3CQYA

Crystal structure of a functionally unknown protein (so_1313) from shewanella oneidensis mr-1
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
GMNKAYYIGLMSGTSMDGVDAVLVDFAGEQPQLIGTHTETIPTHLLKGLQRLCLPGTDEINRLGRLDRSVGKLFALAVNNLLAKTKIAKDEIIAIGSHGQTVRHMPNLEVGFTLQIGDPNTIATETGIDVIADFRRKDIALGGQGAPLVPAFHQQTFAQVGKKRVILNIGGIANITYLPGNSEEVLGFDTGPGNTLIDAWVQQVKNESYDKNGAWAASGKTDPQLLAQLLSHPYFSLAYPKSTGRELFNQAWLEQQLSAFNQLNEEDIQSTLLDLTCHSIAQDILKLAQEGELFVCGGGAFNAELMQRLAALLPGYRIDTTSALGVDPKWAEGIAFAWLAMRYQLGLPANLPAVTGASREAILGGRFSAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The structure of a functionally unknown protein (SO_1313) from Shewanella oneidensis MR-1.
rcsb
molecule keywords Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
molecule tags Transferase
source organism Shewanella oneidensis
total genus 120
structure length 370
sequence length 370
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.170: Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase.
pdb deposition date 2008-04-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03702 AnmK Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cqyA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cqyA01
3P4IA 2CH5A 4A61A 1SZ2A 4BRCA 4WYBA 3WUHA 2Q0UA 4BQLA 5EVZA 4PL8A 1MWMA 2GWKA 2YJEA 3EKSA 3GG4A 1NGIA 5AQSA 3VEZA 4BRDA 4MO4A 2ZGZA 3VGMA 5BPMA 1NGFA 2P9KB 4M7YA 1X3MA 4JNEA 1U2VB 1GLLO 3VOVA 1X9JA 1Y64A 4C23A 3UKUA 2D4WA 1G99A 3ZETB 2P9PB 5BREA 1EQYA 1MWKA 2BUPA 3U9ZA 4JAXA 3VESA 2Q31A 4CZJA 1S3XA 3MCPA 4CZGA 4H0VB 4PL7A 3CJAA 2V7ZA 2A41A 5BPLA 4H0OA 1GLCG 1QQMA 1GLEG 3CQYA 1R59O 2F9TA 2P9KA 3M1FA 1Q18A 3CERA 3EN9A 3L0QA 4FO0A 5FPDA 1BWFO 1HX1A 2ZWHA 3MN9A 5ADXA 1TYQA 3CJBA 2P9PA 2IVPA 1V4SA 2PBDA 3FZFA 4FWSA 1HKGA 3A5LC 3WXLA 3FR0A 2VWBA 3ZX2A 4J8FA 2HMPA 3H1VX 5BRFA 1KAZA 3VEVA 2Q97A 2QWLA 1LOTB 3VETA 3WXJA 3D2EA 1HPMA 3H3NO 2HOEA 4LC9B 1MDUB 1NMDA 5BR9A 3DJCA 2ASMA 1ESVA 3VENA 1BUPA 4CBWA 4BROA 4EHTA 4BRLA 2W41A 4BC5A 4QS7A 3CHWA 5ELZA 3VERA 4K41A 1T44A 3VEWA 4F9OA 1Z6RA 5LY3A 2YI1A 4E1JA 2CGKA 4GNIA 1BO5O 5AZJB 3KVGA 3C7NB 2CH6A 4JN4A 4BGAA 1TUYA 2QWRA 4O5FA 3VPZA 4NO7A 3UKRB 2Q1NA 1QQOA 5KPTA 4JHDB 