3EY1A

A conformational transition in the structure of a 2'-thiomethyl-modified dna visualized at high resolution
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
137
structure length
137
Chain Sequence
AKEEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYGR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Bacillus halodurans
publication title A conformational transition in the structure of a 2'-thiomethyl-modified DNA visualized at high resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H
total genus 40
structure length 137
sequence length 137
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2008-10-17
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ey1A00
3B6OA 4FJHA 4F3TA 3G0ZA 4CF9A 3OYDA 4YNQA 3K5MA 2BANA 3V6DA 4FLZA 3TAQA 1IO2A 3UIQA 4RW4A 3V1RA 3SNNA 3I0RA 3E01A 4IFVA 4AILC 3ZSRA 1ZBLA 4AHTA 3CYMA 4FZYA 3RMCA 3QINA 1BIUA 3DRPA 4L8RB 4M3UA 1R0AA 3KLFA 1KCFA 3AVCA 1C0MA 1HQUA 2FBVA 4AH9A 3HP9A 4I9LA 2HHVA 3LANA 1VSJA 4KKOA 3AV9A 3RTVA 5SZTA 3MEEA 3DI6A 2OZSA 3SCXA 1S1UA 1CZ9A 3AVAA 2KW4A 3PX0A 1T03A 2IAJA 1B92A 3QO9A 3SV3A 4LD0A 1G15A 1GOAA 1HNVA 3NGZA 1WSFA 1X1PA 3KD5E 4EZ9A 4IDKA 1U4BA 3NGYA 4FJ8A 3KK1A 4DTPA 4ELVA 2IGIA 3ALYA 4MFBA 4FJ9A 2KZZA 1HYVA 4CERA 4CFDA 3TR8A 3PY8A 3AO4A 1NKCA 1SV5A 3RMBA 3QERA 1B9FA 3WNEA 3OJSA 2P1JA 5HBMA 4H8KA 4KHQA 4W5QA 3CG7A 2OPQA 4CK3A 2ETJA 3QEIA 4FJKA 2G8FA 1KVCA 4CIEA 1RT5A 3KTQA 4QOZB 3JYTA 4FM1A 3LP0A 3ZSOA 4R5PA 2O4IA 1EETA 4E7HA 1D9FA 3DMJA 3VQPA 4HCBA 4CIFA 4FCYA 4NCGA 3ZSZA 4CEOA 3MXMA 4M3ZA 2AJQA 5J2NA 3IAYA 4E0DA 1WAFA 1L3SA 1VRUA 4O5BA 1A5VA 3NH1A 1VSDA 1S1XA 1QQCA 1HJRA 1C0TA 1S1WA 2YHAA 1HQEA 4KO0A 4CK2A 2DTUA 4W5NA 3NF8A 4OPKA 2DFFA 3SUPA 1L5UA 4MQ3A 1TGOA 1D9DA 2ITGA 3PO4A 5KRSA 4DSLA 1C6VA 1RTJA 1U47A 4OGEA 3TWHA 3QEPA 4B3OA 4N5SA 3AA3A 5KGWA 4JS5A 1KVAA 3BDPA 1HNIA 4B8CA 1VSEA 4PUOA 3O4QA 1EKEA 4ID5A 4RW9A 3CQ8A 4JS4A 3OYFA 3M8RA 1KRPA 4Z4GA 1ZBUA 3SYZA 4Z0UA 