3G10A

Structure of s. pombe pop2p - mg2+ and mn2+ bound form
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
252
structure length
252
Chain Sequence
SPIRDVWSTNLQQEMNLIMSLIERYPVVSMDTEFPGVVARPLGVFKSSDDYHYQTLRANVDSLKIIQIGLALSDEEGNAPVEACTWQFNFTFNLQDDMYAPESIELLTKSGIDFKKHQEVGIEPADFAELLIGSGLVLQEEVTWITFHSGYDFAYLLKAMTQIPLPAEYEEFYKILCIYFPKNYDIKYIMKSVLNNSKGLQDIADDLQIHRIGPQHQAGSDALLTARIFFEIRSRYFDGSIDSRMLNQLYGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase, gene regulation
source organism Schizosaccharomyces pombe
publication title The activity and selectivity of fission yeast Pop2p are affected by a high affinity for Zn2+ and Mn2+ in the active site
pubmed doi rcsb
molecule keywords CCR4-Not complex subunit Caf1
total genus 85
structure length 252
sequence length 252
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2009-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3g10A00
4I9LA 2PY5A 1G15A 3AA5X 3ZT1A 1S9EA 1WSEA 2R7YA 1TGOA 1UOCA 3AVLA 3DYAA 3C95A 1KFDA 1TKZA 4CECA 3PV8A 1C1CA 1U47A 4OVLA 3LPUA 4BE2A 2PZSA 1KLNA 5J2NA 1WN7A 4H4MA 1ZBUA 4KTWA 4FYDA 3IS9A 4FZXC 3HO1A 4B9TA 1JKHA 4KTQA 1JLFA 1IKYA 1RDCA 1S1UA 3SQ2A 4OLAA 1NJWA 3ALYA 4EZ6A 3NDKA 1TKTA 3T1AA 4CHOA 4DS5A 5D3GA 2RPIA 1I3AA 4O55A 4LSNA 1RNHA 1X9WA 1UAXA 3DLEA 3HYFA 4HUEA 1WSIA 3VQCA 3NH1A 3SQ4A 4MFBA 4IFYA 3O3GA 4PY5A 3L2RA 3NF8A 3SCXA 1CZ9A 4B9VA 4IDKA 4OKJA 1S1XA 3RMDA 4DSKA 1MU2A 2I5JA 1VSEA 3AO3A 1VSIA 4JLHA 4ELVA 1X1PA 4FW2A 5HRSA 1R0AA 1X9MA 3P1GA 1EXQA 2FC0A 3DLRA 1BIZA 2D0AA 1T05A 5HRPA 3M8SA 4FM2A 3THVA 4GVMA 4FJLA 2E6MA 2VWKA 1HQEA 4OPKA 1BGXT 4B9MA 3I8DA 2DTUA 2Y1JA 3AVCA 3DLHA 2Z1JA 3RRGA 4FJMA 1WNSA 3ASMA 2PYJA 3MECA 4AILC 5KRTA 1Q8IA 2Q3SA 1BI4B 1BQNA 4JRQA 4E3SA 1ZBLA 2YKMA 3V81A 4KREA 5DK5A 4HUFA 1D9DA 4DQQA 4KPYA 