The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
104
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structure length |
104
|
Chain Sequence |
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The oxazolidinone antibiotics perturb the ribosomal peptidyl-transferase center and effect tRNA positioning
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
rRNA-23S ribosomal RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
16
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| structure length |
104
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| sequence length |
104
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-06-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| L | PF00861 | Ribosomal_L18p | Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1VQL N; 5DM6 L; 4IOA L; 3CCQ N; 1K8A O; 5GAD P; 1VQN N; 3CC2 N; 1YJW N; 4IO9 L; 1N8R O; 5H1S Q; 3G4S N; 2OTJ N; 4WCE L; 1K9M O; 1VQ7 N; 5GAE P; 1VQ5 N; 2ZJP L; 3CCM N; 1NJI O; 3CME N; 3I56 N; 1VQP N; 1VQ6 N; 4WF9 L; 2ZJQ L; 2QEX N; 4WFB L; 4IOC L; 3CPW M; 5GAH P; 1M1K O; 1VQ9 N; 1ILY A; 3CXC M; 1VQM N; 4WFA L; 1YI2 N; 1VQ4 N; 1Q81 O; 1YIJ N; 3G6E N; 3PIO L; 1JJ2 M; 3CCS N; 5JVG L; 1Q7Y O; 3CF5 L; 1KD1 O; 1YHQ N; 1W2B M; 1Q82 O; 2ZJR L; 5DM7 L; 3CCV N; 5JVH L; 2OTL N; 3CC7 N; 1YIT N; 3CCJ N; 3CCE N; 1M90 O; 2QA4 N; 1QVG M; 1VQ8 N; 1OVY A; 3G71 N; 3CMA N; 3CCU N; 1VQK N; 3I55 N; 1S72 N; 1VQO N; 3CC4 N; 3DLL L; 5MLC Q; 3PIP L; 3OW2 M; 5HL7 L; 4U67 L; 1YJN N; 1KC8 O; 1Q86 O; 5GAG P; 1YJ9 N; 1QVF M; 3CCL N; 4WFN L; 3CD6 N; 4UY8 O; 1KQS M; 3J7Z O; 1K73 O; 3CCR N; #chains in the Genus database with same CATH topology 3LP0 A; 5AQK A; 4M3T A; 3KKR A; 2F9T A; 3AAQ A; 5C42 A; 1MWM A; 3I0S A; 4K43 A; 4XIU A; 3C6A A; 4EAH D; 2G8W A; 4CJT A; 3DM2 A; 4FOI A; 2DY4 A; 2GX9 A; 4FXD A; 3ZT0 A; 3IAY A; 4BRM A; 4WF9 L; 3CFP A; 4BC3 A; 2NRH A; 5CZ2 A; 4OGC A; 3QIC A; 4KHU A; 4IG0 A; 1XNQ K; 1VQM N; 4BRL A; 3V6D A; 1RTD A; 3DYA A; 1T03 A; 4EHU A; 1NOZ A; 3RWU A; 5TKW A; 3R8E A; 