3CCR | Genus

Total Genus 47

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	47
sequence length	186
structure length	186
Chain Sequence	ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Mutations outside the anisomycin-binding site can make ribosomes drug-resistant. pubmed doi rcsb
molecule tags	Ribosome
molecule keywords	50S ribosomal protein L2P
total genus	47
structure length	186
sequence length	186
ec nomenclature
pdb deposition date	2008-02-26

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
N	PF17144	Ribosomal_L5e	Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.420.100	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Nucleotidyltransferase; domain 5	3ccrN00

3CPWM 3CCRN 2OTLN 1VQ4N 3DLLL 1YHQN 1YITN 3I55N 1VQMN 3CCJN 1KD1O 4IOCL 1VQ8N 1VQ6N 5HL7L 1N8RO 4WFAL 3G71N 2OTJN 3CMEN 4WF9L 5DM7L 1K8AO 1YIJN 4WCEL 5MLCQ 1M1KO 3PIOL 5GADP 1VQNN 3CC7N 5JVGL 3OW2M 1KQSM 1Q81O 3J7ZO 5GAHP 1VQ5N 1YI2N 3CCLN 3G6EN 1KC8O 1VQPN 4IOAL 4WFNL 1K9MO 1VQLN 3CC4N 5DM6L 2QEXN 4U67L 1VQ7N 1Q7YO 1JJ2M 3CCQN 3CCSN 1K73O 5GAEP 1Q82O 3PIPL 1QVGM 3CD6N 1OVYA 1VQKN 3CF5L 5H1SQ 3CMAN 3CCVN 3CC2N 1NJIO 5JVHL 3CCUN 2ZJQL 4UY8O 3CXCM 1M90O 1S72N 1Q86O 2ZJPL 3CCMN 1VQON 3I56N 1YJNN 3G4SN 1QVFM 1VQ9N 4WFBL 1W2BM 2QA4N 5GAGP 1ILYA 1YJ9N 3CCEN 4IO9L 1YJWN 2ZJRL
chains in the Genus database with same CATH superfamily

3CPWM 4NCAA 2ZQBA 4CW7B 4H5TA 4B1ZA 2UUBK 2QXFA 4JKBA 3WNHA 4DR4K 3QEXA 4LSNA 2P9PA 4DF4A 1YUWA 1S1UA 3BEXA 3OYFA 1BDGA 4FWRA 2A5XA 5AQFA 2FSNA 3TSPA 3DWLA 3NF7A 3SAGA 3R8EA 3PSIA 3DXMB 4LFAK 1HRHA 2QXLA 5KI6A 4JAXA 1KAYA 4DQPA 2V52B 2ZF5O 3AA2A 3DRSA 4M3ZA 2P9IB 5GADP 3IRXA 3OYNA 2QWRA 2P9LB 4Q0BA 4LH5A 1T3VA 4AHUA 4BRNA 3QINA 3D45A 4I6MA 3T19A 3WT0A 3C65A 3C6UA 3M1FA 2CGJA 3LAKA 4KHSA 1RBRA 