3D7EO

Enterococcus casseliflavus glycerol kinase mutant his232ala complexed with glycerol
Total Genus 174
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
174
sequence length
495
structure length
495
Chain Sequence
NYVMAIDQGTTSSRAIIFDRNGKKIGSSQKEFPQYFPKSGWVEHNANEIWNSVQSVIAGAFIESGIRPEAIAGIGITNQRETTVVWDKTTGQPIANAIVWQSRQSSPIADQLKVDGHTEMIHEKTGLVIDAYFSATKVRWLLDNIEGAQEKADNGELLFGTIDSWLVWKLTDGQVHVTDYSNASRTMLYNIHKLEWDQEILDLLNIPSSMLPEVKSNSEVYGHTRSYAFYGSEVPIAGMAGDQQAALFGQMAFEKGMIKNTYGTGAFIVMNTGEEPQLSDNDLLTTIGYGINGKVYYALEGSIFVAGSAIQWLRDGLRMIETSPQSEELAAKAKGDNEVYVVPAFTGLGAPYWDSEARGAVFGLTRGTTKEDFVRATLQAVAYQSKDVIDTMKKDSGIDIPLLKVDGGAAKNDLLMQFQADILDIDVQRAANLETTALGAAYLAGLAVGFWKDLDELKSMAEEGQMFTPEMPAEERDNLYEGWKQAVAATQTFKF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural characterizations of glycerol kinase: unraveling phosphorylation-induced long-range activation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycerol kinase
molecule tags Transferase
source organism Enterococcus casseliflavus
total genus 174
structure length 495
sequence length 495
chains with identical sequence X
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2008-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3d7eO02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3d7eO01
1LOTB 1ZC6A 3HTVA 5FPMA 1BA1A 4RTFD 3VOVA 5AQYA 3WEEB 4IJNA 5AQRA 4M7YA 5AQUA 2E1YA 1GLEG 4BROA 5FPEA 3VEXA 1J6ZA 3GL1A 3WXIA 3LM9A 3QDKA 1DGKN 3ID8A 5AQQA 4FWSA 3CERA 4AM6A 1TYQB 5AZIA 3JS6A 3O6WA 2UYTA 4CZJA 4BRDA 1IJJA 5AQGA 3FLCO 4JD2B 4BVPA 4ISFA 2Q1NA 1X9JA 3CQYA 4WYBA 4JHDA 1NM1A 4RCHA 3MN5A 4XEIA 3WQUA 1S3XA 1D4XA 4CBWA 4K25A 2KHOA 4B1ZA 1NLVA 5FPDA 4FWOA 1GLJO 3ENOA 1BOTO 2QWPA 2HMPA 3VF4A 3MN6A 1Q18A 5JMVA 5EX5A 