3CJ1A

Structure of rattus norvegicus ntpdase2
Total Genus 141
50100150200250300350400020406080100120140
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
141
sequence length
426
structure length
419
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
50100150200250300350400400300200100
020406080100120140Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYO2 (75-99)TI4 (85-88)S1 (38-46)S3 (70-77)TI1 (47-50)TI2 (59-62)TI3 (62-65)TII1 (65-68)TIV1 (60-63)S4 (116-121)3H1 (82-85)AH11 (397-412)AH2 (123-131)TII2 (185-188)AH3 (133-149)TII5 (392-395)AH4 (162-177)S5 (153-159)TI5 (178-181)S8 (198-202)S7 (188-189)TI8 (282-285)S6 (184-185)TI6 (203-206)TIV4 (190-193)O4 (265-310)S9 (206-212)S12 (270-275)3H3 (220-222)AH5 (245-260)S10 (223-228)TIV5 (217-220)TIV6 (227-230)S11 (231-241)TIV7 (260-263)TI7 (263-266)AH8 (347-358)TII3 (240-243)O3 (242-284)TII4 (267-270)AH6 (276-280)AH9 (366-378)TI9 (283-286)TI10 (285-288)S13 (298-303)AH7 (307-316)O5 (323-328)TVIII2 (325-328)S14 (342-346)AH10 (381-386)TI11 (394-397)O6 (377-399)S2 (51-59)AH1 (89-106)3H2 (109-114)TVIII3 (386-389)AH12 (417-421)TI'2 (330-333)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Rattus norvegicus
publication title Structural insight into signal conversion and inactivation by NTPDase2 in purinergic signaling
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 2
total genus 141
structure length 419
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2008-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cj1A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3cj1A02
4BRIA 5BRFA 1P8ZA 3EZWA 2E88A 1TUYA 2NRHA 3BF3A 3MK6A 4C23A 4FSVA 4CZMA 1BUPA 2CGJA 4H0TB 1Y64A 2E2NA 3DXKB 3VGLA 3H3OB 3EL2A 1SAZA 2A6AA 4BRAA 2QWPA 3ZETA 1NGEA 3QDKA 3CHWA 3O5BA 3UKUB 1NM1A 2D0PA 2YHXA 5AZJB 1ATRA 3HBTA 1GLLO 5AQNA 2QXLA 4NO7A 2FXUA 3TU5A 3EN9A 2P9KA 4A61A 1SZ2A 4BRQA 2P9LB 4H5VA 5E84A 5AQGA 5ADXH 1C0FA 5KPTA 4GY2B 5KQ8A 4BGAA 2ASPA 1ZXOA 4FOIA 5AQFA 2D1KA 5TKYA 2A42A 4K43A 1OKJA 2FSJA 3BEXA 1T44A 2Q0UA 4BR9A 1XC3A 3H3NO 3M3ZA 5I9EB 4BR4A 2E2QA 1GLCG 5AQXA 4B1XB 4JAXA 1E4FT 2QWOA 1YVNA 2E1YA 4BC4A 3CQXA 5CE3A 1YUWA 4J8FA 4PL8A 3OHRA 3ZX0A 3VEYA 3R9PA 2ZGYA 2F9WA 2ASMA 4JD2B 2J4RA 3UKRB 1S3XA 2ZF5O 1XUPO 4WQ5A 3IFRA 1X3NA 4B1ZA 