5AQSA 1SL1A 1LW0A 4DR2K 4E7JA 3CM5A 2QTDA 4LC9B 3MN7A 2UU9K 4JKAA 1EKEA 1NJXA 4JYAK 1HNVA 4YFUA 3OYCA 1NBWA 4C8LA 4CD1A 2D0OA 3HP6A 1V4SA 3QMLA 4FWMA 5JMVA 3CQXA 1KXPA 1IBKK 3N4PA 2UXDK 3DLGA 1NJIO 4G1QA 4AQYK 4FPAA 5ADXA 3VQDA 4E3SA 3SI6A 4IZ9A 4AH9A 2KW4A 5FLXO 2ZJPL 4GW6A 3NF6A 1JLGA 3WXKA 5BPMA 4DQQA 3AY9A 4EP5A 3IMXA 2HSTA 3O1BA 4CEBA 4JHDB 4B1XB 3TAQA 2IC3A 1FKPA 2F96A 2CGLA 1S6PA 2O8DA 5F2RA 5TKWA 1TKXA 5AQMA 2RPIA 3CG7A 4KV8A 2HHVA 4BDYA 4B3SK 2OTLN 4QAGA 4J2AA 5DMRA 4E1MA 4IEIA 5CYMA 3NH0A 3ALYA 4JNEA 4H0YB 3TABA 4CJ7A 1BOTO 3TU5A 1W97L 3AVAA 2Q31A 1IO2A 5AQXA 2E2NA 4NLCA 3K9KA 1L5UA 1JLCA 3EKUA 4MDAA 1GOBA 4NLBA 4H5RA 4MO5A 2F9WA 1MDUB 3PIOL 4DS4A 4CEQA 3AO3A 2G8WA 5LJVA 4Z4CA 1VQ5N 2P51A 2XY8A 4KAZA 1LCUA 4A62A 2JGUA 3OTOK 1MWMA 3V9SA 1CZBA 4OGEA 1ASWA 3VESA 2P9PB 3KWIA 2VWJA 2GWJA 3H46O 3IUCA 1YF5L 1L3TA 3RR8A 1HLUA 4CZIA 3EEQA 3KJVA 4KH6A 3BZKA 3I0SA 4JKCA 5FPMA 4CEZA 2G8IA 2D5RA 3O9RA 3K5LA 3FE1A 5AQNA 4BR9A 4CJVA 1S22A 1QS4A 3TAFA 1SZ2A 4H5VA 3SNNA 2IVPA 4BE2A 2IVOA 3WUHA 4A5AA 3NE6A 4I6MB 4CJ4A 3TAEA 3HZ6A 1CZ9A 3EE9A 1RT5A 4YOYA 2I7NA 5GAGP 4PA1A 4FOEA 3K58A 2YHWA 3SK3A 1HYSA 4XH4A 4H8KA 4KPYA 4NXNK 4PHTX 2OA8A 2FBTA 4B1YB 3UKUA 5FRNA 4FJKA 3HBTA 5TKYA 3R9PA 4BDPA 4IBNA 3QETA 3CCRN 3ULEA 1WSJA 2O4GA 2NRHA 3KVGA 4DHYA 5AQZA 2VWKA 3LALA 4CF8A 4BVPA 1KD1O 3S9HA 1VQ8N 4ZTFA 5GIPA 4OGCA 2AJQA 3TWHA 4E7IA 4WFAL 2UUAK 1LW2A 5AFUA 4DF8A 3ZSOA 1VRUA 3H45C 5ADXH 1HMVA 4KTQA 4HUGA 1Q18A 1WSGA 4CIFA 1C1AA 3A2FA 4M3WA 2O8DB 1XHXA 4AHRA 3OW2M 3L2VA 2YI1A 1BUPA 3RMCA 1ZBLA 1TYQA 2HB5A 4B9LA 2D4WA 2CH5A 3AVMA 1I39A 1ATRA 2HBLA 2E6MA 5JS1A 3S41A 3ZSZA 3SAHA 1C0TA 4ZTJA 4OKKA 3OBWA 2E2OA 5HLFA 1UAXA 1J54A 4B3TK 3F5TA 2NLXA 5J2NA 1YT3A 2NRVA 3I0RA 4ELVA 4HCCA 1SAZA 4R5PA 3ISNC 3ENHA 3O3GA 4CERA 1RCHA 2V7ZA 