3CJ1A

Structure of rattus norvegicus ntpdase2
Total Genus 141
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
141
sequence length
426
structure length
419
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural insight into signal conversion and inactivation by NTPDase2 in purinergic signaling
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 2
molecule tags Hydrolase
source organism Rattus norvegicus
total genus 141
structure length 419
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2008-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cj1A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3cj1A02
4M7XA 3BF1A 2IVPA 3O8MA 3VF6A 2ASMA 4BR4A 2E8AA 3ENHA 3U8XA 3CQXA 1G99A 4BVOA 2P9UA 2Q2RA 1SQKA 4H0XB 4HWIA 4YDUA 1Y64A 3FZFA 4FWSA 3VGLA 1KXPA 3SJHA 4EAHD 5AQNA 1J6ZA 1YXQA 4CZKA 1U2VA 2HF3A 4B1WB 2D0PA 3R6MA 5EXWA 1OKJA 2ZF5O 3GDQA 4A2BA 3I33A 3FZKA 5E26A 4EFHA 1SAZA 3UE5A 2BTFA 4CBWA 1C0FA 4A2AA 4CZLA 3C7NB 1X9JA 4O8KA 4AM7A 2E1YA 3MN7A 1GLCG 4L3QA 1XC3A 2YJFA 2HOEA 1HJOA 1E4GT 3H45C 1DGKN 4XEIA 2AA4A 4FWPA 3VF4A 1LOTB 4BG9A 2FSJA 3ZETA 4CJ7A 5LY3A 3UB5A 1ATRA 4K41A 3KZBA 4PKGA 3HM8A 5AQLA 2E20A 3WXIA 3ENOA 4I6MA 5BR9A 3RSEA 1EQYA 3M6GA 4WQ5C 1TYQA 2A6AA 5AR0A 3DXKA 3OHRA 3B8AX 1ESVA 3BP8A 1NGAA 2QM1A 1HPMA 2V52B 3W0LA 3FGUA 1QZ5A 3L6QA 3H6EA 4CBXA 1K8KB 3FE1A 4E1JA 5BN8A 5F1XA 3EL2A 3WEEA 1QQOA 1V4SA 4AM6A 2A5XA 1V4TA 4BRIA 1RFQA 3HTVA 3SMSA 2QXLA 3S41A 5JICA 4WQ5A 3EN9A 4FWLA 5AQIA 3ZX2A 1NM1A 3O80A 4CBUA 4H5NA 4B1ZA 3O1BA 4M7YA 5AZJB 3WT0A 5BPNA 2P9PB 4PL7A 5CE3A 2ZGYA 3JS6A 3AAQA 2FF3B 3BEXA 3VF2A 4WQ4C 1ZXOA 2NZTA 3M1FA 2P9KB 4A61A 1NGJA 2FLOA 2OANA 4H03B 3UKRB 1GLBG 4JNEA 2ZWHA 2D1KA 3IDHA 3VEXA 4H5VA 3U9ZA 4BGAA 4BC3A 2I7PA 1JCFA 3LDNA 3VEWA 1NWKA 3QFUA 1ZC6A 3C0BA 3CJ7A 5EY4A 1BG3A 2Q0RA 3DWLA 3VENA 2QW9A 4BQLA 1NGGA 4XH4A 1RGIA 2NRHA 4K43A 2V51B 3C7NA 3UKUB 5JMVA 2Q1NA 3VESA 3ID8A 2FSNA 2VCPA 4NO7A 2I7NA 4WQ4A 4RWTA 2PAVA 3FZLA 4CZIA 3MMVA 4H5RA 4PKHA 3CJ9A 3VEZA 4BR0A 1NGFA 2FSKA 3H3NO 1KAZA 3A5MC 