The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
122
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structure length |
122
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Chain Sequence |
TPASRYITDMTIEELSRDWFMLMPKQKVEGPLCIRIDQAIMDKNIMLKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSFPGHTIEDVKNAIGVLIGGLEWNDNTVRVSKTLQRFAWGS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of NS1A effector domain from the influenza A/Udorn/72 virus.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Non-structural protein 1
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| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Influenza a virus (a/udorn/307/1972(h3n2))
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| total genus |
33
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| structure length |
122
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| sequence length |
122
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-09-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4OPA A; 3D6R A; 3M5R A; 3KWI A; 3O9T A; 3P38 A; 3OA9 A; 2KKZ A; 3F5T A; 2GX9 A; 3O9S A; 3O9U A; 3EE8 A; 3O9Q A; 3RVC A; 3L4Q A; 3P39 A; 3P31 A; 3EE9 A; 2RHK A; 3O9R A; 4OPH A; 3KWG A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1ATN A; 5E41 A; 5JMV A; 4CHP A; 2YNI A; 4YOX A; 3PY8 A; 3VQ5 A; 1RT6 A; 1QS4 A; 1KLM A; 1TYQ A; 3C94 A; 4DS4 A; 5C10 A; 1DKG D; 2AJQ A; 5JLF A; 3WT0 A; 4AQY K; 3OS2 A; 3NGY A; 4OGC A; 5AQL A; 4CJW A; 4M3Z A; 1OVQ A; 1B9F A; 3AVA A; 1U4B A; 2NRX A; 1VQ7 N; 4UY8 O; 4NYN A; 2VGM A; 2OZS A; 2E88 A; 1N8R O; 3V4I A; 1X9J A; 1MWK A; 3HTV A; 1JXE A; 3D6R A; 4I6M A; 4B1W B; 4Z4F A; 3NH1 A; 3MWP A; 4IO9 L; 4O8U A; 4CZJ A; 1A5W A; 3DLG A; 2EWS A; 3C7N A; 4CZK A; 5HRN A; 1ESV A; 1UAX A; 4IO8 A; 1S9G A; 2QWP A; 3U9D A; 2ZF5 O; 4IDH A; 4UQG A; 2FBY A; 4A62 A; 4JS5 A; 3MCP A; 4ELU A; 