3D7EO

Enterococcus casseliflavus glycerol kinase mutant his232ala complexed with glycerol
Total Genus 174
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
174
sequence length
495
structure length
495
Chain Sequence
NYVMAIDQGTTSSRAIIFDRNGKKIGSSQKEFPQYFPKSGWVEHNANEIWNSVQSVIAGAFIESGIRPEAIAGIGITNQRETTVVWDKTTGQPIANAIVWQSRQSSPIADQLKVDGHTEMIHEKTGLVIDAYFSATKVRWLLDNIEGAQEKADNGELLFGTIDSWLVWKLTDGQVHVTDYSNASRTMLYNIHKLEWDQEILDLLNIPSSMLPEVKSNSEVYGHTRSYAFYGSEVPIAGMAGDQQAALFGQMAFEKGMIKNTYGTGAFIVMNTGEEPQLSDNDLLTTIGYGINGKVYYALEGSIFVAGSAIQWLRDGLRMIETSPQSEELAAKAKGDNEVYVVPAFTGLGAPYWDSEARGAVFGLTRGTTKEDFVRATLQAVAYQSKDVIDTMKKDSGIDIPLLKVDGGAAKNDLLMQFQADILDIDVQRAANLETTALGAAYLAGLAVGFWKDLDELKSMAEEGQMFTPEMPAEERDNLYEGWKQAVAATQTFKF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural characterizations of glycerol kinase: unraveling phosphorylation-induced long-range activation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycerol kinase
molecule tags Transferase
source organism Enterococcus casseliflavus
total genus 174
structure length 495
sequence length 495
chains with identical sequence X
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2008-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3d7eO02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3d7eO01
3GE1A 3SMPA 3D2EA 5AQIA 1NGIA 2A3ZA 3I8BA 5EY4A 3UKUA 4BVPA 4MLEA 4DQ8A 1C0GA 3VERA 1DEJA 4EHTA 2V7ZA 4XH5A 2QW9A 3S41A 3LL3A 4YDUA 3D2EB 5AFUH 3UKUB 3H46O 5AQFA 3QDKA 3BEXA 2V52B 2A41A 1QQMA 3R8EA 3CJAA 3VF4A 4NB4A 2HF3A 4NO7A 5AQXA 2EWSA 2FF6A 3FZLA 4BRDA 3JS6A 4BC3A 5KPZA 2F9WA 1GLDG 3ENHA 4M63C 5AQZA 4EAHD 3CQYA 3J8AA 3O80A 3GDQA 4K42A 3LDOA 5AQYA 1OKJA 5AQRA 3CI5A 4B1YB 4YDUC 4CZHA 4BG8A 5BREA 4I6MA 1H1VA 1TYQB 1C0FA 