The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
57
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sequence length |
196
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structure length |
182
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Chain Sequence |
LSRLSFIDVVNDNGFYQFEKPKEGRKYVATLDCSDYHALQIIDITEFPYKQVAVYHSNTTSHFILPDIVFKYLMMYNECPVYIELNSTGVSIAKSLAMDLEYDNIICDSFIDLGMKQSKRSKAMGCSALKDLIEKDKLIINHKGTIQELRTFSEKFHDDLVMSLVIFGWLTTQEKFAEYAGK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The structure of the phage T4 DNA packaging motor suggests a mechanism dependent on electrostatic forces.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Terminase large subunit
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| molecule tags |
Viral protein
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| source organism |
Enterobacteria phage rb49
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| total genus |
57
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| structure length |
182
|
| sequence length |
196
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-02-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5C2D A; 4IEI A; 5C2F A; 5M1N A; 4IDH A; 5M1F A; 5M1P A; 5C10 A; 3CPE A; 5M1O A; 5C12 A; 3C6A A; 5C15 A; 5M1Q A; 4IFE A; 3C6H A; 5M1K A; 4IEE A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4JKA A; 3EZW A; 3FZL A; 4OKJ A; 2P9N A; 4I9Q A; 4FSV A; 4LY7 A; 4OPK A; 1NOY A; 3VN5 A; 5KQ8 A; 3EL2 A; 4IKF A; 3DLH A; 4IOC L; 3OYE A; 3H6E A; 1W0H A; 5C24 A; 3NMU A; 4OO1 J; 2A40 A; 2QW9 A; 4FWN A; 3MXM A; 1U2V A; 5C2D A; 3V9W A; 4YOU A; 3ZSX A; 4XIU A; 5EOY A; 1QVF M; 1NMN A; 1QZ6 A; 2WFB A; 5TKW A; 3OJS A; 1K8A O; 1O13 A; 5C42 A; 3K9J A; 1WN7 A; 1YF5 L; 3SPZ A; 3MXI A; 1K9M O; 3VEZ A; 3TAN A; 3GOI A; 3O9T A; 3M8R A; 3VF4 A; 1KSP A; 3C0B A; 2P9L B; 2RHK A; 2QWO A; 1RBR A; 1LAV A; 3C6H A; 2RKI A; 3C7N B; 4L3Q A; 3VQ9 A; 1D8Y A; 4BR9 A; 5KPZ A; 3E01 A; 4JD2 B; 4J2A A; 1S1U A; 2OPQ A; 4BVP A; 4EAH D; 1NMD A; 5E26 A; 1P8Z A; 4Q5V A; 3HT3 A; 4YOT A; 3JS6 A; 5BPM A; 3B6P A; 