3CC2N

The refined crystal structure of the haloarcula marismortui large ribosomal subunit at 2.4 angstrom resolution with rrna sequence for the 23s rrna and genome-derived sequences for r-proteins
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Mutations outside the anisomycin-binding site can make ribosomes drug-resistant.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 50S ribosomal protein L2P
molecule tags Ribosome
total genus 49
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-02-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cc2N00
3CXCM 5HL7L 4WF9L 3CCRN 3CCVN 4UY8O 1KQSM 1YHQN 1VQON 1VQKN 1YI2N 4IOCL 3I56N 3CMEN 1QVGM 1N8RO 5DM7L 1OVYA 1Q82O 5JVHL 1YJ9N 1NJIO 4U67L 3CCJN 1VQ4N 1ILYA 1VQ6N 1K9MO 1KD1O 4WFBL 1Q81O 1M1KO 1K8AO 2ZJQL 1VQ7N 2ZJPL 2OTLN 5GADP 3CCLN 1W2BM 2OTJN 3PIPL 3J7ZO 5MLCQ 3CF5L 1K73O 5GAEP 3CCEN 1VQLN 3CCUN 1VQPN 3CD6N 1YJWN 1YJNN 1VQ9N 3PIOL 2QEXN 4IO9L 3CMAN 1M90O 1VQNN 3CCMN 3CC4N 2ZJRL 1YIJN 1YITN 4IOAL 1JJ2M 1VQ5N 1VQ8N 3CC2N 4WFNL 3G6EN 1QVFM 5DM6L 3I55N 3CPWM 3CC7N 4WFAL 3G71N 3OW2M 4WCEL 1Q86O 3CCQN 1Q7YO 3DLLL 1S72N 3G4SN 5GAGP 3CCSN 2QA4N 5GAHP 1KC8O 5H1SQ 1VQMN 5JVGL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BE0A 5M1OA 4DTMA 1FK9A 1S1WA 4DSLA 1TVRA 2WUSA 4U7BA 3NH1A 5AJ3K 3OYFA 3ZSOA 1MWMA 4H8KA 1RBRA 4E3SA 4R5PA 3MWTA 5C10A 3NHGA 2AJQA 3CMEN 4KHNA 1R59O 3RVCA 3C7NA 1WBBA 2NRTA 1NK0A 1JXEA 3ZEUB 1F21A 3OYDA 1VSHA 3AVIA 2OZMA 2G8UA 1NJIO 3KKSA 2QK9A 1E4GT 3CJ1A 3DXMB 1FKPA 1HYZA 3OYCA 4IKFA 4M3TA 5F2RA 3Q7CA 2KZZA 1IJJA 4H0YB 4FJHA 2HBMA 3TU5A 5FPNA 4FWKA 5M1QA 4BE1A 5F0XA 3SUQA 4CGDA 1EKEA 1MWKA 3HOSA 1C1AA 5GADP 3T1YK 3PX4A 3U4LA 1W2BM 3D7EO 1VRTA 1TK0A 3I0SA 3MXMA 4BRDA 2YKNA 3J81O 2OTJN 1CXQA 3L4QA 5KRTA 4CERA 