1HJRA 4BGBA 4CGIA 3HVRA 3CMAN 1WB9A 4RG8A 1F21A 3CQYA 4PQUA 1I94K 3MEGA 2ETJA 2WC9A 3HK2A 3EL2A 4CEEA 1S72N 5EX5A 1U47A 1HNZK 1NK8A 1IH7A 3TAPA 4BC5A 1KVBA 3HT3A 3AVKA 3THXA 2IOCA 3LP2A 3CJ1A 3VGMA 3VMFB 2KLAA 3EN9A 1FKOA 1J9AA 4YOUA 2D1KA 2KZZA 5LMUK 5I3UA 3ZLJA 3QLHA 3THVA 3T3FA 4ICLA 1QSSA 1J5EK 3QFPA 1VAZA 4RTFD 4IXCA 3J7YP 1S1XA 3RSEA 2OPQA 3DRRA 4BY9C 1CXUA 3LDNA 4WE1A 3OYKA 4FWQA 3H3NO 4CGJA 4N47A 3J7AP 1BQNA 4B3RK 1JLEA 1WN7A 4F3TA 1SV5A 1HNXK 1VHXA 2VWBA 1QSLA 3AO5A 1LWEA 4B9VA 3HYFA 2VQEK 3ZEUA 1KFDA 4IG3A 1X9SA 1W0HA 4MLEA 2XY5A 1HX1A 3VERA 3DAWA 4BREA 4CJTA 2HW3A 3A5LC 4DU1A 3LWMA 3SAFA 1XQSC 4FJIA 3G25A 3UKUB 2KQ2A 4YNQA 1G15A 3L4IA 4NO7A 3BY5A 1TV6A 3ULEB 1NMDA 4CJRA 3VQ4A 3PV8A 4K8ZA 1C0UA 2GBZA 4IOXA 3KLIA 5HRSA 4FW1A 2E1YA 1GLAG 2OZMA 3O1WA 4ISEA 4OLAA 1NGGA 1ESVA 2ASMA 1IV0A 1UA0A 1GLDG 2X74A 3AA3A 3C95A 3CJBA 4CJUA 5KTQA 3QIPA 5EOYA 3MWPA 1U04A 4HWIA 1U2VA 1GLJO 3O6WA 4DSJA 5AQGA 1YXQA 3THYA 3WXLA 1NWKA 1Y97A 3SBGA 5BREA 3KKRA 1BG3A 5LY3A 4DR5K 1GLFO 5FRMA 3M8PA 1VQON 4CJ5A 1NGEA 1EQYA 2IGIA 1TYQB 1HKBA 5GINA 5M1QA 3CJCA 4JD2A 3TI0A 2CGKA 4XIUA 1XC9A 1E4FT 4GMJB 4FPBA 1C0MA 3SMSA 3IDHA 2ZGYA 2IDOA 3OYDA 3EZWA 4BRLA 5M1OA 3L2QA 1VSKA 3SQ4A 5AQPA 3JAMO 4JI3K 2NRRA 3RVCA 2QKKA 1YITN 3D7EO 2A6AA 4DV6K 2GV9A 4FVUA 3P31A 2HHSA 1BIUA 3L2UA 3HSCA 3BP8A 2OANA 5IT9O 3ATVA 3O4QA 3VEWA 3A5OC 3KLFA 2Z1HA 2F9TA 3LL3A 4A59A 3HTVA 4OKJA 3C6AA 3E9LA 3E9PA 4WCEL 3QNOA 1X3MA 1NM1A 3A8YA 3E01A 4CZLA 3THXB 3DMJA 3PX6A 1VK0A 4KHQA 3ENOA 4KO0A 3CJ7A 1NK4A 1X3NA 2YNHA 2HHQA 2PY5A 1CLQA 1Z26A 4NXMK 1QQMA 4Z4GA 3RSEB 1C0FA 3AA5X 1QSYA 4CBXA 4WFNL 4FWOA 1IJJA 5E26A 3M8SA 3ENBA 5B8HA 4DUYK 3TANA 4JS5A 2XY7A 1W9HA 3MXMA 2BGGA 1Q82O 3O8MA 4K8XA 3ZEUB 4BRDA 1I3AA 3CCUN 2W6LA 3VA0A 1DTQA 5HBMA 1JLQA 3V6DA 3D2EA 