3D7EO

Enterococcus casseliflavus glycerol kinase mutant his232ala complexed with glycerol
Total Genus 174
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
174
sequence length
495
structure length
495
Chain Sequence
NYVMAIDQGTTSSRAIIFDRNGKKIGSSQKEFPQYFPKSGWVEHNANEIWNSVQSVIAGAFIESGIRPEAIAGIGITNQRETTVVWDKTTGQPIANAIVWQSRQSSPIADQLKVDGHTEMIHEKTGLVIDAYFSATKVRWLLDNIEGAQEKADNGELLFGTIDSWLVWKLTDGQVHVTDYSNASRTMLYNIHKLEWDQEILDLLNIPSSMLPEVKSNSEVYGHTRSYAFYGSEVPIAGMAGDQQAALFGQMAFEKGMIKNTYGTGAFIVMNTGEEPQLSDNDLLTTIGYGINGKVYYALEGSIFVAGSAIQWLRDGLRMIETSPQSEELAAKAKGDNEVYVVPAFTGLGAPYWDSEARGAVFGLTRGTTKEDFVRATLQAVAYQSKDVIDTMKKDSGIDIPLLKVDGGAAKNDLLMQFQADILDIDVQRAANLETTALGAAYLAGLAVGFWKDLDELKSMAEEGQMFTPEMPAEERDNLYEGWKQAVAATQTFKF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural characterizations of glycerol kinase: unraveling phosphorylation-induced long-range activation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycerol kinase
molecule tags Transferase
source organism Enterococcus casseliflavus
total genus 174
structure length 495
sequence length 495
chains with identical sequence X
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2008-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3d7eO02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3d7eO01
1GLEG 5FPNA 4HWIA 4BREA 4PKHA 2Q1NA 3HBTA 3GE1A 4PL7A 3ULEB 1J6ZA 3QBXA 1KAZA 4FWSA 3O08A 5EX5A 3CJ1A 3MMVA 2ZWHA 3A5NC 4H0XB 4IJAA 5F2RA 4BRHA 2D0OA 2FF6A 5AQRA 3O5BA 3UKUA 4CD3A 1OKJA 2F9TA 4H0VB 2FSNA 3M1FA 4JN4A 5EXWA 2VWBA 4BQZA 4CBXA 1SQKA 4RCHA 1XUPO 1RGIA 1ZC6A 1NGFA 3VENA 3QFUA 5AQHA 5LJWA 1JCEA 2H3GX 3ZX0A 2WUSA 1X9JA 1CZAN 3W3DA 5AQNA 5AQGA 2P9LA 2UYTA 4AM7A 5BR9A 3SLCA 2GWJA 1DEJA 4HTLA 2P9NB 3ZX2A 2AP1A 4LC9B 