3CM6A

Crystal structure of cell-death related nuclease 4 (crn-4) bound with er
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
294
structure length
294
Chain Sequence
HCPFDTLLILDFETTSDAANQDYPCEVIQFAIVAYDVPNDKIREDISFNKYVKPVLNRTLTKNCVDFTGIPQRSIDTADTFDVVYEQFQQWLITLGLEEGKFAFVCDSRQDLWRIAQYQMKLSNIQMPAFFRQYINLYKIFTNEMDRMGPKELSATTNIGKMNEYYDLPTIGRAHDAMDDCLNIATILQRMINMGAKVTVNELLTCCASWRRQPLVYNKEWRSSFMDAGKIFERVLPLVVTTIRAGDFRLEMYGVCRYCRKGMDVCGTSHQQTPHDLYKNEEDPIHFAKIAGYY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of CRN-4: implications for domain function in apoptotic DNA degradation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Cell death-related nuclease 4
molecule tags Hydrolase, apoptosis
source organism Caenorhabditis elegans
total genus 87
structure length 294
sequence length 294
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2008-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3cm6A01
4KHSA 2PZSA 4DS5A 1RT7A 2AJQA 3V1RA 3EY1A 3K58A 4CK2A 1NJZA 1RBRA 1EX4A 3CFPA 3V6DA 2RKIA 3SUOA 2D0BA 3MEGA 3HPOA 3SPYA 2DFEA 3SUPA 1DLOA 1WLJA 3L8BA 2BGGA 3AO4A 4HVJA 4ID5A 1RDDA 1KVAA 2Z1JA 4GVMA 4CGJA 2KTQA 3QIPA 1HNIA 3OJSA 3DLBA 3VQQA 2YNGA 3OYBA 3K5LA 4KI6A 4FZXC 4F3OA 3O3HA 3LWMA 5C24A 4BDYA 4C8LA 4CJRA 3P5JA 3QEVA 1U49A 1L5UA 2PYLA 3QO9A 3WNGA 2ETJA 3WNEA 4CFAA 1TK5A 4PQUA 3KLIA 3CQ8A 1Z25A 4AHUA 2VG6A 1X9SA 4KHYA 4CEFA 3OS2A 4B08A 2RPIA 4KPYA 3NH0A 1SL1A 4CJTA 1EKEA 4BACA 3QNNA 5HLFA 1YTUA 4Q5VA 3SV3A 3AVHA 4Z4IA 4W5QA 3JYTA 3IG1A 4AHCA 3LDSA 4KKOA 4BDPA 4B9NA 2P1JA 4IFYA 1X9WA 4M45A 3MECA 3T1AA 1SKRA 4PY5A 1HQEA 4GMJB 4CEQA 4F8RA 4Z4FA 4CGGA 3RWUA 3NAEA 1GOAA 3EYZA 5KI6A 3TAQA 3DRRA 3TAPA 4DU4A 4DTRA 3IRXA 4FJJA 4L8RB 1KVCA 4EP4A 1LW2A 2O4GA 4DTNA 4B8CA 4E1MA 3OYDA 2Y1IA 3LAMA 3RMBA 4FJIA 2DY4A 