3CJ1A

Structure of rattus norvegicus ntpdase2
Total Genus 141
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
141
sequence length
426
structure length
419
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural insight into signal conversion and inactivation by NTPDase2 in purinergic signaling
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 2
molecule tags Hydrolase
source organism Rattus norvegicus
total genus 141
structure length 419
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2008-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cj1A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3cj1A02
4WYBA 3L6QA 3VETA 4CZLA 3H1QA 2DPNA 3R6MA 2F9TA 3MN7A 3EZWA 5AQMA 3VEZA 1LCUA 3UKUB 1K8KA 5F0XA 3HTVA 1GLLO 4WQ5C 4KBOA 4BRGA 4H0YB 2UYTA 3C7NA 5AQSA 1V4TA 3MCPA 3VERA 3ATUA 1YAGA 3ID8A 4O5FA 2Q0RA 2ASPA 4JNEA 5AQKA 2ASMA 3R8EA 2FSJA 4I6MB 5JICA 3ENOA 4FWRA 3FE1A 4A2BA 5JMVA 3VEXA 1KAZA 2PAVA 3GBTA 3LDNA 5KQDA 2QWRA 3HSCA 2ZF5O 3LM2A 1YVNA 3MDQA 3DXKB 2QW9A 4YDUA 4BR0A 1RGIA 4BR7A 1NGAA 1NBWA 1TUYA 3AY9A 3AAQA 5EY4A 2IVNA 1S3XA 4ISEA 4JHDB 4A62A 1JCEA 2I7PA 3DAWA 4Z94A 2E1YA 1GLFO 3RSEA 4FSVA 3EO3A 2Q1NA 5AZIB 5BN9A 3MN5A 4CD3A 3WT0A 1NMDA 2GTDA 3ZX3A 4B1YB 1D4XA 3TPQA 1EQYA 5AQFA 3WXIA 5F1XA 5AR0A 1KAYA 4FL9A 2YJFA 3GOIA 2Q97A 2A40A 2NZTA 1E4FT 3FFKB 4JD2B 4MLHA 3WEEB 1ATRA 1GLJO 3O1BA 3A5MC 1YXQA 2J4RA 1NM1A 2V7YA 3W0LA 3BP8A 1U2VB 3P4IA 2Q36A 2E8AA 3BUZB 1Q18A 2E2NA 4IJNA 3VF2A 4I6MA 1QHAA 3AAPA 5AQUA 3U9DA 1XC3A 3WQTA 2A41A 2FF6A 1K8KB 3M3ZA 5KQ8A 2E88A 3SMPA 4H0TB 5FPDA 3C7NB 4DB3A 2AA4A 1SAZA 4K41A 2ITMA 3O4WA 4CZFA 5EX5A 1HUXA 2CH6A 2QWOA 3O1WA 5AQIA 1GLAG 1NWKA 3EL2A 5ADXA 5ADXH 1NGHA 4BRIA 2GEMA 3B8AX 1ESVA 4CZIA 1BUPA 4BC4A 4BRPA 1TYQA 2BUPA 3W3DA 4XH4A 1TUUA 1NGJA 3FZFA 2GUPA 5FPEA 2Q31A 3EKUA 3VF6A 4FPAA 2E2OA 4BR9A 3UE5A 3SK3A 3ZX2A 4BRHA 4DCHA 3FZLA 1P8ZA 4L3QA 3UKRA 4AM6A 2P9NA 4CD1A 3VEYA 1NGFA 3H6EA 5AQPA 3VPZA 1MWMA 5BPNA 4CBXA 2E2PA 1NGBA 3D2FA 3RSEB 1MDUB 4PKGA 2H3GX 3MMVA 4B1WB 3FZKA 