3DJCA

Crystal structure of pantothenate kinase from legionella pneumophila
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
LILCIDVGNSHIYGGVFDGDEIKLRFRHTSKVSTSDELGIFLKSVLRENNCSPETIRKIAICSVVPQVDYSLRSACVKYFSIDPFLLQAGVKTGLNIKYRNPVEVGADRIANAIAATHSFPNQNIIVIDFGTATTFCAISHKKAYLGGAILPGLRLSADALSKNTAKLPSVEIIKTESVVGRSTIESIQSGVYYGVLGACKELIQRIHHEAFNGDQILILATGGFASLFDKQGLYDHLVPDLVLQGIRLAAMMNT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. philadelphia 1
publication title Crystal Structure of Pantothenate Kinase from Legionella Pneumophila
rcsb
molecule keywords Type III pantothenate kinase
total genus 75
structure length 255
sequence length 255
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
ec nomenclature ec 2.7.1.33: Pantothenate kinase.
pdb deposition date 2008-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03309 Pan_kinase Type III pantothenate kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3djcA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3djcA01
4DCHA 1ATNA 3WQTA 3GL1A 1KAZA 1U6ZA 1X9JA 2E2OA 4K25A 1XQSC 4BC3A 2D1KA 2P9KA 3WXLA 1GLEG 5AQXA 3CQYA 1NGFA 3U9DA 1GLLO 4JD2B 2P9UA 1HKCA 3H3OB 3SJHA 2P9PA 4FWOA 2E1YA 5AQHA 3U8XA 3HI0A 4ISGA 4BR0A 2A41A 5BPLA 1NGCA 3KVGA 2HOEA 3VEXA 4CBUA 3FZHA 1IG8A 3RSEB 5F0XA 2QWRA 5AQVA 5TKYA 5AFUH 3D2FB 4E1JA 2A3ZA 1NLVA 4ISFA 4WQ5C 3ZX3A 2IIRA 4CBWA 3QB0A 3A0IX 4C23A 3FZKA 1JCEA 1T44A 5CE3A 4K42A 1K8KB 3F9MA 3IDHA 5AQLA 1H1VA 3ENHA 2E2QA 2FSJA 3MMVA 2Q1NA 5FPNA 3D7EO 3QFPA 4IXCA 1ZC6A 3WXKA 4BVPA 2FF6A 3R8EA 1DGKN 3VPZA 4BRDA 2V7YA 4H0OA 2VCPA 5AQQA 4GNIA 1YXQA 2YHYA 2ITMA 1JCGA 2F9TA 1TYQA 2HF3A 3CJBA 4AM7A 4YDUC 4QS8A 2FSNA 3VGLA 1NGIA 3FFKB 5EOYA 5AQGA 1YUWA 3UKRB 2CGJA 3QDKA 5AQFA 4BR5A 3SLCA 3DXMA 4HWIA 5AQUA 4FWNA 1BO5O 3ULEA 3MDQA 5BN9A 3VGKA 2E1ZA 5EXWA 5B8HA 2P9SA 3H1QA 3M3ZA 2QWLA 2P9KB 2P9LA 2UYTA 4A62A 4BR7A 4A2BA 3LDPA 2P9UB 1E4GT 4B1WB 4WYBA 4FSVA 3UB5A 4DHYA 4FWQA 3AARA 4LC9B 4BROA 3VEWA 4JHDA 5BPNA 3QMLA 1GLDG 2P9IA 3BF3A 3FZLA 3M6GA 3SK3A 3L0QA 4PKIA 4BRNA 1MDUB 5KPTA 1Q18A 1HUXA 3EO3A 3O4WA 1V4TA 3CERA 1NGBA 3VESA 2CH6A 4BRKA 2I7NA 2ZWHA 