3CJAA

Structure of rattus norvegicus ntpdase2 in complex with calcium and amppnp
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
426
structure length
419
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural insight into signal conversion and inactivation by NTPDase2 in purinergic signaling
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 2
molecule tags Hydrolase
source organism Rattus norvegicus
total genus 134
structure length 419
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2008-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cjaA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3cjaA02
3MMVA 1X3MA 1GLBG 4BR0A 2P9NB 4XH5A 1ZC6A 4E1JA 1E4GT 4FPAA 4A62A 5BRDA 3I33A 5AQKA 2A5XA 2FF6A 1JCFA 4PKHA 2A41A 2J4RA 3LL3A 1C0GA 4Z94A 3VEVA 1HJOA 3CQYA 3CJ1A 3DXKB 2ZF5O 2F9WA 1RGIA 2V51B 4FWNA 3QFUA 3WXKA 3FZLA 3HBTA 3EZWA 4BC4A 3SMPA 1KAXA 5AQIA 3A5MC 2HF4A 2GELA 4BREA 4PL7A 3VESA 4CZJA 4AM7A 1KAYA 1NMDA 4H5WA 3IMXA 1QQNA 3LDOA 1NGGA 1NM1A 3BF3A 4CZFA 4JD2A 3W3DA 3CJAA 4H5VA 1BWFO 4IJNA 4BRHA 3TU5A 3G25A 4CJ7A 4BROA 3SMSA 4CZLA 2PBDA 3UKRB 4L3QA 4PKGA 4BR9A 3CI5A 2P9LA 2V7ZA 3DJCA 4B9QA 4Y0WA 1EQYA 1GLFO 5AQFA 5AZIB 4MO5A 1D4XA 3HM8A 1S3XA 4BVPA 4CD1A 4DQ8A 2DPNA 2A42A 1DEJA 4QS8A 4YDUA 5AQTA 4ISGA 3DWLA 4EIAA 3HSCA 5AQLA 3QICA 1NGJA 4I6MB 4CBXA 3TPQA 2FSJA 4BRNA 3VF6A 3ZEUA 4A61A 4CBUA 2D0PA 1K8KB 1QHAA 1GLEG 3QMLA 1HKGA 2WUSA 2GWJA 2QWNA 1HKCA 1NGIA 1TUYA 3I8BA 4QS7A 4CZMA 3WEEB 3WXJA 5E84A 5EY4A 5FPMA 3DXMB 3D2EA 4CBWA 1WOQA 3QBXA 4FWMA 3D2FA 2QM1A 2UYTA 3P4IA 1KXPA 3FZHA 4FWPA 1BA0A 2VWBA 3CIPA 4BC3A 4EFHA 3EKUA 2ZWHA 4O5FA 3ZX2A 4CZIA 3O1WA 1ESVA 3C0BA 1Z6RA 1ZBSA 4JHDB 2HF3A 5AQNA 1YUWA 4FWRA 1OKJA 1GLDG 5AQSA 3ATUA 1C0FA 2QW9A 3B8AX 2YCHA 4NO7A 5F0XA 4BRAA 3VGMA 3S41A 2FSKA 3EN9A 3VF2A 4JNEA 3CQXA 3U8XA 4DCHA 4B1YB 5AQOA 1SZ2A 1U2VA 4FWOA 5B8HA 2BTFA 3VENA 4RWTA 3VEYA 4CZHA 3ZX3A 2GUPA 2IIRA 4H0PA 2HMPA 1MA9B 2P9NA 2Q0RA 2FXUA 3GOIA 4BR2A 5JLFA 2A40A 3QFPA 2GEMA 2Q0UA 2QWPA 5LY3A 1LCUA 2D4WA 3R6MA 