3CPWM

The structure of the antibiotic linezolid bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 48
2040608010012014016018001020304050
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
TI1 (3-6)AH1 (11-15)EMPTYS4 (101-103)TI2 (39-42)S2 (43-49)TI3 (51-54)AH3 (78-95)S3 (56-62)AH7 (169-180)AH4 (114-125)TII'1 (104-107)TII1 (110-113)TI4 (132-135)AH5 (140-143)AH6 (145-153)TVIII1 (157-160)3H1 (64-69)O1 (138-140)S1 (33-38)AH2 (20-29)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Ribosome
publication title Crystal Structure of the Oxazolidinone Antibiotic Linezolid Bound to the 50S Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S RIBOSOMAL RNA
total genus 48
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-04-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cpwM00
1VQLN 2ZJQL 4IO9L 4WFAL 1QVFM 1Q82O 1YJ9N 5JVHL 1JJ2M 5DM7L 5HL7L 4U67L 4IOAL 3CCLN 3G71N 1VQ9N 3CCMN 3I55N 3CCUN 1Q81O 1QVGM 2OTJN 1KQSM 1N8RO 3G4SN 1KD1O 1VQ6N 1NJIO 2QEXN 3DLLL 3J7ZO 5GADP 1VQNN 1K73O 1Q86O 5GAGP 1KC8O 4WF9L 3I56N 3CCSN 1YJNN 3CCRN 1VQ7N 3CC2N 1M90O 1YIJN 1VQ5N 3OW2M 2QA4N 4UY8O 4IOCL 1VQPN 3CPWM 5DM6L 1YJWN 5MLCQ 3CC7N 3CCVN 4WFBL 1VQ8N 1VQKN 3PIOL 1YITN 5H1SQ 1S72N 1Q7YO 5JVGL 2ZJPL 5GAEP 1VQON 1VQMN 2ZJRL 1YHQN 3CC4N 1VQ4N 4WFNL 3CCQN 1YI2N 4WCEL 5GAHP 3PIPL 1K9MO 1K8AO 3G6EN 2OTLN 1M1KO 3CCEN 3CMAN 1OVYA 3CD6N 3CF5L 3CCJN 1ILYA 1W2BM 3CXCM 3CMEN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LH5A 4BC5A 1VQLN 2NUBA 4KTQA 4IO9L 2Z1JA 4FWKA 3KVGA 4CEBA 3B6OA 4FJ7A 1RT6A 3NCIA 3DRPA 1U45A 4BR0A 1VSHA 1T44A 4B3SK 2VG6A 1JCEA 2WC9A 4CZMA 1LW2A 2Y1IA 4YOWA 3ZT0A 3A5LC 4DU3A 1WSEA 2D4WA 4K25A 3J81O 1XHXA 1N8RO 2E2QA 4O4GA 4LF5K 2QEXN 2O8CA 4FK4A 2FBXA 3FFIA 5GADP 3DM2A 