3GBTA

Crystal structure of gluconate kinase from lactobacillus acidophilus
Total Genus 149
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
149
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
SLKYIIGMDVGTTATKGVLYDINGKAVASVSKGYPLIQTKVGQAEEDPKLIFDAVQEIIFDLTQKIDGKIAAISWSSQMHSLIGLGSDDELLTNSITWADNCAKSIVQDAKNRGFAQQIYRKTGMPMHPMAPIYKLLWLKNKKTEVFSQAQKWIGIKEYIIFRLTGKLVTDTTMAAGTGILNLKTLTWDQELLDILKIKKEQLPKIAQPTKVIFPIKTEYVKKLGIDSDTKIILGASDGYLSTIGVNAIDSDHCALNVGTSGAIRTIVDQPKIDPSASYFCYPADKTHYLLGGPVNNGGIVFNWARQTLFDADETPQDFLDVAQTAPAGSRNLIFLPYLGGERAPIWDANARGSFVGLTRMHQKPEMARAVIEGIIFNLYDAASNLIKNTKKPVAINATGGFLKSDFVRQLCANIFNVPIVTMKEQQSGTLAAMFLARQALGLNQDLSEIGQFAQADKVYFPNPKEAATYQKLFPLYCEIRNALAASYGKFS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Lactobacillus acidophilus
publication title The crystal structure of gluconate kinase from Lactobacillus acidophilus
rcsb
molecule keywords Gluconate kinase
total genus 149
structure length 492
sequence length 492
ec nomenclature ec 2.7.1.12: Gluconokinase.
pdb deposition date 2009-02-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3gbtA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3gbtA02
3H45C 2IIRA 3U4LA 5AQJA 4B1YB 1TYQA 4H0TB 1NM1A 2E88A 3VF6A 4BC3A 2ZGYA 5F0XA 2P9NA 1X9JA 2GWJA 4H0XB 3A5NC 1NGFA 4QS7A 4H0OA 5F1XA 5BREA 5E26A 2E2QA 3ENHA 3VEWA 4BC5A 5JMVA 2GWKA 1WOQA 2P9KB 4BVPA 5AQPA 5BN8A 1RFQA 1BDGA 5JLHA 1XUPO 2P9PB 3LM9A 5AQHA 4JAXA 2QW9A 5TKYA 5BRFA 2I7PA 3GL1A 3ID8A 3CI5A 3FZFA 2PAVA 4J8FA 3QMLA 2Q1NA 4O5FA 2A40A 4XH4A 3HI0A 1GLJO 1TYQB 5FPNA 1ZBSA 3DXMB 3WQTA 4CZGA 2YJFA 2E2PA 3CJ9A 3D2FA 3DXKA 2ASPA 1KXPA 4FWKA 4CD3A 1ATNA 2FSJA 1NGEA 2V51B 2GTDA 5KQ8A 1J6ZA 2QXLA 4BG9A 3MN9A 2ZWHA 4QS8A 