3G71N

Co-crystal structure of bruceantin bound to the large ribosomal subunit
Total Genus 41
204060801001201401601800510152025303540
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (11-15)EMPTYS4 (101-103)TI2 (39-42)TI4 (62-65)S2 (43-49)AH3 (78-94)S3 (56-62)3H1 (67-69)TI5 (63-66)AH4 (114-125)TII'1 (104-107)TII1 (110-113)3H2 (133-135)AH5 (139-143)AH6 (169-180)TI6 (144-147)TI8 (146-149)TI10 (148-151)TI7 (145-148)TI12 (150-153)AH2 (20-28)S1 (33-38)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Ribosome
publication title U2504 determines the species specificity of the A-site cleft antibiotics: the structures of tiamulin, homoharringtonine, and bruceantin bound to the ribosome.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal RNA
total genus 41
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-02-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3g71N00
1KD1O 1YIJN 1VQ6N 3CCUN 4IO9L 1VQPN 3CCVN 3CCRN 1QVGM 3I55N 3CC7N 1YJWN 5GAHP 1VQ4N 1KC8O 2OTLN 3OW2M 1N8RO 5HL7L 1Q86O 1JJ2M 1Q82O 5JVGL 3PIPL 2ZJPL 1YJNN 3CC4N 3CCSN 3CD6N 3G4SN 3CCLN 5GADP 3CXCM 3DLLL 2ZJQL 1VQ8N 1VQMN 4WCEL 4IOCL 1YHQN 3G6EN 4UY8O 3CC2N 3CCMN 4WFBL 1VQ9N 5JVHL 1VQON 1NJIO 1M1KO 5GAGP 3CPWM 1K8AO 1Q7YO 5MLCQ 3CCJN 1VQNN 4IOAL 1Q81O 1VQ7N 1VQ5N 1YITN 1ILYA 1YJ9N 4WFAL 1QVFM 4U67L 1K73O 1OVYA 1VQLN 3PIOL 4WFNL 3CMAN 2ZJRL 2QA4N 3CCQN 1K9MO 1VQKN 5H1SQ 3CCEN 3J7ZO 3G71N 2OTJN 4WF9L 3CF5L 1YI2N 2QEXN 5DM7L 5DM6L 1W2BM 1S72N 1KQSM 3I56N 5GAEP 1M90O 3CMEN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LAKA 3OJUA 2KW4A 3H3NO 3TTDA 4AM6A 1Q8IA 3VQAA 4NXMK 3DI6A 4DWIA 2UXBK 4DSKA 4W5NA 5KGWA 5SZTA 5CE3A 5KPTA 2KZMA 3NDKA 4CHOA 4IFVA 4FJ5A 4H0XB 3DRPA 1YUWA 1ATRA 4DR5K 3QLHA 4B3RK 4BRAA 2F9TA 2X74A 4IXCA 3LDNA 4OO1J 