3CM6A

Crystal structure of cell-death related nuclease 4 (crn-4) bound with er
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
294
structure length
294
Chain Sequence
HCPFDTLLILDFETTSDAANQDYPCEVIQFAIVAYDVPNDKIREDISFNKYVKPVLNRTLTKNCVDFTGIPQRSIDTADTFDVVYEQFQQWLITLGLEEGKFAFVCDSRQDLWRIAQYQMKLSNIQMPAFFRQYINLYKIFTNEMDRMGPKELSATTNIGKMNEYYDLPTIGRAHDAMDDCLNIATILQRMINMGAKVTVNELLTCCASWRRQPLVYNKEWRSSFMDAGKIFERVLPLVVTTIRAGDFRLEMYGVCRYCRKGMDVCGTSHQQTPHDLYKNEEDPIHFAKIAGYY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of CRN-4: implications for domain function in apoptotic DNA degradation
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase, apoptosis
source organism Caenorhabditis elegans
molecule keywords Cell death-related nuclease 4
total genus 87
structure length 294
sequence length 294
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2008-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3cm6A01
3CYMA 4DLGA 4Y1CA 3ZT3A 2HHSA 4F3TA 4DMNA 1QSYA 1HMVA 2F96A 5EU7A 3O3FA 4FM1A 3U3YA 3S3NA 1WAJA 4KTWA 2Z1GA 3JSMA 4EP5A 1EETA 4KI4A 1TAUA 1NK4A 4HUFA 2HW3A 3SUNA 3OYIA 2PY5A 3AVAA 2OZSA 1LW2A 5D3GA 2GV9A 4I2PA 1S1WA 4RW8A 2HNYA 4E89A 1BIUA 3QEXA 2EHGA 3QNOA 4H4MA 3MEDA 3HJFA 4B3OA 1IO2A 4M3RA 3RMDA 3OYMA 4Q5VA 1U45A 4F2RA 3ZSOA 4CFAA 2XY6A 3KD1E 4CK1A 3DLEA 4Z4CA 1HJRA 4E7JA 3AO4A 1UA1A 3HK2A 4ZTJA 4DTXA 1NK9A 5FROA 3THVA 1N5YA 1L3VA 4B9SA 3QLHA 4PQUA 2KFNA 5HLFA 4DTUA 2I5JA 4I9LA 2QKKA 4GW6A 1U4BA 1ZBUA 1A5XA 1LAVA 4J2AA 1A5VA 4O4GA 1YTAA 2B5JA 4CJUA 4FJXA 4JLHA 1XC9A 1LAWA 4AHSA 2PYLA 1BCMA 4FLTA 1RT2A 4CFCA 4CJQA 3TAFA 1RT7A 1WN7A 3CM6A 3DMJA 3MAQA 4CJRA 4HCCA 1NJWA 1LV5A 4NYFA 1YT3A 1Q9XA 3AVHA 3CFPA 1ASUA 3OYGA 3TAQA 3AV9A 4B9VA 3NH1A 4B9UA 1YTUA 2OPQA 2Q3SA 2RPIA 3QIPA 1W9HA 4FM2A 3RMCA 4B9NA 4PWDA 