3D7EO

Enterococcus casseliflavus glycerol kinase mutant his232ala complexed with glycerol
Total Genus 174
50100150200250300350400450050100150
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
174
sequence length
495
structure length
495
Chain Sequence
NYVMAIDQGTTSSRAIIFDRNGKKIGSSQKEFPQYFPKSGWVEHNANEIWNSVQSVIAGAFIESGIRPEAIAGIGITNQRETTVVWDKTTGQPIANAIVWQSRQSSPIADQLKVDGHTEMIHEKTGLVIDAYFSATKVRWLLDNIEGAQEKADNGELLFGTIDSWLVWKLTDGQVHVTDYSNASRTMLYNIHKLEWDQEILDLLNIPSSMLPEVKSNSEVYGHTRSYAFYGSEVPIAGMAGDQQAALFGQMAFEKGMIKNTYGTGAFIVMNTGEEPQLSDNDLLTTIGYGINGKVYYALEGSIFVAGSAIQWLRDGLRMIETSPQSEELAAKAKGDNEVYVVPAFTGLGAPYWDSEARGAVFGLTRGTTKEDFVRATLQAVAYQSKDVIDTMKKDSGIDIPLLKVDGGAAKNDLLMQFQADILDIDVQRAANLETTALGAAYLAGLAVGFWKDLDELKSMAEEGQMFTPEMPAEERDNLYEGWKQAVAATQTFKF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
source organism Enterococcus casseliflavus
publication title Structural characterizations of glycerol kinase: unraveling phosphorylation-induced long-range activation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycerol kinase
total genus 174
structure length 495
sequence length 495
chains with identical sequence X
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2008-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3d7eO02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3d7eO01
4H0TB 3DXKA 3MMVA 3JS6A 3LM2A 4WYBA 1GLAG 1H1VA 4BGAA 4JN4A 4FWKA 3A5NC 2QWRA 3ZEUB 4BR2A 3CETA 4PL8A 4RCHA 4RTFD 3LL3A 5KQDA 2YHXA 3EKSA 2YJEA 3VERA 4FOEA 4K42A 3QB0A 1NGCA 3R9PA 4GNIA 3C7NB 1U2VA 4GY2B 4A62A 3CJ7A 1LOTB 1RDWX 4BRNA 4CZMA 3D2EA 3HSCA 2E1YA 4WQ5A 1T6DA 3L4IA 2PAVA 2DPNA 1QZ5A 3ID8A 2Q31A 3P4IA 1V4TA 1NGBA 4IZ9A 4BRFA 4CZHA 3QICA 3SK3A 3ATUA 1X3NA 3CIPA 3GBTA 4IXCA 5KPZA 4ISEA 2QWOA 5JLHA 1KXPA 1TYQB 4BVPA 1TUYA 4XH1A 1Q18A 3GL1A 3RSEB 1NM1A 1LCUA 3RSEA 3FFKB 3CJBA 3A0IX 1G99A 4QS9A 3WEEA 4PL7A 5I9EB 5FPDA 1KAXA 2YI1A 2E2OA 4MLEA 4FWNA 2FSJA 2W40A 3QFPA 5JLFA 