3G10A

Structure of s. pombe pop2p - mg2+ and mn2+ bound form
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
252
structure length
252
Chain Sequence
SPIRDVWSTNLQQEMNLIMSLIERYPVVSMDTEFPGVVARPLGVFKSSDDYHYQTLRANVDSLKIIQIGLALSDEEGNAPVEACTWQFNFTFNLQDDMYAPESIELLTKSGIDFKKHQEVGIEPADFAELLIGSGLVLQEEVTWITFHSGYDFAYLLKAMTQIPLPAEYEEFYKILCIYFPKNYDIKYIMKSVLNNSKGLQDIADDLQIHRIGPQHQAGSDALLTARIFFEIRSRYFDGSIDSRMLNQLYGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The activity and selectivity of fission yeast Pop2p are affected by a high affinity for Zn2+ and Mn2+ in the active site
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase, gene regulation
source organism Schizosaccharomyces pombe
molecule keywords CCR4-Not complex subunit Caf1
total genus 85
structure length 252
sequence length 252
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2009-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3g10A00
3L2QA 4NCAA 1VSKA 2ZQBA 3SQ4A 2X78A 3SV4A 3KIOA 3KK3A 2YKNA 2QXFA 3WNHA 2QKKA 4EZ9A 3QEXA 1XWLA 3PX0A 2GV9A 3RMBA 2YV0X 4LSNA 2HHSA 4C8MA 1BIUA 3L2UA 4DF4A 1S1UA 3OYFA 4Z0UA 2PYLA 5D3GA 1VSEA 3OYMA 4FLZA 3O4QA 4FM0A 5C25A 3KLFA 3NF7A 2Z1HA 1FXXA 1HRHA 4O0JA 4OKJA 3EYZA 4FJHA 5KI6A 4CFDA 1L3VA 3QNOA 4DQPA 4JRPA 3E01A 2KTQA 3DRSA 1JL1A 3AA2A 4OPKA 1VSHA 4HUEA 4M3ZA 3HPOA 2LSNA 3S3MA 3IRXA 1IKWA 3ASMA 3OYNA 3DMJA 1D5AA 3PX6A 4DSIA 5KRSA 4Q0BA 1VK0A 4OVLA 4LH5A 3SPYA 4AHUA 4M3RA 4KHQA 1ZBFA 4KO0A 3QINA 3DYAA 1NK4A 3D45A 1JLAA 3D0PA 5I42A 1EETA 2YNHA 3AVBA 4CIGA 1RT4A 2RN2A 1YVUA 3DOLA 3T19A 3OYLA 1X9MA 4ELUA 4J2BA 2PY5A 4Z4EA 3LDSA 2HHQA 1CLQA 4MFBA 1Z26A 3AO4A 3SQ1A 4RW7A 3C6UA 4Z4GA 3MEDA 4NCGA 4CF9A 3LAKA 4KHSA 4PY5A 1YTAA 2EX3A 1RBRA 3AA5X 4N56A 1ASUA 1QSYA 1SL1A 1LW0A 4DQSA 1NK6A 4E7JA 4CK3A 3M8SA 1WAFA 