3CMAN

The structure of cca and cca-phe-cap-bio bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Peptidyl-CCA deacylation on the ribosome promoted by induced fit and the O3'-hydroxyl group of A76 of the unacylated A-site tRNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 50S ribosomal protein L2P
molecule tags Ribosome
total genus 49
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cmaN00
3CCLN 1YI2N 1QVFM 1VQ4N 5GADP 1M90O 3CC2N 3G71N 1Q81O 1VQ9N 1M1KO 1YIJN 2QEXN 1S72N 1OVYA 4WF9L 4IOAL 1YITN 3CMAN 4WCEL 3CF5L 4WFNL 1Q86O 1VQKN 4UY8O 1VQPN 3CCRN 3CCMN 1K9MO 5H1SQ 3CXCM 3CD6N 3CCVN 2ZJQL 1Q82O 1QVGM 5GAHP 2ZJPL 5DM7L 1VQNN 4WFAL 1W2BM 4IO9L 1VQON 3I55N 1K8AO 1KD1O 3DLLL 5JVGL 3G4SN 5MLCQ 3J7ZO 1YJ9N 1Q7YO 1YJWN 1KQSM 5GAEP 3PIPL 3OW2M 4IOCL 5JVHL 1YJNN 3I56N 1VQ6N 2ZJRL 3PIOL 1VQMN 2OTJN 5DM6L 1K73O 3G6EN 3CC7N 1VQ5N 3CMEN 3CPWM 2OTLN 3CCQN 3CCEN 1NJIO 1VQ7N 5GAGP 1YHQN 2QA4N 3CC4N 3CCSN 5HL7L 4WFBL 3CCJN 1VQLN 1KC8O 1VQ8N 3CCUN 1JJ2M 1ILYA 1N8RO 4U67L
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3JXUA 1RGIA 1XC3A 2HHTA 1BQNA 3HL8A 2YKMA 4J2BA 4HUEA 1QVFM 4DTMA 3QICA 3OJSA 2IS3A 3OS1A 4JD2B 1JCFA 3LDNA 4DTPA 1M1KO 4ELTA 1XHXA 5J2PA 1HRHA 1RTIA 4QS9A 4N76A 2UUBK 2O8BB 1NNEA 3LANA 1LW0A 1L3VA 1JLBA 2B5JA 1Q86O 4KAZA 4F8RA 1KVBA 4L8RB 3QLHA 3QEWA 4M7YA 4I9LA 1VSEA 2Q31A 3CCMN 3SBTA 2ETJA 3CXCM 5HLFA 1GLDG 1IV0A 4JKEA 4YNQA 3K57A 3L2QA 3BY5A 4ID1A 1RDUA 3A5OC 3AVKA 3J81O 3EO3A 1FK9A 2P9LB 4B3MK 5JMVA 2J4RA 1HYSA 1N34K 1L5UA 1BHLA 1NGGA 4GNIA 3BEXA 1T44A 1KQSM 4E7HA 3UB5A 4YDUA 5LMNK 3QB0A 2PBDA 3LDPA 4NCGA 4F3TA 1YJNN 1RTJA 4FVMA 1RDBA 2E6MA 2X74A 3VEWA 4B9SA 1KLNA 5CR4A 1U2VB 1DT9A 2HHWA 1BO5O 2A1SA 4BDYA 4Z4GA 3SV4A 3ZSQA 1VQ7N 2GEMA 2D4WA 3AVGA 3V9SA 3AVFA 1QSLA 4CIEA 4NXNK 4IEEA 1TGOA 4M3TA 1T6DA 1RBRA 2HW3A 3M6GA 1IO2A 3TAEA 3TAQA 3RTVA 3VQ5A 1Q9YA 2RN2A 3DLRA 4CZGA 4CHQA 3KD5E 1ILYA 3MXJA 3VPZA 1BWFO 3AVIA 3AVBA 4O4GA 3CCLN 3BDPA 3MDQA 3VQDA 4JS5A 2E88A 4BGBA 1N36K 2CGLA 3KLHA 4FCYA 1VQ9N 1WSHA 1IBKK 1YAGA 1N33K 3HBTA 1RBUA 3V4IA 2WBNA 4M41A 2X78A 3E9PA 