3CJ7A

Structure of rattus norvegicus ntpdase2 in complex with amp
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
426
structure length
419
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural insight into signal conversion and inactivation by NTPDase2 in purinergic signaling
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 2
molecule tags Hydrolase
source organism Rattus norvegicus
total genus 138
structure length 419
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2008-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cj7A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3cj7A02
2P9LA 4BC3A 3H3NO 3KHYA 5KQ8A 3KZBA 1ATRA 4XH5A 1GLAG 2ITMA 2E20A 2P9SA 1QZ5A 5AQOA 5FPEA 1NGEA 2P9PA 1BA0A 3O08A 3O8MA 2P9KA 3DXMA 4BG8A 3VETA 4WQ4A 3BF1A 5FPMA 2P9IB 3WEEB 5BRDA 4BRLA 4BR9A 3UKUB 1P8ZA 1BU6O 3QBXA 3CETA 5AZIA 3EO3A 4A2BA 3VEYA 1XQSC 4BRDA 1E4FT 1V4SA 3HI0A 2NZTA 3ATVA 3ENOA 3S41A 3I33A 2FSNA 1HX1A 5BN9A 3CJ7A 4CBWA 4IJNA 1SAZA 4CJ7A 2VCPA 3M1FA 1SZ2A 1R59O 3D2EB 2EWSA 1GLJO 3EKSA 3RSEB 3J8AA 4HTLA 3VOVA 2J4RA 1GLBG 3VEOA 4FWSA 2ZF5O 3UKRB 5AQUA 1C0GA 3QFUA 4QS8A 1HUXA 3FLCO 5AQFA 4EHTA 1NGBA 4MLEA 2QWNA 3IFRA 4WQ5A 5AQQA 3A5MC 3GL1A 1HKGA 1NMDA 4BVOA 4CZLA 3EN9A 3CERA 1Z05A 4YDUC 5AQTA 1KAZA 2CGLA 3A5LC 3CIPA 4DHYA 2QXLA 3L0QA 3WXIA 4DQ8A 3D2FA 3VESA 4JN4A 3C7NA 2IVPA 1K8KA 3WEEA 2GEMA 2ZGYA 1QQNA 4BRMA 2E2QA 4BQLA 4H0YB 3FFKB 5LY3A 4JD2A 1MDUB 3H6EA 3SMPA 2ASMA 2P9SB 5AQLA 1X9JA 2P9PB 4BGBA 2P9KB 3DXMB 3A5NC 2YCHA 1NGHA 4K43A 4ISGA 5BRHA 4LC9B 3D2EA 3SMSA 1NWKA 3SLCA 2D0PA 4CBUA 3MN9A 4NO7A 5KPTA 2ASPA 1G99A 1KAXA 5ADXA 2YJFA 5AZIB 3H1QA 3LDLA 4J8FA 4BRPA 3VGLA 2QWRA 2D4WA 4XH4A 3L6QA 2A41A 4FOIA 4L3QA 5BPNA 5AQZA 5AQRA 3R8EA 5JICA 4C23A 2FF6A 2GTDA 1NGGA 3DAWA 3B8AX 2AP1A 4H03B 4BRCA 3H45C 1HKBA 3M6GA 3TPQA 5F1XA 3VGKA 2Q2RA 5KQDA 1OKJA 3EZWA 3HBTA 5AFUA 4WYBA 4JHDA 2CH6A 3KVGA 4BRFA 4CZJA 1GLLO 3EL2A 3VF2A 4A62A 4AM6A 1ATSA 5JLFA 2QM1A 2Q0RA 3VENA 3CJAA 2QW9A 2CH5A 2BTFA 2YHXA 2GUPA 3O4WA 4MO4A 5AR0A 