3G0ZA

Structure of s. pombe pop2p - zn2+ and mn2+ bound form
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
252
structure length
252
Chain Sequence
SPIRDVWSTNLQQEMNLIMSLIERYPVVSMDTEFPGVVARPLGVFKSSDDYHYQTLRANVDSLKIIQIGLALSDEEGNAPVEACTWQFNFTFNLQDDMYAPESIELLTKSGIDFKKHQEVGIEPADFAELLIGSGLVLQEEVTWITFHSGYDFAYLLKAMTQIPLPAEYEEFYKILCIYFPKNYDIKYIMKSVLNNSKGLQDIADDLQIHRIGPQHQAGSDALLTARIFFEIRSRYFDGSIDSRMLNQLYGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The activity and selectivity of fission yeast Pop2p are affected by a high affinity for Zn2+ and Mn2+ in the active site
pubmed doi rcsb
molecule keywords CCR4-Not complex subunit Caf1
molecule tags Hydrolase, gene regulation
source organism Schizosaccharomyces pombe
total genus 85
structure length 252
sequence length 252
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2009-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3g0zA00
1TKDA 3V9SA 3NF7A 3ZSYA 4FM1A 5KGXA 2D0BA 3A2FA 1MU2A 3L2UA 5JS1A 3NGYA 4CFBA 5HRPA 3DRPA 3SUQA 2YHBA 3C95A 1FK9A 3VQ5A 4O0IA 3OS2A 4E7KA 4HCBA 1Z26A 4AHSA 3PO5A 5FRMA 3NCIA 3MECA 2G8HA 4O4GA 4FXDA 1QS4A 5J2NA 4CJLA 4KRFA 4PY5A 3QEPA 1B9FA 3MEEA 1RDBA 1VSMA 3THVA 4ELUA 1GOCA 3NF9A 4M41A 4YNQA 3LZJA 4FLXA 2G8FA 1SKSA 3KD1E 3OYBA 4FJLA 3P1GA 4CGGA 1JL1A 3OYEA 2QKKA 4QCLA 1S1TA 3V1RA 1BHLA 4I2PA 1TL3A 2Z1JA 2F8TA 4DTJA 2VG6A 1IKVA 2A1RA 3LAMA 2AJQA 2BDPA 1VSDA 4E7HA 1L3TA 5SZTA 1BCOA 3AVGA 4E3SA 1KFSA 1L3VA 4ID1A 4B8AB 3ZSOA 4W5QA 4R5PA 3F9KA 2G8UA 4FLTA 4CFAA 4FCYA 1JLQA 4HVJA 3S3NA 4FVMA 4CJWA 4F3TA 2YNGA 5KGWA 3NF8A 4BE0A 4DS5A 3UIQA 4DSFA 4I7FA 3NDKA 4Z4GA 3KIOA 2Y1JA 4CHYA 4EZ6A 1NK9A 3AV9A 1RTJA 3OYHA 1ZBLA 4CCHA 1T03A 1KLNA 4QOZB 5HROA 4OJRA 1GOAA 3DLGA 3HXMA 4NYNA 2Z1IA 4BDPA 2WONA 3L3VA 4O44A 5J1EA 4M3TA 2YKMA 4FJXA 