4JHDA 5AZJA 2CH6A 3I0SA 3PO4A 3SMSA 3AV9A 3OS2A 4CJWA 3ASMA 4FWKA 3D0PA 4KAZA 4IOCL 3LWLA 2IS3A 3K57A 4AHTA 4WQ5C 3HZ6A 3M8RA 2A5XA 3K5LA 3S3NA 1BWFO 4O4GA 3ZT2A 4FLUA 3P39A 3VEYA 1BQMA 2E8AA 2E20A 4C8MA 1NK7A 3HSTB 5AQMA 1C6VA 4BVPA 3A5NC 1WB9A 3DLHA 2GELA 5MLCQ 2OPSA 2Q2RA 3CJ9A 3RVCA 3S3MA 1LV5A 5FROA 3QEXA 3K59A 1SL2A 1VQ7N 3J81O 4FPAA 2O4GA 1N5YA 3ZSYA 4FM1A 3HP9A 4JI0K 1KLNA 4OLAA 3ZYYX 1IV0A 3GG4A 3HL8A 4GVEA 1IH7A 5BR9A 3TR8A 5CZ2A 5JICA 1HLUA 4Z4CA 1D9FA 3V9UA 3SQ4A 3HJFA 3LWMA 3HVRA 2HHUA 3EL2A 2HF3A 4GW6A 4MDBA 3AVHA 2BE2A 3QEWA 2O8DA 3THWB 4DQIA 1C0MA 3DXMA 4A59A 3KVGA 2P9PB 3CHWA 1NKEA 3LPTA 3TABA 3AVGA 4G9ZA 3EN9A 3L4QA 2GWJA 2YKMA 5FPNA 3SUQA 3CQ8A 2B4JA 2QTDA 2GV9A 4CHPA 1LWEA 3OYGA 4JKGA 2HBMA 3GOIA 3ZCMA 1SL1A 4CJ7A 1RT4A 5CY4A 4NO7A 5AQYA 2QXLA 4DCHA 4JKDA 4CIGA 1HNXK 1VK0A 5EVZA 1VRTA 3AA2A 5M1QA 3VN5A 1RT2A 1I3AA 2NRRA 4KFBA 2IAJA 2P9NB 3U8XA 5GADP 2HOEA 2I5JA 3HSCA 4DTRA 4LSLA 2UXDK 1IKXA 1T7PA 1GLLO 4CZIA 4WCEL 4F2RA 3ZSXA 4BRKA 4FWMA 2JWKA 3PV8A 1HNZK 3QIOA 4FZYA 3HYFA 5JVHL 4I6MA 2VQEK 4K25A 1QSSA 2H3GX 4CGHA 4E7IA 3VQQA 4M3WA 5J2PA 5CZ1A 3T1AA 1RT6A 1ASVA 1BIUA 1GLDG 1QQOA 1RDCA 2HHTA 3BY5A 3CCJN 1RFQA 1QQMA 1LWCA 3ENHA 1J5OA 1EWQA 3Q7BA 5I9EB 3K9KA 2CGJA 2V52B 3KWIA 5FRNA 3HPGA 3SAFA 3SPZA 2J4RA 3DLRA 4DFKA 3RTVA 1UOCA 3N4PA 3OYAA 3MX5A 3PIOL 4LF6K 4BE0A 3TSUA 3M1FA 1QHAA 3VQ7A 2A41A 2QA4N 2NRWA 2A40A 4FJKA 2B5JA 2VG5A 1VSFA 2RN2A 3LAMA 1KAXA 1RTIA 4IFEA 5LY3A 1REVA 1RGIA 3SQ1A 4Z4FA 4B1YB 3MDQA 3DXKB 3NBPA 4BR9A 4JKBA 1S72N 4BC4A 4O8UA 3NCIA 2XY8A 2IOCA 4BGBA 5LMNK 2YNFA 1R59O 3KD1E 2PZSA 3RSEB 4CJUA 3P83D 3SUNA 3CCVN 4EFHA 1FKPA 3Q7CA 4KTQA 4B9VA 2OPQA 4LC9B 4LH5A 3H6EA 5BN8A 2D1KA 4R5PA 2A42A 4I2QA 3OHRA 3U3YA 2VWJA 3MWTA 4DTXA 2PY5A 1JXEA 4CFBA 4LF4K 3TTFA 4CGGA 3E9OA 