3CXC | Genus

Total Genus 50

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	50
sequence length	186
structure length	186
Chain Sequence	ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Design at the atomic level: design of biaryloxazolidinones as potent orally active antibiotics. pubmed doi rcsb
molecule keywords	23S RIBOSOMAL RNA
molecule tags	Ribosome
total genus	50
structure length	186
sequence length	186
ec nomenclature
pdb deposition date	2008-04-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
M	PF17144	Ribosomal_L5e	Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.420.100	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Nucleotidyltransferase; domain 5	3cxcM00

1YI2N 5JVHL 1Q7YO 3CPWM 1S72N 1Q86O 2OTLN 5DM7L 3CCJN 3J7ZO 4WCEL 3CF5L 5GAEP 1VQON 1N8RO 4WFNL 1VQ6N 2QEXN 3CCEN 4WFAL 4WFBL 1VQMN 3OW2M 1VQ4N 2ZJQL 3PIOL 3G6EN 3CCRN 1VQ8N 3I55N 3PIPL 1VQ5N 5GADP 1VQ9N 1YHQN 1YJWN 1KC8O 1M1KO 1OVYA 1K9MO 1YJNN 5DM6L 1QVGM 3G4SN 4UY8O 1NJIO 1ILYA 3CCMN 1M90O 1VQNN 1JJ2M 1YIJN 1Q82O 3G71N 3I56N 1K73O 1VQLN 5H1SQ 5JVGL 5HL7L 4WF9L 4IOCL 5GAHP 1Q81O 3DLLL 2ZJPL 1W2BM 2OTJN 3CXCM 3CC4N 4IO9L 3CCVN 4IOAL 3CD6N 1YITN 3CCQN 3CMAN 3CC2N 1QVFM 1VQPN 1VQKN 5GAGP 1KD1O 3CCLN 4U67L 1YJ9N 1VQ7N 1K8AO 1KQSM 3CMEN 3CCSN 5MLCQ 3CC7N 3CCUN 2ZJRL 2QA4N
chains in the Genus database with same CATH superfamily

3VMFB 1ASUA 1S72N 4A57A 1UA1A 3HPOA 1NK4A 3LZJA 3GE1A 4WQ5C 5LMUK 1XMOK 2E8AA 5HP1A 4IJNA 4JD2A 4BC5A 3WNFA 4Q0BA 5AQTA 2VGMA 3PO4A 3CQ8A 3TSPA 4AHVA 2VYPA 5F2RA 3OW2M 1V4SA 1OVQA 2Z1IA 4XH5A 1VQ8N 1HPZA 3SI6A 3VEYA 5E84A 4NLCA 4YNQA 4B3RK 4FOIA 2AJQA 4RCHA 1NGHA 4BRNA 4HHTA 5HBMA 5AZIB 3KD1E 1N32K 1DKGD 3ZT3A 3ASMA 3AA4A 4DU4A 5BPNA 2WC9A 4CGJA 5FPNA 3FZMA 2KHOA 4HTUA 1K8KB 1S1WA 4FM0A 3OA9A 