1UAXA 4CERA 3DLGA 2YKMA 1TV6A 1B9FA 3ZSZA 2YNHA 3FFIA 3OYIA 4FZYA 3TARA 1CZ9A 3T3FA 4ELTA 2QK9A 4PWDA 1UA0A 5FROA 3OYEA 3OYFA 4MFBA 3L2UA 3VQBA 1DTTA 3ZT1A 1S1UA 3NGZA 4KV8A 1NK4A 3OVNA 4CHZA 4IG3A 4KB0A 4CJWA 4EZ9A 3SYZA 1LWEA 4B9LA 4DFKA 5FRNA 1RT4A 2HVHA 4KFBA 1VSKA 3HSTB 2GBZA 3ZSVA 2JLEA 3LZJA 4B9MA 3LP3A 2GUIA 3SI6A 5HRSA 4ELUA 1VSIA 1FKOA 1WAJA 3AVAA 1KFDA 3KKSA 1RT5A 4DSLA 4KHUA 2XO7A 5FDLA 5HRPA 3QESA 4AHVA 3KK1A 5SWMA 3AA4A 1HYZA 4M3TA 4OVLA 3DI6A 4RW9A 2DFFA 2I5JA 4DQSA 3KLHA 1BCOA 4QAGA 3DLKA 2VG7A 1YT3A 1T05A 4KHNA 1BIZA 3RMCA 4O55A 4O0JA 1KVBA 1TAQA 3M8SA 1EETA 1HRHA 1UWBA 4KHWA 3K59A 4FYDA 4BDZA 3AV9A 3AVGA 1U45A 3AA3A 4BE1A 5HP1A 4CF1A 4CHYA 3OS0A 3QEIA 5KTQA 2OPQA 5K14A 3SQ4A 1TGOA 1LWFA 3HXMA 1QTMA 1O1WA 3WNFA 3L3UA 2R7YA 2ZQBA 4RW6A 4B8AB 4O4GA 3TAMA 1D9FA 4FCYA 1JXEA 3LWLA 4IFVA 3TABA 1SL0A 2VWJA 5SZTA 1J9AA 1C1AA 1RBSA 3VA0A 3MEDA 3V9WA 4J2EA 2HHTA 2FBVA 2HHSA 3P83D 3VQCA 3QNOA 1IG9A 2XY6A 4I9QA 2XY8A 3G0ZA 4CGFA 4F2RA 1IKXA 1W0HA 2P5GA 4M3WA 4I2QA 1RILA 4DFMA 3D0PA 1NOYA 1CLQA 2Z1IA 1ASUA 1QQCA 3RRHA 1YVUA 3JSMA 1FKPA 3IS9A 4CEEA 1SKWA 3KTQA 4OLBA 1SKSA 4LH5A 3PX4A 1SUQA 3SQ0A 4FM0A 1QE1A 1Q8IA 2KZMA 5J1EA 1WSHA 4XIUA 3OYJA 3HYFA 4F4KA 5J2NA 1WN7A 1ZBFA 4IG0A 4DMNA 1LAVA 3TR8A 2W42A 2HHVA 3QINA 5C25A 5T7BA 3O3GA 2X6NA 2OPRA 3HM9A 1DTQA 2YHBA 4DF8A 2HHQA 1T7PA 4DFPA 1JLBA 1JLCA 4DSJA 3NF7A 4BWMA 2PY5A 2KZZA 1CZBA 1VSFA 3LALA 4KTQA 2BE2A 3E01A 4CGDA 3K57A 1ZBHA 1BISA 3ASMA 1IO2A 1XHXA 3VQ6A 2D0AA 3TAEA 4DQRA 3TI0A 1XI1A 2P5OA 3AVKA 3OJUA 1C0TA 2X6SA 4ELVA 4CEDA 4CJ5A 1Q9XA 3KD5E 1KRPA 4PUOA 4W5RA 4KTZA 3OYNA 3F73A 2E6MA 2ITGA 2KFZA 3DOKA 2A1RA 2F8SA 2D5RA 2IOCA 4FJ8A 4F3TA 2QXFA 1T03A 1RTIA 2HNDA 1Y97A 4AH9A 3S3OA 1SV5A 4N56A 4DLGA 3LP1A 1VSHA 4DSIA 1S9EA 3KLGA 3K5NA 1L3VA 1NOZA 2Q3SA 4FVMA 