3D0PA

Insights into rna/dna hybrid recognition and processing by rnase h from the crystal structure of a non-specific enzyme-dsdna complex
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
publication title Insights into RNA/DNA hybrid recognition and processing by RNase H from the crystal structure of a non-specific enzyme-dsDNA complex.
pubmed rcsb
molecule keywords Ribonuclease H
total genus 43
structure length 134
sequence length 134
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2008-05-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3d0pA00
1LWFA 4KHUA 4N47A 3AVFA 3AVBA 3U6FA 2OPRA 3TI0A 3HM9A 1J5OA 2PYLA 5DK5A 1LWEA 3V1OA 3VQPA 1SKWA 3HVTA 1RT3A 3LANA 3SNNA 4CGHA 4CHZA 4HUFA 3MXMA 3VQDA 3HK2A 1GOBA 2DFEA 2RN2A 5CYQA 4HTUA 4B9LA 1RBRA 4EZ9A 1VSLA 2E6MA 5CZ1A 1VSHA 3L2WA 4KHWA 3LPTA 4CHQA 3TAPA 2YNFA 4DFJA 4KB0A 4DQRA 4KFBA 3HP6A 3KD5E 1KLNA 4AHRA 2PYJA 4BWJA 3BDPA 3ZT1A 3NGIA 4FW2A 3NFAA 1WAFA 2OPPA 3RR7A 4PWDA 5E41A 4DTRA 1A5WA 3NAEA 3SV4A 4FJGA 4B3OA 4AILC 1T7PA 3AV9A 2G8IA 1KVCA 5C24A 4QAGA 3I0RA 3NDKA 2VG7A 1TKXA 4MFBA 1TKZA 3PO5A 3E01A 4TSXA 3OYIA 3V9UA 4KV8A 4M3UA 4FYDA 1L3TA 4OKEA 4KHQA 2QKBA 1KLMA 5HROA 4OLAA 3P1GA 3AVJA 1TAQA 3MEGA 1HPZA 4IFVA 4HUEA 1NK7A 4DTJA 3TR8A 3QETA 4JRPA 4I9QA 1RT7A 4I2PA 4NYFA 1RDDA 4CESA 3OYCA 1KCFA 3SZ2A 1NK4A 1NKCA 3TAMA 1IKWA 4NCAA 4M42A 1BI4B 4B9VA 3ZT4A 4HCBA 3NH0A 2O4IA 3LDSA 1CLQA 1BIUA 1JLAA 3PX0A 1BISA 1JXEA 4AH9A 4CJPA 3DYAA 4FLUA 3TWHA 1RBSA 4CJ3A 4C8OA 4FLTA 3OS1A 3HL8A 4O44A 3QESA 2HNDA 3P5JA 1DTTA 4DSEA 1U4BA 1NK5A 4M45A 3C6UA 3CFPA 3LP3A 1RDAA 1W9HA 3RRGA 3CQ8A 3VQEA 5KRSA 4DLEA 4W5NA 3OYHA 1JKHA 4CJSA 5KI6A 4DF4A 3HPOA 1YTAA 2KFZA 3ZSYA 4DFMA 2KTQA 1TKDA 4RW8A 3K5LA 3KTQA 4NYNA 4AHUA 4CECA 1NOYA 2ATQA 1RDBA 3NHGA 4AHSA 3TANA 4FJKA 1LW0A 1U49A 