3D7EO

Enterococcus casseliflavus glycerol kinase mutant his232ala complexed with glycerol
Total Genus 174
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
174
sequence length
495
structure length
495
Chain Sequence
NYVMAIDQGTTSSRAIIFDRNGKKIGSSQKEFPQYFPKSGWVEHNANEIWNSVQSVIAGAFIESGIRPEAIAGIGITNQRETTVVWDKTTGQPIANAIVWQSRQSSPIADQLKVDGHTEMIHEKTGLVIDAYFSATKVRWLLDNIEGAQEKADNGELLFGTIDSWLVWKLTDGQVHVTDYSNASRTMLYNIHKLEWDQEILDLLNIPSSMLPEVKSNSEVYGHTRSYAFYGSEVPIAGMAGDQQAALFGQMAFEKGMIKNTYGTGAFIVMNTGEEPQLSDNDLLTTIGYGINGKVYYALEGSIFVAGSAIQWLRDGLRMIETSPQSEELAAKAKGDNEVYVVPAFTGLGAPYWDSEARGAVFGLTRGTTKEDFVRATLQAVAYQSKDVIDTMKKDSGIDIPLLKVDGGAAKNDLLMQFQADILDIDVQRAANLETTALGAAYLAGLAVGFWKDLDELKSMAEEGQMFTPEMPAEERDNLYEGWKQAVAATQTFKF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural characterizations of glycerol kinase: unraveling phosphorylation-induced long-range activation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycerol kinase
molecule tags Transferase
source organism Enterococcus casseliflavus
total genus 174
structure length 495
sequence length 495
chains with identical sequence X
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2008-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3d7eO02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3d7eO01
4CZMA 2AA4A 4A61A 3H46O 1SQKA 4H0PA 4XH5A 2E2OA 4AM7A 3LDNA 3GE1A 4BRKA 4BRNA 4BRMA 2V51B 1ATNA 3ULEA 4C23A 4CD1A 1SZ2A 2D0PA 2QWMA 3UKUB 2P9NA 5E26A 5AQXA 3CJAA 5FPEA 3B8AX 1TYQA 1NGCA 1Z6RA 4WQ5C 5KQ8A 1DKGD 3D7EO 4CBXA 3MN9A 1LCUA 2A42A 4CZLA 3SJHA 2CGJA 1XQSC 3F9MA 3ZX2A 1ATRA 4BRAA 3UB5A 2P9PA 4EHTA 2P9UA 2E2QA 2HOEA 1C0GA 3C7NB 3QB0A 3LDLA 4FWKA 2P9SB 1BA0A 4M63C 2D1KA 2IVPA 2Q0RA 1KAZA 4BRFA 3R6MA 1RGIA 3DXMB 1NMDA 4B1WB 3LM9A 4JD2A 3UKRB 5B8HA 1Y64A 4B1XB 4I6MA 4FO0A 2CH5A 4IWVA 4JAXA 5AQQA 2FSJA 3WXJA 1WOQA 5AZJA 3A0IX 2VYPA 1GLDG 3VENA 2FSNA 3EL2A 1DGKN 2E1ZA 3D2EB 1WUAA 1S22A 2BTFA 1U2VA 3FR0A 