4YHHK 2BE2A 1X1PA 3CJ7A 1SKRA 1UA0A 1HJRA 4IWVA 2PYLA 4OGCA 4O0IA 3HSCA 1U4BA 4CZMA 1X9JA 1WN7A 3O80A 1N6QA 5JICA 4CK3A 4HCBA 3O4NA 3LM9A 4DU3A 4ZTFA 2HB5A 4CZKA 2E2NA 2UXCK 2RHKA 1YITN 4FWPA 3ZETA 4FO0A 4BRMA 3KLFA 3TARA 1REVA 3LDOA 3K2PA 4JNEA 4IEIA 2F9TA 2UUBK 3SCXA 4FYDA 2YHBA 1P90A 4RWTA 3KJVA 2CGLA 2Z1HA 1P8ZA 4CESA 4EAHD 3MXMA 4DF4A 5LMNK 3L2WA 4FJXA 4DF8A 4DTPA 3LAKA 3AA3A 2Q3SA 4KTQA 1TAQA 3U6FA 1BG3A 4FWKA 3HP6A 2HNZA 3CJBA 4H5NA 2QWOA 2G8UA 1SKSA 4DR5K 3NF6A 1QHAA 3KKRA 3NHGA 3FZLA 1XHZA 2RF2A 3OJUA 3LZIA 3OYKA 4M7YA 2VG5A 3NH0A 4WFBL 3SMPA 3AA5X 3HP9A 2F9WA 4A5AA 4KBOA 4Y1CA 4LF8K 3LDLA 2VG6A 3VGMA 3EL2A 4OLAA 1HX1A 3THWB 2UXDK 1NGJA 1UWBA 2BTFA 4E7LA 4IDHA 3PIPL 1DLOA 4BRAA 4WQ4C 3K57A 2FLOA 1LAVA 3WXMB 4CHPA 3SUOA 1TKXA 4AQYK 2PYJA 4B9VA 2QWQA 3AVCA 4EIAA 3VQDA 4DTMA 4AF1A 3OYGA 2P9PA 3HPGA 5AQPA 3PY8A 1SKWA 5F0XA 1LWCA 3HPHA 3VN5A 1BQMA 3L2RA 2GWJA 4JRQA 2G8VA 4KHYA 3HVTA 3VQ9A 3DRPA 4CJRA 4CFAA 2NLXA 1LV5A 3QEPA 4DFJA 5EY4A 3QDKA 5AQJA 5FPMA 3OBYA 2XY6A 2HBMA 5BRHA 3CIPA 5GIPA 3AVLA 5KGWA 1TKZA 3OYJA 3CXCM 3DAWA 4DTJA 3SUPA 4ILHA 4E3SA 3L2UA 1CZAN 3SZ2A 4FOEA 1SAZA 2FSJA 1QVFM 2VWKA 1HNXK 1YVNA 2ZM6K 3PUFA 5KQ8A 5CHIA 3ZT0A 3CCLN 4JKCA 3R6MA 1U6ZA 1E4GT 4DV7K 2HBLA 4B8CA 2ZWHA 4E7JA 1KAZA 1JXBA 2X78A 1BA0A 4I2QA 2Y1IA 1NG9A 2NRRA 1JLQA 3P4IA 1JCFA 2PBDA 4KHQA 1EXQA 3SAHA 4JI0K 3R1XA 4FPBA 3WNHA 3K0SA 2ETJA 3OYAA 1L3UA 4BDZA 2AP1A 1KAYA 3D0PA 1V4TA 1VSFA 3WQUA 1NGGA 3VGLA 4HTLA 1LCUA 1RDWX 4GW6A 2ZE2A 4K8XA 1HNVA 4FJ8A 5HROA 4RW9A 5BN9A 1UAXA 4CEZA 4QCLA 4FVUA 3AVBA 3VQ7A 1VQ4N 4CEQA 2HHVA 4KV8A 1NGIA 3H1QA 3KK3A 3V1RA 1S9GA 3UKRA 4PKHA 4B9SA 4OJRA 2YHYA 4R79A 1ATRA 1QE1A 2Q0RA 3SYZA 5I42A 3C7NA 2E2OA 2F8SA 1NJIO 4M63C 1ESVA 1W0HA 2F96A 5M1FA 3OYHA 4JHDA 3BEXA 4FJJA 4BR0A 3DLHA 1K73O 3AVGA 