3IFRA 3IDHA 2Q36A 3B8AX 2GUPA 4H5NA 3M6GA 4K43A 3D2EB 4ISFA 4DCHA 5AZJB 3BF3A 4H0YB 3L0QA 3WEEA 3VGLA 3AARA 3FZLA 4BC2A 2V51B 4BGBA 3D2EA 5BN9A 3GBTA 4FWRA 4MO5A 2FXUA 3CHWA 4CZMA 4EHTA 4H03B 1BWFO 2CH5A 3EO3A 2CGKA 5ADXA 3RSEB 1HKGA 5FPDA 4BR0A 3HSCA 3WQTA 4BRGA 2CGLA 4BQLA 5AQMA 4BC3A 2ZF5O 3TPQA 3DXKB 4FL9A 4QS8A 5AFUH 1YVNA 2A42A 3CQYA 5BN8A 4FWLA 1QQNA 4YDUA 4XEIA 3VOVA 3FR0A 3JXUA 3SMSA 4KBOA 4BRPA 1MWKA 5JLFA 2P9IB 2FF3B 4WQ5C 1XQSC 1QHAA 4FWKA 1WOQA 1HJOA 4BGAA 4CBUA 1LCUA 3ID8A 1NGEA 1BG3A 2P9PB 3MK6A 1P8ZA 4EIAA 2IVOA 4DHYA 5AQXA 1NMDA 5EVZA 2NLXA 3UKRB 5LY3A 1C0GA 4H5WA 2A40A 4BRMA 4Z94A 1HKCA 3O1WA 2Q31A 4M7XA 3GG4A 3FZHA 3WT0A 4B9QA 5E84A 3UKRA 1NGAA 4QS7A 5KPZA 4BRLA 3VEVA 4BG8A 3J8AA 2HMPA 2QWPA 4BRAA 1LOTB 4A2AA 1Q18A 1BUPA 3BUZB 1DGKN 4BR7A 2D4WA 3EL2A 3CJBA 5EY4A 2VYPA 3AAPA 3HI0A 3BP8A 1X3NA 5BPLA 3ZETB 2P9UA 3VEWA 4BR5A 1ATSA 2QWMA 5F0XA 1Z05A 3LL3A 4CZHA 4L3QA 1YAGA 4H5RA 3ZETA 2QWRA 2ZGYA 5AQLA 5AZIA 4BR2A 5BPNA 2A3ZA 1QQMA 2E2OA 3UKUB 5EOYA 1SAZA 4O8KA 2HF3A 4BC5A 3ENOA 1XC3A 4O5FA 1GLFO 4FOEA 3A5LC 3D7EO 4EFHA 2E2QA 3H6EA 1H1VA 3SK3A 3H3NO 3FLCO 2IVPA 4H0PA 3F9MA 4BR9A 1BOTO 1TUYA 5AQPA 1NGJA 2P9LB 2QWQA 4XH4A 3WXLA 1R59O 5BPMA 1NGIA 3VEXA 5I9EB 3CETA 2CGJA 4FPBA 1T44A 2P9SA 2P9KA 3MN9A 5AQIA 2W40A 3SMPA 1TUUA 1QQOA 2BTFA 4RTFD 4PL8A 4NB4A 3VERA 1Z6RA 2A6AA 3VEOA 1C0FA 3VEYA 3LDNA 5AQYA 3WEEB 1GLLO 3IUCA 5FPEA 3AY9A 4K42A 3O1BA 4M63C 5JMVA 3KZBA 3CI5A 3I33A 2A5XA 1BA1A 2Q0RA 4WQ4C 3BEXA 3ZEUA 4CZFA 5AQWA 2GWKA 1U2VA 3LDQA 3DJCA 1E4GT 5AQOA 4GY2B 4EAHD 1NM1A 1E4FT 4PKIA 1T6CA 1HX1A 4ISGA 4MLHA 4JD2A 4K25A 4B1YB 1NWKA 1TYQB 2QW9A 5LJVA 2BUPA 2E1ZA 2FSKA 3FZFA 1RDWX 5AQUA 1NGCA 3VF6A 1NGDA 1BU6O 1TYQA 1YUWA 4CBWA 1JCFA 3H1QA 4JNEA 3WUHA 3VPZA 4E1JA 2ZGZA 