1NGAA 2Q36A 3KHYA 3CJ7A 1BO5O 1CZAN 2V7YA 4QS9A 5AQSA 3VPZA 3FGUA 4A2BA 4CZEA 3QFPA 4K25A 4L3QA 4JHDA 1K8KB 1IG8A 4H0TB 2ASOA 3VETA 3H1QA 5AQHA 1GLBG 2YCHA 3UE5A 4BVPA 2P9LB 2P9IA 3FZFA 4BC5A 2Q2RA 4BRLA 3H3OB 4BRGA 5BPNA 3VEVA 4ISEA 4M7XA 4IJNA 3W3DA 2F9TA 5AQKA 3M1FA 3VF6A 3ATVA 3FFKB 2GTDA 4BR9A 3O08A 2ZGYA 4BR7A 1GLCG 3FE1A 5F2RA 4BQLA 3MN7A 4QS7A 5E84A 2KHOA 4BREA 3ZETB 3AARA 3GG4A 2PBDA 4J8FA 4FWQA 3AAPA 3IFRA 1D4XA 3WXKA 5EVZA 4CI6A 1BG3A 2W40A 3LDPA 4BRPA 4IZ9A 4O5FA 2QXLA 3U4LA 4BG9A 4Z94A 1YUWA 1QZ5A 3HZ6A 1HX1A 2YI1A 5BREA 2YJEA 3VF4A 1NWKA 4QS8A 4WQ4A 2YHYA 3A5MC 1GLJO 3JS6A 4BR2A 1BA1A 2E2PA 4CZHA 4B9QA 3SMSA 5AZIA 3CQYA 3MDQA 3OHRA 5KPTA 1HLUA 1TUYA 3VEWA 3L4IA 4DCHA 3MK6A 3FLCO 2I7PA 4YDUA 5AQWA 2VCPA 4CZJA 5BR9A 1E4GT 5EXWA 2FF6A 3VGMA 2ITMA 5BN8A 3DXKA 2VWBA 4DQ8A 1E4FT 1QQMA 2F9WA 2P9SA 4H5NA 4BRIA 5AFUA 1C0FA 1GLFO 4H5WA 3VGLA 3MMVA 2NLXA 3AAQA 3DXMA 2W41A 3EO3A 5AQOA 4E1JA 5AQMA 1ZBSA 4FWOA 4IO8A 4FWLA 3WQTA 3UKRA 5AFUH 2NZTA 3EKUA 4H5TA 5AQUA 3FZLA 1NGIA 3O1WA 5FPDA 4FL9A 3QDKA 3TU5A 2FLOA 3KZBA 4BC2A 1NBWA 1QHAA 2P9NB 1MDUB 3H6EA 3FZHA 3I8BA 1XUPO 1TYQB 2P9KB 3A5OC 3HTVA 5FPMA 1H1VA 1DEJA 4CBUA 1JCGA 3CHWA 3D2FB 3EZWA 4EHUA 2D0OA 3QICA 3CI5A 4ISGA 5KPZA 1YVNA 3WXIA 2P9PB 2P9UB 3S41A 5AQRA 2IIRA 3LDOA 3ENOA 3HSCA 3LM2A 1S3XA 3QBWA 4BR0A 4DB3A 2QWNA 5AQIA 1NGGA 4GNIA 4JNEA 4FWSA 3U9ZA 5F0XA 4EIAA 4ISFA 1K8KA 3ZEUB 5EY4A 3M3ZA 4RWTA 3HM8A 5JLHA 5KPRA 1BDGA 4FPBA 5JLFA 1Z05A 4JD2B 2QWQA 1ESVA 4CZGA 1ZC6A 3RSEA 4BG8A 1NGDA 3WEEA 3CJ9A 4BGBA 5AZJB 2E20A 2EWSA 2E88A 4WQ4C 3VESA 4FWPA 3GL1A 4H0VB 2FSKA 3CETA 3H3NO 5BRDA 1X9JA 4H03B 4HWIA 4PL7A 1YXQA 4BRCA 3O4WA 3P4IA 1BWFO 4MLHA 3A5NC 2J4RA 5EOYA 2GWKA 3ZETA 3GDQA 1GLEG 4YDUC 1X3NA 2A40A 3VEYA 4JHDB 3QBXA 1NGHA 1OKJA 4IJAA 1ZXOA 2V52B 2ZF5O 2E8AA 1EQYA 1BUPA 3CIPA 2P9IB 3WUHA 5AQTA 3EN9A 2D4WA 2QWRA 1KAYA 3IMXA 3CQXA 3QFUA 2HF3A 3W0LA 1GLLO 5EX5A 1NGBA 5AQPA 3DJCA 4NB4A 4PKIA 4BR5A 4BVOA 