3EY1A

A conformational transition in the structure of a 2'-thiomethyl-modified dna visualized at high resolution
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
137
structure length
137
Chain Sequence
AKEEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYGR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A conformational transition in the structure of a 2'-thiomethyl-modified DNA visualized at high resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Bacillus halodurans
total genus 40
structure length 137
sequence length 137
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2008-10-17
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ey1A00
3AVGA 4HHTA 1D9FA 4M3YA 3DOLA 4DTRA 4CF1A 4CF0A 4DSEA 2Z1HA 4W5RA 4DTPA 2HHTA 1TL1A 3AVKA 4AHSA 1IKVA 4CFDA 1JLFA 1WSJA 4I7FA 1ZYQA 3TR8A 2E6MA 3AV9A 4FLYA 3SJJA 1HJRA 4B9LA 2ETJA 3ZT4A 3HSTB 3DRPA 2ZD1A 2WONA 3M8PA 4TSXA 1VSLA 1NK8A 4DSLA 4FJLA 1RT2A 1B9DA 1DTTA 3CFOA 4HUEA 2KZZA 3NDKA 4RW7A 4CJUA 4DTSA 1QSYA 3NH0A 3KKSA 3LP1A 1SL1A 1SKWA 4N76A 2IAJA 3M8RA 2IGIA 1U48A 3ZSZA 3ZT1A 2VG6A 3CFRA 1HQEA 3NGZA 1RBRA 4E7HA 2G8UA 3PY8A 4ICLA 3DLHA 2KFNA 1WAJA 1L3TA 4AH9A 3NGIA 3SZ2A 3E01A 2YKNA 3TARA 2ITGA 4B3OA 4FZYA 4DS4A 1QSLA 4M3ZA 3QLHA 4JRQA 3VA0A 4QCLA 3VQ7A 3QEWA 2VWKA 1WN7A 4Q5VA 2W42A 1XI1A 4CIGA 1LV5A 4M3TA 1VSHA 1RT3A 4MFBA 4GVMA 2YV0X 3CG7A 3LALA 3QO9A 4IG3A 2G8WA 1KRPA 4CF2A 1TKTA 1TV6A 4CGGA 3DLKA 1D9DA 4BWJA 3S3OA 2XHBA 2RF2A 1VRTA 3LPTA 3T19A 3D0PA 3IG1A 3K5OA 4BDYA 3PV8A 4KO0A 2A1RA 4KPYA 1Y97A 4ZHRA 3G0ZA 1RBSA 5KRSA 2A1SA 2BE2A 3V1OA 3NH1A 4E0DA 1EXQA 3KTQA 4C8KA 3LP3A 2G8FA 2FBVA 4KHNA 4KB1A 3NHGA 5HLFA 1C0TA 1J54A 3HT3A 4EZ6A 3TI0A 4FM1A 1A5XA 4I2PA 2YNGA 3ZSYA 3QIOA 1TK0A 1YTAA 3PX6A 