3CERA

Crystal structure of the exopolyphosphatase-like protein q8g5j2. northeast structural genomics consortium target blr13
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
ESVTVAGIDCGTNSIRLKIARVDADGMHEVVPRILRVIRLGQDVDKTHRFADEALERAYVAAREFAGVIAEHPIDGLRFVATSATRDAENREEFEDEIERILGVRPEVIPGTEEADLSFLGATSVVNRDDLPAPYLVVDLGGGSTELVIGGDGVSAPTTQVQGAFSMNIGSVRMTERHLTNDPPTQTQIDEAVADVDEHIDEAFRTVDAGKARTIIGVSGTVTTMTALAMGLKEYDHTVVDGHRLSFEDAYAVDDKFLRMTRAERREYKTIHPGRIDVVGGGAVVWSRVLARVSEAAKADHGEAIDSFVASEHGLLDGIVLDYGRRLLAQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the exopolyphosphatase-like protein Q8G5J2. Northeast Structural Genomics Consortium target BlR13.
rcsb
molecule keywords Possible exopolyphosphatase-like protein
molecule tags Structural genomics, unknown function
source organism Bifidobacterium longum ncc2705
total genus 112
structure length 330
sequence length 330
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-02-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02541 Ppx-GppA Ppx/GppA phosphatase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cerA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3cerA02
4BRGA 1MA9B 4CZMA 1NGBA 4F9OA 2P9KA 4BGAA 4ISEA 4BVPA 2FSKA 4BRMA 4FO0A 1QQNA 3VETA 2E8AA 2YJEA 2P9IA 4BRAA 5LJVA 3UE5A 5BN9A 5B8HA 2CH5A 1MWMA 1SQKA 4LC9B 4XH1A 2YJFA 4BRQA 3CIPA 3CJCA 1QZ6A 2ASMA 4QS7A 2P9PA 5AQGA 3HSCA 1R59O 5AQHA 5F1XA 2HF3A 3GG4A 3EKUA 3QBWA 4BRFA 3ZX0A 4DCHA 2HOEA 2V51B 3UKUA 4BRNA 2ZF5O 4XH4A 3LM9A 3H3NO 2P9UA 3QMLA 3C7NA 4QS9A 1D4XA 4EIAA 5F2RA 1S3XA 3D2FB 4FWMA 4BRKA 5BRDA 3AARA 4BRDA 1OKJA 4XEIA 1NGAA 3G25A 3O08A 4B1YB 1GLAG 2V7ZA 4L3QA 1C0FA 1HX1A 5BPNA 3ZX2A 4BRCA 4IJNA 3JXUA 4AM7A 4MLHA 2D4WA 4YDUC 5BRHA 1QQMA 5AQRA 3WT0A 3EZWA 3I33A 5AQZA 1QHAA 4BRIA 2F9WA 2PAVA 4K25A 1ZC6A 1T6DA 5LY3A 5AQYA 5AQNA 4IJAA 4J8FA 1BDGA 3SMSA 5AFUA 3TPQA 1ZBSA 5AQFA 1YAGA 3CQYA 3LDOA 4H5RA 3CHWA 2CH6A 4EHUA 3A0IX 3R9PA 3VEOA 2E20A 5LJWA 2A6AA 5E84A 4CZJA 5EY4A 1KAZA 4CBWA 3FZKA 2QWQA 2YHYA 1C0GA 2P9PB 4FWLA 3CQXA 3VPZA 4EFHA 4RCHA 2YHWA 3H46O 5JLHA 1GLBG 3IDHA 3M6GA 3HI0A 4PKGA 4M7XA 5AQMA 1HUXA 4DHYA 2DPNA 3VF2A 4B1WB 4PKHA 