3CM5A 4KFBA 1N5YA 3DRPA 4DTXA 3TANA 3PO4A 2D0BA 4CJSA 2Z1IA 4JS5A 1EKEA 3K59A 1NJXA 2XY7A 3KLGA 3V1RA 1W9HA 1HNVA 4YFUA 3MXMA 3OYCA 2BGGA 4KTWA 4C8LA 4K8XA 3HP6A 4RW8A 3OJUA 4CE9A 1RNHA 3DLGA 3NAEA 3PY8A 1I3AA 4G1QA 3SUQA 3VA0A 1DTQA 1BI4A 3VQDA 5HBMA 1JLQA 3V1QA 4E3SA 3V6DA 3SI6A 4AH9A 2KW4A 4DFPA 3QIOA 4DLEA 2VG5A 4BE1A 4GW6A 3NF6A 4DS5A 1JLGA 1NOZA 1VSFA 4PUOA 4CJWA 5SWMA 3VA3A 3U6FA 1U45A 1S1WA 2FC0A 4DQQA 1NJWA 3NCIA 2B4JA 1WSHA 5CY4A 4EP5A 2XY6A 4RW4A 1QTMA 1TGOA 4FM2A 1LWFA 3LANA 4FW2A 4CEBA 1DTTA 2OPSA 5J2QA 2YNFA 3HVTA 2IC3A 3TAQA 4DWIA 4DTJA 1FKPA 2F96A 3SUPA 1S6PA 4HVJA 5HRRA 3EZ5A 4KHWA 4CF2A 1BQMA 1TKXA 3NGIA 3SYZA 2KFZA 2RPIA 4ZHRA 4CHNA 1TVRA 3CG7A 3LPTA 4KV8A 3ZT2A 4DQRA 3VQ8A 4F4KA 3VQCA 1CXQA 1T8EA 2HHVA 4BDYA 3B6OA 3KLHA 2ATQA 4QAGA 3ZSWA 4J2AA 5DMRA 4E1MA 3LZJA 4FJMA 5CYMA 3NH0A 3O3HA 3ALYA 3CM6A 2Y1IA 1T7PA 3TABA 3DLKA 1ZBIA 4C8NA 5E41A 1DLOA 1KTQA 3K5NA 3AVAA 3RMDA 5J2MA 3KD5E 4J2DA 1VSLA 4DSKA 2HHUA 1C1CA 3I8DA 1T03A 2X6NA 4FLTA 1LWCA 1BIZA 4O44A 2WOMA 4CJQA 4CESA 1IO2A 1C6VA 1NK7A 3KTQA 4DQIA 2HVHA 2ZD1A 2D0AA 1LV5A 2HNYA 1JLCA 4H4MA 4W5TA 1GOBA 3WNFA 4E89A 1L5UA 1KRPA 3RRGA 3VQQA 3OYEA 4E7LA 4OPJA 4F8RA 2DTUA 3NH1A 2YNIA 3DM2A 3OVNA 4DS4A 4CEQA 3AVHA 4C8OA 3AO3A 2G8WA 3ZT0A 1WSIA 3AO2A 4B08A 3ZT3A 4Z4CA 1RT6A 3OYGA 2DFEA 1SKRA 4KPYA 1TL1A 4GVMA 4L8RB 4M42A 4O4GA 2KFNA 4NYNA 1KCFA 2P51A 2XY8A 4I9QA 1KFSA 1JL2A 4KAZA 3U3GA 4KI6A 1TAUA 3VQ5A 3LAMA 3QO9A 5KGXA 2YHAA 3RMAA 1TK5A 3OYAA 2JGUA 3V9SA 1CZBA 4OGEA 3CYMA 3OS2A 3AV9A 4B8AB 1ASWA 1NK0A 2HHXA 1TKTA 2IAJA 2OZSA 3LP0A 1D8YA 2HVIA 1NKCA 2HHTA 3LP1A 3MECA 2VWJA 3IS9A 1EX4A 1JKHA 4DMNA 3MAQA 1L3TA 3RR8A 4E1NA 1Q8IA 3VQBA 4Z4HA 2VG7A 3KJVA 3HO1A 4TSXA 3VQ7A 1JLBA 3ZCMA 4CEZA 3I0SA 1REVA 2G8IA 2D5RA 3IAYA 3K5LA 1RT1A 1RT7A 4O5BA 3JYTA 4M3UA 