3D7EO

Enterococcus casseliflavus glycerol kinase mutant his232ala complexed with glycerol
Total Genus 174
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
174
sequence length
495
structure length
495
Chain Sequence
NYVMAIDQGTTSSRAIIFDRNGKKIGSSQKEFPQYFPKSGWVEHNANEIWNSVQSVIAGAFIESGIRPEAIAGIGITNQRETTVVWDKTTGQPIANAIVWQSRQSSPIADQLKVDGHTEMIHEKTGLVIDAYFSATKVRWLLDNIEGAQEKADNGELLFGTIDSWLVWKLTDGQVHVTDYSNASRTMLYNIHKLEWDQEILDLLNIPSSMLPEVKSNSEVYGHTRSYAFYGSEVPIAGMAGDQQAALFGQMAFEKGMIKNTYGTGAFIVMNTGEEPQLSDNDLLTTIGYGINGKVYYALEGSIFVAGSAIQWLRDGLRMIETSPQSEELAAKAKGDNEVYVVPAFTGLGAPYWDSEARGAVFGLTRGTTKEDFVRATLQAVAYQSKDVIDTMKKDSGIDIPLLKVDGGAAKNDLLMQFQADILDIDVQRAANLETTALGAAYLAGLAVGFWKDLDELKSMAEEGQMFTPEMPAEERDNLYEGWKQAVAATQTFKF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural characterizations of glycerol kinase: unraveling phosphorylation-induced long-range activation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycerol kinase
molecule tags Transferase
source organism Enterococcus casseliflavus
total genus 174
structure length 495
sequence length 495
chains with identical sequence X
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2008-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3d7eO02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3d7eO01
3VERA 4L3QA 4DCHA 1NMDA 2BTFA 3CIPA 3IDHA 3TU5A 3U9DA 2FLOA 3UKRA 1BA1A 2V7ZA 4FOEA 2QWQA 4BRKA 1NGCA 1ESVA 1X3NA 3JXUA 4B9QA 3CETA 1QQMA 5F0XA 1DEJA 3VESA 1BOTO 4F9OA 4K43A 1DKGD 3CJ9A 5ADXH 1NGAA 1D4XA 2IIRA 1SQKA 4PKGA 1MWKA 1QQOA 2P9IB 3M1FA 4JN4A 3IFRA 3B8AX 3EN9A 3LDQA 5AZJB 4MLHA 2P9SA 1S3XA 2ZGYA 3I8BA 2A5XA 4DQ8A 5AQGA 3SMSA 4CZFA 3MN9A 4BREA 4JD2A 2P9NB 5BPLA 1NM1A 3VEXA 2E2NA 3U9ZA 5EXWA 3SMPA 4XH5A 3GDQA 4IO8A 