4A62A 2NLXA 4HWIA 5ADXH 2AA4A 2GUPA 3LDQA 3RSEA 3UKRA 1X9JA 1P8ZA 1GLLO 3QFUA 3WXJA 3ZEUB 5EX5A 1NGIA 4RWTA 3QB0A 4C23A 1U6ZA 1DKGD 2FLOA 3AY9A 4A2BA 3EO3A 5EOYA 3GBTA 3H1VX 4CBXA 1BA0A 4B1ZA 1H1VA 1IJJA 1Y64A 1YVNA 4O5FA 5AQXA 2IIRA 4K41A 3VEVA 4ISFA 2A5XA 4XH5A 3WEEB 3HZ6A 3OHRA 1K8KA 4PL7A 1JCFA 2FSNA 4Y0WA 1TUUA 5ELZA 1J6ZA 3GOIA 5AQSA 5FPNA 2V7YA 1T44A 4Z94A 2CGJA 4GY2B 3D2EB 5AZIB 2P9NB 3A5OC 3H3OB 2GEMA 1ZXOA 3SJHA 3BF1A 4BC2A 4CZIA 1ATNA 2YI1A 2FF6A 4WQ5C 1NGHA 2QWNA 1RFQA 3CI5A 1GLJO 3J8AA 4WQ5A 3BUZB 4I6MB 4BR2A 5I9EB 3U9ZA 4WQ4C 3MN9A 5AZJB 3U4LA 2NZTA 2A40A 2QWRA 1ATSA 1BUPA 3BEXA 4WQ4A 2GWKA 4IXCA 5TKYA 2Q36A 5KPTA 4IZ9A 1MDUB 3ATVA 1GLFO 2Q0UA 2Q0RA 1WOQA 2W40A 1TYQA 2E2NA 3FGUA 1CZAN 3KHYA 3QDKA 2NRHA 4BVOA 4BR5A 4FWNA 2D0PA 2VCPA 1S22A 3KZBA 4H0VB 2IVPA 2QWPA 1BG3A 5AQPA 2P9SA 4H5TA 4JAXA 3EN9A 2F9TA 3DXMA 2E2PA 4JD2B 1ATRA 2HMPA 4JHDB 3AAPA 3DXKA 2D0OA 2E88A 2A41A 1SZ2A 2P9LA 1KXPA 4QS8A 1HLUA 2I7NA 1MWKA 5AQQA 4E1JA 4FWOA 2GTDA 4H5NA 4FSVA 1BOTO 5EVZA 5FPEA 2P9KB 2QW9A 4CZLA 3MN7A 3B8AX 2E1YA 2V52B 3BF3A 3EKSA 2P9IB 3O1BA 1T6CA 3O5BA 4WYBA 4BG8A 3C0BA 3FZFA 4NO7A 3VEWA 4M63C 5KQDA 3QFPA 5F0XA 3ZETA 2PBDA 3IMXA 4CZKA 4PL8A 1NGJA 3FZHA 3ULEA 3WXKA 1G99A 2J4RA 5BPLA 2IVOA 4BRLA 1E4FT 3LL3A 3VF4A 4H5WA 2OANA 3VEYA 5AFUH 5BRFA 4RTFD 4DB3A 4EHTA 3UKUB 4CZFA 3QICA 2P9UB 3C7NB 5FPDA 2HF4A 3A5NC 3MCPA 4MO4A 3IFRA 1NBWA 3H6EA 1IG8A 3AAQA 4FL9A 1SAZA 4MLEA 1V4SA 4H0OA 2VYPA 5AQIA 3HTVA 3WQTA 3DXKB 3WQUA 3LDPA 4CD1A 4CD3A 3A5MC 5BPMA 2I7PA 3A8YA 4M7YA 4BR4A 1NGCA 3R6MA 2ZGZA 3M1FA 2QM1A 3LDLA 3ENHA 4CI6A 1DEJA 1WUAA 2FSJA 3ULEB 3CERA 1QQOA 3W3DA 2H3GX 3DAWA 3L6QA 2GELA 2FF3B 2UYTA 3MN6A 3DWLA 5BR9A 4H0PA 3LM2A 3O4WA 5EXWA 2WUSA 1HKGA 4BG9A 3ZETB 4FWPA 1TUYA 2YHXA 3CJ9A 1LCUA 4BQLA 1HPMA 3P4IA 4BR7A 3GL1A 4NB4A 3M3ZA 1JCGA 3ATUA 3MK6A 3VF6A 5JICA 3FZLA 3L0QA 3UB5A 1XC3A 1JCEA 1EQYA 1GLCG 2Q31A 3RSEB 1QZ5A 3MN5A 3UKRB 4H0TB 4BRPA 4CBUA 2ITMA 1KAYA 1NLVA 4AM6A 3S41A 2W41A 4BC4A 4B1UB 3EL2A 3ENOA 4PKIA 5AR0A 4HTLA 4A61A 2ZGYA 3CJAA 3FE1A 4BRHA 3LDNA 4FWKA 4FOEA 5AQVA 4ISGA 3VGMA 4FWRA 4CZGA 2E1ZA 5AQLA 4CJ7A 1NGEA 3BP8A 3VERA 1Q18A 3VEZA 2QWOA 1U2VA 3H45C 