3EO3A

Crystal structure of the n-acetylmannosamine kinase domain of human gne protein
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
312
structure length
288
Chain Sequence
TLSALAVDLGGTNLRVAIVSMKGEIVKKYTQFNPKTYEERINLILQMCVEAAAEAVKLNCRILGVGISTDLRTPLSDTLHLPVWVDNDGNCAALAERKFGQGKGLENFVTLITGTGIGGGIIHQHELIHGSSFCAAELGHLVVSLDGPDCSCGSHGCIEAYASGMALQREAKKLHDEDLLLVEGMSVPKDEAVGALHLIQAAKLGNAKAQSILRTAGTALGLGVVNILHTMNPSLVILSGVLASHYIHIVKDVIRQQALSSVQDVDVVVSDLVDPALLGAASMVLDYT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of the N-acetylmannosamine kinase domain of GNE.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bifunctional UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase/N-acetylman
molecule tags Isomerase, transferase
source organism Homo sapiens
total genus 86
structure length 288
sequence length 312
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 2.7.1.60: N-acylmannosamine kinase.
pdb deposition date 2008-09-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3eo3A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3eo3A02
5AQNA 5ADXH 5AQOA 5AQGA 2GWKA 4FWSA 4BR5A 2VWBA 3I33A 3CERA 2Q97A 2V7ZA 2P9SB 3L0QA 5LY3A 1IJJA 1V4SA 3QICA 4K25A 3O5BA 3R9PA 4KBOA 4RCHA 4A62A 2E8AA 3W0LA 2BTFA 3SLCA 4BRLA 3R6MA 3GL1A 2I7PA 5EXWA 4JD2A 2QWQA 3IMXA 2QW9A 3SMSA 5AZJA 5KPTA 1ZXOA 3G25A 5KPRA 2W40A 5JICA 1QZ5A 5BPMA 5AQRA 3H1VX 2IVPA 3EKSA 4WQ5A 2D4WA 4PL8A 4CD3A 4ISFA 3HM8A 3IDHA 3LL3A 1TYQB 3U9ZA 1HJOA 3JXUA 5AQKA 1ATRA 5AZJB 5AQPA 5KPZA 1HUXA 1T6CA 1E4FT 4BR9A 3SJHA 4CBXA 1KAYA 3M1FA 4CZHA 1ATNA 5BN9A 3MDQA 3VGMA 5ELZA 4RTFD 2FSJA 4EIAA 3O4WA 3O8MA 4BVOA 5F2RA 1HX1A 3A5OC 4FSVA 2ITMA 4NB4A 2VCPA 2BUPA 2A5XA 3AARA 3VOVA 4M63C 4BRHA 4BQZA 4EHUA 2FLOA 4MO4A 2ZGZA 1QQNA 2H3GX 3WXIA 1BUPA 1MWMA 1ZBSA 3CQYA 4IO8A 4H5WA 5EOYA 5F1XA 4CBUA 1BA1A 4LC9B 3ATUA 4I6MA 2QWPA 2HMPA 1HKBA 5EX5A 5FPMA 1V4TA 3DXMA 2FF3B 4BREA 4H0PA 3ATVA 3ENHA 2UYTA 1HKGA 1X3NA 3L6QA 4M7XA 4K43A 3U4LA 5B8HA 4I6MB 2V52B 3VF6A 3MN9A 1NGBA 2ZGYA 1NLVA 5BRHA 5E26A 3O80A 5AQWA 2CGKA 1SQKA 3DXMB 3A8YA 5BRDA 3LDNA 1LCUA 3WT0A 3EL2A 5BRFA 1GLJO 2QM1A 3VPZA 1X3MA 5FPNA 