3D6RA

Structure of an avian influenza a virus ns1 protein effector domain
Total Genus 33

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
33
sequence length
114
structure length
114
Chain Sequence
YITDMSIEEISREWYMLMPRQKITGGLMVKMDQAIMDKRITLKANFSVLFDQLETLVSLRAFTDDGAIVAEISPIPSMPGHSTEDVKNAIGILIGGLEWNDNSIRASENIQRFA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTII'1 (112-115)AH1 (95-99)S1 (90-91)S2 (107-112)TVIII1 (104-107)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Viral protein
source organism Influenza a virus
publication title Structure of an avian influenza A virus NS1 protein effector domain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Non-structural protein 1
total genus 33
structure length 114
sequence length 114
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-05-20
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.330 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3d6rA00
2GX9A 3P39A 3O9QA 3F5TA 3M5RA 3KWGA 3KWIA 3OA9A 4OPHA 2KKZA 3P38A 3D6RA 2RHKA 4OPAA 3RVCA 3P31A 3O9TA 3EE9A 3L4QA 3O9RA 3O9UA 3O9SA 3EE8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CFRA 4JI0K 1ZBIA 3DLEA 1VRTA 3T3FA 3SUQA 4JKAA 2YJEA 1RT6A 4FOEA 3WXJA 3ZSZA 4LF4K 3PO5A 1NGFA 1GOBA 4K43A 4BRIA 4O5FA 4M7YA 3THYA 2VWBA 3L2RA 1C0GA 1HJOA 2GV9A 3C0BA 2Y1JA 4B1UB 1JLEA 4E7LA 3QMLA 5HOOA 2G8VA 2E2QA 3U9ZA 1RNHA 3OTOK 4ICLA 3LALA 3AARA 3K9JA 3G10A 2CH5A 4B9SA 3NMUA 1VQ9N 2P9IA 3B8AX 1VQNN 3ULEA 3CPEA 4DLEA 3UB5A 2QWMA 4AHRA 3E9PA 2GWKA 5AQIA 4FK2A 4A62A 4LFCK 4PWDA 4CBXA 1QSSA 2FBTA 5LJWA 2X78A 1UWBA 4OKEA 1GOCA 1WN7A 2HBJA 3KLEA 4N5SA 1BA1A 3ZEUA 3OS0A 4BQZA 1KFSA 2P9UB 2DTUA 3RVCA 3G4SN 4CFCA 1QSLA 4DV6K 1JXBA 2DY4A 3K5MA 4JKFA 3P5JA 1TKZA 3EEQA 3I0RA 4DSJA 3E9LA 3AVAA 1A5XA 1ATSA 2A3ZA 1E4FT 4LFBK 2BTFA 4OJRA 