3GE1A

2.7 angstrom crystal structure of glycerol kinase (glpk) from staphylococcus aureus in complex with adp and glycerol
Total Genus 170
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
170
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
AMEKYILSIDQGTTSSRAILFNQKGEIAGVAQREFKQYFPQSGWVEHDANEIWTSVLAVMTEVINENDVRADQIAGIGITNQRETTVVWDKHTGRPIYHAIVWQSRQTQSICSELKQQGYEQTFRDKTGLLLDPYFAGTKVKWILDNVEGAREKAENGDLLFGTIDTWLVWKLSGKAAHITDYSNASRTLMFNIHDLEWDDELLELLTVPKNMLPEVKASSEVYGKTIDYHFYGQEVPIAGVAGDQQAALFGQACFERGDVKNTYGTGGFMLMNTGDKAVKSESGLLTTIAYGIDGKVNYALEGSIFVSGSAIQWLRDGLRMINSAPQSESYATRVDSTEGVYVVPAFVGLGTPYWDSEARGAIFGLTRGTEKEHFIRATLESLCYQTRDVMEAMSKDSGIDVQSLRVDGGAVKNNFIMQFQADIVNTSVERPEIQETTALGAAFLAGLAVGFWESKDDIAKNWKLEEKFDPKMDEGEREKLYRGWKKAVEATQVFKTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title 2.7 Angstrom Crystal Structure of Glycerol Kinase (glpK) from Staphylococcus aureus in Complex with ADP and Glycerol
rcsb
molecule keywords Glycerol kinase
molecule tags Transferase
source organism Staphylococcus aureus subsp. aureus col
total genus 170
structure length 499
sequence length 499
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2009-02-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ge1A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ge1A01
1SAZA 5BRHA 1ZC6A 1QQMA 4K41A 4CZKA 2Q97A 3SJHA 1MA9B 1MDUB 3QMLA 1HKCA 1ATNA 1Z6RA 3EKSA 4JHDB 2P9SA 1H1VA 4CZIA 2WUSA 3F9MA 3LM9A 2QM1A 4FPBA 3WXKA 4DQ8A 4BVPA 4BR9A 2P9NA 3DXMB 4PKGA 4BQZA 2F9WA 3UB5A 2IVPA 4PL8A 3LL3A 5AZIA 4BC2A 1K8KB 4BRQA 3U9ZA 1E4GT 3O08A 2VYPA 3LM2A 1X3MA 2QWNA 1C0FA 3I33A 3QBXA 3EL2A 2AA4A 5KQ8A 1GLLO 2FSJA 4H0VB 3BP8A 2Q0RA 4BGBA 2DPNA 1RGIA 2Q31A 2VWBA 4H0TB 5AQMA 4B1ZA 4DCHA 5E84A 1BU6O 