2Q36A 4RCHA 1NGAA 4CZIA 1V4TA 3DXKA 3D2FB 4FWLA 1DEJA 4BRHA 3C7NB 4BRQA 3ZETA 3QMLA 1U2VA 1K8KB 4M7XA 4DB3A 1RFQA 2V7ZA 3AAPA 4ISFA 4JD2B 1T6CA 3CI5A 4GNIA 3C0BA 4B1YB 3VEXA 3LM9A 2CGJA 4H5TA 2Q97A 1LOTB 3VF4A 3HM8A 3UB5A 1QZ6A 4ISEA 3DJCA 5EVZA 4EHUA 5AZJB 3LL3A 3U9ZA 5ADXH 4CZMA 3FZMA 4FWMA 3AARA 5LJVA 2BUPA 1BO5O 1NGCA 1QQMA 5FPNA 3EKUA 5JLHA 3MN7A 3IMXA 3I8BA 5JMVA 4FWPA 1NGIA 4CZFA 4EFHA 2QWLA 4B1UB 1GLDG 1MWMA 3O80A 4BRIA 4FWQA 3R9PA 3GBTA 1GLCG 5BRFA 3GE1A 3UE5A 1YUWA 1NBWA 3JXUA 3WXKA 1NGFA 2UYTA 3ULEA 3G25A 5AFUH 4M63C 1IG8A 2YHWA 1E4GT 4EIAA 2I7PA 4JHDB 2YHYA 1X3MA 4FPAA 4F9OA 1LCUA 2CGKA 4H5RA 3QDKA 4QS9A 4IZ9A 1H1VA 3CJCA 2F9TA 3H46O 4QS7A 4B1VA 3W0LA 4KBOA 5B8HA 1NGDA 4H0PA 4H0XB 1MA9B 3DXKB 3DWLA 3QFPA 2GWKA 3ZETB 5BREA 5AQWA 1U2VB 1YAGA 3HSCA 4Z94A 1TYQB 3AAQA 4BR7A 3SK3A 2F9WA 4BRGA 4JAXA 1JCFA 2V52B 3P4IA 3QBWA 5AZJA 4H5VA 4IO8A 2P9NA 1QQOA 1U6ZA 3A0IX 3QB0A 2YJEA 4BGAA 3BUZB 2H3GX 5EOYA 4IWVA 4CD1A 3IDHA 2GWJA 4FOEA 3ATUA 4PL8A 2D1KA 3O1WA 2IIRA 4WQ4C 5AQXA 4BC5A 3W3DA 4A61A 4CZEA 5AQHA 4PKGA 4CZKA 5EX5A 3MN6A 1S22A 3BP8A 4K41A 5AQKA 4BR5A 3FZKA 4B1WB 4Y0WA 3VEWA 1HKCA 3IUCA 4CI6A 3CHWA 3LDOA 2HOEA 4H0VB 1D4XA 4BVPA 1DGKN 2OANA 5AQYA 2GELA 3LM2A 4XH1A 3CJBA 2PBDA 3CQXA 4PL7A 1BA1A 5CE3A 2E1YA 3ZX3A 3U8XA 4FPBA 3ULEB 3MCPA 3CJ9A 1CZAN 3D7EO 3MMVA 3R6MA 3U4LA 3U9DA 3ZX0A 4B9QA 5FPDA 3WUHA 4BR0A 2KHOA 2DPNA 3FE1A 3FGUA 1TYQA 1YVNA 4O5FA 4WQ5C 2E2NA 1ZC6A 5AQGA 1SQKA 4CD3A 4CBXA 3WXLA 1DKGD 1Q18A 2ZWHA 3FR0A 4M7YA 1XUPO 1YXQA 1KXPA 1TUUA 3LDPA 4JNEA 3VERA 1XC3A 3BEXA 5AQNA 1WOQA 2E8AA 2W41A 5AQIA 3GOIA 4RTFD 3FZHA 4K42A 3QICA 1WUAA 4BROA 3FZFA 3VEVA 2FLOA 3WT0A 2P9NB 1JCEA 3L4IA 5AQMA 4GY2B 3WXJA 4I6MA 1T6DA 5EY4A 2A5XA 3GDQA 1QHAA 5BN8A 4EAHD 2QWMA 2FSKA 4BR2A 3VEZA 5LJWA 1BDGA 3GG4A 2FSJA 5KPRA 3O5BA 3BF3A 1RGIA 4BC4A 2P9UA 4FWRA 1HPMA 3LDQA 3OHRA 1S3XA 4H5NA 4PKHA 3ZEUA 1ZXOA 3H1VX 4FWOA 2Q0UA 4BR4A 1BG3A 4K25A 2PAVA 3O1BA 1X3NA 3A8YA 2E1ZA 3MK6A 1BUPA 4FWNA 3MN5A 3H3OB 3VPZA 2VWBA 5AQPA 5BR9A 4RWTA 2HF3A 3FZLA 