3O4QA 3EY1A 4HVJA 4DS4A 4DTMA 4O55A 4CFDA 1QSLA 4DMNA 1S6QA 3LWLA 4KB1A 2VG6A 3KK3A 3DLBA 4KI6A 4FXDA 3VQ7A 4FJIA 1C0MA 4CEOA 3U3YA 4CFCA 4YFUA 1Y97A 4CHPA 3RMDA 4KHYA 4CJRA 3MECA 3M8SA 3I8DA 3RMAA 4LH5A 3ZSOA 4KO0A 3AVGA 3SPZA 4FJ5A 2HHSA 3QEVA 4OPJA 2HHQA 5J2NA 5J2PA 4CJQA 2QKKA 1B92A 3LZIA 2XY5A 2IAJA 4W5RA 4E7HA 3HJFA 3OY9A 3VQ6A 1RILA 4DU3A 3H08A 3K57A 4ZTFA 1L3VA 2RF2A 2HHWA 4DLGA 2HMIA 3VA0A 1FKOA 4J2DA 1I3AA 2QK9A 4J2EA 4FZYA 1QE1A 5KGXA 3OYFA 3AVCA 2EHGA 1NK9A 1N5YA 1U45A 1RTIA 4HHTA 3ZSRA 1R0AA 4RW6A 1C0TA 4CHNA 2VG5A 1WNSA 3OYBA 3AVAA 3LZJA 4ELUA 2EX3A 3VQ4A 1LV5A 3V9XA 4DSKA 4DQPA 2I5JA 4B9MA 1ZBUA 2X74A 1YVUA 4E1MA 3QEWA 1L3UA 1C1CA 1BIZA 2KQ2A 1ZYQA 5K14A 4H8KA 4CIFA 1ZBFA 3TAGA 1RBTA 4OJRA 4HUGA 4FK0A 4E0DA 2GUIA 4AHCA 1XI1A 4CE9A 2YV0X 2HW3A 3M8RA 5CYMA 5HRNA 4E3SA 1U04A 3D45A 3DOLA 4CJ5A 3LWMA 4LH4A 4CJLA 4J2AA 4R5PA 3I0SA 1C1BA 1XHXA 4GW6A 1EETA 3IRXA 5DMRA 1XWLA 1NJZA 1RBVA 3SI6A 3KLGA 3SCXA 1TAUA 3DRSA 4F2RA 4Y1CA 2IOCA 4O5BA 4E19A 4DSLA 4M3ZA 3B6OA 3S3OA 1JL1A 3V9ZA 3KLHA 3OYKA 1RT6A 1LWCA 4FLWA 1WSIA 2G8VA 2KFNA 2VWKA 1ASWA 4CF2A 2BGGA 1QSYA 5KRTA 1VK0A 3CM5A 4DSJA 1RT4A 4F2SA 1EP4A 4EP5A 2Y1IA 1C1AA 2RPIA 4DFKA 4CHOA 4FM0A 1NJXA 2P1JA 4Z4HA 4E1NA 2DFFA 2XY6A 3WNEA 4YNQA 4DU1A 3G10A 4ZTJA 2G8WA 4BE0A 5D3GA 3DRPA 3QINA 4F3OA 1WSJA 3IAYA 4DSIA 3OYDA 4JLHA 3KJVA 3V6DA 3L2RA 2BE2A 3S9HA 4Z4IA 4B8CA 4Z4EA 2D5RA 1HYSA 2DTUA 1VSFA 3NGZA 4CJTA 1VSMA 4CF1A 2ITGA 1VSIA 4CEQA 4UQGA 3K2PA 1W0HA 4FLZA 1HRHA 4C8NA 5FDLA 1J54A 2Z1HA 4N5SA 1S5JA 3G0ZA 4FJ9A 3OYGA 4DQQA 1CXQA 1FKPA 3KK1A 1X9MA 3OS2A 2PY5A 3AO5A 3M8QA 3HPGA 1A5XA 1SV5A 3OYNA 4C8LA 1BGXT 3TAQA 2KW4A 4CK3A 4DG1A 3AO3A 4MQ3A 4AHVA 4FJLA 4CCHA 4BDYA 3KLIA 4BE1A 3SUNA 1RT5A 3QIOA 1ZBIA 2A1RA 4FJMA 2VWJA 1IO2A 3HPHA 2YNGA 1JLCA 3MEEA 1U48A 2NUBA 