3WT0A 3AY9A 4PL8A 4FOIA 5BN9A 5BRHA 5LJWA 4DHYA 4XH4A 2WUSA 2Q97A 5AQLA 3SK3A 4BROA 1KXPA 5AQNA 3VGKA 3UKUA 1XC3A 1V4TA 5CE3A 4MLEA 1R59O 2QW9A 3I33A 3DAWA 3DWLA 4JN4A 2PAVA 5AQYA 4BRQA 2IVOA 3MN5A 5AQZA 2E2NA 2ZWHA 4O8KA 1BU6O 2V7ZA 3U9DA 5JICA 3CJ1A 2FF3B 3J8AA 4K42A 3SMPA 1QZ6A 1YAGA 4FOEA 4LC9B 3C7NA 3O5BA 3BEXA 1NGJA 4K43A 3VERA 4FSVA 3U8XA 4NO7A 5JMVA 3L6QA 3ID8A 5TKYA 1T6DA 3CJCA 4PKHA 1GLAG 3WXLA 1T6CA 3G25A 4FWMA 2UYTA 1T44A 3VF2A 2P9KA 4BRDA 1NGEA 2BUPA 2CGKA 4CBWA 4BC3A 1JCFA 3ULEB 1V4SA 1HJOA 5AZIB 1X3MA 5ELZA 3D2FA 3R9PA 4MO5A 1RDWX 4FWRA 2AP1A 2H3GX 4B1VA 2A6AA 3VEZA 2OANA 1QQNA 3QMLA 3WQUA 3C0BA 2CGLA 3L0QA 3O80A 3D2EA 2CH6A 3DXKB 1BOTO 4B1YB 4B1ZA 4CD3A 3GBTA 4CZKA 4BRHA 4A2AA 3ZEUA 2QM1A 5I9EB 4HTLA 4RTFD 2IVNA 3BP8A 4EFHA 3HI0A 2Q1NA 5AQFA 3ZX3A 1U6ZA 3BF1A 2Q31A 1LOTB 3HBTA 1KAXA 2P9LA 4CZIA 2HMPA 4H5RA 4XEIA 3FZMA 4I6MB 5AQGA 2ZGZA 3LDQA 1P8ZA 5AQVA 4CZFA 1QQOA 1NM1A 3M6GA 5FPNA 3VOVA 4WQ5A 3O1BA 4EAHD 2DPNA 1MWMA 2YJFA 2QWOA 3VEXA 3FZKA 3H1VX 4MO4A 2Q0UA 5LY3A 5ADXA 4H0OA 4WYBA 3IUCA 4B1UB 2QWLA 1U2VB 1TUUA 5BPMA 4BR4A 1ATSA 5BRFA 4FWNA 4F9OA 2QWPA 5AQJA 3MN6A 3O8MA 3CJBA 3CERA 5KQDA 5ADXH 4K41A 3ATUA 1HKBA 4XH1A 2HF4A 3A5LC 5F1XA 4RCHA 1SAZA 3RSEB 4A62A 2YHWA 3ENHA 4KBOA 3R8EA 3BF3A 1IJJA 2GUPA 2FXUA 3O6WA 4PKGA 1HKCA 1G99A 3WEEB 2GEMA 1Q18A 2A5XA 3EKSA 3KVGA 4BQZA 1MWKA 1HKGA 4H5VA 1NGFA 2ASMA 3LL3A 3ZX0A 4AM6A 4CJ7A 1NLVA 2A41A 3TPQA 2I7NA 3GOIA 3H45C 5AR0A 1MA9B 1J6ZA 4M7YA 2GELA 4H0XB 4Y0WA 1HUXA 1HPMA 5LJVA 3A8YA 2GWJA 4IXCA 2A3ZA 2E1YA 3MCPA 3JXUA 4BGAA 3SLCA 5BPLA 4BC4A 2ASPA 3BUZB 1RFQA 4H0YB 4GY2B 3VEOA 2NRHA 2YHXA 3IDHA 4FPAA 1JCEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4A57A 4GKKK 1BCOA 3H46O 4JKGB 3SI6A 1HNZK 4XH5A 5CR4A 1FK9A 4NCGA 4Q5VA 2P1JA 3THXA 4BRMA 1TKXA 5SZTA 5D3GA 2HBJA 1ASUA 1VQKN 2D0CA 3SV3A 5HROA 4V19S 2O4IA 3SZ2A 3UKUB 5GAGP 1FJGK 1Z6RA 5GINA 1D9DA 5C2DA 2HVHA 5KQ8A 3QEVA 2NNWA 1VQ5N 4CBXA 