3DLLL

The oxazolidinone antibiotics perturb the ribosomal peptidyl-transferase center and effect trna positioning
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The oxazolidinone antibiotics perturb the ribosomal peptidyl-transferase center and effect tRNA positioning
pubmed doi rcsb
molecule keywords rRNA-23S ribosomal RNA
molecule tags Ribosome
total genus 16
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3dllL01
3CC2N 4WFAL 4WFNL 5JVHL 5DM7L 1VQ5N 3CC4N 1ILYA 5GAGP 4IOCL 5DM6L 1KC8O 1YITN 3CPWM 4IO9L 3CCRN 1VQPN 1YJ9N 3G71N 3PIOL 1VQ4N 1K9MO 3CC7N 3DLLL 1YJNN 3J7ZO 5GAHP 3CCLN 1QVGM 3CF5L 1M1KO 1N8RO 4WF9L 3CCSN 1YIJN 1K8AO 4WCEL 4IOAL 1YJWN 1VQNN 1KQSM 1QVFM 2OTLN 3CMAN 1Q81O 3I55N 1VQMN 3I56N 4U67L 1VQKN 1W2BM 3CCJN 1KD1O 1JJ2M 3CCEN 3CD6N 1Q7YO 2QA4N 3CMEN 3CCQN 1VQ6N 1NJIO 5HL7L 4UY8O 4WFBL 3G4SN 3CCVN 2ZJPL 1YHQN 2OTJN 1M90O 2ZJRL 5H1SQ 3PIPL 3G6EN 1VQ8N 5MLCQ 1K73O 1Q86O 3CCMN 2QEXN 1OVYA 1Q82O 5GADP 3OW2M 1VQLN 1VQ9N 1YI2N 5GAEP 3CCUN 1S72N 3CXCM 1VQ7N 5JVGL 2ZJQL 1VQON
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2UUBK 3ID8A 3FLCO 5LJWA 4DV2K 1WUAA 2HHWA 1VQ5N 1VK0A 5KPZA 2QWQA 3L4QA 4FZZA 3F9KA 3JSMA 3AY9A 3J7AP 4PL8A 3H46O 5AQKA 2X6SA 1UA1A 3LZIA 2F9WA 3CFRA 3OYMA 4B1ZA 4JKHA 3CCRN 4IEEA 5AQYA 4CHOA 3WUHA 3HVRA 3P31A 3K59A 4AHVA 3OYEA 2QW9A 4F8RA 1GLFO 1YJNN 4FJLA 3J7ZO 5GAHP 3LALA 4DF8A 1NK7A 3C6UA 4JK7A 2NRTA 3IDHA 2PZSA 2D0BA 2Q1NA 1YJWN 3OY9A 3OYDA 4JKGA 3ULEB 4RWTA 1NMDA 3B6PA 3CMAN 3A5MC 4Z4GA 2E8AA 2HBMA 1NGIA 3I56N 4AF1A 2X6NA 5BPNA 3T7ZA 4FJHA 4B3RK 4BG9A 4M42A 3DRSA 2HMIA 3LDSA 3U9ZA 4BWJA 4KTZA 2DTUA 1E4FT 3R1XA 1T6CA 4FK0A 5AR0A 4JK8A 4AQYK 4C8OA 1HYVA 