3G4SN

Co-crystal structure of tiamulin bound to the large ribosomal subunit
Total Genus 33
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
33
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title U2504 determines the species specificity of the A-site cleft antibiotics: the structures of tiamulin, homoharringtonine, and bruceantin bound to the ribosome.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal RNA
molecule tags Ribosome
total genus 33
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-02-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3g4sN00
1VQMN 1VQON 3CC4N 3CMEN 1Q81O 1K8AO 3CCJN 3CC2N 1VQKN 1VQ4N 1W2BM 1KD1O 5GADP 3CCVN 1YIJN 1VQ9N 2ZJQL 3G71N 1NJIO 1YHQN 1QVGM 4IOCL 2OTLN 4IOAL 3CCSN 1VQLN 3I55N 3CF5L 1VQ5N 1VQ7N 1YJ9N 1KQSM 5JVGL 3CPWM 3DLLL 4WFNL 3CCMN 5DM7L 1VQPN 5GAGP 3CMAN 5H1SQ 5GAEP 3PIPL 1QVFM 4WCEL 4WF9L 3G4SN 1K9MO 2ZJPL 4IO9L 5GAHP 1YITN 1N8RO 2QEXN 2QA4N 1VQNN 5HL7L 1VQ6N 2OTJN 1YJNN 4WFBL 3G6EN 1K73O 5DM6L 1YJWN 1Q86O 5JVHL 4WFAL 1KC8O 1M90O 1YI2N 1VQ8N 3OW2M 1Q82O 3CXCM 1JJ2M 3CD6N 5MLCQ 4UY8O 3CCEN 1M1KO 3CCLN 3PIOL 4U67L 1Q7YO 3CCUN 1OVYA 3CC7N 1ILYA 3CCRN 3I56N 2ZJRL 1S72N 3J7ZO 3CCQN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1SUQA 2P9LA 1RDWX 3W3DA 4LSNA 3AO3A 1TGOA 4NLBA 1GOCA 3THWB 2HHXA 5AQHA 4DQQA 2YNFA 2P9LB 3MECA 4HVJA 2E1YA 3PO5A 3QBXA 1X3MA 4ISEA 4DR1K 2GEMA 1GLAG 2HHVA 4BRPA 3U3YA 4JKDA 1U4BA 2OPSA 4CHOA 5M1NA 3E1YA 5GIOA 2JGUA 1JXBA 3NDKA 3TAQA 2OTLN 3H1VX 4IOAL 5J1EA 2PAVA 3CQ8A 2X78A 3H3OB 1TKXA 4CF0A 5AZJA 1FJGK 5IT9O 3OJSA 2IVPA 3VEZA 4CFCA 5AJ3K 4JRPA 4FOIA 5AZJB 3QNOA 3LP3A 1SZ2A 3LP1A 2OZSA 4M3UA 1NMNA 3CCMN 2ZD1A 1CXQA 1YXQA 5E84A 3VETA 3L3UA 4CGDA 1NK9A 4PHTX 1QVFM 3LDQA 4CEQA 2A6AA 3OYDA 3FR0A 2G8FA 1YITN 4DWIA 2QKKA 4FJ9A 3NGIA 3RRHA 1ASVA 1VSJA 3H08A 3VQCA 3D45A 1QSYA 1UWBA 3MN9A 4BRMA 1JLBA 1Q18A 1KFSA 1YJNN 4ISFA 2D5RA 4EIAA 1HLUA 4ID5A 4FZYA 4FJGA 4AM7A 3HPOA 3S3OA 1M90O 2P9SA 1D4XA 1RBTA 2GWJA 4HWIA 4AILC 1RNHA 2P9SB 1N34K 4JK9A 1IBLK 3CCEN 1RBRA 3VERA 5TKYA 1EXQA 5F0XA 2Q2RA 4IKFA 3K9KA 1ASWA 4WQ4A 1C0TA 4BR5A 1XMQK 5BR8K 