3F9MA 4JS4A 3ZSYA 4DR4K 3ZT1A 3CM6A 2UYTA 2YHAA 5C0YA 4WE1A 2D0AA 2ASMA 3EEQA 4A61A 3PSIA 1JLBA 2GWKA 1GLBG 4OVLA 1C0TA 3SJHA 5KI6A 4BC3A 4AH9A 2HNDA 3VENA 3VQAA 4CEBA 3P1GA 2KZMA 5HRPA 4IG3A 2ASOA 5KRSA 3CC2N 2PFUA 2DFEA 3HTVA 4F4KA 3MEGA 4U67L 4CJVA 1X9SA 3QFPA 2P9SA 3C65A 5SZTA 5C12A 1JCGA 3WNEA 5AJ3K 1I3AA 1IV0A 3O3FA 3D6RA 3OYIA 3L3VA 3MDQA 5AQXA 4PL8A 3CF5L 3U9ZA 1BGXT 4JS5A 4OPHA 3ZETB 4CEAA 5DMRA 2XY5A 4LFCK 4PY5A 4GVEA 2V7ZA 1WAJA 2B4JA 1EP4A 4HVJA 2ITMA 3S3OA 4L3QA 3KK1A 3SV3A 4DSFA 1JL1A 4I9LA 3WXKA 4F2SA 3VGKA 1B92A 4MDBA 3LL3A 4CGHA 1JLEA 2LSNA 3AVAA 4MO4A 3G6EN 1HR0K 1VSHA 1QZ6A 1RDUA 4NO7A 1YJWN 3H46O 1X9MA 5DM6L 1KFDA 5ELZA 1FK9A 4NXMK 4RTFD 3O08A 3QBXA 1VQNN 4DR1K 1W7AA 4E1JA 3TAGA 3KTQA 3VETA 1NK5A 2PZSA 1IKXA 3M8RA 4CZJA 5HOOA 4CD1A 4O44A 3G10A 4IFYA 3BDPA 3AVJA 4FW2A 4E89A 4DWIA 4BRKA 4CJEA 2P9PB 1MDUB 4Z4FA 2V7YA 3NF7A 3CCQN 2XY8A 1RBUA 3LAMA 5LJVA 4M42A 1C0UA 3KLGA 3AARA 5A2QO 1OKJA 3MX2A 2YHXA 1SL0A 1C1BA 4QS9A 3DXKA 4M3RA 3CC7N 2QKBA 1DEJA 3I0SA 2IC3A 2DPNA 2YKMA 4O8UA 4CFDA 4FLXA 1VAZA 1NK8A 2GUIA 2GV9A 5AQNA 4RW4A 3T69A 4CJWA 4O4GA 4IO8A 4B1UB 4WFNL 1KVCA 3CG7A 3D2EA 4IG0A 3AVKA 1A5XA 4BR7A 4FK4A 4CF9A 4B3MK 1HQEA 3QB0A 4BR9A 3FGUA 4JKAA 3V9SA 1OH6A 1X3NA 3I55N 4JYAK 4CGIA 1VQ9N 5BN8A 4EZ9A 3AAPA 1N33K 2FBXA 4KKOA 1ASVA 2IS3A 4H03B 4LF7K 2RKIA 3ALYA 1D5AA 3G4SN 4AHTA 2WFBA 2R7YA 3CJAA 3FFKB 2KFZA 5AQGA 3S9HA 3H45C 2XHBA 3S41A 1Q18A 3TAEA 1NLVA 5HL7L 2O8EA 3U3GA 3O4WA 1Q9YA 2HHUA 1NK9A 3FFIA 1SL1A 4J8FA 2WOMA 4K42A 3T1AA 4OPKA 3UKRB 2IVOA 2OPPA 4F9OA 3DLLL 1VSLA 3C7NB 4IO9L 1L5UA 5JS1A 1QTMA 5J2QA 1RDCA 4JHDB 4BR2A 4FCYA 2QWPA 1HKGA 1J54A 2VGNA 2JWLA 1VRTA 2A1SA 5I3UA 4F2RA 3HM9A 1K6YA 1ATSA 4JKGA 3QEWA 1RBSA 3A8YA 3OYMA 3EO3A 3WXIA 2HVHA 2OPSA 4CZGA 2E1ZA 3QESA 2E5LK 5MLCQ 