1RGIA 2A42A 2E2OA 4IWVA 1BWFO 1E4GT 5AQOA 3ZEUA 5KPZA 4JNEA 5FPMA 4DQ8A 2CGLA 1K8KB 3IUCA 1LOTB 2BTFA 3U9DA 1BA1A 4CZEA 2AP1A 3I8BA 4BQZA 4H5VA 4BR9A 3O1WA 4GNIA 3VESA 2FXUA 4JN4A 3VENA 2EWSA 5CE3A 3H1QA 1NMDA 1X3NA 1HKBA 3L4IA 4FPAA 2A3ZA 1X3MA 1NWKA 3GE1A 3WEEA 4BC5A 4BROA 4B9QA 4YDUA 4FWQA 5BN8A 1Z6RA 2D1KA 3TU5A 4FWSA 5JLFA 1GLDG 1NGFA 1ESVA 3WXIA 2E2QA 1BU6O 3CJ1A 1GLEG 2IVNA 5AQUA 1DGKN 3CETA 2QXLA 3A5LC 3HBTA 3WUHA 4B1VA 1BO5O 4KBOA 3VGLA 5ADXA 3D2EA 1KAXA 5AZIA 4FOIA 2P9NA 2KHOA 4BREA 1TYQB 2QWLA 1V4TA 2ASPA 3SK3A 3VEXA 3CJBA 2QWMA 5AQTA 2YCHA 3F9MA 3MDQA 4H0YB 1NGGA 3O6WA 4I6MA 3FFKB 2P9SB 3GDQA 5AZJA 2CGKA 3DXMB 4IO8A 2ZWHA 4H03B 5KQ8A 3CJ7A 3FR0A 3KVGA 3JS6A 4B1XB 4BC3A 4CZHA 5JMVA 4O8KA 3SMPA 1NM1A 1U2VB 2P9LB 3VOVA 4BR0A 1YXQA 2GWJA 5KPRA 3U8XA 3QBXA 3ZX3A 5AQWA 4FPBA 3R8EA 4A2AA 3D2FA 3MMVA 5AQJA 4K43A 3O8MA 4MO5A 3W0LA 4BGBA 2VWBA 5BREA 1XQSC 3WXLA 1HJOA 3HM8A 3FLCO 3ID8A 4K42A 4H0XB 2Q2RA 3SLCA 4JD2A 2Q1NA 4JHDA 5E26A 1HKCA 2Q97A 1XUPO 3D7EO 3FZMA 2BUPA 4EAHD 1NGDA 3VGKA 1Z05A 1YUWA 5AQKA 3DJCA 1RDWX 2ASOA 3O80A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CYMA 4BRGA 2UUBK 4FJNA 1NGBA 4BGAA 1JL1A 3T19A 4B9SA 3VETA 4BRAA 1O13A 4DTJA 3UE5A 3CPEA 2DFFA 1SQKA 5C25A 4LC9B 4A5BA 3EYZA 4JK7A 3NVKA 1S1XA 2ASMA 4FM2A 4EP5A 5AQHA 5F1XA 3GG4A 4BRFA 4DFKA 3TI0A 4WF9L 1WBBA 3UKUA 3CF5L 3V81A 4BRNA 3AA2A 5TKWA 3C94A 4JI2K 3AO3A 3DLGA 1RTJA 4NXMK 1D9DA 4KH4A 4B9VA 3T1AA 2VG5A 3OBYA 4E19A 4MQ3A 3ITHA 1HX1A 1I3AA 4DS4A 1CLQA 4AM7A 2D4WA 4FLZA 1QQMA 3ZSZA 1K8AO 3EZWA 2EHGA 5AQZA 1QHAA 1I94K 2F9WA 4Z4FA 4HUEA 1SL1A 3NHGA 4JI0K 4CHZA 2NRZA 3O9UA 1J5EK 1HNZK 2NUBA 4H5RA 4DR2K 4CF1A 4B3TK 3TAMA 3MXJA 5LJWA 4DFJA 1L5UA 3TR8A 4E1MA 4CZJA 2PYLA 3FZKA 2OPPA 3LP3A 3CQXA 4EFHA 4RCHA 4OPAA 3BZCA 3IDHA 3M6GA 4DHYA 3VF2A 4NCGA 4B1WB 1W2BM 4PKHA 4RG8A 4Z4IA 1P8ZA 1GLLO 4QOZB 2E6MA 5EX5A 3PSIA 3J81O 2I5JA 4O44A 3L2UA 3KKRA 4C23A 1HYVA 3AY9A 4E1NA 4A2BA 2HB5A 1C6VA 3IS9A 4CESA 2KKZA 1BA0A 4B1ZA 1H1VA 1YVUA 3NH2A 1Y64A 1ZBUA 4O5FA 5AQXA 3TTFA 1L3TA 2VWKA 1QTMA 3G6EN 1W0HA 1RTHA 3ZYYX 4C1NI 3JSMA 1LWCA 3RWUA 1FJGK 1K8KA 3P39A 1JCFA 4G9ZA 5ELZA 1J6ZA 3GOIA 5AQSA 3KLHA 