3CMAN

The structure of cca and cca-phe-cap-bio bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Peptidyl-CCA deacylation on the ribosome promoted by induced fit and the O3'-hydroxyl group of A76 of the unacylated A-site tRNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 50S ribosomal protein L2P
molecule tags Ribosome
total genus 49
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cmaN00
1KC8O 1ILYA 1N8RO 3CCRN 4WFNL 5HL7L 3CCMN 3CCQN 1YJNN 1YITN 1VQLN 2QEXN 3CCSN 5JVGL 5JVHL 1K73O 1VQ7N 4WCEL 1VQ6N 1NJIO 2ZJPL 3CC2N 4U67L 1S72N 1YHQN 1VQ9N 4WFBL 3CC4N 1M90O 1M1KO 1YIJN 3CF5L 3CMEN 1VQ8N 1VQPN 5DM7L 1VQ5N 3J7ZO 4WF9L 4IOCL 3CCVN 1Q81O 5GAHP 3PIOL 5MLCQ 3I55N 1KQSM 5GAEP 1YJWN 3CPWM 1VQ4N 3CMAN 5H1SQ 1VQMN 3CCJN 1VQON 4UY8O 1VQNN 3CD6N 4IOAL 3CCLN 2ZJRL 3CXCM 1QVFM 3I56N 1K9MO 1YJ9N 5GAGP 3DLLL 3CC7N 3OW2M 3PIPL 1W2BM 5GADP 1OVYA 5DM6L 1YI2N 2OTLN 1K8AO 2ZJQL 2OTJN 4IO9L 1Q86O 3CCEN 4WFAL 1QVGM 1KD1O 1Q82O 1JJ2M 3G6EN 1Q7YO 2QA4N 3CCUN 3G4SN 1VQKN 3G71N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FJMA 4DSKA 2O4IA 2O8EA 1IKVA 3C7NA 4KHSA 3BUZB 5AQZA 4FWKA 1VSMA 1ZBSA 3O9UA 4HTUA 1BCMA 2HHTA 1YJNN 4BC2A 3AGRA 5JMVA 4DU4A 3QFUA 2HHXA 2P9NB 4XIUA 4DFMA 2CGLA 3AA3A 2HF4A 3AVIA 3T69A 1S5JA 4LF6K 4DR1K 3VA3A 4OPKA 4U7BA 1YHQN 4DTUA 4ZTJA 1L5UA 1C0MA 2RPIA 1LWFA 2D0BA 5FPNA 2FBYA 5AJ3K 4ELVA 3CC4N 4KHUA 1DLOA 1L3TA 1M1KO 1JLGA 4M63C 1QZ5A 4BACA 3SUOA 2QWPA 3EEQA 4HCCA 3QEIA 3RRHA 2HW3A 2ETJA 2IVOA 4RCHA 4LF8K 1LW0A 2P5GA 4FWPA 3H46O 3CM6A 3RMDA 3CJBA 2QTDA 3CHWA 3SMPA 1C0GA 1XMOK 5GINA 3NGYA 4FM0A 4OLBA 2R7YA 3ZCMA 4JKBA 2E2OA 1ATRA 5LMUK 3CD6N 1QQNA 3QICA 4B1WB 3L4IA 3LZJA 5FROA 1SKSA 1EWQA 4QAGA 1E3MA 2IVNA 3ALYA 3O4QA 3T1AA 4AHUA 4LH5A 4DF4A 4B9VA 5AZJB 4JK8A 4EZ6A 4Z94A 4DR5K 2P51A 3DMJA 4CHOA 5JICA 4CI6A 4MDBA 4JK7A 4HVJA 4X66K 1ASUA 3LANA 3L3VA 5AFUH 4N76A 1TK0A 4YOXA 1GLFO 3PX0A 4QCLA 4DS5A 3JSMA 3OHRA 4M7XA 3O9SA 2E6MA 5BRDA 3S41A 1NBWA 2OPQA 4KHYA 1RT3A 5EOYA 2IIRA 1HMVA 3HYFA 2YNFA 2ATQA 5ELZA 3U4LA 3VTIA 5TKYA 1E4GT 4YY3K 3DRRA 4M7YA 1HKCA 2X6NA 3IUCA 1U2VA 