3DLRA

Crystal structure of the catalytic core domain from pfv integrase
Total Genus 53

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
186
structure length
155
Chain Sequence
QKPFDKFFIDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPKVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSVERKNSDIKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLALNNTYSPVLKYTPHQLLFGSLLQEIRTSLYH
2040608010012014014012010080604020
01020304050Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYS1 (124-130)TIV2 (147-151)S3 (153-158)TIV1 (135-138)TI'1 (136-139)S2 (141-147)TII1 (120-123)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Human spumaretrovirus
publication title Functional and structural characterization of the integrase from the prototype foamy virus.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
total genus 53
structure length 155
sequence length 186
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3dlrA00
2VWJA 2P51A 3K59A 4B9VA 2KZMA 4NYNA 1UAXA 3K5NA 1TKDA 4Z4IA 3DOLA 3OYJA 4C8KA 1IKVA 4ELVA 1NJYA 5FDLA 3RR8A 1QQCA 4AHTA 4CGIA 4E7JA 3B6OA 5FRMA 2HHUA 2D0BA 1BQMA 5CYMA 4FJNA 4DLEA 3AA5X 1VSJA 1DLOA 1BQNA 1RDDA 3M8QA 3QEWA 1SL1A 4C8LA 4FJ8A 3MXIA 3OS1A 4LY7A 4J2DA 3SV4A 3AV9A 2PYLA 1C1AA 2F8SA 4CEQA 2XRIA 3RMBA 3OY9A 4J2EA 2O4IA 4HCCA 3HL8A 4KI6A 4ZTFA 4DTMA 1NK6A 4DTNA 4EZ6A 1HRHA 4CFCA 1JLAA 3PX4A 4OLBA 3ZT0A 3K5MA 4FM0A 3OYHA 3LALA 3BDPA 1VRUA 4E7KA 3AVJA 4QOZB 3RTVA 1Z26A 3DRSA 1S1VA 4DFKA 4F3TA 1A5VA 1Z25A 2ZQBA 2YV0X 4DS5A 3V4IA 3KK2A 1BCOA 3AVKA 1IH7A 3DRRA 4EP4A 2AJQA 1B9FA 3SCXA 1U04A 2P5OA 3AA2A 3HK2A 3HT3A 3AO1A 3RRHA 1J9AA 4IBNA 4Z0UA 1NK7A 4FJ9A 3ZT2A 4B08A 3SPZA 3NCIA 1ASWA 1MU2A 1WAJA 4QCLA 3KIOA 1REVA 1TV6A 1QSSA 2EX3A 4M42A 4PQUA 5KGWA 1NK0A 4M3TA 4OGCA 4AILC 1CZBA 4CJQA 