3A8YA 1CZAN 3UB5A 1IJJA 1RDWX 5AQVA 5BN8A 2CGKA 2I7NA 1X3MA 2IIRA 5AZJA 2ZWHA 1QQOA 4BG9A 4MO5A 3ULEA 1H1VA 3O8MA 5BPLA 3O80A 5AQNA 3QFUA 3HM8A 1NGGA 3H45C 5ELZA 5AQZA 5BR9A 1XQSC 2GELA 2PBDA 1KXPA 5AQRA 1RFQA 4BRAA 5AQHA 4K25A 4FO0A 5BPMA 4WQ5A 2E1ZA 1Y64A 2FXUA 5JLHA 3QBWA 1E4GT 2ZGZA 3SMSA 4BC2A 4H0PA 3FZHA 3BF1A 1JCFA 3VENA 4BRKA 1NGDA 5E26A 2HF4A 4HWIA 2A5XA 3F9MA 3D7EO 3CJBA 2V51B 2FF3B 1OKJA 1ATNA 4BC3A 1LOTB 2VCPA 3U4LA 3VF4A 5KPTA 3ZX0A 4NB4A 1ZXOA 3LDQA 1KAXA 4FWLA 2QWPA 1BG3A 3QFPA 3QB0A 3TU5A 1TYQB 3G25A 4WQ4C 1SZ2A 4DHYA 4ISGA 1NGIA 1U6ZA 4BR2A 2ASOA 2QWQA 3GG4A 4IO8A 1Z6RA 4H03B 5F2RA 1V4SA 3U8XA 1HKBA 5AQQA 1T44A 4C23A 5BREA 3A0IX 3AARA 3UKRB 2P9NB 3O5BA 1GLCG 4CZJA 4EHTA 1SQKA 1HKCA 4BQZA 1Z05A 2P9IA 3D2FB 4K42A 4DQ8A 5FPMA 5EXWA 3FR0A 4NO7A 5AQYA 4Y0WA 2E20A 3CJ1A 5AZJB 4CI6A 2P9KB 4MLEA 3I8BA 3ULEB 1HPMA 3GL1A 4RWTA 3CJ9A 3GE1A 5AQLA 1ATSA 3O08A 5AFUA 1WOQA 2P9UA 1HLUA 4BRQA 5I9EB 5AFUH 4H0VB 1IG8A 3L0QA 2YJEA 3ZEUA 4CBUA 3D2EA 1DGKN 3S41A 3U9ZA 1ZC6A 2NLXA 5E84A 3LDOA 1NLVA 2YHYA 1BO5O 3H3NO 3O6WA 5JLFA 5BRFA 3DXMA 3IUCA 4IJAA 3H1VX 3J8AA 4BRMA 4EFHA 4BR5A 4H0XB 3HZ6A 4BREA 4BRLA 3KVGA 3A5LC 4CJ7A 4H5RA 3LM9A 2E2QA 5AQTA 5LY3A 3VGLA 2D4WA 3CJCA 1BOTO 5AQOA 4EIAA 1DKGD 4B1VA 5KPRA 1XUPO 2Q2RA 3A5OC 3LL3A 5BRHA 1S22A 3MN6A 3HI0A 1MA9B 2GWJA 1HX1A 1QQMA 2P9KA 5FPNA 4PKIA 3KHYA 1X9JA 2HOEA 4H5VA 3WQUA 4BROA 3WUHA 1GLDG 4H0OA 2W41A 2HF3A 5EVZA 2D1KA 5AQJA 2A6AA 2P9IB 5CE3A 2CGJA 3BF3A 3VESA 4BG8A 3OHRA 4QS7A 4BVOA 1NGEA 4EAHD 3MK6A 2EWSA 1DEJA 1QQNA 4FWQA 2A3ZA 2P9LA 3JS6A 4QS9A 2QWNA 2KHOA 2P9PA 2QWMA 3ENHA 3KZBA 2P9UB 3VEVA 3H46O 1WUAA 3ZEUB 5B8HA 4XH1A 3QICA 3D2EB 4XEIA 2GWKA 3LDPA 3WXLA 3M1FA 3IMXA 4O8KA 3VEOA 2FLOA 4CZEA 1R59O 1GLEG 4H5TA 4CZMA 4FOEA 3FGUA 3DXMB 4EHUA 2BTFA 4YDUC 5AQXA 3GDQA 2QWLA 2NRHA 1BU6O 1X3NA 4WQ4A 3QBXA 3HBTA 2FSNA 3CHWA 3BEXA 2IVPA 2P9SA 4ISFA 1BWFO 3VGKA 5LJVA 2W40A 3JXUA 4GY2B 4M7YA 3CJAA 3CQXA 3IDHA 4BGAA 3CI5A 2AP1A 4BRNA 3CETA 5BRDA 5TKYA 2CGLA 2IVOA 3ZETA 2YI1A 4BR4A 3CJ7A 