1QZ5A 4C1NI 1SAZA 2JWKA 4CEBA 4DTUA 1JLFA 2Q31A 3AVNA 3FZHA 3LZIA 3MXIA 1VQKN 3DXMB 3HSCA 3O5BA 1B92A 4IXCA 3ZT2A 3I8BA 3LWMA 1L3VA 3VQDA 2HVHA 2RPIA 4IO8A 3OYAA 4O4GA 4KAZA 2FSJA 1TKDA 4DTOA 1TV6A 3KD5E 1S1XA 2GWJA 4JLHA 4KTWA 4CIEA 5CE3A 4FLZA 1ATRA 5C0YA 1WB9A 2O8EA 3OYNA 1D9DA 4BRFA 4JYAK 5FROA 5AQYA 4ISEA 3D2EB 2KQ2A 4Y1DA 4DTXA 4CJPA 5JLFA 1JXEA 2JLEA 2F4VK 4LY7A 1DGKN 4DSFA 1LCUA 3J8AA 4MO4A 1VAZA 1NLVA 4JNEA 2ITGA 3CCSN 2HNYA 1NGGA 1S6PA 1V4TA 4DG1A 3ATUA 4FPBA 4E7HA 3AA2A 4IOXA 3PSIA 1VSJA 1BGXT 1GLLO 1KAZA 2PY5A 1RT3A 3F9MA 3KLHA 2E2OA 3NF6A 4JD2A 2X6SA 4LF8K 3PX4A 4JV5K 4MQ3A 4JI4K 3KK3A 4JK8A 4Z4FA 3VENA 2KW4A 1SQKA 4E7JA 1DLOA 2E6LA 2R7YA 4B9LA 4FK0A 5CZ1A 3AVLA 3M8QA 1VQ7N 3H08A 4DR4K 2HB5A 1JCGA 3MN7A 5JMVA 4WYBA 3SMPA 3CJ7A 1KSPA 3O1WA 2E20A 3EYZA 2G8HA 4NCGA 3H3NO 3TSQA 2AJQA 2YV0X 4DV0K 1U4BA 2HHQA 1LV5A 4BDPA 3HJFA 2IGIA 3C6HA 3ZT3A 1CLQA 3AVIA 3FZMA 3T69A 4JI6K 1IBLK 2F7TA 4DTRA 2WFBA 2QXFA 4JKGA 1YIJN 3K5NA 4NO7A 4HTUA 2HMIA 4BRGA 3V9UA 4RW7A 4CK2A 4J2BA 4M42A 4FWNA 3KK1A 1MA9B 1RDCA 2DFEA 4FZYA 5HRRA 5HLFA 4I9QA 3EE9A 3JAMO 3TPQA 3AO1A 1IKVA 3O9SA 3AA3A 5AZJA 3K5OA 2ZJRL 4GNIA 5KPRA 3UKRB 2YHBA 3ZSYA 4OVLA 5AQMA 1KTQA 1NKBA 1DEJA 1X9WA 3QO9A 4OPJA 3LDSA 2QXLA 2YCHA 5AQXA 3CCUN 3AVBA 4E7IA 1J5EK 4RG8A 2A5XA 4ZTJA 3V9ZA 1QE1A 1RBSA 3O4NA 3TAFA 1NK7A 3ZSOA 4GV3A 3LPTA 2PFUA 3VETA 5EVZA 3DXKA 3GG4A 1YTAA 2O8BB 2GX9A 4J2AA 2WOMA 3BZKA 4DFMA 4C23A 4CK3A 5HRNA 4YOTA 3SYZA 1N32K 3H1VX 4W5OA 1I94K 5AR0A 3R3LA 4I9LA 5IT9O 3Q7BA 4BREA 1A5VA 3IMXA 5AQPA 1HNWK 4OPHA 4IFYA 3VQCA 3T7ZA 3O8MA 4CESA 1QVGM 2V52B 1MWKA 4DCHA 4IFEA 4DV4K 3CJBA 4KTZA 4JKDA 2EX3A 3E9OA 4FZXC 3CCEN 1YJNN 2O8DB 5BREA 1MWMA 1Q9YA 1TKTA 3IFRA 3FE1A 3BDPA 1D8YA 2GUPA 3A5LC 1RTIA 4NXMK 4FJXA 4IG0A 4Z0UA 4X66K 4N41A 3S3OA 4B08A 3AA4A 4CGJA 4AM6A 2FF3B 3CJ1A 