3CJ1A

Structure of rattus norvegicus ntpdase2
Total Genus 141
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
141
sequence length
426
structure length
419
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural insight into signal conversion and inactivation by NTPDase2 in purinergic signaling
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 2
molecule tags Hydrolase
source organism Rattus norvegicus
total genus 141
structure length 419
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2008-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cj1A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3cj1A02
3CQXA 3A5MC 4I6MB 1ATRA 3ENOA 2Q36A 2E2PA 1BWFO 3VF4A 1NGCA 2F9TA 3BF3A 2P9LA 3ATUA 1JCFA 4CZFA 3VEXA 4BRAA 4BC3A 3WEEB 4FPBA 5JICA 4H0YB 3WXJA 1H1VA 1TYQA 3SJHA 4IO8A 3QFPA 2W41A 5EOYA 5BRFA 1NGIA 2EWSA 2YJEA 1NBWA 2V7ZA 4O5FA 4XEIA 3MK6A 5AR0A 4B1YB 2A6AA 4XH5A 3SMPA 1NGEA 4M7YA 4CZJA 2AA4A 3H3NO 5JLHA 4IJAA 4J8FA 3WEEA 5ADXA 1T6DA 1HX1A 5F2RA 3ZETB 3LDOA 5TKYA 3UE5A 1GLCG 4L3QA 1GLFO 4FWSA 4FWPA 4YDUC 5E84A 3IFRA 3QBXA 5BREA 5E26A 3GL1A 3HZ6A 1NWKA 4BROA 5AQZA 1MA9B 4B1UB 4PKHA 1NGJA 3GE1A 2D1KA 4CZHA 2F9WA 4DHYA 3OHRA 4CZEA 1X3MA 4BRFA 1LOTB 1T44A 1S3XA 1ZC6A 4DQ8A 4FOEA 4BRMA 4NB4A 3VPZA 5AZIB 1RFQA 1NGAA 3U9DA 3VENA 4CD1A 4NO7A 3LDLA 5EXWA 5KPRA 4PL8A 3O8MA 3R8EA 3VOVA 3M3ZA 1NLVA 3VEYA 4FWMA 4BRNA 3R9PA 4BRGA 3VETA 3H6EA 2QWOA 3L6QA 3GG4A 4WYBA 4B1WB 4FOIA 2FLOA 3CQYA 4JHDA 1GLBG 5AFUH 2HOEA 1JCEA 3VEZA 3QDKA 3EL2A 4BGBA 4E1JA 2OANA 2E2QA 2ZWHA 4EHTA 1XC3A 4QS9A 4MLHA 5LJWA 5AZIA 1MWKA 3G25A 3H3OB 1CZAN 2YHWA 2YHXA 3QMLA 3GDQA 1QQNA 4IZ9A 5CE3A 1DGKN 3VF6A 4H0PA 4BR9A 3WUHA 2E2OA 2QWQA 1ATSA 2DPNA 4H5RA 3EZWA 3J8AA 3H1VX 2A3ZA 1YVNA 3O6WA 5JLFA 2P9UB 3TU5A 3L0QA 4H0OA 4ISFA 4DB3A 1U2VB 4BR5A 3MN6A 4K41A 2E1ZA 3O08A 2BUPA 2FSJA 3ULEB 4BVPA 2P9SA 2QWRA 3CJAA 4CZLA 3CJ1A 4JN4A 1BUPA 3C7NA 1TUYA 2IVPA 3RSEA 2P9NA 3AARA 2V51B 4GNIA 2ITMA 4H5NA 4A61A 2NLXA 1DEJA 5AQOA 3VEWA 2E2NA 2Q1NA 4FPAA 4IXCA 2P9KA 5BR9A 