2XRIA 1EXQA 3DRPA 2XHBA 2ZD1A 3UIQA 4FZXC 3OJSA 4KPYA 4M41A 5FRNA 3DRRA 3KTQA 4CEBA 1DTTA 3AVBA 2Y1IA 3SQ1A 4CFBA 1RDDA 1L3SA 1GOAA 1YVUA 3NF8A 4DFJA 4CCHA 4FJ8A 4Q0BA 4E7LA 3SZ2A 3K2PA 1VRTA 4JRPA 3K5MA 2P1JA 4LD0A 3QO9A 4AILC 4FJNA 1RNHA 3ASMA 4KREA 3NGZA 4NYNA 4YFUA 3QESA 1RT5A 2Z1IA 4J2DA 2NUBA 3SUQA 1LW0A 4OPKA 1QE1A 4W5RA 3O3HA 4JRQA 2OZMA 4ELUA 2ATQA 4NCBA 1JLFA 3QEPA 2VG6A 3SPYA 1C0UA 3MECA 3TI0A 3WNHA 3S9HA 1T8EA 4YNQA 3K58A 4DTMA 4M3YA 5I3UA 1LWFA 1S1TA 4DSKA 4H4OA 3AO5A 4DTJA 1KLMA 3TAEA 1SL0A 5FDLA 4RW9A 3OYCA 3PO4A 1Y97A 2HB5A 1ZYQA 3AVJA 3AO1A 4TSXA 1RTJA 4DF8A 3QNNA 4FJGA 3M8PA 1DTQA 1KVCA 3DOKA 3IAYA 1J54A 1U04A 3WNFA 3AVKA 4OGCA 4DU3A 4CGDA 3VQAA 3M8QA 1TK0A 3HVRA 4RW7A 1S1UA 2WONA 3VQEA 4LY7A 1CZ9A 4K8XA 1JXBA 1BQMA 4LH4A 5HBMA 3T3FA 2HHTA 2G8KA 1EKEA 3HVTA 4FK0A 3QEVA 3AVLA 4W5QA 1L3TA 4KHYA 5CZ1A 4EP4A 4CGFA 2KZZA 4FJ9A 2YV0X 1Z26A 2D0CA 3A2FA 3L3VA 3LZIA 3OYKA 4JS4A 3SPZA 1K6YA 3CFRA 3TAPA 3NHGA 3DLGA 1XI1A 2G8WA 3NE6A 3B6OA 4KB0A 4DQRA 4IG3A 3PX4A 1Q9YA 3KLEA 1WSHA 2RF2A 4FJ7A 4FLZA 3QIOA 4CHZA 4QAGA 1RBVA 1NOZA 2IC3A 4FJMA 3G10A 1TV6A 4FLYA 2E6MA 3LWLA 3EYZA 3SUPA 4L8RB 4B9TA 1BGXT 1CLQA 3E01A 4Y1DA 3HPGA 3OYHA 1TKDA 3TABA 4H8KA 3LP2A 2HHVA 4KHWA 3I0SA 3AA4A 4BE2A 5CY4A 1HNVA 5J2MA 3QEWA 1TKXA 1TK8A 3KLGA 2Z1JA 5HRPA 5KI6A 4BDYA 3O4NA 1WNSA 1VSKA 4FCYA 5J2PA 3CG7A 1U49A 1ZBIA 1HYSA 5KRSA 4E3SA 4N41A 4E1NA 1LWCA 3AVGA 3V81A 4C8KA 1S1VA 3O3GA 4DTPA 1KCFA 4RW4A 5HRRA 4AHVA 3RMAA 2X74A 3L3UA 2DTUA 1SL2A 4CGHA 2XO7A 3EY1A 3V9ZA 3OS1A 1IH7A 4FZZA 3OYFA 2PZSA 4Z4FA 3B6PA 3BGRA 3PO5A 1O1WA 1A5WA 4CJ5A 1QSSA 1NK0A 4ELVA 2YNFA 4Z4HA 1C1AA 3VQ5A 2IGIA 4W5NA 3OYLA 4OGEA 3L2UA 3IG1A 3KK3A 3AO2A 4KHSA 2QXFA 1S6QA 3IRXA 5CZ2A 2RN2A 3QINA 4E7IA 2X78A 4ICLA 4M3UA 4B8AB 4CHQA 3C95A 4FW1A 1CXUA 1UAXA 3DYAA 