3DLRA

Crystal structure of the catalytic core domain from pfv integrase
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
186
structure length
155
Chain Sequence
QKPFDKFFIDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPKVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSVERKNSDIKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLALNNTYSPVLKYTPHQLLFGSLLQEIRTSLYH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Functional and structural characterization of the integrase from the prototype foamy virus.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Transferase
source organism Human spumaretrovirus
total genus 53
structure length 155
sequence length 186
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3dlrA00
4KRFA 5SWMA 2KFZA 1D8YA 4CHOA 1SKSA 1D5AA 2HMIA 1B9DA 1ASWA 2YNHA 4PUOA 2HB5A 4OGEA 3SYZA 4DFKA 1A5VA 2OA8A 1LWCA 3HPOA 3ISNC 4CJLA 1LV5A 4I2QA 3AVAA 4H4OA 2QKKA 4EZ6A 4M3UA 3DLHA 2D0AA 1LWEA 1ZBHA 2DY4A 5K14A 3ZSYA 1DTQA 1Z26A 3SQ2A 1NK5A 3IAYA 4Z4IA 3PO4A 4O4GA 2NUBA 3AVLA 3NCIA 2ZD1A 3SV4A 4OPKA 3VQ4A 1KVCA 1L5UA 2P51A 4BDYA 1ZBIA 2YNFA 2Z1HA 4HUEA 4DTMA 4DU4A 3DLEA 1IG9A 5C42A 4FJ9A 2PY5A 2HVHA 1IKWA 1S9EA 3KLFA 1RT6A 3VQ8A 4CK3A 4CJUA 2YKMA 3NGZA 3QLHA 1MU2A 3QEXA 4CEEA 3T1AA 2HNZA 2XY8A 3SUQA 4ZTJA 5EU7A 2OYQA 4HCBA 1B9FA 1QHTA 4CJQA 3ULDA 2F8TA 4OKKA 2IDOA 2R7YA 1REVA 2Y1JA 3B6PA 3MEGA 2KZZA 1L3TA 2GBZA 4DTJA 1RBRA 3M8RA 4JLHA 4B3OA 3SPYA 4TSXA 5DK5A 4IBNA 4AHSA 4KO0A 4CEQA 3HK2A 3PUFA 4CJRA 4M42A 3AVMA 4FLUA 4JRPA 5I3UA 2HVIA 5D3GA 4RW6A 3VN5A 1JLFA 3KK3A 4BACA 2EHGA 2VG6A 4HUFA 3TWHA 3JSMA 4JS4A 1NJWA 1IKVA 1HJRA 1JLCA 1QS4A 2E6MA 3KKSA 4KFBA 4NCGA 3VQPA 1KVAA 4ID5A 3O3HA 4PY5A 4LY7A 4NCAA 5HRRA 4Y1CA 4FZYA 2DFFA 4K8XA 4KHWA 2G8IA 3NF8A 