3CC2N

The refined crystal structure of the haloarcula marismortui large ribosomal subunit at 2.4 angstrom resolution with rrna sequence for the 23s rrna and genome-derived sequences for r-proteins
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Mutations outside the anisomycin-binding site can make ribosomes drug-resistant.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 50S ribosomal protein L2P
molecule tags Ribosome
total genus 49
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-02-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cc2N00
1JJ2M 3PIPL 5JVGL 1VQ8N 1W2BM 1YI2N 1VQON 2ZJRL 1YJWN 3G6EN 5GAGP 3OW2M 4WFAL 1QVGM 1Q7YO 1QVFM 4IO9L 2OTLN 3CMAN 1Q81O 4WCEL 3G71N 3PIOL 5DM7L 5JVHL 1VQMN 5MLCQ 1VQ5N 1YIJN 5GADP 1KQSM 3G4SN 1VQ6N 1K73O 1S72N 1VQ9N 5DM6L 1VQ7N 3J7ZO 4U67L 4IOCL 1VQNN 1NJIO 4UY8O 1N8RO 2ZJQL 3DLLL 3CCSN 5GAEP 3CMEN 5HL7L 3CC4N 2QEXN 1VQ4N 3CC2N 4WFBL 1OVYA 1M1KO 3CCJN 1VQLN 1M90O 1YJ9N 1Q86O 2QA4N 2ZJPL 3CCUN 1KD1O 1YHQN 3CXCM 3CCRN 1Q82O 4WFNL 1VQKN 3CF5L 4IOAL 1ILYA 1VQPN 3CCLN 1YITN 4WF9L 2OTJN 5GAHP 3CCEN 5H1SQ 3CD6N 3CC7N 3CPWM 3I55N 1K8AO 1K9MO 3CCMN 1KC8O 3CCQN 1YJNN 3I56N 3CCVN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4E3SA 4IOXA 3I8BA 3PIPL 4DLGA 1JJ2M 1RBTA 3H1VX 4MDBA 4FK4A 2ZF5O 1LWCA 3LAMA 1JCEA 2KFNA 4H0XB 4CBUA 2P9SB 4O44A 1KCFA 1RFQA 2E2OA 3LM2A 3JXUA 1P90A 3OTOK 1QQOA 3DLHA 3MAQA 5CY4A 3LP3A 3CJ7A 4CW7B 4CZMA 1X9MA 3MEDA 4PKHA 1LCUA 1VK0A 3DOLA 2Y1JA 1HMVA 3O9TA 4DV7K 3C7NB 4DF4A 4CHQA 1KVAA 1IBLK 3O3GA 1FKOA 3TI0A 4G1QA 4DSEA 3WNEA 2PY5A 1BWFO 5JS1A 3U6FA 3NDKA 1QSLA 2VGNA 3FZFA 3VEZA 2KZZA 2VGMA 3VQCA 4DR1K 2IS3A 4CJTA 5AQGA 3T1HK 3ZEUB 2GUIA 4JEPA 3R1XA 4CECA 5EY4A 3ZEUA 3CC2N 1HNIA 2HNZA 5AQTA 4NXMK 1T03A 2I7NA 5BREA 2HHQA 3IDHA 2O4IA 2Z1IA 4BQLA 1HKGA 2ATQA 2V51B 1BCMA 4BRFA 4PQUA 4BRMA 3CCUN 2G8WA 1ASWA 3O9SA 4LF5K 4IDKA 1K6YA 1EXQA 3DLRA 3E9LA 4LSLA 3ID6A 3ZT1A 