1JCFA 3MK6A 4BRAA 3FZKA 5AR0A 4FWSA 1NGAA 3FZFA 3U9ZA 2YHWA 5KQDA 5TKYA 3VEOA 2GWKA 2YJFA 1BU6O 4FWQA 4I6MB 5EOYA 4RWTA 2FXUA 3HSCA 3VEYA 5JLFA 5AFUA 3L0QA 5LJVA 4CBUA 1T6CA 1JCGA 1ATSA 5AQMA 5AZIA 4XH4A 4XH1A 3KZBA 5BPMA 1NWKA 2BTFA 3LDNA 3IDHA 3VPZA 1HUXA 1NGFA 1NGCA 3ID8A 2CH6A 2GEMA 1MDUB 2P9KA 2IVPA 2V51B 3A5MC 4O8KA 4PKHA 3D2FA 3KHYA 4H0YB 5AQLA 2GELA 3ULEA 4CZLA 3CERA 3WQUA 2P9NA 2D0OA 3GG4A 4H5NA 2BUPA 2VYPA 3BUZB 1NM1A 4GNIA 3O1WA 1T6DA 2P9KB 3MN5A 1HKCA 3IUCA 4H5VA 2QM1A 2QWMA 4FPAA 3D2FB 3VF2A 2FF3B 3BP8A 5AQWA 3VENA 3ULEB 1RDWX 3LM2A 3WEEA 4FWKA 2P9NB 4O5FA 1GLEG 3LDPA 1BA0A 5JICA 4BQLA 1NBWA 3DAWA 3H45C 4XEIA 2IIRA 1XQSC 1ZBSA 4JD2A 4BROA 3CIPA 3QICA 2IVNA 3ENOA 5AQJA 3WEEB 1NLVA 1RFQA 3F9MA 2ZF5O 3A5LC 1YXQA 4H0VB 3ZX3A 3MN7A 1GLCG 1KAZA 4CZGA 3VEVA 4M7XA 1HLUA 1BG3A 2ASPA 2ZGZA 1LCUA 4HTLA 3DWLA 3FZMA 2FSJA 1HX1A 3O1BA 4BR5A 1DKGD 2E20A 3G25A 4FWOA 5ADXH 5AQGA 2WUSA 4M7YA 1NGGA 1HKBA 3DXMB 2Q0RA 4BRLA 4IZ9A 4IO8A 4CBWA 3HTVA 3MCPA 1Z6RA 5LJWA 3U4LA 1RGIA 2P9LB 1QQNA 2NRHA 4CZKA 2I7PA 1LOTB 2Q31A 4CJ7A 4CZEA 3VETA 3H1QA 2E8AA 4ISGA 3M6GA 4FWRA 3TU5A 2A42A 4AM6A 1QZ6A 1TUUA 1U2VA 3H1VX 3HM8A 3FLCO 4H0PA 3EKSA 1MA9B 1P8ZA 3ATUA 3LM9A 2NLXA 4BRHA 2D0PA 3CJ7A 3SLCA 3B8AX 4PL8A 3O8MA 3AY9A 4BR9A 5AQTA 3R6MA 4IJNA 5AQNA 3VGLA 4BQZA 2Q1NA 3M3ZA 5EX5A 1BWFO 1S3XA 4QS9A 4CZJA 1NMDA 4CZMA 5AQUA 2GTDA 3CHWA 4H5RA 5FPDA 1J6ZA 3BF1A 5ADXA 5AQKA 2F9TA 2VCPA 3VOVA 4AM7A 2QWNA 2DPNA 2ITMA 4FPBA 1KAXA 3O5BA 3CJCA 5BRDA 3A8YA 4CI6A 5BRFA 4BG9A 3SJHA 1ZXOA 4Y0WA 2VWBA 3A0IX 2YHYA 2D1KA 3IMXA 5AQSA 1ESVA 4JAXA 2QWLA 4C23A 5KQ8A 2Q0UA 1NGHA 5AQPA 5BN9A 3EKUA 5AZJA 3EL2A 2CGLA 2KHOA 4BRFA 4GY2B 4Z94A 2Q97A 4LC9B 1MWKA 1XUPO 1BA1A 2PAVA 5JLHA 1X3NA 5AQOA 1HPMA 3DJCA 4H0OA 3FGUA 3MMVA 