3CMAN

The structure of cca and cca-phe-cap-bio bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Peptidyl-CCA deacylation on the ribosome promoted by induced fit and the O3'-hydroxyl group of A76 of the unacylated A-site tRNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 50S ribosomal protein L2P
molecule tags Ribosome
total genus 49
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cmaN00
1OVYA 3CD6N 3DLLL 1YJNN 1VQ6N 1Q81O 3PIPL 2OTLN 4U67L 2ZJRL 3CCLN 1VQPN 3CC2N 1NJIO 1VQ8N 3PIOL 1KQSM 1VQMN 5DM6L 4WFAL 1S72N 3I56N 3CCJN 1Q7YO 1VQKN 4UY8O 1VQNN 1VQ5N 2OTJN 2ZJPL 1M90O 3G4SN 4WF9L 1VQON 2QEXN 5GAEP 3J7ZO 3CMAN 1KC8O 5GAGP 1Q86O 3CF5L 3CMEN 3OW2M 1ILYA 3CCUN 5JVHL 1JJ2M 1M1KO 4IO9L 4IOAL 1QVGM 3G6EN 2QA4N 5DM7L 5GAHP 1YHQN 3CCQN 3CCSN 2ZJQL 1K8AO 3CC7N 1K9MO 3CCMN 1Q82O 1YI2N 5JVGL 1W2BM 5GADP 3CPWM 3CC4N 1VQ7N 1YIJN 3CCEN 4WCEL 5MLCQ 4IOCL 3G71N 3CXCM 1N8RO 1VQ4N 1YJWN 3CCRN 3CCVN 1K73O 1VQ9N 1YJ9N 5HL7L 1KD1O 1VQLN 1YITN 3I55N 4WFNL 1QVFM 5H1SQ 4WFBL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IEEA 5AQRA 3CD6N 3VQBA 1N6QA 1KCFA 3L4IA 2WTUA 3O9RA 1MU2A 1YTAA 2QWLA 3H3NO 3OYKA 4B1VA 4FM2A 2HNDA 3CC2N 4BC4A 4KB0A 3VF4A 3E66A 3VEZA 1YT3A 3TSUA 1DT9A 1QQCA 3QNNA 3U9ZA 4BWMA 2P9IB 3TAGA 2QKKA 4BR4A 1EQYA 1S72N 4QAGA 4BVOA 4Y0WA 1BO5O 3NGYA 5AQXA 4OGEA 2F8TA 5E84A 1X9MA 1VQNN 1LCUA 2E6MA 2KQ2A 1OH5A 4WQ5A 2OPPA 3G25A 2VG6A 2X6SA 3E9PA 3M8PA 2DY4A 3HOSA 5AQNA 1S22A 4L3QA 1U6ZA 1Q86O 1ILYA 1BHLA 2HHSA 1IO2A 3JAMO 2XY5A 4ISFA 3IUCA 1TAUA 3GBTA 4FJHA 4QS9A 2XHBA 1GLLO 3THWB 2YNFA 3H46O 4NB4A 2Y1JA 4IOAL 3KD1E 4PL7A 4ELUA 3MX2A 3CCSN 4FSVA 3VESA 1ATSA 2P9KB 1KVCA 3IAYA 2ITMA 4O8KA 3CC4N 4K8XA 1DTTA 5M1NA 4HCBA 3O80A 1QHAA 5EOYA 4BVPA 4W5OA 2Q31A 5C0YA 3HO1A 3SAFA 1QQNA 1IG8A 3O3GA 3TWHA 2HBLA 4OLBA 4IJNA 3I33A 4BG9A 4KHUA 1EX4A 4NLBA 3IMXA 1RT5A 4JHDB 5AR0A 4YOWA 4OPKA 2VWJA 1YITN 3KD5E 3AVLA 2NRTA 5M1QA 1D8YA 1RTDA 1WNSA 2P9SA 3VTIA 1VHXA 1LW2A 3IS9A 1LWCA 4DV3K 5HRNA 4FOEA 3BGRA 3BP8A 1J6ZA 2PYLA 3MN6A 1CZAN 2OTLN 5KPRA 4B3OA 1A5VA 4YDUA 3VN5A 1NGHA 2FBXA 4E1JA 3OYDA 