3VERA 2GWJA 3W0LA 3HSCA 5AQWA 1SQKA 4NO7A 2ZGYA 5BN8A 4FWLA 3WQTA 2V7YA 3LDNA 3HZ6A 4I6MB 3I33A 4PKHA 4F9OA 3H1VX 3QBXA 4FPBA 4BQZA 2YJFA 3MN9A 4BREA 2D4WA 3UKUA 2E1ZA 1QQMA 2F9TA 1NGBA 1SZ2A 1KAZA 2Q0RA 4M63C 5AQSA 4C23A 4CBUA 4DCHA 3LM2A 3ULEA 3VEOA 1NGCA 4BRFA 3LDPA 5I9EB 4BG9A 3VPZA 3GBTA 5FPNA 5BPLA 4CZGA 4JAXA 1HKCA 1QHAA 1ESVA 3DXMB 4IZ9A 2A6AA 4BRIA 4FO0A 3SLCA 5AQJA 4XH1A 2P9SA 1BG3A 2FF3B 3VGKA 1YVNA 4DQ8A 3VEWA 4XH5A 2P9KA 5CE3A 2QM1A 1X3MA 1ZBSA 3WXLA 2NZTA 1Z6RA 3CJ7A 2YHWA 5KPTA 2E8AA 3EO3A 3H3OB 3MDQA 4GY2B 3CETA 4PL8A 4B1YB 4DB3A 2Q31A 3WEEA 4CI6A 5AQPA 3VESA 3I8BA 1RDWX 3BEXA 4B1VA 4H5VA 2YHXA 1QQNA 4WQ4A 2ASPA 1TYQA 5AZJB 4H5WA 5BRDA 1GLBG 3O1BA 3LDQA 4K42A 3OHRA 2P9NB 5B8HA 4B1XB 1MWKA 2A5XA 2QWNA 3AAPA 4JD2A 2DPNA 5AR0A 2E88A 3F9MA 3DXKB 5BN9A 3O8MA 3DJCA 3FZMA 1JCGA 3L0QA 1EQYA 3O4WA 5AQLA 4MLEA 3EZWA 3R9PA 3ZEUA 3HBTA 1RGIA 3IUCA 3TPQA 2QWLA 3U9DA 2P9UB 4JNEA 3CJAA 3MK6A 3JXUA 2CGKA 1JCEA 4FSVA 3CJ1A 2Q0UA 1HPMA 1IG8A 2D0OA 2E2OA 3LL3A 4FOEA 2IIRA 1Z05A 4BRAA 2A3ZA 1T6CA 2FSJA 3AAQA 4I6MA 1H1VA 3L6QA 4MO5A 5BREA 2BTFA 3O5BA 3FZHA 3M6GA 3H3NO 1HX1A 4H5NA 5E26A 4FWMA 1DKGD 3GE1A 4CJ7A 5EXWA 1BUPA 3ZETB 1BA0A 2HOEA 2VWBA 4BC2A 4BGBA 4BG8A 4QS8A 3CIPA 5E84A 5KPRA 3FFKB 4H0VB 3CI5A 4WQ5C 1CZAN 1NGGA 3M1FA 5AQXA 2CGLA 4NB4A 3AARA 2GUPA 3KHYA 3H45C 2GWKA 3EL2A 3GDQA 4EIAA 1DEJA 1NGIA 5AFUA 1NGJA 3LDOA 2CH5A 1RFQA 3A8YA 1MWMA 2F9WA 4FWRA 3FGUA 2VCPA 2ZWHA 4CZHA 2D0PA 4RWTA 3VF2A 3SJHA 4EHUA 1WUAA 4EFHA 4B1UB 4FWNA 4FL9A 3GOIA 3IMXA 2E2NA 3U8XA 3ATUA 4MO4A 1U2VB 4FWKA 4L3QA 1XQSC 3WUHA 4CZLA 5KQ8A 5AZJA 4LC9B 3VEYA 3D2FB 1OKJA 2P9NA 5AQVA 4DHYA 1QZ6A 3A5MC 3VEVA 4XH4A 3VF6A 3DXKA 3RSEA 4A62A 3DAWA 4BRNA 3A5NC 2ASMA 3LDLA 1SAZA 3UKRB 1KAYA 3FR0A 4IO8A 4YDUA 3QICA 