1XHZA 1JXEA 1SKWA 1JXBA 3SQ0A 4CJVA 2OPRA 4H4OA 2G8KA 3TAFA 1QS4A 3H08A 3SNNA 1HPZA 1QHTA 4CGFA 3NH2A 3V9WA 3K57A 3AVCA 1S1TA 4BE2A 1NJZA 1VSIA 4CHYA 2G8FA 1HQUA 3RWUA 4B3OA 4UQGA 5HRNA 3NDKA 3F73A 3NE6A 3ZSYA 3RTVA 1RTJA 1IKXA 2WONA 3KK2A 3O4NA 2NUBA 3VQEA 4CJ4A 2XO7A 1EXQA 3TAEA 4CGDA 3CFPA 1U4BA 1CZ9A 2A1RA 2YNGA 3U3YA 4M3YA 1RT5A 3BDPA 4OJRA 4AHCA 3MXIA 3C94A 3K5OA 3F9KA 3OYHA 4M3XA 4OLBA 1WSFA 4PA1A 3K58A 4W5OA 4DFMA 2G8HA 1HYSA 1IKVA 3OS1A 4H8KA 3AVIA 3OY9A 4BWJA 3AVGA 3CFOA 2Q3SA 4CHQA 4DU3A 1ASVA 2R7YA 1MU2A 4QCLA 2OA8A 2FBTA 3LWLA 1RBUA 4F2RA 5FRNA 4FJKA 1KLMA 4BDPA 4IBNA 4CK2A 3KLEA 2XHBA 3ZSQA 4FLWA 1J53A 3VQ6A 3QETA 1U48A 1WSJA 3ZSRA 1NK9A 3L3VA 3QEVA 5SZTA 3IG1A 2O4GA 4FLXA 4KB1A 4FXDA 3PX4A 3SPZA 2VWKA 3LALA 1HYVA 3ZT4A 1A5XA 4CF8A 4CGHA 4FZYA 3CFRA 4BE0A 4FCYA 5KRTA 4DFJA 3KD1E 2O4IA 3S9HA 4KHYA 1RDAA 4ZTFA 4FJ9A 1BI4B 4I9LA 4OGCA 2E4LA 3WNEA 3TWHA 1S5JA 4E7IA 2AJQA 2KZMA 4CHZA 4FLUA 1SL0A 3K5MA 2GUIA 4B9SA 4DSLA 1X1PA 1LW2A 2IS3A 3VN5A 4DLGA 3V4IA 4CEOA 4DF8A 2QK9A 3NFAA 3DLHA 3ZSOA 1VRUA 5FROA 3NF8A 1HMVA 3S3OA 4KTQA 4HUGA 4B9UA 1WSEA 1O1WA 4ID5A 3DLBA 1RTIA 2PZSA 1WSGA 4Y1CA 4CIFA 3HJFA 3AA4A 1C1AA 4DTSA 4CGGA 4HCBA 4FJLA 1A5WA 4KHUA 3V1OA 3T1AA 2P1JA 3A2FA 4FK4A 4M3WA 2OYQA 1B92A 3C6TA 1Q9XA 2FBXA 1XHXA 2YHBA 3ITHA 4AHRA 4CF1A 3L2VA 4IDKA 4CECA 4HUFA 3K2PA 4BDZA 2P5OA 4E19A 3RMCA 1ZBLA 2HB5A 4B9LA 3V9ZA 3AVMA 1I39A 2ZE2A 4JS4A 2VG6A 2E6MA 4FJGA 5JS1A 1HNIA 3ZSZA 4DTRA 2BE2A 3SUNA 2BDPA 1C0TA 1KVCA 4CFBA 4Y1DA 4DG1A 4ZTJA 4OKKA 4C8KA 4FZZA 1SUQA 3QEPA 1SKSA 4JLHA 3ZT1A 3QERA 5C24A 1U49A 3G0ZA 5HLFA 1S1VA 3L3UA 4FJ5A 1UAXA 1J54A 4DTPA 4CF0A 1QQCA 3AVFA 5J2NA 1ZBUA 4KTZA 1YT3A 3NGZA 1NKEA 3I0RA 1LAVA 4ELVA 4HCCA 1ITGA 3BGRA 2FBVA 3HM9A 1JLFA 1K6YA 4R5PA 3DLEA 3ISNC 3B6PA 5HRPA 5CZ2A 3O3GA 3OS0A 