4BRNA 2F9WA 4JD2B 5E84A 4A62A 3GE1A 3FR0A 2YHYA 3D7EO 2VYPA 3VGKA 2GWKA 5AFUA 3CJCA 3ZX0A 4BG8A 4BR9A 3LM2A 1IG8A 3IMXA 3L4IA 1LCUA 2E88A 4JN4A 4QS9A 4Y0WA 5KQ8A 1MDUB 3L0QA 2GUPA 4BREA 5AQGA 4FWNA 3ATUA 3VETA 4HTLA 5AQTA 1BA1A 1K8KA 4JHDB 3P4IA 3JXUA 2YCHA 5BN9A 2DPNA 1GLDG 2V7ZA 2YJEA 1CZAN 1YUWA 4PKIA 3MN9A 3CJAA 2GWJA 1H1VA 3WUHA 4XH1A 3AY9A 3H46O 4GNIA 5FPMA 3AAPA 2QWMA 3WXLA 2V7YA 3KVGA 4BRDA 5AZJA 4WYBA 2P9PA 1NGDA 2P9IB 5BPMA 1YAGA 5I9EB 3DJCA 5F0XA 4H5WA 5B8HA 2P9KA 4MLEA 4BRKA 4K25A 5AQSA 5BRFA 3O4WA 1Q18A 4H0VB 2A41A 2QWOA 3QBWA 5EOYA 1NGCA 2HF4A 1U6ZA 4O5FA 5JLHA 4IJNA 1QZ6A 3H1VX 5BPLA 4JAXA 5AQUA 3GG4A 2ZGZA 3VEVA 2Q31A 1HUXA 4FPAA 2P9NB 3BUZB 3O5BA 2AP1A 5EX5A 5AFUH 4CZEA 4BRGA 4IJAA 3A8YA 3WXJA 4B1XB 4DB3A 3R9PA 3UKUA 3H3OB 4ISEA 4BRMA 4CI6A 2H3GX 3LM9A 4MLHA 1NGBA 5BREA 1X3NA 4BC4A 1S3XA 1GLEG 4F9OA 5AQHA 3DXMB 5BRDA 4C23A 5FPEA 1QQNA 4BRQA 4B1UB 1KAXA 2P9UB 4BRFA 4JD2A 3J8AA 3VEOA 1T6CA 1MWKA 2IVNA 2CGJA 4BRHA 3DAWA 3KHYA 5FPDA 3LDLA 4ISFA 1Z6RA 5KPZA 1U2VB 4BR7A 1ZBSA 5AQRA 3CERA 5AQKA 3QBXA 5JLFA 2NLXA 5AQOA 3I8BA 1E4FT 4J8FA 3AARA 3ZEUB 4CZMA 3O1WA 4B1YB 4CD1A 4JHDA 2W41A 4RTFD 3EO3A 1T44A 1S22A 2P9LB 1T6DA 3O08A 2QWNA 1SZ2A 5AQQA 4H0PA 4CZJA 5BRHA 2E2QA 2BUPA 4K42A 4BR5A 3A0IX 2CGLA 3CI5A 1DEJA 2GEMA 3G25A 3W3DA 3LDPA 4BC5A 2ITMA 4H0OA 1TYQB 1KAYA 1ATSA 2ASPA 2P9IA 4PL8A 2YHWA 1GLJO 3IFRA 3SK3A 2FF6A 3CHWA 1NLVA 3FZHA 3MN5A 1DKGD 3TU5A 1HKCA 2PBDA 4BRPA 4EHTA 2UYTA 1NGHA 2D4WA 4QS8A 1BWFO 3VOVA 1BDGA 3IUCA 2P9NA 4FPBA 4FL9A 2E2NA 4Z94A 3D2FB 3WXKA 3R8EA 4B1VA 2F9TA 3VGMA 2Q97A 4M63C 4IZ9A 1XUPO 2QWPA 5KPTA 4BR2A 5ADXA 1JCEA 3DXMA 1WOQA 3EZWA 3ULEB 2ASOA 3H1QA 2CGKA 4CZHA 3CETA 5AQWA 5F2RA 5AZIB 3QICA 3GOIA 3MN6A 2Q0UA 1RDWX 3CJ1A 3HI0A 2E2PA 1BOTO 1JCGA 1HLUA 3ATVA 3BF3A 1X3MA 1WUAA 4BC2A 1MA9B 3D2EB 3EKSA 2FXUA 3UKRA 4EHUA 2GELA 5AQYA 3FLCO 2E1ZA 1BA0A 1NBWA 3ZEUA 3MDQA 4BRAA 1XQSC 1P8ZA 4GY2B 4BVPA 2CH6A 1C0GA 2P9LA 3TPQA 2P9SB 5EVZA 5LJVA 3LDOA 2QWQA 4H0TB 1QQMA 3GBTA 3GL1A 4BRCA 3QDKA 4H0YB 1BUPA 2QWRA 2CH5A 