3SMPA 1S9EA 2HNZA 3SQ0A 4LD0A 1D5AA 2NLXA 4CD1A 4B1YB 3CCUN 5FROA 3HPHA 1I3AA 5GIOA 3AAPA 1S22A 1NK4A 4B3RK 3VMFB 1NJZA 3DLBA 2A1SA 3L4IA 2O8FA 4DS5A 5AQLA 2A5XA 3VEYA 1RBTA 3OS2A 2E2QA 4IOAL 3HVRA 5KTQA 3AA2A 3ENBA 5BR8K 4BRKA 2GUPA 2QXFA 1HR0K 4KPYA 2KQ2A 3JS6A 3T1AA 5A2QO 1SAZA 3HJFA 3BUZB 3NVKA 1CLQA 2P9IB 4IEIA 5LMUK 2YNFA 4FWLA 3FZMA 1YTAA 3OS1A 2E6LA 3KZBA 4B9LA 2UXCK 4HCBA 3DRSA 4YOWA 4PQUA 1TAQA 1TUYA 3N4PA 4X65K 2E2OA 4CJTA 4AM6A 1EQYA 2YKMA 4CZLA 3H1QA 2PY5A 4JRQA 2O8DA 3EE9A 4DCHA 3DI6A 2J4RA 3ATVA 5DM7L 1ATRA 2HBLA 2B4JA 4LF7K 2GEMA 1BOTO 4A59A 5BPLA 3SNNA 3QETA 2FSJA 1BQMA 1WSHA 1BI4A 4E7LA 1VQ6N 3VGMA 3B8AX 3MDQA 3NGZA 3CI5A 1RBUA 4ILJA 2GUIA 3D2EB 1OH8A 4DS4A 1Y97A 4WQ4C 4JN4A 2NRZA 3HP9A 1Z25A 2E8AA 4Z94A 3D6RA 5BPMA 1TL1A 1LW2A 2Z1GA 1QHTA 1OVQA 3A5MC 4IFYA 4YOUA 3RSEB 3LPUA 4FL9A 3CYMA 3ZEUA 3EZWA 4FW1A 1WAFA 1T03A 4GW6A 1QZ5A 3TSQA 3AVLA 3H1VX 4WQ5C 3V4IA 4KH6A 4BR2A 3CMAN 1NK7A 3SV3A 2ZJRL 3EKUA 1YUWA 5FPEA 4F4KA 2FSNA 4CESA 1NKCA 3V81A 1NGHA 4O44A 2Q0UA 5EY4A 1HQUA 3ZT0A 1TUUA 4NLCA 3ZYYX 5BRDA 3KLEA 3V9SA 2PBDA 5AR0A 3QEVA 2IAJA 4CFAA 3G0ZA 1IKVA 3O9UA 2P9LB 3KKRA 2QWMA 3G4SN 2VG7A 1C0FA 1QQMA 2HHHK 3R1XA 3HSTB 1BCMA 3O08A 2X74A 4ILHA 3FZFA 5C2FA 3KK1A 4PUOA 3IMXA 3O4WA 4MFBA 3ZLJA 4FJXA 3MN6A 3MCPA 5I9EB 1W9HA 4IOCL 1UAXA 2UUAK 3WXIA 5C2DA 4CEDA 1T44A 3LDOA 3ATUA 5D3GA 2P9IA 2KLAA 4H0TB 5HRSA 1I39A 1DTQA 3AVCA 4BQLA 3TAGA 3TAMA 1NG9A 3OYKA 1N36K 4A62A 1Q81O 2F4VK 4YNQA 4EAHD 1LAVA 3AO1A 4JI1K 4JK8A 3HVTA 2Y1JA 4DSIA 4V19S 4CGIA 4X66K 4AHUA 3EYZA 3D0PA 4K41A 4LFCK 1WSEA 5LY3A 4JI2K 1S1XA 3L2RA 4M41A 4M7YA 1HPZA 3E66A 3J7AP 3A2FA 4B9NA 5GAEP 1REVA 3EZ5A 4CJQA 3WXKA 1QE1A 4DSFA 3E1YA 3AA4A 3NGYA 4IO9L 1Q8IA 3HBTA 5EX5A 3LWMA 3MAQA 4CF2A 1VSMA 2D0PA 3D2EA 