1NGBA 3C7NA 3U8XA 1X3NA 1BU6O 4CZIA 2BUPA 4MO4A 4B1ZA 4YDUC 3VGKA 1NMDA 2ZGZA 2ASMA 1DKGD 4IJNA 5AZJA 2E2NA 2V7ZA 3ENOA 4QS9A 4B1UB 3ATVA 4H5RA 5BPLA 5AQFA 4H03B 3UB5A 1OKJA 3HBTA 2HOEA 2HF3A 4I6MB 4CBUA 3O08A 2D0PA 3HZ6A 3FLCO 3BP8A 4BC2A 5AZIA 1SAZA 4B1WB 3WUHA 1NWKA 4BGBA 2Q0RA 3MCPA 4EIAA 3AAPA 3I8BA 4MLEA 1NBWA 3ZEUA 2YJEA 4CBWA 3MN7A 1BUPA 3VENA 2GUPA 3O80A 2P9UB 3QDKA 3GBTA 3U9ZA 1XQSC 5AZJB 2FSKA 3CQXA 3O6WA 3ZETA 3M6GA 2CGKA 3FGUA 3AARA 3A8YA 5AQVA 3VEZA 2IVNA 3A5MC 2QWLA 1K8KA 4BR2A 3ZX2A 5AQZA 3QB0A 4BR0A 2A5XA 3VEVA 4M7XA 5AZIB 4BC4A 4FO0A 4BRAA 2KHOA 5AQWA 4DHYA 2BTFA 3VEXA 4WQ4C 3C0BA 3QBXA 1C0FA 3CJ1A 1DGKN 3H1VX 2Q36A 3CJCA 4BROA 1IJJA 2PBDA 3CETA 5BN9A 1KAXA 4BRQA 3VOVA 1DEJA 1QQOA 5AQMA 3QFUA 3DJCA 1HKGA 2P9KA 4CZJA 4FWNA 3FZMA 3F9MA 4WQ5A 1K8KB 4BR4A 3EKSA 4FOEA 1CZAN 1TUUA 3SJHA 4CZFA 5BRDA 3WQUA 4RWTA 4WYBA 4PKHA 4A62A 4FL9A 4BRIA 2Q2RA 4MLHA 4NB4A 3VF4A 4EHUA 2CGJA 3LM2A 3VEOA 3A0IX 4AM7A 2FSNA 4ISFA 4CZKA 4ISEA 4BG8A 3H3NO 2AA4A 2GELA 4FSVA 2I7NA 3VF2A 3D2EB 1JCEA 3DXMA 3M1FA 3O8MA 3GE1A 3BUZB 1MA9B 3FFKB 2D4WA 1EQYA 2F9TA 1D4XA 2OANA 4XEIA 2FF3B 3CHWA 2P9LB 4JNEA 3ULEB 5AQYA 3MDQA 3H6EA 3WT0A 4BGAA 5F2RA 2W40A 4C23A 1XC3A 5AQNA 1BWFO 3VEYA 2FF6A 4RTFD 1U6ZA 4IJAA 5AQRA 4I6MA 5AQGA 5KPRA 4A2BA 4FWQA 2UYTA 1HKBA 4JD2A 3LDNA 5KQDA 1GLBG 4PKIA 4IWVA 1HKCA 4A2AA 3LDQA 3A5OC 1GLAG 3VPZA 3O4WA 4YDUA 4CI6A 5JLFA 3QICA 2F9WA 4CBXA 3L0QA 4BQZA 2QWNA 2P9UA 4HWIA 3CQYA 5EOYA 4XH1A 1RDWX 1QQNA 5AQTA 1NGAA 1NGJA 2NZTA 3FZKA 3VERA 3SLCA 2A3ZA 3VETA 3KZBA 5LY3A 4BR5A 4BRMA 1SZ2A 3W0LA 2QM1A 3KHYA 5FPMA 4JD2B 5AQKA 2YHYA 1GLCG 2DPNA 3GDQA 3P4IA 2E1ZA 3EN9A 3FR0A 3ATUA 2NLXA 3QBWA 2FLOA 2YCHA 5AFUA 5AFUH 3U9DA 3IFRA 5JICA 4FWMA 1S3XA 2QWOA 2QWMA 