1SAZA 4RTFD 4ISGA 3VQDA 1BIUA 2I5JA 4IZ9A 3CCMN 3WT0A 3NBPA 3I0SA 3QINA 3VESA 1T44A 3AA4A 1IKXA 1KAXA 5M1PA 1KTQA 4W5RA 1BHLA 4CJVA 1C0MA 3BZKA 1VHXA 1RT2A 3F73A 4JI3K 3QEXA 3FFIA 3M3ZA 4CD3A 3OYBA 4FO0A 1UOCA 1NLVA 5LMNK 4AHSA 1QQOA 4FJ5A 4O8KA 1VQON 3KK3A 1WAFA 4WFNL 1VSHA 4GKKK 3CC4N 3PX6A 3TAEA 2O8CA 4B08A 4B1YB 3ZEUA 3DOKA 3VEWA 1TGOA 1T7PA 1HNWK 5BRFA 1YXQA 4CZIA 3OYJA 5EU7A 4CJ4A 1HPZA 3ZT2A 2FF3B 1VQ4N 3JYTA 2P9KB 3WNFA 3B6OA 3LP2A 3O3GA 2UUCK 2DY4A 2CGLA 1TKXA 2F96A 5C2FA 3HT3A 1U4BA 3VQ6A 1NGHA 3J7YP 3PX0A 4CHQA 1J54A 3L2QA 4BVOA 2XY8A 3UB5A 3VPZA 5FPEA 5I3UA 1Q7YO 2QM1A 3LWMA 2KHOA 1S5JA 4NLCA 1N32K 2QWRA 4FM2A 3F5TA 3O80A 5DMRA 1GLDG 3VEOA 4H0OA 2ZJPL 4QAGA 5AZJB 2ITMA 1LWEA 3GL1A 2PFUA 3HBTA 5AFUH 4JI1K 3A5OC 4IOXA 2XY7A 1BDGA 3VF6A 3LPTA 4N56A 3ULEA 3VTHA 3H1QA 3P4IA 3I8BA 2W42A 5EOYA 4N47A 3TAGA 1IKYA 2EHGA 4BE0A 1TL1A 5FDLA 1JKHA 3JXUA 5AQZA 3U3YA 2F7TA 2QWNA 4H0VB 4BR0A 3A5NC 4H0TB 3ZSQA 4B1WB 3KLEA 4KTWA 3K5MA 3A2FA 5DM6L 2VQEK 2FSKA 3CJAA 4EAHD 4LF8K 3LDQA 1HLUA 2VG7A 1OH5A 4DR5K 2YHYA 2YI1A 4GVEA 4PKGA 5HP1A 1ASVA 4RW7A 4Y1DA 5EY4A 1CZAN 4CIEA 3C0BA 1WB9A 3W3DA 3DXMB 1K9MO 2YCHA 1W97L 3CJ7A 1Y97A 2P9LB 4CZHA 5BN8A 2ZM6K 2D0PA 1HKBA 3ZSVA 2O8BB 4Z4CA 4DTXA 1IG9A 4H5VA 3CCSN 1OKJA 3I33A 1NGAA 4Z0UA 5E84A 5SZTA 3K9KA 1DGKN 3Q7CA 3J80O 3ENOA 4E7HA 1EQYA 1K6YA 1TVRA 2A3ZA 4JI7K 4CBWA 1G15A 2O4GA 1KD1O 4KB0A 1U04A 2VQFK 4O4GA 1BISA 2RHKA 4E1MA 2IVOA 1RFQA 3RSEB 5AJ3K 1VQ6N 4DR7K 5HL7L 2ASPA 1SUQA 4BRFA 1WSJA 2ITGA 4O5BA 4CJRA 4RG8A 1BOTO 3HM9A 4DV3K 4KAZA 3M8PA 3EEQA 3CM5A 3WEEB 3CM6A 2ZGYA 1SKWA 3AVCA 2P9KA 2ZE2A 4H4MA 3OYGA 3T3FA 3TWHA 3TANA 4FYDA 2P9NB 3TTCA 4ISEA 2QWLA 4DTPA 1Q8IA 3HPGA 