3CC2N

The refined crystal structure of the haloarcula marismortui large ribosomal subunit at 2.4 angstrom resolution with rrna sequence for the 23s rrna and genome-derived sequences for r-proteins
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Mutations outside the anisomycin-binding site can make ribosomes drug-resistant.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 50S ribosomal protein L2P
molecule tags Ribosome
total genus 49
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-02-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cc2N00
3CCRN 3CMAN 1N8RO 3CCEN 4IO9L 5DM6L 1K9MO 1QVFM 3CCLN 1VQMN 3OW2M 3CC4N 2OTJN 3CC7N 1KC8O 3CCMN 1VQNN 1VQ9N 1YJNN 3CMEN 1YITN 3I56N 1VQ4N 3PIPL 5GAGP 4WF9L 4WFAL 1YJ9N 5GADP 1YI2N 1VQ7N 3PIOL 2ZJQL 1M90O 3J7ZO 1YIJN 1VQ6N 1KQSM 1NJIO 1VQLN 1S72N 5DM7L 3CC2N 3G4SN 3DLLL 1VQON 4WFBL 1M1KO 4UY8O 3CCSN 1Q81O 1Q82O 3CF5L 4IOAL 3G71N 2OTLN 3CD6N 4U67L 3CCUN 1YHQN 2QEXN 3I55N 1VQ5N 1Q86O 1K73O 4WCEL 3CPWM 4IOCL 3CCJN 1Q7YO 5H1SQ 1VQ8N 3CCVN 5HL7L 1JJ2M 5JVGL 1QVGM 2ZJRL 2ZJPL 3G6EN 1ILYA 5GAEP 1W2BM 1VQKN 2QA4N 4WFNL 1YJWN 1KD1O 3CCQN 5GAHP 5MLCQ 5JVHL 3CXCM 1OVYA 1VQPN 1K8AO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3J8AA 5AQGA 3EL2A 1ATNA 1BQMA 1YF5L 5AQWA 4YNQA 1IKWA 1C1CA 3OYEA 4JKFA 1D8YA 3A5OC 2NNWA 3ENBA 4Z4CA 3H46O 3ZT2A 1GLEG 3AVLA 3SQ1A 1FJGK 4GV6A 3TTCA 4A59A 3P38A 1ZBLA 1ASVA 1X9JA 4CF8A 4O0IA 1RTDA 4JK9A 4AM6A 5A2QO 1VQ4N 2PYJA 5CE3A 3VQDA 1TK8A 1BGXT 4YOUA 4DQ8A 1TKZA 5I3UA 4ZTFA 1GOCA 4KI6A 5SZTA 3S3MA 1NK4A 2DFFA 1E3MA 1KQSM 4DLGA 1HQEA 4I6MA 4JKEA 4MQ3A 4CBUA 2CH6A 4FJJA 4ILGB 4H0YB 1QZ6A 1NGAA 3EE8A 4MO5A 4RW7A 4JHDB 1OH8A 3N4QA 3V9ZA 3KK1A 4BR7A 3WNHA 