4BRCA 4A2BA 1RDWX 2P9UB 4JN4A 3L4IA 2P9SB 5E26A 1NGDA 3UKUB 1BA1A 3DXKA 4PKIA 3FFKB 5AQQA 4ISFA 2P9IB 4BRDA 5BR9A 3WQUA 3QB0A 5KQDA 2P9PB 2FLOA 4B1ZA 4CZGA 2CGLA 4HTLA 2NRHA 2E8AA 3SLCA 4DHYA 4FPBA 3A8YA 4WQ5A 4WQ4A 1E4FT 3MDQA 3C7NB 4FWSA 3FR0A 3IFRA 3RSEB 4XEIA 1XUPO 2E20A 4FSVA 2I7NA 3VETA 2CH5A 3ENOA 4H0TB 3WXLA 4IZ9A 4B1XB 3UB5A 3CJ7A 1QQOA 4QS9A 3EL2A 4WYBA 2QWRA 3O08A 3UKRA 5AQYA 3FZFA 1MWKA 3ID8A 2QWMA 4NB4A 3O5BA 3H3NO 4MLHA 5AZIA 2I7PA 3QDKA 2IVOA 3W0LA 1GLCG 3SK3A 5ADXA 4FOIA 4H5RA 3VGLA 3FZKA 2VYPA 2AA4A 1GLAG 3LDLA 4IJAA 4BQZA 3KHYA 4K41A 3WXIA 4I6MA 5AFUA 3EO3A 1NLVA 2YJFA 3ULEB 4BQLA 2Q2RA 3MN9A 1X3NA 2GTDA 4BVOA 1LOTB 5EXWA 2E2NA 4YDUC 1K8KA 3GE1A 1BUPA 4BC2A 2ASMA 3O80A 5BN8A 3H1QA 4EHTA 2QWQA 5KQ8A 3WEEA 2QWOA 4FWQA 5FPNA 5JMVA 3O4WA 4BGBA 3DXMA 4M7XA 5AQGA 2D1KA 5ADXH 3VEOA 1IG8A 5KPZA 1NGEA 3SJHA 5AFUH 1H1VA 3U9ZA 4IO8A 1DGKN 2IVNA 1V4TA 2Q1NA 5AQXA 4B1VA 3F9MA 4BRPA 4JHDA 2H3GX 4GY2B 5AQHA 4H03B 1KAZA 3MN5A 1QZ6A 1SQKA 3AARA 3WT0A 1BOTO 5AQPA 3BEXA 1HUXA 2D0OA 3MCPA 5BPLA 1TYQB 2ITMA 2CGKA 3AAPA 4EAHD 2Q97A 3H1VX 3O8MA 4FOEA 3LM2A 3GDQA 3IUCA 4K43A 1QZ5A 1V4SA 3H6EA 2IVPA 3L6QA 3IDHA 5TKYA 1G99A 4BRLA 5F2RA 5AQRA 3MN7A 1NBWA 5BRHA 1HX1A 3A5LC 5AQZA 3A0IX 2A6AA 3JS6A 2W40A 4H0OA 1JCGA 5BRFA 4BR7A 1GLLO 2AP1A 3O6WA 3VF4A 5EOYA 1RFQA 4O8KA 3ZETB 3J8AA 4HWIA 2E2QA 4DB3A 4CZKA 4MLEA 1WUAA 3LDPA 4KBOA 3VGKA 2P9UA 3LM9A 4A2AA 2P9SA 1DKGD 4BG9A 2VCPA 2CH6A 3MN6A 3ATVA 5AQMA 3UKUA 4BRGA 3UE5A 3U9DA 4BR4A 4FL9A 1U6ZA 1P8ZA 2P9IA 3AY9A 5AZJB 2F9TA 4EHUA 2P9KB 4K42A 4XH1A 5F1XA 1BG3A 3ENHA 2P9PA 1T44A 4BGAA 2V52B 3L0QA 4XH4A 5JICA 3BUZB 4LC9B 2YHWA 3VEXA 3HTVA 4H0XB 4GNIA 1ZXOA 2ZGZA 3CERA 5KPTA 3C7NA 3RSEA 1MWMA 4BRMA 3VOVA 3CJBA 3BP8A 3U4LA 1HKBA 4ISEA 1Z05A 4BRQA 3CETA 4H0VB 2E88A 4WQ4C 4WQ5C 4CI6A 4MO4A 2W41A 2NLXA 3D7EO 3M3ZA 2CGJA 2Q31A 4RCHA 1S22A 1T6CA 3M6GA 3FLCO 3AAQA 1CZAN 2YI1A 3CJ9A 3QBWA 1HPMA 1QQMA 2BUPA 4M7YA 4JAXA 2HOEA 2YHXA 3FZMA 4B1UB 4RTFD 5FPEA 3DAWA 4IWVA 2ASPA 3JXUA 5BN9A 3H45C 4C23A 3FGUA 1ATRA 4JD2B 