1E4FT 2IVOA 3F9MA 4C1NK 3MCAB 5HRPA 3QIPA 4DQRA 3PSIA 3DLRA 1SL0A 3VTHA 4FO0A 4NCGA 3K5LA 1KVBA 3OYHA 3BP8A 3V9UA 1IBLK 2HNDA 3I0RA 3I55N 4YHHK 1ASVA 4LC9B 1HNZK 1A5VA 3ZT4A 3AO5A 2NUBA 3RSEA 2UXDK 3OW2M 3IKMA 2E1YA 2OPSA 2NRHA 1SKRA 2UUCK 2VGNA 3K9JA 3M8PA 3ZT1A 3SBGA 3VQQA 5GAHP 3P1GA 1NGIA 4JK7A 5AQYA 3QICA 2P9UA 1NWKA 2FF6A 1CZ9A 3GOIA 4XIUA 1S1VA 4KRFA 4FM1A 4M63C 4DR1K 3LM9A 3TWHA 1T3VA 3AVMA 3DLEA 4BRLA 3N4QA 4FLWA 5FRMA 4CJLA 1QVGM 4O8UA 5DK5A 4DKWA 2UU9K 4M3XA 3A5OC 2YX6A 3KD1E 3THYB 1C1BA 3AVBA 5CZ1A 4CHZA 2RHKA 5KQ8A 3AGRA 3VEWA 3CFOA 2P9LA 2V7YA 3HPGA 4K43A 3I8BA 1NGBA 2D5RA 3WXJA 4J2EA 4OLAA 1NK8A 2ZJQL 2XY5A 5BPNA 2ZJPL 1JLAA 1HNWK 5LMNK 4B3OA 4Y1DA 3CQYA 2ZWHA 4BG8A 3P83D 4AHSA 2WFBA 5C25A 2BH1A 2IDOA 5IWAK 1EWQA 2QI2A 4LH5A 3HP6A 1ZBHA 3VQDA 1VK0A 2OCEA 4C1NI 3KWIA 1NM1A 1H1VA 3TTCA 4DV5K 2QKBA 1WOQA 1BL3A 1XMQK 3K59A 1QSLA 4Y1CA 3L2UA 1RDBA 4CF1A 3DMJA 4CEZA 4FJ8A 2WTUA 2LSNA 2G8FA 1JL1A 3A8YA 4CBWA 3LDSA 3NH2A 3K5OA 5BRHA 4BREA 4G9ZA 1U4BA 3SLCA 1IV0A 5F1XA 4FK4A 1S5JA 4MLHA 1HRHA 3IS9A 3AARA 4Q5VA 4BDZA 4O8KA 4WCEL 1Z6RA 3DYAA 4IWVA 3D2FB 2YHXA 1Q18A 2YNHA 1KSPA 3VQEA 1JCFA 4WE1A 3CPEA 1QS4A 4KAZA 2DFEA 2BTFA 3O4NA 3CCVN 2D1KA 4YORA 3L8BA 3T69A 4CFDA 2FBXA 2QWLA 4N41A 2O8EB 3VEZA 3ZSRA 4CJFA 1KVAA 1V4TA 4ZHRA 5C42A 3DOKA 4WQ4A 1IG8A 3VERA 2FSKA 4UQGA 4B3TK 3PLAA 4AHTA 4Y0WA 1BIUA 4LY7A 4BR0A 2GV9A 1WAJA 3AA3A 1EWRA 4BRGA 4NXMK 3PUFA 4CF0A 4ZTJA 1BWFO 3KLGA 3VGKA 4OKJA 4M42A 1K8AO 2HHSA 1RDWX 4WQ5A 3AVGA 4C8LA 3CJ9A 2PYLA 3DLGA 4BWMA 1HKGA 3TTFA 4X64K 3JXUA 2KFNA 3THYA 1U2VB 3MECA 1RT6A 3HYFA 4OLBA 1YJWN 3BF3A 1SL1A 3M8SA 1NGEA 1NNEA 1HNVA 4PA1A 1JCEA 4J2AA 3C6HA 1C0GA 3LDQA 3VQ4A 3C6AA 2D4WA 2G8KA 4W5QA 4KTWA 3CJ7A 4E19A 4ZTFA 3J80O 3UE5A 3S41A 3ZSZA 5SZTA 