3GE1A

2.7 angstrom crystal structure of glycerol kinase (glpk) from staphylococcus aureus in complex with adp and glycerol
Total Genus 170
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
170
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
AMEKYILSIDQGTTSSRAILFNQKGEIAGVAQREFKQYFPQSGWVEHDANEIWTSVLAVMTEVINENDVRADQIAGIGITNQRETTVVWDKHTGRPIYHAIVWQSRQTQSICSELKQQGYEQTFRDKTGLLLDPYFAGTKVKWILDNVEGAREKAENGDLLFGTIDTWLVWKLSGKAAHITDYSNASRTLMFNIHDLEWDDELLELLTVPKNMLPEVKASSEVYGKTIDYHFYGQEVPIAGVAGDQQAALFGQACFERGDVKNTYGTGGFMLMNTGDKAVKSESGLLTTIAYGIDGKVNYALEGSIFVSGSAIQWLRDGLRMINSAPQSESYATRVDSTEGVYVVPAFVGLGTPYWDSEARGAIFGLTRGTEKEHFIRATLESLCYQTRDVMEAMSKDSGIDVQSLRVDGGAVKNNFIMQFQADIVNTSVERPEIQETTALGAAFLAGLAVGFWESKDDIAKNWKLEEKFDPKMDEGEREKLYRGWKKAVEATQVFKTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title 2.7 Angstrom Crystal Structure of Glycerol Kinase (glpK) from Staphylococcus aureus in Complex with ADP and Glycerol
rcsb
molecule tags Transferase
source organism Staphylococcus aureus subsp. aureus col
molecule keywords Glycerol kinase
total genus 170
structure length 499
sequence length 499
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2009-02-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ge1A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ge1A01
1IJJA 3HZ6A 2D0PA 2YHWA 4BGAA 2FSNA 1MDUB 3D7EO 3QFUA 3SMPA 4EHUA 1QZ5A 2Q36A 2V7ZA 4BRDA 3EO3A 2Q2RA 5AQQA 4H5TA 1XQSC 4Y0WA 4H0XB 4F9OA 4I6MB 1YXQA 5AR0A 3M1FA 4QS8A 3QICA 2Q97A 3MCPA 3CJAA 4ISGA 3ZX3A 4BVOA 3A5OC 4EAHD 4MLEA 4JD2A 4EIAA 3FZMA 5E26A 5F1XA 5LJWA 2QWMA 4BRQA 3WEEB 1P8ZA 4CD1A 1ATNA 1HX1A 1KAYA 4H5VA 5BN8A 5AQTA 5ADXA 1QQOA 4MLHA 4B9QA 1LCUA 1TYQA 4RTFD 3A5LC 3CJ7A 1ZC6A 2Q31A 2P9SA 4BRFA 2E88A 5AFUH 