4O44A 3KWGA 4DR5K 3VQQA 2ZM6K 1WSFA 3UKRB 3L0QA 2NRZA 3U4LA 4E7KA 4YOTA 3NGZA 3L8BA 1H1VA 1RT7A 3DM2A 4B8AB 4WCEL 4IOCL 4U7BA 4C1NI 1KAYA 3HOSA 2ZGYA 3BF3A 3VTIA 4B1WB 4DB3A 4FWRA 3W0LA 4JKBA 4BR2A 3SPYA 3CERA 3TTFA 4DKWA 3EKSA 3LZJA 4GV9A 4IO8A 2HB5A 5AR0A 1JLCA 3CHWA 4FW2A 3MN7A 2IVNA 1HJOA 5J2NA 3SI6A 1NK9A 1JCFA 3WNEA 5AQYA 5C15A 2HHVA 2Q0UA 1KVCA 3QB0A 4BR5A 4A61A 3EN9A 2YNHA 2O8BA 1RDDA 1U04A 4CZLA 1VSKA 2OPSA 1NOZA 4B1ZA 3OS1A 5AFUA 3S3OA 3RMBA 2P9SA 1RT3A 4H5TA 3D0PA 4NYFA 4DFPA 4FWPA 3B6PA 3FFKB 3VQAA 3F2KA 3K9KA 2VQFK 4E89A 3NFAA 1TKXA 4YOYA 2RKIA 3HI0A 2X6SA 3O9SA 4DFMA 3QIOA 4F8RA 3ENHA 3NMUA 1FKOA 3OYMA 2Q97A 3L2VA 1S72N 4K8XA 3V9SA 3KKSA 3ZT4A 3G25A 3F73A 1NGJA 4Z4EA 4B9NA 4LF9K 3EE9A 4UY8O 2PAVA 2QWPA 1HNWK 3HP9A 4X65K 1B9FA 1NM1A 3CF5L 3NGYA 3RWUA 4KHPK 3AVFA 3ITHA 2B6AA 3U8XA 3LDPA 1RT2A 3AGRA 3CYMA 1LAVA 4ZHRA 2UXCK 1Z6RA 2HNDA 4H5VA 3PLAA 3T1YK 1SL0A 1BA0A 4JNEA 1NKBA 4DUZK 3IKMA 2F4VK 3VN5A 1NKEA 5IWAK 4NYNA 4AF1A 4B9TA 1EX4A 2V51B 3AA2A 2DY4A 1JLFA 4JI6K 4IDHA 4FM2A 2ZJPL 1T05A 4FLVA 3KKRA 3O80A 3O08A 3RRGA 3LDSA 4H4MA 4ILJA 4JI7K 1C6VA 4Z4IA 4C8NA 1WB9A 4FL9A 4XH5A 4CEZA 4FYDA 3KD5E 1C0FA 3ALYA 4JHDA 3ULDA 1REVA 4C1NK 3CC7N 2Q2RA 3MEGA 4JI3K 4DSFA 3VQCA 1C1AA 1EO1A 1T8EA 1XC9A 5SWMA 5HRSA 3H1QA 4FO0A 5CHIA 5IT9O 3QICA 4EHUA 3L2QA 1YXQA 3UKRA 3LAKA 3O3HA 4LFAK 2A1RA 4FWLA 3J7YP 3MN9A 3HRGA 1HYSA 1L3UA 2NRTA 5AQJA 4CJUA 2F9TA 1GOAA 4FWOA 2OPRA 1UWBA 4Y0WA 4DF4A 5AQRA 1MDUB 1XHZA 4XH1A 4W5RA 3H08A 3RTVA 3T69A 1TAUA 4FZZA 3C6AA 3VMFB 1VK0A 2GTDA 1XUPO 4ID5A 3ATVA 3P5JA 4C8OA 3A0IX 3QERA 1T44A 3VQ6A 4FK4A 4AHUA 5LJVA 3H3NO 3MX2A 1HKGA 4CJPA 3EKUA 2P9LB 3OVNA 1LAWA 5M1OA 2E2PA 2E1ZA 1A5VA 1BOTO 3SMPA 2QEXN 