3CCS N; 1CZ9 A; 2P5G A; 3A5M C; 4BG9 A; 1T6C A; 3VGM A; 2A5X A; 4JAX A; 3S3O A; 3RRG A; 3S3M A; 3JSM A; 3PX0 A; 4FLZ A; 3QEW A; 1NNE A; 4I9L A; 2D1K A; 3Q7C A; 1ATN A; 4ISG A; 1D9F A; 3K59 A; 4H0V B; 4B9S A; 1NOY A; 3F2K A; 5HBM A; 1QZ5 A; 3VQA A; 3CC7 N; 3DLH A; 3MN5 A; 2UUC K; 1JL1 A; 3U9D A; 4IEE A; 4AHS A; 2GEM A; 3I8B A; 3T1Y K; 2GUP A; 4GKK K; 3DI6 A; 1KXP A; 2RKI A; 3AAP A; 4ICL A; 4CHO A; 3ENO A; 2A1R A; 4YOT A; 4CF1 A; 2RE2 A; 1TK0 A; 1BU6 O; 4BE1 A; 2UUA K; 3AA4 A; 4O5B A; 5E41 A; 4XH4 A; 4BRI A; 4Z4C A; 4ZTJ A; 1GLC G; 3M6G A; 2VGM A; 3S41 A; 1W97 L; 5C2D A; 3IFR A; 1BDG A; 1S1T A; 4OVL A; 4YOX A; 5FRM A; 4KTW A; 5AQH A; 2ZD1 A; 4DV1 K; 4CFC A; 1YT3 A; 2P51 A; 3MCA B; 4PUO A; 4CJF A; 4QCL A; 4CJP A; 1C0T A; 3TTC A; 3IRX A; 4JRQ A; 5EOY A; 5DM6 L; 3SCX A; 4RG8 A; 4FWN A; 1T44 A; 4H5T A; 3THX B; 4DSI A; 1NJZ A; 3C95 A; 3TAG A; 3SUQ A; 4LC9 B; 5C0Y A; 3L4I A; 4CF0 A; 4L8R B; 4E7J A; 4I6M B; 3NBP A; 1RDB A; 2F8T A; 3OYC A; 4ISE A; 5FPN A; 3QLH A; 2YI1 A; 3U6F A; 1EX4 A; 1WAF A; 2VQF K; 5GIP A; 4FK0 A; 1UA0 A; 4HTU A; 4IOC L; 4BE2 A; 3JYT A; 2IS3 A; 4L3Q A; 1X1P A; 3PUF A; 4CJS A; 3T7Z A; 3CXC M; 4DV7 K; 4JN4 A; 1YI2 N; 3KZB A; 4FWQ A; 4H4O A; 1KAY A; 4FWO A; 3FGU A; 1BOT O; 4IJN A; 1JJ2 M; 4DTX A; 4JD2 A; 4B8A B; 3AAR A; 3DAW A; 3AO2 A; 4CGH A; 4IXC A; 4DTN A; 3PV8 A; 3KLI A; 4JKF A; 4DFJ A; 1RGI A; 4IFV A; 3VGK A; 4Q5V A; 3N4Q A; 1TKX A; 4WQ5 C; 3WEE B; 1LW0 A; 3AO4 A; 2PFU A; 2Q0R A; 1W7A A; 5KI6 A; 4YY3 K; 4M3U A; 2G8K A; 3NF8 A; 5HRS A; 3THW A; 1XHX A; 3D2F B; 4H0Y B; 2P9I A; 3LDL A; 3F5T A; 4Z94 A; 4CHZ A; 3DRP A; 3HOS A; 2QWO A; 3D2E B; 1RBR A; 3SQ2 A; 1HYV A; 1GLF O; 4KV8 A; 1NK0 A; 3ULD A; 3D0P A; 3L3V A; 4MO4 A; 4O0I A; 3PIP L; 4YDU C; 2HND A; 2KHO A; 1ASU A; 3AGR A; 3HPG A; 3V9S A; 3E1Y A; 4RW8 A; 4BAC A; 5JS2 A; 3LPT A; 4BRE A; 1VK0 A; 3AVN A; 5AQT A; 3HP6 A; 3ENH A; 5M1N A; 4E0D A; 5AQP A; 4CEB A; 3PSF A; 4DSJ A; 1FKP A; 1KQS M; 2KKZ A; 1FJG K; 4BR7 A; 5J2M A; 3CCR N; 1N6Q A; 3P83 D; 1VQL N; 3ZCM A; 2XY7 A; 1TKD A; 