2F9WA 1NGBA 3O8MA 5AZJB 4DHYA 5BRFA 3CI5A 2IIRA 3R6MA 5EOYA 3WXIA 1NGJA 4GY2B 3ATVA 2P9IA 2E1YA 5EVZA 4BQZA 5AQFA 4IJAA 3D2FA 4IO8A 5BN9A 1K8KA 5BPLA 3W3DA 3CQYA 1ATSA 3B8AX 3LDNA 4DB3A 3QBWA 4BQLA 1CZAN 3ULEA 3AAPA 2J4RA 1NM1A 2DPNA 3LDQA 4EHTA 5EXWA 3G25A 3TU5A 3C7NA 1RDWX 2YJFA 2FLOA 4BRGA 3FFKB 1GLLO 5AQUA 2HF4A 1BUPA 1GLBG 3DXKB 4A2AA 5AQMA 3CQXA 3CJ1A 4RWTA 4WQ5C 4Z94A 5BRHA 5E84A 5ELZA 3BF1A 1SQKA 3KZBA 3VEXA 3H1QA 2YCHA 3VF6A 1HPMA 3DXMB 3JS6A 4FSVA 3VGMA 5AZIB 1GLFO 3LDOA 1KAZA 1QQMA 1GLAG 3O5BA 4YDUA 3VENA 3F9MA 5KPRA 5LJVA 4JN4A 3ZEUB 4M7XA 1J6ZA 3SLCA 4WQ4C 2QWLA 2CH5A 1NGEA 4J8FA 3EKUA 3MMVA 4BGBA 4FOIA 3W0LA 5BREA 5AQGA 3SK3A 2HF3A 3A0IX 1BO5O 3IUCA 3FR0A 3VPZA 3RSEB 4CZKA 2A42A 3M3ZA 2GUPA 1SAZA 1BA0A 3AAQA 4A62A 2P9KB 3O08A 4CZLA 4NO7A 1G99A 2BTFA 3VEZA 2ASMA 2P9PA 4FWLA 5AFUA 3H1VX 3CJBA 2YHXA 3VERA 2P9NA 3FE1A 2NZTA 3H3OB 1NMDA 3S41A 2A41A 4JAXA 3CERA 4BRNA 3AY9A 3VESA 1U2VA 4H0YB 4K41A 4BR9A 1NWKA 3J8AA 5AZJA 4PKIA 3D2EA 4PL8A 2ITMA 3U9ZA 4BR5A 2UYTA 3UKUA 4BRPA 1MWMA 3CJ9A 3HTVA 4QS9A 1C0FA 4CZIA 2QXLA 1NGIA 3VF2A 5AQWA 3VGLA 1BOTO 2YHYA 3UKRB 5KQ8A 3FZHA 1GLDG 3VEOA 4CZJA 4BRLA 3VF4A 2GWJA 2QW9A 2P9UB 3U4LA 1T6DA 3H3NO 3QFPA 4FL9A 5AQVA 2P9LA 4A2BA 1DKGD 1HJOA 4B1YB 3MN7A 3MK6A 5AQXA 2E8AA 2GEMA 3EKSA 4FWMA 4B1UB 1ZBSA 4CD3A 4H5RA 3VEYA 3P4IA 2QWRA 2FSJA 4PKHA 2E2OA 4XH4A 3R9PA 3C0BA 5F2RA 4CBUA 2CH6A 3HSCA 3WQUA 4CZHA 4CBWA 3H45C 3GOIA 3U8XA 4BC3A 2V51B 3FZLA 3MDQA 1DEJA 1Q18A 1ATRA 2FSKA 3CJCA 2IVPA 2Q0UA 5KPTA 2GELA 5BPMA 5JLHA 3BF3A 1E4GT 3ZX2A 2E20A 3L0QA 4EFHA 4JHDA 5FPMA 4CJ7A 2HOEA 1S22A 2QWNA 1T6CA 1NLVA 3HI0A 4JD2B 3IMXA 3QBXA 3ID8A 2PAVA 2FXUA 4FWKA 2E2QA 3FZKA 1WUAA 3QMLA 5AQHA 4FOEA 1TYQB 4NB4A 3WXLA 4AM6A 3WT0A 4E1JA 4CZMA 2P9SB 5JLFA 3ZETA 