1GLEG 3TPQA 4A2BA 2Q31A 4BR7A 1NMDA 2QWMA 1NM1A 4WQ4C 1SZ2A 3H3NO 5LJWA 2Q36A 3I8BA 4H5NA 1QHAA 4CZKA 2FSNA 4DB3A 1R59O 3WUHA 5KQ8A 3CJAA 2YCHA 2A41A 1E4GT 1Z05A 4CZGA 5BREA 3CETA 3D2EB 4FO0A 4A2AA 3BF1A 5BN8A 2NZTA 4CZMA 3ULEA 1K8KA 3EKUA 3MN7A 4CZFA 4FWRA 4MLEA 1ATSA 3CJ1A 3GDQA 3FFKB 3AAQA 4XH4A 1NGGA 2Q2RA 3KHYA 3DJCA 4H0XB 4BR2A 4B1ZA 3ULEB 1NGJA 3WQUA 1K8KB 5LJVA 1BWFO 5AQXA 3QFUA 5AQVA 4JHDB 4BRNA 3TU5A 1BO5O 3QB0A 2PBDA 3FZMA 4DQ8A 2CH6A 4BRIA 5E84A 1GLBG 4DHYA 1YUWA 4QS7A 1TYQA 4B9QA 1KAXA 5FPEA 4GNIA 4H0OA 2GELA 5ADXA 4CBWA 1BA0A 4FWNA 3VESA 3H45C 3VGKA 4J8FA 4FPBA 4BC2A 2GWJA 3GOIA 3RSEA 4PL7A 3MMVA 1NGDA 4B1VA 1U6ZA 1Y64A 2HOEA 3VF4A 4ISGA 3WXKA 4XEIA 1C0GA 2NRHA 4WYBA 4HWIA 5AQUA 4BC4A 4BR4A 2QWLA 3VEWA 3RSEB 1JCFA 5AQHA 4IWVA 2V51B 2PAVA 1YVNA 4CZLA 2YI1A 4B1UB 2QWNA 2I7NA 3H46O 3ID8A 3QBWA 5AFUH 2J4RA 5JMVA 4BGBA 3MN5A 2IIRA 2A6AA 2AP1A 1KXPA 4FOIA 4EAHD 2P9KB 3A5LC 3P4IA 1BDGA 3SK3A 3MCPA 3CIPA 2E2NA 4B1XB 1QQMA 4IZ9A 5KQDA 3FZKA 4H5RA 1LOTB 3QBXA 3ZX3A 4AM7A 1GLLO 2QXLA 3QFPA 4EFHA 3QMLA 3U9DA 3F9MA 4BC3A 3AAPA 2YHYA 1DGKN 1XUPO 3CHWA 2Q1NA 3CJBA 4CI6A 2KHOA 2YHXA 3KVGA 4L3QA 3BEXA 3UKUB 4E1JA 4H0TB 5AQLA 3GBTA 4Y0WA 2P9LA 3ZX0A 2YHWA 5CE3A 4JAXA 1G99A 3VERA 4O5FA 2OANA 4C23A 5BR9A 2CGLA 1IG8A 4H0VB 4CZEA 2CH5A 3VENA 3VEZA 3B8AX 4PKIA 3DXKA 3FLCO 1NGEA 1XQSC 4BRQA 3BF3A 4QS8A 3UKRA 3D2EA 2P9LB 2FF6A 3L4IA 2WUSA 1U2VA 2D0OA 4K42A 2FXUA 3MK6A 1HKCA 4H5VA 4BG8A 2Q0RA 2DPNA 1BU6O 3DXKB 1GLDG 3HBTA 3S41A 3OHRA 4FPAA 4BRAA 4YDUC 5FPDA 2AA4A 3UKRB 4JN4A 5AQSA 2W41A 1U2VB 2IVNA 2Q0UA 3IUCA 4JHDA 3VEOA 1ZC6A 5JLFA 4BG9A 1DEJA 1P8ZA 3R8EA 4IJNA 1MWKA 1MDUB 1QQOA 4WQ4A 3WXLA 4FWMA 1RFQA 3JS6A 4BRKA 3DAWA 1JCGA 2HF4A 3MN6A 5BPNA 1YAGA 2A42A 1T6DA 1RDWX 3DWLA 1MA9B 4BRCA 1OKJA 2F9WA 3VETA 1X9JA 4K41A 2E1YA 4WQ5C 3H3OB 1DKGD 5BPLA 4FWLA 3FZLA 4BRMA 1EQYA 3M3ZA 1NGHA 5AQMA 3UE5A 1H1VA 3VEVA 4FWKA 3WQTA 2QWRA 3GE1A 3A5NC 1GLAG 1XC3A 3M6GA 3ENOA 5AQQA 4B1WB 3WXJA 4FWOA 3FZHA 2A40A 1J6ZA 4EHTA 4M7YA 4XH5A 1NGIA 4BROA 2P9PA 1RGIA 1KAZA 2QWOA 4BVPA 1QZ6A 3EO3A 4PKGA 5AQIA 4PKHA 4F9OA 5AQJA 3HZ6A 4B1YB 3LM9A 3HTVA 5AQZA 1NWKA 1S3XA 3UB5A 2P9NA 