1GLAG 3D2FB 4IXCA 4CZIA 2Q97A 3H3OB 4J8FA 2IVNA 4BVOA 4BRCA 5BRDA 2DPNA 2YI1A 4H5TA 3D2FA 4BRIA 4FO0A 3QBWA 2V7YA 5B8HA 4BRKA 4BRNA 5BRHA 2YHWA 1NGGA 5AR0A 4BROA 1ATRA 3ATVA 3FFKB 4BG9A 5ADXH 2QWLA 4QS9A 5F1XA 4NO7A 4BR4A 3GL1A 2GELA 3R9PA 1HPMA 1K8KB 4H5VA 3DWLA 3LDPA 5AQTA 3SJHA 2YHXA 4IZ9A 3R8EA 3H46O 3GDQA 2QXLA 1MDUB 2HOEA 5AQFA 2FLOA 1K8KA 1V4TA 4BVPA 3KVGA 4B1ZA 3H1VX 1GLDG 2GEMA 2D0PA 5KQDA 4FWQA 1ATNA 3ZX3A 4ISEA 1KXPA 3LDOA 4A61A 2IIRA 4IJNA 2NZTA 2P9UB 3MCPA 4JHDA 3S41A 3CIPA 3VF2A 5BREA 3HM8A 3A8YA 2FSJA 4FWNA 2J4RA 3O6WA 4H0OA 5JLHA 5AZIB 4CZJA 5KPRA 2V52B 4EHUA 1BDGA 3QFPA 3U4LA 2PBDA 4CI6A 3C7NA 4XH1A 2PAVA 3VEZA 5AQKA 2V7ZA 2YHYA 4BC4A 2E20A 3L4IA 1Y64A 2GTDA 3IMXA 4Y0WA 3CQXA 5KPTA 1EQYA 4K41A 4MLEA 5FPMA 3WQUA 4CZEA 1ZXOA 3CJ7A 4MO4A 4YDUC 1BA0A 2I7NA 1DKGD 1HUXA 1HKBA 2YCHA 1BO5O 1KAXA 2P9SB 3VESA 2P9KB 2QWOA 4B1XB 3VF4A 4FWMA 3ULEA 4WQ5A 2ASPA 3WXJA 1NGHA 1V4SA 2HF4A 2QWNA 4H0TB 4CZLA 3UE5A 5CE3A 4B1WB 3VGKA 4FSVA 1WUAA 5AQSA 2ASMA 2Q0UA 5TKYA 3ZEUB 1MA9B 3O8MA 1U2VB 3LM9A 4CZGA 3WXKA 3OHRA 3P4IA 2A41A 4FWPA 4CZKA 3QDKA 1SZ2A 2E88A 2EWSA 3CERA 4CJ7A 4JD2B 3A5MC 1ZBSA 2AA4A 2Q2RA 5AQJA 4RWTA 3MN5A 1QZ6A 1RFQA 3A0IX 1JCGA 1T6DA 2W41A 3HTVA 3KHYA 5E26A 5AFUA 2NRHA 2ASOA 2P9NA 3QICA 2CH6A 2D1KA 2F9WA 3JS6A 1KAYA 3TU5A 1NGBA 3O80A 4M7YA 4BRDA 4DB3A 1IJJA 5AZJA 5ELZA 4GNIA 3W0LA 3U9DA 4B1UB 3EZWA 2QM1A 3ENHA 4CD1A 2E1YA 3LDLA 1QZ5A 3CJCA 2YJFA 4FOIA 4WYBA 5AQZA 1X3MA 5JICA 4AM6A 5AQQA 1NLVA 3FZMA 3MN7A 3DXMB 3MN6A 2E2NA 4A62A 3CJ9A 3WXIA 4F9OA 3QB0A 3VETA 2YJEA 4I6MB 3RSEA 1GLBG 3DXMA 1MWMA 2OANA 1HLUA 3EKUA 4FPAA 1S22A 1D4XA 3CJAA 3DXKA 4I6MA 3FGUA 3MDQA 4B1VA 1IG8A 3U8XA 2I7PA 4XH5A 3AAQA 4IO8A 4IWVA 4DQ8A 2KHOA 5KQ8A 3EN9A 1S3XA 3ATUA 4JAXA 2P9IA 5BRFA 