4JS5A 3F9KA 3AO4A 3MEDA 5CY4A 4G1QA 3WNFA 4CERA 1ASVA 2B6AA 3RMCA 1TVRA 4B9UA 3K5OA 3V9WA 3T1AA 4LY7A 3AO1A 1BCOA 1D9DA 3V4IA 1KFSA 3JSMA 3HYFA 2ZD1A 1B9FA 3DOKA 4CJEA 3QNNA 1TK0A 3SQ4A 4FJHA 3VQAA 4F3TA 4FLXA 3VQQA 3QERA 1I39A 3NGYA 1WSGA 4CEFA 1ZBHA 3VQ9A 1U47A 2AJQA 1QHTA 3QO9A 5FROA 4CJFA 3K5MA 2ETJA 4KTQA 3ZSWA 1C6VA 3OYAA 1VSEA 4DQIA 4F8RA 4B08A 1O1WA 1L3SA 3K5NA 4PA1A 4LSLA 1RT2A 4NCBA 3LAMA 3IS9A 1F21A 4ZHRA 2F96A 1HNVA 5I3UA 3KD1E 2IC3A 3MXJA 1TL1A 3S3NA 2GV9A 1UA0A 1NJWA 1SKSA 2Z1GA 4W5TA 3AA2A 4DTOA 1S1WA 4O0IA 2XO7A 1SL0A 4CF8A 2HHTA 1T8EA 2HNZA 3NF8A 4DS5A 4K8XA 2HHUA 2JGUA 3AA3A 3AO2A 3PUFA 5HRPA 3FFIA 2XHBA 4EP4A 5HRSA 4BDPA 2YKMA 1CXUA 1S9EA 4DFPA 3T3FA 1S1XA 3AVKA 1HQUA 4DU4A 1G15A 2X6NA 4FLYA 3NF9A 1QS4A 4Q5VA 5SWMA 3SYZA 1S1VA 2YKNA 3CG7A 3AA4A 3PV8A 1VSJA 4OKKA 4M3YA 1IKYA 4LSNA 1GOCA 4ELVA 4KHNA 1YT3A 3C94A 4QCLA 1HQEA 2ZQBA 1WSHA 4I9LA 3O3FA 3SUPA 4CK2A 2F8SA 4OKJA 2HB5A 3ULDA 2FBTA 4FM2A 2FC0A 5I42A 1HNIA 3QEIA 1CZBA 3AA5X 1KFDA 4DTPA 4IG3A 1FXXA 1Q8IA 1WN7A 4CJUA 3K58A 2G8FA 2FBXA 2IDOA 3L3VA 5JS2A 2JLEA 3O3HA 5HRRA 4OLBA 3VQBA 3PX4A 3CYMA 4CIGA 4CFBA 1VSDA 3V9SA 4H4MA 1N6QA 1BHLA 2QXFA 4IDKA 3TAFA 3QNOA 3OJSA 2B5JA 3HSTB 4JS4A 3F73A 2HNYA 3CM6A 4AHTA 2WOMA 2PZSA 4K8ZA 3RMBA 1Q9YA 3HT3A 2BDPA 4FJXA 1KVBA 2HVIA 3LAKA 1TK8A 1RNHA 4OGCA 4W5QA 1WSFA 4CJWA 4B9NA 4H4OA 2A1SA 2DFHA 3VQ5A 4KAZA 3WNGA 1S6PA 3DLEA 3V1QA 4DTXA 2OPSA 1SUQA 4FJNA 4KI4A 3OYEA 2D0AA 2Z1JA 3VQ8A 4FM1A 4CJVA 1BI4A 2XY7A 3ASMA 3SQ0A 4ID5A 3ZSQA 4BDZA 2HHXA 4BE2A 1S9GA 1JLGA 1VRTA 3CFRA 4M3RA 3L3UA 2E4LA 1JXBA 3PO4A 2W42A 3SUQA 1Q9XA 2GBZA 3ISNC 1NK8A 2HVHA 1TKTA 3PX6A 1BL3A 1IKXA 3ZT3A 3V1RA 4FLVA 1NKBA 1S1UA 4CK1A 1IKVA 1TL3A 1KRPA 3THVA 3T19A 4CF9A 4E7KA 2D0BA 4DTNA 5J1EA 4IG0A 4Z4CA 1HYZA 1NKEA 3KIOA 3WNHA 3EYZA 4ICLA 1MU2A 