1JLAA 2I5JA 3WUHA 4UY8O 3QERA 3SPZA 4GW6A 3CF5L 1QQOA 1H1VA 1NGDA 2QA4N 4BWJA 2Q1NA 5AZIB 3CD6N 5JICA 2G8KA 3CI5A 1NGEA 2KFNA 5AFUH 3VQQA 4EIAA 1FW6A 2KHOA 4PKGA 4F4KA 3L4QA 3A5OC 4DUZK 1ASVA 2D4WA 3SV4A 1XMQK 2HBLA 3KVGA 1YT3A 2XHBA 5DM7L 4CJEA 4JK9A 3C7NA 4V19S 4FLUA 3S3NA 3C94A 2X74A 3EL2A 5AQLA 1J53A 2QWNA 2FBYA 3OYKA 3JXUA 5JLHA 3TABA 4CZLA 1B9FA 3K5LA 2P51A 1YJ9N 2KTQA 3AY9A 4DQ8A 4LD0A 1W0HA 2E5LK 3CETA 4CGIA 3H1QA 1KRPA 2PBDA 4CHPA 1KLNA 5JVHL 1OVQA 1Q86O 3MWTA 1JCEA 4CFBA 5BRDA 1NJWA 4H0XB 5J2NA 3HSTB 4XEIA 4M7XA 3P31A 1YI2N 2QWRA 3EN9A 4PHTX 5HL7L 4K0KK 3G25A 1TYQA 3NF9A 3CCQN 3NH2A 5I3UA 1HX1A 4YDUC 3THVA 3AVKA 4KH6A 3IG1A 4B1WB 2OANA 3UIQA 4FXDA 1IO2A 1BOTO 4CE9A 4XH4A 5AFUA 1QQMA 1HJRA 3R8EA 1WLJA 4BY9C 2P9SA 3QESA 4CEQA 3D45A 2D0OA 3HK2A 2VQEK 2UUBK 4OKKA 3SQ4A 2QKBA 3ZX3A 4CJLA 1C0TA 3BUZB 4XH1A 2OPSA 4W5RA 1NG9A 1DTTA 3D2FA 3KWIA 4A5AA 4FWPA 5KPZA 1NMNA 1GLAG 3SJJA 1OH8A 4CJ7A 1WSGA 4AH9A 3G6EN 2ZQBA 1L3UA 1HKCA 3QICA 3OHRA 3O3HA 4ID1A 1DT9A 2B4JA 3DI6A 2E2PA 2GELA 2ZJPL 4BC5A 1SL0A 4MLEA 4IDHA 4WFBL 3HM9A 2ASOA 4BR0A 4CBUA 4FW1A 1T7PA 5AQUA 3HT3A 1SKSA 4J2EA 1NJZA 2HBKA 4EP4A 3I33A 3WXIA 3OYFA 1JJ2M 1CZAN 3DLLL 4H0PA 4TSXA 3ZT1A 1J6ZA 3VESA 1BWFO 5FRMA 3R1XA 2FC0A 2P5OA 1IG8A 2OPPA 1T03A 2E88A 3BEXA 2Y1IA 3SZ2A 1XWLA 1RDWX 1XUPO 3NFAA 4DMNA 3QEXA 1S22A 2NRXA 2OTLN 1K8KA 3T19A 1NBWA 3H46O 4WFAL 5J1EA 2D5RA 3OJSA 5JVGL 2P9NA 1GLEG 3VF4A 4FLTA 2Z1GA 4CEDA 4QAGA 1WBBA 2OZSA 4FJMA 1U2VB 4K25A 4YOYA 1SUQA 3KIOA 4CJKA 1UAXA 1OH5A 1KLMA 2VG6A 3DYAA 3RMDA 4B3SK 3PIPL 3RR8A 1VSDA 1BO5O 2CGJA 4OPAA 4YHHK 4CGFA 4CJFA 4A57A 4GY2B 1LWEA 1XC9A 1C6VA 1HLUA 1I39A 3RMAA 3SK3A 2G8FA 2HOEA 3VQEA 2FF6A 4EP5A 4QS9A 5AQJA 3VA0A 4F3TA 1XQSC 3SAGA 1Y64A 4DF8A 4FLYA 3QFPA 5F2RA 2PYJA 4JEPA 3J7YP 2YNFA 1Q7YO 2WONA 3K9KA 4DV3K 1BL3A 1SL1A 