3G25A

1.9 angstrom crystal structure of glycerol kinase (glpk) from staphylococcus aureus in complex with glycerol.
Total Genus 184
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
184
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
AMEKYILSIDQGTTSSRAILFNQKGEIAGVAQREFKQYFPQSGWVEHDANEIWTSVLAVMTEVINENDVRADQIAGIGITNQRETTVVWDKHTGRPIYHAIVWQSRQTQSICSELKQQGYEQTFRDKTGLLLDPYFAGTKVKWILDNVEGAREKAENGDLLFGTIDTWLVWKLSGKAAHITDYSNASRTLMFNIHDLEWDDELLELLTVPKNMLPEVKASSEVYGKTIDYHFYGQEVPIAGVAGDQQAALFGQACFERGDVKNTYGTGGFMLMNTGDKAVKSESGLLTTIAYGIDGKVNYALEGSIFVSGSAIQWLRDGLRMINSAPQSESYATRVDSTEGVYVVPAFVGLGTPYWDSEARGAIFGLTRGTEKEHFIRATLESLCYQTRDVMEAMSKDSGIDVQSLRVDGGAVKNNFIMQFQADIVNTSVERPEIQETTALGAAFLAGLAVGFWESKDDIAKNWKLEEKFDPKMDEGEREKLYRGWKKAVEATQVFKTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title 1.9 Angstrom Crystal Structure of Glycerol Kinase (glpK) from Staphylococcus aureus in Complex with Glycerol.
rcsb
molecule keywords Glycerol kinase
molecule tags Transferase
source organism Staphylococcus aureus subsp. aureus col
total genus 184
structure length 499
sequence length 499
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2009-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3g25A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3g25A01
5EOYA 1JCEA 3VF6A 1K8KB 3VOVA 1WOQA 3BP8A 3CJBA 3IDHA 4ISEA 3CJ1A 3RSEB 2V7YA 3M6GA 2HOEA 4JHDA 4IXCA 3MN5A 1R59O 2P9KB 3KHYA 2ITMA 1LOTB 5AQRA 4E1JA 4FWPA 1RDWX 3J8AA 3GDQA 5FPNA 1X9JA 4H0XB 3HZ6A 1ATSA 4A2AA 1GLAG 2AA4A 3QFUA 4H5NA 1NBWA 1ATNA 2A41A 2EWSA 2Q2RA 1YUWA 4NO7A 4PL8A 2J4RA 5LJVA 3D2FA 4JHDB 4YDUA 2D0PA 2GTDA 5KQ8A 3BF3A 3AAPA 3U4LA 3IMXA 4BC3A 2E1YA 3CETA 5KPRA 3U9DA 4CZJA 1TYQB 2P9LA 3O8MA 4FWSA 4BRQA 2A6AA 3WXJA 