3U8XA 3BEXA 4WQ4A 3VERA 3MK6A 3O5BA 3DAWA 5I9EB 1IJJA 1XQSC 3WT0A 5AQIA 3FZMA 4WQ5A 3SK3A 4CBUA 4HWIA 1T6DA 2FLOA 2FSNA 3ENOA 3TU5A 5KPZA 1SQKA 2P9UB 3C7NB 3GL1A 3ZETA 2YCHA 4WQ5C 5JLHA 4FWOA 3VGKA 4FWKA 1WOQA 3R8EA 1KXPA 1S22A 2GELA 3LDPA 5AQGA 3EKUA 5FPDA 3O1WA 4PKHA 2P9LB 2YI1A 3QFPA 3RSEA 4M7YA 4FWSA 1BG3A 1DGKN 1GLDG 3CJ7A 4BG8A 4RCHA 2IVOA 2IVNA 5AQLA 3GG4A 2Q1NA 3ATVA 2F9TA 2V52B 1SZ2A 2CGLA 2HOEA 2QWLA 3HTVA 3D2FA 3VF4A 4BRMA 5EXWA 3D2EA 4CZEA 4M7XA 1MWMA 4H03B 3IFRA 1HLUA 4FPAA 2ZWHA 3AAPA 4H0OA 3CETA 3FE1A 4JD2A 4IO8A 3VPZA 1T6CA 1Y64A 3O4WA 4ISFA 4JN4A 5FPNA 1ATSA 1P8ZA 2GWJA 5BREA 2V51B 3I8BA 1NGIA 3UKUB 1RFQA 3AY9A 3VGMA 5AZJA 1JCEA 1NMDA 3BUZB 3C0BA 3WQUA 4FL9A 3CHWA 4QS9A 1BA1A 4NO7A 4NB4A 2D4WA 3O6WA 1TYQA 4B1XB 3FZKA 3B8AX 3ZX3A 2J4RA 1ZXOA 2GUPA 1NGEA 3H6EA 5LJWA 5BPMA 2NLXA 3GBTA 4O8KA 5F2RA 1MWKA 4ISGA 3WEEA 3HSCA 3QBWA 1J6ZA 2CGKA 1GLEG 4RTFD 2ZGYA 3S41A 5AFUH 2E20A 2QWOA 3DXKB 4CJ7A 2W40A 1X3NA 3WXIA 4EAHD 3VEXA 1NGHA 5AQYA 3ZEUB 3L0QA 4YDUA 1NWKA 1QQOA 4CD3A 3VETA 5ADXH 4IWVA 1D4XA 5BPLA 2UYTA 3UKRA 4C23A 3QB0A 4FWNA 4EIAA 5BN8A 4CZGA 4H5WA 3TPQA 4LC9B 4YDUC 3VEZA 5AR0A 2P9PB 1NBWA 3KVGA 3CIPA 3IMXA 1YAGA 2CH6A 3H45C 4FO0A 4BC5A 3LDOA 2FSKA 2P9KA 4H0PA 5KQDA 2Q2RA 1XUPO 2E2OA 2P9UA 3C7NA 5KPRA 1NLVA 3A0IX 4H5RA 4EHUA 1G99A 2P9SB 3MN6A 3ATUA 3SLCA 3AAQA 4IXCA 1TUUA 4BREA 3SMPA 1HJOA 1Q18A 2P9NB 1GLJO 1GLBG 1HKGA 3HBTA 4WQ4C 5AQSA 4CZLA 3VF2A 4CZFA 3QICA 4XH4A 3WXJA 5AZIB 2A42A 4MO4A 2CGJA 1GLFO 4JNEA 2QWPA 2QXLA 4CZHA 4H5TA 3QDKA 4A62A 5EX5A 1LOTB 3CJCA 4WYBA 2E2PA 4I6MA 2W41A 5E26A 4BR0A 4DB3A 1NGCA 3HI0A 3MN9A 3A8YA 5AQHA 3CI5A 3LDQA 2YJEA 3IDHA 3D7EO 2A3ZA 3ULEB 5B8HA 3H1VX 2E1ZA 3WQTA 4BRDA 4EHTA 2E88A 1U6ZA 4BRAA 2BUPA 3ID8A 3VESA 4XEIA 5AQVA 4IJNA 