3QEV A; 1V4S A; 3PX4 A; 3A5O C; 2PBD A; 1K8A O; 4ILG B; 3SAG A; 1D9D A; 1RTJ A; 1L3S A; 1RBS A; 4FJJ A; 5CYM A; 2HHS A; 2E2N A; 3HTV A; 4CEQ A; 2G8V A; 3IMX A; 3QB0 A; 3LL3 A; 4BRC A; 1BUP A; 1VQP N; 2CH5 A; 4BVO A; 2G8U A; 3KKS A; 4M42 A; 3KK3 A; 2ZM6 K; 4O8U A; 4KFB A; 1NK7 A; 4WFB L; 1U04 A; 3A8Y A; 2HBJ A; 4IDH A; 3OYM A; 3OBY A; 1QHA A; 1O1W A; 4FW2 A; 3AVJ A; 3KLF A; 3MEG A; 4BE0 A; 3CG7 A; 1RT3 A; 3VQ5 A; 2HVI A; 1WBB A; 3PLA A; 4U7B A; 4CK1 A; 4DTU A; 4DR2 K; 1HNZ K; 3TAM A; 5AQF A; 4LH4 A; 2YKN A; 4KH5 A; 3L6Q A; 3M3Z A; 1BGX T; 3AVB A; 2A40 A; 4BQL A; 1XC3 A; 3SJH A; 4KHW A; 3QDK A; 3HBT A; 1C1B A; 3VEN A; 4LSN A; 4FM0 A; 2W6K A; 3CCJ N; 4M63 C; 1GLA G; 4CZM A; 3DJC A; 2F9W A; 1Y64 A; 4CBU A; 2E4L A; 3O9R A; 3O3G A; 2G8F A; 5C25 A; 3ZSO A; 1SQK A; 3VMF B; 2Q36 A; 5ADX H; 3G10 A; 2FBT A; 1JLQ A; 1QQC A; 3CM5 A; 3DLL L; 4FZY A; 1V4T A; 2OYQ A; 4FJM A; 1VRT A; 4CZI A; 4CIG A; 1RBU A; 1S6P A; 3OYL A; 3WNH A; 2ATQ A; 3THX A; 3UKR B; 4KHQ A; 4I7F A; 2QWL A; 2P5O A; 2BGG A; 1S1X A; 3CFR A; 3KTQ A; 3NHG A; 4J2A A; 4I6M A; 4JS5 A; 1WBD A; 2P9N B; 2PAV A; 4DQP A; 4A61 A; 2AJQ A; 2UXD K; 4QAG A; 3RVC A; 4CEO A; 4JYA K; 4RW7 A; 3WXJ A; 4C8O A; 4E1N A; 3THV A; 2HBM A; 1IBK K; 2OPQ A; 5M1K A; 1RFQ A; 2FSJ A; 1HRH A; 3LDQ A; 3VQE A; 3MN9 A; 3SV3 A; 3CC2 N; 1WUA A; 2A42 A; 3VF2 A; 5JLH A; 2D4W A; 2YCH A; 3EKS A; 2XY6 A; 1G99 A; 1JXB A; 4AHC A; 4BR0 A; 4XH5 A; 5J1E A; 3NMU A; 2BTF A; 4PHT X; 2JWK A; 3F73 A; 4FLT A; 3K5N A; 1QTM A; 1QSS A; 5D3G A; 4HWI A; 4K8X A; 4MO5 A; 1FXX A; 3K0S A; 3GDQ A; 3NGI A; 3D2F A; 1EWQ A; 3OYB A; 1S9E A; 4BRP A; 4FCY A; 3SBT A; 4BRA A; 4AHR A; 3DLR A; 4FWM A; 2ZQB A; 1HX1 A; 1YUW A; 3D2E A; 4KTZ A; 3OYJ A; 5CHI A; 1Q82 O; 2VG6 A; 4ELV A; 1KVA A; 4BGA A; 1LOT B; 2XO7 A; 1HLU A; 2XRI A; 3LDP A; 1OVQ A; 4CE9 A; 1Z26 A; 3EKU A; 3EL2 A; 3DOL A; 4FWL A; 1TYQ B; 1LWE A; 1EQY A; 5GIN A; 1C0M A; 2ASO A; 1Z05 A; 1LV5 A; 1A5X A; 1NGG A; 4C8N A; 3I55 N; 1ASV A; 4B1Z A; 4QOZ B; 4KHP K; 2D5R A; 2QK9 A; 1S9G A; 2VGN A; 3R6M A; 1VRU