3RMBA 2UXBK 3OYCA 3UKUA 3T1HK 2UU9K 3HSCA 1KXPA 3MAQA 4E1NA 3VEVA 5AQTA 4BRNA 1VRTA 4O44A 3VQ8A 4O5BA 4DSJA 1KSPA 1KCFA 3FR0A 4DV2K 1NWKA 4DWIA 3QBXA 5HRRA 4EAHD 1TV6A 4JI6K 3NF9A 1ZBUA 4CGIA 1TKZA 4CZEA 3TAFA 4WFAL 3MCAB 2YKNA 4BROA 4OPKA 2F8SA 4J2EA 4JYAK 3ZT3A 2YI1A 3E9LA 4KBOA 4GY2B 1N32K 1CXQA 2FBTA 4Y1CA 1EX4A 1NK0A 3BUZB 2ATQA 5A2QO 4ISEA 4OX9K 2RKIA 4EZ9A 3SV3A 4CK2A 2F8TA 2OANA 2AA4A 1S5JA 3AO5A 1DKGD 5EU7A 3THXA 4C8OA 2AP1A 1HJRA 4EZ6A 4FK0A 5EVZA 5BPMA 4NCAA 2HOEA 4OPHA 4KB0A 2W6LA 3M8PA 4IZ9A 3IS9A 5AQFA 3J7AP 3TPQA 1T05A 4B9QA 4FVUA 2KFNA 4W5NA 3FFIA 2V7ZA 3AVMA 2IOCA 1YVNA 5C42A 3P39A 3L8BA 3ATUA 1ZC6A 4XH1A 4ISGA 4BR7A 3W3DA 3V9XA 3EEQA 3OS0A 4C8LA 3OYLA 3CJ9A 1IG8A 3V1RA 1JLEA 3TAMA 1S9EA 1NGEA 4L3QA 2KQ2A 1NKEA 4FK2A 2E4LA 3RVCA 1REVA 1HNIA 4NYNA 3RMCA 2O8FB 3TSUA 3CJCA 3KVGA 2I7PA 3G71N 1ATRA 3P31A 2YHWA 5BN8A 1GLBG 4DQSA 4A59A 1MA9B 2O8CB 4LSLA 1CZBA 5M1OA 4EHTA 1TKDA 4Y1DA 1J6ZA 4DV7K 3NF6A 3CERA 2HBKA 4AH9A 1NJYA 3PLAA 2HNYA 4OKEA 4MLEA 3WQTA 4CEFA 1NK5A 3OYJA 4CBUA 2G8KA 2YNHA 5I3UA 3C6TA 2PY5A 1K9MO 3HPOA 4DTUA 4M3RA 4ILJA 1WNSA 1XMQK 4MDBA 4KTQA 1GLJO 4CVNE 1QSYA 2D5RA 3ZX2A 5M1KA 1IKWA 1WOQA 1K8AO 1NBWA 4BRDA 3ZEUB 1HPMA 4A61A 2Q36A 2RE2A 4CBXA 3TANA 3FFKB 3QO9A 1S1VA 3AO2A 3ULEB 3KLFA 1TYQB 2E2QA 4ZTJA 2I7NA 4CIGA 1NK8A 1KFDA 4PA1A 4DR3K 1VSFA 1NGBA 4H0OA 3J8AA 2FBYA 2NRTA 5CYMA 2UUAK 3DLHA 4CF8A 4BDPA 1N6QA 1DTQA 1JLCA 4CHPA 3LP2A 1DTTA 1RT1A 3LAKA 2P9IA 4W5RA 2IVPA 4RW4A 3R9PA 4M3YA 4X64K 3RMAA 2ITGA 3WEEB 1HKGA 4BQLA 4CJLA 1NGJA 1SKRA 4B9MA 1KRPA 3G0ZA 3M8SA 5AQWA 3CCUN 2P9PA 4BR5A 4DKWA 3CFPA 5CZ2A 3MK6A 3DRRA 3DLKA 4GVMA 3V9ZA 4FJMA 3L4QA 5JS1A 4HVJA 3ID6A 1JKHA 3ZSYA 5C12A 2A3ZA 2NRVA 5AZIB 3CPEA 1Q18A 3O9UA 3NCIA 3ENOA 2P9KB 4AM7A 2OCEA 5AQJA 1VSMA 1WAFA 3RWUA 2F96A 3SZ2A 4GVEA 3SK3A 2VWBA 4J8FA 1KLMA 3P83D 1NK6A 2FF6A 3SMPA 2PYJA 4DTXA 4BRQA 3D2FB 5JLHA 2FXUA 2QWMA 4FJ8A 4DU4A 5IWAK 3L2WA 5BPNA 1MDUB 3LDSA 1LAVA 4DTRA 2P9UB 3CG7A 5SWMA 3IMXA 3JYTA 4BRMA 1R0AA 3KKRA 2P9SB 4JRQA 2F9WA 4FM0A 3DM2A 4A2AA 2QKKA 4KI6A 1RBTA 1L3TA 2WONA 4F2RA 1XWLA 3V9UA 