4PKIA 4BVPA 4EAHD 2ZGZA 1QQNA 4BRQA 4EHUA 2BUPA 3EL2A 1E4FT 4EFHA 1HX1A 3HTVA 4H03B 5JLHA 4BGAA 5AQWA 3DJCA 4H0TB 4BC3A 5CE3A 1LCUA 1S22A 3A8YA 4CZIA 2V51B 1T44A 3CJ7A 3SLCA 3FR0A 2AA4A 3DWLA 2P9LB 1MDUB 3AAQA 4H0YB 5KPRA 3UKUA 1KAYA 4FWMA 4BRIA 4BG8A 3D2EB 4FWPA 2Q1NA 3ULEB 4WQ5C 5AZIA 4FL9A 3CI5A 3GBTA 4M63C 2W40A 1BDGA 1EQYA 3DXKA 4BR2A 4A2BA 2GUPA 3EZWA 4BRLA 3AY9A 2FSNA 2D0PA 3H45C 3A5NC 5EY4A 1NGDA 5BRHA 5FPDA 2ITMA 2QW9A 2YJFA 4JHDA 4H5RA 1GLDG 4BC4A 4FWRA 4QS7A 3HI0A 1YAGA 2P9PB 2FF3B 4B1ZA 1Z6RA 1KAZA 4BR7A 2NLXA 1V4TA 3KHYA 5JICA 2A40A 3LDOA 3FLCO 3FFKB 3BF3A 1GLAG 3MCPA 2QWLA 3U8XA 2E1ZA 2AP1A 3LDPA 1X9JA 3O80A 4YDUC 1XQSC 1P8ZA 4FWSA 2Q31A 2FSJA 5ELZA 3FZHA 4CBWA 2GWKA 1MA9B 5AQPA 4A62A 4FWNA 4IJNA 2PBDA 3VEYA 2ASOA 5LY3A 3WXKA 2D1KA 3GG4A 5LJWA 4FWQA 1H1VA 1XUPO 1BG3A 5AQFA 5F1XA 1WUAA 2V52B 1GLBG 3L6QA 4IZ9A 4BVOA 2I7PA 3MN7A 4H5WA 1C0FA 4NO7A 1SZ2A 4JAXA 4EHTA 4CZJA 5BRDA 5KQDA 3QMLA 2CGLA 4WYBA 2DPNA 3TPQA 4PL7A 3WQTA 2E88A 3ZEUB 4CZMA 1X3MA 4BRPA 4B1YB 1GLEG 3FZMA 4BC5A 2A3ZA 4WQ4A 4BQZA 2Q0RA 3O8MA 3R8EA 1WOQA 3WEEA 4BRNA 2F9TA 2OANA 3VETA 4I6MA 5FPNA 5AQHA 3BP8A 1U2VA 2KHOA 4PL8A 3ZETB 1NWKA 3D2FA 2W41A 4DB3A 3C7NA 3EKSA 4AM7A 3FE1A 1V4SA 3MK6A 3H46O 3VPZA 4CI6A 2ASPA 3ZX2A 1HKBA 1NGBA 1KXPA 3O08A 3VF4A 3DAWA 3JS6A 4FWKA 3WXLA 3CQYA 3DXMB 1TUYA 3QDKA 5KPTA 3ATUA 1HLUA 3QICA 2CGKA 2UYTA 3SJHA 1HPMA 2J4RA 1YXQA 5KQ8A 3VF6A 3ATVA 4HTLA 4BG9A 1BUPA 2Q0UA 4CBXA 2F9WA 1NGHA 5AQXA 4BRCA 1Z05A 4O8KA 3ZX0A 2A42A 4CZHA 3J8AA 4H5NA 2V7YA 2P9UB 3D7EO 3HZ6A 4A61A 1K8KB 4ISFA 4Z94A 1J6ZA 5AQSA 1ZXOA 4MO4A 1HUXA 4PKHA 1ATSA 3RSEB 3HSCA 5AQTA 4JNEA 3VGMA 5TKYA 2P9IA 1QZ5A 1TYQB 3O1BA 2D4WA 3GE1A 3QFPA 3VEVA 4BQLA 4H0VB 5AZJA 5AQUA 2P9KB 1JCEA 1CZAN 4K42A 4O5FA 2VWBA 3EKUA 