4CHZA 3RR7A 4DTRA 4HVJA 3KLGA 1QS4A 3H1QA 3SMPA 3EKSA 2OA8A 3V6DA 3MXIA 1TUUA 4IWVA 4DSLA 4KO0A 3CCRN 4JKCA 3H46O 1Q18A 1YIJN 1UOCA 5CYQA 2P9KA 2BGGA 3VEWA 1HQUA 1U47A 1ZBLA 4CFCA 1Q9XA 4FJ8A 3ENOA 1SKWA 3SPZA 3MCPA 4E1NA 5HRNA 3K58A 3H08A 3CC7N 3HZ6A 2WTUA 1VQ8N 1ZBHA 3SUNA 3AO3A 1WLJA 2NRWA 3LDSA 2P1JA 1VQMN 5KPTA 4JI0K 4WFNL 1JLCA 5M1QA 5BRHA 4FZZA 1IO2A 4PA1A 4DR5K 1BOTO 4CE9A 2V52B 1HNVA 1VSMA 4W5TA 1EWRA 1JXBA 4FPAA 4O44A 3ZEUA 4BREA 4YDUC 4ELTA 4ISFA 3L4QA 3AGRA 3R6MA 1OH7A 4CHNA 3K2PA 4DFKA 4KV8A 4QS9A 3VQ6A 5AZJA 3DOKA 3TANA 4CF0A 3CMEN 3C6TA 5CR4A 3LWLA 1S6PA 4N41A 4B9MA 4CJSA 4DR3K 2XY5A 3KLIA 3L2RA 4BC3A 1JJ2M 4CD3A 1JL1A 4ZHRA 2O8BA 1NGAA 4GV3A 3E9OA 2QWQA 4PKGA 4U67L 3FZFA 4FWMA 2AJQA 3RMDA 4CIEA 2FF6A 5J2NA 1NGIA 1RDDA 1NK5A 1ZXOA 4NCGA 4EIAA 5M1OA 3VA0A 3TTFA 1TYQB 3NF6A 1HYZA 1X9MA 3ENHA 2WFBA 3AARA 1EX4A 4M3RA 1J5EK 4LC9B 5GINA 3NHGA 1FJGK 1SQKA 5J2MA 4CZKA 1RDUA 1NGBA 2QWNA 4CFDA 3A0IX 1E4GT 3MN5A 2F7TA 4BGBA 3LDOA 4Z4CA 4F2RA 1K8KA 4AHTA 5LY3A 4JKHA 1BL3A 5KRTA 4FJ9A 3C6UA 1C1AA 4IO8A 2OPQA 4JLHA 5M1PA 1BIUA 3NF8A 4RW6A 2YKMA 5AQIA 4B1YB 5BRDA 1FK9A 1T7PA 4RW8A 5H1SQ 4DV1K 3T19A 1HUXA 3ID6A 3HPOA 4IEIA 4I2PA 4CEQA 1HNIA 4B1XB 2P9IA 4FVUA 2QKKA 3VETA 1J53A 4OGEA 4B1VA 4QCLA 4QAGA 2CH6A 3IDHA 4DR1K 1Y64A 3THXB 1TAUA 1R59O 3TU5A 2WBNA 3AGKA 3EEQA 4A57A 1MU2A 2EHGA 3LAMA 3DRRA 4CZJA 1TKDA 2D0OA 3AVJA 1IH7A 4BACA 5B8HA 3QDKA 2Q2RA 4MFBA 2HBJA 5HRPA 2NRVA 3UKRB 1KFDA 4JYAK 4FJIA 4B1ZA 2RN2A 3DXKA 3NH0A 2IS3A 3CERA 3H1VX 5HRSA 4B3MK 1NOZA 1QVFM 4CGJA 4M3XA 4R5PA 5GIOA 3OYBA 3HT3A 4KHWA 3SAFA 3JXUA 4DB3A 2QI2A 5JLFA 2Q0RA 3G71N 2ZGYA 2P5GA 3WQUA 1KVAA 3ZX0A 3PO4A 3ULEA 1U4BA 2GELA 1KQSM 1KFSA 3ASMA 2HBKA 5C25A 2HNDA 3WUHA 1VSEA 3SZ2A 4OKJA 2NRTA 4X66K 3O9TA 