3MN9A 4BRAA 3TTFA 5C10A 4FJ9A 1C6VA 2E2QA 3LDSA 2G8IA 3C7NB 3QB0A 3HOSA 3QIPA 4FWKA 2P9SB 5CYQA 2NRXA 2IVPA 1KAZA 4BRFA 1N33K 1RGIA 3F5TA 1EWQA 3MEDA 1HNWK 4KPYA 3L2QA 1OH7A 4JD2A 3Q7BA 3UKRB 2Z1HA 4RG8A 4FO0A 2HB5A 2E6MA 4Z4IA 2FSJA 1SL1A 3WXJA 1WOQA 3A0IX 1UA0A 3T19A 1CXQA 1K73O 4DFKA 1XMOK 1VSJA 2E1ZA 1IKXA 2RN2A 5JVGL 1HNIA 2HHWA 1U2VA 1EP4A 4KH4A 3OS2A 3KHYA 5CZ2A 1BO5O 4NYNA 1NK9A 1CZAN 2V7YA 4QS9A 5AQSA 2UXCK 2KFZA 4CK2A 5EU7A 3S3MA 4K25A 3CMAN 4FLYA 1EKEA 4JHDA 1KVCA 3VETA 4CHPA 5AQHA 1GLBG 3C95A 3S3NA 4DS4A 4BRGA 4KTWA 3CC2N 5AQKA 4WFNL 3NVKA 2ZGYA 3CXCM 3KTQA 4FJNA 5BR8K 4DF8A 4CJQA 1RTHA 3MN7A 3LWMA 4F3OA 4BREA 3KLFA 4DTJA 3TAEA 4J8FA 4M3ZA 3QERA 3O9RA 4N76A 4N47A 2IC3A 4BRPA 3HRGA 3U4LA 3MAQA 2XO7A 1YUWA 5M1FA 2ZJRL 2QKBA 1C1BA 2VGMA 2YJEA 4FJ8A 3R3LA 3AGRA 1EXQA 1GLJO 1RDAA 3JS6A 4CEZA 3M8RA 3V9WA 1RT3A 1WAFA 3HJFA 1RT7A 3J81O 4XIUA 3KJVA 3OHRA 4JLHA 5J2MA 3MWTA 3TI0A 4YDUA 1E4GT 5EXWA 2FF6A 3SQ4A 3DXKA 4DQ8A 1YJNN 2P9SA 4BRIA 2P51A 3E1YA 4H5WA 1SUQA 3KK3A 4U7BA 3EO3A 5AQOA 4DUYK 4DTUA 5AQMA 3AA5X 3EYZA 2G8VA 3QESA 3QEXA 4CGFA 4FWLA 3C65A 3VQ5A 3UKRA 3WQTA 5AFUH 2NZTA 1U04A 3FZLA 4NXNK 5JS2A 3MCAB 1HYSA 1NBWA 1QHAA 5GAEP 3H6EA 3EEQA 1RCHA 2B6AA 1TYQB 1LV5A 4DTSA 1JCGA 2X74A 2BANA 3MX2A 1KD1O 4Z4HA 3T1YK 2P9PB 4CEFA 3S41A 4KHYA 5AQRA 2DTUA 3ENOA 3HSCA 3LM2A 1UAXA 4CGDA 4CFBA 3AVIA 4JNEA 4FWSA 4Q0BA 4BDPA 3G6EN 3HM8A 4W5TA 4E7JA 3T3FA 1JLGA 4KHPK 4JS5A 2OYQA 3V9ZA 3CCEN 3SQ0A 1IKWA 1ZC6A 5IT9O 3KLIA 4LSLA 1VQ6N 3CJ9A 2EWSA 4WQ4C 2E5LK 4GVMA 1X9JA 4HWIA 4KH5A 3O9TA 4DF4A 4PUOA 3CC7N 3RRGA 3NE6A 3HO1A 2O8CB 3ZSZA 2A40A 4DQQA 4DQPA 2G8UA 1WAJA 1RDBA 1FXXA 1NGHA 4DUZK 4IJAA 3CCLN 1QHTA 2V52B 1RBSA 4E3SA 2E8AA 3CIPA 4AILC 2HHSA 3ENBA 2HF3A 4JI1K 3O3GA 5AQPA 4LF5K 4NB4A 4PKIA 3AVMA 1S5JA 4CJFA 5BN9A 3K5LA 1RT6A 2Q97A 5AQLA 3SK3A 4E7LA 4O44A 5AQNA 5DMRA 1A5WA 1K9MO 1XNRK 1XC3A 4DSJA 1V4TA 1R59O 5HP1A 4GMJB 2QW9A 3DAWA 2HVIA 1S1TA 4I7FA 4CEDA 1S6PA 