3CF5L

Thiopeptide antibiotic thiostrepton bound to the large ribosomal subunit of deinococcus radiodurans
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome/antibiotic
publication title Translational Regulation Via L11: Molecular Switches on the Ribosome Turned on and Off by Thiostrepton and Micrococcin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33
total genus 17
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-03-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cf5L01
3CCMN 4WCEL 3G6EN 3CCQN 3PIOL 1Q86O 1YJ9N 1K8AO 1K73O 3CCUN 1N8RO 1KC8O 3J7ZO 1M90O 1K9MO 3CCRN 3CCSN 3CCVN 1VQON 1YI2N 3CF5L 1OVYA 2ZJQL 5HL7L 3G4SN 1YHQN 3CCEN 2QA4N 5JVGL 1VQPN 3CD6N 1VQ9N 5GAEP 2OTLN 1YITN 2ZJRL 4IOCL 1Q7YO 1VQ5N 3CMAN 1Q82O 3I56N 1W2BM 4WF9L 5GADP 1M1KO 3CMEN 5GAGP 3CC2N 1KD1O 3DLLL 4IOAL 5JVHL 1YJNN 3CCLN 1ILYA 3CXCM 1NJIO 1S72N 1VQMN 1VQNN 1VQ6N 4WFAL 4WFNL 1YJWN 3CPWM 1Q81O 3I55N 1KQSM 3CCJN 4UY8O 3G71N 4U67L 5GAHP 1VQ4N 1QVFM 5DM6L 1JJ2M 3OW2M 1VQLN 5H1SQ 5MLCQ 3PIPL 1VQ7N 2ZJPL 4WFBL 2QEXN 2OTJN 3CC4N 1YIJN 1QVGM 1VQ8N 4IO9L 3CC7N 1VQKN 5DM7L
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4Y1DA 3QEVA 1QTMA 1EO1A 3UKUA 5AQZA 3V1RA 3VGLA 3DLBA 4M45A 2G8HA 1RT7A 1Q86O 1ASUA 3MN5A 4DV2K 1K8AO 2HF3A 1QZ5A 4HCBA 3P38A 1K73O 1T7PA 3DLKA 4BDZA 4FWKA 4X65K 3P5JA 4Q0BA 4JI2K 3SUNA 4KHUA 3TSUA 4PL7A 3AARA 3P4IA 1DTQA 5KQDA 4KAZA 5FPDA 4W5TA 5IWAK 1QHTA 3U9ZA 2B4JA 4F4KA 4DV3K 3VQ6A 2QA4N 3QFUA 4I7FA 4KHSA 4JKBA 3WXKA 4OPHA 4DTRA 5J2PA 3FZKA 4DLGA 1NGJA 3AO5A 2JLEA 1XQSC 3IUCA 4YOUA 2UU9K 1BI4B 3CMAN 1C0MA 2WFBA 1IBLK 3OS0A 2NLXA 2E1ZA 1X9MA 5DMRA 2NRRA 4AHRA 4WF9L 4OKEA 2QWPA 4B1ZA 2VYPA 4BRQA 3DXMA 3BF1A 5BRDA 3K5LA 3LM2A 1U45A 3C65A 2DPNA 3LP1A 3SMSA 3TTCA 5AQGA 3MEGA 4Z4GA 4CZIA 3KK7A 2O8FB 5AQSA 4KHWA 3SZ2A 4PKHA 3ZSZA 5AQIA 3VQCA 2F96A 1T05A 3R8EA 4DSKA 3WNFA 4UY8O 5JS2A 3VQQA 2A41A 2NRTA 4C8OA 3OBWA 3ZSXA 4YORA 3AVHA 4NCGA 5C0YA 4WFBL 1GLAG 3K5OA 1RT5A 1SL1A 4M42A 3PSIA 4CBUA 1BHLA 5CE3A 2Q0UA 4IDKA 2F8TA 4CIFA 3QLHA 1HNWK 4H0TB 5AQXA 3A5NC 1YAGA 1MU2A 3NBPA 4W5NA 1UOCA 1NJXA 1KCFA 2YV0X 1JCGA 2LSNA 