1QZ5A 4CZKA 2YJEA 3WXIA 4IZ9A 2AP1A 5AFUA 1EQYA 4FWPA 4B9QA 3D2EB 1Y64A 2I7PA 1QZ6A 4QS7A 1P8ZA 2IVOA 4BG8A 1TYQB 1SQKA 4H0YB 4H0VB 1QQNA 1LCUA 3EZWA 2VYPA 4BGBA 3ATUA 5E26A 2IVPA 4MLHA 1NGDA 2QXLA 3CJCA 3VF6A 4PL8A 1GLAG 3JS6A 1BG3A 5LJWA 5KPZA 2QWPA 5BRHA 3FR0A 3VENA 4CZEA 3CQXA 3DAWA 5ADXA 1BUPA 4BRIA 3ULEB 4CZGA 3WEEB 1KAYA 2P9SB 2AA4A 4B1YB 4IWVA 4BRCA 2YHXA 3A5NC 4BQLA 2CGKA 4H5VA 3BF1A 3U4LA 3I8BA 3O8MA 4EAHD 3BUZB 4GY2B 2Q0UA 4JHDB 4BR2A 5AQOA 4A2AA 4BRFA 1BWFO 3DJCA 3WXJA 1GLBG 2P9NB 1HJOA 1TUUA 3H45C 4FPBA 2ZGZA 5AQPA 5AZIA 4M7XA 5FPMA 4XH4A 4YDUA 3A5MC 3HM8A 1QQMA 4BRPA 2DPNA 1HKBA 5FPDA 1MWMA 1DEJA 2IVNA 4BRAA 5AQYA 1ATRA 3CJ7A 2V7ZA 1LOTB 4BRLA 3MN9A 1ATSA 2V51B 1NWKA 4NO7A 2YHWA 2E20A 5AZJB 4BR4A 3JXUA 2GEMA 4B1UB 4KBOA 1OKJA 1TUYA 4H0XB 1YVNA 3GBTA 4EHTA 3C7NA 4CZIA 4H03B 4EFHA 3ZETB 3A8YA 3P4IA 4CI6A 3EKSA 3ID8A 1KXPA 2YI1A 3ZX2A 1RGIA 4CZLA 4BQZA 1T6CA 2GWKA 1T6DA 3ZEUA 4H0TB 3CHWA 3TPQA 2W41A 4FOEA 1HKGA 2E2NA 2CH5A 3DXKA 2A5XA 1NGJA 2CGLA 4JNEA 4CZFA 5JMVA 3QBXA 1X3MA 3O6WA 4H5WA 4K43A 4WQ4A 3H3NO 2P9PB 5AQMA 1YAGA 3W0LA 4PKGA 2YCHA 2QM1A 1Z6RA 4AM6A 4JN4A 4BC2A 1V4SA 4J8FA 3MN7A 5AQNA 3DWLA 5F2RA 4BC4A 1XUPO 4BRQA 4B1XB 5AZIB 3AY9A 2HMPA 4K41A 4DB3A 4EHUA 4FOIA 5FPEA 3B8AX 3BP8A 4XH1A 3A5LC 4PL7A 4O8KA 2Q97A 4XEIA 1C0FA 1QQOA 5AQRA 3GDQA 4HTLA 5KQ8A 3CJAA 2NZTA 1MA9B 4JD2A 2NLXA 2FXUA 5AQZA 1S22A 3C0BA 3VEOA 4DQ8A 3RSEA 3VOVA 4BC5A 5JICA 5BRFA 2D0OA 1SAZA 4BRGA 3C7NB 3W3DA 2GTDA 1Z05A 2GUPA 5EVZA 2Q0RA 5JLFA 3FE1A 3HTVA 1S3XA 2Q2RA 3MK6A 3S41A 5BN8A 2D0PA 1ZXOA 1K8KA 1NGGA 3ATVA 1ESVA 3DXMB 1ZBSA 3G25A 2FF3B 5BREA 2V52B 3ZEUB 4BREA 1NMDA 1XC3A 3A5OC 2A40A 4MLEA 3UE5A 2FSKA 2P9LB 3DXKB 4WQ5A 2E8AA 3MN5A 2FLOA 2OANA 5AQTA 1RFQA 5E84A 4JAXA 5EY4A 4FWSA 3VF4A 5KQDA 4XH5A 4Z94A 3O1WA 2P9IB 1U2VA 4ISEA 4B1VA 3UKUA 3O1BA 3HSCA 3R6MA 3J8AA 3VGMA 3LM2A 3H6EA 3ZX0A 5ELZA 5AQWA 1IJJA 4IJNA 2J4RA 3IMXA 1GLFO 1SZ2A 2HF4A 2PAVA 5AQJA 1WOQA 4IJAA 1HX1A 4MO5A 3LDOA 4BR9A 1WUAA 4BRMA 4H5TA 1E4FT 2QWNA 2E2PA 4RTFD 3LDLA 4H5RA 5LJVA 2W40A 5AQSA 2QW9A 5LY3A 4FWRA 4A61A 4L3QA 3VEYA 3AAQA 5EX5A 3VERA 5JLHA 1NM1A 3VEVA 1R59O 