A; 4NCB A; 4FW1 A; 3BF1 A; 1CZA N; 1VSE A; 3QIP A; 4U67 L; 3C6U A; 5AQL A; 3KLG A; 4DTS A; 3D7E O; 4HVJ A; 2UXC K; 3SBG A; 3IDH A; 3K9K A; 4KRE A; 1K8K B; 3CJC A; 1F21 A; 3CFO A; 4BRH A; 4IFY A; 3TTF A; 2DFH A; 5HRN A; 4I2P A; 4OLA A; 1T7P A; 1NK5 A; 3VTH A; 1JL2 A; 3DRR A; 5BRE A; 3AVK A; 3AY9 A; 4YFU A; 4O8K A; 3MEC A; 3M8Q A; 3QEI A; 1RT2 A; 4CJ3 A; 3OBW A; 3MEE A; 5BN8 A; 3W3D A; 3VQ8 A; 3C7N B; 3P5J A; 3D45 A; 4DF8 A; 1LWF A; 4DQS A; 4F3O A; 3J8A A; 4JI3 K; 5H1S Q; 3AVH A; 1SL1 A; 1SUQ A; 4BR2 A; 3UKU B; 1IJJ A; 3E9P A; 3HVR A; 2ZJQ L; 1XHZ A; 3VN5 A; 1RBV A; 2D0O A; 2WUS A; 3NF9 A; 2NLX A; 4CER A; 4FJL A; 2I7N A; 4JI0 K; 5GAH P; 5BRD A; 1WSG A; 3TAR A; 1NGD A; 1C0G A; 4WFA L; 2AA4 A; 3DXM B; 4KBO A; 1YIJ N; 4LY7 A; 1HR0 K; 3TAP A; 4FWK A; 1SS6 A; 3GL1 A; 3HI0 A; 1EWR A; 1C0U A; 4H5R A; 4CHQ A; 4IG3 A; 3LWL A; 2YHY A; 3V81 A; 1OH5 A; 2HHQ A; 1C1A A; 3OYA A; 5DMR A; 4DQQ A; 2V52 B; 2YNG A; 4O5F A; 1C1C A; 4HUE A; 3UKR A; 1NGC A; 1HPM A; 1YVU A; 2Q1N A; 3OS0 A; 4OKJ A; 2WFB A; 1VQ8 N; 1OVY A; 2P9N A; 2KZM A; 5LMU K; 1FK9 A; 3J80 O; 2KZZ A; 2HST A; 3AA2 A; 1HQU A; 4C1N K; 4X62 K; 2QWQ A; 1KLN A; 1Y97 A; 4IDK A; 1TGO A; 2X6N A; 5AQZ A; 4BR5 A; 3TR8 A; 5AQJ A; 1U6Z A; 3C94 A; 3N4P A; 1QS4 A; 3V1O A; 3O1B A; 3EZW A; 1YJN N; 5JMV A; 1RT6 A; 2OA8 A; 4G1Q A; 4BRQ A; 5GAG P; 3SQ4 A; 3A0I X; 1TL1 A; 3LZJ A; 1SL2 A; 1VSL A; 3CJ1 A; 4GKJ K; 2F7T A; 4JI7 K; 3H08 A; 3I33 A; 3MDQ A; 3OTO K; 3QES A; 3LM9 A; 5KPT A; 4UQG A; 4CGJ A; 5BPN A; 3U8X A; 4FZX C; 1SZ2 A; 3MMV A; 2RHK A; 4N56 A; 4CJR A; 3FZM A; 5T7B A; 4B3T K; 4QS9 A; 4CEC A; 1EKE A; 2B4J A; 3WXM B; 4Z4E A; 5AQW A; 5C24 A; 1GOB A; 5J2P A; 3R1X A; 2ASP A; 1VSM A; 2PYL A; 2A6A A; 3OHR A; 2BE2 A; 3SI6 A; 5AQG A; 1WAJ A; 5AQR A; 3ZEU B; 2NRZ A; 4FYD A; 3AVL A; 3ZSY A; 4F8R A; 4CVN E; 2E1Y A; 3CPE A; 4B1W B; 3O8M A; 4IEI A; 5HOO A; 3VQC A; 4CJ4 A; 2QI2 A; 3BY5 A; 4IZ9 A; 2OPP A; 3KWG A; 1D8Y A; 1TYQ A; 3BF3 A; 1VSH A; 3KK7 A; 4KHY A; 3SPZ A; 1HKB A; 1HJO A; 4CEZ A; 4DB3 A; 2IVN A; 1WLJ A; 3CQ8 A; 