1C0FA 4BG9A 4BC2A 4AM7A 1ATNA 2NRHA 4FWKA 5AQSA 5ELZA 3VGMA 2ASOA 4B1XB 3AY9A 3VF6A 3M3ZA 2P9IA 3HZ6A 2A3ZA 4BQZA 3UKUA 1EQYA 2E2PA 1GLEG 2P9LB 2Q31A 3F9MA 3SJHA 2VYPA 1NM1A 1BWFO 5E26A 2A6AA 3CQYA 4CZGA 2QWOA 4H5WA 2A40A 1KAYA 4XEIA 3CJ1A 3WQUA 2HMPA 4IXCA 5AQJA 2AA4A 2E88A 4FSVA 1Z6RA 1RDWX 4E1JA 4YDUA 1BOTO 3ZX2A 5KPZA 1TUYA 1JCGA 4O8KA 3JS6A 1ZBSA 4HWIA 4IJAA 1MWKA 4BREA 3RSEA 4MO5A 4B1ZA 4I6MB 5TKYA 2W40A 4PKIA 5E84A 3UKRA 1HJOA 2QWQA 4MLHA 3ID8A 5BPLA 2FF3B 2V7YA 4BRKA 3HTVA 3TU5A 3LDNA 4FO0A 4DCHA 1IJJA 5AQVA 4A2AA 4NB4A 1J6ZA 2YI1A 2Q1NA 4FL9A 2WUSA 5F0XA 4BRAA 3MDQA 2D0OA 1NLVA 4H0TB 1GLFO 2I7NA 2P9UB 4H0OA 1Y64A 5EXWA 2IVNA 4BRNA 5BPMA 2E2OA 2HF4A 2NLXA 5F2RA 2IVOA 1NGJA 2ZGZA 3ENHA 3O6WA 1ESVA 2QWPA 1HLUA 3ZEUB 2V51B 3WQTA 1T44A 2FXUA 3A5OC 2A42A 4CZHA 5I9EB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KHYA 3HVTA 3KZBA 5GAHP 2ITMA 1QZ5A 1KRPA 5IT9O 3IRXA 4FJHA 1EO1A 3DXMA 4BG8A 5FPMA 2HMIA 5JVHL 5BRDA 2HVIA 1VQNN 1P8ZA 4OO1J 3NGZA 1OVYA 3EO3A 3VEYA 2Z1JA 4BRDA 1V4SA 1RCHA 2NZTA 3D6RA 3S41A 4JEPA 4DS5A 5BN9A 1CXUA 4OKJA 4IJNA 1ASUA 1QSYA 3VQAA 3DLHA 1TV6A 3M8PA 2DFEA 3MEEA 1VQLN 1WSHA 4BWMA 2XHBA 3J8AA 4O44A 4HTLA 2UUAK 1IG9A 5K14A 2ZF5O 1IKYA 4QS8A 5AQFA 3AV9A 1NGBA 4ELTA 2B4JA 4B9SA 4IDHA 2AJQA 4BVOA 4CZLA 3CERA 4NXMK 1RT2A 4DMNA 1K8AO 2HBLA 5DK5A 3THYA 4JKFA 2HNZA 1A5XA 1YHQN 4OLBA 3ZT2A 4E7IA 3CG7A 3LP2A 1BIZA 4BY9C 2FBVA 4YOVA 4BQLA 3T69A 5C2FA 2YNIA 1HYZA 4OGEA 1VQ5N 4Z4HA 1U45A 4E3SA 1W9HA 3HSTB 1XWLA 2NRVA 3A5NC 2YCHA 4QOZB 4ILHA 4ISGA 5BRHA 1J54A 1NWKA 4E7KA 3MN9A 2ATQA 2ASPA 2YJFA 1TK0A 3H1QA 4RG8A 4BRPA 4DV6K 1YJWN 3VGLA 1IBMK 4RW9A 2D4WA 2QTDA 4L3QA 3AGRA 4JI0K 2GV9A 4FJ9A 4CJ4A 3R8EA 3Q7BA 2AP1A 1WNSA 3WNEA 2QEXN 1RT5A 1KLNA 4QCLA 5F1XA 3VGKA 1VQ6N 1OKJA 3KWGA 4LF6K 3AVLA 3HXMA 3CPWM 2XY5A 2CH6A 1RDBA 4A62A 3M8RA 3V9UA 5JLFA 1L3SA 2QM1A 2HNDA 4DR7K 3VENA 3LZJA 4DUZK 3HOTA 3L2UA 2GUPA 2KFNA 2XO7A 3MXJA 5AR0A 3F9KA 3NGIA 1FJGK 3DXKA 4JV5K 2YHAA 4O0JA 1DEJA 4BRHA 1C0TA 3C7NB 3ZETA 4YNQA 4JRQA 3MAQA 1QHTA 