3A5OC 1NGEA 3D2EB 2A42A 4MLHA 2P9UA 3FZLA 2Q36A 2HF3A 3UB5A 1NGDA 1T44A 1QZ5A 5F2RA 1E4GT 4FWPA 1KAXA 3C7NB 4CD1A 2P9PB 4K43A 3W3DA 5ELZA 2EWSA 5BR9A 3HI0A 5EVZA 4QS9A 3SMPA 2ZF5O 5F0XA 3FZFA 3CJCA 2QWQA 2P9LB 5KPZA 1GLCG 5AQKA 1ATSA 3P4IA 1E4FT 2V7ZA 5AQMA 2IVNA 3H1QA 2AA4A 2A40A 1V4TA 3EN9A 3O1WA 3ZETA 2QWOA 3QBWA 5TKYA 1GLAG 4CZKA 4BRMA 2FSNA 4BVOA 2V51B 1YUWA 1ZXOA 3TU5A 4H0TB 3ZX0A 4A2BA 2E20A 2NLXA 3CJ9A 3WXJA 3QFPA 3VEZA 4QS7A 3WXKA 4AM7A 4BR9A 1U6ZA 3QMLA 3ATVA 3M3ZA 2W41A 3EKUA 3A5LC 2ITMA 2FSKA 4FOIA 1HKGA 2OANA 1NBWA 1K8KB 2P9KB 4PKIA 4M7XA 2IVOA 4EAHD 1HKBA 5AQNA 3MN7A 5AQOA 4IWVA 5F1XA 5KQDA 1NGAA 1U2VA 3CJBA 4H5RA 3S41A 3SK3A 2GELA 3VETA 3H46O 2YCHA 4IJAA 4PKGA 3D2FA 4BC5A 1WOQA 2H3GX 5BRFA 4Y0WA 3KVGA 4J8FA 1G99A 3WT0A 2I7PA 3DXMA 3EKSA 1HJOA 2E2PA 2AP1A 3QB0A 2CH6A 1GLLO 5EOYA 4HWIA 3UE5A 3AY9A 1S22A 1NGFA 3UKRA 2J4RA 1MA9B 3U4LA 2P9IB 1JCFA 4EHTA 2WUSA 4BRLA 1YXQA 3BUZB 3D2EA 4BR5A 3U9ZA 2ASOA 4ISEA 4O5FA 4CBXA 4CZMA 3O80A 4HTLA 4WQ5A 3ZEUB 3C7NA 2P9PA 2PBDA 3C0BA 3BF3A 4KBOA 4BGAA 2NRHA 3FE1A 3QFUA 2QWMA 3IDHA 3ZX2A 1NMDA 5AQZA 3CHWA 4E1JA 5LJWA 2P9LA 3ENHA 3MMVA 4ISGA 2Q97A 2CGJA 4H0XB 3BP8A 5AQTA 2GEMA 5AFUH 4H0PA 1T6DA 2ZGZA 2VYPA 2A41A 3HM8A 4GNIA 3R6MA 4CD3A 5AZIB 5JICA 1QQOA 2PAVA 4BRCA 1GLFO 4PL7A 4YDUC 1ATNA 4H0OA 5LY3A 2W40A 3KZBA 4BRHA 5AQFA 3ZX3A 4BRQA 2QWRA 1KXPA 2YHYA 5JLFA 1XUPO 2YI1A 3L4IA 4JHDB 4BRPA 3B8AX 5BPNA 4BRGA 2FLOA 2IVPA 2QW9A 4O8KA 1LCUA 2GTDA 2I7NA 5EY4A 4Z94A 1NWKA 1GLDG 4BR7A 2FXUA 4H03B 4B1WB 2E2QA 1ATRA 3VGMA 5JLHA 1BWFO 2D1KA 4H0YB 4JN4A 2BUPA 1BDGA 4WQ4C 3G25A 1K8KA 3BF1A 3FZKA 3MCPA 4BR0A 4CZEA 1Y64A 1HLUA 1XC3A 1C0FA 3D7EO 5ADXA 3J8AA 3R8EA 4IXCA 3UKUB 4B9QA 1HUXA 4BR4A 5AQIA 4CZFA 1TUUA 1X3NA 5BRHA 4A2AA 1V4SA 4H5TA 