3C0BA 3QDKA 3ZX2A 2P9PB 4JD2B 2P9KA 3FE1A 1NGAA 2HF3A 3KZBA 4H5TA 1CZAN 3J8AA 1WUAA 4CZJA 4A61A 2P9IA 4AM6A 1YXQA 2P9NB 5EVZA 4FWPA 2CGJA 1S22A 3FGUA 3VEYA 1NGCA 3UKUA 2YJEA 3O6WA 1NBWA 4BRGA 2VYPA 4RWTA 3FR0A 3U8XA 2ASMA 4CJ7A 2P9IB 2E1ZA 2E2OA 3CI5A 3LDLA 2D0PA 3BP8A 2NLXA 1Q18A 4Z94A 2IVOA 4BQLA 2F9TA 5AFUA 5EY4A 5F0XA 1T44A 5AQTA 4QS9A 3GG4A 4FWQA 3H6EA 4BC5A 3ZEUA 3IFRA 3CJ7A 1SAZA 3CQXA 3HSCA 3SMPA 4IXCA 1GLCG 3HI0A 5JLHA 1GLFO 2P9UA 3EN9A 1HLUA 1HPMA 3EZWA 2ZF5O 3VGLA 5AR0A 1C0FA 3VF2A 5I9EB 2E20A 2GTDA 5AQFA 3A0IX 2ASPA 4MLHA 4BRDA 5TKYA 1BG3A 3D2FA 3ZEUB 1JCEA 4FL9A 3WEEA 3LM2A 2P9UB 3CJ9A 2A3ZA 4NO7A 3D7EO 4MO5A 4XH1A 3A5MC 2YJFA 4HTLA 3W3DA 3D2FB 1Z6RA 3FZFA 2ZWHA 2GUPA 1BOTO 2E2PA 1D4XA 3CJCA 3ZETA 4BR0A 3C7NA 4DCHA 4BRFA 3WEEB 4CZIA 1ESVA 3BUZB 3AY9A 4GY2B 2E88A 5AZIA 1NGFA 3O1BA 4BRPA 2D1KA 4H03B 4O8KA 2V7YA 3O1WA 3ZETB 4H0YB 4JNEA 3C7NB 1TUUA 2E2QA 4IJAA 4FOEA 5AZIB 3VEXA 5AQYA 4BGAA 3LDPA 2ASOA 2P9SA 3LDQA 3O08A 2EWSA 3LDOA 4YDUA 4CD1A 2FSKA 1TUYA 3H1QA 1WOQA 2GEMA 4ISEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GW6A 3AA5X 3KK7A 2GWKA 4H4OA 4PUOA 2VWBA 1JLBA 1BI4A 1HMVA 3FFIA 3L0QA 4K25A 3QICA 4MDBA 3O5BA 4KBOA 4A62A 4B9SA 2E8AA 3SLCA 3O9SA 4WE1A 2OYQA 1DT9A 2I7PA 5EXWA 4JD2A 2P1JA 2BANA 2IS3A 3L3UA 3G25A 2W40A 5AQRA 2Z1JA 2IVPA 3I0SA 3RR8A 4FLZA 3IAYA 1K8AO 5DM7L 4KHWA 4JKHA 3U9ZA 4M3YA 1KVBA 3JXUA 5AZJB 1VSKA 4KTZA 4BE1A 1KFSA 3MXMA 1E4FT 4O44A 2O8DB 3QIOA 4C1NI 4CZHA 1KVCA 5BN9A 4CHQA 1I94K 4JKBA 4RTFD 3O4WA 4BVOA 3KK2A 5F2RA 1WNSA 4CGIA 3NVMA 2ITMA 4NB4A 3CC4N 2E5LK 3NE6A 2A5XA 3NGZA 1KLNA 1D9DA 4Z4FA 4BRHA 4BQZA 2W6KA 3SNNA 2ZGZA 1QQNA 2H3GX 1TKXA 3O9QA 3KLFA 3THXB 5EOYA 4CJQA 5HOOA 4CBUA 4JKDA 1TGOA 1UA1A 4FLWA 1BA1A 3ATUA 1IG9A 5M1NA 1QS4A 4M3XA 4C8MA 3MWTA 4N5SA 1RBRA 2DTUA 1C1CA 3G6EN 3C6TA 4JKFA 4DSEA 2KQ2A 1OVYA 2GV9A 4H0PA 4O55A 2O8FA 4CGHA 3OS0A 3U4LA 2NUBA 3L6QA 4K43A 4CIGA 2V52B 4LF5K 1NKEA 4QOZB 4G9ZA 4KB0A 3S3MA 5AQWA 1LV5A 1X1PA 3A8YA 3LP0A 2QTDA 4FZXC 3LDNA 1LCUA 3EL2A 1EKEA 3VPZA 1GLEG 1TKTA 3QIPA 4GV9A 1VSHA 4B3RK 2YNGA 4DB3A 1R59O 2O4GA 5M1OA 1VQMN 1TL1A 3T3FA 3NH1A 4CZGA 1UWBA 4A2AA 1JLCA 