1BOTO 1LCUA 3H3OB 3R6MA 1NGCA 4FWRA 2ITMA 4DCHA 4K41A 3QFPA 5I9EB 1SQKA 5AQQA 3ZX0A 2GEMA 3MMVA 1ZXOA 4PL8A 3JXUA 4FWSA 1GLEG 3EZWA 5AQIA 1QZ5A 3O5BA 4H5VA 2D0OA 1H1VA 3EL2A 1P8ZA 4WQ4A 5AQLA 3A5LC 5EX5A 5KPZA 3VGMA 4GY2B 5KPTA 4M7YA 1KAZA 1T6DA 1R59O 4BRCA 3D2EA 3CIPA 1MDUB 5B8HA 4O8KA 2YHWA 4MO5A 3CJAA 2HMPA 2CH6A 4L3QA 1NGHA 4FPBA 4PL7A 3L6QA 3J8AA 1WUAA 2QWQA 5LJWA 2E20A 3AAQA 4B1XB 3WXLA 2VWBA 3SK3A 1JCFA 2P9LA 3ULEA 3HM8A 3GOIA 3IDHA 1HUXA 3M3ZA 3W3DA 1HJOA 1HX1A 1U2VB 2A42A 4BR9A 1V4TA 4CZMA 2AP1A 1BA0A 4H5TA 2A6AA 1ESVA 4LC9B 2QWRA 3AY9A 4H5WA 2WUSA 2QWPA 3O1BA 2CH5A 3FZHA 3MN6A 2E8AA 4RCHA 2NRHA 3IMXA 4BRFA 3DAWA 1ZC6A 2A41A 4BR7A 3HTVA 1BO5O 1IG8A 2V52B 4XH5A 4H0YB 4IZ9A 2ZF5O 4HTLA 4PKGA 2Q31A 2FXUA 4CD1A 4IO8A 1YVNA 4FWPA 1C0GA 1E4GT 1MWMA 3R8EA 1MWKA 3S41A 4FPAA 1V4SA 5LJVA 4H5NA 1NGGA 2ASOA 4GNIA 4DB3A 4B1VA 3FZLA 2CGLA 3TU5A 3CERA 3I33A 4JN4A 5EY4A 1GLLO 1GLFO 2YHXA 3JS6A 4A61A 1QQMA 5BPMA 1Z05A 4EAHD 1JCGA 4BRDA 4JHDB 3SMSA 5FPDA 3BF3A 1Y64A 2E2OA 1YXQA 3O1WA 3RSEB 3D7EO 4CZHA 4F9OA 1S22A 4K43A 4ISGA 3HSCA 4KBOA 4BRLA 2EWSA 5CE3A 2P9NB 4H0PA 5FPEA 4EFHA 3BEXA 3WEEA 1ATRA 4NO7A 2W41A 4IXCA 1QHAA 1YUWA 4BRHA 5ELZA 1X3MA 2IVPA 5BR9A 4B9QA 2P9SA 3L4IA 4EHTA 4FWLA 1T6CA 4BRPA 1YAGA 2P9IA 5EVZA 1HLUA 4CJ7A 3DXKB 3D2FB 3WXKA 4BRNA 3OHRA 3G25A 3UKUA 4Y0WA 3CJ7A 5EXWA 3ZX3A 1NLVA 3UE5A 3BF1A 3C7NB 3LDLA 3WEEB 3B8AX 2J4RA 4BRGA 1BA1A 1U2VA 1Z6RA 4K25A 2YI1A 4FOIA 4FWOA 3WXJA 1T44A 3IUCA 5ADXA 4H0VB 5ADXH 3DWLA 4M63C 4BREA 2P9SB 3CJBA 2D1KA 2HF4A 3LDPA 2E1YA 3EKUA 5BPNA 3UKRA 5AQSA 1E4FT 4CZLA 1TUYA 5BRHA 4CZEA 2P9IB 3GG4A 3SMPA 4BQLA 1KAYA 2VCPA 2Q0UA 4E1JA 5AR0A 4DQ8A 3UKUB 1GLDG 5E84A 5AQXA 3KVGA 3LDOA 4BRKA 4AM6A 3ZEUB 3MN5A 2Q97A 2VYPA 