3LDNA 3ULEA 3VERA 5FPDA 5AQJA 2P9LB 3A5NC 1HLUA 1XQSC 1YXQA 1IJJA 1T6DA 3VPZA 5JLHA 1MDUB 1YAGA 2E1ZA 2NZTA 2V7YA 3VEWA 2EWSA 3MK6A 3WQTA 5I9EB 2Q36A 5EVZA 1SAZA 4CZEA 2YJEA 3KZBA 1ATSA 2ZGYA 3VEZA 2FSNA 5BPNA 3HI0A 4BRFA 3ZEUB 4FWKA 4BR5A 5BREA 4CD3A 2PAVA 4J8FA 3GBTA 4AM6A 4BG8A 2E1YA 4B1WB 4BRKA 3KVGA 3LDQA 3FE1A 3M1FA 4FO0A 5ELZA 3OHRA 3ZX0A 4PL8A 1TYQA 1Y64A 1X9JA 2YHYA 3EKSA 3BF1A 3D2EB 3HZ6A 1NGAA 3D2FB 2FF3B 3CJCA 1J6ZA 4M63C 3WUHA 1R59O 4K25A 4H5TA 4BC5A 5AQWA 1NGFA 5AQUA 1ATNA 1NGBA 1XC3A 5BPMA 5LJWA 2GWKA 1TUUA 3H46O 1YVNA 2OANA 3CHWA 3R9PA 2QXLA 3ZETA 1GLJO 3A5OC 2E2PA 2QWLA 4H5NA 1BO5O 5EX5A 4BRIA 1NGHA 5AQVA 2A3ZA 5AR0A 1BDGA 5LJVA 3H3OB 3GG4A 2KHOA 1BU6O 1U2VB 3O1BA 5KPRA 1JCEA 1Q18A 4FWLA 4F9OA 2ASOA 5CE3A 3R8EA 3GL1A 5AZJA 1NWKA 1NGCA 2P9KA 4IXCA 4H0YB 2E2OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JLEA 1GLBG 4BR0A 3AO5A 4XH5A 3MXIA 4E1JA 4LH5A 1E4GT 4A62A 3I33A 2A5XA 4FM0A 4XIUA 2E6MA 4JK9A 1WBDA 1X9SA 3OBYA 1RGIA 1BCMA 1VQ8N 3HBTA 3AA5X 3SMPA 4PL7A 4ELVA 3VESA 4AM7A 4DQIA 4PUOA 2ZE2A 3TR8A 4CE9A 3AA4A 4KTQA 2P5OA 1QQNA 4CJLA 3G71N 1NM1A 4AILC 4X64K 3V9WA 3G25A 3SMSA 2PBDA 4KKOA 2VGMA 1NK0A 3DI6A 4OPJA 3AVCA 3K0SA 4B9QA 3KKSA 1TGOA 2HHHK 1EQYA 4CIGA 4C8MA 4YOWA 1BHLA 2LSNA 1K73O 5BR8K 3HM8A 1WSJA 1YJ9N 1VQMN 4M3WA 3T7ZA 4CD1A 4FZYA 2HMIA 1RDAA 3KWGA 3AVHA 4CJSA 1QTMA 2G8FA 4DUZK 4I6MB 4BE2A 2FSJA 4BRNA 1VSIA 1VQ4N 1HPZA 3K59A 5M1FA 4A5AA 3QMLA 4FJNA 1FK9A 4RW8A 1G15A 2DFHA 3O9TA 3NF8A 4QS7A 4JKGB 1VSFA 1FKPA 3D0PA 3PV8A 3RMDA 3NGYA 2P51A 5E84A 4KI6A 3D2EA 3QBXA 3D2FA 3CPWM 4DF4A 3KTQA 2QI2A 4J2AA 4FWPA 2VWBA 3QESA 4ILHA 3EKUA 3QINA 2ZWHA 3ZX2A 1A5VA 1Z6RA 2HF3A 3EE8A 4CFAA 1OKJA 1JLGA 3TAGA 1O13A 3E9LA 1VRUA 1O1WA 1NJWA 4LFAK 3P31A 2FSKA 4DQPA 4L8RB 3VF2A 3QIOA 1K6YA 2B5JA 4B3OA 4B1YB 4JI2K 1CXQA 5GAGP 3SUQA 1SZ2A 1JL1A 4CEDA 2F8SA 4BDYA 4FWOA 3TTFA 4CFCA 3HYFA 1XHXA 3VENA 3ZT4A 1NJIO 4RWTA 3VEYA 3ZSWA 2IIRA 1BQNA 2HMPA 1MA9B 2P9NA 2FXUA 4ICLA 2A40A 3QFPA 3L4IA 4DFKA 2P9SB 1DLOA 4DR5K 1JLAA 5E26A 3UKUB 