3G6EN

Co-crystal structure of homoharringtonine bound to the large ribosomal subunit
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title U2504 determines the species specificity of the A-site cleft antibiotics: the structures of tiamulin, homoharringtonine, and bruceantin bound to the ribosome.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal RNA
molecule tags Ribosome
total genus 43
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-02-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3g6eN00
1Q81O 4UY8O 3CCVN 1QVGM 5MLCQ 3CXCM 3CCSN 1S72N 1QVFM 1VQMN 1YJ9N 3CC2N 5HL7L 5GAHP 4WFBL 2ZJQL 4WFAL 2QEXN 5GADP 3CCEN 1NJIO 1VQKN 1N8RO 3CD6N 1YJNN 1Q7YO 1YI2N 3I55N 1VQ8N 4IOAL 1KQSM 2OTLN 3CC4N 1VQ4N 3CCUN 5GAEP 4WF9L 4WFNL 3CCJN 5DM6L 1Q82O 3CCQN 1M1KO 3CCMN 1JJ2M 1VQNN 5JVGL 1VQPN 1VQON 3CCLN 3DLLL 3J7ZO 3PIOL 1Q86O 4IO9L 1VQ7N 3PIPL 1K8AO 1KC8O 3OW2M 2OTJN 3I56N 4U67L 3G71N 3CPWM 2QA4N 1YITN 2ZJPL 3CC7N 1YJWN 5JVHL 3CMEN 1K9MO 1K73O 1VQ6N 1OVYA 3G6EN 1YIJN 5H1SQ 1W2BM 1M90O 1VQ9N 1VQLN 1YHQN 3G4SN 1VQ5N 3CF5L 4WCEL 5DM7L 1KD1O 5GAGP 4IOCL 3CMAN 1ILYA 3CCRN 2ZJRL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NCBA 1SL2A 4AILC 1MDUB 4B9LA 3SLCA 1VQMN 3R6MA 5LJVA 2E2NA 2D1KA 1JLBA 3OA9A 2O8FB 3SPZA 3L3UA 4U7BA 2NRWA 5AQWA 4CZHA 2E88A 3U9DA 2BANA 3QINA 4IDHA 2FXUA 2NUBA 1JLCA 1V4TA 3OYKA 4KHUA 2YNHA 2RHKA 5JS2A 3SV4A 4FPBA 4H5VA 3CCJN 3P39A 4JKGA 3VA0A 3RMDA 3MWPA 1BOTO 3U3GA 4AHUA 5AQFA 1NK6A 3CQYA 5JVGL 2NRXA 4BE0A 4W5OA 3AVAA 3CCLN 3L8BA 4PY5A 4DF4A 2NNWA 4YDUC 1XC9A 4N47A 1G15A 4QS9A 3GG4A 3ZSXA 4ICLA 1BL3A 1R59O 3PO4A 4LH5A 3ZLJA 1ATNA 1S22A 2NRVA 3T7ZA 4M7XA 4FK4A 1QSSA 1KC8O 2KLAA 3TR8A 4DMNA 4XH5A 2FBXA 3DXMA 4IO8A 5SWMA 4J2EA 1U49A 4B8CA 3HRGA 4DG1A 3O4WA 3A2FA 4CFBA 4FLTA 3AAPA 3LL3A 5AQNA 2P5GA 4RCHA 5DK5A 3NGYA 4CHYA 3I8DA 1ASUA 1TKXA 3QMLA 1N36K 5KTQA 1U47A 3HO1A 3KHYA 2G8KA 3VMFB 3G6EN 1RTJA 4GV6A 2Q2RA 4DV5K 3DWLA 3H46O 5E84A 2PZSA 1S1WA 1SUQA 1Q18A 3DOKA 3DXMB 3LWMA 5AQVA 3ZEUA 3GBTA 2F8SA 2KTQA 2UXDK 5BRHA 2PBDA 1ZYQA 5LMNK 1W9HA 4IEIA 3VERA 3C6HA 4WQ5A 3TANA 3ZYYX 1DTTA 4CJWA 3V9ZA 