2KTQA 1CXQA 3LAMA 4CEZA 3LAKA 3KKSA 3P1GA 4CF0A 4CF8A 4R5PA 1JLBA 3L8BA 3DLHA 3L2VA 3I0RA 1RTHA 2BANA 3VQCA 1VSEA 3CQ8A 1NK5A 3HSTB 2FBXA 2KQ2A 4OVLA 4AH9A 3C94A 4KAZA 3V9SA 3OYBA 3S3MA 4FJHA 3SV3A 2HMIA 3LDSA 1EX4A 1T03A 4KTQA 4KO0A 4LSLA 1IKVA 1VSFA 2HNZA 4I7FA 2R7YA 3TWHA 4Z4EA 4QOZB 4B8CA 1N6QA 2KZMA 1GOBA 2OA8A 4CJVA 5HP1A 3U3GA 4CJFA 5C42A 3C6UA 1U47A 1NJYA 3KK2A 1JXEA 4N56A 3OYNA 4UQGA 1S9GA 3HT3A 4DSFA 3NF7A 4KB1A 3AA2A 2G8IA 4KKOA 4CHOA 1RT4A 4BDZA 1GOCA 3SQ2A 4CECA 3MXIA 1QTMA 3CFOA 1JL1A 1I3AA 4O5BA 1C0TA 1C1BA 2B4JA 3OYDA 4LSNA 1SV5A 5I42A 1D5AA 2X6SA 4FXDA 1IKWA 4FYDA 2QK9A 3L2QA 4HVJA 2XY5A 3QERA 5HROA 2G8VA 2HHXA 3NGYA 1BI4A 4FVMA 2IDOA 3CM5A 3KLFA 3LP0A 4DTSA 3F9KA 1VSIA 4OKJA 2VWKA 5SZTA 3SQ0A 3L2RA 2OYQA 2YNHA 4E1MA 4F8RA 3SI6A 4CIEA 4KV8A 3KK1A 3SCXA 1REVA 3DLRA 4CF9A 3RTVA 4GMJB 3PV8A 1TAQA 3NF9A 4DFPA 2ZQBA 2D0BA 4O0JA 4CIGA 4Z4IA 1U48A 1WSJA 1KLNA 1Q8IA 3ISNC 3U6FA 4E19A 4ELTA 3ZSRA 1XHZA 1C6VA 2DFEA 4DTNA 1ZBLA 2GBZA 3V6DA 3HPHA 4FJLA 4DU4A 3M8RA 4CF2A 4KRFA 4O0IA 4CJKA 4AHUA 4FK2A 5JS1A 5DMRA 3RRGA 1S6PA 2YKMA 3LP3A 1QHTA 3LP1A 1KVAA 2HVHA 1NKEA 1T7PA 1JLAA 1X9SA 4B08A 4CJPA 4FK4A 3NDKA 4J2BA 4M42A 1JKHA 3VQ9A 1T05A 4OJRA 2E6LA 3AVMA 1JLQA 3ZSYA 1J5OA 2Y1JA 1NKBA 4GVMA 4O44A 1WAFA 3ZSWA 1RBSA 2WOMA 2QKBA 1EP4A 4CEOA 1UOCA 3SUOA 1RILA 3SYZA 3HO1A 1SL1A 3DLBA 3HYFA 3KIOA 4DQSA 5KTQA 4I2QA 2VG7A 4DWIA 4OKKA 2W42A 1RT1A 2FBTA 3LZJA 2P5GA 1W0HA 1J53A 4DSJA 3NH2A 1HQUA 3ZSZA 2XY8A 1NKCA 3NFAA 5HRNA 4CK2A 4BE0A 1KSPA 2F8SA 4DTOA 1KRPA 1HRHA 4KFBA 3D45A 1B92A 1RBUA 3KD5E 4HUEA 3S3OA 2OPSA 3I8DA 4C8OA 3OYEA 1RCHA 2YKNA 3HP6A 3HXMA 5E41A 4M3XA 1ZBFA 1SKWA 1BL3A 2YNGA 4CGIA 3T19A 4DQIA 5T7BA 3LWMA 3SV4A 1VRUA 4CIFA 1JLGA 1KFDA 1TKTA 1NJXA 3V9UA 1NK6A 1LWEA 1IKYA 3ULDA 5K14A 1X9MA 1HYVA 4CERA 3OVNA 