; 4W5N A; 5AQP A; 1W7A A; 4FJ9 A; 5CZ2 A; 3OYH A; 3C7N A; 4PL7 A; 4CEE A; 3HOS A; 1FJG K; 3SAF A; 3IKM A; 4CBX A; 4CBW A; 3K57 A; 1ZXO A; 3AGK A; 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