2IOCA 3WUHA 1ZBIA 1N32K 3HOTA 1LW0A 4C8KA 3BP8A 4CD1A 1K73O 2VGMA 4CIFA 3LWLA 2W6KA 2DPNA 3G0ZA 4PQUA 4N56A 1XHXA 2FC0A 5C24A 4BRNA 4DTXA 5K14A 5JVGL 1T7PA 1W97L 3AA5X 2OCEA 3G6EN 1N36K 3QEVA 4B3OA 4JK7A 2BE2A 1W2BM 3T19A 2EX3A 1I39A 1GOBA 5TKYA 4WFNL 5BRFA 5HBMA 3O3FA 2YHBA 4B3TK 2VG7A 3BZKA 3MK6A 3VGLA 4DG1A 4Y1DA 4DLEA 1EQYA 3AO5A 2YI1A 5HOOA 1DGKN 2YJEA 5GIPA 3LPUA 3U9DA 4IO9L 1RBTA 2UXDK 1F21A 4WQ5A 3D2FB 4JLHA 3CC4N 2ZF5O 3CJCA 2P9KB 1Y97A 3THVA 1C1BA 3VENA 4B08A 4FSVA 4YDUC 3S41A 5KRTA 1E4GT 3KWIA 2W41A 3DRPA 1YI2N 4PKHA 4X64K 4IOXA 3QESA 1S1TA 4CJSA 3U3YA 4E7LA 4FJXA 4E1MA 4H8KA 3MCPA 3O4WA 5HLFA 3L4QA 4LFBK 5C2FA 1M1KO 1QQOA 4N41A 4H0XB 3TAEA 1QZ5A 3AO1A 1KRPA 4BREA 4K8ZA 4B9QA 3LPTA 3CD6N 4YHHK 3JXUA 3OBWA 4MDBA 3P1GA 3SK3A 4BG9A 2QKBA 3IS9A 1Q86O 3CIPA 2XRIA 1TL3A 2QXLA 2P1JA 3HSTB 3I8BA 4NB4A 1NJXA 1O13A 2B4JA 3CCJN 5GIOA 3U3GA 4Z94A 4KTWA 3R3LA 2O4IA 3ZSQA 4EIAA 3VEOA 4ISGA 2NRVA 3QNNA 1KXPA 4A5AA 1JKHA 4KH6A 4HVJA 3SBGA 1IBMK 5JLHA 1FW6A 4BE2A 1S22A 2RHKA 2RN2A 3C6UA 4CEQA 4BRGA 4BRDA 1NMDA 2WFBA 3WEEB 4F4KA 3QMLA 4Z0UA 2HBJA 1WSEA 3NH1A 3HJFA 4DTSA 4PL7A 1RILA 1T6CA 1KLNA 1VQMN 3TARA 3KK7A 2E20A 4CGDA 5FPEA 4DV2K 2HHWA 3AARA 2BANA 1HX1A 4IG0A 4FXDA 3U6FA 3VOVA 3O6WA 2P9LA 2IIRA 1UAXA 2KFZA 3M8QA 1YJ9N 4FWQA 4HCCA 5AQVA 1WBDA 5HRPA 1Y64A 1VSHA 1ITGA 3P83D 3QIPA 5BRDA 4BRFA 2G8WA 1WUAA 2PZSA 4DR4K 1U45A 1VQLN 4WE1A 3OYGA 3DLLL 3LWMA 4DR2K 3RRHA 2KW4A 3KLIA 4WFBL 1VQON 3TAFA 5AQHA 4X66K 3NH2A 3K9JA 1N34K 2A41A 1I94K 1KAZA 3FZMA 5GINA 2HHQA 3LP3A 4CEBA 3L2WA 1GLBG 3JSMA 3ATUA 3IUCA 1G99A 4JI4K 4FVUA 5T7BA 1FK9A 4BVOA 1JLGA 5FPMA 4OPKA 2YNIA 4LD0A 4W5OA 3D2FA 2FSNA 3GBTA 3MXIA 3NBPA 4DQRA 2VCPA 3SQ4A 4HTLA 3VEWA 2P9KA 