The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
122
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structure length |
122
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Chain Sequence |
TPASRYITDMTIEELSRDWFMLMPKQKVEGPLCIRIDQAIMDKNIMLKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSFPGHTIEDVKNAIGVLIGGLEWNDNTVRVSKTLQRFAWGS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of NS1A effector domain from the influenza A/Udorn/72 virus.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Non-structural protein 1
|
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Influenza a virus (a/udorn/307/1972(h3n2))
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| total genus |
33
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| structure length |
122
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| sequence length |
122
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-09-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3P31 A; 4OPA A; 3M5R A; 3OA9 A; 3O9S A; 3O9Q A; 3P38 A; 3RVC A; 2RHK A; 3L4Q A; 4OPH A; 3O9R A; 3EE9 A; 3EE8 A; 3O9T A; 3P39 A; 3KWI A; 2GX9 A; 3O9U A; 3F5T A; 2KKZ A; 3KWG A; 3D6R A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2H3G X; 3UIQ A; 2PY5 A; 2Q1N A; 3E1Y A; 1V4T A; 3D45 A; 3OS0 A; 4AM7 A; 2YHW A; 3MCA B; 5T7B A; 4DV2 K; 2VCP A; 3MXJ A; 2D0C A; 3E01 A; 4BQZ A; 3AGR A; 1WSH A; 4YDU C; 2V52 B; 3QLH A; 4CZI A; 3ZX3 A; 2VG6 A; 5EX5 A; 4HUG A; 3KLI A; 4CJU A; 4KHW A; 4GVM A; 4DV4 K; 1S3X A; 3HM8 A; 3BEX A; 1OH7 A; 3S9H A; 5EVZ A; 3V9U A; 2WUS A; 1O1W A; 1VQK N; 4LFA K; 2E4L A; 1YUW A; 1JLC A; 3WXK A; 5JS1 A; 2HHW A; 1WSJ A; 3MX5 A; 1QS4 A; 1XUP O; 4I9L A; 3L2V A; 4JEP A; 3DXM A; 2W42 A; 3VEN A; 3KZB A; 4LF9 K; 4B3T K; 3F9K A; 1YJW N; 1JLG A; 2E8A A; 1JXB A; 3OYG A; 5IT9 O; 4NB4 A; 3NH0 A; 4JHD B; 3HP9 A; 4J2E A; 3O4N A; 1NKC A; 4EP4 