3TABA 1RBVA 4BE1A 4JI6K 3ULEA 2VWJA 1XNQK 4DFKA 5J2PA 3V81A 3CFOA 4OLBA 4DTRA 4XH5A 1QS4A 1QQMA 2HMIA 5CY4A 1DLOA 1V4TA 3HSCA 4OPAA 4BRIA 2FC0A 3HP9A 1JLGA 1QHAA 4BQLA 4IBNA 1BDGA 1J5EK 1NBWA 1S1TA 3K5MA 4BGBA 3VEVA 2KW4A 5F1XA 3OYHA 1OH8A 4OPKA 5HP1A 5C15A 5C0YA 1YJ9N 4OVLA 1KQSM 5EVZA 4CESA 5JVGL 3SYZA 4F2SA 4DTMA 1RFQA 2PYJA 4LSLA 4N56A 3KLFA 4B3SK 4CJ4A 4WFNL 3TWHA 3QFUA 2D0BA 2VQFK 3HVTA 1JLEA 3E9LA 3A2FA 2J4RA 1LCUA 1C0MA 4RW8A 3JAMO 1KAZA 4M7YA 4GY2B 3SPZA 3KTQA 4OO1J 1XNRK 4FWPA 3WXKA 1WOQA 3V9ZA 3LM9A 1VSIA 3QESA 1U48A 1Y97A 1QTMA 2PFUA 5EX5A 3AVKA 2AJQA 4DSLA 4DUZK 1IO2A 2FLOA 2WTUA 3AAPA 4DU1A 3VGMA 4NCBA 1C0FA 2NUBA 2HSTA 1HQEA 4FYDA 1FKOA 1WAJA 1KAYA 4YOWA 2YHXA 1M1KO 3OS0A 2E2OA 4E7KA 1EWRA 4YOUA 3J8AA 5FROA 4BR9A 4RW6A 3O4QA 4CZMA 2D0PA 2D0CA 4MO4A 3F5TA 2F7TA 3L2UA 5AQVA 1VHXA 3FZHA 4FWLA 2P9UA 5EU7A 5HRRA 3J7ZO 2ZE2A 1HJRA 3WNGA 3DLHA 3LAKA 5C2FA 3CMEN 3B8AX 3IG1A 3ZT0A 1RT2A 4CHPA 4Y1CA 4M45A 3RSEA 4F3OA 1BGXT 2HBMA 1Z05A 3A5NC 1NK0A 4DV6K 4B9TA 1SV5A 1WSHA 5CE3A 3G71N 3TU5A 5HRPA 3VEXA 4M7XA 2JWKA 3UKRA 1QVGM 4N5SA 4B1ZA 1TAQA 3MX2A 4R5PA 2P9PB 4EZ9A 3ALYA 4O0JA 3TR8A 2G8HA 3HYFA 3NH1A 1L3UA 4CJVA 3AV9A 2VWKA 3KHYA 4JKFA 3SUQA 4I9QA 3B6PA 1TKDA 4V19S 3LP2A 1VQPN 4Z4IA 1NU0A 4H0TB 4BRNA 2NRXA 3VESA 4YOVA 3U9ZA 4YOXA 3T1YK 3RMCA 4IDKA 2RN2A 4CEZA 2ZJPL 3RR8A 4FO0A 1FKPA 3MX5A 4A5BA 1S6QA 2RPIA 2PY5A 1S1XA 4BWMA 1N8RO 2UXCK 1WSGA 3IUCA 2NRTA 2QA4N 1NGBA 2H3GX 4KKOA 2KFZA 3DJCA 5DM6L 1Q86O 2OPPA 3C7NB 4E3SA 3O9RA 5AQSA 3AGRA 4Z4FA 1KC8O 3L4QA 4CGFA 1NKCA 3I0SA 1VRTA 2A5XA 4K0KK 3SPYA 4BC4A 4CK2A 3EE8A 1VQ8N 3S3MA 4FPAA 4NB4A 5M1QA 5SWMA 4CJ7A 3ID8A 5KPRA 5MLCQ 3KK3A 3SLCA 2A40A 2I7NA 4YNQA 5D3GA 2O8CB 1RTHA 2W6KA 3VQ6A 3H45C 4JD2B 3P5JA 4CZIA 3LZIA 2VQEK 4J2EA 4CJUA 2ITMA 2OPRA 4IFVA 1QQCA 4DF8A 1T6CA 1YUWA 2PBDA 3OVNA 1KLMA 2HOEA 3VF6A 1OKJA 5LMUK 4KHNA 5C10A 1C1BA 1O13A 1HYVA 1KSPA 3M3ZA 4BDPA 1L3VA 4I2PA 3K5NA 3HPHA 2RKIA 2O8FB 3O5BA 1I94K 1CZBA 1WSIA 1RT4A 4H4OA 1TKZA 3SQ0A 3AVCA 2B6AA 5AQWA 4X62K 1J53A 3VPZA 1V4SA 3HK2A 1TK0A 2YCHA 5AQZA 4KB1A 4KHQA 2JWLA 2A1RA 4FLZA 5KQ8A 4PA1A 1WBDA 2GX9A 2KQ2A 