5AQWA 5AQQA 5BN9A 5J2QA 2F4VK 1OVYA 1NMNA 2HBJA 3MWTA 4I6MB 3TAPA 3CJCA 4I2QA 4JKAA 3SAHA 4A57A 4OKKA 1N5YA 4B9MA 1S6PA 4BC5A 1B9FA 2OYQA 5AQSA 1NJWA 1Z25A 3SCXA 4UQGA 3HOSA 1NGDA 3NF8A 4WFAL 2Q97A 4E0DA 4CGIA 3C6AA 5LMUK 3EL2A 5JICA 3KWIA 5AZJA 1Q18A 4CK1A 2E2NA 3EKUA 1NOZA 3DRPA 3HVTA 3O8MA 3I0RA 1YUWA 3UE5A 2V7YA 5KPRA 1R0AA 5AQRA 4F3OA 5A2QO 2GUPA 4EIAA 4QS8A 1YJ9N 4CEDA 4C8MA 3TAQA 4BRQA 3LDOA 3SUQA 5JLFA 1BU6O 1VRTA 3OYIA 3PV8A 1ATRA 2FF6A 1VSEA 4PA1A 5GIPA 4KI4A 4FPBA 1BCOA 1RBTA 5DK5A 2KFNA 1NG9A 2ZD1A 4A5BA 3I55N 4B9VA 2P1JA 5HRNA 2Q2RA 1XC3A 4OKEA 4BRCA 3FZFA 3E01A 1FW6A 1YTAA 2OZMA 2IVNA 3LAMA 4HUGA 1NU0A 1JJ2M 4HTLA 5AQOA 3CD6N 4YFUA 3AVFA 1VAZA 4CGDA 4K8ZA 5F0XA 2YHAA 3FZLA 4FXDA 1FKOA 4KB1A 4CEEA 4CZFA 4XIUA 3SBGA 3KWGA 4M41A 4CHYA 3DXMA 1JCGA 1ITGA 2I7PA 4IJAA 2OTJN 2P9LA 2O8BA 3DXKB 3SUNA 4GMJB 3PSFA 2P9SB 4DMNA 3PSIA 3L2VA 4V19S 3D2EB 4CJUA 3QEPA 2YHWA 1QZ6A 3K5OA 4O55A 2HBKA 5GADP 4DTOA 3QB0A 2GEMA 4FJ8A 4B9SA 2BANA 3EZ5A 4FWKA 1BUPA 1U49A 4CJSA 3QDKA 3RSEA 4K0KK 4LC9B 3KVGA 4JRPA 2E6MA 1NJXA 4IXCA 5AQTA 3O3FA 2VG5A 4W5OA 4XH4A 4CF1A 3ID6A 3MX2A 1NM1A 3WEEA 4HWIA 2ATQA 2D0AA 3HI0A 2DFFA 2QWOA 2P9NA 4EZ9A 3SPZA 2G8IA 4HHTA 3VEYA 2OZSA 3HSTB 5CR4A 3HP6A 4FWLA 1L5UA 3AVHA 4CJEA 4M45A 4JI4K 1GLCG 4F4KA 2B6AA 1IH7A 4W5QA 4JLHA 3AO5A 4K42A 3QETA 1YIJN 1XMQK 4E7LA 2XO7A 3L2UA 4IOAL 3M8QA 3ZX2A 3QLHA 4KFBA 4LY7A 1QVFM 1U6ZA 3C65A 1Q81O 3D6RA 2GV9A 3CPEA 4CEBA 2VGMA 2FBTA 1ZBHA 4DTMA 3VEVA 3K57A 3IRXA 2A42A 2HNDA 3EZWA 1VSJA 4DUYK 4CZEA 2IIRA 3QICA 5J2NA 3FFKB 5M1QA 3CQ8A 3L6QA 2W6LA 1SQKA 2W40A 3JS6A 3FGUA 3M5RA 3VQ9A 3AA3A 1JL2A 1C0TA 4FLWA 3V81A 2PYJA 4H4OA 4OPJA 4FWNA 3G6EN 3RMDA 1SZ2A 