1RT3A 1X1PA 3NH1A 2OPRA 3LPUA 3VQ4A 2Z1IA 4KHYA 3VQBA 3O3FA 2DFEA 2Y1JA 4HUFA 4FZZA 3IRXA 4CHPA 1KSPA 2X6NA 3OYGA 4OGEA 2FBTA 2GUIA 3S3NA 1NOZA 3PV8A 1S1UA 3WNHA 4B8CA 1WSGA 3CM5A 3P5JA 1NJZA 3DOKA 3NF7A 3SNNA 3OVNA 2HHTA 3DLKA 1LWEA 2NUBA 3KJVA 1RILA 2WONA 5KRTA 2I5JA 3M8SA 4NYFA 1C0UA 3PX6A 2EHGA 3V9WA 3MEDA 4CF0A 3RMAA 3RRGA 4CCHA 4ELTA 4E89A 1X9WA 1U48A 2IGIA 3AVLA 4DFMA 4FJLA 3DLBA 4W5OA 1NK5A 4GVMA 2Z1GA 3LAKA 3NGYA 1NJWA 1L3VA 1KVAA 2G8HA 3AVGA 2YHAA 2D0AA 3U3YA 3VQDA 2F8TA 4JRPA 1U4BA 3M8RA 3O4NA 1JLFA 4Z4EA 2P5GA 4AHCA 4JLHA 3FFIA 1Q9XA 2HMIA 1Q9YA 3B6PA 1BI4A 5J2NA 1FKPA 4OLAA 1WLJA 2VG6A 5KTQA 2PY5A 4CHYA 4GMJB 3C95A 3VA0A 4BWJA 4IG3A 3V1OA 3ZSWA 2RF2A 3NF8A 2WOMA 3DLRA 4LSLA 4FJ7A 2HB5A 5KI6A 3V6DA 1QSYA 4O5BA 4HTUA 3T3FA 4RW4A 3AVAA 4RG8A 1EP4A 4AHVA 1GOCA 1TGOA 3I8DA 1ZBFA 1BL3A 3RR7A 2D0CA 4TSXA 4CK1A 1ZBUA 4DTRA 1RT5A 3H08A 3L3VA 4BWMA 4FJHA 5C24A 4DTOA 3SI6A 3I0SA 4CF9A 4N41A 1VSKA 3DM2A 3WNGA 4AHUA 3LZIA 3QNNA 4FLVA 4B9TA 4E1NA 1LWCA 3RWUA 4Z4HA 3HXMA 2ZD1A 4CJSA 3QERA 1CXQA 1RTHA 1JLBA 1UOCA 3SQ0A 3PO4A 3ZCMA 3SUPA 1D8YA 4G1QA 4DF4A 3MXMA 1VK0A 1K6YA 4CJ5A 4B9UA 3NGZA 4KRFA 2YNFA 1C6VA 4ZHRA 1S6PA 3G10A 4ZTJA 2PZSA 1BHLA 5SZTA 4K8ZA 3L3UA 2OYQA 1TAQA 3TAMA 3OYMA 3MECA 3NFAA 1KLMA 2RN2A 2OZMA 1F21A 1JLEA 3AVBA 4F8RA 5I3UA 2HVIA 4KTQA 3TAGA 1ZBLA 1HPZA 4FLUA 4C8MA 4B9NA 1JKHA 4DSLA 3HO1A 4KO0A 3C6UA 4BE2A 1VSEA 3MXJA 2X6SA 4OVLA 5KRSA 4R5PA 2FBVA 4CEAA 3HM9A 3ULDA 2A1RA 1VSFA 3AVCA 4KHQA 4CJPA 4N47A 2XY5A 2BDPA 3VQ7A 3QINA 2DTUA 4E7HA 1LW2A 3A2FA 4FJGA 1RT4A 4FZYA 1D5AA 1QHTA 3V81A 1L3SA 3LAMA 5SWMA 1UWBA 3L2QA 3PO5A 4HUGA 2OZSA 4Y1CA 1LV5A 2ZE2A 4M3WA 4DTUA 2YNGA 2A1SA 4LH5A 3NAEA 4DQQA 4E3SA 1O1WA 3D45A 4OPKA 3AA4A 1YT3A 4I2PA 3QEXA 3SJJA 4CK2A 1NKCA 2W42A 1JL1A 4DTXA 3NF6A 3LWLA 1GOBA 1J54A 2HHSA 