3LZIA 4GKJK 2XY6A 4AF1A 4A57A 1E4FT 1JCGA 4LY7A 3CQXA 4NYFA 4KI4A 4MO4A 1VQ8N 3KWGA 1U48A 4DTPA 1TV6A 2WFBA 4RTFD 3UB5A 3RMBA 4I6MB 1KVAA 3MMVA 3VA0A 3HP6A 4J2AA 2WOMA 2OPPA 5J2NA 4LSNA 2OZSA 3RR8A 1C0UA 1BUPA 1EP4A 1EKEA 5HROA 3HJFA 4CGGA 1YTAA 5KGWA 3ZSZA 2G8VA 4RWTA 3NH1A 5LJVA 4WQ4A 3CMAN 3KJVA 1TK8A 4CGFA 3GDQA 2P9NA 5K14A 2F7TA 3QEWA 1N33K 1HRHA 4ELUA 2E6LA 3V9WA 4FYDA 1EWRA 2Q3SA 1REVA 4BR5A 3P31A 4BRMA 1TL3A 1YVUA 1XHXA 4PL8A 4WE1A 1BDGA 1RBVA 2GWKA 4K8XA 1ATSA 4YOUA 3JS6A 2FSNA 3MCPA 1IBLK 1Q9YA 3HM9A 1KSPA 4I7FA 1KD1O 2DPNA 3CQ8A 2PBDA 3LAMA 2UUAK 3SBGA 4N47A 3DLGA 1HYVA 4E1JA 5EU7A 1J6ZA 4DWIA 1WSFA 3FZLA 1WOQA 3KLFA 1XMQK 3U3YA 3D2FA 4KO0A 2GELA 1Y97A 3GL1A 3LM9A 2QWLA 4EZ9A 4BRAA 4H0YB 4HUEA 4KPYA 1EXQA 1K73O 2AJQA 2VGNA 5M1PA 3SUNA 3H45C 2HNYA 4YOYA 3BF1A 1C1CA 3R6MA 4CIEA 5FLXO 1RDBA 3FR0A 4XH4A 1VAZA 1WSEA 2PZSA 4LF7K 4OX9K 3B6OA 3B6PA 1W97L 1ZBFA 3O8MA 3V1OA 4JI8K 2ITGA 4NCGA 4EP4A 4NCAA 4KHNA 4FWNA 2A3ZA 1NGAA 1ZBLA 4AHTA 5GIOA 4DMNA 5EY4A 3DXMB 4H0PA 4O55A 4LH4A 4C8MA 3QO9A 2BH1A 2W6KA 3UKRA 4DV3K 1TKDA 1KQSM 3I0SA 3SQ0A 4C8OA 3VQ4A 1YAGA 3PO5A 1SL2A 5D3GA 4OPJA 3T19A 1JXEA 2VCPA 5KGXA 3LDSA 4N5SA 2FLOA 4F4KA 4CK2A 4M42A 2UYTA 4JAXA 3A5MC 4GV9A 1K6YA 4JS4A 2X78A 1QSYA 5I3UA 4DQRA 3AVKA 3WXJA 4A2AA 2FC0A 1NK6A 1X1PA 2HBJA 3V9UA 2EX3A 3SYZA 4B9MA 3UIQA 3WNFA 3KD1E 2QWNA 1W9HA 2OPSA 1GOCA 1KVCA 3CI5A 4H5TA 4EHTA 4BE2A 3LL3A 2O8CB 4DFPA 4YFUA 4BR9A 2IGIA 3N4PA 1IO2A 1VQKN 2PYLA 4BGAA 2HSTA 1GOAA 4YDUC 5BR8K 1SQKA 2GEMA 1NK5A 3JXUA 3MX5A 4FWSA 3AGKA 2WBNA 2WC9A 3AO1A 3EE8A 3ZSOA 3KD5E 2Q2RA 2HHWA 3BF3A 3SK3A 5C0YA 3P38A 2B5JA 1VSDA 2P9KA 3VF6A 4IZ9A 3ATVA 1LW2A 2QI2A 3AV9A 4Y1CA 4CJPA 3D7EO 4PHTX 5KQDA 2A6AA 1QTMA 1WSJA 4XH5A 1QS4A 4M3UA 3PSIA 1VQ5N 2KTQA 2NRRA 5CHIA 4H5WA 2YKNA 3WXKA 3ZT1A 4DLGA 1IBMK 2KHOA 4FJJA 1KCFA 3ZSWA 2HVIA 2YNHA 3D45A 5M1QA 4B3RK 4M3ZA 2QXLA 2E1YA 4B9NA 3ULEA 4JYAK 3M8PA 1GLEG 4RW7A 3DJCA 3O5BA 2ZQBA 3OVNA 2UUCK 2V52B 3AA2A 4CF1A 4M3YA 1RILA 1KLMA 3CCLN 4W5TA 1U4BA 3T1YK 4FOEA 2FSJA 1D4XA 2VGMA 1F21A 4JKGB 4CF2A 4FWQA 3WUHA 4FM1A 1NGBA 1RDCA 