4J2EA 1B92A 3SZ2A 4B8AB 3U3YA 5CZ2A 4FJGA 4BE2A 1BI4A 3I0SA 3ITHA 4O5BA 1DTTA 4CESA 4W5TA 4DLGA 4DQPA 4NYNA 4OGCA 1RTIA 1YT3A 1ASVA 4FLVA 1Q8IA 4CEFA 3RWUA 2YV0X 4PQUA 3DRRA 1VK0A 4IKFA 4DF8A 1RILA 4C8KA 3V9ZA 3AA3A 1HPZA 4B9VA 1S5JA 1Z25A 2XHBA 1LW2A 3ZT1A 4FM0A 3KD5E 2AJQA 3ZSZA 1LAVA 3DYAA 1VSJA 3QEPA 1UOCA 2Z1IA 1TK5A 3L2VA 4ICLA 1JLGA 1TV6A 1XI1A 2F96A 4CEOA 1IKYA 3DLGA 2HHXA 3NF7A 4FJLA 2E6LA 1NJXA 3ZSRA 2IOCA 1TKZA 3VQ9A 4HTUA 1VRTA 4CIFA 1HQUA 1S6PA 2Q3SA 2OZMA 1T03A 4J2DA 4CEAA 3VQAA 1VSKA 4F2SA 3DLBA 1VSIA 3G0ZA 3QEIA 4B9LA 2W42A 4Z4HA 3TR8A 4FK2A 1RCHA 3KK2A 1RNHA 4N41A 3OYHA 4FLWA 4H8KA 4O44A 3CFRA 1HYZA 4CGDA 1KLMA 3ASMA 4RW9A 4E89A 4XIUA 1RTDA 3ZCMA 4R5PA 1C1AA 4CFDA 4FCYA 1SL0A 3QIOA 4HVJA 4FJXA 5HRNA 3RMAA 3SPZA 4CEDA 3AVNA 3TI0A 1QSSA 1T05A 1FK9A 1O1WA 2KTQA 3NFAA 1CZ9A 4CJ5A 3SUNA 4C8OA 4CE9A 3L2QA 4LD0A 4CHZA 4Z4GA 2VWJA 1K6YA 4LSNA 4H4MA 4CERA 4CK2A 3QESA 4CJ4A 3IRXA 4HCCA 2ITGA 4OJRA 1T8EA 4DWIA 4KB1A 3SNNA 3KD1E 2XY5A 4KPYA 4FZZA 1A5WA 3ZT4A 1J9AA 1JXEA 3L2UA 4KHUA 2P5OA 4KI4A 3MXJA 5CYMA 4FJIA 1WSFA 2B5JA 1JLQA 3E01A 1QSLA 1KRPA 3MEEA 2EX3A 1RTHA 4CF9A 2HHUA 1ITGA 4O0IA 4W5NA 1NK8A 3CM6A 4FVMA 3VQCA 1EETA 1JLAA 3ALYA 4DU3A 2OPQA 2X78A 4DSEA 1W0HA 1HYVA 3HYFA 3G10A 2D0CA 4KTZA 4LH5A 5CZ1A 3VQ7A 2ZQBA 4RW8A 4CFAA 3OYAA 4CJKA 2VWKA 1UAXA 3K5LA 5E41A 1C1CA 3SQ1A 1T7PA 4OLBA 4FK4A 2ATQA 3NAEA 2D0BA 4W5OA 4DTPA 3HL8A 1XHXA 3WNEA 3KLEA 2YHBA 3AV9A 4RW4A 1SKWA 4FXDA 2X6NA 4ELVA 1X9MA 4Q0BA 4WE1A 1UA1A 2Z1JA 3C94A 4W5QA 3AO2A 2XRIA 4B9TA 3SQ0A 2KZMA 4O55A 2FBYA 3DOKA 3KJVA 1SKRA 4CJWA 1S9GA 3LPTA 4DMNA 4QAGA 4E7KA 4CK1A 3TABA 2LSNA 4OLAA 3KLGA 3LALA 3PV8A 4CJPA 2B6AA 4DSLA 3IG1A 1RBSA 4AHCA 3OYJA 3AA5X 1IH7A 4E7HA 4DG1A 1ZBUA 3S3OA 3HXMA 3DMJA 4E7LA 4F3TA 2FBVA 