A; 4RWT A; 1WUA A; 4AHC A; 2ZE2 A; 3BZK A; 1HX1 A; 5E41 A; 1VQN N; 5M1F A; 4BRI A; 1QSY A; 3VEZ A; 3LZJ A; 4YY3 K; 3S3O A; 4B9M A; 2HBL A; 3KJV A; 3CCM N; 1RT7 A; 1KXP A; 3ZET A; 3SPY A; 4WFB L; 3OS2 A; 3UB5 A; 3TAP A; 4I6M B; 3WXJ A; 4BE1 A; 3O9S A; 3OYK A; 3F2K A; 4EIA A; 1JXE A; 1TKD A; 3LPT A; 2BDP A; 3SQ1 A; 2FLO A; 3LAL A; 3O6W A; 1RDC A; 3TSU A; 1F21 A; 1EWR A; 3THY A; 3I0S A; 4DV0 K; 4DF4 A; 3DYA A; 2E2N A; 3AO1 A; 4R5P A; 3DMJ A; 1TYQ A; 1VRU A; 3EZ5 A; 5AQJ A; 2IVP A; 3OYE A; 1NK9 A; 3L2R A; 2B6A A; 4KKO A; 3VQB A; 5I9E B; 4CGG A; 5J2P A; 4BWJ A; 2NZT A; 4L8R B; 3L8B A; 2GTD A; 3CM5 A; 3ZT3 A; 4DSI A; 2V7Z A; 2Z1I A; 3CPW M; 3LAN A; 1A5W A; 4CED A; 4DTR A; 4JAX A; 4JYA K; 4EZ9 A; 3VQ6 A; 3HK2 A; 3C7N B; 5HP1 A; 4OLA A; 1BOT O; 4DR1 K; 4Y1D A; 1NK8 A; 3AVI A; 3V9W A; 2UUC K; 2HHS A; 4B08 A; 4CEA A; 3DWL A; 1LCU A; 1KCF A; 1SZ2 A; 4ZTJ A; 1ITG A; 5GAD P; 1HR0 K; 3PSI A; 2HHX A; 3C65 A; 4OPH A; 3ZT0 A; 1JCG A; 1HKB A; 4A5B A; 1C0U A; 1U49 A; 2Q2R A; 1EXQ A; 1SL1 A; 2O8C B; 3VER A; 1JLF A; 1RIL A; 3WT0 A; 4LH4 A; 4AHU A; 2D4W A; 4TSX A; 4OGE A; 1QSL A; 4HVJ A; 4BGA A; 2ASO A; 4H0O A; 3A0I X; 2BE2 A; 2OTL N; 3K59 A; 1LAV A; 3KKR A; 5FPN A; 3LP3 A; 3DI6 A; 4FK0 A; 1U45 A; 3LPU A; 4FPB A; 4O55 A; 1NLV A; 3ATU A; 3ENH A; 5KPR A; 3KWI A; 4BRD A; 4JRP A; 4N76 A; 4LC9 B; 2WTU A; 1GLL O; 1IBL K; 4M3Y A; 3CCE N; 3C6H A; 4C1N I; 1OH6 A; 2O4G A; 1Q18 A; 4CHY A; 4IEI A; 4FJM A; 1NGF A; 4CEB A; 4DTM A; 3VQ9 A; 1NGI A; 3CJA A; 2XY6 A; 5LL6 Z; 4RW6 A; 5HRP A; 4DTU A; 4DFM A; 3AAQ A; 1QQM A; 3TAF A; 1NJY A; 3A8Y A; 1TL3 A; 2QK9 A; 4E7I A; 1KRP A; 1TK0 A; 4KI4 A; 1Q81 O; 3J81 O; 4BQL A; 4W5Q A; 3V6D A; 5SZT A; 3NDK A; 4BVP A; 2FSJ A; 1BIZ A; 4LH5 A; 4K43 A; 4BRK A; 2CGJ A; 5CY4 A; 3LP0 A; 4FJ7 A; 1HYS A; 3DLG A; 3OTO K; 3TAQ A; 4FVU A; 1HQE A; 3PIP L; 4I7F A; 4E7J A; 1WSG A; 1T03 A; 1RTI A; 1YJN N; 3LDO A; 