4BRMA 4PL7A 3GG4A 1QHAA 2FF3B 4BR7A 2ZGYA 5KQDA 4C23A 3O4WA 1MWKA 2ASPA 5ADXH 2D0OA 4IZ9A 2F9TA 2BUPA 1YAGA 2D1KA 2P9IB 3BUZB 1OKJA 2GTDA 4BC4A 1BA1A 4IXCA 4O8KA 5AQLA 5AQOA 3D2FB 5JICA 3MN9A 5I9EB 1NGCA 1XUPO 5AQNA 1K8KB 3WQTA 3GBTA 1NGDA 2VCPA 3LL3A 3O1WA 4M7YA 4WQ5A 1ZXOA 3VOVA 1LOTB 4FWQA 1WOQA 4I6MA 2H3GX 5AQIA 5B8HA 3MN5A 4BG8A 3ULEB 1EQYA 3DAWA 1HUXA 1NGAA 2CGLA 1MA9B 4H5WA 3WXJA 5KPZA 2QWOA 4BRCA 1GLCG 3C7NB 2V52B 1KAXA 1RFQA 2D4WA 3EZWA 1BG3A 1NGGA 4MO4A 3WEEA 3CETA 1X3MA 2W41A 3KVGA 5TKYA 3EL2A 3IFRA 2OANA 2CGJA 3QB0A 4FWSA 5AQYA 3WXKA 4BG9A 3O1BA 1DGKN 4WQ4A 4FWRA 2Q1NA 3CHWA 3IDHA 4XEIA 1D4XA 3VETA 4BC2A 5LY3A 4O5FA 4BR0A 4WYBA 3SJHA 2PBDA 3HM8A 1YVNA 3DWLA 3VEVA 3L6QA 3ATUA 2A6AA 4A61A 4H03B 2Q0RA 1TUUA 2NLXA 4AM7A 2QWQA 4XH1A 4JNEA 4H5NA 3LDPA 3VEWA 2E1ZA 1JCEA 2W40A 3CIPA 3JXUA 3ZX0A 5BPNA 2AA4A 4H0OA 3UB5A 1ESVA 1SZ2A 2E2PA 4ISFA 5AQPA 4H0VB 5FPNA 3WUHA 3OHRA 2QM1A 1Z6RA 3FZFA 3I33A 3H6EA 3FGUA 4FWPA 4FWNA 2FF6A 2V7YA 1IG8A 3O6WA 4DQ8A 4M63C 1QZ6A 1V4TA 3SMSA 1GLEG 2E2NA 2P9PB 1JCFA 3DXKA 4B1XB 1QQNA 2P9NB 1HKBA 1NBWA 4BROA 4BRKA 3DXMA 4BREA 1T44A 3A8YA 1U2VB 1S3XA 3GE1A 5AZIA 3U9DA 4CBXA 3BP8A 1Y64A 2VYPA 4LC9B 3I8BA 2I7PA 4KBOA 2YJEA 4BRIA 2A5XA 1BDGA 3D2EB 4CI6A 5BRDA 4BR4A 4BVPA 3ZEUA 1BWFO 3L4IA 3UKUB 4XH5A 3HBTA 1RGIA 1NGHA 4DCHA 4RCHA 3LDLA 2ZF5O 5FPEA 3O80A 1Z05A 4FPBA 2QWPA 3RSEA 5AQJA 5FPDA 4YDUC 5AQRA 4MO5A 4PKGA 3ENOA 2P9KA 4H0TB 3UE5A 1X9JA 2P9LB 3A5NC 3FLCO 4FPAA 3R8EA 5F0XA 2IVNA 4B1ZA 1NGFA 2VWBA 5AQZA 3QDKA 3TPQA 1HKCA 1H1VA 2AP1A 2IVOA 1XC3A 2ASOA 3BEXA 1U6ZA 1YUWA 5CE3A 4H0PA 1C0GA 1V4SA 4QS7A 4L3QA 1TUYA 2EWSA 3A5MC 4IWVA 5EY4A 4GNIA 3MN6A 1HLUA 1KXPA 3KHYA 3M6GA 5JMVA 3DJCA 3ENHA 3VGKA 4JHDB 1JCGA 2KHOA 5AQSA 2GWKA 4K42A 2ZGZA 3UKRA 