3CCUN 2BH1A 4JEPA 4PQUA 4FPAA 3QMLA 3GL1A 5CZ1A 5BR8K 2NZTA 1C6VA 3AVHA 3LP2A 3ULDA 4YOWA 3V9WA 3QEIA 3FZHA 1RTIA 1IKYA 4DR6K 5D3GA 3M8SA 4IFEA 4Y0WA 3VOVA 2HHXA 1IO2A 1HYSA 4CFCA 2FXUA 4KREA 5KPRA 3KD5E 4AHUA 4ISGA 3IKMA 2CH5A 1WNSA 2YNHA 3NFAA 2Q97A 4K0KK 2O8BA 2O4GA 3LDPA 3HT3A 2YX6A 3C6TA 3TAMA 5AFUA 1J9AA 2BUPA 3DMJA 4FJIA 3CJ1A 2P9SB 4BR5A 2HVIA 4DMNA 3KKSA 3M8PA 2D1KA 3SV4A 3VA3A 5GADP 3A5LC 2O8DA 3CERA 2UUAK 2G8HA 1KLNA 3K5OA 4M3ZA 4ZHRA 4UY8O 3RR7A 5EX5A 2F8TA 1IBLK 3WQTA 4BRIA 1RBVA 3KZBA 3SQ2A 3HM8A 1VRUA 4B1YB 2HBKA 2A42A 1NK0A 5CZ2A 1NKEA 1DGKN 3MCAB 4CW7B 3MXIA 4JRPA 3LP1A 5AZJA 3F5TA 1VSEA 3FR0A 5TKWA 3TTFA 5HRSA 4B9UA 3TAFA 1YXQA 2G8KA 4CHYA 4FWQA 1CXQA 3R8EA 1VHXA 2KTQA 4CVNE 4N47A 2ZJPL 4DQQA 3AGRA 3CC4N 1GLCG 4CJFA 1GLDG 4DB3A 1NK6A 4CHNA 1HQUA 1L3VA 5M1NA 3CCVN 4CJTA 3NCIA 3P83D 5AFUH 2QWMA 2QXFA 4LH5A 4FLTA 4FJHA 4I6MA 1RT6A 3OS0A 4NXNK 1WLJA 2QXLA 3ZX3A 4YOUA 4CF8A 4JI5K 1H1VA 4DR3K 2PY5A 4E1NA 3VERA 3A2FA 2B6AA 3AGKA 3ZT2A 3K5NA 3IAYA 3O1BA 4RW7A 5JVHL 4LF5K 3CPWM 1NGFA 4MDAA 3EZWA 5DM7L 4CF1A 3KK7A 4B9QA 5JLHA 3LALA 1FJGK 1KVAA 5BPMA 4J2BA 3WXJA 2CH6A 4C8KA 2IIRA 3D45A 2HW3A 5C10A 3W3DA 2W40A 2HHQA 3LANA 1RNHA 3HRGA 5EVZA 4K41A 4LC9B 4W5TA 1ZYQA 4E0DA 3DXKB 1GLEG 4TSXA 2ZF5O 3VTHA 4A62A 4JV5K 2WUSA 1BI4A 3ID6A 1Z25A 1RT2A 2CGJA 2HOEA 3ZEUA 3RWUA 3I33A 2XY7A 4DTRA 1NNEA 1E4FT 4CJ3A 3IFRA 5GINA 3THYA 4C1NK 3V4IA 4CJLA 4DU1A 2V52B 5BRFA 2NRTA 3D2EB 1KAXA 2P5GA 1ITGA 1VQLN 1HRHA 3ZSZA 4WYBA 3OYFA 2PAVA 3NAEA 3BF1A 5GAHP 1S22A 3HXMA 4NCAA 4RW8A 5AQOA 3N4QA 3QETA 1BWFO 4JK8A 2UU9K 4W5NA 3L8BA 3WNGA 4KHPK 4JI2K 4BREA 3K5LA 3VA0A 3TI0A 4M3YA 4DV1K 4ILJA 2YJEA 3HI0A 5EXWA 3SJJA 2BANA 5FRNA 5ADXA 3JAMO 4H0OA 4DS4A 1ZBLA 4G9ZA 3HK2A 1XI1A 4A2AA 3CMAN 4O5FA 4F3OA 4LF4K 2A41A 1EKEA 1KLMA 2KFNA 