2QK9A 3K5NA 2GUPA 3TAPA 3DYAA 3OHRA 4H8KA 3RWUA 4R5PA 4KI6A 3SJHA 2GELA 3KVGA 3TSQA 4AHVA 1X9JA 1Q9XA 3NF6A 5CZ1A 4JI1K 1TK5A 4FPAA 4GVEA 4CF1A 4XH1A 2IGIA 4R79A 1NGCA 1DGKN 1TAQA 4DV1K 2VWBA 5GAEP 4J2DA 4HVJA 4BR7A 1NLVA 4NLCA 3AVGA 3EZWA 1L3TA 3LDNA 3ZT0A 4DR3K 4WE1A 2AJQA 1E4GT 3A5OC 1HPMA 5JVHL 2WOMA 1ZBUA 2QKBA 3SJJA 2ZGZA 4FK2A 4DHYA 4O5FA 3VEOA 3SV3A 4IG3A 4M3WA 5BPNA 3AA2A 1J9AA 5AZIA 3ZSQA 3OY9A 4DR6K 4TSXA 4JI2K 4FJ5A 1A5XA 1KTQA 4JS4A 3OYHA 1XNQK 1HNXK 5BR8K 3CC7N 2DFEA 3THWA 5AQYA 3CJ1A 3LM9A 4BRDA 1JCGA 3C6TA 4O44A 2BDPA 3WNHA 1BA0A 2ASPA 3V1OA 1NKCA 4DB3A 1VQ4N 5EXWA 2OZSA 5LJVA 2HBJA 1NMDA 3EZ5A 4N76A 3NF8A 3CI5A 3JS6A 3QFPA 1X1PA 2YNHA 4FWMA 2AP1A 1RFQA 1DTQA 3BF1A 2YHYA 4W5NA 2P5GA 1T44A 1WSEA 4FPBA 4JKDA 3QFUA 1BOTO 4CJ7A 1J53A 3DI6A 1NJXA 3HT3A 3DLLL 1ZXOA 4EP5A 3ZSRA 3DRPA 4JHDA 3AA4A 4RW8A 3CCLN 3E01A 4B8CA 3L2UA 3OYBA 3AVJA 2HHUA 3GG4A 2VG7A 3HSCA 1VQMN 2G8WA 4CF0A 3F9KA 3VERA 4KB1A 1C0UA 3O9SA 1C1CA 1KAXA 3SMPA 2F9TA 2V7YA 2YKNA 3ZX3A 4HUEA 2QWOA 4UQGA 3G4SN 1JLGA 1NGIA 5BPMA 4FYDA 2BTFA 1FKPA 1NKEA 1VSKA 4A59A 1Q18A 1Y97A 5M1FA 3OYIA 2BE2A 4DR7K 3HM8A 4H0TB 3CCUN 4CK1A 3MXJA 4PY5A 3IDHA 5J2QA 2P1JA 5HRSA 3CQXA 4FWQA 3HPHA 3MN9A 4G1QA 4DLGA 1YAGA 4FJNA 4LFCK 4DSIA 3V4IA 4DTJA 1NM1A 1YI2N 2HVHA 1XI1A 4WYBA 1WSGA 5KRSA 2NLXA 1BCMA 5C24A 4FLTA 4EZ9A 1ZYQA 3EY1A 3CCEN 4WCEL 4MO5A 4F3TA 4B1ZA 4H0VB 4IOCL 5AFUA 3G71N 1RBUA 3T7ZA 3DRRA 4DSFA 3I0RA 4ISGA 1HKGA 1VQ9N 4CIEA 1WB9A 5HL7L 4KRFA 4CEDA 4BGBA 3VEVA 4KHSA 3BZKA 2E88A 4B1YB 2PAVA 2G8FA 1RTIA 3K59A 2E4LA 5AQWA 4FCYA 5JS1A 2D0BA 2NUBA 4Z0UA 3U8XA 4JK7A 4BRLA 3LP0A 3D2FB 4ID1A 1IV0A 5B8HA 3KLHA 3M8RA 2CGKA 3J80O 3MEGA 4CK2A 1SKWA 5J1EA 3A5NC 1K8KB 1IKVA 4H5NA 4ILHA 1KQSM 4M42A 1IKWA 5C2DA 3QICA 4EAHD 1NK0A 1SQKA 1IKYA 3T19A 3J7AP 3CJBA 4GKKK 4H5RA 4BC5A 1D9FA 4BRKA 3CHWA 4Q0BA 3QLHA 3RMDA 4OKEA 4B9MA 4FJXA 4FW1A 3ZETA 5SWMA 3IG1A 3LALA 4CW7B 3VA0A 5TKYA 4F3OA 3CMEN 2F96A 1VSJA 4BRAA 1ASWA 1HQEA 5AZJB 4FLYA 2Q0RA 3VQQA 1Z25A 1M1KO 4IO9L 4B9QA 1HNVA 4LH5A 4CERA 3SBGA 1B9FA 4PQUA 3ZEUB 4N5SA 3ZX0A 4FJLA 3HJFA 4IDHA 