2A40A 3H46O 2ZWHA 3EN9A 4K25A 4CZFA 5BR9A 1X3NA 4HWIA 1HKGA 4B1WB 4FO0A 3LM9A 2P9UA 2WUSA 4B1VA 4BC5A 4ISEA 4IJNA 4BR2A 4BRHA 1GLJO 1E4FT 2NRHA 4FWOA 2A3ZA 3ZETB 4CZGA 3LM2A 4K43A 1BU6O 4BRAA 5EX5A 4CZEA 2CGKA 2HMPA 2YI1A 3GDQA 3GL1A 2I7NA 4HTLA 3AARA 5AQKA 1R59O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IJJA 3CC4N 4N5SA 4JI0K 2DFFA 4E1MA 2YHWA 3LALA 3AVCA 3TAEA 2QKKA 1S6QA 3LP2A 3PO5A 3SMPA 4EHUA 3AA2A 4Z4IA 4OLBA 4BRDA 3RMCA 4PY5A 1RTJA 4H0XB 4DQIA 3M1FA 4W5QA 1Q81O 2Q97A 4DTXA 3CCMN 4ELUA 3CJAA 4ISGA 2XY5A 3P83D 4MLEA 4JD2A 4O55A 1SL0A 2QWMA 4BRQA 3VQ4A 1FJGK 3WEEB 3SUPA 1HX1A 3J7ZO 2OYQA 1SL2A 5H1SQ 4CIEA 3RRGA 1S1VA 4JK7A 2F7TA 4B3SK 3IG1A 2HHSA 4BRFA 2E88A 3OJUA 1NGBA 1J53A 5J1EA 3O8MA 5EOYA 1NGJA 3A2FA 3VQ8A 4M3TA 2FC0A 1RBTA 5EVZA 4JI6K 4LF4K 1C6VA 1OH6A 5BN9A 3ZYYX 3IKMA 2Z1GA 1QE1A 2OCEA 2ZD1A 3B8AX 1EWRA 4KO0A 2OA8A 1ILYA 1XHZA 3D45A 1ZBIA 3U3GA 4EHTA 3DM2A 3HP6A 3TU5A 2YJFA 2FLOA 4BRGA 4CERA 3FFKB 1TK5A 2HF4A 1BUPA 3DXKB 3CQXA 2KQ2A 2OPPA 1SQKA 1X1PA 4F2RA 2R7YA 3VEXA 3NH1A 3CM6A 4LF5K 1IBLK 1TVRA 4FSVA 3DRSA 4RW6A 1KAZA 2O4IA 1GLAG 4O5BA 3O5BA 3VENA 4FVUA 4FM1A 4KTWA 1BCMA 5KPRA 3TTDA 5LJVA 4JN4A 4DV6K 2E5LK 4E7LA 4B8AB 1J6ZA 5HLFA 2CH5A 3VQ9A 1HNWK 4JKGA 3JSMA 3W0LA 3LWMA 5BREA 3SK3A 4OPAA 3FR0A 5M1KA 3RSEB 3AVAA 4JI4K 3B6OA 3J81O 4AHUA 5T7BA 3O08A 3V6DA 2BTFA 4WFBL 3QERA 2NRXA 3V9SA 5DM6L 3NCIA 5LL6Z 4KH5A 3MX2A 3VQBA 3FE1A 3OS2A 3HPOA 4IFEA 1NMDA 2A41A 3CERA 4BRNA 4HCCA 3E01A 4FJLA 2YHBA 4K41A 4NCAA 1JLEA 2P5OA 4YOUA 2YNHA 1XI1A 4ZHRA 4PKIA 3D2EA 5FDLA 5AJ3K 4W5NA 4QAGA 2I5JA 2IAJA 1VSJA 4CZIA 1RBRA 4Y1CA 2VQEK 4FJIA 2O8DA 4YNQA 3VF2A 2YV0X 1K8AO 1NJWA 2HNYA 3ZT3A 4DV3K 2GWJA 2QW9A 3PY8A 4WFNL 3L2RA 2Y1IA 4FL9A 3LAMA 2BGGA 1XNRK 1VSIA 4CJKA 4R5PA 1C0UA 