2HF3 A; 3VQ8 A; 1UWB A; 3THX B; 1BCM A; 2Q3S A; 2JWK A; 4KHY A; 3MXM A; 4DR4 K; 4WE1 A; 2F8S A; 3H3N O; 3KIO A; 5BR9 A; 3JSM A; 3MN9 A; 4K41 A; 2O4I A; 4JYA K; 3A5M C; 1VAZ A; 1BUP A; 1KTQ A; 3NBP A; 4JKG A; 2X78 A; 3BGR A; 1NGD A; 2BUP A; 1N5Y A; 4A2B A; 4JI4 K; 3ZSX A; 1J53 A; 5HLF A; 2Z1G A; 2PYJ A; 5AQW A; 4FWK A; 1LAV A; 1G15 A; 5EOY A; 3MEG A; 3P4I A; 2DFE A; 5JS1 A; 1NLV A; 5ELZ A; 3L2R A; 4FOE A; 3K5O A; 2GUI A; 3HRG A; 3O9Q A; 1IV0 A; 4WFA L; 2VG5 A; 1NG9 A; 2A1R A; 4Z94 A; 3CD6 N; 4Z4H A; 4M3T A; 1YAG A; 1CLQ A; 3LAK A; 1QSS A; 1T7P A; 3HZ6 A; 4CIG A; 3L3U A; 4JKH A; 4FZZ A; 2HNY A; 1LWE A; 4JKD A; 4HWI A; 3ENH A; 4KO0 A; 2QI2 A; 5JIC A; 5IWA K; 2FF3 B; 4NYF A; 3CXC M; 1W2B M; 2VWB A; 4CK3 A; 2VCP A; 4DV7 K; 1IKY A; 2Y1J A; 1NJY A; 3SPY A; 4FJ5 A; 4M3U A; 4PWD A; 1NGB A; 3SAF A; 4CHY A; 3VEX A; 1RNH A; 4GY2 B; 2UXC K; 1C1B A; 3MK6 A; 3HSC A; 3CC4 N; 4DF4 A; 1SAZ A; 1NKB A; 4FWO A; 3RR8 A; 5AQH A; 2HBK A; 3NF6 A; 2HHS A; 2Q1N A; 4C8O A; 4KH5 A; 3VF2 A; 3HP9 A; 4ELV A; 5C0Y A; 4O55 A; 4KTZ A; 4W5T A; 2Q0U A; 4CZI A; 3QBX A; 2OPP A; 1GOB A; 3LDP A; 3ID8 A; 4CHO A; 2HMP A; 4N47 A; 1YTA A; 4JRQ A; 4BR2 A; 4GMJ B; 4RW8 A; 2CH5 A; 1IKW A; 1BG3 A; 2KLA A; 3WEE B; 2F9W A; 1SUQ A; 2CGJ A; 4OKK A; 3HPO A; 3D2F B; 1L3U A; 2HBL A; 4KH6 A; 1N36 K; 4JI7 K; 1HPZ A; 4JHD B; 3QIC A; 4O4G A; 3G71 N; 2RF2 A; 1K8K A; 4L8R B; 4CEB A; 3RWU A; 3R8E A; 1C0T A; 4NXM K; 4AM6 A; 3DMJ A; 2HVH A; 2ETJ A; 5AQS A; 3RR7 A; 3ZSV A; 3D2E B; 2HF4 A; 3TPQ A; 4CIE A; 2P9U B; 2HVI A; 1CXQ A; 4JLH A; 2PAV A; 3HBT A; 1TAU A; 4BAC A; 1NOZ A; 2NZT A; 4TSX A; 1K6Y A; 4BR7 A; 3J7A P; 2KQ2 A; 4FVU A; 4CER A; 3VA0 A; 4B3M K; 2IAJ A; 2RE2 A; 4E7H A; 2BTF A; 2VQF K; 1RDC A; 1P90 A; 3U8X A; 2WUS A; 4DR6 K; 3EKS A; 1T03 A; 4H0Y B; 4BY9 C; 2Q2R A; 3O9S A; 3HM9 A; 2B5J A; 3AA3 A; 2HBJ A; 3SPZ A; 3PLA A; 2HHV A; 3CCL N; 1J5E K; 2XRI A; 3S3O A; 1GLJ O; 3PV8 A; 5B8H A; 2QKB A; 2ZWH A; 3DAW A; 3LP2 A; 4DR5 K; 4FM1 A; 2HND A; 2OCE A; 1Z25 A; 1A5X A; 3E9L A; 3CCR N; 4FO0 A; 1BQM A; 1HYZ A; 3U4L A; 2V52 B; 2GTD A; 1Q82 O; 4FLY A; 3A0I X; 3MN6 A; 3QES A; 4DG1 A; 1LAW A; 1NK6 A; 3UIQ A; 3CJA A; 1YVU A; 3ID6 A; 4I9L A; 3WEE A; 3CME N; 4JK9 A; 3VMF B; 3RSE A; 4V19 S; 5JVH L; 3M8P A; 3MN5 A; 3CC2 N; 3H46 O; 3NHG A; 1W9H A; 4KAZ A; 3D2F A; 3UKU B; 5FLX O; 2HNZ A; 1YJW N; 3CFR A; 4CED A; 5BN9 A; 4K8X A; 4JV5 K; 4NLC A; 3CCU N; 1KFS A; 3CG7 A; 3KLF A; 4H5W A; 1T05 A; 5AQV A; 4B8C A; 3O4N A; 2PY5 A; 2P5G A; 4CZL A; 2X74 A; 3O3F A; 5AR0 A; 2O8F B; 3AA2 A; 4A5B A; 3VQC A; 4YOY A; 2FSK A; 1WAF A; 3D2E A; 5FPM A; 1QHA A; 1IO2 A; 2UUA K; 2P9U A; 2YHX A; 3S41 A; 2WC9 A; 4IG3 A; 3AO3 A; 3G0Z A; 4FWP A; 4JI6 K; 2YCH A; 3ZX2 A; 2ITG A; 4CHN A; 3KK3 A; 3S3N A; 2D5R A; 3MCA B; 4I2P A; 3WNH A; 4KHU A; 3EZW A; 1WOQ A; 3AVG A; 1KVC A; 3VPZ A; 2QKK A; 3CM5 A; 3THV A; 2QW9 A; 2D0O A; 3DRS A; 2P9N B; 4WFN L; 2QXF A; 1B9D A; 4E7L A; 3HVR A; 3OYA A; 4BRH A; 1S1W A; 4Z4G A; 1BIZ A; 3LM9 A; 1JXB A; 4E0D A; 3OYB A; 3CHW A; 3PO4 A; 1V4S A; 3PX6 A; 3JXU A; 1RTI A; 4FZX C; 2ASM A; 4M3X A; 1K9M O; 2E1Z A; 3NGZ A; 3BY5 A; 5BRH A; 2IIR A; 3VEZ A; 3OHR A; 5K14 A; 4AM7 A; 2Q0R A; 2ZJR L; 3LDL A; 2IDO A; 5FRN A; 4CEE A; 3OYK A; 3NGI A; 5C12 A; 1U49 A; 3H45 C; 5GAG P; 4OX9 K; 5C42 A; 2G8U A; 3MEE A; 1ZC6 A; 5AFU A; 2YHY A; 1U04 A; 3UKU A; 4NCB A; 5HRP A; 1GLC G; 4AF1 A; 1D8Y A; 4GW6 A; 3BF3 A; 3SZ2 A; 1NMN A; 1I39 A; 1ZBF A; 3E1Y A; 3SQ0 A; 5I3U A; 2O8F A; 1WAJ A; 2ITM A; 1JLG A; 1N33 K; 4FJX A; 3ATU A; 3TU5 A; 4XIU A; 3CPE A; 4DWI A; 4H4O A; 3HST B; 4M63 C; 5CYQ A; 1FK9 A; 1YIT N; 1YVN A; 2KW4 A; 4DTP A; 1IBL K; 3K59 A; 2RN2 A; 4LFA K; 5CZ1 A; 3HL8 A; 3CPW M; 4KHQ A; 4FWQ A; 4DTX A; 1QHT A; 3P5J A; 4DQP A; 3EY1 A; 4MLH A; 3ASM A; 3O9U A; 4BRL A; 2HW3 A; 5EY4 A; 1GOC A; 1D5A A; 3NF9 A; 3HPG A; 4FPB