3SUNA 2DTUA 4WQ4C 4JI2K 4CCHA 4CHZA 3QETA 3IRXA 5BR9A 3SI6A 3HPHA 1VAZA 3OA9A 4DR2K 3KIOA 4FJ7A 3CMEN 3EKSA 3O9QA 3BGRA 3NH2A 2E20A 4LSNA 1NG9A 1K8KB 1RFQA 4DUYK 5CE3A 4LF7K 1JCEA 1NGAA 1YVUA 2ZF5O 3K59A 4CF0A 4B3TK 1Q8IA 3N4PA 2JLEA 4YOVA 4FM2A 4K25A 4DMNA 1UOCA 3JS6A 1TK5A 3HYFA 4I6MA 2HMIA 3NFAA 3EN9A 4H5WA 3O3FA 4FYDA 4CGGA 1VQ4N 2IVOA 3DOLA 4HCCA 1EP4A 4CZJA 3AAPA 3DXKA 2GWKA 5FROA 5JLFA 3WXLA 2G8UA 3DYAA 4DFKA 1IG9A 2V7YA 4JI4K 1OVYA 4CF1A 3A5LC 3K0SA 3MEDA 1W97L 5EXWA 2XO7A 1KTQA 4OPAA 3IDHA 3VTIA 2Q1NA 2W42A 1HYZA 5E26A 1RT4A 3OYIA 1NKBA 3PV8A 3ZSWA 2A5XA 2G8HA 1TUUA 4JEPA 3KK3A 4CJKA 1XMOK 1U48A 5AQMA 4XIUA 2GTDA 4CECA 3R8EA 4BG9A 3ZSRA 4EP5A 1G99A 1GLEG 1J54A 1Z6RA 1U45A 4FJNA 2FBXA 2BH1A 2HMPA 4H0YB 3RRHA 3CJBA 3OVNA 4DFJA 3TU5A 3O1WA 1WB9A 4XEIA 2UXDK 1NMDA 3AA2A 3PX0A 4PY5A 3RSEB 4Z94A 2ASPA 3LP0A 3WXKA 4LF9K 1VQ6N 2ZJRL 4JI5K 4WQ4A 1RT6A 3G6EN 2HHQA 4KPYA 2OTLN 3L0QA 4N41A 1LOTB 3K2PA 4I7FA 1GOCA 2OPQA 4Q5VA 3U6FA 3T7ZA 3HM9A 3GL1A 3U3YA 3W0LA 1W7AA 4CZLA 3THYA 3DMJA 3MN7A 3IUCA 4DTNA 3SYZA 4AF1A 2KHOA 3LZIA 1RT3A 3H45C 4OKJA 2W40A 5LMUK 4NLBA 5I9EB 3EE8A 4BVOA 1RBSA 4JHDB 4BRGA 5CYQA 4CJ3A 1BIZA 4BRAA 4HTLA 3NVKA 4FPAA 2A42A 1M90O 5KTQA 2FSNA 4DUZK 2HHUA 4HTUA 4NO7A 4CJVA 3LDOA 1W9HA 4IOAL 4JKGB 3AARA 3U9ZA 2HHHK 4FJHA 3SAFA 1LWFA 3V6DA 1T03A 4FJ9A 1ITGA 1DEJA 4LFBK 4RW7A 4CEBA 1A5VA 4CJ5A 1U49A 2UUCK 1JL1A 1SZ2A 1YXQA 1WAJA 4FJGA 4LFCK 3ZLJA 3OYDA 5ADXA 5BN9A 4QAGA 2P9NB 3CCVN 3Q7CA 1HNXK 2RF2A 1Q82O 4YY3K 3PX6A 4BE1A 2YX6A 1J53A 3J7YP 1SKWA 3QESA 2FLOA 2VGNA 2WTUA 2A1RA 4FWMA 1JLAA 4KHNA 5M1PA 2KZMA 1O13A 3HT3A 4FSVA 5GAEP 3C7NB 3THWA 3F5TA 4N47A 2QI2A 1XI1A 4FW1A 4JS4A 1NGIA 1VSJA 5CY4A 1NOYA 1VQMN 1QQOA 5DM6L 2XY5A 1K73O 2GELA 2X6SA 1HKCA 4FXDA 3PX4A 2O8DA 2Z1IA 4IEIA 4JNEA 3AVLA 4RW9A 3CCEN 1EXQA 4IG3A 1YHQN 4CFAA 4K0KK 4KHQA 4CEEA 4DQ8A 4DHYA 3L2UA 3ZETA 3SJHA 1Y97A 4KTZA 1O1WA 2P9SA 4WFBL 1VK0A 2HNZA 4YORA 5AQIA 4LF4K 2ZM6K 3VEZA 4DR1K 4OLBA 3OHRA 3EL2A 5AQYA 1S1WA 5DK5A 4NXMK 3KK7A 5LJVA 1QZ5A 2GUPA 3CETA 3I0RA 3CJ1A 5AQRA 3HZ6A 4RW8A 3VN5A 3NF8A 3DRSA 3ZCMA 4N5SA 