3SJJA 2P5OA 3HVRA 4EZ6A 2Z1IA 1NK6A 1VSKA 5KTQA 3NE6A 3C95A 1IG9A 4DSFA 2F8TA 3M8PA 4FVMA 3ZSVA 1BQNA 3P83D 5C25A 3O3GA 1ITGA 1RTJA 4CEDA 2X78A 1X9WA 2R7YA 2X6SA 3SQ2A 1SKRA 1UWBA 2IS3A 4C8KA 1JLQA 3ZT0A 1Z26A 2G8KA 1NOZA 1J9AA 3KKRA 4KTZA 1EX4A 3QLHA 4CEAA 2G8HA 2FBVA 3VQCA 1HYVA 3DMJA 3DM2A 4CEEA 1CZ9A 1DLOA 4CGFA 4XIUA 4FZZA 1KTQA 4OVLA 4ELTA 4PQUA 4ID1A 3L2VA 1HMVA 5HBMA 3DLRA 4HCCA 5J2MA 4PY5A 2O4GA 3OS0A 4E7LA 3S3MA 4FJ8A 1DTQA 1FK9A 3DI6A 4E7IA 1B9DA 5KGWA 1WSEA 3U3GA 1X1PA 3DLKA 3JYTA 3K59A 3ZCMA 4Z4FA 3ZSXA 1LAVA 2D0CA 3O4NA 4CIEA 3KKSA 2WONA 2FBYA 4RG8A 2KZMA 3DLGA 2OA8A 4GVMA 1QQCA 2E6LA 3RWUA 3OJUA 1K6YA 5JS1A 3AVNA 4O0JA 3KK2A 2OYQA 1HJRA 3LALA 4OGEA 1ZBLA 4J2BA 3OVNA 4E89A 3NCIA 3IG1A 3LP0A 1GOAA 2P5GA 3VA3A 4CF0A 4M41A 1WLJA 3NH2A 1LAWA 1J53A 1EXQA 3SUOA 3SV3A 1TV6A 4KPYA 2YHAA 3NF7A 2G8UA 1BQMA 3ALYA 1S1TA 1QTMA 3UIQA 4CEBA 3NH1A 2YNIA 4DQSA 3HP9A 4Z4GA 2OPQA 5EU7A 4DTUA 4FZXC 1RTHA 2DY4A 5C42A 4C8MA 3QIPA 4FK4A 4CGGA 3TAEA 4FJ7A 4FW1A 5FRMA 1VRUA 1TGOA 4LD0A 3AVIA 1RTDA 3DLHA 2IGIA 1JLBA 3ZT2A 4N56A 3AVMA 2Y1JA 3RR8A 1L5UA 3TARA 4CJ4A 5J2QA 2BANA 1RT1A 2XY8A 1D9FA 4BACA 1D5AA 1KSPA 1WAJA 3HO1A 1TK5A 4FK2A 4M3TA 4PUOA 3DRRA 4CFAA 4KTWA 3VN5A 4Y1DA 1RCHA 4W5OA 1SL1A 2KZZA 1JLEA 3AVLA 1JL2A 1JLFA 4RW4A 3OYJA 4DF8A 4NCGA 4IFYA 3CFOA 4N41A 3NF6A 4CEZA 4CGJA 4KREA 3D0PA 3B6PA 3SQ1A 4L8RB 3LP2A 3NBPA 3L2QA 3ITHA 4KKOA 3TABA 4KRFA 1XC9A 4CGIA 3KLFA 1T05A 1REVA 5HLFA 1T03A 2LSNA 3AVHA 3MAQA 3V81A 2YHBA 2P51A 1NK0A 1ASUA 1SL2A 1BCMA 1C0UA 3QEPA 4CJKA 2Q3SA 2RKIA 4KHSA 4CGDA 3LP1A 1YTUA 1LW2A 1UOCA 3BGRA 4Q0BA 3LPUA 1RDCA 4RW9A 4JRQA 5T7BA 3SPYA 1NJYA 4E7JA 3HXMA 4F4KA 4IKFA 4DTSA 3OYLA 3L2UA 4I7FA 2ZE2A 1X9SA 2HHVA 5CZ2A 1D8YA 2OZSA 4M3WA 4RW7A 2B4JA 4OPKA 3MXIA 4WE1A 4GMJB 1QSSA 1Z25A 4B9TA 4FJJA 2YNHA 