2GWKA 1ATRA 1V4SA 5TKYA 3FZHA 4CBXA 4CZMA 2QWQA 2D0OA 2Q0UA 5AQXA 4QS7A 4K43A 1X9JA 4JAXA 5AQOA 1LCUA 2NRHA 5EY4A 3CERA 3VGLA 1R59O 2FF3B 4O5FA 3U4LA 3HM8A 4A2BA 5FPEA 1E4FT 5AQTA 3UE5A 3ZETB 5AQJA 2FXUA 3LDNA 4FWLA 4BRNA 4RWTA 3FZLA 5AQWA 1NGDA 4JHDA 4IZ9A 5JLFA 1KAZA 1DEJA 1HKBA 2D1KA 2E8AA 3MCPA 5AQZA 4H0YB 3J8AA 3P4IA 1EQYA 3RSEB 5BPNA 3JS6A 1T44A 4KBOA 3A5MC 2HF3A 3DXMA 2YHYA 3M1FA 1BDGA 3A5LC 4M63C 4FOIA 4H0XB 2V7YA 2ASOA 3VEYA 4BG9A 2ZF5O 3KZBA 4GNIA 3CJAA 5F1XA 4EFHA 4CD1A 1K8KA 3VF6A 3D2FB 3EZWA 1Z05A 2HMPA 4B1YB 4BROA 4IJAA 2I7PA 2E2QA 3FLCO 4H5VA 5AQNA 2AP1A 2PAVA 1QZ6A 5EVZA 3R6MA 1YUWA 4AM6A 3O1BA 4JD2B 1BA0A 5CE3A 2A5XA 4BRKA 2ZGZA 3MN5A 3MN7A 2IIRA 4B1VA 3SMSA 3H1QA 4MO5A 1S3XA 2D0PA 2E1YA 2P9IB 4FWQA 5JMVA 2I7NA 3O80A 3MDQA 1BUPA 1RDWX 5AZJB 1NGBA 1U2VB 3U9DA 4Z94A 3MMVA 2QWRA 4BRGA 2NZTA 4BRLA 5LJVA 2FF6A 3EO3A 4K25A 1QQNA 1GLAG 3AARA 3CQYA 3FGUA 1TYQB 3EN9A 3M6GA 5AQPA 2H3GX 4F9OA 4E1JA 3W3DA 3QFUA 1NGAA 4XH1A 3H3OB 4B9QA 1ZBSA 3VEWA 4BGAA 5BR9A 4J8FA 3WEEB 1ESVA 4CZJA 4FWPA 4ISEA 5EOYA 4BR4A 4K42A 5ELZA 1NGGA 4FOEA 4BRFA 2P9LA 3G25A 2GEMA 1XC3A 3ULEA 3A5NC 4BVOA 4XH5A 1V4TA 2HF4A 2Q36A 3CJBA 5AQRA 4BRPA 2ASPA 1JCGA 1C0GA 1YXQA 1HPMA 3CJ9A 2V7ZA 3H46O 2ASMA 3L6QA 4A2AA 4DHYA 3UKRB 3L4IA 2OANA 2E2NA 1WUAA 4FSVA 2YHWA 1HX1A 1GLCG 3DWLA 3O8MA 3ZX2A 4BRIA 4CBWA 2P9KB 4AM7A 3VENA 4GY2B 4Y0WA 2GTDA 4BR7A 4FWMA 1KAXA 4BRHA 3FZFA 1TUYA 4MLEA 2QW9A 3W0LA 3ZX0A 4MLHA 2YHXA 1BOTO 3CJ1A 3VEVA 3JXUA 1BO5O 4QS8A 2PBDA 5AFUA 4CI6A 2VCPA 1QHAA 3UKUA 5AQFA 3WUHA 5FPMA 1CZAN 5KPTA 4A61A 4PKIA 1NGJA 1JCFA 3VOVA 3FR0A 3GE1A 5BRFA 3ENHA 4B1WB 3A5OC 4HTLA 5ADXA 5AQUA 5BRDA 2QWMA 4I6MB 5LY3A 2A41A 2EWSA 1HUXA 3LDLA 3KHYA 5AQKA 4BR2A 5AQQA 3GOIA 5JICA 1BWFO 4BQLA 4BC3A 3H3NO 