2QXFA 3RR8A 3RMAA 1BL3A 4NYFA 4Y1CA 4CGDA 3SUQA 3SNNA 4J2DA 4LH5A 3RMBA 3PX4A 4CJ4A 3RRHA 2XY6A 4CERA 2XY5A 3U6FA 3QEIA 2D0CA 3AA5X 1S1WA 4M3UA 4FLWA 4CEOA 5KI6A 4DQIA 1BISA 4G1QA 1WSGA 3ZSOA 3QERA 1SKSA 4BE2A 1X1PA 3ALYA 4KKOA 4F2RA 3HPHA 4LSNA 4KHUA 2KW4A 4O44A 2XO7A 4Z4GA 3D45A 3THVA 3MEDA 4M42A 1WSIA 2D0AA 4O55A 3OYMA 3OYKA 2G8VA 1N6QA 4F4KA 4NCAA 3I0RA 1NKBA 4MQ3A 2FBTA 3C95A 3OYCA 2OPRA 1VSMA 4DU1A 3S3MA 4K8ZA 4JS4A 2YNIA 1QSSA 2E4LA 3OYBA 1BCMA 4FJ9A 3AO1A 3KK3A 1B9FA 1VSEA 3VQ6A 4FZZA 4DU3A 1JL1A 3AA4A 1JXBA 3L2WA 4E3SA 1HPZA 3TABA 1VSKA 1D8YA 4ZTJA 1NK7A 1TK8A 2O4GA 1WSFA 3ASMA 1KVBA 1NJXA 4AHTA 3SYZA 4CESA 3OYGA 1BQMA 3AO3A 4DTMA 3TAFA 4B9TA 3SQ0A 4B9UA 4JRPA 1X9SA 2VG7A 3VQEA 1ZBUA 3L2RA 4FLVA 1NK5A 2X74A 5HP1A 3LP2A 3KK1A 2VWJA 3BDPA 4CHZA 1LWCA 4ELVA 1FKPA 1W0HA 2BANA 3JYTA 5KRTA 4E7JA 4OGEA 4CEAA 4UQGA 1U45A 1A5WA 3VQAA 4W5NA 1L3SA 3OYAA 4E7KA 1TKXA 3ZCMA 4DFKA 4FJ8A 2XY8A 3VQCA 4E1MA 1NOZA 1RTJA 3C6TA 3AO4A 4KHYA 4DF4A 3HL8A 1T05A 1HYVA 3RWUA 4XIUA 1EKEA 2D5RA 4IFYA 3G10A 1KCFA 1C6VA 2P1JA 4H8KA 3EYZA 3K5MA 1ASWA 4BACA 4EP5A 3AVFA 3O3FA 1SL2A 3HJFA 4CJKA 4DF8A 1S1VA 4FJMA 4CEFA 3K57A 1CXUA 4H4OA 3VQDA 3HP6A 1ZBHA 3QINA 1L5UA 1LW0A 1KTQA 3V9ZA 4AILC 4C8NA 5C24A 3KLIA 2Q3SA 4DTNA 2Y1JA 3SUPA 1T7PA 4KHWA 5K14A 3HPOA 3HM9A 3ULDA 1NK9A 5FRMA 2QK9A 1WNSA 1XC9A 2Z1GA 1U4BA 3O3GA 2HHUA 2OPQA 4OKKA 3HVTA 3BGRA 1UA1A 4O0IA 4PWDA 3CM5A 5HRRA 2IS3A 4GW6A 3VA3A 2R7YA 1CZ9A 5HRPA 4N56A 4FZXC 4KFBA 4M3XA 2B4JA 3NF8A 3O3HA 1S9EA 1JLEA 2F96A 3TAGA 1LAWA 1QE1A 5CYMA 3SUNA 1J5OA 3PO4A 3AVJA 3OJUA 4ID5A 1JLGA 3SV4A 3LANA 4E7IA 4OGCA 3F73A 3TAEA 4KB0A 4B9VA 4OKEA 3I8DA 2O4IA 3C94A 2ZQBA 4RW6A 1B92A 1RT1A 4CJLA 4AHCA 4DQRA 1C1AA 1SUQA 4FW1A 4BE0A 2GV9A 1VSJA 1SV5A 3TWHA 