3PIOL 4DB3A 3CM6A 3OS2A 3M1FA 4FLVA 2HMIA 2P9PB 3VEXA 3N4QA 4O5FA 4CGHA 4CBXA 4WE1A 4ZTJA 2UXDK 2NRXA 1XNQK 3HPOA 5J2MA 3T1AA 5AR0A 3DLHA 3U4LA 1XNRK 3O4QA 4M7XA 1IKXA 2VWBA 4KHPK 1ZXOA 3BY5A 3QB0A 5JVGL 3N4PA 1SS6A 1N6QA 1JL1A 5GAEP 4J2BA 4MDAA 3QESA 1VSFA 1YITN 3J7AP 4LFBK 3V4IA 3IKMA 1NJZA 5KI6A 1NOYA 2P1JA 4CF1A 1GLEG 4C8KA 4B1WB 3SUOA 3D7EO 1VSDA 4OGEA 2IC3A 5JLHA 4OPJA 2KLAA 5SZTA 5BPNA 3OVNA 3H45C 1RBRA 3AVAA 3VQ8A 3ZSQA 2G8VA 3VGKA 3OJUA 2F4VK 4BE1A 3KKSA 1VSJA 4N56A 1BIZA 3GE1A 4B3OA 1OVQA 4F8RA 2FSNA 2HHVA 4WQ4C 4YNQA 5AZJA 3PO5A 5KRTA 1S1UA 5AQQA 2FBTA 2YHBA 2YKNA 2IDOA 3GG4A 1YXQA 4HUGA 3CC4N 3V9XA 2KKZA 3NMUA 3C6AA 4W5QA 3EO3A 2O8CA 3PV8A 5DM7L 5J2NA 1DGKN 3VQAA 4LF5K 4WCEL 3U9DA 1LWCA 4I2PA 5JICA 2XY6A 1KSPA 3AO4A 3O3GA 4BQLA 1HX1A 1WSEA 2I5JA 2EWSA 3KWIA 1NMNA 3DRSA 2A1RA 4B1YB 3Q7CA 2V52B 3DOLA 1M90O 1EWQA 1VSMA 1TUYA 3V9SA 2QWOA 4FZYA 5EVZA 4YOXA 1HJRA 5AQHA 1NGFA 1P8ZA 5AQLA 4ICLA 4EFHA 4OLAA 4QS8A 4CJEA 2R7YA 2P9UA 3FFIA 1BISA 2UYTA 3ULEB 2UUAK 4DV1K 4NLBA 5AZIA 2UXCK 2I7PA 1RDBA 4N41A 3FGUA 3I0SA 4RCHA 4EP5A 1Y64A 4LH5A 2ZJRL 5AJ3K 1RILA 4F9OA 4KTWA 3SQ2A 3LZIA 2Z1JA 2OPPA 4BRFA 4Y1CA 4GY2B 3SI6A 4FOIA 5BR9A 3A5OC 4B9VA 5HOOA 4DTPA 4GV9A 4MDBA 3KJVA 2XRIA 2WOMA 2A5XA 3LPTA 4X66K 3V9ZA 1RBSA 1SL2A 1X9SA 1XUPO 4O5BA 4DFKA 1C0TA 4QS9A 3CQXA 1C6VA 3EEQA 2FF3B 2DTUA 3V9WA 3QNNA 4H5VA 4DFJA 4ELUA 1GLDG 2HB5A 2ASPA 2VG5A 4DSIA 4LF8K 1JJ2M 3OW2M 1NKBA 3LAMA 3OYFA 4BC2A 4JS4A 2WONA 4JD2B 5FLXO 4EZ9A 3W0LA 1JL2A 2YHWA 3L2VA 4YOYA 1CZ9A 2EHGA 2YHAA 3AGKA 2KQ2A 3G25A 4CEQA 1D4XA 3BZCA 5E26A 1ATNA 3O3FA 5CZ2A 4I9QA 4JKGA 3SBGA 4DWIA 4CJWA 1SV5A 2E8AA 3D2FB 1XMOK 3CHWA 3RTVA 3IRXA 2AJQA 1U04A 2XO7A 1JLFA 3T1YK 1BU6O 1VRTA 3LAKA 1GLCG 1JLQA 3QFPA 1HRHA 1WUAA 3CCRN 4DTSA 3P39A 1DT9A 1VSIA 3FZHA 2HVHA 1DTTA 4JRPA 4H5NA 3D45A 4CZKA 4B3TK 4JHDB 2KZZA 4KBOA 1TKZA 5KGWA 4CZGA 1CZAN 3NFAA 5KPZA 4DLEA 1MWKA 4BWJA 4RW4A 2FBVA 4FJGA 2VGNA 4JI8K 1XHXA 4CZEA 3GOIA 4CGDA 2X74A 2GX9A 2YX6A 4IFEA 1HLUA 4Q5VA 2P9SA 4M7YA 1K8KA 2GEMA 4ID1A 3QIPA 4DV4K 1J54A 2HMPA 1RDAA 1IKYA 4GW6A 1YTUA 4AHTA 4AILC 1ATRA 3ENOA 5GAGP 4CJRA 4EHTA 