2UXCK 4YOYA 1QVGM 4KKOA 2UXBK 1WSEA 3G4SN 1Z25A 3I0RA 3PO5A 3A5OC 1WSGA 2GEMA 1ZXOA 3DLBA 3SJHA 4DTSA 1ATNA 2YI1A 2E4LA 3HYFA 1LAVA 3SAHA 4DU3A 3NCIA 1B92A 1RBUA 4BR2A 2A40A 1ATSA 4YY3K 3M8PA 5A2QO 2ETJA 3I55N 4M3TA 2W40A 2HHTA 3KHYA 2ZM6K 2HVIA 3QDKA 3SUPA 2P51A 3MXIA 3MEDA 3Q7CA 1U49A 4H5TA 5J2QA 3DXMA 3PX4A 1XC9A 4AHSA 4JHDB 2D0OA 4QAGA 4HVJA 1BI4B 1SZ2A 4QS8A 1X9SA 1MWKA 4ELUA 3CCJN 5AQQA 2A1SA 4E1JA 2IDOA 1SKRA 2GTDA 4H5NA 4FSVA 5GINA 1NOZA 5FPEA 1HPZA 2Z1HA 4DUZK 1X9MA 4FJMA 5C0YA 4DR3K 1NG9A 3SQ0A 4JRPA 3RRGA 4JI8K 2RF2A 1J54A 1Q8IA 1UWBA 3O5BA 4M63C 3CCVN 5F0XA 2YKMA 4CZKA 1VQ5N 3C6TA 1FK9A 3ULEA 3JAMO 1CXUA 3AV9A 1WB9A 3OYNA 4F4KA 1G99A 3VF4A 4NLCA 2XY7A 3UKUB 1TV6A 3V1OA 1RBVA 1NU0A 1BHLA 5FPDA 1HNXK 3A5NC 4ZHRA 2E6LA 3M8QA 4CJWA 1D5AA 3H6EA 1NK8A 2RHKA 3CMEN 4PY5A 3LWMA 2OPQA 4MLEA 4H0OA 3MX2A 3AVLA 5AQIA 3DXKB 3WQUA 1HNIA 4CD3A 1UOCA 5DM7L 3LPTA 4M7YA 4BR4A 5C42A 1QSYA 2ZGZA 2W6KA 4BE2A 1ILYA 1RDBA 3O3GA 4CI6A 2B6AA 2FSJA 4DSLA 2PY5A 3V1RA 5IWAK 3TAGA 4KTWA 2F8SA 2NRXA 3NF8A 2FF3B 5JVGL 5BR9A 4H0PA 3OJUA 1BISA 1S1TA 5EXWA 3I8DA 1HKGA 3E9OA 3SBTA 3CD6N 2KZMA 4Y1DA 1KFDA 1K6YA 4BACA 3C6AA 2O8BA 4BQLA 1WAJA 1SS6A 4DQIA 5CZ2A 4BR7A 1HNWK 3M3ZA 3QIPA 3VF6A 3L0QA 3LP2A 3V9ZA 5FLXO 4PHTX 3CFRA 1GOBA 3DLLL 1ZBIA 3AVCA 2W41A 3VQDA 5DMRA 3DRSA 4BC4A 1NJIO 3EL2A 5C10A 4Z4GA 2OTJN 1EXQA 4HTLA 3QNNA 4E7KA 2ZGYA 4AQYK 3DRPA 4KHNA 3LDNA 1EWQA 3MWTA 3TAEA 1A5WA 2VGNA 4CJ7A 3NGZA 3WNEA 3O3FA 3VEZA 2QWOA 3G10A 3SAGA 4O8UA 2NRWA 5AQOA 5KPZA 5M1NA 4JNEA 1HJRA 3CFPA 1K8KB 2BTFA 1BA1A 3RVCA 4O4GA 4KHQA 4BR9A 3O1WA 4JN4A 4GMJB 2EWSA 1XHXA 1TKDA 5HLFA 3ZSQA 4CCHA 1N36K 3L4IA 3HPGA 3VQ4A 2KLAA 1WNSA 4B3MK 4YDUA 3M5RA 5MLCQ 3ZT0A 3TU5A 3V9WA 2HW3A 5JLFA 3T1YK 5LL6Z 3RMAA 1NNEA 4DV5K 1VSDA 2HBLA 3WXIA 1KLNA 3EE8A 2ZE2A 1ZBHA 1S6PA 4I7FA 5AQUA 4Z0UA 2QXLA 4CF9A 3PIOL 1RT6A 4B1VA 1QVFM 5C15A 4DMNA 4RW6A 3TABA 3KK7A 4YOUA 4HUFA 5AZIA 2P9NA 1TL1A 2QWLA 3VEXA 4K0KK 2UUCK 3KLFA 3F9MA 1C0UA 3DM2A 3MDQA 1NGGA 1NMNA 3O6WA 4CEFA 1WN7A 3FFKB 4CJVA 5AZJA 3DXMB 1EETA 4NXNK 5KQ8A 1GOAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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