3CJ7A

Structure of rattus norvegicus ntpdase2 in complex with amp
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
426
structure length
419
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural insight into signal conversion and inactivation by NTPDase2 in purinergic signaling
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 2
molecule tags Hydrolase
source organism Rattus norvegicus
total genus 138
structure length 419
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2008-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cj7A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3cj7A02
4EFHA 1ZBSA 3DXKB 1ZC6A 4Y0WA 3GL1A 4PKIA 3WXJA 2IIRA 3DJCA 4PKHA 3WXKA 2P9KA 3F9MA 3ATVA 1YXQA 4BQZA 4B1VA 3L0QA 1YAGA 5AQWA 3S41A 3JXUA 3AAPA 1V4TA 3WT0A 3FZMA 2Q97A 5FPDA 2NZTA 3H3NO 1BA1A 3LM2A 4BR0A 4FO0A 5BRDA 4BRMA 1XUPO 2P9LB 1KAYA 3MDQA 5EXWA 2BTFA 1T44A 3A5NC 3VEVA 2QXLA 1QZ5A 2BUPA 2FF3B 1BUPA 3BEXA 3IDHA 1XC3A 4A2AA 3BUZB 4BR4A 4XH5A 2Q2RA 5AQSA 1NGJA 4I6MB 4CZEA 4Z94A 4QS9A 3ID8A 4H0TB 4WQ4A 4NO7A 2H3GX 3HTVA 1V4SA 5F0XA 5AZIA 2AP1A 1BOTO 4YDUA 1NM1A 2E8AA 1HX1A 1LCUA 3CJCA 1HPMA 1YUWA 3IMXA 1C0FA 3M3ZA 3U8XA 5KPTA 4EIAA 2YHYA 4A62A 2A3ZA 4RCHA 5FPMA 4BR2A 3O8MA 5AQLA 3D2FA 2P9PB 3DXMA 2V52B 3O4WA 3AAQA 3M6GA 5FPNA 5AZJA 5AQFA 2D0PA 1GLJO 4HTLA 3UKUB 2F9TA 1BA0A 5AQJA 1NMDA 1TYQA 3O08A 3HM8A 2W41A 2V7ZA 2FLOA 2UYTA 3O6WA 4H5RA 4JNEA 4RWTA 4K43A 1NWKA 1Q18A 4BRPA 4CZLA 3FZLA 4QS8A 4K41A 2V7YA 3U9DA 3ZX0A 1HUXA 1SQKA 4BRKA 4BRCA 5ADXH 1QQOA 1G99A 3SK3A 1ESVA 2QWQA 3FFKB 3H45C 1J6ZA 2E88A 2YJFA 4EAHD 4H0VB 3BF1A 1NGFA 3AY9A 2A41A 2QWPA 4J8FA 1DGKN 2ITMA 5AQUA 1NGCA 3FZHA 3QFPA 3IUCA 4FWLA 3EKSA 3LM9A 3P4IA 4MO4A 5AQQA 3QICA 2FSKA 4XH4A 4FWNA 5AQXA 1ATNA 1GLFO 3VF6A 3CETA 3UE5A 4B9QA 4H0XB 5AQHA 3CQXA 4BRLA 1H1VA 4ISGA 3GOIA 5KPZA 3LDLA 2KHOA 3DAWA 5BPMA 3LL3A 1BG3A 2QWRA 3A0IX 5AQKA 4BREA 1X3NA 4ISEA 5EX5A 2GTDA 3A5LC 5BRHA 3WXIA 4MLHA 1NGDA 3EN9A 3JS6A 3MN9A 3QBWA 3TPQA 3W3DA 4BR5A 4CZKA 3FGUA 4H5TA 3VOVA 4CBWA 