4ID1A 3LZJA 3OYHA 1A5VA 3AVAA 3LP0A 4BDZA 2HHXA 2HNZA 3OVNA 3O4NA 1Q9XA 3VN5A 1S6QA 4Z0UA 1S1TA 2GUIA 2I5JA 4EP4A 5HRSA 3QIPA 3K5LA 2IOCA 4N5SA 4C8MA 5DK5A 4CGHA 4CJRA 4Y1DA 1S1XA 4FLZA 1C0MA 4Z4HA 1JLBA 1RBTA 1KVAA 1S9GA 3V9UA 3DLBA 3QNNA 1FXXA 1TVRA 2YKMA 4KV8A 4CIFA 3AA2A 3DRSA 2HVHA 3KLEA 2OZMA 4FJ5A 4M41A 1ITGA 3AVNA 4IDKA 1JLCA 2F8TA 1LAVA 3B6OA 1GOAA 1F21A 3DLGA 3KLFA 4Q0BA 2E6LA 1BGXT 4O4GA 4N41A 4IFVA 4CF9A 3M8SA 3U3GA 1YTUA 3SCXA 1BQNA 4QOZB 3OYNA 3V9SA 1YVUA 1L3VA 4HUGA 3TAMA 2KFZA 1S5JA 3DMJA 1WSEA 1HRHA 4F3TA 2QKKA 3TAPA 2JLEA 3AVHA 3CQ8A 1WSHA 4YNQA 4DFPA 3LAKA 1G15A 1RNHA 4RW4A 1EX4A 4CEBA 4HVJA 2IC3A 5T7BA 4OPKA 3OYDA 4DTXA 2HHWA 4PA1A 5CYQA 4B8CA 1TAUA 4CJWA 3CM6A 1JXEA 4KTQA 4RG8A 3ZSRA 4CHQA 2YHBA 4DFJA 1S1UA 3SI6A 1HMVA 5SWMA 2QKBA 1DTQA 1S6PA 5C25A 3LWLA 4LD0A 4J2BA 2KTQA 4Z4EA 4B9MA 4DTOA 1BHLA 1C1BA 3IS9A 4EZ9A 2JGUA 3AVMA 4CEDA 4CJPA 1RDAA 1RCHA 3U3YA 5J2MA 4NYNA 2FBYA 1RT6A 3HPGA 4LSLA 5JS1A 3O4QA 4DQQA 3VQ5A 1RBUA 1WAFA 3L2UA 3NCIA 4WE1A 1UWBA 3KIOA 1D5AA 4CHYA 3OS2A 4FLUA 1XHXA 3VQ9A 3KD1E 3T1AA 4ELUA 1Z25A 3B6PA 4FJHA 3NH2A 1XHZA 3HP9A 1KFSA 1UA0A 3V81A 3SQ4A 4Z4FA 1CZBA 1KLNA 4CHNA 4OKJA 1Z26A 4FM2A 4CFAA 4CGIA 3QETA 2X6SA 4CEQA 1JL2A 3OJSA 4PY5A 5FRNA 4AHVA 5E41A 4FK0A 5DMRA 2HNDA 4FJJA 2HHQA 1RTHA 2G8KA 4FW2A 2ATQA 3WNGA 4HTUA 3RMCA 4DMNA 4DSFA 3QEXA 4I9QA 5D3GA 1XWLA 4E1NA 3RMDA 3KLHA 5KGXA 2YNFA 1VRUA 3TANA 2EX3A 3PO5A 4CEEA 1RT7A 1JKHA 3KD5E 1KVCA 3V1RA 1FKOA 2OA8A 2OPSA 3V9WA 2P5OA 4KAZA 1VK0A 4DSJA 2Y1IA 3LPUA 2HMIA 3HXMA 4E89A 1RDCA 2AJQA 4CIEA 5HRNA 2G8IA 4CFBA 3OYFA 2RKIA 4FJGA 1T8EA 2WOMA 4CGJA 4IBNA 4FYDA 4CJEA 4RW9A 1QS4A 3L8BA 2IDOA 1X9MA 3ZSQA 4C8OA 3CFPA 1EP4A 4Z4IA 1QHTA 4LY7A 4CF8A 4DTUA 4CCHA 1QQCA 2X6NA 3UIQA 3RTVA 