3DLLL

The oxazolidinone antibiotics perturb the ribosomal peptidyl-transferase center and effect trna positioning
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The oxazolidinone antibiotics perturb the ribosomal peptidyl-transferase center and effect tRNA positioning
pubmed doi rcsb
molecule keywords rRNA-23S ribosomal RNA
molecule tags Ribosome
total genus 16
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3dllL01
3CPWM 1YITN 5GAGP 1QVGM 5H1SQ 1KD1O 3CD6N 4WF9L 1VQKN 1KQSM 3I56N 3G71N 1YJWN 1QVFM 3CCEN 3DLLL 4UY8O 1YIJN 5HL7L 1M90O 1OVYA 5GAHP 3CCVN 3CC2N 1VQ8N 2ZJPL 3G6EN 1S72N 3I55N 1W2BM 2ZJRL 4U67L 3PIOL 3CC7N 2OTLN 1VQNN 3J7ZO 3PIPL 1YJNN 1JJ2M 1K8AO 1K73O 5JVGL 2QA4N 4IO9L 3CCRN 3CCUN 4WFNL 3CC4N 1YI2N 4WFBL 1M1KO 3CCLN 1Q81O 1YJ9N 3CCQN 4WCEL 3OW2M 1K9MO 1VQON 1VQLN 1YHQN 1Q82O 1VQ5N 5GADP 4IOAL 2OTJN 4IOCL 3CMAN 1N8RO 1VQ9N 3CMEN 1ILYA 5DM7L 5GAEP 1Q7YO 5JVHL 3G4SN 3CXCM 1KC8O 3CCSN 3CCJN 4WFAL 1VQ4N 1VQPN 3CF5L 2QEXN 1VQ6N 5MLCQ 2ZJQL 3CCMN 1NJIO 1VQ7N 1Q86O 5DM6L 1VQMN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JK9A 4GVMA 1BCOA 5KQDA 2QW9A 1WSEA 3RR7A 3VQPA 2O4GA 1XHZA 4BRIA 3PX0A 1NK0A 4DSFA 3QFUA 2O8CB 3FE1A 4CF0A 3KKRA 1KTQA 3P31A 3VEYA 2Q36A 4GV3A 1I94K 2ZJPL 2O8FA 5IWAK 2O8BB 4ELUA 2OYQA 1KVAA 3LZJA 3EZWA 3VGMA 3THXB 4DTPA 3KIOA 2YCHA 3U4LA 5CY4A 1QZ6A 5AQNA 3IFRA 2R7YA 1S1VA 4IG0A 4YOVA 1NJXA 4DS4A 4DTNA 4H0XB 4CECA 3DLKA 1A5VA 1S6QA 3K57A 3AAQA 3TAMA 1J5EK 3OHRA 3UKUA 4FWLA 3E9PA 4H5VA 3HOSA 2P9UB 1VAZA 4B3MK 2VCPA 3THWA 1TUUA 3CCQN 1ZBUA 1TK8A 2FBVA 1TK0A 5ADXA 3OYHA 3OVNA 4BDPA 3WNGA 4KHYA 2OTJN 1N5YA 2G8FA 1XHXA 3P39A 4DV7K 1L3UA 2PFUA 3LDOA 1QSLA 5IT9O 3MXJA 5KI6A 3CQYA 4MO4A 4AILC 4DV3K 5GAEP 4BRAA 3HYFA 1UA0A 3MWPA 4X66K 4W5QA 4LF4K 2QI2A 3HT3A 1OH7A 4KO0A 1HKBA 3CCJN 4B1UB 4I2QA 4JLHA 3R6MA 5JLFA 4MLEA 4HUGA 4GKKK 2IGIA 3ZCMA 3QINA 1RBTA 2EHGA 3WQTA 3LDPA 3LDNA 