4NYNA 3SK3A 3TPQA 3OYBA 3SPYA 4KB0A 2O8EB 4H4MA 4YFUA 4B9NA 2P51A 4Z4CA 1YJ9N 4YORA 4DQ8A 5AQLA 4JI3K 2OPQA 3CCSN 2Q0UA 4B1XB 2ZJRL 4BE0A 4MQ3A 2HF3A 3OY9A 4QAGA 1X3MA 4BRPA 2WONA 5AQZA 3EKUA 2W42A 1BU6O 3KWIA 3M3ZA 1TYQA 2HBJA 4CJPA 3CFRA 3L2VA 4ISFA 1D8YA 4EFHA 3WXLA 1U49A 1UOCA 2QEXN 3WUHA 2A40A 5HRNA 4DFPA 4JKGB 4BDYA 4DQIA 1XMQK 3SQ4A 2AA4A 2NUBA 4C8MA 3BZKA 1CLQA 1S9EA 5AQQA 2NRHA 4EP4A 3RMAA 3PIOL 1NOYA 4CBWA 3ATUA 4E1MA 2P9IA 1WUAA 4AILC 3HZ6A 1IJJA 1M1KO 1OVYA 4FWNA 1WSEA 2HMPA 2W41A 3SAFA 4IFVA 2IVNA 3OYNA 4BE1A 4LF9K 1O1WA 2O8BB 2VQFK 3WT0A 3UE5A 4BQLA 2KZZA 1U2VA 3SBTA 1L3SA 3ZYYX 4WF9L 1TVRA 4Z4IA 4H0YB 3NGIA 3ENHA 4CF2A 1VSDA 2YV0X 3IS9A 5HLFA 3M1FA 2O8DB 4CZFA 3NF9A 1IKWA 2P5OA 4JD2B 4O55A 2IVPA 3EE9A 5KTQA 1GLLO 1RBRA 4KH6A 4BRFA 4IOAL 3TU5A 4R5PA 3RRHA 1BDGA 2KLAA 3VEXA 5JLFA 4BROA 1F21A 2EX3A 3ITHA 4BG8A 3O9UA 4KH4A 3SQ1A 3MEEA 5AZJB 3P5JA 1BIZA 1T05A 5AQUA 4J2DA 1VQ7N 4FLVA 2BGGA 3AO5A 1NGAA 4Q5VA 2GELA 2QA4N 4BC2A 3SAGA 4F3TA 3Q7BA 2RN2A 4IOXA 3QLHA 5FDLA 3HJFA 5AQMA 4FJKA 5C15A 4G1QA 3VTIA 5IWAK 3O9SA 1TKTA 4BDPA 4MLEA 4I6MB 1RBTA 4B9LA 4CGGA 3MMVA 4CJSA 1B9FA 3K5MA 4K8ZA 3DI6A 2IGIA 1EO1A 4N41A 3DLEA 3VEZA 1NJZA 4IXCA 3O6WA 3EE8A 3GDQA 2F7TA 2OZMA 3NVKA 2YNIA 4FJLA 4FZYA 3VF2A 2HF4A 5AQVA 4CIEA 3QFUA 1YHQN 1YT3A 5DK5A 4M3XA 5AR0A 4W5RA 3QNOA 4DFMA 4Z4GA 4ID1A 2E2QA 4FM2A 1RTDA 3M6GA 4CJ4A 1S1VA 2BDPA 4F8RA 4C8NA 3AAQA 3QBWA 4DV0K 1OH5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YI2 N;  5JVH L;  1Q7Y O;  3CPW M;  1S72 N;  1Q86 O;  2OTL N;  5DM7 L;  3CCJ N;  3J7Z O;  4WCE L;  3CF5 L;  5GAE P;  1VQO N;  1N8R O;  4WFN L;  1VQ6 N;  2QEX N;  3CCE N;  4WFA L;  4WFB L;  1VQM N;  3OW2 M;  1VQ4 N;  2ZJQ L;  3PIO L;  3G6E N;  3CCR N;  1VQ8 N;  3I55 N;  3PIP L;  1VQ5 N;  5GAD P;  1VQ9 