2F4V K; 3HJF A; 4ILJ A; 4DFJ A; 1OH5 A; 2QI2 A; 4KKO A; 4LF4 K; 4FPA A; 4CGD A; 4BGB A; 3LWL A; 1YUW A; 2FSJ A; 2F96 A; 1IKV A; 1D9D A; 3WNH A; 1ZBU A; 2GTD A; 4CHN A; 3AO3 A; 4L8R B; 2E2Q A; 3O08 A; 1Q82 O; 1Q9Y A; 3CI5 A; 3CC7 N; 2I5J A; 1UA1 A; 3RR7 A; 1NKE A; 1HRH A; 3SZ2 A; 2RE2 A; 4IO9 L; 4M7Y A; 4BC5 A; 4C23 A; 3HM9 A; 4KTQ A; 4FJX A; 3GG4 A; 2ZE2 A; 2W41 A; 1R59 O; 4PA1 A; 4CEO A; 1FK9 A; 3GL1 A; 3KLH A; 3O1B A; 1RDD A; 3RMC A; 3E66 A; 2DFF A; 2CGL A; 2OPS A; 4H0T B; 2AA4 A; 5BN9 A; 3S9H A; 1KXP A; 3VQ7 A; 4DS4 A; 1DT9 A; 4KPY A; 3ZSW A; 5IWA K; 3SBT A; 4FJH A; 2HMP A; 3O3H A; 4H0O A; 1NKB A; 1DLO A; 1JCF A; 1GOB A; 2RN2 A; 2ASM A; 4DU4 A; 4DSI A; 4H5V A; 3ZX0 A; 5GIN A; 4DTS A; 1REV A; 1BQN A; 4BVO A; 2WUS A; 4KI6 A; 4J8F A; 4CHP A; 4GV6 A; 3V1R A; 3CCS N; 3ZEU B; 1NJY A; 1BL3 A; 2Z1J A; 3AO1 A; 4N41 A; 4KHP K; 4BR0 A; 3ZLJ A; 4Q0B A; 3VQC A; 3P39 A; 4FWS A; 1FXX A; 4H5N A; 4Y0W A; 4M3Z A; 1IO2 A; 3AVM A; 3Q7B A; 4DTU A; 1NGI A; 3P4I A; 3TAB A; 3OYC A; 3OYB A; 3CFR A; 4HCC A; 3VQB A; 4WYB A; 1ZBH A; 4H03 B; 4HTU A; 3D2E A; 5A2Q O; 4LH4 A; 1XHX A; 4DV4 K; 4M3U A; 4HTL A; 1S5J A; 3ZSR A; 1X1P A; 3NFA A; 3QEI A; 4B3O A; 4O8K A; 4I6M A; 1RDU A; 4CZG A; 4JI1 K; 4JKG A; 4M41 A; 5KGX A; 3F9K A; 1HR0 K; 1NK8 A; 4O0I A; 4CEC A; 4WFB L; 2UUB K; 1WAF A; 4C1N I; 3ULE A; 1KTQ A; 1KFD A; 3Q7C A; 2P9S A; 3AVI A; 3TTC A; 1LWF A; 2YHB A; 3O9S A; 3V1Q A; 4F9O A; 5AQL A; 2BAN A; 1VQ8 N; 4E7K A; 4YOV A; 3O9U A; 2O8F B; 4H5R A; 2UUC K; 5CY4 A; 4CIE A; 4JRQ A; 5IT9 O; 4BRN A; 2ZGY A; 3OS2 A; 3K5O A; 3ZT2 A; 1NGJ A; 2D0P A; 1V4S A; 2VG6 A; 3G10 A; 1I39 A; 4AHR A; 2XHB A; 1RNH A; 1ATN A; 4C8K A; 3OW2 M; 5GIP A; 4O5F A; 2F9W A; 2FBY A; 4O55 A; 3VQA A; 4CZE A; 1Q86 O; 2VWJ A; 3ASM A; 4B9L A; 3SYZ A; 4W5Q A; 3AAQ A; 4ELT A; 3CXC M; 1B9F A; 3A2F A; 4CJK A; 1TK5 A; 3LDP A; 3I0S A; 4BE2 A; 3NVK A; 4DS5 A; 2HBJ A; 4E3S A; 3TAE A; 2O8E A; 1J5E K; 1S9G A; 4JN4 A; 4JHD A; 3O3G A; 3LZI A; 2OCE A; 3AVB A; 2YNG A; 4GV3 A; 3D7E O; 2IVO A; 3LL3 A; 3CG7 A; 2XO7 A; 4ZTJ A; 2KFN A; 2YV0 X; 1S22 A; 1NGB A; 1QVG M; 1L5U A; 3LAK A; 4RG8 A; 4LF9 