3LDLA 5AZIB 4LC9B 4PKHA 5AZIA 2P9NA 1XUPO 3TPQA 5AQMA 2I7NA 1BOTO 4BQZA 4B1XB 4H5VA 4JNEA 4FWSA 1BUPA 4I6MB 4H5RA 2P9SB 3VGLA 2E2PA 1NGGA 2P9SA 4BR0A 2YJFA 4PKGA 1MWKA 3CHWA 4BG9A 3M6GA 4CD3A 3O6WA 3B8AX 1JCGA 2Q0RA 5EY4A 3A8YA 2P9IA 1QQMA 3ENHA 3UE5A 2P9KB 1C0GA 5AQQA 5AFUH 4BRAA 3O4WA 1NLVA 3VEYA 4FWRA 2P9KA 3HTVA 3GOIA 2CGKA 3ZETB 2FF6A 1NGDA 2A40A 2D4WA 2NRHA 5EX5A 3A5MC 3HI0A 2GTDA 5AQOA 5B8HA 4M7XA 2EWSA 2FLOA 1DKGD 4MLHA 1YXQA 4K25A 3FZHA 2E88A 3MN9A 4B1ZA 1D4XA 2FSKA 3M3ZA 3CJCA 4WQ4A 3FR0A 3FE1A 2GEMA 2E8AA 1EQYA 4WQ4C 2FSNA 1ZBSA 4B1VA 1KAYA 1BWFO 1YVNA 3FZMA 4M63C 2P9LB 3VF6A 5LJVA 1HX1A 4HTLA 4CBUA 4AM6A 2CH6A 5JICA 5BRHA 4H0YB 4BRIA 1T6CA 2D0PA 2QXLA 1OKJA 3S41A 3MN6A 4E1JA 3LM9A 1R59O 2A41A 3H3NO 4A2BA 3MN5A 1C0FA 2HF4A 4FO0A 3O1WA 1Y64A 5AQUA 2I7PA 4KBOA 1MA9B 2UYTA 3ZEUA 3VF4A 4MO4A 4XEIA 2ASPA 2BTFA 4H0XB 5AQKA 1HKGA 1NGIA 3D7EO 5AQGA 4DHYA 4IJAA 4BR7A 5AQJA 2GWJA 3C7NA 3SMPA 3CJ9A 2WUSA 2F9WA 3FZFA 4BRPA 2QM1A 3LDNA 1BG3A 1IG8A 3G25A 3CQYA 4BR5A 1MWMA 3VENA 5BPMA 4WQ5C 1S22A 1TUUA 3VEVA 2QWPA 1BO5O 4YDUA 4BR9A 5F0XA 3VEWA 2P9UB 5ADXH 4XH5A 5KPTA 5AQHA 1GLBG 3AY9A 2D1KA 5KQ8A 2QWNA 1E4FT 3QBXA 3SMSA 4Z94A 5BPLA 4EFHA 1ESVA 3H3OB 4ISGA 4H0OA 4DQ8A 3BP8A 5AQLA 3LDQA 2V7YA 1J6ZA 4CZJA 2E20A 1TYQA 2A5XA 2NZTA 5AQTA 5BRDA 3VEOA 4FSVA 4FWPA 3IMXA 4CZGA 3ENOA 3FZKA 5AQSA 3WXIA 1SAZA 2OANA 3O8MA 4H5TA 1U6ZA 5ELZA 2QWMA 2HOEA 3WUHA 4FWLA 1QZ6A 2F9TA 3IFRA 5ADXA 3H46O 2VCPA 1HKBA 3CJ1A 1NGAA 3M1FA 4F9OA 3CJAA 4FWQA 5EXWA 4J8FA 1QHAA 1E4GT 4CZIA 2CGLA 3H1VX 2NLXA 2IVNA 2A3ZA 3SJHA 4NB4A 4I6MA 3F9MA 3EKUA 4XH4A 4BRGA 3KHYA 1K8KB 3EN9A 3GE1A 1K8KA 3J8AA 4H0VB 3ULEB 1BA0A 4K41A 1GLDG 3D2FB 3JXUA 4CZEA 5CE3A 3L6QA 4IWVA 4JAXA 5JMVA 3GDQA 4FPAA 4MO5A 4BGBA 4CZLA 5AQVA 3H45C 3UB5A 1JCFA 3ZETA 4DB3A 3DAWA 3VGKA 4BQLA 3U4LA 1RFQA 4IJNA 3BUZB 5AQWA 3ZX0A 4CBXA 3I8BA 2QW9A 2VWBA 4FWMA 1NWKA 4RWTA 5FPEA 3VETA 1CZAN 3W3DA 3R6MA 4EAHD 1SZ2A 3IUCA 4CZKA 2CH5A 2V7ZA 