4NO7A 1VSEA 2GUPA 3W3DA 1NGAA 2OPSA 4MQ3A 4JKCA 3U6FA 3JSMA 1WNSA 1QVFM 1LOTB 1TK5A 3CJAA 4KHUA 4CW7B 3I8BA 4JI3K 4JYAK 3A5LC 1RDUA 1U04A 4B3TK 1BI4B 3O3FA 3OYEA 2QM1A 2V51B 1KLMA 2CGKA 3LM9A 3O9TA 4B8AB 2I5JA 1SKWA 4AHVA 4QCLA 3ZT1A 3CC7N 4LF7K 2QKKA 1GLCG 1FKOA 1ZC6A 2UXBK 1S1WA 1LW2A 2WC9A 3DXMB 3LP0A 3P38A 4H4OA 4JK8A 1RT1A 3LANA 3OA9A 4M3ZA 2D0AA 3AARA 4DU3A 2OZMA 4H03B 2B6AA 2QXLA 3J8AA 5AQZA 4O8UA 2HHVA 2OANA 4WFBL 4XEIA 2IDOA 1VSHA 3VQ4A 4BR7A 2OZSA 3CFOA 1U6ZA 4BR5A 3AO1A 4PKHA 3OYMA 3KLGA 4JKFA 3DXMA 2PY5A 1NWKA 1IKVA 4FJMA 1RFQA 4AM6A 2G8KA 4DHYA 2UXCK 3DLGA 4DLEA 1SS6A 1HPMA 3LZIA 3RMBA 4JI1K 3V9SA 1NGEA 3C6UA 3NF7A 4BREA 5AQFA 1TGOA 3MWTA 1L3TA 4KHPK 1TUYA 5D3GA 2UUAK 5JVHL 4HTLA 3OS2A 4BVOA 4OPHA 2Z1JA 2ZGYA 3LM2A 3CJCA 5AQTA 3VQ6A 3MCPA 1L3SA 3AVJA 4CVNE 4Z94A 3T3FA 2UXDK 1WN7A 1BISA 2ZJQL 3VQCA 4FLVA 2UUCK 3WT0A 3NGZA 3C95A 4OGCA 4LY7A 3L8BA 3OBYA 5DM6L 4CEFA 5JMVA 1RILA 1FJGK 1C6VA 3AA2A 1LWEA 5I42A 1XNQK 3MMVA 2DFFA 3B6OA 2O8DA 4GVEA 3OS1A 3ENBA 4DSEA 2Q3SA 1V4SA 1D9DA 1QSYA 1QSSA 5F0XA 5C24A 4EFHA 2FSJA 4EIAA 2CGLA 3CYMA 3J7YP 1YVUA 3M8PA 2BUPA 3K58A 2PBDA 4H4MA 4IOXA 2ZJRL 4NYFA 3K9KA 3S41A 3MAQA 3CJ9A 1X9MA 3O3GA 4E3SA 5GINA 1WBDA 2OTLN 3J7AP 3DRPA 1XUPO 1VQNN 1RDBA 3PY8A 3OBWA 2IVOA 3WNFA 1J9AA 4BRPA 1HLUA 1GLFO 1RDCA 4OKEA 2XY6A 1HYSA 1VSKA 3H3OB 1VHXA 3AO3A 3PO5A 4B9UA 1YTAA 3CCUN 4WFNL 1NNEA 3VMFB 4M41A 3WXIA 1YT3A 2W6KA 2NRVA 1T6CA 2ITGA 4DCHA 2G8VA 3A5NC 3T1HK 1J54A 1REVA 3VQ8A 3UB5A 1NMNA 1VQLN 3AA5X 2ZM6K 2QWOA 4CZJA 3VEWA 4DTJA 3CM6A 3IMXA 3LPTA 1HYVA 1W9HA 2ASPA 3CETA 1QQNA 4BRHA 3PSIA 4KH6A 4O5FA 4DUZK 3VQ9A 1P8ZA 5M1FA 3CJBA 3V6DA 4CESA 4CZKA 3DI6A 4CHQA 3L3UA 5E26A 1K6YA 5F2RA 3UKRA 4DQSA 3DMJA 4M3RA 1X3MA 3MN9A 3AGKA 5LJVA 1H1VA 3RWUA 5FRMA 5FLXO 3BUZB 5M1OA 3RVCA 1QVGM 5LL6Z 4JD2B 5BRFA 1WSHA 3TAGA 4B9QA 5KTQA 1YTUA 1CZBA 3C0BA 3SAFA 4ELVA 4AM7A 5F1XA 4BRKA 4FW1A 5AQGA 