3QDKA 3MN9A 1YUWA 5AQGA 3ATVA 4J8FA 4RCHA 4B1XB 1HJOA 4F9OA 1BA1A 1QZ6A 4RTFD 4HTLA 4JAXA 4BRDA 2QM1A 3UKUA 3C0BA 1MWKA 4FOIA 3QMLA 3WXJA 4E1JA 3VEWA 2YHWA 2HMPA 3EN9A 4M7XA 4IZ9A 4A61A 4JN4A 4BQLA 1C0FA 4MO4A 1HKGA 3DWLA 1T6DA 2F9WA 4FWSA 1BDGA 1GLBG 2VYPA 2D0PA 2Q0UA 2V7ZA 4XH5A 1ZBSA 2P9LB 3IFRA 3L4IA 4IXCA 4IWVA 4GNIA 3FZMA 1C0GA 2P9PB 1JCGA 4BVPA 4CZGA 3VGMA 4H5NA 4H5WA 2YHXA 5LJWA 4K43A 2WUSA 2FSKA 3M6GA 4PKHA 2D0OA 3DXKA 5EOYA 5AQWA 4B9QA 4A2AA 4FWOA 2YCHA 4FWNA 2V52B 4FPBA 4BC5A 4PL7A 3VOVA 1G99A 2CH5A 3SLCA 2OANA 4B1ZA 4JHDA 3CIPA 3R9PA 4B1UB 4CZHA 4LC9B 3EKSA 4FWKA 4FWPA 4BGBA 5AZIA 4QS8A 3A5NC 3CQYA 3H3OB 3I33A 2VWBA 1J6ZA 2QXLA 1QZ5A 2A42A 2P9SB 4CBWA 4M63C 3DJCA 4CZKA 4BRCA 4JD2A 3WEEA 1NGCA 1T6CA 4BRFA 2ZGYA 3LDLA 3ZETB 1U2VA 4PL8A 3SJHA 4AM7A 3FLCO 5KPZA 3WXKA 1BA0A 4FWMA 3CERA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FBTA 3L6QA 3VETA 1C1AA 1ZBLA 3T3FA 5AQMA 3VEZA 1LCUA 2ATQA 1SKWA 4HCCA 4WQ5C 5EU7A 4GKJK 3MCPA 2G8IA 3PX4A 3S3MA 1YAGA 3ID8A 4O5FA 3OYEA 4DUYK 2Q0RA 1REVA 3AVFA 2ASMA 1VQ4N 1LAWA 3THWB 1KCFA 4I6MB 3FE1A 5JMVA 1S9EA 4JK8A 2OZMA 2QWRA 4F2SA 4DF4A 3TSQA 1YVNA 1DLOA 4NCAA 1KRPA 1RGIA 4BR7A 1Q9XA 1NGAA 4LF4K 5EY4A 2IVNA 4HUEA 4DFJA 2Q3SA 2HHTA 3PLAA 1XNRK 1JCEA 2I7PA 2E1YA 3RSEA 4YOYA 4C8MA 2OPRA 4C8NA 5CZ1A 5BN9A 4JI1K 2GTDA 3QIOA 1D4XA 1Q9YA 1EQYA 5F1XA 3O3HA 4DV4K 2KQ2A 2YJFA 3GOIA 2Q97A 4J2EA 2NZTA 3I0SA 1E4FT 2XY5A 3WEEB 1YI2N 3WXMB 1UOCA 3OYLA 3BP8A 3J7YP 3NGIA 3AV9A 2W42A 2E8AA 2UXDK 2IOCA 4JKFA 4I6MA 3QEXA 4CF1A 4DTNA 4FK4A 4U7BA 3RTVA 4KTQA 5KQ8A 2E88A 3SUQA 3CC2N 5HRPA 4K41A 3HL8A 4DSIA 5EX5A 3KLEA 5AQIA 2UXCK 1VQKN 3K9JA 2VWKA 1C1CA 3KK2A 2BANA 1VQ5N 3V9ZA 4XH4A 1NGJA 4GV9A 3FZFA 1UA0A 3EKUA 3VF6A 2YV0X 4JKEA 3UE5A 4DCHA 1P8ZA 1XNQK 1RBSA 3UKRA 4AM6A 1N6QA 4CD1A 4JI3K 3L3VA 1WN7A 4KHQA 1NGFA 3LZIA 4CF0A 5BPNA 3OTOK 1WSGA 3SAGA 3B6OA 4B1WB 4BY9C 4DTPA 4FM2A 3UB5A 1HNIA 4DSEA 3TTFA 2I7NA 4DV5K 5AZJA 1FJGK 1QQOA 1WSHA 4BG9A 4OGEA 2UUBK 3QFUA 1NGGA 1RFQA 4BRAA 5AQHA 4FO0A 4WQ5A 4O5BA 