4LD0A 2GV9A 4N76A 3S3MA 4FJHA 1ZBLA 4FK0A 4CIFA 4NYNA 3V9SA 1HJRA 2HW3A 2XHBA 5C42A 4NCBA 3UIQA 4KI4A 3QEPA 1HYSA 4FJMA 3SUNA 4KTWA 1LW0A 1I39A 1RT1A 4DWIA 1L3TA 3RMAA 4C8KA 4Y1CA 4FJNA 5DMRA 3CM5A 4FLWA 2XY5A 1J5OA 2QKBA 1IKWA 1MU2A 4CFBA 3AVFA 4E0DA 1CXUA 1TAUA 3OYAA 4DU3A 4CJVA 4DFJA 3LZIA 1TL1A 5CZ1A 4DTXA 1QSLA 3KD1E 3DM2A 4UQGA 1TKTA 1WSEA 5DK5A 1ASWA 3OYLA 5KRTA 1D9DA 2Y1JA 2Z1HA 3I8DA 4IKFA 3DRPA 4OLAA 3M8QA 2A1SA 4FLTA 1RDAA 2IC3A 2HHWA 1JXBA 2FBTA 4C8NA 3L2WA 3S3NA 1RDCA 2HB5A 3VA3A 2OZSA 2DFHA 3AVMA 4FM1A 3G10A 4QOZB 4N41A 3RMDA 1IKVA 4CHNA 4RW7A 3V9ZA 1JKHA 3O3FA 1BQMA 4I7FA 1R0AA 3TAGA 3ZSRA 1XC9A 1U4BA 1KFSA 4C8OA 2KW4A 3ZSYA 2KFNA 3SV4A 1U47A 1N6QA 4E7HA 1BGXT 3ZT4A 4JRPA 3KLEA 3ZT0A 1BL3A 2VWKA 1S5JA 1S9GA 3DMJA 3RRGA 1RTDA 3D45A 5I3UA 2Z1GA 3NF8A 3K5MA 3T19A 2XY7A 3VQ7A 3KKRA 3LP2A 3L2RA 1LV5A 2G8WA 3CG7A 1NKEA 3ALYA 3KJVA 4DF4A 3KLFA 1UA1A 3AO2A 4FJ5A 2HNZA 4DTOA 3ZSWA 4K8XA 3V9UA 1SL2A 4M3XA 1LWCA 3NCIA 1TKDA 3MEEA 3ZCMA 3CYMA 3AVLA 1HMVA 1N5YA 1L3SA 3C6UA 4M3RA 4DTPA 3SCXA 1BCMA 3SQ2A 2B5JA 4O5BA 4CGIA 1X1PA 5J2MA 3OYHA 5EU7A 3S9HA 3NBPA 3MAQA 4DG1A 4DQPA 4J2AA 4DLEA 2LSNA 4FXDA 1D8YA 2HHUA 3DLRA 1TL3A 4Z0UA 4CESA 4OPKA 1I3AA 4F2SA 3CFOA 2F8TA 1BI4B 1RTHA 4LSLA 5JS2A 1S1WA 3VQ4A 4CFDA 4B9VA 1KLMA 1C0UA 3NFAA 4WE1A 4M3YA 1VK0A 3HO1A 4B9SA 1BQNA 4FJKA 3PUFA 2G8HA 2YKNA 5HBMA 4CJ3A 1JLGA 3I0SA 3MXIA 1HYVA 1RT2A 1VRTA 1WSFA 4ID1A 4DTSA 4O44A 5CY4A 3LPUA 3CM6A 3VQ5A 3ZT3A 4E19A 3CFRA 3SZ2A 3PX0A 3SPZA 3NH2A 1KSPA 2HMIA 2B6AA 4E7IA 4FJLA 4OGCA 2X74A 2HHXA 4DTMA 4CF0A 3SUQA 3B6PA 4M42A 1WSIA 3B6OA 5CYQA 4HUFA 3NF9A 2PYJA 1TKXA 2F96A 3A2FA 4RW4A 3AO3A 1VSJA 4Z4GA 1A5XA 1Z26A 4CHQA 5E41A 4HCCA 3AVIA 1NK6A 4YNQA 1A5WA 1B92A 2YNIA 2OZMA 1NJXA 4CE9A 1HQUA 3P1GA 4LY7A 4JS4A 4E3SA 4B9TA 1JL2A 4R5PA 4KAZA 4FLVA 1WAFA 1RTJA 4OKKA 4OKEA 4BE0A 4JRQA 3HL8A 4G1QA 4CIEA 1NJWA 1S6QA 5KRSA 2OA8A 2FC0A 4YFUA 1WNSA 3RR7A 4CJLA 4NCGA 3IAYA 4CEZA 4OJRA 3MXJA 4N47A 3HP9A 2YHAA 1KTQA 1WSJA 4CF9A 2NUBA 4AHSA 1JLEA 1RBTA 2X78A 1RT3A 3NGYA 1J53A 4RG8A 4CF8A 2B4JA 3HVRA 3L2VA 2VG5A 4I9LA 1C0MA 4FK2A 4FW2A 1ASVA 4E89A 1EP4A 4KB1A 3TWHA 2G8UA 3V1OA 1S1TA 4KRFA 3QLHA 2ZD1A 2WOMA 1X9MA 3L2QA 3DYAA 2IGIA 3ITHA 2OPPA 3U6FA 1NKCA 5D3GA 1T8EA 3PX6A 3PV8A 3NF6A 1VRUA 1NKBA 3O4NA 4O0IA 3MXMA 4CCHA 2O4IA 3AA2A 2KQ2A 3V9XA 1NK5A 1S1VA 3DLEA 3HJFA 1RBVA 4N5SA 3EZ5A 3TAFA 2OYQA 2G8IA 4OGEA 3SNNA 4E7KA 2G8FA 2BANA 4CJPA 4AHRA 5J2PA 2G8KA 4CJUA 4KREA 4FLYA 4GW6A 4FLXA 1BIUA 1BHLA 3HPGA 4BWJA 4DQIA 4FJ9A 3VQDA 1YTAA 3L3VA 3VN5A 3DLHA 4NYFA 1W9HA 1F21A 1TVRA 1RT6A 4CJ4A 1IKYA 1FK9A 4CEAA 4K8ZA 2HVIA 1XHZA 3VQAA 1S1XA 1HPZA 4CK1A 1JL1A 2IDOA 3LANA 2D0CA 4CJKA 3QETA 1CXQA 1QS4A 2FBYA 1C1CA 1VSEA 5KGWA 3V81A 1FXXA 2IAJA 1L3UA 3PY8A 1LAWA 4CEBA 1QHTA 3VQ8A 4DQQA 1NK9A 4FLUA 3K5OA 2P51A 3AVBA 4KHQA 4FJGA 1Q9YA 3ISNC 4ZTFA 4J2DA 4CFCA 2WONA 1C1BA 1B9DA 4LSNA 1GOBA 3KIOA 3ULDA 4Z4HA 4CK3A 1QSYA 3LPTA 4PA1A 1NJYA 4J2BA 4DTJA 3DOLA 2QKKA 3THVA 3NGIA 4NCAA 1GOCA 1A5VA 2EHGA 3LAKA 5CYMA 4FJXA 1RNHA 1JLAA 4IDKA 3KK2A 4DSFA 4FW1A 3LP0A 4CHOA 5HRNA 4DTUA 2E4LA 3I0RA 1VSMA 3V4IA 1UOCA 1TK8A 4OPJA 4M41A 1TK0A 5KGXA 4M3ZA 3F9KA 4AHTA 3KK3A 2ATQA 4Q0BA 1KLNA 3AO5A 1JLFA 1VSLA 3HP6A 4H4OA 3VQ9A 4HHTA 3M8RA 1IH7A 1NK8A 3ZT2A 3ZSOA 1U48A 1VSDA 4HUEA 3AVCA 4Y1DA 3WNHA 4CGHA 3OYMA 3C94A 3ZSXA 2E6LA 3BGRA 1RBUA 1C6VA 4W5NA 3PO5A 3AVNA 3ZSQA 3DRSA 1BI4A 3AVJA 3VQEA 2HNYA 4DSEA 5HROA 4H8KA 1KCFA 5I42A 3NHGA 4HUGA 1REVA 1TKZA 4E7JA 1U04A 3V1QA 4H4MA 4E7LA 3PO4A 3QEXA 4DSKA 5FRMA 3AA5X 3AO1A 3U3GA 1XWLA 5HRRA 4FZZA 2DTUA 5JS1A 4KO0A 4AILC 4QCLA 4DU1A 4LH4A 4C8MA 1WSGA 5CZ2A 