4CK1A 3F9MA 4J8FA 3PLAA 5LMNK 1JL1A 4DMNA 2ITMA 3FZFA 3I0SA 3QFPA 3NH1A 3GE1A 4DF4A 5C2DA 1NJYA 3WUHA 1W2BM 4J2AA 4CEDA 4CJFA 3KWIA 4CHYA 2A3ZA 4YDUC 3J7ZO 2ZD1A 3KK2A 3OYDA 2DPNA 2F9TA 4CERA 2FLOA 4CIFA 2HMPA 4WQ5C 5KPZA 2OPQA 3ISNC 3O1WA 5HBMA 3JXUA 4G1QA 3IRXA 4CGJA 3V9ZA 4FK4A 4A61A 2KFNA 2HBJA 2JLEA 1Q81O 4PUOA 3D2EB 4WCEL 3AA4A 4FWRA 2CGJA 5HLFA 2W40A 4JKGA 1GLDG 3VOVA 5LMUK 5JS1A 3RSEB 4LH4A 2GUIA 4JKDA 5GADP 2G8IA 4IOAL 2WONA 4PL7A 4B9NA 4IOCL 3ZEUB 4DTMA 1T8EA 3I33A 2OA8A 4PKGA 4DV6K 4FWMA 3CQXA 3CMEN 1E4FT 2NRHA 4CJVA 4RW8A 4BQZA 4FK2A 4FZXC 3D2EA 3TSPA 5C12A 5DM7L 2YKMA 4DFMA 3UE5A 2KFZA 4AHCA 3TSQA 1IKXA 2AP1A 4C8MA 3KLFA 5AQVA 1EXQA 2NUBA 3ZEUA 2G8HA 1IG8A 3V4IA 1W0HA 1HUXA 2E4LA 3O9SA 4E1JA 3AVAA 3GBTA 1TKTA 3W0LA 1Q86O 2A6AA 1ZBFA 1YAGA 5GAGP 1ZXOA 4K25A 2E5LK 4FJ5A 1HQUA 3K5LA 1KFDA 3CD6N 3VTIA 2E6LA 3SQ4A 4BWMA 4C1NK 3TAQA 3I56N 3SUQA 1Q8IA 2GEMA 4H0TB 1XC3A 2FC0A 2QWPA 4Y1CA 3LWLA 1VSIA 4DLGA 3TARA 2E2NA 3NF9A 4LSNA 1QQCA 1G15A 1T3VA 5FPNA 3KHYA 3L3VA 4HUEA 5K14A 3SUNA 5C15A 3M6GA 1IKWA 3A8YA 3SQ1A 4CZLA 2AJQA 3BY5A 2D0OA 4CFAA 2E20A 4FLYA 1XQSC 4IEEA 4BGAA 1L3VA 4JEPA 3K5MA 3QERA 4R5PA 5HRNA 3HI0A 3KJVA 3O8MA 4XH4A 1A5XA 1GOAA 4CGFA 1KLNA 5AQMA 2P9NB 1S5JA 4ILHA 4I6MB 1S1TA 3K0SA 3ZSZA 4YOUA 2P9LB 1KAYA 5BRHA 2NZTA 1RTHA 3HPOA 1U2VB 3DLRA 1CZAN 1SUQA 2F8TA 4B9LA 2P9KB 3SNNA 4DV2K 4UQGA 4E7KA 3IUCA 4KI4A 1HX1A 2BTFA 3AVBA 3THYA 4A5BA 3EZ5A 3AAPA 2XY5A 1BQNA 4KRFA 2VWJA 1XC9A 3QETA 1LAVA 4KPYA 1U2VA 3P83D 4RW7A 1IKYA 1WSFA 3WNHA 3D7EO 4CZMA 5AQWA 3QIPA 2O8EB 3VF4A 4JS4A 3AVFA 3AGRA 4AHTA 4LFAK 1DKGD 1WSIA 1NKCA 3QICA 4LH5A 3TU5A 4OKJA 5C2FA 2ZF5O 3VGLA 3CJ7A 1RT7A 3L4IA 3D6RA 5AQKA 3K59A 3QESA 1OH5A 4DTXA 1R59O 2KTQA 3VTHA 3R9PA 1FXXA 3VPZA 2O8EA 1TL3A 2CH5A 3DYAA 4RTFD 1Q18A 1XNRK 2GX9A 4M45A 1XI1A 3ZT0A 2YJEA 4CJ4A 4CD1A 4N47A 1HR0K 2NRRA 3MX2A 1WB9A 4B08A 4CGHA 3FZLA 1S1XA 5KQ8A 5FPEA 4DR2K 