1KLN A; 4UY8 O; 3L0Q A; 4DSE A; 3I8B A; 3RRH A; 4B3R K; 3AVC A; 5IWA K; 3V81 A; 3H1Q A; 4EAH D; 3C6A A; 2ITG A; 4IOC L; 3NE6 A; 3VTI A; 2F96 A; 4FJ8 A; 4E1N A; 3MEC A; 3KVG A; 1FJG K; 2IVN A; 1L3V A; 4ELT A; 4IWV A; 3IG1 A; 4AIL C; 4KV8 A; 5LMU K; 3TAR A; 4CD1 A; 3VQ5 A; 4DR7 K; 3FGU A; 3AA2 A; 4FLY A; 4H0X B; 1FKP A; 4DHY A; 3OYM A; 1LW0 A; 2FBT A; 2D0P A; 4HUE A; 4CZG A; 3AA5 X; 5M1N A; 3H08 A; 4LF6 K; 1N36 K; 3WXI A; 3L3V A; 5DK5 A; 2QXL A; 3T1Y K; 1KFS A; 4BRH A; 1QVG M; 1IJJ A; 1MWK A; 3B6O A; 1J6Z A; 5C12 A; 3BF3 A; 1NGE A; 4WF9 L; 1NKB A; 4RW9 A; 1YJ9 N; 1YVU A; 4A2A A; 1SAZ A; 5JIC A; 4MDA A; 3EKU A; 2ZJR L; 3G71 N; 2P9U A; 3EE9 A; 1TAU A; 4IO8 A; 3TTC A; 3S3N A; 1QHA A; 4JI2 K; 3EY1 A; 3QNO A; 3PO4 A; 3TSQ A; 2KHO A; 4F4K A; 3F5T A; 4BRG A; 1HMV A; 3RSE A; 2UXD K; 4JKA A; 5LJV A; 4PWD A; 3OBY A; 3M3Z A; 4ICL A; 1ZBL A; 1CZ9 A; 3L6Q A; 1YXQ A; 5KRS A; 3SAH A; 2EWS A; 2YNG A; 4CJ7 A; 3NF8 A; 1RT3 A; 1NGA A; 4CIG A; 4IO9 L; 1BGX T; 4DR2 K; 4WFA L; 4Z4I A; 3D2F A; 2OAN A; 3QEP A; 4I2P A; 1ZBS A; 3CC2 N; 4B1U B; 3O1B A; 1XI1 A; 4BRL A; 5AQY A; 4DSK A; 5C25 A; 1VSH A; 4M42 A; 3R8E A; 3K58 A; 1YTU A; 2IGI A; 2FC0 A; 3E66 A; 5HRO A; 4MO4 A; 3SV4 A; 3MEG A; 4H0P A; 1UOC A; 4CE9 A; 4CES A; 2P5G A; 1NOY A; 1RT4 A; 1GLC G; 3K9K A; 3DLK A; 3CCR N; 3CPE A; 4LSL A; 4X66 K; 2Y1I A; 4BY9 C; 2ASP A; 2W40 A; 4E7K A; 3ZEU A; 3MN9 A; 3NGY A; 1NNE A; 1GOB A; 3M8Q A; 5C2F A; 4CJ4 A; 4B1X B; 3QO9 A; 3LWM A; 2NNW A; 4Q0B A; 1N5Y A; 3CD6 N; 4BC5 A; 3CCL N; 1VQP N; 4BDY A; 4AF1 A; 4CGI A; 4OVL A; 4LF5 K; 5SWM A; 4OO1 J; 1R59 O; 3LZI A; 4FZZ A; 4PL7 A; 3O1W A; 3NVM A; 4PA1 A; 1BA0 A; 4GNI A; 5AQI A; 2W41 A; 3TTD A; 4CHO A; 3NCI A; 3OYI A; 1Y64 A; 2CGK A; 2QWQ A; 2QXF A; 3PIO L; 1BL3 A; 1KLM A; 4I9Q A; 3HSC A; 4KFB A; 3H1V X; 4FCY A; 4M3X A; 3AVK A; 3UKU B; 5K14 A; 2PAV A; 3MN5 A; 3MXM A; 3GL1 A; 4M45 A; 4BR4 A; 1T6C