4DR7K 3V1QA 3C7NB 4ISEA 3VEXA 4DV1K 2OTLN 4L3QA 1Q9XA 2UXCK 3ZT4A 2QKKA 4JRPA 4WFAL 2A1RA 1DGKN 5BPMA 4CJSA 1NK9A 3UE5A 3S3OA 2ZF5O 1HPZA 2VG6A 1TAUA 1RDWX 4CZIA 3DXMA 4K25A 2LSNA 3HTVA 3K5NA 3AO4A 2G8HA 4EP5A 4DR2K 1NGGA 5I9EB 3L8BA 1HR0K 3CCQN 3TWHA 1X9JA 5HP1A 4DLEA 4K43A 2RKIA 3F2KA 1N6QA 5AQUA 2Y1JA 4HCBA 3THVA 3AA4A 4N41A 1GLLO 3PO4A 4CW7B 3O3GA 4FLVA 1HNWK 1S22A 3NBPA 3K5MA 3V9XA 1LAVA 3O1BA 3G0ZA 5AFUA 5FPMA 1TGOA 2ZWHA 1X9WA 3E9PA 5LL6Z 5BRFA 3KK7A 4BG8A 1NGEA 4BDYA 1NJYA 4E7KA 4CZGA 4Z4EA 1MA9B 2UXDK 3ID8A 2ASMA 1JL1A 1RTHA 1BQNA 3IRXA 2NNWA 3AVLA 2HHQA 3P5JA 1NM1A 3H1VX 3BY5A 3I55N 1Z6RA 5BR9A 5JS2A 3OYDA 3TAGA 3RMAA 2W41A 2UUBK 3LDOA 4V19S 4RW8A 1VK0A 3C94A 1CZBA 3SJHA 1BIZA 3HI0A 4DHYA 2FF3B 1NJXA 3DXKB 2G8IA 3LWLA 3K58A 2KKZA 1DTTA 4DQQA 4H0VB 5F0XA 3I56N 2X6SA 3FZMA 2GV9A 2F9WA 4X65K 4DQPA 3PIPL 4CJKA 2QWQA 1BG3A 5C12A 1S9EA 2YV0X 4WQ5C 3DOKA 3VPZA 4M45A 3SAGA 1T7PA 1TK5A 3VGKA 4IO9L 1Q86O 1LWCA 1O1WA 3KIOA 4NB4A 4CJ7A 4DSJA 1UWBA 4B3MK 4X62K 4LSLA 2KQ2A 1HKGA 5CE3A 1N34K 2NLXA 4FLYA 1SL1A 2E20A 5IT9O 4CECA 1NGFA 3CCRN 5AQJA 4KB1A 3THYB 1EQYA 3NH0A 3LPUA 3J7AP 3FGUA 1YF5L 3KZBA 4W5OA 5E41A 1DEJA 3K5LA 2OYQA 5F1XA 2ZGYA 3SPZA 1NOZA 4JKFA 5JVHL 3C95A 3KHYA 3OS1A 1T6CA 2VWBA 4JI4K 2Z1HA 4Z4GA 4OPAA 1KAYA 4H03B 4AHRA 5AQTA 1WSIA 5EX5A 1OH6A 4OGCA 1RNHA 2F96A 3SCXA 4NO7A 4E7IA 3MEEA 3V6DA 3KK1A 3CMEN 2A41A 3NF8A 4JEPA 4CK3A 5HRNA 3D0PA 3HXMA 4YOTA 3TTDA 4E1MA 2HNDA 1NG9A 1RBTA 1KFDA 4W5NA 2OANA 3MN9A 1BISA 5AQWA 3R8EA 4FJ7A 4FZYA 1BOTO 2YNGA 2IOCA 3DLBA 1O13A 2P9SA 4FK2A 2NRZA 4DUZK 3KK2A 3FE1A 3ATUA 1VQ4N 1TKTA 2VWKA 3EZ5A 1VQNN 4I2QA 2D0OA 1SL0A 2ZJRL 1RT7A 4YDUA 4FCYA 1KFSA 1QVFM 5LMNK 4O0IA 2YI1A 3I0RA 3KKRA 1BQMA 1P90A 3DLLL 5JS1A 2V7YA 4FLXA 5JLHA 4G1QA 3THWB 3D2FB 1YI2N 2D0PA 4BRQA 3ZEUB 2Q0UA 4BR2A 5SWMA 4CIFA 1RFQA 4Z4CA 5FPDA 3H3OB 4H4OA 3NVMA 2Y1IA 2B4JA 1OH8A 1Q8IA 2A42A 1LCUA 4EAHD 2FBXA 5AQSA 3VMFB 2I7PA 1N8RO 4BR0A 4JI6K 2E8AA 4BC4A 5F2RA 5HBMA 1GLDG 4CJFA 2YHXA 4DTNA 1B9DA 3SV4A 1VQ7N 2JWLA 5CR4A 3DXKA 1SUQA 3M3ZA 1NNEA 4LC9B 2BGGA 4FL9A 4BRPA 3AVHA 3LDNA 