2O4GA 3G10A 2JLEA 4FLXA 4CEAA 3TI0A 3JSMA 3KLFA 1T03A 3SUOA 1K6YA 3QEVA 1TAUA 3VQ9A 1EP4A 1QTMA 3VQDA 1WSJA 1QSYA 3OYKA 3KKRA 3D0PA 1CLQA 3MXJA 3KLGA 3AVBA 4DU3A 1ITGA 4KHWA 4KI4A 1KFSA 5CZ2A 3ZSRA 3VA3A 5CZ1A 4N41A 2ATQA 3O4NA 4E19A 1QSLA 4E1NA 4KAZA 3PO4A 4KFBA 4DTOA 3SV3A 3L2WA 4W5NA 1C1BA 3TABA 3LP1A 1WAJA 4PA1A 4CF9A 2YNHA 2ETJA 1S1VA 4ID5A 4K8XA 1ASVA 3I0RA 3F73A 3DMJA 3AVAA 1S1TA 4FZZA 4DQPA 3P83D 2JGUA 4E89A 1HYVA 3L8BA 4FK0A 4M3YA 2OPSA 1DTQA 1TAQA 4HCCA 2GUIA 1WSFA 4F4KA 2KFNA 1TL1A 4CEQA 4C8KA 5CYMA 4DTJA 1BISA 3C6UA 1U04A 3LAMA 1HNIA 4O0IA 3OJUA 1BL3A 4CJLA 4N5SA 3NHGA 4TSXA 2A1RA 3K59A 4Z4FA 3ZT0A 4EP4A 4YNQA 3HPGA 1VSLA 3AVFA 1XHXA 4BWMA 3V1OA 1BCOA 4CERA 3AVKA 1BHLA 2P5GA 4FJKA 2G8WA 2Z1IA 4FLZA 1KVBA 4CFAA 1TVRA 1KLMA 3ISNC 4RW4A 2G8HA 5KRSA 4W5QA 3QINA 2OPRA 1NOZA 4BE1A 1HYZA 4RW8A 1SL1A 1U48A 4FVMA 4W5OA 3LZJA 4JRPA 5KGXA 1KSPA 3NF7A 3HSTB 3VQ8A 5C42A 3TWHA 3HPOA 2HHSA 4DTUA 1RT5A 5JS1A 1B92A 4N76A 2BDPA 1KVAA 1NJZA 3QO9A 4DTMA 5I42A 3QERA 1L5UA 4F3TA 3AVIA 5EU7A 3ZSOA 4CJEA 4FJXA 4CJFA 2HHVA 3RMAA 3EYZA 4FJNA 3HL8A 1S5JA 4KV8A 1Q9YA 1HRHA 4J2AA 3KLIA 1SL2A 3MAQA 3L2UA 1JXBA 5HRNA 4KO0A 3DLBA 1RT4A 3ZT2A 2FBYA 1RBSA 1SKSA 4FZYA 1IG9A 4CEDA 1VSKA 4RW9A 3VN5A 1CZBA 1NK8A 2PYLA 1SUQA 3KTQA 4CJ3A 2F8TA 1KVCA 1EKEA 4IG0A 2KW4A 4E7HA 1ASWA 1Q9XA 5J2MA 1RILA 3ZSXA 4Y1CA 1NJXA 2X6SA 1RDDA 1JLEA 2YNFA 3DM2A 3OYJA 3KLHA 3KK3A 4C8LA 3K57A 1GOBA 4KKOA 4FJIA 4I7FA 4OKEA 4GW6A 3TAQA 3PX6A 2FBTA 3V4IA 3SPZA 2RN2A 1IO2A 3LP2A 2OA8A 1Z26A 3I0SA 3ZSYA 2HNZA 2OZMA 4CGJA 4CJRA 3AA3A 3HVTA 3MEGA 4CJVA 4I2QA 2QKKA 3SJJA 4FLVA 1VSJA 3ZCMA 3V9SA 2YKNA 3T3FA 3OYBA 4B9LA 3AO4A 4O5BA 3DOLA 4CEEA 1NK5A 2HNDA 4M41A 3TAFA 1NK6A 3AV9A 4OKKA 4B08A 3V6DA 2DFFA 5T7BA 4C8NA 4K8ZA 5JS2A 2OPPA 3RR8A 1EX4A 3NFAA 3WNHA 4CF2A 