3ULEA 2PYJA 4AHSA 3CD6N 4DV0K 1S1XA 3MN7A 2WTUA 5TKWA 4KHUA 3C6AA 1N36K 4FJIA 4JLHA 4I2PA 3MXJA 3FFKB 4IOAL 3NF8A 1NGGA 4H0XB 3HPOA 1UOCA 2PY5A 1K8KB 2QK9A 1LAWA 5K14A 3TTDA 3BDPA 1BO5O 3QB0A 3FZMA 1YHQN 3HL8A 4DHYA 4QS7A 1BCOA 4DV1K 1S9GA 4M41A 4CK1A 4H4MA 4LSLA 4WCEL 1KAXA 4NLBA 4A5BA 1N8RO 2GELA 2F4VK 3PSIA 4CBWA 3VESA 3VGKA 4J8FA 4FPBA 2BGGA 2GWJA 3THWA 3MMVA 3DMJA 4RG8A 3CPEA 4DV5K 4DR1K 1WBDA 4ISGA 3WXKA 4XEIA 4ELVA 1IBLK 2ZJQL 5J2QA 5HROA 1TK5A 4EZ6A 3C65A 4Q5VA 2PYLA 4JS4A 4HUGA 2V51B 2OPQA 3DI6A 3OYAA 1RBSA 4FLTA 1RBVA 2QWNA 4DMNA 1TAQA 2I7NA 3LPTA 2Y1JA 3DLHA 2Z1IA 5JMVA 3SUQA 4LF8K 1LWEA 2VG5A 4DQPA 3KIOA 3LP3A 3AO2A 4DUZK 2NRRA 3QEXA 1UA0A 1VQ6N 3EEQA 4CJLA 1QSLA 1U48A 1GLLO 4A59A 4BC3A 1XUPO 1VK0A 3CHWA 3CJBA 2KHOA 3KVGA 4FYDA 3OYJA 5AQLA 3GBTA 1LAVA 2P9LA 4Y0WA 1IKYA 2YHWA 3ZX0A 3QETA 3SUPA 3I55N 4FW2A 1RT6A 5KRTA 2HHVA 1NKCA 4DR6K 2FBYA 4H0VB 4R5PA 2CH5A 3VENA 3KTQA 3VEZA 3B8AX 1HNZK 3DXKA 3TAEA 1NGEA 4JI7K 1KLMA 3D2EA 3LANA 4KI4A 3L2QA 2FF6A 1IV0A 2GBZA 3L4IA 2X6NA 4FJNA 5C0YA 4CFDA 4E1MA 2DPNA 4AILC 1RT5A 4YDUC 5FPDA 3T19A 4FJJA 4CF2A 1U2VB 2JGUA 4JYAK 3EE9A 5CZ2A 3KD5E 2UU9K 1J5EK 4CEDA 3VEOA 4FK0A 5SWMA 2HHUA 1P8ZA 4TSXA 1S6PA 1MWKA 4FJ5A 1MDUB 4JI2K 4LH4A 2R7YA 4JK9A 2RKIA 1RTDA 4CF1A 2XY5A 1T3VA 2ZQBA 4LFBK 3DLGA 3F73A 4DR7K 3LALA 3E1YA 2VQEK 1RT3A 5M1FA 4WQ5C 3R1XA 5BPLA 4FWLA 1YITN 3FZLA 2UXCK 4B3TK 1KD1O 2BDPA 3DRPA 3VEVA 5FRMA 3GE1A 4JV5K 1GLAG 5GAGP 3M6GA 4IOCL 2ZJPL 3FZHA 3T1AA 4HTUA 4FM2A 4FJ7A 1NK8A 1BI4B 1KAZA 4W5RA 4BVPA 4CJPA 5AQJA 3HYFA 4Z4HA 3CCVN 3CC2N 4JI0K 1BIUA 2F8SA 3P39A 1VRUA 4JD2B 3FE1A 1Y97A 3J8AA 2G8HA 5CYMA 2EX3A 4YOWA 2P9IA 3V9SA 3SQ4A 3V1RA 1YXQA 2P9NB 4Z4EA 2A1SA 3VEYA 4PQUA 1EP4A 1GOCA 2YJEA 1NBWA 1JLGA 4RWTA 4DTOA 5BR8K 3U8XA 2ASMA 3VA3A 2E1ZA 2FC0A 1T7PA 4YY3K 3SCXA 2D0PA 1GOAA 4Z94A 1XWLA 5AQTA 1QVGM 4ICLA 3PIOL 3ZEUA 4OGCA 3HSCA 1QQCA 5C24A 2G8UA 5DM6L 2HB5A 1YIJN 3MAQA 2XY6A 1Q9XA 3VF2A 1OH6A 5I9EB 2GTDA 2QKKA 4CHPA 3E9OA 3C94A 1WSJA 1YT3A 4DFPA 3LM2A 3OYMA 5CYQA 3CJ9A 4LF9K 1B9FA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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