3KLFA 2B6AA 1NGBA 2J4RA 2Q1NA 3SK3A 3RMBA 4PA1A 3N4PA 1HJOA 1K8AO 3WT0A 3QEIA 2DTUA 5J2MA 2YHWA 3NF9A 5EX5A 4KH6A 4J2AA 1VQ7N 1FJGK 4Y1DA 5BRDA 4KH4A 4W5RA 3OS0A 3QEWA 3NH1A 4JKGA 4DTPA 3NH0A 1QTMA 1JXBA 2NRHA 1RBVA 1NNEA 1U48A 1YVNA 3LANA 3AO4A 2AA4A 2KFNA 1MWKA 1BISA 4KTQA 4HTLA 3W0LA 1NGEA 2P9PB 3AO1A 4DMNA 1W0HA 4CBUA 4JKBA 3UKRA 4I9QA 4W5TA 5M1PA 3CJCA 4DTRA 4BRGA 2OPQA 5M1OA 3U4LA 4FLVA 4XEIA 2ZJRL 4LSNA 4JI5K 4BRIA 3KK1A 3S41A 2HVIA 4CFBA 4H0YB 4C8MA 3CETA 3HL8A 4CZIA 3HPOA 2D0OA 1J5OA 4JS5A 1RT6A 3CM6A 3C95A 3HRGA 3KKRA 4ILGB 3D2FA 3P83D 3PY8A 1Q7YO 5HBMA 1C0TA 4E7HA 1K6YA 4GV3A 3M6GA 1U2VB 4FWPA 3OJUA 1K8KA 3I0SA 5AQHA 4IDKA 3OS1A 1N34K 4J8FA 1Q8IA 2VWKA 2NRZA 1KSPA 3VQDA 2VGNA 2GBZA 2RPIA 4CJQA 1VSLA 5AQQA 4DV7K 3RMCA 2ASMA 4YY3K 1HKCA 3DRSA 1RT1A 1U49A 1TYQA 4IXCA 3R1XA 4BR2A 4BY9C 3KK2A 3TR8A 1NGDA 3TI0A 4CEOA 1OVQA 3HI0A 4E89A 5GIOA 4DQPA 3NVMA 5IT9O 3BUZB 2D0AA 1JL2A 4CJRA 4H5VA 3H1QA 4FJGA 4YDUC 2RE2A 1ZBHA 3TAMA 3MX5A 4KV8A 3VPZA 3P38A 1S1WA 4MDAA 1EXQA 3RVCA 2P5OA 3M5RA 4C1NI 2DFFA 3JYTA 1YJWN 3O4NA 2VQEK 2ZGYA 4HHTA 5JLFA 3DXKB 2JWKA 2D0PA 1RTHA 1JCFA 1YJ9N 4CGGA 1HYSA 3OYNA 4O8UA 3CYMA 1JLFA 3ULEA 1CXUA 1ESVA 3DOLA 4BDYA 2YV0X 3ZX2A 4MQ3A 2QTDA 4PKHA 3TPQA 2BANA 4GY2B 1MA9B 1TL1A 4B9LA 1KFDA 4X65K 3PIPL 4DTNA 2E20A 4IBNA 1BUPA 4DSLA 3OYCA 4PHTX 1CXQA 4CI6A 3HM9A 3BY5A 3DOKA 3MWTA 1WAFA 1S1UA 1I3AA 4CJUA 3BEXA 4J2BA 1XMOK 2P9UB 2R7YA 1RGIA 3U3GA 1R0AA 1JCEA 3LDLA 4KHYA 4EP4A 3U3YA 3RSEB 4OPJA 4NCBA 4A5AA 1VQON 5CR4A 4HUFA 3LDQA 4FWRA 3AA5X 3Q7CA 2GX9A 2HBMA 3L6QA 1YTUA 4CF9A 3ZT4A 2A1RA 3TAEA 3VOVA 1TUYA 1RT7A 2D0CA 4DUYK 1CZBA 1EKEA 3ISNC 3SAGA 1BG3A 4DV0K 4BRCA 2E8AA 1RDCA 3EE8A 5AQPA 5FPMA 1JLCA 3E9LA 3QDKA 4CECA 3R8EA 3CCQN 3VA3A 2OYQA 4AM7A 4O4GA 3ZSYA 1RDWX 1W7AA 2F4VK 4RWTA 1BI4B 5AQFA 4M3ZA 2WUSA 4KKOA 3T69A 3VQ5A 4QCLA 5D3GA 1NJZA 1ATNA 4BROA 1NWKA 2YNIA 3AARA 5C15A 4FK0A 3UE5A 1ZBFA 3ZSVA 2OPRA 1X3MA 4H5WA 1NK7A 4DTSA 1KD1O 3WEEB 4ELTA 3SYZA 1JLBA 4KREA 2Z1HA 3RR7A 4WFNL 2O8BB 1L3VA 1G15A 3CFOA 2E1ZA 3QMLA 1MDUB 2RN2A 4HCCA 4B9NA 4CF8A 4OO1J 1NOYA 3S9HA 