3CJ1A 4JD2B 5LJVA 1Z6RA 3A5OC 4BGAA 1R59O 3FE1A 3FZFA 4FWSA 4K25A 4M7XA 2PBDA 3WEEB 3DXKA 2P9NB 1NGEA 2J4RA 1QQNA 4FSVA 2P9UB 3GDQA 3SLCA 2P9KB 1YVNA 2E20A 3ENOA 3VESA 3UB5A 4CZFA 1U6ZA 3MMVA 2GWKA 3ZX3A 3VF4A 4BC3A 5B8HA 3W0LA 4FWOA 5AR0A 2HOEA 2P9LA 4K42A 3L4IA 1ATRA 3LDPA 1XQSC 1CZAN 2CH6A 3U9ZA 2A5XA 2DPNA 2IVNA 4M7YA 3VETA 4BR9A 3C0BA 2QWOA 4GNIA 1RDWX 4I6MA 2QWMA 4IWVA 1HJOA 2CGLA 2HF3A 3FZKA 1GLLO 2P9SB 1JCGA 3VEWA 5BR9A 5BN8A 3VERA 3CJAA 1T6CA 1KAXA 3CJ7A 3D7EO 3QMLA 4DCHA 3MCPA 1RGIA 4JHDA 3R6MA 4FL9A 4FWPA 4IJNA 1K8KB 2VYPA 3RSEA 2IVPA 4O8KA 5JMVA 3H1VX 1HLUA 3VGLA 4PL8A 4B1UB 4EHTA 2QWNA 3OHRA 4JAXA 1GLCG 3O1BA 3A5MC 4BRHA 1NBWA 4FWMA 1DKGD 1QQMA 3GE1A 4RTFD 4IZ9A 2E2PA 3EO3A 1S3XA 3H1QA 2NRHA 2GELA 5I9EB 3QBXA 3WQUA 3B8AX 1U2VB 1RFQA 4BRQA 5E84A 4MO5A 4BVOA 4CD3A 3HBTA 4AM6A 3BF3A 1QHAA 4WQ5A 5BPNA 2ASMA 1ATSA 5EY4A 3UKRA 4BRGA 1MA9B 4BROA 1GLDG 3I8BA 3HSCA 3LDQA 5F2RA 4KBOA 1LOTB 3QFUA 5AQVA 3D2EB 1T6DA 3GBTA 2YHXA 3WQTA 2QWLA 2ZGZA 4B1YB 4HWIA 2V51B 3H46O 5KQ8A 4H0YB 1HKGA 4ISFA 1NGBA 1MDUB 4H03B 3EZWA 5JLHA 3H3OB 3G25A 3ZEUB 1SZ2A 3O5BA 5CE3A 1BO5O 2FSJA 2F9WA 4BRNA 5AQNA 4XH1A 2P9IB 2D4WA 2ZWHA 1WOQA 3VENA 2EWSA 2A42A 4AM7A 3C7NB 4BRDA 1NGAA 5LJWA 4CZIA 3VPZA 1EQYA 3ZETA 3ULEA 2QW9A 5AQMA 1SAZA 3WXLA 3WUHA 2CGKA 4BRFA 4E1JA 2GEMA 3MK6A 1GLAG 3HZ6A 4QS7A 3FLCO 4CJ7A 3QB0A 4BRAA 5BREA 1DEJA 2Q1NA 2CH5A 1BWFO 3EL2A 3SMSA 5FPEA 5AQGA 4BG8A 1MWKA 1S22A 1NLVA 3ATUA 4FWQA 1IJJA 5BPLA 4B1WB 4JD2A 3EKUA 2HF4A 3R8EA 2GUPA 2VCPA 2E2QA 2AA4A 3KZBA 2ZGYA 3MN7A 3WEEA 2P9NA 1JCEA 3KHYA 4DB3A 1GLBG 2P9UA 4WYBA 4H0OA 1BU6O 3M1FA 2ASOA 4CBUA 2NLXA 3CERA 3QDKA 3ENHA 1KXPA 4IJAA 3VF2A 2I7PA 3CQYA 5KPRA 4H5VA 3L6QA 4DQ8A 3CJBA 2E1YA 1BDGA 1Z05A 5EVZA 3VEXA 4FPBA 4WQ4C 3DWLA 4CZGA 2GWJA 2D1KA 5JICA 5AZIB 2IVOA 3VGMA 4YDUC 4BR7A 2YJEA 1TUUA 4BG9A 5TKYA 2P9SA 1E4GT 4F9OA 1OKJA 5AQOA 4BC5A 3VEOA 2W40A 2P9PA 3CJ9A 2Q31A 3D2FB 3DXMB 2QM1A 2VWBA 1GLEG 4FWRA 2FF6A 2Q0RA 4IXCA 3A8YA 3UKUA 5AZJB 2ASPA 5LY3A 1MWMA 1K8KA 2E2NA 1D4XA 4JHDB 1C0GA 