3CERA

Crystal structure of the exopolyphosphatase-like protein q8g5j2. northeast structural genomics consortium target blr13
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
ESVTVAGIDCGTNSIRLKIARVDADGMHEVVPRILRVIRLGQDVDKTHRFADEALERAYVAAREFAGVIAEHPIDGLRFVATSATRDAENREEFEDEIERILGVRPEVIPGTEEADLSFLGATSVVNRDDLPAPYLVVDLGGGSTELVIGGDGVSAPTTQVQGAFSMNIGSVRMTERHLTNDPPTQTQIDEAVADVDEHIDEAFRTVDAGKARTIIGVSGTVTTMTALAMGLKEYDHTVVDGHRLSFEDAYAVDDKFLRMTRAERREYKTIHPGRIDVVGGGAVVWSRVLARVSEAAKADHGEAIDSFVASEHGLLDGIVLDYGRRLLAQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Structural genomics, unknown function
source organism Bifidobacterium longum ncc2705
publication title Crystal structure of the exopolyphosphatase-like protein Q8G5J2. Northeast Structural Genomics Consortium target BlR13.
rcsb
molecule keywords Possible exopolyphosphatase-like protein
total genus 112
structure length 330
sequence length 330
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-02-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02541 Ppx-GppA Ppx/GppA phosphatase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cerA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3cerA02
2GWKA 1K8KB 2IVOA 4H0TB 3ZEUA 1BG3A 5ADXH 1BDGA 1CZAN 4K25A 2ITMA 3U8XA 3VGMA 3UB5A 4BRDA 2Q2RA 4XEIA 2PAVA 3HBTA 1S3XA 4BQZA 3MMVA 4EIAA 3D2FA 1YAGA 3MN5A 2AP1A 5KPTA 3WQTA 5BR9A 3EZWA 1GLCG 1IG8A 5AQVA 2ZWHA 1T44A 3ID8A 4CBWA 4BC4A 3FZKA 3VEWA 3ZEUB 3S41A 3LDOA 3CJ7A 2FF6A 1E4GT 4NB4A 4O5FA 2P9UA 4BRGA 2Q36A 1BUPA 4H0PA 5BN9A 4CD3A 1NBWA 1G99A 1ATRA 2QXLA 3B8AX 2QWLA 1MA9B 4K41A 4BGAA 3DAWA 5AQKA 1MWMA 5JLFA 2E1ZA 2FSKA 1C0FA 1NLVA 1YVNA 3M6GA 1NGEA 3O5BA 4CI6A 4FWLA 4IZ9A 3D2EA 2P9SA 3H45C 3ENOA 4L3QA 3CJ9A 1HLUA 3D7EO 3MK6A 4CBXA 1XC3A 1ZXOA 4EAHD 2V7YA 3FZLA 5AQJA 2GWJA 1ZBSA 4DHYA 3CQXA 4BRAA 4KBOA 2E1YA 2QWRA 3BF1A 5E84A 4FOEA 1NGBA 3U4LA 5B8HA 2NLXA 3I33A 2F9WA 1E4FT 3ZX3A 2Q0UA 3LDQA 2P9SB 4M7XA 5AR0A 3W0LA 3ULEA 5KPRA 5EVZA 1ESVA 1HX1A 4GNIA 4CJ7A 4MO4A 5EY4A 1HKBA 3MDQA 3VGLA 5BRDA 2NZTA 1V4SA 2D0PA 5TKYA 1SAZA 3CQYA 1ZC6A 3I8BA 2GEMA 1BU6O 3MN9A 5BREA 3HSCA 3ATVA 3HM8A 3O1WA 4DCHA 1NGGA 1NM1A 2CGKA 5AQUA 