3UKRB 4DSFA 1RT5A 4DR3K 3VGMA 1NK4A 3HPHA 3KTQA 4FXDA 4DTOA 4OJRA 1QHTA 4MFBA 4ILJA 2E5LK 2D5RA 2D0CA 4L8RB 3J7ZO 2NZTA 2HHHK 4CE9A 4FW2A 2P9IB 1FJGK 1IJJA 4HTLA 4PQUA 3O9RA 4Q0BA 4BRGA 2ZM6K 5BN8A 3S9HA 4CD1A 3SBTA 4JI3K 2BUPA 4GV6A 2BE2A 1C0TA 3KLHA 3ISNC 3C6TA 3THYA 3PX4A 3OYEA 2HVHA 4BC5A 1J5EK 4J2BA 1RDUA 1VQON 1WBBA 2ZGZA 4MDAA 3VQBA 5T7BA 1Z25A 3DM2A 4IFVA 1HNXK 3CXCM 3SQ1A 2OZMA 1C0FA 5KRTA 4H5RA 4DQ8A 4FM2A 3NMUA 1TAQA 3L6QA 5TKWA 3LDQA 5M1FA 2KW4A 4FW1A 3LWMA 1V4SA 1K8AO 2IDOA 3CIPA 1HUXA 3QNOA 4JK9A 3O9TA 1ASWA 2F8SA 4LF5K 2P9KB 3J81O 1IG9A 3HVTA 3HOTA 3CQYA 3WQUA 1VSFA 1R59O 1EETA 1Q82O 4CIGA 2OCEA 3LALA 4O0JA 2RN2A 1IKYA 3M1FA 3NVKA 3ZT0A 2PFUA 2BANA 2AP1A 2GTDA 3N4QA 5HL7L 4OGEA 4A2BA 3VF4A 1KAZA 3QLHA 1J54A 4FJHA 3SV3A 3OS0A 3VF2A 3DI6A 4IWVA 1YITN 4RW4A 1VQLN 1NKBA 2QEXN 4BDPA 2E1ZA 3LP2A 4GVEA 1YTUA 1WLJA 5HRPA 3H1QA 4RG8A 3D2EB 4CEAA 4ISGA 4I9LA 3HSCA 5HLFA 3L2QA 3IS9A 5E26A 4OPHA 2HF3A 3K59A 3WT0A 4CCHA 5CY4A 3ULEB 4DR4K 3AY9A 5BRHA 2HNZA 4ICLA 4DU1A 1BCOA 3EYZA 3THWA 1R0AA 1S1XA 4YHHK 2D4WA 3ZEUA 4MO5A 4DV4K 4JKDA 1JLFA 2VYPA 5DK5A 1IV0A 4M3WA 5GAHP 5B8HA 3MCAB 4GY2B 4WQ5A 4CZLA 4J8FA 3DOLA 1IH7A 3AVMA 1QSLA 1TVRA 3QIOA 3O4WA 3ZSQA 4E1NA 1JLQA 3VEZA 4MLEA 2G8KA 4CJUA 4JI7K 1VSHA 4CJRA 1JKHA 4IEIA 4IOAL 2WONA 3VEOA 3SMSA 3LM2A 5J2QA 2V7ZA 2P9PB 1S1WA 2G8UA 1WAFA 2AA4A 2E2NA 3CFRA 1W2BM 4JI0K 1OVYA 1FXXA 4B1XB 4CZFA 3QDKA 4CBXA 4I9QA 4CZHA 3RMCA 3OYCA 1N32K 2KZZA 2WUSA 3R9PA 4ELTA 3CJ1A 3VOVA 1LAWA 3AO5A 3O9QA 1RTDA 4EHUA 2P9IA 1Q7YO 4BRDA 1L3VA 1ZXOA 1BU6O 3SQ2A 4ILHA 5KQ8A 2DY4A 4CJQA 1WNSA 3MECA 3ENOA 3TTCA 3CCMN 1N5YA 1XC3A 3DRPA 2G8FA 1K8KA 3H6EA 5AQLA 4DSLA 3SAHA 4FLTA 4LD0A 3QEXA 2F9TA 4JKHA 3DYAA 1TUYA 4LF9K 3O08A 4B1ZA 4K0KK 1LWEA 2WTUA 1VHXA 3C6HA 4DQIA 1C6VA 4B9TA 4BQLA 5LY3A 2PAVA 4M3TA 2KLAA 2VG7A 2FSKA 2RHKA 1XHZA 4CEQA 4W5RA 2Q1NA 3TAQA 1BA0A 4BRIA 2FBTA 1JCEA 1CZ9A 4IOCL 3CCVN 1D9DA 4KB0A 1NGJA 4FWOA 4DTJA 2HHVA 1T05A 5A2QO 1NGHA 4A61A 4XH1A 2NRWA 3A5OC 3QNNA 3TTFA 4QS9A 3VQCA 4KV8A 3H08A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1KC8 