1K73O 3NMUA 1RGIA 1IKWA 2Z1HA 3OS2A 3TARA 4IFYA 4ID5A 5J1EA 3VN5A 1XHXA 4C23A 4DV0K 3WXIA 1Q82O 3O1BA 3LPUA 4M3ZA 4FLXA 3PUFA 5M1NA 4GV6A 4BRGA 3E9PA 3S3OA 1A5XA 4FJJA 2KKZA 2GX9A 3ENBA 4FW1A 3QEWA 2Z1GA 4IOCL 1S1UA 4NCGA 3CJ1A 4CZMA 1EO1A 3DXKA 1WSFA 3ASMA 4OLAA 2O8FB 2Q3SA 2P9SA 3EE8A 3AO3A 3BGRA 2DPNA 3SQ0A 2HHUA 3DLBA 4YOXA 4YOVA 2E88A 3BF1A 3BDPA 3RRHA 3HTVA 4FJGA 4EHUA 2QTDA 1IO2A 3L0QA 3GDQA 3CHWA 2NRVA 4BC3A 4KRFA 3H45C 4DR3K 3UKUB 1IBKK 3O9RA 2J4RA 5BRHA 3SQ4A 4DV6K 2OTLN 1QE1A 4GKJK 3V1RA 3THYB 4CIFA 4CI6A 1W2BM 2HOEA 3CCJN 3MXJA 4DLGA 2CH6A 2P9IB 4ELVA 4B1VA 5TKWA 4Q5VA 1U2VB 4WFBL 2OCEA 3TPQA 1DLOA 1Z05A 4DTNA 1TAUA 4JYAK 3SV4A 2G8UA 2JWLA 1MA9B 5JLHA 5HLFA 4JKDA 3BUZB 2XHBA 1RT4A 1TAQA 4DHYA 3V4IA 3H3OB 1GOAA 1MWKA 3SPYA 1KAZA 1Q9YA 4PKHA 2RKIA 2NZTA 3OW2M 4DQSA 3BEXA 1RNHA 4H0PA 3G10A 2OA8A 3C7NA 1NK8A 3T1AA 3AVKA 4C1NI 4DSLA 1RT7A 2E1ZA 4NO7A 3N4PA 2RE2A 3CPWM 2YHXA 3WXKA 3N4QA 3DLEA 4DSEA 4N5SA 2FLOA 1CXQA 3K2PA 4CEQA 3DOLA 4J2DA 5KPTA 4RW6A 3OBWA 2E5LK 4MLEA 1S22A 3MN9A 2HSTA 2E2QA 1EX4A 4ILGB 1ESVA 5FLXO 3SMSA 3KKRA 3RRGA 1JXEA 2P9PB 4FWPA 2XY6A 3CCLN 3RMBA 3O9QA 4KHWA 4H5TA 1K8AO 4K41A 4OKJA 4Q0BA 2Z1IA 3L3VA 1VQNN 2HVIA 3WXMB 3SLCA 4OJRA 4CJ3A 2NRZA 1NGGA 2HHXA 2Q0RA 3SNNA 1NK4A 4O0JA 2NRWA 1HUXA 2Q31A 4NYNA 1BI4B 1H1VA 3HSCA 3HYFA 4NB4A 3SUOA 3VQ7A 2P9UA 4PL7A 1BIZA 3SK3A 1BG3A 3LDPA 1NGJA 3VQAA 3VEZA 1G99A 4B1XB 4MQ3A 2O8FA 3E9LA 3S9HA 4AM7A 2JWKA 1HYSA 3ZETB 4E7JA 1ZBLA 3THXB 4BGBA 2E1YA 4MLHA 3NGIA 2BDPA 1LV5A 2X74A 3OBYA 3A5LC 3VTIA 5H1SQ 4L3QA 1JLGA 1UWBA 2YJEA 3DWLA 4O5FA 3EYZA 4CEOA 4FK2A 4IFEA 2BH1A 1RT5A 1IV0A 4X64K 3G0ZA 4IDHA 4W5NA 3ZSOA 3L4IA 4CE9A 2KTQA 3MN5A 4BR2A 