A; 4DV4 K; 3E66 A; 3L2U A; 3V9X A; 4E1N A; 4FOI A; 3R9P A; 3L8B A; 4A59 A; 3EO3 A; 1NNE A; 4H8K A; 4LH4 A; 1ZBH A; 3K9J A; 3MX2 A; 3A2F A; 4JI8 K; 1WB9 A; 4JKF A; 5AQR A; 1JKH A; 4IJA A; 4PKI A; 4O8K A; 3BP8 A; 3FZM A; 1L3T A; 3U6F A; 4HUE A; 4DQS A; 2WON A; 3LP1 A; 1NBW A; 1HPM A; 2A6A A; 1GLL O; 4JK7 A; 1RT7 A; 4MO4 A; 1XC9 A; 1JLF A; 4QCL A; 3WNE A; 4QOZ B; 3PUF A; 4I7F A; 5GIP A; 5EX5 A; 1S6P A; 1YIJ N; 3M3Z A; 4CJ5 A; 1BCO A; 3VEN A; 4E7I A; 2A1S A; 2QWR A; 4K8Z A; 1SL2 A; 2B4J A; 1KFD A; 4HUG A; 4M7Y A; 4H5T A; 4Y1D A; 3M6G A; 3DJC A; 4CF2 A; 1JLE A; 3DYA A; 3P39 A; 3HI0 A; 1HJR A; 2OYQ A; 4FW2 A; 4F3T A; 1SZ2 A; 3TAQ A; 1RBV A; 1VQ8 N; 4CJU A; 3M8R A; 2QWM A; 5A2Q O; 5M1N A; 2ASP A; 3TAM A; 1W7A A; 4DTS A; 4YOT A; 3QIN A; 2OA8 A; 2F8T A; 3AVN A; 3KKS A; 4BRE A; 3F5T A; 3ZLJ A; 1IJJ A; 3GL1 A; 3FFK B; 4NO7 A; 2JLE A; 3LM2 A; 4DFM A; 2QWN A; 1Q7Y O; 3TI0 A; 2WBN A; 4ILJ A; 5JS2 A; 1LW0 A; 3AAP A; 3JS6 A; 3V9Z A; 1UA1 A; 4DLG A; 2DTU A; 4FWR A; 3HYF A; 1S1T A; 3AVM A; 3GDQ A; 4JN4 A; 2G8V A; 1RT4 A; 4AHR A; 2E6L A; 2X6S A; 3HPH A; 3N4Q A; 1YF5 L; 4KHP K; 1IH7 A; 1YI2 N; 3THW B; 1VQN N; 1MU2 A; 3RTV A; 3NF7 A; 1XUP O; 4B1Y B; 1GLF O; 4BR0 A; 3D7E O; 3OY9 A; 4FL9 A; 3KK1 A; 4YOU A; 2XY7 A; 3CET A; 2P9S B; 5AQZ A; 3O4W A; 4IBN A; 3EEQ A; 2VWJ A; 1NGF A; 3CCJ N; 5CE3 A; 5ADX H; 3TSU A; 3H08 A; 1ZYQ A; 1HYV A; 1RTJ A; 4BWJ A; 4PL7 A; 1NK5 A; 5SWM A; 3ULE B; 1HQU A; 4CHZ A; 1KQS M; 5AQY A; 2O8E B; 1ASW A; 1UOC A; 3O9T A; 2PBD A; 4K25 A; 3TR8 A; 3HP6 A; 1VQ4 N; 4DSL A; 3O6W A; 1DGK N; 4E7J A; 1KVA A; 2E20 A; 4CGI A; 1KRP A; 1T44 A; 2I5J A; 1LOT B; 4FLT A; 3HT3 A; 1BQN A; 4IEI A; 3SUN A; 2QWO A; 1SKR A; 1EP4 A; 1NWK A; 5LMU K; 2HHX A; 3PX4 A; 4OPK A; 4B9N A; 3VF6 A; 1XC3 A; 1B92 A; 3AVK A; 4CF1 A; 2GBZ A; 4B9S A; 5LJW A; 3SBG A; 4XH4 A; 4B3S K; 4B9L A; 4FK2 A; 4DV0 K; 3OA9 A; 1H1V A; 2QM1 A; 3DOL A; 1J54 A; 