4DMNA 4BE2A 3NF6A 2QKBA 4DTOA 4M3WA 3RMBA 1JXEA 3ZT3A 3ZSWA 3OYDA 2X74A 3LAKA 4CF2A 3L2VA 4GMJB 4N56A 3DLKA 4FK4A 4KFBA 5E41A 3OYGA 4MFBA 3SZ2A 2OYQA 4EZ9A 1HQEA 3RRHA 1QSLA 3TABA 1LW2A 1S1XA 1Y97A 1VRTA 3ASMA 3KLGA 3SCXA 4FJHA 3OS0A 4Q0BA 1S1VA 2NUBA 3HJFA 3D0PA 4F3OA 3P5JA 5HBMA 3K5LA 3RWUA 4IG0A 4FJJA 1EKEA 4I2QA 2XY7A 1KCFA 3QIOA 3AA2A 4O0JA 5C25A 2OPRA 2FC0A 2VWKA 1NOZA 3VQ7A 2FBTA 4CHQA 3ZT2A 4DLGA 2BGGA 3C6TA 4NCGA 1WSHA 3M8QA 1NK5A 1NJZA 3ZSRA 1LV5A 1IG9A 4DFJA 4NCBA 3AVHA 4CECA 4E19A 3O3FA 1YTUA 3HT3A 1QSYA 5CYQA 4C8KA 3OYFA 5EU7A 2ZD1A 3KK3A 1VSLA 3V1OA 4CGDA 3HM9A 1S6QA 2YKNA 1ZYQA 1TAUA 5J2PA 2P5GA 4CGJA 4DTUA 4CJRA 4FZZA 4CEFA 3DI6A 3IAYA 3PX6A 2G8VA 1VSFA 3DM2A 4CJVA 3OY9A 1REVA 1D8YA 3TAMA 3VA3A 5FDLA 4FJGA 4AHCA 3QLHA 2E6LA 1TAQA 4CGHA 2EX3A 1D9DA 1CZ9A 4FK2A 3V81A 4Z4CA 4CF1A 1TK5A 2PY5A 1U04A 1HRHA 2XY8A 3V9UA 1DLOA 3P83D 1JLFA 4KI4A 5CZ2A 4Z4FA 2B4JA 3IG1A 2G8IA 3FFIA 1SL2A 3CG7A 1TK0A 1UAXA 3MEGA 3TAFA 1KRPA 3RR8A 2G8KA 3E01A 2O4GA 4DTRA 2WOMA 1YT3A 2YNHA 1WSEA 1ASUA 4NYFA 3RTVA 3VQDA 2RN2A 2HNDA 2XRIA 3VQEA 3D45A 2HHVA 4EP4A 4CJKA 1UA0A 4KAZA 1RDDA 3DRRA 4DQIA 2B6AA 3OYMA 1L3UA 4BACA 1ZBHA 4E89A 1KLMA 1HYSA 1J54A 3SYZA 4FLZA 2FBYA 2OPPA 4E7IA 3PV8A 1YTAA 4CEOA 4CJ3A 3I8DA 4CGIA 1NKCA 1JLAA 2X78A 1J53A 1U45A 1LAWA 1RNHA 1KFDA 3QINA 1JLEA 1TK8A 3AO3A 2D5RA 3CM6A 2G8WA 4KHQA 3AO1A 3HP9A 1NK8A 4Z4IA 4Z4EA 3NHGA 1RTIA 4AHTA 4CF0A 3SQ2A 2GV9A 1WLJA 1QTMA 3AVNA 3EZ5A 4DTSA 2KFNA 4B08A 2HHQA 3AVLA 5HLFA 2OZSA 4FJMA 1F21A 1JXBA 2IDOA 4TSXA 5FRNA 1TKXA 4DTMA 3AVCA 1HNVA 3HPHA 3DLBA 4ELVA 1TKTA 1UOCA 2HHXA 3T19A 1X1PA 4DQSA 2GBZA 3NH0A 3CFRA 1C0UA 1RILA 4FJ9A 3VA0A 1VSEA 4DG1A 3C94A 4CHPA 3SNNA 2RF2A 3OYJA 5CZ1A 3VQPA 4W5TA 1NJYA 1L3SA 4RG8A 4CJSA 3K59A 4B9MA 4IG3A 4PA1A 1J5OA 4AILC 1U47A 4Q5VA 