2Q2RA 3ULEA 2QWMA 2A40A 3O80A 4PL7A 2GELA 4FSVA 2P9IB 4JNEA 3R6MA 1Z6RA 4FWNA 2VYPA 1ATNA 3VGKA 3QFUA 5AFUA 5AQGA 3BEXA 1BDGA 2IVNA 4C23A 1EQYA 2I7PA 3O5BA 1NGBA 2BTFA 2GEMA 2ASOA 3U8XA 4K42A 4K43A 3FE1A 3WXIA 4A62A 3DXKA 3LL3A 4I6MA 1E4FT 1BG3A 3CJBA 1OKJA 2YI1A 3ZEUB 3UKUB 3EO3A 4CZIA 3UKRB 3HI0A 5KQ8A 4K25A 5FPDA 5BPNA 4CBXA 4WQ4A 3CJCA 1KAXA 5ELZA 1G99A 2VCPA 3HM8A 1ZXOA 3KVGA 4BG9A 2ASPA 2YHYA 2AP1A 4BGAA 1HKCA 4AM6A 4Y0WA 4A2BA 3FZHA 4XH4A 3DAWA 5FPEA 4HWIA 3FGUA 3ZETA 3I33A 5BN9A 3ZX2A 3MCPA 5AQHA 1QHAA 1T6CA 4CZKA 1QZ6A 3SMSA 3D2FB 3LDNA 4EFHA 4BR0A 1QQOA 2V52B 4WQ5A 4BRQA 1C0FA 2Q31A 4H0XB 3BUZB 4BQLA 4B1VA 1BA1A 4EAHD 3M1FA 3MN7A 4RWTA 5F1XA 4BRKA 4PKGA 3D7EO 1BO5O 2FSNA 4CZGA 3HTVA 4MO5A 1HJOA 1X9JA 3D2FA 4H03B 4WQ4C 3FZMA 4DCHA 2V7YA 2PBDA 3IDHA 1IG8A 1KAYA 2CGLA 1IJJA 5KPTA 1HKBA 5AQKA 4IWVA 2W40A 3HSCA 5EX5A 3GOIA 3EKSA 1GLLO 1YXQA 2Q0UA 1SZ2A 3U9ZA 4A2AA 4BRHA 2YJFA 4BVOA 3CERA 2ASMA 4GY2B 3EN9A 5AQTA 4CI6A 3L4IA 2E88A 3A5NC 1LCUA 2IVOA 2WUSA 4KBOA 4BRIA 4QS8A 2P9PB 3LM9A 1V4TA 3M6GA 4JD2B 1WUAA 2H3GX 3EKUA 5AQRA 3ZX3A 1GLEG 2YCHA 4B1XB 3VF2A 4O8KA 5AZJB 2P9UA 3W3DA 4BC4A 1U2VA 3ZX0A 3H1QA 4XH1A 3CJ9A 2VWBA 5KQDA 1XUPO 4JAXA 1Z05A 4FWKA 4HTLA 4FWRA 4H0TB 3A5LC 4JD2A 2FSKA 5AQWA 1HLUA 1MDUB 1KXPA 1KAZA 5JMVA 5LY3A 3WT0A 3ENHA 3MDQA 1JCGA 5AQFA 4BR4A 1RGIA 1MWMA 5AZJA 5LJVA 2A41A 3P4IA 4MLEA 3FR0A 3QBWA 2HF4A 1TYQB 2PAVA 3VGLA 1NGFA 1U6ZA 3KHYA 1ZBSA 3DXKB 1X3NA 2UYTA 1HPMA 4YDUA 4EIAA 1R59O 4B9QA 2IIRA 1V4SA 3A8YA 2P9IA 4CJ7A 1BOTO 1QQMA 2A42A 3S41A 3W0LA 4BQZA 3FFKB 2ZGYA 4H5TA 3IUCA 2I7NA 5AQYA 5BN8A 3FLCO 5AQQA 3BF1A 3ATVA 3CIPA 3D2EB 3F9MA 4BC2A 3MN9A 1BA0A 3AAQA 1E4GT 1Y64A 1WOQA 4BRLA 1D4XA 3LDPA 1DKGD 5AQJA 3LM2A 2CGJA 3LDQA 4RCHA 1S22A 3WXKA 3ID8A 3BP8A 1P8ZA 5I9EB 3CJ7A 2A5XA 3UKUA 2D0PA 3WXLA 3ZEUA 2GUPA 3DJCA 5AQLA 3UKRA 1YUWA 2QWNA 4F9OA 3GBTA 2QWLA 3DXMB 5AQVA 4QS7A 3D2EA 3MMVA 1HUXA 4BG8A 3DWLA 1K8KB 4PKIA 5EVZA 3FZFA 3HBTA 3WQTA 4BC5A 3SLCA 3IMXA 4CBUA 3JS6A 5BRDA 3QB0A 5AQXA 3KZBA 5AQSA 2FXUA 1RDWX 1SAZA 