3L4IA 4ICLA 1XNRK 3WEEB 1BI4B 5C0YA 2G8HA 1WAJA 3SUQA 3V1QA 4F3TA 4DS4A 4QS7A 5JMVA 2UXBK 2VGMA 3E9PA 4JD2A 3VEXA 1ATRA 3CQ8A 4GW6A 2JLEA 2ZF5O 1XMQK 1GLLO 2BE2A 3RMBA 3WXMB 1B9DA 1S22A 3VTHA 5KRSA 3LZJA 1J6ZA 4KI6A 1WSHA 3CCVN 4WFBL 1RTJA 3ATVA 2ZD1A 3KZBA 3KK3A 1VSFA 1S72N 1OH8A 4CIFA 3KTQA 3KKRA 4PKIA 4O55A 2RF2A 2F8SA 3VGKA 4JEPA 3SNNA 2P9SA 4AM7A 1RGIA 1GLCG 1ASWA 2NZTA 2P9NA 3PIPL 4DU4A 3HJFA 1BU6O 4A5AA 4B3TK 3SQ0A 4BWMA 3BZKA 1QQMA 5AFUA 4FW1A 4CHOA 3I0SA 3ZSVA 2HB5A 2O8EA 3QBWA 1GLJO 4DS5A 3SV3A 3AVFA 1VSKA 3FLCO 4B1UB 1RTIA 1D4XA 1SZ2A 4WQ4A 4JI1K 3SQ2A 1YVUA 2ATQA 4DUYK 3WXIA 3OYMA 4CJ3A 1S5JA 1TV6A 3W3DA 1TGOA 3MDQA 4F2SA 4CF9A 2YI1A 2WUSA 4I6MB 1NGEA 5FDLA 3KIOA 2BUPA 5DK5A 3O5BA 1Q81O 5AQMA 2HBMA 2O8FA 1RDAA 1VQ6N 2HMPA 4LF8K 3J7AP 4H0VB 2HHXA 1HPZA 3BEXA 4JKGA 4WQ5A 3TAMA 4IJAA 4BWJA 2Q0UA 4LF7K 1NK4A 4GKJK 5AQXA 3P31A 2PZSA 2QK9A 1M90O 4QOZB 3OYHA 3HM8A 4H5NA 1YVNA 4OKEA 5KPRA 1RFQA 1E3MA 5LJWA 2V7ZA 2YHYA 2E2PA 4G9ZA 1C1BA 3P5JA 2Q36A 5BPMA 1KLNA 3S3MA 3K0SA 1IJJA 1XC3A 1KAYA 1QZ5A 2ZJRL 5CY4A 4B3OA 2X6NA 1T3VA 3VENA 4KPYA 2D0AA 3AV9A 2HNZA 3PX6A 5AQGA 3G25A 3QIPA 2OTLN 4LF6K 1W9HA 1M1KO 4CD1A 1O13A 3M6GA 5AZIA 3KD5E 4K42A 4DU1A 3TAEA 1BCOA 1SS6A 1EQYA 4NO7A 3H45C 2D1KA 1XHZA 1Z26A 1VK0A 5AJ3K 1SKRA 1N33K 4IFEA 3JYTA 2FBTA 4BRNA 4E1JA 2HNYA 3LPTA 1HYVA 3ISNC 4GNIA 3LANA 3K59A 4BC4A 4OPHA 1NWKA 3K57A 3OYFA 2E20A 1KLMA 3WNHA 2OANA 1Z05A 1RT3A 2PYJA 3MAQA 1DT9A 5CYMA 4DSFA 2QKBA 2HBLA 4C8MA 4C23A 4LH4A 3VQ7A 3DWLA 4F9OA 2FF3B 1TK8A 1Z25A 2IC3A 2OTJN 3NVMA 1L3UA 3RSEB 1J9AA 3HPHA 4OLAA 5SWMA 1KAXA 2A5XA 4DTMA 4N47A 1V4SA 3TSQA 4H0YB 4H8KA 3NVKA 1WSIA 3PSFA 1WSGA 3LM9A 2A3ZA 3I56N 3G0ZA 4CJWA 1EKEA 1VQ7N 4NCAA 4NB4A 1L3SA 3CFOA 2PFUA 1DTQA 3I0RA 4DHYA 1S1WA 1RT7A 