4E7KA 1B9DA 3TTDA 4CHYA 3QIOA 3FZLA 4GMJB 3U3YA 3C95A 3VQ9A 5A2QO 4KHUA 3BF3A 2PZSA 2O4GA 2X6NA 3QLHA 1GLCG 3S41A 3A8YA 4WQ4C 2F9WA 1RGIA 4PL8A 4DTPA 4FJIA 4CGDA 4F9OA 4BGBA 2DFHA 4AQYK 2HHHK 4KI4A 2ZM6K 1LW0A 4DFJA 1TK5A 3GE1A 4F2RA 3F5TA 4M3RA 3NVMA 3L8BA 2NRZA 3QBWA 1RILA 5AQTA 2YHYA 2WTUA 3MMVA 3HP6A 4IJAA 1NK9A 1QTMA 3CC2N 1TAUA 4CF8A 1XNRK 4CJQA 3L6QA 5HRPA 4KTQA 3P1GA 4NLCA 3L2VA 4KHSA 2AA4A 1U45A 3IAYA 1IV0A 5EXWA 3C6UA 3OW2M 1M90O 4HHTA 3TSUA 3MDQA 3CXCM 2QWLA 4DHYA 4I2PA 5BPMA 3CCVN 3J80O 1FJGK 3VQ8A 2BUPA 3QIPA 2E4LA 3VEWA 5GADP 1K73O 4B9UA 3HPHA 4BRCA 2HNZA 1TK8A 1C1BA 1T3VA 3OYHA 4BDYA 4C8MA 4EHTA 2P9UA 2BH1A 3ZT0A 4FJ8A 4DV2K 1NJIO 3CM6A 3OYJA 1S9GA 4CZJA 2UU9K 2NZTA 3GDQA 4HTLA 1NGHA 3VQ7A 4YOXA 4U67L 1L5UA 1VSHA 3KJVA 4X62K 3ZT4A 3MN9A 3ULDA 3ZCMA 4JI7K 1CZBA 1W7AA 3MCPA 1C0MA 4YY3K 1WOQA 4FCYA 5AQZA 1S1WA 1QQCA 2OPQA 4ELTA 5IWAK 3SMSA 4IFVA 2NRWA 3NH1A 2IAJA 3LDQA 3NF8A 4E0DA 2XY6A 1U04A 1TK0A 2YX6A 2QWQA 3CERA 4PKIA 3G0ZA 1RDBA 2IOCA 2KFZA 2HF4A 4GV9A 3AGKA 3UKUA 4H5WA 1YJWN 4WFNL 3ULEB 3TTCA 1DTQA 1RDUA 4GVEA 4O0JA 1BQNA 4HCBA 2EWSA 1LWCA 1JLQA 2E1YA 4J2DA 2KZZA 3MX5A 4LH5A 5C15A 3EE8A 1BHLA 3NF7A 3K57A 3VQAA 5BPNA 5I9EB 1GOAA 3VPZA 4Q0BA 3AGRA 4LF5K 3LAKA 4KH4A 3KWGA 2XRIA 3V1QA 4FLWA 5FPDA 1HNVA 3ID6A 1G99A 1WSJA 3J7AP 1HYVA 3OA9A 3HYFA 4FJ5A 4BWMA 4G1QA 5KRTA 4MDAA 3RSEA 4KV8A 4O5BA 3KKRA 1WAFA 1ATNA 3MN5A 4DS4A 1OH7A 4JAXA 4KHQA 4CZFA 4DFPA 3HVRA 2D0BA 1S3XA 3P39A 4Z4CA 3OYGA 3A2FA 4UQGA 3OS2A 3ASMA 3V4IA 1TUYA 3AA5X 3VEYA 3V9SA 4DQRA 5J2MA 1X3NA 1X9MA 4DQPA 3CMAN 2D0CA 1KVCA 3BZCA 3OYBA 4BR4A 4FJHA 3THWA 4X64K 4CCHA 1OVYA 2P9PA 3VOVA 4FZZA 4CF2A 1RDDA 2FSNA 4AHSA 3CC7N 1YTUA 1S5JA 2GTDA 2WUSA 2O8EB 3K58A 5C42A 1NK4A 1RT1A 3V9WA 5KI6A 2XY8A 3WT0A 1TL3A 2RN2A 5LMNK 1Z6RA 3W0LA 4I6MA 4FJ7A 1YITN 4BC4A 3ZLJA 