3FZMA 3SMPA 3LL3A 5AQZA 5AQFA 4DHYA 3CQYA 3CIPA 3U4LA 5LJWA 5TKYA 4IO8A 1HX1A 2QWLA 3MK6A 4FOIA 2IVOA 4BRLA 4RCHA 3QB0A 4CZFA 4BGBA 5ADXH 2Q36A 3WQTA 2GTDA 4FWQA 4LC9B 1BU6O 2J4RA 5KQDA 2WUSA 4EIAA 3VERA 1TUUA 3VPZA 4CD3A 3D2FA 4H5TA 5AQXA 1TUYA 3WQUA 4KBOA 1D4XA 4NB4A 1NGIA 3U9DA 4QS7A 3QFPA 3A5NC 3QMLA 4FWRA 4ISGA 4DQ8A 4FSVA 4IWVA 1YVNA 3ZETB 4FWOA 1R59O 2IIRA 3EKUA 5FPNA 1GLFO 5ELZA 3ULEA 4IXCA 4I6MB 3HZ6A 4B9QA 3A5LC 2VWBA 4MO5A 3RSEB 5AQPA 5AZIA 1Z05A 5KPRA 4FOEA 3VEYA 1IJJA 3CJBA 3DXKB 2A42A 5AQVA 4FWKA 3SLCA 2KHOA 3ZX3A 1ATNA 4BQZA 4MO4A 3D2EA 4DCHA 3MCPA 1BO5O 1QHAA 1MWMA 2A40A 5AQMA 3M3ZA 1GLAG 2YI1A 2W40A 3F9MA 3O6WA 1HKBA 3WEEB 1NMDA 3A5OC 4FO0A 4YDUC 4CZGA 3HSCA 1GLLO 2P9SA 4FWMA 4BROA 5AQJA 1HKGA 3FFKB 2D0OA 2A3ZA 2E2OA 2EWSA 3HBTA 1NGEA 4XH5A 3LDQA 2HMPA 2YHXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3BF1A 2IVPA 4AHSA 1S1WA 3KKSA 1XHZA 5DM7L 4FWSA 2A1RA 3R6MA 5EXWA 4OO1J 2ZF5O 1QVFM 4CERA 1WSIA 3DOLA 4B9VA 1Z25A 5MLCQ 1GLCG 2PYLA 1M1KO 4L3QA 2YJFA 4DTMA 2AA4A 4DV6K 2HHWA 4BG9A 4CFDA 1R0AA 1VSDA 3DLEA 1RBRA 5M1KA 3SUQA 4F2RA 1ZBUA 4CHYA 3KZBA 1N34K 3ENOA 4YOTA 3M8QA 5I42A 3K5NA 4KHWA 3OBWA 1TYQA 2YNIA 3DOKA 3K59A 3AO4A 3BP8A 1NGAA 4OKEA 1VQ5N 2XY8A 1KLMA 4BDYA 4E1JA 3SV3A 4YFUA 4A57A 3V1RA 3ZSRA 1TK8A 1YJ9N 3HSTB 4B3TK 1N5YA 3IG1A 4YOVA 1LAVA 4DSKA 1YITN 2QXLA 5JICA 3V9UA 4FWLA 5AQIA 1IKVA 2EX3A 5KGXA 4B1ZA 3MCAB 3HJFA 2HHSA 5BPNA 4N5SA 3ASMA 3SAGA 4DQPA 4Z4FA 4M42A 1L3UA 1QSSA 2KW4A 5M1PA 2NZTA 3MEGA 4A61A 1NGJA 1YI2N 3J80O 1S6PA 1WAFA 4LSLA 2D1KA 3V1OA 5DK5A 3L3VA 3U9ZA 2I7PA 1JCFA 3LDNA 4E19A 3NCIA 3VQ7A 4M3ZA 1F21A 5KRTA 4CJKA 2VG6A 4CF0A 3CJ7A 5EY4A 1J53A 4U67L 3VENA 2WBNA 3DWLA 2O8EB 4BQLA 1NGGA 3AVJA 1RGIA 1GOAA 4HUEA 2QTDA 3SAFA 3DRPA 2FSNA 2VCPA 1S1TA 1HNZK 4FK4A 2NRZA 3ZSOA 3RR8A 1U48A 3FZLA 1T05A 3MMVA 1U47A 3OYHA 1OH6A 3VEZA 4DR6K 2HHQA 2WFBA 3HPGA 4JD2B 3NGZA 3OY9A 3CCMN 1LW0A 1RDUA 4C8OA 2GWKA 5AFUA 4FXDA 3TAFA 3KK1A 1VQPN 4BR9A 3LM2A 1FJGK 2RHKA 1IG8A 1LCUA 4HCBA 4WCEL 2GUPA 1ZYQA 4HTLA 4R79A 