1ZBLA 1NK6A 5T7BA 4Z4EA 3SCXA 2PYJA 3AVFA 1HYSA 3U3GA 4G1QA 3KTQA 4O0JA 1Q9XA 1WAJA 4FLTA 1SV5A 1TVRA 3LZJA 1J5OA 4B9NA 3UIQA 4FJNA 3LAMA 1LW0A 3C95A 1GOCA 3OS1A 1VSLA 2HNDA 3K5MA 4DSJA 3QETA 1GOAA 1RDDA 1KCFA 4GVMA 1HRHA 5KI6A 3IS9A 2YHAA 1KVBA 1WSJA 3QINA 4DTNA 1NJZA 1VSEA 3CQ8A 2HHWA 1JL1A 2KW4A 5KGXA 4E7IA 3TANA 4KHNA 3OYIA 3L3VA 1UWBA 4RG8A 1IKXA 3SUPA 2E4LA 4KHQA 3EY1A 2ETJA 3NDKA 2XY7A 2GV9A 4J2AA 2HHQA 1JXBA 5HRPA 2IC3A 1L3UA 4BE0A 2YNIA 4B08A 3NHGA 3HSTB 3LPUA 4I2PA 1C6VA 2HW3A 3NH2A 4N76A 3LP2A 3NBPA 3WNGA 3AVGA 3CYMA 3OYLA 3HVRA 1CXQA 4IFVA 3PX6A 3CFOA 3WNHA 3D45A 3AO3A 2VG5A 2RPIA 1U47A 3WNFA 2X74A 1TKTA 2XO7A 4BE1A 4DTSA 4CCHA 3FFIA 4OPJA 1NKBA 3V9SA 1J54A 1LAWA 4DQSA 3RMCA 4FK0A 4CF8A 4L8RB 1U49A 3AO1A 4DSFA 1BIUA 2OPRA 4CHPA 4ELUA 4KREA 2VG7A 4PWDA 3L2WA 3AO4A 4E0DA 2IAJA 5CYQA 4I7FA 3ZT3A 3JYTA 3MXIA 5FRMA 3F9KA 4B9UA 4BDPA 3C6TA 5CY4A 4FLXA 3U6FA 4C8LA 1WAFA 3HPHA 3K59A 3CFPA 4KHYA 3AO5A 4FJ5A 4E1MA 5HRSA 3PY8A 3AVBA 3VQDA 3V4IA 4DU1A 3OYCA 3TARA 3THVA 1TK8A 2DFHA 4AHTA 4KTWA 1VSHA 4FW1A 5FDLA 4KHSA 5JS2A 3NH1A 3DOLA 4CGJA 4M3RA 3OYMA 3S9HA 4GW6A 1NK7A 2HHSA 1RT2A 3AA4A 1D9FA 4LH4A 5I42A 4Z0UA 3K57A 5J2MA 5C24A 1RT1A 1W9HA 3ZT2A 1KFSA 4C8MA 3HT3A 4F2RA 1YTUA 4CJVA 3RR7A 4DFJA 3SJJA 2OZSA 3PX0A 2YNGA 3TAFA 3RRGA 5J2QA 2F8SA 3KK1A 3LAKA 1C0UA 4IG0A 3AVJA 2I5JA 2JGUA 1L3VA 4ZTFA 3CG7A 1VSDA 2PZSA 1WSIA 4Z4FA 1JLEA 2GUIA 3DI6A 3OS0A 1Q9YA 5DMRA 4KB0A 2A1RA 1NOYA 1QQCA 1X1PA 3HP9A 3L3UA 3PX4A 2HHVA 1WLJA 4CF2A 4DS4A 3TAQA 4KI6A 1S1WA 3ZSVA 4ZHRA 3LZIA 1EX4A 4CGFA 1XC9A 1L3SA 2G8HA 2KQ2A 1I39A 3ZSOA 2O4IA 4I9QA 4M41A 4AHUA 4CJ3A 1N5YA 2G8WA 2YKNA 1NKCA 3LP1A 4DTXA 3M8QA 2P5GA 4KV8A 5KRTA 3OVNA 3V1RA 3MXMA 3RR8A 3K58A 2QXFA 3QO9A 4I9LA 1NK0A 3HM9A 4GMJB 3V9WA 4DTUA 