3L4IA 3CQYA 4JNEA 3ZX3A 3HM8A 1NGJA 3H3OB 4BREA 4IZ9A 3VESA 2KHOA 1BA1A 1ESVA 3A5NC 3QBWA 5AR0A 3FR0A 3LDPA 1BG3A 5AQQA 3S41A 5AQKA 3O5BA 2P9LB 1MWKA 3FZKA 3W3DA 3ULEA 3IUCA 4PKHA 3A0IX 4MO5A 4BGBA 4BQZA 3F9MA 1NGFA 2Q36A 1U2VB 2QWNA 1HLUA 4FO0A 4DB3A 1S3XA 1GLEG 2NLXA 3C7NA 3QFPA 4FPAA 2VYPA 5AQGA 3MK6A 4BRHA 1KAZA 1T6CA 2QXLA 3FZHA 2D4WA 2Q1NA 4H0VB 3BEXA 5AQFA 5LY3A 4FWMA 1DEJA 3B8AX 3O1WA 1DGKN 3CQXA 2PBDA 3SMPA 2FSNA 2V7ZA 3VEXA 2E88A 2P9UA 3C7NB 4FOIA 5AZIA 1LCUA 2GWJA 4DHYA 5BRHA 1HX1A 3D2EA 3WEEB 1P8ZA 2IIRA 1J6ZA 4CZMA 4BRFA 1ZC6A 3ENOA 4I6MB 3JS6A 5AQZA 4EIAA 2YHWA 4ISGA 3SJHA 3R9PA 3FGUA 5FPDA 4BRMA 4H5TA 1NWKA 4HWIA 2P9UB 5AQHA 1QZ5A 2OANA 2P9NA 2Q0UA 3L0QA 1U6ZA 1Y64A 3ZEUB 3LM9A 4K41A 1H1VA 4CI6A 4H03B 4RTFD 2QWRA 3D2EB 3VEOA 2FF6A 1BA0A 5BR9A 3LDQA 2I7NA 4GY2B 4DCHA 3FFKB 2CGLA 2W40A 3CIPA 3VGLA 2A40A 4B1ZA 4CBUA 3MN7A 3O6WA 1ZBSA 4IJAA 2ZF5O 4CBWA 4C23A 1HPMA 4BR2A 3FZLA 5I9EB 4M7YA 2YJFA 4XH5A 3ZX0A 1BOTO 5E26A 2QWLA 2ZGYA 3SK3A 2PAVA 3BF1A 2YJEA 5ELZA 3HTVA 4NB4A 5F0XA 4BR0A 4IWVA 3DWLA 3TU5A 3AARA 4EFHA 2CGKA 1GLFO 3GE1A 1WUAA 1NGHA 2FSKA 4O5FA 3QB0A 3A5MC 1CZAN 2E20A 4BRNA 4A2BA 3WXLA 2Q0RA 5FPMA 3O4WA 2AP1A 3U8XA 4A61A 2D0OA 3HBTA 1BU6O 4XH1A 5B8HA 2CH6A 4BROA 3D2FB 3SLCA 4EHUA 2IVOA 3DXMA 4BR5A 4WYBA 1JCGA 3P4IA 1BUPA 3AY9A 4BC2A 3VEYA 3CJ9A 4FWRA 5AQXA 3ZX2A 1NGCA 2ZWHA 2GWKA 1Z6RA 3MDQA 4IJNA 3CJCA 4F9OA 1IJJA 2E2OA 4QS7A 1S22A 5EXWA 1SAZA 5KQDA 5AQSA 3CERA 3EZWA 2NRHA 5ADXA 3ENHA 1EQYA 3WUHA 3ZETA 1ZXOA 1T44A 1YVNA 2QWPA 3VF4A 4H5RA 3DXMB 3G25A 3GL1A 2E2NA 4JAXA 2W41A 5BRFA 1XUPO 3JXUA 4CZHA 1NGDA 3H1QA 2DPNA 4A62A 1MDUB 4BVOA 4K25A 2WUSA 1GLBG 2H3GX 3UE5A 2YHYA 3AAQA 1MA9B 3ULEB 2FXUA 1Z05A 1GLCG 3UKRA 5EY4A 3W0LA 4RCHA 5AQYA 4JN4A 3LL3A 4BRLA 