1VQLN 2ZE2A 5J2PA 1RNHA 4LY7A 1E4GT 2ZGZA 4PY5A 2KZZA 3BF1A 2NRWA 3PO4A 1HYZA 5E26A 5BR8K 4FLUA 3DI6A 3TWHA 2HNZA 4JLHA 1UWBA 4CJWA 3SBGA 4ELUA 4W5NA 1KVCA 2FF3B 4CF2A 3LANA 3DLRA 1SL0A 4ILJA 4Y1CA 3EYZA 4GVMA 5KPTA 3QIPA 3KK3A 4LF5K 1RT1A 4N47A 1OH6A 3EY1A 3TU5A 2WC9A 3E66A 3EE8A 4B8AB 1NGIA 4DS5A 3K5OA 3NF6A 1U6ZA 4OPJA 3DLHA 3U8XA 1NK9A 1Q86O 2FBYA 4GW6A 4C23A 5BREA 3R3LA 2BH1A 4DR6K 4EHTA 3C6HA 3OYFA 3DRRA 2O4GA 4KAZA 4BQZA 1Z05A 3OYDA 2P9IA 2DFFA 4K42A 3A2FA 4DQ8A 5FPMA 1U47A 4Y0WA 3T1AA 2E20A 4CECA 4CI6A 4IFYA 5DK5A 1NK6A 3CCQN 1Q82O 1VK0A 1ZBFA 1XMOK 5LL6Z 3JYTA 1ATSA 3P83D 5AFUA 1HLUA 4HUGA 4KB1A 5AFUH 4M3WA 2YJEA 3KWGA 1OH5A 3KK7A 5CR4A 4NCGA 3V9UA 4KRFA 3ZT0A 1M90O 4OJRA 3S41A 4O44A 1RILA 3RR8A 4OPKA 3O6WA 3SZ2A 3JSMA 4EFHA 4RG8A 4AHVA 5HRNA 4CFBA 1IKYA 1HNWK 1D8YA 2ZD1A 4GVEA 2VQFK 3K5MA 3SCXA 2D4WA 4F2RA 1WSJA 4FW1A 3O9TA 5AQOA 4B3TK 1DKGD 1ZBHA 3LL3A 5GADP 5BRHA 1EWRA 3CCUN 2XY8A 4M42A 1NNEA 4CFDA 4WFNL 5C10A 1HX1A 3IG1A 4CJTA 1W2BM 1NK4A 1RCHA 5FPNA 3KHYA 4LF8K 1KLNA 3ZSYA 3IRXA 4H0OA 4H8KA 2HF3A 1S1XA 1CZ9A 5HLFA 2A6AA 5CE3A 4QS7A 3M8RA 4BVOA 3BZCA 1SS6A 4KKOA 3PSIA 4NYFA 3HOSA 2P9LA 3VQCA 2HVHA 5K14A 3VQ7A 3V81A 2HW3A 4R79A 1WUAA 1IKXA 3QEPA 4DV2K 4DFPA 4KI6A 3KD1E 4PA1A 2FLOA 1R59O 4H5TA 3HJFA 3DXMB 4B3RK 1ZYQA 3GDQA 1TKDA 4FJGA 2NRHA 4CIGA 4E7HA 4JI4K 3NF7A 3QBXA 1L5UA 4FJ8A 4H4OA 3VGKA 4IOCL 2W40A 3JXUA 4GY2B 3ZSRA 2AP1A 2I5JA 4DSKA 3CETA 1VQMN 4I2QA 5TKYA 3Q7CA 3ZETA 2YI1A 4BR4A 3C94A 3MN9A 2IC3A 3MXIA 5HL7L 5AQGA 4KHPK 2Z1GA 3ATVA 4J8FA 4OKKA 4B1XB 1HJOA 4F9OA 1S9GA 1QZ6A 3R1XA 4HTLA 3ZT2A 3UKUA 3C0BA 3P1GA 4M7XA 3F9KA 3H08A 5HROA 3O3GA 4CK3A 2ZM6K 1IBLK 4JYAK 4UY8O 4CHQA 2D0PA 4XH5A 4ICLA 1ZBSA 4IWVA 1C0GA 5M1QA 2P9PB 5T7BA 3E9OA 1JCGA 3L2RA 3G4SN 5DM7L 3VGMA 4G9ZA 3I8DA 4K43A 4O8UA 2WUSA 2WONA 1SL2A 3VQBA 4AILC 2O8EA 2BDPA 4ELTA 2UUCK 1T3VA 1L3TA 4JHDA 3BY5A 3CFRA 4B1UB 1JLAA 1KSPA 1WLJA 4FWKA 1A5WA 4QS8A 5KGXA 3I33A 4E7LA 3OJSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4PKI A;  3WQU A;  