3OYBA 4B9MA 1BCMA 3NF6A 1U48A 3V6DA 3O3GA 1BQNA 3LANA 1GOBA 2D5RA 5HROA 4CGHA 3EZ5A 3T3FA 1TKDA 4IG3A 4RW7A 4FM2A 3QEWA 4FLYA 4M3TA 4F8RA 2B4JA 1BI4B 2IGIA 3K5OA 1TL1A 4CJTA 3V9XA 1CZBA 1TL3A 3LP0A 4DFPA 1QTMA 1A5XA 4K8ZA 3M8PA 3SUOA 1ZYQA 1VRUA 1TK0A 5JS1A 4FYDA 4CGGA 4DFMA 2PYLA 1ZBFA 3NH0A 4FJMA 4E1NA 4OKEA 2G8VA 3QNNA 4CEBA 2IS3A 3BGRA 1WSGA 1TAQA 1NKEA 1TAUA 4CF0A 4N5SA 2FBTA 2P1JA 4DS5A 1U4BA 3OYDA 1IO2A 1KFDA 2X6SA 4DLEA 4JS5A 4FJ8A 3KKRA 3NF9A 4CIEA 1NOZA 4DTRA 3SI6A 1BQMA 3QIPA 3K5NA 4DSIA 4OVLA 5SZTA 5HP1A 1RT3A 4CHNA 1N6QA 4ELTA 3D0PA 3KLHA 5HLFA 3M8SA 3TAEA 3HP6A 4JRQA 3I0RA 1JKHA 1VSFA 4DSKA 1KLNA 4CECA 2BE2A 4DQIA 1S1VA 1CXUA 4M45A 4F4KA 4M3WA 5J2PA 4CGIA 3RTVA 3RMBA 1XHZA 4DTOA 1BHLA 4E7JA 1XWLA 1I3AA 3O4NA 3LWLA 1FXXA 4DF4A 4M3YA 4FJ7A 1TKXA 3OY9A 1DLOA 4NYFA 4DQQA 1BIZA 4FJHA 4HUGA 2RKIA 4FJJA 4LSLA 3OS2A 4F3OA 1S1UA 3P5JA 5KRSA 3LWMA 1C1BA 2HNYA 1KTQA 2RN2A 5KGWA 4FW2A 4FM1A 5KTQA 4ID1A 5FROA 3QERA 2XY6A 4YNQA 3VQBA 1NK4A 1RDBA 4FZXC 4AHRA 1HMVA 1QE1A 4Y1DA 3OYGA 3QEVA 2QKBA 1U45A 3BDPA 3I8DA 3RRHA 4KTQA 1CLQA 1YTAA 5J1EA 2OPSA 1G15A 3AVHA 3OYFA 1SL1A 4Z4CA 2G8FA 4KAZA 2Z1GA 1RBUA 3VQ6A 1X9WA 4E3SA 3ZT0A 3RMDA 1SUQA 4CFBA 1EKEA 3OYEA 1RTJA 5C25A 3VA3A 2FBXA 3NGYA 4W5RA 3OJUA 3LP3A 2BDPA 4M3ZA 3F73A 4EP5A 3ZSQA 1NJYA 4CF1A 4MFBA 1S6QA 1TGOA 1JL2A 3VQEA 1RDAA 1FKOA 4AILC 2Y1IA 4CEZA 3HJFA 3SQ4A 4Q5VA 3TAPA 2O4GA 3P1GA 4PA1A 3ZSWA 1J53A 3OYNA 1JLBA 5HBMA 5J2NA 1WSEA 3A2FA 4EP4A 4HHTA 3TAGA 1QSYA 3VQ5A 1Y97A 1S1XA 2BANA 4CJSA 1D9DA 3DLRA 3V1QA 4CJEA 3DRPA 3B6OA 3AVIA 4OKJA 1RBVA 4QOZB 1EXQA 2DFEA 1BCOA 2WONA 3AVCA 3O3FA 3O4QA 3HO1A 3QNOA 1F21A 3HPGA 3NE6A 3HVTA 2QK9A 1WN7A 2WOMA 5FRNA 3KIOA 1RDCA 2FC0A 4BWJA 1X9SA 3C6UA 1VSMA 2ZE2A 3KLIA 4CHQA 4YFUA 3MECA 3OJSA 