4JHDB 3O4WA 3A5OC 1YXQA 4BRFA 3HZ6A 1ESVA 4BRQA 3R6MA 3BF1A 4FWOA 3FE1A 1NBWA 3H45C 3M3ZA 4WQ4A 2P9PA 2VCPA 3VGMA 1GLJO 3G25A 2ITMA 2E8AA 3DAWA 3C7NB 3U9ZA 1GLCG 3LM2A 3QMLA 3GOIA 5AQVA 3FZKA 4PKGA 2E2PA 3UB5A 4C23A 1G99A 4A2BA 1U6ZA 3I8BA 3L6QA 3EKSA 3C0BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2OPSA 4JKCA 4PKHA 2IC3A 1E3MA 4GW6A 3PV8A 1T8EA 3J81O 1KLNA 2BGGA 3CJ1A 3NAEA 4F4KA 4UY8O 1BIZA 1SL2A 4DSLA 2HHTA 5F2RA 3HPHA 3O9SA 5AQRA 4JLHA 3CCMN 3QNOA 3MEEA 2HHWA 4WF9L 1S1TA 3V81A 1Q81O 3MXMA 1SQKA 1XHXA 1ZC6A 1NGFA 4GMJB 3HT3A 1J9AA 1TK0A 4B9NA 3SJJA 3KLIA 4JI7K 3CC7N 5AQNA 2Z1IA 5AQGA 4CF0A 3V9SA 3TSQA 4DLGA 1DEJA 1WNSA 4FJKA 1S9EA 2B4JA 4CJSA 1P90A 1VHXA 1CXUA 4GV6A 3D2EB 4DCHA 1K9MO 3EYZA 3EE9A 3L0QA 3WEEA 4PUOA 3VGLA 4B08A 1Z25A 1NKBA 4JKGB 4FJ7A 1EP4A 1RTDA 4FK4A 1IO2A 4MO5A 3AVFA 1EETA 1X9MA 1DTTA 1WAJA 2FXUA 4EHTA 4H03B 3CPEA 2CGKA 5ADXA 3MWTA 3HSCA 1UOCA 1B92A 3CC4N 3NHGA 3RVCA 5AQMA 3CCSN 3TAMA 5AFUH 1YVNA 5BN8A 4FWLA 4CHZA 1WSIA 4OPKA 1VSIA 3FR0A 3T1AA 1MWKA 3OYFA 4FK2A 4C1NI 3DLRA 4CIGA 3T7ZA 3THWB 1QHAA 2OCEA 3ID6A 3ZSYA 3RTVA 1LCUA 1NGEA 3MK6A 1P8ZA 1RT5A 1SUQA 4HUGA 5LL6Z 4ELUA 1C0UA 4B3MK 2NLXA 3UKRB 4CJ3A 4YFUA 3QEIA 4M7XA 3WT0A 4LSLA 1NGAA 3VEVA 3ZSVA 4DFKA 1EO1A 2QWPA 4PWDA 3SV3A 2BE2A 2HNZA 1WSEA 3K5LA 3CJBA 4IOAL 4PY5A 2VYPA 5KGWA 1SKRA 1SKSA 1QVGM 3I8DA 1B9FA 4PA1A 4CHYA 1X1PA 4Q5VA 1OVQA 1JLFA 4Z4HA 4H5RA 2NRZA 5BPNA 4WCEL 1UA1A 2E2OA 5SZTA 5EOYA 3AA4A 3S3MA 4BC5A 2Z1HA 4M3RA 4O5FA 3J7AP 4FOEA 3PSFA 3DLEA 3H3NO 3ISNC 5GIOA 3PIOL 1NGJA 2O8CB 2P1JA 4N56A 1SL0A 4ZHRA 3VEXA 2P9KA 4O5BA 2W40A 5HBMA 4DV3K 4H8KA 1TUUA 1QQOA 4J2DA 4IEIA 4CECA 3VERA 3R1XA 1Z6RA 2A6AA 1LW0A 3VEYA 3CM5A 1GLLO 3AY9A 2YNFA 5JMVA 3CI5A 3I33A 2A5XA 4M3ZA 1WLJA 3QERA 1U2VA 