3CM6A 3KD5E 4CIGA 4JS4A 2DY4A 4LSLA 3CFPA 4FM0A 4M42A 3VQBA 4CFBA 3HP6A 4HUGA 3LALA 2FBXA 4KTZA 3OYEA 1L3TA 4M3UA 1NJYA 3K5MA 4DTPA 3RWUA 3VQ4A 3HVRA 3V9ZA 3OYHA 3MXMA 3PO5A 4KRFA 3AVMA 1S9GA 1WLJA 3L3UA 4CJSA 2D5RA 3LWLA 1T8EA 4FK4A 2E4LA 4B9UA 2GBZA 4DTNA 5I3UA 3SQ1A 1BQMA 3O4QA 3EY1A 3U3YA 1J53A 1JXEA 4M3WA 4FLWA 1FXXA 4DTSA 3TAPA 2G8IA 4KI6A 3KKSA 3UIQA 3TAEA 1NKCA 3V1RA 1RCHA 1UA0A 5J2PA 4KB1A 4NCAA 3M8QA 2YV0X 3KK2A 4B8CA 4PWDA 1BI4A 2EX3A 3OS0A 1A5XA 1D5AA 4CJKA 3NE6A 4Z4IA 4CJTA 2HHWA 1I39A 1W0HA 4KHQA 1A5WA 3VQEA 3K58A 3DRSA 3IRXA 3ITHA 2ITGA 3ZT3A 3OJSA 1EETA 5KTQA 3RTVA 3HM9A 4EZ9A 3NH0A 1NOYA 4ELUA 3HT3A 2YNGA 1N6QA 3KD1E 1C1AA 3DLKA 2ZQBA 4CGFA 1XHZA 4F3OA 4CJQA 3OYCA 1TKXA 3QNNA 2OZSA 4PUOA 3S3MA 3QIPA 1UWBA 1U45A 3VQ6A 4IFVA 4CFDA 2Z1HA 4HTUA 3H08A 4CGIA 4DTRA 4DSEA 3HJFA 4RG8A 4F8RA 2O4IA 2YHAA 5FRMA 3NF6A 3SUQA 2A1SA 4LH5A 1JLCA 3RR7A 3DRPA 3OYDA 4QOZB 1SKWA 4E7JA 3PY8A 4FLUA 3P5JA 4M45A 1F21A 2B5JA 4CJWA 2IAJA 3QEXA 1ASUA 1RT6A 1J9AA 1RTIA 4F2SA 4J2DA 1RBVA 4BWJA 1KCFA 3L3VA 4CEFA 2OPQA 1C0MA 1VSFA 2X74A 2WOMA 4B9NA 3HP9A 2BE2A 3OYIA 1TV6A 3QESA 1SKRA 2KZMA 1RTHA 3B6OA 3LPTA 1HJRA 5CYQA 5FDLA 4Y1DA 4CHQA 3IAYA 1HYSA 4UQGA 2G8VA 3A2FA 4FLYA 3V9XA 2YNIA 3JYTA 1Y97A 3PUFA 2XHBA 2W42A 3HPHA 4M3TA 1LWEA 4B9SA 1RBRA 3CQ8A 3O3HA 4LY7A 1NKEA 3TARA 4AHUA 1YTUA 2P51A 4KHSA 1NK9A 1XWLA 4QAGA 4WE1A 4FJ5A 4NCBA 1LWCA 4DSIA 1RT2A 4NYNA 1S6PA 4B3OA 1YVUA 1B9FA 1BCMA 1A5VA 4O44A 4DQSA 4DSLA 4I2PA 3C94A 1YTAA 1TL3A 3HXMA 1TK0A 4CJUA 5C25A 1RBTA 1CXQA 2BANA 1O1WA 1B9DA 1LAVA 2Y1IA 3K5OA 1TKDA 2LSNA 4FJ9A 1C6VA 3LANA 1L3VA 1IKXA 3SV4A 2OYQA 2HHTA 3SZ2A 4CK3A 4JS5A 5KGWA 3ZSQA 3U6FA 2G8KA 3K5LA 1JL2A 3OS2A 4HHTA 3RMBA 3DOKA 1HQUA 3SYZA 3C6TA 1DTTA 4AHRA 3NGZA 4EP5A 1ZBHA 3F9KA 2D0BA 3K5NA 1JLBA 4E7IA 4OLBA 