1Q9YA 1EWQA 1SL1A 1C0GA 4YORA 3PO5A 3DI6A 3VPZA 5DM6L 1U48A 1YTAA 4FOIA 4KHPK 4WE1A 1KTQA 2UUBK 1YITN 1IKYA 4DQRA 3CC4N 2DFEA 4MLHA 4WCEL 4CK2A 3CI5A 5C12A 3V9XA 5FPNA 4DTXA 4FWLA 1XWLA 4OVLA 4E7LA 2WONA 2O8CB 3VQQA 2UXDK 3TSPA 1P8ZA 3OTOK 3UKUA 1L5UA 1OVYA 3VEVA 3L2UA 1SKSA 4A2AA 3MEEA 4W5NA 2HHQA 4C8KA 1VRUA 1MWKA 3TSUA 3J8AA 5LMNK 2ZGZA 2P9KB 1TKTA 2ZJQL 3SJJA 1J54A 3NGIA 4OGCA 4DV7K 4ZTJA 3OS0A 1Q8IA 1GOAA 1EO1A 2H3GX 3CJBA 4RWTA 3GL1A 1VQ9N 2O4GA 4BG9A 3AVIA 3O4QA 5M1FA 4J2BA 1ZBIA 4MO4A 4U7BA 3PLAA 4IFVA 3SQ4A 2I7NA 1SL0A 4FJHA 3G4SN 3Q7CA 4MDAA 4DQPA 3ZSXA 3KKSA 4OLBA 1K73O 1KVCA 2E1ZA 2Z1IA 1WNSA 5AQHA 2W6KA 3VEOA 1JLQA 2D0CA 3OY9A 1VSDA 1U2VA 1X3NA 1YJNN 3BDPA 3O80A 3MWTA 2F9WA 1SV5A 1N34K 4HCCA 4W5RA 3VA3A 4EP4A 3CJAA 3QINA 1H1VA 4YFUA 3E9LA 5BPNA 4OPKA 3LWMA 4CJ7A 1NOYA 5MLCQ 3MN7A 2FSNA 1KCFA 4CEAA 4CGFA 4IDKA 1YHQN 1ATNA 1RBSA 4JI5K 5J1EA 2FBYA 1G15A 3IS9A 3TARA 1CXQA 5LJVA 4DSIA 3ZYYX 3ZSWA 1LWCA 2O4IA 4FO0A 4B9TA 1K8AO 4PL7A 2RE2A 1ZBUA 5AQVA 4EAHD 2PY5A 3I8BA 3TR8A 4CJEA 3E01A 5K14A 5BN8A 4HUEA 4DLGA 3CCEN 4BDPA 2W41A 3BZCA 5KTQA 5I9EB 2YHXA 1ITGA 4DV2K 2A41A 4DV5K 4JKDA 3LP3A 4EHTA 1QHTA 3HPGA 3SMSA 1NGJA 3FE1A 3J7YP 4FWQA 3DAWA 3A2FA 3CJ7A 4M41A 3T3FA 4IBNA 1A5WA 2YJFA 1HJRA 3HBTA 3UE5A 4BE2A 2UU9K 5FPDA 5BR9A 4Z94A 1WBBA 4FLZA 2BDPA 4H5WA 3TWHA 1YT3A 3HSCA 5JVHL 5AFUH 5I42A 2IVNA 5DM7L 5HL7L 3DXMA 2P9LA 1W97L 1X1PA 4GV9A 1RDBA 5E84A 3HO1A 2QWPA 4HTLA 1ZBFA 1IG9A 4BRCA 4KHYA 4FXDA 2PBDA 3DLEA 5JS1A 4CJLA 4EHUA 3QEPA 1C0MA 2P9IB 5C10A 3VQBA 4ELVA 1T6DA 2E6MA 3RR8A 3CPEA 2W40A 1U6ZA 4Z0UA 1Q86O 4BRLA 5TKWA 4GMJB 3ID8A 4DTOA 4KHQA 4K43A 3C6HA 3C0BA 4JRPA 4BRFA 4JK7A 3D2EA 4JS5A 5HLFA 4EZ9A 3AO5A 3BGRA 2QWLA 4FJNA 3NF9A 3VERA 3ZSOA 2QWRA 1SUQA 1ZYQA 4NXNK 