1BOTO 3L4IA 5BPNA 5AZJA 2YHYA 3VF6A 1Q18A 2ZF5O 2A5XA 4PKHA 3UKUA 4E1JA 1GLAG 2CGJA 4QS9A 3VETA 3G25A 2Q0RA 3BP8A 4H5RA 3VEXA 3KVGA 1V4TA 4BRQA 3VEVA 3WEEB 4H0XB 4JN4A 2E2NA 2GELA 2P9KA 2UYTA 2QWMA 4CZHA 3QDKA 3EKUA 2YI1A 2P9PB 3R6MA 5AZJB 4NO7A 3QBXA 3WUHA 2D4WA 3H6EA 3HTVA 3VF4A 3UKRB 1LOTB 4FWKA 1J6ZA 3LL3A 2E20A 4EFHA 3GE1A 2F9TA 4EHUA 1Z6RA 3VEOA 4A61A 4IXCA 4DQ8A 3R8EA 2E2QA 5AQZA 5JMVA 1WOQA 1DKGD 3M1FA 1GLDG 1NGCA 2GTDA 3L0QA 1X9JA 5BN8A 3H3OB 4FWQA 3O8MA 2VWBA 4QS8A 3TPQA 4CZIA 1BA0A 4FWOA 1U2VA 3JXUA 3TU5A 5AFUH 4B1UB 4BQLA 4BRFA 3GOIA 1QQMA 3DJCA 4BR9A 4MLEA 2CGLA 1GLEG 4Z94A 5JICA 3A8YA 4FWNA 3ATUA 3H46O 4FPAA 1HKGA 4I6MB 1GLBG 2YCHA 3QMLA 3FFKB 3IMXA 4JNEA 4BRLA 4BR5A 4XH4A 2QWNA 2W41A 1IJJA 4WYBA 3HI0A 3C7NA 3LDPA 3D2FB 1NGJA 3WT0A 3IFRA 3CI5A 2A40A 3A5OC 1JCFA 2KHOA 1MWKA 2I7NA 4BRPA 3MN6A 3KHYA 3O08A 4PKGA 3GL1A 3W3DA 2FSNA 3GG4A 4HTLA 4AM7A 1HKCA 4IO8A 5LY3A 2P9NA 3EKSA 4ISFA 2P9UB 2W40A 3DXKA 5EOYA 2ZGYA 4FWPA 1YUWA 1T6DA 5ADXA 2EWSA 3ZX2A 3P4IA 1NGHA 1GLFO 2YHWA 3HZ6A 2AA4A 1T6CA 3CETA 4CZMA 3D2EB 4M63C 2FXUA 2Q1NA 3O80A 1XQSC 4H0VB 4M7YA 2ZGZA 5E26A 5EXWA 3WXKA 4ISEA 3QICA 5F0XA 2ASPA 4BR4A 4GY2B 1RDWX 4JHDA 1P8ZA 1SQKA 5AQGA 3GDQA 1MDUB 1S22A 5AQHA 4BC3A 2IVNA 3FZMA 1DGKN 3U9ZA 3ULEB 3BF3A 4H5TA 5ELZA 4FWMA 3VGKA 2E8AA 4FPBA 4J8FA 1QZ6A 2OANA 1NGFA 2HOEA 3QBWA 3QB0A 4K42A 4A2BA 4BRNA 3SMPA 4BR0A 1EQYA 2HF4A 3AARA 2VYPA 4IWVA 1H1VA 2IVPA 5AQYA 4BG8A 4BRKA 3CJAA 3FZHA 4AM6A 1TUUA 2V52B 3QFUA 4RTFD 4K43A 4YDUC 2A3ZA 3DXMA 4CD1A 3L6QA 2WUSA 4HWIA 3UKUB 2V7ZA 4YDUA 3VEZA 5I9EB 2A41A 2QWOA 5AZIA 3SK3A 5KPZA 3VF2A 3ZETA 1X3NA 1JCGA 5AQSA 3CHWA 5EX5A 3VPZA 3JS6A 4H03B 3SMSA 4B1XB 2P9LA 3CERA 1R59O 3H1QA 4WQ5C 4FWSA 1BO5O 2P9KB 5FPEA 2E88A 4CZEA 1OKJA 5FPDA 3AY9A 5AQWA 3DWLA 1KAZA 4CZLA 1LCUA 4XH1A 4CZKA 4B9QA 1C0GA 2E2OA 5AZIB 4FO0A 3MN7A 1Z05A 1ATSA 1K8KA 4IJNA 5AQQA 4EHTA 2CH5A 4CBUA 4BRCA 4A2AA 2P9LB 2YJEA 4PL8A 4A62A 4BROA 2D0OA 2A6AA 1BA1A 2J4RA 4FWRA 5BRFA 3O4WA 3WQUA 3BEXA 2YHXA 5LJVA 2QW9A 1KXPA 4H0OA 1RGIA 3A5MC 1HJOA 4BC2A 4IJAA 3H1VX 4BREA 1DEJA 1U2VB 3CJ1A 1WUAA 5AQPA 4FSVA 3FR0A 1QQOA 2FSJA 1TYQA 4JD2A 5AQNA 5FPMA 4BGBA 5KQ8A 1HUXA 1D4XA 