4DB3A 4U7BA 3KK2A 4ISFA 3KIOA 3ZT1A 4AHRA 5J2MA 4KB1A 4CE9A 1T6CA 3DOLA 4GNIA 4JK7A 2KLAA 4DR3K 3LM9A 2OPRA 2CGJA 3VN5A 3RMDA 4G9ZA 3O4QA 3VF4A 4TSXA 1QZ6A 1JLCA 5C2DA 3THXB 4ISEA 4JLHA 3RMAA 2FBXA 5AZJB 3TAEA 3LL3A 3DRPA 1KCFA 3U9ZA 1RT3A 3QEVA 3AARA 3TAMA 1N5YA 2BUPA 5A2QO 1QQMA 1NGCA 5FPNA 3IMXA 1HQUA 1NGIA 3JYTA 5I3UA 2QWLA 5JS1A 4K8ZA 3PLAA 3NF8A 3QERA 3DLRA 3R9PA 3P1GA 1YUWA 3JXUA 1NGFA 4M63C 1WB9A 2YHWA 3T3FA 1JLAA 2YNGA 4CECA 3CCSN 3TTFA 3KLIA 1N33K 4FPAA 2HSTA 4F9OA 4FLTA 3CCVN 4AILC 4KBOA 3VA3A 4HCBA 3C6HA 4M3UA 1SKRA 4H0XB 1MA9B 3LWMA 3OVNA 2HHTA 1HNWK 2UUCK 1EWRA 1BIUA 4M42A 1U2VB 3HSCA 4Z94A 4BDYA 4M3YA 3AAQA 4IBNA 3U6FA 4IEEA 2F9WA 3NE6A 2V52B 5AZJA 1NK7A 5C42A 3O3FA 3CF5L 2VG6A 2UU9K 4JK9A 2YJEA 4BGAA 2H3GX 5EOYA 4FJIA 2B5JA 5H1SQ 1YI2N 2JWKA 3ATUA 2IIRA 1IKVA 4PQUA 4KHQA 4CFAA 4C8MA 1A5WA 4CZKA 3CMEN 3MX2A 4LF4K 3MN6A 1S22A 4H4MA 1MU2A 1TKDA 2RN2A 3DLKA 3JAMO 3IUCA 4CGIA 3AO1A 4CI6A 1J5EK 3P31A 4F2SA 1JLBA 1DLOA 1D4XA 3NDKA 1IV0A 2PY5A 2PBDA 1HYVA 3SAFA 1UWBA 4HUFA 4JKHA 3ZSRA 1WLJA 1BI4A 4G1QA 4UY8O 3KK1A 3VQ5A 3R6MA 3OYHA 3WUHA 3SUQA 2KHOA 3AA3A 4YY3K 4ID5A 4O5FA 4DSJA 1B92A 4WQ5C 1ZC6A 4A5BA 4X65K 3M8SA 1SQKA 3RR7A 4CD3A 4CBXA 4FLVA 1F21A 1Q18A 4CEFA 3SV4A 3EZ5A 3FR0A 4HUEA 3G4SN 3R3LA 4JNEA 4M45A 5TKWA 3VQPA 1VSIA 2UUBK 3BEXA 2OPPA 1WOQA 2W41A 4K8XA 4LF7K 1VSJA 3KD1E 4BE2A 3SQ0A 1IKWA 2FLOA 3CPEA 5AQMA 1JL1A 3WXJA 1ILYA 1OH5A 1TL1A 4A57A 3F5TA 2QWMA 2FSKA 4BR2A 3VEZA 5LJWA 3ZSOA 4LF9K 3HPOA 1YT3A 1OH6A 1QS4A 4FWRA 2IAJA 5J2PA 1Q9XA 1I94K 4AHTA 1ZXOA 3QNNA 3AVGA 3H1VX 1O1WA 1BG3A 1RBUA 2X6SA 4HTUA 3A2FA 2PAVA 4CERA 1SL0A 1X3NA 3ID6A 3RMBA 1WSIA 4CESA 4CJQA 4FWNA 4FVMA 4DSFA 3DLLL 4FLZA 2VWBA 5AQPA 3K5OA 4CJEA 2P1JA 4AM7A 5ELZA 3AA2A 4I7FA 3VF6A 3M3ZA 2P9IA 1EP4A 4MDAA 4CIFA 1VSMA 3NF7A 3UKUA 2P9LB 2Q31A 3SJHA 1NM1A 4LFCK 5E26A 1S1UA 2QWOA 4DU4A 2A40A 5FDLA 4CJLA 2HMPA 4FYDA 5AQJA 2B6AA 1Z6RA 5GIPA 1RDWX 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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