1S5JA 3I0SA 1VSJA 5KTQA 1NKEA 4H4OA 3ITHA 5CYMA 5KRTA 1XI1A 1C1AA 4HUEA 3AVMA 3OS1A 2ZE2A 4HTUA 3DOKA 4FJKA 1C0MA 3PX4A 1S1UA 3KK2A 5KI6A 1KVCA 2HW3A 1A5VA 4OKJA 2YNIA 4F2SA 1FXXA 1HNIA 1VSHA 3G0ZA 4OKKA 2YV0X 3QEVA 4B9SA 2HVIA 3CFPA 3T1AA 5T7BA 5I42A 4IBNA 4DF4A 4L8RB 4FLUA 4DS4A 1NOYA 3KTQA 5HRRA 4I9QA 2IOCA 2I5JA 3ZT1A 3HO1A 4CGFA 3V9XA 3PO4A 1BQNA 1BISA 3NH1A 1T8EA 3AVIA 1WSIA 4YFUA 2BANA 4CE9A 3DOLA 2KFZA 2DTUA 1HMVA 4HUFA 1JLBA 4K8XA 4FJ7A 5K14A 3TAEA 4IFVA 3LZIA 4NCAA 3QNNA 1B92A 1CXUA 3QESA 5HP1A 1RBRA 3LP3A 3C6UA 3ZSVA 4KTWA 3DLRA 4XIUA 1SUQA 3CM5A 3BDPA 1RBUA 4UQGA 3SV3A 1BIZA 1WAJA 1L5UA 1LW0A 4OGCA 1NJXA 4IKFA 4N47A 3M8RA 4FZXC 2R7YA 5CY4A 1ZBIA 3KKRA 3HPGA 2IAJA 3MAQA 3LP0A 2D0CA 4DTPA 5C42A 3SV4A 3DLHA 5D3GA 4HCCA 2HNYA 4OGEA 3K5MA 2RPIA 3TR8A 3NGZA 4F2RA 4DU4A 2GUIA 2F96A 3L2WA 4WE1A 3OYAA 4LSNA 1WSJA 3IRXA 4BWJA 1LWEA 4B8CA 2Y1IA 1Q9YA 4AHVA 3RRGA 1BIUA 3G10A 1BGXT 3K5NA 4FW1A 3O3GA 3SUPA 3LPTA 3SUOA 2FBXA 3HVTA 4RW8A 4DSEA 2IC3A 3DYAA 1IKXA 4DF8A 4DU3A 3VQ6A 2HMIA 3O4QA 1KSPA 2XHBA 4DSLA 4E1NA 1HYZA 4JLHA 2XO7A 4DSIA 1XC9A 3BGRA 1HYVA 3HVRA 4M3RA 4E7JA 1RBTA 3TARA 4KB0A 4C8MA 3ZT4A 1X9MA 1JLCA 3KD5E 4GW6A 1ITGA 3NFAA 1W9HA 1NK0A 4OLBA 1IKWA 3OYCA 4FJ5A 3WNGA 1IKYA 3O4NA 4CF8A 2OPQA 4FM2A 1C1CA 3S3MA 2HHWA 3K58A 3OYKA 4RW6A 1EX4A 1JL2A 4KI6A 3AA4A 2VG5A 5JS2A 4CEBA 3ULDA 5J2QA 2HB5A 3KLEA 1I3AA 1RT5A 3SPYA 2OA8A 4KHYA 4FLVA 3ZSXA 3RMDA 3LPUA 1JLGA 4ICLA 1GOBA 1T7PA 3I0RA 4Z4HA 4KHSA 2P51A 3ZT0A 3LP1A 1EXQA 4FLWA 3VQ4A 1X9WA 4FJIA 1BI4B 2YNFA 4CESA 4JS5A 3HP6A 1RT1A 4J2BA 3NAEA 4JS4A 1U49A 3VQ8A 3TAGA 4ZTJA 4B9LA 3CQ8A 4KB1A 4CK2A 4CJUA 5DMRA 3O3HA 4PQUA 2Z1HA 4G1QA 3ALYA 3K57A 1C1BA 1TGOA 4CK1A 4C8NA 4O5BA 3SJJA 3S9HA 4CF9A 3PY8A 5DK5A 3OYNA 3LWMA 3AO4A 3EY1A 3V4IA 2RKIA 3SQ4A 4C8OA 1RBSA 