4BR5A 1KAYA 2A40A 2ITMA 2A6AA 3IUCA 4PL7A 3R9PA 2KHOA 3BF1A 3FFKB 3DXKA 3M3ZA 1NM1A 3VEOA 1YVNA 3ZEUA 3CQXA 4BC4A 5F0XA 1OKJA 1DKGD 2CH5A 4FWRA 1NGFA 2P9IA 3D2EB 4H5NA 4L3QA 3WXLA 1IG8A 3OHRA 3GDQA 2YJFA 3HZ6A 5BN9A 1U2VA 2BTFA 4B1UB 4BRCA 1QZ5A 2P9PA 3DJCA 3BF3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1SAZA 3V9XA 4CZKA 4CFDA 4KB0A 2Q97A 4J2DA 3QNOA 1MDUB 3LWMA 4IG0A 3CCSN 4JKFA 3EE9A 4AF1A 5K14A 3K9KA 1WBBA 4E7LA 1YVUA 4DR4K 3SAGA 4DSFA 3QLHA 1HQEA 3NH1A 2QA4N 3LL3A 4BC2A 2UUAK 1K8KB 4JI7K 1EX4A 4MDBA 4DS5A 1FK9A 3O08A 4CF0A 4FLZA 1JLCA 3LM2A 1X3MA 4HUFA 3I33A 4FLVA 3KK2A 5SWMA 3QBXA 3P39A 3O9SA 4DQRA 5J1EA 5KQ8A 4DSJA 3BP8A 1S6QA 4HHTA 2DPNA 2Z1JA 4B8CA 2IC3A 1EWQA 3E1YA 3ZCMA 1BU6O 1IBKK 4IOAL 4WQ4A 3VERA 3MK6A 2HHHK 1TK0A 1VQ6N 1IJJA 1JLBA 5CZ2A 3SUPA 2G8HA 5LMNK 5AQIA 4PA1A 3LWLA 3SK3A 4H4MA 3L8BA 3AVLA 2D0BA 1ZBHA 3CCRN 1IH7A 4X62K 4JI1K 3TTDA 4W5QA 3ZETA 2ETJA 3C6HA 4IOCL 2O8DB 5HOOA 1NKBA 3ITHA 1WOQA 4K8ZA 3VQ7A 4Z4FA 3LDPA 2G8WA 5FPDA 3EKUA 4PKHA 3JSMA 4B9SA 4JK7A 4O0IA 1DLOA 4CIEA 4YOVA 4NYNA 1S1WA 4BG8A 2KFZA 3NVMA 5AQLA 1IG9A 1BL3A 5I3UA 3THVA 2V52B 3E01A 2Z1HA 4M42A 4DG1A 2QWLA 2OZSA 4DTJA 1NK4A 1DT9A 4FJJA 4H03B 4JKBA 2WTUA 3IFRA 1RILA 4B3RK 1HLUA 2PY5A 3E9PA 3C6TA 2ZWHA 4X66K 2HNDA 4CGGA 3DOKA 2FBVA 3ALYA 3VQ9A 4JD2A 4HUEA 4CJFA 1NJIO 1E3MA 1NU0A 4ISFA 4JN4A 1ATSA 4Z4GA 5FDLA 4AQYK 3T69A 3J7AP 3I8BA 1WSEA 4LF6K 4DLEA 3EEQA 1RFQA 3AY9A 1A5VA 1WN7A 1RBUA 4LFAK 4FL9A 3T1YK 1BA1A 3KLEA 4NO7A 3AVAA 2IOCA 3HRGA 3THXA 2HHVA 1W2BM 2GUPA 1U49A 1NGEA 3H6EA 4CEEA 4YNQA 5BPMA 1NOZA 1RNHA 2RPIA 4O8KA 1YJWN 1RDDA 3MWPA 1UAXA 4CHQA 3BY5A 1SL1A 1A5WA 3S41A 2X6SA 2PZSA 1L3TA 5CHIA 3WXIA 1OH6A 4GV3A 3A2FA 1W97L 1S1TA 3PSIA 4CEDA 4CHNA 4M3YA 4CD3A 4BE0A 4FW2A 2QEXN 1JL1A 