1SKSA 4KHWA 4LF4K 1YJNN 2IVNA 5KGWA 3WQUA 1C0MA 1LWEA 2H3GX 4KAZA 3UKUB 3F73A 2Z1JA 3LL3A 2IDOA 3D6RA 4JRPA 1T7PA 4AM6A 4CK3A 1VQ8N 2QWMA 5BPLA 3SUPA 3VEXA 5C10A 2OANA 5DMRA 3MEDA 3C6UA 4JK8A 1EWRA 1VQKN 1WSJA 1XQSC 4CFDA 4E19A 3LWMA 2QM1A 4BWJA 3AVAA 2W40A 2Z1IA 2NRXA 3NCIA 2YJEA 2OTJN 2BH1A 2IOCA 4DTUA 3GE1A 1N5YA 4C8KA 3P39A 4E1MA 1QE1A 2QXFA 5FPDA 4C8NA 3KTQA 4XIUA 1W9HA 2QWRA 3ZLJA 1BCOA 4FJIA 3RR8A 3T3FA 1VSEA 4JRQA 3NAEA 3CIPA 1SZ2A 1VSDA 4ZTFA 1WBDA 4K43A 1WUAA 1S9GA 2HHWA 2E2NA 5AQJA 2Q97A 3UB5A 4CE9A 4DS5A 3G6EN 4FO0A 2P9IA 1YHQN 3SLCA 3DLKA 4CZHA 3C7NB 4K42A 3P4IA 3FLCO 3EL2A 5JMVA 4ELVA 1HQUA 4BQLA 3UIQA 3T1AA 4IFYA 1WAJA 4Y1CA 2GWJA 4DU3A 1IJJA 3PX4A 2QW9A 2ZF5O 4F2RA 2Q36A 3KIOA 3SUQA 2F7TA 4CD1A 3DXMB 1N8RO 3FFKB 4OX9K 4CJ3A 2A1SA 3CJAA 3PX6A 4CJVA 1BI4A 3I8BA 3B6OA 5KRTA 4OGCA 4CFCA 2VQFK 3TANA 1S1TA 1VQLN 2P51A 2IVPA 3WNEA 3H45C 4JI0K 2I7NA 3LAMA 5H1SQ 3CG7A 3O4WA 2HNYA 3WEEA 4FJKA 3HSTB 2O8FB 1HYZA 1Y64A 1JXEA 2P9KA 4Z4CA 3B6PA 4CGHA 4FJ7A 1GLAG 4IO8A 3G0ZA 2UUBK 1NGAA 2X78A 5LMNK 2RF2A 2E2PA 2PBDA 2DPNA 4M63C 2XY7A 3SQ4A 4H4MA 2V51B 3F5TA 4CHQA 4LD0A 3QEVA 3EKSA 2ITGA 1HKBA 4KHNA 1EO1A 4CJ4A 3UKUA 4V19S 3KLIA 5JICA 4JEPA 2ZJPL 5ADXH 3V9ZA 4BGAA 4BQZA 3VGLA 3THVA 2G8UA 3L2VA 3VETA 3J7ZO 1BIZA 3OVNA 1BA1A 1KC8O 3MWPA 4EIAA 1X9WA 1E3MA 1ZBLA 5LJWA 4FXDA 3V9UA 3VF6A 1VRTA 1YUWA 3SZ2A 2HF4A 4M45A 3TTDA 3D7EO 1VSMA 3EYZA 1KRPA 2HHXA 3CQ8A 4XH4A 1KLMA 2FC0A 3MN5A 1RT2A 4GMJB 3D2EB 4NYNA 2ZD1A 1HPZA 2A6AA 3QIPA 4X66K 3DLHA 4AHTA 4CHOA 3WXMB 4KTZA 4RG8A 4IFEA 1XUPO 1FW6A 5GADP 3HP9A 4LF6K 4F9OA 2GEMA 2E2QA 4FVMA 3AVBA 4YHHK 3M1FA 3R6MA 4DV6K 3CCVN 2Q2RA 4K25A 3M8QA 4AILC 4DTOA 4CJKA 4QOZB 4MO4A 5CY4A 1NMNA 4X64K 1OKJA 3SUOA 3O4QA 1KVBA 4DR2K 3DXMA 4FM0A 3V9XA 4AHSA 1QSSA 1UOCA 4CJWA 2KHOA 5KQ8A 5KI6A 1QSLA 4CESA 1R59O 4JKAA 1SUQA 1Q81O 1OH6A 1OH8A 4H0PA 3HTVA 4NO7A 4AH9A 4YOUA 1BL3A 2FBVA 2P9NB 3G10A 1QS4A 4MLHA 2W42A 3SV4A 2O8FA 2QI2A 5I42A 1S5JA 4O0JA 3O9UA 2UU9K 4OVLA 1HJRA 3SAHA 3VQ7A 4BDZA 1QQMA 3DLGA 3ZSZA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1OVY