4K25A 5AR0A 3VEOA 4H0OA 2P9NA 3A5LC 5E84A 3W3DA 1Q18A 3WXJA 3WXIA 2ASMA 5AQKA 5AQYA 1Y64A 5EX5A 4M7YA 5BPMA 5EOYA 2Q97A 4BR9A 1G99A 3UKRB 4BRMA 5AQVA 2WUSA 1HKGA 5AQIA 3VOVA 3MMVA 3U4LA 4FWLA 3HM8A 4XH4A 1ZC6A 2NRHA 1C0GA 3BF1A 3R9PA 5AFUA 4BROA 4ISEA 5BRFA 5AQRA 2YI1A 2EWSA 2P9LA 1LOTB 5E26A 5AFUH 3M3ZA 5AQLA 2E1YA 2IVPA 3OHRA 2P9SB 4H5VA 3D2EA 3CHWA 3EO3A 3LM9A 3ULEA 2QWRA 4BRFA 2IVOA 2NZTA 4JD2B 1NGIA 3L4IA 4CZLA 3F9MA 4BC2A 2E8AA 4BRDA 4RCHA 2E2QA 5LJVA 1R59O 1RGIA 3A5OC 4QS9A 4IJAA 3MN6A 1RDWX 3GOIA 1TYQA 2ZWHA 1IG8A 3O5BA 3W0LA 3QBWA 3H1VX 1E4GT 4RWTA 2PAVA 4K41A 4ISGA 1ZBSA 4MLEA 1HKCA 2P9PA 3CJ1A 3I33A 1GLLO 1U6ZA 2YJEA 4IWVA 3ENOA 4CBUA 4BRGA 5AQZA 3UKUB 3VGLA 4B1XB 1QZ6A 4B1UB 3H1QA 1MWMA 1OKJA 4BR0A 4XH1A 5AZIB 3UB5A 5ADXA 3FGUA 1ATRA 2GWJA 3H3OB 2FF6A 1NGEA 3S41A 1SAZA 3DXKB 1GLJO 3LM2A 1TUUA 3FZKA 2YHYA 4WQ5A 3CJCA 4NB4A 3O6WA 4H5TA 3ZX3A 2IVNA 4JHDB 5BPNA 4BR5A 2QWMA 3CERA 3ID8A 3WT0A 4CZEA 4AM6A 3MDQA 4FO0A 5AQNA 2CH6A 4CJ7A 1GLFO 1T6CA 4Y0WA 4WQ4C 1NGFA 1HJOA 3O1WA 5BN8A 1KAXA 1RFQA 3CJAA 3ZEUA 3H3NO 3A5MC 1DGKN 3VENA 4H0XB 1NGJA 4BRAA 2QWPA 1BA0A 5BREA 3CQXA 3G25A 4HWIA 1JCGA 3WQUA 2H3GX 3IMXA 4FSVA 5AQOA 3LDNA 4CZKA 4YDUA 4CD3A 2Q2RA 2YCHA 3AARA 1BO5O 2E20A 3VEZA 2YHWA 4IXCA 3IUCA 5I9EB 4B1WB 3ZETA 1YVNA 3CJBA 5EVZA 2YHXA 3QFUA 4LC9B 5F2RA 1NGGA 1BU6O 5AQMA 3VF2A 4A2AA 2FSKA 2GTDA 1XC3A 3FZLA 3L0QA 2HF3A 1NBWA 2VYPA 4EIAA 1ATNA 3P4IA 3KVGA 3QBXA 3QB0A 4BGBA 3BUZB 2QXLA 3A0IX 1JCFA 4GNIA 3FZFA 3M6GA 2HF4A 2I7NA 3DXMA 3LDLA 4E1JA 2Q36A 4RTFD 5JLFA 3SK3A 4FPAA 3AAPA 1GLCG 4MO5A 4XEIA 3ENHA 5JMVA 5AQJA 3WEEB 2HMPA 2VCPA 4FPBA 4CD1A 3R6MA 4B1VA 4I6MB 2GEMA 1U2VB 2QWNA 2E2OA 3VGKA 3KZBA 2D0OA 3D2FB 2FXUA 4BR4A 3C7NB 2QM1A 5B8HA 3UE5A 2ZF5O 4H0PA 4QS8A 3LL3A 