3W0LA 1BDGA 5F1XA 2E1ZA 3RSEA 4BC5A 3OHRA 5AZJB 3QBWA 1YAGA 4MO4A 5AZIB 1QHAA 2P9UA 4A62A 4BGAA 3VEXA 5BR9A 1HJOA 4FL9A 3H3OB 1T44A 1MWMA 2QXLA 3TPQA 2FSKA 3A5OC 2P9PA 4WYBA 3RSEB 2QWRA 3WXJA 4K41A 3QBXA 2ZWHA 4BRQA 1YUWA 2Q36A 5EVZA 4BRIA 4H0XB 2CGKA 2HOEA 2P9IA 4IXCA 3FZHA 4B1WB 1BO5O 1CZAN 4CZIA 2QWOA 2AP1A 4QS7A 1GLBG 1XC3A 4FWMA 1GLAG 1GLLO 4J8FA 2QWQA 3CQXA 4JNEA 2A40A 4B9QA 3GBTA 3MN9A 3UKRA 3DXKA 5I9EB 2P9IB 3EZWA 1HKGA 4IWVA 2FLOA 4PKGA 3VGKA 5F0XA 3H3NO 2V7YA 4RCHA 4JD2B 4CBXA 3W3DA 4FOEA 2E2OA 4ISFA 2A5XA 4EHUA 4BRCA 3UKRB 3VESA 1X9JA 2HMPA 3DXKB 2ZGYA 1IJJA 4E1JA 1NGBA 4K25A 3L4IA 4WQ4C 4B1UB 1E4FT 4DHYA 3VF6A 5BN8A 5AQVA 2J4RA 1WUAA 3ATVA 4BRGA 1EQYA 1QQOA 3UE5A 1Z05A 2E2NA 4FO0A 3HI0A 1SAZA 2D4WA 2YHXA 4A2AA 4BRPA 4F9OA 2ASOA 2HF4A 4WQ5A 3GOIA 3WT0A 4BRNA 1GLJO 4JHDA 3WXIA 5F2RA 4BR0A 1Y64A 2E1YA 2A6AA 3QFPA 2PBDA 3FFKB 1TUYA 3WQTA 3VEWA 4PKIA 3AARA 5KPTA 3M1FA 1KAYA 1U2VB 3A5NC 4EFHA 4RTFD 3JXUA 1Q18A 3CETA 4JHDB 3ZEUA 5LY3A 5CE3A 3VGMA 2Q2RA 3O08A 1IG8A 1NGDA 1U6ZA 1G99A 4WQ5C 1SQKA 1SZ2A 3EN9A 5KPRA 3ZEUB 5FPMA 4CZFA 4CD3A 2CGJA 3R9PA 1JCEA 3AAPA 4FWLA 3ZX2A 1TYQA 3O6WA 3WXKA 3C0BA 5FPEA 4QS8A 2OANA 3SK3A 3P4IA 4JN4A 1GLFO 2W41A 3L6QA 3HBTA 3HZ6A 2UYTA 1R59O 1ATNA 2ASMA 1K8KA 3LDLA 5EXWA 3WUHA 3D7EO 4BRKA 5JMVA 4KBOA 5FPNA 1V4SA 1NGJA 1YVNA 3MDQA 1BOTO 4DCHA 3C7NA 2YI1A 4H0TB 4FWNA 1K8KB 3QMLA 5AQHA 4B1XB 4BR2A 3SMSA 3QB0A 5ELZA 5BRHA 2P9UB 3U8XA 3VEZA 2GWJA 1E4GT 3C7NB 3FR0A 2NZTA 4HWIA 3MN6A 2P9PB 5E26A 2E88A 3IFRA 1WOQA 4EIAA 1V4TA 4H5TA 4DB3A 4L3QA 4FWPA 4MO5A 4A2BA 5AQQA 4WQ4A 3CJ9A 2H3GX 1NGEA 4BVOA 2IVOA 4IJAA 3ZX0A 3BF3A 4ISEA 4BC2A 1S22A 4BR4A 3CJBA 1ZC6A 4FSVA 5E84A 4BC4A 4PL7A 3GL1A 3ZETA 1X3MA 1D4XA 4B1VA 5BPNA 2E2PA 2QWPA 3UB5A 4BREA 4MLHA 