4Q5VA 1HUXA 3SPYA 2QKBA 1GLEG 3SUPA 1L3UA 2D0CA 1E4GT 4MLEA 3HP6A 3CXCM 2HSTA 4FLWA 3V9WA 1HKGA 3MN6A 2O8CB 2ITGA 4CZHA 5GIPA 4ILHA 1BA0A 4PL8A 3KLHA 3G25A 1VQ9N 4M7XA 4IDKA 2G8IA 3SBTA 3CFRA 5E41A 3SI6A 1UA0A 3QINA 3LM2A 4OKJA 1ZXOA 3V1QA 4FOIA 2KTQA 4HCBA 4W5QA 2YV0X 2O8BB 4FOEA 4AQYK 2ITMA 2HNDA 5FDLA 4CJEA 1N6QA 2HHQA 5I3UA 4JS4A 1P90A 3KHYA 3TSPA 2E2PA 3VEVA 3TU5A 3VA3A 4KTWA 3VENA 2HHWA 2GBZA 3PX6A 4CD1A 4DFPA 1BGXT 4ZTFA 1NKBA 4LF8K 4KB0A 5A2QO 4HTLA 1U48A 2ASMA 3G0ZA 5J1EA 3ZETA 3BF1A 2F96A 2VYPA 1RTHA 4WQ4A 5LJVA 3O80A 3VQ4A 3E66A 1EX4A 5AQNA 3VQPA 3VETA 5BPNA 5DK5A 1J54A 1M90O 4RCHA 5JS1A 1S6PA 1WN7A 1Z26A 2FC0A 2YX6A 4A2BA 4BR0A 2E2NA 3NE6A 3M8SA 5ADXA 1TK5A 3F73A 3ZX3A 1QVGM 3KLEA 2Q31A 4ID1A 4B9NA 2BGGA 1ZBIA 2OTLN 2DPNA 3OW2M 2YHAA 3MN9A 1SL0A 1NMDA 5BPLA 4FYDA 1TYQA 3AVFA 3KZBA 1WSGA 2IC3A 1RDBA 4LF5K 3WT0A 3DJCA 4OPAA 1OH8A 5GINA 3PIPL 3QEVA 4JD2B 1BG3A 1J6ZA 4MDAA 4LFCK 4Q0BA 1HQUA 3KLFA 1DTQA 2YNIA 4YDUA 3ZSQA 4PKGA 3FZKA 3A5MC 4KH4A 4YOUA 4FO0A 3THXA 2DY4A 4OPKA 3BEXA 4EZ6A 3AO2A 4UY8O 3CC2N 3DWLA 3THXB 4JI3K 4DLGA 3K0SA 3CYMA 3K5OA 1NJXA 2VGNA 4OLBA 1NGCA 3AA3A 1V4TA 3DYAA 1M1KO 4EZ9A 2JLEA 1TL1A 5KRSA 3NH0A 5J2MA 3EE8A 4H03B 1V4SA 5AFUH 5FLXO 3QB0A 1RT5A 2F8TA 1FJGK 4AHRA 3OA9A 4FK4A 4Z4EA 4DQSA 4DR1K 3IG1A 3W3DA 1C0GA 2YNHA 1Y64A 3O1WA 3L3UA 1P8ZA 1CXUA 3DMJA 3VGKA 4N41A 1LW2A 2Z1GA 2GUIA 3A5OC 2EX3A 2P9SA 4FWRA 4RW8A 2HMPA 5CR4A 3O3GA 3TARA 2A1SA 4GKKK 3VF2A 2Q1NA 1EO1A 4KHWA 4JAXA 1SZ2A 4NLCA 4JKCA 4CK1A 4CD3A 2QWMA 1JLAA 1F21A 1QZ6A 2F9WA 3CM6A 5H1SQ 4E7JA 3CCEN 1BHLA 4HVJA 1XWLA 4L3QA 3T1HK 3VEXA 1RCHA 4CZMA 3JYTA 5DM7L 4GKJK 5LMUK 3O4NA 1RT3A 1KQSM 2HVIA 5M1PA 5M1OA 2P9UA 1KTQA 5KPZA 3FLCO 4G1QA 3A0IX 3CJAA 3D2FA 2HNYA 3QMLA 1YIJN 4KHYA 4MLHA 4K0KK 4BR4A 1A5VA 4X64K 3CCRN 1KFSA 