4E0DA 3G71N 4PHTX 3MEGA 4RG8A 3OYGA 3ZSVA 4FCYA 3G10A 4I2QA 3O9SA 3FZLA 3O9RA 2YCHA 4NB4A 4BE2A 1HKBA 4OJRA 3NF8A 2OPRA 1DLOA 1P90A 2HNYA 1WN7A 2PZSA 3WXLA 3KIOA 2BDPA 1KLNA 1CXUA 4W5NA 4O55A 1ZBLA 3HL8A 4DQQA 3HSCA 1KCFA 5AQUA 3ISNC 3TSUA 3SAFA 4ILGB 5KRSA 2ATQA 3C0BA 1VQ4N 2FC0A 4DF8A 4JI6K 1FKOA 2HHWA 3KJVA 4KO0A 1NKEA 3D2FA 2Z1JA 4FK2A 2P1JA 4HWIA 2HHQA 1BQNA 1VSEA 1G15A 1T6CA 4CJRA 3LALA 3SQ1A 2WONA 1YTUA 4E1JA 3LDNA 3EN9A 3U8XA 3CCLN 3K0SA 3C95A 2P9KB 5TKYA 2O8EA 5LL6Z 4FWRA 1KLMA 1MDUB 4JRPA 1NJYA 4DTRA 1T6DA 1EETA 1TKXA 1JLFA 5HBMA 1D4XA 4CGHA 4LF9K 1VAZA 4OPHA 3C94A 1TKTA 5FDLA 5AQHA 4NXNK 3SUNA 5LJVA 4CBXA 3CJAA 3NGIA 4FM0A 4DU1A 1DTTA 2YJEA 1HJOA 3VF6A 4CZEA 4EZ9A 4B08A 1LWEA 2F9TA 1KXPA 3MWPA 3OYJA 3SZ2A 3V9XA 4DSKA 2QWRA 2FF3B 4FSVA 2HW3A 5BN9A 2G8IA 4DV7K 4B9VA 4BRHA 3LL3A 4LF6K 4CEBA 5GIPA 5M1KA 2X6SA 4CJUA 2YNGA 4CZFA 3E01A 2BGGA 4BQZA 4FM2A 2GELA 3VGLA 2UYTA 1U2VA 4FJGA 3OBYA 3IRXA 3K5MA 3DLLL 5AQXA 4W5OA 2YV0X 3OYMA 3H46O 4DTJA 2GBZA 4CJPA 2I7PA 4E7KA 1U49A 3JAMO 4OX9K 4B9SA 4GKKK 4DTXA 1LCUA 4FJLA 1BDGA 4CK1A 4EP5A 4B8AB 1ZC6A 4DG1A 1O13A 2YHWA 4CHPA 4H0PA 2O8CA 3DLHA 3KTQA 1OVYA 2FBVA 1P8ZA 5KPRA 4RTFD 4BRAA 1N5YA 2HOEA 3BGRA 3GL1A 2HHTA 1U47A 3RWUA 1BA0A 5HRRA 1GLJO 4JKCA 3IDHA 4FLVA 3ZT2A 1KD1O 4FOIA 1I94K 4KTQA 5FRNA 3LP0A 2HBKA 3PV8A 3AO3A 3V1OA 3UIQA 1RDUA 2KTQA 1YVUA 2WOMA 5AQKA 3EY1A 3BEXA 3DAWA 2D0OA 3MN5A 1T7PA 4BGBA 1RT2A 3IG1A 4CIFA 4C8NA 1D9DA 3H08A 2E2PA 4Z4HA 3VA0A 4PL7A 1TGOA 1ATNA 1CZAN 3OVNA 1BUPA 4DV6K 3LM2A 3UB5A 3NDKA 4GVMA 3THXB 4FWNA 1JLCA 1NGCA 3DRPA 1C0MA 3QINA 3M5RA 3PO5A 3QNNA 4AH9A 1Z26A 1SL2A 4AQYK 5AQPA 3LANA 1GLBG 3ALYA 3LP1A 1VQ5N 1HNXK 3CHWA 1VQ8N 3AV9A 2Q36A 2P9KA 3O1BA 2NRWA 4WYBA 4F3TA 1WUAA 3H3NO 1A5XA 4KHUA 4FJJA 3R8EA 4IDHA 