4LH4A 3ZSVA 4CERA 1RCHA 2W42A 2YKMA 1HJRA 1VSJA 1ZBHA 3RR7A 4CK1A 4CGIA 3HVRA 3OYIA 3JSMA 4RG8A 1F21A 4PQUA 3TAGA 3MEGA 1RDCA 2ETJA 1VSMA 1NJYA 2HNZA 3HK2A 5EU7A 2BANA 1VRTA 4O55A 4CEEA 1VSDA 4M3TA 3HXMA 1U47A 3OYJA 2EHGA 4F2SA 4FJ7A 4W5QA 1NK8A 1IH7A 4KRFA 4IG0A 5C42A 3SCXA 3KKSA 3TAPA 1IG9A 1EP4A 1KVBA 2Z1GA 3HT3A 4DTMA 3AVKA 4RW6A 2QKBA 3TR8A 3S3NA 4ID1A 1KSPA 2IOCA 4N41A 3PO5A 4DTUA 3LP2A 1RTHA 3V9XA 4CFAA 2P5GA 4EP4A 4I2PA 1RDDA 4QOZB 2DFFA 1RBTA 1GOCA 2PYJA 4N76A 3TARA 3DLRA 3EY1A 1FKOA 2XRIA 1J9AA 5CZ1A 2KZZA 4CJKA 5I3UA 3QLHA 3THVA 4E0DA 4I2QA 3T3FA 4ICLA 1RILA 3L8BA 1QSSA 1RTDA 4DSEA 3NF9A 3L2WA 4OKEA 1C1BA 4W5RA 3M8QA 4BACA 4CEFA 3M8RA 1S1XA 4DU4A 2X6SA 4Z4IA 2G8VA 2OPQA 1WLJA 3DRRA 3P83D 1CXUA 3LP3A 5JS2A 4CEAA 1IKYA 4CEDA 1WNSA 3CQ8A 3HP9A 4WE1A 3OYKA 4DTNA 5J2PA 5J1EA 4IKFA 4PWDA 3FFIA 4CCHA 4CGJA 4N47A 1XI1A 3HSTB 4FLYA 3HPHA 2F8TA 1BQNA 4CJ3A 4JRQA 1JLEA 4CJFA 1WN7A 1LAWA 1B9DA 4CJPA 4J2EA 4F3TA 1SV5A 2B6AA 4FJJA 3O3FA 4LY7A 3VQAA 1QSLA 4B9MA 4O0IA 3AO5A 1LWEA 2ITGA 3SUOA 1RT2A 4DSFA 4B9VA 3HYFA 1BGXT 3OJSA 1UA1A 1KFDA 1NOYA 3NGYA 4IG3A 1Q9YA 1X9SA 1W0HA 1RBSA 4CHPA 2XY5A 3G10A 3UIQA 2OPPA 2HHWA 3LZIA 4B9TA 4N5SA 4B9NA 4CJTA 2F8SA 2B5JA 3AO1A 2HW3A 4FK2A 1FK9A 1TAQA 4DU1A 4LSLA 4IFVA 3AVLA 3LWMA 5HROA 4W5NA 4M45A 4HTUA 4FJIA 3P5JA 3AVNA 3NBPA 3SV3A 2KQ2A 4HHTA 3DOKA 1G15A 4MQ3A 5T7BA 4YNQA 1TKDA 1TV6A 4Q5VA 4FM1A 2D0CA 2FBYA 1KLNA 4F3OA 1TKZA 4FJNA 4FK0A 4CJRA 4CFCA 3VQ4A 3PV8A 1HYZA 4I7FA 5K14A 4CHOA 4K8ZA 1C0UA 3HL8A 4NCBA 1RT3A 2GBZA 4AHVA 3KLIA 3DI6A 5DK5A 1TL3A 3ZSXA 4CIEA 1SL2A 4KHNA 1BISA 4FW1A 5HRSA 3L2RA 2A1SA 3KK1A 3HPGA 1Z25A 4NYFA 2OZMA 3SQ2A 2DY4A 4OLAA 3VQPA 5FDLA 3QEIA 1UA0A 1RBVA 4FJ8A 1J5OA 2X74A 3AA3A 3C95A 4CJUA 5KTQA 3ULDA 2HNDA 1L3UA 3QIPA 1B9FA 4FJXA 1U04A 3OYBA 1S9GA 4KREA 