4ZTJA 2Z1GA 2ZD1A 4OGEA 2XO7A 2GV9A 1VSDA 4O0JA 4CK1A 4W5TA 2IS3A 3OYMA 3M8RA 1WSHA 3PX4A 3V9WA 4CESA 5J1EA 3QEPA 2HVHA 4G1QA 1FKOA 3T19A 1KRPA 2IDOA 3VQAA 3CM5A 3DRRA 4CJPA 4N56A 2VWJA 5HROA 1S1WA 4R5PA 1VRTA 4ICLA 4M3ZA 4J2BA 3VA0A 2XRIA 5HLFA 4GMJB 3VQPA 3KK1A 3VQ7A 3CG7A 4CF1A 4CHPA 1SL0A 2HHXA 2F96A 4W5RA 4NCGA 4DWIA 4DSFA 2KFZA 4DF4A 4ELTA 3DI6A 3QLHA 2IGIA 4OJRA 2AJQA 4PQUA 1LV5A 4IG3A 5SZTA 4DU1A 2IOCA 2DFEA 4KHNA 4Z4EA 1U4BA 4M3RA 2HB5A 4DFJA 4AHSA 4FJGA 3KIOA 1S6QA 4HCBA 3CFRA 1VSMA 2VG7A 4DLGA 4NYFA 4IKFA 3SNNA 4RW7A 3AO2A 3LP3A 1J5OA 3NAEA 3AA4A 4CFCA 1U49A 1LW2A 3IG1A 4AHVA 2HNYA 3MEEA 4CHZA 1RTDA 4RW6A 3TR8A 1T7PA 4CGGA 1RT1A 4H8KA 4DMNA 3WNGA 4Q5VA 3CFOA 1VK0A 4J2EA 2G8UA 2D0CA 1RT7A 4CK2A 2XY6A 1QHTA 3TAMA 1NK4A 5FROA 2P1JA 4HVJA 4E7KA 3S3OA 3NF9A 2XY7A 1D9FA 3MEDA 4DG1A 4QCLA 4C8OA 4FJ8A 3SUPA 3QIOA 3KJVA 4BDZA 4DFPA 4ZHRA 1RDAA 4DU4A 2DFHA 4LH4A 3OS1A 2QKBA 2NUBA 4O4GA 3AA2A 4L8RB 2KTQA 1FK9A 5CY4A 2G8FA 4I9QA 4CGDA 4XIUA 1HNVA 4CEOA 4KHYA 4CF0A 4FW1A 3QETA 2QXFA 1RTJA 2B6AA 3NGIA 3RMCA 5DMRA 2B4JA 3WNFA 3FFIA 3V1QA 1WSGA 4E1MA 3VQQA 3QEWA 3QEIA 2KQ2A 4DSJA 3CYMA 1SV5A 1XC9A 1UA1A 3DLGA 4DTXA 3L2QA 4B8AB 4CJ4A 4YFUA 4ID1A 3BGRA 3PX0A 3SUNA 4OGCA 5HRRA 1L3UA 3OYNA 1C0TA 5FRNA 1HMVA 2XY8A 3LAKA 3KLEA 4DFKA 4ZTFA 2KZZA 3LDSA 2WONA 4BDPA 2RF2A 1GOAA 3U3GA 1VRUA 3AO5A 2EHGA 5E41A 3SI6A 1N5YA 2HHQA 3EZ5A 3E01A 1REVA 3G0ZA 3VQ5A 5SWMA 4DS4A 1KTQA 1ZBIA 3NBPA 3OYGA 4FM1A 3SPYA 3AVGA 2RKIA 5KI6A 4CIEA 2HVIA 1RBUA 4Z4GA 1GOCA 3AVHA 4DLEA 3NGYA 4AHTA 4CE9A 4DF8A 1L3SA 3MXIA 4KB0A 1IKVA 4MQ3A 4M3XA 4CCHA 4CIFA 2E6LA 1NK7A 2X6NA 3M8PA 4F2RA 1JLGA 1XI1A 4FLTA 4LD0A 4E0DA 1QS4A 1JLAA 3BDPA 3ULDA 2XY5A 2QK9A 3V9UA 4IBNA 4Z4HA 4FJ7A 4Q0BA 1FKPA 1Z25A 2FBVA 1JL1A 3NH2A 3OYAA 3TANA 3LP0A 1LAWA 1ZYQA 3D45A 4DQRA 