3DXMA 4DTNA 3EEQA 3QIOA 4JKAA 1XWLA 1WSIA 4CECA 1WB9A 3T7ZA 1KAYA 3A5NC 3GE1A 4DFMA 5GAGP 1S1TA 3ID8A 3SAGA 3TABA 1O1WA 3FR0A 1DEJA 4BACA 3F73A 4CVNE 2ZD1A 3CM5A 3EL2A 5KQDA 3GDQA 2QWOA 4I9QA 4CZGA 2CGKA 2PAVA 3WNHA 1NOZA 5AQNA 3AVAA 3MX5A 3OYIA 2ZGZA 1HJRA 4CZMA 3A5LC 4CW7B 1LWCA 2VG6A 1Q82O 1YJ9N 1IKXA 4IOXA 4BG9A 3VF2A 4BC2A 3TARA 1RT5A 4BRFA 3SUPA 2GWJA 1K9MO 4I2PA 3QEPA 1Y64A 2P9PB 2HF3A 1GLFO 1HX1A 3TI0A 4IG3A 4JK9A 1KFDA 5BR9A 5FLXO 4JI8K 3ASMA 4DTUA 1MA9B 5J2MA 4JLHA 3RMDA 4FPBA 4FLZA 1OH6A 1OH7A 3PIPL 4DHYA 1S1UA 3RRHA 1WBDA 1J5EK 5MLCQ 3RR7A 1RFQA 1QSSA 4FJNA 3LAMA 3QO9A 5ADXA 1KTQA 4FLYA 4CEQA 1YJNN 3S3MA 4H5TA 5J2PA 3LZIA 3HM9A 3I8DA 1GOCA 2E88A 3TR8A 3FE1A 2HHVA 3E9OA 1KFSA 4IZ9A 1X3NA 3LP3A 3O3FA 4X62K 4KI4A 4DTPA 2QXLA 2E6MA 2G8HA 4BWJA 2UUBK 3HO1A 2OANA 2GX9A 3NE6A 3AVHA 3RMBA 3NMUA 3THXA 3RR8A 2IIRA 2F8TA 1SKWA 2KHOA 1ZBFA 3MEEA 4CHQA 4CBUA 1LV5A 2XY6A 1BO5O 3R6MA 4FLTA 1EXQA 3KHYA 4HCCA 4Z4EA 2A6AA 1VQON 4DQIA 3G25A 4CGGA 1Q9YA 3WEEB 5J2QA 1YI2N 3NF9A 4HUEA 1L3VA 4JEPA 1HLUA 1SQKA 4N47A 3W0LA 1RTIA 1OH5A 1FW6A 5KGWA 4AILC 3OYBA 3CFRA 3U6FA 3I33A 1Z05A 3O5BA 1UOCA 1VSDA 1WSFA 3E9PA 4M7XA 2G8VA 3SPYA 3D45A 3THVA 4YFUA 1V4SA 1EP4A 3VENA 1KRPA 1LAWA 2KFZA 1ASWA 2I5JA 3NFAA 4H4OA 4FK0A 4DB3A 1VSFA 4OKEA 1SKSA 5EU7A 4LFBK 3F2KA 4AHVA 5KPTA 5KPZA 4I6MB 2E1ZA 2YHAA 3HPOA 3KK2A 5AQJA 1ZBSA 1SV5A 3VQ8A 2EX3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CXC M;  5HL7 L;  4WF9 L;  3CCR N;  3CCV N;  4UY8 O;  1KQS M;  1YHQ N;  1VQO N;  1VQK N;  1YI2 N;  4IOC L;  3I56 N;  3CME N;  1QVG M;  1N8R O;  5DM7 L;  1OVY A;  1Q82 O;  5JVH L;  1YJ9 N;  1NJI O;  4U67 L;  3CCJ N;  1VQ4 N;  1ILY A;  1VQ6 N;  1K9M O;  1KD1 O;  4WFB L;  1Q81 O;  1M1K O;  1K8A O;  2ZJQ L;  1VQ7 N;  