3EEQA 1CXUA 2VGNA 4HUGA 4B08A 4FK2A 1VAZA 3VQ5A 5GAGP 2XY7A 2BANA 4NCGA 4AHTA 4CZFA 3K2PA 1KVBA 5AQYA 4LF6K 4CEOA 4Z4EA 4H0PA 3VA0A 3AVGA 3SMPA 4J8FA 4O44A 4Q0BA 2VYPA 4YHHK 2HNDA 1DTQA 4BRHA 1N6QA 2Q0UA 4LFCK 4OLAA 4HUFA 1G15A 4CBWA 4PKIA 1GLCG 4CK1A 4CJRA 4CGIA 1N33K 4KREA 3SV3A 4ZHRA 3B6OA 1U47A 3MN6A 3HPGA 4DB3A 4BE2A 4FJMA 1D9FA 3MDQA 4DLEA 4A62A 4KTWA 2YNGA 3V9WA 4GNIA 1IBMK 4N47A 3ZSOA 4DQPA 5KRTA 3EYZA 4DS5A 1NOZA 3K58A 3QICA 5CHIA 4RW4A 1EX4A 4XH4A 4UQGA 2O8BB 3O8MA 2F9WA 2QK9A 4W5OA 4FLWA 3AGKA 3TANA 2QWQA 3KWGA 3QINA 1YTUA 2LSNA 2HVIA 3OBYA 2FBTA 2HHQA 5EY4A 3O4WA 3T1HK 4WQ5A 3S41A 4LFAK 2B5JA 3PX4A 5E26A 1K8AO 3EKUA 3VQ8A 3NGYA 2E2PA 3PV8A 3WNHA 3VEWA 3M5RA 4M3WA 4HCBA 3AO2A 2BTFA 3EZWA 4OGCA 5LL6Z 3DLRA 2HHWA 3MK6A 4KTQA 3OYCA 1HR0K 2ZJQL 3SUNA 1S22A 4JKBA 3CI5A 1VSKA 5LJWA 2IGIA 4QAGA 2F9TA 1IKYA 3NH0A 1GLLO 3KVGA 3DRSA 3IAYA 2QI2A 5JMVA 3D2EA 2O8DA 3G25A 4KI6A 2ATQA 3WQUA 1NMDA 4W5TA 1T7PA 4MLEA 3DXMA 3HOTA 4FWOA 5KQDA 4BROA 5AQPA 4LF7K 3AAQA 5FPDA 5AZIA 1NLVA 5ELZA 4F3TA 4WCEL 4A61A 3AO4A 3NVKA 4PL8A 4FK0A 3TTDA 3PX0A 3A5LC 2O4GA 4FWNA 4H5VA 1JLCA 4CERA 5AFUA 4YOTA 5IWAK 4LF8K 2D0AA 3ZT1A 1IV0A 4E1JA 5HRSA 4JI1K 4EP4A 4H5WA 2YNHA 1S1WA 2HVHA 1RDCA 4NCAA 4PKGA 1HNZK 3NH2A 4C23A 4M3XA 4RG8A 1W97L 2IS3A 3QIOA 4JKGA 1KLNA 3C6UA 3VQ4A 1LV5A 3DLKA 1NGIA 4IOXA 4EP5A 4FWKA 1HX1A 3HM8A 4EAHD 5JLFA 3SUOA 5BPLA 4ILGB 3ZSQA 4R79A 3ZSXA 3R9PA 3T3FA 2IIRA 3O80A 3CCUN 3AVBA 3BF1A 4CJSA 4DQSA 1ATSA 3TAMA 3VQ7A 2ASOA 3NE6A 3LZJA 3I56N 3RWUA 1XHXA 3P38A 4C1NK 4CF8A 3V9SA 2HMPA 2ZQBA 1ASUA 1BQMA 1DGKN 3MEDA 4B3TK 1BA0A 3ASMA 4CJEA 2DY4A 4H03B 3CERA 1X9MA 4PWDA 1E4GT 1VQ4N 4FWMA 1LWEA 1Q9YA 3NGZA 1R59O 3ENHA 4A59A 3K0SA 4E0DA 2O4IA 4JI8K 4FWSA 5AQIA 2YX6A 1JL2A 4CGHA 2GTDA 3NBPA 3VN5A 4DTXA 3OBWA 3ITHA 5FPEA 4B9MA 2O8EA 4KHSA 4Y0WA 4B8CA 4Z4HA 4HHTA 1VQ7N 4BR2A 1L3SA 3IMXA 5AQLA 1BIZA 2YHYA 3O3FA 4E19A 4BDZA 1XQSC 1X9SA 5KGWA 1C0UA 5C25A 4DTNA 2ZGYA 2YJFA 2BGGA 2DFHA 4BRLA 3PIPL 3G4SN 1TK8A 4CJTA 2EX3A 2HHSA 3AA2A 3BEXA 2DFFA 4DUYK 4BGAA 4F4KA 3LDSA 3E66A 4IJNA 4JLHA 1ITGA 3H3NO 3V1OA 1D5AA 4MDAA 4CFDA 3K57A 4DLGA 3L2RA 