3KKSA 3OYAA 5HRSA 2XY8A 5CZ2A 1FXXA 3KTQA 3HP6A 3DMJA 4ICLA 1ITGA 4BDZA 3T1AA 3NGIA 3HVRA 3S3OA 4M3UA 1U49A 2XO7A 4CF8A 4DMNA 1I3AA 2QKBA 4RW8A 3I0RA 4KHSA 3HPHA 3IG1A 1IKWA 4B8AB 4CEZA 2FBYA 3ZSYA 4CJVA 4HVJA 4FCYA 4O55A 4C8NA 4DTSA 1FKOA 4CGHA 4DSIA 4AHSA 4F3OA 1SKSA 4FLZA 2E6MA 3KD1E 3V9SA 4M3YA 3HP9A 2LSNA 4E0DA 4F2SA 2DY4A 5JS2A 4CESA 2QK9A 4FZXC 3ISNC 4MFBA 4KREA 4CHNA 3CFRA 4BDPA 1I39A 2BE2A 2HVHA 3HJFA 2OPPA 3VQ9A 1IO2A 2R7YA 3VA3A 1B9DA 5HROA 4KV8A 4FJMA 1DTTA 1JL2A 4CJWA 1SKWA 3OYBA 4N56A 1T03A 1EXQA 1HYZA 3E01A 3OYNA 3OS0A 4DF8A 1XI1A 1U47A 2QXFA 2G8KA 3G0ZA 1KFDA 2HHQA 3HSTB 4NCAA 2F96A 4FLYA 3C94A 1T05A 3AO2A 4CJFA 3KLFA 1RCHA 4DU4A 1TK5A 1RNHA 4LH4A 3NHGA 2HHXA 1BCMA 3VQCA 4CJUA 3SUQA 3SQ1A 3P1GA 3LP1A 1SUQA 4CEDA 4CECA 3ZT3A 3RMDA 3WNFA 2IS3A 3ITHA 5JS1A 3V9XA 3K57A 4N76A 3D0PA 3UIQA 2GBZA 5DMRA 2Z1HA 3V1RA 2FBXA 4KI4A 4CEOA 1EX4A 1C1BA 3TAQA 4FJ5A 4LSNA 1HJRA 2YKNA 3ASMA 2KQ2A 4I2QA 4CFBA 3U6FA 3S9HA 3T19A 2G8VA 5I42A 1YVUA 3AVHA 2IC3A 5T7BA 4BACA 1ZYQA 1RDBA 3LZJA 4CHOA 1EKEA 3SQ2A 1QSLA 1HQUA 2ATQA 4FVMA 4CHZA 3OYKA 3CYMA 3ALYA 3KLHA 1LAWA 4IFVA 3IAYA 4FK4A 3DYAA 1NK8A 2HHVA 2E4LA 1J5OA 1C0TA 3V9ZA 4BE1A 4CGDA 1KFSA 1TK8A 1LW0A 3AO5A 4CEEA 3VQ8A 5HRNA 3KK3A 3HPGA 1XHZA 1TL1A 3MEGA 1TK0A 2IAJA 3KLEA 3OYDA 4C8OA 1BIUA 4FXDA 4FYDA 1VSLA 5CZ1A 4M41A 4RW6A 2X78A 1L3UA 1C0MA 3MEEA 1HYVA 3DI6A 1S6QA 4HCBA 1QE1A 1JXEA 1XHXA 1ASVA 4KKOA 4CIEA 4O44A 3AA3A 3WNEA 4DTPA 3CG7A 3ZSVA 4EZ9A 4CJ4A 4HUEA 4KTWA 4XIUA 4DTJA 4I9QA 5HRPA 4O0IA 1RTIA 1RT1A 2VWKA 4B9MA 2HW3A 4CF1A 1TKTA 1NOYA 4CK3A 2BGGA 4E19A 4Z4CA 1NKEA 1S1WA 3ZSZA 3NDKA 1U45A 3K58A 1G15A 4W5RA 3TR8A 3DLEA 4PUOA 2B4JA 4KFBA 3KLGA 4CGJA 3EZ5A 2VG5A 1JLCA 3IS9A 3VQPA 2OPQA 1JXBA 4J2BA 3DRPA 5HP1A 3CFPA 4K8XA 4FW2A 1WN7A 2P1JA 1IKYA 2DFHA 3C6TA 4M3RA 