2ZJP L; 3AVF A; 5SZT A; 3ZT1 A; 2P9I B; 5FPN A; 3AVH A; 4A2A A; 3KTQ A; 4B8A B; 1J9A A; 3KZB A; 1TK5 A; 3TWH A; 1NU0 A; 4GNI A; 3AO4 A; 4ISF A; 4AHT A; 4BRC A; 4QAG A; 2P51 A; 1TGO A; 2AP1 A; 3W3D A; 4E1M A; 5EVZ A; 5M1Q A; 3SCX A; 1V4T A; 2D0B A; 5BRE A; 4B3R K; 4CFD A; 2ZM6 K; 4EIA A; 5AQX A; 3P1G A; 2CH6 A; 4DFP A; 2G8I A; 4FW1 A; 1M1K O; 3LP3 A; 4BC2 A; 4FJJ A; 1X1P A; 4BRA A; 3ZEU A; 2UU9 K; 3CQ8 A; 4YY3 K; 2UYT A; 3THW A; 3LDQ A; 1YUW A; 3O1B A; 1I94 K; 4H03 B; 4JKC A; 3FE1 A; 2E2Q A; 3QNN A; 4C1N I; 3JAM O; 4CGF A; 3OW2 M; 3EZ5 A; 4U67 L; 4XEI A; 4MDB A; 5BPM A; 3KWI A; 3OS0 A; 4X65 K; 2FBX A; 2P9S A; 1NK8 A; 4JI5 K; 2BE2 A; 4BRF A; 3M1F A; 5JLH A; 3ZSY A; 4YDU A; 3CCQ N; 3NVK A; 4HVJ A; 5AQG A; 5KRT A; 1ZBI A; 2VYP A; 3KK2 A; 1TUU A; 3ULE A; 3GOI A; 3R1X A; 4BQZ A; 5D3G A; 4BRI A; 4IOA L; 2HHW A; 4X62 K; 1KC8 O; 1NK0 A; 4BGA A; 4CD3 A; 1MWM A; 4C8L A; 3ENB A; 3QLH A; 3AVB A; 1S1U A; 4IG0 A; 3D0P A; 1NMD A; 3G4S N; 1W0H A; 1FKO A; 4B1Z A; 1FW6 A; 2I7N A; 1NJW A; 3OYD A; 3LL3 A; 4DR7 K; 3CJ9 A; 1RDW X; 4HTL A; 4O5B A; 4FWL A; 3DRR A; 3TAG A; 4LSL A; 3NDK A; 1XHZ A; 1XHX A; 3TSQ A; 2P9I A; 3L3V A; 4YDU C; 4FJ7 A; 4J8F A; 1RGI A; 4BE2 A; 2KTQ A; 1BIS A; 3SI6 A; 4IDK A; 4Y0W A; 4PHT X; 1RT3 A; 2LSN A; 2E2N A; 1VSH A; 4DF8 A; 2FC0 A; 1BI4 B; 4EP5 A; 2W42 A; 1S1V A; 2ASO A; 4CZF A; 5KQD A; 3VA3 A; 3LAN A; 2DY4 A; 4FJK A; 3VGK A; 4BG8 A; 3LDO A; 5FRM A; 4IFY A; 4CE9 A; 1R59 O; 3AA4 A; 3M8Q A; 1HUX A; 2W6L A; 2CGL A; 5TKY A; 4CI6 A; 2V7Z A; 2VWK A; 1OH7 A; 3AY9 A; 3SQ4 A; 5J2N A; 1T6C A; 3ZT0 A; 3MN7 A; 3THX A; 2HHU A; 3VGL A; 1S9E A; 3NE6 A; 3V81 A; 4H0O A; 1QVG M; 4CEZ A; 4LF7 K; 1LWF A; 5LMN K; 4CJ4 A; 4B9T A; 2GUP A; 3QEX A; 3QB0 A; 4R5P A; 1QTM A; 2WFB A; 2HB5 A; 4F8R A; 4M3Y A; 2V51 B; 4FWS A; 2VGN A; 4MFB A; 3NFA A; 1NM1 A; 3F9K A; 4YOR A; 3LP0 A; 3IUC A; 2UXB K; 2HHQ A; 1VQO N; 3SV4 A; 3JYT A; 4B3O A; 