4JKA A; 4I2Q A; 1G15 A; 1N34 K; 2X78 A; 2OTL N; 1GLE G; 2FLO A; 4H8K A; 3CQY A; 3CCE N; 1YTA A; 2PZS A; 1Z25 A; 1UAX A; 4BDP A; 3HXM A; 4MQ3 A; 1K8K A; 3LAN A; 3G71 N; 4C23 A; 4MDB A; 3TSQ A; 4CK2 A; 5AQN A; 1WSH A; 4YOU A; 4H5W A; 3O9U A; 1X3N A; 1HNI A; 1QQO A; 3K5M A; 3QNO A; 1L3V A; 3HZ6 A; 3C7N A; 5GIO A; 2PYJ A; 3CCL N; 1XNR K; 3MN6 A; 4K0K K; 1NMN A; 4HUF A; 1BA0 A; 1LWC A; 3ID6 A; 4NYF A; 3UKU A; 2AP1 A; 4DR6 K; 1JCE A; 5C15 A; 4WE1 A; 3WNE A; 1X9W A; 3QIN A; 1K73 O; 2D0A A; 2HBL A; 3E9O A; 5FDL A; 2CH6 A; 1IKX A; 1S22 A; 3FLC O; 3DXM A; 1XQS C; 4DV5 K; 4PWD A; 4CD1 A; 2YNI A; 3VEX A; 3F9K A; 4FJG A; 1YJW N; 1QSL A; 5HRP A; 2Z1J A; 2Q97 A; 1K9M O; 5AJ3 K; 4XEI A; 3HP9 A; 2W41 A; 3ZSW A; 3T69 A; 4JI2 K; 4DFM A; 4FK4 A; 3RRH A; 3O4W A; 3OYN A; 4AM7 A; 4CGI A; 3ZT2 A; 1M1K O; 3OYH A; 4DFK A; 2FBV A; 4CJQ A; 3P39 A; 5CE3 A; 1VQ4 N; 3VQ4 A; 1Q81 O; 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3CPW M; 5BRH A; 3WXL A; 1NK8 A; 1DT9 A; 2ZWH A; 4NCA A; 4B1V A; 4Y1D A; 2YHW A; 4JNE A; 2OPS A; 4F2R A; 4E7K A; 1N32 K; 1P8Z A; 3HOT A; 5HP1 A; 2BDP A; 2GWK A; 4B8C A; 1NKE A; 2QXF A; 3K57 A; 4AHT A; 4CIE A; 2FC0 A; 3GBT A; 1O13 A; 1JCG A; 1I3A A; 1QE1 A; 2VWK A; 4PKG A; 4LH5 A; 3L2W A; 2NZT A; 3BZC A; 5ADX A; 2UU9 K; 1IKW A; 4E7H A; 1E4G T; 5KRS A; 5CY4 A; 3PX6 A; 4AHV A; 4KTQ A; 1WSF A; 4Z4F A; 4FLY A; 3MXM A; 1NMD A; 2FSK A; 5AQV A; 3NH2 A; 4M3Y A; 4CZF A; 3AVF A; 4H0X B; 3ZET B; 1NGE A; 4M3W A; 3VF6 A; 4DQR A; 3DLG A; 5I42 A; 2WBN A; 5I3U A; 3CI5 A; 5JIC A; 5EU7 A; 1QQN A; 4F9O A; 4DMN A; 1X9J A; 3SAH A; 2HHX A; 2QM1 A; 2FF6 A; 4RTF D; 2VYP A; 2ITG A; 3ZSR A; 1W0H A; 1EET A; 3TI0 A; 2HBK A; 4F3T A; 3VEY A; 3DWL A; 1MDU B; 4KHS A; 1OH6 A; 2FBY A; 3VA0 A; 2HB5 A; 1HNW K; 2E6M A; 3DOK A; 3EYZ A; 3FZF A; 4PL8 A; 3HK2 A; 4LSL A; 5BN9 A; 2NNW A; 2BUP A; 1KVB A; 4WQ4 C; 3AVC A; 4Z4G A; 5AQQ A; 4RW4 A; 1NJW A; 1UOC A; 2UUB K; 4W5N A; 3HVT A; 2W40 A; 4LF7 K; 4JEP A; 4IJA A; 4A5A A; 2GTD A; 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