5MLCQ 4FWQA 1S72N 4E0DA 4A59A 4DU4A 4IXCA 3A5NC 4DUZK 2V7YA 3R8EA 1VSMA 3K59A 4K8ZA 1IG8A 5IT9O 1WSFA 4BREA 5AQLA 1C6VA 1NJIO 3L6QA 5D3GA 4KHSA 2D0PA 1BO5O 1YTAA 4JD2B 4R5PA 1WSHA 1BQNA 4NXNK 2FSNA 3ZEUB 1C1AA 4CJUA 2EHGA 1FXXA 3CETA 2YKNA 4DTUA 2IDOA 4FOEA 3ENHA 2IVPA 1Z25A 4J2BA 3PY8A 2HBKA 1K6YA 3VF6A 4C8LA 1DLOA 5AQZA 4ISGA 3ZT3A 4E1NA 1QSYA 2F4VK 3OY9A 3LPTA 1SL1A 4KHYA 3PSFA 1XHZA 3TABA 1BGXT 3G25A 1VQON 1NK7A 4OPKA 1NKEA 4OVLA 3CFPA 4PKHA 4BRLA 4KI4A 3HJFA 5J1EA 1X3NA 5KQ8A 4MFBA 1RNHA 4BRDA 4NO7A 3VGLA 1FW6A 4HWIA 3RTVA 4CJKA 2E6MA 5F0XA 2QWQA 3E01A 2W40A 4BRGA 2QA4N 4O4GA 1BI4A 4EZ9A 3QO9A 4EP4A 4ID1A 3KKRA 3AY9A 3R3LA 3D0PA 2BTFA 4YHHK 2EWSA 2YKMA 1X9JA 2QWNA 3V6DA 2BH1A 1OVYA 2HHUA 4XH4A 2FF6A 2YHAA 4JKAA 4GKKK 3MDQA 1RDCA 3E9PA 1U6ZA 2CGKA 1YHQN 5FRMA 3U8XA 1S1VA 1VSLA 3SAFA 1TL1A 3OJSA 4M3WA 1OH5A 3M8PA 1QS4A 3M8QA 1NWKA 5HROA 2ASOA 3O9TA 2ZJRL 4H5WA 4Z94A 3V9WA 3FFKB 3L4IA 4R79A 1ZBSA 4B3OA 4RW9A 3IDHA 4F3OA 1I3AA 1VSIA 2CGLA 2YJFA 3RSEB 1J6ZA 4IOXA 3FZHA 3AVJA 4JKHA 4FZXC 3NCIA 2ITGA 4I9LA 4BRAA 2F8TA 2GX9A 1CZ9A 3PX0A 1KQSM 3LDQA 2YCHA 2HNZA 3OHRA 4JEPA 1KLMA 4X66K 3MXMA 4XIUA 5HRNA 1HUXA 3LDPA 3CHWA 3CCQN 1W7AA 4B9NA 5EY4A 2VGMA 1J5EK 3B8AX 3KVGA 3NGZA 2FBVA 5FPNA 3WNEA 3OJUA 3TTFA 1X9SA 3AVLA 4DTOA 4LF5K 1JLFA 4FJ8A 3HM9A 4CECA 1F21A 4CE9A 4EAHD 2W41A 2DPNA 5CE3A 1C0GA 1S1UA 4CFDA 3H3OB 3PLAA 4KRFA 3CFRA 4BC2A 3HOTA 4YOWA 2AA4A 4K42A 1WAFA 4K8XA 3ITHA 2OPRA 5HRRA 4LFCK 3U4LA 1Q9XA 4M45A 3CQ8A 4H0TB 4AHRA 3AVHA 2PYLA 2G8HA 1EQYA 4C1NI 1K73O 3A5LC 5CYQA 3OYGA 4FJKA 3WQUA 4CCHA 4FYDA 5H1SQ 1D9FA 2HHXA 2FLOA 2CH5A 2PY5A 3K5LA 3IG1A 4B9UA 4A61A 3K57A 2CGJA 2HBJA 1FKOA 3ZX3A 1NK0A 3VF2A 1RFQA 4JI2K 1VSHA 5FLXO 4BROA 2O8EA 1ZBHA 2F9TA 3CIPA 4CJ7A 3THWA 1HLUA 3TAMA 1JLGA 2OYQA 2XRIA 1N6QA 2FBTA 4JI1K 5KI6A 3D7EO 4MLEA 3O9SA 5AQQA 3ATVA 1E3MA 2XHBA 3QESA 1IG9A 3GL1A 3P1GA 3SI6A 1A5WA 5KPRA 4M3ZA 1FKPA 1SL0A 2FBYA 5C2DA 5J2PA 1HYSA 3ZT1A 4FJIA 3AA2A 2KZZA 3QDKA 2HB5A 4DR4K 3THWB 4CJ3A 5M1NA 3C7NA 4YDUA 5LMUK 1TKZA 3HP6A 5TKYA 1LCUA 2QKKA 3WNHA 2Y1IA 3CFOA 4K0KK 3HL8A 2HF4A 1SS6A 1UOCA 3K9JA 3KD5E 2B5JA 