5CR4 A; 1X3M A; 4F2R A; 3S9H A; 1JL1 A; 1QSY A; 4C1N K; 4FSV A; 4M7X A; 3MDQ A; 4DTJ A; 5HBM A; 2HHH K; 4Y1C A; 3AAR A; 1C0U A; 4JNE A; 4BG9 A; 2GEL A; 2PFU A; 1JLB A; 3PSF A; 3A5L C; 1ZBL A; 3O9R A; 3VQP A; 3A5O C; 3MMV A; 4ID5 A; 1HNI A; 3Q7B A; 4JKA A; 4FJI A; 4KTW A; 2IVP A; 3T19 A; 3OS1 A; 4N41 A; 3DI6 A; 4WFB L; 3KK7 A; 2OAN A; 1SS6 A; 4EZ9 A; 4E3S A; 2P5O A; 3TAP A; 4IKF A; 3VQ7 A; 3DM2 A; 2F96 A; 1XMO K; 2VG7 A; 4FWN A; 4BRQ A; 1J5O A; 4E19 A; 3U3Y A; 4LF4 K; 1HNW K; 3HK2 A; 3ISN C; 4CEC A; 1P8Z A; 4CW7 B; 3RMA A; 2XO7 A; 4FJ9 A; 1TL3 A; 5KTQ A; 3CC7 N; 3KD5 E; 4BR5 A; 2Q97 A; 4IZ9 A; 1XQS C; 1XWL A; 4H5R A; 3PX0 A; 5AQT A; 1WBD A; 3TAE A; 2IVN A; 3LAL A; 3SV3 A; 3BF1 A; 3IMX A; 5T7B A; 4W5Q A; 3LWM A; 2GWK A; 3CQY A; 1JCF A; 1E4F T; 5BN8 A; 2HBM A; 4CJV A; 4JI3 K; 1HX1 A; 1WLJ A; 5KQ8 A; 1VSD A; 1VSJ A; 3TTC A; 4KPY A; 1NGI A; 3SMP A; 4CZG A; 3V9W A; 4FXD A; 5IT9 O; 3IG1 A; 4EP4 A; 4JHD A; 3SNN A; 4M42 A; 1ZBU A; 3OBW A; 4YFU A; 3HOT A; 2NUB A; 3IAY A; 3BZC A; 1HRH A; 4CEQ A; 4A57 A; 2RHK A; 4AH9 A; 4W5N A; 2P1J A; 3RMC A; 3EKU A; 1RTD A; 1RTH A; 3BUZ B; 1KLN A; 2F4V K; 4FVM A; 3AGK A; 1SL1 A; 1LW2 A; 5J2M A; 4DV2 K; 4H0T B; 4CK2 A; 3MED A; 3PIO L; 4BRN A; 3QEI A; 4CGG A; 3CMA N; 1SV5 A; 5I9E B; 4DQI A; 4RCH A; 3CFO A; 2O8B B; 4H0P A; 3UB5 A; 4R79 A; 1XMQ K; 1VQP N; 4DQ8 A; 3WNG A; 2O8C B; 3L2W A; 5BPL A; 3UKR B; 1YT3 A; 5TKW A; 2W41 A; 3KWG A; 4LY7 A; 1KXP A; 3CER A; 1NJX A; 4NB4 A; 3WUH A; 2G8K A; 2OPQ A; 1VSM A; 3LPU A; 1K73 O; 4CF8 A; 1WSG A; 1WN7 A; 3ALY A; 4JRP A; 4FLV A; 4HCC A; 1C0G A; 1Y64 A; 2OTJ N; 2E2P A; 2XY6 A; 1DLO A; 3SBT A; 4Z4E A; 2P9P B; 1JLQ A; 4L3Q A; 3OYH A; 1KD1 O; 3H6E A; 4C23 A; 4LF8 K; 4MQ3 A; 1G99 A; 3MXJ A; 4CF0 A; 4BE0 A; 5AZJ B; 4K42 A; 1EXQ A; 1Q8I A; 3TSP A; 3J81 O; 4CJF A; 4CFB A; 3IDH A; 4CJT A; 1SQK A; 1KAX A; 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