1S1WA 2OZMA 3MXJA 1FKOA 4DQQA 1DTQA 3AA5X 3NGIA 3KLIA 2ZQBA 1XHXA 2HHUA 4B3OA 2BE2A 4KV8A 4DU1A 3T3FA 4F4KA 3KLFA 4RW7A 4CJ4A 3TAQA 4KTZA 2ITGA 1IH7A 4LY7A 1BI4A 4CJFA 4N76A 4LH5A 4EP5A 3U6FA 1Q9XA 4C8LA 2JGUA 2EHGA 1W0HA 4CK3A 1RCHA 3VQ9A 3KK1A 3LALA 4DFMA 4CIEA 3AO2A 1WAFA 4AH9A 1Z25A 4CEEA 3U3GA 4K8ZA 4M3XA 2X6NA 1QQCA 1TVRA 2ATQA 3QO9A 1NK7A 3RR7A 3SUNA 1HJRA 2XY5A 1U48A 1CLQA 2PYLA 1JKHA 3WNFA 1N5YA 1HQUA 1G15A 1KTQA 3IS9A 1U4BA 4M3ZA 3SPZA 3ZCMA 2QK9A 2E4LA 4ZHRA 3VN5A 4KO0A 3B6OA 1TKZA 4RW4A 5FROA 2HVHA 2KZMA 4CHOA 4F8RA 3TAPA 1SV5A 3DRSA 1RT7A 4ZTFA 1EETA 2IGIA 3QNOA 3HYFA 3SQ1A 2HHSA 1WSGA 3JSMA 2PYJA 1XHZA 2KTQA 3CFOA 3B6PA 1A5WA 1VRUA 1RBVA 1C0TA 3NBPA 4N5SA 4DTNA 1NK4A 1VSKA 4FM0A 3ISNC 4MQ3A 4Z0UA 4CJTA 5SWMA 1BQMA 3AA3A 3V6DA 3MXMA 4N41A 1RDAA 4J2EA 4CJPA 1C6VA 3AVJA 4FW2A 3OYLA 4OPJA 1X9SA 3L2QA 2ETJA 4FJ8A 4KHWA 3ZSZA 2A1SA 1HPZA 3M8PA 4BWMA 4E1MA 2E6MA 3V9ZA 2KQ2A 4KREA 2VWJA 4PWDA 1XWLA 4CEQA 4E7LA 2D0AA 3PUFA 4RW9A 1TL1A 4CFDA 1WN7A 4B9TA 4ELTA 1UWBA 4W5RA 3PX0A 2HNZA 1ASWA 1WSFA 3TANA 1RT2A 1KVAA 4CIFA 3AVAA 3KKSA 3K5OA 1QE1A 1LWFA 4BE1A 3OVNA 3QEIA 1ASVA 1RDCA 4KHNA 1RT3A 4CEZA 4FK0A 3V9WA 2DFFA 4OVLA 1T05A 1N6QA 3VQCA 3QETA 1KVBA 4JRPA 1CZBA 4E0DA 3M8SA 4FYDA 4M3YA 2DFEA 3L8BA 1TV6A 3OYIA 4CHZA 4CIGA 1RT4A 3CYMA 3TWHA 3TI0A 3QEXA 4KTQA 4CFCA 3SQ0A 1LWCA 4DFPA 4M42A 4H8KA 2OPSA 4KHUA 1IO2A 1K6YA 3LDSA 4IDKA 4CEAA 4ID5A 4KKOA 3HPOA 2XY6A 1NJWA 3WNEA 3ZSQA 4FLYA 3OJUA 3L2RA 4O55A 3QEWA 1SKWA 4HUGA 3JYTA 2F8SA 4J2AA 3HL8A 2FBVA 1SKRA 1ZBUA 3RMCA 4CHNA 5J2MA 5KRSA 1I39A 4FZYA 3SI6A 4BDZA 3LANA 1YVUA 4IFYA 4DFKA 4AHUA 2LSNA 2P1JA 4DLEA 4GVMA 3KLHA 3EYZA 3QIPA 4Y1CA 1VK0A 1RTHA 3AVBA 1BL3A 4M3UA 3OJSA 1QHTA 4LD0A 4JRQA 4OLAA 1S9EA 3VQBA 4BDYA 3S3OA 3QERA 1RT6A 3AVKA 3KJVA 4DSJA 3U3YA 3VQAA 2HHTA 