2QXLA 3DWLA 1YAGA 3ULEB 3CQXA 3H6EA 4BRKA 1TUYA 2HF4A 5BPMA 2V52B 4A61A 3SMSA 4BC3A 2P9IA 3A0IX 2YJEA 3RSEB 3GG4A 1NGHA 2P9SB 1C0GA 1BU6O 4K41A 3VGLA 5LJVA 3VENA 4BQLA 4BR2A 3O08A 5ADXH 4CZIA 1MDUB 5AQHA 2FF6A 1BO5O 4FWQA 3IFRA 1R59O 2Q2RA 1P8ZA 4FPAA 4BC4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4F2RA 3VOVA 1DTQA 2Z1HA 3VQCA 3S3MA 5FPEA 1GLEG 1GOBA 3VEXA 1D9FA 5AQQA 2B6AA 1LV5A 1YT3A 2XY5A 3CF5L 1IH7A 3TSPA 4CVNE 4WFBL 3SCXA 3V1RA 3B6PA 2VGNA 1IJJA 4OPAA 4JD2B 4N76A 4JHDA 1NM1A 3AA5X 4RCHA 3V9SA 1NK8A 1VQNN 1S3XA 2RPIA 3D6RA 4CBWA 3T19A 1NLVA 3EY1A 3VQ6A 3OYFA 3NDKA 3VF4A 2HMPA 1LWCA 4FM1A 3NMUA 1J5EK 4FLWA 5LMUK 4KHNA 5BN8A 4FWLA 3WQTA 4FJ8A 2V7YA 3LDNA 4I6MB 5KRTA 4AHSA 1W0HA 4FPBA 4BQZA 4IFEA 3K5NA 1NJXA 3MXMA 1SZ2A 3KLFA 1KAZA 2OPSA 3LM2A 1C0UA 3QIPA 4JKCA 3ZT0A 3AVJA 2AJQA 5BPLA 3MWTA 4DTMA 3KLIA 3P39A 4FO0A 3SLCA 5AQJA 1CXQA 3TTFA 3OTOK 1W9HA 2UUBK 3NFAA 4FM0A 2O8FB 4NCBA 1X3MA 3U6FA 2YHWA 3H3OB 3MDQA 4GY2B 3RMAA 2P51A 2Q31A 3WEEA 1SV5A 5AQPA 3JSMA 4JI6K 4DU4A 3BEXA 4B1VA 2P1JA 3EEQA 3CCRN 4DMNA 4KPYA 3O1BA 3U3GA 1IKWA 3BZKA 3OYAA 2P9NB 3NGYA 4EZ9A 2A1RA 3AAPA 1U45A 4KFBA 5AR0A 3QEWA 3VQQA 3FZMA 3D0PA 1SKRA 1JCGA 3O4WA 5AQLA 3NH2A 3VTHA 3R9PA 4CEAA 1RGIA 4ELVA 1XNQK 3CFOA 3U9DA 3CG7A 3WNEA 4DTRA 3MK6A 2KTQA 1HPMA 4B9UA 2D0OA 3L4QA 3CCSN 4O4GA 5DK5A 4IFVA 1BQMA 1HNIA 2BTFA 3BY5A 5KI6A 1VSIA 3NVKA 5E26A 4JYAK 3TAFA 4FWMA 3M5RA 5GIOA 1C1CA 3OYEA 3KK3A 3QLHA 5EXWA 3PX0A 3RRGA 1KQSM 5GIPA 3ZETB 1BA0A 2VWBA 4BDYA 4BG8A 2RF2A 2G8WA 4OVLA 5HRRA 3ZSWA 1NJWA 1DTTA 4CGIA 1N6QA 4NB4A 3SAHA 2XY7A 3KHYA 1U47A 1N5YA 4KTWA 1HQEA 5TKWA 3O9RA 5C24A 2FBXA 2CH5A 1RFQA 4WCEL 3LAMA 1VRUA 3IG1A 3RTVA 4Q5VA 2PY5A 1XMQK 4DR4K 1OVYA 1VAZA 4CZHA 2D0PA 5M1NA 4CFDA 3L2WA 3O4NA 1WUAA 