3CFOA 3ZSRA 3U4LA 4CEDA 3CI5A 2E88A 1GLEG 1VSHA 3KJVA 4FW1A 4QS8A 1NGAA 4WQ4A 2YNHA 3A5OC 3PO4A 1VSEA 2QWLA 3OBWA 4YOWA 1FKPA 4CZJA 4CZFA 2FF3B 1NKEA 1KRPA 2YNIA 3U8XA 3VMFB 4M7XA 4AHUA 3KK3A 2UUBK 1WAFA 5C42A 3O5BA 3K5NA 4PY5A 2Q3SA 3LDPA 3RMCA 4FJNA 3WXJA 1DKGD 3OW2M 3SQ2A 4C23A 4FWQA 2DPNA 1C1CA 2E1ZA 2ZM6K 2ETJA 1NK4A 2UYTA 4ID5A 1XQSC 2CH6A 4GW6A 1FK9A 5EXWA 3V81A 3G0ZA 3AA4A 3PIOL 4FLVA 1N5YA 1S3XA 1D5AA 4DQ8A 3OHRA 2YHYA 3DMJA 1ZC6A 4KPYA 4FPAA 1WLJA 2E6LA 1K73O 1S1UA 1HLUA 2H3GX 1WBBA 2DTUA 3ZX3A 4BG8A 2R7YA 3TAGA 3OYDA 3MWPA 3J7ZO 4X64K 4FL9A 4XH5A 3VEWA 2P5GA 1C6VA 5ELZA 4FJ7A 2D0CA 3ITHA 3H46O 4CGFA 4CI6A 1GLFO 2YNGA 5C25A 1RCHA 3LL3A 3ZSZA 1R0AA 3TAQA 3EN9A 3BF3A 4DB3A 2HHXA 3TSQA 1T8EA 2HHWA 1Q18A 4FLYA 2QA4N 4XEIA 1SKSA 3MCAB 1YHQN 3SUNA 3OS0A 1IO2A 4B9LA 1Y97A 3HPHA 1VQKN 4FZZA 4DFPA 5KPRA 2A1RA 4CF9A 3ZLJA 3VA3A 1DEJA 3ENHA 4DSFA 5J2QA 4BE2A 4BACA 3N4QA 3V6DA 4GKJK 4JRQA 4BRHA 4BWMA 4AHCA 4JKHA 4FOIA 1NOYA 4W5RA 4FLZA 1SQKA 3HVTA 1U2VA 2QTDA 3QIOA 1BI4B 3VERA 3RR8A 3MWTA 3SUOA 1BI4A 2IVPA 3S41A 5IWAK 3SLCA 4WYBA 2Z1GA 4AH9A 2D0AA 1FW6A 2QWRA 4F3TA 1E3MA 3NF7A 3VF4A 3H3NO 4WFAL 4I9QA 5HLFA 3H45C 3QNOA 2X78A 4CBXA 1O13A 2XY6A 2P51A 3VQ6A 3H6EA 3VPZA 4A2AA 4WCEL 3VETA 5M1PA 3GDQA 5CZ1A 2Q2RA 2IC3A 3VTIA 1ZBLA 1VQ5N 3PO5A 3VQBA 1HNVA 5DM6L 1OH8A 4ILHA 3SAHA 2KKZA 2GEMA 2DFFA 3SQ1A 4H8KA 3SNNA 4L8RB 3M6GA 5GAEP 1NG9A 4FJLA 5FRMA 4IWVA 1NM1A 1UAXA 3KLIA 1HQEA 1KFDA 4Y0WA 3VQPA 1M1KO 4YHHK 4H0YB 1VHXA 1TUUA 1QZ6A 4B3SK 2IGIA 3NVKA 3KK1A 1WSGA 2P9PB 3CIPA 1RDCA 4GV3A 4A57A 2P9PA 1TL1A 4OKJA 3LPUA 4B9NA 1VRUA 3CETA 4CEZA 2JGUA 4LF9K 3VEXA 3FZKA 3EKSA 4YY3K 4CJEA 1Q82O 1SUQA 3M8RA 1DT9A 2LSNA 4CF8A 1R59O 3O3HA 4I2QA 2KFZA 1JCGA 3B8AX 1NK7A 3QEXA 3WT0A 1S1WA 3CJ9A 1BOTO 1JLAA 2YJFA 4JS5A 5DK5A 2O4GA 2IVOA 3NH1A 3EL2A 4CFAA 4PKGA 3I55N 4A5BA 4F3OA 2AJQA 1XNRK 2YHXA 4CJ5A 4E1MA 4CZIA 4LH5A 3HM9A 1K9MO 3SJHA 5BRDA 4C1NI 5CYQA 3HT3A 