4CD1A 3ALYA 4KHSA 2E6LA 3EZ5A 4FJ5A 3WNFA 4O0IA 1CZ9A 5JICA 4CW7B 2DFEA 1OH8A 1C0FA 4CZKA 1VSIA 1MU2A 4BQZA 1S1UA 3MECA 2ASMA 2IVNA 4CF9A 2O8EB 3O1BA 1XUPO 3LAMA 3HSTB 1RT2A 2B6AA 2LSNA 4EP4A 3QEVA 5GIOA 4MO5A 1D9FA 3WXMB 4FJIA 2QXLA 3AO3A 3PO5A 5T7BA 4CFCA 5FRNA 1BGXT 3PUFA 1WUAA 4WYBA 2E2PA 5AZJB 2YHXA 2IIRA 2OPRA 3O08A 1YUWA 4CEDA 3FZMA 3T1AA 3V9WA 4DV1K 2Z1HA 1BQMA 3EYZA 4JV5K 2XY6A 3SPZA 3PIPL 5AQHA 1U4BA 3SQ1A 1X9SA 3H46O 4B9VA 2OTJN 4JKCA 1NMNA 4E89A 3MXIA 2F9TA 2XRIA 2IDOA 1HQEA 1P90A 3O3GA 2PZSA 2OYQA 3GG4A 4BRKA 3QDKA 4DFPA 4DV3K 1NGDA 1SUQA 4YOYA 4PQUA 3U3GA 4BR4A 4IDKA 1JJ2M 5M1QA 2BANA 3NGYA 5EOYA 1CXUA 5C24A 3S41A 5C2DA 4ZTFA 3JAMO 2OZMA 3WQUA 3HXMA 4FWLA 2DPNA 3O4QA 2NNWA 4A57A 3C95A 3OYKA 3AV9A 2D0AA 4MO4A 3ITHA 3VGLA 3M3ZA 3A2FA 4B1VA 3MN9A 3IAYA 3HK2A 4WF9L 4MLHA 3B8AX 4RG8A 1L3SA 4FWOA 5AJ3K 3GOIA 1BISA 2FSKA 3CQXA 4DLEA 5AQVA 5ADXH 4CZIA 5H1SQ 3QMLA 4KRFA 3A5MC 3LPTA 3E1YA 4F4KA 3NDKA 4EFHA 1C0GA 5M1FA 4B1UB 2ZJPL 1C0MA 4FWNA 4CD3A 3U8XA 4CGHA 2Q0UA 5D3GA 1ASWA 3O3HA 1Y64A 1KD1O 4JI1K 4R5PA 3TAGA 4B9TA 5K14A 5TKYA 3SNNA 3TAPA 1ZYQA 1YT3A 1IKXA 3UKRB 1ZBSA 2ZD1A 4IKFA 1VSLA 3T1YK 3IKMA 3D6RA 3I56N 3CI5A 3K5MA 1HQUA 3BF1A 4LH5A 3DJCA 4PL8A 1B92A 3TWHA 4A5BA 3L2VA 3AGRA 1D4XA 3SPYA 3ID8A 1BA0A 3HI0A 3CYMA 4JD2A 4KHYA 3D2EB 3O80A 2VGMA 4CEZA 2HHSA 4A2BA 1ZBFA 2A6AA 5FDLA 3HJFA 5HL7L 2O8BA 4IFEA 3HVTA 1SV5A 1JLGA 1U47A 1VQ8N 4AM6A 3HO1A 4DG1A 2E1ZA 1J9AA 3ENBA 2QKBA 5C15A 4M3XA 1BI4B 3ZYYX 2BDPA 3I8BA 4C1NK 5HBMA 3BF3A 2VYPA 5AQKA 3AVJA 3RMDA 1G15A 3CC2N 4FWRA 4BGAA 2P9LA 2XY8A 3MXMA 4KHWA 1QQNA 4JAXA 5EY4A 3PO4A 2QEXN 4KHUA 4KH5A 4CZFA 1QSSA 4HHTA 4BC3A 1NOZA 1IH7A 1X9JA 2CH6A 1E4FT 1EQYA 4CE9A 4DLGA 1I3AA 1E4GT 3WNHA 1VQPN 5FLXO 1HNVA 3TTFA 3OYMA 4DV4K 3LP3A 1Z25A 5AQPA 1OKJA 4HUGA 1QS4A 2ZJQL 4H0PA 3RR7A 2NUBA 1U2VA 1KFSA 4ILHA 3WXJA 4ELVA 4E7IA 4RCHA 1VQNN 3F73A 4DQRA 4F3OA 5FPEA 1HYVA 2F4VK 1JLQA 2CGKA 3PSIA 3J7ZO 5AQLA 2XHBA 1YJ9N 4JKAA 3WXIA 4YFUA 4HCBA 4H4OA 2W6KA 4FWQA 1FJGK 2YHBA 3F9MA 2P5GA 3E66A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CCL