3AVCA 3BGRA 4CZFA 3THVA 3PO5A 1RDWX 1NJWA 3H08A 1BWFO 5BRFA 1D8YA 3DLBA 3A8YA 2V51B 2Z1HA 3C7NB 4F3TA 3WNFA 3WUHA 4DLEA 4KH4A 3F2KA 4Z4GA 4J8FA 4LH4A 3KIOA 5CY4A 4DTMA 4DCHA 4BR4A 5JVHL 1IJJA 4W5RA 4BG9A 5J2MA 4OKEA 4LF6K 4BR7A 4UQGA 1A5XA 1CXUA 3ZX0A 2HSTA 4FWNA 1RDUA 2QXLA 1WNSA 3QLHA 3VQ5A 4AM7A 3DXKA 2VQEK 4BRCA 2KQ2A 4B3TK 4QS8A 4FJ9A 3MN7A 3PX6A 5AQGA 3OYCA 4IOCL 2PFUA 5M1OA 4X64K 1TK8A 3MN5A 1ILYA 1VSJA 4B9SA 3NVMA 3ZT4A 5FPDA 1WBBA 4QAGA 3RRGA 4LFBK 4DB3A 2Q0UA 3CCVN 5KQDA 5BN8A 4CJEA 3LDOA 3CXCM 4I7FA 3ID6A 2DFFA 1YJ9N 3SYZA 5A2QO 4BRNA 1YVNA 2QEXN 4Z4HA 2V7ZA 2I7PA 2IC3A 3WEEA 2J4RA 3NF8A 3NH1A 4KTQA 5JLHA 2ASPA 4YFUA 1CLQA 1VSDA 3LP0A 3MMVA 3ASMA 4JRQA 1HNIA 1KVCA 4CD3A 1MA9B 1BQMA 2DFEA 1EETA 1REVA 3L2QA 3LALA 4MO5A 4BR2A 1JCGA 3LAKA 2GBZA 4JV5K 3SJJA 3K5OA 1NGDA 2VG5A 1Q86O 3VENA 2UU9K 2XY8A 5C24A 3MN6A 2WONA 1X9MA 3JYTA 2KFZA 4NLBA 2O8DA 4X62K 3NMUA 3KK1A 1NJYA 4BWJA 2AP1A 1NK5A 3JXUA 1GLLO 1X1PA 2YV0X 1WBDA 1KFDA 1XMQK 3THYA 2O8BA 2D5RA 3QEIA 1GLFO 1KCFA 1A5VA 1HKCA 2ZJPL 4FLZA 3MCAB 4HUFA 4CBUA 4CEOA 1RT5A 4O0IA 2XO7A 3D45A 3E1YA 3O6WA 2F7TA 4HVJA 2NLXA 1NGIA 3OTOK 3LANA 2WFBA 1QSLA 3VN5A 5HBMA 4NYFA 3VEXA 3O9RA 3QERA 5GAGP 4F8RA 4RG8A 3EYZA 2O8BB 4CGFA 4FOIA 3FE1A 1HYZA 3HPOA 3DAWA 5JLFA 3TTCA 3VEOA 4G1QA 4NXMK 3OYIA 2QW9A 4I9QA 3CJ9A 1NK4A 3OYHA 3AVFA 2RN2A 3C6UA 3KLGA 3QNNA 2O8FA 1T3VA 4LFAK 4GNIA 2XY5A 4Z0UA 4BRKA 4DFKA 4CZIA 1RT3A 1HJRA 3OS1A 3RVCA 3TU5A 1Z05A 3L2UA 1BDGA 1IBMK 2O4IA 4M7YA 4E7IA 4GKJK 1GOCA 3VQCA 3AVBA 4BVPA 4ILJA 4AHSA 1WN7A 1EX4A 3JS6A 4CEEA 4HTUA 4FJJA 1RBUA 2P9KB 1BIUA 3AA4A 5C42A 4M3TA 2QKBA 3HP9A 4KHNA 1NLVA 3CI5A 4CFAA 4FWKA 2PAVA 4BRPA 5KRSA 3L3VA 3ZSVA 4A2BA 3PIOL 4BC4A 1YT3A 4FLWA 4BRFA 1JCEA 4BGBA 4DR7K 4BRQA 4FO0A 5AFUA 1MWMA 3IRXA 4JK8A 2OZSA 1QQOA 2OCEA 3RMAA 2NZTA 1C0TA 3LDSA 3NAEA 4DV7K 4DSLA 2P51A 4CEAA 1QQCA 3SMPA 2UUBK 3MX5A 1RTIA 1LAWA 1LWEA 2FF3B 5M1PA 1XNQK 1J54A 2QWRA 3HZ6A 2Z1IA 1XMOK 3U3YA 4IFYA 3DLRA 4DS4A 1H1VA 1YAGA 4OKKA 4BQLA 3NFAA 4A2AA 1UA1A 1SKRA 2ASMA 1VQ5N 3DRPA 4FZYA 3S3NA 1RT2A 1SAZA 3LZIA 3DI6A 3SBTA 4DTJA 1NOZA 1N34K 3D2FA 3DLKA 4JRPA 2ZM6K 