4CJTA 3MECA 3NFAA 2VG6A 3AVBA 3TAMA 4AHCA 3SQ4A 1NJXA 4DFMA 2B5JA 3LZIA 5EU7A 2W42A 3K5LA 3L2RA 1TKXA 3TAFA 1C1BA 2RKIA 3QEXA 1RILA 3L3UA 4IKFA 4BWJA 1VSKA 3VQEA 4LSNA 4YFUA 4QCLA 1XHXA 1UOCA 3OS0A 4FJIA 3VQ9A 3TI0A 3V81A 3DLEA 1FK9A 2OPPA 3KIOA 1JLFA 4LY7A 4KV8A 2G8HA 1YT3A 1JXEA 4Y1DA 4C8NA 2F8TA 3SZ2A 3ZSVA 3LP3A 3AA2A 4M3YA 3O3GA 3OYHA 4DTNA 5HROA 3QESA 3NF7A 4Z4FA 4BWMA 4HVJA 4M45A 2FBTA 4CGFA 1FKOA 1REVA 4F2SA 3DYAA 4FJMA 2GBZA 4O0IA 1S1VA 1RDBA 4BE0A 4CK1A 2YNHA 2NUBA 4FZXC 3VQDA 3CM5A 4E7KA 1LWEA 1SKSA 4B9MA 4F2RA 4FJ5A 3ZSXA 1FXXA 3ZSWA 2DY4A 1LW0A 5FROA 4I2QA 1NK5A 4M3WA 4NYNA 1S6PA 3NDKA 1LWFA 1XWLA 2XY8A 2EX3A 1TL1A 4FW2A 2RPIA 4FW1A 4CHQA 1KFSA 4O55A 2Z1HA 1KSPA 3KLIA 4LSLA 3V1QA 4DSKA 1RDAA 4KHUA 4CGJA 4HUFA 4ELUA 1NJWA 1Z25A 1RT3A 2GUIA 4PWDA 4HUEA 1LW2A 4DQRA 1WSGA 4I2PA 3PUFA 3QIOA 3OS2A 3C6UA 3U3GA 1TKDA 3C95A 1L3UA 3B6PA 2P51A 3VQ4A 3D0PA 2QKKA 1C1AA 2EHGA 4FJNA 2QKBA 4BDYA 4B9UA 1TV6A 4AHUA 4BACA 4B9VA 3CFPA 4ELTA 1KFDA 1WSJA 1LAVA 1BQMA 5KTQA 4B9NA 1LV5A 2Z1GA 1WN7A 4O0JA 4FLWA 5I42A 3S9HA 1NJZA 2HMIA 4KB1A 1CXQA 3CFRA 3S3NA 3IRXA 3S3MA 4CHOA 1BQNA 3NF9A 3EZ5A 1RT6A 4FK4A 4E19A 3MEDA 4DQQA 1ZBHA 1KLMA 3CFOA 5CYMA 4FXDA 2FBYA 1VSIA 1MU2A 4CGIA 4CF0A 3QEVA 2A1RA 1DLOA 4UQGA 3HVTA 3K5OA 4K8XA 2D0CA 5DK5A 1JKHA 3L2VA 3O3HA 2B6AA 3OYNA 1RT2A 1JL1A 3L2WA 4PA1A 1NKBA 3OVNA 1L3VA 1DTQA 1IH7A 4CEAA 3ZCMA 3OYEA 3AVKA 2YHBA 4AHVA 4IG0A 2XRIA 3RWUA 4DMNA 1KLNA 1ZBIA 4PY5A 4RW6A 3SQ2A 4E3SA 3OYKA 3AO3A 2ZE2A 4KREA 3DRSA 3HPGA 4OKKA 4KHSA 4KI4A 3DLHA 5T7BA 1NJYA 4NCAA 1BIZA 5DMRA 2YKMA 3OYGA 1RT1A 3LPUA 3WNGA 3PO5A 1NK0A 2HVIA 4GMJB 4J2DA 3T1AA 1VSMA 5D3GA 4DQSA 3TAGA 4E1NA 5JS1A 3TAPA 3LPTA 3A2FA 4CJ4A 3P5JA 1T05A 2G8UA 4FJJA 3EY1A 2JLEA 3VA3A 3AO1A 5HRRA 2YNIA 3L2QA 3DM2A 3D45A 3LP1A 4LH5A 1Q8IA 3SV4A 1SUQA 4C8OA 4PQUA 4CEEA 1BISA 1WSHA 1Z26A 1UWBA 3V4IA 1Q9YA 4B9SA 2B4JA 4B9TA 5JS2A 4CEFA 2VG5A 1SL1A 1RNHA 1UAXA 4HUGA 2WONA 2OA8A 4CFCA 