1SUQA 1BA1A 4JKDA 4JHDB 1ASWA 3AO5A 1TL3A 1U04A 3EYZA 3NBPA 3HYFA 2HMIA 2HHVA 1NJIO 1ZBFA 4JI5K 5J2MA 4ELTA 3WUHA 3AY9A 5FPMA 3AAPA 3CG7A 1OVQA 1RT4A 4DWIA 3WNHA 2P9IB 5BPMA 4ID1A 1VQKN 1LAWA 1Z26A 1RBVA 3DJCA 5F0XA 4B3OA 4H5WA 4LSNA 3B6OA 3THYB 3WNGA 1Q18A 4FW1A 4H0VB 1XMOK 4O5FA 1J54A 5BPLA 3H1VX 2DY4A 1BL3A 4JAXA 3GG4A 4CJ5A 3MWPA 3O5BA 2AP1A 5EX5A 3P1GA 4BRGA 4DUZK 1RT7A 2HHUA 3A8YA 3WXJA 4XIUA 4B1XB 5SWMA 4ZTJA 4CJVA 3KLGA 3H3OB 4ISEA 3LM9A 4MLHA 3PO4A 4JI0K 1X3NA 4BC4A 1S3XA 1GLEG 3ZCMA 4GKKK 4JD2A 1BIUA 3L3UA 2HHTA 3J8AA 5C25A 1KSPA 1JLCA 1ITGA 3DAWA 3KHYA 3TAEA 3RRGA 1U2VB 4BR7A 1HMVA 3ID6A 1E4FT 4J8FA 4PUOA 3AARA 1TGOA 3ZEUB 3O1WA 4G1QA 3PX4A 4CGGA 4JHDA 2LSNA 3EO3A 4FZYA 4O55A 1T6DA 2QWNA 2UXDK 5AQQA 5EU7A 4CZJA 4JKGB 3HP6A 4PY5A 2GUIA 3DLRA 3K57A 4BR5A 1S1XA 1J9AA 2GEMA 2BE2A 5JS2A 4DQRA 3LDPA 1VSIA 4JKEA 4LF4K 1QQCA 3CMAN 3SQ2A 1YF5L 3EE8A 2ASPA 2P9IA 1KTQA 4JRQA 3PO5A 1GLJO 2O8BB 3CHWA 4FJJA 3MN5A 3FZHA 5CZ2A 1DKGD 3TU5A 4DV7K 4DTRA 3L4QA 2PBDA 1KVAA 1NGHA 2VQFK 1BWFO 1JL2A 4JLHA 4FPBA 3WXMB 1S5JA 3D2FB 3OYFA 1SS6A 1XI1A 3RWUA 3DM2A 3OTOK 1O13A 4M63C 3LP2A 4HUFA 4OLBA 4E1MA 1LWCA 1Y97A 2ZM6K 1NJYA 1T03A 3EZWA 3ULEB 3OYEA 2CGKA 5CY4A 3OS0A 4FJHA 1Q81O 1E3MA 5C24A 1RDWX 3CCQN 4AHRA 3I56N 3VQPA 4GV6A 1RBUA 4CJQA 1WUAA 1K8AO 1C1BA 4YOXA 1MA9B 3EKSA 4CJ4A 3UKRA 4CFAA 2GELA 3CM6A 4OPJA 3QEVA 3ZEUA 3Q7CA 1NBWA 3CCJN 3SJJA 1WB9A 3MDQA 4BVPA 1HNXK 3ULDA 4J2EA 4JKGA 4CEBA 3R3LA 4IFEA 3CCVN 1CLQA 1TKDA 1J5OA 4EP5A 4DR3K 4JKFA 2XRIA 4BRCA 3QDKA 1RTIA 2CH5A 2P1JA 3FZMA 1L3VA 2ETJA 3MXIA 1IKWA 3U4LA 5LJWA 1VQ9N 3VTHA 1HX1A 4C8LA 1UAXA 1HR0K 3CD6N 1BISA 3LDSA 2Q36A 3KD1E 3PIOL 4FWQA 3AA5X 3SQ4A 5KQDA 2WUSA 3KLEA 2IS3A 1TUUA 4RW4A 2P5OA 1VRTA 3D2FA 4H5TA 1SKWA 1D4XA 4WE1A 2OZMA 5M1OA 3RTVA 4QS7A 3QFPA 4F8RA 1OVYA 1KRPA 4IWVA 1RCHA 4MDBA 4O0JA 3ZETB 3NF6A 4FWOA 4B9NA 3V6DA 5FRNA 2IIRA 1GLFO 4E7KA 3ULEA 2ZJPL 4JKCA 2BGGA 4IXCA 4I6MB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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