O;  1ILY A;  1N8R O;  3CCR N;  4WFN L;  5HL7 L;  3CCM N;  3CCQ N;  1YJN N;  1YIT N;  1VQL N;  2QEX N;  3CCS N;  5JVG L;  5JVH L;  1K73 O;  1VQ7 N;  4WCE L;  1VQ6 N;  1NJI O;  2ZJP L;  3CC2 N;  4U67 L;  1S72 N;  1YHQ N;  1VQ9 N;  4WFB L;  3CC4 N;  1M90 O;  1M1K O;  1YIJ N;  3CF5 L;  3CME N;  1VQ8 N;  1VQP N;  5DM7 L;  1VQ5 N;  3J7Z O;  4WF9 L;  4IOC L;  3CCV N;  1Q81 O;  5GAH P;  3PIO L;  5MLC Q;  3I55 N;  1KQS M;  5GAE P;  1YJW N;  3CPW M;  1VQ4 N;  3CMA N;  5H1S Q;  1VQM N;  3CCJ N;  1VQO N;  4UY8 O;  1VQN N;  3CD6 N;  4IOA L;  3CCL N;  2ZJR L;  3CXC M;  1QVF M;  3I56 N;  1K9M O;  1YJ9 N;  5GAG P;  3DLL L;  3CC7 N;  3OW2 M;  3PIP L;  1W2B M;  5GAD P;  1OVY A;  5DM6 L;  1YI2 N;  2OTL N;  1K8A O;  2ZJQ L;  2OTJ N;  4IO9 L;  1Q86 O;  3CCE N;  4WFA L;  1QVG M;  1KD1 O;  1Q82 O;  1JJ2 M;  3G6E N;  1Q7Y O;  2QA4 N;  3CCU N;  3G4S N;  1VQK N;  3G71 N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4FJM A;  4DSK A;  2O4I A;  2O8E A;  1IKV A;  3C7N A;  4KHS A;  3BUZ B;  5AQZ A;  4FWK A;  1VSM A;  1ZBS A;  3O9U A;  4HTU A;  1BCM A;  2HHT A;  1YJN N;  4BC2 A;  3AGR A;  5JMV A;  4DU4 A;  3QFU A;  2HHX A;  2P9N B;  4XIU A;  4DFM A;  2CGL A;  3AA3 A;  2HF4 A;  3AVI A;  3T69 A;  1S5J A;  4LF6 K;  4DR1 K;  3VA3 A;  4OPK A;  4U7B A;  1YHQ N;  4DTU A;  4ZTJ A;  1L5U A;  1C0M A;  2RPI A;  1LWF A;  2D0B A;  5FPN A;  2FBY A;  5AJ3 K;  4ELV A;  3CC4 N;  4KHU A;  1DLO A;  1L3T A;  1M1K O;  1JLG A;  4M63 C;  1QZ5 A;  4BAC A;  3SUO A;  2QWP A;  3EEQ A;  4HCC A;  3QEI A;  3RRH A;  2HW3 A;  2ETJ A;  2IVO A;  4RCH A;  4LF8 K;  1LW0 A;  2P5G A;  4FWP A;  3H46 O;  3CM6 A;  3RMD A;  3CJB A;  2QTD A;  3CHW A;  3SMP A;  1C0G A;  1XMO K;  5GIN A;  3NGY A;  4FM0 A;  4OLB A;  2R7Y A;  3ZCM A;  4JKB A;  2E2O A;  1ATR A;  5LMU K;  3CD6 N;  1QQN A;  3QIC A;  4B1W B;  3L4I A;  3LZJ A;  5FRO A;  1SKS A;  1EWQ A;  4QAG A;  1E3M A;  2IVN A;  3ALY A;  3O4Q A;  3T1A A;  4AHU A;  4LH5 A;  4DF4 A;  4B9V A;  5AZJ B;  4JK8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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