4K42A 3IUCA 3QB0A 4CJ7A 5EY4A 4CZEA 5AQOA 1E4GT 4MO5A 5I9EB 1NGDA 1ZXOA 2NRHA 3GOIA 1T6DA 3CJ7A 2E2PA 3HSCA 3VEXA 1GLDG 4H0PA 4XEIA 4I6MA 4H0YB 5AQWA 5FPNA 1H1VA 4FWOA 4BC4A 2VYPA 1HUXA 5AQMA 4H5RA 3ID8A 3CETA 4MLEA 4RCHA 2D0PA 2ASPA 2A5XA 2P9IB 1HKBA 2KHOA 3ENHA 5AQJA 5AZJA 3C7NA 5JMVA 3BUZB 3ENOA 2P9UA 2QWPA 5AQZA 3SLCA 4FPAA 4B1XB 1ATRA 4CZLA 5AR0A 2P9NB 3UKRA 4B1UB 4CI6A 2V7YA 4JHDA 2V51B 4XH4A 5BN9A 4M63C 2I7NA 3A5NC 3ZEUB 4DHYA 2HF4A 4BR4A 1SQKA 4EFHA 1P8ZA 2GTDA 3DXMB 3FE1A 1ATNA 3FZLA 3S41A 4EHUA 5EX5A 1YAGA 3H46O 3QDKA 4CBUA 4AM6A 1YXQA 4H03B 1GLFO 4QS9A 3H6EA 1BA1A 5AQHA 3SK3A 3CI5A 2P9SB 3ULEB 4HTLA 4BRPA 2W40A 2QWOA 1KXPA 2P9LB 3D7EO 1C0GA 5AQKA 2P9NA 3SJHA 1XUPO 2FF3B 2Q2RA 4BR2A 4RWTA 3HBTA 1RFQA 4H5TA 5AZIB 3JS6A 1QZ6A 2E2NA 2AA4A 3LDQA 4BRQA 5AQVA 1C0FA 3O6WA 3LM9A 1BG3A 4BREA 3VEOA 3GDQA 2YHWA 1XQSC 3DXMA 1U2VA 1NBWA 3DWLA 1HKCA 3KZBA 5EXWA 3M3ZA 5TKYA 5AQXA 2E2OA 3R9PA 3ZETA 2P9SA 3GE1A 3LL3A 5LJWA 3ULEA 3M6GA 3U8XA 3WT0A 4BC2A 3GL1A 3ATVA 4CD1A 5F1XA 3ZX0A 5E84A 2P9LA 4B1ZA 4WQ4C 4BRHA 4RTFD 1NWKA 4M7XA 5AQTA 3H3OB 4QS8A 4FOIA 1RGIA 2QM1A 4XH5A 5AZIA 5AFUH 4BC3A 2E1ZA 5KQDA 5AQYA 1TUUA 3QBWA 3BF3A 4FWMA 4BRFA 3AY9A 5FPMA 1XC3A 3HM8A 2EWSA 1QZ5A 2FSKA 5AQFA 4WQ4A 3O1BA 4BGBA 3IFRA 4FL9A 4IJNA 4IXCA 3FGUA 2AP1A 4CZIA 3WEEB 1GLAG 4FWKA 1NM1A 3AAPA 3C0BA 4EAHD 3EZWA 4HWIA 4AM7A 3I33A 4IZ9A 3MN6A 4CZFA 4BR7A 5BPNA 3A5MC 2GUPA 2ZGYA 3KHYA 1NGJA 3O80A 2I7PA 4DQ8A 3A0IX 3BP8A 3HTVA 3LDPA 3FZKA 3VF4A 3I8BA 2NZTA 1U6ZA 5AQUA 3L6QA 4H5WA 5E26A 1LCUA 1KAXA 3QICA 3ATUA 2QWNA 3J8AA 1DKGD 4GY2B 2A42A 3RSEB 1NGCA 2D0OA 5F2RA 3BEXA 5AQLA 4KBOA 1BDGA 1JCEA 2E2QA 2A3ZA 2ITMA 4A2AA 1NGHA 2YHYA 1GLBG 1X3NA 2UYTA 5JLFA 5BRDA 3CQXA 1BOTO 2FXUA 5AQIA 4H5VA 3GBTA 1JCGA 1JCFA 4H5NA 2QW9A 2YJFA 1GLJO 1D4XA 4DB3A 4L3QA 1ZC6A 3MN7A 3UKUB 2Q0RA 4DCHA 1T6CA 3TU5A 5LJVA 5AFUA 4K43A 1YVNA 4BQZA 4H0XB 3H45C 3RSEA 2F9WA 3SMPA 3LM2A 4B1WB 2P9IA 1CZAN 3HI0A 3B8AX 4JD2B 4MLHA 4BRIA 2E20A 3D2FB 4BR9A 2VCPA 4BR5A 3IDHA 5JICA 3AAQA 1KAYA 2Q36A 4BRNA 5AQNA 5FPEA 3DAWA 3TPQA 4PKIA 3L4IA 4BRKA 3QBXA 2QWQA 2GEMA 4FWPA 3MK6A 5EOYA 1WOQA 3ZEUA 5F0XA 3A8YA 2V52B 1Z05A 4CZHA 2J4RA 5AQGA 1TYQB 