1RBRA 1QS4A 2YV0X 3HP6A 4DLGA 4DTSA 1UA1A 1QTMA 1XC9A 2PYLA 2G8IA 2FBXA 4DTUA 3SQ0A 4H4MA 1YTAA 3L8BA 4CJWA 1BI4A 4JRPA 4B9LA 2Z1IA 2I5JA 2OPRA 1ZYQA 3HVRA 1QSSA 4CHNA 4CIGA 2HW3A 2BGGA 2ZD1A 1SKWA 3QNOA 4CF1A 5HRSA 3V9WA 4DF4A 3PX6A 1HMVA 1JL2A 4KTZA 4F3OA 4M3TA 3RR7A 3VQ5A 1SKRA 1TK0A 1DTTA 5J1EA 3SUOA 4OGCA 3KD1E 2X6SA 4CEBA 4B08A 1WSEA 3KKRA 4CJEA 1RTDA 3L3VA 3F9KA 2HVHA 3DOKA 1ASWA 4CHPA 5FRNA 4N56A 1SL0A 5CYQA 3NH0A 1IKWA 1S9EA 3H08A 5FRMA 3RR8A 1BI4B 4CCHA 1X9MA 2QXFA 3VQQA 4CEZA 1NK4A 4HHTA 3NBPA 4FM2A 2G8KA 4CJVA 1VSHA 4OLAA 4CJPA 3V9UA 3TARA 3SJJA 1CLQA 2VG7A 3TAEA 1J5OA 4FJLA 2HHTA 4B8AB 3ZT4A 2OYQA 4GVMA 2PY5A 5C25A 2VWJA 1IG9A 4CGDA 3WNHA 4FLXA 3SPZA 4N41A 1J54A 2DFHA 2ZQBA 3MEGA 5CY4A 3ZT0A 3SUNA 1ITGA 5CZ1A 3SQ1A 1BL3A 3OYIA 4CJRA 1WAJA 4FK0A 4HTUA 1RT4A 3NGIA 3NAEA 4DS5A 4JLHA 5C24A 3NE6A 4KFBA 4CJ3A 4CJUA 3LZJA 4J2BA 4KPYA 1CXUA 4KHNA 2JGUA 3AVHA 4FM0A 1RTHA 4N76A 2E4LA 1VK0A 3AO5A 1BCOA 3LALA 3LP2A 3DRRA 4GW6A 4BE1A 3VQAA 4CJ5A 1RCHA 2X78A 2G8WA 1TL3A 2XO7A 3DLBA 4FJGA 4OLBA 3KLEA 4DSFA 1RT7A 3JSMA 4FK2A 1D5AA 1LAWA 4QAGA 4E89A 2KFNA 1RBVA 3HT3A 4CJQA 4CGHA 4CJFA 3C6TA 4CF2A 1ASVA 2XY6A 1WSIA 3SPYA 3TANA 1QSLA 3OYLA 4BE2A 1XHZA 3OYCA 2PYJA 2YNFA 2PZSA 2XY5A 1K6YA 3RMDA 1S1TA 1UA0A 1IKVA 4CESA 1IKXA 4KTWA 5HRPA 4FJ7A 2O4GA 3NF6A 4O4GA 1X9SA 2XHBA 1I3AA 4DFJA 1TK5A 4ZTJA 4WE1A 4NYFA 4EP5A 1NK8A 4KTQA 3AVGA 3I0SA 3C94A 4DTMA 2KZMA 3MXJA 3VQ7A 1WNSA 2HHSA 4OKEA 1TKTA 4RW8A 1Q9XA 3P1GA 3ZSQA 4KHWA 3G10A 2D0AA 3F73A 2RF2A 4H4OA 4FJXA 2DFEA 2KQ2A 4CGGA 3ULDA 1BGXT 1F21A 1O1WA 1S5JA 5K14A 4FLVA 3VA0A 1JLCA 3KK3A 5I3UA 4FZZA 3HM9A 4C8KA 3V9SA 2KTQA 4DTOA 1QSYA 1NK6A 1TAUA 3PX4A 4CECA 4IBNA 3KKSA 4Q5VA 1C0UA 4ID1A 3KLGA 3PV8A 4IG3A 4RG8A 2Z1JA 4M41A 2XY7A 1X9WA 3NCIA 5SWMA 2LSNA 1EXQA 3V9XA 4DSIA 3DLRA 3HXMA 4HCCA 2HHUA 5C42A 3OY9A 3O3FA 1GOCA 3LAMA 3VN5A 1ASUA 3KK2A 1RBUA 1W9HA 4FVMA 4KB0A 4DTRA 3MXIA 3BGRA 2D5RA 4TSXA 3VQBA 1U45A 5KGXA 