4FJ7A 4MQ3A 3RR8A 1EXQA 1ZBUA 4CECA 3U3YA 1HNVA 4CEOA 4M3UA 3NDKA 4TSXA 4RW8A 3C95A 4ZHRA 2ZE2A 3SJJA 2OPSA 4CIGA 3OYGA 4HCBA 1D5AA 2FBXA 4FK4A 1NK7A 1ZYQA 4EZ6A 2IS3A 3OYCA 1QSSA 3M8PA 1ZBIA 4W5TA 4IBNA 4OKJA 4Z4EA 1JLQA 2RN2A 3QEWA 4FLZA 4EP5A 3NE6A 1NK0A 3HVTA 2YV0X 3HK2A 1ITGA 1RDBA 4CJEA 3C6TA 4CJQA 4HTUA 4JS5A 1S6PA 4ZTJA 4CF2A 3H08A 2YNFA 3K2PA 4FM2A 4DS4A 3OY9A 3SQ1A 1J54A 3BDPA 2XRIA 3QIOA 3TANA 3OYKA 2G8VA 4I2PA 4E1NA 3HT3A 5J2QA 2EX3A 3QERA 4CJSA 4CHPA 4Z4CA 3HPHA 4ICLA 4JLHA 3OS1A 3VQPA 4W5OA 3O4QA 1RCHA 4CJFA 1K6YA 4BE2A 1G15A 4B9UA 2JGUA 3RTVA 2RF2A 4B3OA 3NH1A 2BDPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2AA4A 4DS5A 4IJAA 2O8CB 2F9TA 3K58A 2P9NA 1NJZA 1EX4A 3CFPA 2RKIA 3GG4A 1S72N 5AQJA 3O6WA 1WLJA 3AO4A 4HVJA 4FWNA 5LMNK 1KVAA 3H45C 3QIPA 1HNIA 3I56N 3FZMA 2QM1A 2PYLA 2BUPA 2ETJA 3WNEA 4PQUA 3NVMA 5AQZA 3CQ8A 4M7YA 4AHUA 1X9SA 3NH0A 3AVHA 4K25A 3WXIA 4Z4IA 3FLCO 2UYTA 4B1VA 3LDSA 3QB0A 4M45A 3T1AA 4Z4FA 1GOAA 4PL8A 3TAPA 4H03B 4EP4A 3JXUA 4B8CA 3O1WA 4MO4A 3TU5A 3DLGA 3GE1A 4FZYA 1TV6A 5JVGL 3ZSZA 1NGHA 2AP1A 4H5WA 4NXMK 3L2UA 3OYFA 3ZT1A 4H0XB 2D0PA 2Q31A 3LDOA 2V7YA 4EFHA 4BRFA 4DFKA 2ZF5O 1VSKA 3ZSVA 1P8ZA 3LZJA 3ID6A 3A0IX 4NLBA 3LP3A 2GUIA 4ELUA 3WEEB 2CGLA 1WAJA 3W3DA 4KHUA 2EWSA 4DSLA 2D1KA 5SWMA 3AA4A 1HYZA 3NVKA 2I5JA 3ZX2A 3KLHA 5LJWA 4QAGA 2VG7A 1YT3A 4YOYA 5LJVA 1TAQA 1EETA 4XEIA 4FYDA 4DV0K 3AV9A 3I33A 5HP1A 4CHYA 2OPQA 3CCSN 1LWFA 2WTUA 4B8AB 4O4GA 3CXCM 4B3RK 4IFVA 3J7ZO 1QQOA 2HHSA 1RBSA 2HHTA 4J2EA 4OO1J 4X64K 3TTFA 1HJOA 3FR0A 3MK6A 3HM8A 1ASUA 1QQCA 3ZEUA 5A2QO 3RRHA 4RWTA 3T1HK 1IJJA 2E2QA 1SUQA 3PX4A 2E88A 4F4KA 5J2NA 2D0OA 3CQXA 4DMNA 3O3GA 2X6NA 3HM9A 3MWPA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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