3O1BA 3FE1A 3UE5A 3A0IX 2FLOA 4BR2A 3IUCA 3LDNA 4PKIA 3WXIA 2ASMA 4B1WB 3EO3A 3C7NB 3CJBA 3R9PA 3SJHA 3A5LC 3QFPA 4BRHA 3VOVA 4BG9A 1TYQB 4JD2B 4FL9A 5AFUA 4F9OA 5KQDA 4B1YB 2A42A 5BRHA 1SZ2A 2HF3A 4H5WA 5AQMA 2P9NB 2I7PA 3A5NC 3WXJA 4BC5A 4RCHA 3BUZB 3DXKB 4H5VA 3LM9A 2PBDA 5F2RA 1X3MA 4RWTA 1NGDA 1GLLO 1NGAA 1QZ5A 2GUPA 4BVOA 1TUYA 2V51B 4Y0WA 4B1VA 5BPMA 4CZGA 1JCEA 3F9MA 1GLJO 3OHRA 2IIRA 2E2PA 4CZJA 4LC9B 3EN9A 5AQTA 2D1KA 3LDLA 2YJFA 4XH5A 4BRMA 3IDHA 4BVPA 2BUPA 4B1ZA 4JHDB 1BWFO 3C0BA 3RSEA 2Q97A 4H0YB 3WEEA 2DPNA 3VEYA 3AAQA 3AAPA 3WXLA 1YXQA 2P9PA 3ENHA 4PL7A 4MLHA 1QQNA 2FF3B 5BPLA 4BR7A 3KZBA 2QWPA 4WQ4C 3VENA 3MCPA 3FGUA 3UKRA 3CJCA 4WQ4A 3FLCO 3EL2A 5F1XA 1Y64A 4BRIA 3O6WA 5AQOA 5AQXA 2H3GX 1QHAA 5FPNA 3H3NO 3RSEB 3J8AA 5AQRA 1KAYA 4ISGA 1XUPO 1NWKA 3DXMB 4WQ5A 2QWQA 4QS7A 3FZFA 4DB3A 4C23A 1KAXA 3M3ZA 3SLCA 1ATNA 2P9IA 1RFQA 3ZX0A 3GBTA 3LM2A 4FOIA 5JLHA 3ZETB 2CH6A 4JAXA 2QM1A 4O8KA 3CIPA 1U6ZA 5LJWA 3VERA 5AQFA 2BTFA 5CE3A 1NGIA 5AQIA 4CZFA 2HMPA 3VESA 2Q31A 4H5NA 4MO5A 2P9IB 5AQLA 3U9DA 1NMDA 2VCPA 1HPMA 2NRHA 2ASOA 4I6MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BHLA 2GWKA 3NH2A 2IVOA 3ZEUA 5ADXH 3AVFA 3O9UA 1HPZA 4K25A 2ITMA 3KLFA 2Q2RA 4FJIA 3NH0A 3KJVA 2PAVA 1Q9XA 2VQEK 4LF7K 1YAGA 5BR9A 2KW4A 4CJPA 2ZWHA 1T44A 3LPUA 3PX0A 3VEWA 2F4VK 3ZEUB 3S41A 3LDOA 1A5WA 1E4GT 4NB4A 2P9UA 4JI7K 5CYQA 1Q86O 4B9SA 2Q36A 1KTQA 4FM2A 4HUFA 4KI6A 4CD3A 1NBWA 1G99A 3B8AX 4BGAA 3PX4A 2QWLA 1MA9B 5JLFA 1MWMA 2WC9A 3UIQA 3ZSXA 1EKEA 3RWUA 4CJSA 4OKEA 1SL1A 3M6GA 1BL3A 3CQ8A 3LDSA 3OYCA 3H45C 3D0PA 2V7YA 2GWJA 1Q81O 4JI5K 3CQXA 4BRAA 1S9EA 4KBOA 4JKAA 4ELUA 2O8BA 4FOEA 4H4MA 3G10A 3AVGA 3CCVN 3ZX3A 4RG8A 2HHWA 5KPRA 4GV9A 5EVZA 3PO5A 4M3YA 4GNIA 4CJ7A 1HNWK 1RCHA 4LD0A 5EY4A 3VGLA 3RRHA 3IG1A 2NZTA 1XHXA 5BRDA 3RMBA 5TKYA 1SAZA 1N5YA 2KKZA 4CF2A 1ZC6A 5GINA 2HBMA 5BREA 3VQPA 5I3UA 3O1WA 2WONA 4DCHA 1NGGA 5BPNA 3L4IA 3MWTA 4N41A 3VF6A 2Y1IA 4E1JA 1Z25A 4CHPA 3SQ1A 1B92A 2P51A 1VQ6N 2Q0RA 4O0JA 1HR0K 3OYAA 3KVGA 4CFCA 3SUNA 4R79A 4RW9A 3M8RA 4CZHA 3K57A 3TSQA 2VGNA 3QDKA 3OJUA 1LAVA 2D4WA 3HJFA 3HPGA 3L3UA 3VF4A 1RBTA 1YJ9N 4C8LA 5HLFA 1XMOK 1CXUA 3LL3A 5M1KA 