3LDQA 3NBPA 3L2RA 4JI2K 1NM1A 1RDCA 5EU7A 2G8VA 4C8KA 4B9VA 4B3OA 1T6CA 4ISGA 4DFJA 2HBKA 1C1CA 4DU3A 1S1XA 4FJMA 4WE1A 4FJ8A 2KQ2A 2F8SA 3ZSQA 1BU6O 2HSTA 1TYQA 2QEXN 1RTHA 4DTPA 1XNQK 3F9KA 4FCYA 3WUHA 2ZGZA 1GLAG 1YT3A 4J8FA 3SUQA 4BVOA 4BRCA 4JS4A 4K8ZA 2YI1A 3VQCA 4FO0A 1WSJA 1TV6A 4BRNA 3CF5L 1WBDA 4BROA 1GOCA 3FFKB 4KH4A 3ITHA 3MAQA 1QVFM 4FW2A 1IBLK 3LZIA 2GELA 2ZJRL 3VQAA 1K8KB 3LDPA 5AQTA 2YHXA 4IZ9A 2O8FB 3GDQA 1MDUB 3L8BA 4AHCA 1NMNA 3SI6A 1V4TA 1TL1A 1J5EK 1BQMA 2GV9A 3TSUA 3T69A 3H1VX 2GEMA 3D0PA 4CFBA 2D0PA 2EHGA 1RBSA 5C2FA 4B9UA 3LDOA 2Z1JA 4E0DA 2IIRA 4BWJA 4WFAL 1JLCA 4FLXA 3S41A 1IH7A 4AHUA 3OYCA 2JGUA 3C65A 3L2VA 4H0OA 5CR4A 2KTQA 4FLZA 2W6LA 3RWUA 1EWRA 2UUAK 4E7IA 4I9QA 1BDGA 1NK4A 2B5JA 3QIOA 3C7NA 4M3TA 1SL1A 1JLQA 3L4IA 3TTDA 4CF8A 1J5OA 3ZSRA 3IMXA 4Y0WA 1RDDA 3CQXA 1ZBUA 5KPTA 1OVYA 4K41A 4DR3K 3WQUA 1VQ9N 1VQMN 4CK3A 4MO4A 4F3OA 2VG5A 1HNXK 2DTUA 1HUXA 1HKBA 2YCHA 2QWOA 4DSFA 4B1XB 3CQ8A 3VF4A 3KD5E 2VQEK 4G1QA 4WQ5A 1IKWA 4E1NA 4DR2K 4H0TB 1EX4A 1JLBA 1RT3A 2NRTA 2BDPA 1RT2A 4FSVA 5HROA 4DQPA 1WSFA 3ZEUB 1XI1A 1HNZK 3LM9A 1J53A 3OHRA 4AHVA 1TKXA 3AGRA 4YOVA 2Q2RA 5AQJA 4RWTA 4XIUA 4NCAA 3ZLJA 3NGZA 1JCGA 3M8RA 1T6DA 4DR4K 1SV5A 1Q9XA 4FXDA 4KRFA 2CH6A 3JS6A 1TKTA 4IOCL 4OX9K 5ELZA 5BR8K 3HOSA 3E1YA 3EZWA 4B1UB 3ZT4A 4OPAA 1ZBFA 2E1YA 4JKGA 1N32K 5FLXO 3CJCA 4FOIA 1X3MA 1A5XA 2KLAA 4O0JA 3MN7A 3VQ6A 3ZSOA 3V4IA 3DXMB 4K0KK 1JL2A 3QETA 1LW2A 1WBBA 3VETA 4I6MB 3OYKA 4CIEA 4W5NA 1GLBG 1N8RO 4RW9A 2DFHA 3AV9A 2OPPA 1D4XA 3MDQA 1VK0A 4Z4FA 3F5TA 3OW2M 1XC9A 2I7PA 4E7JA 1KC8O 4NYNA 2WFBA 4B8CA 4IWVA 3HP9A 1CZBA 4ICLA 1HMVA 1XMOK 4JAXA 3HRGA 1VSJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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