1NGGA 4BVPA 1TYQB 3RSEB 1JCFA 3IFRA 4M63C 4FWKA 3O1WA 5AFUA 4O5FA 5AQYA 5ADXA 2YHWA 4XEIA 5JLFA 3I33A 3CIPA 1X9JA 2A6AA 4CBXA 3O80A 1U2VA 4JN4A 4CZHA 3BP8A 2CGJA 5ELZA 2Q0UA 3VEZA 1ZXOA 3FR0A 1HKBA 5EOYA 2E1ZA 2Q36A 4L3QA 4WQ5C 2WUSA 4B1XB 3LDNA 4FOIA 3R9PA 5AFUH 1Y64A 3SJHA 3UKRB 2ZF5O 4FPAA 1E4FT 3VEYA 2E2OA 3D2EA 5BRFA 3H6EA 3VGKA 4A61A 5AQZA 3J8AA 2YCHA 2PAVA 3GG4A 2A40A 4H5NA 5AQPA 1KAZA 4BC2A 4BRIA 5E26A 2FXUA 4CZJA 4C23A 1NGIA 4CD1A 3ZEUA 4DHYA 1WUAA 1TUYA 4GY2B 1HKCA 2D0OA 4B1ZA 4CI6A 2YI1A 4PKGA 5F1XA 3KVGA 4H5WA 4H0PA 4BGBA 1P8ZA 2P9IA 5BN9A 2FSNA 4EHUA 3SMPA 3C7NA 3HI0A 4A2BA 3AARA 4BQLA 3MN6A 3LDOA 3CHWA 3U4LA 1NGHA 3CI5A 2OANA 3ZETB 4LC9B 1X3MA 3ULEB 4MLEA 5AQIA 5AQRA 1QZ6A 2HMPA 4PL7A 1IG8A 5AQTA 5KQDA 3MN5A 4CZMA 4IO8A 4FOEA 4BC4A 3ZX2A 2I7NA 3TU5A 4NB4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4EFHA 3DXKB 1WB9A 4KREA 3IG1A 3VTIA 3WXJA 3PV8A 3M5RA 4DV1K 3OYLA 2LSNA 4FZXC 3MEEA 1YAGA 4KHUA 5J1EA 3KIOA 3C65A 3FZMA 5FPDA 3H3NO 1BA1A 3T7ZA 1SV5A 1XUPO 2P9LB 1KAYA 3MDQA 2X78A 3VEVA 3A5NC 4JS5A 3IDHA 1BUPA 3BEXA 3TABA 3TARA 5AQSA 4I6MB 4CZEA 1L3VA 4QS9A 3ID8A 4CGFA 4BY9C 4KKOA 4LF4K 4EZ6A 2AP1A 1NJYA 3TSPA 3MX2A 5CYMA 2XY8A 4FVUA 2YHYA 4A62A 4FVMA 2V52B 3C94A 3AAQA 3M6GA 4CEBA 3VA3A 2D0PA 4B3RK 4JI7K 3SZ2A 5AQJA 1UA0A 2ZJQL 3MEDA 3OS1A 3LP0A 2W41A 2AJQA 1UWBA 4LF9K 2WC9A 4W5QA 1JL2A 1LWEA 4GVMA 5LL6Z 4DV3K 3U9DA 4BRKA 1Q81O 3PX4A 4WFNL 4F4KA 1HR0K 1SUQA 3O9RA 1ESVA 1J6ZA 2E88A 5DM6L 2GBZA 4Z4FA 4LF8K 2QWPA 3L2QA 2W42A 2HHQA 3NFAA 3TAQA 3O9SA 4DU3A 3N4QA 4B9NA 5J2NA 3ZSOA 1QVFM 4DTMA 2F8TA 5TKWA 3WNEA 4X62K 3PX6A 3AVJA 4FJHA 3R3LA 3SBGA 1W2BM 1XNQK 3LM9A 4MO4A 3NF7A 4XH4A 4FWNA 1GLFO 5DM7L 3O3FA 5AQHA 3CG7A 3CQXA 1K73O 1Q8IA 4X65K 3S3OA 5KPZA 2KHOA 2FBVA 4M3ZA 1D9DA 1VQPN 3LP2A 4FLYA 4MDAA 4ELVA 3F5TA 3EN9A 4PWDA 3W3DA 4BR5A 3V9UA 4CBWA 3VOVA 4B3SK 3I0RA 3I8DA 4JD2B 1Z6RA 4BGAA 1R59O 1Q86O 5CHIA 4V19S 3WEEB 4DV2K 1NGEA 2X6NA 2P9KB 1BIZA 3VESA 3IKMA 3K58A 4DUYK 3MMVA 3AGKA 3F9KA 3N4PA 3VF4A 3TI0A 4JLHA 4FLUA 