4FVMA 2P9IA 2BGGA 1TAUA 1KAZA 1N32K 1LWCA 1QE1A 1M1KO 2OPPA 1S9GA 3KD5E 5JS2A 1EO1A 5AQLA 3V1OA 1NK8A 1ATRA 4DG1A 1HQEA 2YI1A 1C0GA 1VSLA 1YXQA 1VQON 3NH2A 4A5AA 3ZSOA 4DTRA 4B1VA 3T1YK 2O8CA 2HMIA 4CF9A 4IFVA 2HHSA 4FCYA 5CYQA 1VSJA 2OPRA 3KLHA 2O8BA 2BE2A 1VSMA 3S3OA 1ASWA 4A57A 3JAMO 3THXA 2VQFK 3TTCA 4CZHA 3SZ2A 4X62K 4DQPA 2PAVA 3OTOK 3V9UA 3O9QA 3FZMA 3HPHA 4N5SA 4Q5VA 3KLIA 1KXPA 1MU2A 3E66A 4I9LA 4ISGA 4BDYA 3WXKA 3CCSN 1MA9B 4WFAL 1FK9A 3KTQA 3HSTB 2FXUA 2HHXA 3NDKA 4ZTJA 2I7PA 3CCMN 3OYNA 3QMLA 3AVIA 2X6SA 2P9UA 4LFBK 3LDLA 1W97L 4NCBA 3A5MC 3CPWM 3CJ1A 3EE8A 2NNWA 3ZX3A 3SYZA 3MXMA 3IDHA 4JHDB 2Q0RA 1BA0A 4LF5K 1IBMK 1SZ2A 4O44A 1NOYA 5ELZA 5AQSA 1TV6A 1GLLO 4DTSA 1B9DA 4FPBA 4IJNA 1JKHA 3FZHA 3AVNA 1S1UA 5LJWA 3TAEA 3QLHA 3P1GA 3TR8A 1NK6A 2KW4A 4F9OA 1WSGA 4B8CA 3BEXA 4CHPA 4JHDA 4OO1J 5DK5A 1GOBA 4U67L 2XRIA 2JGUA 4YFUA 4Z4FA 2VWBA 4EZ6A 5AZIB 4FWOA 3WEEB 1QHTA 3CIPA 3EY1A 2IS3A 3ZSVA 3CFRA 2Y1IA 3IAYA 3UIQA 2OCEA 5M1NA 4PKIA 4C8NA 4FJIA 3CG7A 4RW6A 3CCRN 3GDQA 3LWMA 1RBUA 4IEIA 4CZGA 1NJWA 1VRTA 1BIZA 1IO2A 5E84A 3B8AX 3S3MA 1RT6A 1BI4A 1IBLK 3AV9A 4OKKA 3O1BA 5BN8A 3JYTA 3NE6A 4HCCA 3L2WA 3HOTA 1BL3A 2Q0UA 4YDUA 4H8KA 1SQKA 3DOKA 2Z1HA 1RCHA 3Q7CA 2E8AA 4CF2A 4CJSA 4WQ5A 3ZETB 2O4IA 1JLCA 2B5JA 3A5OC 3HRGA 3MEDA 3E9OA 3RRHA 4EHUA 1NGIA 2Z1IA 5MLCQ 3O9UA 1U4BA 5E41A 1RGIA 5CHIA 3QEPA 1NGDA 4DR1K 1YITN 4Z4GA 4K43A 4GY2B 4FWNA 3ZETA 1IH7A 1XMQK 3O4WA 3SQ2A 3G71N 4Z4CA 1V4TA 4DR5K 2HOEA 2HNDA 2Q2RA 4XIUA 1YIJN 4FSVA 4CEEA 2IVPA 3TPQA 4BRCA 3VF6A 2RHKA 3MDQA 3GL1A 1O1WA 4M63C 3PUFA 1JCFA 3VGKA 4CJKA 1SL1A 3BZKA 3BGRA 4KREA 4KAZA 4DUYK 3NF8A 2E1ZA 1X9WA 4H5RA 4CJQA 5TKYA 1RTDA 2RPIA 4WQ4C 4B9VA 2CH6A 2NLXA 1RDAA 1YJNN 4JI0K 1JJ2M 3SUOA 1BQMA 3SV4A 2QWMA 4KH5A 3ZT3A 1TYQB 2GELA 2NRTA 4OPJA 3OY9A 3SAGA 3SJJA 1FW6A 4BVPA 4FWSA 3QEIA 2FSNA 1U48A 3CQ8A 2GWKA 3OW2M 2E2OA 4GKJK 4C8LA 3Q7BA 5TKWA 3MCAB 