A; 4Z4C A; 4EZ6 A; 1E4G T; 4ELU A; 3W3D A; 3AVJ A; 1HJO A; 3HVT A; 1NJX A; 3OYJ A; 4CVN E; 4KH5 A; 4OKJ A; 2O8D B; 3MK6 A; 4WQ4 C; 5AQV A; 3O3F A; 2QEX N; 3K5O A; 1VQ9 N; 2XRI A; 3VQD A; 3ENO A; 4KBO A; 4QS8 A; 4BR7 A; 5F2R A; 1Q7Y O; 2VWK A; 4V19 S; 3KKS A; 3FE1 A; 5KGX A; 1NBW A; 4CJW A; 1ILY A; 1YHQ N; 1YIT N; 1B92 A; 3JAM O; 1BI4 A; 2GEM A; 3U3Y A; 2O8E A; 1HYZ A; 3OYB A; 3VEO A; 3TU5 A; 4DUZ K; 4K25 A; 4CZH A; 3R1X A; 1JLQ A; 1KAY A; 3BDP A; 3D6R A; 1RT5 A; 2E1Z A; 1RBV A; 2FF6 A; 4DTS A; 3THW A; 1X3N A; 4B9S A; 2WBN A; 3O9Q A; 4YOV A; 3HP6 A; 3I0R A; 4M7X A; 3O80 A; 2G8I A; 5C24 A; 1M1K O; 4H5N A; 3NH2 A; 3QEW A; 4LFB K; 4BRC A; 4DV3 K; 1QVF M; 3SCX A; 4JK8 A; 3SV3 A; 3P1G A; 1NK7 A; 4FJ9 A; 1WSE A; 4H8K A; 1J53 A; 2NRW A; 5B8H A; 3O5B A; 2YNH A; 4BVO A; 4JKB A; 4BRN A; 4ZTF A; 3M8R A; 4DQ8 A; 3DXK B; 4CGJ A; 1ZBI A; 1DEJ A; 1OH5 A; 1RT1 A; 4F9O A; 5CYQ A; 3VEY A; 2YX6 A; 2QKK A; 3AVA A; 1SUQ A; 2HF3 A; 5DMR A; 1TKT A; 4KPY A; 1TL1 A; 4C8M A; 4DR5 K; 1LWF A; 4J8F A; 3O3H A; 1JCE A; 2DY4 A; 4MO5 A; 1BA1 A; 3RMB A; 3HXM A; 1RTD A; 4JKG B; 1SV5 A; 3ZSZ A; 1RDU A; 3EEQ A; 3NFA A; 1FXX A; 2HW3 A; 1GOA A; 5KGW A; 2HHT A; 2P9K B; 3VF4 A; 5FLX O; 3HI0 A; 1U4B A; 3AAR A; 4CJE A; 4ID1 A; 5KPT A; 4RW4 A; 1IKY A; 3ULE A; 2KZM A; 3O3G A; 4FOI A; 2E88 A; 4FWK A; 4QAG A; 1IG8 A; 2GV9 A; 3J80 O; 1U04 A; 2P9L B; 3VQP A; 4B9T A; 4B1Y B; 2YHB A; 3PX0 A; 5ELZ A; 4HTL A; 4IFY A; 5JMV A; 1W0H A; 3CJ7 A; 1NG9 A; 4DR6 K; 4IFE A; 1KD1 O; 2GBZ A; 3F73 A; 2RN2 A; 4B8C A; 2RKI A; 1YVN A; 4U67 L; 3CMA N; 3AAP A; 3SYZ A; 4WQ5 C; 3L2U A; 4BE0 A; 2NRR A; 5LMN K; 3PLA A; 3C0B A; 4G1Q A; 3ASM A; 3QEX A; 3FZM A; 4HUF A; 3AVH A; 2F8S A; 3KK7 A; 1NJW A; 3CJB A; 4EFH A; 4CJK A; 1Q9Y A; 2D0B A; 4LFC K; 4CHN A; 5BR9 A; 3OBW A; 5GAG P; 3FZF A; 3TAB A; 5F1X A; 2Y1J A; 2OYQ A; 3D2E A; 1XHZ A; 3VTH A; 1W7A A; 4FM0 A; 2YJE A; 3OVN A; 3H3N