1VSHA 3U3GA 3ZT4A 3OJUA 4FLXA 4DSFA 3K2PA 4OKKA 1S1XA 1ASUA 1RT7A 1SV5A 3LDSA 1NJXA 4NCBA 1S9EA 3ZT1A 1LAVA 1RBTA 2QKKA 1BGXT 1WSHA 1JLQA 1RDCA 5K14A 4L8RB 3LANA 5HBMA 3L2RA 4JS4A 3KKRA 3TABA 4CIFA 5EU7A 1RTDA 3MAQA 3L2WA 2XHBA 3SPYA 1KTQA 4RW9A 3O3GA 4FLWA 3TARA 4QAGA 1DTQA 4OKEA 1W9HA 4WE1A 3ZSQA 4FLTA 4FJJA 3QNOA 2GV9A 3OYIA 3TAFA 2KZZA 3QETA 1ZBIA 4I9LA 4PY5A 4B3OA 5FRNA 1GOAA 1RT2A 4NCGA 1B92A 2O4GA 2X74A 3QEVA 1YTUA 3PY8A 3VQAA 4DFJA 4CJ3A 3OJSA 3AVFA 4RW7A 2D5RA 4CJRA 4Q5VA 3KK1A 5J1EA 2RKIA 1KVCA 1D9FA 3NF9A 3SQ4A 4DQIA 3LP2A 2YNHA 1IG9A 4FJIA 1S5JA 3LP0A 3VQEA 1VSIA 3HVTA 3M8PA 3VQ6A 3K5LA 4W5QA 4DWIA 4CF2A 3HPOA 1X9MA 2ETJA 4GW6A 3S3MA 5C25A 4FM1A 3PX0A 2RPIA 1TVRA 3F9KA 3LWMA 3DLHA 3JSMA 3TANA 4I7FA 3SYZA 1W0HA 4CFAA 3QESA 4FM2A 1IKXA 3LP3A 2YHBA 3QEPA 1RBUA 1JLGA 3BGRA 1A5XA 1BI4B 2HNDA 1ZBHA 4O0JA 5E41A 1WSJA 3TWHA 3SUNA 1L3TA 3QIOA 4BDYA 1T8EA 4B9SA 1KCFA 4CGGA 3NH2A 2BANA 5FROA 3SUOA 4JS5A 1X9SA 4F2RA 1YTAA 4PWDA 1RBVA 1VSMA 1SL0A 4Q0BA 2Q3SA 3NBPA 1BIZA 1HNIA 2OPSA 4YNQA 4CFDA 4FW1A 3KLIA 4CJLA 4O4GA 1QS4A 2KFNA 1QTMA 3OYLA 1EETA 1BISA 4B9LA 1VRTA 4KHWA 4IFYA 3V1QA 4M3ZA 4KTZA 4H4OA 4CEBA 1HYSA 2HHWA 3O3HA 1WSFA 4W5TA 3F73A 1Y97A 3SV3A 2KTQA 1C1CA 2B5JA 5J2QA 2IOCA 4E1MA 4DSJA 2Y1IA 5HLFA 4DG1A 1S1TA 3L2VA 2HNYA 5DK5A 3OYCA 1HNVA 5C42A 1CZ9A 1HMVA 4OKJA 1N5YA 1RT6A 5J2MA 4KAZA 4JRQA 3VQQA 4DSEA 4IKFA 2JLEA 1NK9A 1WAFA 3TI0A 2KFZA 2KW4A 2OA8A 3OYEA 4FJKA 1Q8IA 4F4KA 4CEFA 4DQPA 4KHUA 3QO9A 1D9DA 4KB1A 1FK9A 4UQGA 4FJXA 2ITGA 3QEIA 3THVA 2G8IA 4PA1A 2XY7A 3EYZA 1XWLA 4CJEA 4N5SA 4DS4A 3NH0A 2XY6A 1S9GA 2YKMA 4FK2A 1TKXA 4EP5A 3ZSXA 3QLHA 3AO4A 1UA1A 2PYJA 3DLGA 3VN5A 4OPJA 2YNIA 2G8UA 4CGFA 1RBSA 1WSIA 4DU3A 1CLQA 3CFOA 1A5WA 3OS2A 1LWFA 4KB0A 1RTJA 4AHRA 4CJTA 1N6QA 1VSDA 3VQ5A 1XC9A 3LPTA 4LD0A 3RMCA 