4FOIA 2E2QA 3AAQA 3FE1A 3KVGA 2W40A 2FSNA 3H6EA 1KXPA 2P9SA 3QFUA 3ZETB 3WXLA 3DXMA 1DGKN 2CH5A 3LDQA 4H03B 4BGBA 5B8HA 5BPLA 1BUPA 1QZ5A 4K43A 3U9DA 4CD1A 3EO3A 2GUPA 2AA4A 2P9LA 2YJEA 3CJ1A 4BRMA 4B1ZA 2YCHA 2P9SB 4BR7A 1ATRA 2I7NA 3I33A 3O4WA 4H5WA 4A61A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HM9A 3M8PA 5AQIA 1NGIA 2A3ZA 4BVPA 4W5TA 3EYZA 4JKAA 4JK9A 4DUZK 4DQ8A 3UIQA 3E9LA 4XH5A 1Q8IA 4LFBK 3H46O 4CJRA 3QDKA 1QQMA 3R8EA 4DQPA 3NBPA 3L2UA 1JXEA 3OS2A 2HF3A 3KLIA 2EWSA 3FZLA 3QEWA 5HOOA 1CZBA 1SKRA 1IKYA 2E6MA 4CJVA 4FJKA 3PIOL 2F9WA 1GLDG 4CJ4A 3OYFA 3J8AA 5GAGP 3LDOA 3P38A 1FW6A 2ZQBA 4YDUC 3ZT2A 3U3GA 4BG8A 3KLFA 1H1VA 1TAUA 4BRAA 1A5XA 3CYMA 3VQAA 5AR0A 3NGZA 3AO2A 4FWSA 2UXDK 4K8XA 4X64K 1RDUA 3U9ZA 5KQDA 1BGXT 5CZ2A 1XMQK 2GWKA 1XHXA 1JLAA 2KLAA 3SPZA 4CF8A 4B9LA 3AVMA 1S1UA 3G4SN 3MAQA 1ATSA 4CJLA 5GAHP 5KRSA 3R3LA 1HUXA 3CG7A 1M90O 1JL2A 2XRIA 2XY6A 3QO9A 2D5RA 2P9KA 3SAGA 1UA1A 4DR7K 1JL1A 4DQRA 2GELA 3ULEA 1C0UA 4CZLA 3TARA 3KK1A 3HJFA 4Y1CA 4CERA 2WC9A 4PA1A 1ZBHA 4GNIA 2P9KB 5CYMA 5AQWA 3ULEB 1RDWX 4DR1K 3F5TA 3MEEA 3NGIA 5JICA 4BQLA 4JI3K 4XEIA 4BE1A 4X65K 1YIJN 3EY1A 4OGCA 5D3GA 3ENOA 4CHZA 1NLVA 3THYA 4DU3A 3F9MA 3A5LC 2F4VK 1IKVA 4K8ZA 1X1PA 1ILYA 1GLCG 4CZGA 3C65A 1EXQA 4M7XA 1HLUA 4HTLA 3OYKA 2HHTA 4DTOA 2E20A 3THYB 3P39A 3G25A 1BQMA 1NJIO 4CJFA 4YHHK 3SBGA 1Z6RA 3U4LA 2P9LB 1L3TA 2NRHA 2Q31A 1S1VA 4JKEA 4FVMA 4ISGA 3S3NA 4YORA 1QZ6A 1HQUA 1U2VA 3HM8A 3FLCO 3V9WA 3SQ2A 2NLXA 4H8KA 3RVCA 4DU1A 3SUPA 1NJZA 1A5VA 3ZSVA 3TTCA 4O55A 4PL8A 4E1MA 4LH5A 3L2QA 4BR9A 4IJNA 4JKHA 5EX5A 4W5RA 4GVMA 1HNWK 1JLGA 1UOCA 4FJIA 1S3XA 4OO1J 2R7YA 4QS9A 4B9SA 4OLBA 4DFJA 3CHWA 3IRXA 5FPDA 4IOCL 3VN5A 4DSEA 2YKNA 3ZSYA 5C12A 3AA4A 4RW4A 1L3VA 4U7BA 3AO3A 1VSEA 