1HJOA 3VEZA 3VENA 3W0LA 3VF4A 4BVPA 5AQOA 2AA4A 2GWJA 5JLHA 2P9UA 4FWSA 4IZ9A 1IG8A 1K8KB 5AZIA 4NB4A 4ISFA 3EKSA 4FWLA 4CBXA 3A5LC 4BRFA 4B1WB 3H45C 3A5OC 4H5TA 2ZGZA 3D2EB 1YAGA 2D4WA 2V51B 3MDQA 5AFUH 1GLFO 3ENHA 5E26A 5JMVA 4FO0A 1HX1A 5AQQA 5BPMA 3WT0A 2P9IA 3ZEUB 5AQVA 3VGKA 2CGLA 5AQIA 4I6MB 2QWNA 2F9TA 4EFHA 3CJAA 2ZWHA 1BU6O 3QBXA 2UYTA 1E4GT 4AM6A 3FE1A 5BN8A 4BC5A 3O6WA 4BRMA 1IJJA 3ID8A 2GWKA 1V4TA 4B9QA 2PBDA 2AP1A 2D0OA 4IWVA 3C7NA 3BF1A 3B8AX 1XQSC 1KXPA 4B1UB 4BRPA 5AQZA 2PAVA 1U6ZA 3BUZB 2P9NB 3ATUA 4BREA 1BA0A 3LL3A 3DXMA 5FPMA 4PKIA 4JHDB 2YJFA 4AM7A 4HWIA 2ITMA 4FPAA 3H6EA 4BC2A 4H0PA 3LM9A 2QWLA 2QWRA 3L4IA 3MN9A 3QICA 1LCUA 4ISGA 3WEEA 3C0BA 2YHYA 4XH1A 2HOEA 3O08A 3RSEA 3IDHA 4CBUA 2NLXA 1GLJO 2DPNA 5ADXA 1NGAA 3H46O 4CI6A 5BPLA 3AAPA 4H5WA 5BR9A 4H0VB 3EKUA 2Q0RA 4EIAA 4FWPA 4Y0WA 2E8AA 3ZETB 4FOEA 4CD1A 2QW9A 5B8HA 3VEXA 4CZFA 1TYQB 2YHWA 1GLEG 3I8BA 2P9KB 2Q97A 3ZX3A 4RTFD 1MDUB 1JCFA 3CQYA 5LJWA 1RDWX 2YI1A 4BG9A 1WUAA 3R8EA 1V4SA 3SJHA 3CERA 1LOTB 4FWNA 4B1VA 4DB3A 4BR2A 3GBTA 3JS6A 3O1BA 4CZGA 4CZHA 3A5MC 3M6GA 3MN5A 4BROA 2HF4A 4BGBA 2CGKA 5AQJA 4FWMA 3I33A 2H3GX 5KPRA 3DJCA 2E2PA 3SMSA 1TUUA 1R59O 3ZX2A 3O8MA 2P9LA 2VYPA 3HM8A 3UB5A 4A62A 3AARA 3MN6A 1NLVA 2Q2RA 3QB0A 1S22A 1U2VB 2A41A 1X3MA 5LJVA 5AFUA 1DEJA 4O5FA 3HTVA 1Q18A 3CJBA 5AQMA 4RWTA 1BWFO 3KZBA 5AQRA 2FF6A 4XH4A 4RCHA 2Q36A 5LY3A 5EXWA 1HKGA 3MMVA 3FGUA 1HLUA 4BR0A 4BR7A 5AZIB 3WQTA 2WUSA 3UE5A 5JLFA 2Q1NA 4BRCA 2FLOA 2BUPA 3L0QA 4FWOA 1HKBA 3WXIA 1T6DA 3GDQA 1NGCA 1QHAA 5AQSA 3UKRA 5F0XA 4H5RA 2P9IB 3D2FA 3HSCA 3VEVA 4FWRA 5AQWA 1RGIA 1BOTO 4MO4A 2V7ZA 1YXQA 4JN4A 2P9PA 3FR0A 4H0OA 3M1FA 2IIRA 2ASOA 4QS9A 2BTFA 3GL1A 4IO8A 2YJEA 4YDUC 3S41A 2FSNA 4WQ4C 3KHYA 3WUHA 3CI5A 4BRNA 3CJ1A 1MWMA 2CH5A 5KQDA 4GNIA 3DWLA 2E2OA 4QS7A 3CJCA 4A2AA 3VERA 1KAYA 3C7NB 3QFUA 2VCPA 3IMXA 3TPQA 1GLBG 5AQHA 3A0IX 1NMDA 1HPMA 2P9SB 5BN9A 2GELA 5AQYA 1NGDA 4PL7A 1T6CA 1ESVA 1QQNA 3O80A 1NGIA 3MN7A 3ULEA 3FZHA 3WEEB 3RSEB 4BRKA 2IVNA 4L3QA 5FPEA 2HMPA 1J6ZA 1KAZA 1SQKA 3A5NC 1X9JA 4K25A 5AQKA 1JCGA 5F2RA 1GLDG 4EHTA 3L6QA 2V7YA 4CZLA 4BRGA 5AQPA 3GE1A 3VPZA 1MWKA 4M7XA 4F9OA 3O4WA 3CJ7A 4JHDA 3SLCA 1C0GA 1HUXA 3JXUA 4MO5A 3EO3A 3ENOA 4PKHA 4QS8A 2A3ZA 5BRHA 1HKCA 4EAHD 3A8YA 3GG4A 4FPBA 4H0YB 3DAWA 4CZIA 