N;  1YHQ N;  1YJW N;  1KC8 O;  1M1K O;  1OVY A;  1K9M O;  1YJN N;  5DM6 L;  1QVG M;  3G4S N;  4UY8 O;  1NJI O;  1ILY A;  3CCM N;  1M90 O;  1VQN N;  1JJ2 M;  1YIJ N;  1Q82 O;  3G71 N;  3I56 N;  1K73 O;  1VQL N;  5H1S Q;  5JVG L;  5HL7 L;  4WF9 L;  4IOC L;  5GAH P;  1Q81 O;  3DLL L;  2ZJP L;  1W2B M;  2OTJ N;  3CXC M;  3CC4 N;  4IO9 L;  3CCV N;  4IOA L;  3CD6 N;  1YIT N;  3CCQ N;  3CMA N;  3CC2 N;  1QVF M;  1VQP N;  1VQK N;  5GAG P;  1KD1 O;  3CCL N;  4U67 L;  1YJ9 N;  1VQ7 N;  1K8A O;  1KQS M;  3CME N;  3CCS N;  5MLC Q;  3CC7 N;  3CCU N;  2ZJR L;  2QA4 N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3VMF B;  1ASU A;  1S72 N;  4A57 A;  1UA1 A;  3HPO A;  1NK4 A;  3LZJ A;  3GE1 A;  4WQ5 C;  5LMU K;  1XMO K;  2E8A A;  5HP1 A;  4IJN A;  4JD2 A;  4BC5 A;  3WNF A;  4Q0B A;  5AQT A;  2VGM A;  3PO4 A;  3CQ8 A;  3TSP A;  4AHV A;  2VYP A;  5F2R A;  3OW2 M;  1V4S A;  1OVQ A;  2Z1I A;  4XH5 A;  1VQ8 N;  1HPZ A;  3SI6 A;  3VEY A;  5E84 A;  4NLC A;  4YNQ A;  4B3R K;  4FOI A;  2AJQ A;  4RCH A;  1NGH A;  4BRN A;  4HHT A;  5HBM A;  5AZI B;  3KD1 E;  1N32 K;  1DKG D;  3ZT3 A;  3ASM A;  3AA4 A;  4DU4 A;  5BPN A;  2WC9 A;  4CGJ A;  5FPN A;  3FZM A;  2KHO A;  4HTU A;  1K8K B;  1S1W A;  4FM0 A;  3OA9 A;  4YHH K;  2BE2 A;  1X1P A;  3CJ7 A;  1SKR A;  1UA0 A;  1HJR A;  4IWV A;  2PYL A;  4OGC A;  4O0I A;  3HSC A;  1U4B A;  4CZM A;  1X9J A;  1WN7 A;  3O80 A;  1N6Q A;  5JIC A;  4CK3 A;  4HCB A;  3O4N A;  3LM9 A;  4DU3 A;  4ZTF A;  2HB5 A;  4CZK A;  2E2N A;  2UXC K;  2RHK A;  1YIT N;  4FWP A;  3ZET A;  4FO0 A;  4BRM A;  3KLF A;  3TAR A;  1REV A;  3LDO A;  3K2P A;  4JNE A;  4IEI A;  2F9T A;  2UUB K;  3SCX A;  4FYD A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3CXCM

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