3SJHA 4CI6A 2YX6A 4BQLA 4BE1A 3SMPA 4DS5A 4PUOA 3VA3A 1U45A 1S1WA 1NJWA 2B4JA 2E5LK 4DV0K 1XNRK 2Q36A 1TGOA 1LWFA 4WFBL 2WBNA 2QA4N 2OPSA 1ILYA 3HVTA 3TPQA 1J6ZA 3EZ5A 1GLBG 2KFZA 4ZHRA 3VQ8A 3BF1A 1U2VB 4OO1J 4BVOA 3CM6A 2Y1IA 1HPMA 3SBTA 3DLKA 3K5NA 3THYB 4J2DA 3U9DA 3I8DA 1T03A 1LWCA 4GV9A 1BIZA 4O44A 3QICA 2ASOA 3KTQA 2D0AA 4WF9L 1KRPA 5AQKA 4H4MA 3WNFA 2YCHA 3J81O 4E7LA 5IWAK 4JD2B 3QBXA 3OVNA 3TTCA 4YOVA 1BA1A 3FZHA 4C8OA 3ZT0A 3ZX3A 3ZT3A 3GDQA 1SKRA 3OYGA 2QWPA 4L8RB 1TL1A 1Q81O 4JEPA 1KCFA 4I9QA 1KFSA 1JL2A 3U3GA 3VQ5A 1P90A 1OH6A 5M1FA 3AGRA 3LDOA 3CYMA 3OS2A 1W7AA 3O80A 3NMUA 1TKTA 2IAJA 3H6EA 3LP0A 1T6CA 1MA9B 2OZSA 1NKCA 1EX4A 3MAQA 3CCQN 1OH8A 3VF4A 3VQ7A 1NGBA 1RT1A 1RT7A 1SS6A 4O5BA 1QVGM 1XHZA 1JXEA 1SKWA 4L3QA 5H1SQ 3CJAA 4XH5A 3K9JA 4CGFA 3K57A 1H1VA 3AVCA 1S1TA 1M90O 4CHYA 4PKHA 3F73A 4CZJA 4GV6A 3CCMN 1RTJA 4RWTA 3MDQA 2WONA 3WXJA 3O4NA 2A41A 2YHYA 2XO7A 1TUYA 4CGDA 1U4BA 3GG4A 3U3YA 4ILHA 3UE5A 4BRAA 3C6HA 3F9KA 4ILGB 4X62K 4HTLA 1P8ZA 1MU2A 3Q7BA 1YJWN 1RBUA 2FF6A 1OVYA 2ZJRL 4F2RA 4JKDA 4ILJA 3VQ6A 1U48A 3L3VA 3IG1A 3KHYA 3PX4A 1XUPO 2VYPA 4GVEA 1VQMN 1HYVA 4FZYA 4K42A 3CFRA 4DFJA 5KRTA 2O4IA 4KHYA 3THWA 1RDAA 4FWKA 1N8RO 2E4LA 1S5JA 4CHZA 1SL0A 1WBBA 3D2EB 2GUIA 2PFUA 4B9SA 4JI1K 1X1PA 4DSLA 1NGCA 3WXIA 5C0YA 2ZGZA 2QK9A 4YORA 5BPNA 1DEJA 4AM6A 3KK7A 4DV3K 4B9UA 3M5RA 1O1WA 4ID5A 3DLBA 3HJFA 4CGGA 4BR4A 3AGKA 3O5BA 2VQFK 1B92A 1Q9XA 1T6DA 3FFKB 2FBXA 4FOIA 4CF1A 3MCAB 2OCEA 4BC3A 4E19A 2AP1A 3H1QA 1HNIA 2BE2A 4C8KA 4CFBA 1C0GA 4JLHA 3QERA 5DM6L 1N34K 3G0ZA 4JKHA 1E4GT 3L3UA 4FJ5A 1QQCA 5AQQA 3AVFA 4KTZA 3NGZA 3M3ZA 3N4QA 4DB3A 3ZX0A 2FBVA 2NRWA 1K73O 1K6YA 3SV3A 5HRPA 5CZ2A 4LH4A 3ZSVA 3JXUA 5KQ8A 2UUCK 2VGNA 3CCVN 3JSMA 4BG8A 5JVHL 3TAGA 2ZJQL 4YOTA 1NJYA 2HNZA 5EU7A 2BANA 3LM9A 