1UA1A 4FCYA 4BWMA 3A2FA 3KLEA 4IBNA 4CHYA 1UAXA 1A5VA 1RBUA 1KVAA 5HP1A 3L8BA 3PY8A 4B9SA 1XHZA 2OZMA 4DWIA 5SZTA 4N76A 3RTVA 4M3XA 3RRHA 5FRNA 1EKEA 3OYMA 4QOZB 3EZ5A 3QEXA 4O4GA 2XRIA 4Z0UA 3ZSZA 4B8AB 1IH7A 3C6TA 4I2QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KHUA 3SMPA 4B1WB 3SAHA 4FWPA 3HM9A 1J5OA 3V1OA 3VQPA 1RT3A 3MXMA 1GOBA 2RN2A 1NBWA 1RBRA 2E6MA 3OTOK 1VSHA 3LPTA 4ISEA 3GL1A 2VQEK 2J4RA 3WXMB 4KFBA 3HP6A 3NGIA 4FW2A 3NFAA 2OCEA 1N34K 3RR7A 3FZFA 5E41A 3CIPA 4FJGA 3NAEA 1BOTO 2G8IA 5C24A 4AF1A 3LDQA 1TKZA 5B8HA 3OYIA 3R9PA 3QB0A 2WBNA 1NGGA 1WB9A 3P1GA 4YOWA 3AVJA 3MEGA 1HPZA 4HUEA 4BC5A 3L0QA 3KWGA 4JRPA 3QETA 1Q18A 1Q82O 4H5VA 4YORA 3SZ2A 1KCFA 1YVNA 3N4QA 1NJIO 3ZX2A 4NCAA 5GINA 4HCBA 3LDLA 2P9UB 3LDSA 1JLAA 2E2NA 3P4IA 4JKAA 4BY9C 2A5XA 1HKGA 3THWA 3QESA 2HNDA 1VQON 3CFPA 1RDAA 4B3RK 4JHDB 1XNRK 4W5NA 3THXA 3BUZB 1NG9A 3HPOA 1NMDA 2KFZA 1TKDA 2HBMA 4IFEA 4RW8A 5FLXO 4AHUA 4DR6K 2ATQA 1RDBA 3NHGA 3M5RA 4DTMA 4K25A 3HOSA 5AQYA 3DLBA 3VQ7A 4YFUA 3EL2A 5BN8A 4KHYA 2O8EB 2E20A 4BGAA 3CC7N 4KO0A 3O6WA 4FJ5A 3AAQA 4CZEA 4OPJA 4CJQA 2QKKA 2P9KA 3LZIA 4W5RA 3VQ6A 1L3VA 2HHWA 2WUSA 1FKOA 3CPEA 3THYA 2KHOA 2E2OA 4FZYA 4BRPA 1NGDA 5AQSA 2ZGYA 3ZSRA 4RTFD 4RW6A 1C0TA 4FO0A 2VG5A 3TSPA 3LZJA 5AQMA 3VQ4A 1VQ9N 3WEEB 4B9MA 1L3UA 1M1KO 2KQ2A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4KHU A;  3SMP A;  4B1W B;  3SAH A;  4FWP A;  3HM9 A;  1J5O A;  3V1O A;  3VQP A;  1RT3 A;  3MXM A;  1GOB A;  2RN2 A;  1NBW A;  1RBR A;  2E6M A;  3OTO K;  1VSH A;  3LPT A;  4ISE A;  3GL1 A;  2VQE K;  2J4R A;  3WXM B;  4KFB A;  3HP6 A;  3NGI A;  4FW2 A;  3NFA A;  2OCE A;  1N34 K;  3RR7 A;  3FZF A;  5E41 A;  3CIP A;  4FJG A;  3NAE A;  1BOT O;  2G8I A;  5C24 A;  4AF1 A;  3LDQ A;  1TKZ A;  5B8H A;  3OYI A;  3R9P A;  3QB0 A;  2WBN