4GY2B 1QHAA 4J8FA 2P9UA 3O4WA 4BRHA 1NLVA 3WUHA 1YUWA 5KPZA 4CZGA 1IJJA 1K8KA 2GELA 2A41A 2QWOA 4FWOA 3BEXA 5BN9A 3MN5A 5BR9A 3RSEA 4KBOA 3VEWA 3GL1A 1T6DA 2CH5A 4C23A 5FPEA 3C0BA 2CGJA 4FOIA 2A6AA 3HBTA 5FPMA 2P9KA 1BWFO 2E2PA 4M7XA 4DHYA 5AQQA 3H6EA 2HOEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VERA 3TTDA 4L3QA 3I0RA 2BTFA 3CIPA 2F96A 1TK8A 1KQSM 1I3AA 2A1SA 3IG1A 4B3RK 2V7ZA 4CEOA 1EX4A 4GMJB 1U4BA 2HBKA 3AV9A 2O8CB 4O44A 1SQKA 4PKGA 3CPEA 5KI6A 4N47A 1MWKA 1QQOA 3M1FA 4IO9L 4CF9A 1BIUA 3WNGA 3B8AX 3LAKA 1BI4A 2YV0X 4MLHA 1SUQA 2ZGYA 1Z25A 1WSFA 1JL2A 1NMNA 4DQ8A 2P9NB 4PUOA 5EXWA 4HUEA 1LWEA 3HO1A 4IO8A 5HBMA 4PKIA 1VQKN 4FJ8A 3KLGA 1HQUA 3L4QA 1RBTA 1E4FT 3ZT4A 2YNFA 2OCEA 4H03B 1K73O 5AQWA 3DJCA 4O5BA 4BC3A 5C2DA 2OPPA 2HNDA 4DTXA 1T44A 3VQAA 4IBNA 4CESA 3O9TA 3SLCA 1FW6A 3FR0A 3S9HA 4C1NK 4H0YB 3UKUA 1KAYA 3OBYA 3OYAA 3SQ1A 5AZIA 4X65K 5GINA 3P5JA 1DTTA 1BDGA 1U49A 3OJUA 1EQYA 3O9UA 3K59A 2O8CA 3EZWA 4DUYK 3DMJA 1NOZA 2FSNA 5JVGL 4FJMA 5EY4A 4HVJA 4KPYA 1NGDA 3U3GA 3KKSA 4H5RA 4NCGA 3HI0A 4YFUA 4B1ZA 4BDZA 1Z6RA 4BR7A 1V4TA 3E66A 3N4QA 3LDOA 3FLCO 3FFKB 2G8HA 5CZ1A 5CYQA 4CERA 2E1ZA 2HHSA 3D45A 4DSFA 1X9JA 3O80A 3ASMA 3F73A 1XQSC 2HVIA 2FSJA 2ETJA 3HVTA 4CBWA 2GWKA 3TAMA 1VQMN 1MA9B 3ZT2A 2PBDA 3T3FA 4CJVA 3QIOA 3HPHA 1YJNN 4F2SA 4B8CA 5F1XA 2HNYA 1GLBG 5LMUK 3L6QA 4IZ9A 2HHUA 3MN7A 4H5WA 3T7ZA 3DLGA 1QHTA 4OKEA 4BE1A 4DSEA 1TK0A 4JAXA 1ZBUA 5KQDA 3ZLJA 4DFMA 2IC3A 4FLTA 4KRFA 4I9QA 1NK9A 1X3MA 4BRPA 3RTVA 4M42A 1GLEG 4CEFA 4BC5A 3R8EA 5C24A 3OA9A 2OANA 2NRTA 4JKCA 5C25A 1YIJN 3VETA 3C6HA 3PO5A 1MU2A 3OYNA 4NLBA 2ZJRL 3LWMA 3F9KA 2QKKA 1V4SA 3E1YA 4CI6A 1HR0K 1RT7A 1NGBA 1KXPA 1U48A 3VF4A 1BQNA 4CIFA 2XHBA 3WXLA 2KZZA 2IGIA 3MECA 4HHTA 1BCMA 1KD1O 3OYBA 