4K25A 3QFPA 3VF2A 3IMXA 3LDNA 1RDWX 4IWVA 3EO3A 4CBXA 2YHXA 3U4LA 4WQ5C 4ISEA 2YCHA 1QHAA 3FZHA 5JLHA 2H3GX 4JD2A 1QQNA 3UE5A 3D2FA 3LDOA 3D2EB 2QWMA 5KPRA 3FFKB 3QMLA 4BR0A 4BRAA 4WQ5A 4A62A 3FZMA 4O8KA 3QFUA 1MA9B 5BRHA 1NLVA 3CJCA 2CGJA 3LDLA 5CE3A 3W0LA 1SAZA 4FPBA 2IVOA 3WXIA 3HZ6A 3MMVA 3H1QA 3CJ1A 4B1VA 3U9DA 2QXLA 4FWNA 3WQTA 4BVPA 3VGKA 1NGEA 4PKHA 1IJJA 2FF6A 3F9MA 2E88A 4BRMA 1DEJA 2A40A 3DXKB 3SMSA 3O08A 2GWJA 2ASOA 3R6MA 3UB5A 3VEYA 1V4TA 4BVOA 1NGGA 4FSVA 4PKGA 4YDUC 3O8MA 1HLUA 3W3DA 4A2BA 1K8KB 3VGLA 1YUWA 3EL2A 2DPNA 2BTFA 1OKJA 2ZF5O 1E4FT 4I6MB 3FLCO 3OHRA 3EKUA 2A6AA 4Y0WA 5B8HA 2HF3A 1BA0A 1ZBSA 5AQRA 4YDUA 4EIAA 3CIPA 3CJ9A 1ATSA 3O4WA 2IVNA 3VF6A 5KQ8A 2IIRA 1IG8A 4BG8A 3O1WA 2WUSA 5BN8A 3DXKA 1S22A 2P9UB 3WXKA 5KPZA 1HJOA 3WEEA 3A5OC 3MDQA 1DGKN 4IJAA 4ISGA 1WUAA 4CD3A 4CZKA 4Z94A 4FWQA 2CGLA 4IO8A 2FLOA 4FWLA 2NLXA 5AQQA 3O5BA 1K8KA 4B1YB 3AARA 1NGBA 3BF1A 5ADXH 1NGAA 3G25A 2E8AA 2OANA 4FWRA 4FOEA 2E1YA 4CZMA 4NB4A 1J6ZA 3WQUA 1BU6O 3MN5A 3JXUA 4H0TB 4BRGA 2FSJA 3ZX3A 2GELA 4BG9A 3R8EA 2PAVA 2FSNA 2D1KA 4B9QA 4XH1A 5AQPA 4ISFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1D9DA 4CGDA 3P4IA 1XMOK 4EP5A 3SI6A 1WBBA 4ILGB 4LF9K 3VQ9A 3WUHA 2Q0UA 4BQLA 3D6RA 3NF8A 4B9SA 2GWKA 1Q9YA 4AHTA 1NGIA 4BRDA 2ZGZA 5BPMA 2VQEK 3KKRA 2P9KB 4YOWA 3NGYA 1S5JA 5BR8K 1IKYA 1B9DA 3VOVA 3SV4A 4DSIA 1Y64A 5T7BA 4C23A 3TAEA 2BDPA 2P9PB 4DV4K 2RPIA 4C1NK 4GVMA 3D45A 1RDDA 3U9ZA 3KKSA 3VQ5A 4JI3K 3BDPA 3O9RA 4DUZK 2HVHA 1C6VA 1JLEA 3MCPA 3G10A 4W5RA 2UUCK 4H0VB 3CJAA 3SUNA 3IS9A 3TAMA 2F9TA 3M1FA 3OYAA 4E1MA 3KTQA 1VK0A 4Z4GA 3CC7N 4AHSA 4YOVA 2ZWHA 3KWIA 4BACA 2OZSA 4LF5K 1V4SA 2PBDA 3A5LC 3EYZA 3WXLA 3V1OA 3NF9A 4JEPA 1ASUA 4J8FA 1VQ9N 2GUIA 2GX9A 5GAGP 4DLEA 3LANA 3VETA 3AA2A 5LL6Z 5BR9A 5TKWA 4AHUA 3E9OA 4BC5A 1HNZK 2DFEA 5ELZA 1X9MA 4J2DA 1RT5A 4JN4A 3ZT4A 1CLQA 5I42A 4O5FA 2YNFA 4DFMA 5KPTA 3VA0A 5AQOA 4NYNA 4FLWA 1ZXOA 2NRHA 3V6DA 1GLDG 3SCXA 3FFIA 4XEIA 4I6MA 4JKEA 3LP3A 4FWOA 3SUOA 2KFZA 5AQMA 1QSLA 4H5RA 4FJMA 4MLEA 1J53A 3A2FA 2D0PA 2P9IB 3THWA 4FJ8A 2KHOA 5AZJA 3LP0A 4RG8A 4CEDA 4KV8A 4CIGA 3BUZB 4ID5A 4U67L 5C15A 3TTDA 1RDAA 1T3VA 3CCJN 2JLEA 3C6TA 4CZLA 