4BRO A;  3WUH A;  1X9S A;  3BF3 A;  4KH6 A;  4B8C A;  1ASW A;  5HRS A;  3ZSZ A;  4JI8 K;  3AO1 A;  4AQY K;  1OH7 A;  4EAH D;  3MK6 A;  1DEJ A;  1OVQ A;  4DSJ A;  4DTR A;  1K6Y A;  4QS9 A;  1IG9 A;  4CHY A;  2QWN A;  2KHO A;  3SV3 A;  2VWJ A;  2P9P A;  3ENH A;  3L8B A;  1VSH A;  5IT9 O;  1S1W A;  5B8H A;  4O0J A;  2Z1H A;  4CJF A;  1S6P A;  1TAU A;  2GWK A;  5C42 A;  3U6F A;  4BDZ A;  4FZZ A;  4DV6 K;  4X62 K;  1L3V A;  4F3O A;  3SQ4 A;  4YFU A;  4JS5 A;  1HJR A;  5M1F A;  4WFA L;  5AQX A;  4H4M A;  3P39 A;  1BIU A;  1BU6 O;  2YNI A;  4FXD A;  4WQ4 A;  2VGN A;  3OVN A;  2IVP A;  2P9S A;  4LFA K;  1BWF O;  5LJV A;  2O8C A;  4FJX A;  4M7Y A;  3CI5 A;  4MQ3 A;  4B3M K;  4FJH A;  1J54 A;  5BRD A;  2F7T A;  3D0P A;  1NJX A;  2CGL A;  4LF9 K;  3QEV A;  2OYQ A;  3NH2 A;  1BQN A;  5C15 A;  2O8B A;  4RCH A;  1F21 A;  4JAX A;  3O9R A;  4BRD A;  1I94 K;  1MWK A;  3QML A;  4E1J A;  4EZ6 A;  3E9P A;  2YHW A;  2QA4 N;  3VQ8 A;  3ID6 A;  3NDK A;  4IZ9 A;  4KH4 A;  3ZSX A;  5FRN A;  4N56 A;  3QNN A;  4A61 A;  3CCV N;  5TKW A;  3CM5 A;  1BQM A;  3MXJ A;  3OYJ A;  1JKH A;  1GOB A;  1IKV A;  3E9L A;  3OS2 A;  3DWL A;  2F9W A;  1BDG A;  3VN5 A;  3NBP A;  4CF9 A;  4CHO A;  2G8U A;  4YOV A;  3DOL A;  1RDD A;  4M3U A;  4IXC A;  4GNI A;  3FZM A;  4A5A A;  3LPT A;  2KW4 A;  4JKG B;  4BVP A;  1B9D A;  2YHX A;  4ID5 A;  4E7K A;  1X1P A;  1SV5 A;  2D0O A;  3DXK A;  5EOY A;  4M45 A;  4FWO A;  1CXU A;  2YCH A;  4CGG A;  3VOV A;  2CH5 A;  1HNZ K;  4JKH A;  3CIP A;  1J53 A;  4DU1 A;  1LWF A;  2VQE K;  4LC9 B;  5M1K A;  2UU9 K;  1UAX A;  2D5R A;  4YOX A;  3AA5 X;  3K59 A;  1S1T A;  2VWB A;  1YTU A;  3ALY A;  3TAF A;  3MXM A;  3MX5 A;  3DJC A;  2DFE A;  3OJU A;  4GV6 A;  4BRC A;  4CW7 B;  1NGC A;  1OVY A;  1GOA A;  2ZGY A;  1KC8 O;  3LDL A;  1U2V A;  1YHQ N;  4AM7 A;  1HNX K;  4J2A A;  1FXX A;  5KPZ A;  4DV7 K;  1WNS A;  3QET A;  4FWM A;  5GAG P;  3VQE A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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