2R7YA 3W0LA 4FWOA 2HOEA 4CGHA 4CF0A 1S1UA 1UA1A 1NKCA 3LDPA 3OYAA 1MU2A 1CZAN 2Z1HA 2A5XA 4BR9A 4M7YA 3DLRA 2QWOA 2QXFA 4GNIA 3VMFB 4IWVA 1HJOA 4CIGA 3CCVN 2P9SB 1NK5A 3OYBA 3AVKA 3CJAA 3CJ7A 4LF5K 3ZSVA 3A2FA 3D7EO 3QMLA 4BE1A 4JHDA 5M1KA 4RW7A 4TSXA 3MXJA 1K8KB 1NK7A 3RSEA 1SKSA 1RT7A 1KLMA 3CFPA 5FRNA 1BCOA 3OYGA 3OHRA 3TSQA 3A5MC 3D45A 4FWMA 1DKGD 3GE1A 5KI6A 5GIPA 4JEPA 2E2PA 4AHCA 3H1QA 3QBXA 1JLGA 4FJKA 1VQON 1BHLA 3K2PA 2O8FB 1QHAA 3KLFA 3QINA 3UKRA 4OGEA 1MA9B 2OZSA 1WBDA 2HHHK 3MCAB 5F2RA 4KBOA 1LOTB 3QFUA 3J81O 3D2EB 3GBTA 3WQTA 4LD0A 2QWLA 4BWJA 4CEOA 4HWIA 3H46O 1HKGA 1U47A 1NGBA 1NOZA 4H03B 3BY5A 5JLHA 3ZEUB 4FJGA 3O5BA 5JS1A 4DFPA 2QKKA 2F9WA 2P9IB 2D4WA 1HJRA 2ZWHA 3E1YA 3OYIA 3EYZA 3JYTA 3C7NB 4IG3A 2O8DB 1JLCA 5C25A 3RMBA 3CYMA 3HPHA 3WXLA 2Y1JA 2CGKA 1VSJA 1KSPA 1KVBA 2A1SA 3IS9A 2HHWA 4NYFA 3FLCO 4KRFA 5BREA 4DFMA 4KB1A 2Q1NA 3EL2A 4DSFA 1WAJA 1Z26A 3G10A 5HL7L 1S22A 5E41A 4E0DA 4PA1A 2BH1A 4KAZA 3HPOA 4DR6K 4CJFA 5KTQA 2NRTA 4FK4A 2ZM6K 4DTNA 1HQEA 1JCEA 4H4MA 3HO1A 2RHKA 3ISNC 4WF9L 2P9UA 4YOTA 3EE9A 4WYBA 4H0OA 3KLGA 1WSJA 4CBUA 2VWKA 4CGJA 2NLXA 5GINA 4JKFA 4EP4A 4O5BA 3VF2A 1J53A 3L6QA 3S3MA 4KH5A 4U67L 5IWAK 4KHPK 2E1YA 5EVZA 3QESA 1LW2A 4EZ9A 4NCAA 2NNWA 4J2BA 1TUUA 3CCUN 4AHSA 4DV7K 5AQOA 4YHHK 4BC5A 3ALYA 4WCEL 4JKGA 2W40A 3VEOA 3ZCMA 3V9XA 2OCEA 1CZBA 3TAFA 1LWFA 1GLEG 4W5OA 1LAVA 3B6OA 2HBMA 2Q0RA 5LY3A 4DR7K 1D4XA 3KD5E 2KZZA 1NGGA 5JVGL 4FLWA 4JI3K 2W6LA 3O1WA 1JLEA 2KW4A 1TAQA 4M3RA 5JLFA 4YOYA 3TSUA 4AH9A 1BI4A 1WSEA 2NRWA 2Q0UA 3FR0A 1HKBA 2RKIA 1O13A 4LF7K 4L3QA 3QETA 4B1XB 3LDNA 1Y64A 1A5VA 5DK5A 1RTHA 1N32K 3L3UA 3OYHA 3H6EA 4CEQA 1NKBA 2VGMA 4A5AA 1XHZA 3K9JA 3O9TA 4CHYA 2YCHA 4C8OA 1T05A 5M1QA 1TKDA 4OLAA 2A40A 1KFDA 4CZJA 1NGIA 4CD1A 1NJXA 3FFIA 3NGIA 2X6SA 3CXCM 4LSNA 3HJFA 1I39A 4IDKA 2OZMA 4CJSA 4DTSA 2P51A 4CJWA 3AARA 4BQLA 3LDOA 4DSIA 3CF5L 3I55N 3U4LA 3LAMA 3CCJN 2OANA 3PIOL 4CJEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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