A;  3CD6 N;  3DLL L;  1YJN N;  1VQ6 N;  1Q81 O;  3PIP L;  2OTL N;  4U67 L;  2ZJR L;  3CCL N;  1VQP N;  3CC2 N;  1NJI O;  1VQ8 N;  3PIO L;  1KQS M;  1VQM N;  5DM6 L;  4WFA L;  1S72 N;  3I56 N;  3CCJ N;  1Q7Y O;  1VQK N;  4UY8 O;  1VQN N;  1VQ5 N;  2OTJ N;  2ZJP L;  1M90 O;  3G4S N;  4WF9 L;  1VQO N;  2QEX N;  5GAE P;  3J7Z O;  3CMA N;  1KC8 O;  5GAG P;  1Q86 O;  3CF5 L;  3CME N;  3OW2 M;  1ILY A;  3CCU N;  5JVH L;  1JJ2 M;  1M1K O;  4IO9 L;  4IOA L;  1QVG M;  3G6E N;  2QA4 N;  5DM7 L;  5GAH P;  1YHQ N;  3CCQ N;  3CCS N;  2ZJQ L;  1K8A O;  3CC7 N;  1K9M O;  3CCM N;  1Q82 O;  1YI2 N;  5JVG L;  1W2B M;  5GAD P;  3CPW M;  3CC4 N;  1VQ7 N;  1YIJ N;  3CCE N;  4WCE L;  5MLC Q;  4IOC L;  3G71 N;  3CXC M;  1N8R O;  1VQ4 N;  1YJW N;  3CCR N;  3CCV N;  1K73 O;  1VQ9 N;  1YJ9 N;  5HL7 L;  1KD1 O;  1VQL N;  1YIT N;  3I55 N;  4WFN L;  1QVF M;  5H1S Q;  4WFB L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4IEE A;  5AQR A;  3CD6 N;  3VQB A;  1N6Q A;  1KCF A;  3L4I A;  2WTU A;  3O9R A;  1MU2 A;  1YTA A;  2QWL A;  3H3N O;  3OYK A;  4B1V A;  4FM2 A;  2HND A;  3CC2 N;  4BC4 A;  4KB0 A;  3VF4 A;  3E66 A;  3VEZ A;  1YT3 A;  3TSU A;  1DT9 A;  1QQC A;  3QNN A;  3U9Z A;  4BWM A;  2P9I B;  3TAG A;  2QKK A;  4BR4 A;  1EQY A;  1S72 N;  4QAG A;  4BVO A;  4Y0W A;  1BO5 O;  3NGY A;  5AQX A;  4OGE A;  2F8T A;  5E84 A;  1X9M A;  1VQN N;  1LCU A;  2E6M A;  2KQ2 A;  1OH5 A;  4WQ5 A;  2OPP A;  3G25 A;  2VG6 A;  2X6S A;  3E9P A;  3M8P A;  2DY4 A;  3HOS A;  5AQN A;  1S22 A;  4L3Q A;  1U6Z A;  1Q86 O;  1ILY A;  1BHL A;  2HHS A;  1IO2 A;  3JAM O;  2XY5 A;  4ISF A;  3IUC A;  1TAU A;  3GBT A;  4FJH A;  4QS9 A;  2XHB A;  1GLL O;  3THW B;  2YNF A;  3H46 O;  4NB4 A;  2Y1J A;  4IOA L;  3KD1 E;  4PL7 A;  4ELU A;  3MX2 A;  3CCS N;  4FSV A;  3VES A;  1ATS A;  2P9K B;  1KVC A;  3IAY A;  2ITM A;  4O8K A;  3CC4 N;  4K8X A;  1DTT A;  5M1N A;  4HCB A;  3O80 A;  1QHA A;  5EOY A;  4BVP A;  4W5O A;  2Q31 A;  5C0Y A;  3HO1 A;  3SAF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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