K; 3CD6 N; 1CZA N; 1VSM A; 3IMX A; 2A5X A; 3AY9 A; 3AVC A; 2P9N B; 4B3S K; 4QS8 A; 4DV6 K; 4RCH A; 1LWE A; 4FJ5 A; 1RBS A; 1FKP A; 4CIF A; 1NNE A; 4PHT X; 3WXL A; 3PUF A; 1M90 O; 2FBV A; 1SKS A; 3SJH A; 2OZS A; 3N4Q A; 1U2V B; 2WC9 A; 3CC4 N; 1U04 A; 2ITM A; 1BA0 A; 5GIO A; 1BA1 A; 2IOC A; 1QS4 A; 3MCP A; 4BRF A; 3ENH A; 4YFU A; 1EKE A; 3OY9 A; 1KAX A; 3KWG A; 4DWI A; 2QK9 A; 3VQ6 A; 1WSJ A; 2V51 B; 4DCH A; 3TAP A; 1XC9 A; 3SCX A; 3VET A; 4IJN A; 5HRP A; 4FM2 A; 2XY8 A; 3M1F A; 1TK0 A; 4DQ8 A; 4H5W A; 4FZZ A; 4AHV A; 3RR8 A; 3LWM A; 4LFA K; 4FOE A; 1D9F A; 3ENB A; 2VWK A; 3H08 A; 4H8K A; 2D0B A; 4LD0 A; 4HHT A; 4DTO A; 1YXQ A; 4DV1 K; 3BZK A; 3NH0 A; 4CEQ A; 3IRX A; 3OYJ A; 4FXD A; 1HYS A; 3S41 A; 1ZBS A; 2BE2 A; 2KKZ A; 2YKM A; 4OKK A; 4QS9 A; 4Z94 A; 4BRL A; 3TAR A; 4J2E A; 1HNW K; 4H4O A; 4BRG A; 5AQY A; 4ID5 A; 3L2R A; 1DKG D; 2VCP A; 1D4X A; 4X65 K; 4CJF A; 4OVL A; 3U3Y A; 3SUP A; 1VQ4 N; 3DRS A; 3WNG A; 1E4F T; 5HRS A; 1U47 A; 3KK7 A; 4O4G A; 2BTF A; 3K59 A; 1TGO A; 4QS7 A; 4CJ5 A; 5J2N A; 3IUC A; 2GEM A; 3SMP A; 3PIO L; 5F2R A; 3IKM A; 3MX5 A; 1KQS M; 3DOL A; 1XUP O; 1BOT O; 4LF8 K; 4CF1 A; 4X64 K; 2QXF A; 3KJV A; 4RWT A; 1RDC A; 1WSH A; 4NCA A; 4ISG A; 4FWP A; 4AH9 A; 1T05 A; 4MDA A; 2NRX A; 2PBD A; 3SPY A; 4PKI A; 4FZY A; 2FLO A; 1GLF O; 3O80 A; 2VWB A; 4RW6 A; 4AHU A; 3CCL N; 3HPG A; 4ICL A; 4Z4H A; 1FKO A; 4FWR A; 2PY5 A; 4FJL A; 1DTT A; 1X3M A; 2B6A A; 1C0G A; 4DQP A; 4PKG A; 3QFP A; 3BF1 A; 2RPI A; 3M8Q A; 4KV8 A; 4CE9 A; 4DTM A; 3DMJ A; 1RT7 A; 1RFQ A; 2IVP A; 3K2P A; 1WNS A; 2Q3S A; 2G8I A; 1NK4 A; 3WQU A; 3QEP A; 1TKX A; 2QWR A; 4BRI A; 3L2Q A; 1NK5 A; 4C8L A; 1I94 K; 4CF8 A; 4JRP A; 5LY3 A; 2Q36 A; 3QEX A; 1RT6 A; 1BIU A; 4BR4 A; 3TWH A; 1TKZ A; 1NGF A; 4PKH A; 3H1Q A; 4MO4 A; 3SQ2 A; 4A57 A; 1QQO A; 1G15 A; 3THW A; 3ATV A; 3P38 A; 3R3L A; 3D2E B; 1NK0 A; 3I8B A; 2ZD1 A; 4FWM A; 2E5L K; 3ZT4 A; 3GE1 A; 3THY A; 1S72 N; 4JI7 K; 4I6M B; 3DLE A; 4JKG B; 1Q18 A; 1DTQ A; 4IG3 A; 1SL1 A; 3OS0 A; 4FJG A; 1JL1 A; 1VHX A; 4QCL A; 5HLF A; 3OYN A; 4WFN L; 1NM1 A; 4OPH A; 3VQ4 A; 4BR5 A; 3ULE B; 4Z0U A; 