1YI2N 4GVMA 4CD3A 2GELA 3LP0A 4O5BA 4A57A 1Q82O 3ZCMA 4H0XB 1RTDA 3VQPA 4PL7A 1GLJO 2XY8A 1GOBA 3MWPA 4I9LA 1KRPA 1VSLA 3TPQA 5T7BA 3VQDA 3DLBA 1HNWK 3QFPA 1C6VA 1WSFA 1IG8A 2VWBA 2VG7A 4BC3A 2CH6A 1SL2A 4DMNA 3LL3A 2DTUA 1HKGA 1ATNA 4DSEA 2KFNA 1XHZA 3VOVA 4CJQA 3QERA 3KJVA 3T1AA 2E6MA 2X74A 4CIEA 5BRFA 4DFMA 4YOYA 4G1QA 1HPMA 4B1XB 1OH7A 1QSLA 3UIQA 4DFPA 1W2BM 4O8UA 1YAGA 3EZ5A 4W5RA 3ENOA 3P39A 4AHUA 1HNIA 1KVAA 3RTVA 2P5GA 4JI7K 3E9PA 2GBZA 4M3YA 1U45A 1S5JA 1MU2A 3RRGA 4BR7A 3QB0A 4YDUC 4FZXC 5HROA 3I55N 4DV5K 1JCFA 3HJFA 4ZTFA 3EN9A 3ULEB 2D1KA 4H0VB 1NGAA 4H8KA 1GLBG 3LPUA 1QZ5A 1QE1A 3PX6A 3CPWM 3SAHA 4DTJA 1Z25A 4B3RK 4CZKA 3O08A 4JKCA 3P1GA 4CF1A 2IOCA 5CR4A 3CMAN 2F4VK 3TSUA 3LWLA 2HNYA 5JS1A 4WF9L 4ILHA 3ZT3A 3EO3A 2HHUA 2E20A 4L8RB 1ATRA 3ENBA 4AF1A 4DQ8A 2QEXN 4IJAA 3VQ9A 4CCHA 2QXLA 2F96A 4CEEA 4ISGA 1S3XA 1SKWA 1Z6RA 1SL0A 3VGKA 5B8HA 2CGJA 1NJXA 1EO1A 1SAZA 1VSDA 4CIGA 2CGKA 3VQEA 4FM0A 3KK2A 1CZAN 4AM6A 1IKWA 3U3GA 4KHYA 2WFBA 3C94A 4FJKA 5HBMA 3WQTA 4DR4K 2HHHK 1E4FT 3OY9A 3OYEA 1S9EA 4KHPK 1VQMN 5GINA 1NKEA 3VMFB 4C8MA 2Z1IA 3JYTA 3V1QA 3J7YP 1W7AA 1E3MA 3SV4A 1BL3A 3BF3A 2IC3A 1KVCA 2P9NA 3DWLA 4C8KA 3W0LA 1TKTA 3ZEUA 4PQUA 1RBSA 1N32K 3THXA 3BGRA 1KCFA 1LAVA 4AQYK 1DTTA 4DR5K 1EKEA 3JS6A 1XI1A 4B3MK 3D0PA 3CQXA 3THXB 3PY8A 3NF6A 2BH1A 2P9UB 3DYAA 2Q36A 2GV9A 3O9UA 4ELVA 5FRNA 3L0QA 5M1FA 3SNNA 3ID6A 3NFAA 4Q5VA 4FLYA 4X65K 4F2RA 1L5UA 2CH5A 5DM7L 1HMVA 1TAUA 3LM2A 2QW9A 3RSEB 4DV7K 1KFDA 4K41A 2YKMA 1GLFO 4FL9A 2FF6A 3HP6A 2VG6A 5CZ1A 3IS9A 3BZKA 3I0RA 4E7JA 1UA0A 1WSEA 3KWIA 3UKRB 1XC9A 4GV9A 3ZX2A 4FJNA 2V52B 3I33A 3FZLA 2X6NA 4DSJA 3RMAA 1D8YA 3U6FA 4JKAA 1K8KA 3G6EN 3WNFA 3AVAA 1HQUA 2WC9A 5JVHL 4IDHA 2RF2A 4JS5A 3UE5A 1RILA 2YHWA 1KXPA 4IO8A 3L6QA 3GDQA 3CXCM 4B9SA 4JNEA 3CFRA 4AH9A 3F9MA 1RT5A 3CCLN 2GWKA 3PIOL 3AO5A 5KI6A 4K25A 1IJJA 3GE1A 1Q7YO 3EY1A 1RBUA 1TUUA 3SK3A 5KPTA 3THVA 4JV5K 4LY7A 3OHRA 5DMRA 1DKGD 3VF2A 4Y1DA 3CC4N 1RT6A 2VG5A 3QIPA 1WLJA 2ZM6K 5ADXH 1IG9A 2JLEA 5HLFA 3D6RA 2KTQA 1YVNA 4DQIA 4MDBA 1W0HA 3ZETA 2KKZA 4CEBA 3SBTA 1VK0A 4C1NI 4FPBA 