4BVOA 1HPMA 1RGIA 2IVOA 1NGIA 3ZETB 3H1QA 1BG3A 5AQUA 3TPQA 3FE1A 1NGDA 1G99A 3VESA 1ATSA 3R9PA 4JHDA 3UKRB 3LL3A 2P9PA 1Q18A 3H46O 5AQOA 3RSEA 3MK6A 4K42A 4WQ5C 3WXIA 2V7YA 3VGLA 3EO3A 4Z94A 1QZ6A 1LOTB 2H3GX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4EZ6A 3P5JA 3MECA 3CPWM 5JVGL 3U4LA 1NM1A 4AH9A 2ZGYA 2P9NA 4H0XB 4O0IA 3A5NC 4FLWA 3O3GA 1NGFA 4LY7A 2QI2A 1YIJN 5E26A 2E2QA 1XHXA 2GWKA 5I42A 1WOQA 4JI3K 1BDGA 5JLHA 3LM9A 5TKYA 4JAXA 3OS1A 4AF1A 3V9WA 2Z1IA 3GL1A 3VQPA 2PAVA 4J8FA 4ID5A 3QMLA 4CJ5A 2P1JA 2O8DB 3HI0A 1B9DA 4JKEA 5C24A 4CGGA 5FPNA 1ZBSA 4CZGA 2E2PA 1RT7A 5J2PA 2RKIA 1IG9A 2FSJA 2V51B 2GTDA 1NK0A 4YOTA 1J6ZA 2QXLA 1LW2A 1SV5A 3C7NA 3Q7BA 5EU7A 4B1ZA 3EYZA 4DSFA 1NMDA 1DKGD 4IJNA 3QNNA 4KRFA 2E2NA 1HNIA 1ZBUA 3ATVA 5BPLA 3HSTB 1J9AA 1OKJA 3HBTA 4CBUA 1QSYA 3O3HA 1UWBA 2OPQA 4BE1A 4DG1A 3THWB 3VQEA 4FZYA 1U48A 4MLEA 3RVCA 1S6PA 1BUPA 1VSDA 3MN7A 3VENA 4BE0A 4DV2K 3QDKA 3GBTA 3VTHA 2FSKA 3OJUA 4W5QA 3PV8A 3O6WA 1HJRA 1R0AA 2OPSA 2QWLA 1K8KA 4E1MA 4G1QA 1T7PA 2A5XA 4B3SK 4LSLA 4WFNL 3CC4N 1IV0A 4LH4A 1EO1A 2ZQBA 2KHOA 2BTFA 1LWCA 4WQ4C 1TKZA 4CJUA 3L8BA 3H1VX 3KK1A 2PBDA 3CETA 1CXQA 5BN9A 1KQSM 3VQBA 4DLGA 3VOVA 3U6FA 3CCLN 4CJKA 3BY5A 1C0TA 3QERA 4B3RK 4E0DA 4CFBA 3TAPA 1CZAN 4KB1A 1SS6A 3AA2A 4KHYA 4WYBA 3Q7CA 2O8CB 3L2VA 3C6HA 4EHUA 4Q5VA 4DFKA 4LSNA 3SUQA 4CZKA 3AVLA 4Y1DA 2AA4A 2GELA 2E6LA 3D2EB 3M1FA 5CR4A 4CGDA 1Z25A 5M1KA 4OPAA 3F5TA 3AVMA 5CYMA 3FFKB 1DTQA 4RW4A 3J80O 4JK7A 1D4XA 4J2AA 1TKTA 4XEIA 3PX0A 4CECA 4F3TA 3CHWA 4AHTA 3ULEB 5AQYA 4JRPA 3L2WA 2OPRA 1L3VA 4C23A 5F2RA 2F8TA 4DTXA 1XC3A 4DR4K 3VEYA 5AQGA 5KPRA 4CESA 4JD2A 3LDNA 5KQDA 1GLBG 4OO1J 3RMBA 2NRVA 2F96A 3SQ0A 3THWA 4GV6A 4ICLA 3E01A 4FLTA 1GLAG 4GMJB 3VPZA 