1O1WA 4WQ5C 4FJJA 5JVHL 3ZT2A 4DCHA 2QWLA 4BRIA 1JCFA 2Q36A 3TWHA 4V19S 1BUPA 4CF2A 3VF6A 3DXKB 3I33A 4B9NA 4M63C 1HNZK 2WUSA 3HM8A 1TK0A 2BANA 1RBVA 4C8NA 4CJUA 3OYEA 3FR0A 1B9DA 4C8MA 2FF6A 3OHRA 3HXMA 4GNIA 5AQWA 2HHQA 4DQSA 4CJQA 1CLQA 3PO4A 4C1NK 2OZMA 1NU0A 3VA0A 1N33K 3DM2A 1VQ8N 3K9JA 5C10A 4CD3A 3NGYA 3QEXA 3ZETA 4F2SA 4ZHRA 4CF0A 4BGBA 4FWMA 4FLUA 2BDPA 3RRHA 3AVFA 1NK5A 4H5TA 4FWSA 4FM0A 5AQRA 4UQGA 2JWKA 3U8XA 2O8BA 3LDNA 4BRHA 4O55A 4CD1A 1NK8A 3L4IA 5ELZA 3VF4A 4FPBA 3A8YA 4KH6A 4CJFA 1HNVA 1JLBA 3E9LA 1FJGK 4FWQA 1BGXT 1U48A 3KD1E 3QDKA 1NGAA 3MX2A 3K59A 3CD6N 1Z05A 4FLTA 3G10A 2IVOA 3HRGA 2HBJA 2NRHA 1IKVA 4BRCA 1V4TA 3K5NA 4CIGA 1VQ5N 4DR3K 3NGIA 1T03A 2PY5A 1JXBA 2QWQA 3VQEA 4DR2K 2Q3SA 3R3LA 1XHZA 4JI3K 4XIUA 3WEEA 4H0PA 3ZEUB 1WSIA 2KZMA 3KK3A 2E2NA 1NK4A 3DLLL 1BQNA 4CW7B 4JI6K 3HOTA 4NXNK 2IVNA 3MXMA 3J7YP 3EKSA 2E2PA 2ATQA 3CJCA 4FVUA 3CFPA 4BR2A 3M8SA 1QQNA 1S6PA 4OPAA 3MXIA 1RBTA 3D2EB 1HQEA 1N34K 2P9IB 3AA5X 4JNEA 3THVA 4DSFA 4FWNA 3RMDA 1EKEA 2RF2A 2P9LA 4BRGA 1HKGA 3CERA 1HR0K 3RSEB 2UUBK 4BRMA 2CGJA 3O9UA 4JYAK 1ZBUA 4O0IA 1D8YA 4BG9A 3OA9A 4K8XA 2XY5A 1YTAA 1SZ2A 4IO9L 4G9ZA 3IMXA 1O13A 4LSLA 1J9AA 4PKGA 3CC7N 1E4FT 2HSTA 4FVMA 3OYLA 3BEXA 2RN2A 3SUQA 4PHTX 3ZYYX 4OKJA 3SQ4A 2GWKA 4CZFA 3HVRA 1HYZA 1VHXA 2O8DB 1KXPA 1ITGA 3VEZA 3NAEA 3RR7A 4FJNA 3NH2A 1KFDA 4ISFA 4EZ6A 1S6QA 3NH1A 1KLNA 3A5LC 4CJ3A 3J7ZO 2O4IA 3PY8A 5LL6Z 3CPEA 3CF5L 3HBTA 1JLAA 3ZSOA 5HL7L 2PZSA 4PQUA 5LMNK 3SYZA 1ZBLA 1D9FA 3C6UA 5D3GA 1NBWA 3MK6A 1IG9A 3O9TA 3SJHA 1BA1A 2UXBK 3C6HA 1HUXA 4FLZA 2IAJA 3OYNA 3ID6A 2FXUA 1NOZA 1Q7YO 2XHBA 3MX5A 3ULEA 3DYAA 4RWTA 2HNYA 2RPIA 3I56N 4BACA 1H1VA 3SNNA 4R79A 1X1PA 3DOKA 4FWRA 4KHYA 1NMDA 2W6LA 4J2EA 1D5AA 1C1BA 4YY3K 4KKOA 3J8AA 3C7NA 3THXA 2X6NA 2WTUA 3AVIA 1VQMN 1VQNN 4FCYA 3CJ7A 4MO4A 4O4GA 2YHYA 3VEWA 3ENBA 4CJ5A 1XMQK 1W97L 2A3ZA 3E66A 1YJWN 4B1XB 4TSXA 3AY9A 3THWA 5B8HA 4DV6K 1DLOA 1OH7A 3KIOA 3V81A 4O44A 1N36K 1ZBHA 4B9TA 4YOTA 2BGGA 3OYAA 1VK0A 1X9JA 2ASOA 2P9KA 4J2AA 4JD2A 3ULDA 1A5WA 4CECA 4G1QA 2P9NA 4I2QA 4JKHA 4E1NA 3CFRA 4JI5K 1CXQA 1SKWA 1SKRA 1TYQA 4HTUA 