3O4WA 3I8BA 3DXMA 4FO0A 1YAGA 2GTDA 1NMDA 1K8KA 4EHUA 2HF3A 4ISGA 4JHDB 5FPNA 1XQSC 2CH6A 5AQMA 3WQUA 2GWKA 3UB5A 4LC9B 5BRHA 4B1ZA 3VERA 1NGHA 3O1WA 2Q97A 4M63C 4ISEA 2CGKA 3VESA 4MO4A 5BPLA 3H46O 3TPQA 5EY4A 2CH5A 1SQKA 2E20A 3VEVA 3VEOA 5AQPA 1NGDA 4FWOA 3SK3A 2GWJA 1NM1A 1GLAG 3A5OC 2QXLA 3AAPA 3A0IX 2D4WA 2FF3B 4H5VA 1Q18A 3CI5A 1ESVA 4Z94A 5KPZA 4BR7A 4BR2A 3CHWA 4IJNA 2KHOA 2FF6A 3CETA 5FPMA 4WQ5C 4BRCA 2P9SB 2E1YA 5AQNA 3U4LA 3FZKA 3H45C 5ADXH 4RTFD 3C0BA 3C7NB 1TUUA 5BPMA 2ZGZA 4M7XA 3RSEB 1GLJO 2P9NB 1BU6O 1J6ZA 4FL9A 2E8AA 2D0OA 3AY9A 4AM7A 4FWQA 4CZMA 2J4RA 3B8AX 4CBWA 5AQIA 3MN5A 4BRDA 2P9PA 2QM1A 2QWPA 2P9KB 2NZTA 4CD3A 5F0XA 1HKGA 4BREA 3VGMA 5B8HA 4FWLA 2ZF5O 4BRPA 2HMPA 3O1BA 2P9LB 3QICA 5AQUA 4H5WA 2Q0RA 2NRHA 1GLDG 3FZLA 1NGGA 4H0VB 1QZ5A 3JXUA 2QW9A 1C0GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CK2A 3CQXA 4I6MB 4AQYK 4QOZB 2Q36A 1X9WA 3BF3A 1I39A 1KD1O 3EZ5A 4H0YB 3WXJA 3SQ2A 1H1VA 1TYQA 3QEWA 1WBDA 3TI0A 3C6AA 2W41A 2G8HA 4OGEA 3CM6A 4CVNE 1S1TA 2V7ZA 3SUOA 3MK6A 4CJLA 3N4QA 4CZJA 2AA4A 3MX5A 3LAMA 3O4NA 2O8CB 4AF1A 1T6DA 1JLBA 4CGDA 3MXIA 1HX1A 3WXMB 4B3SK 4B9MA 4YHHK 1BL3A 3UE5A 2NRZA 4L3QA 4NCBA 4BWJA 3SAGA 4FWPA 2RHKA 4YDUC 4CJTA 2VG5A 2NRXA 3AO1A 2UUBK 3RWUA 3GL1A 1KVAA 3P5JA 5GADP 4DU3A 4JKGA 4CE9A 4CZHA 4KHUA 4UQGA 4CIEA 3N4PA 4F2RA 3TTDA 4BRFA 1ZC6A 1FKPA 3P38A 5EXWA 5KPRA 3VOVA 3M3ZA 4FWMA 3CMAN 3GG4A 4B1WB 5AFUH 3KLEA 3VEZA 2XY7A 3IAYA 3QDKA 1YJNN 4DFKA 4E1JA 4NXNK 2OANA 4IFVA 2IS3A 3DLHA 4I9QA 3K58A 4LFCK 4AHUA 1WSIA 4ZTFA 1QSLA 2YHAA 5AZIA 3PIOL 3SV3A 3OA9A 1VQ8N 2YHXA 3GDQA 1QQNA 1NK5A 5CE3A 1DGKN 1UA1A 4YOVA 1NMNA 3WUHA 1VSFA 2QWQA 3C95A 1XC9A 3EZWA 1YI2N 3H1VX 4B3MK 4CGFA 1YVNA 2P9UB 3TU5A 5KTQA 3L0QA 3HSTB 1HNVA 4ISFA 4JI2K 5HRNA 1RT7A 1VSDA 4DR6K 3CCQN 4FZZA 4AHSA 3VQQA 4FJHA 4CJ4A 4WFNL 3HP9A 3T1YK 3AARA 2V51B 1NOZA 3TR8A 1DT9A 1QE1A 3E9PA 4NYNA 2NLXA 2P1JA 5LL6Z 4MDBA 3NFAA 2BANA 4DG1A 4KH4A 3ULEA 2QWMA 3MXMA 4IDHA 3O80A 4FSVA 3DLBA 1I94K 2O4IA 4HHTA 3KD5E 2W6LA 3LANA 4R79A 5AFUA 