5CYQA 1D4XA 3AO4A 3U4LA 4CGHA 1HX1A 4H0XB 5ELZA 4YY3K 2D4WA 3AVJA 4JI8K 5BREA 4H0YB 5C24A 2KQ2A 1TUUA 4KPYA 4BY9C 5GAEP 1B9DA 4FL9A 4GW6A 4DQIA 2P9IA 3DMJA 3EE9A 3ZT0A 5CYMA 4DUZK 2OPSA 1U2VA 1GLLO 4G1QA 3SAGA 1RT1A 4AH9A 4E1NA 1YAGA 4JI5K 3P39A 3ZCMA 4CJQA 4X65K 3LANA 1RTDA 3R6MA 1VRUA 4IO9L 1C1CA 4DS4A 3QEIA 1OVQA 1NKCA 3VQ8A 3MX5A 4BE2A 3EY1A 2HHTA 4H5WA 2KW4A 4JD2B 5KGWA 5AQGA 4A2AA 4B3SK 3E9OA 3HK2A 3GG4A 5AQPA 4FWMA 1S1VA 1N8RO 3O9TA 4K25A 1SL0A 1EETA 1RDUA 4M3TA 5CZ1A 1WN7A 2RN2A 5K14A 3WNEA 4DFPA 2X78A 4AHCA 1QQNA 3VA0A 1SV5A 2YKNA 4JHDB 3ZSYA 1QSLA 4JAXA 3CCQN 4CHPA 2YKMA 4KH6A 3M1FA 3SQ2A 1J5EK 1Q9XA 4FW2A 4ZTJA 5AQIA 3SJJA 4JRQA 4DQQA 1JLAA 3NDKA 5J2PA 4DTRA 1K8KB 3ZT1A 2FC0A 2P9PA 3DLGA 4OLBA 3PIPL 1VQ8N 3OS0A 5FPDA 4BRPA 5F1XA 4DLEA 1LOTB 1W0HA 4LF4K 5AQMA 2A1RA 2EWSA 1RBRA 4M63C 3NH2A 1VQ9N 1X9WA 2BTFA 3CCUN 3OYKA 5AQXA 1R59O 2ASOA 4FJKA 5HRSA 5KQ8A 4DR1K 1WNSA 4EZ6A 1DEJA 5BPLA 3THXA 3HJFA 4CF0A 5KRTA 3WXJA 3IG1A 3AVAA 3CQXA 1KC8O 4IFVA 1C0UA 3HPOA 3K58A 3WNGA 1RBVA 2G8KA 4CBXA 2QWMA 5GINA 5FRNA 4L8RB 3R9PA 1S1TA 2P5OA 3QMLA 1YTUA 4F9OA 1SS6A 4CFDA 3QBWA 3EN9A 3C94A 1QVGM 4A2BA 2KLAA 3V9ZA 1RBSA 1DTTA 4DTJA 2VWBA 1S1WA 4FLUA 1IBLK 3SJHA 4M7XA 1KFDA 4H03B 1NGCA 3KK2A 3NF9A 4JI0K 3OYAA 1QQMA 5AQNA 1RDAA 4WQ5A 4BRKA 4WQ5C 2F8TA 5C10A 4PWDA 3V1OA 2NRHA 4DFKA 1GLAG 3B8AX 2RF2A 2QA4N 4ISFA 2WFBA 3MWPA 2Z1JA 3NF7A 4KI6A 1NJIO 1T05A 2HNZA 2KZMA 4GV3A 2OPQA 4OGEA 1REVA 3QNNA 4JD2A 4YORA 5ADXH 3TSUA 3CQYA 3DAWA 3CCVN 4OPAA 4WQ4A 3ALYA 4B9LA 4WQ4C 1HJRA 3L2WA 1YHQN 2BUPA 1HMVA 1TV6A 4IG3A 4X62K 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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