1HPMA 3LDPA 3OYDA 1NKEA 1VSEA 2G8WA 3HRGA 1KD1O 4BQLA 1UOCA 4A61A 4B9NA 1J9AA 1RTHA 1LW2A 3DLKA 4KKOA 3Q7CA 3SUOA 3CJCA 3CCLN 3VEZA 3DOKA 2VG7A 4A59A 4H5TA 4YORA 3O4QA 2XO7A 3GL1A 1XHXA 5ADXH 1U47A 2O8FA 3M8PA 3E1YA 3L2UA 1S1TA 2UUAK 2QTDA 3P38A 3VTIA 1J54A 1T8EA 3EZ5A 4B1VA 3C65A 3FLCO 5EY4A 1E3MA 5F1XA 3C6AA 3CQXA 3JS6A 3A0IX 2O8BA 3SNNA 2Z1IA 3SQ2A 3M5RA 1NGIA 1D4XA 5DMRA 3CQYA 3O6WA 4YNQA 3AVGA 4DWIA 3ATVA 3O4WA 4DR1K 4N47A 1BI4B 1K8AO 1U6ZA 5M1FA 4BG9A 5EU7A 4PA1A 3MECA 4H4MA 2EHGA 4ILGB 4C8NA 2UXCK 5AQKA 4AHCA 5GIOA 1N34K 3DM2A 1MDUB 2QM1A 4GKKK 1XNQK 1ZYQA 5AQQA 4Z94A 1EWRA 4OKJA 1KAXA 3R9PA 2LSNA 3TWHA 3MWPA 2KZMA 4I7FA 3TAGA 1HYZA 1YAGA 4K8XA 3HTVA 2P9LB 2Q97A 3HPGA 3HPOA 2HBMA 3BP8A 4B3MK 5AZJB 1BCMA 1LWFA 1ZBLA 3I8DA 3CFOA 4Z4GA 3SLCA 3TAEA 1EETA 1REVA 5E41A 4O55A 1TL1A 1LAVA 4IZ9A 1SZ2A 5ADXA 1TVRA 4LC9B 1Q18A 5AQVA 5M1KA 4KRFA 1EO1A 1S9EA 4PL7A 3CM5A 4B3RK 2A1SA 2RHKA 1FXXA 1WBDA 2HMPA 3DXKB 5AQSA 4CHQA 4X65K 4BRPA 2P9KA 4CW7B 3VF2A 3MEGA 1ZBUA 3FZFA 4RCHA 4ELVA 1ZXOA 3RMBA 1GLJO 1N8RO 3CJAA 3KD1E 3V9XA 3TAQA 2G8UA 4KHYA 4YOUA 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3MX2A 2Q36A 4CJ4A 4JHDA 1NWKA 1UA0A 4DU4A 2KLAA 2V7ZA 3VEVA 4PUOA 4QCLA 5BN8A 4M3WA 4CJ3A 3D2FB 4BRHA 4IO9L 5GAHP 4NXNK 2YNHA 4JI5K 2ETJA 2CH6A 2YHWA 3L0QA 5B8HA 5KTQA 1HKBA 1QVFM 1F21A 2OCEA 3FFIA 3KLIA 4BVPA 3U3GA 4A2BA 5FPMA 5M1NA 3SPYA 3THXA 4J8FA 3LP1A 1SKRA 3RWUA 3FGUA 3L4IA 1V4SA 2P1JA 1N33K 1KAYA 1WSEA 3PO4A 1RBUA 2YHAA 1NOZA 4LF7K 3LM9A 1IG9A 2D0AA 5AJ3K 4AILC 1E4GT 2O8CB 5CYMA 3IDHA 3AVMA 3ZX0A 1QHAA 1HUXA 1HQUA 3QBXA 2F9TA 5MLCQ 4JI1K 3AVFA 3MEDA 5KRSA 2QK9A 4E19A 1OH6A 1I3AA 4WCEL 5C24A 3CMEN 1IJJA 2BE2A 2P9NB 4BE1A 3DJCA 1X1PA 3OYLA 4JS5A 1WAJA 1VQMN 2HHSA 4IJNA 2IIRA 5H1SQ 2VGNA 4HCCA 2E6MA 3ID8A 2ZE2A 3NGIA 3HOSA 1ASWA 3HZ6A 3LANA 