3BY5A 1EQYA 2HHWA 2BDPA 3FE1A 5HOOA 4I6MA 2NRWA 3V1RA 3PX6A 2YI1A 3ZEUB 3UKUB 3HK2A 3EO3A 4H4OA 1Q82O 5KQ8A 5M1NA 3FFIA 4CBXA 3AVMA 3CJCA 4CJRA 3SPYA 2NNWA 1SKSA 4V19S 3V6DA 3IRXA 3KVGA 1RT1A 4BG9A 2ASPA 3KLHA 2YHYA 1WLJA 1VQ7N 1EWRA 4AM6A 4DFJA 5SZTA 1Y97A 1C1AA 3LWLA 1YTUA 4AHVA 4FJKA 1VSJA 5KI6A 3V1QA 3OYGA 3I33A 3ZX2A 3K9KA 4CGGA 1T6CA 3IS9A 5FROA 2XHBA 3D2FB 1RDBA 3T3FA 4DR1K 1NK8A 3LDNA 3ZT4A 1KRPA 2V52B 3AVCA 4DV5K 3ZT2A 5H1SQ 4EAHD 3M1FA 3MN7A 5F1XA 4PKGA 1RTJA 2FSNA 4CZGA 2KQ2A 5FDLA 5M1OA 3OW2M 4H03B 4JKEA 3F5TA 2V7YA 3NF6A 3IDHA 2UXCK 3THVA 3HP6A 3LP0A 4Q5VA 2IC3A 1UOCA 3THYA 2F7TA 5EX5A 3KK2A 1RT3A 4HUFA 4CEZA 1GLLO 2UUCK 3OYMA 1YVUA 4PQUA 4YOWA 2YV0X 1YTAA 3NF7A 4BVOA 4H8KA 2VQEK 3KWGA 2HB5A 4GY2B 3A5NC 4BDPA 3DLKA 2IVOA 1BIUA 3LM9A 5FLXO 2JLEA 1HNWK 1RILA 5AQRA 2O8BB 3ZX3A 1EX4A 4B1XB 2VGNA 2P9UA 4E0DA 1SUQA 4XH1A 1IKYA 4W5NA 4W5TA 1XUPO 4JAXA 1ASUA 4HTLA 4FWKA 1N8RO 1HQUA 4CEQA 4DR7K 3BGRA 5JMVA 1REVA 5HRPA 5KGXA 5MLCQ 4BR4A 1RGIA 5J1EA 3P4IA 2BH1A 4I2QA 4W5QA 3SCXA 3FR0A 2PAVA 3PV8A 4DTSA 3KHYA 1ZBSA 4BWMA 4YDUA 4R5PA 4WF9L 1FKOA 2B5JA 4EIAA 1C0MA 3A8YA 2HHQA 3G71N 1W9HA 4CJ5A 4CJ7A 1S1UA 3OBYA 2O8DB 5JVGL 3D0PA 2ZGYA 4H5TA 1ASVA 2I7NA 4BDZA 2E6LA 4E19A 1RCHA 5C15A 3BF1A 1ZBIA 2OPSA 1WN7A 1F21A 2G8WA 4BC2A 3F9MA 3R3LA 3DM2A 4B8CA 4DQRA 3DMJA 3L2RA 1RT4A 1WAFA 1DKGD 4PWDA 5AQJA 5GAHP 4RCHA 3T7ZA 4ELUA 3BP8A 3NGZA 1S9GA 5I9EB 3ZEUA 2A5XA 3UKUA 4DF4A 3I0SA 3LP2A 3AO2A 2OCEA 3MMVA 4OPJA 1HUXA 4JS5A 1K8KB 4PKIA 1S5JA 5EVZA 3FZFA 1WNSA 1IBMK 3SLCA 2E4LA 4DR3K 1VK0A 5BRDA 1TK8A 3QB0A 2Z1GA 1Q81O 1RDWX 4GMJB 4KHYA 3I8BA 1VSLA 3DXMA 5CZ2A 1YAGA 2KFZA 4DU1A 4FM1A 4ISGA 4JI4K 3AVHA 1QQCA 2CH6A 4I9LA 3MX2A 4LF6K 4LC9B 4FJ7A 5DM6L 3VERA 2Q97A 2D0AA 5GAEP 1P90A 3LP3A 4ISEA 1BCOA 2ZE2A 3ASMA 5BPLA 1E3MA 3NGYA 5HLFA 3NBPA 3VEOA 3HPGA 4M3RA 4FJ9A 1ZBUA 4FJMA 4JS4A 3CI5A 1TGOA 2DFHA 3CMEN 2XY8A 2KHOA 3PUFA 3QIPA 2ITGA 4DLEA 3J80O 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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