1C1BA 2IOCA 3J8AA 3K0SA 1VQ8N 2E8AA 3OYEA 1FXXA 4CD1A 4DTRA 3E9OA 4IG3A 2CGKA 2D5RA 1NMDA 2VYPA 4UQGA 3K9JA 2VWJA 3G6EN 4RCHA 2QXLA 3MCPA 4OLBA 3TWHA 4FJ8A 1MU2A 4ZTJA 1GLDG 1C0GA 2NRHA 2ZGYA 3LDLA 4JI6K 5AQWA 3HTVA 4FO0A 3LP0A 5AR0A 3U3GA 2ZQBA 3AO2A 3DLGA 3FZMA 3ZT4A 3QFUA 3J81O 3CFPA 4JRPA 1TKZA 5EOYA 4B1WB 1IKWA 2B4JA 5HBMA 3T1AA 1G99A 2FBYA 3KK2A 4JKDA 5C24A 1NOZA 2QK9A 4U67L 3BEXA 4NO7A 4DV0K 2KHOA 1HUXA 3GL1A 4LFCK 3AVAA 4BR4A 1QS4A 1VSIA 2KZMA 4DQIA 4CF0A 1GOBA 3DLKA 5HL7L 1BL3A 1TK5A 2OCEA 5C0YA 4JKGA 4DU4A 2HNDA 3CCJN 1VQLN 3SMPA 1M90O 5BN8A 3LDQA 1SAZA 1UA0A 1RDAA 3MN7A 3F73A 2WONA 5BR8K 3CYMA 3TTCA 3ZSOA 4YOYA 4PL8A 2QWPA 3D2FB 4H5WA 2E2PA 4OX9K 3BP8A 3D2FA 2X6SA 3R9PA 1UOCA 1C0MA 3DM2A 3BZKA 3K5LA 2QWOA 3CF5L 1QQCA 2UXCK 4F2RA 3HOTA 2BH1A 4QCLA 1VSMA 1HR0K 5AQFA 1YITN 4FZXC 1TK0A 2A5XA 3NF8A 3TARA 3MEGA 1S1VA 3ZT0A 4CJPA 4FJIA 1C1AA 5AQUA 4C8NA 3W3DA 5JICA 1ATSA 4DR7K 4A2BA 1NGDA 5AQLA 2OPPA 4BR0A 1CLQA 3GE1A 4Z4GA 4DLEA 4BRNA 4G9ZA 3R8EA 2P9IA 1KVCA 3THWB 5CHIA 3THWA 4IEIA 4B1VA 5BRHA 4KH6A 3KVGA 4JLHA 2Q36A 5IT9O 1JCFA 3VQEA 2QKBA 2W6KA 1JL2A 1HYSA 4BROA 2O8FB 2GV9A 3M1FA 1EQYA 1IBMK 3S3OA 2EX3A 1HPZA 3VF2A 1X3MA 3TABA 3SK3A 2XY5A 3K2PA 3TR8A 2YNFA 3AO5A 5SWMA 4LSNA 3NF6A 2E6MA 3WEEB 1WSHA 1HJRA 1ZYQA 2X74A 3AVLA 3DRRA 3JAMO 1I94K 4YORA 5KPTA 1YT3A 3WNHA 3AVFA 1Z6RA 4ILGB 3SPYA 4DTJA 4JKBA 4FZYA 1W97L 4JV5K 4FW2A 1TAUA 3FZLA 4CEOA 4EAHD 3LANA 4DTSA 5A2QO 1F21A 3KHYA 4CHNA 1BO5O 3SAGA 3MECA 1W0HA 3DLBA 4CF1A 5JLFA 4OKKA 4DUYK 4BE1A 2BE2A 4CIFA 4HUGA 4JI5K 2YHAA 4DKWA 4A61A 1RT1A 4N41A 4DG1A 4FSVA 1XWLA 3VN5A 1OH7A 4QAGA 1ZBIA 2OANA 3L6QA 5HROA 4H4OA 4XH4A 3PX4A 1Q9YA 2G8KA 4GV9A 1RILA 2GX9A 1GOCA 4B1YB 2GWJA 3IFRA 2D4WA 1IBKK 2FBTA 3VGKA 4GV6A 2KW4A 1YAGA 4QS7A 2UUCK 3PUFA 5JLHA 4IJNA 1BG3A 2YKMA 4O0IA 3JSMA 3IUCA 3CC7N 3RWUA 4M3UA 2F7TA 2X6NA 5ADXH 4BGBA 1OH5A 2E1YA 4NLBA 5BRFA 4NYNA 4I9LA 2F4VK 4FWLA 4OPHA 4B9TA 1XC9A 