1VSDA 4M3TA 4F2SA 2EHGA 4BRGA 4W5QA 4KRFA 3KKSA 2QKBA 3TR8A 4CBWA 1KSPA 5KPRA 3PO5A 1RTHA 4CFAA 5JLFA 4QOZB 5CE3A 2DFFA 5BRHA 1BU6O 1QZ6A 2XRIA 4CJKA 1WBDA 4E0DA 4I2QA 1V4TA 1RILA 1E3MA 1RTDA 3NF9A 3L2WA 2KHOA 3W0LA 4W5RA 4BACA 4YDUA 3CI5A 1VQ4N 3AAQA 2YJFA 3R6MA 2G8VA 3LDPA 4CEAA 3V4IA 5JS2A 1R59O 1IKYA 1WNSA 2QWQA 5J2PA 4DTNA 4PWDA 5HL7L 3FFIA 5M1PA 4DV7K 1XI1A 4CCHA 5FPEA 1B9DA 3VQAA 2E2PA 5BN8A 4O0IA 3HI0A 1IBMK 4BGAA 3TSQA 4CHPA 5AQTA 3UIQA 2HHWA 3FGUA 4MLHA 5BRFA 2B5JA 4FSVA 4LSLA 3AVLA 4CD3A 4HTUA 3G6EN 3T69A 4MDBA 5T7BA 1KLNA 4F3OA 2D0CA 2FBYA 4DV4K 4FJNA 4FK0A 4CFCA 4I7FA 5K14A 4CHOA 2HF4A 4H03B 1RT3A 3ZSXA 4CIEA 1TUUA 1BISA 3A5MC 4KBOA 3L2RA 2A1SA 3KK1A 4U67L 3HPGA 1Z25A 3THWB 1VQ7N 3DXKA 4FJ8A 1SQKA 3CCSN 2HNDA 1L3UA 1B9FA 3VQ9A 3SJJA 4CJLA 2O8CA 1G99A 4RCHA 1R0AA 4A2AA 3CD6N 3LPUA 3OHRA 1GOAA 5AJ3K 2RF2A 4IJNA 1DKGD 4M41A 4EZ6A 5KPTA 5EY4A 1BHLA 4UY8O 1HQEA 4Y0WA 4AILC 1RDBA 4KKOA 1UOCA 4CJEA 3SZ2A 3W3DA 5BPLA 4DFKA 3TAMA 4LD0A 4KI4A 1X9WA 4O8KA 2P9KA 4E7HA 4JV5K 3WNGA 3MN5A 1HKGA 3PLAA 4AHSA 1YJ9N 1N32K 4Z4FA 3VF6A 4BQZA 3MXJA 2ZM6K 1ZC6A 4EHTA 3KK3A 5FPDA 2YKNA 1XWLA 4C8MA 4MO4A 5JICA 4K43A 4B3MK 4FLZA 4FM0A 2P9UB 1N33K 4JI4K 2EWSA 1FXXA 4O0JA 3EYZA 4FJHA 1L3VA 3EKSA 1RDUA 4JRPA 4DR7K 3MCPA 1RGIA 1M1KO 2GELA 2LSNA 4YOWA 3S3MA 1NGDA 5KRSA 4OVLA 4B9QA 3SPYA 4M3RA 1QHAA 3D2FB 3T7ZA 3DYAA 3AVBA 1OVQA 1RT4A 4YDUC 1YVUA 4CIGA 1X9MA 4ELUA 4J2BA 3LDSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CPW M;  3CCR N;  2OTL N;  1VQ4 N;  3DLL L;  1YHQ N;  1YIT N;  3I55 N;  1VQM N;  3CCJ N;  1KD1 O;  4IOC L;  1VQ8 N;  1VQ6 N;  5HL7 L;  1N8R O;  4WFA L;  3G71 N;  2OTJ N;  3CME N;  4WF9 L;  5DM7 L;  1K8A O;  1YIJ N;  4WCE L;  5MLC Q;  1M1K O;  3PIO L;  5GAD P;  1VQN N;  3CC7 N;  5JVG L;  3OW2 M;  