4B1UB 1WSIA 4DSEA 1T7PA 4H5RA 3MEGA 4YOTA 4CHZA 1YVUA 1D5AA 4XH4A 3R9PA 1QVGM 5FROA 1VQON 3WQUA 4CBWA 3RWUA 3HPGA 3ZCMA 1WNSA 1Q18A 4ICLA 4PQUA 3CJCA 4JI7K 3AO2A 5BPMA 1JLGA 1NK0A 4KB1A 3OYNA 2E20A 2O4GA 1TK0A 2HHWA 3QINA 4FJ8A 1S22A 1T6CA 4NLBA 1NLVA 4JD2B 3IMXA 1QS4A 4JI2K 4CK2A 2O8BA 1YJNN 3ID8A 3VQPA 3G6EN 1WAFA 4FWKA 1NK5A 2E2QA 3KD5E 4FJJA 1ITGA 3SBGA 4QCLA 1TAUA 2G8WA 1M90O 1UOCA 5AQHA 4NB4A 4E1JA 1RTHA 4IEEA 2F8SA 2VWKA 4FLWA 3ZETA 4PL7A 3C6TA 3THYA 2ATQA 5GIOA 4C23A 2ASPA 2AJQA 1VSLA 3SQ2A 2F9TA 2D1KA 1JLFA 4BC4A 1TKZA 3E9OA 1IG9A 3NF9A 5M1QA 2VQFK 4EP5A 5HRSA 1XUPO 1E3MA 1WSJA 1Q9YA 2VCPA 3LL3A 3AVHA 4CHPA 1ZXOA 3TAFA 2H3GX 5B8HA 1S1WA 1EQYA 1MA9B 4AHTA 2QWOA 4B08A 3MWTA 1GLCG 4JS5A 2V52B 2D4WA 1RFQA 4YOVA 4C1NI 4ELVA 1NGGA 3CETA 3E9LA 1X3MA 1JKHA 2W41A 3KVGA 1OH8A 3IFRA 4DTSA 1CLQA 3LZIA 5AQYA 3SBTA 1WB9A 3WXKA 4DU3A 2BANA 4FWRA 3CHWA 1W0HA 4R79A 2KZMA 4W5OA 5LMUK 2PBDA 1X9MA 1YVNA 3L6QA 2A6AA 4H03B 4PHTX 1TUUA 3KK2A 5DK5A 4H5NA 3LDPA 2HW3A 4JK8A 2W40A 3CIPA 2AA4A 3NHGA 4JKGB 4ISFA 5C24A 3OHRA 4GVEA 1NK8A 4F3OA 1EO1A 4DSIA 1D9FA 4M3UA 4A5BA 2UXCK 2NUBA 4F4KA 4FLVA 3C6AA 2FF6A 2V7YA 5HRNA 3O6WA 4AHRA 4BDZA 4LSLA 3CQ8A 1WSGA 4AQYK 3THXA 4DV4K 2UUBK 4Q5VA 4H4MA 4I9LA 4CEEA 2X74A 1NBWA 4CHOA 1B9DA 1S1XA 4BREA 3U9DA 5AZIA 3PV8A 1VQ4N 1GOCA 3BP8A 5HROA 4K0KK 4LC9B 2I7PA 4KBOA 4KRFA 1VQ5N 2X6SA 3D2EB 4CI6A 3AVGA 4KFBA 5KGWA 4C1NK 1BWFO 4CESA 3OYHA 4IFVA 4MDAA 3NGIA 1RGIA 2GV9A 1NGHA 2YNGA 5I42A 3TAGA 2ZE2A 4NYFA 4CEAA 4EZ9A 2O8DB 2GUIA 3L2QA 2ZF5O 3O80A 1WSHA 1Z05A 5AQJA 4YDUC 2VWJA 3HVRA 2IC3A 4PKGA 4JKAA 3ZSWA 3SPZA 4DSLA 4EZ6A 4CK1A 1SKRA 1LV5A 3J7AP 1VK0A 2HBKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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