2ZJP L;  2OTL N;  5GAD P;  3CCL N;  1W2B M;  2OTJ N;  3PIP L;  3J7Z O;  5MLC Q;  3CF5 L;  1K73 O;  5GAE P;  3CCE N;  1VQL N;  3CCU N;  1VQP N;  3CD6 N;  1YJW N;  1YJN N;  1VQ9 N;  3PIO L;  2QEX N;  4IO9 L;  3CMA N;  1M90 O;  1VQN N;  3CCM N;  3CC4 N;  2ZJR L;  1YIJ N;  1YIT N;  4IOA L;  1JJ2 M;  1VQ5 N;  1VQ8 N;  3CC2 N;  4WFN L;  3G6E N;  1QVF M;  5DM6 L;  3I55 N;  3CPW M;  3CC7 N;  4WFA L;  3G71 N;  3OW2 M;  4WCE L;  1Q86 O;  3CCQ N;  1Q7Y O;  3DLL L;  1S72 N;  3G4S N;  5GAG P;  3CCS N;  2QA4 N;  5GAH P;  1KC8 O;  5H1S Q;  1VQM N;  5JVG L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4BE0 A;  5M1O A;  4DTM A;  1FK9 A;  1S1W A;  4DSL A;  1TVR A;  2WUS A;  4U7B A;  3NH1 A;  5AJ3 K;  3OYF A;  3ZSO A;  1MWM A;  4H8K A;  1RBR A;  4E3S A;  4R5P A;  3MWT A;  5C10 A;  3NHG A;  2AJQ A;  3CME N;  4KHN A;  1R59 O;  3RVC A;  3C7N A;  1WBB A;  2NRT A;  1NK0 A;  1JXE A;  3ZEU B;  1F21 A;  3OYD A;  1VSH A;  3AVI A;  2OZM A;  2G8U A;  1NJI O;  3KKS A;  2QK9 A;  1E4G T;  3CJ1 A;  3DXM B;  1FKP A;  1HYZ A;  3OYC A;  4IKF A;  4M3T A;  5F2R A;  3Q7C A;  2KZZ A;  1IJJ A;  4H0Y B;  4FJH A;  2HBM A;  3TU5 A;  5FPN A;  4FWK A;  5M1Q A;  4BE1 A;  5F0X A;  3SUQ A;  4CGD A;  1EKE A;  1MWK A;  3HOS A;  1C1A A;  5GAD P;  3T1Y K;  3PX4 A;  3U4L A;  1W2B M;  3D7E O;  1VRT A;  1TK0 A;  3I0S A;  3MXM A;  4BRD A;  2YKN A;  3J81 O;  2OTJ N;  1CXQ A;  3L4Q A;  5KRT A;  4CER A;  3SMP A;  1S9E A;  2HNZ A;  3SQ0 A;  4LD0 A;  1D5A A;  2NLX A;  4CD1 A;  4B1Y B;  3CCU N;  5FRO A;  3HPH A;  1I3A A;  5GIO A;  3AAP A;  1S22 A;  1NK4 A;  4B3R K;  3VMF B;  1NJZ A;  3DLB A;  2A1S A;  3L4I A;  2O8F A;  4DS5 A;  5AQL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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