1KQS M;  1Q81 O;  3J7Z O;  5GAH P;  1VQ5 N;  1YI2 N;  3CCL N;  3G6E N;  1KC8 O;  1VQP N;  4IOA L;  4WFN L;  1K9M O;  1VQL N;  3CC4 N;  5DM6 L;  2QEX N;  4U67 L;  1VQ7 N;  1Q7Y O;  1JJ2 M;  3CCQ N;  3CCS N;  1K73 O;  5GAE P;  1Q82 O;  3PIP L;  1QVG M;  3CD6 N;  1OVY A;  1VQK N;  3CF5 L;  5H1S Q;  3CMA N;  3CCV N;  3CC2 N;  1NJI O;  5JVH L;  3CCU N;  2ZJQ L;  4UY8 O;  3CXC M;  1M90 O;  1S72 N;  1Q86 O;  2ZJP L;  3CCM N;  1VQO N;  3I56 N;  1YJN N;  3G4S N;  1QVF M;  1VQ9 N;  4WFB L;  1W2B M;  2QA4 N;  5GAG P;  1ILY A;  1YJ9 N;  3CCE N;  4IO9 L;  1YJW N;  2ZJR L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CPW M;  4NCA A;  2ZQB A;  4CW7 B;  4H5T A;  4B1Z A;  2UUB K;  2QXF A;  4JKB A;  3WNH A;  4DR4 K;  3QEX A;  4LSN A;  2P9P A;  4DF4 A;  1YUW A;  1S1U A;  3BEX A;  3OYF A;  1BDG A;  4FWR A;  2A5X A;  5AQF A;  2FSN A;  3TSP A;  3DWL A;  3NF7 A;  3SAG A;  3R8E A;  3PSI A;  3DXM B;  4LFA K;  1HRH A;  2QXL A;  5KI6 A;  4JAX A;  1KAY A;  4DQP A;  2V52 B;  2ZF5 O;  3AA2 A;  3DRS A;  4M3Z A;  2P9I B;  5GAD P;  3IRX A;  3OYN A;  2QWR A;  2P9L B;  4Q0B A;  4LH5 A;  1T3V A;  4AHU A;  4BRN A;  3QIN A;  3D45 A;  4I6M A;  3T19 A;  3WT0 A;  3C65 A;  3C6U A;  3M1F A;  2CGJ A;  3LAK A;  4KHS A;  1RBR A;  5AQS A;  1SL1 A;  1LW0 A;  4DR2 K;  4E7J A;  3CM5 A;  2QTD A;  4LC9 B;  3MN7 A;  2UU9 K;  4JKA A;  1EKE A;  1NJX A;  4JYA K;  1HNV A;  4YFU A;  3OYC A;  1NBW A;  4C8L A;  4CD1 A;  2D0O A;  3HP6 A;  1V4S A;  3QML A;  4FWM A;  5JMV A;  3CQX A;  1KXP A;  1IBK K;  3N4P A;  2UXD K;  3DLG A;  1NJI O;  4G1Q A;  4AQY K;  4FPA A;  5ADX A;  3VQD A;  4E3S A;  3SI6 A;  4IZ9 A;  4AH9 A;  2KW4 A;  5FLX O;  2ZJP L;  4GW6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3CCRN

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