4EFHA 3CCUN 4DFMA 4YOYA 2YNGA 5C2FA 1U2VB 3I55N 4KHSA 4ILJA 5KQ8A 4CK3A 4JS5A 5GAHP 2GV9A 2KLAA 5AQVA 3MX5A 1QZ6A 3HPHA 2ZE2A 2YV0X 3E01A 5CHIA 3DXKA 4RW9A 4A62A 5SZTA 3S3NA 3LDLA 1KAYA 3DLHA 2R7YA 4YDUA 1XC9A 4B3SK 4HCCA 4ZHRA 4CERA 4LSNA 3OYNA 4L8RB 3K58A 3FZLA 1C1AA 2Q36A 1S72N 1SL1A 5FDLA 3DLBA 3LP3A 5F2RA 2JGUA 4CEBA 4K43A 1VQON 5KGXA 1QVFM 4FJ7A 3HJFA 5ELZA 2EWSA 4Z4HA 1NG9A 5EVZA 4HTUA 5F0XA 5C15A 3FZFA 4KB0A 3ZT1A 4DSEA 5KPZA 4YHHK 1TV6A 5AJ3K 3PO4A 3P4IA 5AQMA 5K14A 3K2PA 4LFCK 2HHSA 3O1WA 4WF9L 4QOZB 3AGKA 3C6HA 3QBWA 2O8CB 1RTHA 3IS9A 4LY7A 4CZKA 3TAQA 3DRSA 1HNWK 4CW7B 2V51B 3TU5A 3ZX0A 1OH7A 1UAXA 2NLXA 4DTNA 4QS7A 3WXKA 4DR6K 3L2VA 4OLBA 2UXDK 1WSIA 2Q3SA 3EKUA 4Z0UA 1FW6A 2NRXA 3K9KA 3OYIA 4NLCA 3VQDA 1HKGA 3EZ5A 3HP9A 5HP1A 1VQ7N 2P9KB 3T1AA 1Q9YA 2OYQA 5AQNA 1W2BM 5F1XA 3SPZA 2Z1GA 5HLFA 4H4MA 4H5RA 3VETA 5JS1A 4W5TA 3AA4A 4PKGA 3D2FA 4AHUA 3HSTB 1WOQA 2H3GX 5BRFA 5LL6Z 3RMCA 2I7PA 4G1QA 3EKSA 3G0ZA 1HJOA 4U7BA 1TAQA 3KIOA 1S9EA 3AY9A 1NJZA 1S22A 2QEXN 1N8RO 1JXEA 1NGFA 1RT6A 2Z1IA 4EHTA 3J81O 1X9WA 2G8VA 1J54A 3SYZA 2WUSA 3D2EA 2HMIA 3KK2A 3LPTA 4PA1A 4ID5A 4O5FA 2YKMA 4CBXA 1A5VA 3O80A 4HTLA 2XRIA 4JKHA 2W6KA 3CC4N 3VQ9A 3C7NA 1S1UA 4YOUA 2PBDA 3C0BA 1KD1O 3FE1A 2G8HA 3ZX2A 2ATQA 4OGEA 2O8EA 4DSKA 2P9LA 3ENHA 4H0XB 3TSQA 2YHAA 1T6DA 4KO0A 2ZGZA 2A41A 3F9KA 4GNIA 1OH6A 1TKTA 3OYKA 1UA0A 1XHZA 1S6QA 3MX2A 4BRCA 3HP6A 4H0OA 3KZBA 1KRPA 3ZCMA 3ZX3A 3PLAA 2GBZA 3SPYA 4JHDB 3HPOA 5DM6L 2UXCK 1GLDG 4A5AA 3DLEA 4DR5K 4CHOA 3AVIA 3VGMA 3DRRA 2X6NA 4RW7A 1BDGA 3TSUA 1EKEA 4CF2A 4F4KA 1T3VA 3G25A 1Z26A 4GVMA 4BR0A 4DKWA 4CZEA 3KWIA 1J9AA 4A5BA 3D45A 3QESA 1HLUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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