5JICA 5C24A 3T1HK 3EE9A 5AR0A 5AQLA 2OPRA 3UIQA 3QMLA 2IIRA 2GX9A 3DXKB 5SZTA 3IRXA 3EE8A 2G8KA 4BR7A 3K5OA 4NLBA 4HWIA 1DKGD 2ZJPL 3F9KA 5C2FA 1BG3A 4JI4K 4B8CA 4DV0K 1HRHA 3DRSA 4DSKA 2KZMA 4DTJA 4I7FA 1FXXA 3B6PA 4KFBA 2JWLA 3ULEB 4OPAA 4E7HA 3G6EN 1OH6A 2EX3A 2GTDA 4FM1A 2NLXA 3S3NA 2A6AA 2XY8A 4CERA 4ID5A 1QSLA 1NJXA 3CF5L 4OO1J 3A8YA 1TVRA 3OA9A 2HVHA 4CJ4A 4DG1A 3O4WA 2DFFA 4JD2B 3U9ZA 4DV6K 3M8RA 2B5JA 3AVKA 5ELZA 3SQ1A 1C6VA 1G99A 3R8EA 1YJ9N 3DLKA 3HSTB 5ADXA 4HHTA 4M3YA 3THYA 1C1CA 3TAFA 1Y97A 3K5LA 4DWIA 2VGNA 5AQNA 5HROA 3AA5X 4NLCA 3U6FA 4JI2K 4BDYA 3QESA 4KH6A 3W0LA 1IKVA 2P9SB 1NJIO 4C1NI 3L3UA 4F8RA 3TABA 1VQNN 2P9NB 4CEOA 4CEEA 1RILA 4FWNA 1E4FT 4IOXA 2CGLA 3CFPA 5I3UA 3R1XA 2DY4A 4YOXA 3FZHA 2B4JA 4Q5VA 4CJVA 3D2FA 1S1UA 1NGDA 4DR2K 1ZC6A 1RTDA 5FROA 5AQWA 1TYQA 3CC2N 5EU7A 5FRNA 4AILC 1SL2A 3HOTA 2V7YA 4YOYA 2NRRA 3DYAA 1HNXK 1EP4A 4UY8O 3DLRA 3OYCA 4YY3K 1P90A 3OYEA 3OYLA 3C7NA 3LZIA 2OZMA 1A5VA 2CGKA 3C6AA 3MXJA 4TSXA 1KVBA 2KFZA 3O6WA 1RT1A 3FZKA 1Q7YO 5F1XA 3VGMA 3VQPA 3KLFA 4CFAA 5BPLA 3LP2A 4DQSA 1D9DA 3THWA 4V19S 1YAGA 2JGUA 1W7AA 4AQYK 4HTUA 4E7IA 4IEEA 1RBTA 1NJYA 1UAXA 1JLEA 4DQQA 4LY7A 2P51A 4CESA 2O8FB 2FBVA 4FL9A 2RKIA 3WT0A 2GV9A 4HUFA 3PX0A 2OCEA 4KTZA 4ISEA 3OBYA 4JKGB 3CMAN 2I5JA 3THXA 1FW6A 1NMNA 2HHHK 3QNNA 2OYQA 2YNGA 1S9EA 4DFMA 1T6CA 4Z4FA 3NFAA 4B1WB 1R0AA 1BISA 2YNFA 4GVEA 5LMUK 4CJ5A 5CHIA 1ATSA 3D7EO 4WFAL 3WXKA 4J2EA 5AQYA 1GOCA 4C8LA 1EXQA 4M63C 5HOOA 2G8WA 4KB1A 3OYGA 4X64K 5C15A 2G8VA 3CCUN 1FKOA 3GE1A 4M3UA 3ULDA 1QVGM 4BG8A 4CZIA 4RTFD 2D5RA 1HNWK 4RW4A 4JKAA 1VHXA 2FLOA 1N5YA 2VG5A 1S9GA 5FPMA 1BUPA 4J2DA 1NKEA 2R7YA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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