4ELUA 4GMJB 4I9QA 5AQLA 3A5MC 4KHWA 5FRNA 3VF2A 2A6AA 3W3DA 3FZFA 5AQZA 2AP1A 3LAMA 4H0VB 4NO7A 1DTTA 1U6ZA 2YX6A 5DMRA 4LH5A 3LM2A 3KJVA 2A40A 2CGLA 3VQ7A 4IDKA 1ASWA 3O9QA 1RBUA 2GBZA 3CJ7A 1SQKA 3PX0A 4DU3A 1J53A 3ZEUB 3F5TA 3NF7A 1KSPA 1SV5A 2V7ZA 2ATQA 4CJ4A 3D7EO 3PSFA 1Q8IA 3THWB 4E3SA 4FLYA 4FZXC 2E6MA 5KPZA 3PIPL 2HF4A 2EWSA 4WF9L 4CF9A 1G15A 1J54A 3O3GA 1KVAA 1HNZK 1RFQA 1VQ7N 4KHNA 4BWJA 1RDCA 4KBOA 3MECA 1NK8A 5BPLA 2VWKA 4AH9A 4CHQA 4WQ4C 5KTQA 1P90A 4GKJK 4DV6K 1RTJA 1UOCA 3BEXA 4CHPA 3H1VX 5JS2A 3HPGA 4HUEA 3OYFA 3I33A 3HTVA 3CCSN 4DU1A 4O8KA 3HSCA 4I7FA 3DLKA 4H5RA 1YTAA 4FK2A 5M1KA 4RW6A 4EAHD 3DXKB 3MCAB 3TAMA 4B9MA 1VSDA 4C8LA 3DOLA 3TI0A 4IKFA 1Z25A 3WEEA 1U48A 3L2UA 4FVMA 3RSEB 2HOEA 3CJ9A 2G8IA 4FJ8A 3PO5A 2IDOA 4HUGA 2E8AA 1VQ5N 2Q1NA 2XHBA 3PX6A 2O8CB 4JV5K 1RT6A 1NGHA 2Q31A 1TYQB 4G9ZA 4GNIA 5H1SQ 2E1YA 4W5QA 1TUUA 4H0PA 3CCVN 3MX5A 5I9EB 3SJHA 3QETA 3FZKA 4FLXA 3ZCMA 4O4GA 3TTDA 4JRPA 4EP4A 4BRMA 1RT1A 3KLHA 1N5YA 2ASPA 2HMPA 3DJCA 4BDPA 4LSLA 3AVHA 1WSGA 2WOMA 1EWRA 4JI0K 4M3TA 3OYBA 4GV3A 2IGIA 1HNXK 4CEAA 1SUQA 2QWRA 3M6GA 3K58A 3CMAN 4FCYA 3A5NC 4ISFA 3CJBA 3VERA 4IBNA 3CCEN 3HXMA 4CGGA 3O4QA 5KPRA 4LY7A 1EXQA 3G10A 5AQIA 5C25A 1TVRA 4CF0A 1I3AA 1WAFA 2V7YA 4DV7K 3CCMN 5J2PA 1XMQK 3EY1A 1VSMA 2XO7A 1IBLK 4QAGA 2HVHA 3MXJA 1WN7A 1IO2A 1WSJA 4K42A 1WLJA 5BREA 4DR3K 3FZLA 3R9PA 2ZQBA 3HZ6A 4YY3K 4FM1A 4DUYK 4CIEA 4MDAA 5GADP 4CJ5A 1QSLA 3ZX3A 2OANA 3MDQA 2B5JA 3O1WA 1RT4A 1S5JA 4OKKA 4JEPA 3QNOA 3HYFA 4NCAA 2HNYA 4BROA 1NJIO 4LF7K 4CJFA 4O0JA 4KHSA 1J6ZA 2O8FB 4JI5K 5FDLA 1GLFO 2HHSA 1YT3A 4DTPA 2Q36A 4KV8A 4M3XA 2KLAA 3GDQA 1C0GA 1VSJA 3WXIA 4BR9A 4CFDA 4CEEA 1OH6A 1NK0A 4CBXA 3AVNA 4MLEA 3NGIA 2D0CA 