4B3MK 2HHWA 1S22A 4YDUC 1WAFA 4CIEA 2E4LA 4CHQA 1HPMA 5CHIA 3BUZB 3M8RA 1KC8O 4GVMA 3O5BA 4DSEA 3NF7A 2XY7A 4BC5A 3CJBA 3EE9A 3RMCA 3CI5A 2KFNA 3DWLA 4OJRA 3I8BA 4IOXA 3PUFA 1GOCA 4IO8A 1FKOA 1LAWA 4A57A 4XEIA 3U3GA 2HHUA 2X6SA 3LDSA 3LP2A 4BR7A 1VQPN 2NRZA 4CFCA 5A2QO 5EY4A 2FBYA 4NLCA 3T1HK 3RVCA 5AQTA 2OZSA 2YKMA 3AAQA 3HI0A 4DQQA 4AHCA 1BG3A 3ZT1A 4DR7K 4DR4K 5FRMA 4EHUA 4WQ4A 4BC3A 5GADP 2I7NA 1WB9A 4DMNA 1A5XA 4FLWA 1FXXA 3O08A 3S3NA 4W5OA 2YI1A 3BP8A 1IG8A 3K9KA 4C8LA 4CEEA 3EZ5A 4W5RA 1ILYA 2ZWHA 4IZ9A 1TAQA 3R9PA 4E89A 1ZYQA 1TKTA 2IOCA 1ZBSA 2G8WA 3HK2A 3G71N 1NJWA 4U67L 1KLMA 5GAHP 3AVCA 5KGXA 4CHOA 5DM6L 3TAFA 3SV3A 1IJJA 4RW9A 1HQUA 4M41A 2DFHA 1S9GA 5M1FA 4PWDA 2VGMA 2W6KA 4FK0A 1WSFA 5C2DA 1SAZA 1QVGM 4KREA 1VRUA 3IAYA 4DV7K 4CFAA 4U7BA 4I9LA 5M1QA 1CXUA 1EXQA 1RDCA 3QEWA 1QQCA 3TAQA 3G6EN 1HYVA 4CZJA 1U47A 4DHYA 2P51A 3GBTA 1KVAA 4CGIA 3MN9A 4KHQA 1C1AA 4DG1A 4B8AB 1YUWA 3WUHA 3AO2A 3W3DA 2ZD1A 4BE0A 4LF6K 2D0PA 3EN9A 4EAHD 3VERA 2VG7A 3M8QA 3VEYA 1YI2N 4CEOA 1L3SA 3NVMA 3MEDA 3MWPA 4H5WA 2E20A 3AA3A 1GLJO 3BZKA 3QINA 4N76A 3WXJA 2YCHA 4RW7A 5EXWA 3J81O 4JK8A 3KLIA 4L3QA 3WQUA 2DFFA 3QETA 2Q97A 4BY9C 2QWRA 3OJSA 1LW2A 2F7TA 3THYA 1U2VB 5AQFA 3A0IX 4KV8A 2G8FA 5HRPA 1X3MA 4H0OA 1BWFO 1XWLA 2A40A 2VCPA 3CM5A 3SAGA 1C1CA 3QICA 4QOZB 5T7BA 4H4MA 3WT0A 3HVTA 4B9LA 2QW9A 1UA1A 4GMJB 3L2QA 4Y0WA 1QQMA 3LWMA 1RT2A 5AQVA 3UKRB 3HP6A 5C12A 4BC4A 4KH4A 3RMBA 2D0AA 1LCUA 4JN4A 4OLBA 1S1TA 2Q1NA 3LP0A 4HHTA 3KKRA 1BDGA 1UAXA 1YJNN 2UUCK 4ILHA 3ZX3A 1VAZA 3ZX0A 3E9OA 5C42A 1L3UA 1YVUA 2AP1A 4ISGA 4O8KA 1ZBFA 4KH5A 4CJVA 4BRAA 3PSFA 3L2UA 1VQLN 5H1SQ 1VQ7N 1V4SA 1RTJA 3WNHA 4K25A 4LC9B 4BDYA 1GOAA 4DU4A 4M3XA 3VTIA 4GKKK 1NGGA 2GBZA 2QTDA 3CQYA 5AQKA 1GLLO 1VQKN 2O8EB 3TAPA 3ATUA 3QERA 4H8KA 3CCQN 1LAVA 1S1WA 3TAEA 3EL2A 4H5RA 4E7HA 2QKKA 5AQJA 1BQMA 4NYFA 3CETA 1RT1A 3HOSA 4IEEA 3VQ7A 2HHTA 1ZBIA 3WXIA 3M8PA 2VQFK 3LANA 1RT4A 4CFBA 1JLEA 1I94K 3VESA 1HJOA 3DXMB 3JSMA 5CZ1A 1T6DA 4K41A 4NO7A 3SQ1A 4M3YA 4H03B 3VEOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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