4H03B 1QVGM 4B3MK 1P8ZA 3H45C 5BRDA 2KKZA 3VQ9A 2P9SB 4BVOA 2YNGA 3LAMA 1I94K 4KH5A 1J53A 1WLJA 4FM2A 4JD2A 3F9MA 4WFAL 1VQKN 1RT1A 4IJNA 1QHAA 4CJTA 3W3DA 2QWMA 4ELUA 3CC4N 3BUZB 4CGIA 2OANA 4BDYA 4A5AA 3D2FB 1NGBA 4FVUA 2UXCK 4PL7A 4PHTX 3OYDA 3VTIA 4LF8K 3F5TA 4FW2A 2Y1JA 4C1NK 3D2EA 1UAXA 4BWMA 2HBLA 3O3FA 4JHDA 5EVZA 4JI4K 4OO1J 1WUAA 2GUPA 1KTQA 2ITMA 4CEDA 4F2SA 3OYFA 2D0BA 1QZ5A 3VOVA 1GOBA 2E1YA 1RDDA 4FK2A 3QIPA 4DV1K 3H6EA 3OW2M 3LWLA 1HRHA 3CQXA 1NKCA 4ISEA 4DTRA 4L3QA 4U67L 1KFSA 3JSMA 2G8IA 2G8WA 4KI6A 4B3SK 3D2EB 3MEGA 3KD1E 4JHDB 3AARA 1JCFA 1U2VA 3TSQA 4JI0K 1C1CA 1TKTA 2R7YA 3HXMA 2QXFA 4CHOA 1L3VA 4DWIA 3I0SA 2B4JA 4CESA 4JKFA 4DR3K 3G4SN 2VWKA 3U9ZA 4DS5A 1JL1A 2VYPA 3WT0A 1BHLA 1KD1O 1VRTA 1QQNA 3VEYA 1WSEA 3EKSA 3I33A 5F1XA 2WC9A 3FZFA 4GVMA 4CF0A 1Q81O 1ASVA 1C0FA 1BA0A 3HM8A 4DV3K 3WXJA 3UIQA 2IAJA 4MO4A 3RSEA 1U2VB 5I42A 5AZJA 4ELTA 1ASWA 3A5OC 2WUSA 5KGXA 4Z4IA 2YHYA 2HMPA 4RW4A 3KK3A 3PV8A 3QB0A 1YI2N 5ELZA 1D4XA 3GE1A 1TVRA 5C10A 3M8SA 1TAUA 3S3OA 5BR9A 3RR7A 3T69A 4WF9L 5KGWA 1ZXOA 4JYAK 1MU2A 4FJ5A 1FK9A 4CK2A 4N56A 4KTWA 1HPZA 4BY9C 1S3XA 1TV6A 4N41A 4DKWA 4DV4K 1N33K 1NNEA 4CZLA 5AZJB 5EX5A 3QBXA 3QFUA 3BZKA 1T7PA 3ULDA 4DSFA 1L5UA 4Q0BA 2HF3A 3L2RA 3J7ZO 1DGKN 4OGEA 3KTQA 3QIOA 3SAGA 4KBOA 5BREA 4RW6A 1K8AO 5C15A 3C6AA 2H3GX 1LWCA 3V1RA 4FM0A 5CR4A 3HPGA 1DTQA 4O5BA 3DLGA 4B1UB 4MLHA 1HQEA 5LL6Z 3EY1A 4WYBA 5GIOA 4OLBA 1L3TA 1HNWK 3VQ7A 4KB1A 3MN9A 1I39A 4CF9A 1B9DA 1UWBA 1QZ6A 3MX2A 1W2BM 3O3HA 3EZWA 1TKDA 3KK2A 1QE1A 4CJRA 1LW0A 1T6DA 3V4IA 4E1MA 1N32K 2GWKA 2Z1JA 2O4GA 3EE8A 2HNDA 4OJRA 1U4BA 4CEBA 2XY6A 4J2AA 3LDNA 1VRUA 2RKIA 3ZSQA 1XUPO 1OKJA 2HNYA 1TUYA 4PKGA 4E7HA 3OYJA 4UY8O 3LP2A 1IH7A 3C0BA 3CCSN 1NU0A 2Q0RA 4FJMA 4NLCA 4E3SA 3VETA 1SV5A 4C23A 4Y1DA 4ISFA 1BG3A 3ZSWA 1LV5A 5GAHP 1U04A 3G0ZA 3TAFA 5AZIA 5C0YA 4ILGB 3MAQA 3EEQA 3BDPA 1N8RO 1NGAA 1Q7YO 4LF7K 2ATQA 3FGUA 1HR0K 4FCYA 4CZMA 4JKDA 1NGJA 4YY3K 4CJ4A 4KHPK 2JWLA 2P1JA 3VEWA 3V9UA 2KZMA 1Q82O 3VQ6A 1U45A 1L3UA 1KXPA 1Z26A 3AO2A 4BGAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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 