3VA0A 4N56A 1C0MA 3NGIA 2G8KA 3SV3A 4M3XA 1ASUA 3LDSA 1RT5A 1C0TA 3L2RA 4MQ3A 4CJFA 3CM5A 4QCLA 4NCBA 4IFYA 3MAQA 3S3NA 4CHYA 4BDZA 2BGGA 4B9SA 4CIGA 3EYZA 1KSPA 4AH9A 3MEDA 3V9UA 1HNVA 3AA2A 4AHVA 3VQQA 2DTUA 3ZSXA 4DQRA 3H08A 4B8CA 3OYKA 3PO5A 1YVUA 3DRSA 1LWFA 2A1SA 2RF2A 1S1TA 3DM2A 3V1OA 4UQGA 1HNIA 1RT4A 4E19A 3L8BA 2G8UA 1UA0A 1HQEA 3V81A 1U04A 1BISA 3K2PA 3P83D 1BGXT 4FLZA 4CFCA 3TAMA 3S3MA 1EP4A 4BWMA 4J2BA 3DLKA 1WNSA 4KKOA 4IDKA 1BL3A 3AVKA 4C8NA 1R0AA 1WSHA 4FJKA 2HHTA 2KFNA 1SL2A 1RT7A 2OPPA 3T19A 1NK9A 4N47A 1FKPA 4EZ9A 2JLEA 1RBTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2KFZA 1SKSA 1YITN 1D5AA 2HMIA 4PUOA 2HB5A 2VGNA 1MA9B 5IWAK 3HM8A 1ZBSA 4BC2A 3DLHA 1LWEA 4BRFA 1Z26A 4Z4IA 3THXB 3NCIA 3VQ4A 4ILHA 3O9RA 2W6KA 2E2PA 3J81O 5JVHL 4YOWA 3SUQA 5M1KA 3F2KA 2OYQA 5JICA 1NLVA 4CJQA 2UYTA 5AQNA 4OKKA 3B6PA 1KAYA 3U9DA 2GBZA 1YAGA 3GDQA 5BR8K 4TSXA 2CGLA 2IVPA 3SLCA 4GV6A 4M42A 2HVIA 3C7NB 3VN5A 4BACA 2EHGA 1NJWA 2E6MA 4NCGA 3VQPA 3SAFA 3VTIA 4Y1CA 2G8IA 3NF8A 1BUPA 4NXNK 3EE9A 5EOYA 1NJIO 3MWPA 1BI4A 3I0SA 1RTIA 4FLVA 4CEFA 3RWUA 4PQUA 1QQNA 2WC9A 1Q18A 3U4LA 3V9ZA 3TU5A 3KD5E 1LAVA 1RGIA 1VSJA 2QWRA 3FZHA 1TK5A 1NG9A 1YXQA 2A6AA 3L2VA 1E3MA 1XI1A 4CVNE 4CEOA 5FPEA 3NF7A 3KVGA 2OTJN 4JI5K 3VOVA 1NGJA 1ILYA 2P9UA 4CEAA 1VSKA 3DLBA 3G0ZA 3LM9A 3QEIA 4B9LA 4FWNA 2W42A 2NLXA 1K73O 3VESA 4IXCA 5BPMA 4H0OA 3KK2A 3VPZA 4O44A 4CGDA 1KLMA 4E89A 2Q0RA 4XIUA 4R5PA 3CERA 2P9LA 5F2RA 3RMAA 1QSSA 3AVNA 3L6QA 1T05A 5ADXA 4JKGB 1O1WA 3WEEB 4JKBA 4CE9A 4CHZA 2VWJA 1K6YA 4LSNA 3IDHA 4GV9A 4B1XB 4CK2A 2ITGA 3D2EA 4K42A 3HOSA 4KPYA 4JKEA 4FZZA 1JXEA 3G71N 4PHTX 5A2QO 3CC7N 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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