3UKRA 3MXMA 4CZGA 4H5WA 3OYAA 4CHYA 2P9PB 3CIPA 4LF4K 2CH6A 3H45C 3LDOA 2P9KA 5KQDA 2Q2RA 4FJ7A 4CJ4A 3A0IX 4EHUA 3I8DA 1G99A 3QIOA 3AO5A 3TTCA 4WCEL 1XNRK 2HNYA 4C1NI 3SMPA 1VQ4N 4CEFA 1IKWA 1WLJA 1BQMA 1TK5A 1GLBG 3HBTA 4XH4A 2OCEA 2CGJA 4E19A 2ZJPL 3OYCA 4CZHA 1VAZA 5E26A 4DSEA 1XHXA 3DLGA 4DFMA 4RW4A 2RF2A 1T05A 1NGCA 3SJJA 3THWA 3M8QA 5JS2A 1HNXK 3WNHA 2A3ZA 3AA3A 5B8HA 3H1VX 4DQPA 4B9VA 3WQTA 1C0TA 2E88A 4IO9L 1M1KO 2NRZA 2P5OA 2BH1A 3F2KA 4XEIA 3MCAB 1B9DA 3HT3A 1ATRA 4DV2K 1X9MA 5IWAK 4CZMA 3VQAA 4CGDA 2YNHA 2Q0UA 5AQXA 1IKVA 1YJNN 1LCUA 3HM8A 1S5JA 5FPEA 4FM1A 3LP0A 3UE5A 1VSKA 3NMUA 3FZLA 3OYMA 4JI2K 3VA0A 3JAMO 4IEEA 3AVGA 1ZBLA 1HKBA 2XY6A 2UXCK 1ASWA 2YHAA 1EQYA 1HYVA 1LW0A 3QNNA 1T44A 4JI6K 3R3LA 3TAGA 1L3SA 3OYFA 2YHYA 4M63C 4H0XB 1Q9YA 4JEPA 4BG9A 2NRVA 4GNIA 1NJWA 2HHXA 3CJAA 4EFHA 4CD1A 1WNSA 3DYAA 3SQ0A 5IT9O 3D2FB 4J2BA 4KRFA 2UU9K 4IJAA 3C94A 1VQ5N 3V1OA 2E2QA 3R6MA 4AM6A 3O1BA 3HXMA 4FJ9A 4BRKA 1YT3A 3P5JA 4B9TA 2XY7A 2IIRA 4LSLA 3H1QA 1S3XA 2O8EB 5BR8K 2E1YA 2P9IB 4FWQA 1VQ8N 3CCVN 2I7NA 3CCEN 1N34K 1RDWX 5AZJB 3UIQA 4I2PA 3MMVA 2O4IA 4BRGA 5LJVA 5C0YA 2FF6A 1RT3A 1GLAG 3FGUA 1KTQA 5C10A 3M6GA 3VTHA 2EHGA 1HQUA 3W3DA 2WOMA 3LP1A 2F8SA 3TR8A 2O4GA 3H3OB 1RDBA 3RR7A 1YHQN 1U47A 4WE1A 3WEEB 2QK9A 4CZJA 4FWPA 1NGGA 2P9LA 5I42A 5DMRA 3OYGA 1XC3A 3I55N 3O9QA 1V4TA 2Q36A 1J53A 4OVLA 1JLQA 3NVKA 1OVYA 3VQQA 1C0GA 1LWEA 1JJ2M 1QSYA 1HPMA 1I3AA 4IFVA 3AVKA 4GW6A 3TAFA 1YI2N 3L6QA 2GUIA 1Q8IA 4DHYA 4QOZB 4N5SA 3P1GA 1VSHA 3O3HA 1LAWA 2OANA 3DLEA 2HSTA 4CF2A 5M1KA 3DWLA 3ZX2A 1YTUA 3PIOL 3EZ5A 4GY2B 2B6AA 3KKSA 3IAYA 4BR7A 1KAXA 2VGNA 4BRHA 1TUYA 4MLEA 3ZX0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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