1TL3A 3O4QA 4DQRA 3EY1A 1J53A 2G8WA 4CIGA 4J2AA 4ID1A 4E7IA 3QIPA 4YFUA 3KD5E 4CE9A 4BE0A 5KGXA 4KHNA 2G8FA 4CHQA 5D3GA 5J2PA 1KVBA 5CY4A 3L2UA 1HQEA 1T7PA 4CERA 4FK0A 3CM6A 1UA0A 2Z1JA 2HNZA 4Y1DA 3ZSOA 1L5UA 4ELUA 1KLNA 3V9UA 4AH9A 3JYTA 4W5NA 1KRPA 4Z4GA 3PUFA 2B6AA 4IDKA 3AO3A 1SL2A 4KPYA 1CXUA 5HRRA 3ZSRA 4CJKA 3TAEA 1SKRA 3OYFA 3CQ8A 3TAPA 3NE6A 3AVNA 2DFFA 4IG0A 4DQSA 4HHTA 4M45A 5CYQA 4M3XA 4DU1A 1WNSA 4DLGA 1WSEA 3AVMA 2JGUA 4DSKA 1RBRA 2IDOA 1NKBA 4DFPA 3HYFA 2VG7A 4H4MA 3SZ2A 1TKZA 4ID5A 1R0AA 3P83D 2FC0A 4OJRA 3K5OA 4E7LA 4Z4FA 3AVIA 4MQ3A 3L8BA 1TAUA 1NK4A 2E6LA 4H8KA 1RDAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2UXCK 3WUHA 4BRCA 3K5NA 3VEYA 2WFBA 3DOLA 1TUYA 5E84A 3CMAN 3CCJN 4AHTA 4ISFA 2A3ZA 4MO5A 1K73O 4DLEA 3AA5X 1YF5L 1DLOA 1SL1A 3OS1A 2FSNA 3SV4A 2PYLA 1C1AA 4HCCA 3TU5A 4ZTFA 4DTMA 1HRHA 1JLAA 4OLBA 3M3ZA 5M1OA 3BDPA 1VRUA 4E7KA 3DRSA 1S1VA 3ENOA 4A5AA 1HKCA 3CJ9A 4LF9K 1BCOA 4H5TA 2ZJRL 1IH7A 3DRRA 2AJQA 3SCXA 2JWKA 3CC2N 4B1ZA 2FSKA 4IBNA 4A5BA 1NK7A 4FJ9A 1NGJA 2AP1A 4JAXA 2O8CA 3NCIA 3CIPA 3KIOA 4OGCA 1NGEA 1X1PA 3NH1A 3LPUA 1WUAA 3O3FA 2DFEA 4HUFA 3SMPA 3ID8A 2P9UB 2X6NA 3OYGA 4YY3K 3ZEUA 4FWMA 1S1UA 4JKFA 3W3DA 4GKJK 1LWEA 2WONA 3PX6A 4NYFA 1Q7YO 3RMAA 4CCHA 4DFMA 4JI8K 4W5OA 1NK5A 3OHRA 1L3VA 3H1QA 4HWIA 3UB5A 5TKYA 2F8TA 3O4NA 2P5GA 1U2VA 2D1KA 3IMXA 4JLHA 2NRTA 5FPNA 5J2NA 4OLAA 1QVFM 2PY5A 4DR1K 3CCSN 1BUPA 4JEPA 5EX5A 3VA0A 4IG3A 2RF2A 2O8BA 3LL3A 3H46O 5KI6A 1QSYA 2Q97A 4DR7K 3T3FA 1HR0K 1EP4A 5AZIB 1FW6A 1ZBUA 3P38A 1RT5A 3H08A 3L3VA 4BWMA 3VTIA 5AFUA 4FJHA 4JHDB 5C24A 5DM6L 2NRVA 2P9LB 4CF9A 4N41A 1VSKA 3LZIA 4FLVA 4NO7A 3RWUA 2VQFK 3HXMA 4CJSA 3SQ0A 4BRHA 1D8YA 5GIPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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