4YDUA 4CI6A 2F9WA 3TTCA 1Z26A 1QVFM 5EOYA 5HLFA 4XH1A 3DYAA 2HBKA 1NGAA 1NGJA 4HUEA 5M1OA 3J7YP 3BZCA 4CJTA 3P4IA 3CFRA 2AJQA 1WLJA 2NLXA 2FLOA 3MX2A 3ID6A 4FWMA 1KVCA 1S3XA 3NHGA 4YFUA 3R6MA 4OKJA 1CZ9A 1C1AA 1NK7A 1EX4A 2ITMA 1NNEA 4ELVA 4PHTX 3QEWA 3QFPA 4E3SA 3ZX0A 2FBTA 4OKEA 3SAHA 1ZXOA 3NH0A 4PL8A 4J2DA 1Q7YO 2Z1JA 1H1VA 2O8CA 5AQLA 5KPZA 1T03A 5EX5A 2DTUA 3VGMA 3ZYYX 4M7YA 3ZSWA 2JGUA 3D2EA 5KGXA 2O4IA 1MDUB 4A5AA 1EXQA 3C6AA 4MO5A 1X9WA 1ZBLA 1VAZA 4DTOA 3RMCA 3K5OA 2R7YA 3J8AA 3SBGA 4X65K 5LJWA 2YKMA 3KJVA 1U49A 3HM9A 1RTIA 1U4BA 4LFBK 3ULEA 4JI1K 4E19A 4FZZA 1VSKA 3M3ZA 4ZTJA 1HYZA 4O4GA 5KGWA 3QEVA 3RWUA 4LF6K 4YOUA 4BR9A 1V4TA 2OTLN 2HHXA 3AVAA 1RCHA 2AP1A 1BA0A 4DSJA 1ESVA 2UXCK 3NVMA 2QWRA 3AY9A 4F3OA 3CC2N 2QWPA 3HPOA 2UUBK 1VHXA 3DOKA 3AO4A 4Q0BA 1KD1O 4NXNK 3IMXA 1YI2N 4Z4FA 2A41A 4BR7A 3WXMB 1IG8A 2IDOA 4OGEA 1EWRA 4HTLA 3M8SA 1YT3A 4PKGA 1SKWA 4CD1A 3CD6N 1YTUA 1E4GT 4UY8O 2E4LA 1MWKA 3I55N 4I9QA 1V4SA 4H5NA 4DB3A 3CCSN 4NYNA 3VQ7A 4CEFA 1HNWK 1GLLO 2UXBK 4K8ZA 3HOSA 1S1XA 1Q81O 2NRTA 4CHNA 4OPHA 1JCGA 5FPDA 4DV4K 3BF3A 1YXQA 1UAXA 1KSPA 3T7ZA 1YJ9N 3KKRA 1B92A 2HHVA 2YKNA 5CZ2A 4WFBL 4KI6A 3P1GA 3CQ8A 4B08A 1X9MA 3I8DA 2OZSA 1W0HA 1WAFA 2JLEA 4M45A 3OBYA 5CE3A 3OJSA 3MCAB 4WE1A 2IAJA 4E7JA 2XY7A 3I0RA 2ZD1A 4KHNA 3T69A 4YORA 1FW6A 1M90O 1TL1A 3QESA 3CG7A 1SKSA 1QE1A 1NJIO 1LV5A 3ALYA 1XI1A 5ELZA 2HHUA 1JJ2M 5JS2A 3RMAA 2P9SA 4EHTA 4FWLA 4BRPA 2QTDA 1KTQA 1RT6A 3TARA 1U45A 5C10A 1TV6A 5EVZA 1XWLA 4CJ7A 3WXKA 4BRNA 3G25A 3UKUA 4B9UA 4Y0WA 5EXWA 3TSUA 4WCEL 3ZSXA 3F73A 3UE5A 4CJ4A 2HVIA 1BA1A 3R3LA 5AJ3K 1RT2A 1NMNA 1TAUA 2YI1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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