1TAUA 4B1UB 2P5OA 4CI6A 4CGHA 2RF2A 1VSMA 1FKOA 3ZEUB 4DHYA 2QK9A 5GADP 4DTRA 4DV1K 3V1QA 1TK8A 1P8ZA 1TKTA 3FE1A 1ATNA 3ZCMA 4FZZA 5EX5A 3QDKA 3RMCA 1YXQA 3HVRA 3EE9A 4DWIA 1C1BA 3MEEA 1YJWN 1IBLK 1ZYQA 2P9SB 4JK9A 4ILHA 5HRRA 2OCEA 2RHKA 5AQKA 3SJHA 1XUPO 4DV2K 3HJFA 5JS1A 4H8KA 3HBTA 4C8MA 1W2BM 2D0AA 1NKEA 1M90O 4QAGA 3O6WA 4BREA 5DMRA 4B3TK 2KFNA 1W97L 1XQSC 3DXMA 3QEWA 3AO5A 1U2VA 3DWLA 2BGGA 1HKCA 5FROA 4FZYA 5EXWA 2OYQA 5H1SQ 5AQXA 1OH7A 3ZETA 4KHSA 1HMVA 3PSIA 5LJWA 4H4MA 3GL1A 1LWCA 3ATVA 4CD1A 4DTNA 2P9LA 4YHHK 1KVCA 1NJYA 3S3NA 4M7XA 4W5OA 1RGIA 5AFUH 4CJUA 1WSGA 5KTQA 4KB1A 4KRFA 4CGJA 5AQYA 2ITGA 1C0MA 3AVBA 4CF9A 2G8IA 3HM8A 2EWSA 1QZ5A 4WQ4A 3O1BA 1WAFA 4E89A 4IJNA 4IXCA 4CZIA 3WEEB 3OYGA 2O8FB 4OGCA 4EAHD 4DMNA 4CJFA 4IZ9A 4V19S 3JSMA 1VHXA 3TANA 4CJQA 5BPNA 3VQ4A 2D0CA 1RT7A 2Y1JA 1VAZA 2KLAA 3THYB 1VQ8N 4LF4K 4DF4A 1BCOA 1L3TA 4DR7K 2XY8A 3FZKA 3JYTA 3VA3A 2NRVA 4TSXA 4FK2A 4AF1A 3QNNA 4H5WA 5E26A 4JI8K 1YTUA 1KAXA 2GBZA 5M1KA 2G8WA 3CCEN 2ATQA 4N5SA 3AVHA 1DKGD 4GY2B 2A42A 2E4LA 5GIOA 1YIJN 4LD0A 2HW3A 4JRQA 1C0TA 2OA8A 2PYJA 1VSJA 2O8EB 5AQLA 2O4IA 3EY1A 4FXDA 1NU0A 4I2PA 2ZJPL 4DQRA 4KB0A 5C24A 1RDBA 1XHXA 2DTUA 4I9QA 1JLQA 2YJFA 3LALA 4HCCA 4M3ZA 1WB9A 3ZT1A 5KRSA 4E7IA 3RRHA 4DR1K 5AFUA 3QEVA 4IDHA 4BQZA 2QKBA 1VSIA 4WFAL 1KVBA 3LM2A 2F96A 1CZAN 4JD2B 3B8AX 4MLHA 3OYBA 2E20A 3J7ZO 3KK3A 1TKZA 1ZBLA 1JLGA 3C65A 5FPEA 5GAHP 2Q36A 4N47A 4CJSA 2X6SA 4JK7A 1LV5A 3V9SA 1VQ4N 3QBXA 3RTVA 3LZJA 3S9HA 3DI6A 3PUFA 5EOYA 1YJ9N 2WC9A 4KH4A 3ZT2A 4NCGA 2NRTA 4K25A 1VSEA 3QFPA 1S1XA 3VF2A 3SPYA 4M45A 4CBXA 2YHXA 1Z25A 5GIPA 2YCHA 1RT3A 4OPAA 1QQNA 3D2FA 4IEIA 3LDOA 4BDZA 3ZSOA 4KO0A 2NRRA 1WSJA 2HBMA 4BRAA 2UUBK 3R1XA 1QHTA 4CJ5A 1MA9B 3LDLA 3CJCA 5SZTA 5CE3A 1NK4A 4BVPA 3WQTA 1NGEA 1CXQA 3ID6A 4FM0A 4DR6K 2DFFA 2E88A 4BRMA 3DXKB 3SMSA 3O08A 3K5LA 3U6FA 4CESA 1V4TA 4BVOA 2G8KA 4RW7A 1NGGA 2E6MA 4FSVA 1T7PA 1TKDA 1K8KB 4JS5A 1YUWA 1KC8O 2BTFA 1OKJA 4I6MB 3DRRA 4MDBA 1ZBSA 5CYQA 4YDUA 5AQRA 4EIAA 4YNQA 4OPHA 1D8YA 3NF7A 3C6AA 1RTIA 3QEIA 4ELTA 3O4WA 4MFBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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