3OYJA 4PY5A 1VSLA 1BQNA 2KW4A 1TGOA 1RT6A 3DLKA 1WSIA 3LPTA 2VWJA 4FLVA 2YHAA 4HUGA 3P83D 1VSHA 2YHBA 4DSLA 1VSMA 1HPZA 4DQPA 4CGJA 1RDCA 3ZSQA 3VA3A 1SUQA 4CJTA 4W5OA 4FLUA 2ITGA 4DS5A 4DU1A 3SQ4A 4DF4A 3NGIA 2D0AA 2XY7A 2YNIA 4IBNA 2ZE2A 4CEFA 4M3TA 1X9WA 3SNNA 2DFHA 4CE9A 4IG0A 3MEGA 3K59A 1RT3A 4ID1A 2Z1HA 2PYJA 2P51A 3DM2A 1VSDA 2HNDA 3KLIA 4IDKA 2ETJA 1KTQA 3ZSXA 3K5LA 4FLWA 2A1RA 3TAMA 2BE2A 3VQ7A 5C25A 1JLEA 1VSJA 1DLOA 1XWLA 2RKIA 1Z25A 4PUOA 2HHUA 4OLBA 4BACA 4RG8A 1BI4B 2B6AA 3V1QA 5SWMA 4FLXA 1TL1A 3ZCMA 3RR7A 1B9FA 2A1SA 2JLEA 1BIZA 1S5JA 3WNEA 5J2QA 3M8SA 1G15A 1JL2A 3P5JA 4HHTA 4E7HA 4NCAA 4KI6A 4CHYA 4CFDA 3PX0A 2G8HA 2HHWA 5KRTA 4E7KA 2OPPA 4CEEA 4CF1A 4QCLA 5CYQA 4FM0A 4MFBA 3ALYA 4DSIA 1ZBHA 2AJQA 3RRHA 1HNIA 1RDAA 4DQQA 1VK0A 3AO3A 4DFKA 3AA5X 4AHCA 1FXXA 4KHUA 1RTDA 3FFIA 3RMBA 5CYMA 1QS4A 3RR8A 4WE1A 3V1RA 1FKOA 3ZSVA 5KGXA 3QEIA 4ZTFA 4CHNA 3VQ8A 1C1CA 1JLCA 3NF6A 5DK5A 3PY8A 3HM9A 4M3ZA 2P5OA 4DLEA 3ZT4A 3NH0A 4FJIA 1KVBA 4OKEA 4FJ5A 4CGGA 4DS4A 3MXMA 3AVNA 3D0PA 1NK7A 1D8YA 1NK8A 3QETA 3TARA 4BWMA 3JYTA 4HTUA 5C24A 4BE1A 3BDPA 3DRSA 1C0MA 3ZT1A 1FKPA 4ID5A 3KKRA 3K57A 2FBVA 4M45A 4CEDA 1IKXA 1S1XA 4MQ3A 1TVRA 3IS9A 3PUFA 3ZT2A 4EZ6A 4F3OA 2O4IA 4CJWA 1TK5A 1SKRA 4F4KA 4IKFA 3NBPA 1WSGA 3AA3A 3MEEA 1ASWA 2O4GA 4DG1A 1RTIA 3VQ6A 3VQPA 4CJEA 4C8LA 4N76A 1XHXA 2IOCA 4NCGA 3V1OA 3EZ5A 4AHRA 2G8UA 2D5RA 1ITGA 5J2NA 4CHPA 2F8TA 4I9QA 2X6NA 4FJJA 4OPJA 2BDPA 3C6TA 4ZHRA 1I39A 4AHTA 4DFMA 3G0ZA 3O4QA 5KGWA 1F21A 2EX3A 4OLAA 2FC0A 1NJZA 1BISA 3KJVA 3VQ4A 4RW6A 1SKSA 1QSLA 1RDBA 1R0AA 3ZT0A 1S9EA 3LALA 2KFZA 5HRSA 2BGGA 4G1QA 5J1EA 4EZ9A 3H08A 1CZBA 1WLJA 2G8FA 1J9AA 2VG5A 3HP9A 3VQBA 4Z4GA 2JGUA 3TANA 1TKZA 3F73A 3AVIA 1TL3A 4B9MA 3AVFA 1KFSA 1WSEA 1QQCA 4FW2A 3VQQA 1L3UA 1FK9A 3V9XA 2IAJA 4CESA 