1BA0A 2VWBA 3GOIA 4EIAA 2QWOA 3WT0A 4F9OA 3L4IA 1J6ZA 3VEZA 2Q36A 3D2EA 3M1FA 4I6MA 4RCHA 1GLCG 5KPRA 3O80A 4RWTA 4FWKA 4CZHA 1DKGD 3QICA 3GE1A 3CI5A 5ADXH 5BR9A 3WQUA 3BEXA 5AR0A 4H5NA 1NGAA 2ZF5O 2A6AA 1BOTO 3HZ6A 4CD3A 3O5BA 4O5FA 3QBWA 4BRHA 1NGEA 1U2VB 3L6QA 3LDNA 3H1VX 2KHOA 1KAXA 4IO8A 3UKUB 4M7YA 3I33A 5AQKA 2ASMA 1QHAA 3ENOA 4FPAA 3WEEA 4FL9A 2E88A 4CZMA 3LL3A 3FZMA 2ASPA 3FGUA 1MWKA 1HLUA 4FWMA 1RDWX 3EN9A 3VF2A 3CJ9A 3AAPA 2GWJA 4MO4A 5I9EB 1NBWA 4CD1A 4BG9A 3CJ1A 2D4WA 1NGHA 1JCFA 2QWMA 2P9NA 3FLCO 2WUSA 3FZFA 3SMSA 3WUHA 2A42A 3D2FA 5F1XA 3QFUA 2H3GX 4NB4A 4CBXA 3H46O 1D4XA 3EL2A 4WQ4C 3IUCA 3LDQA 1G99A 4H0PA 1BDGA 3TU5A 3HBTA 3KHYA 2EWSA 4I6MB 3CETA 3U9ZA 2BTFA 2NRHA 3IFRA 3R9PA 2ASOA 4BVOA 2PBDA 4FO0A 5AQIA 4PKHA 4CZJA 5AZJA 5BRDA 3EKUA 2ZGYA 4CJ7A 1BA1A 1BU6O 1X3NA 2BUPA 1CZAN 3MCPA 4B1ZA 3LM9A 4FWLA 5BPMA 1HPMA 2YJFA 3MN6A 3O08A 3KZBA 3UKRA 3CIPA 3ZETA 1C0GA 2GELA 3SMPA 1GLJO 4BGAA 3GG4A 2Q31A 2F9WA 4QS9A 2QWQA 3OHRA 4M63C 3VETA 4Y0WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VQFK 3GL1A 2E2OA 1VK0A 1GLEG 4HUEA 4BE2A 3U9DA 3J81O 1EXQA 3P31A 4FLYA 5CHIA 4CVNE 2P9PA 1J9AA 3VQDA 3HI0A 4ISGA 2HOEA 4CBUA 2ZD1A 1IG8A 4LF7K 5HRSA 1WAJA 4CHPA 5TKYA 2OPRA 3K2PA 1HMVA 3KK7A 3SUQA 2A3ZA 3MX5A 3DLEA 4ISFA 2IIRA 4CBWA 1IKVA 2P5OA 3JSMA 3SJJA 4CJTA 5CE3A 5AQLA 1K8KB 3WNFA 3K5OA 2FSJA 4QOZB 4R5PA 1EWRA 4CEDA 4FM0A 1ZC6A 2KFNA 2FF6A 4CHNA 4GNIA 1YXQA 2YHYA 4E0DA 2F9TA 3ZT4A 2HF3A 3CJBA 2ZM6K 4JKBA 3VGLA 1KRPA 5EOYA 3V9XA 2OZMA 5AQGA 2ATQA 2HBKA 1VSMA 5AQFA 1NJIO 4BR5A 5HP1A 3SLCA 3J80O 3G6EN 3VQEA 2X6NA 4O0IA 3WNGA 3VQAA 3ULEA 3VGKA 5KGXA 2YHBA 1B9DA 4CEBA 1UOCA 1NKEA 2QWLA 1HR0K 4BE1A 1WLJA 2F4VK 2HVIA 4B9TA 4CJWA 1FW6A 4JK7A 3KK2A 4BACA 3VEWA 2X74A 4W5TA 3QMLA 4DTRA 2BH1A 4MDBA 1RT4A 1BL3A 1ILYA 4OGCA 2VG7A 4EZ9A 5HL7L 5CY4A 1SKWA 5SZTA 1Q18A 4YY3K 4FJMA 3K9JA 2CH6A 5M1FA 2ZWHA 1OH5A 1QZ5A 1CXUA 2YJEA 4JEPA 1SUQA 2AP1A 1QE1A 3O9SA 4FWPA 4WFAL 3SUNA 3D2EB 1P8ZA 1IH7A 2IVOA 3HP6A 4HTUA 3I55N 4PHTX 4BDPA 5LMUK 1SQKA 4H0YB 3EZWA 3AA3A 2IVPA 3C6HA 3DRSA 3CJCA 5M1KA 3NH1A 1NK8A 1EO1A 1GLAG 3JS6A 5KPZA 3KIOA 4OO1J 