1ITGA 3WEEA 1W97L 1RBSA 3SJJA 1NK8A 3BP8A 1TK0A 3WEEB 1QSLA 4BE2A 4R79A 1D5AA 4RWTA 3LDLA 4NB4A 1JKHA 1EWRA 3QNOA 3HM9A 2XY6A 3AVCA 4CIEA 4QOZB 4F4KA 2AP1A 3DOKA 3WXMB 3G4SN 4JEPA 4OJRA 4E7HA 3DLLL 1XUPO 5F0XA 1L5UA 2IVNA 3SAGA 1QTMA 3O3HA 3T69A 5E84A 3THVA 3MEGA 1X9JA 3L3VA 1Y97A 4J2DA 3VF6A 3CCMN 4GVMA 3K5NA 3FFIA 1TGOA 1DTTA 3UB5A 1X9MA 4HUFA 5GAGP 3J8AA 5AQTA 1B92A 1Q81O 5AZIA 1JCGA 1FK9A 2WC9A 4YY3K 1XMQK 1XMOK 1NGJA 1C0UA 2DTUA 3BZKA 4B8CA 4CF2A 1IBMK 4WFAL 4FWPA 1QVFM 4JI6K 3LP0A 3K2PA 4KRFA 3M3ZA 2UUCK 4LFAK 1TKXA 2Q0UA 2BANA 2YCHA 1T44A 3SMPA 3VERA 4B9MA 2Z1HA 4NXNK 4HCCA 1BI4B 5HRRA 4PQUA 1VQKN 4B9SA 1H1VA 1G99A 3CJCA 2A6AA 1XHZA 4WF9L 4CERA 5AQRA 4YOWA 2BUPA 4JRPA 1C1AA 4CEAA 2XY7A 1B9FA 4LH4A 4DR7K 4BRPA 3SV4A 4KB1A 2Q36A 4FK2A 3UKRB 1VQPN 1X9WA 1LAVA 3C7NA 1BISA 1EETA 2D4WA 3FFKB 3H46O 3VQ9A 4Z94A 4B9TA 1RT1A 1NJYA 1S6QA 4JI7K 5F1XA 4DF8A 1BA1A 2VWKA 3C7NB 5CYMA 4CE9A 1KAZA 3RMBA 4E7KA 3GL1A 1Q82O 5JVGL 3NFAA 4DQPA 3AO5A 3HBTA 5AQQA 1RBTA 1T6DA 3WQTA 1S1XA 3CCSN 1SV5A 4BRCA 4KHQA 4JKHA 4H0YB 2ATQA 4FW1A 1NU0A 3O3FA 2UUAK 3FR0A 3MXMA 3AO1A 1TVRA 3PSFA 1YHQN 4FWOA 4JKEA 1ZYQA 1OH6A 5HRPA 3C6UA 1TKTA 4X62K 2OPRA 3KKRA 1VQON 3PY8A 4BR7A 4FVUA 3MCAB 4CGDA 2RHKA 1Q7YO 1VRUA 4DR3K 4JHDB 3JS6A 1U2VA 5AZJB 4IOAL 5GIOA 4W5TA 3CJBA 4YORA 2FSJA 3SUOA 1JLQA 3EYZA 1U2VB 4XEIA 3ULEA 1NK5A 4DV1K 1QHTA 1Q9YA 2DFHA 4BG8A 2R7YA 3A8YA 4M3YA 2D0PA 1VQLN 3WNHA 3CJ7A 2F8SA 3CMAN 3ZLJA 3L6QA 4X66K 1K6YA 5AQKA 3CCQN 4DTUA 1ASUA 3H1VX 1E3MA 2F4VK 3T19A 1BUPA 1HKCA 2QWOA 4GNIA 1YTUA 4FZXC 5ADXH 3VOVA 1W2BM 1TL3A 4BC3A 1HNWK 3PX4A 2PAVA 3PO5A 3A2FA 3GDQA 3MEEA 4H0TB 4LSNA 4QS9A 3CCUN 4DSJA 3VPZA 4B1ZA 5DMRA 2UYTA 4JNEA 4CF0A 2WONA 3P4IA 3DAWA 5GAHP 1NWKA 4ISFA 3CM5A 3N4QA 1XHXA 4HWIA 2QWLA 2KFNA 2GTDA 5KQ8A 4OGEA 