1J54A 5C24A 4CHYA 2VG6A 3OYFA 3RRHA 4FXDA 3QNOA 4DFMA 3S9HA 4FJJA 3SQ0A 2HW3A 1LW0A 1RDBA 3OY9A 4CEZA 3LZIA 5HBMA 1IKWA 3LWMA 4FK2A 3HK2A 1TK8A 1ZBFA 4Z0UA 2IC3A 5HP1A 4FCYA 1BIUA 1WAFA 3ZSVA 4CF8A 5J2QA 2YHBA 4CEBA 4DQIA 3O3FA 4FJHA 1LWFA 3ZT4A 4CJ5A 1X9SA 4E7LA 2P5OA 2ZE2A 4H4OA 3OVNA 3ZSZA 1VSHA 4N47A 3L2VA 3ZSWA 1QE1A 3AVJA 3NCIA 3TAGA 3OYLA 4BE0A 3B6PA 1IH7A 2HMIA 2BGGA 1HPZA 4Z4CA 1D8YA 1W9HA 2X78A 4OPJA 2F8SA 1QQCA 4CGHA 1NKBA 4KHUA 1TK5A 4BDYA 1YT3A 2VG5A 1RT3A 4AH9A 2HHUA 1CXUA 4AHCA 3K2PA 1C0UA 1QSSA 3WNEA 4CHNA 1NK0A 3AO1A 4C8MA 3S3NA 5K14A 4BACA 3AVNA 1JLQA 1DLOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I9LA 2QA4N 3ZT1A 3GE1A 2P9LB 3SBGA 5EVZA 1UOCA 1TKZA 1U47A 2PZSA 1KLNA 1Y64A 4FZXC 3THWA 4B9TA 1IKYA 4OLAA 3VGMA 2OANA 1E4GT 2RPIA 1VAZA 3DAWA 3P39A 1RNHA 5HOOA 1X9WA 4HUEA 3NF8A 1CZ9A 4FPBA 1MU2A 3IDHA 2I5JA 1VSEA 2P9KB 4ELVA 3TU5A 4X65K 4FW2A 3P1GA 4CZIA 3MN9A 5ADXH 4FM2A 4FJLA 5GADP 4MO5A 2E6MA 1HQEA 1KAYA 4DV6K 1HNXK 4GY2B 3ASMA 1HLUA 1Q8IA 1BQNA 1IG8A 4JHDA 3SAFA 2O4GA 4L3QA 2RE2A 4CEAA 3WXKA 3Q7CA 3JSMA 4DV0K 4A5BA 1EP4A 1QTMA 3VQDA 3VGKA 3D0PA 4KHWA 3KZBA 5CZ1A 2ATQA 4KAZA 4EIAA 4W5NA 1C1BA 5EXWA 3LP1A 4PA1A 3ENOA 1QVFM 1ASVA 2CGJA 3O1BA 3F73A 3DMJA 4DV3K 4IO9L 2JGUA 4E89A 1HYVA 3M3ZA 1IBLK 4FK0A 3RVCA 4M3YA 1DTQA 4JKFA 2KFNA 4CEQA 5C2DA 3TSPA 4DTJA 3LAMA 4O0IA 3ZETA 4CJLA 4JYAK 4TSXA 5EX5A 4CBUA 5KPZA 4DR7K 4NLBA 3AVFA 1XHXA 4CERA 2P5GA 4FJKA 3QICA 5EOYA 2Q36A 4WFBL 4GV6A 4X64K 4FLZA 1VHXA 4CFAA 1TVRA 3ISNC 4QS8A 3D7EO 3QINA 3VF2A 2P9PA 1U48A 4FVMA 2WUSA 4W5OA 4JRPA 1KSPA 3NF7A 4O8UA 3HSTB 3VQ8A 5C42A 4JI0K 3CJAA 3QMLA 1B92A 1KVAA 1GLCG 2PFUA 1K73O 1L5UA 5I42A 4F3TA 3ZSOA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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