3FR0A 1VSKA 4PY5A 2KLAA 1RTJA 1TAQA 3D45A 1VQ9N 4CIGA 1KAYA 4Z4CA 1ASUA 1VQ4N 1DT9A 3JYTA 1NK0A 4EAHD 1I94K 4CJUA 1UA1A 4JHDB 3DRPA 1BWFO 4JKAA 3NGIA 3V81A 3WXJA 3CXCM 1GLBG 2P9NB 1RT5A 4OVLA 3CD6N 3SPZA 1ASVA 5AZIA 3AA4A 3A5MC 4FJLA 3CG7A 4BRPA 3MECA 4DU4A 3SQ4A 2D0BA 4IFVA 2IVNA 4BRAA 3NF8A 4JKFA 2V7ZA 1LOTB 3J7ZO 3C94A 4CEAA 4F2SA 4M3TA 4NO7A 3D0PA 1HRHA 2E20A 5AZJB 1TVRA 3DOLA 4B1UB 1QVFM 2OTLN 3GBTA 1XC9A 2P5GA 3TTCA 1U04A 5GAHP 4RG8A 4Z0UA 3EKSA 3ID8A 3OYAA 2GWKA 5C25A 4IEEA 5C15A 3THXA 2W6KA 2WBNA 1NK7A 1SKRA 3TPQA 1RNHA 4FOEA 4FXDA 4A57A 3OYGA 2RE2A 4C8LA 4YOVA 3HXMA 3AO5A 3V9UA 4JN4A 1V4SA 2OTJN 5F2RA 4LFAK 3M8SA 4MQ3A 1N33K 4K41A 1Q9YA 4DB3A 4DR5K 1TV6A 2UUCK 4DV3K 4FLTA 4XH1A 3TAQA 5A2QO 4PL7A 4XEIA 3ZLJA 4ZHRA 3GDQA 3OYNA 3NH0A 2RN2A 2NZTA 4JD2A 4FVMA 3AGKA 2FXUA 3C0BA 4K0KK 2O8CA 3AGRA 3RSEA 3OJSA 1QTMA 3AVJA 5BRFA 3NF6A 2GTDA 4HVJA 1YTAA 3OS2A 5EVZA 4OPKA 4U7BA 5JLFA 1KC8O 3FE1A 4M3UA 1S1UA 2Q2RA 3LPUA 3KLGA 3RMDA 3NGZA 2JGUA 2DFFA 2VGNA 1ZYQA 5BREA 4NLBA 3S3NA 4KH5A 1NMDA 5LMNK 3V1OA 3T19A 4IG0A 2P9LB 4KTWA 3CCEN 3HPHA 2FLOA 2OANA 3QETA 1T3VA 3PUFA 2YNHA 1RBRA 2KTQA 1ZBIA 3F9KA 4H8KA 4Z94A 1KFDA 4JKEA 3ZSVA 3LP0A 3J8AA 3H6EA 4U67L 2G8UA 4HHTA 1T8EA 4NXNK 1JXEA 3IMXA 1GLFO 1WOQA 1JLAA 4KHSA 2HHWA 4N47A 2D5RA 3ENBA 3NCIA 4KHWA 3C95A 3LDLA 4AHCA 4H5RA 5LJVA 3QEWA 4E7IA 4B3TK 2QW9A 1EP4A 4FWRA 4NCAA 1L3SA 3ALYA 2R7YA 2KKZA 3VERA 1EKEA 2EX3A 1NM1A 3VEVA 1HNWK 3AVHA 3PIOL 3AVBA 1S1TA 1QS4A 4RCHA 3ID6A 1WSGA 2HNDA 4O4GA 4BWMA 4RWTA 4I9QA 4JKGA 3QICA 2HNYA 3GE1A 5BR9A 3WQUA 3AVAA 3KLFA 1RBUA 4TSXA 1A5XA 2FC0A 2ETJA 4DFKA 4IO8A 4BDYA 4FK0A 2A1RA 3WEEA 4N56A 4CZMA 3SZ2A 1RBVA 3LL3A 2VGMA 4OKKA 1DTTA 3PX4A 3RMCA 3VQQA 1GOAA 1VSLA 3TAPA 2GWJA 1D8YA 4LF9K 1E3MA 2E6LA 4KAZA 1JCFA 2DFEA 1UAXA 3EZ5A 3FZFA 3ZT1A 2HHVA 4YHHK 3WUHA 2A42A 1IBKK 3FFIA 4NB4A 4CBXA 3RMAA 1D4XA 3OBYA 1MU2A 5CYQA 3IUCA 3QEIA 1BIZA 4CIEA 5GIOA 3M8PA 4DR2K 4LF5K 2P51A 4O8UA 3SNNA 4I6MB 2RPIA 3DLLL 1KLMA 2HW3A 3IFRA 3DLBA 2ASOA 1FKOA 1QHTA 3PLAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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