5BN9A 4H0PA 4BRAA 4Y0WA 2V52B 4FOEA 4CZGA 2HMPA 3U9ZA 4RWTA 4WQ5A 2QWMA 4MLHA 1X3MA 1HKCA 3ID8A 4XEIA 1NGIA 3UB5A 4O8KA 3EL2A 5AFUA 2Q97A 1SZ2A 3WT0A 2ASPA 2UYTA 3QICA 4CZKA 1IG8A 3CHWA 3IFRA 3UKUA 4FWQA 3R6MA 1Q18A 3VETA 2ZGZA 3KZBA 1TUYA 4BQLA 2BTFA 2D1KA 2GELA 3EO3A 3R8EA 1HKGA 1X3NA 1QQOA 3D7EO 5AZIB 4AM6A 4QS8A 4BC5A 1YXQA 1NGBA 2VWBA 1RGIA 1D4XA 2FSJA 4CZEA 3A5LC 1C0FA 3DXKA 4PKIA 1K8KA 4B1VA 3UKUB 2P9IA 3LDOA 3RSEA 4BGAA 1GLLO 5KPTA 3DJCA 2P9KA 4K42A 4L3QA 1QQNA 1KAYA 2QWQA 1DKGD 1XC3A 2P9NB 3GG4A 2QM1A 3CJAA 5AQIA 2A3ZA 1GLDG 1YAGA 2IVNA 2E1ZA 3GBTA 1C0GA 2QW9A 3L6QA 5JMVA 4Z94A 5AQUA 3A8YA 5AQTA 3DXKB 5AQLA 4H0TB 2YHXA 5E84A 5BPNA 3MCPA 4KBOA 2A5XA 2P9IB 2ASMA 1NGAA 4BG8A 2GUPA 5TKYA 3VENA 4BG9A 2E2QA 4AM7A 4CZFA 5F2RA 1TYQA 5EX5A 4ISFA 5EVZA 4DQ8A 2FF3B 3VEVA 1HUXA 5F1XA 5AQPA 3SMSA 3MMVA 2CH5A 1GLJO 3VEWA 4WQ5C 4WQ4C 3WQUA 2A42A 4FL9A 3GOIA 1G99A 3LM2A 1XQSC 3VPZA 5ADXH 3TPQA 4HTLA 1ATRA 1T6DA 1KXPA 1V4TA 5BPMA 4FWKA 4PL7A 1E4FT 2Q31A 2P9SA 4PKGA 3A5OC 4BC4A 2QWOA 3KVGA 3OHRA 4CJ7A 4B1XB 3ATVA 1QZ6A 4FSVA 4H5VA 2P9PA 1QHAA 2HF3A 4GNIA 4H5WA 4BR7A 5FPEA 2F9TA 4B1YB 2HF4A 4M63C 5AQJA 4CBXA 2FLOA 5BN8A 3I8BA 1U2VA 1NGGA 1BWFO 2VCPA 3WXIA 3EKSA 4IO8A 3H3NO 5CE3A 4CD1A 1RFQA 5LJWA 1HJOA 1QQMA 2BUPA 1NMDA 3LDLA 5AZJA 4JD2A 3M1FA 4BRDA 5BREA 3QMLA 3FE1A 4J8FA 2P9SB 4MO4A 3QDKA 1NM1A 3I33A 4EHTA 5AQWA 4BR9A 1NLVA 4BR4A 2YI1A 1BO5O 3ATUA 2P9PB 3BUZB 3M3ZA 1SQKA 5AFUH 1OKJA 4B1WB 3WQTA 3MN9A 5AQVA 3ZETB 4B1UB 4FWNA 2YCHA 1NGEA 3H1VX 3H45C 4WQ4A 2GEMA 3QBXA 3VGKA 3O80A 5AZJB 4CZLA 4JD2B 5BPLA 4B9QA 4FWLA 3FZFA 4FWOA 5JICA 5KPZA 4BRGA 3WEEA 3H6EA 2F9WA 2ASOA 3UKRB 1HKBA 1TUUA 4BRPA 2NZTA 2V51B 4K43A 4I6MA 3EKUA 1MWMA 5AQNA 3VGMA 4BVPA 3O1BA 5JLHA 4EAHD 2E2PA 1JCFA 4M7XA 