2DFFA 3AVCA 1RBRA 4PA1A 4W5TA 1HYZA 1D9FA 3NCIA 4CEAA 4N5SA 4F2SA 3VA0A 1BCOA 2DY4A 1UWBA 3LPUA 4O55A 1IG9A 2FBYA 3WNGA 4BDPA 3OY9A 1X1PA 4K8ZA 3K5OA 5FRMA 4CEQA 3OJUA 3DOLA 1WSFA 1ASVA 4FJKA 4BWJA 3V4IA 4E0DA 4B9LA 3HL8A 3TAGA 4DTRA 2LSNA 5JS2A 3V9WA 1L5UA 4KHNA 1RBTA 4FZYA 4Z0UA 4LH5A 3HPOA 1HQEA 1D9DA 4J2EA 4C8NA 2GUIA 1B9DA 4C8MA 4HCBA 3MXJA 4IFYA 3SJJA 2IS3A 3DI6A 3T1AA 3OS0A 4N47A 1MU2A 4CK3A 3OS2A 3NAEA 3L2WA 4CJ3A 2HVIA 4DSEA 2OPRA 4KTZA 3RWUA 3KLHA 2HHQA 2E4LA 3ITHA 4IFVA 4M3WA 4CJLA 3PX6A 3K5NA 3VN5A 3LANA 4JS5A 4CJ4A 3TR8A 4XIUA 4KHQA 4CJSA 1BHLA 1NOYA 3VQDA 3OYAA 1UA0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5E26A 3RVCA 2RE2A 4DMNA 4LF5K 4F3TA 4MO5A 3U3YA 1WAJA 3TSUA 2Z1GA 3UKUA 5AQWA 4KI4A 3OBWA 1TAUA 1N36K 2HW3A 3OYIA 4BVOA 5D3GA 2GV9A 4I2PA 1YUWA 4JKCA 1JCEA 2V7YA 4E89A 3QEXA 3QNOA 3VEYA 3MEDA 1SQKA 3EZWA 4BRKA 4JI1K 4M3RA 2P9NA 4Q5VA 4H0OA 1U45A 2XY6A 4CK1A 4FL9A 1HJRA 5TKYA 4E7JA 3AO4A 4ZTJA 5FROA 3C0BA 2UXDK 3QLHA 3SBGA 4I9LA 4DV0K 1BU6O 3VERA 1TUYA 4O4GA 1BCMA 1RT2A 4CFCA 3MAQA 3DMJA 5F1XA 1LV5A 5FPDA 4DR5K 1YT3A 3TAQA 4B9VA 3QIPA 3RMCA 4B9NA 4PWDA 2XRIA 4KPYA 5BR9A 3DRRA 5M1KA 4YDUA 3SQ1A 1RDDA 2HOEA 1GOAA 3M3ZA 3K2PA 4JRPA 3K5MA 2P1JA 3BZCA 4BG8A 1RNHA 3ASMA 3NGZA 4FWMA 4J2DA 3SUQA 4W5RA 3IDHA 2ATQA 2QWMA 4YNQA 3K58A 4DTMA 5I3UA 2PBDA 5TKWA 4H03B 3TAEA 3FZHA 4BRPA 1RTJA 4DF8A 3M8PA 4BY9C 3DOKA 1U04A 3AVKA 4DU3A 3VQAA 1CZ9A 1NMDA 3T3FA 4M63C 2G8KA 1EKEA 3HVTA 3QEVA 4W5QA 4EP4A 4CGFA 1K8KA 4FJ9A 3LZIA 4YOUA 3A2FA 3L3VA 4CI6A 1K6YA 4BGAA 3NE6A 4DQRA 4IG3A 4H0TB 4H0YB 2O8EA 4FLZA 3ZX0A 1IJJA 5AQGA 3WXLA 1VQ4N 1RBVA 3G10A 1NGIA 3SUPA 1CLQA 5BRDA 4A62A 3HPGA 1TKDA 3TABA 3LP2A 2HHVA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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