1Q81 O;  4UY8 O;  3CCV N;  1QVG M;  5MLC Q;  3CXC M;  3CCS N;  1S72 N;  1QVF M;  1VQM N;  1YJ9 N;  3CC2 N;  5HL7 L;  5GAH P;  4WFB L;  2ZJQ L;  4WFA L;  2QEX N;  5GAD P;  3CCE N;  1NJI O;  1VQK N;  1N8R O;  3CD6 N;  1YJN N;  1Q7Y O;  1YI2 N;  3I55 N;  1VQ8 N;  4IOA L;  1KQS M;  2OTL N;  3CC4 N;  1VQ4 N;  3CCU N;  5GAE P;  4WF9 L;  4WFN L;  3CCJ N;  5DM6 L;  1Q82 O;  3CCQ N;  1M1K O;  3CCM N;  1JJ2 M;  1VQN N;  5JVG L;  1VQP N;  1VQO N;  3CCL N;  3DLL L;  3J7Z O;  3PIO L;  1Q86 O;  4IO9 L;  1VQ7 N;  3PIP L;  1K8A O;  1KC8 O;  3OW2 M;  2OTJ N;  3I56 N;  4U67 L;  3G71 N;  3CPW M;  2QA4 N;  1YIT N;  2ZJP L;  3CC7 N;  1YJW N;  5JVH L;  3CME N;  1K9M O;  1K73 O;  1VQ6 N;  1OVY A;  3G6E N;  1YIJ N;  5H1S Q;  1W2B M;  1M90 O;  1VQ9 N;  1VQL N;  1YHQ N;  3G4S N;  1VQ5 N;  3CF5 L;  4WCE L;  5DM7 L;  1KD1 O;  5GAG P;  4IOC L;  3CMA N;  1ILY A;  3CCR N;  2ZJR L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4NCB A;  1SL2 A;  4AIL C;  1MDU B;  4B9L A;  3SLC A;  1VQM N;  3R6M A;  5LJV A;  2E2N A;  2D1K A;  1JLB A;  3OA9 A;  2O8F B;  3SPZ A;  3L3U A;  4U7B A;  2NRW A;  5AQW A;  4CZH A;  2E88 A;  3U9D A;  2BAN A;  3QIN A;  4IDH A;  2FXU A;  2NUB A;  1JLC A;  1V4T A;  3OYK A;  4KHU A;  2YNH A;  2RHK A;  5JS2 A;  3SV4 A;  4FPB A;  4H5V A;  3CCJ N;  3P39 A;  4JKG A;  3VA0 A;  3RMD A;  3MWP A;  1BOT O;  3U3G A;  4AHU A;  5AQF A;  1NK6 A;  3CQY A;  5JVG L;  2NRX A;  4BE0 A;  4W5O A;  3AVA A;  3CCL N;  3L8B A;  4PY5 A;  4DF4 A;  2NNW A;  4YDU C;  1XC9 A;  4N47 A;  1G15 A;  4QS9 A;  3GG4 A;  3ZSX A;  4ICL A;  1BL3 A;  1R59 O;  3PO4 A;  4LH5 A;  3ZLJ A;  1ATN A;  1S22 A;  2NRV A;  3T7Z A;  4M7X A;  4FK4 A;  1QSS A;  1KC8 O;  2KLA A;  3TR8 A;  4DMN A;  4XH5 A;  2FBX A;  3DXM A;  4IO8 A;  5SWM A;  4J2E A;  1U49 A;  4B8C A;  3HRG A;  4DG1 A;  3O4W A;  3A2F A;  4CFB A;  4FLT A;  3AAP A;  3LL3 A;  5AQN A;  2P5G A;  4RCH A;  5DK5 A;  3NGY A;  4CHY A;  3I8D A;  1ASU A;  1TKX A;  3QML A;  1N36 K;  5KTQ A;  1U47 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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