3MN6A 4QS9A 3ZEUA 4BRCA 3WXKA 3FLCO 4CD3A 1E4GT 3DAWA 1KAXA 3H46O 3LDNA 3VERA 3C0BA 5BRDA 5AQOA 5AQMA 4BRIA 3VF2A 4MLEA 2E8AA 2I7PA 4YDUC 4BRKA 3VEZA 3HSCA 2CGJA 3CJ7A 3FZMA 2IVPA 1BDGA 3O08A 3CI5A 5JLFA 3HI0A 4LC9B 4H0OA 4XH4A 3EN9A 4FPBA 4CZIA 4H0YB 1V4SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OKEA 1QTMA 5KGXA 1NKEA 3CJBA 3IDHA 2FBVA 2O8DB 1LAWA 5I3UA 4JHDA 4IXCA 3OA9A 1NG9A 2O8FB 5AQRA 4E19A 1RDWX 1M90O 4WFAL 3CQ8A 4DSJA 3LAKA 4WF9L 4H0XB 4ELVA 1HNWK 2IOCA 4E7LA 2AA4A 2KW4A 3EZ5A 3C94A 2A41A 3VMFB 1YUWA 1WLJA 2J4RA 4PL8A 5LJVA 1I39A 3E9PA 3KK2A 2GTDA 4BWJA 4N5SA 5JS2A 4M3UA 1ILYA 1NJZA 3CETA 4KTZA 1C0UA 3SPZA 2F8TA 3O8MA 5C12A 2DY4A 3WXJA 5LL6Z 1UAXA 1X1PA 3QEXA 1VHXA 5HRNA 4RW6A 2HHSA 1OH6A 1W97L 4N47A 4ZTFA 1VQPN 5AR0A 3OYKA 3LDPA 4B08A 4G9ZA 4KB0A 4CGHA 5KTQA 4ICLA 3O5BA 2P9LB 1MWKA 3OYDA 4DV4K 1EO1A 4IG3A 3F9KA 3NAEA 4BGBA 2YHAA 3HPHA 3NHGA 4Z4EA 1NGFA 4CEFA 1U2VB 2QWNA 4DFKA 1K73O 3V6DA 4BRHA 1KAZA 1T6CA 3NH1A 4DTXA 3HOSA 1BIZA 4B8AB 5LY3A 3QEWA 2YV0X 1HNZK 2XHBA 4KHWA 3PO4A 2KZMA 1VSEA 4FJXA 3CQXA 5GIOA 2FSNA 2V7ZA 1A5VA 2E88A 3C7NB 4FOIA 2NRWA 4GVMA 1VSJA 1BGXT 4CW7B 3RTVA 4CIFA 3CCVN 1VRUA 4F3OA 2G8WA 1HX1A 4DTPA 1JKHA 3I56N 1J6ZA 4BRFA 1BCMA 4FLTA 5SZTA 4I6MB 1KQSM 4DR2K 2ZD1A 4JKAA 2GV9A 3SJHA 5FPDA 2PYJA 4BRMA 3J7YP 3J7ZO 3VQDA 4CJ3A 3C6UA 5AQHA 1QZ5A 2OANA 1LW2A 1Y64A 4CJEA 1Z26A 3LZJA 4JRQA 4CI6A 4RTFD 4LD0A 3LDQA 2I7NA 2G8VA 4DCHA 3RRHA 3K2PA 1HJRA 2W40A 1VSMA 4B1ZA 4CBUA 3MN7A 3B6OA 3O6WA 5GINA 3AVLA 3LANA 4CBWA 4C23A 3KK3A 3A2FA 1YITN 5I9EB 2YJFA 3ZX0A 3THWB 2PAVA 3HTVA 2JWLA 2WONA 4DV0K 4OGCA 1OH7A 3CFOA 3TU5A 2CGKA 3LALA 4O5FA 4CEDA 3QB0A 3A5MC 1CZAN 1A5XA 4JKHA 4DV1K 3LAMA 3WXLA 2AP1A 4FJ5A 3MXJA 3U8XA 2D0OA 3AA2A 3RR8A 3HBTA 4DQIA 1XNQK 