O; 4B3O A; 2NLX A; 2W6L A; 2FBV A; 4FPA A; 1ATN A; 3NH1 A; 5AQQ A; 1IH7 A; 1KAX A; 1YT3 A; 2ZF5 O; 3QFU A; 4HWI A; 3LWL A; 2P9I A; 4B8A B; 2FSK A; 1O13 A; 4NYF A; 3NMU A; 1CZB A; 5M1Q A; 1WBD A; 3ZSX A; 4LY7 A; 3ZSR A; 2GUI A; 1S1U A; 1U48 A; 4BWM A; 3HZ6 A; 3HPG A; 4CK1 A; 3PX6 A; 3ZLJ A; 4IBN A; 2LSN A; 1DT9 A; 4WCE L; 3M1F A; 2VG5 A; 2ATQ A; 2OPQ A; 4KAZ A; 1WSI A; 2HNY A; 5AQR A; 3WQU A; 2E6M A; 3PUF A; 3IMX A; 1NGC A; 1H1V A; 1QQN A; 3DXM B; 4ILJ A; 3VEX A; 5KQD A; 2RF2 A; 4IXC A; 4H4O A; 4C8O A; 4DQP A; 3SMS A; 5FRO A; 4O4G A; 1HNI A; 3I56 N; 4FLZ A; 3U6F A; 1ATR A; 5BN9 A; 4CEE A; 5EU7 A; 3CQY A; 4PKI A; 2HBM A; 4CJQ A; 4N5S A; 4C1N K; 3SUP A; 3RWU A; 4A62 A; 1IV0 A; 4O8K A; 2F4V K; 2R7Y A; 5CZ1 A; 4FJX A; 4JV5 K; 3R9P A; 2HVH A; 1S1X A; 1RNH A; 5BN8 A; 2KKZ A; 1TUY A; 1HKC A; 4OKE A; 4CJ5 A; 3B8A X; 4JK7 A; 2UUB K; 4ISE A; 4BC4 A; 3ZET B; 4BRF A; 2A1R A; 1KFD A; 1WLJ A; 1QE1 A; 4F3T A; 4KB0 A; 4KTW A; 4QS7 A; 1BO5 O; 2DFH A; 4BR5 A; 1LOT B; 2I7N A; 3THY B; 3SQ0 A; 3T1A A; 4YOU A; 1TYQ B; 1HJR A; 4CZK A; 2O8B B; 3SJH A; 4BDZ A; 3UKR A; 3ZSO A; 4GV6 A; 4BE2 A; 2WON A; 1U2V A; 2D0O A; 4DU4 A; 1OH8 A; 3ZX0 A; 4QCL A; 5ADX H; 3B6P A; 1VQ8 N; 3AO4 A; 1BWF O; 4BC3 A; 4JI7 K; 3CFO A; 2FXU A; 2Z1G A; 3D0P A; 4Z4E A; 4PL8 A; 4FSV A; 3A5N C; 4ZHR A; 2Z1H A; 4FW1 A; 3AVM A; 3WEE A; 1QQC A; 4W5O A; 2ZGY A; 3P31 A; 3VGK A; 3P4I A; 4YOX A; 1I3A A; 5FDL A; 4ISG A; 3BY5 A; 4KHU A; 4MLH A; 3VEV A; 2D1K A; 4A57 A; 1VQ6 N; 1X9M A; 3AO3 A; 4DLG A; 5AQP A; 1CZA N; 3T19 A; 1C0F A; 1HNV A; 4AHR A; 2P5O A; 3K57 A; 1MA9 B; 3PY8 A; 1SKR A; 3DLE A; 3Q7C A; 4J2B A; 4XH5 A; 2OZS A; 2ZJQ L; 4ILH A; 3QES A; 5E84 A; 2ZWH A; 1WNS A; 3CG7 A; 2GUP A; 4DSJ A; 1X9S A; 1XHX A; 3G0Z A; 1VSE A; 3V9S A; 4FJK A; 1D4X A; 4CZJ A; 1K9M O; 1NK6 A; 2G8W A; 2YNI A; 4DFP A; 2AA4 A; 1X9W A; 2ETJ A; 3EYZ A; 4JKF A; 3NF7 A; 1EO1 A; 3MX2 A; 