1X9JA 3UKUB 5AQZA 3KVGA 3LDPA 4JHDB 5AFUA 1NMDA 1ATNA 2V51B 2W41A 5AQXA 3VEXA 2V52B 5AR0A 1YUWA 5AQRA 2P9LA 3WXLA 3H1QA 5EOYA 1XC3A 4EIAA 4BRMA 4C23A 1ZXOA 2HMPA 3W0LA 3MCPA 4DCHA 3VOVA 3WQTA 1ZC6A 5AQPA 1P8ZA 5LJWA 4ISFA 5F2RA 4FWOA 3U8XA 3LDOA 3VGMA 2QWLA 3MK6A 2P9PB 2ZF5O 1HLUA 1Z05A 5LY3A 2ASOA 2FXUA 4M7YA 4A61A 1NBWA 2Q2RA 3DXMB 5FPNA 3CI5A 1S3XA 2FF3B 3DXMA 4FL9A 1ATRA 1BDGA 3L0QA 3TU5A 1RGIA 3O08A 5BN8A 2YCHA 2QWQA 4BROA 2ASMA 3HZ6A 4BRKA 4L3QA 3R8EA 1WUAA 4K43A 4B1UB 1NGEA 4BC5A 4CBWA 2ITMA 1GLJO 4YDUC 1QQNA 4O5FA 2P9UA 5KPRA 1U2VB 4A2AA 3VPZA 5BR9A 3VF2A 2ZGYA 3D2EB 2BUPA 4H03B 3O5BA 3FLCO 2GELA 3FGUA 2ZWHA 2E2QA 4BR4A 4AM7A 5FPMA 3ATVA 4BC4A 4B9QA 5EVZA 1HKCA 1GLEG 4FPBA 1NGJA 2VYPA 3WQUA 1NGHA 2IVPA 2J4RA 3BF1A 3VEZA 2GUPA 3AAPA 1DGKN 5BN9A 3WXJA 3AAQA 3C0BA 1GLCG 1GLFO 3MDQA 1JCEA 3WEEB 5AQYA 3FZLA 4BRQA 3QMLA 3CERA 3KZBA 2HF3A 4H5WA 4CZFA 4BREA 3H6EA 5AQIA 3QDKA 2IIRA 3OHRA 2E1ZA 5AQFA 3ULEA 1XQSC 1SQKA 2P9NB 3D2FA 3WXKA 1IJJA 5AZJB 2AA4A 1QQOA 4FOIA 3O1BA 2A42A 5AZJA 2KHOA 4H5NA 4Y0WA 4QS8A 4HWIA 1HPMA 1HJOA 1T44A 4EHUA 4IO8A 3WT0A 1V4SA 4BRHA 1YAGA 3GG4A 3HM8A 1X3MA 1DEJA 3AARA 2YHYA 3UKRB 2GWKA 4O8KA 3UKRA 4BC2A 4EHTA 3CQXA 4NO7A 2P9IB 3MN7A 4CI6A 3ZX3A 4B1YB 3U9DA 1Z6RA 2E2NA 3UKUA 4BRLA 3EO3A 3QFUA 4JHDA 2H3GX 4BRCA 4BC3A 3BF3A 5BPNA 2AP1A 2Q97A 1MDUB 3VESA 5TKYA 3ZX2A 3U9ZA 4PKIA 1BU6O 1GLLO 4JD2B 3BEXA 3HBTA 1WOQA 2CGJA 1HUXA 1NGFA 1ATSA 2Q36A 4JD2A 4CJ7A 5BRFA 5F1XA 5E84A 4BRDA 2YHWA 2Q0UA 3IDHA 3O80A 4BG8A 2IVOA 2A6AA 4B1WB 3DJCA 4H0PA 3QBWA 4BVOA 2PBDA 2P9PA 3I33A 3EL2A 3A5OC 3SLCA 2D0OA 5BREA 3EZWA 3DWLA 1KAZA 5E26A 4CD1A 5AQNA 2ZGZA 4QS7A 2Q1NA 3A5LC 1BA1A 3DXKB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CEEA 1T7PA 4H0TB 3KLIA 1VQMN 4KPYA 2RHKA 4CJUA 4JN4A 3LDSA 5FLXO 3CETA 4PL8A 4RCHA 4RTFD 5KQDA 1VSHA 1R0AA 2YHXA 4I9LA 3ZSYA 4FOEA 4K42A 4I9QA 4FLTA 1KRPA 1HMVA 1NGCA 2OPSA 1NK4A 2ZD1A 4GY2B 4JI1K 3QO9A 1LAVA 4Z4GA 5CZ2A 3TAFA 