4O8KA 1BU6O 5JICA 3J8AA 2FF3B 3SMPA 3C6UA 4LC9B 3V1OA 1RTJA 1U49A 3DLGA 3DOKA 4YY3K 3V1RA 5JMVA 4CHZA 4KHQA 3KKRA 1J54A 1K6YA 3KLGA 4PKHA 3G25A 4FWMA 3JSMA 3RWUA 2IS3A 1IH7A 4CBWA 2UUCK 4OKJA 2VQEK 4NLCA 3SAGA 3SPZA 3F9KA 1TGOA 4C8KA 3OW2M 3VQAA 3HK2A 1SL2A 2AP1A 4B1VA 4CF0A 3K59A 4GV3A 2GX9A 3QMLA 4LF6K 3L0QA 1BOTO 4B1ZA 2E6LA 4CD3A 4ZTJA 4CZKA 1Y97A 3TSPA 4KO0A 2RKIA 2YNIA 2IVNA 2B4JA 4L8RB 3BP8A 3BZCA 4E7HA 2Q1NA 3ZSYA 1LOTB 2O8FA 3HBTA 1XWLA 1KAXA 2P9LA 1VRUA 3DM2A 4H5RA 3KWGA 4QCLA 1BI4B 3LDQA 4E19A 3LAKA 3JAMO 2DFEA 2ZE2A 1NM1A 3NMUA 3VOVA 1ILYA 4CIFA 2GUIA 4NYFA 4CJ4A 4YOUA 4M3XA 4RW4A 4DSEA 1C1CA 2D0AA 4CESA 1KC8O 4WYBA 1B9FA 3DRSA 3LAMA 3LALA 4O8UA 2KKZA 3CM6A 4F9OA 1W9HA 3EE9A 1JJ2M 1NU0A 3ATUA 1UA1A 3A5LC 3RSEB 2GUPA 4PKGA 2WC9A 3WEEB 3ZCMA 3AVGA 5FRNA 4Y1DA 1UOCA 3BZKA 3ZSQA 3O3FA 3NFAA 4RW6A 3ZX0A 4F2RA 1NLVA 4FZZA 3H45C 4U67L 3OS0A 1MA9B 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3BDP A;  1QQO A;  1RDU A;  3M6G A;  4I2Q A;  4DFM A;  3KD1 E;  3O1B A;  1KVA A;  1ZYQ A;  2UU9 K;  3VEX A;  3FZK A;  3H1V X;  3O9Q A;  5LY3 A;  5ADX A;  3DI6 A;  3IUC A;  4B1U B;  1U2V B;  5BPM A;  3WXM B;  5C0Y A;  4FWN A;  1JL2 A;  4LY7 A;  1S1X A;  2QWP A;  2ZD1 A;  2KFN A;  3CJB A;  3CER A;  5KQD A;  2OTJ N;  3QO9 A;  2HF4 A;  4RCH A;  5CZ1 A;  4OKE A;  3ENH A;  4KBO A;  4OKK A;  3CYM A;  3AVL A;  3BF3 A;  1IJJ A;  3R8E A;  1VSL A;  2FXU A;  1D5A A;  1X9M A;  1G99 A;  1Q18 A;  2A5X A;  3KVG A;  4BQZ A;  5JS1 A;  1QE1 A;  2NUB A;  2ASM A;  3LL3 A;  2G8W A;  3GOI A;  1HNX K;  4CIG A;  1YJW N;  4M7Y A;  2UXB K;  4IFV A;  4DR7 K;  2UXD K;  2HNY A;  1QVF M;  1TAQ A;  3THY B;  1J5E K;  3C6H A;  1QQC A;  4IXC A;  3G4S N;  3VQP A;  2A3Z A;  3MCP A;  1HRH A;  3OBW A;  2DFH A;  1U47 A;  3BUZ B;  4HUE A;  3RVC A;  4GY2 B;  2NRH A;  4Z4C A;  1MU2 A;  1JCE A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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