1T03A 4F3TA 3HM8A 3DRRA 1GLFO 2AA4A 4CEQA 1RILA 4RG8A 2HBLA 1XC3A 3LDSA 3H45C 3U4LA 3C94A 1NG9A 2W6KA 3LALA 2O8DB 1RDDA 4BDZA 4I2PA 4CHQA 3CCLN 1TAQA 4M3UA 4H0VB 3ZSVA 3DXMB 4DB3A 5K14A 4AM7A 4JKFA 4DFJA 4J2AA 1BCMA 1VQMN 1IG8A 3K5MA 1NBWA 4GV3A 3ZEUA 3MCPA 5HP1A 1QZ5A 3O8MA 2P5GA 4DKWA 3G6EN 3DLKA 4UQGA 3VEOA 2HMIA 4JKGB 4JI4K 4FJGA 1C1BA 4CGJA 2YJFA 1T3VA 1JL1A 1HNIA 2QKKA 2FLOA 3OY9A 3CPWM 4XIUA 1NGBA 4DMNA 2ZGZA 3LZIA 4FLZA 3EO3A 3HT3A 4H5RA 3B6OA 4CZLA 2V7YA 3VQEA 4CK3A 1OH5A 4PKIA 1NK0A 1W0HA 2P9KA 1OKJA 3OS1A 4XH5A 4YOTA 4C8KA 1MDUB 2KLAA 2HW3A 3RMDA 1KSPA 1Z6RA 5BR8K 4DSEA 4N47A 4J2EA 3AO3A 1NK4A 2RPIA 3QBWA 3FZMA 4I6MB 4E3SA 1W7AA 1KVBA 2BH1A 3HI0A 3WXLA 1YF5L 4EHTA 2P9IA 4BWJA 2QWNA 1YAGA 4HTUA 1Q18A 2QWRA 3CF5L 3NGZA 2P9IB 3CG7A 4DQQA 4TSXA 1XNQK 4L8RB 1YT3A 1W9HA 4B9UA 5KGXA 5GAEP 3CI5A 4OKKA 1EXQA 4BACA 3KLIA 1VQ6N 1BO5O 1J9AA 4KH5A 3ZSWA 1XQSC 3AO4A 1WUAA 3O9UA 2X6NA 1UAXA 2FBTA 1YJWN 2Q0RA 1JCFA 1NGIA 1N36K 1SQKA 3V4IA 5HL7L 3AVNA 1XNRK 1N32K 4KHSA 3S9HA 4FPBA 4KREA 1MA9B 4ISGA 3ZSRA 3U9DA 2ZJPL 3E9LA 1VSIA 1HQEA 1TAUA 4FJLA 4Z0UA 3VQDA 4W5OA 4GMJB 4HHTA 1JL2A 2YHYA 1VQ8N 1C1CA 4CHNA 3QEPA 1UWBA 2NUBA 3IFRA 4ILJA 5E26A 4O0IA 1HKBA 5CYQA 5AQFA 4HUGA 2WTUA 2E1YA 4DV0K 3ATVA 3F9MA 2P5OA 2HB5A 1KAYA 1S1VA 3OYDA 2D5RA 1FKOA 3I33A 3ZT4A 2FBXA 5D3GA 4EHUA 3HPOA 1NKCA 4DS4A 4MO5A 3AAPA 4CFCA 1SAZA 4A5AA 4RW7A 3KTQA 3BF3A 3KWGA 3FZLA 4KHNA 3NF7A 2E5LK 2G8UA 3J80O 5BRHA 1RDAA 4KKOA 1DT9A 5AQWA 4XH1A 1MWKA 1L3SA 2RF2A 5C2FA 5T7BA 2LSNA 2EWSA 1GLCG 3VF4A 4BREA 5KI6A 4O0JA 2WOMA 2FBYA 1ATNA 4E7LA 1I39A 3AA4A 3W0LA 2RE2A 3WXKA 4E19A 2ZD1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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None
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