N;  1YI2 N;  1QVF M;  1VQ4 N;  5GAD P;  1M90 O;  3CC2 N;  3G71 N;  1Q81 O;  1VQ9 N;  1M1K O;  1YIJ N;  2QEX N;  1S72 N;  1OVY A;  4WF9 L;  4IOA L;  1YIT N;  3CMA N;  4WCE L;  3CF5 L;  4WFN L;  1Q86 O;  1VQK N;  4UY8 O;  1VQP N;  3CCR N;  3CCM N;  1K9M O;  5H1S Q;  3CXC M;  3CD6 N;  3CCV N;  2ZJQ L;  1Q82 O;  1QVG M;  5GAH P;  2ZJP L;  5DM7 L;  1VQN N;  4WFA L;  1W2B M;  4IO9 L;  1VQO N;  3I55 N;  1K8A O;  1KD1 O;  3DLL L;  5JVG L;  3G4S N;  5MLC Q;  3J7Z O;  1YJ9 N;  1Q7Y O;  1YJW N;  1KQS M;  5GAE P;  3PIP L;  3OW2 M;  4IOC L;  5JVH L;  1YJN N;  3I56 N;  1VQ6 N;  2ZJR L;  3PIO L;  1VQM N;  2OTJ N;  5DM6 L;  1K73 O;  3G6E N;  3CC7 N;  1VQ5 N;  3CME N;  3CPW M;  2OTL N;  3CCQ N;  3CCE N;  1NJI O;  1VQ7 N;  5GAG P;  1YHQ N;  2QA4 N;  3CC4 N;  3CCS N;  5HL7 L;  4WFB L;  3CCJ N;  1VQL N;  1KC8 O;  1VQ8 N;  3CCU N;  1JJ2 M;  1ILY A;  1N8R O;  4U67 L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3JXU A;  1RGI A;  1XC3 A;  2HHT A;  1BQN A;  3HL8 A;  2YKM A;  4J2B A;  4HUE A;  1QVF M;  4DTM A;  3QIC A;  3OJS A;  2IS3 A;  3OS1 A;  4JD2 B;  1JCF A;  3LDN A;  4DTP A;  1M1K O;  4ELT A;  1XHX A;  5J2P A;  1HRH A;  1RTI A;  4QS9 A;  4N76 A;  2UUB K;  2O8B B;  1NNE A;  3LAN A;  1LW0 A;  1L3V A;  1JLB A;  2B5J A;  1Q86 O;  4KAZ A;  4F8R A;  1KVB A;  4L8R B;  3QLH A;  3QEW A;  4M7Y A;  4I9L A;  1VSE A;  2Q31 A;  3CCM N;  3SBT A;  2ETJ A;  3CXC M;  5HLF A;  1GLD G;  1IV0 A;  4JKE A;  4YNQ A;  3K57 A;  3L2Q A;  3BY5 A;  4ID1 A;  1RDU A;  3A5O C;  3AVK A;  3J81 O;  3EO3 A;  1FK9 A;  2P9L B;  4B3M K;  5JMV A;  2J4R A;  1HYS A;  1N34 K;  1L5U A;  1BHL A;  1NGG A;  4GNI A;  3BEX A;  1T44 A;  1KQS M;  4E7H A;  3UB5 A;  4YDU A;  5LMN K;  3QB0 A;  2PBD A;  3LDP A;  4NCG A;  4F3T A;  1YJN N;  1RTJ A;  4FVM A;  1RDB A;  2E6M A;  2X74 A;  3VEW A;  4B9S A;  1KLN A;  5CR4 A;  1U2V B;  1DT9 A;  2HHW A;  1BO5 O;  2A1S A;  4BDY A;  4Z4G A;  3SV4 A;  3ZSQ A;  1VQ7 N;  2GEM A;  2D4W A;  3AVG A;  3V9S A;  3AVF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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