A;  1NGG A;  1WB9 A;  3P1G A;  4YOW A;  3AVJ A;  3MEG A;  1HPZ A;  4HUE A;  4BC5 A;  3L0Q A;  3KWG A;  4JRP A;  3QET A;  1Q18 A;  1Q82 O;  4H5V A;  4YOR A;  3SZ2 A;  1KCF A;  1YVN A;  3N4Q A;  1NJI O;  3ZX2 A;  4NCA A;  5GIN A;  4HCB A;  3LDL A;  2P9U B;  3LDS A;  1JLA A;  2E2N A;  3P4I A;  4JKA A;  4BY9 C;  2A5X A;  1HKG A;  3THW A;  3QES A;  2HND A;  1VQO N;  3CFP A;  1RDA A;  4B3R K;  4JHD B;  1XNR K;  4W5N A;  3THX A;  3BUZ B;  1NG9 A;  3HPO A;  1NMD A;  2KFZ A;  1TKD A;  2HBM A;  4IFE A;  4RW8 A;  5FLX O;  4AHU A;  4DR6 K;  2ATQ A;  1RDB A;  3NHG A;  3M5R A;  4DTM A; 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 3JSM A;  4B3S K;  4CJE A;  3QNN A;  1B9F A;  3SQ4 A;  2HOE A;  2FSJ A;  1I39 A;  2QXL A;  3E1Y A;  3VPZ A;  4CJF A;  3VET A;  4DQ8 A;  2ETJ A;  4KTQ A;  4HTL A;  3OYA A;  4F8R A;  4JKE A;  1L3S A;  4LSL A;  4NCB A;  2F96 A;  1HNV A;  2IC3 A;  2GV9 A;  3O08 A;  4W5T A;  3AA2 A;  1SL0 A;  5AQG A;  3NVM A;  2XO7 A;  1T8E A;  4DS5 A;  2HHU A;  4BRM A;  3AO2 A;  3CCQ N;  3FFI A;  3FZK A;  1Q81 O;  1S9E A;  2V51 B;  3E9O A;  3AVK A;  3WXL A;  1G15 A;  3MN6 A;  2O8C B;  3NF9 A;  5SWM A;  3AGR A;  1S1V A;  3SYZ A;  3T69 A;  1IKY A;  5AR0 A;  1QZ6 A;  3UKU A;  4KHN A;  4WYB A;  1HQE A;  2ZQB A;  1WSH A;  1HPM A;  4I9L A;  1WUA A;  4OPA A;  3SUP A;  4DR5 K;  3L6Q A;  2HB5 A;  1OH8 A;  5C12 A;  2FC0 A;  1HNI A;  1CZB A;  4DTP A;  3THW B;  1Q8I A;  1BUP A;  3THX B;  4OLB A;  3CYM A;  4CIG A;  5GAE P;  3O9S A;  2QXF A;  3FZL A;  3QNO A;  1IG8 A;  4QS8 A;  1YJ9 N;  4BG8 A;  4JS4 A;  3F73 A;  3PSF A;  2PZS A;  3JS6 A;  1HNX K;  2ZWH A;  4WCE L;  4KAZ A;  2A1S A;  2DFH A;  5AQV A;  1E4F T;  3M1F A;  5AQF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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