1UOCA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1VQM N;  1VQO N;  3CC4 N;  3CME N;  1Q81 O;  1K8A O;  3CCJ N;  3CC2 N;  1VQK N;  1VQ4 N;  1W2B M;  1KD1 O;  5GAD P;  3CCV N;  1YIJ N;  1VQ9 N;  2ZJQ L;  3G71 N;  1NJI O;  1YHQ N;  1QVG M;  4IOC L;  2OTL N;  4IOA L;  3CCS N;  1VQL N;  3I55 N;  3CF5 L;  1VQ5 N;  1VQ7 N;  1YJ9 N;  1KQS M;  5JVG L;  3CPW M;  3DLL L;  4WFN L;  3CCM N;  5DM7 L;  1VQP N;  5GAG P;  3CMA N;  5H1S Q;  5GAE P;  3PIP L;  1QVF M;  4WCE L;  4WF9 L;  3G4S N;  1K9M O;  2ZJP L;  4IO9 L;  5GAH P;  1YIT N;  1N8R O;  2QEX N;  2QA4 N;  1VQN N;  5HL7 L;  1VQ6 N;  2OTJ N;  1YJN N;  4WFB L;  3G6E N;  1K73 O;  5DM6 L;  1YJW N;  1Q86 O;  5JVH L;  4WFA L;  1KC8 O;  1M90 O;  1YI2 N;  1VQ8 N;  3OW2 M;  1Q82 O;  3CXC M;  1JJ2 M;  3CD6 N;  5MLC Q;  4UY8 O;  3CCE N;  1M1K O;  3CCL N;  3PIO L;  4U67 L;  1Q7Y O;  3CCU N;  1OVY A;  3CC7 N;  1ILY A;  3CCR N;  3I56 N;  2ZJR L;  1S72 N;  3J7Z O;  3CCQ N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1SUQ A;  2P9L A;  1RDW X;  3W3D A;  4LSN A;  3AO3 A;  1TGO A;  4NLB A;  1GOC A;  3THW B;  2HHX A;  5AQH A;  4DQQ A;  2YNF A;  2P9L B;  3MEC A;  4HVJ A;  2E1Y A;  3PO5 A;  3QBX A;  1X3M A;  4ISE A;  4DR1 K;  2GEM A;  1GLA G;  2HHV A;  4BRP A;  3U3Y A;  4JKD A;  1U4B A;  2OPS A;  4CHO A;  5M1N A;  3E1Y A;  5GIO A;  2JGU A;  1JXB A;  3NDK A;  3TAQ A;  2OTL N;  3H1V X;  4IOA L;  5J1E A;  2PAV A;  3CQ8 A;  2X78 A;  3H3O B;  1TKX A;  4CF0 A;  5AZJ A;  1FJG K;  5IT9 O;  3OJS A;  2IVP A;  3VEZ A;  4CFC A;  5AJ3 K;  4JRP A;  4FOI A;  5AZJ B;  3QNO A;  3LP3 A;  1SZ2 A;  3LP1 A;  2OZS A;  4M3U A;  1NMN A;  3CCM N;  2ZD1 A;  1CXQ A;  1YXQ A;  5E84 A;  3VET A;  3L3U A;  4CGD A;  1NK9 A;  4PHT X;  1QVF M;  3LDQ A;  4CEQ A;  2A6A A;  3OYD A;  3FR0 A;  2G8F A;  1YIT N;  4DWI A;  2QKK A;  4FJ9 A;  3NGI A;  3RRH A;  1ASV A;  1VSJ A;  3H08 A;  3VQC A;  3D45 A;  1QSY A;  1UWB A;  3MN9 A;  4BRM A;  1JLB A;  1Q18 A;  1KFS A;  1YJN N;  4ISF A;  2D5R A;  4EIA A;  1HLU A;  4ID5 A;  4FZY A;  4FJG A;  4AM7 A;  3HPO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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