1T7PA 3TABA 3HYFA 1D8YA 3P83D 3QIPA 3ZSYA 5E41A 4KRFA 3M8SA 3I8DA 1NOYA 3OS1A 4CJSA 3ZT1A 2Y1JA 2YNGA 2E6MA 1JLAA 4KHYA 4AHRA 4E7LA 3SI6A 1T8EA 4EZ6A 2BE2A 1CZBA 2FC0A 4KAZA 1TVRA 1IKYA 3DLKA 2IDOA 5HRNA 3OYAA 1RBSA 4DS4A 1SL2A 1TK8A 2F96A 4O44A 3ITHA 4IFYA 4ZHRA 3S3OA 2X74A 3RMAA 1NK7A 3V9ZA 3KJVA 1I39A 4W5TA 4E7JA 3SUQA 1JXBA 1TKZA 2HNZA 3AVLA 2F8SA 2HHWA 1B9DA 3IS9A 4F4KA 4I9QA 2A1SA 3QNNA 1EX4A 2IC3A 2WOMA 3HO1A 3MAQA 4DF8A 3OJUA 4DWIA 4OKJA 3AO2A 4CEDA 4E7IA 5J2MA 1YVUA 1FKPA 3ZT3A 3OYMA 4CFBA 3DOLA 3ZT2A 4N47A 4BDZA 4OVLA 2R7YA 2D0BA 2GV9A 4RW7A 3AVJA 2HHXA 1JLBA 3AVNA 5KRTA 4W5OA 4F8RA 3K58A 4K8ZA 4Q0BA 1XI1A 4FYDA 4LH4A 3HPHA 3FFIA 3LDSA 4DLEA 1EP4A 1QE1A 4CE9A 4XIUA 1RTIA 2HHQA 4CFAA 4DFPA 3LWLA 3T3FA 3AA5X 1KTQA 1HYSA 2E6LA 1S6QA 3ISNC 3QETA 3T19A 1N6QA 4DU1A 3AVMA 3ASMA 1A5WA 4W5RA 4BDPA 3RRHA 5KI6A 4J2EA 2RN2A 4Z4IA 4DSEA 4C8MA 3HPOA 5CZ2A 1NOZA 4CJLA 4G1QA 3IG1A 4Z4EA 1KVBA 1RDDA 4J2AA 1TAQA 3VQCA 1U49A 3OYBA 2Q3SA 2G8VA 1JLEA 1A5XA 4CHZA 3OYJA 1BCMA 2QK9A 2HB5A 1HPZA 3RRGA 4CF8A 4M3XA 3DLGA 3AA4A 4CHYA 3U6FA 3HL8A 1YTUA 1LWCA 4AHSA 4Z4CA 2IS3A 1J9AA 3HSTB 2OZMA 1HRHA 4FLTA 2BDPA 5J2QA 3L2UA 1S9GA 3U3YA 1U04A 2HNYA 1JLQA 1W0HA 2HNDA 4DG1A 4DTJA 1NKEA 3LAKA 3AVIA 3HJFA 2X6NA 1VSLA 1WLJA 3K57A 3WNFA 3VQ8A 4FLUA 4DQPA 4DSJA 5HLFA 2OPSA 4CJKA 4DU3A 3KLHA 4ZTFA 1C1CA 1JLGA 4C8LA 2VWKA 3M8QA 4Z4HA 5J2PA 3VQ6A 3QEWA 2Y1IA 4DQIA 5FDLA 4I7FA 1QHTA 4ICLA 4DU4A 4KI6A 1N5YA 3CM6A 1NK9A 4DTXA 1RDCA 3M8PA 1HYZA 4CEQA 3EYZA 1Y97A 4M3RA 4OPJA 2YKNA 2ATQA 4NCBA 1U48A 1L3TA 2P5OA 2P5GA 4Y1CA 1VSFA 4JRQA 4EP4A 3HK2A 5HP1A 2IOCA 1BHLA 3K2PA 3NHGA 3K59A 4OJRA 3NH2A 1J53A 1ZBFA 3AVFA 3V1OA 3QLHA 3THVA 3LWMA 2KFZA 3O4NA 3K5NA 1GOBA 4E1MA 4M42A 4FLYA 1RBTA 4DFKA 1VRTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FWNA 4CF9A 4YNQA 3V6DA 2IVOA 4RW4A 2DPNA 3WUHA 3I0RA 5AQYA 4H0TB 1XMQK 4BVOA 3RMCA 3D2FB 1BIUA 2O8BB 3KLFA 2KHOA 1LOTB 5TKWA 4LFBK 1HQUA 