1TV6A 4CHOA 4ISFA 4DUYK 3WQUA 2VWKA 1VQ6N 4DV4K 3S3MA 3SLCA 4DHYA 2E8AA 4CEAA 3A8YA 3C7NB 3FR0A 1S1WA 1WAFA 4FZZA 3HVRA 1XUPO 3DLKA 4FYDA 3O3HA 3H08A 4I9QA 4DSKA 3CM5A 3CJ7A 4QS9A 2QWRA 3UKRA 3O5BA 4Z4HA 2XO7A 2KW4A 1XMOK 1Z25A 5AZIA 4F3TA 2KKZA 2WOMA 2IVOA 1C0TA 1M90O 4HUEA 3WNEA 3LDLA 5C2DA 3SPYA 2HHTA 2WONA 4BQLA 1RDCA 4BVOA 3AGRA 1ZBFA 3EEQA 3PIPL 1QSLA 4X66K 4AH9A 3H1QA 3P83D 1YIJN 4DV6K 1RDBA 4FWQA 4GKJK 4O0IA 5JMVA 3DXMA 3JSMA 3VTHA 5KPZA 1NGEA 3CCUN 2OPPA 4WFBL 4FK2A 5AFUH 3NE6A 1EO1A 1C0UA 4CEQA 4FVMA 4BRPA 2H3GX 2RHKA 3NMUA 4H03B 4CJTA 3MN5A 4AHTA 2G8KA 3BEXA 2D0OA 2W6LA 1TYQB 2ITMA 2CGKA 1KLMA 1NMNA 2VWJA 3AAPA 5LMNK 3O8MA 1NK8A 1QZ5A 1HYZA 3H6EA 4RW7A 2IVPA 4DR7K 5J2QA 5F2RA 4YOYA 1Q81O 1TKTA 1HX1A 3A0IX 2OCEA 3JS6A 2W40A 1KVBA 5BRFA 1GLLO 2AP1A 3QERA 1RFQA 2HVHA 3E9OA 3TANA 1J54A 4CEZA 1B92A 4CJEA 3NVMA 3NGIA 1C0MA 1I94K 3OYFA 3OYGA 4QOZB 3VGKA 5C42A 2HBMA 1OVYA 4A2AA 4CJWA 3OS2A 2PZSA 3UE5A 3U9DA 3QEVA 1ZBUA 1P8ZA 1YTAA 1Q9YA 2F9TA 1L3VA 2P9KB 4Z4EA 3LP2A 4I9LA 4M45A 3LWLA 4C1NI 1ITGA 1BG3A 3I56N 1QVGM 1KD1O 4Q5VA 2X74A 4IBNA 3BDPA 4BWJA 2G8UA 5M1PA 5KRSA 3CERA 3RSEA 2YHBA 5KGWA 2HVIA 4OPHA 3CJBA 3P1GA 3U4LA 1EKEA 4BRQA 1Z05A 3B6OA 3PSIA 4H0VB 2E88A 4WQ4C 5IT9O 4AHUA 4O5BA 1S22A 1BGXT 4H8KA 4DSLA 3CJ9A 3QBWA 3TAFA 4KHPK 3K5LA 3DAWA 4IWVA 3JXUA 4B9VA 4FM1A 3MXMA 4DTXA 1C6VA 4C23A 1ZYQA 4KAZA 4J2BA 2G8IA 4C8NA 3ULEA 5HL7L 4FLVA 2QEXN 1RTHA 3PLAA 3QEWA 2W6KA 1HLUA 4DLGA 4YOVA 3HPHA 5MLCQ 2ZJQL 2HHVA 2HNYA 3AO1A 1ZBHA 4RW4A 4EZ6A 2Q36A 5EVZA 4CZEA 2BH1A 3VQ9A 2G8VA 2ZGYA 3VEZA 3F5TA 4BRFA 4CGIA 1N33K 3AVIA 4KH5A 3UIQA 1B9FA 2IAJA 4C1NK 1RDDA 3NH0A 4AQYK 3L3UA 3V81A 4KH4A 4F8RA 5HLFA 4CF0A 3KVGA 4M3TA 4OX9K 3M8SA 1VQPN 3OHRA 1X9JA 3D2EB 3HZ6A 3CG7A 3D2FB 2PFUA 2FF3B 3OYLA 1RBUA 3THWA 4CEBA 4CW7B 3K5MA 1QSSA 3E01A 4BC5A 1Q86O 3VQQA 5AQUA 3T1HK 3QIPA 5BPMA 2EX3A 5LJWA 3NVKA 1T03A 2OPQA 1GOCA 4H4MA 3R9PA 3U3YA 4CVNE 2RF2A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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