2RPIA 1YJNN 4FOEA 4OVLA 2UU9K 4PKIA 4A59A 2P1JA 3A0IX 4AQYK 3HO1A 4N76A 3I0SA 1YJWN 3J7AP 5CZ2A 3OYMA 4FK0A 3QEIA 2HF4A 4CHYA 4OLAA 1YXQA 3O8MA 3ISNC 1YVNA 2NNWA 1C0FA 1TUYA 3AARA 4GVEA 2HBJA 3QICA 1S6QA 4HUEA 5AQRA 1RT4A 1VSLA 1EWQA 5MLCQ 4NCBA 3VGLA 4H0PA 2XHBA 4M3RA 1KVBA 2AP1A 3AO1A 4CEEA 4KTZA 2V52B 3QMLA 3MXIA 1VSFA 1NGHA 2CH5A 1TL3A 1KLMA 1J5EK 2P9SA 2RF2A 3RMAA 4CEAA 4EHTA 1NJWA 3DYAA 4AHTA 4IFYA 4B1UB 4RWTA 1JLFA 5FPMA 3K5OA 3AVMA 4CGGA 4ISFA 4M41A 3LP1A 1OVYA 3C7NA 3OA9A 3RRHA 3M3ZA 4CJSA 5F0XA 2HVIA 2ZJPL 4DQSA 2P9UB 4DWIA 1B9DA 1NGEA 1KD1O 2VWKA 2BGGA 5LY3A 2P9UA 3ZT2A 5HOOA 3NGIA 3HSCA 1U49A 4KHPK 1ATNA 3QERA 3J7YP 3QINA 5AZIB 3DLEA 4BRAA 2JWKA 5E84A 1J53A 5M1NA 3V9WA 3CCEN 3CJBA 3I0RA 3TAFA 3CJAA 4FLWA 4F9OA 1U6ZA 4M3YA 3AO3A 3O80A 4W5TA 3ID8A 1NK0A 1NWKA 1J54A 3ULEB 4H0OA 3ULEA 5AFUA 2V7ZA 3VENA 1TYQB 4H03B 5JMVA 1RTHA 3OYHA 1RT7A 5J2PA 3D0PA 3O9UA 4DTOA 3R6MA 3SMSA 4BR2A 2B5JA 3E66A 2VQEK 4CCHA 4F4KA 4E0DA 1HKCA 2IIRA 4HWIA 4PA1A 3QIPA 5T7BA 4U7BA 4KI6A 1HYZA 1Q81O 2OYQA 1RDDA 4KRFA 4FWPA 3OYIA 2BDPA 4KHSA 1WBDA 1IH7A 4YDUC 4EHUA 4B1XB 3VGMA 5GADP 4E7HA 3FZHA 2HBKA 1NBWA 2KQ2A 5I9EB 3VA0A 3IG1A 4Z0UA 3SUPA 1GLCG 2F8SA 4DSJA 3V4IA 3B6PA 2Q31A 4IBNA 1ATRA 4KH5A 1N32K 3QETA 4KV8A 4RTFD 4OO1J 4BC2A 4DV3K 3C6HA 4XH1A 3V1QA 1XI1A 1T05A 3O4WA 2P9KB 4BR7A 4FM0A 3HOSA 3WXMB 1RNHA 2P9KA 2ZGZA 1GOAA 3PSIA 4JI3K 2RN2A 4CJRA 4H5RA 2HB5A 3ZCMA 3CM6A 4FWRA 3NF9A 4FCYA 2RE2A 1I39A 4DR4K 1IKVA 4CESA 2O8DB 3LPTA 4GVMA 1QSSA 1ILYA 3O6WA 3CCLN 2VQFK 3LDNA 1WOQA 1HX1A 4DS5A 4BDYA 3D2EB 4CFCA 4CJ4A 1Y64A 4JI7K 2GBZA 3THXB 1BA1A 2F96A 1A5XA 4OPKA 1VRTA 3THXA 3CCQN 3CQYA 2EHGA 3T1YK 3PX6A 1TKTA 3UKUB 3QLHA 4BRGA 2OPQA 1DTTA 4RW8A 4Z4HA 3G10A 1X9JA 3OYGA 4FM1A 4DFJA 3O08A 5M1FA 4Z4FA 1NGCA 4R5PA 5J1EA 5AQVA 2XRIA 5JS2A 1QZ5A 1QVGM 2YHBA 2NRVA 1QVFM 4BRCA 4MLEA 4IZ9A 1VAZA 4E89A 4DS4A 4FWSA 3A8YA 1SL0A 2QM1A 1UA1A 4FJHA 4ID1A 3FE1A 3HYFA 