3EE9 A; 4U67 L; 3A5M C; 2P9S B; 3C6T A; 3NF8 A; 4YNQ A; 4JS5 A; 5GAG P; 4CZL A; 3K58 A; 5ELZ A; 4IXC A; 5JVH L; 4JI4 K; 1S1V A; 3GDQ A; 1EQY A; 4ID1 A; 4CJP A; 1N33 K; 2Q97 A; 1JLE A; 1EO1 A; 5M1K A; 1HNZ K; 1FJG K; 4A5B A; 1KC8 O; 3QLH A; 4CBU A; 4IFY A; 3U3G A; 4NCB A; 1L3T A; 4DQR A; 3EYZ A; 5K14 A; 3TSP A; 3CMA N; 1KAZ A; 2UU9 K; 1W97 L; 1XNR K; 3DOK A; 4TSX A; 3CCM N; 4H0X B; 5HP1 A; 1HNI A; 3WT0 A; 2PYJ A; 4JAX A; 3SV3 A; 3UKR A; 3CCJ N; 3I8D A; 3THV A; 4BRQ A; 2JWL A; 3C94 A; 1L3S A; 5GAE P; 4FLV A; 3HXM A; 3MN7 A; 1RTD A; 1LCU A; 3LP1 A; 4KAZ A; 2V7Y A; 4N47 A; 1Z25 A; 4FLT A; 5AR0 A; 3KLI A; 4RW9 A; 2O8E B; 3MX2 A; 3VEX A; 3FLC O; 4JHD B; 4BG8 A; 3VEV A; 4CEE A; 2GUI A; 2VG7 A; 3I0R A; 3FZM A; 4JI8 K; 4CF0 A; 3HYF A; 2E4L A; 4QOZ B; 3QIO A; 4QAG A; 4DB3 A; 2NRH A; 3V6D A; 4BRE A; 4B9U A; 2PAV A; 4AM7 A; 1HMV A; 4A59 A; 1OH6 A; 3BY5 A; 2HST A; 4IDH A; 1RBT A; 4LSN A; 3NGI A; 3SUO A; 3CHW A; 1NGG A; 3VA3 A; 1Q8I A; 3TAF A; 2KHO A; 3RSE A; 4HCB A; 3D2F A; 3NH1 A; 1N5Y A; 4E89 A; 1WAJ A; 1ZXO A; 3CFO A; 2X78 A; 5BPN A; 1N6Q A; 4FL9 A; 1EXQ A; 2IGI A; 5C15 A; 3NF6 A; 4OPA A; 4K8Z A; 3DRR A; 2VYP A; 3AVJ A; 5CYM A; 5C2F A; 1XQS C; 2ZJQ L; 2G8W A; 3C95 A; 4YDU C; 2QWN A; 3A5L C; 3DXK A; 4LF5 K; 1NJZ A; 4EZ9 A; 1TVR A; 3MN9 A; 5JLF A; 1ASW A; 4IFV A; 5LMN K; 5AQG A; 2EWS A; 2YCH A; 4YDU A; 1UAX A; 5AQQ A; 4FJM A; 4JNE A; 5M1O A; 3VTI A; 3PSF A; 5LMU K; 2BUP A; 3R8E A; 2IVN A; 5DM6 L; 5FRN A; 3SAH A; 3AO4 A; 1MA9 B; 1IG9 A; 1Q81 O; 3U8X A; 5BR9 A; 2FSN A; 3CIP A; 3AV9 A; 4N5S A; 5AQX A; 1NOZ A; 1ZBF A; 1N8R O; 3WXM B; 3HRG A; 4DR5 K; 3CJB A; 4KHN A; 1C0M A; 3P1G A; 3SAG A; 3VQ5 A; 4CVN E; 3QIP A; 4HUF A; 4IFE A; 1JLC A; 1NK9 A; 1BWF O; 3JAM O; 3HOT A; 5M1F A; 1HNV A; 4JKD A; 3CCU N; 3TPQ A; 3KK3 A; 2ZWH A; 1BDG A; 3MN5 A; 2NUB A; 1TUY A; 2YI1 A; 4RW4 A; 3N4P A; 4MDB A; 3E9P A; 1NK6 A; 4MFB A; 1QE1 A; 2IIR A; 4PL8 A; 4DTP A; 4E0D A; 2YNF A; 3LDL A; 2P1J A; 3NF7 A; 5CZ1 A; 3FFI A; 2HW3 A; 2ZJR L; 3F2K A; 1J9A A; 3CER A; 4I2P A; 4YOW A; 1NJI O; 3TAQ A; 1IH7 A; 4DSE A; 4PQU A; 3OYG A; 2A42 A; 4EIA A; 1TKT A; 1ESV