3VQ9A 4RW9A 3SJJA 4FYDA 1YTUA 4CJLA 2E6LA 4FLVA 1R0AA 2G8UA 2Z1JA 3LPUA 1BCOA 1GOAA 3QNNA 1QE1A 2I5JA 2RF2A 3AVJA 4DSJA 2HMIA 4BWMA 3MEEA 4IFYA 4M41A 5HP1A 4EZ6A 1NKBA 1D9DA 1BHLA 1Y97A 4FZXC 3KKRA 1HQEA 4AILC 3RRHA 1L3SA 3V9UA 3M8PA 5FRMA 3NHGA 1RDBA 4DTOA 4KKOA 4KB0A 2JLEA 1S6QA 1UOCA 1D9FA 4CJEA 4CJ5A 3SZ2A 2IGIA 3QEWA 1BCMA 1UWBA 4DFKA 1ZYQA 4ELTA 1BL3A 3TAMA 4LD0A 2DFHA 3TI0A 4KI4A 4XIUA 1WAJA 1XC9A 1X9WA 4E7HA 5CYQA 3WNGA 3QESA 1S9EA 3P1GA 4GMJB 5KGWA 1T05A 4AHTA 4AHSA 1TK0A 1NK5A 4B8CA 2Y1JA 1C0MA 2RKIA 4Z4FA 1TK8A 3PUFA 4E7KA 3V81A 3MXJA 2IDOA 3OYDA 4FVMA 1N6QA 1KVAA 1A5VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CPWM 4NCAA 2ZQBA 4CW7B 4H5TA 4B1ZA 2UUBK 2QXFA 4JKBA 3WNHA 4DR4K 3QEXA 4LSNA 2P9PA 4DF4A 1YUWA 1S1UA 3BEXA 3OYFA 1BDGA 4FWRA 2A5XA 5AQFA 2FSNA 3TSPA 3DWLA 3NF7A 3SAGA 3R8EA 3PSIA 3DXMB 4LFAK 1HRHA 2QXLA 5KI6A 4JAXA 1KAYA 4DQPA 2V52B 2ZF5O 3AA2A 3DRSA 4M3ZA 2P9IB 5GADP 3IRXA 3OYNA 2QWRA 2P9LB 4Q0BA 4LH5A 1T3VA 4AHUA 4BRNA 3QINA 3D45A 4I6MA 3T19A 3WT0A 3C65A 3C6UA 3M1FA 2CGJA 3LAKA 4KHSA 1RBRA 5AQSA 1SL1A 1LW0A 4DR2K 4E7JA 3CM5A 2QTDA 4LC9B 3MN7A 2UU9K 4JKAA 1EKEA 1NJXA 4JYAK 1HNVA 4YFUA 3OYCA 1NBWA 4C8LA 4CD1A 2D0OA 3HP6A 1V4SA 3QMLA 4FWMA 5JMVA 3CQXA 1KXPA 1IBKK 3N4PA 2UXDK 3DLGA 1NJIO 4G1QA 4AQYK 4FPAA 5ADXA 3VQDA 4E3SA 3SI6A 4IZ9A 4AH9A 2KW4A 5FLXO 2ZJPL 4GW6A 3NF6A 1JLGA 3WXKA 5BPMA 4DQQA 3AY9A 4EP5A 3IMXA 2HSTA 3O1BA 4CEBA 4JHDB 4B1XB 3TAQA 2IC3A 1FKPA 2F96A 2CGLA 1S6PA 2O8DA 5F2RA 5TKWA 1TKXA 5AQMA 2RPIA 3CG7A 4KV8A 2HHVA 4BDYA 4B3SK 2OTLN 4QAGA 4J2AA 5DMRA 4E1MA 4IEIA 5CYMA 3NH0A 3ALYA 4JNEA 4H0YB 3TABA 4CJ7A 1BOTO 3TU5A 1W97L 3AVAA 2Q31A 1IO2A 5AQXA 2E2NA 4NLCA 3K9KA 1L5UA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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