1GLAG 3IUCA 3LM2A 3H1VX 4M63C 1RFQA 2IVPA 2VWBA 3U8XA 3ATVA 3U4LA 2CH6A 4BG8A 2QM1A 2HF3A 1NGFA 4H03B 3DXKA 3BP8A 4M7YA 4LC9B 4MLHA 1WOQA 3WXJA 3UKUA 5BRDA 1JCEA 5AZJA 1Z05A 1TYQA 3U9ZA 4H0XB 3CIPA 3VGMA 2E1ZA 4CZJA 4FL9A 1BO5O 2FSKA 4XH5A 4BC3A 5AQTA 3WXLA 3FZMA 4CZKA 3HZ6A 3VETA 2KHOA 4BR5A 4XEIA 3VEOA 3FZKA 3KVGA 3LDLA 4IJAA 5F1XA 3W3DA 5AQLA 4CD3A 1NGJA 1BA1A 4PKGA 5JICA 3CJ9A 3O1WA 5BPNA 4A2BA 2I7NA 3SK3A 2GUPA 4ISEA 3SMPA 2Q31A 3AAQA 1NBWA 3QBWA 3FLCO 2P9UB 4WYBA 5BREA 1ATNA 1EQYA 2E20A 1NWKA 1QQOA 2EWSA 1U2VA 4DQ8A 3VESA 4JNEA 3AY9A 4BQZA 3GOIA 2W41A 5AR0A 4DCHA 1CZAN 1NGGA 2A5XA 5EVZA 3R6MA 4EHUA 4JD2A 2A40A 3F9MA 4MLEA 3D2FB 3QFPA 1QZ6A 4K41A 1DKGD 4HTLA 2QWMA 4YDUA 4WQ4A 2P9PB 1Z6RA 3VF2A 4WQ5C 4H5NA 1K8KA 1ATSA 3D7EO 5EY4A 5KPZA 4Z94A 2I7PA 3J8AA 4BRLA 2QWQA 1BG3A 1MA9B 3D2EA 3FZLA 5ELZA 4FWQA 4BVOA 3WXKA 3MCPA 4KBOA 3CETA 3ZEUA 4B1YB 4BRHA 3H1QA 3LDPA 4I6MA 3U9DA 3FZFA 3DXMB 3LDQA 3FFKB 4IJNA 5EX5A 4CJ7A 2OANA 1NGHA 2IVOA 1ZBSA 1D4XA 2FF3B 3VOVA 2YCHA 1NGBA 4BQLA 1QZ5A 3ULEB 4BRDA 1ZC6A 3HI0A 4CZEA 3WQUA 3QMLA 4K42A 1QQMA 3LDOA 3P4IA 3VF6A 3G25A 5AQUA 4DHYA 4E1JA 5FPNA 2NZTA 2W40A 1DGKN 1BDGA 4FWKA 1KAXA 2V52B 1G99A 5FPDA 2GTDA 2P9NA 2P9SA 3VEWA 4IXCA 2GEMA 3LDNA 4CBWA 4O8KA 5EOYA 1H1VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5BRFA 4DSKA 4DTJA 3EZWA 1QSYA 1TUYA 3RR8A 4F3TA 3MECA 1ASWA 4RG8A 4CEZA 1ZBFA 4KFBA 5C15A 1BUPA 2CGJA 4AHUA 3MX2A 1HR0K 3IAYA 2E2NA 1OH6A 4JKCA 2RF2A 1TAQA 2A6AA 3U3GA 1VQLN 4GMJB 3ZETA 4EP4A 1NGEA 4BWJA 1NM1A 3KKRA 1OH5A 4YOXA 1VQKN 5AZJB 1ATRA 5HRNA 4NO7A 2FXUA 5CYMA 2P9KA 1XWLA 1VQ8N 5DM6L 1NJWA 2P9LB 4CEDA 2BANA 3R3LA 4CERA 3P1GA 2NRWA 3WNGA 2D1KA 3CMEN 3DMJA 3HXMA 4K43A 4NCGA 3V9UA 4NXNK 3KTQA 1T44A 4BR9A 4CJWA 4AHVA 3JAMO 4B1XB 4JAXA 1CZ9A 2QWOA 3JSMA 4FJGA 3UIQA 4BC4A 4CESA 2KKZA 3C95A 1T03A 4FJ9A 1YJ9N 3DLEA 4WFNL 2G8KA 2KZMA 2ASMA 1XI1A 4A57A 1Z26A 2ZF5O 4B1ZA 1HJOA 3K58A 5E41A 3AGRA 4RW7A 3VENA 3NCIA 4KTZA 3OBYA 5CZ1A 4O0JA 2UXCK 1VSEA 2Y1IA 3VQPA 2VGNA 5AZIA 1QS4A 2KQ2A 3A5LC 1BCMA 2V51B 4GV6A 2E6MA 3MDQA 4M3TA 4CIFA 3ENHA 4FM2A 1WN7A 4LF5K 5JMVA 3DLLL 4KRFA 1LAWA 4AF1A 2OPSA 4CHYA 1S1VA 3ZEUB 1D8YA 3A2FA 3HT3A 3SAGA 4DTOA 4DF8A 4I6MB 5C2DA 4DQRA 4CHPA 1WB9A 2UYTA 4ID5A 1RT2A 4AM6A 1NU0A 4LF9K 1WAFA 4BRMA 1HRHA 1S9EA 