4BWJA 1YHQN 4FZYA 1BDGA 1BO5O 4CZEA 1TYQA 1NGJA 5C0YA 3J81O 2HHUA 3WXJA 2QWNA 3CMAN 1N8RO 1NU0A 1TAQA 1VK0A 1WOQA 5I3UA 2RN2A 3H46O 1Y64A 1VSDA 4QS7A 2KZZA 2QXFA 4BR4A 4F3OA 3AO4A 5BPLA 4N41A 2YNIA 4CJWA 4W5TA 4M7XA 1ATNA 4YOYA 3ULEB 3G4SN 1U45A 3GOIA 2UYTA 4PQUA 2KHOA 4Q0BA 4DFJA 4FOIA 1NK4A 3G25A 1C1CA 3T19A 3H6EA 3VQBA 3E01A 1BIUA 3KZBA 4K41A 2YHAA 3DLHA 3DLEA 5J2PA 2VGNA 2VGMA 4FLXA 3HPGA 4JS5A 1Z26A 2W41A 1BOTO 2FF6A 2RE2A 1W7AA 5KPTA 1K8KB 3MN5A 4IG3A 3ULEA 4GW6A 1UOCA 4DSLA 2X6NA 4Z4EA 1YJWN 1DT9A 4LD0A 3D45A 4LFCK 3MECA 4H5NA 2FBTA 3DLLL 3R3LA 3TAPA 5HRPA 4UY8O 1MWKA 4LSLA 2HSTA 3A2FA 3F9KA 2A1RA 1HNWK 3I55N 3ALYA 4O4GA 3NVMA 5J2NA 4J2EA 5BN9A 3OYAA 3QIOA 2W6LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4JK9 A;  4GVM A;  1BCO A;  5KQD A;  2QW9 A;  1WSE A;  3RR7 A;  3VQP A;  2O4G A;  1XHZ A;  4BRI A;  3PX0 A;  1NK0 A;  4DSF A;  3QFU A;  2O8C B;  3FE1 A;  4CF0 A;  3KKR A;  1KTQ A;  3P31 A;  3VEY A;  2Q36 A;  4GV3 A;  1I94 K;  2ZJP L;  2O8F A;  5IWA K;  2O8B B;  4ELU A;  2OYQ A;  1KVA A;  3LZJ A;  3EZW A;  3VGM A;  3THX B;  4DTP A;  3KIO A;  2YCH A;  3U4L A;  5CY4 A;  1QZ6 A;  5AQN A;  3IFR A;  2R7Y A;  1S1V A;  4IG0 A;  4YOV A;  1NJX A;  4DS4 A;  4DTN A;  4H0X B;  4CEC A;  3DLK A;  1A5V A;  1S6Q A;  3K57 A;  3AAQ A;  3TAM A;  1J5E K;  3OHR A;  3UKU A;  4FWL A;  3E9P A;  4H5V A;  3HOS A;  2P9U B;  1VAZ A;  4B3M K;  2VCP A;  3THW A;  1TUU A;  3CCQ N;  1ZBU A;  1TK8 A;  2FBV A;  1TK0 A;  5ADX A;  3OYH A;  3OVN A;  4BDP A;  3WNG A;  4KHY A;  2OTJ N;  1N5Y A;  2G8F A;  1XHX A;  3P39 A;  4DV7 K;  1L3U A;  2PFU A;  3LDO A;  1QSL A;  5IT9 O;  3MXJ A;  5KI6 A;  3CQY A;  4MO4 A;  4AIL C;  4DV3 K;  5GAE P;  4BRA A;  3HYF A;  1UA0 A;  3MWP A;  4X66 K;  4W5Q A;  4LF4 K;  2QI2 A;  3HT3 A;  1OH7 A;  4KO0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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