4CGJA 5HP1A 3HSCA 1QSSA 4DTRA 1N36K 2PAVA 2DPNA 3OYAA 4FLWA 2KFZA 3TTDA 1NJZA 4ELTA 4CZHA 1M90O 3J80O 1QTMA 3SK3A 3I56N 3AVNA 5M1NA 4GV3A 1Q82O 4ISEA 4KI4A 1TUYA 2UU9K 4DF8A 4K0KK 4L8RB 3RR8A 4X66K 2NRXA 5I9EB 5FPDA 4IFVA 3HL8A 4FJKA 2YI1A 3THWB 5JLFA 4CJKA 5E41A 3RR7A 5AZIB 5KGXA 1Q7YO 1S72N 1YF5L 3TPQA 2DFEA 5GADP 4ID5A 2ZJQL 4DTUA 1ZBIA 4B3RK 4B3MK 2F8SA 1VSKA 4JKAA 1HQEA 3I0RA 4C8MA 4YFUA 2YJFA 4GKKK 3M6GA 4U67L 5GIPA 1EX4A 3O6WA 4CEOA 4JRQA 4NCBA 3MEEA 4FM1A 1QQMA 4Y1DA 4FWRA 3AO2A 4HUEA 2CGKA 3B6OA 4Z4HA 1WLJA 5GINA 3C6AA 3HI0A 3CM5A 5C12A 4M7XA 2FLOA 1DKGD 2ZQBA 1MU2A 3FZHA 4CEQA 3MN9A 4M3RA 3M3ZA 3C6HA 3FE1A 1YT3A 2E6MA 1XMOK 3P1GA 3JYTA 4F3OA 3MX2A 4ID1A 2FSNA 3OS0A 3OTOK 3SQ1A 4B1VA 3EZ5A 3O3HA 2HBKA 3CD6N 1YVNA 3FZMA 4LFCK 4CJ4A 2VGMA 4HTLA 1C0MA 3RMBA 2KZZA 4O8UA 4E7HA 1WBDA 4X65K 4CHYA 2P1JA 3L3VA 4BRIA 1T6CA 2D0AA 3S41A 3P31A 3MN6A 5JVHL 4CHPA 3I55N 1NK7A 1VQ4N 3H3NO 2RE2A 4OLAA 4E7LA 1ZBUA 3NF6A 3AA5X 3L8BA 4FO0A 3BZKA 5AQUA 1HYZA 3AVFA 3OYBA 4CJPA 3C6UA 4OVLA 4DQQA 1Q86O 2PYLA 1FK9A 3CG7A 4NLBA 2OYQA 1C1BA 3K2PA 1S1TA 1ZBHA 1VSLA 4W5OA 4MO4A 3TAEA 4H0XB 1NJIO 1NGIA 3D7EO 4DHYA 4NCAA 3V9XA 3IG1A 4CHOA 4ILJA 4BWJA 1D9FA 3E01A 2GBZA 3FZFA 3P39A 2G8IA 2QM1A 1IG8A 1ITGA 4BR5A 3VENA 5BPMA 4WQ5C 1QQCA 1UWBA 2QWPA 1BO5O 5F0XA 3VEWA 2P9UB 3N4PA 3OYCA 4XH5A 5KPTA 5AQHA 4FLYA 3M8QA 5CR4A 5H1SQ 4DQPA 5BPLA 4PQUA 4CIEA 4WFBL 4H0OA 4FK4A 3BP8A 1CLQA 3WNFA 5A2QO 5BRDA 3IMXA 4OKEA 2HVIA 1JXBA 4CGFA 4CF9A 4FCYA 2HMIA 3WXIA 4AHUA 1SAZA 2OANA 1A5WA 4FXDA 1U6ZA 1FKOA 3THWA 1VK0A 3PY8A 1WSJA 4O55A 1HYVA 2HOEA 2P51A 1HNXK 3ZT1A 4PA1A 3LP1A 1YIJN 3CJ1A 4LH4A 3SCXA 2Z1JA 3EEQA 3OS2A 4CEAA 1L3SA 3SJHA 3S3NA 4NB4A 3F9MA 1JLFA 3EKUA 1L3TA 4DG1A 5IT9O 1UA1A 2RN2A 4B9NA 1K8KA 3J8AA 4CEZA 3KKRA 2VWJA 2YHAA 4ICLA 3QEWA 3L6QA 4IWVA 4JAXA 1EWRA 4JRPA 4EP5A 4KHUA 4Z4CA 4C8LA 1JCFA 4K8ZA 4HUGA 4JI5K 4F4KA 3J7AP 4IJNA 3OYJA 3VQQA 5AQWA 4MDAA 4CJWA 3HPGA 1NWKA 1U04A 4JS5A 5JS2A 