A; 4DUY K; 1HKG A; 3B6O A; 3VMF B; 5C10 A; 3G6E N; 3V4I A; 3VTH A; 2QWP A; 4CFA A; 4CJS A; 3DLR A; 3HP6 A; 2A3Z A; 1VQ5 N; 1A5V A; 3AAP A; 4CEF A; 1VAZ A; 4OGE A; 2OAN A; 3G71 N; 2OTJ N; 1ILY A; 4GKJ K; 2E8A A; 1S9E A; 1YJ9 N; 3S3O A; 4R79 A; 3QNO A; 3L4I A; 3MMV A; 1X9M A; 1MU2 A; 3KD5 E; 4JKC A; 2E88 A; 4FM0 A; 3ZSO A; 4EFH A; 5CE3 A; 3OYH A; 2QKB A; 4DV0 K; 3AGR A; 3ID8 A; 4CEA A; 4MO5 A; 4E1J A; 1BIS A; 3UIQ A; 1UOC A; 2YKN A; 4BWJ A; 4J2D A; 3DXM B; 1IBL K; 1N36 K; 2W6K A; 1VQO N; 1IBK K; 3NGY A; 3QEW A; 4AHS A; 1JXB A; 2F9T A; 1HLU A; 3THW B; 3VF2 A; 1QSL A; 1YVN A; 2YHW A; 4NLB A; 3FZK A; 1SKR A; 4M3W A; 3A5O C; 1VSH A; 3M5R A; 4V19 S; 1MDU B; 1FW6 A; 3THY B; 4Y1D A; 2DFH A; 4GW6 A; 3LDN A; 3RTV A; 3RWU A; 1K8K A; 4CD1 A; 4CJE A; 5ADX A; 2P9P A; 4E7I A; 4GV9 A; 4PUO A; 4W5T A; 2KFZ A; 4MLH A; 1CZB A; 4WQ5 C; 4CCH A; 3O4W A; 3QDK A; 3CPE A; 3W3D A; 3ZET A; 1S6P A; 1WB9 A; 3VPZ A; 4W5N A; 5HRO A; 2UYT A; 4XH1 A; 4WQ5 A; 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3HL8 A; 4GY2 B; 1BCM A; 1YI2 N; 2PYL A; 5KGW A; 1QQN A; 4H0V B; 4F3O A; 3AVL A; 3D0P A; 2Q31 A; 4FLU A; 1SL2 A; 3T69 A; 1B92 A; 1VQ6 N; 1GOC A; 5AQU A; 1TK8 A; 4M3R A; 3PLA A; 3TTF A; 4CIG A; 1YJW N; 3RVC A; 3DXK B; 3IG1 A; 2VGM A; 1UA0 A; 2Y1I A; 1SL0 A; 1CXQ A; 3AVG A; 3E1Y A; 3IFR A; 1GLE G; 5E84 A; 2D4W A; 2F8S A; 1YAG A; 4HVJ A; 2KLA A; 4AQY K; 4IZ9 A; 1VQP N; 1T3V A; 1RCH A; 1LW0 A; 5LL6 Z; 3VGM A; 4CZK A; 1GLD G; 4JLH A; 3HK2 A; 3J8A A; 3J7A P; 1XI1 A; 3DWL A; 2YNI A; 1LOT B; 4MQ3 A; 4DV2 K; 3S3N A; 3LAM A; 3AO5 A; 1NGA A; 3MED A; 4PY5 A; 3VEN A; 3HST B; 3MEC A; 3CJ7 A; 4LSL A; 4FK0 A; 5CHI A; 4HUG A; 3EY1 A; 3VA0 A; 4O8U A; 2BDP A; 2P5G A; 3KK1 A; 2P9L A; 4NXN K; 4ZHR A; 4B9Q A; 4F4K A; 5EX5 A; 4B1Z A; 1RT5 A; 4JEP A; 4Z4C A; 5FPE A; 2IC3 A; 3FZF A; 1RT2 A; 3SUQ A; 5AQK A; 2GUP A; 3NH2 A; 4FJ8 A; 1YTA A; 5B8H A; 2HHV A; 1QHA A; 1IJJ A; 4I2Q A; 4GNI A; 3DLG A; 3DJC A; 3KLG A; 3VEO A; 1EX4 A; 4M3T A; 1SAZ A; 4DMN A; 5AQH A; 4WF9 L; 3SMS A; 4GVM A; 3ZYY X; 3I56 N; 2O8B A; 4C8M A; 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