3O3GA 1S5JA 5JS2A 1Z6RA 4IXCA 3OY9A 3THVA 3K5NA 4FXDA 1W0HA 1WOQA 5HL7L 3HP9A 1DTTA 2JLEA 4AHVA 3KWGA 3CMEN 3WNEA 1XMQK 3I55N 4CZIA 3LANA 1VQ5N 1HQEA 1BA0A 4FWOA 3PY8A 3G6EN 1QQMA 1ASWA 4BR9A 1NG9A 4DSJA 2IAJA 1GLEG 2QEXN 3ATUA 1JJ2M 2YCHA 2G8WA 3CC7N 1UOCA 3E9PA 2QK9A 1VSLA 4FK4A 3LDPA 1NGJA 3ZLJA 3MAQA 4O55A 3CI5A 1RT1A 4JKHA 1UA1A 1VQPN 4CJUA 4HTLA 4AM7A 2QKKA 4O5BA 4PQUA 5LY3A 4JI3K 4IG3A 3NH1A 5EOYA 4X62K 1RBRA 3DRRA 3L8BA 4DWIA 3HZ6A 4UY8O 2BDPA 1T6CA 3T1AA 3WNHA 5JS1A 1ZBUA 1XQSC 3DLGA 2ZGZA 3FFIA 2RKIA 3PSFA 4CIFA 3QICA 5F0XA 2ASPA 4BR4A 2DFEA 4GY2B 4CF1A 5GAGP 4JHDA 4CJQA 1RDCA 1TL1A 3EEQA 4F4KA 1SQKA 3GDQA 3QERA 3K0SA 1MDUB 4I7FA 1JLAA 3J7YP 5GIOA 4YOVA 1S22A 5AQHA 3VN5A 1DGKN 3U9ZA 4H5TA 3QEVA 4HTUA 2E8AA 3HOTA 1TGOA 4FPBA 4X65K 3RR8A 4K42A 4BRNA 2HOEA 3AVJA 4ILJA 2HBKA 2HF4A 3SUQA 3HP6A 4FZXC 3U3GA 4BRKA 4KI4A 3FZHA 3V9ZA 5I42A 4RTFD 3I0RA 1VQLN 2YKMA 1YTUA 3L6QA 4IFYA 4HWIA 4DSEA 3VEZA 2A41A 5AZIA 4BE0A 1BIUA 4O0IA 2HHXA 1JCGA 4NLBA 1LWEA 5EU7A 4NYNA 2PY5A 3TI0A 2BGGA 1HYZA 1BO5O 3SQ0A 4DTUA 1KAZA 1HNXK 4XH1A 4CZKA 1N6QA 4KV8A 1S1VA 3VQDA 5AZIB 2B6AA 4CHZA 1WAFA 3MN7A 1IKVA 4CEBA 1ATSA 1VSMA 2HHQA 3MX2A 2OA8A 4A62A 5GAHP 1YT3A 4CF8A 4Y1DA 1X9SA 3WQUA 3BEXA 3R1XA 1WSEA 1XI1A 5LJVA 4W5NA 2QW9A 4B9MA 3DMJA 2BH1A 1JLQA 1VHXA 3KK3A 1TAUA 3A5MC 4FLYA 5SZTA 1J54A 3KKRA 3ASMA 1VSHA 3VQAA 4DTMA 3CJ1A 4KAZA 1WUAA 3O9TA 4FJHA 4KHPK 4G9ZA 4FSVA 3CG7A 3TAFA 3L4QA 4FW1A 1QQOA 1TYQA 4JD2A 4CE9A 1LW2A 3TAQA 2PZSA 3PO4A 2F8TA 3MEDA 4DS4A 3RMDA 3JAMO 1D4XA 3UE5A 3A0IX 2FLOA 3NDKA 4G1QA 2Z1GA 2NRZA 3EO3A 3C7NB 3CJBA 3SJHA 4IKFA 3AGRA 1KC8O 1TYQB 4JD2B 1U47A 4I2PA 4GV6A 2ETJA 3ZT0A 1BCMA 4O44A 1NK6A 1S1XA 2NRVA 5KQDA 2HHHK 1OH5A 3THYA 4ID5A 2HNZA 4O8UA 2P9NB 4BC5A 3K58A 4H5VA 3OYMA 5F2RA 1X3MA 4CGGA 1QZ5A 3ID6A 4BVOA 1YI2N 4Y0WA 4ID1A 4B1VA 3SNNA 3TARA 5BPMA 4WFBL 4CJKA 1YJNN 4B3RK 1JCEA 3DOLA 4M42A 2O8EA 1OH7A 2E2PA 1WSFA 3QEXA 4E3SA 1W7AA 1QHTA 4XH5A 4A59A 4CHNA 3QETA 4W5RA 1B9FA 1D9FA 4F2SA 3C0BA 4YOYA 1Z26A 1BI4B 3WEEA 1RDDA 3VEYA 2O8EB 4C8OA 2BE2A 4L8RB 3HVRA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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