4XH1 A; 1XC3 A; 4CFD A; 4J2D A; 3TAN A; 1VSK A; 4HHT A; 4YFU A; 4CF1 A; 1HKG A; 1RCH A; 4GMJ B; 3OYN A; 1TV6 A; 3C94 A; 4W5R A; 4YOW A; 2HHU A; 1U47 A; 1W9H A; 3DLR A; 3ENB A; 5CYM A; 4NXM K; 3SI6 A; 4Y1C A; 2ZM6 K; 4MLE A; 3FFI A; 4LF7 K; 5AZJ A; 1K8K A; 1HNX K; 4CK3 A; 3M8P A; 1XC9 A; 2NRX A; 4DF8 A; 5AJ3 K; 3SUN A; 2HST A; 3VQ8 A; 5AQH A; 1U6Z A; 1VQ7 N; 3PX4 A; 4YHH K; 4RTF D; 4X64 K; 3MN7 A; 1CLQ A; 1JL1 A; 5GAH P; 1ZBF A; 1TUU A; 3MEE A; 4H03 B; 4CJF A; 3ALY A; 4U7B A; 5KRT A; 2YKN A; 5EOY A; 1OVY A; 5KPZ A; 1NGB A; 3RR8 A; 4KO0 A; 5KTQ A; 2F9W A; 1RDD A; 3CJ9 A; 4IG3 A; 4IFV A; 4GY2 B; 4OPJ A; 2VWJ A; 3AVF A; 5DM7 L; 3QML A; 4FM1 A; 3P39 A; 3QBX A; 3HJF A; 2Q0U A; 5AQT A; 4R79 A; 3L2Q A; 5J1E A; 4FJH A; 3T69 A; 3JYT A; 3T7Z A; 3BGR A; 1JL2 A; 1TAQ A; 1ZC6 A; 3CQX A; 1K8A O; 3RTV A; 4DU1 A; 3OJS A; 4DFK A; 4LD0 A; 4CW7 B; 2A41 A; 3VEW A; 4UQG A; 2V51 B; 3OJU A; 5LY3 A; 1BHL A; 4XH4 A; 5E26 A; 4FWS A; 4JD2 A; 5AFU H; 3RR7 A; 2ZQB A; 3VF6 A; 4EP5 A; 2IS3 A; 3TTF A; 5CHI A; 5BRH A; 2Q36 A; 1RT2 A; 1CXU A; 4BRM A; 1NKE A; 3L4Q A; 4OPK A; 2W6K A; 4B1W B; 1VSL A; 3AO5 A; 3TSP A; 3LDN A; 5MLC Q; 3CC7 N; 4CD3 A; 2HNZ A; 1QZ5 A; 4B9U A; 3HPO A; 1NK4 A; 1VHX A; 4JI8 K; 4CBU A; 4A59 A; 4E3S A; 4QOZ B; 4NCG A; 3RSE B; 1BCO A; 2E1Y A; 5AR0 A; 3AVG A; 4FLX A; 2HND A; 4NXN K; 2JLE A; 3IDH A; 2O8F A; 4K8X A; 3E9O A; 4KRE A; 3DLH A; 4WQ5 A; 3T1H K; 3TWH A; 1FK9 A; 3ULD A; 3U9D A; 1TGO A; 2GX9 A; 3F9M A; 2YHX A; 1HNZ K; 4KB1 A; 5BRD A; 3SAF A; 2HVI A; 3D2F B; 3MDQ A; 2QWR A; 2XY5 A; 5HRS A; 5JLF A; 1EX4 A; 3LDQ A; 1D8Y A; 4PY5 A; 1NMD A; 3OYC A; 3QIC A; 2P9N A; 4CZM A; 2NUB A; 4F2S A; 1N8R O; 2D0A A; 4CEC A; 4M3R A; 3QET A; 4MQ3 A; 4RW8 A; 3SPZ A; 2QW9 A; 4BR0 A; 3IFR A; 2QWN A; 4FM2 A; 4YDU A; 4CK2 A; 4CZL A; 2A3Z A; 3KK2 A; 4BRE A; 3P83 D; 4DFJ A; 3M8S A; 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