4KAZA 2ZM6K 4BROA 4KPYA 2NRZA 2D0AA 4EHUA 3DXMA 4AHRA 3QIPA 1OH8A 4B9UA 4PQUA 5KRTA 3S3NA 4KHYA 3HT3A 4J2BA 2ZWHA 4YORA 4IJNA 5T7BA 3F2KA 4RW8A 1C0TA 1J5EK 1VQ4N 1G15A 2NRHA 2GBZA 1YVNA 1FW6A 4KHSA 4LF9K 4DTRA 1XUPO 3K5LA 1FKPA 4AHCA 5FROA 3OY9A 5CR4A 3TSQA 1IKYA 1RBSA 2FXUA 5C10A 3SNNA 1RDAA 1Z05A 3CMEN 3SQ4A 4CJKA 4JKDA 1HYVA 4C8LA 1B9FA 3DLRA 2WOMA 4MLHA 3L2UA 2B5JA 4CIGA 1XMOK 4CF9A 4DF4A 4XEIA 3V4IA 1NGIA 3UB5A 1VQ8N 1S1XA 2Q97A 3CD6N 1VQKN 2ASPA 2HNZA 2UYTA 4KHNA 1SL1A 2BGGA 4DV3K 1QSLA 3AO3A 1N32K 2WTUA 3R8EA 3EO3A 1HKGA 1WSJA 3D7EO 4BC5A 4CGGA 1D4XA 3ZT4A 1WBBA 1EWRA 3OYFA 3K57A 3SCXA 4E89A 5CHIA 3LZIA 1Q9YA 3P31A 3SV4A 1VQ9N 4M3RA 3RSEA 4BGAA 2F4VK 3ZLJA 2P9KA 4K42A 1WSIA 2QWQA 3DM2A 4L3QA 4AHUA 3GG4A 3ZT3A 1GOAA 2QM1A 1DTTA 4FW2A 4DSKA 1GLDG 3ZSXA 3L2WA 1C0GA 5FDLA 4CHZA 1A5WA 4Z94A 3WNHA 3DXKB 3OVNA 4NLBA 4O44A 1ZBUA 4R5PA 1VSFA 4YHHK 2LSNA 4FLYA 4YOWA 2P9IB 2ASMA 1J9AA 1NGAA 1WSHA 1LV5A 4DF8A 1RTDA 4BG8A 5TKYA 4DS4A 4GKKK 3TTFA 2NNWA 3HJFA 4AM7A 2BANA 1ZYQA 4ISFA 5EVZA 5GAEP 3G4SN 4FLUA 4CJ5A 1HUXA 5F1XA 3ZT0A 1GLJO 2CH5A 4WQ5C 1R0AA 1D9FA 4B3OA 2A42A 4Z4GA 3VQ6A 3TPQA 4Z4FA 3DYAA 4FJ8A 3A5OC 3AA5X 3KVGA 4KH4A 4MQ3A 4CJ7A 4Z0UA 3LP1A 3Q7BA 3QEIA 4A5AA 4H5VA 2P9PA 4JYAK 1TK0A 1QHAA 3TTCA 4H5WA 4BR7A 1S9GA 3CPEA 4B1YB 4B9SA 5C25A 1BWFO 3H3NO 4LH5A 1RFQA 4JLHA 1WSEA 3LDLA 4OVLA 5AZJA 2HMIA 3QMLA 1KVBA 2JLEA 5K14A 4EHTA 1TGOA 1BQNA 4BR4A 4JI4K 2YI1A 2XO7A 5J2PA 4IFYA 5DM6L 4EP4A 3WQTA 4CHNA 3UIQA 1RT1A 3T69A 3D6RA 3AVCA 3NBPA 3VQ8A 2IGIA 3QBXA 4LSNA 5HL7L 5A2QO 3HVRA 4LFAK 1SKRA 2HSTA 3AVMA 4NCAA 5KPZA 4DTMA 3AO1A 3RWUA 3WEEA 3NH2A 1T05A 1YTUA 2ASOA 4BRPA 4NCBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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