2FC0A 1TK8A 3FFKB 4NYFA 1W7AA 4DR3K 4DHYA 1WUAA 1QHAA 4KB0A 3VOVA 2ZWHA 4DSIA 1VQ6N 4CGHA 1S72N 1S9EA 3SAFA 2UXBK 4GMJB 4JK8A 3AO4A 1MDUB 5AQJA 1JKHA 3V9UA 1TGOA 4IOCL 3NFAA 4CJ7A 1BQMA 1ZXOA 2P9NB 2P9NA 3T19A 1FJGK 1TAQA 4O55A 5I42A 3TU5A 3KIOA 2A1SA 4M3XA 4MDAA 3L2RA 4BRQA 2HBLA 2D0BA 5HRRA 3SQ4A 1L3SA 1NKCA 4CK2A 4IXCA 1IG8A 1Z25A 3VQ9A 4FVMA 2FLOA 4K43A 1E4FT 4B3OA 2HSTA 3EO3A 1L5UA 1IV0A 3SBGA 1KLNA 2O8BB 5BPMA 3BDPA 2O8BA 2VWBA 1BIZA 3QBWA 3ZETB 3SV3A 3NAEA 1Q8IA 3MN5A 3VESA 3ZETA 3E9PA 5AQKA 2Q0UA 1XMOK 1NMNA 1RBRA 1RTDA 1TKXA 3ALYA 1VSKA 3L2QA 3KTQA 2B6AA 1K8AO 4BRDA 4NLCA 2FF6A 1QQMA 2FBXA 1CXUA 1HNZK 4GY2B 1ASVA 4X66K 3RMDA 4DU1A 3SQ0A 4Z4CA 1T7PA 1MA9B 1W9HA 1TV6A 1XNQK 4BREA 5C10A 4FWKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4E3S A;  4IOX A;  3I8B A;  3PIP L;  4DLG A;  1JJ2 M;  1RBT A;  3H1V X;  4MDB A;  4FK4 A;  2ZF5 O;  1LWC A;  3LAM A;  1JCE A;  2KFN A;  4H0X B;  4CBU A;  2P9S B;  4O44 A;  1KCF A;  1RFQ A;  2E2O A;  3LM2 A;  3JXU A;  1P90 A;  3OTO K;  1QQO A;  3DLH A;  3MAQ A;  5CY4 A;  3LP3 A;  3CJ7 A;  4CW7 B;  4CZM A;  1X9M A;  3MED A;  4PKH A;  1LCU A;  1VK0 A;  3DOL A;  2Y1J A;  1HMV A;  3O9T A;  4DV7 K;  3C7N B;  4DF4 A;  4CHQ A;  1KVA A;  1IBL K;  3O3G A;  1FKO A;  3TI0 A;  4G1Q A;  4DSE A;  3WNE A;  2PY5 A;  1BWF O;  5JS1 A;  3U6F A;  3NDK A;  1QSL A;  2VGN A;  3FZF A;  3VEZ A;  2KZZ A;  2VGM A;  3VQC A;  4DR1 K;  2IS3 A;  4CJT A;  5AQG A;  3T1H K;  3ZEU B;  2GUI A;  4JEP A;  3R1X A;  4CEC A;  5EY4 A;  3ZEU A;  3CC2 N;  1HNI A;  2HNZ A;  5AQT A;  4NXM K;  1T03 A;  2I7N A;  5BRE A;  2HHQ A;  3IDH A;  2O4I A;  2Z1I A;  4BQL A;  1HKG A;  2ATQ A;  2V51 B;  1BCM A;  4BRF A;  4PQU A;  4BRM A;  3CCU N;  2G8W A;  1ASW A;  3O9S A;  4LF5 K;  4IDK A;  1K6Y A;  1EXQ A;  3DLR A;  3E9L A;  4LSL A;  3ID6 A;  3ZT1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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