4HUGA 1T6DA 3PUFA 1MU2A 3P83D 3I0SA 1RBTA 5HP1A 5GIPA 2I7NA 4Y0WA 3E01A 1JL1A 3CQ8A 2YHXA 3B6PA 4DF4A 4DV5K 4RW4A 3NGZA 4MO5A 4JN4A 2PYLA 2OZMA 1W97L 3DLBA 4FPAA 5CY4A 1A5WA 5BN9A 3AVJA 4CJTA 4FLVA 2GEMA 3K59A 4B1YB 1VHXA 4LSLA 3LL3A 2CGKA 3UE5A 2FXUA 4BR2A 3D7EO 5DM6L 1RFQA 2Z1JA 1P90A 3CIPA 2HHVA 4WQ5C 2PAVA 4DTMA 3QEVA 2AP1A 1NMDA 4RW8A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2GX9 A;  3P39 A;  3O9Q A;  3F5T A;  3M5R A;  3KWG A;  3KWI A;  3OA9 A;  4OPH A;  2KKZ A;  3P38 A;  3D6R A;  2RHK A;  4OPA A;  3RVC A;  3P31 A;  3O9T A;  3EE9 A;  3L4Q A;  3O9R A;  3O9U A;  3O9S A;  3EE8 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CFR A;  4JI0 K;  1ZBI A;  3DLE A;  1VRT A;  3T3F A;  3SUQ A;  4JKA A;  2YJE A;  1RT6 A;  4FOE A;  3WXJ A;  3ZSZ A;  4LF4 K;  3PO5 A;  1NGF A;  1GOB A;  4K43 A;  4BRI A;  4O5F A;  4M7Y A;  3THY A;  2VWB A;  3L2R A;  1C0G A;  1HJO A;  2GV9 A;  3C0B A;  2Y1J A;  4B1U B;  1JLE A;  4E7L A;  3QML A;  5HOO A;  2G8V A;  2E2Q A;  3U9Z A;  1RNH A;  3OTO K;  4ICL A;  3LAL A;  3AAR A;  3K9J A;  3G10 A;  2CH5 A;  4B9S A;  3NMU A;  1VQ9 N;  2P9I A;  3B8A X;  1VQN N;  3ULE A;  3CPE A;  4DLE A;  3UB5 A;  2QWM A;  4AHR A;  3E9P A;  2GWK A;  5AQI A;  4FK2 A;  4A62 A;  4LFC K;  4PWD A;  4CBX A;  1QSS A;  2FBT A;  5LJW A;  2X78 A;  1UWB A;  4OKE A;  1GOC A;  1WN7 A;  2HBJ A;  3KLE A;  4N5S A;  1BA1 A;  3ZEU A;  3OS0 A;  4BQZ A;  1KFS A;  2P9U B;  2DTU A;  3RVC A;  3G4S N;  4CFC A;  1QSL A;  4DV6 K;  1JXB A;  2DY4 A;  3K5M A;  4JKF A;  3P5J A;  1TKZ A;  3EEQ A;  3I0R A;  4DSJ A;  3E9L A;  3AVA A;  1A5X A;  1ATS A;  2A3Z A;  1E4F T;  4LFB K;  2BTF A;  4OJR A;  1QZ5 A;  4C1N I;  1SAZ A;  2JWK A;  4CEB A;  4DTU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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