2FBVA 4AH9A 1GLCG 1JJ2M 1VSJA 1SAZA 3MEEA 4MDAA 2WFBA 3SCXA 1W7AA 1CZ9A 2UYTA 3QO9A 1GOAA 1WSFA 5AJ3K 4EZ9A 3KK1A 4ELVA 2RE2A 1JCGA 2KZZA 2OTJN 3O8MA 4YOVA 3TSPA 2Q31A 5HBMA 5BN8A 4W5QA 3CG7A 1OVQA 3VEOA 4Z94A 4CK3A 3CD6N 3VENA 2G8FA 4FJKA 3IDHA 1RT5A 4QOZB 3ZSOA 2VGMA 4BC2A 4FWPA 4FWRA 5J2NA 1WAFA 1VSDA 1S1XA 2I7NA 4KO0A 4CK2A 2FXUA 1KD1O 2W6KA 2DFFA 1GLLO 4DSLA 2HF3A 4B1YB 4YOXA 2W41A 3T1YK 3TWHA 3QEPA 3CCRN 2FSNA 3AA3A 5KGWA 3BDPA 1VSEA 1JCEA 4PL8A 4JS4A 4PKHA 1KRPA 4Z0UA 3NFAA 1ATRA 4AHCA 2W42A 3L0QA 1VQ9N 3QEXA 1RILA 3L3UA 3CCSN 4YFUA 1XHXA 3LL3A 3HRGA 4I6MA 3DLEA 1FK9A 1Q86O 2E1YA 2G8HA 3WQTA 4C8NA 3LP3A 3AA2A 4Z4FA 2NRHA 4CGFA 4FJMA 2GBZA 1RDBA 3VQDA 4NB4A 3FZKA 4WFAL 4F2RA 3ZSWA 2IVNA 2O8CB 2DY4A 5FROA 4CI6A 4I6MB 2EX3A 4EHTA 1VQ8N 4DCHA 2QA4N 1KFSA 4O55A 3R3LA 1RDAA 4KHUA 4ELUA 2GUIA 4HUEA 5C0YA 1V4SA 3U3GA 3C95A 3VQ4A 5BN9A 4FJNA 1TV6A 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 5KI6 A;  2RN2 A;  4B3S K;  4Z4I A;  4C8M A;  4G1Q A;  1KAX A;  3G71 N;  4JI1 K;  4ISG A;  2IVP A;  1YIT N;  1RDD A;  4J2A A;  3VQC A;  3WXL A;  3OYB A;  2Q3S A;  2E88 A;  5AQF A;  1JLE A;  4JKE A;  1IJJ A;  1A5X A;  2Q0R A;  4CHZ A;  1BCM A;  1VQL N;  1HPZ A;  3RRG A;  3U6F A;  2P9L B;  4FWS A;  4AHS A;  4DUY K;  2IS3 A;  3HST B;  2HOE A;  1HRH A;  2E5L K;  1X3N A;  3O5B A;  4FPA A;  4CZG A;  1U04 A;  1JLQ A;  1W0H A;  4DG1 A;  3AVI A;  1YUW A;  3VQ8 A;  4FLU A;  4DSJ A;  1KXP A;  4H5R A;  5H1S Q;  1K8K A;  2OPS A;  4DU3 A;  4BRF A;  3QFU A;  1C1C A;  4LF5 K;  3CJA A;  5J2P A;  2Y1I A;  5FDL A;  4I7F A;  1QHT A;  1GLD G;  1RDC A;  4CEQ A;  4DV7 K;  3A5O C;  2E2N A;  1YIJ N;  4M3R A;  4OPJ A;  2ATQ A;  4NCB A;  2P5O A;  3FZM A;  3D2F A;  4JK7 A;  3CCM N;  2O8B A;  3K2P A;  3AVF A;  2KFZ A;  2OAN A;  3Q7B A;  3O4N A;  4H0X B;  4E1M A;  4W5R A;  1VRT A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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