2Y1IA 1HPMA 1YXQA 5KQ8A 3EY1A 2E4LA 4CBXA 1RDUA 4M3XA 1NGHA 1EXQA 4BRCA 1JXEA 3OYJA 3TTCA 4OLAA 2A42A 5BR8K 2YKNA 1OH6A 4A61A 3SAHA 5LL6Z 3CM5A 3THYA 2WONA 1XHZA 3OYLA 4I9LA 3TARA 2KLAA 1HYZA 2O4GA 3S3MA 4CIEA 3HRGA 4PKHA 1WN7A 1UA0A 4ZHRA 1BQMA 2D4WA 2DFHA 1RDCA 3SUQA 5AQUA 3R1XA 4CFDA 3OS2A 2P9KB 3BGRA 1JCEA 4KFBA 4JLHA 3MXMA 1WSIA 2VWBA 1Q9YA 3VEOA 1W7AA 1NOYA 5I42A 3LWLA 3O9QA 1I94K 5AQKA 5BPMA 1Y64A 5EX5A 4M7YA 4BR9A 4JKFA 5JS1A 3UKRB 2WUSA 4HUFA 4AHTA 2O8BA 1T8EA 3SQ4A 3V9WA 3M8SA 2O8DB 5IWAK 4I2QA 1ZC6A 1C0GA 3R9PA 3OY9A 4IOCL 1SKWA 4ISEA 2YI1A 1LOTB 3O9RA 3C6UA 5AQLA 2E1YA 2IVPA 1RTIA 2YX6A 4JK8A 2IVOA 3AA2A 4JD2B 4CZLA 4CHYA 1M90O 3VQ8A 3KWGA 3KLIA 1WNSA 1U04A 4E0DA 3V1OA 4ILGB 3AA5X 3QINA 1VSIA 4IJAA 3PX4A 3MN6A 3HPGA 1L3SA 1RDWX 3RMAA 4FW1A 1K9MO 4DF8A 1A5WA 3D6RA 2UU9K 1SL0A 4CFAA 3I33A 5C15A 3AGRA 1M1KO 1GLLO 3HVRA 2HHTA 3KK1A 3OTOK 4KTQA 3QO9A 1MWMA 1KVAA 4BR0A 3FGUA 3AO4A 2GWJA 3C94A 3H3OB 2O8DA 1EWRA 1HPZA 1TV6A 4R79A 5FROA 4PHTX 1ASUA 4JI6K 3CJCA 1VSDA 2FBXA 1WSJA 4JHDB 5BPNA 4IFVA 4FK4A 2VQEK 4B9TA 3V6DA 3EE8A 3MDQA 2DY4A 4DSJA 5AQNA 2D5RA 1YF5L 3LAMA 4WQ4C 4DFPA 1VSHA 1NK0A 3CJAA 5K14A 4G9ZA 4QAGA 4Q5VA 1OH7A 4OVLA 4DQRA 1NK7A 4BRAA 2QWPA 4K0KK 3AVAA 1U47A 2NUBA 4H8KA 5BREA 2O8FA 4YOTA 2WOMA 4F2RA 5HLFA 4B9UA 4FVUA 5AQOA 3PIPL 2JWLA 2XY5A 4JKAA 1RT4A 2E20A 5I9EB 3U3YA 4GKKK 2OA8A 2YHXA 3QFUA 2PYLA 4CEEA 3J7ZO 4DS4A 4A2AA 5AQMA 3AVHA 3H08A 4CF1A 4EIAA 2O8EA 4FK0A 3P4IA 2YHBA 3KVGA 3HPOA 5EU7A 2QXLA 1C1CA 2NNWA 3RMDA 4O0JA 1XNRK 4DTRA 1DT9A 3VA0A 3AAPA 1WBBA 4B9SA 2AJQA 4U7BA 2E5LK 4FPBA 4YOUA 4FLYA 3CC2N 3VGKA 4CJSA 3VA3A 4W5RA 1T05A 3C7NB 1VK0A 2Z1HA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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