2P51A 3AVJA 3CCUN 3ULEB 4DWIA 1QQMA 4M3RA 4JKHA 2F9WA 3OS0A 3RMAA 1WBBA 1S9GA 3ZEUA 4OJRA 4CECA 2FXUA 4JI1K 1P8ZA 1BDGA 1MU2A 3SV4A 3I8DA 3GG4A 3THWA 1YAGA 1X3MA 2PFUA 3HM8A 5AZJB 4RW9A 4FJ5A 3VPZA 3SPZA 3FR0A 4TSXA 3THYB 4ELVA 1A5XA 3BDPA 1IBKK 1QSYA 3DMJA 3VGMA 4R5PA 1BA1A 1MWKA 2RPIA 4Q0BA 1L3SA 3WT0A 1KAXA 5AQOA 1SAZA 4W5NA 3EZ5A 5CR4A 4KTQA 5FRMA 3N4PA 3VA0A 1TK0A 4H03B 2G8VA 3T1AA 4FM0A 3AGKA 1HKCA 1NKCA 4LH4A 2XY7A 3SUNA 3CQYA 1XNQK 3O5BA 3DXKA 4CJQA 1NGGA 1Q9YA 3IAYA 5KQ8A 2NLXA 4CK3A 3HK2A 3LP2A 4RCHA 5AQFA 3H3OB 3CI5A 3MAQA 3RSEA 3AVKA 4IFYA 4BGAA 1DKGD 3WQTA 2HMIA 2DTUA 3IMXA 4CD3A 1HJRA 3VQEA 2O8CA 2BH1A 2D0BA 3O4NA 4FWMA 1JLAA 1TYQA 5DK5A 4DQSA 3TAQA 4M3WA 1KCFA 3ZLJA 4DS4A 4PL8A 1TKDA 4CEDA 2HHUA 5AQPA 3M8PA 3P4IA 2LSNA 3C95A 4KH4A 4H0OA 3AAQA 1ZYQA 3Q7CA 3SMSA 3OYLA 3AAPA 3O1BA 2NZTA 2WONA 3OJUA 4JKCA 3IFRA 3ZT3A 3IG1A 4F3TA 3VF6A 2E2NA 4CZIA 4GY2B 3SQ0A 1NJWA 2YCHA 4DFKA 3I55N 4BR4A 4FWSA 3KK2A 2Y1IA 5C12A 3CJAA 4MLHA 4AQYK 4E0DA 3DLBA 4Z4HA 5F2RA 3BY5A 3NAEA 2KFNA 1OVQA 4M3UA 2KKZA 2WBNA 3D45A 4GVMA 3KLEA 5LMNK 1R59O 2E6LA 4CK1A 1D4XA 4B9VA 4BR0A 2F8SA 2UUAK 3TSPA 3ZT0A 4PUOA 3PUFA 1BL3A 4CJLA 1TV6A 1SZ2A 4CERA 4W5TA 4IFEA 2OPPA 3DI6A 3CCQN 3R8EA 5GAHP 1X9SA 4CGHA 2NRWA 3I0SA 3O9UA 4YOWA 1O1WA 2O8FA 4FJGA 3QBXA 5LY3A 2OA8A 3H45C 3LZIA 2D0PA 1K9MO 1L3VA 3FGUA 5FPNA 4IG3A 2XY6A 1XC3A 2RE2A 3UKUB 1VRUA 2PYLA 3LDQA 3VGKA 1KC8O 1CZ9A 1C0MA 3VEZA 4FJ7A 3RMCA 3CMEN 2IVPA 1K6YA 3I56N 3ULEA 3L3UA 3DLEA 3J81O 3C0BA 5GAGP 4DQPA 3ZT1A 4WFAL 3WXLA 3SCXA 4J2BA 3LDLA 3GL1A 3LP0A 2IVOA 1HNIA 2G8UA 4BC4A 4ILHA 4CGJA 1X9MA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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