1V4TA 3E01A 1HYZA 4Z4EA 2VWJA 5HOOA 2D0OA 4C8LA 4IWVA 3C7NA 3B8AX 1XQSC 1KXPA 4B1UB 3CQ8A 1VSDA 2PAVA 1U6ZA 1JXBA 2P9NB 1VQON 1VQ5N 3DXMA 1O1WA 4FPAA 4BC2A 2UXDK 4CVNE 1BIUA 4A59A 5C12A 3MN9A 3QICA 3IRXA 2HOEA 4R5PA 2JLEA 3SPYA 2FBVA 2ETJA 3AVFA 3IDHA 1GLJO 2DPNA 3MCAB 4JI7K 3OJUA 3C6TA 2OYQA 5BPLA 2G8VA 3DLRA 4OGCA 4FYDA 3ZT2A 4N41A 4M3XA 2QI2A 4FWPA 4GV3A 4J2AA 3V9XA 4CJRA 4GKJK 4F3OA 2P5OA 2Q97A 2JGUA 1W7AA 3CQYA 1RDWX 1U48A 4DV7K 3KK7A 3CERA 1LOTB 1NK4A 3KLGA 3ZSZA 3GBTA 3O1BA 2HHQA 2UUCK 3ZSWA 4J2BA 1RBSA 2CGKA 5AQJA 2D0CA 1W0HA 2RKIA 5JS1A 3TSPA 5KPRA 3AVLA 2IAJA 1YT3A 4IO9L 4A62A 1JXEA 4B8AB 4IFVA 2QTDA 3AARA 3DOLA 3MWPA 2Q2RA 3QB0A 4WFBL 3S3OA 1X9MA 3I8DA 4IKFA 5DK5A 3SQ4A 3HTVA 3V4IA 3P5JA 3CJBA 4I2PA 5M1OA 3O9TA 1WSJA 2YKMA 1K8AO 1RTIA 3HJFA 2FF6A 4XH4A 5EXWA 3FGUA 5GADP 1HLUA 2GV9A 3I55N 3C6UA 1L3VA 3C65A 3G0ZA 3SAHA 3ENBA 2W6KA 1HNWK 1BL3A 4FJKA 1Q86O 1NK0A 1HNVA 2O8FB 3L0QA 1HKBA 1KVBA 4B8CA 4DWIA 2P9IB 1XNQK 1TV6A 3O9RA 4BDYA 1CLQA 4W5QA 4X64K 1FW6A 4H0OA 1KSPA 3M1FA 2IDOA 2IIRA 3HOSA 5FLXO 1P90A 2YJEA 4KV8A 1DLOA 1MWMA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 5BRF A;  4DSK A;  4DTJ A;  3EZW A;  1QSY A;  1TUY A;  3RR8 A;  4F3T A;  3MEC A;  1ASW A;  4RG8 A;  4CEZ A;  1ZBF A;  4KFB A;  5C15 A;  1BUP A;  2CGJ A;  4AHU A;  3MX2 A;  1HR0 K;  3IAY A;  2E2N A;  1OH6 A;  4JKC A;  2RF2 A;  1TAQ A;  2A6A A;  3U3G A;  1VQL N;  4GMJ B;  3ZET A;  4EP4 A;  1NGE A;  4BWJ A;  1NM1 A;  3KKR A;  1OH5 A;  4YOX A;  1VQK N;  5AZJ B;  1ATR A;  5HRN A;  4NO7 A;  2FXU A;  5CYM A;  2P9K A;  1XWL A;  1VQ8 N;  5DM6 L;  1NJW A;  2P9L B;  4CED A;  2BAN A;  3R3L A;  4CER A;  3P1G A;  2NRW A;  3WNG A;  2D1K A;  3CME N;  3DMJ A;  3HXM A;  4K43 A;  4NCG A;  3V9U A;  4NXN K;  3KTQ A;  1T44 A;  4BR9 A;  4CJW A;  4AHV A;  3JAM O;  4B1X B;  4JAX A;  1CZ9 A;  2QWO A;  3JSM A;  4FJG A;  3UIQ A;  4BC4 A;  4CES A;  2KKZ A;  3C95 A;  1T03 A;  4FJ9 A;  1YJ9 N;  3DLE A;  4WFN L;  2G8K A;  2KZM A;  2ASM A;  1XI1 A;  4A57 A;  1Z26 A;  2ZF5 O;  4B1Z A;  1HJO A;  3K58 A;  5E41 A;  3AGR A;  4RW7 A;  3VEN A;  3NCI A;  4KTZ A;  3OBY A;  5CZ1 A;  4O0J A;  2UXC K;  1VSE A;  2Y1I A;  3VQP A;  2VGN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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