4DFPA 3NMUA 4WF9L 4CZKA 2CH5A 2FBVA 4DLEA 1OH7A 3V1OA 4R5PA 4EZ9A 3OYEA 3LDPA 3L3UA 1NMDA 4Z4IA 3VEXA 4KHYA 4DR7K 2V52B 3MAQA 5AR0A 4DQSA 1UA0A 4C23A 1TKDA 4FK0A 2HMPA 1S1VA 3K5OA 4DR2K 2P5GA 4KI6A 1P8ZA 1U47A 2W42A 3ZSOA 3THXB 4FWOA 3D45A 4BDPA 4Z4EA 4CFBA 3TARA 4CJTA 4GV6A 4HCBA 3NVMA 1Z05A 5LY3A 1HRHA 2ASOA 3SV4A 3SV3A 3OYHA 1NBWA 4YORA 3LWLA 2Q2RA 4C1NK 4WCEL 4B9UA 4FLZA 1SKWA 3CI5A 1WSFA 1ATRA 1JLEA 3OVNA 2WFBA 1W2BM 3LPTA 4NLCA 2HHXA 4BRKA 4YOXA 3CMAN 4K43A 4DTPA 4CBWA 2ITMA 1GLJO 1Q9XA 2NRRA 3HT3A 2RF2A 4O5FA 1RBRA 2P9UA 1U2VB 1RBVA 1JJ2M 3T69A 2ZGYA 4JKDA 3E1YA 1LWCA 4JLHA 4U7BA 4DU1A 4CK1A 4CK2A 4J2BA 4FZYA 1DTTA 3QETA 2ATQA 4AM7A 2QKKA 3AVJA 3CCUN 1TV6A 4W5RA 1BISA 4KH5A 4UY8O 4YOWA 3WXJA 5HBMA 3AAQA 3C0BA 5J2NA 3ULDA 1J5OA 4CECA 3MDQA 1FW6A 3Q7CA 5AQYA 3FZLA 2VWKA 2XY7A 3CERA 3MWPA 3DLBA 4LF8K 4NCGA 1QE1A 2FBXA 4JK8A 3WNGA 3HP6A 1VSIA 3T7ZA 4Z0UA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1XQS C;  5J2P A;  4DUY K;  1S1W A;  3OYF A;  1IJJ A;  5AZJ B;  1XHX A;  1QQO A;  2IGI A;  2NUB A;  2A42 A;  4FOI A;  4N76 A;  4HWI A;  2HB5 A;  4EHU A;  3WT0 A;  4DTJ A;  4IO9 L;  1YAG A;  3DM2 A;  1RDU A;  4IEI A;  3G4S N;  3B6P A;  2HHT A;  3QIP A;  3UKR A;  1B9F A;  3O9Q A;  3CQX A;  4DR6 K;  2D0B A;  4NO7 A;  1N8R O;  2OCE A;  2HBJ A;  5D3G A;  1BIZ A;  4DV2 K;  1TK8 A;  4IKF A;  3CFP A;  1YI2 N;  3M5R A;  2X74 A;  4FVM A;  1REV A;  4BRL A;  4JHD A;  1OH8 A;  3NVK A;  4BC3 A;  1VQ6 N;  4IOC L;  1MDU B;  3OYI A;  1ZBF A;  4PKI A;  1BU6 O;  2PYJ A;  3OBW A;  4KTQ A;  2KTQ A;  3ZT3 A;  1QSL A;  3HOT A;  4CVN E;  4G1Q A;  4JD2 A;  3HOS A;  1X9S A;  1LAW A;  5M1K A;  2A1S A;  3NGY A;  3IDH A;  3O80 A;  2IVO A;  4B1W B;  4LSL A;  3DJC A;  1IKY A;  3QBW A;  3ZSW A;  4H8K A;  1NK6 A;  3TR8 A;  1BL3 A;  2HBM A;  4QS7 A;  1BQM A;  4YY3 K;  1BA1 A;  3OYL A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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