4CFCA 1KAXA 3O5BA 2D0CA 4E7LA 1WAFA 4JI8K 4BG9A 3KLEA 4DSJA 1ZXOA 2PYLA 2FBTA 1D9FA 3NHGA 4ELVA 4DFPA 4O0IA 3HO1A 3MX2A 4F3OA 1NJXA 5AQPA 3AA3A 5DMRA 3EL2A 2KHOA 4FJJA 4Z94A 2Q97A 3K5LA 3U6FA 3OVNA 4M42A 2VWJA 4BY9C 1N5YA 5C2DA 5KGWA 1U4BA 4BWJA 4F4KA 4FM1A 4H0OA 3O3FA 2E1ZA 4I7FA 3WNGA 5MLCQ 5AZIB 1QHAA 4FJ7A 1VQ6N 5IWAK 3CM5A 1C1CA 1ZBUA 4AHRA 3SUNA 2YNIA 3WNFA 3MCAB 3VEXA 3SBTA 3VQ8A 3BZKA 1NK6A 2PY5A 4V19S 3A5OC 1VQKN 3DYAA 4OLAA 4PUOA 3QERA 1NKCA 4B3MK 3OBYA 3QBXA 3QLHA 1YUWA 1TGOA 4CEFA 3DLGA 4R5PA 1D9DA 4KHUA 2YHAA 2HOEA 3FZHA 4GV6A 3VQDA 2QWOA 1VQ8N 4CK3A 2O8BA 3LAMA 4IOXA 1BCMA 3SQ1A 4B9NA 4KREA 1XC3A 2BANA 3CQXA 3CXCM 4JNEA 3CQ8A 3NH2A 3UKRA 2JWLA 3T1HK 3SQ4A 4JS4A 2FLOA 2YHBA 3RRHA 2V7YA 4RCHA 1GOBA 1L3UA 2W42A 1HJRA 4OX9K 4KI4A 3TI0A 3UKRB 4WFNL 5FROA 4DV2K 3CMAN 1TV6A 4CGGA 1RT4A 4K25A 3DI6A 3OYDA 3NFAA 4WQ4C 1TAQA 4DHYA 5BN8A 4DR5K 2E4LA 4Z4FA 4CIEA 5AQVA 4BACA 1WUAA 3L3UA 4DQIA 3ISNC 2G8UA 1QQOA 1SUQA 1GOCA 1Z05A 4FYDA 2YHXA 2JLEA 5C2FA 4PWDA 2ASOA 3WT0A 4WQ5A 3I8DA 3NF7A 3ZCMA 5F2RA 3MX5A 1Y64A 3QFPA 2A6AA 5T7BA 1NK4A 3FFKB 1S6QA 3C95A 1KAYA 1KLNA 4FZXC 5GIOA 4NXMK 1J5EK 1KSPA 1VSHA 4DR2K 1C1BA 1SV5A 4FK4A 3O08A 1RTIA 2HBJA 1NGDA 1T3VA 4CEAA 1TK5A 3KJVA 4DSFA 4AHVA 1N33K 3I56N 5FPMA 4I9QA 4CD3A 4FK0A 1JCEA 1TYQA 4DF8A 3O6WA 2BGGA 3VTHA 5FRNA 1LWFA 1DT9A 3SK3A 4GW6A 4NCGA 4JN4A 1GLFO 4ILHA 3F73A 3MXIA 4B8CA 4ZTJA 3AVKA 3SUOA 4FLUA 2OA8A 1R59O 3PX4A 1ATNA 3WUHA 2G8VA 3KWGA 4NYFA 4DS4A 4KBOA 1XC9A 3D0PA 1P90A 4IFYA 3V1OA 1YVNA 1BOTO 4CJWA 4DCHA 3C7NA 2ZJRL 4FJ8A 2UUBK 2HVHA 2D0BA 4LF7K 1T03A 3FFIA 3QMLA 3MXMA 3LP3A 4B1XB 3THWA 3QB0A 5ELZA 5BRHA 4GMJB 2P9UB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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