4CJSA 3IAYA 2D0BA 4FJXA 3NF6A 3DYAA 5HROA 3VQQA 4AHUA 4KRFA 5C42A 4DSIA 2EHGA 4JLHA 3KK2A 4CEZA 1HQUA 4FLTA 3MXIA 1RDBA 3AVLA 2P51A 3KJVA 1SL0A 1BI4B 3NFAA 4AHRA 1NK4A 3L2VA 1IO2A 2HNYA 4N47A 4FK2A 4KI6A 4C8LA 4J2EA 4OLAA 4W5TA 3OS0A 4BE1A 3MAQA 2RPIA 1HNVA 2P5GA 3TAQA 2G8HA 4FVMA 2FBXA 1RILA 4DTJA 3T3FA 3ZSXA 2DFEA 3ISNC 3LAMA 3ZSVA 1IG9A 4W5QA 1JLAA 1ASUA 4CJTA 4OVLA 3CYMA 2GBZA 3VQBA 3LWMA 3NAEA 1TAQA 3L2QA 3DI6A 1L3UA 1N5YA 1FK9A 1I3AA 5J2QA 3M8QA 2OPPA 3QEPA 1LWEA 5JS2A 4L8RB 2F8SA 4NCGA 2HW3A 4GMJB 4QAGA 1KLMA 3OYLA 3MXMA 4FJIA 2XRIA 3AVIA 3K5NA 3K58A 2HVIA 3F9KA 4B8AB 4CHOA 3ZT0A 3MECA 4CJQA 5CZ2A 2FC0A 1C0UA 3IRXA 1Q9YA 1VSDA 3KLGA 3SQ2A 1NOYA 4O5BA 1HNIA 3V1QA 1KSPA 4YFUA 4CK1A 4CK2A 4DQSA 1TK5A 1SKRA 2PYLA 3I0SA 3QNOA 4RW8A 3NE6A 1RTDA 2YHAA 2PZSA 4E19A 4F8RA 4K8XA 4BWMA 1T03A 1NK6A 5J2NA 1LWFA 5EU7A 4CK3A 2DY4A 1ASVA 1RT4A 2PY5A 3HO1A 3P1GA 3AVBA 3HYFA 5KTQA 3EY1A 3WNHA 3MEGA 3P83D 2HB5A 5KGWA 1VSIA 4FXDA 4CGFA 3VQPA 2VG5A 5I42A 3DOKA 4ZTFA 4B9SA 3MXJA 1U47A 5HBMA 4KREA 2HHSA 1IH7A 1VSFA 1W9HA 3DLRA 4OJRA 3EZ5A 4PUOA 1RDDA 3OYIA 4CJ3A 2RN2A 4DLGA 4I2QA 3HK2A 1HYZA 1MU2A 3WNEA 1K6YA 1GOBA 4M45A 2PYJA 5FROA 4E7LA 4HCBA 2KQ2A 4M3WA 3SPZA 2X78A 4B9NA 1BCOA 2NUBA 3FFIA 1I39A 4H4MA 3KKRA 3NF7A 4CJ5A 3SV3A 1NKCA 3QESA 4B08A 3RRGA 4IKFA 1UAXA 3OYEA 3S3NA 1WLJA 1ZBFA 2BDPA 3SQ1A 3NBPA 4IG0A 1RTIA 2XY7A 4DQPA 4DWIA 4KHQA 1DLOA 1HYSA 3DRRA 4KHSA 4CECA 4CFCA 3AVCA 3P5JA 4DSKA 2B5JA 4BDPA 4DG1A 3SUOA 3SPYA 1U49A 5J1EA 1LW2A 3S9HA 4F2SA 3NGYA 3OY9A 1J9AA 4J2AA 1X9WA 4F3OA 4O0JA 1TKDA 3ZT3A 3DLEA 4ELTA 3V4IA 4DLEA 4NCBA 4KTWA 4HUFA 1Q8IA 1REVA 4DU4A 4FJ7A 1KFDA 1ZBIA 2DFHA 1TL3A 4I9LA 1IKWA 2BGGA 1J53A 3LDSA 4OPJA 3JSMA 1NJWA 3L3UA 1BIZA 1EETA 4CHPA 3V9XA 5SZTA 