3LP2A 3L3UA 4FJNA 4W5OA 1CXQA 2VG7A 4CJEA 1S9GA 5HRNA 4DSKA 1FKPA 4HHTA 4B9VA 3F73A 3NH2A 4KPYA 4AHRA 2W42A 1O1WA 4M45A 1LAVA 3RMAA 2IS3A 3MEDA 1WNSA 3K2PA 4LSLA 3HSTB 4DTXA 2B5JA 1NK6A 3DLEA 4PUOA 2DY4A 3LWLA 2KW4A 1BCMA 4J2DA 1ZBFA 3AO5A 3WNHA 3HK2A 1SL0A 1VSIA 2QXFA 2X6SA 4Y1DA 4LH4A 4OKEA 5C24A 4CERA 3AVFA 1R0AA 1SL1A 2KZZA 2O4IA 3VQQA 4DQRA 1RTDA 1UA1A 4H4MA 4DWIA 3NE6A 2JLEA 3V1QA 1Q8IA 2Z1GA 4W5NA 1EP4A 4DQPA 3MXIA 4QAGA 2DFHA 1A5XA 4B9NA 1S6PA 2P5OA 3DMJA 2Q3SA 3H08A 1DTTA 1B9DA 4CJQA 5HRSA 1NKBA 4B9UA 4I9LA 1J9AA 2YHAA 1QSSA 1D5AA 4CEDA 1D9FA 4OPKA 4CJ5A 5I3UA 2PZSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZEUB 5KGXA 4LF9K 4BR7A 5AQJA 2CGJA 4CFBA 3DRPA 4HCBA 3OS2A 1FJGK 3PO5A 2A6AA 2VCPA 3NCIA 4FXDA 1QS4A 4DV7K 5J2NA 3PIOL 3CCLN 4KRFA 3QEPA 5AQWA 1VSMA 3THVA 4ELUA 3NF9A 4M41A 2G8FA 3OYBA 4JNEA 1JL1A 4WQ4A 3VMFB 3V1RA 2VG6A 4BQZA 3LAMA 1L3TA 1BCOA 3AVGA 3WEEA 4W5QA 3VTIA 4FCYA 4HVJA 3S3NA 4FVMA 4DV0K 3D7EO 3C6AA 3NDKA 3KIOA 4EZ6A 4CHYA 3AV9A 1ZBLA 4B3RK 2HBMA 4CCHA 3BF1A 1CZAN 5HROA 2ITMA 5J1EA 2W6KA 3FZLA 2O8DA 3JXUA 3NF6A 3P38A 3H1QA 4MDBA 3KWIA 3ZT3A 3ZX0A 4JK7A 5AQLA 3LDPA 4KFBA 3SZ2A 1HQEA 1OH7A 1QSLA 4WQ5C 1LW2A 1VRTA 4BVPA 3ASMA 4FJHA 3OS0A 2NRRA 4F3OA 5HBMA 5AQZA 4BGBA 1EKEA 3K9JA 2XY7A 1KCFA 2EWSA 2GWKA 4O0JA 2OANA 2OPRA 2VWKA 1TYQA 4BC4A 5AQGA 3P4IA 2WUSA 3BZKA 4QS8A 4YOYA 4CECA 1J5EK 3OYFA 4CGDA 3F2KA 1S6QA 3J7YP 1Q7YO 4DTUA 3U4LA 4IZ9A 5LMNK 2PBDA 5AQNA 4NLCA 4DUYK 1REVA 3VA3A 2EX3A 3Q7CA 1D9DA 4IWVA 4FK2A 3V81A 3OHRA 1NBWA 2XY8A 4DR5K 4KI4A 1BDGA 5CZ2A 2B4JA 4ILHA 1KQSM 4J8FA 2G8KA 3G4SN 4CBUA 1ASUA 2PAVA 3VQDA 5AZIB 5AJ3K 4GV6A 2ASPA 4EP4A 4CJKA 1UA0A 1R59O 1RDDA 3DRRA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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