1BIUA 5J2PA 1ZBLA 1IKXA 1QTMA 4OLBA 2B6AA 4DS5A 4DFMA 3PX0A 3RR7A 3OS1A 4HCCA 3K59A 4FK4A 3V6DA 4FLXA 1CXQA 4W5OA 3HVRA 4KI4A 1TGOA 3PUFA 1NKEA 1C1CA 4LH4A 4M3RA 1JLQA 5CY4A 3AO5A 3H08A 3VQ4A 1UOCA 4PQUA 1CLQA 4Z4CA 2Z1JA 3LZIA 4FM0A 1R0AA 4JS5A 3ZSWA 2LSNA 3DM2A 2YNHA 3VQ8A 1NJYA 3C6UA 2OZSA 2Z1IA 1BI4A 1U04A 1YT3A 1NK0A 2KZMA 1RT5A 3NF9A 3ITHA 1NJZA 3QEVA 3WNFA 4FCYA 1GOCA 3MEEA 2ZE2A 2DFFA 4KTZA 5CZ1A 4R5PA 5I3UA 2OYQA 3OYJA 3A2FA 4FJNA 1RBVA 3AA3A 2HHVA 1TKZA 5FDLA 3L3VA 4FJKA 1IKYA 3K2PA 3ZT2A 1O1WA 4CE9A 4CJFA 3AO2A 4CJVA 2DTUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4W5RA 2D0OA 3HZ6A 1YJWN 3A5NC 3M3ZA 5M1PA 1HPMA 3VESA 4C1NK 5JMVA 3SJJA 4YY3K 3L0QA 4FWQA 4IEEA 3CFOA 3NDKA 3KKSA 1TUYA 2QWMA 2IAJA 4YOXA 4DV7K 1U48A 3ZSZA 3ZT1A 3PY8A 3NGZA 4MLEA 2G8UA 4A61A 4PL8A 4DR2K 1WAJA 2UUBK 5AQRA 4AH9A 3NGIA 2YKNA 2ITGA 3RVCA 1KAXA 4B3OA 5H1SQ 4FZYA 4DS4A 1QSLA 1NGJA 4NB4A 3U9DA 2ASPA 4CIGA 2V51B 1LV5A 4M3TA 1VSHA 4GVMA 2QW9A 3CG7A 3LALA 1KRPA 2G8WA 1N36K 1TV6A 4B1WB 5E84A 4BWJA 2Q36A 2XHBA 3T19A 1NU0A 3MX5A 3K5OA 3VENA 1T6CA 1IG8A 5AQQA 3SAHA 3QBXA 3BZCA 3V1OA 3LP3A 4KB1A 3NHGA 2NRZA 5AQMA 2E2OA 4I2PA 4CVNE 1LOTB 4MO5A 1YTAA 2QXFA 4CGDA 1SAZA 3KWGA 3CCJN 3ENHA 3PX4A 4CJ4A 2XY6A 5KQ8A 1SS6A 3PSIA 1YI2N 4M3UA 3TSUA 4CEOA 1BISA 2GUPA 1E4FT 1WSGA 4YOTA 2O8DA 1SKSA 1K8AO 2HF4A 1X1PA 4KKOA 3T1YK 2BTFA 1ESVA 2KW4A 4O44A 1ZC6A 3THVA 3MEDA 2D0AA 2ITMA 1N6QA 5M1FA 2FF6A 3I0RA 2FBTA 2OPRA 3E9LA 3S3MA 2YNIA 1QSSA 4FJ9A 3OYBA 4A57A 3VF2A 3KK3A 1CZAN 4DU3A 3WXIA 1D8YA 1NK7A 1NGAA 3CCUN 3EKSA 3LM2A 4JRPA 2O8EB 1NK5A 2E2QA 2VWJA 3BDPA 1N34K 1LWCA 4O8KA 2FF3B 3OBYA 3JYTA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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